genome.fa.s25.2.7.7.80.10.50.1000.84.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_D12
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  58873029

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   

This is table  84  of  196  ( 23409 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24110168--24110209	18	2.4	18	84	4	50	42	2	14	40	1.58
24112469--24112809	27	12.7	27	81	2	330	32	18	22	26	1.97
24112800--24112867	26	2.7	26	73	13	70	27	11	20	39	1.88
24112854--24112907	24	2.2	24	86	0	72	16	12	25	44	1.84
24113027--24113080	26	2.1	26	92	0	90	16	22	25	35	1.95
24113039--24113092	26	2.1	26	89	0	81	12	22	31	33	1.92
24113080--24113164	32	2.7	32	83	5	93	17	22	23	36	1.95
24115973--24116146	94	1.9	93	88	1	267	40	9	5	44	1.60
24120418--24120482	25	2.7	25	79	9	64	30	13	6	49	1.67
24120430--24120482	25	2.2	25	83	12	67	32	13	5	49	1.65
24124925--24125460	266	2.0	266	93	0	912	22	19	22	35	1.96
24128203--24128258	25	2.4	22	78	16	67	21	10	48	19	1.79
24128209--24128262	25	2.2	25	93	0	90	22	9	48	20	1.78
24129760--24129952	27	7.1	27	82	9	198	42	17	15	25	1.87
24129760--24129952	81	2.4	81	83	6	232	42	17	15	25	1.87
24151669--24151706	16	2.4	17	82	13	53	5	23	0	71	1.07
24160242--24160411	58	2.9	58	91	0	268	23	27	11	38	1.89
24160245--24160418	29	6.0	29	84	0	231	21	27	12	37	1.90
24165978--24166028	21	2.4	22	83	6	61	7	21	1	68	1.25
24165990--24166036	21	2.2	21	85	14	62	8	19	0	72	1.10
24165990--24166050	20	3.1	19	77	15	52	6	22	0	70	1.10
24169081--24169147	30	2.2	30	84	5	100	23	22	14	38	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24169221--24169287	30	2.2	30	94	0	116	22	22	16	38	1.92
24169355--24169444	30	3.0	30	90	0	135	27	23	11	37	1.89
24169003--24169428	141	3.0	141	93	0	701	26	22	16	34	1.95
24174312--24174357	20	2.3	20	79	17	60	13	23	6	56	1.60
24177288--24177394	25	4.3	24	79	10	108	26	20	21	31	1.98
24177288--24177415	50	2.5	50	81	9	136	28	20	21	29	1.98
24177332--24177410	25	3.1	25	87	3	104	29	22	17	30	1.97
24186991--24187039	23	2.1	23	100	0	98	28	8	16	46	1.75
24194161--24194350	41	4.6	41	85	5	233	36	15	26	21	1.93
24194268--24194329	20	3.0	20	65	21	56	37	16	29	17	1.92
24210643--24210680	19	1.9	20	89	10	60	39	5	7	47	1.55
24235118--24235172	22	2.4	22	82	14	67	30	0	18	50	1.47
24235358--24235392	16	2.1	17	89	5	54	17	5	17	60	1.55
24242821--24242847	14	1.9	14	100	0	54	18	7	7	66	1.40
24247255--24247294	19	2.1	19	85	0	53	60	5	5	30	1.40
24251243--24251281	14	2.8	14	88	0	60	43	2	23	30	1.67
24253274--24253329	27	2.0	28	89	3	87	25	7	14	53	1.66
24257213--24257257	20	2.2	20	100	0	90	20	0	17	62	1.33
24258328--24258392	16	4.1	16	89	0	103	40	4	33	21	1.74
24258372--24258468	44	2.2	44	87	5	133	31	5	28	34	1.79
24258643--24258961	102	3.2	100	91	4	516	50	5	1	42	1.37
24258794--24258838	22	2.0	23	86	4	65	57	2	0	40	1.11
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24258811--24258857	12	3.8	12	78	10	58	55	0	0	44	0.99
24262971--24263042	35	2.1	35	97	0	135	20	31	6	40	1.79
24266450--24266694	40	6.2	40	78	0	258	21	25	17	35	1.95
24267139--24267205	16	4.2	16	92	0	107	40	4	34	20	1.73
24267417--24267458	15	2.7	16	82	14	52	52	2	0	45	1.13
24267426--24267467	15	2.9	15	82	10	52	52	0	0	47	1.00
24267415--24267712	120	2.5	121	94	1	519	49	4	2	43	1.36
24267557--24267591	18	2.0	17	88	5	52	54	0	0	45	0.99
24267465--24267652	61	3.1	61	68	22	178	47	6	2	42	1.44
24267728--24268025	91	3.3	91	94	0	508	46	4	3	45	1.39
24270649--24270716	33	2.1	33	91	0	109	45	11	30	11	1.77
24277458--24277687	27	8.6	27	85	5	288	31	28	13	26	1.94
24277460--24277687	82	2.8	79	84	3	278	31	28	13	26	1.94
24285502--24285706	27	7.6	27	85	4	252	29	28	15	26	1.96
24289017--24289053	18	2.1	18	94	0	65	21	27	13	37	1.91
24289777--24289843	30	2.2	30	78	5	73	47	8	16	26	1.76
24291265--24291319	29	2.0	27	82	13	67	61	10	12	14	1.56
24295280--24295334	29	2.0	27	82	13	67	60	10	14	14	1.60
24303585--24303830	40	6.2	39	83	3	258	22	26	15	35	1.94
24303586--24303830	80	3.1	80	84	1	303	22	26	15	35	1.94
24303585--24303830	120	2.0	121	85	3	336	22	26	15	35	1.94
24313769--24313846	33	2.4	33	80	4	95	42	32	7	17	1.78
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24319585--24319632	24	2.0	24	83	0	60	37	10	33	18	1.85
24321296--24321413	33	3.6	33	87	4	166	40	32	8	18	1.81
24322485--24322534	22	2.2	22	82	13	57	32	4	16	48	1.64
24327099--24327476	190	2.0	190	86	0	531	25	11	26	37	1.90
24332907--24333095	51	3.7	50	86	5	231	25	13	25	35	1.92
24333427--24333484	29	2.0	27	84	15	73	17	6	18	56	1.62
24340129--24340188	23	2.6	23	84	10	86	18	8	20	53	1.70
24340997--24341060	31	2.1	31	90	0	101	32	17	1	48	1.56
24341103--24341191	37	2.4	37	94	0	160	43	14	6	34	1.72
24341261--24341324	33	1.9	33	100	0	128	42	15	6	35	1.72
24342907--24342933	11	2.5	11	100	0	54	22	7	18	51	1.70
24344342--24344549	44	4.6	44	68	16	129	45	3	4	46	1.41
24344342--24344549	91	2.3	91	92	0	335	45	3	4	46	1.41
24344464--24344524	28	2.2	28	85	5	81	45	0	3	50	1.17
24344576--24344884	59	5.2	56	66	22	166	42	3	4	49	1.40
24344638--24344945	61	5.1	61	67	17	248	42	2	6	48	1.41
24344686--24344720	18	2.0	17	88	5	52	45	0	0	54	0.99
24344810--24344861	15	3.6	15	80	12	56	44	0	1	53	1.11
24344939--24344980	15	2.7	16	82	14	52	45	0	2	52	1.13
24344930--24344971	15	2.9	15	82	10	52	47	0	0	52	1.00
24344565--24344977	120	3.4	120	96	0	738	42	2	5	49	1.39
24345180--24345217	16	2.4	16	86	0	58	28	34	2	34	1.71
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24349156--24349203	18	2.7	18	93	0	78	37	12	10	39	1.77
24349332--24349361	4	7.5	4	100	0	60	23	0	0	76	0.78
24349856--24349943	37	2.4	37	84	5	124	37	40	1	20	1.60
24350756--24350825	21	3.6	19	77	15	54	37	37	4	21	1.73
24350732--24350827	38	2.5	37	80	8	104	34	38	3	23	1.71
24351336--24351451	41	2.8	40	87	7	171	29	28	22	19	1.98
24351486--24351620	40	3.4	39	80	9	139	21	19	21	37	1.94
24352823--24352868	22	2.1	22	88	8	67	43	13	2	41	1.55
24361396--24361422	14	1.9	14	100	0	54	44	0	14	40	1.46
24361939--24361990	16	3.4	15	74	10	52	48	0	0	51	1.00
24361949--24361996	16	3.0	16	75	6	53	52	0	0	47	1.00
24361971--24362046	31	2.3	32	77	16	77	50	0	1	48	1.09
24362073--24362114	21	2.0	21	95	0	75	50	9	0	40	1.35
24367352--24367415	31	2.1	31	100	0	128	39	26	0	34	1.57
24368108--24368150	21	2.0	21	81	9	50	60	9	4	25	1.47
24371897--24371982	42	2.0	43	91	6	140	33	9	33	23	1.87
24378563--24378613	25	2.0	25	100	0	102	41	7	7	43	1.63
24379095--24379156	26	2.5	26	84	7	85	38	6	17	37	1.76
24379483--24379513	16	1.9	16	93	0	53	29	0	6	64	1.18
24379797--24379841	7	6.7	7	87	7	67	73	2	0	24	0.95
24383554--24383645	48	1.9	48	86	0	130	32	4	39	23	1.75
24387018--24387199	40	4.6	40	79	11	180	25	28	21	24	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24387021--24387198	79	2.3	80	81	8	206	24	28	22	24	1.99
24387018--24387198	39	4.6	38	80	11	181	25	28	22	24	1.99
24391822--24392083	40	6.6	40	84	5	282	25	27	20	25	1.99
24391820--24392083	79	3.3	79	84	5	284	26	28	20	25	1.99
24391822--24392083	119	2.2	119	81	5	298	25	27	20	25	1.99
24392015--24392092	40	1.9	41	82	10	97	26	28	20	24	1.99
24396400--24396446	12	3.2	16	69	25	50	61	4	2	31	1.27
24402471--24402557	31	2.7	31	91	7	131	63	1	3	32	1.19
24402492--24402552	11	5.6	11	74	21	58	59	1	3	36	1.24
24403235--24403266	9	3.7	9	95	4	57	34	9	0	56	1.32

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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