Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: Scaffold3550
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 1000
Length: 15871
ACGTcount: A:0.30, C:0.16, G:0.22, T:0.32
Found at i:1552 original size:28 final size:27
Alignment explanation
Indices: 1495--1646 Score: 241
Period size: 27 Copynumber: 5.6 Consensus size: 27
1485 TAAATTGTGC
*
1495 AGCACTAAGTGTGCGAATTGACTATGT
1 AGCACTAAGTGTGCGAGTTGACTATGT
1522 AGCACTAAGTGTGCGAGTTTGACTATGT
1 AGCACTAAGTGTGCGAG-TTGACTATGT
1550 AGCACTAAGTGTGCGAGTTGACTATGT
1 AGCACTAAGTGTGCGAGTTGACTATGT
*
1577 AGCACTAAGTGTGCGAGTTTGATTATGT
1 AGCACTAAGTGTGCGAG-TTGACTATGT
* *
1605 AGCACTAAGTGTGCGAGTTGATTATAT
1 AGCACTAAGTGTGCGAGTTGACTATGT
*
1632 AGCACTGAGTGTGCG
1 AGCACTAAGTGTGCG
1647 GACTTAATAT
Statistics
Matches: 119, Mismatches: 4, Indels: 4
0.94 0.03 0.03
Matches are distributed among these distances:
27 66 0.55
28 53 0.45
ACGTcount: A:0.26, C:0.14, G:0.29, T:0.31
Consensus pattern (27 bp):
AGCACTAAGTGTGCGAGTTGACTATGT
Found at i:1559 original size:55 final size:55
Alignment explanation
Indices: 1495--1646 Score: 259
Period size: 55 Copynumber: 2.8 Consensus size: 55
1485 TAAATTGTGC
*
1495 AGCACTAAGTGTGCGAATTGACTATGTAGCACTAAGTGTGCGAGTTTGACTATGT
1 AGCACTAAGTGTGCGAGTTGACTATGTAGCACTAAGTGTGCGAGTTTGACTATGT
*
1550 AGCACTAAGTGTGCGAGTTGACTATGTAGCACTAAGTGTGCGAGTTTGATTATGT
1 AGCACTAAGTGTGCGAGTTGACTATGTAGCACTAAGTGTGCGAGTTTGACTATGT
* * *
1605 AGCACTAAGTGTGCGAGTTGATTATATAGCACTGAGTGTGCG
1 AGCACTAAGTGTGCGAGTTGACTATGTAGCACTAAGTGTGCG
1647 GACTTAATAT
Statistics
Matches: 92, Mismatches: 5, Indels: 0
0.95 0.05 0.00
Matches are distributed among these distances:
55 92 1.00
ACGTcount: A:0.26, C:0.14, G:0.29, T:0.31
Consensus pattern (55 bp):
AGCACTAAGTGTGCGAGTTGACTATGTAGCACTAAGTGTGCGAGTTTGACTATGT
Found at i:9540 original size:28 final size:27
Alignment explanation
Indices: 9483--9634 Score: 241
Period size: 27 Copynumber: 5.6 Consensus size: 27
9473 TAAATTGTGC
*
9483 AGCACTAAGTGTGCGAATTGACTATGT
1 AGCACTAAGTGTGCGAGTTGACTATGT
9510 AGCACTAAGTGTGCGAGTTTGACTATGT
1 AGCACTAAGTGTGCGAG-TTGACTATGT
9538 AGCACTAAGTGTGCGAGTTGACTATGT
1 AGCACTAAGTGTGCGAGTTGACTATGT
*
9565 AGCACTAAGTGTGCGAGTTTGATTATGT
1 AGCACTAAGTGTGCGAG-TTGACTATGT
* *
9593 AGCACTAAGTGTGCGAGTTGATTATAT
1 AGCACTAAGTGTGCGAGTTGACTATGT
*
9620 AGCACTGAGTGTGCG
1 AGCACTAAGTGTGCG
9635 GACTTAATAT
Statistics
Matches: 119, Mismatches: 4, Indels: 4
0.94 0.03 0.03
Matches are distributed among these distances:
27 66 0.55
28 53 0.45
ACGTcount: A:0.26, C:0.14, G:0.29, T:0.31
Consensus pattern (27 bp):
AGCACTAAGTGTGCGAGTTGACTATGT
Found at i:9547 original size:55 final size:55
Alignment explanation
Indices: 9483--9634 Score: 259
Period size: 55 Copynumber: 2.8 Consensus size: 55
9473 TAAATTGTGC
*
9483 AGCACTAAGTGTGCGAATTGACTATGTAGCACTAAGTGTGCGAGTTTGACTATGT
1 AGCACTAAGTGTGCGAGTTGACTATGTAGCACTAAGTGTGCGAGTTTGACTATGT
*
9538 AGCACTAAGTGTGCGAGTTGACTATGTAGCACTAAGTGTGCGAGTTTGATTATGT
1 AGCACTAAGTGTGCGAGTTGACTATGTAGCACTAAGTGTGCGAGTTTGACTATGT
* * *
9593 AGCACTAAGTGTGCGAGTTGATTATATAGCACTGAGTGTGCG
1 AGCACTAAGTGTGCGAGTTGACTATGTAGCACTAAGTGTGCG
9635 GACTTAATAT
Statistics
Matches: 92, Mismatches: 5, Indels: 0
0.95 0.05 0.00
Matches are distributed among these distances:
55 92 1.00
ACGTcount: A:0.26, C:0.14, G:0.29, T:0.31
Consensus pattern (55 bp):
AGCACTAAGTGTGCGAGTTGACTATGTAGCACTAAGTGTGCGAGTTTGACTATGT
Done.