genome.fa.s24.2.7.7.80.10.50.1000.72.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_D11
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  68311261

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  72  of  226  ( 27070 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
23014665--23014706	18	2.4	18	84	7	61	76	2	16	4	1.07
23049105--23049134	8	3.8	8	95	0	51	40	6	23	30	1.80
23056017--23056527	27	19.1	27	81	8	435	41	20	16	21	1.90
23057267--23057455	27	7.0	27	85	5	197	41	19	17	21	1.91
23057267--23057455	54	3.5	54	83	5	231	41	19	17	21	1.91
23057287--23057455	80	2.1	81	87	5	245	42	20	16	21	1.90
23060979--23061032	25	2.2	25	86	0	81	25	20	18	35	1.95
23064957--23065015	28	2.1	28	90	0	91	47	1	20	30	1.60
23064967--23065056	41	2.2	41	90	2	137	40	1	21	37	1.61
23071758--23071801	21	2.1	21	86	0	61	34	36	9	20	1.84
23074962--23075146	79	2.3	81	83	7	227	24	22	27	24	2.00
23074963--23075146	40	4.6	40	82	9	207	25	22	27	24	2.00
23075015--23075179	79	2.1	79	83	6	201	26	21	27	24	1.99
23078354--23078660	156	2.0	156	93	1	526	36	16	23	23	1.94
23097534--23097584	20	2.5	21	84	6	70	29	9	17	43	1.81
23100095--23100140	21	2.2	21	84	0	56	32	28	23	15	1.95
23100208--23100334	66	1.9	66	88	0	191	40	18	18	22	1.92
23101496--23101560	32	2.1	32	97	2	123	30	9	12	47	1.72
23107691--23107755	32	2.1	32	97	2	123	30	9	12	47	1.72
23109938--23110123	40	4.7	40	88	5	234	26	27	21	24	1.99
23118043--23118103	21	3.0	20	83	9	79	27	29	26	16	1.97
23132651--23132682	4	8.2	4	93	6	57	53	0	0	46	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
23132641--23132687	19	2.5	19	83	10	62	57	0	0	42	0.98
23132651--23132679	15	1.9	15	100	0	58	51	0	0	48	1.00
23132908--23132943	18	2.0	18	100	0	72	33	5	0	61	1.19
23137076--23137122	24	1.9	25	86	4	69	63	0	10	25	1.26
23138359--23138444	11	7.5	11	76	11	57	59	0	1	39	1.05
23138354--23138456	47	2.2	47	92	0	170	63	0	0	35	1.01
23138414--23138447	11	3.1	11	100	0	68	47	0	0	52	1.00
23143111--23143150	13	3.1	13	85	0	62	27	10	22	40	1.86
23147811--23147858	21	2.4	19	86	6	60	35	6	2	56	1.36
23153445--23153501	21	2.6	22	83	2	80	10	33	28	28	1.90
23155462--23155489	4	7.0	4	100	0	56	50	0	0	50	1.00
23156837--23156913	36	2.1	36	83	4	93	37	16	10	35	1.83
23163157--23163262	47	2.3	46	77	6	106	33	6	4	54	1.47
23163223--23163276	27	2.0	26	82	10	65	38	7	1	51	1.41
23171362--23171393	11	2.9	11	95	0	55	34	18	0	46	1.49
23180552--23180589	20	2.0	20	94	5	69	55	7	10	26	1.61
23183053--23183130	24	3.2	24	74	3	86	29	20	12	37	1.90
23183041--23183193	48	3.2	47	81	7	166	28	16	15	39	1.90
23183067--23183204	71	2.0	70	80	1	159	28	15	14	40	1.87
23183074--23183200	24	5.3	24	81	1	121	29	17	15	37	1.91
23183115--23183204	47	1.9	47	84	4	119	27	15	15	41	1.88
23184032--23184087	3	18.7	3	100	0	112	32	0	0	67	0.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
23184639--23184730	37	2.4	40	81	12	106	59	3	4	32	1.33
23188796--23188853	26	2.3	26	88	8	84	12	20	24	43	1.86
23188897--23188980	24	3.5	25	68	11	68	20	25	20	34	1.96
23191104--23191175	35	2.1	35	91	0	117	26	16	20	36	1.94
23192496--23192580	42	2.0	43	86	2	118	25	24	34	15	1.95
23201484--23201552	31	2.2	32	82	12	90	43	4	7	44	1.51
23201754--23201829	37	2.1	37	87	5	109	40	13	17	28	1.87
23204405--23204446	19	2.2	19	83	8	50	45	11	21	21	1.84
23204744--23204874	61	2.2	61	89	4	196	41	3	4	49	1.41
23205789--23206037	68	3.7	68	88	0	372	39	17	18	24	1.92
23208708--23208764	20	2.8	21	71	10	55	29	10	22	36	1.88
23212536--23212583	23	2.0	25	84	8	64	35	8	2	54	1.42
23213116--23213142	4	6.8	4	100	0	54	22	0	0	77	0.76
23215765--23215813	24	2.0	24	100	0	98	32	18	0	48	1.48
23220055--23220090	17	2.1	17	89	0	54	41	11	5	41	1.64
23220851--23220907	26	2.2	26	81	6	62	29	31	0	38	1.58
23232933--23232997	28	2.3	28	82	10	78	61	1	1	35	1.15
23232948--23233044	29	3.5	28	78	8	99	57	1	8	32	1.35
23234750--23234931	50	3.6	50	76	4	197	28	19	20	31	1.97
23234736--23234936	100	2.0	100	89	1	305	28	18	18	33	1.95
23234941--23235334	132	3.0	131	89	0	572	25	25	20	28	1.99
23235160--23235246	44	2.0	45	82	11	108	27	27	16	28	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
23236276--23236330	26	2.1	26	86	0	74	56	12	12	18	1.67
23238703--23238893	50	3.7	49	79	10	177	26	21	28	23	1.99
23246227--23246475	50	4.8	50	84	3	282	25	22	30	22	1.99
23254365--23254432	34	2.0	34	97	0	127	25	26	25	23	2.00
23255517--23255609	29	3.2	28	80	10	82	59	0	5	35	1.21
23255532--23255609	19	4.1	19	69	16	54	60	0	5	34	1.19
23255532--23255625	29	3.3	29	82	4	104	60	0	6	32	1.22
23255532--23255597	10	6.9	10	74	10	66	62	0	4	33	1.16
23255532--23255597	19	3.5	20	77	8	66	62	0	4	33	1.16
23274835--23274863	13	2.1	14	93	6	51	10	6	13	68	1.37
23285317--23285358	22	1.9	22	85	0	57	21	4	45	28	1.72
23290142--23290190	22	2.2	22	92	0	80	40	8	2	48	1.44
23296878--23296922	24	1.9	23	86	4	63	53	8	11	26	1.65
23302232--23302264	17	1.9	17	88	11	50	60	9	9	21	1.54
23306112--23306154	18	2.4	17	77	11	50	2	20	6	69	1.23
23306711--23306990	94	3.0	94	78	7	289	29	19	18	32	1.95
23314920--23315144	40	5.7	40	86	5	296	24	22	28	25	2.00
23314920--23315167	119	2.1	119	82	7	290	25	21	27	25	2.00
23322022--23322090	32	2.2	32	83	0	84	69	5	17	7	1.32
23324693--23324871	90	2.0	90	100	0	358	25	17	29	27	1.98
23330723--23330748	8	3.2	8	100	0	52	46	0	0	53	1.00
23335089--23335137	18	2.7	18	87	0	71	26	6	10	57	1.55
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
23336946--23336989	22	1.9	24	86	9	65	45	0	13	40	1.44
23357513--23357564	16	3.2	16	88	0	68	28	1	34	34	1.69
23357780--23357821	15	2.7	16	82	14	52	52	2	0	45	1.13
23357789--23357830	15	2.9	15	82	10	52	52	0	0	47	1.00
23357778--23357988	107	2.0	108	96	0	388	49	6	1	43	1.36
23357883--23357928	16	2.9	16	78	12	51	52	2	0	45	1.13
23357883--23357937	15	3.7	15	79	13	53	52	1	0	45	1.11
23357801--23357965	53	3.1	53	68	17	151	48	6	1	44	1.35
23357781--23358044	107	2.5	107	87	6	344	50	5	1	42	1.34
23369606--23369667	31	2.0	30	81	12	72	41	3	6	48	1.45
23370859--23370985	64	2.0	64	100	0	254	45	3	6	44	1.47
23372178--23372222	22	2.0	22	95	0	81	48	2	20	28	1.61
23372323--23372357	18	1.9	18	94	0	61	28	2	28	40	1.71
23372959--23373026	32	2.2	30	82	10	75	67	5	10	16	1.38
23373201--23373262	29	2.2	29	91	2	99	45	1	19	33	1.60
23376003--23376058	25	2.2	25	87	12	80	69	7	0	23	1.12
23386192--23386314	61	2.0	60	85	6	167	34	15	17	32	1.92
23386322--23386381	23	2.6	23	89	0	93	36	16	13	33	1.88
23386587--23386665	17	4.9	17	69	20	71	24	12	20	43	1.86
23386580--23386721	46	3.1	46	92	2	232	26	13	18	41	1.87
23388798--23388841	23	1.9	23	85	0	61	11	27	20	40	1.86
23390577--23390628	25	2.1	25	100	0	104	51	7	7	32	1.59
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
23390581--23390634	25	2.2	25	93	0	90	50	11	5	33	1.61
23393342--23393429	41	2.1	41	89	0	131	34	18	29	18	1.94
23393360--23393446	41	2.1	41	86	0	129	35	17	28	18	1.93
23395310--23395463	77	2.0	77	94	0	272	51	13	13	20	1.75
23395638--23395725	30	2.9	30	91	0	131	14	30	34	20	1.93
23401004--23401056	24	2.2	24	86	6	72	30	47	15	7	1.73
23407416--23407534	26	4.6	25	78	8	105	19	15	29	36	1.92
23407393--23407534	52	2.7	52	82	4	162	20	16	27	35	1.94
23415208--23415338	26	5.1	26	69	10	81	22	14	27	35	1.93
23415228--23415320	26	3.6	26	77	2	107	21	12	25	39	1.89

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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