genome.fa.s25.2.7.7.80.10.50.1000.20.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_D12
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  58873029

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          193   194   195   196   

This is table  20  of  196  ( 23409 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
5840603--5840706	49	2.1	49	89	0	154	50	10	7	31	1.65
5840814--5840928	56	2.1	56	96	0	212	36	12	6	44	1.69
5841102--5841151	26	1.9	26	88	8	75	44	0	0	56	0.99
5841145--5841207	32	2.0	32	96	0	117	34	11	12	41	1.79
5841410--5841462	25	2.1	25	96	0	97	43	18	7	30	1.78
5841416--5841471	25	2.2	25	93	0	94	42	19	7	30	1.78
5841967--5842001	10	3.5	10	100	0	70	42	28	8	20	1.81
5843475--5843513	18	2.3	18	86	8	55	43	12	5	38	1.65
5843670--5843700	15	2.1	15	93	0	53	25	32	6	35	1.82
5847062--5847091	15	2.0	15	93	0	51	23	46	6	23	1.75
5847832--5847870	18	2.3	18	86	8	55	43	12	5	38	1.65
5848027--5848057	15	2.1	15	93	0	53	25	32	6	35	1.82
5872263--5872288	12	2.2	12	100	0	52	7	15	30	46	1.74
5872278--5872369	40	2.3	39	79	7	94	32	22	23	20	1.98
5872295--5872391	40	2.4	40	81	3	106	36	23	21	18	1.95
5872450--5872706	41	6.2	41	89	1	381	26	20	22	30	1.98
5873062--5873093	14	2.2	15	94	5	57	31	0	31	37	1.58
5873124--5873151	7	4.0	7	100	0	56	14	0	57	28	1.38
5873194--5873355	82	2.0	82	90	2	254	25	1	27	45	1.61
5874017--5874076	26	2.3	26	82	2	66	65	10	3	21	1.38
5878711--5878810	43	2.3	43	84	0	128	23	18	30	29	1.97
5879435--5879529	28	3.4	28	79	2	111	18	21	7	52	1.69
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
5879459--5879574	28	4.1	28	77	3	126	20	19	4	55	1.60
5886218--5886308	39	2.2	41	82	5	105	38	3	6	51	1.44
5886951--5887175	10	23.6	9	69	15	80	62	2	3	31	1.24
5887076--5887155	29	2.8	29	76	14	85	65	1	3	30	1.18
5887071--5887119	21	2.5	20	83	12	66	63	0	2	34	1.06
5887129--5887176	18	2.5	19	83	10	62	68	4	2	25	1.18
5887509--5887568	16	3.7	17	78	10	63	33	3	0	63	1.11
5887622--5887659	19	2.1	19	90	5	60	13	0	5	81	0.85
5889994--5890606	264	2.3	264	85	3	797	36	12	12	39	1.81
5898630--5898671	3	14.0	3	100	0	84	66	0	33	0	0.92
5899319--5899381	25	2.6	24	78	16	67	50	1	0	47	1.10
5900019--5900059	22	1.9	21	90	5	64	17	4	2	75	1.08
5902763--5902802	21	1.9	21	94	0	71	22	10	15	52	1.71
5904588--5904633	3	15.7	3	95	4	85	65	0	34	0	0.93
5906154--5906179	13	2.0	13	100	0	52	69	7	0	23	1.14
5906429--5906499	10	6.7	10	75	12	70	71	0	28	0	0.86
5906419--5906535	20	5.6	20	76	14	103	68	0	30	0	0.96
5906435--5906535	24	4.5	24	80	14	117	68	0	30	0	0.96
5906417--5906508	10	10.1	9	74	22	68	69	0	29	1	0.95
5908445--5908665	40	5.5	40	92	0	361	30	19	21	28	1.97
5914734--5914954	40	5.5	40	93	0	379	29	19	22	28	1.98
5916801--5916883	41	2.0	41	95	0	148	25	36	21	16	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
5920120--5920179	25	2.4	26	81	13	72	70	11	0	18	1.17
5920253--5920294	3	14.0	3	94	0	75	0	64	0	35	0.94
5924384--5924485	3	33.0	3	75	9	89	31	3	2	61	1.29
5924386--5924485	31	3.2	31	76	9	87	32	4	3	61	1.30
5930991--5931197	44	4.6	45	81	9	237	26	24	25	23	2.00
5930991--5931209	89	2.5	89	92	0	357	27	24	25	22	2.00
5930991--5931217	45	5.1	45	79	9	250	27	23	25	22	2.00
5931201--5931592	95	4.1	95	92	1	624	30	17	22	29	1.97
5931279--5931678	190	2.1	188	82	5	466	32	16	22	29	1.95
5931580--5931848	132	2.0	132	86	1	378	35	17	21	25	1.95
5933318--5933374	8	7.0	8	75	11	53	36	5	8	49	1.57
5933318--5933384	33	2.0	33	97	0	125	34	7	8	49	1.62
5933332--5933393	19	3.5	19	72	20	71	30	9	12	46	1.74
5937235--5937279	23	2.0	22	83	12	56	37	6	2	53	1.40
5941220--5941273	25	2.2	25	82	0	63	18	24	48	9	1.77
5941305--5941342	18	2.1	19	90	9	62	10	5	39	44	1.61
5941310--5941349	18	2.3	17	82	4	53	12	5	37	45	1.64
5944346--5944379	17	2.0	17	100	0	68	35	5	29	29	1.81
5944866--5944962	30	3.3	29	82	7	115	38	20	1	40	1.60
5944866--5944974	30	3.7	28	76	13	112	37	21	1	39	1.64
5945314--5945350	11	3.4	11	85	14	58	70	0	29	0	0.88
5945433--5945479	4	12.0	4	78	13	53	78	0	21	0	0.75
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
5946262--5946301	21	1.9	21	89	0	62	47	10	2	40	1.50
5952000--5952029	4	7.5	4	100	0	60	76	0	0	23	0.78
5952813--5952848	3	12.0	3	100	0	72	33	0	0	66	0.92
5957063--5957253	50	3.8	50	81	4	206	30	27	17	24	1.97
5960373--5960463	47	1.9	48	86	6	132	36	25	14	24	1.93
5965071--5965113	19	2.3	19	100	0	86	32	0	23	44	1.54
5965156--5965294	51	2.8	50	84	3	172	32	26	15	25	1.96
5965154--5965404	50	5.0	50	72	9	197	31	25	16	25	1.97
5970288--5970329	21	2.0	21	100	0	84	38	14	14	33	1.86
5971110--5972170	75	14.1	75	83	2	1142	29	17	19	33	1.94
5971110--5972137	151	6.8	150	85	1	1151	29	17	19	33	1.95
5972466--5972589	29	4.3	30	88	4	157	35	20	4	39	1.72
5972925--5972960	11	3.3	11	85	14	56	72	0	27	0	0.85
5972926--5972967	22	2.0	20	90	9	66	69	0	30	0	0.89
5973074--5973148	4	20.2	4	74	20	58	74	0	24	1	0.89
5973069--5973153	21	4.1	22	86	11	126	75	0	23	1	0.87
5973069--5973153	10	8.2	10	79	18	86	75	0	23	1	0.87
5973067--5973161	18	5.2	18	75	20	74	74	0	24	1	0.88
5973498--5973532	10	3.5	10	88	0	52	85	0	14	0	0.59
5973498--5973535	11	3.7	11	83	16	55	81	0	18	0	0.69
5974704--5974749	23	1.9	25	91	8	78	28	21	4	45	1.71
5975393--5975577	46	4.0	46	90	0	289	29	24	9	36	1.87
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
5976805--5976852	17	2.9	17	84	3	62	56	16	0	27	1.41
5981634--5981761	64	2.0	64	100	0	256	29	15	25	29	1.96
5983834--5983903	20	3.5	20	72	16	63	62	0	4	32	1.14
5983886--5983935	9	5.9	8	81	9	55	76	2	0	22	0.89
5983887--5983936	25	1.9	26	88	8	75	78	2	0	20	0.86
5983918--5983953	11	3.2	11	84	7	54	63	0	2	33	1.08
5985038--5985186	74	2.0	73	90	1	235	30	7	25	36	1.83
5987775--5987805	15	2.1	15	100	0	62	32	0	25	41	1.56
5992214--5992283	28	2.5	27	81	11	70	51	2	1	44	1.25
5995406--5995445	21	2.0	21	85	5	55	5	25	0	70	1.08
5996134--5996173	21	1.9	21	100	0	80	30	27	15	27	1.96
6002631--6002659	3	9.7	3	100	0	58	65	0	34	0	0.93
6004019--6004056	13	3.0	13	92	3	60	65	0	0	34	0.93
6011045--6011138	48	2.0	48	81	12	113	41	26	10	21	1.85
6013547--6013640	48	2.0	48	83	12	122	41	27	10	20	1.85
6020017--6020208	63	3.0	63	100	0	384	29	10	12	47	1.75
6029583--6029631	23	2.0	25	84	11	66	30	18	0	51	1.47
6029784--6029815	3	10.7	3	100	0	64	65	0	0	34	0.93
6030709--6030746	3	12.7	3	100	0	76	65	0	0	34	0.93
6031452--6031476	10	2.5	10	100	0	50	28	0	0	72	0.86
6036190--6036214	13	1.9	13	100	0	50	32	0	0	68	0.90
6039989--6040014	6	4.3	6	100	0	52	38	0	0	61	0.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
6040857--6040892	15	2.5	15	95	4	65	58	5	2	33	1.36
6042220--6042471	128	2.0	129	81	5	296	28	21	19	29	1.98
6042364--6042471	44	2.5	44	81	6	130	30	21	20	27	1.98
6042778--6043197	44	9.7	44	82	6	500	27	24	18	28	1.98
6042784--6043197	214	1.9	214	93	1	706	27	24	19	28	1.98
6043197--6043696	88	5.7	87	86	2	658	21	23	26	29	1.99
6043208--6043511	44	6.9	45	66	9	176	20	25	27	26	1.99
6043197--6043696	177	2.8	177	88	1	709	21	23	26	29	1.99
6043197--6043696	265	1.9	264	86	0	703	21	23	26	29	1.99
6050591--6050625	15	2.4	15	95	4	63	57	5	2	34	1.37

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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