genome.fa.s25.2.7.7.80.10.50.1000.41.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_D12
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  58873029

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          193   194   195   196   

This is table  41  of  196  ( 23409 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
11338744--11338872	53	2.4	54	88	1	197	28	20	27	22	1.99
11339430--11339466	17	2.2	17	95	0	65	32	13	24	29	1.93
11340661--11340831	85	2.0	85	96	0	315	32	14	13	39	1.84
11347156--11347284	53	2.4	54	88	1	197	28	20	27	22	1.99
11347842--11347878	17	2.2	17	95	0	65	32	13	24	29	1.93
11348952--11349028	27	2.9	27	84	0	100	24	29	22	23	1.99
11354980--11355015	7	5.3	7	90	6	56	86	0	13	0	0.58
11356486--11356533	23	2.1	23	88	0	69	41	45	2	10	1.50
11356500--11356534	18	1.9	18	100	0	70	40	51	0	8	1.33
11356641--11356742	9	11.4	9	88	6	136	24	7	24	43	1.81
11356641--11356742	27	3.8	27	92	1	161	24	7	24	43	1.81
11357674--11357716	22	2.0	22	90	0	68	46	4	2	46	1.36
11357761--11357825	19	3.5	19	71	12	71	40	4	9	46	1.57
11357702--11357881	96	1.9	95	92	1	306	40	9	7	43	1.65
11357922--11357953	6	5.3	6	100	0	64	15	0	46	37	1.46
11357989--11358188	27	7.0	27	77	14	197	22	0	34	43	1.57
11358004--11358388	33	11.9	33	66	28	147	21	0	34	43	1.58
11358005--11358202	86	2.2	88	78	12	217	20	1	34	43	1.59
11358229--11358287	27	2.2	27	84	3	75	25	0	33	40	1.56
11358291--11358391	53	1.9	52	93	2	175	17	0	34	46	1.55
11358920--11358963	18	2.4	18	88	0	61	45	9	27	18	1.79
11360770--11360869	51	2.0	51	86	7	141	48	2	26	24	1.62
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
11360831--11360891	22	2.8	22	81	18	74	47	1	29	21	1.60
11360831--11360892	11	5.6	11	78	17	67	48	1	29	20	1.59
11362219--11362250	16	2.0	16	100	0	64	31	12	0	56	1.37
11362992--11363037	9	5.1	9	86	0	56	13	36	13	36	1.83
11366862--11366898	18	2.1	18	89	0	56	62	5	10	21	1.48
11369127--11369208	41	2.0	41	88	4	121	46	13	8	31	1.73
11373076--11373116	19	2.2	19	100	0	82	43	14	4	36	1.67
11380571--11380655	34	2.5	34	76	12	86	2	22	4	70	1.17
11388924--11388957	8	4.2	8	96	0	59	11	2	0	85	0.71
11390361--11390429	29	2.5	27	84	11	95	49	13	17	20	1.79
11391320--11391356	19	2.0	19	89	5	58	56	8	5	29	1.51
11391371--11391409	6	6.2	6	94	5	60	15	15	0	69	1.20
11391374--11391409	7	5.4	7	93	6	58	13	13	0	72	1.13
11391371--11391409	13	3.0	13	85	14	62	15	15	0	69	1.20
11391382--11391511	57	2.3	57	84	10	160	25	17	7	49	1.73
11404985--11405223	50	4.6	50	84	3	289	20	28	23	26	1.99
11405840--11405946	49	2.2	49	89	3	162	28	14	24	32	1.95
11406573--11406622	25	2.0	25	100	0	100	32	32	16	20	1.94
11409961--11410071	28	4.0	28	82	2	134	30	17	16	36	1.91
11409961--11410071	56	2.0	56	85	3	152	30	17	16	36	1.91
11410629--11410699	34	2.1	34	92	5	117	35	19	4	40	1.71
11412583--11412679	18	5.3	18	78	12	92	61	1	3	34	1.18
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
11412616--11412680	8	7.5	8	74	16	58	69	0	3	27	1.03
11412693--11412732	21	1.9	22	90	10	66	55	0	7	37	1.29
11412663--11412761	31	3.3	29	79	10	110	59	1	6	33	1.29
11412763--11412802	20	2.0	20	85	5	53	52	0	5	42	1.23
11412787--11412845	28	2.1	29	81	9	68	71	0	1	27	0.96
11413098--11413173	36	2.1	35	88	7	109	28	7	2	60	1.38
11417020--11417073	27	2.0	27	85	0	72	48	5	7	38	1.55
11418643--11418694	19	2.7	20	82	8	63	44	15	3	36	1.65
11421802--11421840	12	3.2	12	85	0	51	20	23	5	51	1.67
11422102--11422234	50	2.7	50	79	2	151	22	28	21	27	1.99
11424496--11424582	43	2.0	43	100	0	174	25	20	20	33	1.97
11428036--11428112	32	2.4	32	82	6	95	29	32	10	27	1.90
11428290--11428541	52	4.8	52	78	0	245	38	17	13	30	1.88
11429955--11430011	26	2.2	26	90	6	89	43	8	14	33	1.76
11434158--11434198	21	2.1	19	86	9	55	39	4	14	41	1.67
11441771--11441847	38	2.0	38	97	0	145	31	25	14	28	1.95
11455168--11455240	37	1.9	39	81	10	89	60	4	5	30	1.38
11476527--11476846	29	11.1	29	78	4	236	24	16	21	36	1.94
11476535--11476789	58	4.4	58	86	2	262	24	16	21	36	1.94
11478531--11478575	16	2.8	16	80	16	56	24	4	0	71	1.05
11482506--11482534	14	2.1	14	100	0	58	48	6	24	20	1.74
11486297--11486337	7	5.4	7	83	16	55	14	4	0	80	0.87
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
11491816--11491860	18	2.5	18	96	0	81	75	13	11	0	1.05
11494430--11494464	3	11.7	3	100	0	70	0	31	0	68	0.90
11496858--11496901	17	2.5	18	78	14	56	34	2	2	61	1.21
11496861--11496893	16	1.9	17	88	11	50	33	3	3	60	1.27
11499892--11499918	13	2.1	13	100	0	54	62	7	14	14	1.51
11519314--11519407	25	3.8	24	78	10	100	24	25	20	29	1.99
11519312--11519448	25	5.5	24	70	20	86	27	24	21	27	1.99
11541943--11542005	20	3.0	20	84	6	81	42	22	25	9	1.83
11544922--11544972	3	16.7	3	79	4	57	60	1	5	31	1.31
11546358--11546484	45	2.7	47	76	10	127	29	22	18	29	1.97
11546477--11547455	97	10.1	97	82	4	938	30	24	16	29	1.96
11546506--11547430	342	2.7	341	86	4	1197	30	24	16	29	1.96
11547582--11548083	44	11.3	44	74	9	319	29	22	18	29	1.98
11547619--11548036	89	4.7	88	75	12	232	29	23	18	28	1.98
11547701--11548082	132	2.9	133	78	7	384	28	23	19	28	1.98
11548413--11548470	24	2.4	24	97	0	107	25	29	12	32	1.92
11549371--11549499	44	3.0	44	89	1	197	14	22	18	44	1.86
11551143--11551183	21	2.0	21	85	0	55	31	4	0	63	1.15
11551406--11551437	16	2.0	16	93	0	55	25	15	0	59	1.36
11551665--11551801	47	2.8	51	85	7	201	29	27	17	25	1.97
11553669--11553712	11	3.8	12	83	16	58	0	20	0	79	0.73
11553665--11553712	23	2.0	24	88	11	73	0	22	0	77	0.78
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
11553708--11553774	29	2.3	29	89	2	100	20	2	7	68	1.28
11555694--11555724	16	1.9	16	93	0	53	41	22	12	22	1.88
11557617--11557663	3	15.3	3	78	12	51	63	2	4	29	1.25
11557617--11557663	15	3.3	13	85	11	58	63	2	4	29	1.25
11558356--11558399	23	1.9	23	86	9	63	22	4	2	70	1.17
11558842--11558907	19	3.3	19	80	12	78	68	0	4	27	1.09
11558846--11558897	22	2.5	20	87	9	70	69	0	5	25	1.10
11558842--11558907	20	3.3	20	78	17	66	68	0	4	27	1.09
11559058--11559104	15	3.0	16	81	6	51	51	8	0	40	1.33
11559079--11559104	8	3.2	8	100	0	52	53	11	0	34	1.37
11560706--11560760	29	1.9	27	85	10	74	27	27	20	25	1.99
11562380--11562449	25	2.8	25	81	10	81	14	25	21	38	1.91
11562380--11562459	25	3.2	24	74	8	72	13	26	22	37	1.91
11562556--11562633	24	3.2	23	77	12	68	15	24	20	39	1.91
11562503--11562664	25	6.6	25	73	13	97	18	23	21	36	1.95
11575488--11575621	27	5.0	27	80	6	119	23	23	35	17	1.96
11575487--11575654	54	3.1	54	77	2	149	25	22	33	19	1.97
11578493--11578543	26	2.0	26	88	0	75	23	25	13	37	1.92
11581763--11581788	3	8.7	3	100	0	52	0	34	65	0	0.93
11584997--11585029	17	1.9	17	88	11	50	66	30	3	0	1.06
11587245--11587269	12	2.1	12	100	0	50	24	36	24	16	1.94
11587428--11587503	9	8.4	9	85	0	98	39	22	11	26	1.88
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
11587595--11587635	5	7.6	5	84	15	55	4	0	53	41	1.22
11587594--11587628	18	1.9	18	100	0	70	8	0	51	40	1.33
11587593--11587668	28	2.7	28	81	6	73	14	1	44	39	1.53
11598885--11598950	33	2.0	33	100	0	132	42	15	15	27	1.86
11604487--11604511	13	1.9	13	100	0	50	48	16	28	8	1.74
11605663--11605692	15	1.9	16	93	6	53	43	0	6	50	1.28
11605684--11605718	18	2.0	17	88	5	52	45	0	0	54	0.99
11605697--11605882	59	3.1	59	68	11	180	44	3	3	49	1.34
11605621--11605972	120	2.9	120	98	0	677	43	2	4	49	1.35
11605783--11605812	15	1.9	16	93	6	53	43	0	6	50	1.28

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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