Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: Scaffold2172
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 1000
Length: 16426
ACGTcount: A:0.30, C:0.15, G:0.25, T:0.30
Found at i:1659 original size:32 final size:32
Alignment explanation
Indices: 1623--1687 Score: 130
Period size: 32 Copynumber: 2.0 Consensus size: 32
1613 TGTATGCATT
1623 TTAGCATTTTAATAGTTAATGGATGATGGGCA
1 TTAGCATTTTAATAGTTAATGGATGATGGGCA
1655 TTAGCATTTTAATAGTTAATGGATGATGGGCA
1 TTAGCATTTTAATAGTTAATGGATGATGGGCA
1687 T
1 T
1688 GGTAAGCATT
Statistics
Matches: 33, Mismatches: 0, Indels: 0
1.00 0.00 0.00
Matches are distributed among these distances:
32 33 1.00
ACGTcount: A:0.31, C:0.06, G:0.25, T:0.38
Consensus pattern (32 bp):
TTAGCATTTTAATAGTTAATGGATGATGGGCA
Found at i:3184 original size:26 final size:26
Alignment explanation
Indices: 3155--3207 Score: 72
Period size: 26 Copynumber: 2.0 Consensus size: 26
3145 TTTACAGTTT
3155 TACCCCTAGGAGATAAATT-ACCGAAA
1 TACCCCTAGG-GATAAATTGACCGAAA
* *
3181 TACCCCTAGGGTTAAATTGACCTAAA
1 TACCCCTAGGGATAAATTGACCGAAA
3207 T
1 T
3208 GCATGTTTGA
Statistics
Matches: 24, Mismatches: 2, Indels: 2
0.86 0.07 0.07
Matches are distributed among these distances:
25 7 0.29
26 17 0.71
ACGTcount: A:0.38, C:0.23, G:0.15, T:0.25
Consensus pattern (26 bp):
TACCCCTAGGGATAAATTGACCGAAA
Found at i:4799 original size:12 final size:12
Alignment explanation
Indices: 4782--4812 Score: 53
Period size: 12 Copynumber: 2.6 Consensus size: 12
4772 TACTCGGGAA
4782 GAGGCCGTGGTC
1 GAGGCCGTGGTC
*
4794 GAGGCCGTGGTT
1 GAGGCCGTGGTC
4806 GAGGCCG
1 GAGGCCG
4813 AGGTAGTACT
Statistics
Matches: 18, Mismatches: 1, Indels: 0
0.95 0.05 0.00
Matches are distributed among these distances:
12 18 1.00
ACGTcount: A:0.10, C:0.23, G:0.52, T:0.16
Consensus pattern (12 bp):
GAGGCCGTGGTC
Found at i:11033 original size:26 final size:26
Alignment explanation
Indices: 11004--11056 Score: 72
Period size: 26 Copynumber: 2.0 Consensus size: 26
10994 TTTACAGTTT
11004 TACCCCTAGGAGATAAATT-ACCGAAA
1 TACCCCTAGG-GATAAATTGACCGAAA
* *
11030 TACCCCTAGGGTTAAATTGACCTAAA
1 TACCCCTAGGGATAAATTGACCGAAA
11056 T
1 T
11057 GCATGTTTGA
Statistics
Matches: 24, Mismatches: 2, Indels: 2
0.86 0.07 0.07
Matches are distributed among these distances:
25 7 0.29
26 17 0.71
ACGTcount: A:0.38, C:0.23, G:0.15, T:0.25
Consensus pattern (26 bp):
TACCCCTAGGGATAAATTGACCGAAA
Found at i:14501 original size:47 final size:47
Alignment explanation
Indices: 14438--14929 Score: 754
Period size: 47 Copynumber: 10.3 Consensus size: 47
14428 CCAAGAGAGC
14438 GTATATATGTGATAAGGCCTAATGGCCGATGTGATGAATGTGAAAGT
1 GTATATATGTGATAAGGCCTAATGGCCGATGTGATGAATGTGAAAGT
* *
14485 GTATGTATGTAATAAGGCCTAATGGCCGATGTGATGAATGTGAAAGT
1 GTATATATGTGATAAGGCCTAATGGCCGATGTGATGAATGTGAAAGT
* *
14532 GTATGTATGTAATAAGGCCTAATGGCCGATGTGATGAATGTGAAAGT
1 GTATATATGTGATAAGGCCTAATGGCCGATGTGATGAATGTGAAAGT
*
14579 GTATGTATATGTGATAGGGCCTAATGGCCGATGTGATGAATGTGAAAGT
1 GTA--TATATGTGATAAGGCCTAATGGCCGATGTGATGAATGTGAAAGT
*
14628 GTATATATATGTGATAGGGCCTAATGGCCGATGTGATGAATGTGAAAGT
1 G--TATATATGTGATAAGGCCTAATGGCCGATGTGATGAATGTGAAAGT
*
14677 GTATATATGAGATAAGGCCTAATGGCCGATGTGATGAATGTGAAAGT
1 GTATATATGTGATAAGGCCTAATGGCCGATGTGATGAATGTGAAAGT
14724 GTATATATATGTGAT-AGGCCTAATGGCCGATGTGATGAATGTG-AAGT
1 G--TATATATGTGATAAGGCCTAATGGCCGATGTGATGAATGTGAAAGT
*
14771 GTATATATATGTGATAGGGCCTAATGGCCGATGTGATGAATGTGAAAGT
1 G--TATATATGTGATAAGGCCTAATGGCCGATGTGATGAATGTGAAAGT
14820 GTATATATGTGATAAGGCCTAATGGCCGATGTGATGAATGTGAAAGT
1 GTATATATGTGATAAGGCCTAATGGCCGATGTGATGAATGTGAAAGT
* * * * * * *
14867 GTATATATGTGACAGGGCCGAGTGGCCAACGTGATGGATGTGAAAGT
1 GTATATATGTGATAAGGCCTAATGGCCGATGTGATGAATGTGAAAGT
*
14914 GTATAAATGTGATAAG
1 GTATATATGTGATAAG
14930 TCCCGAAGGG
Statistics
Matches: 417, Mismatches: 20, Indels: 16
0.92 0.04 0.04
Matches are distributed among these distances:
47 257 0.62
48 55 0.13
49 103 0.25
51 2 0.00
ACGTcount: A:0.31, C:0.09, G:0.31, T:0.29
Consensus pattern (47 bp):
GTATATATGTGATAAGGCCTAATGGCCGATGTGATGAATGTGAAAGT
Found at i:14684 original size:96 final size:96
Alignment explanation
Indices: 14439--14929 Score: 764
Period size: 96 Copynumber: 5.2 Consensus size: 96
14429 CAAGAGAGCG
* * *
14439 TATATATGTGATAAGGCCTAATGGCCGATGTGATGAATGTGAAAGTGTATGTATGTAATAAGGCC
1 TATATATGTGATAAGGCCTAATGGCCGATGTGATGAATGTGAAAGTGTATATATGTGATAGGGCC
14504 TAATGGCCGATGTGATGAATGTGAAAGTG--
66 TAATGGCCGATGTGATGAATGTGAAAGTGTA
* *
14533 TATGTATGTAATAAGGCCTAATGGCCGATGTGATGAATGTGAAAGTGTATGTATATGTGATAGGG
1 TATATATGTGATAAGGCCTAATGGCCGATGTGATGAATGTGAAAGTGTA--TATATGTGATAGGG
14598 CCTAATGGCCGATGTGATGAATGTGAAAGTGTA
64 CCTAATGGCCGATGTGATGAATGTGAAAGTGTA
* * *
14631 TATATATGTGATAGGGCCTAATGGCCGATGTGATGAATGTGAAAGTGTATATATGAGATAAGGCC
1 TATATATGTGATAAGGCCTAATGGCCGATGTGATGAATGTGAAAGTGTATATATGTGATAGGGCC
14696 TAATGGCCGATGTGATGAATGTGAAAGTGTA
66 TAATGGCCGATGTGATGAATGTGAAAGTGTA
14727 TATATATGTGAT-AGGCCTAATGGCCGATGTGATGAATGTG-AAGTGTATATATATGTGATAGGG
1 TATATATGTGATAAGGCCTAATGGCCGATGTGATGAATGTGAAAGTG--TATATATGTGATAGGG
14790 CCTAATGGCCGATGTGATGAATGTGAAAGTG--
64 CCTAATGGCCGATGTGATGAATGTGAAAGTGTA
*
14821 TATATATGTGATAAGGCCTAATGGCCGATGTGATGAATGTGAAAGTGTATATATGTGACAGGGCC
1 TATATATGTGATAAGGCCTAATGGCCGATGTGATGAATGTGAAAGTGTATATATGTGATAGGGCC
* * * * *
14886 GAGTGGCCAACGTGATGGATGTGAAAGTGTA
66 TAATGGCCGATGTGATGAATGTGAAAGTGTA
14917 TA-A-ATGTGATAAG
1 TATATATGTGATAAG
14930 TCCCGAAGGG
Statistics
Matches: 368, Mismatches: 19, Indels: 20
0.90 0.05 0.05
Matches are distributed among these distances:
94 115 0.31
95 56 0.15
96 151 0.41
98 46 0.12
ACGTcount: A:0.31, C:0.09, G:0.31, T:0.30
Consensus pattern (96 bp):
TATATATGTGATAAGGCCTAATGGCCGATGTGATGAATGTGAAAGTGTATATATGTGATAGGGCC
TAATGGCCGATGTGATGAATGTGAAAGTGTA
Found at i:14825 original size:143 final size:145
Alignment explanation
Indices: 14439--14927 Score: 789
Period size: 143 Copynumber: 3.4 Consensus size: 145
14429 CAAGAGAGCG
* * * *
14439 TATATATGTGATAAGGCCTAATGGCCGATGTGATGAATGTGAAAGTG--TATGTATGTAATAAGG
1 TATATATGTGATAGGGCCTAATGGCCGATGTGATGAATGTGAAAGTGTATATATATGTGATAGGG
*
14502 CCTAATGGCCGATGTGATGAATGTGAAAGTGTATGTATGTA-ATAAGGCCTAATGGCCGATGTGA
66 CCTAATGGCCGATGTGATGAATGTGAAAGTGTATATATG-AGATAAGGCCTAATGGCCGATGTGA
14566 TGAATGTGAAAGTGTA
130 TGAATGTGAAAGTGTA
*
14582 TGTATATGTGATAGGGCCTAATGGCCGATGTGATGAATGTGAAAGTGTATATATATGTGATAGGG
1 TATATATGTGATAGGGCCTAATGGCCGATGTGATGAATGTGAAAGTGTATATATATGTGATAGGG
14647 CCTAATGGCCGATGTGATGAATGTGAAAGTGTATATATGAGATAAGGCCTAATGGCCGATGTGAT
66 CCTAATGGCCGATGTGATGAATGTGAAAGTGTATATATGAGATAAGGCCTAATGGCCGATGTGAT
14712 GAATGTGAAAGTGTA
131 GAATGTGAAAGTGTA
14727 TATATATGTGATA-GGCCTAATGGCCGATGTGATGAATGTG-AAGTGTATATATATGTGATAGGG
1 TATATATGTGATAGGGCCTAATGGCCGATGTGATGAATGTGAAAGTGTATATATATGTGATAGGG
*
14790 CCTAATGGCCGATGTGATGAATGTGAAAGTGTATATATGTGATAAGGCCTAATGGCCGATGTGAT
66 CCTAATGGCCGATGTGATGAATGTGAAAGTGTATATATGAGATAAGGCCTAATGGCCGATGTGAT
14855 GAATGTGAAAGTG--
131 GAATGTGAAAGTGTA
* * * * * *
14868 TATATATGTGACAGGGCCGAGTGGCCAACGTGATGGATGTGAAAGTGTATA-A-ATGTGATA
1 TATATATGTGATAGGGCCTAATGGCCGATGTGATGAATGTGAAAGTGTATATATATGTGATA
14928 AGTCCCGAAG
Statistics
Matches: 327, Mismatches: 14, Indels: 12
0.93 0.04 0.03
Matches are distributed among these distances:
141 20 0.06
142 23 0.07
143 154 0.47
144 28 0.09
145 102 0.31
ACGTcount: A:0.31, C:0.09, G:0.30, T:0.30
Consensus pattern (145 bp):
TATATATGTGATAGGGCCTAATGGCCGATGTGATGAATGTGAAAGTGTATATATATGTGATAGGG
CCTAATGGCCGATGTGATGAATGTGAAAGTGTATATATGAGATAAGGCCTAATGGCCGATGTGAT
GAATGTGAAAGTGTA
Found at i:15103 original size:37 final size:37
Alignment explanation
Indices: 15047--15125 Score: 122
Period size: 37 Copynumber: 2.1 Consensus size: 37
15037 CCGAGGTCTA
* * *
15047 AAGACCCGATGACTACGTGTGGGGATTTTGTCCGGGT
1 AAGACCCGATAACTACGTGTGGAGATTATGTCCGGGT
*
15084 AAGACCCGATAACTTCGTGTGGAGATTATGTCCGGGT
1 AAGACCCGATAACTACGTGTGGAGATTATGTCCGGGT
15121 AAGAC
1 AAGAC
15126 TTCGTAATAA
Statistics
Matches: 38, Mismatches: 4, Indels: 0
0.90 0.10 0.00
Matches are distributed among these distances:
37 38 1.00
ACGTcount: A:0.24, C:0.19, G:0.32, T:0.25
Consensus pattern (37 bp):
AAGACCCGATAACTACGTGTGGAGATTATGTCCGGGT
Done.