genome.fa.s23.2.7.7.80.10.50.1000.25.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_D10
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  65706892

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8310300--8310374	25	3.0	25	88	0	123	4	22	24	49	1.67
8312509--8312574	18	3.7	18	95	0	114	33	15	12	39	1.84
8319242--8319269	5	5.6	5	100	0	56	82	0	0	17	0.68
8319546--8319576	13	2.4	13	94	0	53	48	6	0	45	1.28
8321767--8321810	20	2.2	20	92	4	72	31	0	2	65	1.05
8324013--8324326	110	2.9	109	87	7	482	30	17	18	34	1.94
8324514--8324558	22	2.0	22	83	8	56	46	6	6	40	1.56
8333326--8333355	14	2.1	15	93	6	53	66	10	0	23	1.21
8333481--8333522	17	2.6	16	88	7	66	76	0	7	16	1.00
8340295--8340346	19	2.7	20	73	8	54	46	7	13	32	1.72
8340402--8340445	21	2.2	21	88	8	65	36	18	4	40	1.71
8343675--8343706	2	16.0	2	100	0	64	50	0	0	50	1.00
8347566--8347602	14	2.6	14	86	4	56	40	2	10	45	1.53
8353001--8353040	21	1.9	21	89	0	62	22	7	25	45	1.78
8356653--8356710	25	2.3	25	90	0	89	24	17	6	51	1.69
8358010--8358085	40	1.9	39	91	2	125	25	28	13	32	1.93
8358572--8358599	5	5.6	5	100	0	56	78	0	0	21	0.75
8358903--8358940	17	2.3	16	86	8	58	36	2	0	60	1.11
8358912--8358949	17	2.2	17	86	9	51	44	7	0	47	1.32
8363084--8363114	13	2.4	13	94	0	53	38	3	12	45	1.59
8366899--8367270	46	8.6	45	82	12	451	34	14	22	28	1.93
8366981--8367135	36	4.0	36	79	15	184	36	14	20	28	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8366935--8367270	82	4.0	81	87	7	460	34	14	22	28	1.94
8366899--8367270	128	2.9	126	77	16	433	34	14	22	28	1.93
8369262--8369338	24	3.2	24	94	0	136	32	0	24	42	1.55
8373068--8373122	13	4.5	13	77	13	71	38	1	12	47	1.52
8385587--8385742	24	6.4	25	72	7	113	17	26	22	33	1.96
8385589--8385770	25	7.4	25	72	4	93	19	26	22	31	1.97
8385598--8385770	50	3.5	49	72	15	142	19	25	22	32	1.97
8388371--8388403	11	3.1	11	86	8	50	54	0	6	39	1.25
8388371--8388418	20	2.3	21	85	3	62	60	0	6	33	1.22
8389644--8389708	24	2.7	24	80	0	76	38	7	13	40	1.74
8391969--8392127	43	3.7	42	74	10	153	23	18	27	30	1.97
8394071--8394195	6	20.8	6	100	0	250	49	16	0	33	1.46
8412922--8413018	27	3.6	28	85	10	114	45	11	22	20	1.83
8412985--8413052	34	2.0	34	85	0	91	44	8	27	19	1.80
8417664--8417898	86	2.7	86	89	0	362	32	12	14	40	1.83
8420462--8420523	30	2.1	30	87	0	88	35	16	14	33	1.89
8426465--8426508	21	2.1	21	100	0	88	38	9	13	38	1.77
8426464--8426519	21	2.8	19	87	10	85	37	8	16	37	1.80
8426477--8426542	23	3.0	23	82	12	77	37	6	16	39	1.74
8426508--8426552	23	2.0	23	86	4	65	33	4	15	46	1.66
8432043--8432409	44	8.4	44	80	5	350	28	16	24	31	1.96
8432038--8432400	132	2.8	132	94	0	636	28	15	25	30	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8432386--8432940	262	2.1	263	90	1	871	32	18	23	25	1.97
8432386--8432939	132	4.2	132	90	1	835	32	18	23	25	1.97
8432781--8433115	176	1.9	176	92	0	562	30	19	22	27	1.98
8432928--8433464	132	4.1	132	93	0	878	31	20	22	25	1.98
8432628--8433247	308	2.0	308	91	0	1008	31	19	23	25	1.98
8432396--8433462	44	24.3	44	65	10	207	31	19	23	25	1.98
8433959--8434056	19	4.8	19	83	13	115	36	7	16	39	1.76
8433960--8434022	21	3.1	21	93	4	103	38	7	14	39	1.75
8434022--8434066	23	2.0	23	86	4	65	33	4	15	46	1.66
8436753--8436795	3	14.3	3	100	0	86	67	0	0	32	0.91
8440108--8440156	9	5.4	9	80	9	55	42	20	8	28	1.80
8440746--8440809	18	3.6	18	83	12	78	62	0	0	37	0.95
8440746--8440868	18	6.7	18	71	15	76	61	0	1	35	1.11
8441070--8441122	10	5.4	10	77	20	58	41	1	1	54	1.22
8441682--8441724	21	2.0	21	82	8	52	44	0	2	53	1.13
8448412--8449045	324	2.0	324	98	0	1214	37	8	18	34	1.82
8449196--8449259	26	2.5	27	82	10	89	14	20	21	43	1.87
8449285--8449333	24	2.0	24	84	0	62	22	30	20	26	1.98
8455711--8455759	21	2.3	22	83	13	59	63	2	2	32	1.17
8456025--8456072	23	2.1	22	88	3	69	39	4	6	50	1.47
8457397--8457565	86	2.0	86	95	0	302	26	27	19	26	1.99
8458184--8458227	6	7.3	6	100	0	88	15	15	0	68	1.22
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8458205--8458326	51	2.4	51	87	4	167	25	19	7	47	1.75
8464994--8465039	22	2.1	22	87	0	65	32	6	28	32	1.83
8469911--8469966	21	2.7	21	88	0	85	26	8	35	28	1.87
8476700--8476807	15	7.2	15	64	12	51	46	7	19	26	1.76
8476693--8476807	30	3.8	30	89	0	167	46	6	20	26	1.75
8481372--8481479	15	7.2	15	69	12	87	43	7	23	25	1.79
8481365--8481479	30	3.8	30	97	0	203	44	6	23	25	1.78
8483260--8483366	35	3.1	35	97	0	196	19	26	19	34	1.96
8487853--8487927	30	2.5	30	80	0	87	32	21	14	32	1.93
8488879--8488918	20	2.0	20	90	0	62	30	10	10	50	1.69
8488864--8488930	34	1.9	35	87	3	100	32	8	11	46	1.72
8489684--8489737	26	2.2	24	83	6	63	25	7	0	66	1.17
8490150--8490195	24	1.9	24	86	0	65	41	4	6	47	1.49
8492762--8492792	16	1.9	16	93	0	53	67	0	0	32	0.91
8494307--8494458	40	3.8	40	87	6	234	23	20	25	30	1.98
8494296--8494463	82	2.0	83	95	1	302	22	19	25	33	1.97
8494560--8494680	40	2.8	44	81	12	162	21	20	23	33	1.97
8494724--8495176	132	3.4	132	89	1	613	27	22	19	30	1.98
8494803--8495108	44	7.0	44	64	10	124	27	23	18	30	1.98
8495173--8495548	100	3.8	100	85	2	524	25	22	21	30	1.99
8495196--8495548	50	7.1	50	66	5	185	24	23	22	29	1.99
8495560--8495827	44	6.2	43	75	6	227	29	27	15	27	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8495560--8495827	132	2.1	129	89	2	401	29	27	15	27	1.96
8497141--8497406	103	2.6	104	90	3	419	19	20	29	29	1.97
8504708--8504757	26	1.9	26	95	0	91	12	24	34	30	1.91
8504629--8504893	103	2.6	103	89	3	408	20	20	29	29	1.97
8507021--8507084	20	3.2	20	80	12	69	6	10	3	79	1.02
8507512--8507562	8	6.8	8	76	13	54	0	1	13	84	0.71
8507514--8507581	7	9.6	7	81	10	68	0	1	14	83	0.71
8507513--8507581	19	3.5	20	76	9	61	0	1	14	84	0.70
8507514--8507580	25	2.6	26	79	6	66	0	1	14	83	0.72
8507513--8507582	29	2.5	29	81	9	74	0	1	15	82	0.73
8508840--8509023	62	3.0	62	92	0	305	35	7	17	40	1.77
8511362--8511392	16	1.9	16	93	0	53	67	0	0	32	0.91
8513134--8513179	14	3.3	14	78	0	56	47	2	0	50	1.13
8513297--8513389	20	4.8	19	71	11	73	32	7	1	59	1.33
8513309--8513389	10	8.4	9	73	17	56	33	4	1	60	1.26
8513297--8513394	40	2.5	38	85	5	115	34	7	1	57	1.33
8516552--8516609	29	2.0	29	100	0	116	27	10	24	37	1.88
8517759--8517799	19	2.2	19	86	8	57	48	0	2	48	1.14
8517858--8517891	17	2.0	17	100	0	68	41	0	0	58	0.98
8518037--8518142	44	2.5	40	77	16	115	34	27	3	33	1.75
8518054--8518144	46	2.0	46	91	4	150	37	27	4	30	1.76
8518125--8518160	16	2.2	16	95	0	63	19	33	5	41	1.75
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8520879--8520932	27	2.0	27	96	0	99	24	0	35	40	1.55
8520902--8520998	21	4.6	21	92	2	158	24	0	34	41	1.55
8520869--8520928	15	4.2	15	72	20	56	23	0	30	46	1.52
8520902--8520998	43	2.3	42	91	3	158	24	0	34	41	1.55
8521043--8521069	8	3.4	8	100	0	54	40	0	0	59	0.98
8523411--8523508	51	1.9	51	87	4	144	47	1	25	25	1.58
8526523--8526552	6	5.0	6	95	0	51	80	0	0	20	0.72
8527445--8528067	313	2.0	309	96	3	1146	29	8	7	54	1.56
8530327--8530368	18	2.3	18	87	0	57	40	11	19	28	1.87
8530329--8530380	24	2.2	24	82	0	59	46	9	17	26	1.79

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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