Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: Scaffold2575
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 1000
Length: 11067
ACGTcount: A:0.34, C:0.14, G:0.19, T:0.33
Found at i:6309 original size:624 final size:624
Alignment explanation
Indices: 5121--11067 Score: 10294
Period size: 624 Copynumber: 9.6 Consensus size: 624
5111 GGTTTCGACA
** * * * *
5121 ATCTCCTCTAATTTGCTATTTTGCAAAATGAATAACAGAGAGGACGAAGCTTTCGGTCACGTAGT
1 ATCTCCTCTAATTTGCTATTTTGCAAACCGAATAACAGAGAGGAAGAAGCTTCCGGTCATGGAGT
* *
5186 TTTTACATGCATGATCAAGAAACAAACCAAACGGATCTAAATCGAGGAAAAGCTAATGTGTGAGA
66 TTTTACATGCATGATCAAGAAACGAACCAAACGGATCTAAACCGAGGAAAAGCTAATGTGTGAGA
*
5251 TTAGTC-GACTGCTTCATTTTTAGAACTATATTTGTCGAGGTAAGTTTGTAGTATATAATATATA
131 TTAGTCAG-CTGCTTCATTTTTACAACTATATTTGTCGAGGTAAGTTTGTAGTATATAATATATA
5315 TGTTTGTTTCCTTATGATTATGTATATCAATTGTTAGTTAAATTATAATTAATGTGAAAATTTCA
195 TGTTTGTTTCCTTATGATTATGTATATCAATTGTTAGTTAAATTATAATTAATGTGAAAATTTCA
5380 ATGTTTGCTTGTAAATTATTAAATGTTGGAATTAAGTACAAATGGAAAATGAATATTTGGTCGTG
260 ATGTTTGCTTGTAAATTATTAAATGTTGGAATTAAGTACAAATGGAAAATGAATATTTGGTCGTG
* * *
5445 GCAAATCTTGTGGTTTCACAATTCTGAAATGAATGTAACAGATTAATATTATGTGTACAAATAAT
325 GCAAATCTTGTGGTTTCACAATTTTGAAATGAATGTAACAGATTTATATTATGTGTACAGATAAT
* * **
5510 TAATTAAGTAAAAATCAGTAAATTGAAAAAGGTGCAAAAATAGATTTCTATTAGCTAAAGACGTC
390 TAATTAAGTAAAAATCACTAAATTGAAAAAGGTGCAAAAATAGATTTCTATTAGGTAAAGGGGTC
5575 AATTTATTATGGATTATCAAACTAATGGACTTAAATGGTAAATGCACCAAATGAACTTTGAGTGG
455 AATTTATTATGGATTATCAAACTAATGGACTTAAATGGTAAATGCACCAAATGAACTTTGAGTGG
5640 ATGGTTTTGGGTGATTAAATGCATGAAATTTGATTTTTTAAGGGAAAAATTGTAAATTTGTAATT
520 ATGGTTTTGGGTGATTAAATGCATGAAATTTGATTTTTTAAGGGAAAAATTGTAAATTTGTAATT
5705 AAATGGAAATTAAAACAAACTAAAAGACAAAAATGTTATC
585 AAATGGAAATTAAAACAAACTAAAAGACAAAAATGTTATC
5745 ATCTCCTCTAATTTGCTATTTTGCAAACCGAATAACAGAGAGGAAGAAGCTTCCGGTCATGGAGT
1 ATCTCCTCTAATTTGCTATTTTGCAAACCGAATAACAGAGAGGAAGAAGCTTCCGGTCATGGAGT
5810 TTTTACATGCATGATCAAGAAACGAACCAAACGGATCTAAACCGAGGAAAAGCTAATGTGTGAGA
66 TTTTACATGCATGATCAAGAAACGAACCAAACGGATCTAAACCGAGGAAAAGCTAATGTGTGAGA
*
5875 TTAGTCAGCTGCTTAATTTTTACAACTATATTTGTCGAGGTAAGTTTGTAGTATATAATATATAT
131 TTAGTCAGCTGCTTCATTTTTACAACTATATTTGTCGAGGTAAGTTTGTAGTATATAATATATAT
* * *
5940 CTTTGTTTCCTTATGATTATGTATATCAATTGTTAGTTAAATTATAATTAAAGTGAAAATTTCAT
196 GTTTGTTTCCTTATGATTATGTATATCAATTGTTAGTTAAATTATAATTAATGTGAAAATTTCAA
* *
6005 TGTTTGGTTGTAAATTATTAAATGTTGGAATTAAGTACAAATGGAAAATGAATATTTGGTCGTTG
261 TGTTTGCTTGTAAATTATTAAATGTTGGAATTAAGTACAAATGGAAAATGAATATTTGGTCGTGG
* *
6070 CAAATCTTGTGGTTTCACAATTTTGAAAGGGATGTAACAGATTTATATTATGTGTACAGATAATT
326 CAAATCTTGTGGTTTCACAATTTTGAAATGAATGTAACAGATTTATATTATGTGTACAGATAATT
*
6135 AATTAAATAAAAATCACTAAATTGAAAAAGGTGCAAAAATAGATTTCTATTAGGTAAAGGGGTCA
391 AATTAAGTAAAAATCACTAAATTGAAAAAGGTGCAAAAATAGATTTCTATTAGGTAAAGGGGTCA
*
6200 ATTTATTATGGATTATCAAACTAATGGACTTAAATGGTGAATGCACCAAATGAACTTTGAGTGGA
456 ATTTATTATGGATTATCAAACTAATGGACTTAAATGGTAAATGCACCAAATGAACTTTGAGTGGA
6265 TGGTTTTGGGTGATTAAATGCATGAAATTTGATTTTTTAAGGGAAAAATTGTAAATTTGTAATTA
521 TGGTTTTGGGTGATTAAATGCATGAAATTTGATTTTTTAAGGGAAAAATTGTAAATTTGTAATTA
*
6330 AATGGAAATTAAAACAAACTAAAAGACAAAAATGTTGTC
586 AATGGAAATTAAAACAAACTAAAAGACAAAAATGTTATC
6369 ATCTCCTCTAATTTGCTATTTTGCAAACCGAATAACAGAGAGGAAGAAGCTTCCGGTCATGGAGT
1 ATCTCCTCTAATTTGCTATTTTGCAAACCGAATAACAGAGAGGAAGAAGCTTCCGGTCATGGAGT
6434 TTTTACATGCATGATCAAGAAACGAACCAAACGGATCTAAACCGAGGAAAAGCTAA--TGTGAGA
66 TTTTACATGCATGATCAAGAAACGAACCAAACGGATCTAAACCGAGGAAAAGCTAATGTGTGAGA
*
6497 TTAGTCAGCTGCTTAATTTTTACAACTATATTTGTCGAGGTAAGTTTGTAGTATATAATATATAT
131 TTAGTCAGCTGCTTCATTTTTACAACTATATTTGTCGAGGTAAGTTTGTAGTATATAATATATAT
* * *
6562 CTTTGTTTCCTTATGATTATGTATATCAATTGTTAGTTAAATTATAATTAAAGTGAAAATTTCAT
196 GTTTGTTTCCTTATGATTATGTATATCAATTGTTAGTTAAATTATAATTAATGTGAAAATTTCAA
* *
6627 TGTTTGGTTGTAAATTATTAAATGTTGGAATTAAGTACAAATGGAAAATGAATATTTGGTCGTTG
261 TGTTTGCTTGTAAATTATTAAATGTTGGAATTAAGTACAAATGGAAAATGAATATTTGGTCGTGG
* *
6692 CAAATCTTGTGGTTTCACAATTTTGAAAGGGATGTAACAGATTTATATTATGTGTACAGATAATT
326 CAAATCTTGTGGTTTCACAATTTTGAAATGAATGTAACAGATTTATATTATGTGTACAGATAATT
*
6757 AATTAAATAAAAATCACTAAATTGAAAAAGGTGCAAAAATAGATTTCTATTAGGTAAAGGGGTCA
391 AATTAAGTAAAAATCACTAAATTGAAAAAGGTGCAAAAATAGATTTCTATTAGGTAAAGGGGTCA
6822 ATTTATTATGGATTATCAAACTAATGGACTTAAATGGTAAATGCACCAAATGAACTTTGAGTGGA
456 ATTTATTATGGATTATCAAACTAATGGACTTAAATGGTAAATGCACCAAATGAACTTTGAGTGGA
6887 TGGTTTTGGGTGATTAAATGCATGAAATTTGATTTTTTAAGGGAAAAATTGTAAATTTGTAATTA
521 TGGTTTTGGGTGATTAAATGCATGAAATTTGATTTTTTAAGGGAAAAATTGTAAATTTGTAATTA
6952 AATGGAAATTAAAACAAACTAAAAGACAAAAATGTTATC
586 AATGGAAATTAAAACAAACTAAAAGACAAAAATGTTATC
* *
6991 ATCTCCTCTAATTTGCTATTTTGCAAACCGAATAACAGAGAGGAAGAAGCTTTCGGTCATGTAGT
1 ATCTCCTCTAATTTGCTATTTTGCAAACCGAATAACAGAGAGGAAGAAGCTTCCGGTCATGGAGT
* * * *
7056 TTTTACATGCATGATCCAGAAATGAACCAAACGGATCGAAACCGAGGAAAAGCTAATGTGTCAGA
66 TTTTACATGCATGATCAAGAAACGAACCAAACGGATCTAAACCGAGGAAAAGCTAATGTGTGAGA
* * * * * *
7121 TTAGTCGGCTGCTTGAGTTTTAGAACTATATTTGTCGAGGAAAGTTTGTAGTATATAATATATAC
131 TTAGTCAGCTGCTTCATTTTTACAACTATATTTGTCGAGGTAAGTTTGTAGTATATAATATATAT
* * ** * *
7186 GTTTGATTCCTTTTGATTATGTATATCAAGAGTTAGTTAAATTATAATTAATGTGAAATTTTCAT
196 GTTTGTTTCCTTATGATTATGTATATCAATTGTTAGTTAAATTATAATTAATGTGAAAATTTCAA
*
7251 TGTTTGCTTGTAAATTATTAAATGTTGGAAGTAAGTACAAATGGAAAATGAATATTTGGTCGTGG
261 TGTTTGCTTGTAAATTATTAAATGTTGGAATTAAGTACAAATGGAAAATGAATATTTGGTCGTGG
* * * *
7316 TAACTCTTGTGGATTCACAATTTTGAAATGAATGTAACAGATTTATATTATGTGTACAAATAATT
326 CAAATCTTGTGGTTTCACAATTTTGAAATGAATGTAACAGATTTATATTATGTGTACAGATAATT
* * *
7381 AATTAAGTAAAAATCAGTAAATTGAAAAAGCG-GCCAAAATAGATTTCTATTAGGTAAAGGGGCC
391 AATTAAGTAAAAATCACTAAATTGAAAAAG-GTGCAAAAATAGATTTCTATTAGGTAAAGGGGTC
*
7445 AATTTATTATGGATTATCAAACTAAT-GAATTAAATGGTAAATGCACCAAATGAACTTTGAGTGG
455 AATTTATTATGGATTATCAAACTAATGGACTTAAATGGTAAATGCACCAAATGAACTTTGAGTGG
*
7509 ATGGTTTTGGGTAATTAAATGCATGAAATTTGATTTTTTAAGGGAAAAATTGTAAATTTGTAATT
520 ATGGTTTTGGGTGATTAAATGCATGAAATTTGATTTTTTAAGGGAAAAATTGTAAATTTGTAATT
*
7574 AAATGGAAATTAAAACAAACTAAAAGACAAAACTGTTATC
585 AAATGGAAATTAAAACAAACTAAAAGACAAAAATGTTATC
* *
7614 ATCTTCTCTAATTTGCTATTTTGCAAACCGAATAACAGAGAGGAAGAAGCTTCCGCTCATGGAGT
1 ATCTCCTCTAATTTGCTATTTTGCAAACCGAATAACAGAGAGGAAGAAGCTTCCGGTCATGGAGT
* * * *
7679 TTTTACATTCATGATCAAGAAACGAACCAAACGAATCTAAACTGAGGAAAAGCTAATGTGTCAGA
66 TTTTACATGCATGATCAAGAAACGAACCAAACGGATCTAAACCGAGGAAAAGCTAATGTGTGAGA
* *
7744 TTAGTCGGCTGCTTCATTTTTACAACTATATTTGTCGAGGTAAGTTTGTAGTATAAAATATATAT
131 TTAGTCAGCTGCTTCATTTTTACAACTATATTTGTCGAGGTAAGTTTGTAGTATATAATATATAT
*
7809 GTTTGTTTCCTTATGATTATGTATATCAATTTTTAGTTAAATTATAATTAATGTGAAAATTTCAA
196 GTTTGTTTCCTTATGATTATGTATATCAATTGTTAGTTAAATTATAATTAATGTGAAAATTTCAA
7874 TGTTTGCTTGTAAATTATTAAATGTTGGAATTAAGTACAAATGGAAAATGAATATTTGGTCGTGG
261 TGTTTGCTTGTAAATTATTAAATGTTGGAATTAAGTACAAATGGAAAATGAATATTTGGTCGTGG
7939 CAAATCTTGTGGTTTCACAATTTTGAAATGAATGTAACAGATTTATATTATGTGTAC-GAATAAT
326 CAAATCTTGTGGTTTCACAATTTTGAAATGAATGTAACAGATTTATATTATGTGTACAG-ATAAT
*
8003 TAATTAAGTAAAAATCAGTAAATTGAAAAAGGTGCAAAAATAGATTTCTATTAGGTAAAGGGGTC
390 TAATTAAGTAAAAATCACTAAATTGAAAAAGGTGCAAAAATAGATTTCTATTAGGTAAAGGGGTC
8068 AATTTATTATGGATTATCAAACTAATGGACTTAAATGGTAAATGCACCAAATGAACTTTGAGTGG
455 AATTTATTATGGATTATCAAACTAATGGACTTAAATGGTAAATGCACCAAATGAACTTTGAGTGG
* *
8133 ATGGTTTTGGGTGATTAAAAGCATGAAATTTGATTTTTGAAGGGAAAAATTGTAAATTTGTAATT
520 ATGGTTTTGGGTGATTAAATGCATGAAATTTGATTTTTTAAGGGAAAAATTGTAAATTTGTAATT
* *
8198 AGATGGAAATTAAAACAAATTAAAAGACAAAAATGTTATC
585 AAATGGAAATTAAAACAAACTAAAAGACAAAAATGTTATC
*
8238 ATCTCATCTAATTTGCTATTTTGCAAACCGAATAACAGAGAGGAAGAAGCTTCCGGTCATGGAGT
1 ATCTCCTCTAATTTGCTATTTTGCAAACCGAATAACAGAGAGGAAGAAGCTTCCGGTCATGGAGT
* *
8303 TTTTACATGCATGATCAAGAAACGAACCAAACAGATCTAAACCGAGGAAAAGCTAATGTTTGAGA
66 TTTTACATGCATGATCAAGAAACGAACCAAACGGATCTAAACCGAGGAAAAGCTAATGTGTGAGA
*
8368 TTAGTCAGCTGCTTCATTTTTACAACTATATTTGTCGAGGTAAGTTTGTAGTATAAAATATATAT
131 TTAGTCAGCTGCTTCATTTTTACAACTATATTTGTCGAGGTAAGTTTGTAGTATATAATATATAT
*
8433 GTTTGTTTCCTTATGATTATGTATATCAATTGTTAGTTAACTTATAATTAATGTGAAAATTTCAA
196 GTTTGTTTCCTTATGATTATGTATATCAATTGTTAGTTAAATTATAATTAATGTGAAAATTTCAA
*
8498 TGTTTGCTTGTAAATTATTAAATGTTGGAATTAAGTACAAATGGAAAATGAATATTTGGTCCTGG
261 TGTTTGCTTGTAAATTATTAAATGTTGGAATTAAGTACAAATGGAAAATGAATATTTGGTCGTGG
* *
8563 CAAATCTTGTGGTTTCACAATTTTGAAATGACTGTAACAGATTAATATTATGTGTACAGATAATT
326 CAAATCTTGTGGTTTCACAATTTTGAAATGAATGTAACAGATTTATATTATGTGTACAGATAATT
8628 AATTAAGTAAAAATCACTAAATTGAAAAAGGTGCAAAAATAGATTTCTATTAGGTAAAGGGGTCA
391 AATTAAGTAAAAATCACTAAATTGAAAAAGGTGCAAAAATAGATTTCTATTAGGTAAAGGGGTCA
*
8693 ATTTATTATGGATTATCAAACTAATGGACTTAAATGGTAAATGCACCAAATGAACTTTGAGGGGA
456 ATTTATTATGGATTATCAAACTAATGGACTTAAATGGTAAATGCACCAAATGAACTTTGAGTGGA
8758 TGGTTTTGGGTGATTAAATGCATGAAATTTGATTTTTTAAGGGAAAAATTGTAAATTTGTAATTA
521 TGGTTTTGGGTGATTAAATGCATGAAATTTGATTTTTTAAGGGAAAAATTGTAAATTTGTAATTA
8823 AATGGAAATTAAAACAAACTAAAAGACAAAAATGTTATC
586 AATGGAAATTAAAACAAACTAAAAGACAAAAATGTTATC
8862 ATCTCCTCTAATTTGCTATTTTGCAAACCGAATAACAGAGAGGAAGAAGCTTCCGGTCATGGAGT
1 ATCTCCTCTAATTTGCTATTTTGCAAACCGAATAACAGAGAGGAAGAAGCTTCCGGTCATGGAGT
8927 TTTTACATGCATGATCAAGAAACGAACCAAACGGATCTAAACCGAGGAAAAGCTAATGTGTGAGA
66 TTTTACATGCATGATCAAGAAACGAACCAAACGGATCTAAACCGAGGAAAAGCTAATGTGTGAGA
8992 TTAGTCAGCTGCTTCATTTTTACAACTATATTTGTCGAGGTAAGTTTGTAGTATATAATATATAT
131 TTAGTCAGCTGCTTCATTTTTACAACTATATTTGTCGAGGTAAGTTTGTAGTATATAATATATAT
*
9057 GTTTGTTTCCTTATGATTATGTATATCAATTGTTAGTTAAATTATAATTAATGTGAAAATTTCAT
196 GTTTGTTTCCTTATGATTATGTATATCAATTGTTAGTTAAATTATAATTAATGTGAAAATTTCAA
* *
9122 TGTTTGGTTGTAAATTATTAAATGTTGGAATTAAGTACAAATGGAAAATGAATATTTGGTCCTGG
261 TGTTTGCTTGTAAATTATTAAATGTTGGAATTAAGTACAAATGGAAAATGAATATTTGGTCGTGG
* **
9187 CAAATCTTGTGGTTTCACAATTTTGAAATGACTGTAACAGA-TTA-ATTATACGTACAGATAATT
326 CAAATCTTGTGGTTTCACAATTTTGAAATGAATGTAACAGATTTATATTATGTGTACAGATAATT
9250 AATTAAGTAAAAATCACTAAATTGAAAAAGGTGCAAAAATAGATTTCTATTAGGTAAAGGGGTCA
391 AATTAAGTAAAAATCACTAAATTGAAAAAGGTGCAAAAATAGATTTCTATTAGGTAAAGGGGTCA
*
9315 ATTTATTATGGATTATCAAACTAATGGACTTAAATGGTAAATGCACCAAATGAACTTTGAGGGGA
456 ATTTATTATGGATTATCAAACTAATGGACTTAAATGGTAAATGCACCAAATGAACTTTGAGTGGA
9380 TGGTTTTGGGTGATTAAATGCATGAAATTTGA-TTTTTAAGGGAAAAATTGTAAATTTGTAATTA
521 TGGTTTTGGGTGATTAAATGCATGAAATTTGATTTTTTAAGGGAAAAATTGTAAATTTGTAATTA
9444 AATGGAAATTAAAACAAACTAAAAGACAAAAATGTTATC
586 AATGGAAATTAAAACAAACTAAAAGACAAAAATGTTATC
9483 ATCTCCTCTAATTTGCTATTTTGCAAACCGAATAACAGAGAGGAAGAAGCTTCCGGTCATGGAGT
1 ATCTCCTCTAATTTGCTATTTTGCAAACCGAATAACAGAGAGGAAGAAGCTTCCGGTCATGGAGT
* * * *
9548 TTTTACATGCATGATCCAGAAATGAACCAAACGGATCGAAACCGAGGAAAAGCTAATGTGTCAGA
66 TTTTACATGCATGATCAAGAAACGAACCAAACGGATCTAAACCGAGGAAAAGCTAATGTGTGAGA
* * * * * *
9613 TTAGTCGGCTGCTTGAGTTTTAGAACTATATTTGTCGAGGAAAGTTTGTAGTATATAATATATAC
131 TTAGTCAGCTGCTTCATTTTTACAACTATATTTGTCGAGGTAAGTTTGTAGTATATAATATATAT
* * ** * *
9678 GTTTGATTCCTTTTGATTATGTATATCAAGAGTTAGTTAAATTATAATTAATGTGAAATTTTCAT
196 GTTTGTTTCCTTATGATTATGTATATCAATTGTTAGTTAAATTATAATTAATGTGAAAATTTCAA
* *
9743 TGTTTGCTTGTAAATTGTTAAATGTTGGAAGTAAGTACAAATGGAAAATGAATATTTGGTCGTGG
261 TGTTTGCTTGTAAATTATTAAATGTTGGAATTAAGTACAAATGGAAAATGAATATTTGGTCGTGG
* * * *
9808 TAACTCTTGTGGATTCACAATTTTGAAATGAATGTAACAGATTTATATTATGTGTACAAATAATT
326 CAAATCTTGTGGTTTCACAATTTTGAAATGAATGTAACAGATTTATATTATGTGTACAGATAATT
* *
9873 AATTAAGTAAAAATCACTAAATTGAAAAAGGCGC-AAAATAGATTTCTATTAGGTAAAGGGGCCA
391 AATTAAGTAAAAATCACTAAATTGAAAAAGGTGCAAAAATAGATTTCTATTAGGTAAAGGGGTCA
9937 ATTTATTATGGATTATCAAACTAATGGACTTAAATGGTAAATGCACCAAATGAACTTTGAGTGGA
456 ATTTATTATGGATTATCAAACTAATGGACTTAAATGGTAAATGCACCAAATGAACTTTGAGTGGA
*
10002 TGGTTTTGGGTAATTAAATGCATGAAATTTGATTTTTTAAGGGAAAAATTGTAAATTTGTAATTA
521 TGGTTTTGGGTGATTAAATGCATGAAATTTGATTTTTTAAGGGAAAAATTGTAAATTTGTAATTA
*
10067 AATGGAAATTAAAACAAACTAAAAGACAAAACTGTTATC
586 AATGGAAATTAAAACAAACTAAAAGACAAAAATGTTATC
*
10106 ATCTTCTCTAATTTGCTATTTTGCAAACCGAATAACAGAGAGGAAGAAGCTTCCGGTCATGGAGT
1 ATCTCCTCTAATTTGCTATTTTGCAAACCGAATAACAGAGAGGAAGAAGCTTCCGGTCATGGAGT
* * * *
10171 TTTTACATTCATGATCAAGAAACGAACCAAACGAATCTAAACTGAGGAAAAGCTAATGTGTCAGA
66 TTTTACATGCATGATCAAGAAACGAACCAAACGGATCTAAACCGAGGAAAAGCTAATGTGTGAGA
* *
10236 TTAGTCGGCTGCTTCATTTTTACAACTATATTTGTCGAGGTAAGTTTGTAGTATAAAATATATAT
131 TTAGTCAGCTGCTTCATTTTTACAACTATATTTGTCGAGGTAAGTTTGTAGTATATAATATATAT
10301 GTTTGTTTCCTTATGATTATGTATATCAATTGTTAGTTAAATTATAATTAATGTGAAAATTTCAA
196 GTTTGTTTCCTTATGATTATGTATATCAATTGTTAGTTAAATTATAATTAATGTGAAAATTTCAA
10366 TGTTTGCTTGTAAATTATTAAATGTTGGAATTAAGTACAAATGGAAAATGAATATTTGGTCGTGG
261 TGTTTGCTTGTAAATTATTAAATGTTGGAATTAAGTACAAATGGAAAATGAATATTTGGTCGTGG
10431 CAAATCTTGTGGTTTCACAATTTTGAAATGAATGTAACAGA-TTATA-TA-GTGTACA-ATATAT
326 CAAATCTTGTGGTTTCACAATTTTGAAATGAATGTAACAGATTTATATTATGTGTACAGATA-AT
*
10492 TAATTAAGTAAAAATCACTAAAATGGAAAAAGGTGCAAAAATAGATTTCTATTAGGT---GGGGT
390 TAATTAAGTAAAAATCACT-AAATTGAAAAAGGTGCAAAAATAGATTTCTATTAGGTAAAGGGGT
10554 CAA--T-TTATGGATTATCAAACTAATGGACTTAAATGGTAAATGCACC-AA-GAAC-TTGAGTG
454 CAATTTATTATGGATTATCAAACTAATGGACTTAAATGGTAAATGCACCAAATGAACTTTGAGTG
* * *
10613 GATGCTTTTGGGTGATTAAAAGCATGAAATTTGA-TTTTGAAGGGAAAAA-TGTAAA-TTGTAAT
519 GATGGTTTTGGGTGATTAAATGCATGAAATTTGATTTTTTAAGGGAAAAATTGTAAATTTGTAAT
* *
10675 TAGATGGAAA-TAAAACAAATTAAAAGACAAAAAATGTTATC
584 TAAATGGAAATTAAAACAAACTAAAAGAC-AAAAATGTTATC
* *
10716 ATCTCATCTAATTTTCTATTTTGCAAACCGAATAACAGAGAGGAAGAAGCTTCCGGTCATGGAGT
1 ATCTCCTCTAATTTGCTATTTTGCAAACCGAATAACAGAGAGGAAGAAGCTTCCGGTCATGGAGT
* * *
10781 TTTTACATGCATGATAAAGAAACGAACCAAACAGATCTAAACCGAGGAAAAGCTAATGTTTGAGA
66 TTTTACATGCATGATCAAGAAACGAACCAAACGGATCTAAACCGAGGAAAAGCTAATGTGTGAGA
10846 TTAGTCAGCTGCTTCATTTTTACAACTATATTTGTCGAGGTAAGTTTGTAGTATA-AA-ATATAT
131 TTAGTCAGCTGCTTCATTTTTACAACTATATTTGTCGAGGTAAGTTTGTAGTATATAATATATAT
*
10909 -TTTGTTT-CTTATGATTATGTATATCAA---TTAGTT-AACTATAA--AATGTGAAAATTTCAA
196 GTTTGTTTCCTTATGATTATGTATATCAATTGTTAGTTAAATTATAATTAATGTGAAAATTTCAA
* *
10966 TGTTTGCTTGTAAATTCTTAAATGTTGGAATTAAGTACAAATGGAAAATGAATATTTGGTCCTGG
261 TGTTTGCTTGTAAATTATTAAATGTTGGAATTAAGTACAAATGGAAAATGAATATTTGGTCGTGG
*
11031 CAAATCTTGTGGTTTCACAATTTTGAAATGACTGTAA
326 CAAATCTTGTGGTTTCACAATTTTGAAATGAATGTAA
Statistics
Matches: 5096, Mismatches: 212, Indels: 54
0.95 0.04 0.01
Matches are distributed among these distances:
600 115 0.02
602 7 0.00
603 6 0.00
606 20 0.00
607 7 0.00
608 6 0.00
609 19 0.00
610 201 0.04
611 6 0.00
612 14 0.00
613 38 0.01
614 4 0.00
615 2 0.00
616 42 0.01
617 1 0.00
619 10 0.00
620 28 0.01
621 430 0.08
622 947 0.19
623 1050 0.21
624 2140 0.42
625 3 0.00
ACGTcount: A:0.37, C:0.10, G:0.18, T:0.34
Consensus pattern (624 bp):
ATCTCCTCTAATTTGCTATTTTGCAAACCGAATAACAGAGAGGAAGAAGCTTCCGGTCATGGAGT
TTTTACATGCATGATCAAGAAACGAACCAAACGGATCTAAACCGAGGAAAAGCTAATGTGTGAGA
TTAGTCAGCTGCTTCATTTTTACAACTATATTTGTCGAGGTAAGTTTGTAGTATATAATATATAT
GTTTGTTTCCTTATGATTATGTATATCAATTGTTAGTTAAATTATAATTAATGTGAAAATTTCAA
TGTTTGCTTGTAAATTATTAAATGTTGGAATTAAGTACAAATGGAAAATGAATATTTGGTCGTGG
CAAATCTTGTGGTTTCACAATTTTGAAATGAATGTAACAGATTTATATTATGTGTACAGATAATT
AATTAAGTAAAAATCACTAAATTGAAAAAGGTGCAAAAATAGATTTCTATTAGGTAAAGGGGTCA
ATTTATTATGGATTATCAAACTAATGGACTTAAATGGTAAATGCACCAAATGAACTTTGAGTGGA
TGGTTTTGGGTGATTAAATGCATGAAATTTGATTTTTTAAGGGAAAAATTGTAAATTTGTAATTA
AATGGAAATTAAAACAAACTAAAAGACAAAAATGTTATC
Done.