Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: Scaffold2992
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 1000
Length: 11510
ACGTcount: A:0.32, C:0.13, G:0.23, T:0.32
Found at i:2830 original size:47 final size:47
Alignment explanation
Indices: 2778--3270 Score: 834
Period size: 47 Copynumber: 10.6 Consensus size: 47
2768 GATAATTGTG
* *
2778 ATGTGAATGTATATATATGTGATAAGGCCTAATGGCCGATGTGATGA
1 ATGTGAAAGTGTATATATGTGATAAGGCCTAATGGCCGATGTGATGA
2825 ATGTGAAAGTGTATATATATGTGATAAGGCCTAATGGCCGATGTGATGA
1 ATGTGAAAGTG--TATATATGTGATAAGGCCTAATGGCCGATGTGATGA
2874 ATGTGAAAGTGTATATATGTGATAAGGCCTAATGGCCGATGTGATGA
1 ATGTGAAAGTGTATATATGTGATAAGGCCTAATGGCCGATGTGATGA
2921 ATGTGAAAGTGTATATATGTGATAAGGCCTAATGGCCGATGTGATGA
1 ATGTGAAAGTGTATATATGTGATAAGGCCTAATGGCCGATGTGATGA
2968 ATGTGAAAGTGTATATATGTGATAAGGCCTAAT----GATGTGATGA
1 ATGTGAAAGTGTATATATGTGATAAGGCCTAATGGCCGATGTGATGA
3011 ATGTGAAAGTGTATATATGTGATAAGGCCTAATGGCCGATGTGATGA
1 ATGTGAAAGTGTATATATGTGATAAGGCCTAATGGCCGATGTGATGA
*
3058 ATGTGAAAGTGTATATATATGATAAGGCCTAATGGCCGATGTGATGA
1 ATGTGAAAGTGTATATATGTGATAAGGCCTAATGGCCGATGTGATGA
3105 ATGTGAAAGTGTATATATGTGATAAGGCCTAAT-GCCGATGTGATGA
1 ATGTGAAAGTGTATATATGTGATAAGGCCTAATGGCCGATGTGATGA
3151 ATGTGAAAGTGTATATATGTGATAAGGCCTAATGGCCGATGTGATGA
1 ATGTGAAAGTGTATATATGTGATAAGGCCTAATGGCCGATGTGATGA
* * * * * * *
3198 ATGTGAAAGTGTATATATGTGACAGGGCCGAGTGGCCAACGTGATGG
1 ATGTGAAAGTGTATATATGTGATAAGGCCTAATGGCCGATGTGATGA
*
3245 ATGTGAAAGTGTATAAATGTGATAAG
1 ATGTGAAAGTGTATATATGTGATAAG
3271 TCCCGAAGGG
Statistics
Matches: 425, Mismatches: 14, Indels: 14
0.94 0.03 0.03
Matches are distributed among these distances:
43 43 0.10
46 46 0.11
47 289 0.68
49 47 0.11
ACGTcount: A:0.33, C:0.08, G:0.29, T:0.30
Consensus pattern (47 bp):
ATGTGAAAGTGTATATATGTGATAAGGCCTAATGGCCGATGTGATGA
Found at i:3050 original size:137 final size:138
Alignment explanation
Indices: 2778--3270 Score: 817
Period size: 137 Copynumber: 3.5 Consensus size: 138
2768 GATAATTGTG
* *
2778 ATGTGAATGTATATATATGTGATAAGGCCTAATGGCCGATGTGATGAATGTGAAAGTGTATATAT
1 ATGTGAAAGTGTATATATGTGATAAGGCCTAATGGCCGATGTGATGAATGTGAAAGTG--TATAT
2843 ATGTGATAAGGCCTAATGGCCGATGTGATGAATGTGAAAGTGTATATATGTGATAAGGCCTAATG
64 ATGTGATAAGGCCTAAT---CGATGTGATGAATGTGAAAGTGTATATATGTGATAAGGCCTAATG
2908 GCCGATGTGATGA
126 GCCGATGTGATGA
2921 ATGTGAAAGTGTATATATGTGATAAGGCCTAATGGCCGATGTGATGAATGTGAAAGTGTATATAT
1 ATGTGAAAGTGTATATATGTGATAAGGCCTAATGGCCGATGTGATGAATGTGAAAGTGTATATAT
2986 GTGATAAGGCCTAAT-GATGTGATGAATGTGAAAGTGTATATATGTGATAAGGCCTAATGGCCGA
66 GTGATAAGGCCTAATCGATGTGATGAATGTGAAAGTGTATATATGTGATAAGGCCTAATGGCCGA
3050 TGTGATGA
131 TGTGATGA
*
3058 ATGTGAAAGTGTATATATATGATAAGGCCTAATGGCCGATGTGATGAATGTGAAAGTGTATATAT
1 ATGTGAAAGTGTATATATGTGATAAGGCCTAATGGCCGATGTGATGAATGTGAAAGTGTATATAT
3123 GTGATAAGGCCTAATGCCGATGTGATGAATGTGAAAGTGTATATATGTGATAAGGCCTAATGGCC
66 GTGATAAGGCCTAAT--CGATGTGATGAATGTGAAAGTGTATATATGTGATAAGGCCTAATGGCC
3188 GATGTGATGA
129 GATGTGATGA
* * * * * * * *
3198 ATGTGAAAGTGTATATATGTGACAGGGCCGAGTGGCCAACGTGATGGATGTGAAAGTGTATAAAT
1 ATGTGAAAGTGTATATATGTGATAAGGCCTAATGGCCGATGTGATGAATGTGAAAGTGTATATAT
3263 GTGATAAG
66 GTGATAAG
3271 TCCCGAAGGG
Statistics
Matches: 335, Mismatches: 12, Indels: 9
0.94 0.03 0.03
Matches are distributed among these distances:
137 136 0.41
140 121 0.36
141 22 0.07
143 56 0.17
ACGTcount: A:0.33, C:0.08, G:0.29, T:0.30
Consensus pattern (138 bp):
ATGTGAAAGTGTATATATGTGATAAGGCCTAATGGCCGATGTGATGAATGTGAAAGTGTATATAT
GTGATAAGGCCTAATCGATGTGATGAATGTGAAAGTGTATATATGTGATAAGGCCTAATGGCCGA
TGTGATGA
Found at i:3124 original size:25 final size:25
Alignment explanation
Indices: 3096--3173 Score: 65
Period size: 25 Copynumber: 3.3 Consensus size: 25
3086 CTAATGGCCG
3096 ATGTGATGAATGTGAAAGTGTATAT
1 ATGTGATGAATGTGAAAGTGTATAT
* *** ***
3121 ATGTGAT-AAGGCCTAA-TG--CCG
1 ATGTGATGAATGTGAAAGTGTATAT
3142 ATGTGATGAATGTGAAAGTGTATAT
1 ATGTGATGAATGTGAAAGTGTATAT
3167 ATGTGAT
1 ATGTGAT
3174 AAGGCCTAAT
Statistics
Matches: 35, Mismatches: 14, Indels: 8
0.61 0.25 0.14
Matches are distributed among these distances:
21 7 0.20
22 5 0.14
23 4 0.11
24 5 0.14
25 14 0.40
ACGTcount: A:0.33, C:0.05, G:0.28, T:0.33
Consensus pattern (25 bp):
ATGTGATGAATGTGAAAGTGTATAT
Found at i:5539 original size:39 final size:39
Alignment explanation
Indices: 5492--5877 Score: 538
Period size: 39 Copynumber: 10.1 Consensus size: 39
5482 AGGTCTCGAC
5492 GATG-ATCCGGGCTAAGTCCGAAGAGCATTCATGCTAGT
1 GATGTATCCGGGCTAAGTCCGAAGAGCATTCATGCTAGT
*
5530 GATGTATCCGGGCTAAGTCCGAAGAGCATTCGTGCTAGT
1 GATGTATCCGGGCTAAGTCCGAAGAGCATTCATGCTAGT
5569 GATGTATCCGGGCTAAGTCCCGAAGAGCATTCATGCTAGT
1 GATGTATCCGGGCTAAGT-CCGAAGAGCATTCATGCTAGT
5609 GATGTATCCGGGCTAAGTCCGAAGAGCATTCATGCTAGT
1 GATGTATCCGGGCTAAGTCCGAAGAGCATTCATGCTAGT
*
5648 GATGTATCCGGGCTAAGTCCGAAGAGCATTCGTGCTAGT
1 GATGTATCCGGGCTAAGTCCGAAGAGCATTCATGCTAGT
*
5687 GATGTATCCGGACTAAGTCCGAAGAGCATTCATGCTAGT
1 GATGTATCCGGGCTAAGTCCGAAGAGCATTCATGCTAGT
*
5726 GATGTATCCGGGCTAAGTTCCGAAGAGCATTCGTGCTAGT
1 GATGTATCCGGGCTAAG-TCCGAAGAGCATTCATGCTAGT
* *
5766 -ATATATCC-GGCTAA---CGAAGAGCATTCGTGCT-GT
1 GATGTATCCGGGCTAAGTCCGAAGAGCATTCATGCTAGT
* ** * *
5799 GA--TATCCGTGCTAAACCCGAAGAGCATTCGTGCTGGT
1 GATGTATCCGGGCTAAGTCCGAAGAGCATTCATGCTAGT
* * * * *
5836 GTTATATCCGGGCTAGGTCCCGAAGAGCAATCATGCTGGT
1 GATGTATCCGGGCTAAGT-CCGAAGAGCATTCATGCTAGT
5876 GA
1 GA
5878 CGTGTATTCG
Statistics
Matches: 319, Mismatches: 17, Indels: 22
0.89 0.05 0.06
Matches are distributed among these distances:
32 5 0.02
33 7 0.02
34 18 0.06
36 17 0.05
37 3 0.01
38 10 0.03
39 180 0.56
40 79 0.25
ACGTcount: A:0.25, C:0.21, G:0.28, T:0.25
Consensus pattern (39 bp):
GATGTATCCGGGCTAAGTCCGAAGAGCATTCATGCTAGT
Found at i:5704 original size:118 final size:117
Alignment explanation
Indices: 5492--5877 Score: 560
Period size: 118 Copynumber: 3.4 Consensus size: 117
5482 AGGTCTCGAC
5492 GATG-ATCCGGGCTAAGTCCGAAGAGCATTCATGCTAGTGATGTATCCGGGCTAAGTCCGAAGAG
1 GATGTATCCGGGCTAAGTCCGAAGAGCATTCATGCTAGTGATGTATCCGGGCTAAGTCCGAAGAG
5556 CATTCGTGCTAGTGATGTATCCGGGCTAAGTCCCGAAGAGCATTCATGCTAGT
66 CATTCGTGCTAGTGATGTATCC-GGCTAAGTCCCGAAGAGCATTCATGCTAGT
5609 GATGTATCCGGGCTAAGTCCGAAGAGCATTCATGCTAGTGATGTATCCGGGCTAAGTCCGAAGAG
1 GATGTATCCGGGCTAAGTCCGAAGAGCATTCATGCTAGTGATGTATCCGGGCTAAGTCCGAAGAG
5674 CATTCGTGCTAGTGATGTATCCGGACTAAGT-CCGAAGAGCATTCATGCTAGT
66 CATTCGTGCTAGTGATGTATCCGG-CTAAGTCCCGAAGAGCATTCATGCTAGT
* *
5726 GATGTATCCGGGCTAAGTTCCGAAGAGCATTCGTGCTAGT-ATATATCC-GGCTAA---CGAAGA
1 GATGTATCCGGGCTAAG-TCCGAAGAGCATTCATGCTAGTGATGTATCCGGGCTAAGTCCGAAGA
* * *
5786 GCATTCGTGCT-GTGA--TATCCGTGCTAA-ACCCGAAGAGCATTCGTGCTGGT
65 GCATTCGTGCTAGTGATGTATCCG-GCTAAGTCCCGAAGAGCATTCATGCTAGT
* * * * *
5836 GTTATATCCGGGCTAGGTCCCGAAGAGCAATCATGCTGGTGA
1 GATGTATCCGGGCTAAGT-CCGAAGAGCATTCATGCTAGTGA
5878 CGTGTATTCG
Statistics
Matches: 251, Mismatches: 11, Indels: 20
0.89 0.04 0.07
Matches are distributed among these distances:
109 1 0.00
110 61 0.24
111 2 0.01
112 4 0.02
113 17 0.07
116 6 0.02
117 51 0.20
118 109 0.43
ACGTcount: A:0.25, C:0.21, G:0.28, T:0.25
Consensus pattern (117 bp):
GATGTATCCGGGCTAAGTCCGAAGAGCATTCATGCTAGTGATGTATCCGGGCTAAGTCCGAAGAG
CATTCGTGCTAGTGATGTATCCGGCTAAGTCCCGAAGAGCATTCATGCTAGT
Found at i:9442 original size:96 final size:94
Alignment explanation
Indices: 9256--10032 Score: 1331
Period size: 96 Copynumber: 8.3 Consensus size: 94
9246 GATAATTGTG
9256 ATGTG-AA-TGTATATATGTGATAAGGCCTAATGGCCGATGTGATGAATGTGAAAGTGTATATAT
1 ATGTGAAAGTGTATATATGTGATAAGGCCTAATGGCCGATGTGATGAATGTGAAAGTGTATATAT
9319 GTGATAAGGCCTAATGGCC-ATGTGATGA
66 GTGATAAGGCCTAATGGCCGATGTGATGA
9347 ATGTGAAAGTGTATATATTGTGATAAGGCCTAATGGCCGATGTGATGAATGTGAAAGTGTATATA
1 ATGTGAAAGTGTATATA-TGTGATAAGGCCTAATGGCCGATGTGATGAATGTGAAAGTG--TATA
9412 TATGTGATAAGGCCTAAT-GCCGATGTGATGA
63 TATGTGATAAGGCCTAATGGCCGATGTGATGA
9443 ATGTGAAAGTGTATATATGTGATAAGGCC-AATGGCCGATGTGATGAATGTGAAAGTGTATATAT
1 ATGTGAAAGTGTATATATGTGATAAGGCCTAATGGCCGATGTGATGAATGTGAAAGTGTATATAT
9507 GTGATAAGG-CTAATGGCCGATGTGATGA
66 GTGATAAGGCCTAATGGCCGATGTGATGA
9535 ATGTGAAAGTGTATATATGTGATAAGGCCTAATGG-CGATGTGATGAATGTGAAAGTGTATATAT
1 ATGTGAAAGTGTATATATGTGATAAGGCCTAATGGCCGATGTGATGAATGTGAAAGTGTATATAT
9599 GTGATAAGGCCTAATGGCCGATGTGATGA
66 GTGATAAGGCCTAATGGCCGATGTGATGA
9628 ATGTGAAAGTGTATATATGTGATAAGGCCTAATGGCCGATGTGATGAATGTGAAAGTGTATATAT
1 ATGTGAAAGTGTATATATGTGATAAGGCCTAATGGCCGATGTGATGAATGTGAAAGTG--TATAT
9693 ATGTGATAAGGCCTAATGGCCGATGTGATGA
64 ATGTGATAAGGCCTAATGGCCGATGTGATGA
9724 ATGTGAAAGTGTATATATGTGTGATAAGGCCTAATGGCCGATGTGATGAATGTGAAAGTGTATAT
1 ATGTGAAAGTGTATATA--TGTGATAAGGCCTAATGGCCGATGTGATGAATGTGAAAGTGTATAT
9789 ATGTGATAAGGCCTAATGGCCGATGTGATGA
64 ATGTGATAAGGCCTAATGGCCGATGTGATGA
9820 ATGTGAAAGTGTATATATATGTGATAAGGCCTAATGGCCGATGTGATGAATGTGAAAGTGTATAT
1 ATGTGAAAGTG--TATATATGTGATAAGGCCTAATGGCCGATGTGATGAATGTGAAAGTGTATAT
*
9885 ATGTGATAAGGCCTAATAGCCGATGTGATGA
64 ATGTGATAAGGCCTAATGGCCGATGTGATGA
9916 ATGTGAAAGTGTATATATGTGATAAGG-CTAAT-GCCGATGTGATG-ATGTGAAAGTGTATATAT
1 ATGTGAAAGTGTATATATGTGATAAGGCCTAATGGCCGATGTGATGAATGTGAAAGTGTATATAT
* * * * * *
9978 GTGACAGGGCCGAGTGGCCAATGTGATGG
66 GTGATAAGGCCTAATGGCCGATGTGATGA
*
10007 ATGTGAAAGTGTATAAATGTGATAAG
1 ATGTGAAAGTGTATATATGTGATAAG
10033 TCCGAAGGGC
Statistics
Matches: 661, Mismatches: 9, Indels: 32
0.94 0.01 0.05
Matches are distributed among these distances:
91 75 0.11
92 110 0.17
93 72 0.11
94 107 0.16
95 15 0.02
96 235 0.36
98 47 0.07
ACGTcount: A:0.32, C:0.08, G:0.30, T:0.30
Consensus pattern (94 bp):
ATGTGAAAGTGTATATATGTGATAAGGCCTAATGGCCGATGTGATGAATGTGAAAGTGTATATAT
GTGATAAGGCCTAATGGCCGATGTGATGA
Found at i:9711 original size:49 final size:47
Alignment explanation
Indices: 9256--10032 Score: 1331
Period size: 47 Copynumber: 16.6 Consensus size: 47
9246 GATAATTGTG
9256 ATGTG-AA-TGTATATATGTGATAAGGCCTAATGGCCGATGTGATGA
1 ATGTGAAAGTGTATATATGTGATAAGGCCTAATGGCCGATGTGATGA
9301 ATGTGAAAGTGTATATATGTGATAAGGCCTAATGGCC-ATGTGATGA
1 ATGTGAAAGTGTATATATGTGATAAGGCCTAATGGCCGATGTGATGA
9347 ATGTGAAAGTGTATATATTGTGATAAGGCCTAATGGCCGATGTGATGA
1 ATGTGAAAGTGTATATA-TGTGATAAGGCCTAATGGCCGATGTGATGA
9395 ATGTGAAAGTGTATATATATGTGATAAGGCCTAAT-GCCGATGTGATGA
1 ATGTGAAAGTG--TATATATGTGATAAGGCCTAATGGCCGATGTGATGA
9443 ATGTGAAAGTGTATATATGTGATAAGGCC-AATGGCCGATGTGATGA
1 ATGTGAAAGTGTATATATGTGATAAGGCCTAATGGCCGATGTGATGA
9489 ATGTGAAAGTGTATATATGTGATAAGG-CTAATGGCCGATGTGATGA
1 ATGTGAAAGTGTATATATGTGATAAGGCCTAATGGCCGATGTGATGA
9535 ATGTGAAAGTGTATATATGTGATAAGGCCTAATGG-CGATGTGATGA
1 ATGTGAAAGTGTATATATGTGATAAGGCCTAATGGCCGATGTGATGA
9581 ATGTGAAAGTGTATATATGTGATAAGGCCTAATGGCCGATGTGATGA
1 ATGTGAAAGTGTATATATGTGATAAGGCCTAATGGCCGATGTGATGA
9628 ATGTGAAAGTGTATATATGTGATAAGGCCTAATGGCCGATGTGATGA
1 ATGTGAAAGTGTATATATGTGATAAGGCCTAATGGCCGATGTGATGA
9675 ATGTGAAAGTGTATATATATGTGATAAGGCCTAATGGCCGATGTGATGA
1 ATGTGAAAGTG--TATATATGTGATAAGGCCTAATGGCCGATGTGATGA
9724 ATGTGAAAGTGTATATATGTGTGATAAGGCCTAATGGCCGATGTGATGA
1 ATGTGAAAGTGTATATA--TGTGATAAGGCCTAATGGCCGATGTGATGA
9773 ATGTGAAAGTGTATATATGTGATAAGGCCTAATGGCCGATGTGATGA
1 ATGTGAAAGTGTATATATGTGATAAGGCCTAATGGCCGATGTGATGA
9820 ATGTGAAAGTGTATATATATGTGATAAGGCCTAATGGCCGATGTGATGA
1 ATGTGAAAGTG--TATATATGTGATAAGGCCTAATGGCCGATGTGATGA
*
9869 ATGTGAAAGTGTATATATGTGATAAGGCCTAATAGCCGATGTGATGA
1 ATGTGAAAGTGTATATATGTGATAAGGCCTAATGGCCGATGTGATGA
9916 ATGTGAAAGTGTATATATGTGATAAGG-CTAAT-GCCGATGTGATG-
1 ATGTGAAAGTGTATATATGTGATAAGGCCTAATGGCCGATGTGATGA
* * * * * *
9960 ATGTGAAAGTGTATATATGTGACAGGGCCGAGTGGCCAATGTGATGG
1 ATGTGAAAGTGTATATATGTGATAAGGCCTAATGGCCGATGTGATGA
*
10007 ATGTGAAAGTGTATAAATGTGATAAG
1 ATGTGAAAGTGTATATATGTGATAAG
10033 TCCGAAGGGC
Statistics
Matches: 704, Mismatches: 9, Indels: 36
0.94 0.01 0.05
Matches are distributed among these distances:
44 25 0.04
45 24 0.03
46 192 0.27
47 256 0.36
48 44 0.06
49 157 0.22
50 6 0.01
ACGTcount: A:0.32, C:0.08, G:0.30, T:0.30
Consensus pattern (47 bp):
ATGTGAAAGTGTATATATGTGATAAGGCCTAATGGCCGATGTGATGA
Done.