Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: Scaffold204
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 1000
Length: 28617
ACGTcount: A:0.29, C:0.16, G:0.25, T:0.30
Found at i:9850 original size:27 final size:27
Alignment explanation
Indices: 9816--9990 Score: 203
Period size: 27 Copynumber: 6.6 Consensus size: 27
9806 TAAATTGTAC
*
9816 AGCACTAAGTGTGCGATTTGACTATGT
1 AGCACTAAGTGTGCGAATTGACTATGT
* * *
9843 TGCACTAAGTGTGCGAAATGAATATG-
1 AGCACTAAGTGTGCGAATTGACTATGT
*
9869 ATGCACTAAGTGTGCGAATTGACCATGT
1 A-GCACTAAGTGTGCGAATTGACTATGT
* *
9897 GGCACTAAGTGTGCGAGTTGA-TATGT
1 AGCACTAAGTGTGCGAATTGACTATGT
* *
9923 AGCACTAAGTGTGCG-ATTGATTACGT
1 AGCACTAAGTGTGCGAATTGACTATGT
* * *
9949 AGCACTAAGTGTGCGAGTTGATTATAT
1 AGCACTAAGTGTGCGAATTGACTATGT
*
9976 AGCACTGAGTGTGCG
1 AGCACTAAGTGTGCG
9991 GACTCAATAT
Statistics
Matches: 126, Mismatches: 18, Indels: 8
0.83 0.12 0.05
Matches are distributed among these distances:
25 4 0.03
26 37 0.29
27 85 0.67
ACGTcount: A:0.27, C:0.14, G:0.29, T:0.30
Consensus pattern (27 bp):
AGCACTAAGTGTGCGAATTGACTATGT
Found at i:17745 original size:27 final size:28
Alignment explanation
Indices: 17681--17860 Score: 165
Period size: 27 Copynumber: 6.5 Consensus size: 28
17671 TAAATTGTAC
*
17681 AGCACTAAGTGTGCGATTTGACTATG-T
1 AGCACTAAGTGTGCGATTTGAATATGAT
**
17708 GATGCACTAAGTGTGCGAAATGAATATGAT
1 -A-GCACTAAGTGTGCGATTTGAATATGAT
* ** *
17738 -GCACTAAGTGTGCGAATTGACCATG-C
1 AGCACTAAGTGTGCGATTTGAATATGAT
* *
17764 GGCACTAAGTGTGCGAGTTTGACTATG-T
1 AGCACTAAGTGTGCGA-TTTGAATATGAT
* *
17792 AGCACTAAGTGTGCGATTTGATTACG-T
1 AGCACTAAGTGTGCGATTTGAATATGAT
* *
17819 AGCACTAAGTGTGCGAGTTGATTAT-AT
1 AGCACTAAGTGTGCGATTTGAATATGAT
*
17846 AGCACTGAGTGTGCG
1 AGCACTAAGTGTGCG
17861 GACTCAATAT
Statistics
Matches: 131, Mismatches: 16, Indels: 11
0.83 0.10 0.07
Matches are distributed among these distances:
27 84 0.64
28 24 0.18
29 22 0.17
30 1 0.01
ACGTcount: A:0.27, C:0.15, G:0.28, T:0.29
Consensus pattern (28 bp):
AGCACTAAGTGTGCGATTTGAATATGAT
Found at i:17807 original size:82 final size:83
Alignment explanation
Indices: 17682--17839 Score: 232
Period size: 82 Copynumber: 1.9 Consensus size: 83
17672 AAATTGTACA
*
17682 GCACTAAGTGTGCGATTTGACTATGTGATGCACTAAGTGTGCGAAATGAATATG-ATGCACTAAG
1 GCACTAAGTGTGCGATTTGACTATGTGATGCACTAAGTGTGCGAAATGAATACGTA-GCACTAAG
17746 TGTGCGAATTGACCATGCG
65 TGTGCGAATTGACCATGCG
** *
17765 GCACTAAGTGTGCGAGTTTGACTATGT-A-GCACTAAGTGTGCGATTTGATTACGTAGCACTAAG
1 GCACTAAGTGTGCGA-TTTGACTATGTGATGCACTAAGTGTGCGAAATGAATACGTAGCACTAAG
*
17828 TGTGCGAGTTGA
65 TGTGCGAATTGA
17840 TTATATAGCA
Statistics
Matches: 68, Mismatches: 5, Indels: 5
0.87 0.06 0.06
Matches are distributed among these distances:
82 40 0.59
83 17 0.25
84 11 0.16
ACGTcount: A:0.27, C:0.15, G:0.28, T:0.29
Consensus pattern (83 bp):
GCACTAAGTGTGCGATTTGACTATGTGATGCACTAAGTGTGCGAAATGAATACGTAGCACTAAGT
GTGCGAATTGACCATGCG
Found at i:17824 original size:55 final size:54
Alignment explanation
Indices: 17681--17860 Score: 209
Period size: 55 Copynumber: 3.3 Consensus size: 54
17671 TAAATTGTAC
**
17681 AGCACTAAGTGTGCGATTTGACTATGTGATGCACTAAGTGTGCGAAATGAATATG-
1 AGCACTAAGTGTGCGATTTGACTATGT-A-GCACTAAGTGTGCGAGTTGAATATGT
* * ** *
17736 ATGCACTAAGTGTGCGAATTGACCATGCGGCACTAAGTGTGCGAGTTTGACTATGT
1 A-GCACTAAGTGTGCGATTTGACTATGTAGCACTAAGTGTGCGAG-TTGAATATGT
* * * *
17792 AGCACTAAGTGTGCGATTTGATTACGTAGCACTAAGTGTGCGAGTTGATTATAT
1 AGCACTAAGTGTGCGATTTGACTATGTAGCACTAAGTGTGCGAGTTGAATATGT
*
17846 AGCACTGAGTGTGCG
1 AGCACTAAGTGTGCG
17861 GACTCAATAT
Statistics
Matches: 106, Mismatches: 16, Indels: 7
0.82 0.12 0.05
Matches are distributed among these distances:
54 37 0.35
55 45 0.42
56 24 0.23
ACGTcount: A:0.27, C:0.15, G:0.28, T:0.29
Consensus pattern (54 bp):
AGCACTAAGTGTGCGATTTGACTATGTAGCACTAAGTGTGCGAGTTGAATATGT
Found at i:17851 original size:82 final size:83
Alignment explanation
Indices: 17678--17860 Score: 228
Period size: 82 Copynumber: 2.2 Consensus size: 83
17668 GAGTAAATTG
*
17678 TACAGCACTAAGTGTGCGATTTGACTATGTGATGCACTAAGTGTGCGAAATGAATATGATGCACT
1 TACAGCACTAAGTGTGCGATTTGACTATGTGATGCACTAAGTGTGCGAAATGAATACGATGCACT
17743 AAGTGTGCGAATTGACCA
66 AAGTGTGCGAATTGACCA
* * ** *
17761 TGCGGCACTAAGTGTGCGAGTTTGACTATGT-A-GCACTAAGTGTGCGATTTGATTACG-TAGCA
1 TACAGCACTAAGTGTGCGA-TTTGACTATGTGATGCACTAAGTGTGCGAAATGAATACGAT-GCA
* **
17823 CTAAGTGTGCGAGTTGATTA
64 CTAAGTGTGCGAATTGACCA
* *
17843 TATAGCACTGAGTGTGCG
1 TACAGCACTAAGTGTGCG
17861 GACTCAATAT
Statistics
Matches: 85, Mismatches: 13, Indels: 5
0.83 0.13 0.05
Matches are distributed among these distances:
81 1 0.01
82 55 0.65
83 18 0.21
84 11 0.13
ACGTcount: A:0.27, C:0.15, G:0.28, T:0.30
Consensus pattern (83 bp):
TACAGCACTAAGTGTGCGATTTGACTATGTGATGCACTAAGTGTGCGAAATGAATACGATGCACT
AAGTGTGCGAATTGACCA
Found at i:25712 original size:27 final size:27
Alignment explanation
Indices: 25659--25814 Score: 147
Period size: 27 Copynumber: 5.6 Consensus size: 27
25649 GTAATTGTAC
*
25659 AGCACTAAGTGTGGCGATTTGACTATG-
1 AGCACTAAGTGT-GCGAATTGACTATGT
* *
25686 ATGCACTAAGTGTGCGAAATGAATATG-
1 A-GCACTAAGTGTGCGAATTGACTATGT
*
25713 ATGCACTAAGTGTGCGAATTGACCATGCT
1 A-GCACTAAGTGTGCGAATTGACTATG-T
* *
25742 GGTCACTAATAGTGTGCGAGATTGATTATGT
1 AG-CACT-A-AGTGTGCGA-ATTGACTATGT
* *
25773 AGCACTAAGTGTGCG-ATTGATTACGT
1 AGCACTAAGTGTGCGAATTGACTATGT
25799 AGCACTAAGTGTGCGA
1 AGCACTAAGTGTGCGA
25815 GTTTGTTATA
Statistics
Matches: 110, Mismatches: 11, Indels: 16
0.80 0.08 0.12
Matches are distributed among these distances:
26 25 0.23
27 36 0.33
28 20 0.18
29 5 0.05
30 5 0.05
31 11 0.10
32 8 0.07
ACGTcount: A:0.29, C:0.15, G:0.28, T:0.29
Consensus pattern (27 bp):
AGCACTAAGTGTGCGAATTGACTATGT
Found at i:25836 original size:27 final size:27
Alignment explanation
Indices: 25659--25841 Score: 140
Period size: 27 Copynumber: 6.6 Consensus size: 27
25649 GTAATTGTAC
* *
25659 AGCACTAAGTGTGGCGATTTGACTATG-
1 AGCACTAAGTGT-GCGAGTTGATTATGT
** *
25686 ATGCACTAAGTGTGCGAAATGAATATG-
1 A-GCACTAAGTGTGCGAGTTGATTATGT
* **
25713 ATGCACTAAGTGTGCGAATTGACCATGCT
1 A-GCACTAAGTGTGCGAGTTGATTATG-T
*
25742 GGTCACTAATAGTGTGCGAGATTGATTATGT
1 AG-CACT-A-AGTGTGCGAG-TTGATTATGT
*
25773 AGCACTAAGTGTGCGA-TTGATTACGT
1 AGCACTAAGTGTGCGAGTTGATTATGT
*
25799 AGCACTAAGTGTGCGAGTTTG-TTATAT
1 AGCACTAAGTGTGCGAG-TTGATTATGT
* *
25826 AGCATTGAGTGTGCGA
1 AGCACTAAGTGTGCGA
25842 CTCAATATAC
Statistics
Matches: 131, Mismatches: 16, Indels: 18
0.79 0.10 0.11
Matches are distributed among these distances:
26 25 0.19
27 54 0.41
28 24 0.18
29 5 0.04
30 5 0.04
31 11 0.08
32 7 0.05
ACGTcount: A:0.28, C:0.14, G:0.28, T:0.31
Consensus pattern (27 bp):
AGCACTAAGTGTGCGAGTTGATTATGT
Done.