Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: Scaffold1968
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 1000
Length: 34256
ACGTcount: A:0.35, C:0.19, G:0.15, T:0.30
Found at i:844 original size:18 final size:19
Alignment explanation
Indices: 812--847 Score: 56
Period size: 19 Copynumber: 1.9 Consensus size: 19
802 GAACTAACTC
*
812 TAAAAATGATGAAAACAAG
1 TAAAAATAATGAAAACAAG
831 TAAAAATAAT-AAAACAA
1 TAAAAATAATGAAAACAA
848 AAATTTGAAA
Statistics
Matches: 16, Mismatches: 1, Indels: 1
0.89 0.06 0.06
Matches are distributed among these distances:
18 7 0.44
19 9 0.56
ACGTcount: A:0.69, C:0.06, G:0.08, T:0.17
Consensus pattern (19 bp):
TAAAAATAATGAAAACAAG
Found at i:1763 original size:391 final size:393
Alignment explanation
Indices: 841--2190 Score: 2373
Period size: 391 Copynumber: 3.4 Consensus size: 393
831 TAAAAATAAT
841 AAAAC-AAAAATTTGAAAAGTTATAAAATCTAATAAAAACTAGCCTAAAAGCTAGAATTTACTCC
1 AAAACAAAAAATTTGAAAAGTTATAAAATCTAATAAAAACTAGCCTAAAAGCTAGAATTTACTCC
*
905 TGAAATACTATGAGAACTATTTTAAATAATTTTAAATATGAGTTATAATGTAACACCCTAAACTC
66 TGAAATACTATGAGAACTATTTTAAATAATTTTAAATATGAGTTATAATGTAACACCCTCAACTC
970 GACCTGATTCATGGGATCTAGATTTCGGGTGTTACCATAAAAAAACTTAACCGTTTAACAAAATC
131 GACCTGATTCATGGGATCTAGATTTCGGGTGTTACC--AAAAAAACTTAACCGTTTAACAAAATC
1035 AATTCACAATTTCTTTCTTCTTTAAAACATTTCCTGTGGCATTCCAATTGAAATGCTTAATATAT
194 AATTCACAATTTCTTTCTTCTTTAAAACATTTCCTGTGGCATTCCAATTGAAATGCTTAATATAT
*
1100 GAAGGTAAAGAAAATGCCCTACAATAGTTTATCATGTGAATTTAGATACAAATCTTTACGAAAAG
259 GAAGGTAAAGAAAATGCCCTACAATAGTTTATCATGTGAATCTAGATACAAATCTTTACGAAAAG
* *
1165 AAGTTCAACAAAAACAGACTAAAAGGGGTGTATTCCTAGATCATGCCAAAATAAAGAAAAACATA
324 AAGTT----TAAAACAGACTAAAAGGGGTGTATTCCTAGATCATGCCAAAATAAATAAAAACATA
1230 ATTAATTTG
385 ATTAATTTG
1239 AAAACAAACAAATTTGAAAAGTTATAAAATCTAATAAAAACTAGCCTAAAAGCTAGAATTTACTC
1 AAAACAAA-AAATTTGAAAAGTTATAAAATCTAATAAAAACTAGCCTAAAAGCTAGAATTTACTC
1304 CTGAAATACTATGAGAACTATTTTAAATAATTTTAAATATGAGTTATAATGTAACACCCTCAACT
65 CTGAAATACTATGAGAACTATTTTAAATAATTTTAAATATGAGTTATAATGTAACACCCTCAACT
1369 CGACCTGATTCATGGGATCTAGATTTCGGGTGTTACCAAAAAAACTTAACCGTTT-A-AAAATCA
130 CGACCTGATTCATGGGATCTAGATTTCGGGTGTTACCAAAAAAACTTAACCGTTTAACAAAATCA
1432 ATTCACAATTTCTTTCTTCTTTAAAACATTTCCTGTGGCATTCCAATTGAAATGCTTAATATATG
195 ATTCACAATTTCTTTCTTCTTTAAAACATTTCCTGTGGCATTCCAATTGAAATGCTTAATATATG
1497 AAGGTAAAGAAAATGCCCTACAATAGTTTATCATGTGAATCTAGATACAAATCTTTACGAAAAGA
260 AAGGTAAAGAAAATGCCCTACAATAGTTTATCATGTGAATCTAGATACAAATCTTTACGAAAAGA
1562 AGTTTAAAACAGACTAAAAGGGGTGTATTCCTAGATCATGCCAAAAT-AATAAAAACATAATTAA
325 AGTTTAAAACAGACTAAAAGGGGTGTATTCCTAGATCATGCCAAAATAAATAAAAACATAATTAA
1626 TTTG
390 TTTG
*
1630 AAAACAAACAAATTTGAAAAGCTATAAAATCTAATAAAAACTAGCCTAAAAGCTAGAATTTACTC
1 AAAACAAA-AAATTTGAAAAGTTATAAAATCTAATAAAAACTAGCCTAAAAGCTAGAATTTACTC
1695 CTGAAATACTATGAGAACTATTTTAAATAATTTTAAATATGAGTTATAATGTAACACCCTCAACT
65 CTGAAATACTATGAGAACTATTTTAAATAATTTTAAATATGAGTTATAATGTAACACCCTCAACT
1760 CGACCTGATTCATGGGATCTAGATTTCGGGTGTTACCATAAAAAACTTAACCGTTTAACAAAATC
130 CGACCTGATTCATGGGATCTAGATTTCGGGTGTTACCA-AAAAAACTTAACCGTTTAACAAAATC
1825 AATTCACAATTTCTTTCTTCTTTAAAACATTTCCTGTGGCATTCCAATTGAAATGCTTAATATAT
194 AATTCACAATTTCTTTCTTCTTTAAAACATTTCCTGTGGCATTCCAATTGAAATGCTTAATATAT
*
1890 GAAGGTAAAGAAAATGCCCTACAATAGTTTATCA-GTTTAATCTAGATACAAATCTTTACGAAAA
259 GAAGGTAAAGAAAATGCCCTACAATAGTTTATCATG-TGAATCTAGATACAAATCTTTACGAAAA
** * *
1954 GAAGTTTAACATAAACAGACT-AAA------TACACCCAGATTATGCCAAAATAAATAAAAACAT
323 GAAGTTT---A-AAACAGACTAAAAGGGGTGTATTCCTAGATCATGCCAAAATAAATAAAAACAT
*
2012 AATTAATTTA
384 AATTAATTTG
2022 AAAACAAAAAATTTTGAAAAGTTATAAAATCTAATAAAAACTAGCCTAAAAAGCTAGAATTTACT
1 AAAACAAAAAA-TTTGAAAAGTTATAAAATCTAATAAAAACTAGCCT-AAAAGCTAGAATTTACT
2087 CCTGAAATACTATGAGAACTATTTTAAATAATTTTAAATATGAGTTATAATGTAACACCCTCAAC
64 CCTGAAATACTATGAGAACTATTTTAAATAATTTTAAATATGAGTTATAATGTAACACCCTCAAC
2152 TCGACCTGATTCATGGGATCTAGATTTCGGGTGTTACCA
129 TCGACCTGATTCATGGGATCTAGATTTCGGGTGTTACCA
2191 CAAAGTGTTG
Statistics
Matches: 927, Mismatches: 12, Indels: 31
0.96 0.01 0.03
Matches are distributed among these distances:
391 208 0.22
392 121 0.13
393 123 0.13
394 139 0.15
396 140 0.15
397 5 0.01
398 32 0.03
399 2 0.00
400 157 0.17
ACGTcount: A:0.42, C:0.15, G:0.12, T:0.31
Consensus pattern (393 bp):
AAAACAAAAAATTTGAAAAGTTATAAAATCTAATAAAAACTAGCCTAAAAGCTAGAATTTACTCC
TGAAATACTATGAGAACTATTTTAAATAATTTTAAATATGAGTTATAATGTAACACCCTCAACTC
GACCTGATTCATGGGATCTAGATTTCGGGTGTTACCAAAAAAACTTAACCGTTTAACAAAATCAA
TTCACAATTTCTTTCTTCTTTAAAACATTTCCTGTGGCATTCCAATTGAAATGCTTAATATATGA
AGGTAAAGAAAATGCCCTACAATAGTTTATCATGTGAATCTAGATACAAATCTTTACGAAAAGAA
GTTTAAAACAGACTAAAAGGGGTGTATTCCTAGATCATGCCAAAATAAATAAAAACATAATTAAT
TTG
Found at i:4967 original size:21 final size:22
Alignment explanation
Indices: 4938--4984 Score: 78
Period size: 21 Copynumber: 2.2 Consensus size: 22
4928 CAGAAGGAGT
*
4938 GAGTAGTACTTCGCAGCAGGTG
1 GAGTAGTACTCCGCAGCAGGTG
4960 GAGT-GTACTCCGCAGCAGGTG
1 GAGTAGTACTCCGCAGCAGGTG
4981 GAGT
1 GAGT
4985 TTGAGCAGAG
Statistics
Matches: 24, Mismatches: 1, Indels: 1
0.92 0.04 0.04
Matches are distributed among these distances:
21 20 0.83
22 4 0.17
ACGTcount: A:0.21, C:0.19, G:0.38, T:0.21
Consensus pattern (22 bp):
GAGTAGTACTCCGCAGCAGGTG
Found at i:8866 original size:399 final size:399
Alignment explanation
Indices: 5832--13968 Score: 14843
Period size: 399 Copynumber: 20.5 Consensus size: 399
5822 CGCTTCCGCA
*
5832 ACAAAAGAACTTAACCGTTTAACAAAATCAATTCACAATTTCTTTCTTCTTTAAAACATTTCCTG
1 ACAAAAAAACTTAACCGTTTAAC-AAATCAATTCACAATTTCTTTCTTCTTTAAAACATTTCCTG
5897 TGGCATTCCAATTGAAATGCTTAATATATGAAGGTAAAGAAAATGCCCTACAATAGTTTATCATG
65 TGGCATTCCAATTGAAATGCTTAATATATGAAGGTAAAGAAAATGCCCTACAATAGTTTATCATG
*
5962 TGAATCTAGATACAAATCTTTACGAAAAGAAGTTTAACAAAAACAGACTAAAAGGGGTATATTCC
130 TGAATCTAGATACAAATCTTTACGAAAAGAAGTTTAACAAAAACAGACTAAAAGGGGTGTATTCC
*
6027 TAGATCATGCCAAAATAAATAAAAACATAATTAATTTGAAAACAAACAAATTTGAAAAGTTATAA
195 TAGATTATGCCAAAATAAATAAAAACATAATTAATTTGAAAACAAACAAATTTGAAAAGTTATAA
6092 AATCTAATAAAAACTAGCCTAAAAGCTAGAATTTACTCCTGAAATACTATGAGAACTATTTTAAA
260 AATCTAATAAAAACTAGCCTAAAAGCTAGAATTTACTCCTGAAATACTATGAGAACTATTTTAAA
6157 TAATTTTAAATATGAGTTATAATGTAA-ACCCTCAACTCGACCTGATTCATGGGATCTAGATTTC
325 TAATTTTAAATATGAGTTATAATGTAACACCCTCAACTCGACCTGATTCATGGGATCTAGATTTC
6221 GGGTGTTACC
390 GGGTGTTACC
6231 ACAAAAAAACTTAACCGTTTAACAAAATCAATTCACAATTTCTTTCTTCTTTAAAACATTTCCTG
1 ACAAAAAAACTTAACCGTTTAAC-AAATCAATTCACAATTTCTTTCTTCTTTAAAACATTTCCTG
6296 TGGCATTCCAATTGAAATGCTTAATATATATGAAGGTAAAGAAAATGCCCTACAATAGTTTATCA
65 TGGCATTCCAATTGAAATGCTT-A-ATATATGAAGGTAAAGAAAATGCCCTACAATAGTTTATCA
*
6361 TGTGAATCTAGATACAAATCTTTACGAAAAGAAGTTTAACAAAAATAGACTAAAAGGGGTGTATT
128 TGTGAATCTAGATACAAATCTTTACGAAAAGAAGTTTAACAAAAACAGACTAAAAGGGGTGTATT
6426 CCTAGATTATGCCAAAATAAATAAAAACATAATTAATTTGAAAACAAACAAATTTGAAAAGTTAT
193 CCTAGATTATGCCAAAATAAATAAAAACATAATTAATTTGAAAACAAACAAATTTGAAAAGTTAT
6491 AAAATCTAATAAAAACTAGCCTAAAAGCTAGAATTTACTCCTGAAATACTATGAGAACTATTTTA
258 AAAATCTAATAAAAACTAGCCTAAAAGCTAGAATTTACTCCTGAAATACTATGAGAACTATTTTA
6556 AATAATTTTAAATATGAGTTATAATGT-A-ACCCTCAACTCGACCTGATTCATGGGATCTAGATT
323 AATAATTTTAAATATGAGTTATAATGTAACACCCTCAACTCGACCTGATTCATGGGATCTAGATT
6619 TCGGGTGTTACC
388 TCGGGTGTTACC
6631 ACAAAAAAACTTAACCGTTTAACAAAATCAATTCACAATTTCTTTCTTCTTTAAAACATTTCCTG
1 ACAAAAAAACTTAACCGTTTAAC-AAATCAATTCACAATTTCTTTCTTCTTTAAAACATTTCCTG
6696 TGGCATTCCAATTGAAATGCTTAATATATGAAGGTAAAGAAAATGCCCTACAATAGTTTATCATG
65 TGGCATTCCAATTGAAATGCTTAATATATGAAGGTAAAGAAAATGCCCTACAATAGTTTATCATG
6761 TGAATCTAGATACAAATCTTTACGAAAAGAAGTTTAACAAAAACA-A--AAAA-GGGTGTATTCC
130 TGAATCTAGATACAAATCTTTACGAAAAGAAGTTTAACAAAAACAGACTAAAAGGGGTGTATTCC
6822 TAGATTATGCCAAAATAAATAAAAACATAATTAATTTGAAAACAAACAAATTTGAAAAGTTATAA
195 TAGATTATGCCAAAATAAATAAAAACATAATTAATTTGAAAACAAACAAATTTGAAAAGTTATAA
6887 AATCTAATAAAAACTAGCCTAAAAGCTAGAATTTACTCCTGAAATACTATGAGAACTATTTTAAA
260 AATCTAATAAAAACTAGCCTAAAAGCTAGAATTTACTCCTGAAATACTATGAGAACTATTTTAAA
6952 TAATTTTAAATATGAGTTATAATGTAACA-CCT-AACTCGACCTGATTCATGGGAT-TAGATTTC
325 TAATTTTAAATATGAGTTATAATGTAACACCCTCAACTCGACCTGATTCATGGGATCTAGATTTC
7014 GGGTGTTA-C
390 GGGTGTTACC
7023 -CAAAAAAA-TTAACCGTTTAA-AAATCAATTCACAATTTCTTTCTTCTTTAAAACATTTCCTGT
1 ACAAAAAAACTTAACCGTTTAACAAATCAATTCACAATTTCTTTCTTCTTTAAAACATTTCCTGT
7085 GGCATTCCAATTGAAATGCTTAATATATGAAGGTAAAGAAAATGCCCTACAATAGTTTATCATGT
66 GGCATTCCAATTGAAATGCTTAATATATGAAGGTAAAGAAAATGCCCTACAATAGTTTATCATGT
7150 GAATCTAGATACAAATCTTTACGAAAAGAAGTTTAACAAAAACAGACTAAAA-GGG-GTATTCCT
131 GAATCTAGATACAAATCTTTACGAAAAGAAGTTTAACAAAAACAGACTAAAAGGGGTGTATTCCT
7213 AGATTATGCCAAAATAAATAAAAACATAATTAATTTGAAAACAAACAAATTTGAAAAGTTATAAA
196 AGATTATGCCAAAATAAATAAAAACATAATTAATTTGAAAACAAACAAATTTGAAAAGTTATAAA
7278 ATCTAATAAAAACTAGCCTAAAAGCTAGAATTTACTCCTGAAATACTATGAGAACTATTTTAAAT
261 ATCTAATAAAAACTAGCCTAAAAGCTAGAATTTACTCCTGAAATACTATGAGAACTATTTTAAAT
7343 AATTTTAAATATGAGTTATAATGTAACACCCTCAACTCGACCTGATTCATGGGATCTAGATTTCG
326 AATTTTAAATATGAGTTATAATGTAACACCCTCAACTCGACCTGATTCATGGGATCTAGATTTCG
7408 GGTGTTACC
391 GGTGTTACC
*
7417 ACAAAAAAACTTAACCGTTTAAGAAAATCAATTCACAATTTCTTTCTTCTTTAAAACATTTCCTG
1 ACAAAAAAACTTAACCGTTTAA-CAAATCAATTCACAATTTCTTTCTTCTTTAAAACATTTCCTG
7482 TGGCATTCCAATTGAAATGCTTAATATATGAAGGTAAAGAAAATGCCCTACAATAGTTTATCATG
65 TGGCATTCCAATTGAAATGCTTAATATATGAAGGTAAAGAAAATGCCCTACAATAGTTTATCATG
7547 TGAATCTAGATACAAATCTTTACGAAAAGAAGTTTAACAAAAACAGACTAAAA-GGGTGTATTCC
130 TGAATCTAGATACAAATCTTTACGAAAAGAAGTTTAACAAAAACAGACTAAAAGGGGTGTATTCC
7611 TAGATTAGATGCCAAAATAAATAAAAACATAATTAATTTGAAAACAAACAAATTTGAAAAGTTAT
195 TAGATT--ATGCCAAAATAAATAAAAACATAATTAATTTGAAAACAAACAAATTTGAAAAGTTAT
7676 AAAATCTAATAAAAACTAGCCTAAAAAGCTAGAATTTACTCCTGAAATACTATGAGAACTATTTT
258 AAAATCTAATAAAAACTAGCCT-AAAAGCTAGAATTTACTCCTGAAATACTATGAGAACTATTTT
*
7741 GAATAATTTTAAATATGAGTTATAATGTAACACCCTCAACTCGACCTGATTCATGGGATCTAGAT
322 AAATAATTTTAAATATGAGTTATAATGTAACACCCTCAACTCGACCTGATTCATGGGATCTAGAT
7806 TTCGGGTGTTACC
387 TTCGGGTGTTACC
7819 ACAAAAAAACTTAACCGTTTAACAAAATCAATTCACAATTTCTTTCTTCTTTAAAACATTTCCTG
1 ACAAAAAAACTTAACCGTTTAAC-AAATCAATTCACAATTTCTTTCTTCTTTAAAACATTTCCTG
7884 TGGCATTCCAATTGAAA-GCTTAATATATGAAGGTAAAGAAAATGCCCTACAATAGTTTATCATG
65 TGGCATTCCAATTGAAATGCTTAATATATGAAGGTAAAGAAAATGCCCTACAATAGTTTATCATG
7948 TGAATCTAGATACAAATCTTTACGAAAAGAAGTTTAACAAAAACAGACTAAAAGGGGTGTATTCC
130 TGAATCTAGATACAAATCTTTACGAAAAGAAGTTTAACAAAAACAGACTAAAAGGGGTGTATTCC
* * *
8013 TAGATTATGCCAAAATAAATAAAAACATATTTAATTTGAAAACAAAAAAATTTGAAAAGTTAGAA
195 TAGATTATGCCAAAATAAATAAAAACATAATTAATTTGAAAACAAACAAATTTGAAAAGTTATAA
*
8078 AATCTAATAAAAACTAGCCTAAAAGCTAGAATTTACTCCTGAAATAGTATGAGAACTATTTTAAA
260 AATCTAATAAAAACTAGCCTAAAAGCTAGAATTTACTCCTGAAATACTATGAGAACTATTTTAAA
8143 TAATTTTAAATATGAGTTATAATGTAACACCCTCAACTCGACCTGATTCATGGGATCTAGATTTC
325 TAATTTTAAATATGAGTTATAATGTAACACCCTCAACTCGACCTGATTCATGGGATCTAGATTTC
8208 GGGTGTTA-C
390 GGGTGTTACC
*
8217 -CAAAAAAACTTAACCGTTTAAAAAATCAATTCACAATTTCTTTCTTCTTTAAAACATTTCCTGT
1 ACAAAAAAACTTAACCGTTTAACAAATCAATTCACAATTTCTTTCTTCTTTAAAACATTTCCTGT
*
8281 GGCATTCCAATTGAAATGCTTAATATATGAAGGTAAAGAAAATGCCATACAATAGTTTATCATGT
66 GGCATTCCAATTGAAATGCTTAATATATGAAGGTAAAGAAAATGCCCTACAATAGTTTATCATGT
* * **
8346 GAATCTAGATACAAATCTTTACGAAAAGAAGTTTAGCAAAAACAGACTAAAAGGGCTGTATTAAT
131 GAATCTAGATACAAATCTTTACGAAAAGAAGTTTAACAAAAACAGACTAAAAGGGGTGTATTCCT
*
8411 AGATTATGCTAAAATAAAGT-AAAACATAATTAATTTGAAAACAAACAAATTTGAAAAGTTATAA
196 AGATTATGCCAAAATAAA-TAAAAACATAATTAATTTGAAAACAAACAAATTTGAAAAGTTATAA
*
8475 AATCTAATAAAAACTAGCCTAAAAGCTAGAATTTACTCCTGAAATACTATAAGAACTATTTTAAA
260 AATCTAATAAAAACTAGCCTAAAAGCTAGAATTTACTCCTGAAATACTATGAGAACTATTTTAAA
8540 TAATTTTAAATATGAGTTATAATGTAACACCCTCAACTCGACCTGATTCATGGGATCTAGATTTC
325 TAATTTTAAATATGAGTTATAATGTAACACCCTCAACTCGACCTGATTCATGGGATCTAGATTTC
8605 GGGTGTTACC
390 GGGTGTTACC
8615 ACAAAAAAACTTAACCGTTTAACAAATCAATTCACAATTTCTTTCTTCTTTAAAACATTTCCTGT
1 ACAAAAAAACTTAACCGTTTAACAAATCAATTCACAATTTCTTTCTTCTTTAAAACATTTCCTGT
8680 GGCATTCCAATTGAAATGCTTAATATATATGAAGGTAAAGAAAATGCCCTACAATAGTTTATCAT
66 GGCATTCCAATTGAAATGCTT-A-ATATATGAAGGTAAAGAAAATGCCCTACAATAGTTTATCAT
*
8745 GTGAATCTAGCTACAAATCTTTACGAAAAGAAGTTTAAC-AAAA-AGACTAAAAGGGGTGTATTC
129 GTGAATCTAGATACAAATCTTTACGAAAAGAAGTTTAACAAAAACAGACTAAAAGGGGTGTATTC
* *
8808 CTAGATTATGCCAAAATAAATAAAAACATAATTAATTTAAAAACAAA-AATTTTTGAAAAGTTAT
194 CTAGATTATGCCAAAATAAATAAAAACATAATTAATTTGAAAACAAACAA-ATTTGAAAAGTTAT
8872 AAAATCTAATAAAAACTAGCCTAAAAAGCTAGAATTTACTCCTGAAATACTATGAGAACTATTTT
258 AAAATCTAATAAAAACTAGCCT-AAAAGCTAGAATTTACTCCTGAAATACTATGAGAACTATTTT
8937 AAATAATTTTAAATATGAGTTATAATGTAACACCCTCAACTCGACCTGATTCATGGGATCTAGAT
322 AAATAATTTTAAATATGAGTTATAATGTAACACCCTCAACTCGACCTGATTCATGGGATCTAGAT
9002 TTCGGGTGTTACC
387 TTCGGGTGTTACC
*
9015 A-AAAAAAACTTAACCGTTTAAAAAATCAATTCACAATTTCTTTCTTCTTTAAAACATTTCCTGT
1 ACAAAAAAACTTAACCGTTTAACAAATCAATTCACAATTTCTTTCTTCTTTAAAACATTTCCTGT
9079 GGCATTCCAATTGAAATGCTTAATATATGAAGGTAAAGAAAATGCCCTACAATAGTTTATCATGT
66 GGCATTCCAATTGAAATGCTTAATATATGAAGGTAAAGAAAATGCCCTACAATAGTTTATCATGT
*
9144 GAATCTAGATACAAATCTTTACGAAAAGAAGTTTAACAAAAACAGACTAAAAGGGGTATATTCCT
131 GAATCTAGATACAAATCTTTACGAAAAGAAGTTTAACAAAAACAGACTAAAAGGGGTGTATTCCT
9209 AGATTATGCCAAAATAAATAAAAACATAATTAATTTGAAAACAAACAAATTTGAAAAGTTATAAA
196 AGATTATGCCAAAATAAATAAAAACATAATTAATTTGAAAACAAACAAATTTGAAAAGTTATAAA
9274 ATCTAATAAAAACTAGCCTAAAAGCTAGAATTTACTCCTGAAATACTATGAGAACTATTTTAAAT
261 ATCTAATAAAAACTAGCCTAAAAGCTAGAATTTACTCCTGAAATACTATGAGAACTATTTTAAAT
9339 AATTTTAAATATGAGTTATAATGTAACACCCTCAACTCGACCTGATTCATGGGATCTAGATTTCG
326 AATTTTAAATATGAGTTATAATGTAACACCCTCAACTCGACCTGATTCATGGGATCTAGATTTCG
9404 GGTGTTACC
391 GGTGTTACC
9413 ACAAAAAAACTTAACCGTTTAACAAAATCAATTCACAATTTCTTTCTTCTTTAAAACATTTCCTG
1 ACAAAAAAACTTAACCGTTTAAC-AAATCAATTCACAATTTCTTTCTTCTTTAAAACATTTCCTG
9478 TGGCATTCCAATTGAAATGCTTAATATATGAAGGTAAAGAAAATGCCCTACAATAGTTTATCATG
65 TGGCATTCCAATTGAAATGCTTAATATATGAAGGTAAAGAAAATGCCCTACAATAGTTTATCATG
* *
9543 TGAATCTAGCTACAAATCTTTATGAAAAGAAGTTTAACAAAAA-AGACTAAAA-GGGTGTATTCC
130 TGAATCTAGATACAAATCTTTACGAAAAGAAGTTTAACAAAAACAGACTAAAAGGGGTGTATTCC
9606 TAGATTATGCCAAAATAAATAAAAACATAATTAATTTGAAAACAAACAAATTTGAAAAGTTATAA
195 TAGATTATGCCAAAATAAATAAAAACATAATTAATTTGAAAACAAACAAATTTGAAAAGTTATAA
9671 AATCTAATAAAAACTAGCCTAAAAGCTAGAATTTACTCCTGAAATACTATGAGAACTATTTTAAA
260 AATCTAATAAAAACTAGCCTAAAAGCTAGAATTTACTCCTGAAATACTATGAGAACTATTTTAAA
9736 TAATTTTAAATATGAGTTATAATGTAACACCCTCAACTCGACCTGATTCATGGGATCTAGATTTC
325 TAATTTTAAATATGAGTTATAATGTAACACCCTCAACTCGACCTGATTCATGGGATCTAGATTTC
9801 GGGTGTTACC
390 GGGTGTTACC
*
9811 ACAAAAAAACTTAACCGTTTAAAAAATCAATTCACAATTTCTTTCTTCTTTAAAACATTTCCTGT
1 ACAAAAAAACTTAACCGTTTAACAAATCAATTCACAATTTCTTTCTTCTTTAAAACATTTCCTGT
9876 GGCATTCCAATTGAAATGCTTAATATATGAAGGTAAAGAAAATGCCCTACAATAGTTTATCATGT
66 GGCATTCCAATTGAAATGCTTAATATATGAAGGTAAAGAAAATGCCCTACAATAGTTTATCATGT
9941 GAATCTAGATACAAATCTTTACGAAAAGAAGTTTAACAAAAACAGACTAAAAGGGGTGTATTCCT
131 GAATCTAGATACAAATCTTTACGAAAAGAAGTTTAACAAAAACAGACTAAAAGGGGTGTATTCCT
10006 AGATTATGCCAAAATAAATAAAAACATAATTAATTTGAAAACAAACAAATTTGAAAAGTTATAAA
196 AGATTATGCCAAAATAAATAAAAACATAATTAATTTGAAAACAAACAAATTTGAAAAGTTATAAA
10071 ATCTAATAAAAACTAGCCTAAAAGCTAGAATTTACTCCTGAAATACTATGAGAACTATTTTAAAT
261 ATCTAATAAAAACTAGCCTAAAAGCTAGAATTTACTCCTGAAATACTATGAGAACTATTTTAAAT
10136 AATTTTAAATATGAGTTATAATGTAACACCCTCAACTCGACCTGATTCATGGGATCTAGATTTCG
326 AATTTTAAATATGAGTTATAATGTAACACCCTCAACTCGACCTGATTCATGGGATCTAGATTTCG
10201 GGTGTTACC
391 GGTGTTACC
10210 ACAAAAAAACTTAACCGTTTAACAAAATCAATTCACAATTTCTTTCTTCTTTAAAACATTTCCTG
1 ACAAAAAAACTTAACCGTTTAAC-AAATCAATTCACAATTTCTTTCTTCTTTAAAACATTTCCTG
10275 TGGCATTCCAATTGAAATGCTTAATATATGAAGGTAAAGAAAATGCCCTACAATAGTTTATCATG
65 TGGCATTCCAATTGAAATGCTTAATATATGAAGGTAAAGAAAATGCCCTACAATAGTTTATCATG
10340 TGAATCTAGATACAAATCTTTACGAAAAGAAGTTTAA-AAAAA-AGACTAAAA-GGG-GTATTCC
130 TGAATCTAGATACAAATCTTTACGAAAAGAAGTTTAACAAAAACAGACTAAAAGGGGTGTATTCC
10401 TAGATTATGCCAAAATAAATAAAAACATAATTAATTTGAAAACAAACAAATTTGAAAAGTTATAA
195 TAGATTATGCCAAAATAAATAAAAACATAATTAATTTGAAAACAAACAAATTTGAAAAGTTATAA
*
10466 AATCTAATAAAAACTAGCCTAAAAAGCTAGAATTTACTCCTGAAATACTAAGAGAACTATTTTAA
260 AATCTAATAAAAACTAGCCT-AAAAGCTAGAATTTACTCCTGAAATACTATGAGAACTATTTTAA
* *
10531 ATAATTTTAAATATGAGTTATAATATAACACCTTCAACTCGACCTGATTCATGGGATCTAGATTT
324 ATAATTTTAAATATGAGTTATAATGTAACACCCTCAACTCGACCTGATTCATGGGATCTAGATTT
10596 CGGGTGTTACC
389 CGGGTGTTACC
10607 ACAAAAAAACTTAACCGTTTAACAAAATCAATTCACAATTTCTTTCTTCTTTAAAACATTTCCTG
1 ACAAAAAAACTTAACCGTTTAAC-AAATCAATTCACAATTTCTTTCTTCTTTAAAACATTTCCTG
10672 TGGCATTCCAATTGAAATGCTTAATATATGAAGGTAAAGAAAATGCCCTACAATAGTTTATCATG
65 TGGCATTCCAATTGAAATGCTTAATATATGAAGGTAAAGAAAATGCCCTACAATAGTTTATCATG
10737 TGAATCTAGATACAAATCTTTACGAAAAGAAGTTTAACAAAAACAGACTAAAAGGGGTGTATTCC
130 TGAATCTAGATACAAATCTTTACGAAAAGAAGTTTAACAAAAACAGACTAAAAGGGGTGTATTCC
10802 TAGATTATGCCAAAATAAATAAAAACATAATTAATTTGAAAACAAACAAATTTGAAAAGTTATAA
195 TAGATTATGCCAAAATAAATAAAAACATAATTAATTTGAAAACAAACAAATTTGAAAAGTTATAA
10867 AATCTAATAAAAACTAGCCTAAAAGCTAGAATTTACTCCTGAAATACTATGAGAACTATTTTAAA
260 AATCTAATAAAAACTAGCCTAAAAGCTAGAATTTACTCCTGAAATACTATGAGAACTATTTTAAA
*
10932 TAATTTTAAATATGAGTTATAATGTAACACCCTAAACTCGACCTGATTCATGGGATCTAGATTTC
325 TAATTTTAAATATGAGTTATAATGTAACACCCTCAACTCGACCTGATTCATGGGATCTAGATTTC
10997 GGGTGTTACC
390 GGGTGTTACC
11007 ACAAAAAAACTTAACCGTTTAA-AAATCAATTCACAATTTCTTTCTTCTTTAAAACATTTCCTGT
1 ACAAAAAAACTTAACCGTTTAACAAATCAATTCACAATTTCTTTCTTCTTTAAAACATTTCCTGT
*
11071 GGCATTCCAATTGAAATGCTTAATATATGAAGGTAAAGAAAATTCCCTACAATAGTTTATCA--T
66 GGCATTCCAATTGAAATGCTTAATATATGAAGGTAAAGAAAATGCCCTACAATAGTTTATCATGT
**
11134 G-ATCTAGATACAAATCTTTACGAAAAGAAGTTTAACAAAAACAGACTAAAAAGATGTGTATTCC
131 GAATCTAGATACAAATCTTTACGAAAAGAAGTTTAACAAAAACAGACT-AAAAGGGGTGTATTCC
11198 TAGATTATGCCAAAATAAATAAAAACATAATTAATTTGAAAACAAACAAATTTGAAAAGTTATAA
195 TAGATTATGCCAAAATAAATAAAAACATAATTAATTTGAAAACAAACAAATTTGAAAAGTTATAA
11263 AATCTAATAAAAACTAGCCTAAAAGCTAGAATTTACTCCTGAAATACTATGAGAACTATTTTAAA
260 AATCTAATAAAAACTAGCCTAAAAGCTAGAATTTACTCCTGAAATACTATGAGAACTATTTTAAA
11328 TAATTTTAAATATGAGTTATAATGTAACACCCTCAACTCGACCTGATTCATGGGATCTAGATTTC
325 TAATTTTAAATATGAGTTATAATGTAACACCCTCAACTCGACCTGATTCATGGGATCTAGATTTC
11393 GGGTGTTACC
390 GGGTGTTACC
11403 ACAAAAAAACTTAACCGTTTAACAAAATCAATTCACAATTTCTTTCTTCTTTAAAACATTTCCTG
1 ACAAAAAAACTTAACCGTTTAAC-AAATCAATTCACAATTTCTTTCTTCTTTAAAACATTTCCTG
11468 TGGCATTCCAATTGAAATGCTTAATATATGAAGGTAAAGAAAATGCCCTACAATAGTTTATCATG
65 TGGCATTCCAATTGAAATGCTTAATATATGAAGGTAAAGAAAATGCCCTACAATAGTTTATCATG
11533 TGAATCTAGATACAAATCTTTACGAAAAGAAGTTTAACAAAAACAGACTAAAAGGGGTGTATTCC
130 TGAATCTAGATACAAATCTTTACGAAAAGAAGTTTAACAAAAACAGACTAAAAGGGGTGTATTCC
11598 TAGATTATGCCAAAATAAATAAAAACATAATTAATTTGAAAACAAACAAATTTGAAAAGTTATAA
195 TAGATTATGCCAAAATAAATAAAAACATAATTAATTTGAAAACAAACAAATTTGAAAAGTTATAA
11663 AATCTAATAAAAACTAGCCTAAAAGCTAGAATTTACTCCTGAAATACTATGAGAACTATTTTAAA
260 AATCTAATAAAAACTAGCCTAAAAGCTAGAATTTACTCCTGAAATACTATGAGAACTATTTTAAA
11728 TAATTTTAAATATGAGTTATAATGTAACACCCT-AACTCGACCTGATTCATGGGATCTAGATTTC
325 TAATTTTAAATATGAGTTATAATGTAACACCCTCAACTCGACCTGATTCATGGGATCTAGATTTC
11792 GGGTGTTACC
390 GGGTGTTACC
11802 ACAAAAAAACTTAACCGTTTAACAAAATCAATTCACAATTTCTTTCTTCTTTAAAACATTTCCTG
1 ACAAAAAAACTTAACCGTTTAAC-AAATCAATTCACAATTTCTTTCTTCTTTAAAACATTTCCTG
11867 TGGCATTCCAATTGAAATGCTTAATATATGAAGGTAAAGAAAATGCCCTACAATAGTTTATCATG
65 TGGCATTCCAATTGAAATGCTTAATATATGAAGGTAAAGAAAATGCCCTACAATAGTTTATCATG
* *
11932 TGAATCTAGATACAAATCTTTACAAAAAGAAGTTTAACAAAAACAGACTAAAAGGGGTGTATTCA
130 TGAATCTAGATACAAATCTTTACGAAAAGAAGTTTAACAAAAACAGACTAAAAGGGGTGTATTCC
* *
11997 TAGATTATGCCAAAATAAATAAAAACATCATTAATTTGAAAACAAA-AAATTTGAAAAGTTAAAA
195 TAGATTATGCCAAAATAAATAAAAACATAATTAATTTGAAAACAAACAAATTTGAAAAGTTATAA
12061 AATCTAATAAAAACTAGCCTAAAAGCTAGAATTTACTCCTGAAATACTAT--GAACTATTTTAAA
260 AATCTAATAAAAACTAGCCTAAAAGCTAGAATTTACTCCTGAAATACTATGAGAACTATTTTAAA
12124 TAATTTTAAATATGAGTTATAATGTAA-A-CCTCAACTCGACCTGATTCATGGGATCTAGATTTC
325 TAATTTTAAATATGAGTTATAATGTAACACCCTCAACTCGACCTGATTCATGGGATCTAGATTTC
12187 GGGTGTTACC
390 GGGTGTTACC
12197 ACAAAAAAACTTAACCGTTTAACAAAATCAATTCACAATTTCTTTCTTCTTTAAAACATTTCCTG
1 ACAAAAAAACTTAACCGTTTAAC-AAATCAATTCACAATTTCTTTCTTCTTTAAAACATTTCCTG
12262 TGGCATTCCAATTGAAATGCTTAATATATGAAGGTAAAGAAAATGCCCTACAATAGTTTATCATG
65 TGGCATTCCAATTGAAATGCTTAATATATGAAGGTAAAGAAAATGCCCTACAATAGTTTATCATG
*
12327 TGAATCTAGATACAAATCTTTACGAAAAGAAGTTCAACAAAAACAGACTAAAAGGGGTGTATTCC
130 TGAATCTAGATACAAATCTTTACGAAAAGAAGTTTAACAAAAACAGACTAAAAGGGGTGTATTCC
12392 TAGATTATGCCAAAATAAATAAAAACATAATTAATTTGAAAACAAACAAATTTGAAAAGTTATAA
195 TAGATTATGCCAAAATAAATAAAAACATAATTAATTTGAAAACAAACAAATTTGAAAAGTTATAA
12457 AATCTAATAAAAACTAGCCTAAAAGCTAGAATTTACTCCTGAAATACTATGAGAACTATTTTAAA
260 AATCTAATAAAAACTAGCCTAAAAGCTAGAATTTACTCCTGAAATACTATGAGAACTATTTTAAA
12522 TAATTTTAAATATGA-TTATAATGTAACACCCTCAACTCGACCTGATTCATGGGATCTAGATTTC
325 TAATTTTAAATATGAGTTATAATGTAACACCCTCAACTCGACCTGATTCATGGGATCTAGATTTC
*
12586 GAGTGTTA-C
390 GGGTGTTACC
* *
12595 A-AAAAAAACTTAACCGCTTAAGAAAATC-ATTCACAATTTCTTTCTTCTTTAAAAACATTTCCT
1 ACAAAAAAACTTAACCGTTTAA-CAAATCAATTCACAATTTCTTTCTTCTTT-AAAACATTTCCT
*
12658 GT-GCTTTCCAATTGAAATGCTTAATATATGAAGGTAAAGAAAATGCCCTACAATAGTTTATCAT
64 GTGGCATTCCAATTGAAATGCTTAATATATGAAGGTAAAGAAAATGCCCTACAATAGTTTATCAT
*
12722 GTGAATCTAGATAAAAATCTTTACGAAAAGAAGTTTAACAAAAACAGACTAAAAGGGGCT-TATT
129 GTGAATCTAGATACAAATCTTTACGAAAAGAAGTTTAACAAAAACAGACTAAAAGGGG-TGTATT
* * *
12786 CCTAGATCATGCCAAAATAAATAAGAACATAATTAATTTTAAAACAAACAAATTTGAAAAGTTAT
193 CCTAGATTATGCCAAAATAAATAAAAACATAATTAATTTGAAAACAAACAAATTTGAAAAGTTAT
*
12851 AAAATCTAATAAAAACTAGCC-AAAAGCTAGAATTTACTCTTGAAATACTATGAGAACTATTTTA
258 AAAATCTAATAAAAACTAGCCTAAAAGCTAGAATTTACTCCTGAAATACTATGAGAACTATTTTA
12915 AATAATTTTAAATATGA-TTAT-ATGTAACACCCTCAACTCGACCTGATTCAT-GGATCTAGATT
323 AATAATTTTAAATATGAGTTATAATGTAACACCCTCAACTCGACCTGATTCATGGGATCTAGATT
12977 TCGGGTGTTACC
388 TCGGGTGTTACC
* *
12989 ACAAAAAAAACTTAACCGTTTAAGAAAATCAATTAACAATTTCTTTCTTCTTTAAAACATTTCCT
1 AC-AAAAAAACTTAACCGTTTAA-CAAATCAATTCACAATTTCTTTCTTCTTTAAAACATTTCCT
* *
13054 GTGAG-ATTCCAATTGAAACGCTTAATATATGAAGGTAAAGAAAATGCCCTACAATTGTTTATCA
64 GTG-GCATTCCAATTGAAATGCTTAATATATGAAGGTAAAGAAAATGCCCTACAATAGTTTATCA
* *
13118 TGTGAATCTAGATACAAATCTTTACGAAAAGAAGTTGAAC-AAAACAG---AAAAGTGGTGTATT
128 TGTGAATCTAGATACAAATCTTTACGAAAAGAAGTTTAACAAAAACAGACTAAAAGGGGTGTATT
* *
13179 CCTAAATTATGCCAAAATAAATAAAAAC-TAATT-ATTTG--AA-ATACAAATTTGAAAAGTTAT
193 CCTAGATTATGCCAAAATAAATAAAAACATAATTAATTTGAAAACAAACAAATTTGAAAAGTTAT
13239 AAAATCT-ATAAAAAACTAGCCTAAAAGCTAGAATTTACTCCTGAAATACTA-GAAGAACTATTT
258 AAAATCTAAT-AAAAACTAGCCTAAAAGCTAGAATTTACTCCTGAAATACTATG-AGAACTATTT
*
13302 TAAATAATTTTAAATATGAGTTATAATGTAACACCCTAAACTCGACCTGATTCATGGGATCTAGA
321 TAAATAATTTTAAATATGAGTTATAATGTAACACCCTCAACTCGACCTGATTCATGGGATCTAGA
*
13367 TTTCGGGTGTTTCC
386 TTTCGGGTGTTACC
* * *
13381 TC-AAAAATCTTAACCGTTTAAGAAAATCAATTCACAATTTCTTTCTTCTTTAAAAC-TTTCCTG
1 ACAAAAAAACTTAACCGTTTAA-CAAATCAATTCACAATTTCTTTCTTCTTTAAAACATTTCCTG
*
13444 TGGCATT-CAATTGAAATGCTTAATGTATGAAGGTAAAGAAAATG-CCTACAATAGTTTATCATG
65 TGGCATTCCAATTGAAATGCTTAATATATGAAGGTAAAGAAAATGCCCTACAATAGTTTATCATG
* *
13507 TGAATCTAGATAAAAATCTTTATGAAAAGAAGTTTAACAAAAACAGACTAAAAGGGGTGTATTCC
130 TGAATCTAGATACAAATCTTTACGAAAAGAAGTTTAACAAAAACAGACTAAAAGGGGTGTATTCC
*
13572 TAGATTATGCCAAAATAAATAAAAACATAATTAATTTGAAAACAAACAATTTTGAAAAGTTATAA
195 TAGATTATGCCAAAATAAATAAAAACATAATTAATTTGAAAACAAACAAATTTGAAAAGTTATAA
13637 AATCTAATAAAAACTAGCCTAAAAGCTAGAATTTACTCCTGAAATACTATGAGAACTATTTTAAA
260 AATCTAATAAAAACTAGCCTAAAAGCTAGAATTTACTCCTGAAATACTATGAGAACTATTTTAAA
*
13702 TAATTTTAAATATGAGTTAGAATGTAACACCCTCAACTCGACCTGATTCATGGGATCTAGATTTC
325 TAATTTTAAATATGAGTTATAATGTAACACCCTCAACTCGACCTGATTCATGGGATCTAGATTTC
*
13767 GGGTTTTACC
390 GGGTGTTACC
* *
13777 ACAAAAAAACTTAACCGTTAAAGAAAATCAATTCACAATTTCTTTTCTTCTTTAAAACA-TTCCT
1 ACAAAAAAACTTAACCGTTTAA-CAAATCAATTCACAATTTC-TTTCTTCTTTAAAACATTTCCT
13841 GTGGCATT----TTGAAATGCTTAATATATGAAGGTAAAGAAAATGCCCTACAATAGTTTATCAT
64 GTGGCATTCCAATTGAAATGCTTAATATATGAAGGTAAAGAAAATGCCCTACAATAGTTTATCAT
*
13902 GTGAATCTAGATACAAATCTTTACGAAAAAAAGTTTAACAAAAACAGACTAAAAGGGGTGTATTC
129 GTGAATCTAGATACAAATCTTTACGAAAAGAAGTTTAACAAAAACAGACTAAAAGGGGTGTATTC
13967 CT
194 CT
13969 TGGTTATGGG
Statistics
Matches: 7529, Mismatches: 122, Indels: 177
0.96 0.02 0.02
Matches are distributed among these distances:
387 55 0.01
388 232 0.03
389 72 0.01
390 234 0.03
391 91 0.01
392 57 0.01
393 93 0.01
394 224 0.03
395 439 0.06
396 1019 0.14
397 1042 0.14
398 973 0.13
399 1180 0.16
400 949 0.13
401 653 0.09
402 216 0.03
ACGTcount: A:0.42, C:0.15, G:0.12, T:0.31
Consensus pattern (399 bp):
ACAAAAAAACTTAACCGTTTAACAAATCAATTCACAATTTCTTTCTTCTTTAAAACATTTCCTGT
GGCATTCCAATTGAAATGCTTAATATATGAAGGTAAAGAAAATGCCCTACAATAGTTTATCATGT
GAATCTAGATACAAATCTTTACGAAAAGAAGTTTAACAAAAACAGACTAAAAGGGGTGTATTCCT
AGATTATGCCAAAATAAATAAAAACATAATTAATTTGAAAACAAACAAATTTGAAAAGTTATAAA
ATCTAATAAAAACTAGCCTAAAAGCTAGAATTTACTCCTGAAATACTATGAGAACTATTTTAAAT
AATTTTAAATATGAGTTATAATGTAACACCCTCAACTCGACCTGATTCATGGGATCTAGATTTCG
GGTGTTACC
Found at i:9690 original size:797 final size:800
Alignment explanation
Indices: 5832--13968 Score: 14963
Period size: 797 Copynumber: 10.2 Consensus size: 800
5822 CGCTTCCGCA
*
5832 ACAAAAGAACTTAACCGTTTAACAAAATCAATTCACAATTTCTTTCTTCTTTAAAACATTTCCTG
1 ACAAAAAAACTTAACCGTTTAACAAAATCAATTCACAATTTCTTTCTTCTTTAAAACATTTCCTG
5897 TGGCATTCCAATTGAAATGCTTAATATATGAAGGTAAAGAAAATGCCCTACAATAGTTTATCATG
66 TGGCATTCCAATTGAAATGCTTAATATATGAAGGTAAAGAAAATGCCCTACAATAGTTTATCATG
*
5962 TGAATCTAGATACAAATCTTTACGAAAAGAAGTTTAACAAAAACAGACTAAAAGGGGTATATTCC
131 TGAATCTAGATACAAATCTTTACGAAAAGAAGTTTAACAAAAACAGACTAAAAGGGGTGTATTCC
*
6027 TAGATCATGCCAAAATAAATAAAAACATAATTAATTTGAAAACAAACAAATTTGAAAAGTTATAA
196 TAGATTATGCCAAAATAAATAAAAACATAATTAATTTGAAAACAAACAAATTTGAAAAGTTATAA
6092 AATCTAATAAAAACTAGCCTAAAAGCTAGAATTTACTCCTGAAATACTATGAGAACTATTTTAAA
261 AATCTAATAAAAACTAGCCTAAAAGCTAGAATTTACTCCTGAAATACTATGAGAACTATTTTAAA
6157 TAATTTTAAATATGAGTTATAATGTAA-ACCCTCAACTCGACCTGATTCATGGGATCTAGATTTC
326 TAATTTTAAATATGAGTTATAATGTAACACCCTCAACTCGACCTGATTCATGGGATCTAGATTTC
6221 GGGTGTTACCACAAAAAAACTTAACCGTTTAACAAAATCAATTCACAATTTCTTTCTTCTTTAAA
391 GGGTGTTACCACAAAAAAACTTAACCGTTTAACAAAATCAATTCACAATTTCTTTCTTCTTTAAA
6286 ACATTTCCTGTGGCATTCCAATTGAAATGCTTAATATATATGAAGGTAAAGAAAATGCCCTACAA
456 ACATTTCCTGTGGCATTCCAATTGAAATGCTT-A-ATATATGAAGGTAAAGAAAATGCCCTACAA
*
6351 TAGTTTATCATGTGAATCTAGATACAAATCTTTACGAAAAGAAGTTTAACAAAAATAGACTAAAA
519 TAGTTTATCATGTGAATCTAGATACAAATCTTTACGAAAAGAAGTTTAACAAAAACAGACTAAAA
6416 GGGGTGTATTCCTAGATTATGCCAAAATAAATAAAAACATAATTAATTTGAAAACAAACAAATTT
584 GGGGTGTATTCCTAGATTATGCCAAAATAAATAAAAACATAATTAATTTGAAAACAAACAAATTT
6481 GAAAAGTTATAAAATCTAATAAAAACTAGCCTAAAAGCTAGAATTTACTCCTGAAATACTATGAG
649 GAAAAGTTATAAAATCTAATAAAAACTAGCCTAAAAGCTAGAATTTACTCCTGAAATACTATGAG
6546 AACTATTTTAAATAATTTTAAATATGAGTTATAATGT-A-ACCCTCAACTCGACCTGATTCATGG
714 AACTATTTTAAATAATTTTAAATATGAGTTATAATGTAACACCCTCAACTCGACCTGATTCATGG
6609 GATCTAGATTTCGGGTGTTACC
779 GATCTAGATTTCGGGTGTTACC
6631 ACAAAAAAACTTAACCGTTTAACAAAATCAATTCACAATTTCTTTCTTCTTTAAAACATTTCCTG
1 ACAAAAAAACTTAACCGTTTAACAAAATCAATTCACAATTTCTTTCTTCTTTAAAACATTTCCTG
6696 TGGCATTCCAATTGAAATGCTTAATATATGAAGGTAAAGAAAATGCCCTACAATAGTTTATCATG
66 TGGCATTCCAATTGAAATGCTTAATATATGAAGGTAAAGAAAATGCCCTACAATAGTTTATCATG
6761 TGAATCTAGATACAAATCTTTACGAAAAGAAGTTTAACAAAAACA-A--AAAA-GGGTGTATTCC
131 TGAATCTAGATACAAATCTTTACGAAAAGAAGTTTAACAAAAACAGACTAAAAGGGGTGTATTCC
6822 TAGATTATGCCAAAATAAATAAAAACATAATTAATTTGAAAACAAACAAATTTGAAAAGTTATAA
196 TAGATTATGCCAAAATAAATAAAAACATAATTAATTTGAAAACAAACAAATTTGAAAAGTTATAA
6887 AATCTAATAAAAACTAGCCTAAAAGCTAGAATTTACTCCTGAAATACTATGAGAACTATTTTAAA
261 AATCTAATAAAAACTAGCCTAAAAGCTAGAATTTACTCCTGAAATACTATGAGAACTATTTTAAA
6952 TAATTTTAAATATGAGTTATAATGTAACA-CCT-AACTCGACCTGATTCATGGGAT-TAGATTTC
326 TAATTTTAAATATGAGTTATAATGTAACACCCTCAACTCGACCTGATTCATGGGATCTAGATTTC
7014 GGGTGTTA-C-CAAAAAAA-TTAACCGTTT-A-AAAATCAATTCACAATTTCTTTCTTCTTTAAA
391 GGGTGTTACCACAAAAAAACTTAACCGTTTAACAAAATCAATTCACAATTTCTTTCTTCTTTAAA
7074 ACATTTCCTGTGGCATTCCAATTGAAATGCTTAATATATGAAGGTAAAGAAAATGCCCTACAATA
456 ACATTTCCTGTGGCATTCCAATTGAAATGCTTAATATATGAAGGTAAAGAAAATGCCCTACAATA
7139 GTTTATCATGTGAATCTAGATACAAATCTTTACGAAAAGAAGTTTAACAAAAACAGACTAAAA-G
521 GTTTATCATGTGAATCTAGATACAAATCTTTACGAAAAGAAGTTTAACAAAAACAGACTAAAAGG
7203 GG-GTATTCCTAGATTATGCCAAAATAAATAAAAACATAATTAATTTGAAAACAAACAAATTTGA
586 GGTGTATTCCTAGATTATGCCAAAATAAATAAAAACATAATTAATTTGAAAACAAACAAATTTGA
7267 AAAGTTATAAAATCTAATAAAAACTAGCCTAAAAGCTAGAATTTACTCCTGAAATACTATGAGAA
651 AAAGTTATAAAATCTAATAAAAACTAGCCTAAAAGCTAGAATTTACTCCTGAAATACTATGAGAA
7332 CTATTTTAAATAATTTTAAATATGAGTTATAATGTAACACCCTCAACTCGACCTGATTCATGGGA
716 CTATTTTAAATAATTTTAAATATGAGTTATAATGTAACACCCTCAACTCGACCTGATTCATGGGA
7397 TCTAGATTTCGGGTGTTACC
781 TCTAGATTTCGGGTGTTACC
*
7417 ACAAAAAAACTTAACCGTTTAAGAAAATCAATTCACAATTTCTTTCTTCTTTAAAACATTTCCTG
1 ACAAAAAAACTTAACCGTTTAACAAAATCAATTCACAATTTCTTTCTTCTTTAAAACATTTCCTG
7482 TGGCATTCCAATTGAAATGCTTAATATATGAAGGTAAAGAAAATGCCCTACAATAGTTTATCATG
66 TGGCATTCCAATTGAAATGCTTAATATATGAAGGTAAAGAAAATGCCCTACAATAGTTTATCATG
7547 TGAATCTAGATACAAATCTTTACGAAAAGAAGTTTAACAAAAACAGACTAAAA-GGGTGTATTCC
131 TGAATCTAGATACAAATCTTTACGAAAAGAAGTTTAACAAAAACAGACTAAAAGGGGTGTATTCC
7611 TAGATTAGATGCCAAAATAAATAAAAACATAATTAATTTGAAAACAAACAAATTTGAAAAGTTAT
196 TAGATT--ATGCCAAAATAAATAAAAACATAATTAATTTGAAAACAAACAAATTTGAAAAGTTAT
7676 AAAATCTAATAAAAACTAGCCTAAAAAGCTAGAATTTACTCCTGAAATACTATGAGAACTATTTT
259 AAAATCTAATAAAAACTAGCCT-AAAAGCTAGAATTTACTCCTGAAATACTATGAGAACTATTTT
*
7741 GAATAATTTTAAATATGAGTTATAATGTAACACCCTCAACTCGACCTGATTCATGGGATCTAGAT
323 AAATAATTTTAAATATGAGTTATAATGTAACACCCTCAACTCGACCTGATTCATGGGATCTAGAT
7806 TTCGGGTGTTACCACAAAAAAACTTAACCGTTTAACAAAATCAATTCACAATTTCTTTCTTCTTT
388 TTCGGGTGTTACCACAAAAAAACTTAACCGTTTAACAAAATCAATTCACAATTTCTTTCTTCTTT
7871 AAAACATTTCCTGTGGCATTCCAATTGAAA-GCTTAATATATGAAGGTAAAGAAAATGCCCTACA
453 AAAACATTTCCTGTGGCATTCCAATTGAAATGCTTAATATATGAAGGTAAAGAAAATGCCCTACA
7935 ATAGTTTATCATGTGAATCTAGATACAAATCTTTACGAAAAGAAGTTTAACAAAAACAGACTAAA
518 ATAGTTTATCATGTGAATCTAGATACAAATCTTTACGAAAAGAAGTTTAACAAAAACAGACTAAA
* *
8000 AGGGGTGTATTCCTAGATTATGCCAAAATAAATAAAAACATATTTAATTTGAAAACAAAAAAATT
583 AGGGGTGTATTCCTAGATTATGCCAAAATAAATAAAAACATAATTAATTTGAAAACAAACAAATT
* *
8065 TGAAAAGTTAGAAAATCTAATAAAAACTAGCCTAAAAGCTAGAATTTACTCCTGAAATAGTATGA
648 TGAAAAGTTATAAAATCTAATAAAAACTAGCCTAAAAGCTAGAATTTACTCCTGAAATACTATGA
8130 GAACTATTTTAAATAATTTTAAATATGAGTTATAATGTAACACCCTCAACTCGACCTGATTCATG
713 GAACTATTTTAAATAATTTTAAATATGAGTTATAATGTAACACCCTCAACTCGACCTGATTCATG
8195 GGATCTAGATTTCGGGTGTTA-C
778 GGATCTAGATTTCGGGTGTTACC
8217 -CAAAAAAACTTAACCGTTTAA-AAAATCAATTCACAATTTCTTTCTTCTTTAAAACATTTCCTG
1 ACAAAAAAACTTAACCGTTTAACAAAATCAATTCACAATTTCTTTCTTCTTTAAAACATTTCCTG
*
8280 TGGCATTCCAATTGAAATGCTTAATATATGAAGGTAAAGAAAATGCCATACAATAGTTTATCATG
66 TGGCATTCCAATTGAAATGCTTAATATATGAAGGTAAAGAAAATGCCCTACAATAGTTTATCATG
* * **
8345 TGAATCTAGATACAAATCTTTACGAAAAGAAGTTTAGCAAAAACAGACTAAAAGGGCTGTATTAA
131 TGAATCTAGATACAAATCTTTACGAAAAGAAGTTTAACAAAAACAGACTAAAAGGGGTGTATTCC
*
8410 TAGATTATGCTAAAATAAAGT-AAAACATAATTAATTTGAAAACAAACAAATTTGAAAAGTTATA
196 TAGATTATGCCAAAATAAA-TAAAAACATAATTAATTTGAAAACAAACAAATTTGAAAAGTTATA
*
8474 AAATCTAATAAAAACTAGCCTAAAAGCTAGAATTTACTCCTGAAATACTATAAGAACTATTTTAA
260 AAATCTAATAAAAACTAGCCTAAAAGCTAGAATTTACTCCTGAAATACTATGAGAACTATTTTAA
8539 ATAATTTTAAATATGAGTTATAATGTAACACCCTCAACTCGACCTGATTCATGGGATCTAGATTT
325 ATAATTTTAAATATGAGTTATAATGTAACACCCTCAACTCGACCTGATTCATGGGATCTAGATTT
8604 CGGGTGTTACCACAAAAAAACTTAACCGTTTAAC-AAATCAATTCACAATTTCTTTCTTCTTTAA
390 CGGGTGTTACCACAAAAAAACTTAACCGTTTAACAAAATCAATTCACAATTTCTTTCTTCTTTAA
8668 AACATTTCCTGTGGCATTCCAATTGAAATGCTTAATATATATGAAGGTAAAGAAAATGCCCTACA
455 AACATTTCCTGTGGCATTCCAATTGAAATGCTT-A-ATATATGAAGGTAAAGAAAATGCCCTACA
*
8733 ATAGTTTATCATGTGAATCTAGCTACAAATCTTTACGAAAAGAAGTTTAAC-AAAA-AGACTAAA
518 ATAGTTTATCATGTGAATCTAGATACAAATCTTTACGAAAAGAAGTTTAACAAAAACAGACTAAA
* *
8796 AGGGGTGTATTCCTAGATTATGCCAAAATAAATAAAAACATAATTAATTTAAAAACAAA-AATTT
583 AGGGGTGTATTCCTAGATTATGCCAAAATAAATAAAAACATAATTAATTTGAAAACAAACAA-AT
8860 TTGAAAAGTTATAAAATCTAATAAAAACTAGCCTAAAAAGCTAGAATTTACTCCTGAAATACTAT
647 TTGAAAAGTTATAAAATCTAATAAAAACTAGCCT-AAAAGCTAGAATTTACTCCTGAAATACTAT
8925 GAGAACTATTTTAAATAATTTTAAATATGAGTTATAATGTAACACCCTCAACTCGACCTGATTCA
711 GAGAACTATTTTAAATAATTTTAAATATGAGTTATAATGTAACACCCTCAACTCGACCTGATTCA
8990 TGGGATCTAGATTTCGGGTGTTACC
776 TGGGATCTAGATTTCGGGTGTTACC
9015 A-AAAAAAACTTAACCGTTTAA-AAAATCAATTCACAATTTCTTTCTTCTTTAAAACATTTCCTG
1 ACAAAAAAACTTAACCGTTTAACAAAATCAATTCACAATTTCTTTCTTCTTTAAAACATTTCCTG
9078 TGGCATTCCAATTGAAATGCTTAATATATGAAGGTAAAGAAAATGCCCTACAATAGTTTATCATG
66 TGGCATTCCAATTGAAATGCTTAATATATGAAGGTAAAGAAAATGCCCTACAATAGTTTATCATG
*
9143 TGAATCTAGATACAAATCTTTACGAAAAGAAGTTTAACAAAAACAGACTAAAAGGGGTATATTCC
131 TGAATCTAGATACAAATCTTTACGAAAAGAAGTTTAACAAAAACAGACTAAAAGGGGTGTATTCC
9208 TAGATTATGCCAAAATAAATAAAAACATAATTAATTTGAAAACAAACAAATTTGAAAAGTTATAA
196 TAGATTATGCCAAAATAAATAAAAACATAATTAATTTGAAAACAAACAAATTTGAAAAGTTATAA
9273 AATCTAATAAAAACTAGCCTAAAAGCTAGAATTTACTCCTGAAATACTATGAGAACTATTTTAAA
261 AATCTAATAAAAACTAGCCTAAAAGCTAGAATTTACTCCTGAAATACTATGAGAACTATTTTAAA
9338 TAATTTTAAATATGAGTTATAATGTAACACCCTCAACTCGACCTGATTCATGGGATCTAGATTTC
326 TAATTTTAAATATGAGTTATAATGTAACACCCTCAACTCGACCTGATTCATGGGATCTAGATTTC
9403 GGGTGTTACCACAAAAAAACTTAACCGTTTAACAAAATCAATTCACAATTTCTTTCTTCTTTAAA
391 GGGTGTTACCACAAAAAAACTTAACCGTTTAACAAAATCAATTCACAATTTCTTTCTTCTTTAAA
9468 ACATTTCCTGTGGCATTCCAATTGAAATGCTTAATATATGAAGGTAAAGAAAATGCCCTACAATA
456 ACATTTCCTGTGGCATTCCAATTGAAATGCTTAATATATGAAGGTAAAGAAAATGCCCTACAATA
* *
9533 GTTTATCATGTGAATCTAGCTACAAATCTTTATGAAAAGAAGTTTAACAAAAA-AGACTAAAA-G
521 GTTTATCATGTGAATCTAGATACAAATCTTTACGAAAAGAAGTTTAACAAAAACAGACTAAAAGG
9596 GGTGTATTCCTAGATTATGCCAAAATAAATAAAAACATAATTAATTTGAAAACAAACAAATTTGA
586 GGTGTATTCCTAGATTATGCCAAAATAAATAAAAACATAATTAATTTGAAAACAAACAAATTTGA
9661 AAAGTTATAAAATCTAATAAAAACTAGCCTAAAAGCTAGAATTTACTCCTGAAATACTATGAGAA
651 AAAGTTATAAAATCTAATAAAAACTAGCCTAAAAGCTAGAATTTACTCCTGAAATACTATGAGAA
9726 CTATTTTAAATAATTTTAAATATGAGTTATAATGTAACACCCTCAACTCGACCTGATTCATGGGA
716 CTATTTTAAATAATTTTAAATATGAGTTATAATGTAACACCCTCAACTCGACCTGATTCATGGGA
9791 TCTAGATTTCGGGTGTTACC
781 TCTAGATTTCGGGTGTTACC
9811 ACAAAAAAACTTAACCGTTTAA-AAAATCAATTCACAATTTCTTTCTTCTTTAAAACATTTCCTG
1 ACAAAAAAACTTAACCGTTTAACAAAATCAATTCACAATTTCTTTCTTCTTTAAAACATTTCCTG
9875 TGGCATTCCAATTGAAATGCTTAATATATGAAGGTAAAGAAAATGCCCTACAATAGTTTATCATG
66 TGGCATTCCAATTGAAATGCTTAATATATGAAGGTAAAGAAAATGCCCTACAATAGTTTATCATG
9940 TGAATCTAGATACAAATCTTTACGAAAAGAAGTTTAACAAAAACAGACTAAAAGGGGTGTATTCC
131 TGAATCTAGATACAAATCTTTACGAAAAGAAGTTTAACAAAAACAGACTAAAAGGGGTGTATTCC
10005 TAGATTATGCCAAAATAAATAAAAACATAATTAATTTGAAAACAAACAAATTTGAAAAGTTATAA
196 TAGATTATGCCAAAATAAATAAAAACATAATTAATTTGAAAACAAACAAATTTGAAAAGTTATAA
10070 AATCTAATAAAAACTAGCCTAAAAGCTAGAATTTACTCCTGAAATACTATGAGAACTATTTTAAA
261 AATCTAATAAAAACTAGCCTAAAAGCTAGAATTTACTCCTGAAATACTATGAGAACTATTTTAAA
10135 TAATTTTAAATATGAGTTATAATGTAACACCCTCAACTCGACCTGATTCATGGGATCTAGATTTC
326 TAATTTTAAATATGAGTTATAATGTAACACCCTCAACTCGACCTGATTCATGGGATCTAGATTTC
10200 GGGTGTTACCACAAAAAAACTTAACCGTTTAACAAAATCAATTCACAATTTCTTTCTTCTTTAAA
391 GGGTGTTACCACAAAAAAACTTAACCGTTTAACAAAATCAATTCACAATTTCTTTCTTCTTTAAA
10265 ACATTTCCTGTGGCATTCCAATTGAAATGCTTAATATATGAAGGTAAAGAAAATGCCCTACAATA
456 ACATTTCCTGTGGCATTCCAATTGAAATGCTTAATATATGAAGGTAAAGAAAATGCCCTACAATA
10330 GTTTATCATGTGAATCTAGATACAAATCTTTACGAAAAGAAGTTTAA-AAAAA-AGACTAAAA-G
521 GTTTATCATGTGAATCTAGATACAAATCTTTACGAAAAGAAGTTTAACAAAAACAGACTAAAAGG
10392 GG-GTATTCCTAGATTATGCCAAAATAAATAAAAACATAATTAATTTGAAAACAAACAAATTTGA
586 GGTGTATTCCTAGATTATGCCAAAATAAATAAAAACATAATTAATTTGAAAACAAACAAATTTGA
*
10456 AAAGTTATAAAATCTAATAAAAACTAGCCTAAAAAGCTAGAATTTACTCCTGAAATACTAAGAGA
651 AAAGTTATAAAATCTAATAAAAACTAGCCT-AAAAGCTAGAATTTACTCCTGAAATACTATGAGA
* *
10521 ACTATTTTAAATAATTTTAAATATGAGTTATAATATAACACCTTCAACTCGACCTGATTCATGGG
715 ACTATTTTAAATAATTTTAAATATGAGTTATAATGTAACACCCTCAACTCGACCTGATTCATGGG
10586 ATCTAGATTTCGGGTGTTACC
780 ATCTAGATTTCGGGTGTTACC
10607 ACAAAAAAACTTAACCGTTTAACAAAATCAATTCACAATTTCTTTCTTCTTTAAAACATTTCCTG
1 ACAAAAAAACTTAACCGTTTAACAAAATCAATTCACAATTTCTTTCTTCTTTAAAACATTTCCTG
10672 TGGCATTCCAATTGAAATGCTTAATATATGAAGGTAAAGAAAATGCCCTACAATAGTTTATCATG
66 TGGCATTCCAATTGAAATGCTTAATATATGAAGGTAAAGAAAATGCCCTACAATAGTTTATCATG
10737 TGAATCTAGATACAAATCTTTACGAAAAGAAGTTTAACAAAAACAGACTAAAAGGGGTGTATTCC
131 TGAATCTAGATACAAATCTTTACGAAAAGAAGTTTAACAAAAACAGACTAAAAGGGGTGTATTCC
10802 TAGATTATGCCAAAATAAATAAAAACATAATTAATTTGAAAACAAACAAATTTGAAAAGTTATAA
196 TAGATTATGCCAAAATAAATAAAAACATAATTAATTTGAAAACAAACAAATTTGAAAAGTTATAA
10867 AATCTAATAAAAACTAGCCTAAAAGCTAGAATTTACTCCTGAAATACTATGAGAACTATTTTAAA
261 AATCTAATAAAAACTAGCCTAAAAGCTAGAATTTACTCCTGAAATACTATGAGAACTATTTTAAA
*
10932 TAATTTTAAATATGAGTTATAATGTAACACCCTAAACTCGACCTGATTCATGGGATCTAGATTTC
326 TAATTTTAAATATGAGTTATAATGTAACACCCTCAACTCGACCTGATTCATGGGATCTAGATTTC
10997 GGGTGTTACCACAAAAAAACTTAACCGTTT-A-AAAATCAATTCACAATTTCTTTCTTCTTTAAA
391 GGGTGTTACCACAAAAAAACTTAACCGTTTAACAAAATCAATTCACAATTTCTTTCTTCTTTAAA
*
11060 ACATTTCCTGTGGCATTCCAATTGAAATGCTTAATATATGAAGGTAAAGAAAATTCCCTACAATA
456 ACATTTCCTGTGGCATTCCAATTGAAATGCTTAATATATGAAGGTAAAGAAAATGCCCTACAATA
11125 GTTTATCA--TG-ATCTAGATACAAATCTTTACGAAAAGAAGTTTAACAAAAACAGACTAAAAAG
521 GTTTATCATGTGAATCTAGATACAAATCTTTACGAAAAGAAGTTTAACAAAAACAGACT-AAAAG
**
11187 ATGTGTATTCCTAGATTATGCCAAAATAAATAAAAACATAATTAATTTGAAAACAAACAAATTTG
585 GGGTGTATTCCTAGATTATGCCAAAATAAATAAAAACATAATTAATTTGAAAACAAACAAATTTG
11252 AAAAGTTATAAAATCTAATAAAAACTAGCCTAAAAGCTAGAATTTACTCCTGAAATACTATGAGA
650 AAAAGTTATAAAATCTAATAAAAACTAGCCTAAAAGCTAGAATTTACTCCTGAAATACTATGAGA
11317 ACTATTTTAAATAATTTTAAATATGAGTTATAATGTAACACCCTCAACTCGACCTGATTCATGGG
715 ACTATTTTAAATAATTTTAAATATGAGTTATAATGTAACACCCTCAACTCGACCTGATTCATGGG
11382 ATCTAGATTTCGGGTGTTACC
780 ATCTAGATTTCGGGTGTTACC
11403 ACAAAAAAACTTAACCGTTTAACAAAATCAATTCACAATTTCTTTCTTCTTTAAAACATTTCCTG
1 ACAAAAAAACTTAACCGTTTAACAAAATCAATTCACAATTTCTTTCTTCTTTAAAACATTTCCTG
11468 TGGCATTCCAATTGAAATGCTTAATATATGAAGGTAAAGAAAATGCCCTACAATAGTTTATCATG
66 TGGCATTCCAATTGAAATGCTTAATATATGAAGGTAAAGAAAATGCCCTACAATAGTTTATCATG
11533 TGAATCTAGATACAAATCTTTACGAAAAGAAGTTTAACAAAAACAGACTAAAAGGGGTGTATTCC
131 TGAATCTAGATACAAATCTTTACGAAAAGAAGTTTAACAAAAACAGACTAAAAGGGGTGTATTCC
11598 TAGATTATGCCAAAATAAATAAAAACATAATTAATTTGAAAACAAACAAATTTGAAAAGTTATAA
196 TAGATTATGCCAAAATAAATAAAAACATAATTAATTTGAAAACAAACAAATTTGAAAAGTTATAA
11663 AATCTAATAAAAACTAGCCTAAAAGCTAGAATTTACTCCTGAAATACTATGAGAACTATTTTAAA
261 AATCTAATAAAAACTAGCCTAAAAGCTAGAATTTACTCCTGAAATACTATGAGAACTATTTTAAA
11728 TAATTTTAAATATGAGTTATAATGTAACACCCT-AACTCGACCTGATTCATGGGATCTAGATTTC
326 TAATTTTAAATATGAGTTATAATGTAACACCCTCAACTCGACCTGATTCATGGGATCTAGATTTC
11792 GGGTGTTACCACAAAAAAACTTAACCGTTTAACAAAATCAATTCACAATTTCTTTCTTCTTTAAA
391 GGGTGTTACCACAAAAAAACTTAACCGTTTAACAAAATCAATTCACAATTTCTTTCTTCTTTAAA
11857 ACATTTCCTGTGGCATTCCAATTGAAATGCTTAATATATGAAGGTAAAGAAAATGCCCTACAATA
456 ACATTTCCTGTGGCATTCCAATTGAAATGCTTAATATATGAAGGTAAAGAAAATGCCCTACAATA
*
11922 GTTTATCATGTGAATCTAGATACAAATCTTTACAAAAAGAAGTTTAACAAAAACAGACTAAAAGG
521 GTTTATCATGTGAATCTAGATACAAATCTTTACGAAAAGAAGTTTAACAAAAACAGACTAAAAGG
* *
11987 GGTGTATTCATAGATTATGCCAAAATAAATAAAAACATCATTAATTTGAAAACAAA-AAATTTGA
586 GGTGTATTCCTAGATTATGCCAAAATAAATAAAAACATAATTAATTTGAAAACAAACAAATTTGA
*
12051 AAAGTTAAAAAATCTAATAAAAACTAGCCTAAAAGCTAGAATTTACTCCTGAAATACTAT--GAA
651 AAAGTTATAAAATCTAATAAAAACTAGCCTAAAAGCTAGAATTTACTCCTGAAATACTATGAGAA
12114 CTATTTTAAATAATTTTAAATATGAGTTATAATGTAA-A-CCTCAACTCGACCTGATTCATGGGA
716 CTATTTTAAATAATTTTAAATATGAGTTATAATGTAACACCCTCAACTCGACCTGATTCATGGGA
12177 TCTAGATTTCGGGTGTTACC
781 TCTAGATTTCGGGTGTTACC
12197 ACAAAAAAACTTAACCGTTTAACAAAATCAATTCACAATTTCTTTCTTCTTTAAAACATTTCCTG
1 ACAAAAAAACTTAACCGTTTAACAAAATCAATTCACAATTTCTTTCTTCTTTAAAACATTTCCTG
12262 TGGCATTCCAATTGAAATGCTTAATATATGAAGGTAAAGAAAATGCCCTACAATAGTTTATCATG
66 TGGCATTCCAATTGAAATGCTTAATATATGAAGGTAAAGAAAATGCCCTACAATAGTTTATCATG
*
12327 TGAATCTAGATACAAATCTTTACGAAAAGAAGTTCAACAAAAACAGACTAAAAGGGGTGTATTCC
131 TGAATCTAGATACAAATCTTTACGAAAAGAAGTTTAACAAAAACAGACTAAAAGGGGTGTATTCC
12392 TAGATTATGCCAAAATAAATAAAAACATAATTAATTTGAAAACAAACAAATTTGAAAAGTTATAA
196 TAGATTATGCCAAAATAAATAAAAACATAATTAATTTGAAAACAAACAAATTTGAAAAGTTATAA
12457 AATCTAATAAAAACTAGCCTAAAAGCTAGAATTTACTCCTGAAATACTATGAGAACTATTTTAAA
261 AATCTAATAAAAACTAGCCTAAAAGCTAGAATTTACTCCTGAAATACTATGAGAACTATTTTAAA
12522 TAATTTTAAATATGA-TTATAATGTAACACCCTCAACTCGACCTGATTCATGGGATCTAGATTTC
326 TAATTTTAAATATGAGTTATAATGTAACACCCTCAACTCGACCTGATTCATGGGATCTAGATTTC
* * *
12586 GAGTGTTA-CA-AAAAAAACTTAACCGCTTAAGAAAATC-ATTCACAATTTCTTTCTTCTTTAAA
391 GGGTGTTACCACAAAAAAACTTAACCGTTTAACAAAATCAATTCACAATTTCTTTCTTCTTT-AA
*
12648 AACATTTCCTGT-GCTTTCCAATTGAAATGCTTAATATATGAAGGTAAAGAAAATGCCCTACAAT
455 AACATTTCCTGTGGCATTCCAATTGAAATGCTTAATATATGAAGGTAAAGAAAATGCCCTACAAT
*
12712 AGTTTATCATGTGAATCTAGATAAAAATCTTTACGAAAAGAAGTTTAACAAAAACAGACTAAAAG
520 AGTTTATCATGTGAATCTAGATACAAATCTTTACGAAAAGAAGTTTAACAAAAACAGACTAAAAG
* * *
12777 GGGCT-TATTCCTAGATCATGCCAAAATAAATAAGAACATAATTAATTTTAAAACAAACAAATTT
585 GGG-TGTATTCCTAGATTATGCCAAAATAAATAAAAACATAATTAATTTGAAAACAAACAAATTT
*
12841 GAAAAGTTATAAAATCTAATAAAAACTAGCC-AAAAGCTAGAATTTACTCTTGAAATACTATGAG
649 GAAAAGTTATAAAATCTAATAAAAACTAGCCTAAAAGCTAGAATTTACTCCTGAAATACTATGAG
12905 AACTATTTTAAATAATTTTAAATATGA-TTAT-ATGTAACACCCTCAACTCGACCTGATTCAT-G
714 AACTATTTTAAATAATTTTAAATATGAGTTATAATGTAACACCCTCAACTCGACCTGATTCATGG
12967 GATCTAGATTTCGGGTGTTACC
779 GATCTAGATTTCGGGTGTTACC
* *
12989 ACAAAAAAAACTTAACCGTTTAAGAAAATCAATTAACAATTTCTTTCTTCTTTAAAACATTTCCT
1 AC-AAAAAAACTTAACCGTTTAACAAAATCAATTCACAATTTCTTTCTTCTTTAAAACATTTCCT
* *
13054 GTGAG-ATTCCAATTGAAACGCTTAATATATGAAGGTAAAGAAAATGCCCTACAATTGTTTATCA
65 GTG-GCATTCCAATTGAAATGCTTAATATATGAAGGTAAAGAAAATGCCCTACAATAGTTTATCA
* *
13118 TGTGAATCTAGATACAAATCTTTACGAAAAGAAGTTGAAC-AAAACAG---AAAAGTGGTGTATT
129 TGTGAATCTAGATACAAATCTTTACGAAAAGAAGTTTAACAAAAACAGACTAAAAGGGGTGTATT
* *
13179 CCTAAATTATGCCAAAATAAATAAAAAC-TAATT-ATTTG--AA-ATACAAATTTGAAAAGTTAT
194 CCTAGATTATGCCAAAATAAATAAAAACATAATTAATTTGAAAACAAACAAATTTGAAAAGTTAT
13239 AAAATCT-ATAAAAAACTAGCCTAAAAGCTAGAATTTACTCCTGAAATACTA-GAAGAACTATTT
259 AAAATCTAAT-AAAAACTAGCCTAAAAGCTAGAATTTACTCCTGAAATACTATG-AGAACTATTT
*
13302 TAAATAATTTTAAATATGAGTTATAATGTAACACCCTAAACTCGACCTGATTCATGGGATCTAGA
322 TAAATAATTTTAAATATGAGTTATAATGTAACACCCTCAACTCGACCTGATTCATGGGATCTAGA
* * * *
13367 TTTCGGGTGTTTCCTC-AAAAATCTTAACCGTTTAAGAAAATCAATTCACAATTTCTTTCTTCTT
387 TTTCGGGTGTTACCACAAAAAAACTTAACCGTTTAACAAAATCAATTCACAATTTCTTTCTTCTT
*
13431 TAAAAC-TTTCCTGTGGCATT-CAATTGAAATGCTTAATGTATGAAGGTAAAGAAAATG-CCTAC
452 TAAAACATTTCCTGTGGCATTCCAATTGAAATGCTTAATATATGAAGGTAAAGAAAATGCCCTAC
* *
13493 AATAGTTTATCATGTGAATCTAGATAAAAATCTTTATGAAAAGAAGTTTAACAAAAACAGACTAA
517 AATAGTTTATCATGTGAATCTAGATACAAATCTTTACGAAAAGAAGTTTAACAAAAACAGACTAA
*
13558 AAGGGGTGTATTCCTAGATTATGCCAAAATAAATAAAAACATAATTAATTTGAAAACAAACAATT
582 AAGGGGTGTATTCCTAGATTATGCCAAAATAAATAAAAACATAATTAATTTGAAAACAAACAAAT
13623 TTGAAAAGTTATAAAATCTAATAAAAACTAGCCTAAAAGCTAGAATTTACTCCTGAAATACTATG
647 TTGAAAAGTTATAAAATCTAATAAAAACTAGCCTAAAAGCTAGAATTTACTCCTGAAATACTATG
*
13688 AGAACTATTTTAAATAATTTTAAATATGAGTTAGAATGTAACACCCTCAACTCGACCTGATTCAT
712 AGAACTATTTTAAATAATTTTAAATATGAGTTATAATGTAACACCCTCAACTCGACCTGATTCAT
*
13753 GGGATCTAGATTTCGGGTTTTACC
777 GGGATCTAGATTTCGGGTGTTACC
* *
13777 ACAAAAAAACTTAACCGTTAAAGAAAATCAATTCACAATTTCTTTTCTTCTTTAAAACA-TTCCT
1 ACAAAAAAACTTAACCGTTTAACAAAATCAATTCACAATTTC-TTTCTTCTTTAAAACATTTCCT
13841 GTGGCATT----TTGAAATGCTTAATATATGAAGGTAAAGAAAATGCCCTACAATAGTTTATCAT
65 GTGGCATTCCAATTGAAATGCTTAATATATGAAGGTAAAGAAAATGCCCTACAATAGTTTATCAT
*
13902 GTGAATCTAGATACAAATCTTTACGAAAAAAAGTTTAACAAAAACAGACTAAAAGGGGTGTATTC
130 GTGAATCTAGATACAAATCTTTACGAAAAGAAGTTTAACAAAAACAGACTAAAAGGGGTGTATTC
13967 CT
195 CT
13969 TGGTTATGGG
Statistics
Matches: 7165, Mismatches: 100, Indels: 158
0.97 0.01 0.02
Matches are distributed among these distances:
783 92 0.01
784 426 0.06
785 163 0.02
786 353 0.05
787 124 0.02
788 109 0.02
789 62 0.01
790 10 0.00
791 308 0.04
792 221 0.03
793 253 0.04
794 472 0.07
795 507 0.07
796 1045 0.15
797 1530 0.21
798 743 0.10
799 433 0.06
800 108 0.02
801 206 0.03
ACGTcount: A:0.42, C:0.15, G:0.12, T:0.31
Consensus pattern (800 bp):
ACAAAAAAACTTAACCGTTTAACAAAATCAATTCACAATTTCTTTCTTCTTTAAAACATTTCCTG
TGGCATTCCAATTGAAATGCTTAATATATGAAGGTAAAGAAAATGCCCTACAATAGTTTATCATG
TGAATCTAGATACAAATCTTTACGAAAAGAAGTTTAACAAAAACAGACTAAAAGGGGTGTATTCC
TAGATTATGCCAAAATAAATAAAAACATAATTAATTTGAAAACAAACAAATTTGAAAAGTTATAA
AATCTAATAAAAACTAGCCTAAAAGCTAGAATTTACTCCTGAAATACTATGAGAACTATTTTAAA
TAATTTTAAATATGAGTTATAATGTAACACCCTCAACTCGACCTGATTCATGGGATCTAGATTTC
GGGTGTTACCACAAAAAAACTTAACCGTTTAACAAAATCAATTCACAATTTCTTTCTTCTTTAAA
ACATTTCCTGTGGCATTCCAATTGAAATGCTTAATATATGAAGGTAAAGAAAATGCCCTACAATA
GTTTATCATGTGAATCTAGATACAAATCTTTACGAAAAGAAGTTTAACAAAAACAGACTAAAAGG
GGTGTATTCCTAGATTATGCCAAAATAAATAAAAACATAATTAATTTGAAAACAAACAAATTTGA
AAAGTTATAAAATCTAATAAAAACTAGCCTAAAAGCTAGAATTTACTCCTGAAATACTATGAGAA
CTATTTTAAATAATTTTAAATATGAGTTATAATGTAACACCCTCAACTCGACCTGATTCATGGGA
TCTAGATTTCGGGTGTTACC
Found at i:14076 original size:13 final size:13
Alignment explanation
Indices: 14058--14082 Score: 50
Period size: 13 Copynumber: 1.9 Consensus size: 13
14048 TGGTCATCTT
14058 GGTGTGAACACAA
1 GGTGTGAACACAA
14071 GGTGTGAACACA
1 GGTGTGAACACA
14083 TGATCAATAC
Statistics
Matches: 12, Mismatches: 0, Indels: 0
1.00 0.00 0.00
Matches are distributed among these distances:
13 12 1.00
ACGTcount: A:0.36, C:0.16, G:0.32, T:0.16
Consensus pattern (13 bp):
GGTGTGAACACAA
Found at i:15482 original size:13 final size:13
Alignment explanation
Indices: 15464--15495 Score: 55
Period size: 13 Copynumber: 2.5 Consensus size: 13
15454 ATACAAGTTT
15464 AAAAAAAATTCAA
1 AAAAAAAATTCAA
*
15477 AAAAAAAATTGAA
1 AAAAAAAATTCAA
15490 AAAAAA
1 AAAAAA
15496 GGGTGTTGTA
Statistics
Matches: 18, Mismatches: 1, Indels: 0
0.95 0.05 0.00
Matches are distributed among these distances:
13 18 1.00
ACGTcount: A:0.81, C:0.03, G:0.03, T:0.12
Consensus pattern (13 bp):
AAAAAAAATTCAA
Found at i:16404 original size:5 final size:5
Alignment explanation
Indices: 16394--16448 Score: 53
Period size: 5 Copynumber: 11.0 Consensus size: 5
16384 AAGAGAAAAC
*
16394 AAAGA AAAGA AAA-A AAAGCA AAAGA AGA-A AAAGA AAACGA AATA-A
1 AAAGA AAAGA AAAGA AAAG-A AAAGA AAAGA AAAGA AAA-GA AA-AGA
16439 AAAGA AAAGA
1 AAAGA AAAGA
16449 GAGGCAAGAG
Statistics
Matches: 42, Mismatches: 2, Indels: 12
0.75 0.04 0.21
Matches are distributed among these distances:
4 8 0.19
5 24 0.57
6 9 0.21
7 1 0.02
ACGTcount: A:0.78, C:0.04, G:0.16, T:0.02
Consensus pattern (5 bp):
AAAGA
Found at i:16416 original size:15 final size:14
Alignment explanation
Indices: 16387--16448 Score: 79
Period size: 15 Copynumber: 4.2 Consensus size: 14
16377 TCTTGTAAAG
*
16387 AGAAAACAAAGAAA
1 AGAAAAAAAAGAAA
16401 AGAAAAAAAAGCAAA
1 AGAAAAAAAAG-AAA
*
16416 AGAAGAAAAAGAAA
1 AGAAAAAAAAGAAA
16430 ACGAAATAAAAAGAAA
1 A-GAAA-AAAAAGAAA
16446 AGA
1 AGA
16449 GAGGCAAGAG
Statistics
Matches: 42, Mismatches: 3, Indels: 5
0.84 0.06 0.10
Matches are distributed among these distances:
14 14 0.33
15 18 0.43
16 10 0.24
ACGTcount: A:0.77, C:0.05, G:0.16, T:0.02
Consensus pattern (14 bp):
AGAAAAAAAAGAAA
Found at i:16562 original size:30 final size:31
Alignment explanation
Indices: 16528--16598 Score: 85
Period size: 30 Copynumber: 2.4 Consensus size: 31
16518 AAAGGAAAAA
*
16528 GAAAAAGAAA-ATGAGATTGAAAAAG-AGAAC
1 GAAAAAGAAATATGAGAGTGAAAAAGAAG-AC
* *
16558 G-AAAAGAAATTTGAGAGTGAAAAAGAAGAT
1 GAAAAAGAAATATGAGAGTGAAAAAGAAGAC
16588 GAAAAAGAAAT
1 GAAAAAGAAAT
16599 TGAAACAAAA
Statistics
Matches: 35, Mismatches: 3, Indels: 5
0.81 0.07 0.12
Matches are distributed among these distances:
29 8 0.23
30 16 0.46
31 11 0.31
ACGTcount: A:0.62, C:0.01, G:0.24, T:0.13
Consensus pattern (31 bp):
GAAAAAGAAATATGAGAGTGAAAAAGAAGAC
Found at i:16571 original size:24 final size:24
Alignment explanation
Indices: 16522--16591 Score: 61
Period size: 24 Copynumber: 2.9 Consensus size: 24
16512 AAAGCAAAAG
*
16522 GAAAAAGAAAAAGAAAATGAGATT
1 GAAAAAGAAAAAGAAAATGAAATT
* *
16546 GAAAAAGAGAACGAAAA-GAAATTT
1 GAAAAAGAAAAAGAAAATGAAA-TT
* ** *
16570 GAGAGTGAAAAAGAAGATGAAA
1 GAAAAAGAAAAAGAAAATGAAA
16592 AAGAAATTGA
Statistics
Matches: 35, Mismatches: 9, Indels: 3
0.74 0.19 0.06
Matches are distributed among these distances:
23 3 0.09
24 28 0.80
25 4 0.11
ACGTcount: A:0.63, C:0.01, G:0.24, T:0.11
Consensus pattern (24 bp):
GAAAAAGAAAAAGAAAATGAAATT
Found at i:18425 original size:27 final size:27
Alignment explanation
Indices: 18395--18560 Score: 233
Period size: 27 Copynumber: 6.1 Consensus size: 27
18385 GGGGAAAAAT
* * * *
18395 GGTAATTTTACCCCACAAGGGTATCTC
1 GGTAATTCTACCCTACAGGGGTATTTC
* *
18422 GGTAATTCCACCCTACAGGGGTATTTT
1 GGTAATTCTACCCTACAGGGGTATTTC
*
18449 AGTAATTCTACCCTACAGGGGTATTTC
1 GGTAATTCTACCCTACAGGGGTATTTC
* *
18476 GGTAATTTTACCCTACAGGGGTATTTT
1 GGTAATTCTACCCTACAGGGGTATTTC
*
18503 GGTAATTCTACCCTATAGGGGTATTTC
1 GGTAATTCTACCCTACAGGGGTATTTC
*
18530 GGTAATTCTACCCTACAGGGGTATTTT
1 GGTAATTCTACCCTACAGGGGTATTTC
18557 GGTA
1 GGTA
18561 GTTTCACAAA
Statistics
Matches: 122, Mismatches: 17, Indels: 0
0.88 0.12 0.00
Matches are distributed among these distances:
27 122 1.00
ACGTcount: A:0.23, C:0.20, G:0.22, T:0.35
Consensus pattern (27 bp):
GGTAATTCTACCCTACAGGGGTATTTC
Found at i:18442 original size:54 final size:54
Alignment explanation
Indices: 18394--18560 Score: 262
Period size: 54 Copynumber: 3.1 Consensus size: 54
18384 AGGGGAAAAA
* * * * *
18394 TGGTAATTTTACCCCACAAGGGTATCTCGGTAATTCCACCCTACAGGGGTATTT
1 TGGTAATTCTACCCTACAGGGGTATTTCGGTAATTCTACCCTACAGGGGTATTT
* *
18448 TAGTAATTCTACCCTACAGGGGTATTTCGGTAATTTTACCCTACAGGGGTATTT
1 TGGTAATTCTACCCTACAGGGGTATTTCGGTAATTCTACCCTACAGGGGTATTT
*
18502 TGGTAATTCTACCCTATAGGGGTATTTCGGTAATTCTACCCTACAGGGGTATTT
1 TGGTAATTCTACCCTACAGGGGTATTTCGGTAATTCTACCCTACAGGGGTATTT
18556 TGGTA
1 TGGTA
18561 GTTTCACAAA
Statistics
Matches: 103, Mismatches: 10, Indels: 0
0.91 0.09 0.00
Matches are distributed among these distances:
54 103 1.00
ACGTcount: A:0.23, C:0.20, G:0.22, T:0.35
Consensus pattern (54 bp):
TGGTAATTCTACCCTACAGGGGTATTTCGGTAATTCTACCCTACAGGGGTATTT
Found at i:18576 original size:27 final size:27
Alignment explanation
Indices: 18546--18617 Score: 117
Period size: 27 Copynumber: 2.7 Consensus size: 27
18536 TCTACCCTAC
*
18546 AGGGGTATTTTGGTAGTTTCACAAATT
1 AGGGGTATTTTGGTAATTTCACAAATT
*
18573 AGGGGTATTTTGGTAATTTTACAAATT
1 AGGGGTATTTTGGTAATTTCACAAATT
*
18600 AGGGGTATTTTGTTAATT
1 AGGGGTATTTTGGTAATT
18618 ATATTGATCG
Statistics
Matches: 42, Mismatches: 3, Indels: 0
0.93 0.07 0.00
Matches are distributed among these distances:
27 42 1.00
ACGTcount: A:0.26, C:0.04, G:0.25, T:0.44
Consensus pattern (27 bp):
AGGGGTATTTTGGTAATTTCACAAATT
Found at i:18577 original size:81 final size:81
Alignment explanation
Indices: 18413--18590 Score: 232
Period size: 81 Copynumber: 2.2 Consensus size: 81
18403 TACCCCACAA
* * *
18413 GGGTATCTCGGTAATTCCACCCTACAGGGGTATTTTAGTAATTCTACCCTACAGGGGTATTTCGG
1 GGGTATTTTGGTAATTCCACCCTACAGGGGTATTTCAGTAATTCTACCCTACAGGGGTATTTCGG
* **
18478 TAATTTTACCCTACAG
66 TAATTTCACAATACAG
* * * *
18494 GGGTATTTTGGTAATTCTACCCTATAGGGGTATTTCGGTAATTCTACCCTACAGGGGTATTTTGG
1 GGGTATTTTGGTAATTCCACCCTACAGGGGTATTTCAGTAATTCTACCCTACAGGGGTATTTCGG
* *
18559 TAGTTTCACAA-ATTAG
66 TAATTTCACAATA-CAG
18575 GGGTATTTTGGTAATT
1 GGGTATTTTGGTAATT
18591 TTACAAATTA
Statistics
Matches: 84, Mismatches: 12, Indels: 2
0.86 0.12 0.02
Matches are distributed among these distances:
80 1 0.01
81 83 0.99
ACGTcount: A:0.23, C:0.17, G:0.23, T:0.37
Consensus pattern (81 bp):
GGGTATTTTGGTAATTCCACCCTACAGGGGTATTTCAGTAATTCTACCCTACAGGGGTATTTCGG
TAATTTCACAATACAG
Found at i:18603 original size:81 final size:81
Alignment explanation
Indices: 18438--18609 Score: 213
Period size: 81 Copynumber: 2.1 Consensus size: 81
18428 TCCACCCTAC
* * **
18438 AGGGGTATTTTAGTAATTCTACCCTACAGGGGTATTTCGGTAATTTTACCCTACAGGGGTATTTT
1 AGGGGTATTTCAGTAATTCTACCCTACAGGGGTATTTCGGTAATTTCACAATACAGGGGTATTTT
**
18503 GGTAATTCTACCCTAT
66 GGTAATTCTACAATAT
* * * *
18519 AGGGGTATTTCGGTAATTCTACCCTACAGGGGTATTTTGGTAGTTTCACAA-ATTAGGGGTATTT
1 AGGGGTATTTCAGTAATTCTACCCTACAGGGGTATTTCGGTAATTTCACAATA-CAGGGGTATTT
*
18583 TGGTAATTTTACAA-ATT
65 TGGTAATTCTACAATA-T
18600 AGGGGTATTT
1 AGGGGTATTT
18610 TGTTAATTAT
Statistics
Matches: 78, Mismatches: 11, Indels: 4
0.84 0.12 0.04
Matches are distributed among these distances:
80 2 0.03
81 76 0.97
ACGTcount: A:0.24, C:0.13, G:0.23, T:0.39
Consensus pattern (81 bp):
AGGGGTATTTCAGTAATTCTACCCTACAGGGGTATTTCGGTAATTTCACAATACAGGGGTATTTT
GGTAATTCTACAATAT
Found at i:18732 original size:24 final size:25
Alignment explanation
Indices: 18666--18764 Score: 132
Period size: 25 Copynumber: 4.0 Consensus size: 25
18656 TTCAGTATTT
18666 TGTAAATCGAGGGTAAAATGTAATTC
1 TGTAAATCGA-GGTAAAATGTAATTC
18692 TGTAAATCGAGGTAAAATGTAATTC
1 TGTAAATCGAGGTAAAATGTAATTC
*
18717 TGTAAAT-GAGGTAAAACGGT-ATT-
1 TGTAAATCGAGGTAAAA-TGTAATTC
*
18740 TATAAATCGAGGTAAAATGGTAATT
1 TGTAAATCGAGGTAAAAT-GTAATT
18765 TTATCTTATT
Statistics
Matches: 66, Mismatches: 3, Indels: 9
0.85 0.04 0.12
Matches are distributed among these distances:
23 6 0.09
24 23 0.35
25 27 0.41
26 10 0.15
ACGTcount: A:0.40, C:0.06, G:0.22, T:0.31
Consensus pattern (25 bp):
TGTAAATCGAGGTAAAATGTAATTC
Found at i:18801 original size:27 final size:27
Alignment explanation
Indices: 18771--18865 Score: 100
Period size: 27 Copynumber: 3.5 Consensus size: 27
18761 AATTTTATCT
* *
18771 TATTTTAGTAATTTTACAAATAGAGGA
1 TATTTTAGTAATTTTACAAATCGAGGG
** * *
18798 TATTTGGGTAATTTTATAAATCGGGGG
1 TATTTTAGTAATTTTACAAATCGAGGG
* * *
18825 TACTTTGGTAATTTTACAAGTCGAGGG
1 TATTTTAGTAATTTTACAAATCGAGGG
*
18852 TATTTCAGTAATTT
1 TATTTTAGTAATTT
18866 GGTAAACTAA
Statistics
Matches: 54, Mismatches: 14, Indels: 0
0.79 0.21 0.00
Matches are distributed among these distances:
27 54 1.00
ACGTcount: A:0.31, C:0.06, G:0.21, T:0.42
Consensus pattern (27 bp):
TATTTTAGTAATTTTACAAATCGAGGG
Found at i:24664 original size:77 final size:76
Alignment explanation
Indices: 24535--24732 Score: 254
Period size: 77 Copynumber: 2.5 Consensus size: 76
24525 TGGGATTTAA
* * * * * *
24535 CCGGATATAGCTACTCGCTC-AATGGCTTCGGGACATAGCCCAGATATAGTAACTCATACCATTG
1 CCGGATATAG-TACTCGCACAAAT-GCTTC-GGACTTAGCCCGGATATAGTAACTCACACAAATG
24599 CCTTCGGGACTTAGC
63 CCTTC-GGACTTAGC
*
24614 CCGGATATAGTACTCGCACAAATGCTTCGGACTTAGCCCGGATATAGTAACTCGCACAAATGCCT
1 CCGGATATAGTACTCGCACAAATGCTTCGGACTTAGCCCGGATATAGTAACTCACACAAATGCCT
24679 TCGGACTTAGC
66 TCGGACTTAGC
* *
24690 CCGGATACAGTAACTCGCACAAATGCCTTCGGACTTAGACCGG
1 CCGGATATAGT-ACTCGCACAAATG-CTTCGGACTTAGCCCGG
24733 TTATCATTCA
Statistics
Matches: 107, Mismatches: 9, Indels: 7
0.87 0.07 0.06
Matches are distributed among these distances:
76 19 0.18
77 46 0.43
78 29 0.27
79 13 0.12
ACGTcount: A:0.27, C:0.28, G:0.22, T:0.23
Consensus pattern (76 bp):
CCGGATATAGTACTCGCACAAATGCTTCGGACTTAGCCCGGATATAGTAACTCACACAAATGCCT
TCGGACTTAGC
Found at i:24692 original size:39 final size:39
Alignment explanation
Indices: 24535--24732 Score: 251
Period size: 39 Copynumber: 5.1 Consensus size: 39
24525 TGGGATTTAA
* * *
24535 CCGGATATAGCT-ACTCGCTC-AATGGCTTCGGGACATAGC
1 CCGGATATAG-TAACTCGCACAAATGCCTTC-GGACTTAGC
* ** * *
24574 CCAGATATAGTAACTCATACCATTGCCTTCGGGACTTAGC
1 CCGGATATAGTAACTCGCACAAATGCCTTC-GGACTTAGC
24614 CCGGATATAGT-ACTCGCACAAATG-CTTCGGACTTAGC
1 CCGGATATAGTAACTCGCACAAATGCCTTCGGACTTAGC
24651 CCGGATATAGTAACTCGCACAAATGCCTTCGGACTTAGC
1 CCGGATATAGTAACTCGCACAAATGCCTTCGGACTTAGC
* *
24690 CCGGATACAGTAACTCGCACAAATGCCTTCGGACTTAGA
1 CCGGATATAGTAACTCGCACAAATGCCTTCGGACTTAGC
24729 CCGG
1 CCGG
24733 TTATCATTCA
Statistics
Matches: 141, Mismatches: 14, Indels: 8
0.87 0.09 0.05
Matches are distributed among these distances:
37 20 0.14
38 18 0.13
39 77 0.55
40 26 0.18
ACGTcount: A:0.27, C:0.28, G:0.22, T:0.23
Consensus pattern (39 bp):
CCGGATATAGTAACTCGCACAAATGCCTTCGGACTTAGC
Found at i:34172 original size:40 final size:41
Alignment explanation
Indices: 34122--34241 Score: 122
Period size: 40 Copynumber: 2.8 Consensus size: 41
34112 TCGGACTTTA
34122 CCCGGAATTTTAGTAACTCGCACAATGCCTTCGGGAA-TAAC
1 CCCGG-ATTTTAGTAACTCGCACAATGCCTTCGGGAATTAAC
*
34163 CCCGGATTTTAGTAACTCACAACAAATGCCTTCCGGGAATTTAAC
1 CCCGGATTTTAGTAACTCGC-AC-AATGCCTT-CGGGAA-TTAAC
*
34208 ACCGGA--TTAGTAAACGTCGCACCAATG-CTTCGGG
1 CCCGGATTTTAGT-AAC-TCGCA-CAATGCCTTCGGG
34242 CTTAGCCAGG
Statistics
Matches: 68, Mismatches: 3, Indels: 15
0.79 0.03 0.17
Matches are distributed among these distances:
40 14 0.21
41 7 0.10
42 12 0.18
43 14 0.21
44 8 0.12
45 13 0.19
ACGTcount: A:0.29, C:0.27, G:0.20, T:0.24
Consensus pattern (41 bp):
CCCGGATTTTAGTAACTCGCACAATGCCTTCGGGAATTAAC
Found at i:34218 original size:43 final size:39
Alignment explanation
Indices: 34130--34220 Score: 103
Period size: 43 Copynumber: 2.2 Consensus size: 39
34120 TACCCGGAAT
* *
34130 TTTAGTAACTCGCACAATGCCTTCGGGAATAACCCCGGA
1 TTTAGTAACTCACACAATGCCTTCGGGAATAACACCGGA
34169 TTTTAGTAACTCACAACAAATGCCTTCCGGGAATTTAACACCGGA
1 -TTTAGTAACTCAC-AC-AATGCCTT-CGGGAA--TAACACCGGA
34214 -TTAGTAA
1 TTTAGTAA
34221 ACGTCGCACC
Statistics
Matches: 44, Mismatches: 2, Indels: 7
0.83 0.04 0.13
Matches are distributed among these distances:
40 12 0.27
41 2 0.05
42 8 0.18
43 13 0.30
45 9 0.20
ACGTcount: A:0.32, C:0.24, G:0.18, T:0.26
Consensus pattern (39 bp):
TTTAGTAACTCACACAATGCCTTCGGGAATAACACCGGA
Done.