genome.fa.s228.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold109
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  651366

Tables:   1   2   3   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2818--3084	62	4.3	61	77	8	225	39	8	20	31	1.82
2986--3106	63	1.9	63	83	3	154	42	8	20	28	1.81
8309--8414	37	2.9	37	88	4	146	28	31	16	24	1.96
8560--8744	48	3.8	48	89	4	264	31	25	5	36	1.80
8560--8743	98	1.9	98	88	4	284	30	26	5	36	1.80
8666--8907	47	5.1	47	86	2	281	26	28	10	34	1.90
8807--8878	22	3.1	22	64	24	58	23	29	13	33	1.93
8829--8908	25	3.3	25	66	16	69	30	27	8	33	1.87
12806--12857	25	2.0	26	82	10	63	28	32	7	30	1.85
13018--13489	40	12.0	40	90	4	692	25	29	22	23	1.99
14767--14875	37	2.9	37	95	0	191	26	31	19	22	1.98
15020--15201	99	1.9	95	89	6	285	30	26	6	36	1.82
15026--15201	47	3.6	48	85	6	248	30	26	6	36	1.82
15036--15333	95	3.1	93	81	9	284	27	27	10	34	1.89
15174--15366	47	4.1	47	87	0	269	25	29	11	33	1.91
15268--15339	22	3.1	22	66	24	58	25	29	12	33	1.92
19643--19814	93	1.8	93	95	2	310	28	29	20	20	1.98
19636--19811	46	3.8	46	79	14	209	29	29	20	20	1.98
43652--43774	28	4.4	28	87	2	167	34	26	11	27	1.91
47576--47794	46	4.7	46	76	10	203	27	20	29	22	1.98
51707--51749	22	2.0	22	100	0	86	41	18	18	20	1.90
54723--54972	46	5.4	46	79	7	220	28	18	28	25	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
54723--54991	92	2.9	94	79	6	280	27	17	28	25	1.97
57583--57639	29	2.0	29	96	0	105	43	7	8	40	1.63
60867--60924	30	1.9	30	89	0	89	34	13	24	27	1.93
61261--61481	50	4.7	47	77	12	174	28	17	29	25	1.97
61259--61528	46	5.7	50	73	19	190	28	17	28	25	1.97
61401--61528	49	2.6	50	83	6	163	28	18	28	24	1.98
68489--68602	39	2.9	39	90	0	174	26	27	22	23	2.00
76052--76154	41	2.5	41	82	3	125	19	16	32	32	1.94
76052--76167	43	2.8	42	81	2	117	21	15	32	30	1.94
79942--79982	15	2.7	16	85	11	59	9	14	17	58	1.62
79942--79990	15	3.3	15	77	11	55	10	12	18	59	1.60
89044--89228	40	4.7	40	82	7	209	23	21	28	26	1.99
89044--89226	79	2.3	81	84	7	232	23	21	28	26	1.99
89045--89261	79	2.7	77	80	11	199	24	20	28	25	1.99
94597--94821	40	5.7	40	81	6	224	24	28	21	25	1.99
94564--94821	40	6.5	38	78	9	200	24	27	21	26	1.99
94753--94830	40	1.9	41	82	10	97	26	28	20	24	1.99
102506--102762	40	6.5	39	79	8	227	24	28	21	26	1.99
102694--102771	40	1.9	41	82	10	97	26	28	20	24	1.99
107688--107769	43	1.9	43	82	2	103	24	14	30	30	1.95
107749--107848	51	2.0	51	87	0	146	24	16	28	32	1.96
108085--108116	6	5.3	6	96	0	55	37	0	15	46	1.46
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
113846--114270	48	8.9	48	97	0	787	33	5	29	31	1.81
114411--114513	37	2.8	37	95	0	179	23	21	32	23	1.98
119192--119450	47	5.5	44	75	11	207	28	21	27	22	1.99
119192--119410	94	2.3	94	83	6	284	28	21	26	22	1.99
119192--119450	94	2.8	93	79	9	278	28	21	27	22	1.99
119192--119507	141	2.2	141	79	7	311	29	21	27	21	1.99
123302--123430	46	2.8	46	92	0	213	30	27	20	20	1.98
123943--123989	23	2.0	23	100	0	94	31	17	0	51	1.46
124278--124366	19	4.8	19	71	18	80	30	13	12	43	1.81
124253--124381	54	2.4	54	94	0	222	31	10	15	41	1.82
132495--132596	50	2.0	50	90	0	159	27	9	25	37	1.87
133395--133696	55	5.6	54	80	8	328	23	22	17	36	1.95
133395--133688	108	2.7	108	92	0	462	23	22	18	35	1.95
137899--137984	33	2.6	33	92	3	138	22	23	27	26	1.99
137899--137999	33	3.1	33	84	8	134	20	21	25	31	1.98
144646--144847	40	5.1	40	75	10	175	26	27	21	24	1.99
155075--155160	33	2.6	33	85	3	102	22	20	26	30	1.98
155101--155175	33	2.3	32	84	11	98	22	20	24	33	1.97
156404--156530	53	2.4	54	86	2	184	35	11	13	40	1.80
157781--157831	19	2.6	21	78	15	63	47	17	21	13	1.82
159951--159975	13	1.9	13	100	0	50	48	20	0	32	1.50
160228--160259	14	2.3	14	100	0	64	50	6	12	31	1.65
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
167761--167812	26	2.0	26	92	0	86	26	34	23	15	1.94
167521--167890	103	3.6	103	91	2	573	30	29	19	20	1.97
168627--168718	27	3.4	27	83	0	121	26	13	19	41	1.88
176362--176419	27	2.1	27	87	6	82	39	18	10	31	1.85
181700--181740	11	3.9	10	90	3	55	12	0	2	85	0.70
182492--182531	21	1.9	20	85	10	53	22	22	20	35	1.96
183100--183155	27	2.1	26	87	9	78	39	16	8	35	1.80
183113--183170	27	2.1	27	81	6	64	41	17	10	31	1.83
184763--184810	19	2.5	20	74	16	55	58	0	8	33	1.28
184989--185094	47	2.3	47	91	0	167	16	18	21	42	1.89
186153--186386	98	2.4	98	91	1	362	34	24	19	20	1.96
186390--186447	28	2.1	28	100	0	116	32	32	17	17	1.93
186771--186919	27	5.5	27	83	3	156	24	20	18	36	1.94
186772--186919	54	2.7	54	87	0	215	25	20	17	37	1.94
187839--187943	27	3.9	27	84	9	124	37	20	23	18	1.94
187836--187943	54	2.0	54	85	3	146	37	20	24	17	1.93
194772--195067	27	11.0	27	86	4	382	25	20	17	36	1.94
195049--195230	27	6.8	27	81	6	210	32	12	17	37	1.87
194971--195230	54	4.9	54	77	8	228	30	15	17	37	1.91
195053--195230	53	3.3	53	80	7	225	32	11	17	38	1.86
194971--195254	27	10.6	27	79	10	178	29	14	17	38	1.90
196157--196224	18	3.7	18	76	9	66	36	8	10	44	1.70
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
201248--201285	18	2.1	18	100	0	76	52	5	15	26	1.64
209736--209789	27	2.0	27	85	7	74	29	22	14	33	1.94
209958--210023	26	2.5	26	100	0	132	12	19	27	40	1.87
211432--211457	12	2.2	12	100	0	52	34	30	19	15	1.93
215568--215789	40	5.5	40	87	4	279	25	25	23	24	2.00
215568--215789	80	2.8	80	86	5	313	25	25	23	24	2.00
223679--223901	40	5.6	40	82	7	238	26	25	23	24	2.00
228637--228812	46	3.8	46	75	10	178	21	18	29	31	1.96
228633--228805	93	1.9	93	91	2	285	21	18	30	30	1.97
237763--237812	26	1.9	26	95	0	91	12	24	34	30	1.91
237684--237948	103	2.6	103	89	3	408	20	20	29	29	1.97
245166--245431	103	2.6	104	90	3	419	19	20	29	29	1.97
248558--248631	34	2.2	34	85	4	96	25	20	24	29	1.99
259715--259744	12	2.5	12	94	0	51	46	0	6	46	1.29
260317--260645	94	3.5	94	95	0	597	30	11	19	38	1.88
267885--268230	94	3.7	94	94	0	604	30	11	18	38	1.87
271040--271197	68	2.3	68	95	0	280	32	13	30	23	1.94
271074--271271	68	2.9	67	83	8	174	33	15	29	21	1.94
271441--272797	677	2.0	677	99	0	2705	39	8	17	34	1.81
279259--279430	68	2.5	68	89	5	235	33	13	28	25	1.93
279285--279430	68	2.1	68	96	0	265	30	13	30	26	1.93
285107--285180	34	2.2	34	83	9	89	27	20	22	29	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
285115--285188	34	2.2	33	79	11	78	28	18	21	31	1.97
296274--296456	46	4.0	46	87	2	253	26	30	9	34	1.88
296430--296562	47	2.8	47	83	2	169	26	28	11	33	1.91
298082--298262	40	4.6	39	77	8	163	25	22	27	24	2.00
298136--298262	39	3.3	39	83	5	159	25	20	28	25	1.99
305922--306102	40	4.7	38	82	10	206	24	22	28	24	1.99
305922--306102	78	2.3	79	83	8	219	24	22	28	24	1.99
307499--307576	25	3.2	25	64	29	69	29	29	10	30	1.90
307468--307715	47	5.3	47	95	1	403	26	28	10	34	1.90
307524--307642	22	5.1	22	62	28	59	24	29	13	32	1.93

Tables:   1   2   3