genome.fa.s24.2.7.7.80.10.50.1000.54.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_D11
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  68311261

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  54  of  226  ( 27070 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
17756392--17756576	101	1.8	101	86	5	266	32	26	15	25	1.95
17760894--17760983	34	2.7	33	74	14	87	33	1	1	64	1.08
17767105--17767151	21	2.2	22	92	3	78	21	38	19	21	1.94
17771182--17771236	21	2.6	22	71	5	60	61	3	1	32	1.24
17772622--17772655	16	2.1	17	88	5	52	52	8	0	38	1.33
17776038--17776085	16	2.9	17	78	12	55	29	6	0	64	1.18
17776069--17776109	19	2.2	18	86	4	55	36	0	0	63	0.95
17784652--17784784	66	2.0	65	85	5	178	42	19	26	11	1.85
17786022--17786067	23	2.0	24	86	4	67	36	0	2	60	1.09
17793799--17793876	31	2.6	30	82	8	97	66	7	2	23	1.30
17800018--17800077	31	1.9	31	93	0	102	26	20	40	13	1.89
17803401--17803502	25	4.4	22	83	13	84	40	21	21	16	1.91
17803441--17803502	25	2.5	25	97	0	115	41	22	19	16	1.89
17803401--17803491	44	2.0	44	81	10	103	39	21	20	17	1.92
17804375--17804405	9	3.6	9	95	4	55	0	22	0	77	0.77
17804373--17804403	13	2.3	14	94	5	55	0	22	0	77	0.77
17804456--17804509	8	6.5	8	83	12	56	50	1	0	48	1.11
17806445--17806470	7	3.7	7	100	0	52	57	0	42	0	0.98
17807339--17807419	25	3.2	25	84	3	101	17	23	18	40	1.91
17808347--17808377	16	1.9	16	93	0	53	61	12	3	22	1.46
17808641--17808712	32	2.5	27	74	21	74	2	36	0	61	1.11
17808658--17808718	32	1.9	32	89	0	95	3	36	0	60	1.13
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
17811177--17811208	3	10.7	3	100	0	64	34	0	0	65	0.93
17813379--17813413	14	2.6	13	91	8	61	68	0	0	31	0.90
17814806--17814863	31	1.9	30	85	3	80	50	13	18	17	1.79
17816103--17816143	21	2.0	21	95	0	73	70	2	24	2	1.11
17831815--17831855	17	2.4	16	88	8	55	41	0	2	56	1.13
17832252--17832291	18	2.2	19	86	8	57	75	5	5	15	1.15
17835343--17835412	37	1.9	36	85	8	97	41	1	2	54	1.24
17836463--17836531	21	3.3	21	83	0	84	42	23	10	24	1.85
17838412--17838485	37	2.0	37	100	0	148	24	18	27	29	1.98
17842303--17842330	4	7.0	4	100	0	56	50	25	0	25	1.50
17842656--17842707	28	1.9	27	88	7	79	34	19	3	42	1.69
17842660--17842721	27	2.2	28	82	2	72	33	22	3	40	1.70
17843931--17844040	29	3.8	30	90	4	138	62	0	2	34	1.09
17843948--17844040	29	3.2	29	95	3	161	62	0	2	35	1.07
17852237--17852290	15	3.6	15	77	5	56	72	0	22	5	1.05
17859592--17859634	20	2.2	20	82	0	50	65	27	4	2	1.25
17859853--17859906	24	2.3	23	81	6	63	38	14	7	38	1.75
17866818--17866852	17	2.1	17	100	0	70	31	5	28	34	1.81
17866842--17867002	43	3.8	43	78	4	157	29	13	25	31	1.94
17873236--17873400	43	3.9	42	76	4	152	27	15	26	29	1.96
17878797--17878869	37	2.0	36	86	7	103	42	1	2	53	1.23
17879388--17879481	45	2.0	47	87	4	138	52	1	3	43	1.24
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
17881806--17881917	38	2.9	38	76	5	118	30	10	22	36	1.88
17886522--17886683	85	1.9	86	87	3	238	30	23	20	25	1.98
17886633--17886958	165	2.0	165	91	0	526	29	18	18	33	1.95
17888413--17888455	22	2.0	22	86	9	61	39	4	20	34	1.74
17907823--17907987	86	1.9	84	87	2	240	27	14	23	35	1.93
17909682--17909738	28	2.0	28	100	0	114	22	21	17	38	1.93
17931580--17931622	17	2.5	17	84	0	59	32	2	2	62	1.20
17933660--17933768	54	2.0	54	92	0	182	40	21	10	28	1.85
17935883--17936357	237	2.0	237	99	0	932	45	17	11	25	1.83
17936909--17936949	21	2.0	20	90	4	64	19	7	31	41	1.79
17937462--17937519	20	3.0	19	82	10	64	32	1	1	63	1.14
17937462--17937519	19	3.0	20	82	12	68	32	1	1	63	1.14
17937521--17937576	19	3.1	17	74	23	51	37	3	8	50	1.51
17942319--17942359	3	13.7	3	94	0	64	34	4	0	60	1.18
17948179--17948309	65	2.0	65	90	0	208	38	9	12	38	1.77
17948523--17948579	22	2.6	22	83	5	62	24	19	22	33	1.97
17956590--17956929	102	3.3	101	87	2	484	21	20	26	32	1.97
17956803--17956884	27	2.8	29	82	12	96	15	20	30	32	1.94
17956805--17956965	33	4.7	33	73	18	118	20	20	27	31	1.97
17959454--17959498	16	2.7	17	79	6	56	48	0	13	37	1.42
17965956--17965987	4	8.0	4	100	0	64	25	0	25	50	1.50
17965964--17966036	38	1.9	38	94	0	128	28	13	20	36	1.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
17966924--17966971	18	2.6	19	75	15	55	22	0	10	66	1.22
17970211--17970248	7	5.4	7	96	0	67	42	18	26	13	1.87
17978153--17978232	40	2.0	40	95	0	142	47	21	2	28	1.64
17983208--17983416	42	5.0	42	86	2	226	36	22	17	23	1.95
17991849--17991996	42	3.5	42	84	1	172	37	21	16	24	1.94
17992954--17993020	30	2.2	30	97	2	125	26	23	16	32	1.96
17993290--17993314	13	1.9	13	100	0	50	40	24	4	32	1.73
17997529--17997566	19	2.0	20	85	15	53	44	21	0	34	1.52
18005049--18005117	31	2.2	31	86	0	102	43	13	11	31	1.79
18008170--18008194	2	12.5	2	100	0	50	48	0	0	52	1.00
18008460--18008511	27	1.9	27	88	0	77	28	34	19	17	1.94
18011359--18011405	21	2.2	21	96	0	85	57	14	4	23	1.55
18014103--18014393	92	3.2	90	78	4	296	25	14	23	36	1.93
18014339--18014418	38	2.1	38	86	4	108	27	16	20	36	1.93
18014349--18014430	38	2.2	38	84	4	103	26	17	20	35	1.95
18015928--18015967	5	7.6	5	86	8	53	17	2	2	77	0.99
18015928--18015967	11	3.7	11	83	6	55	17	2	2	77	0.99
18015928--18015967	16	2.5	15	88	8	53	17	2	2	77	0.99
18021629--18021658	6	5.0	6	100	0	60	83	0	16	0	0.65
18023106--18024023	100	9.2	100	86	2	954	32	22	20	24	1.98
18023106--18024023	299	3.1	300	83	2	1094	32	22	20	24	1.98
18024078--18024403	44	7.6	42	77	6	278	31	22	19	27	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
18024078--18024455	85	4.4	85	75	9	318	31	20	20	27	1.97
18024050--18024461	129	3.2	129	92	0	655	32	20	20	26	1.97
18027731--18027761	9	3.4	9	90	0	53	25	12	22	38	1.90
18027814--18027850	9	4.1	9	85	0	56	48	13	8	29	1.71
18030467--18030554	38	2.3	39	86	6	124	54	1	3	40	1.24
18030659--18030729	35	2.1	34	82	12	83	49	4	0	46	1.21
18037081--18037109	13	2.2	13	100	0	58	13	10	31	44	1.78
18041847--18041896	17	3.0	17	75	19	52	16	2	8	74	1.15
18041849--18041903	18	3.2	18	77	15	62	16	1	9	72	1.18
18042005--18042036	3	10.7	3	100	0	64	34	0	0	65	0.93
18044593--18044937	167	2.1	167	98	0	674	38	13	13	34	1.84
18053674--18053728	27	2.2	26	87	12	80	49	18	18	14	1.80
18054888--18054921	13	2.6	13	90	0	50	41	35	0	23	1.55
18055031--18055071	9	4.6	9	90	0	64	24	9	24	41	1.85
18055023--18055089	18	3.7	18	91	0	98	26	7	22	43	1.80
18055031--18055089	27	2.2	27	87	0	82	25	8	22	44	1.81
18058825--18058873	20	2.6	19	87	9	73	65	0	6	28	1.16
18059118--18059165	21	2.3	21	83	16	64	22	4	4	68	1.24
18059129--18059173	21	2.1	21	84	8	56	24	4	2	68	1.19
18059332--18059503	95	1.8	92	81	6	211	36	8	14	40	1.77
18059613--18059738	62	2.0	63	92	1	209	45	17	7	29	1.77
18062812--18062848	16	2.3	16	100	0	74	37	32	16	13	1.87
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
18069634--18069698	23	2.8	23	88	6	87	35	16	24	23	1.95
18069660--18069712	22	2.4	22	84	9	63	37	20	24	16	1.93
18069883--18070339	67	6.8	67	92	0	707	42	19	1	36	1.60
18076901--18076955	27	2.0	27	100	0	110	36	25	7	30	1.83
18082184--18082370	94	2.0	94	91	0	302	34	10	24	31	1.88
18103610--18103653	17	2.6	17	82	10	56	27	2	4	65	1.23
18104866--18104924	31	1.9	31	85	0	82	40	8	8	42	1.66
18113974--18114102	43	3.0	42	80	15	165	22	19	28	29	1.98
18114953--18115280	93	3.5	93	96	0	588	28	19	14	37	1.91
18114953--18115280	46	7.1	46	93	1	566	28	19	14	37	1.91

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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