Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: Scaffold2490
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 1000
Length: 27140
ACGTcount: A:0.31, C:0.19, G:0.18, T:0.33
Found at i:1286 original size:46 final size:45
Alignment explanation
Indices: 1122--1285 Score: 190
Period size: 46 Copynumber: 3.6 Consensus size: 45
1112 CCGCCCATAA
*
1122 GAACTC-GACTCAACTCAACGAGCTCGGCGTTCGCATCCATAAGT
1 GAACTCGGACTCAACTCAACGAGCTCGGCATTCGCATCCATAAGT
* * ***
1166 GAACTCGGACTCAACTCAACGAGCTCGG-ATGC-CTAGTTACATCTCT
1 GAACTCGGACTCAACTCAACGAGCTCGGCATTCGC-A--TCCATAAGT
* *
1212 CAACTCGGACTCAACTCAACGAGTTCGGACATTCGCATCCATAAGT
1 GAACTCGGACTCAACTCAACGAGCTCGG-CATTCGCATCCATAAGT
*
1258 GAACTCGGACTCAACTCAACGAGTTCGG
1 GAACTCGGACTCAACTCAACGAGCTCGG
1286 ATGCCCAAAT
Statistics
Matches: 99, Mismatches: 14, Indels: 12
0.79 0.11 0.10
Matches are distributed among these distances:
43 1 0.01
44 9 0.09
45 21 0.21
46 63 0.64
48 4 0.04
49 1 0.01
ACGTcount: A:0.28, C:0.30, G:0.20, T:0.21
Consensus pattern (45 bp):
GAACTCGGACTCAACTCAACGAGCTCGGCATTCGCATCCATAAGT
Found at i:1286 original size:92 final size:90
Alignment explanation
Indices: 1123--1290 Score: 291
Period size: 92 Copynumber: 1.8 Consensus size: 90
1113 CGCCCATAAG
*
1123 AACTCGACTCAACTCAACGAGCTCGGCGTTCGCATCCATAAGTGAACTCGGACTCAACTCAACGA
1 AACTCGACTCAACTCAACGAGCTCGGCATTCGCATCCATAAGTGAACTCGGACTCAACTCAACGA
1188 GCTCGGATGCCTAGTTACATCTCTC
66 GCTCGGATGCCTAGTTACATCTCTC
*
1213 AACTCGGACTCAACTCAACGAGTTCGGACATTCGCATCCATAAGTGAACTCGGACTCAACTCAAC
1 AACTC-GACTCAACTCAACGAGCTCGG-CATTCGCATCCATAAGTGAACTCGGACTCAACTCAAC
*
1278 GAGTTCGGATGCC
64 GAGCTCGGATGCC
1291 CAAATATCCT
Statistics
Matches: 73, Mismatches: 3, Indels: 2
0.94 0.04 0.03
Matches are distributed among these distances:
90 5 0.07
91 20 0.27
92 48 0.66
ACGTcount: A:0.28, C:0.31, G:0.20, T:0.21
Consensus pattern (90 bp):
AACTCGACTCAACTCAACGAGCTCGGCATTCGCATCCATAAGTGAACTCGGACTCAACTCAACGA
GCTCGGATGCCTAGTTACATCTCTC
Found at i:1305 original size:46 final size:44
Alignment explanation
Indices: 1163--1305 Score: 114
Period size: 46 Copynumber: 3.1 Consensus size: 44
1153 CGCATCCATA
* *
1163 AGTGAACTCGGACTCAACTCAACGAGCTCGGATGCCTAGT-TACATCT
1 AGTGAACTCGGACTCAACTCAACGAGTTCGGATGCCCA-TAT-C--CT
* * * *
1210 -CTCAACTCGGACTCAACTCAACGAGTTCGGACATTCGC--ATCCAT
1 AGTGAACTCGGACTCAACTCAACGAGTTCGG--ATGCCCATATCC-T
1254 AAGTGAACTCGGACTCAACTCAACGAGTTCGGATGCCCAAATATCCT
1 -AGTGAACTCGGACTCAACTCAACGAGTTCGGATGCCC--ATATCCT
1301 AGTGA
1 AGTGA
1306 CATGTCACTT
Statistics
Matches: 76, Mismatches: 10, Indels: 21
0.71 0.09 0.20
Matches are distributed among these distances:
43 1 0.01
44 5 0.07
45 1 0.01
46 61 0.80
47 1 0.01
48 7 0.09
ACGTcount: A:0.29, C:0.29, G:0.20, T:0.22
Consensus pattern (44 bp):
AGTGAACTCGGACTCAACTCAACGAGTTCGGATGCCCATATCCT
Found at i:3655 original size:14 final size:14
Alignment explanation
Indices: 3636--3697 Score: 70
Period size: 15 Copynumber: 4.3 Consensus size: 14
3626 CAAAGATAAC
*
3636 AAGAAAACCGAATA
1 AAGAAATCCGAATA
*
3650 AAGAAATCCAAGATA
1 AAGAAATCCGA-ATA
* *
3665 GAGAAACCCGAATA
1 AAGAAATCCGAATA
3679 AAGAAATCCAGAATA
1 AAGAAATCC-GAATA
3694 AAGA
1 AAGA
3698 TCCAGGATAA
Statistics
Matches: 39, Mismatches: 7, Indels: 3
0.80 0.14 0.06
Matches are distributed among these distances:
14 19 0.49
15 20 0.51
ACGTcount: A:0.60, C:0.15, G:0.16, T:0.10
Consensus pattern (14 bp):
AAGAAATCCGAATA
Found at i:14716 original size:44 final size:42
Alignment explanation
Indices: 14653--14811 Score: 135
Period size: 43 Copynumber: 3.7 Consensus size: 42
14643 TATGTGTTTT
* **
14653 CGTGTAAGACCACATCTGGGATGTTGGCATCGACTTATGATTTA
1 CGTGTAAGACCACGTCTGGGACATTGGCATCGA-TT-TGATTTA
* * *
14697 CGTGTAAGACCATGTCTGGGACATCGGCATCGTGTTTGATTT-
1 CGTGTAAGACCACGTCTGGGACATTGGCATCG-ATTTGATTTA
* * * *
14739 CGTGTCAGACC-CTTTCTGGGAAAGTGGCATCGATATTTGA-TTA
1 CGTGTAAGACCAC-GTCTGGGACATTGGCATCG--ATTTGATTTA
* *
14782 CATGTAAGGCCACGTCTGGGACATTGGCAT
1 CGTGTAAGACCACGTCTGGGACATTGGCAT
14812 TGTACGAGCT
Statistics
Matches: 91, Mismatches: 19, Indels: 11
0.75 0.16 0.09
Matches are distributed among these distances:
42 27 0.30
43 34 0.37
44 30 0.33
ACGTcount: A:0.23, C:0.19, G:0.27, T:0.31
Consensus pattern (42 bp):
CGTGTAAGACCACGTCTGGGACATTGGCATCGATTTGATTTA
Found at i:20578 original size:524 final size:524
Alignment explanation
Indices: 15342--21508 Score: 10499
Period size: 523 Copynumber: 11.8 Consensus size: 524
15332 CCATGTGATA
15342 TGGCTTGGTTATGGATGTGATCATGAATGAATTTTGGTATATGTTTTGTGTTCAAAAAAAAATGG
1 TGGCTTGGTTATGGATGTGATCATGAATGAATTTTGGTATATGTTTTGTGTT--AAAAAAAATGG
15407 TATGTTTTGATGCACTTTTGAATGGCCAAGTGAATTGGTCAATTTGGTAAGTTTTGGTATGTGCC
64 TATGTTTTGATGCACTTTTGAATGGCCAAGTGAATTGGTCAATTTGGTAAGTTTTGGTATGTGCC
* *
15472 TATTTTTGAATTTGGTAATATGTTAGCATAAGAGTGAATGAGGTAAATTGAGATTATGATTCATG
129 TATTTTGGAATTTGGTAATATGTTAGCATAAGAGTGAATGAGGTAAATTGAGATTATGAATCATG
15537 TATTTTGGTATGATTTTTGGCTTAGGATATGTCATGATTTGCTATGGATTATAAGCATGAAATTG
194 TATTTTGGTATGATTTTTGGCTTAGGATATGTCATGATTTGCTATGGATTATAAGCATGAAATTG
* * *
15602 ATGATAATTATATGTCATGAATGTTGTAAGTTTTGGTTGTGAATTAGTTGAAAATTTGGTACAAA
259 ATGATAATGATATGTCATGAATGTTGTAAGTTTTGGTTGTGAATTGGTTAAAAATTTGGTACAAA
*
15667 ATGAATTCGTTTTGATACTTGTAGGGAGGACCCTTATAGGGTGGCATTATGGCCTTCTAAATGGC
324 ATGAATTCGTTTTGATGCTTGTAGGGAGGACCCTTATAGGGTGGCATTATGGCCTTCTAAATGGC
* * * *
15732 CTATTTTTGCCCATACGGGTAGGGACACGGGCGTGTGTCTTAGCCTTATTGCTCAAAGGCCATTT
389 CTATTTTTGCCCATACGGGCAGGGACACGGGCGTGTGTCTCAGCCTTGTTGCTCGAAGGCCATTT
* *
15797 CAAAATGAGCCTGGGCAGATCACATAGTC-TCACACACGGGCGTGTGCCAGGTCATGTGGCCAAG
454 CGAAATGAGCCTGGGCAGATCACATAGTCGT-ACACACGGGCGTGTGCCAGGTCGTGTGGCCAAG
15861 TCAATTT
518 TCAATTT
* * *
15868 TGGTTTGGTTATGGATGTGATCATGAATGAATTTTGGTATATGTTTTGCGTCCAAAAAAAAAATG
1 TGGCTTGGTTATGGATGTGATCATGAATGAATTTTGGTATATGTTTTGTGT---TAAAAAAAATG
*
15933 GTATGTTTTGATGCACTTTTGAATGGCCAAGTGAATTTGTCAATTTGGTAAGTTTTGGTATGTGC
63 GTATGTTTTGATGCACTTTTGAATGGCCAAGTGAATTGGTCAATTTGGTAAGTTTTGGTATGTGC
* *
15998 CTATTTTGGAATTTGGTAATATGTTAGCATAAGACTGAATGAGGTAAATTGAGATTATGAATCTT
128 CTATTTTGGAATTTGGTAATATGTTAGCATAAGAGTGAATGAGGTAAATTGAGATTATGAATCAT
* * *
16063 GTAATTTGTTATGATTTTTGG--T-GGATATGTCATGATTTGCTATGGATTATAAGCTTGAAATT
193 GTATTTTGGTATGATTTTTGGCTTAGGATATGTCATGATTTGCTATGGATTATAAGCATGAAATT
* * *
16125 GATGATAATGATATGTCATGAATGTTGTAGGTTTTGGTTGTAAATTGGTTGAAAATTTGGTACAA
258 GATGATAATGATATGTCATGAATGTTGTAAGTTTTGGTTGTGAATTGGTTAAAAATTTGGTACAA
* *
16190 AATGAATTCATTTTGATGCTTGTAGGGAGGACCCTTGTA-GGTGGCATTATGGCCTTCTAAATGG
323 AATGAATTCGTTTTGATGCTTGTAGGGAGGACCCTTATAGGGTGGCATTATGGCCTTCTAAATGG
* *
16254 CCTATTTTTGCCCATACGGGCAGGGGCACGGGCGTATGTCTCAGCCTTGTTGCTCGAAGGCCATT
388 CCTATTTTTGCCCATACGGGCAGGGACACGGGCGTGTGTCTCAGCCTTGTTGCTCGAAGGCCATT
* *
16319 TCGAAATGAGCCTGGGCAGATCATATAGTCGCACACACGGGCGTGTGCCAGGTCGTGTGGCCAAG
453 TCGAAATGAGCCTGGGCAGATCACATAGTCGTACACACGGGCGTGTGCCAGGTCGTGTGGCCAAG
16384 TCAATTT
518 TCAATTT
*
16391 TGGCTTGGATATGGATGTGATCATGAATGAATTTTGGTATATGTTTTGTGTT-AAAAAAATGGTA
1 TGGCTTGGTTATGGATGTGATCATGAATGAATTTTGGTATATGTTTTGTGTTAAAAAAAATGGTA
* *
16455 TGTTTTGATGCACCTTTGAATGGCCAAGTGAATTGGTCTATTTGGTAAGTTTTGGTATGTGCCTA
66 TGTTTTGATGCACTTTTGAATGGCCAAGTGAATTGGTCAATTTGGTAAGTTTTGGTATGTGCCTA
16520 TTTTGGAATTTGGTAATATGTTAGCATAAGAGTGAATGAGGTAAATTGAGATTATGAATCATGTA
131 TTTTGGAATTTGGTAATATGTTAGCATAAGAGTGAATGAGGTAAATTGAGATTATGAATCATGTA
*
16585 TTTTGGTATGATTTTTGGCTTAGGATATGTCATGATTTGCTATGGATTA-CAGCATGAAATTGAT
196 TTTTGGTATGATTTTTGGCTTAGGATATGTCATGATTTGCTATGGATTATAAGCATGAAATTGAT
*
16649 GATAATGATATGTCCTGAATGTTGTAAGTTTTGGTTGTGAATTGGTTAAAAATTTGGTACAAAAT
261 GATAATGATATGTCATGAATGTTGTAAGTTTTGGTTGTGAATTGGTTAAAAATTTGGTACAAAAT
*
16714 GAATTCGTTTTGATGCTTGTAGGGAAGACCCTTATAGGGTGGCATTATGGCCTTCTAAATGGCCT
326 GAATTCGTTTTGATGCTTGTAGGGAGGACCCTTATAGGGTGGCATTATGGCCTTCTAAATGGCCT
* * *
16779 ATTTTTGCCCATAGGGGCAGGGACACGGGCCTGTGTCTCAGCTTTGTTGCTCGAAGGCCATTTCG
391 ATTTTTGCCCATACGGGCAGGGACACGGGCGTGTGTCTCAGCCTTGTTGCTCGAAGGCCATTTCG
* * * * *
16844 AAATGAGCCTAGGAAGATCACGTAGTC-TCACACACGGGCGTGTGCTAGGTTGTGTGGCCAAGTC
456 AAATGAGCCTGGGCAGATCACATAGTCGT-ACACACGGGCGTGTGCCAGGTCGTGTGGCCAAGTC
16908 AATTT
520 AATTT
* *
16913 TGCCTTGGTAATGGATGTGATCATGAATGAATTTTGGTATATGTTTTGTGTT-AAAAAAATGGTA
1 TGGCTTGGTTATGGATGTGATCATGAATGAATTTTGGTATATGTTTTGTGTTAAAAAAAATGGTA
16977 TGTTTTGATGCACTTTTGAATGGCCAAGTGAATTGGTCAATTTGGTAAGTTTTGGTATGTGCCTA
66 TGTTTTGATGCACTTTTGAATGGCCAAGTGAATTGGTCAATTTGGTAAGTTTTGGTATGTGCCTA
*
17042 TTTTGGAATTTGGTAATATGTTAGCATAAGAGTGAATGAGGTAAATTGAGATTGTGAATCATGTA
131 TTTTGGAATTTGGTAATATGTTAGCATAAGAGTGAATGAGGTAAATTGAGATTATGAATCATGTA
17107 TTTTGGTATGATTTTTGGCTTAGGATATGTCATGATTTGCTATGGATTATAAGCATGAAATTGAT
196 TTTTGGTATGATTTTTGGCTTAGGATATGTCATGATTTGCTATGGATTATAAGCATGAAATTGAT
*
17172 GATAATGATATGTCATGAATGTTGTAAGTTTTGGTTGTGAATTGGTTGAAAATTTGGTACAAAAT
261 GATAATGATATGTCATGAATGTTGTAAGTTTTGGTTGTGAATTGGTTAAAAATTTGGTACAAAAT
*
17237 GAATTCATTTTGATGCTTGTAGGGAGGACCCTTATAGGGTGGCATTATGGCCTTCTAAATGGCCT
326 GAATTCGTTTTGATGCTTGTAGGGAGGACCCTTATAGGGTGGCATTATGGCCTTCTAAATGGCCT
* * * *
17302 ATTTTTGCCCATACGGGCAGGGACACGGGCGTGTCTTTCAGCCTTGTTGCTTGAAAGCCATTTCG
391 ATTTTTGCCCATACGGGCAGGGACACGGGCGTGTGTCTCAGCCTTGTTGCTCGAAGGCCATTTCG
* * *
17367 AAATAAGCCTGGTCAGATCACATAGTCGCACACACGGGCGTGTGCCAGGTCGTGTGGCCAAGTCA
456 AAATGAGCCTGGGCAGATCACATAGTCGTACACACGGGCGTGTGCCAGGTCGTGTGGCCAAGTCA
17432 ATTT
521 ATTT
*
17436 TGGCTTTGTTATGGATGTGATCATGAATGAATTTTGGTATATGTTTTGTGTT-AAAAAAATGGTA
1 TGGCTTGGTTATGGATGTGATCATGAATGAATTTTGGTATATGTTTTGTGTTAAAAAAAATGGTA
* *
17500 TGTTTTGATGCACTTTTGAATGGCCAAGTGAATTGGTCAATTTAGTAACTTTTGGTATGTGCCTA
66 TGTTTTGATGCACTTTTGAATGGCCAAGTGAATTGGTCAATTTGGTAAGTTTTGGTATGTGCCTA
* *
17565 TTTTGGAATTTTGTAATATGTTAGCATAAGAGGGAATGAGGTAAATTGAGATTATGAATCATGTA
131 TTTTGGAATTTGGTAATATGTTAGCATAAGAGTGAATGAGGTAAATTGAGATTATGAATCATGTA
* *
17630 TTTTGGTATGATTTTTGGCTTAGGATATGTCATGATTTGATATGGATTATAAGCATGAAATTCAT
196 TTTTGGTATGATTTTTGGCTTAGGATATGTCATGATTTGCTATGGATTATAAGCATGAAATTGAT
* *
17695 GATAATGATATGTCATGAATGTTGTAAGTTTTGGTTGTGAATTGGTTAAAAAGTTGGTACAAGAT
261 GATAATGATATGTCATGAATGTTGTAAGTTTTGGTTGTGAATTGGTTAAAAATTTGGTACAAAAT
*
17760 GAATTTGTTTTGATGCTTGTAGGGAGGACCCTTATAGGGTGGCATTATGGCCTTCTAAATGGCCT
326 GAATTCGTTTTGATGCTTGTAGGGAGGACCCTTATAGGGTGGCATTATGGCCTTCTAAATGGCCT
*
17825 ACTTTTT-CCCATACGGGCAGGGACACGGGTGTGTGTCTCAGCCTTGTTGCTCGAAGGCCATTTC
391 A-TTTTTGCCCATACGGGCAGGGACACGGGCGTGTGTCTCAGCCTTGTTGCTCGAAGGCCATTTC
* * * * *
17889 GAAATGAGCCTGGGCAGATCACATAGTCGCACACACGGGCATGTTCCAGGTCATGTAGCCAAGTC
455 GAAATGAGCCTGGGCAGATCACATAGTCGTACACACGGGCGTGTGCCAGGTCGTGTGGCCAAGTC
*
17954 AAATT
520 AATTT
* * *
17959 TAGCTTTGTTATGGATGTGATCATGAATGAATTTTGGTATATGTTTCGTG-T-AAAAAAATGGTA
1 TGGCTTGGTTATGGATGTGATCATGAATGAATTTTGGTATATGTTTTGTGTTAAAAAAAATGGTA
* *
18022 TGTTTTGATGCACTTTTGAATGGCCAAGTGAATTGGTCAATTCGGTAAGTTTTGGTATGTGTCTA
66 TGTTTTGATGCACTTTTGAATGGCCAAGTGAATTGGTCAATTTGGTAAGTTTTGGTATGTGCCTA
18087 TTTTGGAATTTGGTAATATGTTAGCATAAGAGTGAATGAGGTAAATTGAGATTATGAATCATGTA
131 TTTTGGAATTTGGTAATATGTTAGCATAAGAGTGAATGAGGTAAATTGAGATTATGAATCATGTA
*
18152 TTTTGGTATGATTTTTGGCTTAGGATATGTCATGATATGCTATGGATTATAAGCATGAAATTGAT
196 TTTTGGTATGATTTTTGGCTTAGGATATGTCATGATTTGCTATGGATTATAAGCATGAAATTGAT
* * * *
18217 GATAACGATATGTCATGAATGTTTTAAGTTTTGGTTGTGAATTGGTTAAAAATTTGATACAAGAT
261 GATAATGATATGTCATGAATGTTGTAAGTTTTGGTTGTGAATTGGTTAAAAATTTGGTACAAAAT
* *
18282 GAATTCATTTTGATGCTTGTAGGGAGGACCCTTATAGGGTGGCATTATGACCTTCTAAATGGCCT
326 GAATTCGTTTTGATGCTTGTAGGGAGGACCCTTATAGGGTGGCATTATGGCCTTCTAAATGGCCT
* * *
18347 ATTTTTTCCCGTA-GGGCAGGGACACGGGCATGTGTCTCAGCCTTGTTGCTCGAAGGCCATTTCG
391 ATTTTTGCCCATACGGGCAGGGACACGGGCGTGTGTCTCAGCCTTGTTGCTCGAAGGCCATTTCG
*
18411 AAATGATCCTGGGCAGATCACATAGTCGTACACACGGGCGTGTGCCAGGTCGTGTGGCCAAGTCA
456 AAATGAGCCTGGGCAGATCACATAGTCGTACACACGGGCGTGTGCCAGGTCGTGTGGCCAAGTCA
18476 ATTT
521 ATTT
* *
18480 TGGCTTGGTTATGGATGTGATCATGAATGAA-TTTGGTATATGTTTTGTGTCCAAAAAACAAAAC
1 TGGCTTGGTTATGGATGTGATCATGAATGAATTTTGGTATATGTTTTGTGT---TAAAA-AAAAT
*
18544 GGTATCTTTTGATGCACTTTTGAATGGCCAAGTGAATTGGTCAATTTGGTAAGTTTTGGTATGTG
62 GGTATGTTTTGATGCACTTTTGAATGGCCAAGTGAATTGGTCAATTTGGTAAGTTTTGGTATGTG
* *
18609 CTTATTTTGGAATTTGGTAATATGTTAGCATAAGAGTGAATTAGGTAAATTGAGATTATGAATCA
127 CCTATTTTGGAATTTGGTAATATGTTAGCATAAGAGTGAATGAGGTAAATTGAGATTATGAATCA
* *
18674 TGTATTGTGGTATGATTTTTGGCTTAGGATATGTCAAT-ATTTGCTATGTATTATAAGCATGAAA
192 TGTATTTTGGTATGATTTTTGGCTTAGGATATGTC-ATGATTTGCTATGGATTATAAGCATGAAA
* * *
18738 TTGATGATAACGATATGTCATGAATGTTTTAAGTTTTGGTTGCGAATTGGTTAAAAATTTGGTAC
256 TTGATGATAATGATATGTCATGAATGTTGTAAGTTTTGGTTGTGAATTGGTTAAAAATTTGGTAC
*
18803 AAGATGAATTCGTTTTGATGCTTGTAGGGAGGACCCTTATAGGGTGGCATTATGGCCTTCTAAAT
321 AAAATGAATTCGTTTTGATGCTTGTAGGGAGGACCCTTATAGGGTGGCATTATGGCCTTCTAAAT
*
18868 GGCCTATTTTTGCCCATACGGGCAGGGACACGGGCGTGTGTCTCAGCCTTGTTGCTCG-ATGCCA
386 GGCCTATTTTTGCCCATACGGGCAGGGACACGGGCGTGTGTCTCAGCCTTGTTGCTCGAAGGCCA
* * *
18932 TTTCAAAATGAGCCTGGGCAGATCACATAGTCGTACACACGGGCGTGTGCCAGGTCATATGGCCA
451 TTTCGAAATGAGCCTGGGCAGATCACATAGTCGTACACACGGGCGTGTGCCAGGTCGTGTGGCCA
18997 AGTCAATTT
516 AGTCAATTT
* *
19006 TGGCTTGGTTATGGATGTGATCAAGAATGAATTTTGGTATATGTTTTATGTTAAAAAAAATGGTA
1 TGGCTTGGTTATGGATGTGATCATGAATGAATTTTGGTATATGTTTTGTGTTAAAAAAAATGGTA
*
19071 TGTTTTGATGTACTTTTGAATGGCCAAGTGAATTGGTCAATTTGGTAAGTTTTGGTATGTGCCTA
66 TGTTTTGATGCACTTTTGAATGGCCAAGTGAATTGGTCAATTTGGTAAGTTTTGGTATGTGCCTA
*
19136 TTTTGGAATTTGGTAATATGTTAGCATAAGAGTGAATGAGGTAAATTGAGATTATGAATCATTTA
131 TTTTGGAATTTGGTAATATGTTAGCATAAGAGTGAATGAGGTAAATTGAGATTATGAATCATGTA
* *
19201 TTTTGGTATGATTTTTGGCTTAGGATATGTCATGATTTTCTATGGATTATAAGCATGAAATTCAT
196 TTTTGGTATGATTTTTGGCTTAGGATATGTCATGATTTGCTATGGATTATAAGCATGAAATTGAT
* *
19266 GATAATGATATGTCATGAATGTTGGAAGTTTTGGTTGTAAATTGGTTAAAAATTTGGTACAAAAT
261 GATAATGATATGTCATGAATGTTGTAAGTTTTGGTTGTGAATTGGTTAAAAATTTGGTACAAAAT
* * * *
19331 AAATTCGGTTTGATTCTTGTAGGGAGGACCCTTGTAGGGTGGCATTATGGCCTTCTAAATGGCCT
326 GAATTCGTTTTGATGCTTGTAGGGAGGACCCTTATAGGGTGGCATTATGGCCTTCTAAATGGCCT
* * * *
19396 ATTTTTGCCCATACGGACAGGGACACGGGCGTATGTTTCAGCTTTGTTTGCTCGAAGGCCATTTC
391 ATTTTTGCCCATACGGGCAGGGACACGGGCGTGTGTCTCAGCCTTG-TTGCTCGAAGGCCATTTC
*
19461 GAAATGAGCCTGGGCAGATCATATAGTC-TCACACACGGGCGTGTGCCAGGTCGTGTGGCCAAGT
455 GAAATGAGCCTGGGCAGATCACATAGTCGT-ACACACGGGCGTGTGCCAGGTCGTGTGGCCAAGT
19525 CAATTT
519 CAATTT
19531 TGGCTTGGTTATGGATGTGATCATGAATGAATTTTGGTATATGTTTTGTGTT-AAAAAAA-GGTA
1 TGGCTTGGTTATGGATGTGATCATGAATGAATTTTGGTATATGTTTTGTGTTAAAAAAAATGGTA
19594 TGTTTTGATGCACTTTTGAATGGCCAAGTGAATTGGTCAATTTGGTAAGTTTTGGTATGTGCCTA
66 TGTTTTGATGCACTTTTGAATGGCCAAGTGAATTGGTCAATTTGGTAAGTTTTGGTATGTGCCTA
* *
19659 TTTTGGAATTTGGTAATATGTTAGCATAAGAGTGAATTACGTAAATTGAGATTATGAATCATGTA
131 TTTTGGAATTTGGTAATATGTTAGCATAAGAGTGAATGAGGTAAATTGAGATTATGAATCATGTA
* *
19724 TTTTGGTATGATTTTTGGCTTAGGATATGTCATGATTTGATATGGATTATAAGCATGAAATTCAT
196 TTTTGGTATGATTTTTGGCTTAGGATATGTCATGATTTGCTATGGATTATAAGCATGAAATTGAT
* *
19789 GATAATGATATGTCATGAATGTTGTAAGTTTTGGTTGTGAATTGGTTAAAAAGTTGGTACAAGAT
261 GATAATGATATGTCATGAATGTTGTAAGTTTTGGTTGTGAATTGGTTAAAAATTTGGTACAAAAT
*
19854 GAATTTGTTTTGATGCTTGTAGGGAGGACCCTTATAGGGTGGCATTATGGCCTTCTAAATGGCCT
326 GAATTCGTTTTGATGCTTGTAGGGAGGACCCTTATAGGGTGGCATTATGGCCTTCTAAATGGCCT
19919 ATTTTTGCCCATACGGGCAGGGACACGGGCGTGTGTCTCAGCCTTGTTGCTCGAAGGCCATTTCG
391 ATTTTTGCCCATACGGGCAGGGACACGGGCGTGTGTCTCAGCCTTGTTGCTCGAAGGCCATTTCG
*
19984 AAATGAGCCTGGGCAGATCACATAGTCGTACACACGGGCGTGTGCCAGGTCATGTGGCCAAGTCA
456 AAATGAGCCTGGGCAGATCACATAGTCGTACACACGGGCGTGTGCCAGGTCGTGTGGCCAAGTCA
20049 ATTT
521 ATTT
* *
20053 TGGCTTGGTTATGGATGTGATCAAGAATGAATTTTGGTATATGTTTTATGTTAAAAAAAATGGTA
1 TGGCTTGGTTATGGATGTGATCATGAATGAATTTTGGTATATGTTTTGTGTTAAAAAAAATGGTA
* *
20118 TGTTTTGATGTACTTTTGAATGGCCAAGTGAATTGGTCAATTTGGTAAGTTTTGGTATGTGCTTA
66 TGTTTTGATGCACTTTTGAATGGCCAAGTGAATTGGTCAATTTGGTAAGTTTTGGTATGTGCCTA
*
20183 TTTTGGAATTTGGTAATATGTTAGCATAAGAGTGAATTAGGTAAATTGAGATTATGAATCATGTA
131 TTTTGGAATTTGGTAATATGTTAGCATAAGAGTGAATGAGGTAAATTGAGATTATGAATCATGTA
* * *
20248 TTGTGGTATGATTTTTGGCTTAGGATATGTC-TGGATTAGCTATGGATTATAAGCATGAAATTCA
196 TTTTGGTATGATTTTTGGCTTAGGATATGTCAT-GATTTGCTATGGATTATAAGCATGAAATTGA
* *
20312 TGATAATGATATGTCATGAATGTTGTAAGTTTTGGTTGTGAATTGGTTAAAAAGTTGGTACAAGA
260 TGATAATGATATGTCATGAATGTTGTAAGTTTTGGTTGTGAATTGGTTAAAAATTTGGTACAAAA
*
20377 TGAATTTGTTTTGATGCTTGTAGGGAGGACCCTTATAGGGTGGCATTATGGCCTTCTAAATGGCC
325 TGAATTCGTTTTGATGCTTGTAGGGAGGACCCTTATAGGGTGGCATTATGGCCTTCTAAATGGCC
20442 TATTTTTGCCCATACGGGCAGGGACACGGGCGTGTGTCTCAGCCTTGTTGCTCGAAGGCCATTTC
390 TATTTTTGCCCATACGGGCAGGGACACGGGCGTGTGTCTCAGCCTTGTTGCTCGAAGGCCATTTC
*
20507 GAAATGAGCCTGGGCAGATCACATAGTCGTACACACGGGCGTGTGCCAGGTCATGTGGCCAAGTC
455 GAAATGAGCCTGGGCAGATCACATAGTCGTACACACGGGCGTGTGCCAGGTCGTGTGGCCAAGTC
20572 AATTT
520 AATTT
* *
20577 TGGCTTGGTTATGGATGTGATCAAGAATGAATTTTGGTATATGTTTTATGTTAAAAAAAATGGTA
1 TGGCTTGGTTATGGATGTGATCATGAATGAATTTTGGTATATGTTTTGTGTTAAAAAAAATGGTA
* *
20642 TGTTTTGATGTACTTTTGAATGGCCAAGTGAATTGGTCAATTTGGTAAGTTTTGGTATGTGCTTA
66 TGTTTTGATGCACTTTTGAATGGCCAAGTGAATTGGTCAATTTGGTAAGTTTTGGTATGTGCCTA
*
20707 TTTTGGAATTTGGTAATATGTTAGCATAAGAGTGAATTAGGTAAATTGAGATTATGAATCATGTA
131 TTTTGGAATTTGGTAATATGTTAGCATAAGAGTGAATGAGGTAAATTGAGATTATGAATCATGTA
* *
20772 TTGTGGTATGATTTTTGGCTTAGGATATGTC-TGGATTAGCTATGGATTATAAGCATGAAATTGA
196 TTTTGGTATGATTTTTGGCTTAGGATATGTCAT-GATTTGCTATGGATTATAAGCATGAAATTGA
* * *
20836 TGATAATGATATGTCATGATTGTTGTAAGTTTTGGTTGTGAATTGGTTGAAAATTTAGTACAAAA
260 TGATAATGATATGTCATGAATGTTGTAAGTTTTGGTTGTGAATTGGTTAAAAATTTGGTACAAAA
* * *
20901 TGATTTCATTTTGATGCTTGTAGGGAGG-CCCTTATAGGGTGGCATTATGGCCTTCTAAATAGCC
325 TGAATTCGTTTTGATGCTTGTAGGGAGGACCCTTATAGGGTGGCATTATGGCCTTCTAAATGGCC
* *
20965 TATTTTTGCCCATATGGGCAGGGACACGGGCGTGTGTCTCAGCCTTGTTGCTCGAAAGCCATTTC
390 TATTTTTGCCCATACGGGCAGGGACACGGGCGTGTGTCTCAGCCTTGTTGCTCGAAGGCCATTTC
* *
21030 GAAATGAGCCTGGTCAGATCACATAGTCGCACACACGGGCGTGTGCCAGGTCGTGTGGCCAAGTC
455 GAAATGAGCCTGGGCAGATCACATAGTCGTACACACGGGCGTGTGCCAGGTCGTGTGGCCAAGTC
21095 AATTT
520 AATTT
* * *
21100 TTGCTTGGTCATGGATGTGATCATGAATGAATTTTGGTATATGTTTTGTGTCAAAAAAAAATGGT
1 TGGCTTGGTTATGGATGTGATCATGAATGAATTTTGGTATATGTTTTGTGT-TAAAAAAAATGGT
*
21165 ATGTTTTGATGCACTTTTGAATGGCCAAGTGAATTGGTCCATTTGGTAAGTTTTGGTATGTGCCT
65 ATGTTTTGATGCACTTTTGAATGGCCAAGTGAATTGGTCAATTTGGTAAGTTTTGGTATGTGCCT
*
21230 ATTTTGGAATTTGGTAATATGTTAGCATAAGAGTGAATGAGGTAAATAGAGATTATGAATCATGT
130 ATTTTGGAATTTGGTAATATGTTAGCATAAGAGTGAATGAGGTAAATTGAGATTATGAATCATGT
*
21295 ATTTTGGTATGATTTTTGGTTTAGGATATGTCATGATTTGCTATGGATTATAAGCATGAAATTGA
195 ATTTTGGTATGATTTTTGGCTTAGGATATGTCATGATTTGCTATGGATTATAAGCATGAAATTGA
* * * *
21360 TGATAAGGATATTTCATGAATGTTGTAAGTTTTGGTTGTCAATTGGTTGAAAATTTGGTACAAAA
260 TGATAATGATATGTCATGAATGTTGTAAGTTTTGGTTGTGAATTGGTTAAAAATTTGGTACAAAA
21425 TGAATTCGTTTTGATGCTTGTAGGGAGGACCCTTATAGGGTGGCATTATGGCCTTCTAAATGGCC
325 TGAATTCGTTTTGATGCTTGTAGGGAGGACCCTTATAGGGTGGCATTATGGCCTTCTAAATGGCC
21490 TATTTTTGCCCATACGGGC
390 TATTTTTGCCCATACGGGC
21509 GTGTGTCTCA
Statistics
Matches: 5342, Mismatches: 266, Indels: 67
0.94 0.05 0.01
Matches are distributed among these distances:
519 153 0.03
520 17 0.00
521 253 0.05
522 877 0.16
523 1925 0.36
524 1241 0.23
525 181 0.03
526 483 0.09
527 212 0.04
ACGTcount: A:0.26, C:0.12, G:0.26, T:0.36
Consensus pattern (524 bp):
TGGCTTGGTTATGGATGTGATCATGAATGAATTTTGGTATATGTTTTGTGTTAAAAAAAATGGTA
TGTTTTGATGCACTTTTGAATGGCCAAGTGAATTGGTCAATTTGGTAAGTTTTGGTATGTGCCTA
TTTTGGAATTTGGTAATATGTTAGCATAAGAGTGAATGAGGTAAATTGAGATTATGAATCATGTA
TTTTGGTATGATTTTTGGCTTAGGATATGTCATGATTTGCTATGGATTATAAGCATGAAATTGAT
GATAATGATATGTCATGAATGTTGTAAGTTTTGGTTGTGAATTGGTTAAAAATTTGGTACAAAAT
GAATTCGTTTTGATGCTTGTAGGGAGGACCCTTATAGGGTGGCATTATGGCCTTCTAAATGGCCT
ATTTTTGCCCATACGGGCAGGGACACGGGCGTGTGTCTCAGCCTTGTTGCTCGAAGGCCATTTCG
AAATGAGCCTGGGCAGATCACATAGTCGTACACACGGGCGTGTGCCAGGTCGTGTGGCCAAGTCA
ATTT
Found at i:22948 original size:39 final size:40
Alignment explanation
Indices: 22903--23126 Score: 233
Period size: 40 Copynumber: 5.7 Consensus size: 40
22893 GCTCCTCGTT
* * * *
22903 CAAATGCCTTCGGGACATAGCCCGGTTTTAGTAACTCACA
1 CAAATGCCTTCGGGACTTAACCCGGATTTAGTAACTCGCA
*
22943 C-AATGCCTTC-GGACTTAACCCGGATTTAATAACTCGCA
1 CAAATGCCTTCGGGACTTAACCCGGATTTAGTAACTCGCA
* *
22981 CGAATGCCTTCGGGACTTAACCCGGATTTAGTACCTCGCA
1 CAAATGCCTTCGGGACTTAACCCGGATTTAGTAACTCGCA
* * *
23021 CAAAGGCCTTCGGGGCTTAACCCGGAATTT-GTATCTCGCA
1 CAAATGCCTTCGGGACTTAACCCGG-ATTTAGTAACTCGCA
** * * * *
23061 CAAATGCCTTC-GGATCTTAGTCCGGATATATTCACTTAGCA
1 CAAATGCCTTCGGGA-CTTAACCCGGATTTAGTAAC-TCGCA
*
23102 CAAA-GCCTTCGGGACTTAGCCCGGA
1 CAAATGCCTTCGGGACTTAACCCGGA
23127 CAGCATTCAA
Statistics
Matches: 156, Mismatches: 21, Indels: 14
0.82 0.11 0.07
Matches are distributed among these distances:
38 24 0.15
39 23 0.15
40 94 0.60
41 15 0.10
ACGTcount: A:0.25, C:0.28, G:0.21, T:0.25
Consensus pattern (40 bp):
CAAATGCCTTCGGGACTTAACCCGGATTTAGTAACTCGCA
Found at i:23135 original size:41 final size:41
Alignment explanation
Indices: 23058--23135 Score: 97
Period size: 40 Copynumber: 1.9 Consensus size: 41
23048 TTTGTATCTC
* * *
23058 GCACAAATGCCTTCGGATCTTAGTCCGGATATATTCACTTA
1 GCACAAATGCCTTCGGATCTTAGCCCGGACACATTCACTTA
23099 GCACAAA-GCCTTCGGGA-CTTAGCCCGGACAGCATTCA
1 GCACAAATGCCTTC-GGATCTTAGCCCGGACA-CATTCA
23136 ATTAATCATG
Statistics
Matches: 32, Mismatches: 3, Indels: 4
0.82 0.08 0.10
Matches are distributed among these distances:
40 17 0.53
41 15 0.47
ACGTcount: A:0.27, C:0.28, G:0.21, T:0.24
Consensus pattern (41 bp):
GCACAAATGCCTTCGGATCTTAGCCCGGACACATTCACTTA
Done.