Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: Scaffold1713
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 1000
Length: 37629
ACGTcount: A:0.32, C:0.17, G:0.17, T:0.33
Found at i:131 original size:46 final size:46
Alignment explanation
Indices: 2--152 Score: 203
Period size: 47 Copynumber: 3.2 Consensus size: 46
1 T
* * * *
2 ATTCACCACATTGTCATTCGGCCTTATCACAACATATGCATGCTCAC
1 ATTCATCACATTGGCATTCGGCCTTATCAC-ATATATGCATGTTCAC
49 ATTCATCACATTGGCCATTCGGCCTTATCACATATATGCATGTTCAC
1 ATTCATCACATTGG-CATTCGGCCTTATCACATATATGCATGTTCAC
* * * **
96 AGTCATCACATTGGCATTCGGCCTTATCTCATATATACACATTCAC
1 ATTCATCACATTGGCATTCGGCCTTATCACATATATGCATGTTCAC
142 ATTCATCACAT
1 ATTCATCACAT
153 AAAATCCTAA
Statistics
Matches: 93, Mismatches: 10, Indels: 3
0.88 0.09 0.03
Matches are distributed among these distances:
46 38 0.41
47 39 0.42
48 16 0.17
ACGTcount: A:0.28, C:0.29, G:0.11, T:0.32
Consensus pattern (46 bp):
ATTCATCACATTGGCATTCGGCCTTATCACATATATGCATGTTCAC
Found at i:229 original size:19 final size:20
Alignment explanation
Indices: 192--230 Score: 55
Period size: 19 Copynumber: 2.0 Consensus size: 20
182 TGTATTCACA
192 TCACAATTATCCAATATACT
1 TCACAATTATCCAATATACT
212 TCACAA-TA-CCACATATACT
1 TCACAATTATCCA-ATATACT
231 ATCATGTATA
Statistics
Matches: 18, Mismatches: 0, Indels: 3
0.86 0.00 0.14
Matches are distributed among these distances:
18 3 0.17
19 9 0.50
20 6 0.33
ACGTcount: A:0.41, C:0.28, G:0.00, T:0.31
Consensus pattern (20 bp):
TCACAATTATCCAATATACT
Found at i:511 original size:48 final size:48
Alignment explanation
Indices: 453--636 Score: 271
Period size: 48 Copynumber: 3.8 Consensus size: 48
443 GAACATGCAT
*
453 ATATGCGGTAAAGCCGAATGGCTAATGTGAAATATGTATGAGATATGC
1 ATATGTGGTAAAGCCGAATGGCTAATGTGAAATATGTATGAGATATGC
* *
501 ATATGTGGTAAAGCCGAATGGCTAATGTGAAATATGAATGAGATAAGC
1 ATATGTGGTAAAGCCGAATGGCTAATGTGAAATATGTATGAGATATGC
* **
549 ATATGTGGTAAAGCCGAATGG-TCAATGTGAAATATATATATGAGATATTT
1 ATATGTGGTAAAGCCGAATGGCT-AATGTG-AA-ATATGTATGAGATATGC
*
599 ATATGTGGTAAAGCCGAATGGCTAGTGTGAAATATGTA
1 ATATGTGGTAAAGCCGAATGGCTAATGTGAAATATGTA
637 GGCGATGTGC
Statistics
Matches: 122, Mismatches: 10, Indels: 8
0.87 0.07 0.06
Matches are distributed among these distances:
47 1 0.01
48 78 0.64
49 4 0.03
50 38 0.31
51 1 0.01
ACGTcount: A:0.37, C:0.08, G:0.26, T:0.29
Consensus pattern (48 bp):
ATATGTGGTAAAGCCGAATGGCTAATGTGAAATATGTATGAGATATGC
Found at i:618 original size:98 final size:96
Alignment explanation
Indices: 453--634 Score: 285
Period size: 98 Copynumber: 1.9 Consensus size: 96
443 GAACATGCAT
*
453 ATATGCGGTAAAGCCGAATGGCTAATGTGAAATATGTATGAGATATGCATATGTGGTAAAGCCGA
1 ATATGCGGTAAAGCCGAATGGCTAATGTGAAATATATATGAGATATGCATATGTGGTAAAGCCGA
518 ATGGCTAATGTGAAATATGAATGAGATAAGC
66 ATGGCTAATGTGAAATATGAATGAGATAAGC
* **
549 ATATGTGGTAAAGCCGAATGG-TCAATGTGAAATATATATATGAGATATTTATATGTGGTAAAGC
1 ATATGCGGTAAAGCCGAATGGCT-AATGTG-AA-ATATATATGAGATATGCATATGTGGTAAAGC
*
613 CGAATGGCTAGTGTGAAATATG
63 CGAATGGCTAATGTGAAATATG
635 TAGGCGATGT
Statistics
Matches: 78, Mismatches: 5, Indels: 4
0.90 0.06 0.05
Matches are distributed among these distances:
95 1 0.01
96 26 0.33
97 2 0.03
98 49 0.63
ACGTcount: A:0.37, C:0.08, G:0.26, T:0.29
Consensus pattern (96 bp):
ATATGCGGTAAAGCCGAATGGCTAATGTGAAATATATATGAGATATGCATATGTGGTAAAGCCGA
ATGGCTAATGTGAAATATGAATGAGATAAGC
Found at i:833 original size:37 final size:37
Alignment explanation
Indices: 787--864 Score: 147
Period size: 37 Copynumber: 2.1 Consensus size: 37
777 AATATATTCC
787 GGTAAGACCCGATGACTACGTGTGGAGATTATGTCCG
1 GGTAAGACCCGATGACTACGTGTGGAGATTATGTCCG
*
824 GGTAAGACCCGATGACTACGTGTGGAGATTTTGTCCG
1 GGTAAGACCCGATGACTACGTGTGGAGATTATGTCCG
861 GGTA
1 GGTA
865 TGTGACAGCC
Statistics
Matches: 40, Mismatches: 1, Indels: 0
0.98 0.02 0.00
Matches are distributed among these distances:
37 40 1.00
ACGTcount: A:0.23, C:0.18, G:0.33, T:0.26
Consensus pattern (37 bp):
GGTAAGACCCGATGACTACGTGTGGAGATTATGTCCG
Found at i:2186 original size:69 final size:70
Alignment explanation
Indices: 2054--2186 Score: 214
Period size: 69 Copynumber: 1.9 Consensus size: 70
2044 TAGTTTATTA
* * * * *
2054 CTAATTAATTTGCTGCTGTAATGCTGTAAATTATTGGCTGTCCAAATTAGGACAAATTTATGGTA
1 CTAATTAATATGCTGCTGTAATACTGTAAATTATTGGCTCTCCAAATTAGGACAAAATCATGGTA
2119 CTTAG
66 CTTAG
2124 CTAATTAATATGCTGCTGTAATACT-TAAATTATTGGCTCTCCAAATTAGGACAAAATCATGGT
1 CTAATTAATATGCTGCTGTAATACTGTAAATTATTGGCTCTCCAAATTAGGACAAAATCATGGT
2187 GTTATGTGCT
Statistics
Matches: 58, Mismatches: 5, Indels: 1
0.91 0.08 0.02
Matches are distributed among these distances:
69 35 0.60
70 23 0.40
ACGTcount: A:0.32, C:0.14, G:0.17, T:0.37
Consensus pattern (70 bp):
CTAATTAATATGCTGCTGTAATACTGTAAATTATTGGCTCTCCAAATTAGGACAAAATCATGGTA
CTTAG
Found at i:4019 original size:48 final size:48
Alignment explanation
Indices: 3948--4230 Score: 482
Period size: 48 Copynumber: 6.0 Consensus size: 48
3938 CACAAGATTA
3948 AGATATGTATATGTGGTAAAGCCGAATGGCTAATGTGAAATATGTATG
1 AGATATGTATATGTGGTAAAGCCGAATGGCTAATGTGAAATATGTATG
3996 AGATATGTATATGTGGTAAAGCCGAATGGCTAATGTGAAATATGTATG
1 AGATATGTATATGTGGTAAAGCCGAATGGCTAATGTGAAATATGTATG
4044 AGATATGTATATGTGGTAAAGCCGAATGGCTAATGTGAAATATGTATG
1 AGATATGTATATGTGGTAAAGCCGAATGGCTAATGTGAAATATGTATG
*
4092 -GATATGTATATGTGGTAAAGCCGAATGGCT-ATGTG-AATATATATG
1 AGATATGTATATGTGGTAAAGCCGAATGGCTAATGTGAAATATGTATG
*
4137 AGATATGTATATGTGGTAAAGCCGAATGGCTAGTGTGAAATATGTATG
1 AGATATGTATATGTGGTAAAGCCGAATGGCTAATGTGAAATATGTATG
* * * * *
4185 AGATACGTATATGTGGTAAAGTCGAAGGGCTAGTGTGAAGTATGTA
1 AGATATGTATATGTGGTAAAGCCGAATGGCTAATGTGAAATATGTA
4231 GGAGGTGTGG
Statistics
Matches: 225, Mismatches: 7, Indels: 6
0.95 0.03 0.03
Matches are distributed among these distances:
45 9 0.04
46 35 0.16
47 34 0.15
48 147 0.65
ACGTcount: A:0.34, C:0.06, G:0.28, T:0.31
Consensus pattern (48 bp):
AGATATGTATATGTGGTAAAGCCGAATGGCTAATGTGAAATATGTATG
Found at i:4205 original size:141 final size:143
Alignment explanation
Indices: 3949--4230 Score: 487
Period size: 141 Copynumber: 2.0 Consensus size: 143
3939 ACAAGATTAA
*
3949 GATATGTATATGTGGTAAAGCCGAATGGCTAATGTGAAATATGTATGAGATATGTATATGTGGTA
1 GATATGTATATGTGGTAAAGCCGAATGGCTAATGTGAAATATATATGAGATATGTATATGTGGTA
* *
4014 AAGCCGAATGGCTAATGTGAAATATGTATGAGATATGTATATGTGGTAAAGCCGAATGGCTAATG
66 AAGCCGAATGGCTAATGTGAAATATGTATGAGATACGTATATGTGGTAAAGCCGAAGGGCTAATG
4079 TGAAATATGTATG
131 TGAAATATGTATG
4092 GATATGTATATGTGGTAAAGCCGAATGGCT-ATGTG-AATATATATGAGATATGTATATGTGGTA
1 GATATGTATATGTGGTAAAGCCGAATGGCTAATGTGAAATATATATGAGATATGTATATGTGGTA
* * *
4155 AAGCCGAATGGCTAGTGTGAAATATGTATGAGATACGTATATGTGGTAAAGTCGAAGGGCTAGTG
66 AAGCCGAATGGCTAATGTGAAATATGTATGAGATACGTATATGTGGTAAAGCCGAAGGGCTAATG
*
4220 TGAAGTATGTA
131 TGAAATATGTA
4231 GGAGGTGTGG
Statistics
Matches: 132, Mismatches: 7, Indels: 2
0.94 0.05 0.01
Matches are distributed among these distances:
141 97 0.73
142 5 0.04
143 30 0.23
ACGTcount: A:0.34, C:0.06, G:0.28, T:0.31
Consensus pattern (143 bp):
GATATGTATATGTGGTAAAGCCGAATGGCTAATGTGAAATATATATGAGATATGTATATGTGGTA
AAGCCGAATGGCTAATGTGAAATATGTATGAGATACGTATATGTGGTAAAGCCGAAGGGCTAATG
TGAAATATGTATG
Found at i:4438 original size:37 final size:36
Alignment explanation
Indices: 4366--4478 Score: 165
Period size: 36 Copynumber: 3.1 Consensus size: 36
4356 ACATGAAACT
4366 TGGAAATATATTCCGGGTAAGACCGATGACTACGTG
1 TGGAAATATATTCCGGGTAAGACCGATGACTACGTG
4402 TGGAAATATATTCCGGGTAAGACCCGATGACTACGTG
1 TGGAAATATATTCCGGGTAAGA-CCGATGACTACGTG
* * * *
4439 TGGAGAT-TTTGTCCGGGTAAGACCGATAACTTCGTG
1 TGGAAATATAT-TCCGGGTAAGACCGATGACTACGTG
4475 TGGA
1 TGGA
4479 GATTTCATCT
Statistics
Matches: 71, Mismatches: 4, Indels: 4
0.90 0.05 0.05
Matches are distributed among these distances:
36 40 0.56
37 31 0.44
ACGTcount: A:0.27, C:0.17, G:0.29, T:0.27
Consensus pattern (36 bp):
TGGAAATATATTCCGGGTAAGACCGATGACTACGTG
Found at i:5821 original size:40 final size:40
Alignment explanation
Indices: 5759--6030 Score: 395
Period size: 40 Copynumber: 6.8 Consensus size: 40
5749 AGTTAGATAC
* *
5759 CCGGGCTAAGTCCTGAAGAGCATTCGTGCAGGTGTTATAT
1 CCGGGCTAAGTCCCGAAGAGCATTCGTGCTGGTGTTATAT
* * *
5799 CCAGGCTAAGTCCCGAAAAGCATTCGAGCTGGTGTTATAT
1 CCGGGCTAAGTCCCGAAGAGCATTCGTGCTGGTGTTATAT
* * *
5839 CCGGGCTAAGTCTCGAAGAGCATTCGTGCTAGTGATATAT
1 CCGGGCTAAGTCCCGAAGAGCATTCGTGCTGGTGTTATAT
5879 CCGGGCTAAGTCCCGAAGAGCATTCGTGCTGGTGTTATAT
1 CCGGGCTAAGTCCCGAAGAGCATTCGTGCTGGTGTTATAT
* *
5919 CCGGGCTAGGTCCCGAAGAGCATTCGAGCTGGTGTTATAT
1 CCGGGCTAAGTCCCGAAGAGCATTCGTGCTGGTGTTATAT
* *
5959 CCGGGCTAGGTCCCGAAGAGCATTCGAGCTGGTG-T-TAT
1 CCGGGCTAAGTCCCGAAGAGCATTCGTGCTGGTGTTATAT
* * *
5997 CCAGGCTAAGTCTCGAAGAGCATTCATGCTGGTG
1 CCGGGCTAAGTCCCGAAGAGCATTCGTGCTGGTG
6031 ATGTGTATTC
Statistics
Matches: 211, Mismatches: 21, Indels: 2
0.90 0.09 0.01
Matches are distributed among these distances:
38 32 0.15
39 1 0.00
40 178 0.84
ACGTcount: A:0.22, C:0.22, G:0.30, T:0.26
Consensus pattern (40 bp):
CCGGGCTAAGTCCCGAAGAGCATTCGTGCTGGTGTTATAT
Found at i:8456 original size:69 final size:70
Alignment explanation
Indices: 8324--8456 Score: 205
Period size: 69 Copynumber: 1.9 Consensus size: 70
8314 TAGTTTATTA
* * * * *
8324 CTAATTAATTTGCTACTGTAATGCTGTAAATTATTGGCTGTCCAAATTAGGACAAATTTATGGTA
1 CTAATTAATATGCTACTGTAATACTGTAAATTATTGGCTCTCCAAATTAGGACAAAATCATGGTA
8389 CTTAG
66 CTTAG
*
8394 CTAATTAATATGCTGCTGTAATACT-TAAATTATTGGCTCTCCAAATTAGGACAAAATCATGGT
1 CTAATTAATATGCTACTGTAATACTGTAAATTATTGGCTCTCCAAATTAGGACAAAATCATGGT
8457 GTTATGTGCT
Statistics
Matches: 57, Mismatches: 6, Indels: 1
0.89 0.09 0.02
Matches are distributed among these distances:
69 35 0.61
70 22 0.39
ACGTcount: A:0.33, C:0.14, G:0.16, T:0.37
Consensus pattern (70 bp):
CTAATTAATATGCTACTGTAATACTGTAAATTATTGGCTCTCCAAATTAGGACAAAATCATGGTA
CTTAG
Found at i:10297 original size:48 final size:48
Alignment explanation
Indices: 10224--10511 Score: 477
Period size: 48 Copynumber: 6.0 Consensus size: 48
10214 CACAAGATTA
10224 AGATATGTATATGTGGTAAAGCCGAATGGCTAATGTGAAATATGTATG
1 AGATATGTATATGTGGTAAAGCCGAATGGCTAATGTGAAATATGTATG
*
10272 AGATATGTATATGTGGTAAATCCGAATGGCTAATGTGAAATATGTATG
1 AGATATGTATATGTGGTAAAGCCGAATGGCTAATGTGAAATATGTATG
10320 AGATATGTATATGTGGTAAAGCCGAATGGCTAATGTGAAATATGTATG
1 AGATATGTATATGTGGTAAAGCCGAATGGCTAATGTGAAATATGTATG
* *
10368 GGATATGTATATGTGGTAAAGCCGAATGGCTAATGTGAAATGTATATATG
1 AGATATGTATATGTGGTAAAGCCGAATGGCTAATGTGAAA--TATGTATG
*
10418 AGATATGTATATGTGGTAAAGCCGAATGGCTAGTGTGAAATATGTATG
1 AGATATGTATATGTGGTAAAGCCGAATGGCTAATGTGAAATATGTATG
* * * * *
10466 AGATACGTATATGTGGTAAAGTCGAAGGGCTAGTGTGAAGTATGTA
1 AGATATGTATATGTGGTAAAGCCGAATGGCTAATGTGAAATATGTA
10512 GGAGGTGTGG
Statistics
Matches: 227, Mismatches: 11, Indels: 4
0.94 0.05 0.02
Matches are distributed among these distances:
48 182 0.80
50 45 0.20
ACGTcount: A:0.34, C:0.06, G:0.28, T:0.31
Consensus pattern (48 bp):
AGATATGTATATGTGGTAAAGCCGAATGGCTAATGTGAAATATGTATG
Found at i:10463 original size:98 final size:96
Alignment explanation
Indices: 10224--10504 Score: 472
Period size: 98 Copynumber: 2.9 Consensus size: 96
10214 CACAAGATTA
10224 AGATATGTATATGTGGTAAAGCCGAATGGCTAATGTGAAATATGTATGAGATATGTATATGTGGT
1 AGATATGTATATGTGGTAAAGCCGAATGGCTAATGTGAAATATGTATGAGATATGTATATGTGGT
* *
10289 AAATCCGAATGGCTAATGTGAAATATGTATG
66 AAAGCCGAATGGCTAATGTGAAATATATATG
*
10320 AGATATGTATATGTGGTAAAGCCGAATGGCTAATGTGAAATATGTATGGGATATGTATATGTGGT
1 AGATATGTATATGTGGTAAAGCCGAATGGCTAATGTGAAATATGTATGAGATATGTATATGTGGT
10385 AAAGCCGAATGGCTAATGTGAAATGTATATATG
66 AAAGCCGAATGGCTAATGTGAAA--TATATATG
* *
10418 AGATATGTATATGTGGTAAAGCCGAATGGCTAGTGTGAAATATGTATGAGATACGTATATGTGGT
1 AGATATGTATATGTGGTAAAGCCGAATGGCTAATGTGAAATATGTATGAGATATGTATATGTGGT
* * *
10483 AAAGTCGAAGGGCTAGTGTGAA
66 AAAGCCGAATGGCTAATGTGAA
10505 GTATGTAGGA
Statistics
Matches: 174, Mismatches: 9, Indels: 2
0.94 0.05 0.01
Matches are distributed among these distances:
96 86 0.49
98 88 0.51
ACGTcount: A:0.35, C:0.06, G:0.28, T:0.31
Consensus pattern (96 bp):
AGATATGTATATGTGGTAAAGCCGAATGGCTAATGTGAAATATGTATGAGATATGTATATGTGGT
AAAGCCGAATGGCTAATGTGAAATATATATG
Found at i:10497 original size:146 final size:144
Alignment explanation
Indices: 10225--10511 Score: 484
Period size: 146 Copynumber: 2.0 Consensus size: 144
10215 ACAAGATTAA
*
10225 GATATGTATATGTGGTAAAGCCGAATGGCTAATGTGAAATATGTATGAGATATGTATATGTGGTA
1 GATATGTATATGTGGTAAAGCCGAATGGCTAATGTGAAATATATATGAGATATGTATATGTGGTA
* * *
10290 AATCCGAATGGCTAATGTGAAATATGTATGAGATATGTATATGTGGTAAAGCCGAATGGCTAATG
66 AAGCCGAATGGCTAATGTGAAATATGTATGAGATACGTATATGTGGTAAAGCCGAAGGGCTAATG
10355 TGAAATATGTATGG
131 TGAAATATGTATGG
10369 GATATGTATATGTGGTAAAGCCGAATGGCTAATGTGAAATGTATATATGAGATATGTATATGTGG
1 GATATGTATATGTGGTAAAGCCGAATGGCTAATGTGAAA--TATATATGAGATATGTATATGTGG
* * *
10434 TAAAGCCGAATGGCTAGTGTGAAATATGTATGAGATACGTATATGTGGTAAAGTCGAAGGGCTAG
64 TAAAGCCGAATGGCTAATGTGAAATATGTATGAGATACGTATATGTGGTAAAGCCGAAGGGCTAA
*
10499 TGTGAAGTATGTA
129 TGTGAAATATGTA
10512 GGAGGTGTGG
Statistics
Matches: 133, Mismatches: 8, Indels: 2
0.93 0.06 0.01
Matches are distributed among these distances:
144 39 0.29
146 94 0.71
ACGTcount: A:0.34, C:0.06, G:0.28, T:0.31
Consensus pattern (144 bp):
GATATGTATATGTGGTAAAGCCGAATGGCTAATGTGAAATATATATGAGATATGTATATGTGGTA
AAGCCGAATGGCTAATGTGAAATATGTATGAGATACGTATATGTGGTAAAGCCGAAGGGCTAATG
TGAAATATGTATGG
Found at i:10697 original size:37 final size:37
Alignment explanation
Indices: 10647--10761 Score: 169
Period size: 37 Copynumber: 3.1 Consensus size: 37
10637 ACATGAAACT
10647 TGGAAATATATTCCGGGTAAGACCCGATGACTACGTG
1 TGGAAATATATTCCGGGTAAGACCCGATGACTACGTG
10684 TGGAAATATATTCCGGGTAAGACCCGATGACTACGTG
1 TGGAAATATATTCCGGGTAAGACCCGATGACTACGTG
* * * * *
10721 TGGAGAT-TTTGTCCGGGTAAGACCTGATAACTTCGTG
1 TGGAAATATAT-TCCGGGTAAGACCCGATGACTACGTG
10758 TGGA
1 TGGA
10762 GATTTCATCT
Statistics
Matches: 72, Mismatches: 5, Indels: 2
0.91 0.06 0.03
Matches are distributed among these distances:
36 2 0.03
37 70 0.97
ACGTcount: A:0.27, C:0.17, G:0.29, T:0.27
Consensus pattern (37 bp):
TGGAAATATATTCCGGGTAAGACCCGATGACTACGTG
Found at i:25209 original size:43 final size:43
Alignment explanation
Indices: 25162--25255 Score: 118
Period size: 43 Copynumber: 2.2 Consensus size: 43
25152 CCTAGACAAT
* * * *
25162 GTCTTACACGAAATC-GATTAATGATGCCAATGTTTCAAACATG
1 GTCTTACACGAAATCTCAAT-ATAATGCCAATGTCTCAAACATG
* *
25205 GTCTTACACGTAATCTCAATATAATGCCAATGTCTCAGACATG
1 GTCTTACACGAAATCTCAATATAATGCCAATGTCTCAAACATG
25248 GTCTTACA
1 GTCTTACA
25256 TGTAATTACA
Statistics
Matches: 44, Mismatches: 6, Indels: 2
0.85 0.12 0.04
Matches are distributed among these distances:
43 42 0.95
44 2 0.05
ACGTcount: A:0.33, C:0.21, G:0.15, T:0.31
Consensus pattern (43 bp):
GTCTTACACGAAATCTCAATATAATGCCAATGTCTCAAACATG
Found at i:26386 original size:13 final size:13
Alignment explanation
Indices: 26368--26393 Score: 52
Period size: 13 Copynumber: 2.0 Consensus size: 13
26358 TCACACTTAC
26368 GTAATCACATGCT
1 GTAATCACATGCT
26381 GTAATCACATGCT
1 GTAATCACATGCT
26394 AAAACTGGGC
Statistics
Matches: 13, Mismatches: 0, Indels: 0
1.00 0.00 0.00
Matches are distributed among these distances:
13 13 1.00
ACGTcount: A:0.31, C:0.23, G:0.15, T:0.31
Consensus pattern (13 bp):
GTAATCACATGCT
Found at i:28425 original size:24 final size:24
Alignment explanation
Indices: 28378--28425 Score: 60
Period size: 24 Copynumber: 2.0 Consensus size: 24
28368 TTTTGAGCAA
* **
28378 TTTAATTTTTTTCTTTTATGTTCT
1 TTTAACTTTTTTCTTTTACATTCT
*
28402 TTTAACTTTTTTCTTTTCCATTCT
1 TTTAACTTTTTTCTTTTACATTCT
28426 CTTCTGCTTC
Statistics
Matches: 20, Mismatches: 4, Indels: 0
0.83 0.17 0.00
Matches are distributed among these distances:
24 20 1.00
ACGTcount: A:0.12, C:0.15, G:0.02, T:0.71
Consensus pattern (24 bp):
TTTAACTTTTTTCTTTTACATTCT
Done.