Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: Scaffold1706
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 1000
Length: 33497
ACGTcount: A:0.31, C:0.19, G:0.18, T:0.31
Found at i:202 original size:79 final size:76
Alignment explanation
Indices: 82--292 Score: 218
Period size: 79 Copynumber: 2.7 Consensus size: 76
72 AACCAAGTAT
*
82 CTTCGGGATTTAG-CCGGATATAG-CAACT-CACAAATGCTTCGGGTCTTAGCCCGAATATAGTC
1 CTTCGGGACTTAGCCCGGATATAGTC-ACTGCACAAATGCTTCGGG-CTTAGCCCG-ATATAG-C
* **
144 -ACTA-GCATGAATG
62 AACTACACACAAATG
* *
157 CCTTCGGGACTTAGCCCGGATATAGTCACTAGCACAAATGCTTCGGGACTTAGCCTGGTATAGCA
1 -CTTCGGGACTTAGCCCGGATATAGTCACT-GCACAAATGCTTCGGG-CTTAGCCCGATATAGCA
222 ACTACTCACACAAATG
63 ACTA--CACACAAATG
*
238 CTTC-GGACTTAGCCCGGATATAGTAACTTGCACAAATGCCTTCGGGCTTAGCCCG
1 CTTCGGGACTTAGCCCGGATATAGTCAC-TGCACAAATG-CTTCGGGCTTAGCCCG
293 TGTGACACCC
Statistics
Matches: 116, Mismatches: 9, Indels: 17
0.82 0.06 0.12
Matches are distributed among these distances:
76 12 0.10
77 14 0.12
78 10 0.09
79 62 0.53
80 12 0.10
81 6 0.05
ACGTcount: A:0.27, C:0.26, G:0.22, T:0.25
Consensus pattern (76 bp):
CTTCGGGACTTAGCCCGGATATAGTCACTGCACAAATGCTTCGGGCTTAGCCCGATATAGCAACT
ACACACAAATG
Found at i:288 original size:39 final size:39
Alignment explanation
Indices: 82--292 Score: 218
Period size: 40 Copynumber: 5.4 Consensus size: 39
72 AACCAAGTAT
* *
82 CTTCGGGATTTAG-CCGGATATAGCAAC-T-CACAAATG
1 CTTCGGGACTTAGCCCGGATATAGTAACTTGCACAAATG
* * * * **
118 CTTCGGGTCTTAGCCCGAATATAGTCACTAGCATGAATG
1 CTTCGGGACTTAGCCCGGATATAGTAACTTGCACAAATG
* *
157 CCTTCGGGACTTAGCCCGGATATAGTCACTAGCACAAATG
1 -CTTCGGGACTTAGCCCGGATATAGTAACTTGCACAAATG
* * *
197 CTTCGGGACTTAGCCTGG-TATAGCAACTACTCACACAAATG
1 CTTCGGGACTTAGCCCGGATATAGTAACT--T-GCACAAATG
238 CTTC-GGACTTAGCCCGGATATAGTAACTTGCACAAATG
1 CTTCGGGACTTAGCCCGGATATAGTAACTTGCACAAATG
276 CCTTCGGG-CTTAGCCCG
1 -CTTCGGGACTTAGCCCG
293 TGTGACACCC
Statistics
Matches: 145, Mismatches: 20, Indels: 17
0.80 0.11 0.09
Matches are distributed among these distances:
36 11 0.08
37 11 0.08
38 16 0.11
39 37 0.26
40 49 0.34
41 21 0.14
ACGTcount: A:0.27, C:0.26, G:0.22, T:0.25
Consensus pattern (39 bp):
CTTCGGGACTTAGCCCGGATATAGTAACTTGCACAAATG
Found at i:2882 original size:47 final size:47
Alignment explanation
Indices: 2828--3383 Score: 945
Period size: 47 Copynumber: 11.7 Consensus size: 47
2818 TTAGGATTCT
*
2828 ATGTGATGGATGTGAAAGTGTATATATGTGATAAGGCCTAATGGCCG
1 ATGTGATGAATGTGAAAGTGTATATATGTGATAAGGCCTAATGGCCG
2875 ATGTGATGAATGTGAAAGTGTATATATGTGATAAGGCCTAATGGCCG
1 ATGTGATGAATGTGAAAGTGTATATATGTGATAAGGCCTAATGGCCG
2922 ATGTGATGAATGTGAAAGTGTATATATGTGATAAGGCCTAATGGCCG
1 ATGTGATGAATGTGAAAGTGTATATATGTGATAAGGCCTAATGGCCG
2969 ATGTGATGAATGTGAAAGTGTATATATATGTGATAAGGCCTAAT-GCCG
1 ATGTGATGAATGTGAAAGTG--TATATATGTGATAAGGCCTAATGGCCG
3017 ATGTGATGAATGTGAAAGTGTATATATGTGATAAGGCCTAATGGCCG
1 ATGTGATGAATGTGAAAGTGTATATATGTGATAAGGCCTAATGGCCG
*
3064 ATGTGATGAATGTGAAAGTGTATATATATGTGATAAGGCCTAATAGCCG
1 ATGTGATGAATGTGAAAGTG--TATATATGTGATAAGGCCTAATGGCCG
3113 ATGTGATGAATGTGAAAGTGTATATATGTGATAAGGCCTAATGGCCG
1 ATGTGATGAATGTGAAAGTGTATATATGTGATAAGGCCTAATGGCCG
3160 ATGTGATGAATGTGAAAGTGTATATATGTGATAAGGCCTAATGGCCG
1 ATGTGATGAATGTGAAAGTGTATATATGTGATAAGGCCTAATGGCCG
* *
3207 ACGTGATGAATATGAAAGTGTATATATGTGATAAGGCCTAATGGCCG
1 ATGTGATGAATGTGAAAGTGTATATATGTGATAAGGCCTAATGGCCG
3254 ATGTGATGAATGTGAAAGTGTATATATATGTGATAAGGCCTAAT-GCCG
1 ATGTGATGAATGTGAAAGTG--TATATATGTGATAAGGCCTAATGGCCG
* * * *
3302 ATGTGATGAATGTGAAAGTGTATATATGTGACAGGGCCGAATGGCCA
1 ATGTGATGAATGTGAAAGTGTATATATGTGATAAGGCCTAATGGCCG
* * *
3349 ACGTGATGGATGTGAAAGTGTATAAATGTGATAAG
1 ATGTGATGAATGTGAAAGTGTATATATGTGATAAG
3384 TCCCGAAGGG
Statistics
Matches: 485, Mismatches: 16, Indels: 16
0.94 0.03 0.03
Matches are distributed among these distances:
46 41 0.08
47 306 0.63
48 48 0.10
49 90 0.19
ACGTcount: A:0.33, C:0.08, G:0.29, T:0.29
Consensus pattern (47 bp):
ATGTGATGAATGTGAAAGTGTATATATGTGATAAGGCCTAATGGCCG
Found at i:3206 original size:238 final size:235
Alignment explanation
Indices: 2828--3383 Score: 945
Period size: 238 Copynumber: 2.3 Consensus size: 235
2818 TTAGGATTCT
*
2828 ATGTGATGGATGTGAAAGTGTATATATGTGATAAGGCCTAATGGCCGATGTGATGAATGTGAAAG
1 ATGTGATGAATGTGAAAGTGTATATATGTGATAAGGCCTAATGGCCGATGTGATGAATGTGAAAG
2893 TGTATATATGTGATAAGGCCTAATGGCCGATGTGATGAATGTGAAAGTGTATATATGTGATAAGG
66 TGTATATATGTGATAAGGCCTAATGGCCGATGTGATGAATGTGAAAGTGTATATATGTGATAAGG
* *
2958 CCTAATGGCCGATGTGATGAATGTGAAAGTGTATATATATGTGATAAGGCCTAAT-GCCGATGTG
131 CCTAATGGCCGACGTGATGAATATGAAAGTG--TATATATGTGATAAGGCCTAATGGCCGATGTG
3022 ATGAATGTGAAAGTG-TATATATGTGATAAGGCCTAATGGCCG
194 ATGAATGTGAAAGTGATATATATGTGATAAGGCCTAAT-GCCG
*
3064 ATGTGATGAATGTGAAAGTGTATATATATGTGATAAGGCCTAATAGCCGATGTGATGAATGTGAA
1 ATGTGATGAATGTGAAAGTG--TATATATGTGATAAGGCCTAATGGCCGATGTGATGAATGTGAA
3129 AGTGTATATATGTGATAAGGCCTAATGGCCGATGTGATGAATGTGAAAGTGTATATATGTGATAA
64 AGTGTATATATGTGATAAGGCCTAATGGCCGATGTGATGAATGTGAAAGTGTATATATGTGATAA
3194 GGCCTAATGGCCGACGTGATGAATATGAAAGTGTATATATGTGATAAGGCCTAATGGCCGATGTG
129 GGCCTAATGGCCGACGTGATGAATATGAAAGTGTATATATGTGATAAGGCCTAATGGCCGATGTG
3259 ATGAATGTGAAAGTGTATATATATGTGATAAGGCCTAATGCCG
194 ATGAATGTGAAAGTG-ATATATATGTGATAAGGCCTAATGCCG
* * * * * *
3302 ATGTGATGAATGTGAAAGTGTATATATGTGACAGGGCCGAATGGCCAACGTGATGGATGTGAAAG
1 ATGTGATGAATGTGAAAGTGTATATATGTGATAAGGCCTAATGGCCGATGTGATGAATGTGAAAG
*
3367 TGTATAAATGTGATAAG
66 TGTATATATGTGATAAG
3384 TCCCGAAGGG
Statistics
Matches: 303, Mismatches: 12, Indels: 10
0.93 0.04 0.03
Matches are distributed among these distances:
236 95 0.31
237 24 0.08
238 162 0.53
239 22 0.07
ACGTcount: A:0.33, C:0.08, G:0.29, T:0.29
Consensus pattern (235 bp):
ATGTGATGAATGTGAAAGTGTATATATGTGATAAGGCCTAATGGCCGATGTGATGAATGTGAAAG
TGTATATATGTGATAAGGCCTAATGGCCGATGTGATGAATGTGAAAGTGTATATATGTGATAAGG
CCTAATGGCCGACGTGATGAATATGAAAGTGTATATATGTGATAAGGCCTAATGGCCGATGTGAT
GAATGTGAAAGTGATATATATGTGATAAGGCCTAATGCCG
Found at i:3298 original size:285 final size:283
Alignment explanation
Indices: 2828--3383 Score: 1013
Period size: 285 Copynumber: 2.0 Consensus size: 283
2818 TTAGGATTCT
*
2828 ATGTGATGGATGTGAAAGTGTATATATGTGATAAGGCCTAATGGCCGATGTGATGAATGTGAAAG
1 ATGTGATGAATGTGAAAGTGTATATATGTGATAAGGCCTAATGGCCGATGTGATGAATGTGAAAG
* *
2893 TGTATATATGTGATAAGGCCTAATGGCCGATGTGATGAATGTGAAAGTGTATATATGTGATAAGG
66 TGTATATATGTGATAAGGCCTAATGGCCGACGTGATGAATATGAAAGTGTATATATGTGATAAGG
2958 CCTAATGGCCGATGTGATGAATGTGAAAGTGTATATATATGTGATAAGGCCTAATGCCGATGTGA
131 CCTAATGGCCGATGTGATGAATGTGAAAGTGTATATATATGTGATAAGGCCTAATGCCGATGTGA
* * * *
3023 TGAATGTGAAAGTGTATATATGTGATAAGGCCTAATGGCCGATGTGATGAATGTGAAAGTGTATA
196 TGAATGTGAAAGTGTATATATGTGACAAGGCCGAATGGCCAACGTGATGAATGTGAAAGTGTATA
3088 TATATGTGATAAGGCCTAATAGCCG
261 -A-ATGTGATAAGGCCTAATAGCCG
3113 ATGTGATGAATGTGAAAGTGTATATATGTGATAAGGCCTAATGGCCGATGTGATGAATGTGAAAG
1 ATGTGATGAATGTGAAAGTGTATATATGTGATAAGGCCTAATGGCCGATGTGATGAATGTGAAAG
3178 TGTATATATGTGATAAGGCCTAATGGCCGACGTGATGAATATGAAAGTGTATATATGTGATAAGG
66 TGTATATATGTGATAAGGCCTAATGGCCGACGTGATGAATATGAAAGTGTATATATGTGATAAGG
3243 CCTAATGGCCGATGTGATGAATGTGAAAGTGTATATATATGTGATAAGGCCTAATGCCGATGTGA
131 CCTAATGGCCGATGTGATGAATGTGAAAGTGTATATATATGTGATAAGGCCTAATGCCGATGTGA
* *
3308 TGAATGTGAAAGTGTATATATGTGACAGGGCCGAATGGCCAACGTGATGGATGTGAAAGTGTATA
196 TGAATGTGAAAGTGTATATATGTGACAAGGCCGAATGGCCAACGTGATGAATGTGAAAGTGTATA
3373 AATGTGATAAG
261 AATGTGATAAG
3384 TCCCGAAGGG
Statistics
Matches: 262, Mismatches: 9, Indels: 2
0.96 0.03 0.01
Matches are distributed among these distances:
283 10 0.04
284 1 0.00
285 251 0.96
ACGTcount: A:0.33, C:0.08, G:0.29, T:0.29
Consensus pattern (283 bp):
ATGTGATGAATGTGAAAGTGTATATATGTGATAAGGCCTAATGGCCGATGTGATGAATGTGAAAG
TGTATATATGTGATAAGGCCTAATGGCCGACGTGATGAATATGAAAGTGTATATATGTGATAAGG
CCTAATGGCCGATGTGATGAATGTGAAAGTGTATATATATGTGATAAGGCCTAATGCCGATGTGA
TGAATGTGAAAGTGTATATATGTGACAAGGCCGAATGGCCAACGTGATGAATGTGAAAGTGTATA
AATGTGATAAGGCCTAATAGCCG
Found at i:8921 original size:33 final size:33
Alignment explanation
Indices: 8884--8951 Score: 136
Period size: 33 Copynumber: 2.1 Consensus size: 33
8874 TCTTTAATTC
8884 CGTTGGTGCCATACGATACGGAGCTATCGAAAT
1 CGTTGGTGCCATACGATACGGAGCTATCGAAAT
8917 CGTTGGTGCCATACGATACGGAGCTATCGAAAT
1 CGTTGGTGCCATACGATACGGAGCTATCGAAAT
8950 CG
1 CG
8952 GTGTAGTCCC
Statistics
Matches: 35, Mismatches: 0, Indels: 0
1.00 0.00 0.00
Matches are distributed among these distances:
33 35 1.00
ACGTcount: A:0.26, C:0.22, G:0.28, T:0.24
Consensus pattern (33 bp):
CGTTGGTGCCATACGATACGGAGCTATCGAAAT
Found at i:12390 original size:40 final size:40
Alignment explanation
Indices: 12312--12534 Score: 301
Period size: 40 Copynumber: 5.5 Consensus size: 40
12302 ACCCAAGTAT
* *
12312 CTTCGGGATTTAG-CCGGATATAG-CAACTCGCACAAATGC
1 CTTCGGGACTTAGCCCGGATATAGTC-ACTAGCACAAATGC
* **
12351 CTTCGGGTCTTAGCCCGGATATAGTCACTAGCATGAATGC
1 CTTCGGGACTTAGCCCGGATATAGTCACTAGCACAAATGC
12391 CTTCGGGACTTAGCCCGGATATAGTCACTAGCACAAATGC
1 CTTCGGGACTTAGCCCGGATATAGTCACTAGCACAAATGC
*
12431 CTTCGGGACTTAGCCCGGGTATAG-CAACTACTCGCACAAATGC
1 CTTCGGGACTTAGCCCGGATATAGTC-ACTA---GCACAAATGC
* *
12474 CTTCGGGACTTAG-CCGGATATAGTAACTTGCACAAATGC
1 CTTCGGGACTTAGCCCGGATATAGTCACTAGCACAAATGC
12513 CTTCGGGACTTAGCCCGGATAT
1 CTTCGGGACTTAGCCCGGATAT
12535 CATCCGAATA
Statistics
Matches: 164, Mismatches: 12, Indels: 15
0.86 0.06 0.08
Matches are distributed among these distances:
39 35 0.21
40 93 0.57
41 1 0.01
42 12 0.07
43 23 0.14
ACGTcount: A:0.26, C:0.26, G:0.24, T:0.24
Consensus pattern (40 bp):
CTTCGGGACTTAGCCCGGATATAGTCACTAGCACAAATGC
Found at i:20550 original size:40 final size:40
Alignment explanation
Indices: 20472--20695 Score: 310
Period size: 40 Copynumber: 5.5 Consensus size: 40
20462 ACCCAAGTAT
* *
20472 CTTCGGGATTTAG-CCGGATATAG-CAACTCGCACAAATGC
1 CTTCGGGACTTAGCCCGGATATAGTC-ACTAGCACAAATGC
* **
20511 CTTCGGGTCTTAGCCCGGATATAGTCACTAGCATGAATGC
1 CTTCGGGACTTAGCCCGGATATAGTCACTAGCACAAATGC
20551 CTTCGGGACTTAGCCCGGATATAGTCACTAGCACAAATGC
1 CTTCGGGACTTAGCCCGGATATAGTCACTAGCACAAATGC
*
20591 CTTCGGGACTTAGCCCGGGTATAG-CAACTACTCGCACAAATGC
1 CTTCGGGACTTAGCCCGGATATAGTC-ACTA---GCACAAATGC
* *
20634 CTTCGGGACTTAGCCCGGATATAGTAACTTGCACAAATGC
1 CTTCGGGACTTAGCCCGGATATAGTCACTAGCACAAATGC
20674 CTTCGGGACTTAGCCCGGATAT
1 CTTCGGGACTTAGCCCGGATAT
20696 CATCCGAATA
Statistics
Matches: 166, Mismatches: 12, Indels: 13
0.87 0.06 0.07
Matches are distributed among these distances:
39 12 0.07
40 117 0.70
41 1 0.01
43 36 0.22
ACGTcount: A:0.25, C:0.27, G:0.24, T:0.24
Consensus pattern (40 bp):
CTTCGGGACTTAGCCCGGATATAGTCACTAGCACAAATGC
Found at i:20668 original size:83 final size:80
Alignment explanation
Indices: 20472--20695 Score: 317
Period size: 83 Copynumber: 2.8 Consensus size: 80
20462 ACCCAAGTAT
* * * *
20472 CTTCGGGATTTAG-CCGGATATAGCAACTCGCACAAATGCCTTCGGGTCTTAGCCCGGATATAGT
1 CTTCGGGACTTAGCCCGGATATAGTAACTAGCACAAATGCCTTCGGGACTTAGCCCGGATATAGT
**
20536 CACTAGCATGAATGC
66 CACTAGCACAAATGC
* *
20551 CTTCGGGACTTAGCCCGGATATAGTCACTAGCACAAATGCCTTCGGGACTTAGCCCGGGTATAG-
1 CTTCGGGACTTAGCCCGGATATAGTAACTAGCACAAATGCCTTCGGGACTTAGCCCGGATATAGT
20615 CAACTACTCGCACAAATGC
66 C-ACTA---GCACAAATGC
*
20634 CTTCGGGACTTAGCCCGGATATAGTAACTTGCACAAATGCCTTCGGGACTTAGCCCGGATAT
1 CTTCGGGACTTAGCCCGGATATAGTAACTAGCACAAATGCCTTCGGGACTTAGCCCGGATAT
20696 CATCCGAATA
Statistics
Matches: 129, Mismatches: 11, Indels: 6
0.88 0.08 0.04
Matches are distributed among these distances:
79 13 0.10
80 49 0.38
83 67 0.52
ACGTcount: A:0.25, C:0.27, G:0.24, T:0.24
Consensus pattern (80 bp):
CTTCGGGACTTAGCCCGGATATAGTAACTAGCACAAATGCCTTCGGGACTTAGCCCGGATATAGT
CACTAGCACAAATGC
Found at i:24530 original size:38 final size:39
Alignment explanation
Indices: 24395--24591 Score: 168
Period size: 43 Copynumber: 4.8 Consensus size: 39
24385 ATTCGGATTG
*
24395 ATATCCGGGCTATAGTGTCCCGAA-GCATTTGTTGCAAGTTACT
1 ATATCCGGGCTA-A--GTCCCGAAGGCATTTG-TGCTAG-TACT
*
24438 ATAACATCCGGGCTAAGAT-CCGAAGGCATTTGTGCGAGTAGTTGCT
1 AT---ATCCGGGCTAAG-TCCCGAAGGCATTTGTGC---TAG-TACT
*
24484 ATACCCGGGCTAAGTCCCGAAGGC-TTTGTGCTAGTACT
1 ATATCCGGGCTAAGTCCCGAAGGCATTTGTGCTAGTACT
** *
24522 ATATCCGGGCTAAGTCCCGAAGGCATTCATGCTACTGAC-
1 ATATCCGGGCTAAGTCCCGAAGGCATTTGTGCTAGT-ACT
*
24561 ATATCCGGGCTAAAGACCCGAAGGCATTTGT
1 ATATCCGGGCT-AAGTCCCGAAGGCATTTGT
24592 CGAGGTGCCT
Statistics
Matches: 131, Mismatches: 11, Indels: 27
0.78 0.07 0.16
Matches are distributed among these distances:
38 26 0.20
39 22 0.17
40 18 0.14
42 8 0.06
43 30 0.23
44 8 0.06
45 1 0.01
46 18 0.14
ACGTcount: A:0.25, C:0.23, G:0.25, T:0.26
Consensus pattern (39 bp):
ATATCCGGGCTAAGTCCCGAAGGCATTTGTGCTAGTACT
Found at i:24566 original size:39 final size:39
Alignment explanation
Indices: 24482--24588 Score: 137
Period size: 38 Copynumber: 2.7 Consensus size: 39
24472 CGAGTAGTTG
* ** *
24482 CTATACCCGGGCTAAGTCCCGAAGGC-TTTGTGCTAGTA
1 CTATATCCGGGCTAAGTCCCGAAGGCATTCATGCTACTA
24520 CTATATCCGGGCTAAGTCCCGAAGGCATTCATGCTACTGA
1 CTATATCCGGGCTAAGTCCCGAAGGCATTCATGCTACT-A
*
24560 C-ATATCCGGGCTAAAGACCCGAAGGCATT
1 CTATATCCGGGCT-AAGTCCCGAAGGCATT
24589 TGTCGAGGTG
Statistics
Matches: 61, Mismatches: 5, Indels: 4
0.87 0.07 0.06
Matches are distributed among these distances:
38 25 0.41
39 19 0.31
40 17 0.28
ACGTcount: A:0.25, C:0.27, G:0.24, T:0.23
Consensus pattern (39 bp):
CTATATCCGGGCTAAGTCCCGAAGGCATTCATGCTACTA
Found at i:32937 original size:40 final size:40
Alignment explanation
Indices: 32790--32944 Score: 145
Period size: 44 Copynumber: 3.7 Consensus size: 40
32780 AATTCGGATG
* * *
32790 ATAT-CGGGCCTAAGT-CCGAAGGCAATTTGTGCCAAGTTACT
1 ATATCCGGG-CTAAGTCCCGAAGGC-ATTTGTGACTAGTGA-T
* *
32831 ATAATCCGGGCTAAGTCCCGAAGGCATTTGTGTGAGTAGTTGGCT
1 AT-ATCCGGGCTAAGTCCCGAAGGCA-TT-TGTGACTAG-T-GAT
*
32876 ATAGCCGGGCTAAGTCCCGAAGGCATTTGTG-CTAGTGAT
1 ATATCCGGGCTAAGTCCCGAAGGCATTTGTGACTAGTGAT
*
32915 ATATCCGGGGCTAAGACCCGAAGGCATTTG
1 ATATCC-GGGCTAAGTCCCGAAGGCATTTG
32945 CTGGGCGAGT
Statistics
Matches: 96, Mismatches: 10, Indels: 17
0.78 0.08 0.14
Matches are distributed among these distances:
39 7 0.07
40 23 0.24
41 5 0.05
42 13 0.14
43 16 0.17
44 28 0.29
45 4 0.04
ACGTcount: A:0.25, C:0.21, G:0.29, T:0.26
Consensus pattern (40 bp):
ATATCCGGGCTAAGTCCCGAAGGCATTTGTGACTAGTGAT
Done.