Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: Scaffold1599
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 1000
Length: 28956
ACGTcount: A:0.35, C:0.22, G:0.13, T:0.30
Found at i:118 original size:23 final size:22
Alignment explanation
Indices: 92--143 Score: 59
Period size: 22 Copynumber: 2.3 Consensus size: 22
82 ATAAAACATC
92 TCAATTCCAGCAAAGTAAACACT
1 TCAATTCCAG-AAAGTAAACACT
* * **
115 TCAATTTCAGTACTTAAACACT
1 TCAATTCCAGAAAGTAAACACT
137 TCAATTC
1 TCAATTC
144 AACATTTAAG
Statistics
Matches: 24, Mismatches: 5, Indels: 1
0.80 0.17 0.03
Matches are distributed among these distances:
22 15 0.62
23 9 0.38
ACGTcount: A:0.38, C:0.25, G:0.06, T:0.31
Consensus pattern (22 bp):
TCAATTCCAGAAAGTAAACACT
Found at i:141 original size:45 final size:45
Alignment explanation
Indices: 104--187 Score: 109
Period size: 43 Copynumber: 1.9 Consensus size: 45
94 AATTCCAGCA
*
104 AAGTAAACACTTCAATTT-CAGTACTT-AAACACTTCAATTCAAC
1 AAGTAAACACTTCAATTTACAGCACTTAAAACACTTCAATTCAAC
** * *
147 ATTTAAGCACTTCAATTTACAGCATTTAAAACACTTCAATT
1 AAGTAAACACTTCAATTTACAGCACTTAAAACACTTCAATT
188 TTGAGCATTC
Statistics
Matches: 34, Mismatches: 5, Indels: 2
0.83 0.12 0.05
Matches are distributed among these distances:
43 15 0.44
44 6 0.18
45 13 0.38
ACGTcount: A:0.40, C:0.21, G:0.05, T:0.33
Consensus pattern (45 bp):
AAGTAAACACTTCAATTTACAGCACTTAAAACACTTCAATTCAAC
Found at i:226 original size:45 final size:46
Alignment explanation
Indices: 108--1853 Score: 173
Period size: 45 Copynumber: 38.5 Consensus size: 46
98 CCAGCAAAGT
* * ** * *
108 AAACACTTC-AATTTCAGTACTTAAACACTTCAA-TT-CAACATTT
1 AAACACTTCAAATTGCAGCACTTTTACACTTCAATTTACAGCATTC
* * * * **
151 AAGCACTTCAATTTACAGCA-TTTAAAACACTTCAATTTTGAGCATTC
1 AAACACTTCAAATTGCAGCACTTT--TACACTTCAATTTACAGCATTC
*
198 AAACACTTC-AA-TGCAAGCACTTTTACACTTCAATTTACAGCATTT
1 AAACACTTCAAATTGC-AGCACTTTTACACTTCAATTTACAGCATTC
* * ** *
243 AAGCAGTTCAAATTGCAGCACTTTTACA-TCTCAA-TTA-AAAATTT
1 AAACACTTCAAATTGCAGCACTTTTACACT-TCAATTTACAGCATTC
* * * ** * ** *
287 ATACAACCTC-AATTACAGCGA--TAAAAACATCTCAA-TGCCAGCA-AC
1 AAAC-ACTTCAAATTGCAGC-ACTTTTACAC-T-TCAATTTACAGCATTC
* * ** * * *
332 TAACACTTCAATTTGCAG-ACATTAAACACTTCAATTTGCAACATTT
1 AAACACTTCAAATTGCAGCAC-TTTTACACTTCAATTTACAGCATTC
* * * *
378 AAGCACTTCAATTTACA-CA-TTTAAACACTT-AATTT-CA--ATTC
1 AAACACTTCAAATTGCAGCACTTT-TACACTTCAATTTACAGCATTC
* * * *
419 AAACACTTCAATTTTGTCAACACCTTTAACACTTCAATTTACAGCATTT
1 AAACACTTCAA-ATTG-CAGCA-CTTTTACACTTCAATTTACAGCATTC
* * * * *
468 AAGCACTTCAATTTG-AGCAC-TTTACATCTT-ACATTAACAACATTT
1 AAACACTTCAAATTGCAGCACTTTTACA-CTTCA-ATTTACAGCATTC
* * * *** * * *
513 ATACACCTC-AATTACAGCGA-TAAAACA-TCTCAATGTCCAGCA-AC
1 AAACACTTCAAATTGCAGC-ACTTTTACACT-TCAATTTACAGCATTC
* * * * * * *
557 TAACACTT-ACATTTGCAGTACTTTAACACTTCAATTTGCAACATTT
1 AAACACTTCA-AATTGCAGCACTTTTACACTTCAATTTACAGCATTC
* * * * *
603 AAGCACTTCAATTTACA-CA-TTTAAACACTT--ATTTGCAGCATTC
1 AAACACTTCAAATTGCAGCACTTT-TACACTTCAATTTACAGCATTC
* * * *
646 AAAACACTTCAATTTGCAACAC-TTAACACTTCAATTTTACAGCATTT
1 -AAACACTTCAAATTGCAGCACTTTTACACTTCAA-TTTACAGCATTC
** * * * *
693 AAGGACTTCAATTTGCAGCACTTTTACA-TCTCAATTAACAACATTT
1 AAACACTTCAAATTGCAGCACTTTTACACT-TCAATTTACAGCATTC
* * * * *** * * *
739 ATTACACCTC-AATTACAGGA-TAAAACA-TCTCAATGTCCAGCA-AC
1 A-AACACTTCAAATTGCAGCACTTTTACACT-TCAATTTACAGCATTC
** * ** * * *
783 AAAACACTT--AATTTTAGTA-TTAAACACTTCAATTTGCAACATTT
1 -AAACACTTCAAATTGCAGCACTTTTACACTTCAATTTACAGCATTC
* * * * * * *
827 AAGCACATCAATTTACAGCA-TTTAACACTTCAATATATAGCATTC
1 AAACACTTCAAATTGCAGCACTTTTACACTTCAATTTACAGCATTC
* *
872 AAACACTTC-AATT-C-TCGC-TTTACACTTTCAATTTACAGCATT-
1 AAACACTTCAAATTGCAGCACTTTTACAC-TTCAATTTACAGCATTC
* * * * *
914 TAGCACTTC-AATTGCAGCACTTTTA-A-TCTCAATTAACAACATTT
1 AAACACTTCAAATTGCAGCACTTTTACACT-TCAATTTACAGCATTC
* * * *** * * * *
958 ATACACCTC-AATTACAGCGA-TAAAACA-TCTCCATGTCCAGCA-AC
1 AAACACTTCAAATTGCAGC-ACTTTTACACT-TCAATTTACAGCATTC
* * * * ** * * *
1002 TAAACACTACAATTTTCAG-TCTTAAACACTTTCAATTTGCAAACATTT
1 -AAACACTTCAAATTGCAGCACTTTTACAC-TTCAATTTAC-AGCATTC
* ** * *
1050 AAGCACTTC--ATTTAAGCA--TTTAAACATTCAATTTATAGCATTC
1 AAACACTTCAAATTGCAGCACTTTTACAC-TTCAATTTACAGCATTC
* *
1093 AAACACTTCAATTTGCCAGCACTTTAAC-CTTCAATTTACAGCATT-
1 AAACACTTCAAATTG-CAGCACTTTTACACTTCAATTTACAGCATTC
* * * *
1138 TAAGACTTCAATTTGCAGCAC-TTTACA-TCTCAATTTAACAACATT-
1 AAACACTTCAAATTGCAGCACTTTTACACT-TCAATTT-ACAGCATTC
* *** * * *
1183 ATAAC-C-TC--ATTACAGCGA-TAAAACA-TCTCAATGT-CCGCA-AC
1 A-AACACTTCAAATTGCAGC-ACTTTTACACT-TCAATTTACAGCATTC
* * ** * *
1224 TAAACACTTC-AATTTCAGTAGCCTTAAACACTTCAATTTGCAACATT-
1 -AAACACTTCAAATTGCAGCA--CTTTTACACTTCAATTTACAGCATTC
* * * * * * *
1271 TAGCACTTCAATTTACAGCA-TTTAAACACTGCAATTTCCAGCATTC
1 AAACACTTCAAATTGCAGCACTTT-TACACTTCAATTTACAGCATTC
* *
1317 AAACACTTCAAATTTGCA-CACTTTAACACTTCAATTTACAGCATTT
1 AAACACTTCAAA-TTGCAGCACTTTTACACTTCAATTTACAGCATTC
* * * *
1363 AAAGCACTTCAATTTGCAGCACTTTTAC-C-TCAATTAACAACATTT
1 AAA-CACTTCAAATTGCAGCACTTTTACACTTCAATTTACAGCATTC
* * * * * * * * *
1408 ATACACCTC-AATTACAGCGA---TAAAACATCTAATGTCCAGCAAT-
1 AAACACTTCAAATTGCAGC-ACTTTTACACTTC-AATTTACAGCATTC
* ** *
1451 AAACAACTTC-ATTTGCAGCACTTAAACAACTTCAATTCTACAAACATT-
1 AAAC-ACTTCAAATTGCAGCACTTTTAC-ACTTCAATT-TAC-AGCATTC
* * * * *
1499 AAGCAC-TCAATTTACAGCA-TTTAAACACTTCAATTTGATAGCATTC
1 AAACACTTCAAATTGCAGCACTTT-TACACTTCAATTT-ACAGCATTC
* * *
1545 AAACACTTCAAATTTATGCAGCACTTCTAACACATCTCAATTTACAGCCTTT
1 AAACACTTCAAA--T-TGCAGCACTT-TTACAC-T-TCAATTTACAGCATTC
* * *
1597 AAGCAACTTTCAAATTG-AGCACTTGTTACA-TCTCAA-TAACAACATT-
1 AAAC-AC-TTCAAATTGCAGCACTT-TTACACT-TCAATTTACAGCATTC
** * * * * * * * *
1643 TTACACCTC-AATTACA--ACTATTAAAACATCTCAATGTCCAGAACT-
1 AAACACTTCAAATTGCAGCACT-TTTACAC-T-TCAATTTACAGCATTC
* * * * *
1688 AAACACTCTC-AATTTCAAGTACTTCTTAAACACTTCAATTTGCAACATTT
1 AAACACT-TCAAATTGC-AGCACTT-TT--ACACTTCAATTTACAGCATTC
* * * * * *
1738 AAGCACTTCAATTTACAGCA-TTTAAACAACTTTAA-TTGCAGCACTTC
1 AAACACTTCAAATTGCAGCACTTT-TAC-ACTTCAATTTACAGCA-TTC
* * * *
1785 AAACACTTCAATTTGCAGCACATTAAC-CTTCAATTTACAGCATTT
1 AAACACTTCAAATTGCAGCACTTTTACACTTCAATTTACAGCATTC
* *
1830 AAGCACTTCAATTTGCAGCACTTT
1 AAACACTTCAAATTGCAGCACTTT
1854 ACATCTCAAT
Statistics
Matches: 1231, Mismatches: 322, Indels: 298
0.67 0.17 0.16
Matches are distributed among these distances:
41 21 0.02
42 37 0.03
43 138 0.11
44 176 0.14
45 327 0.27
46 254 0.21
47 153 0.12
48 25 0.02
49 33 0.03
50 28 0.02
51 12 0.01
52 12 0.01
53 9 0.01
54 6 0.00
ACGTcount: A:0.37, C:0.24, G:0.07, T:0.32
Consensus pattern (46 bp):
AAACACTTCAAATTGCAGCACTTTTACACTTCAATTTACAGCATTC
Found at i:390 original size:46 final size:46
Alignment explanation
Indices: 4--10109 Score: 4948
Period size: 46 Copynumber: 221.8 Consensus size: 46
1 CTT
* *
4 TTCAATTTACAGCATTTAAGCACTTCAA-TTGCAGCATTT-TACA-
1 TTCAATTTACAGCATTTAAACACTTCAATTTGCAGCATTTAAACAC
* * * * * * *
47 TCTCAATTAACAACATTTATACACCTCAA--TACAGGA-TAAAACA-
1 T-TCAATTTACAGCATTTAAACACTTCAATTTGCAGCATTTAAACAC
* ** * *
90 TCTCAA-TTCCAGCAAAGTAAACACTTCAATTT-CAGTACTTAAACAC
1 T-TCAATTTACAGC-ATTTAAACACTTCAATTTGCAGCATTTAAACAC
* * *
136 TTCAA-TT-CAACATTTAAGCACTTCAATTTACAGCATTTAAAACAC
1 TTCAATTTACAGCATTTAAACACTTCAATTTGCAGCATTT-AAACAC
** * *
181 TTCAATTTTGAGCATTCAAACACTTCAA--TGCAAGCACTTT-TACAC
1 TTCAATTTACAGCATTTAAACACTTCAATTTGC-AGCA-TTTAAACAC
* * * *
226 TTCAATTTACAGCATTTAAGCAGTTCAAATTGCAGCACTTT-TACA-
1 TTCAATTTACAGCATTTAAACACTTCAATTTGCAGCA-TTTAAACAC
** * * * **
271 TCTCAA-TTA-AAAATTTATACAACCTCAA-TTACAGCGATAAAAACA-
1 T-TCAATTTACAGCATTTAAAC-ACTTCAATTTGCAGC-ATTTAAACAC
** **
316 TCTCAA-TGCCAGCAACT-AACACTTCAATTTGCAGACA-TTAAACAC
1 T-TCAATTTACAGCATTTAAACACTTCAATTTGCAG-CATTTAAACAC
* * * *
361 TTCAATTTGCAACATTTAAGCACTTCAATTTACA-CATTTAAACAC
1 TTCAATTTACAGCATTTAAACACTTCAATTTGCAGCATTTAAACAC
* *
406 TT-AATTT-CA--ATTCAAACACTTCAATTTTGTCAACACCTTT-AACAC
1 TTCAATTTACAGCATTTAAACACTTCAA-TTTG-CAGCA--TTTAAACAC
*
451 TTCAATTTACAGCATTTAAGCACTTCAATTTG-AGCACTTT--ACATC
1 TTCAATTTACAGCATTTAAACACTTCAATTTGCAGCA-TTTAAACA-C
* * * * * *
496 TT-ACATTAACAACATTTATACACCTCAA-TTACAGCGA-TAAAACA-
1 TTCA-ATTTACAGCATTTAAACACTTCAATTTGCAGC-ATTTAAACAC
* * ** *
540 TCTCAATGTCCAGCAACT-AACACTT-ACATTTGCAGTACTTT-AACAC
1 T-TCAATTTACAGCATTTAAACACTTCA-ATTTGCAGCA-TTTAAACAC
* * * *
586 TTCAATTTGCAACATTTAAGCACTTCAATTTACA-CATTTAAACAC
1 TTCAATTTACAGCATTTAAACACTTCAATTTGCAGCATTTAAACAC
* * * *
631 TT--ATTTGCAGCATTCAAAACACTTCAATTTGCAACACTT-AACAC
1 TTCAATTTACAGCATT-TAAACACTTCAATTTGCAGCATTTAAACAC
** *
675 TTCAATTTTACAGCATTTAAGGACTTCAATTTGCAGCACTTT-TACA-
1 TTCAA-TTTACAGCATTTAAACACTTCAATTTGCAGCA-TTTAAACAC
* * * * * * *
721 TCTCAATTAACAACATTTATTACACCTCAA-TTACAGGA-TAAAACA-
1 T-TCAATTTACAGCATTTA-AACACTTCAATTTGCAGCATTTAAACAC
* * *** * *
766 TCTCAATGTCCAGCAACAAAACACTT-AATTT-TAGTA-TTAAACAC
1 T-TCAATTTACAGCATTTAAACACTTCAATTTGCAGCATTTAAACAC
* * * * *
810 TTCAATTTGCAACATTTAAGCACATCAATTTACAGCATTT-AACAC
1 TTCAATTTACAGCATTTAAACACTTCAATTTGCAGCATTTAAACAC
* * *
855 TTCAATATATAGCATTCAAACACTTCAATTCT-C-GC-TTT--ACAC
1 TTCAATTTACAGCATTTAAACACTTCAATT-TGCAGCATTTAAACAC
* * *
897 TTTCAATTTACAGCATTT-AGCACTTCAA-TTGCAGCACTTTTAA-TC
1 -TTCAATTTACAGCATTTAAACACTTCAATTTGCAGCA-TTTAAACAC
* * * * * *
942 -TCAATTAACAACATTTATACACCTCAA-TTACAGCGA-TAAAACA-
1 TTCAATTTACAGCATTTAAACACTTCAATTTGCAGC-ATTTAAACAC
* * * ** * *
985 TCTCCATGTCCAGCAACTAAACACTACAATTTTCAG--TCTTAAACAC
1 T-TCAATTTACAGCATTTAAACACTTCAATTTGCAGCAT-TTAAACAC
* * * *
1031 TTTCAATTTGCAAACATTTAAGCACTTC-ATTT-AAGCATTTAAACA-
1 -TTCAATTTAC-AGCATTTAAACACTTCAATTTGCAGCATTTAAACAC
* *
1076 TTCAATTTATAGCATTCAAACACTTCAATTTGCCAGCACTTT-AAC-C
1 TTCAATTTACAGCATTTAAACACTTCAATTTG-CAGCA-TTTAAACAC
*
1122 TTCAATTTACAGCATTT-AAGACTTCAATTTGCAGCACTTT--ACA-
1 TTCAATTTACAGCATTTAAACACTTCAATTTGCAGCA-TTTAAACAC
* * *
1165 TCTCAATTTAACAACA-TTATAAC-C-TC-A-TTACAGCGA-TAAAACA-
1 T-TCAATTT-ACAGCATTTA-AACACTTCAATTTGCAGC-ATTTAAACAC
* * ** * *
1208 TCTCAATGT-CCGCAACTAAACACTTCAATTT-CAGTAGCCTTAAACAC
1 T-TCAATTTACAGCATTTAAACACTTCAATTTGCAGCA--TTTAAACAC
* * * *
1255 TTCAATTTGCAACATTT-AGCACTTCAATTTACAGCATTTAAACAC
1 TTCAATTTACAGCATTTAAACACTTCAATTTGCAGCATTTAAACAC
* * *
1300 TGCAATTTCCAGCATTCAAACACTTCAAATTTGCA-CACTTT-AACAC
1 TTCAATTTACAGCATTTAAACACTTC-AATTTGCAGCA-TTTAAACAC
*
1346 TTCAATTTACAGCATTTAAAGCACTTCAATTTGCAGCACTTT-TAC-C
1 TTCAATTTACAGCATTTAAA-CACTTCAATTTGCAGCA-TTTAAACAC
* * * * *
1392 -TCAATTAACAACATTTATACACCTCAA-TTACAGCGA--TAAA-AC
1 TTCAATTTACAGCATTTAAACACTTCAATTTGCAGC-ATTTAAACAC
* * * * *
1434 ATCTAATGTCCAGCA-ATAAACAACTTC-ATTTGCAGCACTTAAACAAC
1 TTC-AATTTACAGCATTTAAAC-ACTTCAATTTGCAGCATTTAAAC-AC
* * *
1481 TTCAATTCTACAAACA-TTAAGCAC-TCAATTTACAGCATTTAAACAC
1 TTCAATT-TAC-AGCATTTAAACACTTCAATTTGCAGCATTTAAACAC
* *
1527 TTCAATTTGATAGCATTCAAACACTTCAAATTTATGCAGCACTTCT-AACAC
1 TTCAATTT-ACAGCATTTAAACACTTC-AA-TT-TGCAGCA-TT-TAAACAC
* * * *
1578 ATCTCAATTTACAGCCTTTAAGCAACTTTCAAATTG-AGCACTTGT-TACA-
1 -T-TCAATTTACAGCATTTAAAC-AC-TTCAATTTGCAGCA-TT-TAAACAC
* * * * * * *
1627 TCTCAA-TAACAACATTT-TACACCTCAA-TTACAACTATTAAAACA-
1 T-TCAATTTACAGCATTTAAACACTTCAATTTGCAGC-ATTTAAACAC
* * ** *
1671 TCTCAATGTCCAG-AACTAAACACTCTCAATTT-CAAGTACTTCTTAAACAC
1 T-TCAATTTACAGCATTTAAACACT-TCAATTTGC-AG--CAT-TTAAACAC
* * * *
1721 TTCAATTTGCAACATTTAAGCACTTCAATTTACAGCATTTAAACAAC
1 TTCAATTTACAGCATTTAAACACTTCAATTTGCAGCATTTAAAC-AC
* * * *
1768 TTTAA-TTGCAGCACTTCAAACACTTCAATTTGCAGCACATT-AAC-C
1 TTCAATTTACAGCA-TTTAAACACTTCAATTTGCAGCA-TTTAAACAC
*
1813 TTCAATTTACAGCATTTAAGCACTTCAATTTGCAGCACTTT--ACA-
1 TTCAATTTACAGCATTTAAACACTTCAATTTGCAGCA-TTTAAACAC
* * * * * *
1857 TCTCAATTAACAACATTTATACACCTCAA-TTACAGCGA-TAAAACA-
1 T-TCAATTTACAGCATTTAAACACTTCAATTTGCAGC-ATTTAAACAC
* * *** *
1902 TCTCAATGTCCAG-AACCAAACACTT-ATATTT--TGC-TATTAAACAC
1 T-TCAATTTACAGCATTTAAACACTTCA-ATTTGCAGCAT-TTAAACAC
* * * * **
1946 -TCAATTTGCAACATTTAAGCACATCAATTTATTAGCATTTAAACAC
1 TTCAATTTACAGCATTTAAACACTTCAATTT-GCAGCATTTAAACAC
* *
1992 TTCAA-TT--AGCATTCAAACA-TTCAA-TTGCAACACTTT-AA-A-
1 TTCAATTTACAGCATTTAAACACTTCAATTTGCAGCA-TTTAAACAC
*
2031 TTCAA-TT-CAGCA--T--ACACTTTCATTTTGCAGCACTTT-AACA-
1 TTCAATTTACAGCATTTAAACAC-TTCAATTTGCAGCA-TTTAAACAC
* * * * * *
2071 TCTCAATTAACAACATTTATACACCTCAA--TACAAG-A--TAAAAAC
1 T-TCAATTTACAGCATTTAAACACTTCAATTTGC-AGCATTTAAACAC
* * * * ** * *
2114 ATCACTGTCCAGCAACTAAACACTTCAATTTTCA--TTCTTAAACAC
1 TTCAATTTACAGCATTTAAACACTTCAATTTGCAGCAT-TTAAACAC
* * * * *
2159 TTCAATTTTGCAACATTTAAGCACATCAATTTACAGCATTTAAATCAC
1 TTCAA-TTTACAGCATTTAAACACTTCAATTTGCAGCATTTAAA-CAC
* *
2207 TTGCAATTT-TAGCATTCAAACACTTCAATTTGCAGCACTTT-AACAC
1 TT-CAATTTACAGCATTTAAACACTTCAATTTGCAGCA-TTTAAACAC
* * * *
2253 ATTCAATTTAAAGCATTT-AGCACTTC-ATTTGGA-CATATT-AA-TC
1 -TTCAATTTACAGCATTTAAACACTTCAATTTGCAGCAT-TTAAACAC
* ** * * * *
2296 -TCAAATTA-AAAAATTATACAC-TCAA-TTACAGCGA-TAAAACA-
1 TTCAATTTACAGCATTTAAACACTTCAATTTGCAGC-ATTTAAACAC
* * * ** * *
2337 TTCTCATGTCCAGCAACTAAA-ACCTTCAATTTGC-GTACCTTAAACAC
1 TTC-AATTTACAGCATTTAAACA-CTTCAATTTGCAGCA-TTTAAACAC
* * * * *
2384 TTCAATTTGCAACA-TTAAGCAACTTC-ATTT-AAGCATTTTAACAC
1 TTCAATTTACAGCATTTAAAC-ACTTCAATTTGCAGCATTTAAACAC
* *
2428 TT-AA-TTGCAGCA-TTCAACACTTTCAATTTGCAGCACTTT-AA-AC
1 TTCAATTTACAGCATTTAAACAC-TTCAATTTGCAGCA-TTTAAACAC
* * * * *
2471 TTCAATTTTA-AGCATTTAAGCACTTCAATTTGCAGAACTTATACTC
1 TTCAA-TTTACAGCATTTAAACACTTCAATTTGCAGCATTTAAACAC
* * * * * * *
2517 -TCAATTAACAACATTTATACACCTCAA-TTACAGGA-TAAAACA-
1 TTCAATTTACAGCATTTAAACACTTCAATTTGCAGCATTTAAACAC
* * ** * *
2559 TCTCAATGTCCAGCAAATAAACAC-TCATATTTGCAGTTACTTAAACAC
1 T-TCAATTTACAGCATTTAAACACTTCA-ATTTGCAG-CATTTAAACAC
* * * * * * **
2607 TTCAATTT-CAACATTTAACCAC-TCAATTCTACACCA--GATATTC
1 TTCAATTTACAGCATTTAAACACTTCAATT-TGCAGCATTTAAACAC
* ** *
2650 TTCTATATTGTAGCATTCAACACACTTCAATCTTG-AGCACTTT-AACAC
1 TTCAAT-TTACAGCATTTAA-ACACTTCAAT-TTGCAGCA-TTTAAACAC
* * * * *
2698 TTCAATTTACAGCATTTAAGGCAGTT-AATTCCTGGCAGACTTCTCTCACCA-
1 TTCAATTTACAGCATTTAA-ACACTTCAATT--T-GCAG-CAT-T-TAAACAC
* * ** * * *
2749 TCTCACTTTAGAAAAATATCTTCAAATACACTACTAA-TTACAAAGACGA-CTAAACATC
1 T-TCAATTT---ACAGCAT-TT--AA-ACACTTC-AATTTGC--AG-C-ATTTAAACA-C
* * ** * * * *
2807 TATGCCATATACGCAGCAGACGTTTGTACACGTTTAA--CG-AGTACTTAAACAC
1 T-T-CAATTTA--CAGC--A--TTTAAACAC-TTCAATTTGCAGCATTTAAACAC
* * * *
2859 TTCAATTTGCAACA-TTAAGCACTTCAATTTCACAGCATTTAAAACAC
1 TTCAATTTACAGCATTTAAACACTTCAATTT-GCAGCATTT-AAACAC
* *
2906 TTCAATTTGCAGCATTCAAACACTTCAATTTGCAGCACTTT-AACAC
1 TTCAATTTACAGCATTTAAACACTTCAATTTGCAGCA-TTTAAACAC
* *
2952 TTCAATTTACAGCATTTAAGCACTTCAATTTGCAGCACTTT-TACA-
1 TTCAATTTACAGCATTTAAACACTTCAATTTGCAGCA-TTTAAACAC
* * * * * *
2997 TCTCAATTAACAACATTTATACACCTCAA-TTACAGCGA-TAAAACA-
1 T-TCAATTTACAGCATTTAAACACTTCAATTTGCAGC-ATTTAAACAC
* * ** * * *
3042 TCTCAATGTCCAGCAACTAAACACTT-AATTTTCAGTAGTTAAACAC
1 T-TCAATTTACAGCATTTAAACACTTCAATTTGCAGCATTTAAACAC
* * * *
3088 TTCAATTTGCAACATTT-AGCACTTCAATTTACAGCATTTAAA-AC
1 TTCAATTTACAGCATTTAAACACTTCAATTTGCAGCATTTAAACAC
* *
3132 TTCAATTTGCAGCATTCAAACACTTCAATTTG-AGCACTTT-AACAC
1 TTCAATTTACAGCATTTAAACACTTCAATTTGCAGCA-TTTAAACAC
*
3177 TTCAATTTACAGCATTTAAGCACTTCAATTTGCAGCACTTT--ACA-
1 TTCAATTTACAGCATTTAAACACTTCAATTTGCAGCA-TTTAAACAC
* * * * * *
3221 TCTCAATTAACAACATTTATACACCTCAA-TTACAGCGA-TAAAACA-
1 T-TCAATTTACAGCATTTAAACACTTCAATTTGCAGC-ATTTAAACAC
* * ** * * *
3266 TCTC-ATGTCCAGCAACTAAACACTT--ATTAGCAGTACTT-AACAC
1 T-TCAATTTACAGCATTTAAACACTTCAATTTGCAGCATTTAAACAC
* * * *
3309 TTCAATTTGCAACATTTAAGCACTTCAATTTACAGCATTTAAACAC
1 TTCAATTTACAGCATTTAAACACTTCAATTTGCAGCATTTAAACAC
* *
3355 TTCAATTTGCAGCATTCAAACACTTCAATTTGCAGCACTTT-AACAC
1 TTCAATTTACAGCATTTAAACACTTCAATTTGCAGCA-TTTAAACAC
* * *
3401 TTCAATTTACAGCATTTAAGCACTTCAATTTGCAGCACTTTACATCTC
1 TTCAATTTACAGCATTTAAACACTTCAATTTGCAGCA-TTTA-AACAC
* * * * **
3449 ATTAACAACATTTATACAGCGA-TAAAACA-TCTCCATGTCCAGCAACTAAACAC
1 -TT--C-A-A-TT-TACAGC-ATTTAAACACT-TCAATTTGCAGCATTTAAACAC
* * * * *
3502 TTCAATTTGCAGTACTTAAACACTTCAATTTGCAACATTTAAGCAC
1 TTCAATTTACAGCATTTAAACACTTCAATTTGCAGCATTTAAACAC
* *
3548 TTCAATTTACAGCATTTAAACACTTCAATTTGTAGGCATTCAAACAC
1 TTCAATTTACAGCATTTAAACACTTCAATTTGCA-GCATTTAAACAC
* * * *
3595 TTCAATCAATGCAGCACTTT-AACACTTCAATTTACAGCATTTAAGCA-
1 TTCAAT--TTACAGCA-TTTAAACACTTCAATTTGCAGCATTTAAACAC
* * * * *
3642 TTCAATTTGCAGCACTTT-TACA-TCTCAA-TTACAAACATTTATACAC
1 TTCAATTTACAGCA-TTTAAACACT-TCAATTTGC-AGCATTTAAACAC
* * * * **
3688 CTCAA-TTACAGCGA-TAAAACA-TCTCAATGTCCAGCAACT-AACAC
1 TTCAATTTACAGC-ATTTAAACACT-TCAATTTGCAGCATTTAAACAC
* * * * *
3732 TTCAATTTGCAGTACTTAAACACTTCAATTTGCAACATTTAAGCAC
1 TTCAATTTACAGCATTTAAACACTTCAATTTGCAGCATTTAAACAC
*
3778 TTCAATTTACAGCATTTAAACACTTCAA-TTGCAGCATTCAAACAC
1 TTCAATTTACAGCATTTAAACACTTCAATTTGCAGCATTTAAACAC
* * *
3823 TTCAATTTGCAGCACTTT-AACACTTCAATTTACAGCATTTAATTCAAC
1 TTCAATTTACAGCA-TTTAAACACTTCAATTTGCAGCATTTAA-AC-AC
* * * * *
3871 TTTTAACTCAATTA-ACCATTTATACACCTCAA-TTACAGCGA--TAAA-A-
1 -TTCAA-T---TTACAGCATTTAAACACTTCAATTTGCAGC-ATTTAAACAC
* ** * *
3917 TCTC-ATGT-CAGCAACT-AACAC-T-AATTTGCAGTACTTAAACAC
1 T-TCAATTTACAGCATTTAAACACTTCAATTTGCAGCATTTAAACAC
* * * **
3959 TTCAATTTGCAACATTTAAGCACTTCAATTTATAGCATTTAAACCAC
1 TTCAATTTACAGCATTTAAACACTTCAATTTGCAGCATTTAAA-CAC
* *
4006 TTCAATTTATAGCACTTCAAACACTCACTTCAATTTGCAGCACTTT--ACA-
1 TTCAATTTACAGCA-TT-TAA-A--CACTTCAATTTGCAGCA-TTTAAACAC
* * * * *
4055 TCTCAATTTAACAACATTTATACACCTCAA-TTACAGACGA-TAAAACA-
1 T-TCAATTT-ACAGCATTTAAACACTTCAATTTGCAG-C-ATTTAAACAC
* * ** *
4102 TCTCAATGTCCAGCAACTAAACACTT-AATTTGCAGTA-TTAAACAC
1 T-TCAATTTACAGCATTTAAACACTTCAATTTGCAGCATTTAAACAC
* * * *
4147 TTCAATTTGCAACATTTAAGCACTTCAATTTACAGCATTTAAACAC
1 TTCAATTTACAGCATTTAAACACTTCAATTTGCAGCATTTAAACAC
* * *
4193 TTTAATTTGCAGCATTCAAACACTTCAATTTGCAGCACTTT-AACAC
1 TTCAATTTACAGCATTTAAACACTTCAATTTGCAGCA-TTTAAACAC
*
4239 TTCAATTTACAGCATTTAAGCACTTCAATTTGCAGCACTTT--ACA-
1 TTCAATTTACAGCATTTAAACACTTCAATTTGCAGCA-TTTAAACAC
* * * * * *
4283 TCTCAATTAACAACATTTATACACCTCAA-TTACAGCGA-TAAAACA-
1 T-TCAATTTACAGCATTTAAACACTTCAATTTGCAGC-ATTTAAACAC
* * ** * * *
4328 TCTCAATGTCCAGCAACTATACACTTCAATTTGCAGTACTTAAACAC
1 T-TCAATTTACAGCATTTAAACACTTCAATTTGCAGCATTTAAACAC
* * * *
4375 TTCAATTTGCAACATTTAAGCACTTCAATTTATACAGCATTTAAACAC
1 TTCAATTTACAGCATTTAAACACTTCAA-TT-TGCAGCATTTAAACAC
* *
4423 TTCAATTTATAGCATTCAAACACTTCAATTTGCAGCACTTT-AACAC
1 TTCAATTTACAGCATTTAAACACTTCAATTTGCAGCA-TTTAAACAC
* *
4469 TTCAATTTACAGCATTTAAGCACTTCAATTTGCAGCACTTT-TACA-
1 TTCAATTTACAGCATTTAAACACTTCAATTTGCAGCA-TTTAAACAC
* * * * * *
4514 TCTCAATTAACAACATTTATACACCTCAA-TTACAGCGA-TAAAACA-
1 T-TCAATTTACAGCATTTAAACACTTCAATTTGCAGC-ATTTAAACAC
* * * ** * *
4559 TCTCCATGTCCAGCAACTAAACACTTCAATTTTCAGGC-CTTAAACAC
1 T-TCAATTTACAGCATTTAAACACTTCAATTTGCA-GCATTTAAACAC
* * * *
4606 TTCAATTTGCAACATTTAAGCACTTCAATTTACAGCATTTAAACAC
1 TTCAATTTACAGCATTTAAACACTTCAATTTGCAGCATTTAAACAC
* *
4652 TTCAATTTGCAGCATTCAAACACTTCAATTTGCAGCACTTT-AACAC
1 TTCAATTTACAGCATTTAAACACTTCAATTTGCAGCA-TTTAAACAC
* *
4698 TTCAATTTACAGCATTTAAGCACTTCAATTTGCAGCACTTT-TACA-
1 TTCAATTTACAGCATTTAAACACTTCAATTTGCAGCA-TTTAAACAC
* * * * * *
4743 TCTCAATTAACAACATTTATACACCTCAA-TTACAGCGA-TAAAACA-
1 T-TCAATTTACAGCATTTAAACACTTCAATTTGCAGC-ATTTAAACAC
* * ** * *
4788 TCTCAATGTCCAGCAACTAAACAC-T-AATTTGCAGTACTT-AACAC
1 T-TCAATTTACAGCATTTAAACACTTCAATTTGCAGCATTTAAACAC
* * * *
4832 TTCAATTTGCAACATTTAAGCACTTCAATTTACAGCATTTAAACAC
1 TTCAATTTACAGCATTTAAACACTTCAATTTGCAGCATTTAAACAC
*
4878 TTCAATTT--AGCATTCAAACACTTCAATTTGCAGCACTTT-AACAC
1 TTCAATTTACAGCATTTAAACACTTCAATTTGCAGCA-TTTAAACAC
* *
4922 TTCAA-TTACAGCATTTAAGCACTTCAATTTGCAGCACTTTTAACA-
1 TTCAATTTACAGCATTTAAACACTTCAATTTGCAGCA-TTTAAACAC
* * * * * *
4967 TCTCAATTAACAACATTTATACACCTCAA-TTACAGCGA-TAAAACA-
1 T-TCAATTTACAGCATTTAAACACTTCAATTTGCAGC-ATTTAAACAC
* * ** * * * *
5012 TCTCAATGTCCAGCAACTATACACTTCAATTTCCAGTACTTAAACAC
1 T-TCAATTTACAGCATTTAAACACTTCAATTTGCAGCATTTAAACAC
* * * *
5059 TTCAATTTGCAACATTTAAGCACTTCAATTTACAGCATTTAAACAC
1 TTCAATTTACAGCATTTAAACACTTCAATTTGCAGCATTTAAACAC
*
5105 TTCAATTT--A-CATTCAAACACTTCAATTTGCAGCACTTT-AACAC
1 TTCAATTTACAGCATTTAAACACTTCAATTTGCAGCA-TTTAAACAC
* *
5148 TTCAATTTACAGCATTTAAGCACTTCAATTTGCAGCACTTT-TACA-
1 TTCAATTTACAGCATTTAAACACTTCAATTTGCAGCA-TTTAAACAC
* * * * * *
5193 TCTCAATTAACAACATTTATACACCTCAA-TTACAGCGA-TAAAACA-
1 T-TCAATTTACAGCATTTAAACACTTCAATTTGCAGC-ATTTAAACAC
* * * ** *
5238 TCTCCATGTCCAGCAACTAAACACTTCAATTTTCAG--TCTTAAACAC
1 T-TCAATTTACAGCATTTAAACACTTCAATTTGCAGCAT-TTAAACAC
* * * *
5284 TTCAATTTGCAACATTTAAGCAC-TCAATTTACAGCATTTAAACAC
1 TTCAATTTACAGCATTTAAACACTTCAATTTGCAGCATTTAAACAC
* *
5329 TTCAATTTATAGCATTCAAACACTTCAATTTGCAGCACTTT-AACAC
1 TTCAATTTACAGCATTTAAACACTTCAATTTGCAGCA-TTTAAACAC
*
5375 TTCAATTTACAGCATTTAAGCACTTCAATTTGCAGCACTTT-AACA-
1 TTCAATTTACAGCATTTAAACACTTCAATTTGCAGCA-TTTAAACAC
* * * * * *
5420 TCTCAATTAACAACATTTATACACCTCAA-TTACAGCGA-TAAAACA-
1 T-TCAATTTACAGCATTTAAACACTTCAATTTGCAGC-ATTTAAACAC
* * ** * * *
5465 TCTC-ATGTCCAGCAACTAAACACTTCAATTTTCAGTACTTAAACAC
1 T-TCAATTTACAGCATTTAAACACTTCAATTTGCAGCATTTAAACAC
* * * *
5511 TTCAATTTGCAACATTTAAGCACTTCAATTTACAGCATTTAAACAC
1 TTCAATTTACAGCATTTAAACACTTCAATTTGCAGCATTTAAACAC
* *
5557 TTCAATTT-TAGCATTCAAACACTTCAATTTGCAGCACTTT-AACAC
1 TTCAATTTACAGCATTTAAACACTTCAATTTGCAGCA-TTTAAACAC
* *
5602 TTCAATTTACAGCATTTAAGCACTTCAATTTGCAGCACTTT-TACA-
1 TTCAATTTACAGCATTTAAACACTTCAATTTGCAGCA-TTTAAACAC
* * * * * *
5647 TCTCAATTAACAACATTTATACACCTCAA-TTACAGCGA-TAAAACA-
1 T-TCAATTTACAGCATTTAAACACTTCAATTTGCAGC-ATTTAAACAC
* * ** * *
5692 TCTCAATGTCCAGCAACTAAACACTTCAATTTGCAGTACTTAAACAC
1 T-TCAATTTACAGCATTTAAACACTTCAATTTGCAGCATTTAAACAC
* * * *
5739 TTCAATTTGCAACATTTAAGCACTTCAATTTACAGCATTTAAACAC
1 TTCAATTTACAGCATTTAAACACTTCAATTTGCAGCATTTAAACAC
* *
5785 TTTCAATTTGCAGCATTCAAACACTTCAATTTGCAGCACTTT-AACAC
1 -TTCAATTTACAGCATTTAAACACTTCAATTTGCAGCA-TTTAAACAC
** * *
5832 TTCAATTTACAGCACTTT--ACACTCTCAATTAACAACATTTATACAC
1 TTCAATTTACAGCA-TTTAAACACT-TCAATTTGCAGCATTTAAACAC
* * * * **
5878 CTCAA-TTACAGCGA-TAAAACA-TCTCAATGTCCAGCA-ACAAACAC
1 TTCAATTTACAGC-ATTTAAACACT-TCAATTTGCAGCATTTAAACAC
* * * * *
5922 TTCAATTTGCAGTACTTAAACACTTCAATTTGCAACATTTAAGCAC
1 TTCAATTTACAGCATTTAAACACTTCAATTTGCAGCATTTAAACAC
** *
5968 TTCAATTTACAGCATTTAAACACTTCAATTTATAGCATTCAAACAC
1 TTCAATTTACAGCATTTAAACACTTCAATTTGCAGCATTTAAACAC
* * *
6014 TTCAATTTGCAGCACTTT-AACACTTCAATTTACAGCATTTAAGCAC
1 TTCAATTTACAGCA-TTTAAACACTTCAATTTGCAGCATTTAAACAC
* * ** * *
6060 TTCAATTTGCAGCACTTT-TACA-TCTCAATTAACAACATTTATACAC
1 TTCAATTTACAGCA-TTTAAACACT-TCAATTTGCAGCATTTAAACAC
* * * * **
6106 CTCAA-TTACAGCGA--TAAA-AATCTCAATGTCCAGCAACTAAACAC
1 TTCAATTTACAGC-ATTTAAACACT-TCAATTTGCAGCATTTAAACAC
* * * * * *
6150 TTTAATTTGCAGTACTTAAACACTTCAATTTGCAACATTTAAGCAC
1 TTCAATTTACAGCATTTAAACACTTCAATTTGCAGCATTTAAACAC
* * *
6196 TTCAATTTACAGCATTTGAACACTTGAATTTGCAGCATTCAAACAC
1 TTCAATTTACAGCATTTAAACACTTCAATTTGCAGCATTTAAACAC
* * * **
6242 TTCAATTTGCAGCACTTT-AACACTTCAATTT-AAACA-CCAACACAC
1 TTCAATTTACAGCA-TTTAAACACTTCAATTTGCAGCATTTAA-ACAC
* * ** **** * * *
6287 AT-ACA-CTACCATGCA-GCAAACAC-T-AAACAACACCAATCACAACAC
1 TTCA-ATTTA-CA-GCATTTAAACACTTCAATTTGCAGCATTTA-AACAC
** * * ***** **
6332 ACCACTTTA-AGCACTATTACAACAAATTCACCAAACA-CA--CCAACAC
1 TTCAATTTACAGCA-T-TTA-AAC-ACTTCAATTTGCAGCATTTAAACAC
*
6378 --CAATTTACGCAGCATTTAAGCACTTCAATTTGCAGCACTTT--ACA-
1 TTCAATTTA--CAGCATTTAAACACTTCAATTTGCAGCA-TTTAAACAC
* * * * * *
6422 TCTCAATTAACAACATTTATACACCTCAA-TTACAGCGA-TAAAACA-
1 T-TCAATTTACAGCATTTAAACACTTCAATTTGCAGC-ATTTAAACAC
* * ** * *
6467 TCTCAATGTCCAGCAACTAAACACTTCAATTTGCAGTACTTAAACAC
1 T-TCAATTTACAGCATTTAAACACTTCAATTTGCAGCATTTAAACAC
* * * *
6514 TTCAATTTGCAACATTTAAGCACTTCAATTTACAGCATTTAAACAC
1 TTCAATTTACAGCATTTAAACACTTCAATTTGCAGCATTTAAACAC
* *
6560 TTCAATTTATAGCATTCAAACACTTCAATTTGCAGCACTTT-AACAC
1 TTCAATTTACAGCATTTAAACACTTCAATTTGCAGCA-TTTAAACAC
* * * *
6606 TTCAATTTACAGCATTTAAGCACTTCAATTTGTAGCACTTTACATCTCAA
1 TTCAATTTACAGCATTTAAACACTTCAATTTGCAGCA-TTTA-A--ACAC
* * * ** *
6656 TTAACAACATTTATACAGCGA-TAAAACA-TCTCAATGTCCAGCAACTATACAC
1 TT--C-A-A-TT-TACAGC-ATTTAAACACT-TCAATTTGCAGCATTTAAACAC
* * * * *
6708 TTCAATTTGCAGTACTTAAACACTTCAATTTGCAACATTTAAGCAC
1 TTCAATTTACAGCATTTAAACACTTCAATTTGCAGCATTTAAACAC
* * *
6754 TTCAATTTACATCATTTAAACACTTTAATTTGCAGCATTCAAACAC
1 TTCAATTTACAGCATTTAAACACTTCAATTTGCAGCATTTAAACAC
* * *
6800 TTCAATTTGCAGCACTTT-AACACTTCAATTTACAGCATTTAAGCAC
1 TTCAATTTACAGCA-TTTAAACACTTCAATTTGCAGCATTTAAACAC
* * ** * *
6846 TTCAATTTGCAGCACTTT-TACA-TCTCAATTAACAACATTTATACAC
1 TTCAATTTACAGCA-TTTAAACACT-TCAATTTGCAGCATTTAAACAC
* * * * **
6892 CTCAA-TTACAGCGA-TAAAACA-TCTCAATGTCCAGCAACTAAACAC
1 TTCAATTTACAGC-ATTTAAACACT-TCAATTTGCAGCATTTAAACAC
* * *
6937 TTCAATTTTCAG--TCTTAAACACTTCAATTTGCAACATTTAAGCAC
1 TTCAATTTACAGCAT-TTAAACACTTCAATTTGCAGCATTTAAACAC
*
6982 TTCAATTT--AGCATTTAAACACTTCAATTTG-AGCATTCAAACAC
1 TTCAATTTACAGCATTTAAACACTTCAATTTGCAGCATTTAAACAC
* * *
7025 TTCAATTTGCAGCACTTT-AACACTTCAATTTACAGCATTTAAGCAC
1 TTCAATTTACAGCA-TTTAAACACTTCAATTTGCAGCATTTAAACAC
* ** * *
7071 TTCAATTTGCAGCACTTT--ACA-TCTCAATTAACAACATTTATACAC
1 TTCAATTTACAGCA-TTTAAACACT-TCAATTTGCAGCATTTAAACAC
* * * * **
7116 CTCAA-TTACAGCGA-TAAAACA-TCTCAATGTCCAGCAACTAAACAC
1 TTCAATTTACAGC-ATTTAAACACT-TCAATTTGCAGCATTTAAACAC
* * * * *
7161 TTCAATTT-TAGTACTTAAACACTTCAATTTGCAACATTTAAGCAC
1 TTCAATTTACAGCATTTAAACACTTCAATTTGCAGCATTTAAACAC
* *
7206 TTCAATTTACAGCATTTAAACACTTCAATTTGCATCA-TTCAACAC
1 TTCAATTTACAGCATTTAAACACTTCAATTTGCAGCATTTAAACAC
* * *
7251 TTCAATTTGCAGCACTTT-AACACTTCAATTTACAGCATTTAAGCAC
1 TTCAATTTACAGCA-TTTAAACACTTCAATTTGCAGCATTTAAACAC
* * ** * *
7297 TTCAATTTGCAGCACTTT-TACA-TCTCAATTAACAACATTTATACAC
1 TTCAATTTACAGCA-TTTAAACACT-TCAATTTGCAGCATTTAAACAC
* * * * **
7343 CTCAA-TTACAGCGA-TAAAACA-TCTC-ATGTCCAGCAACTAAACAC
1 TTCAATTTACAGC-ATTTAAACACT-TCAATTTGCAGCATTTAAACAC
* * *
7387 TTCAATTTTCAG--TCTTAAACACTTCAATTTGCAACATTTAAGCAC
1 TTCAATTTACAGCAT-TTAAACACTTCAATTTGCAGCATTTAAACAC
*
7432 TTCAATTTACAGCATTT-AA-ACTTCAATTTGCAGCATTCAAACAC
1 TTCAATTTACAGCATTTAAACACTTCAATTTGCAGCATTTAAACAC
* * *
7476 TTCAATTTGCAGCACTTT-AACACTTCAATTTACAGCATTTAAGCAC
1 TTCAATTTACAGCA-TTTAAACACTTCAATTTGCAGCATTTAAACAC
* * ** * *
7522 TTCAATTTGCAGCACTTT-TACA-TCTCAATTAACAACATTTATACAC
1 TTCAATTTACAGCA-TTTAAACACT-TCAATTTGCAGCATTTAAACAC
* * * * **
7568 CTCAA-TTACAGCGA-TAAAACA-TCTCAATGTCCAGCAACTAAACAC
1 TTCAATTTACAGC-ATTTAAACACT-TCAATTTGCAGCATTTAAACAC
* * * * *
7613 TTCAATTTGCAGTACTTAAACACTTCAATTTGCAACATTTAAGCAC
1 TTCAATTTACAGCATTTAAACACTTCAATTTGCAGCATTTAAACAC
*
7659 TTCAATTTACAGCATTTAAACACTTCAATTT--AGCATTCAAACAC
1 TTCAATTTACAGCATTTAAACACTTCAATTTGCAGCATTTAAACAC
* * *
7703 TTCAATTTGCAGCACTTT-AACACTTCAATTTACAGCATTTAAGCAC
1 TTCAATTTACAGCA-TTTAAACACTTCAATTTGCAGCATTTAAACAC
* * ** * *
7749 TTCAATTTGCAGCACTTT-TACA-TCTCAATTAACAACATTTATACAC
1 TTCAATTTACAGCA-TTTAAACACT-TCAATTTGCAGCATTTAAACAC
* * * * * **
7795 CTCAA-TTACAGGA-TAAAACA-TCTCAATGTCCAGCAACTAAACAC
1 TTCAATTTACAGCATTTAAACACT-TCAATTTGCAGCATTTAAACAC
* * * * *
7839 TTCAATTTGCAGTACTTAAACACTTCAATTTGCAACATTTAAGCAC
1 TTCAATTTACAGCATTTAAACACTTCAATTTGCAGCATTTAAACAC
*
7885 TTCAATTTACAGCATTTAAACACTTCAATTTGCAGCATTCAAAACAC
1 TTCAATTTACAGCATTTAAACACTTCAATTTGCAGCATT-TAAACAC
* * **
7932 TTCAATTTGCAGCACTTT-AACACTTC-ATTTACAGCACTTTTTACA-
1 TTCAATTTACAGCA-TTTAAACACTTCAATTTGCAGCA-TTTAAACAC
* * * * * *
7977 TCTCAATTAACAACATTTATACACCTCAA-TTACAG-A-TAAAACA-
1 T-TCAATTTACAGCATTTAAACACTTCAATTTGCAGCATTTAAACAC
* * ** *
8020 TCTC-ATGTCCAGCAACTAAACACTTCAATTTTCAG--TCTTAAACAC
1 T-TCAATTTACAGCATTTAAACACTTCAATTTGCAGCAT-TTAAACAC
* * * *
8065 TTCAATTTGCAACATTTAAGCACTTCAATTTACAGCATTTAAACAC
1 TTCAATTTACAGCATTTAAACACTTCAATTTGCAGCATTTAAACAC
** *
8111 TTCAATTTGTAGCATTCAAACACTTCAATTTGCAGCACTTT-AACAC
1 TTCAATTTACAGCATTTAAACACTTCAATTTGCAGCA-TTTAAACAC
*
8157 TTCAATTTACAGCATTTAAGCACTTCAATTTGCAGCACTTT--ACA-
1 TTCAATTTACAGCATTTAAACACTTCAATTTGCAGCA-TTTAAACAC
* * * * * *
8201 TCTCAATTAACAACATTTATACACCTCAA-TTACAGCGA-TAAAACA-
1 T-TCAATTTACAGCATTTAAACACTTCAATTTGCAGC-ATTTAAACAC
* * * * * * * *
8246 TCTCAATGTCCAGCAACTAAAACACTTTAATTTACAGTAGTTAAACAC
1 T-TCAATTTACAGC-ATTTAAACACTTCAATTTGCAGCATTTAAACAC
* * * *
8294 TTCAATTTGCAACATTTAAGCACTTCAATTTACAGCATTTAAACAC
1 TTCAATTTACAGCATTTAAACACTTCAATTTGCAGCATTTAAACAC
* *
8340 TTCAATTTGCAGCATTCAAACACTTCAATTTGCAGCACTTT-AACAC
1 TTCAATTTACAGCATTTAAACACTTCAATTTGCAGCA-TTTAAACAC
*
8386 TTCAATTTACAGCATTTAAGCACTTCAATTTGCAGCACTTT--ACA-
1 TTCAATTTACAGCATTTAAACACTTCAATTTGCAGCA-TTTAAACAC
* * * * *
8430 TCTCAATTAACAACATTTATACACCTCAA-TTACAGCGA--TAAACA-
1 T-TCAATTTACAGCATTTAAACACTTCAATTTGCAGC-ATTTAAACAC
* * ** * *
8474 TCTCAATGTCCAGCAACTAAACACTTCAATTTGCAGTACTTAAACAC
1 T-TCAATTTACAGCATTTAAACACTTCAATTTGCAGCATTTAAACAC
* * * *
8521 TTCAATTTGCAACATTTAAGCACTTCAATTTACAGCATTTAAACAC
1 TTCAATTTACAGCATTTAAACACTTCAATTTGCAGCATTTAAACAC
* *
8567 TTCAATTTATAGCATTCAAACACTTCAATTTGCAGCACTTT-AACAC
1 TTCAATTTACAGCATTTAAACACTTCAATTTGCAGCA-TTTAAACAC
* *
8613 TTCAATTTACAGCATTTAAGCACTTCAATTTGCAGCACTTT-TACA-
1 TTCAATTTACAGCATTTAAACACTTCAATTTGCAGCA-TTTAAACAC
* * * ** **
8658 TCTCAATTAACAACATTTATACAGCGATAAAACATCTCATGTCCAGCAACTAAACAC
1 T-TCAATTTACAGCATTTAAACA-C--T-TCA-AT-T--TG--CAGCATTTAAACAC
* * * *
8715 -T-AATTT-CAGTACTTAAACACTTCAATTTGCAACATTTAAGCAC
1 TTCAATTTACAGCATTTAAACACTTCAATTTGCAGCATTTAAACAC
*
8758 TTCAATTTACAGCATTTAAACACTTCAATTTGCAGCATTCAAACAC
1 TTCAATTTACAGCATTTAAACACTTCAATTTGCAGCATTTAAACAC
* * *
8804 TTCAATTTGCA-C-TTT-AACACTTCAATTTACAGCATTTAAGCAC
1 TTCAATTTACAGCATTTAAACACTTCAATTTGCAGCATTTAAACAC
* * ** * *
8847 TTCAATTTGCAGCACTTT-TACA-TCTCAATTAACAACATTTATACAC
1 TTCAATTTACAGCA-TTTAAACACT-TCAATTTGCAGCATTTAAACAC
* * * * **
8893 CTCAA-TTACAGCGA-TAAAACA-TCTCAATGTCCAGCAACTAAACAC
1 TTCAATTTACAGC-ATTTAAACACT-TCAATTTGCAGCATTTAAACAC
* * * *
8938 TTCAATTT-CAGTACTTAAACACTTCAATTTGCAACATTTAAGCAC
1 TTCAATTTACAGCATTTAAACACTTCAATTTGCAGCATTTAAACAC
*
8983 TTCAATTTACAGCATTTAAACACTTCAATTTGCAGCATTCAAACAC
1 TTCAATTTACAGCATTTAAACACTTCAATTTGCAGCATTTAAACAC
* * * *
9029 TTCAATTTGCAACACTTT-AACACTTCAATTTACAGCATTTAAGCAC
1 TTCAATTTACAGCA-TTTAAACACTTCAATTTGCAGCATTTAAACAC
* * ** * *
9075 TTCAATTTGCAGCACTTT-TACA-TCTCAATTAACAACATTTATACAC
1 TTCAATTTACAGCA-TTTAAACACT-TCAATTTGCAGCATTTAAACAC
* * * **
9121 CTCAA-TTACAGCGA--TAAACA-TCTC-ATGTCCAGCAACTAAACAC
1 TTCAATTTACAGC-ATTTAAACACT-TCAATTTGCAGCATTTAAACAC
* * * * *
9164 TTCAATTTGCAGTACTTAAACACTTCAATTTGCAACATTTAAGCAC
1 TTCAATTTACAGCATTTAAACACTTCAATTTGCAGCATTTAAACAC
**
9210 -TCAATTTACAGCATTTAAACACTTCAATTTATAGCATTTCAAACAC
1 TTCAATTTACAGCATTTAAACACTTCAATTTGCAGCATTT-AAACAC
*
9256 TTCAATTTACAGCATTT-AAGACTTCAATTTGCAGCACTTT--ACA-
1 TTCAATTTACAGCATTTAAACACTTCAATTTGCAGCA-TTTAAACAC
* * * * * *
9299 TCTCAATTAACAACATTTATACACCTCAA-TTACAGCGA-TAAAACA-
1 T-TCAATTTACAGCATTTAAACACTTCAATTTGCAGC-ATTTAAACAC
* * * * *
9344 TCTCAATGTCCAGCA---ACAACACTTCAATTTACAGTACTTAAA-AC
1 T-TCAATTTACAGCATTTA-AACACTTCAATTTGCAGCATTTAAACAC
* * * *
9388 TTCAATTTGCAACATTTAAGCA---C---TT-CA--ATTTAAGCAC
1 TTCAATTTACAGCATTTAAACACTTCAATTTGCAGCATTTAAACAC
* * *
9425 TTCAATTTATAGCATTTAAA-ACTTCAATTTGTAGCATTCAAACAC
1 TTCAATTTACAGCATTTAAACACTTCAATTTGCAGCATTTAAACAC
*
9470 TTCAATTTCCAGCACTTT-AACACTTCAATTTTGCAGCACTTT-AACA-
1 TTCAATTTACAGCA-TTTAAACACTTCAA-TTTGCAGCA-TTTAAACAC
* * * * * *
9516 TCTCAATTAACAACATTTATACAC--CTATATTACAGCGA-TAAAACA-
1 T-TCAATTTACAGCATTTAAACACTTCAAT-TTGCAGC-ATTTAAACAC
* * ** * * *
9561 TCTCAATGTCCAGCAACTAAACACTTTAATTTAG-AGTAGTTAAACAC
1 T-TCAATTTACAGCATTTAAACACTTCAATTT-GCAGCATTTAAACAC
* * * * * *
9608 TTTAATTTGCAACATTTTAGCACTTCAATTTACAGCATTTAAACAC
1 TTCAATTTACAGCATTTAAACACTTCAATTTGCAGCATTTAAACAC
* * *
9654 TTCAATTTGCAGCATTCAAACACTTCAATTTGCAGCACTT-AACAC
1 TTCAATTTACAGCATTTAAACACTTCAATTTGCAGCATTTAAACAC
* * * * *
9699 TTCAATTTACAACA-TTAAGCACTTCAATTTGCAGTACTTTACATCTCAA
1 TTCAATTTACAGCATTTAAACACTTCAATTTGCAGCA-TTTA-A--ACAC
* * * **
9748 TTAACAACATTTATACAGCGA-TAAAACA-TCTC-ATGTCCAGCAACTAAACAC
1 TT--C-A-A-TT-TACAGC-ATTTAAACACT-TCAATTTGCAGCATTTAAACAC
* * * *
9799 TACAATTTTC-G--TCTTAAACACTTCAATTTGCAACATTTAAGCAC
1 TTCAATTTACAGCAT-TTAAACACTTCAATTTGCAGCATTTAAACAC
*
9843 TTCAATTTACAGCATTTAAACACTTCAATTTGCAGCATTCAAACAC
1 TTCAATTTACAGCATTTAAACACTTCAATTTGCAGCATTTAAACAC
* * *
9889 TTCAATTTGCAGCACTTT-AACACTTCAATTTACAGCATTTAAGCAC
1 TTCAATTTACAGCA-TTTAAACACTTCAATTTGCAGCATTTAAACAC
* * ** * *
9935 TTCAATTTGCAGCACTTT-TACA-TCTCAATTAACAACATTTATACAC
1 TTCAATTTACAGCA-TTTAAACACT-TCAATTTGCAGCATTTAAACAC
* * * * **
9981 CTCAA-TTACAGCGA-TAAAACA-TCTCAATGTCCAGCAACTAAACAC
1 TTCAATTTACAGC-ATTTAAACACT-TCAATTTGCAGCATTTAAACAC
* * *
10026 TTCAATTTGCA--ATCCTTAAACACTTCAATTTGCAACATTTAAGCAC
1 TTCAATTTACAGCAT--TTAAACACTTCAATTTGCAGCATTTAAACAC
10072 TTCAATTTACAGCATTT-AACACTTCAATTTGCAAGCAT
1 TTCAATTTACAGCATTTAAACACTTCAATTTGC-AGCAT
10110 ACACTTCAAT
Statistics
Matches: 7710, Mismatches: 1646, Indels: 1411
0.72 0.15 0.13
Matches are distributed among these distances:
36 9 0.00
37 18 0.00
38 9 0.00
39 29 0.00
40 26 0.00
41 57 0.01
42 123 0.02
43 466 0.06
44 851 0.11
45 1905 0.25
46 3091 0.40
47 563 0.07
48 135 0.02
49 87 0.01
50 64 0.01
51 34 0.00
52 62 0.01
53 38 0.00
54 21 0.00
55 45 0.01
56 46 0.01
57 2 0.00
58 18 0.00
59 5 0.00
60 3 0.00
61 2 0.00
62 1 0.00
ACGTcount: A:0.37, C:0.24, G:0.07, T:0.32
Consensus pattern (46 bp):
TTCAATTTACAGCATTTAAACACTTCAATTTGCAGCATTTAAACAC
Found at i:654 original size:67 final size:69
Alignment explanation
Indices: 581--712 Score: 198
Period size: 67 Copynumber: 1.9 Consensus size: 69
571 GCAGTACTTT
*
581 AACACTTCAATTTGCAACATTTAAGCACTTCAA-TTTACA-CATTTAAACACTT-ATTTGCAGCA
1 AACACTTCAATTTGCAACACTTAA-CACTTCAATTTTACAGCATTTAAACACTTAATTTGCAGCA
643 TTCAA
65 TTCAA
**
648 AACACTTCAATTTGCAACACTTAACACTTCAATTTTACAGCATTTAAGGACTTCAATTTGCAGCA
1 AACACTTCAATTTGCAACACTTAACACTTCAATTTTACAGCATTTAAACACTT-AATTTGCAGCA
713 CTTTTACATC
Statistics
Matches: 58, Mismatches: 3, Indels: 5
0.88 0.05 0.08
Matches are distributed among these distances:
66 8 0.14
67 29 0.50
68 11 0.19
70 10 0.17
ACGTcount: A:0.36, C:0.23, G:0.08, T:0.33
Consensus pattern (69 bp):
AACACTTCAATTTGCAACACTTAACACTTCAATTTTACAGCATTTAAACACTTAATTTGCAGCAT
TCAA
Found at i:868 original size:22 final size:22
Alignment explanation
Indices: 4--8676 Score: 3120
Period size: 23 Copynumber: 383.8 Consensus size: 22
1 CTT
4 TTCAATTTACAGCATTTAAGCAC
1 TTCAATTTACAGCATTTAA-CAC
* *
27 TTCAA-TTGCAGCATTTTACA-
1 TTCAATTTACAGCATTTAACAC
* *
47 TCTCAATTAACAACATTTATACAC
1 T-TCAATTTACAGCATTTA-ACAC
* * **
71 CTCAA--TACAGGATAAAACA-
1 TTCAATTTACAGCATTTAACAC
* * *
90 TCTCAA-TTCCAGCAAAGTAAACAC
1 T-TCAATTTACAGC--ATTTAACAC
* *
114 TTCAATTT-CAGTACTTAAACAC
1 TTCAATTTACAGCA-TTTAACAC
*
136 TTCAA-TT-CAACATTTAAGCAC
1 TTCAATTTACAGCATTTAA-CAC
157 TTCAATTTACAGCATTTAAAACAC
1 TTCAATTTACAGCATTT--AACAC
** *
181 TTCAATTTTGAGCATTCAAACAC
1 TTCAATTTACAGCATT-TAACAC
** *
204 TTCAATGCA-AGCACTTTTACAC
1 TTCAATTTACAGCA-TTTAACAC
*
226 TTCAATTTACAGCATTTAAGCAG
1 TTCAATTTACAGCATTTAA-CAC
* * *
249 TTCAAATTGCAGCACTTTTACA-
1 TTCAATTTACAGCA-TTTAACAC
**
271 TCTCAA-TTA-AAAATTTATACAAC
1 T-TCAATTTACAGCATTTA-AC-AC
* * *
294 CTCAA-TTACAGCGA-TAAAAAC
1 TTCAATTTACAGC-ATTTAACAC
** **
315 ATCTCAA-TGCCAGCAACTAACAC
1 -T-TCAATTTACAGCATTTAACAC
* *
338 TTCAATTTGCAGACATTAAACAC
1 TTCAATTTACAG-CATTTAACAC
* *
361 TTCAATTTGCAACATTTAAGCAC
1 TTCAATTTACAGCATTTAA-CAC
384 TTCAATTTACA-CATTTAAACAC
1 TTCAATTTACAGCATTT-AACAC
*
406 TT-AATTT-CA--ATTCAAACAC
1 TTCAATTTACAGCATT-TAACAC
* *
425 TTCAATTTTGTCAACACCTTTAACAC
1 TTCAA-TTT-ACAGCA--TTTAACAC
451 TTCAATTTACAGCATTTAAGCAC
1 TTCAATTTACAGCATTTAA-CAC
*
474 TTCAATTT-GAGCACTTT-ACATC
1 TTCAATTTACAGCA-TTTAACA-C
* *
496 TT-ACATTAACAACATTTATACAC
1 TTCA-ATTTACAGCATTTA-ACAC
* **
519 CTCAA-TTACAGCGATAAAACA-
1 TTCAATTTACAGC-ATTTAACAC
* * **
540 TCTCAATGTCCAGCAACTAACAC
1 T-TCAATTTACAGCATTTAACAC
* *
563 TT-ACATTTGCAGTACTTTAACAC
1 TTCA-ATTTACAGCA-TTTAACAC
* *
586 TTCAATTTGCAACATTTAAGCAC
1 TTCAATTTACAGCATTTAA-CAC
609 TTCAATTTACA-CATTTAAACAC
1 TTCAATTTACAGCATTT-AACAC
* *
631 TT--ATTTGCAGCATTCAAAACAC
1 TTCAATTTACAGCATT--TAACAC
* * *
653 TTCAATTTGCAACACTTAACAC
1 TTCAATTTACAGCATTTAACAC
*
675 TTCAATTTTACAGCATTTAAGGAC
1 TTCAA-TTTACAGCATTTAA-CAC
* *
699 TTCAATTTGCAGCACTTTTACA-
1 TTCAATTTACAGCA-TTTAACAC
* *
721 TCTCAATTAACAACATTTATTACAC
1 T-TCAATTTACAGCATTTA--ACAC
* * **
746 CTCAA-TTACAGGATAAAACA-
1 TTCAATTTACAGCATTTAACAC
* * ***
766 TCTCAATGTCCAGCAACAAAACAC
1 T-TCAATTTACAGC-ATTTAACAC
* * *
790 TT-AATTT-TAGTATTAAACAC
1 TTCAATTTACAGCATTTAACAC
* *
810 TTCAATTTGCAACATTTAAGCAC
1 TTCAATTTACAGCATTTAA-CAC
*
833 ATCAATTTACAGCATTTAACAC
1 TTCAATTTACAGCATTTAACAC
* * *
855 TTCAATATATAGCATTCAAACAC
1 TTCAATTTACAGCATT-TAACAC
878 TTCAATTCT-C-GC-TTT-ACAC
1 TTCAATT-TACAGCATTTAACAC
*
897 TTTCAATTTACAGCATTTAGCAC
1 -TTCAATTTACAGCATTTAACAC
* *
920 TTCAA-TTGCAGCACTTTTA-A-
1 TTCAATTTACAGCA-TTTAACAC
* *
940 TCTCAATTAACAACATTTATACAC
1 T-TCAATTTACAGCATTTA-ACAC
* **
964 CTCAA-TTACAGCGATAAAACA-
1 TTCAATTTACAGC-ATTTAACAC
* * * * *
985 TCTCCATGTCCAGCAACTAAACAC
1 T-TCAATTTACAGC-ATTTAACAC
* * *
1009 TACAATTTTCAGTC-TTAAACAC
1 TTCAATTTACAG-CATTTAACAC
* *
1031 TTTCAATTTGCAAACATTTAAGCAC
1 -TTCAATTTAC-AGCATTTAA-CAC
1056 TTC-ATTTA-AGCATTTAA-AC
1 TTCAATTTACAGCATTTAACAC
* *
1075 ATTCAATTTATAGCATTCAAACAC
1 -TTCAATTTACAGCATT-TAACAC
*
1099 TTCAATTTGCCAGCACTTTAAC-C
1 TTCAATTT-ACAGCA-TTTAACAC
*
1122 TTCAATTTACAGCATTTAAGAC
1 TTCAATTTACAGCATTTAACAC
*
1144 TTCAATTTGCAGCACTTT-ACA-
1 TTCAATTTACAGCA-TTTAACAC
*
1165 TCTCAATTTAACAACATTATAAC-C
1 T-TCAATTT-ACAGCATT-TAACAC
**
1189 -TC-A-TTACAGCGATAAAACA-
1 TTCAATTTACAGC-ATTTAACAC
* * * *
1208 TCTCAATGT-CCGCAACTAAACAC
1 T-TCAATTTACAGC-ATTTAACAC
* * *
1231 TTCAATTTCAGTAGCCTTAAACAC
1 TTCAATTT-A-CAGCATTTAACAC
* * *
1255 TTCAATTTGCAACATTTAGCAC
1 TTCAATTTACAGCATTTAACAC
1277 TTCAATTTACAGCATTTAAACAC
1 TTCAATTTACAGCATTT-AACAC
* * *
1300 TGCAATTTCCAGCATTCAAACAC
1 TTCAATTTACAGCATT-TAACAC
*
1323 TTCAAATTTGCA-CACTTTAACAC
1 TTC-AATTTACAGCA-TTTAACAC
1346 TTCAATTTACAGCATTTAAAGCAC
1 TTCAATTTACAGCATTT-AA-CAC
* *
1370 TTCAATTTGCAGCACTTTTAC-C
1 TTCAATTTACAGCA-TTTAACAC
* *
1392 -TCAATTAACAACATTTATACAC
1 TTCAATTTACAGCATTTA-ACAC
* *
1414 CTCAA-TTACAGCGA--TAAAAC
1 TTCAATTTACAGC-ATTTAACAC
* * * * *
1434 ATCTAATGTCCAGCAATAAACAAC
1 TTC-AATTTACAGCATTTAAC-AC
* *
1458 TTC-ATTTGCAGCACTTAAACAAC
1 TTCAATTTACAGCA-TTTAAC-AC
*
1481 TTCAATTCTACAAACA-TTAAGCAC
1 TTCAATT-TAC-AGCATTTAA-CAC
1505 -TCAATTTACAGCATTTAAACAC
1 TTCAATTTACAGCATTT-AACAC
* *
1527 TTCAATTTGATAGCATTCAAACAC
1 TTCAATTT-ACAGCATT-TAACAC
1551 TTCAAATTTATGCAGCACTTCTAACAC
1 TTC-AATTTA--CAGCA-TT-TAACAC
*
1578 ATCTCAATTTACAGCCTTTAAGCAAC
1 -T-TCAATTTACAGCATTTAA-C-AC
* * *
1604 TTTCAAATT-GAGCACTTGTTACA-
1 -TTCAATTTACAGCA-TT-TAACAC
* * *
1627 TCTCAA-TAACAACATTTTACAC
1 T-TCAATTTACAGCATTTAACAC
* * *
1649 CTCAA-TTACAAC-TATTAAAAC
1 TTCAATTTACAGCAT-TTAACAC
* * * * *
1670 ATCTCAATGTCCAGAACTAAACAC
1 -T-TCAATTTACAGCATTTAACAC
*
1694 TCTCAATTT-CAAGTACTTCTTAAACAC
1 T-TCAATTTAC-AG--CAT-TT-AACAC
* *
1721 TTCAATTTGCAACATTTAAGCAC
1 TTCAATTTACAGCATTTAA-CAC
1744 TTCAATTTACAGCATTTAAACAAC
1 TTCAATTTACAGCATTT-AAC-AC
* * *
1768 TTTAA-TTGCAGCACTTCAAACAC
1 TTCAATTTACAGCA-TT-TAACAC
* *
1791 TTCAATTTGCAGCACATTAAC-C
1 TTCAATTTACAGCA-TTTAACAC
1813 TTCAATTTACAGCATTTAAGCAC
1 TTCAATTTACAGCATTTAA-CAC
*
1836 TTCAATTTGCAGCACTTT-ACA-
1 TTCAATTTACAGCA-TTTAACAC
* *
1857 TCTCAATTAACAACATTTATACAC
1 T-TCAATTTACAGCATTTA-ACAC
* **
1881 CTCAA-TTACAGCGATAAAACA-
1 TTCAATTTACAGC-ATTTAACAC
* * * ***
1902 TCTCAATGTCCAGAACCAAACAC
1 T-TCAATTTACAGCATTTAACAC
* *
1925 TT-ATATTT--TGCTATTAAACAC
1 TTCA-ATTTACAGC-ATTTAACAC
* *
1946 -TCAATTTGCAACATTTAAGCAC
1 TTCAATTTACAGCATTTAA-CAC
* *
1968 ATCAATTTATTAGCATTTAAACAC
1 TTCAATTTA-CAGCATTT-AACAC
*
1992 TTCAA-TT--AGCATTCAA-AC
1 TTCAATTTACAGCATTTAACAC
* *
2010 ATTCAA-TTGCAACACTTTAA-A-
1 -TTCAATTTACAGCA-TTTAACAC
2031 TTCAA-TT-CAGCA--T-ACAC
1 TTCAATTTACAGCATTTAACAC
* *
2048 TTTCATTTTGCAGCACTTTAACA-
1 -TTCAATTTACAGCA-TTTAACAC
* *
2071 TCTCAATTAACAACATTTATACAC
1 T-TCAATTTACAGCATTTA-ACAC
* * *
2095 CTCAA--TACAAG-A-TAAAAAC
1 TTCAATTTAC-AGCATTTAACAC
* * * * * *
2114 ATCACTGTCCAGCAACTAAACAC
1 TTCAATTTACAGC-ATTTAACAC
* * *
2137 TTCAATTTTCATTC-TTAAACAC
1 TTCAATTTACA-GCATTTAACAC
* *
2159 TTCAATTTTGCAACATTTAAGCAC
1 TTCAA-TTTACAGCATTTAA-CAC
*
2183 ATCAATTTACAGCATTTAAATCAC
1 TTCAATTTACAGCATTT-AA-CAC
* *
2207 TTGCAATTT-TAGCATTCAAACAC
1 TT-CAATTTACAGCATT-TAACAC
*
2230 TTCAATTTGCAGCACTTTAACAC
1 TTCAATTTACAGCA-TTTAACAC
* *
2253 ATTCAATTTAAAGCATTTAGCAC
1 -TTCAATTTACAGCATTTAACAC
** *
2276 TTC-ATTTGGA-CATATTAA-TC
1 TTCAATTTACAGCAT-TTAACAC
* ** *
2296 -TCAAATTA-AAAAATTATACAC
1 TTCAATTTACAGCATTTA-ACAC
**
2317 -TCAA-TTACAGCGATAAAACA-
1 TTCAATTTACAGC-ATTTAACAC
* * * ** *
2337 TTCTCATGTCCAGCAACTAAAACC
1 TTC-AATTTACAGCATTTAACA-C
* * *
2361 TTCAATTTGC-GTACCTTAAACAC
1 TTCAATTTACAG--CATTTAACAC
* *
2384 TTCAATTTGCAACA-TTAAGCAAC
1 TTCAATTTACAGCATTTAA-C-AC
2407 TTC-ATTTA-AGCATTTTAACAC
1 TTCAATTTACAGCA-TTTAACAC
* *
2428 TT-AA-TTGCAGCATTCAACAC
1 TTCAATTTACAGCATTTAACAC
*
2448 TTTCAATTTGCAGCACTTTAA-AC
1 -TTCAATTTACAGCA-TTTAACAC
2471 TTCAATTTTA-AGCATTTAAGCAC
1 TTCAA-TTTACAGCATTTAA-CAC
* * * *
2494 TTCAATTTGCAGAACTT-ATAC
1 TTCAATTTACAGCATTTAACAC
* *
2515 TCTCAATTAACAACATTTATACAC
1 T-TCAATTTACAGCATTTA-ACAC
* * **
2539 CTCAA-TTACAGGATAAAACA-
1 TTCAATTTACAGCATTTAACAC
* * * *
2559 TCTCAATGTCCAGCAAATAAACAC
1 T-TCAATTTACAGC-ATTTAACAC
* * *
2583 -TCATATTTGCAGTTACTTAAACAC
1 TTCA-ATTTACAG-CA-TTTAACAC
*
2607 TTCAATTT-CAACATTTAACCAC
1 TTCAATTTACAGCATTTAA-CAC
* ** **
2629 -TCAATTCTACACCAGAT-ATTC
1 TTCAATT-TACAGCATTTAACAC
* ** *
2650 TTCTATATTGTAGCATTCAACACAC
1 TTCAAT-TTACAGCATT-TA-ACAC
*
2675 TTCAATCTT-GAGCACTTTAACAC
1 TTCAAT-TTACAGCA-TTTAACAC
*
2698 TTCAATTTACAGCATTTAAGGCAG
1 TTCAATTTACAGCATTTAA--CAC
* **
2722 TT-AATTCCTGGCAG-ACTTCTCTCACC
1 TTCAATT--T-ACAGCA-TT-TAACA-C
* ** *
2748 ATCTCACTTT--AG-A-AAAATATC
1 -T-TCAATTTACAGCATTTAACA-C
* *
2769 TTCAA-ATACA-CTACTAATT-ACAAA
1 TTCAATTTACAGC-A-T--TTAAC-AC
** * * * * *
2793 GACGA-CTA-AACATCTATGC-C
1 TTCAATTTACAGCATTTA-ACAC
* *** * *
2813 AT-ATACGCAGCAGACGTTTGTACAC
1 TTCA-ATTTA-CAG-CATTT-AACAC
* * * *
2838 GT---TTAACGAGTACTTAAACAC
1 TTCAATTTAC-AGCA-TTTAACAC
* *
2859 TTCAATTTGCAACA-TTAAGCAC
1 TTCAATTTACAGCATTTAA-CAC
2881 TTCAATTTCACAGCATTTAAAACAC
1 TTCAATTT-ACAGCATTT--AACAC
* *
2906 TTCAATTTGCAGCATTCAAACAC
1 TTCAATTTACAGCATT-TAACAC
*
2929 TTCAATTTGCAGCACTTTAACAC
1 TTCAATTTACAGCA-TTTAACAC
2952 TTCAATTTACAGCATTTAAGCAC
1 TTCAATTTACAGCATTTAA-CAC
* *
2975 TTCAATTTGCAGCACTTTTACA-
1 TTCAATTTACAGCA-TTTAACAC
* *
2997 TCTCAATTAACAACATTTATACAC
1 T-TCAATTTACAGCATTTA-ACAC
* **
3021 CTCAA-TTACAGCGATAAAACA-
1 TTCAATTTACAGC-ATTTAACAC
* * * *
3042 TCTCAATGTCCAGCAACTAAACAC
1 T-TCAATTTACAGC-ATTTAACAC
* * *
3066 TT-AATTTTCAGTAGTTAAACAC
1 TTCAATTTACAGCA-TTTAACAC
* * *
3088 TTCAATTTGCAACATTTAGCAC
1 TTCAATTTACAGCATTTAACAC
*
3110 TTCAATTTACAGCATTTAAAAC
1 TTCAATTTACAGCATTTAACAC
* *
3132 TTCAATTTGCAGCATTCAAACAC
1 TTCAATTTACAGCATT-TAACAC
*
3155 TTCAATTT-GAGCACTTTAACAC
1 TTCAATTTACAGCA-TTTAACAC
3177 TTCAATTTACAGCATTTAAGCAC
1 TTCAATTTACAGCATTTAA-CAC
*
3200 TTCAATTTGCAGCACTTT-ACA-
1 TTCAATTTACAGCA-TTTAACAC
* *
3221 TCTCAATTAACAACATTTATACAC
1 T-TCAATTTACAGCATTTA-ACAC
* **
3245 CTCAA-TTACAGCGATAAAACA-
1 TTCAATTTACAGC-ATTTAACAC
* * * *
3266 TCTC-ATGTCCAGCAACTAAACAC
1 T-TCAATTTACAGC-ATTTAACAC
* *
3289 TT--A-TTAGCAGTACTTAACAC
1 TTCAATTTA-CAGCATTTAACAC
* *
3309 TTCAATTTGCAACATTTAAGCAC
1 TTCAATTTACAGCATTTAA-CAC
3332 TTCAATTTACAGCATTTAAACAC
1 TTCAATTTACAGCATTT-AACAC
* *
3355 TTCAATTTGCAGCATTCAAACAC
1 TTCAATTTACAGCATT-TAACAC
*
3378 TTCAATTTGCAGCACTTTAACAC
1 TTCAATTTACAGCA-TTTAACAC
3401 TTCAATTTACAGCATTTAAGCAC
1 TTCAATTTACAGCATTTAA-CAC
*
3424 TTCAATTTGCAGCACTTT-ACA-
1 TTCAATTTACAGCA-TTTAACAC
* *
3445 TCTC-ATTAACAACATTTATACA-
1 T-TCAATTTACAGCATTTA-ACAC
* * * * * *
3467 -GCGA--TAAAACATCT-CCA-
1 TTCAATTTACAGCATTTAACAC
** * * * *
3484 TGTCCAGCAACTA-AACACTTCA-AT
1 T-T-CA--ATTTACAGCATTTAACAC
* * * * *
3508 TTGCAGTACTTA-AACACTTCA-AT
1 TT-CA--ATTTACAGCATTTAACAC
* * *
3531 TTGC-A---ACA--TTTAAGCAC
1 TT-CAATTTACAGCATTTAACAC
3548 TTCAATTTACAGCATTTAAACAC
1 TTCAATTTACAGCATTT-AACAC
** *
3571 TTCAATTTGTAGGCATTCAAACAC
1 TTCAATTTACA-GCATT-TAACAC
* *
3595 TTCAATCAATGCAGCACTTTAACAC
1 TTCAAT--TTACAGCA-TTTAACAC
3620 TTCAATTTACAGCATTTAAGCA-
1 TTCAATTTACAGCATTTAA-CAC
* *
3642 TTCAATTTGCAGCACTTTTACA-
1 TTCAATTTACAGCA-TTTAACAC
*
3664 TCTCAA-TTACAAACATTTATACAC
1 T-TCAATTTAC-AGCATTTA-ACAC
* **
3688 CTCAA-TTACAGCGATAAAACA-
1 TTCAATTTACAGC-ATTTAACAC
* * **
3709 TCTCAATGTCCAGCAACTAACAC
1 T-TCAATTTACAGCATTTAACAC
* * *
3732 TTCAATTTGCAGTACTTAAACAC
1 TTCAATTTACAGCA-TTTAACAC
* *
3755 TTCAATTTGCAACATTTAAGCAC
1 TTCAATTTACAGCATTTAA-CAC
3778 TTCAATTTACAGCATTTAAACAC
1 TTCAATTTACAGCATTT-AACAC
* *
3801 TTCAA-TTGCAGCATTCAAACAC
1 TTCAATTTACAGCATT-TAACAC
*
3823 TTCAATTTGCAGCACTTTAACAC
1 TTCAATTTACAGCA-TTTAACAC
3846 TTCAATTTACAGCATTT-A-A-
1 TTCAATTTACAGCATTTAACAC
* * *
3865 TTCAACTTTTA-ACTCAATTAACCATT
1 TTCAA--TTTACA-GCATTTAA-CA-C
* ** *
3891 TATACACCTCAATTACAGC-GATAA-AA
1 T-T-CA----ATTTACAGCATTTAACAC
* **
3917 TCTC-ATGT-CAGCAACTAACAC
1 T-TCAATTTACAGCATTTAACAC
* * *
3938 -T-AATTTGCAGTACTTAAACAC
1 TTCAATTTACAGCA-TTTAACAC
* *
3959 TTCAATTTGCAACATTTAAGCAC
1 TTCAATTTACAGCATTTAA-CAC
*
3982 TTCAATTTATAGCATTTAAACCAC
1 TTCAATTTACAGCATTT-AA-CAC
* *
4006 TTCAATTTATAGCACTTCAAACACTCAC
1 TTCAATTTACAGCA-TT--TA-A--CAC
*
4034 TTCAATTTGCAGCACTTT-ACA-
1 TTCAATTTACAGCA-TTTAACAC
*
4055 TCTCAATTTAACAACATTTATACAC
1 T-TCAATTT-ACAGCATTTA-ACAC
* **
4080 CTCAA-TTACAGACGATAAAACA-
1 TTCAATTTACAG-C-ATTTAACAC
* * * *
4102 TCTCAATGTCCAGCAACTAAACAC
1 T-TCAATTTACAGC-ATTTAACAC
* * *
4126 TT-AATTTGCAGTATTAAACAC
1 TTCAATTTACAGCATTTAACAC
* *
4147 TTCAATTTGCAACATTTAAGCAC
1 TTCAATTTACAGCATTTAA-CAC
4170 TTCAATTTACAGCATTTAAACAC
1 TTCAATTTACAGCATTT-AACAC
* * *
4193 TTTAATTTGCAGCATTCAAACAC
1 TTCAATTTACAGCATT-TAACAC
*
4216 TTCAATTTGCAGCACTTTAACAC
1 TTCAATTTACAGCA-TTTAACAC
4239 TTCAATTTACAGCATTTAAGCAC
1 TTCAATTTACAGCATTTAA-CAC
*
4262 TTCAATTTGCAGCACTTT-ACA-
1 TTCAATTTACAGCA-TTTAACAC
* *
4283 TCTCAATTAACAACATTTATACAC
1 T-TCAATTTACAGCATTTA-ACAC
* **
4307 CTCAA-TTACAGCGATAAAACA-
1 TTCAATTTACAGC-ATTTAACAC
* * **
4328 TCTCAATGTCCAGCAACTATACAC
1 T-TCAATTTACAGCATTTA-ACAC
* * *
4352 TTCAATTTGCAGTACTTAAACAC
1 TTCAATTTACAGCA-TTTAACAC
* *
4375 TTCAATTTGCAACATTTAAGCAC
1 TTCAATTTACAGCATTTAA-CAC
4398 TTCAATTTATACAGCATTTAAACAC
1 TTCAA-TT-TACAGCATTT-AACAC
* *
4423 TTCAATTTATAGCATTCAAACAC
1 TTCAATTTACAGCATT-TAACAC
*
4446 TTCAATTTGCAGCACTTTAACAC
1 TTCAATTTACAGCA-TTTAACAC
4469 TTCAATTTACAGCATTTAAGCAC
1 TTCAATTTACAGCATTTAA-CAC
* *
4492 TTCAATTTGCAGCACTTTTACA-
1 TTCAATTTACAGCA-TTTAACAC
* *
4514 TCTCAATTAACAACATTTATACAC
1 T-TCAATTTACAGCATTTA-ACAC
* **
4538 CTCAA-TTACAGCGATAAAACA-
1 TTCAATTTACAGC-ATTTAACAC
* * * * *
4559 TCTCCATGTCCAGCAACTAAACAC
1 T-TCAATTTACAGC-ATTTAACAC
* * *
4583 TTCAATTTTCAGGCCTTAAACAC
1 TTCAATTTACA-GCATTTAACAC
* *
4606 TTCAATTTGCAACATTTAAGCAC
1 TTCAATTTACAGCATTTAA-CAC
4629 TTCAATTTACAGCATTTAAACAC
1 TTCAATTTACAGCATTT-AACAC
* *
4652 TTCAATTTGCAGCATTCAAACAC
1 TTCAATTTACAGCATT-TAACAC
*
4675 TTCAATTTGCAGCACTTTAACAC
1 TTCAATTTACAGCA-TTTAACAC
4698 TTCAATTTACAGCATTTAAGCAC
1 TTCAATTTACAGCATTTAA-CAC
* *
4721 TTCAATTTGCAGCACTTTTACA-
1 TTCAATTTACAGCA-TTTAACAC
* *
4743 TCTCAATTAACAACATTTATACAC
1 T-TCAATTTACAGCATTTA-ACAC
* **
4767 CTCAA-TTACAGCGATAAAACA-
1 TTCAATTTACAGC-ATTTAACAC
* * * *
4788 TCTCAATGTCCAGCAACTAAACAC
1 T-TCAATTTACAGC-ATTTAACAC
* * *
4812 -T-AATTTGCAGTACTTAACAC
1 TTCAATTTACAGCATTTAACAC
* *
4832 TTCAATTTGCAACATTTAAGCAC
1 TTCAATTTACAGCATTTAA-CAC
4855 TTCAATTTACAGCATTTAAACAC
1 TTCAATTTACAGCATTT-AACAC
*
4878 TTCAATTT--AGCATTCAAACAC
1 TTCAATTTACAGCATT-TAACAC
*
4899 TTCAATTTGCAGCACTTTAACAC
1 TTCAATTTACAGCA-TTTAACAC
4922 TTCAA-TTACAGCATTTAAGCAC
1 TTCAATTTACAGCATTTAA-CAC
*
4944 TTCAATTTGCAGCACTTTTAACA-
1 TTCAATTTACAGCA--TTTAACAC
* *
4967 TCTCAATTAACAACATTTATACAC
1 T-TCAATTTACAGCATTTA-ACAC
* **
4991 CTCAA-TTACAGCGATAAAACA-
1 TTCAATTTACAGC-ATTTAACAC
* * **
5012 TCTCAATGTCCAGCAACTATACAC
1 T-TCAATTTACAGCATTTA-ACAC
* * *
5036 TTCAATTTCCAGTACTTAAACAC
1 TTCAATTTACAGCA-TTTAACAC
* *
5059 TTCAATTTGCAACATTTAAGCAC
1 TTCAATTTACAGCATTTAA-CAC
5082 TTCAATTTACAGCATTTAAACAC
1 TTCAATTTACAGCATTT-AACAC
*
5105 TTCAATTT--A-CATTCAAACAC
1 TTCAATTTACAGCATT-TAACAC
*
5125 TTCAATTTGCAGCACTTTAACAC
1 TTCAATTTACAGCA-TTTAACAC
5148 TTCAATTTACAGCATTTAAGCAC
1 TTCAATTTACAGCATTTAA-CAC
* *
5171 TTCAATTTGCAGCACTTTTACA-
1 TTCAATTTACAGCA-TTTAACAC
* *
5193 TCTCAATTAACAACATTTATACAC
1 T-TCAATTTACAGCATTTA-ACAC
* **
5217 CTCAA-TTACAGCGATAAAACA-
1 TTCAATTTACAGC-ATTTAACAC
* * * * *
5238 TCTCCATGTCCAGCAACTAAACAC
1 T-TCAATTTACAGC-ATTTAACAC
* *
5262 TTCAATTTTCAGTC-TTAAACAC
1 TTCAATTTACAG-CATTTAACAC
* *
5284 TTCAATTTGCAACATTTAAGCAC
1 TTCAATTTACAGCATTTAA-CAC
5307 -TCAATTTACAGCATTTAAACAC
1 TTCAATTTACAGCATTT-AACAC
* *
5329 TTCAATTTATAGCATTCAAACAC
1 TTCAATTTACAGCATT-TAACAC
*
5352 TTCAATTTGCAGCACTTTAACAC
1 TTCAATTTACAGCA-TTTAACAC
5375 TTCAATTTACAGCATTTAAGCAC
1 TTCAATTTACAGCATTTAA-CAC
*
5398 TTCAATTTGCAGCACTTTAACA-
1 TTCAATTTACAGCA-TTTAACAC
* *
5420 TCTCAATTAACAACATTTATACAC
1 T-TCAATTTACAGCATTTA-ACAC
* **
5444 CTCAA-TTACAGCGATAAAACA-
1 TTCAATTTACAGC-ATTTAACAC
* * * *
5465 TCTC-ATGTCCAGCAACTAAACAC
1 T-TCAATTTACAGC-ATTTAACAC
* * *
5488 TTCAATTTTCAGTACTTAAACAC
1 TTCAATTTACAGCA-TTTAACAC
* *
5511 TTCAATTTGCAACATTTAAGCAC
1 TTCAATTTACAGCATTTAA-CAC
5534 TTCAATTTACAGCATTTAAACAC
1 TTCAATTTACAGCATTT-AACAC
* *
5557 TTCAATTT-TAGCATTCAAACAC
1 TTCAATTTACAGCATT-TAACAC
*
5579 TTCAATTTGCAGCACTTTAACAC
1 TTCAATTTACAGCA-TTTAACAC
5602 TTCAATTTACAGCATTTAAGCAC
1 TTCAATTTACAGCATTTAA-CAC
* *
5625 TTCAATTTGCAGCACTTTTACA-
1 TTCAATTTACAGCA-TTTAACAC
* *
5647 TCTCAATTAACAACATTTATACAC
1 T-TCAATTTACAGCATTTA-ACAC
* **
5671 CTCAA-TTACAGCGATAAAACA-
1 TTCAATTTACAGC-ATTTAACAC
* * * *
5692 TCTCAATGTCCAGCAACTAAACAC
1 T-TCAATTTACAGC-ATTTAACAC
* * *
5716 TTCAATTTGCAGTACTTAAACAC
1 TTCAATTTACAGCA-TTTAACAC
* *
5739 TTCAATTTGCAACATTTAAGCAC
1 TTCAATTTACAGCATTTAA-CAC
5762 TTCAATTTACAGCATTTAAACAC
1 TTCAATTTACAGCATTT-AACAC
* *
5785 TTTCAATTTGCAGCATTCAAACAC
1 -TTCAATTTACAGCATT-TAACAC
*
5809 TTCAATTTGCAGCACTTTAACAC
1 TTCAATTTACAGCA-TTTAACAC
5832 TTCAATTTACAGCACTTT-ACAC
1 TTCAATTTACAGCA-TTTAACAC
* *
5854 TCTCAATTAACAACATTTATACAC
1 T-TCAATTTACAGCATTTA-ACAC
* **
5878 CTCAA-TTACAGCGATAAAACA-
1 TTCAATTTACAGC-ATTTAACAC
* * ***
5899 TCTCAATGTCCAGCAACAAACAC
1 T-TCAATTTACAGCATTTAACAC
* * *
5922 TTCAATTTGCAGTACTTAAACAC
1 TTCAATTTACAGCA-TTTAACAC
* *
5945 TTCAATTTGCAACATTTAAGCAC
1 TTCAATTTACAGCATTTAA-CAC
5968 TTCAATTTACAGCATTTAAACAC
1 TTCAATTTACAGCATTT-AACAC
* *
5991 TTCAATTTATAGCATTCAAACAC
1 TTCAATTTACAGCATT-TAACAC
*
6014 TTCAATTTGCAGCACTTTAACAC
1 TTCAATTTACAGCA-TTTAACAC
6037 TTCAATTTACAGCATTTAAGCAC
1 TTCAATTTACAGCATTTAA-CAC
* *
6060 TTCAATTTGCAGCACTTTTACA-
1 TTCAATTTACAGCA-TTTAACAC
* *
6082 TCTCAATTAACAACATTTATACAC
1 T-TCAATTTACAGCATTTA-ACAC
* * *
6106 CTCAA-TTACAGCGA--TAAAAA
1 TTCAATTTACAGC-ATTTAACAC
* * * *
6126 TCTCAATGTCCAGCAACTAAACAC
1 T-TCAATTTACAGC-ATTTAACAC
* * * *
6150 TTTAATTTGCAGTACTTAAACAC
1 TTCAATTTACAGCA-TTTAACAC
* *
6173 TTCAATTTGCAACATTTAAGCAC
1 TTCAATTTACAGCATTTAA-CAC
6196 TTCAATTTACAGCATTTGAACAC
1 TTCAATTTACAGCATTT-AACAC
* * *
6219 TTGAATTTGCAGCATTCAAACAC
1 TTCAATTTACAGCATT-TAACAC
*
6242 TTCAATTTGCAGCACTTTAACAC
1 TTCAATTTACAGCA-TTTAACAC
* **
6265 TTCAATTTA-AACA-CCAACAC
1 TTCAATTTACAGCATTTAACAC
* ** ***
6285 -ACATACACTACCATGCAGCAAACAC
1 TTCA-A-TTTA-CA-GCATTTAACAC
*** * **
6310 -T-AAACAACACCAATCACAACAC
1 TTCAATTTACAGC-AT-TTAACAC
** * *
6332 ACCACTTTA-AGCACTATTACAACAAA
1 TTCAATTTACAGCA-T-TT--AAC-AC
**** **
6358 TTCACCAAACA-CA-CCAACAC
1 TTCAATTTACAGCATTTAACAC
6378 --CAATTTACGCAGCATTTAAGCAC
1 TTCAATTTA--CAGCATTTAA-CAC
*
6401 TTCAATTTGCAGCACTTT-ACA-
1 TTCAATTTACAGCA-TTTAACAC
* *
6422 TCTCAATTAACAACATTTATACAC
1 T-TCAATTTACAGCATTTA-ACAC
* **
6446 CTCAA-TTACAGCGATAAAACA-
1 TTCAATTTACAGC-ATTTAACAC
* * * *
6467 TCTCAATGTCCAGCAACTAAACAC
1 T-TCAATTTACAGC-ATTTAACAC
* * *
6491 TTCAATTTGCAGTACTTAAACAC
1 TTCAATTTACAGCA-TTTAACAC
* *
6514 TTCAATTTGCAACATTTAAGCAC
1 TTCAATTTACAGCATTTAA-CAC
6537 TTCAATTTACAGCATTTAAACAC
1 TTCAATTTACAGCATTT-AACAC
* *
6560 TTCAATTTATAGCATTCAAACAC
1 TTCAATTTACAGCATT-TAACAC
*
6583 TTCAATTTGCAGCACTTTAACAC
1 TTCAATTTACAGCA-TTTAACAC
6606 TTCAATTTACAGCATTTAAGCAC
1 TTCAATTTACAGCATTTAA-CAC
**
6629 TTCAATTTGTAGCACTTT-ACA-
1 TTCAATTTACAGCA-TTTAACAC
* *
6650 TCTCAATTAACAACATTTATACA-
1 T-TCAATTTACAGCATTTA-ACAC
* * * * *
6673 -GCGA--TAAAACATCTCAATGTC-C
1 TTCAATTTACAGCAT-TTAA---CAC
** * * *
6695 AGCAACTATACA-C--TTCA-AT
1 TTCAA-TTTACAGCATTTAACAC
* * * * *
6714 TTGCAGTACTTA-AACACTTCA-AT
1 TT-CA--ATTTACAGCATTTAACAC
* * *
6737 TTGC-A---ACA--TTTAAGCAC
1 TT-CAATTTACAGCATTTAACAC
*
6754 TTCAATTTACATCATTTAAACAC
1 TTCAATTTACAGCATTT-AACAC
* * *
6777 TTTAATTTGCAGCATTCAAACAC
1 TTCAATTTACAGCATT-TAACAC
*
6800 TTCAATTTGCAGCACTTTAACAC
1 TTCAATTTACAGCA-TTTAACAC
6823 TTCAATTTACAGCATTTAAGCAC
1 TTCAATTTACAGCATTTAA-CAC
* *
6846 TTCAATTTGCAGCACTTTTACA-
1 TTCAATTTACAGCA-TTTAACAC
* *
6868 TCTCAATTAACAACATTTATACAC
1 T-TCAATTTACAGCATTTA-ACAC
* **
6892 CTCAA-TTACAGCGATAAAACA-
1 TTCAATTTACAGC-ATTTAACAC
* * * *
6913 TCTCAATGTCCAGCAACTAAACAC
1 T-TCAATTTACAGC-ATTTAACAC
* *
6937 TTCAATTTTCAGTC-TTAAACAC
1 TTCAATTTACAG-CATTTAACAC
* *
6959 TTCAATTTGCAACATTTAAGCAC
1 TTCAATTTACAGCATTTAA-CAC
6982 TTCAATTT--AGCATTTAAACAC
1 TTCAATTTACAGCATTT-AACAC
* *
7003 TTCAATTT-GAGCATTCAAACAC
1 TTCAATTTACAGCATT-TAACAC
*
7025 TTCAATTTGCAGCACTTTAACAC
1 TTCAATTTACAGCA-TTTAACAC
7048 TTCAATTTACAGCATTTAAGCAC
1 TTCAATTTACAGCATTTAA-CAC
*
7071 TTCAATTTGCAGCACTTT-ACA-
1 TTCAATTTACAGCA-TTTAACAC
* *
7092 TCTCAATTAACAACATTTATACAC
1 T-TCAATTTACAGCATTTA-ACAC
* **
7116 CTCAA-TTACAGCGATAAAACA-
1 TTCAATTTACAGC-ATTTAACAC
* * * *
7137 TCTCAATGTCCAGCAACTAAACAC
1 T-TCAATTTACAGC-ATTTAACAC
* * *
7161 TTCAATTT-TAGTACTTAAACAC
1 TTCAATTTACAGCA-TTTAACAC
* *
7183 TTCAATTTGCAACATTTAAGCAC
1 TTCAATTTACAGCATTTAA-CAC
7206 TTCAATTTACAGCATTTAAACAC
1 TTCAATTTACAGCATTT-AACAC
* * *
7229 TTCAATTTGCATCATTCAACAC
1 TTCAATTTACAGCATTTAACAC
*
7251 TTCAATTTGCAGCACTTTAACAC
1 TTCAATTTACAGCA-TTTAACAC
7274 TTCAATTTACAGCATTTAAGCAC
1 TTCAATTTACAGCATTTAA-CAC
* *
7297 TTCAATTTGCAGCACTTTTACA-
1 TTCAATTTACAGCA-TTTAACAC
* *
7319 TCTCAATTAACAACATTTATACAC
1 T-TCAATTTACAGCATTTA-ACAC
* **
7343 CTCAA-TTACAGCGATAAAACA-
1 TTCAATTTACAGC-ATTTAACAC
* * * *
7364 TCTC-ATGTCCAGCAACTAAACAC
1 T-TCAATTTACAGC-ATTTAACAC
* *
7387 TTCAATTTTCAGTC-TTAAACAC
1 TTCAATTTACAG-CATTTAACAC
* *
7409 TTCAATTTGCAACATTTAAGCAC
1 TTCAATTTACAGCATTTAA-CAC
7432 TTCAATTTACAGCATTTAA-AC
1 TTCAATTTACAGCATTTAACAC
* *
7453 TTCAATTTGCAGCATTCAAACAC
1 TTCAATTTACAGCATT-TAACAC
*
7476 TTCAATTTGCAGCACTTTAACAC
1 TTCAATTTACAGCA-TTTAACAC
7499 TTCAATTTACAGCATTTAAGCAC
1 TTCAATTTACAGCATTTAA-CAC
* *
7522 TTCAATTTGCAGCACTTTTACA-
1 TTCAATTTACAGCA-TTTAACAC
* *
7544 TCTCAATTAACAACATTTATACAC
1 T-TCAATTTACAGCATTTA-ACAC
* **
7568 CTCAA-TTACAGCGATAAAACA-
1 TTCAATTTACAGC-ATTTAACAC
* * * *
7589 TCTCAATGTCCAGCAACTAAACAC
1 T-TCAATTTACAGC-ATTTAACAC
* * *
7613 TTCAATTTGCAGTACTTAAACAC
1 TTCAATTTACAGCA-TTTAACAC
* *
7636 TTCAATTTGCAACATTTAAGCAC
1 TTCAATTTACAGCATTTAA-CAC
7659 TTCAATTTACAGCATTTAAACAC
1 TTCAATTTACAGCATTT-AACAC
*
7682 TTCAATTT--AGCATTCAAACAC
1 TTCAATTTACAGCATT-TAACAC
*
7703 TTCAATTTGCAGCACTTTAACAC
1 TTCAATTTACAGCA-TTTAACAC
7726 TTCAATTTACAGCATTTAAGCAC
1 TTCAATTTACAGCATTTAA-CAC
* *
7749 TTCAATTTGCAGCACTTTTACA-
1 TTCAATTTACAGCA-TTTAACAC
* *
7771 TCTCAATTAACAACATTTATACAC
1 T-TCAATTTACAGCATTTA-ACAC
* * **
7795 CTCAA-TTACAGGATAAAACA-
1 TTCAATTTACAGCATTTAACAC
* * * *
7815 TCTCAATGTCCAGCAACTAAACAC
1 T-TCAATTTACAGC-ATTTAACAC
* * *
7839 TTCAATTTGCAGTACTTAAACAC
1 TTCAATTTACAGCA-TTTAACAC
* *
7862 TTCAATTTGCAACATTTAAGCAC
1 TTCAATTTACAGCATTTAA-CAC
7885 TTCAATTTACAGCATTTAAACAC
1 TTCAATTTACAGCATTT-AACAC
* *
7908 TTCAATTTGCAGCATTCAAAACAC
1 TTCAATTTACAGCATT--TAACAC
*
7932 TTCAATTTGCAGCACTTTAACAC
1 TTCAATTTACAGCA-TTTAACAC
*
7955 TTC-ATTTACAGCACTTTTTACA-
1 TTCAATTTACAGCA--TTTAACAC
* *
7977 TCTCAATTAACAACATTTATACAC
1 T-TCAATTTACAGCATTTA-ACAC
* **
8001 CTCAA-TTACAG-ATAAAACA-
1 TTCAATTTACAGCATTTAACAC
* * * *
8020 TCTC-ATGTCCAGCAACTAAACAC
1 T-TCAATTTACAGC-ATTTAACAC
* *
8043 TTCAATTTTCAGTC-TTAAACAC
1 TTCAATTTACAG-CATTTAACAC
* *
8065 TTCAATTTGCAACATTTAAGCAC
1 TTCAATTTACAGCATTTAA-CAC
8088 TTCAATTTACAGCATTTAAACAC
1 TTCAATTTACAGCATTT-AACAC
** *
8111 TTCAATTTGTAGCATTCAAACAC
1 TTCAATTTACAGCATT-TAACAC
*
8134 TTCAATTTGCAGCACTTTAACAC
1 TTCAATTTACAGCA-TTTAACAC
8157 TTCAATTTACAGCATTTAAGCAC
1 TTCAATTTACAGCATTTAA-CAC
*
8180 TTCAATTTGCAGCACTTT-ACA-
1 TTCAATTTACAGCA-TTTAACAC
* *
8201 TCTCAATTAACAACATTTATACAC
1 T-TCAATTTACAGCATTTA-ACAC
* **
8225 CTCAA-TTACAGCGATAAAACA-
1 TTCAATTTACAGC-ATTTAACAC
* * **
8246 TCTCAATGTCCAGCAACTAAAACAC
1 T-TCAATTTACAGC-A-TTTAACAC
* * *
8271 TTTAATTTACAGTAGTTAAACAC
1 TTCAATTTACAGCA-TTTAACAC
* *
8294 TTCAATTTGCAACATTTAAGCAC
1 TTCAATTTACAGCATTTAA-CAC
8317 TTCAATTTACAGCATTTAAACAC
1 TTCAATTTACAGCATTT-AACAC
* *
8340 TTCAATTTGCAGCATTCAAACAC
1 TTCAATTTACAGCATT-TAACAC
*
8363 TTCAATTTGCAGCACTTTAACAC
1 TTCAATTTACAGCA-TTTAACAC
8386 TTCAATTTACAGCATTTAAGCAC
1 TTCAATTTACAGCATTTAA-CAC
*
8409 TTCAATTTGCAGCACTTT-ACA-
1 TTCAATTTACAGCA-TTTAACAC
* *
8430 TCTCAATTAACAACATTTATACAC
1 T-TCAATTTACAGCATTTA-ACAC
* *
8454 CTCAA-TTACAGCGA-TAAACA-
1 TTCAATTTACAGC-ATTTAACAC
* * * *
8474 TCTCAATGTCCAGCAACTAAACAC
1 T-TCAATTTACAGC-ATTTAACAC
* * *
8498 TTCAATTTGCAGTACTTAAACAC
1 TTCAATTTACAGCA-TTTAACAC
* *
8521 TTCAATTTGCAACATTTAAGCAC
1 TTCAATTTACAGCATTTAA-CAC
8544 TTCAATTTACAGCATTTAAACAC
1 TTCAATTTACAGCATTT-AACAC
* *
8567 TTCAATTTATAGCATTCAAACAC
1 TTCAATTTACAGCATT-TAACAC
*
8590 TTCAATTTGCAGCACTTTAACAC
1 TTCAATTTACAGCA-TTTAACAC
8613 TTCAATTTACAGCATTTAAGCAC
1 TTCAATTTACAGCATTTAA-CAC
* *
8636 TTCAATTTGCAGCACTTTTACA-
1 TTCAATTTACAGCA-TTTAACAC
* *
8658 TCTCAATTAACAACATTTA
1 T-TCAATTTACAGCATTTA
8677 TACAGCGATA
Statistics
Matches: 6577, Mismatches: 1285, Indels: 1577
0.70 0.14 0.17
Matches are distributed among these distances:
15 1 0.00
16 6 0.00
17 12 0.00
18 12 0.00
19 84 0.01
20 198 0.03
21 456 0.07
22 1573 0.24
23 3350 0.51
24 623 0.09
25 133 0.02
26 63 0.01
27 24 0.00
28 28 0.00
29 8 0.00
30 4 0.00
31 1 0.00
32 1 0.00
ACGTcount: A:0.37, C:0.24, G:0.07, T:0.32
Consensus pattern (22 bp):
TTCAATTTACAGCATTTAACAC
Found at i:1577 original size:27 final size:24
Alignment explanation
Indices: 1505--1555 Score: 77
Period size: 24 Copynumber: 2.2 Consensus size: 24
1495 CATTAAGCAC
* *
1505 TCAATTT-ACAGCATTTAAACACT
1 TCAATTTGATAGCATTCAAACACT
1528 TCAATTTGATAGCATTCAAACACT
1 TCAATTTGATAGCATTCAAACACT
1552 TCAA
1 TCAA
1556 ATTTATGCAG
Statistics
Matches: 25, Mismatches: 2, Indels: 1
0.89 0.07 0.04
Matches are distributed among these distances:
23 7 0.28
24 18 0.72
ACGTcount: A:0.39, C:0.22, G:0.06, T:0.33
Consensus pattern (24 bp):
TCAATTTGATAGCATTCAAACACT
Found at i:1828 original size:69 final size:70
Alignment explanation
Indices: 333--1852 Score: 362
Period size: 68 Copynumber: 22.3 Consensus size: 70
323 GCCAGCAACT
333 AACACTTCAATTTGCAG-ACATT-AAACACTTCAATTTGCAACATTTAAGCACTTCAATTTACA-
1 AACACTTCAATTTGCAGCAC-TTCAAACACTTCAATTTGCAACATTTAAGCACTTCAATTTACAG
395 CATTTA
65 CATTTA
401 AACACTT-AATTT-CA--A-TTCAAACACTTCAATTTTGTCAACACCTTTAA-CACTTCAATTTA
1 AACACTTCAATTTGCAGCACTTCAAACACTTCAA-TTTG-CAACA--TTTAAGCACTTCAATTTA
460 CAGCATTTA
62 CAGCATTTA
* * ** *
469 AGCACTTCAATTTG-AGCACTT--TACATCTT-ACATTAACAACATTTATA-CACCTCAA-TTAC
1 AACACTTCAATTTGCAGCACTTCAAACA-CTTCA-ATTTGCAACATTTA-AGCACTTCAATTTAC
*
528 AGCGA-TAA
63 AGC-ATTTA
* *
536 AACA-TCTCAATGTCCAGCAAC-T--AACACTT-ACATTTGCAGTAC-TTTAA-CACTTCAATTT
1 AACACT-TCAATTTGCAGC-ACTTCAAACACTTCA-ATTTGCA--ACATTTAAGCACTTCAATTT
* *
594 GCAACATTTA
61 ACAGCATTTA
* * * * * * * *
604 AGCACTTCAATTTACA-CA-TTTAAACACTT--ATTTGCAGCATTCAAAACACTTCAATTTGCAA
1 AACACTTCAATTTGCAGCACTTCAAACACTTCAATTTGCAACATT-TAAGCACTTCAATTTACAG
*
665 CACTT-
65 CATTTA
* * ** * * *
670 AACACTTCAATTTTACAGCA-TTTAAGGACTTCAATTTGCAGCACTTTTA-CA-TCTCAATTAAC
1 AACACTTCAA-TTTGCAGCACTTCAAACACTTCAATTTGCAACA-TTTAAGCACT-TCAATTTAC
*
732 AACATTTA
63 AGCATTTA
* * * * * * * * *** * *
740 TTACACCTCAA-TTACAGGA--TAAAACA-TCTCAATGTCCAGCAACAAAACACTT-AATTT-TA
1 -AACACTTCAATTTGCAGCACTTCAAACACT-TCAATTTGCAACATTTAAGCACTTCAATTTACA
*
799 GTA-TTA
64 GCATTTA
* * * * * * * *
805 AACACTTCAATTTGCAACA-TTTAAGCACATCAATTTACAGCATTTAA-CACTTCAATATATAGC
1 AACACTTCAATTTGCAGCACTTCAAACACTTCAATTTGCAACATTTAAGCACTTCAATTTACAGC
*
868 ATTCA
66 ATTTA
* * * *
873 AACACTTCAATTCT-C-G--CTT--TACACTTTCAATTTACAGCATTT-AGCACTTCAA-TTGCA
1 AACACTTCAATT-TGCAGCACTTCAAACAC-TTCAATTTGCAACATTTAAGCACTTCAATTTACA
*
930 GCACTTTT
64 GCA-TTTA
* ** * * * * * * * * * * *
938 AA-TC-TCAATTAACAACA-TTTATACACCTCAA-TTACAGCGA-TAAAACA-TCTCCATGTCCA
1 AACACTTCAATTTGCAGCACTTCAAACACTTCAATTTGCAAC-ATTTAAGCACT-TCAATTTACA
**
997 GCAACTA
64 GCATTTA
* * *
1004 AACACTACAATTTTCAG-TCTT-AAACACTTTCAATTTGCAAACATTTAAGCACTTC-ATTTA-A
1 AACACTTCAATTTGCAGCACTTCAAACAC-TTCAATTTGC-AACATTTAAGCACTTCAATTTACA
1065 GCATTTA
64 GCATTTA
** *
1072 AACA-TTCAATTTATAGCA-TTCAAACACTTCAATTTGCCAGCACTTTAA-C-CTTCAATTTACA
1 AACACTTCAATTTGCAGCACTTCAAACACTTCAATTTG-CAACA-TTTAAGCACTTCAATTTACA
1133 GCATTT-
64 GCATTTA
* * *
1139 AAGACTTCAATTTGCAGCACTT--TACA-TCTCAATTTAACAACATTATAA-C-C-TC-A-TTAC
1 AACACTTCAATTTGCAGCACTTCAAACACT-TCAATTT-GCAACATT-TAAGCACTTCAATTTAC
*
1196 AGCGA-TAA
63 AGC-ATTTA
* * * *
1204 AACA-TCTCAATGT-CCGCAAC-T-AAACACTTCAATTT-CAGTAGC-CTTAAACACTTCAATTT
1 AACACT-TCAATTTGCAGC-ACTTCAAACACTTCAATTTGCA--A-CATTTAAGCACTTCAATTT
* *
1263 GCAACATTT-
61 ACAGCATTTA
* * * * * * * * *
1272 AGCACTTCAATTTACAGCA-TTTAAACACTGCAATTTCCAGCATTCAAACACTTCAAATTTGCA-
1 AACACTTCAATTTGCAGCACTTCAAACACTTCAATTTGCAACATTTAAGCACTTC-AATTTACAG
1335 CACTTT-
65 CA-TTTA
* * * * *
1341 AACACTTCAATTTACAGCA-TTTAAAGCACTTCAATTTGCAGCACTTTTA-C-C-TCAATTAACA
1 AACACTTCAATTTGCAGCACTTCAAA-CACTTCAATTTGCAACA-TTTAAGCACTTCAATTTACA
*
1402 ACATTTA
64 GCATTTA
* * * * * * * * * *
1409 TACACCTCAA-TTACAGCGA--T-AAA-ACATCTAATGTCCAGCA-ATAAACAACTTC-ATTTGC
1 AACACTTCAATTTGCAGC-ACTTCAAACACTTC-AATTTGCAACATTTAAGC-ACTTCAATTTAC
*
1467 AGCACTTA
63 AGCATTTA
* * * * * *
1475 AACAACTTCAATTCTACA-AACATT-AAGCAC-TCAATTTACAGCATTTAAACACTTCAATTTGA
1 AAC-ACTTCAATT-TGCAGCAC-TTCAAACACTTCAATTTGCAACATTTAAGCACTTCAATTT-A
* *
1537 TAGCATTCA
62 CAGCATTTA
* * * * *
1546 AACACTTCAAATTTATGCAGCACTTCTAACACATCTCAATTTACAGCCTTTAAGCAACTTTCAAA
1 AACACTTC-AA-TT-TGCAGCACTTCAAACAC-T-TCAATTTGCAACATTTAAGC-AC-TTCAAT
*
1611 TT-GAGCACTTGT-
59 TTACAGCA-TT-TA
* ** * ** * * * * * *
1623 TACA-TCTCAA-TAACAACA-TT-TTACACCTCAA-TTACAACTATTAAAACA-TCTCAATGTCC
1 AACACT-TCAATTTGCAGCACTTCAAACACTTCAATTTGCAAC-ATTTAAGCACT-TCAATTTAC
**
1682 AG-AACTA
63 AGCATTTA
*
1689 AACACTCTCAATTT-CAAGTACTTCTTAAACACTTCAATTTGCAACATTTAAGCACTTCAATTTA
1 AACACT-TCAATTTGC-AGCACTTC--AAACACTTCAATTTGCAACATTTAAGCACTTCAATTTA
1753 CAGCATTTA
62 CAGCATTTA
*
1762 AACAACTTTAA-TTGCAGCACTTCAAACACTTCAATTTGCAGCACA-TTAA-C-CTTCAATTTAC
1 AAC-ACTTCAATTTGCAGCACTTCAAACACTTCAATTTGCA--ACATTTAAGCACTTCAATTTAC
1823 AGCATTTA
63 AGCATTTA
*
1831 AGCACTTCAATTTGCAGCACTT
1 AACACTTCAATTTGCAGCACTT
1853 TACATCTCAA
Statistics
Matches: 1100, Mismatches: 198, Indels: 307
0.69 0.12 0.19
Matches are distributed among these distances:
63 13 0.01
64 51 0.05
65 95 0.09
66 100 0.09
67 206 0.19
68 225 0.20
69 169 0.15
70 81 0.07
71 41 0.04
72 47 0.04
73 27 0.02
74 4 0.00
76 25 0.02
77 9 0.01
78 7 0.01
ACGTcount: A:0.37, C:0.24, G:0.07, T:0.33
Consensus pattern (70 bp):
AACACTTCAATTTGCAGCACTTCAAACACTTCAATTTGCAACATTTAAGCACTTCAATTTACAGC
ATTTA
Found at i:2016 original size:19 final size:20
Alignment explanation
Indices: 1976--2017 Score: 68
Period size: 20 Copynumber: 2.1 Consensus size: 20
1966 ACATCAATTT
*
1976 ATTAGCATTTAAACACTTCA
1 ATTAGCATTCAAACACTTCA
1996 ATTAGCATTCAAACA-TTCA
1 ATTAGCATTCAAACACTTCA
2015 ATT
1 ATT
2018 GCAACACTTT
Statistics
Matches: 21, Mismatches: 1, Indels: 1
0.91 0.04 0.04
Matches are distributed among these distances:
19 7 0.33
20 14 0.67
ACGTcount: A:0.40, C:0.19, G:0.05, T:0.36
Consensus pattern (20 bp):
ATTAGCATTCAAACACTTCA
Found at i:2228 original size:71 final size:68
Alignment explanation
Indices: 2130--2279 Score: 182
Period size: 71 Copynumber: 2.2 Consensus size: 68
2120 GTCCAGCAAC
*
2130 TAAACACTTCAATTTTCATTCTTAAACACTTCAATTTTGCAACA-TTTAAGCACA-TCAATTTAC
1 TAAACACTTCAATTTTCATTC-TAAACACTTCAA-TTTGCAACACTTTAA-CACATTCAATTTAA
2193 AGCATT
63 AGCATT
*
2199 TAAATCACTTGCAATTTTAGCATTC-AAACACTTCAATTTGCAGCACTTTAACACATTCAATTTA
1 TAAA-CACTT-CAATTTT--CATTCTAAACACTTCAATTTGCAACACTTTAACACATTCAATTTA
2263 AAGCATT
62 AAGCATT
*
2270 T-AGCACTTCA
1 TAAACACTTCA
2280 TTTGGACATA
Statistics
Matches: 72, Mismatches: 3, Indels: 13
0.82 0.03 0.15
Matches are distributed among these distances:
68 2 0.03
69 9 0.12
70 18 0.25
71 38 0.53
73 5 0.07
ACGTcount: A:0.36, C:0.22, G:0.06, T:0.36
Consensus pattern (68 bp):
TAAACACTTCAATTTTCATTCTAAACACTTCAATTTGCAACACTTTAACACATTCAATTTAAAGC
ATT
Found at i:2267 original size:24 final size:22
Alignment explanation
Indices: 2154--2279 Score: 85
Period size: 24 Copynumber: 5.4 Consensus size: 22
2144 TTCATTCTTA
*
2154 AACACTTCAATTTTGCAA-CATTT
1 AACACTTCAA-TTT-AAAGCATTT
* *
2177 AAGCACATCAATTTACAGCATTT
1 AA-CACTTCAATTTAAAGCATTT
* *
2200 AAATCACTTGCAATTT-TAGCATTCA
1 -AA-CACTT-CAATTTAAAGCATT-T
**
2225 AACACTTCAATTTGCAGCACTTT
1 AACACTTCAATTTAAAGCA-TTT
2248 AACACATTCAATTTAAAGCATTT
1 AACAC-TTCAATTTAAAGCATTT
*
2271 AGCACTTCA
1 AACACTTCA
2280 TTTGGACATA
Statistics
Matches: 83, Mismatches: 12, Indels: 17
0.74 0.11 0.15
Matches are distributed among these distances:
22 11 0.13
23 31 0.37
24 35 0.42
25 6 0.07
ACGTcount: A:0.37, C:0.22, G:0.07, T:0.34
Consensus pattern (22 bp):
AACACTTCAATTTAAAGCATTT
Found at i:4036 original size:28 final size:25
Alignment explanation
Indices: 3979--4050 Score: 83
Period size: 28 Copynumber: 2.8 Consensus size: 25
3969 AACATTTAAG
*
3979 CACTTCAATTTATAGCA-TTTAAAC
1 CACTTCAATTTATAGCACTTAAAAC
4003 CACTTCAATTTATAGCACTTCAAACAC
1 CACTTCAATTTATAGCACTT-AAA-AC
**
4030 TCACTTCAATTTGCAGCACTT
1 -CACTTCAATTTATAGCACTT
4051 TACATCTCAA
Statistics
Matches: 41, Mismatches: 3, Indels: 4
0.85 0.06 0.08
Matches are distributed among these distances:
24 17 0.41
25 2 0.05
26 2 0.05
27 2 0.05
28 18 0.44
ACGTcount: A:0.33, C:0.26, G:0.06, T:0.35
Consensus pattern (25 bp):
CACTTCAATTTATAGCACTTAAAAC
Found at i:4153 original size:188 final size:176
Alignment explanation
Indices: 3770--7516 Score: 924
Period size: 182 Copynumber: 20.7 Consensus size: 176
3760 TTTGCAACAT
* * * * * * *
3770 TTAAGCACTTCAATTTACAGCATTTAAACACTTCAA-TTGCAGCATTCAAACACTTCAATTTGCA
1 TTAAACACTTCAATTTGCAACATTTAAGCACTTCAATTTACAGCATTTAAACACTTCAATTTACA
* * * *
3834 GCACTT-TAACACTTCAATTTACAGCA-TTTAATTCAACTTTTAACTCAATTA-ACCATTTATAC
66 GCA-TTCAAACACTTCAATTTGCAGCACTTTAA--C-AC-TTCAA-T---TTACAACATTTATAC
3896 ACCTCAATTACAGCGATAAAATCTCATGTCAGCAACTAACACTAATTTGCAGTAC
122 ACCTCAATTACAGCGATAAAATCTCATGTCAGCAACTAACACTAATTTGCAGTAC
* *
3951 TTAAACACTTCAATTTGCAACATTTAAGCACTTCAATTTATAGCATTTAAACCACTTCAATTTAT
1 TTAAACACTTCAATTTGCAACATTTAAGCACTTCAATTTACAGCATTTAAA-CACTTCAATTTAC
4016 AGCACTTCAAACACTCACTTCAATTTGCAGCACTTT-ACA-TCTCAATTTAACAACATTTATACA
65 AGCA-TTC-AA-A--CACTTCAATTTGCAGCACTTTAACACT-TCAATTT-ACAACATTTATACA
4079 CCTCAATTACAGACGATAAAACATCTCAATGTCCAGCAACTAAACACTTAATTTGCAGTA-
123 CCTCAATTACAG-CGAT-AAA-ATCTC-ATGT-CAGCAACT-AACAC-TAATTTGCAGTAC
* *
4139 TTAAACACTTCAATTTGCAACATTTAAGCACTTCAATTTACAGCATTTAAACACTTTAATTTGCA
1 TTAAACACTTCAATTTGCAACATTTAAGCACTTCAATTTACAGCATTTAAACACTTCAATTTACA
* *
4204 GCATTCAAACACTTCAATTTGCAGCACTTTAACACTTCAATTTACAGCATTTA-AGCACTTCAAT
66 GCATTCAAACACTTCAATTTGCAGCACTTTAACACTTCAATTTACAACATTTATA-CACCTCAA-
* * * * * *
4268 TTGCAGC-ACTTTACATCTCAAT-T-AACAACATTTATACACCTCAA-TTACAGCGA-
129 TTACAGCGA--TAAAATCTC-ATGTCAGCAAC---TA-ACA-CT-AATTTGCAG-TAC
* * * * ** * * * *
4321 TAAAACA-TCTCAATGTCCAGCAACTATA-CACTTCAATTTGCAGTACTTAAACACTTCAATTTG
1 TTAAACACT-TCAATTTGCAACATTTA-AGCACTTCAATTTACAGCATTTAAACACTTCAATTTA
* * * * * * * * *
4384 CAACATTTAAGCACTTCAATTTATACAGCA-TTTAAACACTTCAATTTATAGCATTCAAACACTT
64 CAGCATTCAAACACTTCAA-TT-TGCAGCACTTT-AACACTTCAATTTACAACATTTATACACCT
* * * ** *
4448 CAATTTGCAGC-ACTTTAACA-CTTCAATTTACAGCATTTAAGCACTTCAATTTGCAGCAC
126 CAA-TTACAGCGA---TAAAATC-TC-ATGT-CAGCAACTAA-CAC-T-AATTTGCAGTAC
** ** * * * *
4507 TTTTACA-TCTCAATTAACAACATTTATA-CACCTCAA-TTACAGCGA-TAAAACA-TCTCCATG
1 TTAAACACT-TCAATTTGCAACATTTA-AGCACTTCAATTTACAGC-ATTTAAACACT-TCAATT
* * * * *
4567 TCCAGCA-ACTAAACACTTCAATTTTCAGGC-CTTAAACACTTCAATTTGCAACATTTA-AGCAC
62 TACAGCATTC-AAACACTTCAATTTGCA-GCACTTTAACACTTCAATTTACAACATTTATA-CAC
* * * * *
4629 TTCAATTTACAGC-ATTTAAACA-CTTCAATTTGCAGCATTCAAACACTTCAATTTGCAGCAC
124 CTCAA-TTACAGCGA--TAAA-ATC-TC-ATGT-CAGCA-ACTAACAC-T-AATTTGCAGTAC
* * * * * *
4690 TTTAACACTTCAATTTACAGCATTTAAGCACTTCAATTTGCAGCACTTT-TACA-TCTCAATTAA
1 TTAAACACTTCAATTTGCAACATTTAAGCACTTCAATTTACAGCA-TTTAAACACT-TCAATTTA
* * * * * ** * * * ** *
4753 CAACATTTATACACCTCAA-TTACAGCGA-TAAAACA-TCTCAATGTCCAGCAACTAAACA-CT-
64 CAGCATTCAAACACTTCAATTTGCAGC-ACTTTAACACT-TCAATTTACAACATTTATACACCTC
* * * * * ** * * *
4813 AATTTGCAGTAC-TTAACA-CTTCAATTTGCAACATTTAAGCACTTCAATTTACAGCAT
127 AA-TTACAG--CGATAAAATC-TC-ATGT-CAGCAACTAA-CAC-T-AATTTGCAGTAC
* * * *
4870 TTAAACACTTCAATTT--AGCATTCAAACACTTCAATTTGCAGCACTTT-AACACTTCAA-TTAC
1 TTAAACACTTCAATTTGCAACATTTAAGCACTTCAATTTACAGCA-TTTAAACACTTCAATTTAC
* * *
4931 AGCATTTAAGCACTTCAATTTGCAGCACTTTTAACA-TCTCAATTAACAACATTTATACACCTCA
65 AGCATTCAAACACTTCAATTTGCAGCAC-TTTAACACT-TCAATTTACAACATTTATACACCTCA
*
4995 ATTACAGCGATAAAACATCTCAATGTCCAGCAACTATACACTTCAATTTCCAGTAC
128 ATTACAGCGAT-AAA-ATCTC-ATGT-CAGCAACTA-ACAC-T-AATTTGCAGTAC
5051 TTAAACACTTCAATTTGCAACATTTAAGCACTTCAATTTACAGCATTTAAACACTTCAATTT--A
1 TTAAACACTTCAATTTGCAACATTTAAGCACTTCAATTTACAGCATTTAAACACTTCAATTTACA
* *
5114 -CATTCAAACACTTCAATTTGCAGCACTTTAACACTTCAATTTACAGCATTTA-AGCACTTCAAT
66 GCATTCAAACACTTCAATTTGCAGCACTTTAACACTTCAATTTACAACATTTATA-CACCTCAA-
* * * * * *
5177 TTGCAGC-ACTTTTACATCTCAAT-T-AACAACATTTATACACCTCAA-TTACAGCGA-
129 TTACAGCGA---TAAAATCTC-ATGTCAGCAAC---TA-ACA-CT-AATTTGCAG-TAC
* * * * * ** * * *
5231 TAAAACA-TCTCCATGTCCAGCAACTAAACACTTCAATTTTCAG--TCTTAAACACTTCAATTTG
1 TTAAACACT-TCAATTTGCAACATTTAAGCACTTCAATTTACAGCAT-TTAAACACTTCAATTTA
* * * * * * * * *
5293 CAACATTTAAGCAC-TCAATTTACAGCA-TTTAAACACTTCAATTTATAGCATTCAAACACTTCA
64 CAGCATTCAAACACTTCAATTTGCAGCACTTT-AACACTTCAATTTACAACATTTATACACCTCA
* * * ** *
5356 ATTTGCAGC-ACTTTAACA-CTTCAATTTACAGCATTTAAGCACTTCAATTTGCAGCAC
128 A-TTACAGCGA---TAAAATC-TC-ATGT-CAGCAACTAA-CAC-T-AATTTGCAGTAC
* ** * * *
5413 TTTAACA-TCTCAATTAACAACATTTATA-CACCTCAA-TTACAGCGA-TAAAACA-TCTC-ATG
1 TTAAACACT-TCAATTTGCAACATTTA-AGCACTTCAATTTACAGC-ATTTAAACACT-TCAATT
* * * * * * *
5472 TCCAGCA-ACTAAACACTTCAATTTTCAGTACTTAAACACTTCAATTTGCAACATTTA-AGCACT
62 TACAGCATTC-AAACACTTCAATTTGCAGCACTTTAACACTTCAATTTACAACATTTATA-CACC
* * * * *
5535 TCAATTTACAGC-ATTTAAACA-CTTCAATTTTAGCATTCAAACACTTCAATTTGCAGCAC
125 TCAA-TTACAGCGA--TAAA-ATC-TC-ATGTCAGCA-ACTAACAC-T-AATTTGCAGTAC
* * * * * *
5594 TTTAACACTTCAATTTACAGCATTTAAGCACTTCAATTTGCAGCACTTT-TACA-TCTCAATTAA
1 TTAAACACTTCAATTTGCAACATTTAAGCACTTCAATTTACAGCA-TTTAAACACT-TCAATTTA
* * * * * ** * * * ** * *
5657 CAACATTTATACACCTCAA-TTACAGCGA-TAAAACA-TCTCAATGTCCAGCAACTAAACACTTC
64 CAGCATTCAAACACTTCAATTTGCAGC-ACTTTAACACT-TCAATTTACAACATTTATACACCTC
* * * * ** * * *
5719 AATTTGCAGTAC-TTAAACA-CTTCAATTTGCAACATTTAAGCACTTCAATTTACAGCAT
127 AA-TTACAG--CGATAAA-ATC-TC-ATGT-CAGCAACTAA-CAC-T-AATTTGCAGTAC
* * * *
5777 TTAAACACTTTCAATTTGCAGCATTCAAACACTTCAATTTGCAGCACTTT-AACACTTCAATTTA
1 TTAAACAC-TTCAATTTGCAACATTTAAGCACTTCAATTTACAGCA-TTTAAACACTTCAATTTA
* ** * * * * * *
5841 CAGCACTT--TACACTCTCAATTAACAACA-TTTATACACCTCAA-TTACAGCGA-TAAAACATC
64 CAGCA-TTCAAACACT-TCAATTTGCAGCACTTTA-ACACTTCAATTTACAAC-ATTTATACACC
* * * * * ** *
5901 TCAATGTCCAGCAACAAACA-CTTCAATTTGCAG-TACTTAAACACTTCAATTTGCAACAT
125 TCAAT-TACAGCGATAAA-ATC-TC-ATGT-CAGCAAC-T-AACAC-T-AATTTGCAGTAC
* * * * * * *
5960 TTAAGCACTTCAATTTACAGCATTTAAACACTTCAATTTATAGCATTCAAACACTTCAATTTGCA
1 TTAAACACTTCAATTTGCAACATTTAAGCACTTCAATTTACAGCATTTAAACACTTCAATTTACA
* * * * *
6025 GCACTT-TAACACTTCAATTTACAGCA-TTTAAGCACTTCAATTTGCAGCACTTT-TACATCTCA
66 GCA-TTCAAACACTTCAATTTGCAGCACTTTAA-CACTTCAATTTACAACA-TTTATACACCTCA
* * * * * * * *
6087 ATTAACAAC-ATTTATACACCTCAAT-TACAGCGA-TAAAAATCTCAATGTCCAGCAAC
128 ATT-ACAGCGA--TA-AAATCTC-ATGT-CAGCAACT-AACA-CT-AATTTGCAG-TAC
* ** * * * * *
6143 -TAAACACTTTAATTTGCAGTACTTAAACACTTCAATTTGCAACATTTAAGCACTTCAATTTACA
1 TTAAACACTTCAATTTGCAACATTTAAGCACTTCAATTTACAGCATTTAAACACTTCAATTTACA
** * * * * *
6207 GCATTTGAACACTTGAATTTGCAGCA-TTCAAACACTTCAATTTGCAGCACTTTA-ACACTTCAA
66 GCATTCAAACACTTCAATTTGCAGCACTT-TAACACTTCAATTTACAACA-TTTATACACCTCAA
* * * * * ** * * **** ** *
6270 TTTAAACACCAACACACAT-ACACTACCATGCAGCAAACACTAAACAACACCAA
129 -TT--ACAGCGATA-AAATCTCA-TGTCA-GCAACTAACACTAATTTGCAGTAC
* ** * * * **** **
6323 TCACAACACACCACTTT--AAGCACTATTACAACAAATTCACCAAACA-CA--CCAACAC--CAA
1 TTA-AACACTTCAATTTGCAA-CA-T-TTA-AGC-ACTTCAATTTACAGCATTTAAACACTTCAA
* * *
6381 TTTACGCAGCATTTAAGCACTTCAATTTGCAGCACTTT-ACA-TCTCAATTAACAACATTTATAC
60 TTTA--CAGCATTCAAACACTTCAATTTGCAGCACTTTAACACT-TCAATTTACAACATTTATAC
6444 ACCTCAATTACAGCGATAAAACATCTCAATGTCCAGCAACTAAACACTTCAATTTGCAGTAC
122 ACCTCAATTACAGCGAT-AAA-ATCTC-ATGT-CAGCAACT-AACAC-T-AATTTGCAGTAC
*
6506 TTAAACACTTCAATTTGCAACATTTAAGCACTTCAATTTACAGCATTTAAACACTTCAATTTATA
1 TTAAACACTTCAATTTGCAACATTTAAGCACTTCAATTTACAGCATTTAAACACTTCAATTTACA
* *
6571 GCATTCAAACACTTCAATTTGCAGCACTTTAACACTTCAATTTACAGCATTTA-AGCACTTCAAT
66 GCATTCAAACACTTCAATTTGCAGCACTTTAACACTTCAATTTACAACATTTATA-CACCTCAA-
** * * * *
6635 TTGTAGC-ACTTTACATCTCAAT-T----AAC-AACA-T--TTATACAGCGA-
129 TTACAGCGA--TAAAATCTC-ATGTCAGCAACTAACACTAATT-TGCAG-TAC
* * * * ** * * * *
6677 TAAAACA-TCTCAATGTCCAGCAACTATA-CACTTCAATTTGCAGTACTTAAACACTTCAATTTG
1 TTAAACACT-TCAATTTGCAACATTTA-AGCACTTCAATTTACAGCATTTAAACACTTCAATTTA
* * * * * * * * * * *
6740 CAACATTTAAGCACTTCAATTTACATCA-TTTAAACACTTTAATTTGCAGCATTCAAACACTTCA
64 CAGCATTCAAACACTTCAATTTGCAGCACTTT-AACACTTCAATTTACAACATTTATACACCTCA
* * * ** *
6804 ATTTGCAGC-ACTTTAACA-CTTCAATTTACAGCATTTAAGCACTTCAATTTGCAGCAC
128 A-TTACAGCGA---TAAAATC-TC-ATGT-CAGCAACTAA-CAC-T-AATTTGCAGTAC
** ** * * *
6861 TTTTACA-TCTCAATTAACAACATTTATA-CACCTCAA-TTACAGCGA-TAAAACA-TCTCAATG
1 TTAAACACT-TCAATTTGCAACATTTA-AGCACTTCAATTTACAGC-ATTTAAACACT-TCAATT
* * * * * * *
6921 TCCAGCA-ACTAAACACTTCAATTTTCAG-TCTTAAACACTTCAATTTGCAACATTTA-AGCACT
62 TACAGCATTC-AAACACTTCAATTTGCAGCACTTTAACACTTCAATTTACAACATTTATA-CACC
* * * * * *
6983 TCAATT-TAGC-ATTTAAACA-CTTCAATTTGAGCATTCAAACACTTCAATTTGCAGCAC
125 TCAATTACAGCGA--TAAA-ATC-TC-ATGTCAGCA-ACTAACAC-T-AATTTGCAGTAC
* * * * *
7040 TTTAACACTTCAATTTACAGCATTTAAGCACTTCAATTTGCAGCACTTT--ACA-TCTCAATTAA
1 TTAAACACTTCAATTTGCAACATTTAAGCACTTCAATTTACAGCA-TTTAAACACT-TCAATTTA
* * * * * ** * * * ** * *
7102 CAACATTTATACACCTCAA-TTACAGCGA-TAAAACA-TCTCAATGTCCAGCAACTAAACACTTC
64 CAGCATTCAAACACTTCAATTTGCAGC-ACTTTAACACT-TCAATTTACAACATTTATACACCTC
** * * * ** * * *
7164 AATTTTAGTAC-TTAAACA-CTTCAATTTGCAACATTTAAGCACTTCAATTTACAGCAT
127 AATTACAG--CGATAAA-ATC-TC-ATGT-CAGCAACTAA-CAC-T-AATTTGCAGTAC
* * *
7221 TTAAACACTTCAATTTGCATCATTCAA-CACTTCAATTTGCAGCACTTT-AACACTTCAATTTAC
1 TTAAACACTTCAATTTGCAACATTTAAGCACTTCAATTTACAGCA-TTTAAACACTTCAATTTAC
* * * *
7284 AGCATTTAAGCACTTCAATTTGCAGCACTTTTACA-TCTCAATTAACAACATTTATACACCTCAA
65 AGCATTCAAACACTTCAATTTGCAGCACTTTAACACT-TCAATTTACAACATTTATACACCTCAA
*
7348 TTACAGCGATAAAACATCTCATGTCCAGCAACTAAACACTTCAATTTTCAGT-C
129 TTACAGCGAT-AAA-ATCTCATGT-CAGCAACT-AACAC-T-AATTTGCAGTAC
*
7401 TTAAACACTTCAATTTGCAACATTTAAGCACTTCAATTTACAGCATTT-AA-ACTTCAATTTGCA
1 TTAAACACTTCAATTTGCAACATTTAAGCACTTCAATTTACAGCATTTAAACACTTCAATTTACA
*
7464 GCATTCAAACACTTCAATTTGCAGCACTTTAACACTTCAATTTACAGCATTTA
66 GCATTCAAACACTTCAATTTGCAGCACTTTAACACTTCAATTTACAACATTTA
7517 AGCACTTCAA
Statistics
Matches: 2794, Mismatches: 516, Indels: 514
0.73 0.13 0.13
Matches are distributed among these distances:
170 6 0.00
171 112 0.04
172 13 0.00
173 2 0.00
175 4 0.00
177 21 0.01
178 68 0.02
179 222 0.08
180 261 0.09
181 465 0.17
182 701 0.25
183 430 0.15
184 246 0.09
185 89 0.03
186 42 0.02
187 22 0.01
188 75 0.03
189 15 0.01
ACGTcount: A:0.37, C:0.24, G:0.07, T:0.32
Consensus pattern (176 bp):
TTAAACACTTCAATTTGCAACATTTAAGCACTTCAATTTACAGCATTTAAACACTTCAATTTACA
GCATTCAAACACTTCAATTTGCAGCACTTTAACACTTCAATTTACAACATTTATACACCTCAATT
ACAGCGATAAAATCTCATGTCAGCAACTAACACTAATTTGCAGTAC
Found at i:8664 original size:23 final size:23
Alignment explanation
Indices: 3932--9296 Score: 2360
Period size: 23 Copynumber: 234.1 Consensus size: 23
3922 TGTCAGCAAC
*
3932 TAACAC-T-AATTTGCAGTACTT
1 TAACACTTCAATTTGCAGCACTT
* *
3953 AAACACTTCAATTTGCAACA-TT
1 TAACACTTCAATTTGCAGCACTT
**
3975 TAAGCACTTCAATTTATAGCA-TT
1 TAA-CACTTCAATTTGCAGCACTT
**
3998 TAAACCACTTCAATTTATAGCACTT
1 T-AA-CACTTCAATTTGCAGCACTT
*
4023 CAAACACTCACTTCAATTTGCAGCACTT
1 --TA-A--CACTTCAATTTGCAGCACTT
* *
4051 T-ACA-TCTCAATTTAACAACA-TT
1 TAACACT-TCAATTT-GCAGCACTT
* * **
4073 TATACACCTCAA-TTACAG-ACGA
1 TA-ACACTTCAATTTGCAGCACTT
* * *
4095 TAAAACATCTCAATGTCCAGCAAC-T
1 TAACAC-T-TCAATTTGCAGC-ACTT
* *
4120 AAACACTT-AATTTGCAGTA-TT
1 TAACACTTCAATTTGCAGCACTT
* *
4141 AAACACTTCAATTTGCAACA-TT
1 TAACACTTCAATTTGCAGCACTT
*
4163 TAAGCACTTCAATTTACAGCA-TT
1 TAA-CACTTCAATTTGCAGCACTT
*
4186 TAAACACTTTAATTTGCAGCA-TT
1 T-AACACTTCAATTTGCAGCACTT
*
4209 CAAACACTTCAATTTGCAGCACTT
1 -TAACACTTCAATTTGCAGCACTT
*
4233 TAACACTTCAATTTACAGCA-TT
1 TAACACTTCAATTTGCAGCACTT
4255 TAAGCACTTCAATTTGCAGCACTT
1 TAA-CACTTCAATTTGCAGCACTT
** *
4279 T-ACA-TCTCAATTAACAACA-TT
1 TAACACT-TCAATTTGCAGCACTT
* * *
4300 TATACACCTCAA-TTACAGCGA-TA
1 TA-ACACTTCAATTTGCAGC-ACTT
* * * *
4323 AAACA-TCTCAATGTCCAGCAACTA
1 TAACACT-TCAATTTGCAGC-ACTT
*
4347 T-ACACTTCAATTTGCAGTACTT
1 TAACACTTCAATTTGCAGCACTT
* *
4369 AAACACTTCAATTTGCAACA-TT
1 TAACACTTCAATTTGCAGCACTT
*
4391 TAAGCACTTCAATTTATACAGCA-TT
1 TAA-CACTTCAA-TT-TGCAGCACTT
**
4416 TAAACACTTCAATTTATAGCA-TT
1 T-AACACTTCAATTTGCAGCACTT
*
4439 CAAACACTTCAATTTGCAGCACTT
1 -TAACACTTCAATTTGCAGCACTT
*
4463 TAACACTTCAATTTACAGCA-TT
1 TAACACTTCAATTTGCAGCACTT
4485 TAAGCACTTCAATTTGCAGCACTT
1 TAA-CACTTCAATTTGCAGCACTT
* ** *
4509 TTACA-TCTCAATTAACAACA-TT
1 TAACACT-TCAATTTGCAGCACTT
* * *
4531 TATACACCTCAA-TTACAGCGA-TA
1 TA-ACACTTCAATTTGCAGC-ACTT
* * * *
4554 AAACA-TCTCCATGTCCAGCAAC-T
1 TAACACT-TCAATTTGCAGC-ACTT
* *
4577 AAACACTTCAATTTTCAGGC-CTT
1 TAACACTTCAATTTGCA-GCACTT
* *
4600 AAACACTTCAATTTGCAACA-TT
1 TAACACTTCAATTTGCAGCACTT
*
4622 TAAGCACTTCAATTTACAGCA-TT
1 TAA-CACTTCAATTTGCAGCACTT
4645 TAAACACTTCAATTTGCAGCA-TT
1 T-AACACTTCAATTTGCAGCACTT
*
4668 CAAACACTTCAATTTGCAGCACTT
1 -TAACACTTCAATTTGCAGCACTT
*
4692 TAACACTTCAATTTACAGCA-TT
1 TAACACTTCAATTTGCAGCACTT
4714 TAAGCACTTCAATTTGCAGCACTT
1 TAA-CACTTCAATTTGCAGCACTT
* ** *
4738 TTACA-TCTCAATTAACAACA-TT
1 TAACACT-TCAATTTGCAGCACTT
* * *
4760 TATACACCTCAA-TTACAGCGA-TA
1 TA-ACACTTCAATTTGCAGC-ACTT
* * *
4783 AAACA-TCTCAATGTCCAGCAAC-T
1 TAACACT-TCAATTTGCAGC-ACTT
* *
4806 AAACAC-T-AATTTGCAGTAC-T
1 TAACACTTCAATTTGCAGCACTT
*
4826 TAACACTTCAATTTGCAACA-TT
1 TAACACTTCAATTTGCAGCACTT
*
4848 TAAGCACTTCAATTTACAGCA-TT
1 TAA-CACTTCAATTTGCAGCACTT
4871 TAAACACTTCAATTT--AGCA-TT
1 T-AACACTTCAATTTGCAGCACTT
*
4892 CAAACACTTCAATTTGCAGCACTT
1 -TAACACTTCAATTTGCAGCACTT
*
4916 TAACACTTCAA-TTACAGCA-TT
1 TAACACTTCAATTTGCAGCACTT
4937 TAAGCACTTCAATTTGCAGCACTTT
1 TAA-CACTTCAATTTGCAGCAC-TT
** *
4962 TAACA-TCTCAATTAACAACA-TT
1 TAACACT-TCAATTTGCAGCACTT
* * *
4984 TATACACCTCAA-TTACAGCGA-TA
1 TA-ACACTTCAATTTGCAGC-ACTT
* * * *
5007 AAACA-TCTCAATGTCCAGCAACTA
1 TAACACT-TCAATTTGCAGC-ACTT
* *
5031 T-ACACTTCAATTTCCAGTACTT
1 TAACACTTCAATTTGCAGCACTT
* *
5053 AAACACTTCAATTTGCAACA-TT
1 TAACACTTCAATTTGCAGCACTT
*
5075 TAAGCACTTCAATTTACAGCA-TT
1 TAA-CACTTCAATTTGCAGCACTT
5098 TAAACACTTCAATTT--A-CA-TT
1 T-AACACTTCAATTTGCAGCACTT
*
5118 CAAACACTTCAATTTGCAGCACTT
1 -TAACACTTCAATTTGCAGCACTT
*
5142 TAACACTTCAATTTACAGCA-TT
1 TAACACTTCAATTTGCAGCACTT
5164 TAAGCACTTCAATTTGCAGCACTT
1 TAA-CACTTCAATTTGCAGCACTT
* ** *
5188 TTACA-TCTCAATTAACAACA-TT
1 TAACACT-TCAATTTGCAGCACTT
* * *
5210 TATACACCTCAA-TTACAGCGA-TA
1 TA-ACACTTCAATTTGCAGC-ACTT
* * * *
5233 AAACA-TCTCCATGTCCAGCAAC-T
1 TAACACT-TCAATTTGCAGC-ACTT
* * *
5256 AAACACTTCAATTTTCAG-TCTT
1 TAACACTTCAATTTGCAGCACTT
* *
5278 AAACACTTCAATTTGCAACA-TT
1 TAACACTTCAATTTGCAGCACTT
*
5300 TAAGCAC-TCAATTTACAGCA-TT
1 TAA-CACTTCAATTTGCAGCACTT
**
5322 TAAACACTTCAATTTATAGCA-TT
1 T-AACACTTCAATTTGCAGCACTT
*
5345 CAAACACTTCAATTTGCAGCACTT
1 -TAACACTTCAATTTGCAGCACTT
*
5369 TAACACTTCAATTTACAGCA-TT
1 TAACACTTCAATTTGCAGCACTT
5391 TAAGCACTTCAATTTGCAGCACTT
1 TAA-CACTTCAATTTGCAGCACTT
** *
5415 TAACA-TCTCAATTAACAACA-TT
1 TAACACT-TCAATTTGCAGCACTT
* * *
5437 TATACACCTCAA-TTACAGCGA-TA
1 TA-ACACTTCAATTTGCAGC-ACTT
* * *
5460 AAACA-TCTC-ATGTCCAGCAAC-T
1 TAACACT-TCAATTTGCAGC-ACTT
* * *
5482 AAACACTTCAATTTTCAGTACTT
1 TAACACTTCAATTTGCAGCACTT
* *
5505 AAACACTTCAATTTGCAACA-TT
1 TAACACTTCAATTTGCAGCACTT
*
5527 TAAGCACTTCAATTTACAGCA-TT
1 TAA-CACTTCAATTTGCAGCACTT
*
5550 TAAACACTTCAATTT-TAGCA-TT
1 T-AACACTTCAATTTGCAGCACTT
*
5572 CAAACACTTCAATTTGCAGCACTT
1 -TAACACTTCAATTTGCAGCACTT
*
5596 TAACACTTCAATTTACAGCA-TT
1 TAACACTTCAATTTGCAGCACTT
5618 TAAGCACTTCAATTTGCAGCACTT
1 TAA-CACTTCAATTTGCAGCACTT
* ** *
5642 TTACA-TCTCAATTAACAACA-TT
1 TAACACT-TCAATTTGCAGCACTT
* * *
5664 TATACACCTCAA-TTACAGCGA-TA
1 TA-ACACTTCAATTTGCAGC-ACTT
* * *
5687 AAACA-TCTCAATGTCCAGCAAC-T
1 TAACACT-TCAATTTGCAGC-ACTT
* *
5710 AAACACTTCAATTTGCAGTACTT
1 TAACACTTCAATTTGCAGCACTT
* *
5733 AAACACTTCAATTTGCAACA-TT
1 TAACACTTCAATTTGCAGCACTT
*
5755 TAAGCACTTCAATTTACAGCA-TT
1 TAA-CACTTCAATTTGCAGCACTT
5778 TAAACACTTTCAATTTGCAGCA-TT
1 T-AACAC-TTCAATTTGCAGCACTT
*
5802 CAAACACTTCAATTTGCAGCACTT
1 -TAACACTTCAATTTGCAGCACTT
*
5826 TAACACTTCAATTTACAGCACTT
1 TAACACTTCAATTTGCAGCACTT
** *
5849 T-ACACTCTCAATTAACAACA-TT
1 TAACACT-TCAATTTGCAGCACTT
* * *
5871 TATACACCTCAA-TTACAGCGA-TA
1 TA-ACACTTCAATTTGCAGC-ACTT
* * *
5894 AAACA-TCTCAATGTCCAGCAAC--
1 TAACACT-TCAATTTGCAGC-ACTT
* *
5916 AAACACTTCAATTTGCAGTACTT
1 TAACACTTCAATTTGCAGCACTT
* *
5939 AAACACTTCAATTTGCAACA-TT
1 TAACACTTCAATTTGCAGCACTT
*
5961 TAAGCACTTCAATTTACAGCA-TT
1 TAA-CACTTCAATTTGCAGCACTT
**
5984 TAAACACTTCAATTTATAGCA-TT
1 T-AACACTTCAATTTGCAGCACTT
*
6007 CAAACACTTCAATTTGCAGCACTT
1 -TAACACTTCAATTTGCAGCACTT
*
6031 TAACACTTCAATTTACAGCA-TT
1 TAACACTTCAATTTGCAGCACTT
6053 TAAGCACTTCAATTTGCAGCACTT
1 TAA-CACTTCAATTTGCAGCACTT
* ** *
6077 TTACA-TCTCAATTAACAACA-TT
1 TAACACT-TCAATTTGCAGCACTT
* *
6099 TATACACCTCAA-TTACAGCGA---
1 TA-ACACTTCAATTTGCAGC-ACTT
* * * *
6120 TAAAAATCTCAATGTCCAGCAAC-T
1 TAACACT-TCAATTTGCAGC-ACTT
* * *
6144 AAACACTTTAATTTGCAGTACTT
1 TAACACTTCAATTTGCAGCACTT
* *
6167 AAACACTTCAATTTGCAACA-TT
1 TAACACTTCAATTTGCAGCACTT
*
6189 TAAGCACTTCAATTTACAGCA-TT
1 TAA-CACTTCAATTTGCAGCACTT
*
6212 TGAACACTTGAATTTGCAGCA-TT
1 T-AACACTTCAATTTGCAGCACTT
*
6235 CAAACACTTCAATTTGCAGCACTT
1 -TAACACTTCAATTTGCAGCACTT
* * *
6259 TAACACTTCAATTT-AAACAC-C
1 TAACACTTCAATTTGCAGCACTT
* * ** *
6280 AACACACATACACTACCATGCAGCAAACACT
1 TA-ACAC-TTCA--A-TTTGCAGC--AC-TT
* ** *** *
6311 AAACAACACCAATCACAACACACCACTT
1 TAAC-ACTTCAAT----TTGCAGCACTT
* * *
6339 TAAGCACTATTACAACAAATT-CACCAAAC-A
1 TAA-CAC--TT----CAATTTGCAGC--ACTT
* * **
6369 CACCAACACCAATTTACGCAGCA-TT
1 TAAC-ACTTCAATTT--GCAGCACTT
6394 TAAGCACTTCAATTTGCAGCACTT
1 TAA-CACTTCAATTTGCAGCACTT
** *
6418 T-ACA-TCTCAATTAACAACA-TT
1 TAACACT-TCAATTTGCAGCACTT
* * *
6439 TATACACCTCAA-TTACAGCGA-TA
1 TA-ACACTTCAATTTGCAGC-ACTT
* * *
6462 AAACA-TCTCAATGTCCAGCAAC-T
1 TAACACT-TCAATTTGCAGC-ACTT
* *
6485 AAACACTTCAATTTGCAGTACTT
1 TAACACTTCAATTTGCAGCACTT
* *
6508 AAACACTTCAATTTGCAACA-TT
1 TAACACTTCAATTTGCAGCACTT
*
6530 TAAGCACTTCAATTTACAGCA-TT
1 TAA-CACTTCAATTTGCAGCACTT
**
6553 TAAACACTTCAATTTATAGCA-TT
1 T-AACACTTCAATTTGCAGCACTT
*
6576 CAAACACTTCAATTTGCAGCACTT
1 -TAACACTTCAATTTGCAGCACTT
*
6600 TAACACTTCAATTTACAGCA-TT
1 TAACACTTCAATTTGCAGCACTT
*
6622 TAAGCACTTCAATTTGTAGCACTT
1 TAA-CACTTCAATTTGCAGCACTT
** *
6646 T-ACA-TCTCAATTAACAACA-TT
1 TAACACT-TCAATTTGCAGCACTT
** ** * *
6667 TATACAGCGATAAAACAT-C-TCAATGT
1 TA-ACA-C--TTCAATTTGCAGCACT-T
* * * *
6693 CCAGCAACTATACACTTCAATTTGCAGTACTT
1 -TAAC-ACT-T-CAAT-----TTGCAGCACTT
* *
6725 AAACACTTCAATTTGCAACA-TT
1 TAACACTTCAATTTGCAGCACTT
* *
6747 TAAGCACTTCAATTTACATCA-TT
1 TAA-CACTTCAATTTGCAGCACTT
*
6770 TAAACACTTTAATTTGCAGCA-TT
1 T-AACACTTCAATTTGCAGCACTT
*
6793 CAAACACTTCAATTTGCAGCACTT
1 -TAACACTTCAATTTGCAGCACTT
*
6817 TAACACTTCAATTTACAGCA-TT
1 TAACACTTCAATTTGCAGCACTT
6839 TAAGCACTTCAATTTGCAGCACTT
1 TAA-CACTTCAATTTGCAGCACTT
* ** *
6863 TTACA-TCTCAATTAACAACA-TT
1 TAACACT-TCAATTTGCAGCACTT
* * *
6885 TATACACCTCAA-TTACAGCGA-TA
1 TA-ACACTTCAATTTGCAGC-ACTT
* * *
6908 AAACA-TCTCAATGTCCAGCAAC-T
1 TAACACT-TCAATTTGCAGC-ACTT
* * *
6931 AAACACTTCAATTTTCAG-TCTT
1 TAACACTTCAATTTGCAGCACTT
* *
6953 AAACACTTCAATTTGCAACA-TT
1 TAACACTTCAATTTGCAGCACTT
6975 TAAGCACTTCAATTT--AGCA-TT
1 TAA-CACTTCAATTTGCAGCACTT
6996 TAAACACTTCAATTTG-AGCA-TT
1 T-AACACTTCAATTTGCAGCACTT
*
7018 CAAACACTTCAATTTGCAGCACTT
1 -TAACACTTCAATTTGCAGCACTT
*
7042 TAACACTTCAATTTACAGCA-TT
1 TAACACTTCAATTTGCAGCACTT
7064 TAAGCACTTCAATTTGCAGCACTT
1 TAA-CACTTCAATTTGCAGCACTT
** *
7088 T-ACA-TCTCAATTAACAACA-TT
1 TAACACT-TCAATTTGCAGCACTT
* * *
7109 TATACACCTCAA-TTACAGCGA-TA
1 TA-ACACTTCAATTTGCAGC-ACTT
* * *
7132 AAACA-TCTCAATGTCCAGCAAC-T
1 TAACACT-TCAATTTGCAGC-ACTT
* * *
7155 AAACACTTCAATTT-TAGTACTT
1 TAACACTTCAATTTGCAGCACTT
* *
7177 AAACACTTCAATTTGCAACA-TT
1 TAACACTTCAATTTGCAGCACTT
*
7199 TAAGCACTTCAATTTACAGCA-TT
1 TAA-CACTTCAATTTGCAGCACTT
*
7222 TAAACACTTCAATTTGCATCA-TT
1 T-AACACTTCAATTTGCAGCACTT
*
7245 CAACACTTCAATTTGCAGCACTT
1 TAACACTTCAATTTGCAGCACTT
*
7268 TAACACTTCAATTTACAGCA-TT
1 TAACACTTCAATTTGCAGCACTT
7290 TAAGCACTTCAATTTGCAGCACTT
1 TAA-CACTTCAATTTGCAGCACTT
* ** *
7314 TTACA-TCTCAATTAACAACA-TT
1 TAACACT-TCAATTTGCAGCACTT
* * *
7336 TATACACCTCAA-TTACAGCGA-TA
1 TA-ACACTTCAATTTGCAGC-ACTT
* * *
7359 AAACA-TCTC-ATGTCCAGCAAC-T
1 TAACACT-TCAATTTGCAGC-ACTT
* * *
7381 AAACACTTCAATTTTCAG-TCTT
1 TAACACTTCAATTTGCAGCACTT
* *
7403 AAACACTTCAATTTGCAACA-TT
1 TAACACTTCAATTTGCAGCACTT
*
7425 TAAGCACTTCAATTTACAGCA-TT
1 TAA-CACTTCAATTTGCAGCACTT
7448 TAA-ACTTCAATTTGCAGCA-TT
1 TAACACTTCAATTTGCAGCACTT
*
7469 CAAACACTTCAATTTGCAGCACTT
1 -TAACACTTCAATTTGCAGCACTT
*
7493 TAACACTTCAATTTACAGCA-TT
1 TAACACTTCAATTTGCAGCACTT
7515 TAAGCACTTCAATTTGCAGCACTT
1 TAA-CACTTCAATTTGCAGCACTT
* ** *
7539 TTACA-TCTCAATTAACAACA-TT
1 TAACACT-TCAATTTGCAGCACTT
* * *
7561 TATACACCTCAA-TTACAGCGA-TA
1 TA-ACACTTCAATTTGCAGC-ACTT
* * *
7584 AAACA-TCTCAATGTCCAGCAAC-T
1 TAACACT-TCAATTTGCAGC-ACTT
* *
7607 AAACACTTCAATTTGCAGTACTT
1 TAACACTTCAATTTGCAGCACTT
* *
7630 AAACACTTCAATTTGCAACA-TT
1 TAACACTTCAATTTGCAGCACTT
*
7652 TAAGCACTTCAATTTACAGCA-TT
1 TAA-CACTTCAATTTGCAGCACTT
7675 TAAACACTTCAATTT--AGCA-TT
1 T-AACACTTCAATTTGCAGCACTT
*
7696 CAAACACTTCAATTTGCAGCACTT
1 -TAACACTTCAATTTGCAGCACTT
*
7720 TAACACTTCAATTTACAGCA-TT
1 TAACACTTCAATTTGCAGCACTT
7742 TAAGCACTTCAATTTGCAGCACTT
1 TAA-CACTTCAATTTGCAGCACTT
* ** *
7766 TTACA-TCTCAATTAACAACA-TT
1 TAACACT-TCAATTTGCAGCACTT
* * * *
7788 TATACACCTCAA-TTACAGGA-TA
1 TA-ACACTTCAATTTGCAGCACTT
* * *
7810 AAACA-TCTCAATGTCCAGCAAC-T
1 TAACACT-TCAATTTGCAGC-ACTT
* *
7833 AAACACTTCAATTTGCAGTACTT
1 TAACACTTCAATTTGCAGCACTT
* *
7856 AAACACTTCAATTTGCAACA-TT
1 TAACACTTCAATTTGCAGCACTT
*
7878 TAAGCACTTCAATTTACAGCA-TT
1 TAA-CACTTCAATTTGCAGCACTT
7901 TAAACACTTCAATTTGCAGCA-TT
1 T-AACACTTCAATTTGCAGCACTT
*
7924 CAAAACACTTCAATTTGCAGCACTT
1 --TAACACTTCAATTTGCAGCACTT
*
7949 TAACACTTC-ATTTACAGCACTTT
1 TAACACTTCAATTTGCAGCAC-TT
* ** *
7972 TTACA-TCTCAATTAACAACA-TT
1 TAACACT-TCAATTTGCAGCACTT
* * *
7994 TATACACCTCAA-TTACAG-A-TA
1 TA-ACACTTCAATTTGCAGCACTT
* * *
8015 AAACA-TCTC-ATGTCCAGCAAC-T
1 TAACACT-TCAATTTGCAGC-ACTT
* * *
8037 AAACACTTCAATTTTCAG-TCTT
1 TAACACTTCAATTTGCAGCACTT
* *
8059 AAACACTTCAATTTGCAACA-TT
1 TAACACTTCAATTTGCAGCACTT
*
8081 TAAGCACTTCAATTTACAGCA-TT
1 TAA-CACTTCAATTTGCAGCACTT
*
8104 TAAACACTTCAATTTGTAGCA-TT
1 T-AACACTTCAATTTGCAGCACTT
*
8127 CAAACACTTCAATTTGCAGCACTT
1 -TAACACTTCAATTTGCAGCACTT
*
8151 TAACACTTCAATTTACAGCA-TT
1 TAACACTTCAATTTGCAGCACTT
8173 TAAGCACTTCAATTTGCAGCACTT
1 TAA-CACTTCAATTTGCAGCACTT
** *
8197 T-ACA-TCTCAATTAACAACA-TT
1 TAACACT-TCAATTTGCAGCACTT
* * *
8218 TATACACCTCAA-TTACAGCGA-TA
1 TA-ACACTTCAATTTGCAGC-ACTT
* * * *
8241 AAACA-TCTCAATGTCCAGCAACTA
1 TAACACT-TCAATTTGCAGC-ACTT
* * * * *
8265 AAACACTTTAATTTACAGTAGTT
1 TAACACTTCAATTTGCAGCACTT
* *
8288 AAACACTTCAATTTGCAACA-TT
1 TAACACTTCAATTTGCAGCACTT
*
8310 TAAGCACTTCAATTTACAGCA-TT
1 TAA-CACTTCAATTTGCAGCACTT
8333 TAAACACTTCAATTTGCAGCA-TT
1 T-AACACTTCAATTTGCAGCACTT
*
8356 CAAACACTTCAATTTGCAGCACTT
1 -TAACACTTCAATTTGCAGCACTT
*
8380 TAACACTTCAATTTACAGCA-TT
1 TAACACTTCAATTTGCAGCACTT
8402 TAAGCACTTCAATTTGCAGCACTT
1 TAA-CACTTCAATTTGCAGCACTT
** *
8426 T-ACA-TCTCAATTAACAACA-TT
1 TAACACT-TCAATTTGCAGCACTT
* *
8447 TATACACCTCAA-TTACAGCGA--T
1 TA-ACACTTCAATTTGCAGC-ACTT
* * *
8469 AAACA-TCTCAATGTCCAGCAAC-T
1 TAACACT-TCAATTTGCAGC-ACTT
* *
8492 AAACACTTCAATTTGCAGTACTT
1 TAACACTTCAATTTGCAGCACTT
* *
8515 AAACACTTCAATTTGCAACA-TT
1 TAACACTTCAATTTGCAGCACTT
*
8537 TAAGCACTTCAATTTACAGCA-TT
1 TAA-CACTTCAATTTGCAGCACTT
**
8560 TAAACACTTCAATTTATAGCA-TT
1 T-AACACTTCAATTTGCAGCACTT
*
8583 CAAACACTTCAATTTGCAGCACTT
1 -TAACACTTCAATTTGCAGCACTT
*
8607 TAACACTTCAATTTACAGCA-TT
1 TAACACTTCAATTTGCAGCACTT
8629 TAAGCACTTCAATTTGCAGCACTT
1 TAA-CACTTCAATTTGCAGCACTT
* ** *
8653 TTACA-TCTCAATTAACAACA-TT
1 TAACACT-TCAATTTGCAGCACTT
* ** * *
8675 TATACAGCGAT-AA--AACATCTCATGT
1 TA-ACA-C-TTCAATTTGCAGCAC-T-T
* * ** * ***** *
8700 CCAGCAACTAAACACTAATTTCAGTACT
1 -TAAC-ACTTCA-ATTTGCAGCACT--T
* * *
8728 TAA-ACACTTCAATTTGCAACA-TT
1 TAACAC-TTC-AATTTGCAGCACTT
*
8751 TAAGCACTTCAATTTACAGCA-TT
1 TAA-CACTTCAATTTGCAGCACTT
8774 TAAACACTTCAATTTGCAGCA-TT
1 T-AACACTTCAATTTGCAGCACTT
*
8797 CAAACACTTCAATTT---GCACTT
1 -TAACACTTCAATTTGCAGCACTT
*
8818 TAACACTTCAATTTACAGCA-TT
1 TAACACTTCAATTTGCAGCACTT
8840 TAAGCACTTCAATTTGCAGCACTT
1 TAA-CACTTCAATTTGCAGCACTT
* ** *
8864 TTACA-TCTCAATTAACAACA-TT
1 TAACACT-TCAATTTGCAGCACTT
* * *
8886 TATACACCTCAA-TTACAGCGA-TA
1 TA-ACACTTCAATTTGCAGC-ACTT
* * *
8909 AAACA-TCTCAATGTCCAGCAAC-T
1 TAACACT-TCAATTTGCAGC-ACTT
* *
8932 AAACACTTCAATTT-CAGTACTT
1 TAACACTTCAATTTGCAGCACTT
* *
8954 AAACACTTCAATTTGCAACA-TT
1 TAACACTTCAATTTGCAGCACTT
*
8976 TAAGCACTTCAATTTACAGCA-TT
1 TAA-CACTTCAATTTGCAGCACTT
8999 TAAACACTTCAATTTGCAGCA-TT
1 T-AACACTTCAATTTGCAGCACTT
* *
9022 CAAACACTTCAATTTGCAACACTT
1 -TAACACTTCAATTTGCAGCACTT
*
9046 TAACACTTCAATTTACAGCA-TT
1 TAACACTTCAATTTGCAGCACTT
9068 TAAGCACTTCAATTTGCAGCACTT
1 TAA-CACTTCAATTTGCAGCACTT
* ** *
9092 TTACA-TCTCAATTAACAACA-TT
1 TAACACT-TCAATTTGCAGCACTT
* *
9114 TATACACCTCAA-TTACAGCGA--T
1 TA-ACACTTCAATTTGCAGC-ACTT
* * *
9136 AAACA-TCTC-ATGTCCAGCAAC-T
1 TAACACT-TCAATTTGCAGC-ACTT
* *
9158 AAACACTTCAATTTGCAGTACTT
1 TAACACTTCAATTTGCAGCACTT
* *
9181 AAACACTTCAATTTGCAACA-TT
1 TAACACTTCAATTTGCAGCACTT
*
9203 TAAGCAC-TCAATTTACAGCA-TT
1 TAA-CACTTCAATTTGCAGCACTT
**
9225 TAAACACTTCAATTTATAGCA-TT
1 T-AACACTTCAATTTGCAGCACTT
*
9248 TCAAACACTTCAATTTACAGCA-TT
1 T--AACACTTCAATTTGCAGCACTT
*
9272 TAAGACTTCAATTTGCAGCACTT
1 TAACACTTCAATTTGCAGCACTT
9295 TA
1 TA
9297 CATCTCAATT
Statistics
Matches: 4186, Mismatches: 715, Indels: 884
0.72 0.12 0.15
Matches are distributed among these distances:
19 1 0.00
20 53 0.01
21 179 0.04
22 920 0.22
23 2560 0.61
24 315 0.08
25 53 0.01
26 20 0.00
27 12 0.00
28 32 0.01
29 11 0.00
30 10 0.00
31 13 0.00
32 2 0.00
33 2 0.00
34 3 0.00
ACGTcount: A:0.37, C:0.24, G:0.07, T:0.32
Consensus pattern (23 bp):
TAACACTTCAATTTGCAGCACTT
Found at i:9419 original size:202 final size:200
Alignment explanation
Indices: 4647--9273 Score: 1128
Period size: 204 Copynumber: 22.7 Consensus size: 200
4637 ACAGCATTTA
* *
4647 AACACTTCAATTTGCAGCA-TTCAAACACTTCAATTTGCAGCACTTT-AACACTTCAATTTACAG
1 AACACTTCAATTTACAGCACTT-AAACACTTCAATTTGCAACA-TTTAAACACTTCAATTTACAG
* * * * *
4710 CATTTAAGCACTTCAATTTGCAGCACTTT-TACA-TCTCAATTAACAACATTTATACACCTCAA-
64 C-TTTAA-CACTTCAATTTACAGCA-TTTAAACACT-TCAATTTACAGCATTTA-ACACTTCAAT
* ** * * ** * * * *
4772 TTACAGCGA-TAAAACATCTCAATGT-CCAGCAACTAAACA-CT-AATTTGCAG-TACTTAACA-
124 TTGCAGC-ACT-TTACATCTCAAT-TAACAACATTTATACACCTCAA-TTACAGCGA-TAAACAT
* * * **
4831 CTTCAATTTGCAACATTT
184 C-TCAATGTCCAGCAACT
* * * *
4849 AAGCACTTCAATTTACAGCATTTAAACACTTCAATTT--AGCATTCAAACACTTCAATTTGCAGC
1 AA-CACTTCAATTTACAGCACTTAAACACTTCAATTTGCAACATTTAAACACTTCAATTTACAG-
* *
4912 ACTTTAACACTTCAA-TTACAGCATTTAAGCACTTCAATTTGCAGCACTTTTAACA-TCTCAATT
64 -CTTTAACACTTCAATTTACAGCATTTAAACACTTCAATTTACAGCA--TTTAACACT-TCAATT
** * * * * * * * * * *
4975 AACAACATTTATACACCTCAATT-ACAGCGA-TAAAACATCTCAATGTCCAGCAACTATACA-CT
125 TGCAGCACTT-TACATCTCAATTAACAAC-ATTTATACACCTCAAT-TACAGCGA-TAAACATC-
* *
5037 TCAATTTCCAG-TACTT
185 TCAATGTCCAGCAAC-T
* * * * * *
5053 AAACACTTCAATTTGCAACATTTAAGCACTTCAATTTACAGCATTTAAACACTTCAATTTACA--
1 -AACACTTCAATTTACAGCACTTAAACACTTCAATTTGCAACATTTAAACACTTCAATTTACAGC
* *
5116 TTCAAACACTTCAATTTGCAGCACTTT-AACACTTCAATTTACAGCATTTAAGCACTTCAATTTG
65 TT-TAACACTTCAATTTACAGCA-TTTAAACACTTCAATTTACAGCATTTAA-CACTTCAATTTG
*
5180 CAGCACTTTTACATCTCAATTAACAACATTTATACACCTCAATTACAGCGATAAAACATCTCCAT
127 CAGCAC-TTTACATCTCAATTAACAACATTTATACACCTCAATTACAGCGAT-AAACATCTCAAT
5245 GTCCAGCAACT
190 GTCCAGCAACT
* * *
5256 AAACACTTCAATTTTCAG-TCTTAAACACTTCAATTTGCAACATTTAAGCAC-TCAATTTACAGC
1 -AACACTTCAATTTACAGCACTTAAACACTTCAATTTGCAACATTTAAACACTTCAATTTACAGC
* * * *
5319 ATTTAAACACTTCAATTTATAGCATTCAAACACTTCAATTTGCAGCACTTTAACACTTCAATTTA
65 -TTT-AACACTTCAATTTACAGCATTTAAACACTTCAATTTACAGCA-TTTAACACTTCAATTTG
** * * * * *
5384 CAGCA-TTTAAGCA-CTTCAATTTGCAGCACTTTA-ACATCTCAATTAACAAC-ATTTATACACC
127 CAGCACTTT-A-CATC-TCAATTAACAACA-TTTATACACCTCAATT-ACAGCGA--TAAACATC
* *
5445 TCAAT-TACAGCGA-T
185 TCAATGTCCAGCAACT
* * * * ** * *
5459 AAAACATCTC-ATGTCCAGCAAC-TAAACACTTCAATTTTCAGTACTTAAACACTTCAATTTGCA
1 AACAC-T-TCAATTTACAGC-ACTTAAACACTTCAATTTGCAACATTTAAACACTTCAATTTACA
* * *
5522 ACATTTAAGCACTTCAATTTACAGCATTTAAACACTTCAATTT-TAGCATTCAAACACTTCAATT
63 GC-TTTAA-CACTTCAATTTACAGCATTTAAACACTTCAATTTACAGCATT-TAACACTTCAATT
* * * * **
5586 TGCAGCACTTTAACA-CTTCAATTTACAGCATTTA-AGCACTTCAATTTGCAGC-ACTTTTACAT
125 TGCAGCACTTT-ACATC-TCAATTAACAACATTTATA-CACCTCAA-TTACAGCGA--TAAACAT
* * **
5648 CTCAAT-TAACAACATTT
184 CTCAATGT-CCAGCAACT
* * * * * ** *
5665 ATACACCTCAA-TTACAGCGA-TAAAACA-TCTCAATGTCCAGCAACTAAACACTTCAATTTGCA
1 A-ACACTTCAATTTACAGC-ACTTAAACACT-TCAATTTGCAACATTTAAACACTTCAATTTACA
* * * *
5727 GTACTTAAACACTTCAATTTGCAACATTTAAGCACTTCAATTTACAGCATTTAAACACTTTCAAT
63 G--CTTTAACACTTCAATTTACAGCATTTAAACACTTCAATTTACAGCATTT-AACAC-TTCAAT
* ** * * **
5792 TTGCAGCA-TTCAAACA-CTTCAATTTGCAGCACTTTA-ACACTTCAATTTACAGC-ACTTTACA
124 TTGCAGCACTT--TACATC-TCAATTAACAACA-TTTATACACCTCAA-TTACAGCGA-TAAACA
* * **
5853 CTCTCAAT-TAACAACATTT
183 -TCTCAATGT-CCAGCAACT
* * * * * ** *
5872 ATACACCTCAA-TTACAGCGA-TAAAACA-TCTCAATGTCCAGCA-ACAAACACTTCAATTTGCA
1 A-ACACTTCAATTTACAGC-ACTTAAACACT-TCAATTTGCAACATTTAAACACTTCAATTTACA
* * * *
5933 GTACTTAAACACTTCAATTTGCAACATTTAAGCACTTCAATTTACAGCATTTAAACACTTCAATT
63 G--CTTTAACACTTCAATTTACAGCATTTAAACACTTCAATTTACAGCATTT-AACACTTCAATT
** * ** * * *
5998 TATAGCA-TTCAAACA-CTTCAATTTGCAGCACTTTA-ACACTTCAATTTACAGC-ATTTAAGCA
125 TGCAGCACTT--TACATC-TCAATTAACAACA-TTTATACACCTCAA-TTACAGCGA--TAAACA
* *
6059 -CTTCAATTTGCAGC-ACTTT
183 TC-TCAATGTCCAGCAAC--T
* * * * * * * * * * *
6078 TACA-TCTCAATTAACAACATTTATACACCTCAA-TTACAGCGA--TAAA-AATCTCAATGTCCA
1 AACACT-TCAATTTACAGCACTTAAACACTTCAATTTGCAAC-ATTTAAACACT-TCAATTTACA
* * * * * * * *
6138 GCAACTAAACACTTTAATTTGCAGTACTTAAACACTTCAATTTGCAACATTTAAGCACTTCAATT
63 GC--TTTAACACTTCAATTTACAGCATTTAAACACTTCAATTTACAGCATTTAA-CACTTCAATT
* * ** * * * * * *
6203 TACAGCA-TTTGAACA-CTTGAATTTGCAGCATTCAAACACTTCAATTTGCAGC-ACTTTAACA-
125 TGCAGCACTTT--ACATC-TCAATTAACAACATTTATACACCTCAA-TTACAGCGA--TAAACAT
* * *
6264 CTTCAATTTAAACACCAAC-
184 C-TCAATGT--CCAGCAACT
* * **** * * * ** *
6283 -ACACAT-ACA-CTACCATGCAGC--AAACAC-T-AAACAACACCAATCACAACACACCACTTTA
1 AACACTTCA-ATTTA-CA-GCA-CTTAAACACTTCAATTTGCAACATTTA-AACACTTCAATTTA
** ** ** * * ****
6341 -AGCACTATTACAACAAATTCACCAAACACACCAACAC--CAATTTACGCAGCATTTAAGCACTT
61 CAGCTTTAACACTTC-AATTTA-C-AGCATTTAAACACTTCAATTTA--CAGCATTTAA-CACTT
6403 CAATTTGCAGCACTTTACATCTCAATTAACAACATTTATACACCTCAATTACAGCGATAAAACAT
120 CAATTTGCAGCACTTTACATCTCAATTAACAACATTTATACACCTCAATTACAGCGAT-AAACAT
6468 CTCAATGTCCAGCAACT
184 CTCAATGTCCAGCAACT
* * *
6485 AAACACTTCAATTTGCAGTACTTAAACACTTCAATTTGCAACATTTAAGCACTTCAATTTACAGC
1 -AACACTTCAATTTACAGCACTTAAACACTTCAATTTGCAACATTTAAACACTTCAATTTACAGC
* * * *
6550 ATTTAAACACTTCAATTTATAGCATTCAAACACTTCAATTTGCAGCACTTTAACACTTCAATTTA
65 -TTT-AACACTTCAATTTACAGCATTTAAACACTTCAATTTACAGCA-TTTAACACTTCAATTTG
* * ** *
6615 CAGCA-TTTAAGCA-CTTCAATTTGTAGCACTTTACATCTCAATTA-ACAACATTTATACAGCGA
127 CAGCACTTT-A-CATC-TCAA--T-TA--AC--AACAT-T-TA-TACACCTCA-AT-TACAGCGA
6677 TAAAACATCTCAATGTCCAGCAACT
177 T-AAACATCTCAATGTCCAGCAACT
* * * *
6702 ATACACTTCAATTTGCAGTACTTAAACACTTCAATTTGCAACATTTAAGCACTTCAATTTACATC
1 A-ACACTTCAATTTACAGCACTTAAACACTTCAATTTGCAACATTTAAACACTTCAATTTACAGC
* * * * *
6767 ATTTAAACACTTTAATTTGCAGCATTCAAACACTTCAATTTGCAGCACTTTAACACTTCAATTTA
65 -TTT-AACACTTCAATTTACAGCATTTAAACACTTCAATTTACAGCA-TTTAACACTTCAATTTG
** * * * * *
6832 CAGCA-TTTAAGCA-CTTCAATTTGCAGCACTTT-TACATCTCAATTAACAAC-ATTTATACACC
127 CAGCACTTT-A-CATC-TCAATTAACAACA-TTTATACACCTCAATT-ACAGCGA--TAAACATC
* *
6893 TCAAT-TACAGCGA-T
185 TCAATGTCCAGCAACT
* * * * * *
6907 AAAACATCTCAATGTCCAGCAAC-TAAACACTTCAATTTTC-A-GTCTTAAACACTTCAATTTGC
1 AACAC-T-TCAATTTACAGC-ACTTAAACACTTCAATTTGCAACAT-TTAAACACTTCAATTTAC
* * *
6969 AACATTTAAGCACTTCAATTT--AGCATTTAAACACTTCAATTT-GAGCATTCAAACACTTCAAT
62 AGC-TTTAA-CACTTCAATTTACAGCATTTAAACACTTCAATTTACAGCATT-TAACACTTCAAT
* * * * **
7031 TTGCAGCACTTTAACA-CTTCAATTTACAGCATTTA-AGCACTTCAATTTGCAGC-ACTTTACAT
124 TTGCAGCACTTT-ACATC-TCAATTAACAACATTTATA-CACCTCAA-TTACAGCGA-TAAACAT
* * **
7093 CTCAAT-TAACAACATTT
184 CTCAATGT-CCAGCAACT
* * * * * ** *
7110 ATACACCTCAA-TTACAGCGA-TAAAACA-TCTCAATGTCCAGCAACTAAACACTTCAATTT-TA
1 A-ACACTTCAATTTACAGC-ACTTAAACACT-TCAATTTGCAACATTTAAACACTTCAATTTACA
* * * *
7171 GTACTTAAACACTTCAATTTGCAACATTTAAGCACTTCAATTTACAGCATTTAAACACTTCAATT
63 G--CTTTAACACTTCAATTTACAGCATTTAAACACTTCAATTTACAGCATTT-AACACTTCAATT
* * ** * * *
7236 TGCATCA-TTCAACA-CTTCAATTTGCAGCACTTTA-ACACTTCAATTTACAGC-ATTTAAGCA-
125 TGCAGCACTT-TACATC-TCAATTAACAACA-TTTATACACCTCAA-TTACAGCGA--TAAACAT
* *
7296 CTTCAATTTGCAGC-ACTTT
184 C-TCAATGTCCAGCAAC--T
* * * * * * * * * * *
7315 TACA-TCTCAATTAACAACATTTATACACCTCAA-TTACAGCGA-TAAAACA-TCTC-ATGTCCA
1 AACACT-TCAATTTACAGCACTTAAACACTTCAATTTGCAAC-ATTTAAACACT-TCAATTTACA
* * * * *
7375 GCAACTAAACACTTCAATTTTCAG--TCTTAAACACTTCAATTTGCAACATTTAAGCACTTCAAT
63 GC--TTTAACACTTCAATTTACAGCAT-TTAAACACTTCAATTTACAGCATTTAA-CACTTCAAT
* * ** * * * * * *
7438 TTACAGCA-TTTA-AACTTCAATTTGCAGCATTCAAACACTTCAATTTGCAGC-ACTTTAACA-C
124 TTGCAGCACTTTACATC-TCAATTAACAACATTTATACACCTCAA-TTACAGCGA--TAAACATC
* * **
7499 TTCAATTTACAGCATTT
185 -TCAATGTCCAGCAACT
* ** ** * *
7516 AAGCACTTCAATTTGCAGCACTTTTACA-TCTCAATTAACAACATTTATACACCTCAA-TTACAG
1 AA-CACTTCAATTTACAGCACTTAAACACT-TCAATTTGCAACATTTAAACACTTCAATTTACAG
** * * * ** * * *
7579 CGATAAAACATCTCAATGTCCAGCAACTAAACACTTCAATTTGCAGTACTTAAACACTTCAATTT
64 CTTTAACAC-T-TCAATTTACAGCATTTAAACACTTCAATTTACAGCA-TTTAACACTTCAATTT
* * * * * *
7644 GCAACA-TTTAAGCA-CTTCAATTTACAGCATTTAAACACTTCAATT-TAGC-ATTCAAACA-CT
126 GCAGCACTTT-A-CATC-TCAATTAACAACATTTATACACCTCAATTACAGCGA-T-AAACATC-
* *
7704 TCAATTTGCAGC-ACTTT
185 TCAATGTCCAGCAAC--T
* * * * * *
7721 AACACTTCAATTTACAGCATTTAAGCACTTCAATTTGCAGCACTTT-TACA-TCTCAATTAACAA
1 AACACTTCAATTTACAGCACTTAAACACTTCAATTTGCAACA-TTTAAACACT-TCAATTTACAG
* * * * * * *
7784 CATTTATACACCTCAA-TTACAGGA-TAAAACA-TCTCAATGTCCAGCAACTAAACACTTCAATT
64 C-TTTA-ACACTTCAATTTACAGCATTTAAACACT-TCAATTTACAGC-ATTTAACACTTCAATT
* * ** *
7846 TGCAGTACTTAAACA-CTTCAATTTGCAACATTTA-AGCACTTCAATTTACAGC-ATTTAAACA-
125 TGCAGCACTT-TACATC-TCAATTAACAACATTTATA-CACCTCAA-TTACAGCGA--TAAACAT
* * * *
7907 CTTCAATTTGCAGCATTCAA
184 C-TCAATGTCCAGCA-AC-T
* * * * ** * *
7927 AACACTTCAATTTGCAGCACTTTAACACTTC-ATTTACAGCACTTTTTACA-TCTCAATTAACAA
1 AACACTTCAATTTACAGCACTTAAACACTTCAATTTGCAACA-TTTAAACACT-TCAATTTACAG
* * * * * *
7990 CATTTATACACCTCAA-TTACAG-A-TAAAACA-TCTC-ATGTCCAGCAACTAAACACTTCAATT
64 C-TTTA-ACACTTCAATTTACAGCATTTAAACACT-TCAATTTACAGC-ATTTAACACTTCAATT
* * * ** *
8050 TTCAG-TCTTAAACA-CTTCAATTTGCAACATTTA-AGCACTTCAATTTACAGC-ATTTAAACA-
125 TGCAGCACTT-TACATC-TCAATTAACAACATTTATA-CACCTCAA-TTACAGCGA--TAAACAT
* ** * *
8110 CTTCAATTTGTAGCATTCA
184 C-TCAATGTCCAGCA-ACT
* * * * * *
8129 AACACTTCAATTTGCAGCACTTTAACACTTCAATTTACAGCATTTAAGCACTTCAATTTGCAGCA
1 AACACTTCAATTTACAGCACTTAAACACTTCAATTTGCAACATTTAAACACTTCAATTTACAG--
* * * * ** *
8194 CTTT-ACA-TCTCAATTAACAACATTTATACACCTCAA-TTACAGCGATAAAACA-TCTCAATGT
64 CTTTAACACT-TCAATTTACAGCATTTAAACACTTCAATTTACAGC-ATTTAACACT-TCAATTT
* ** * * ** * * * * * *
8255 CCAGCAACTAAAACA-CTTTAATTTACAGTAGTTAAACACTTCAATTTGCAAC-ATTTAAGCA-C
126 GCAGC-ACT-TTACATC-TCAATTAACAACATTTATACACCTCAA-TTACAGCGA--TAAACATC
* * **
8317 TTCAATTTACAGCATTT
185 -TCAATGTCCAGCAACT
* *
8334 AAACACTTCAATTTGCAGCA-TTCAAACACTTCAATTTGCAGCACTTT-AACACTTCAATTTACA
1 -AACACTTCAATTTACAGCACTT-AAACACTTCAATTTGCAACA-TTTAAACACTTCAATTTACA
* * * *
8397 GCATTTAAGCACTTCAATTTGCAGCACTTT--ACA-TCTCAATTAACAACATTTATACACCTCAA
63 GC-TTTAA-CACTTCAATTTACAGCA-TTTAAACACT-TCAATTTACAGCATTTA-ACACTTCAA
* ** * * ** * * * *
8459 -TTACAGCGA-TAAACATCTCAATGT-CCAGCAACTAAACACTTCAATTTGCAGTAC-TTAAACA
123 TTTGCAGC-ACTTTACATCTCAAT-TAACAACATTTATACACCTCAA-TTACAG--CGATAAACA
* * * **
8520 -CTTCAATTTGCAACATTT
183 TC-TCAATGTCCAGCAACT
* ** * * *
8538 AAGCACTTCAATTTACAGCATTTAAACACTTCAATTTATAGCATTCAAACACTTCAATTTGCAGC
1 AA-CACTTCAATTTACAGCACTTAAACACTTCAATTTGCAACATTTAAACACTTCAATTTACAG-
* * *
8603 ACTTTAACACTTCAATTTACAGCATTTAAGCACTTCAATTTGCAGCACTTTTACA-TCTCAA-TT
64 -CTTTAACACTTCAATTTACAGCATTTAAACACTTCAATTTACAGCA-TTTAACACT-TCAATTT
* * * * * * * *
8666 --A--AC--AACAT-T-TA-T-ACAGCGA-TAAAACATCTC-ATGTCCAGCAACTAAACA-CT-A
126 GCAGCACTTTACATCTCAATTAACAAC-ATTTATACACCTCAAT-TACAGCGA-TAAACATCTCA
* *
8717 AT-TTCAG-TACTT
188 ATGTCCAGCAAC-T
* * * * * * *
8729 AAACACTTCAATTTGCAACATTTAAGCACTTCAATTTACAGCATTTAAACACTTCAATTTGCAGC
1 -AACACTTCAATTTACAGCACTTAAACACTTCAATTTGCAACATTTAAACACTTCAATTTACAGC
* *
8794 ATTCAAACACTTCAATTTGCA-C-TTT-AACACTTCAATTTACAGCATTTAAGCACTTCAATTTG
65 -TT-TAACACTTCAATTTACAGCATTTAAACACTTCAATTTACAGCATTTAA-CACTTCAATTTG
8856 CAGCACTTTTACATCTCAATTAACAACATTTATACACCTCAATTACAGCGATAAAACATCTCAAT
127 CAGCAC-TTTACATCTCAATTAACAACATTTATACACCTCAATTACAGCGAT-AAACATCTCAAT
8921 GTCCAGCAACT
190 GTCCAGCAACT
* *
8932 AAACACTTCAATTT-CAGTACTTAAACACTTCAATTTGCAACATTTAAGCACTTCAATTTACAGC
1 -AACACTTCAATTTACAGCACTTAAACACTTCAATTTGCAACATTTAAACACTTCAATTTACAGC
* * * * *
8996 ATTTAAACACTTCAATTTGCAGCATTCAAACACTTCAATTTGCAACACTTTAACACTTCAATTTA
65 -TTT-AACACTTCAATTTACAGCATTTAAACACTTCAATTTACAGCA-TTTAACACTTCAATTTG
** * * * * *
9061 CAGCA-TTTAAGCA-CTTCAATTTGCAGCACTTT-TACATCTCAATTAACAAC-ATTTATACACC
127 CAGCACTTT-A-CATC-TCAATTAACAACA-TTTATACACCTCAATT-ACAGCGA--TAAACATC
* *
9122 TCAAT-TACAGCGA-T
185 TCAATGTCCAGCAACT
* * ** * *
9136 AA-ACATCTC-ATGTCCAGCAAC-TAAACACTTCAATTTGCAGTACTTAAACACTTCAATTTGCA
1 AACAC-T-TCAATTTACAGC-ACTTAAACACTTCAATTTGCAACATTTAAACACTTCAATTTACA
* *
9198 ACATTTAAGCAC-TCAATTTACAGCATTTAAACACTTCAATTTATAGCATTTCAAACACTTCAAT
63 GC-TTTAA-CACTTCAATTTACAGCATTTAAACACTTCAATTTACAGCATTT--AACACTTCAAT
*
9262 TTACAGCA-TTTA
124 TTGCAGCACTTTA
9274 AGACTTCAAT
Statistics
Matches: 3544, Mismatches: 565, Indels: 631
0.75 0.12 0.13
Matches are distributed among these distances:
187 4 0.00
188 23 0.01
189 7 0.00
190 3 0.00
191 76 0.02
192 6 0.00
193 4 0.00
194 12 0.00
195 12 0.00
196 5 0.00
197 2 0.00
198 2 0.00
199 11 0.00
200 46 0.01
201 132 0.04
202 354 0.10
203 537 0.15
204 787 0.22
205 669 0.19
206 452 0.13
207 179 0.05
208 20 0.01
209 2 0.00
210 3 0.00
211 3 0.00
212 1 0.00
213 4 0.00
214 2 0.00
215 6 0.00
216 4 0.00
217 176 0.05
ACGTcount: A:0.37, C:0.24, G:0.07, T:0.32
Consensus pattern (200 bp):
AACACTTCAATTTACAGCACTTAAACACTTCAATTTGCAACATTTAAACACTTCAATTTACAGCT
TTAACACTTCAATTTACAGCATTTAAACACTTCAATTTACAGCATTTAACACTTCAATTTGCAGC
ACTTTACATCTCAATTAACAACATTTATACACCTCAATTACAGCGATAAACATCTCAATGTCCAG
CAACT
Found at i:9420 original size:14 final size:14
Alignment explanation
Indices: 9401--9438 Score: 67
Period size: 14 Copynumber: 2.6 Consensus size: 14
9391 AATTTGCAAC
9401 ATTTAAGCACTTCA
1 ATTTAAGCACTTCA
9415 ATTTAAGCACTTCA
1 ATTTAAGCACTTCA
9429 ATTTATAGCA
1 ATTTA-AGCA
9439 TTTAAAACTT
Statistics
Matches: 23, Mismatches: 0, Indels: 1
0.96 0.00 0.04
Matches are distributed among these distances:
14 19 0.83
15 4 0.17
ACGTcount: A:0.37, C:0.18, G:0.08, T:0.37
Consensus pattern (14 bp):
ATTTAAGCACTTCA
Found at i:9430 original size:59 final size:60
Alignment explanation
Indices: 9363--9486 Score: 169
Period size: 59 Copynumber: 2.1 Consensus size: 60
9353 CCAGCAACAA
* * *
9363 CACTTCAATTTACAGTACTTAAAACTTCAATTTGCAACATTTAAGCACTTCAATTT-AAG
1 CACTTCAATTTACAGCACTTAAAACTTCAATTTGCAACATTCAAACACTTCAATTTCAAG
* * * * *
9422 CACTTCAATTTATAGCATTTAAAACTTCAATTTGTAGCATTCAAACACTTCAATTTCCAG
1 CACTTCAATTTACAGCACTTAAAACTTCAATTTGCAACATTCAAACACTTCAATTTCAAG
9482 CACTT
1 CACTT
9487 TAACACTTCA
Statistics
Matches: 56, Mismatches: 8, Indels: 1
0.86 0.12 0.02
Matches are distributed among these distances:
59 49 0.88
60 7 0.12
ACGTcount: A:0.35, C:0.22, G:0.06, T:0.36
Consensus pattern (60 bp):
CACTTCAATTTACAGCACTTAAAACTTCAATTTGCAACATTCAAACACTTCAATTTCAAG
Found at i:9475 original size:23 final size:22
Alignment explanation
Indices: 9417--9728 Score: 116
Period size: 23 Copynumber: 13.7 Consensus size: 22
9407 GCACTTCAAT
*
9417 TTAAGCACTTCAATTTATAGCA
1 TTAAACACTTCAATTTATAGCA
*
9439 TTTAAA-ACTTCAATTTGTAGCA
1 -TTAAACACTTCAATTTATAGCA
**
9461 TTCAAACACTTCAATTTCCAGCA
1 TT-AAACACTTCAATTTATAGCA
*
9484 CTTTAACACTTCAATTT-TGCAGCA
1 -TTAAACACTTCAATTTAT--AGCA
* * * *
9508 CTTTAACA-TCTCAATTAACAACA
1 -TTAAACACT-TCAATTTATAGCA
* * *
9531 TTTATACAC--CTATATTACAGCGA
1 -TTAAACACTTCAAT-TTATAGC-A
* * **
9554 TAAAACA-TCTCAATGTCCAGCAA
1 TTAAACACT-TCAATTTATAGC-A
* * * *
9577 CTAAACACTTTAATTTAGAGTA
1 TTAAACACTTCAATTTATAGCA
* ** *
9599 GTTAAACACTTTAATTTGCAACA
1 -TTAAACACTTCAATTTATAGCA
* * *
9622 TTTTAGCACTTCAATTTACAGCA
1 -TTAAACACTTCAATTTATAGCA
**
9645 TTTAAACACTTCAATTTGCAGCA
1 -TTAAACACTTCAATTTATAGCA
**
9668 TTCAAACACTTCAATTTGCAGCA
1 TT-AAACACTTCAATTTATAGCA
* *
9691 CTT-AACACTTCAATTTACAACA
1 -TTAAACACTTCAATTTATAGCA
*
9713 TTAAGCACTTCAATTT
1 TTAAACACTTCAATTT
9729 GCAGTACTTT
Statistics
Matches: 226, Mismatches: 45, Indels: 37
0.73 0.15 0.12
Matches are distributed among these distances:
21 7 0.03
22 60 0.27
23 133 0.59
24 26 0.12
ACGTcount: A:0.37, C:0.22, G:0.07, T:0.34
Consensus pattern (22 bp):
TTAAACACTTCAATTTATAGCA
Found at i:9748 original size:44 final size:44
Alignment explanation
Indices: 9604--9758 Score: 161
Period size: 44 Copynumber: 3.5 Consensus size: 44
9594 GAGTAGTTAA
* * * *
9604 ACACTTTAATTTGCAACATTTTAGCACTTCAATTTACAGCA-TTT
1 ACACTTCAATTTACAACA-TTAAGCACTTCAATTTGCAGCACTTT
* * * *
9648 AAACACTTCAATTTGCAGCATTCAAACACTTCAATTTGCAGCACTTA
1 --ACACTTCAATTTACAACATT-AAGCACTTCAATTTGCAGCACTTT
*
9695 ACACTTCAATTTACAACATTAAGCACTTCAATTTGCAGTACTTT
1 ACACTTCAATTTACAACATTAAGCACTTCAATTTGCAGCACTTT
*
9739 ACA-TCTCAATTAACAACATT
1 ACACT-TCAATTTACAACATT
9759 TATACAGCGA
Statistics
Matches: 94, Mismatches: 12, Indels: 8
0.82 0.11 0.07
Matches are distributed among these distances:
43 1 0.01
44 38 0.40
45 20 0.21
46 33 0.35
47 2 0.02
ACGTcount: A:0.35, C:0.23, G:0.06, T:0.35
Consensus pattern (44 bp):
ACACTTCAATTTACAACATTAAGCACTTCAATTTGCAGCACTTT
Found at i:9843 original size:23 final size:23
Alignment explanation
Indices: 9812--10109 Score: 272
Period size: 23 Copynumber: 13.0 Consensus size: 23
9802 AATTTTCGTC
*
9812 TTAAACACTTCAATTTGCAACAT
1 TTAAACACTTCAATTTGCAGCAT
* *
9835 TTAAGCACTTCAATTTACAGCAT
1 TTAAACACTTCAATTTGCAGCAT
9858 TTAAACACTTCAATTTGCAGCAT
1 TTAAACACTTCAATTTGCAGCAT
*
9881 TCAAACACTTCAATTTGCAGCACT
1 TTAAACACTTCAATTTGCAGCA-T
*
9905 TT-AACACTTCAATTTACAGCAT
1 TTAAACACTTCAATTTGCAGCAT
*
9927 TTAAGCACTTCAATTTGCAGCACT
1 TTAAACACTTCAATTTGCAGCA-T
* ** *
9951 TT-TACA-TCTCAATTAACAACAT
1 TTAAACACT-TCAATTTGCAGCAT
* * *
9973 TTATACACCTCAA-TTACAGCGA-
1 TTAAACACTTCAATTTGCAGC-AT
* * * *
9995 TAAAACA-TCTCAATGTCCAGCAA
1 TTAAACACT-TCAATTTGCAGCAT
*
10018 CTAAACACTTCAATTTGCA--AT
1 TTAAACACTTCAATTTGCAGCAT
*
10039 CCTTAAACACTTCAATTTGCAACAT
1 --TTAAACACTTCAATTTGCAGCAT
* *
10064 TTAAGCACTTCAATTTACAGCAT
1 TTAAACACTTCAATTTGCAGCAT
10087 TT-AACACTTCAATTTGCAAGCAT
1 TTAAACACTTCAATTTGC-AGCAT
10110 ACACTTCAAT
Statistics
Matches: 225, Mismatches: 34, Indels: 32
0.77 0.12 0.11
Matches are distributed among these distances:
21 1 0.00
22 35 0.16
23 181 0.80
24 6 0.03
25 2 0.01
ACGTcount: A:0.36, C:0.24, G:0.07, T:0.33
Consensus pattern (23 bp):
TTAAACACTTCAATTTGCAGCAT
Found at i:13537 original size:21 final size:21
Alignment explanation
Indices: 13505--13545 Score: 50
Period size: 21 Copynumber: 2.0 Consensus size: 21
13495 GAACAATTGG
13505 TGTATAGGCTAAGAA-AGGCCT
1 TGTATAGGCTAA-AACAGGCCT
13526 TGTAT-GGCCTAAAACAGGCC
1 TGTATAGG-CTAAAACAGGCC
13546 CCTCGAGCCT
Statistics
Matches: 18, Mismatches: 0, Indels: 4
0.82 0.00 0.18
Matches are distributed among these distances:
20 4 0.22
21 14 0.78
ACGTcount: A:0.32, C:0.20, G:0.27, T:0.22
Consensus pattern (21 bp):
TGTATAGGCTAAAACAGGCCT
Found at i:15148 original size:23 final size:22
Alignment explanation
Indices: 15124--23923 Score: 2872
Period size: 23 Copynumber: 387.0 Consensus size: 22
15114 GCACCAACAC
15124 TTTAACACTTCAATTTGCAGCA
1 TTTAACACTTCAATTTGCAGCA
* ** *
15146 CTTTAACA-TCTCAACTAACAACA
1 -TTTAACACT-TCAATTTGCAGCA
*
15169 TTTAAACACCTCAATTAT--AGCGA
1 TTT-AACACTTCAATT-TGCAGC-A
** * *
15192 TAAAACA-TCTCAATGTCCAGCA
1 TTTAACACT-TCAATTTGCAGCA
** *
15214 ACTAAACACTTCAATTTGCAGTA
1 TTTAA-CACTTCAATTTGCAGCA
* * * *
15237 CTTAAATACTTCGATTTGCAACA
1 -TTTAACACTTCAATTTGCAGCA
* *
15260 TTTAAGCACATCAATTTACAGCA
1 TTTAA-CACTTCAATTTGCAGCA
*
15283 TTTAAACACTTCAATTTGTAGCA
1 TTT-AACACTTCAATTTGCAGCA
*
15306 TTCAAACACTTCAATTTGCAGCA
1 TT-TAACACTTCAATTTGCAGCA
*
15329 CTTTAACACTTCATTTTGCAGCA
1 -TTTAACACTTCAATTTGCAGCA
** *
15352 CTTTAACA-TCTCAATTAACAACA
1 -TTTAACACT-TCAATTTGCAGCA
* *
15375 TTTATACACCTCAA-TTACAGCA
1 TTTA-ACACTTCAATTTGCAGCA
* * * *
15397 -ATAAAACATCTCAATGTCCAGCAA
1 TTTAACAC-T-TCAATTTGCAGC-A
* * *
15421 CTAAACACTTCAATTTGCAGTA
1 TTTAACACTTCAATTTGCAGCA
* *
15443 CTTAAACACTTCAATTTGCAACA
1 -TTTAACACTTCAATTTGCAGCA
* *
15466 TTTAAGCACATCAATTTACAGCA
1 TTTAA-CACTTCAATTTGCAGCA
**
15489 TTTAAACACTTCAATTTATAGCA
1 TTT-AACACTTCAATTTGCAGCA
* *
15512 TTCAAACACTTCAATTTGCAACA
1 TT-TAACACTTCAATTTGCAGCA
*
15535 CTTTAACACTTCAATTTTCAGCA
1 -TTTAACACTTCAATTTGCAGCA
15558 TTTAAGCACTTCAATTTGCAGCA
1 TTTAA-CACTTCAATTTGCAGCA
* ** *
15581 CTTTTACA-TCTCAATTAACAACA
1 -TTTAACACT-TCAATTTGCAGCA
* *
15604 TTTATACACCTCAA-TTACAGCGA
1 TTTA-ACACTTCAATTTGCAGC-A
** * * *
15627 TAAAACA-TCTCCATGTCCAGCA
1 TTTAACACT-TCAATTTGCAGCA
* * * *
15649 GCTAAACATTTCAATCTT-CAGTCC
1 -TTTAACACTTCAAT-TTGCAG-CA
* *
15673 TTAAACACTTCAATTTGCAACA
1 TTTAACACTTCAATTTGCAGCA
*
15695 TTTAAGCACTTCAATTTACAGCA
1 TTTAA-CACTTCAATTTGCAGCA
15718 TTTAA-ACTTCAATTTGCAGCA
1 TTTAACACTTCAATTTGCAGCA
*
15739 TTCAAACACTTCAATTTGCAGCA
1 TT-TAACACTTCAATTTGCAGCA
*
15762 CTTTAACACTTCAATTTACAGCA
1 -TTTAACACTTCAATTTGCAGCA
15785 TTTAAGCACTTCAATTTGCAGCA
1 TTTAA-CACTTCAATTTGCAGCA
* ** *
15808 CTTTTACA-TCTCAATTAACAACA
1 -TTTAACACT-TCAATTTGCAGCA
* *
15831 TTTATACACCTCAA-TTACAGCGA
1 TTTA-ACACTTCAATTTGCAGC-A
** * *
15854 TAAAACA-TCTCAATGTCCAGCAA
1 TTTAACACT-TCAATTTGCAGC-A
* * *
15877 CTAAACACTTCAATTTGCAGTA
1 TTTAACACTTCAATTTGCAGCA
* *
15899 CTTAAACACTTCAATTTGCAACA
1 -TTTAACACTTCAATTTGCAGCA
* *
15922 TTTAAGCACATCAATTTACAGCA
1 TTTAA-CACTTCAATTTGCAGCA
**
15945 TTTAAACACTTCAATTTATAGCA
1 TTT-AACACTTCAATTTGCAGCA
*
15968 TTCAAACACTTCAATTTGCAGCA
1 TT-TAACACTTCAATTTGCAGCA
*
15991 CTTTAACACTTCAATTTACAGCA
1 -TTTAACACTTCAATTTGCAGCA
*
16014 TTTAAGCACTTCAATTTCCAGCA
1 TTTAA-CACTTCAATTTGCAGCA
* ** *
16037 CTTTTACA-TCTCAATTAACAACA
1 -TTTAACACT-TCAATTTGCAGCA
* *
16060 TTTATACACCTCAA-TTACAGCGA
1 TTTA-ACACTTCAATTTGCAGC-A
** * *
16083 TAAAACA-TCTC-ATGTCCAGCAA
1 TTTAACACT-TCAATTTGCAGC-A
* * * *
16105 CTAAACACTTCAATTT-TAGTA
1 TTTAACACTTCAATTTGCAGCA
* *
16126 CTTAAACACTTCAATTTGCAACA
1 -TTTAACACTTCAATTTGCAGCA
**
16149 TTTAAGCACTTCAATTTATAGCA
1 TTTAA-CACTTCAATTTGCAGCA
*
16172 TTTAAACACTTCAATTTGCACCA
1 TTT-AACACTTCAATTTGCAGCA
*
16195 TTCAAACACTTCAATTTGCAGCA
1 TT-TAACACTTCAATTTGCAGCA
*
16218 CTTTAACACTTCAATTTACAGCA
1 -TTTAACACTTCAATTTGCAGCA
16241 TTTAAGCACTTCAATTTGCAGCA
1 TTTAA-CACTTCAATTTGCAGCA
* ** *
16264 CTTTTACA-TCTCAA-TTAAAACA
1 -TTTAACACT-TCAATTTGCAGCA
* *
16286 TTTATACACCTCAA-TTACAGCGA
1 TTTA-ACACTTCAATTTGCAGC-A
** * *
16309 TAAAACA-TCTCAATGTCCAGCAA
1 TTTAACACT-TCAATTTGCAGC-A
* * *
16332 ATAAACACTTCAATTTGCAGTA
1 TTTAACACTTCAATTTGCAGCA
* * *
16354 CTTAAAACTTCAATTTGCAACA
1 TTTAACACTTCAATTTGCAGCA
*
16376 TTTAAGCACTTCAATTTACAGCA
1 TTTAA-CACTTCAATTTGCAGCA
* *
16399 TTTAAAAACTTCAATTTGTAGCA
1 TTT-AACACTTCAATTTGCAGCA
*
16422 TTCAAACACTTCAATTTGCAGCA
1 TT-TAACACTTCAATTTGCAGCA
*
16445 TTTAAGCACTTCAATTTGCTGCA
1 TTTAA-CACTTCAATTTGCAGCA
* ** *
16468 CTTTTACA-TCTCAATTAACAACA
1 -TTTAACACT-TCAATTTGCAGCA
* *
16491 TTTATACACCTCAA-TTACAGCGA
1 TTTA-ACACTTCAATTTGCAGC-A
*** * *
16514 CAAAACA-TCTCAATGTCCAGCAA
1 TTTAACACT-TCAATTTGCAGC-A
* * *
16537 CTAAACACTTCAATTTGCAGTA
1 TTTAACACTTCAATTTGCAGCA
* *
16559 GTTAAACACTTCAATTTGCAACA
1 -TTTAACACTTCAATTTGCAGCA
* *
16582 TTTAAGCACATCAATTTACAGCA
1 TTTAA-CACTTCAATTTGCAGCA
16605 TTTAAACACTTCAATTTGCAGCA
1 TTT-AACACTTCAATTTGCAGCA
*
16628 TTCAAACACTTCAATTTGCAGCA
1 TT-TAACACTTCAATTTGCAGCA
*
16651 CTTTAACACTTCAATTTACAGCA
1 -TTTAACACTTCAATTTGCAGCA
16674 TTTAAGCACTTCAATTTGCAGCA
1 TTTAA-CACTTCAATTTGCAGCA
* ** *
16697 CTTTTACA-TCTCAATTAACAACA
1 -TTTAACACT-TCAATTTGCAGCA
* *
16720 TTTATACACCTCAA-TTACAGCGA
1 TTTA-ACACTTCAATTTGCAGC-A
** * *
16743 TAAAACA-TCTCAATGTCCAGCAA
1 TTTAACACT-TCAATTTGCAGC-A
* * *
16766 CTAAACACTTCAATTTGCAGTA
1 TTTAACACTTCAATTTGCAGCA
* *
16788 CTTAAACACTTCAATTTGCAACA
1 -TTTAACACTTCAATTTGCAGCA
* *
16811 TTTAAGCAC-ACAATTTACAGCA
1 TTTAA-CACTTCAATTTGCAGCA
**
16833 TTTAAACACTTCAATTTATAGCA
1 TTT-AACACTTCAATTTGCAGCA
*
16856 TTCAAACACTTCAATTTGCAGCA
1 TT-TAACACTTCAATTTGCAGCA
*
16879 CTTTAACACTTCAATTTACAGCA
1 -TTTAACACTTCAATTTGCAGCA
16902 TTTAAGCACTTCAATTTGCAGCA
1 TTTAA-CACTTCAATTTGCAGCA
* ** *
16925 CTTTTACA-TCTCAATTAACAACA
1 -TTTAACACT-TCAATTTGCAGCA
** *
16948 TTTATACAGCGATAAAACATCT-CA--A
1 TTTA-ACA-C--T-TCA-ATTTGCAGCA
* * ** *
16973 TGTCCAGCAACTAAACACTT-CA--A
1 T-T-TAAC-ACTTCA-ATTTGCAGCA
**** * *
16996 TTTCGGTCTTAAACACTT-CA--A
1 TTTAACACTT-CA-ATTTGCAGCA
* * *
17017 TTTGCAACATTTAAGCACTT-CA--A
1 TTT--AACACTTCA--ATTTGCAGCA
* * *
17040 TTTACAGCATTTAAACACTT-CA--A
1 TTTA-A-CACTT-CA-ATTTGCAGCA
* * * *
17063 TTTCCAGCACTTTAACACTT-CA--T
1 TTT--AACAC-TTCA-ATTTGCAGCA
* * ** *
17086 TTTGCAGCACTTTAACAT-C-TCA
1 TTT--AACACTTCAATTTGCAGCA
* * * * *
17108 ATTAACA--ACATTTATACACCTCA
1 TTTAACACTTCAATT-TGCA--GCA
* ** *
17131 ATT-ACAGCGATAAAACATCT-CA--A
1 TTTAACA-C--T-TCA-ATTTGCAGCA
* * ** *
17154 TGTCCAGCAACTAAACACTT-CA--A
1 T-T-TAAC-ACTTCA-ATTTGCAGCA
** * *
17177 TTTGCAGTACTTAAACACTT-CA--A
1 TTT--AACACTT-CA-ATTTGCAGCA
* *
17200 TTTGCAACA-TTTAA---GCACACAA
1 TTT--AACACTTCAATTTGCA-GC-A
* * *
17222 TTTACAGCATTTAAACACTT-CA--A
1 TTTA-A-CACTT-CA-ATTTGCAGCA
*
17245 TTTATAGCA-TTCAAACACTT-CA--A
1 TTTA-A-CACTTC--A-ATTTGCAGCA
* * *
17268 TTTGCAGCACTTTAACACTT-CA--A
1 TTT--AACAC-TTCA-ATTTGCAGCA
* * *
17291 TTTACAGCATTTAAGCACTT-CA--A
1 TTTA-A-CACTTCA--ATTTGCAGCA
* * *
17314 TTTGCAGCACTTTTACATCT-CA--A
1 TTT--AACAC-TTCA-ATTTGCAGCA
* * *
17337 -TTAACA--ACATTTATACAGCGA
1 TTTAACACTTCAATT-TGCAGC-A
** * *
17358 TAAAACA-TCTC-ATGTCCAGCAA
1 TTTAACACT-TCAATTTGCAGC-A
* * *
17380 CTAAACACTTCAATTTGCAGTA
1 TTTAACACTTCAATTTGCAGCA
* *
17402 CTTAAACACTTCAATTTGCAACA
1 -TTTAACACTTCAATTTGCAGCA
*
17425 TTTAAGCACTTCAATTTACAGCA
1 TTTAA-CACTTCAATTTGCAGCA
17448 TTTAAACACTTCAATTTGCAGCA
1 TTT-AACACTTCAATTTGCAGCA
*
17471 TTCAAACACTTCAATTTGCAGCA
1 TT-TAACACTTCAATTTGCAGCA
*
17494 CTTTAACACTTCAATTTACAGCA
1 -TTTAACACTTCAATTTGCAGCA
17517 TTTAAGCACTTCAATTTGCAGCA
1 TTTAA-CACTTCAATTTGCAGCA
** *
17540 CTTT-ACA-TCTCAATTAACAACA
1 -TTTAACACT-TCAATTTGCAGCA
* *
17562 TTTATACACCTCAA-TTACAGCGA
1 TTTA-ACACTTCAATTTGCAGC-A
** * *
17585 TAAAACA-TCTCAATGTCCAGCAA
1 TTTAACACT-TCAATTTGCAGC-A
* * *
17608 CTAAACACTTCAATTTGCAGTA
1 TTTAACACTTCAATTTGCAGCA
* *
17630 CTTAAACACTTCAATTTGCAACA
1 -TTTAACACTTCAATTTGCAGCA
*
17653 TTTAAGCACTTCAATTTACAGCA
1 TTTAA-CACTTCAATTTGCAGCA
17676 TTTAAACACTTCAATTTGCAGCA
1 TTT-AACACTTCAATTTGCAGCA
*
17699 TTCAAACACTTCAATTTGCAGCA
1 TT-TAACACTTCAATTTGCAGCA
17722 CTTTAACACTTCAATTTGCAGCA
1 -TTTAACACTTCAATTTGCAGCA
** *
17745 CTTT-ACA-TCTCAATTAACAACA
1 -TTTAACACT-TCAATTTGCAGCA
* *
17767 TTTAACACCTCAA-TTACAGCGA
1 TTTAACACTTCAATTTGCAGC-A
** * *
17789 TAAAACA-TCTCAATGTCCAGCAA
1 TTTAACACT-TCAATTTGCAGC-A
* * *
17812 CTAAACACTTCAATTTGCAGTA
1 TTTAACACTTCAATTTGCAGCA
* *
17834 CTTAAACACTTCAATTTGCAACA
1 -TTTAACACTTCAATTTGCAGCA
*
17857 TTTAAGCACTTCAATTTACAGCA
1 TTTAA-CACTTCAATTTGCAGCA
*
17880 TTTAAACACTTCAATTTGTAGCA
1 TTT-AACACTTCAATTTGCAGCA
*
17903 TTCAAACACTTCAATTTGCAGCA
1 TT-TAACACTTCAATTTGCAGCA
17926 CTTTAACACTTCAATTTGCAGCA
1 -TTTAACACTTCAATTTGCAGCA
** *
17949 CTTT-ACA-TCTCAATTAACAACA
1 -TTTAACACT-TCAATTTGCAGCA
* *
17971 TTTATACACCTCAA-TTACAGCGA
1 TTTA-ACACTTCAATTTGCAGC-A
** * *
17994 TAAAACA-TCTCAATGTCCAGCAA
1 TTTAACACT-TCAATTTGCAGC-A
* * *
18017 CTAAACACTTCAATTTGCAGTA
1 TTTAACACTTCAATTTGCAGCA
* *
18039 CTTAAACACTTCAATTTGCAACA
1 -TTTAACACTTCAATTTGCAGCA
*
18062 TTTAAGCACTTCAATTTACAGCA
1 TTTAA-CACTTCAATTTGCAGCA
**
18085 TTTAAACACTTCAATTTATAGCA
1 TTT-AACACTTCAATTTGCAGCA
* *
18108 TTCAAACACTTCAATTTGCAACA
1 TT-TAACACTTCAATTTGCAGCA
*
18131 CTTTAACACTTCAATTTACAGCA
1 -TTTAACACTTCAATTTGCAGCA
18154 TTTAAGCACTTCAATTTGCAGCA
1 TTTAA-CACTTCAATTTGCAGCA
* ** *
18177 CTTTTACA-TCTCAATTAACAACA
1 -TTTAACACT-TCAATTTGCAGCA
* *
18200 TTTATACACCTCAA-TTACAGCGA
1 TTTA-ACACTTCAATTTGCAGC-A
** * *
18223 TAAAACA-TCTCAATGTCCAGCAA
1 TTTAACACT-TCAATTTGCAGC-A
* * *
18246 CTAAACACTTCAATTT-CAGTA
1 TTTAACACTTCAATTTGCAGCA
* *
18267 CTTAAACACTTCAATTTGCAACA
1 -TTTAACACTTCAATTTGCAGCA
*
18290 TTTAAGCACTTCAATTTACAGCA
1 TTTAA-CACTTCAATTTGCAGCA
18313 TTTAAACACTTCAATTTGCAGCA
1 TTT-AACACTTCAATTTGCAGCA
*
18336 TTCAAACACTTCAATTTGCAGCA
1 TT-TAACACTTCAATTTGCAGCA
*
18359 CTTTAACACTTCAATTTACAGCA
1 -TTTAACACTTCAATTTGCAGCA
18382 TTTAAGCACTTCAATTTGCAGCA
1 TTTAA-CACTTCAATTTGCAGCA
* ** *
18405 CTTTTACA-TCTCAATTAACAACA
1 -TTTAACACT-TCAATTTGCAGCA
* *
18428 TTTATACACCTCAA-TTACAGCGA
1 TTTA-ACACTTCAATTTGCAGC-A
** * *
18451 TAAAACA-TCTCAATGTCCAGCAA
1 TTTAACACT-TCAATTTGCAGC-A
* * *
18474 CTAAACACTTCAATTTGCAGTA
1 TTTAACACTTCAATTTGCAGCA
* *
18496 CTTAAACACTTCAATTTGCAACA
1 -TTTAACACTTCAATTTGCAGCA
* *
18519 TTTAAGCACATCAATTTACAGCA
1 TTTAA-CACTTCAATTTGCAGCA
**
18542 TTTAAACACTTCAATTTATAGCA
1 TTT-AACACTTCAATTTGCAGCA
* *
18565 TTCAAACACTTCAATTTGCAACA
1 TT-TAACACTTCAATTTGCAGCA
*
18588 CTTTAACACTTCAATTTACAGCA
1 -TTTAACACTTCAATTTGCAGCA
18611 TTTAAGCACTTCAATTTGCAGCA
1 TTTAA-CACTTCAATTTGCAGCA
* ** *
18634 CTTTTACA-TCTCAATTAACAACA
1 -TTTAACACT-TCAATTTGCAGCA
** ** **
18657 TTTATACAGCGATAAAACAT-CTCCA
1 TTTA-ACA-C--TTCAATTTGCAGCA
* * * ** *
18682 TGTCCAGCAAC-TAAACACTACA--A
1 T-T-TAAC-ACTTCAA-TTTGCAGCA
* * * * *
18705 TTT-TCA-GTC--CTT-AAACA
1 TTTAACACTTCAATTTGCAGCA
* * * *
18722 CTTCA-ATTTGCAA----CA--T
1 TTTAACACTT-CAATTTGCAGCA
* * *
18738 TTAAGCACTTCAATTTACAGCA
1 TTTAACACTTCAATTTGCAGCA
18760 TTTAAACACTTCAATTTGCAGCA
1 TTT-AACACTTCAATTTGCAGCA
*
18783 TTCAAACACTTCAATTTGCAGCA
1 TT-TAACACTTCAATTTGCAGCA
*
18806 CTTTAACACTTCAATTTACAGCA
1 -TTTAACACTTCAATTTGCAGCA
18829 TTTAAGCACTTCAATTTGCAGCA
1 TTTAA-CACTTCAATTTGCAGCA
* ** *
18852 CTTTTACA-TCTCAATTAACAACA
1 -TTTAACACT-TCAATTTGCAGCA
* *
18875 TTTATACACCTCAA-TTACAGCGA
1 TTTA-ACACTTCAATTTGCAGC-A
** * *
18898 TAAAACA-TCTCAATGTCCAGCAA
1 TTTAACACT-TCAATTTGCAGC-A
* *
18921 CTAAACACTTCAATTTGC-G-A
1 TTTAACACTTCAATTTGCAGCA
*
18941 TACTTAAACACTTCAATTTGCAACA
1 T--TT-AACACTTCAATTTGCAGCA
*
18966 TTTAAGCACTTCAATTTACAGCA
1 TTTAA-CACTTCAATTTGCAGCA
18989 TTTAAACACTTCAATTT--AGCA
1 TTT-AACACTTCAATTTGCAGCA
*
19010 TTCAAACACTTCAATTTGCAGCA
1 TT-TAACACTTCAATTTGCAGCA
19033 CTTTAACACTTCAATTTGCAGCA
1 -TTTAACACTTCAATTTGCAGCA
** *
19056 CTTTAACA-TCTCAATTAACAACA
1 -TTTAACACT-TCAATTTGCAGCA
* *
19079 TTTATACACCTCAA-TTACAGCGA
1 TTTA-ACACTTCAATTTGCAGC-A
** * *
19102 TAAAACA-TCTCAATGTCCAGCAA
1 TTTAACACT-TCAATTTGCAGC-A
* * *
19125 CTAAACACTTCAATTTGCAGTA
1 TTTAACACTTCAATTTGCAGCA
* *
19147 CTTAAACACTTCAATTTGCAACA
1 -TTTAACACTTCAATTTGCAGCA
*
19170 TTTAAGCACTTCAATTTACAGCA
1 TTTAA-CACTTCAATTTGCAGCA
** *
19193 TTTAAACACTTCAGGTTGTAGCA
1 TTT-AACACTTCAATTTGCAGCA
*
19216 TTCAAACACTTCAATTTGCAGCA
1 TT-TAACACTTCAATTTGCAGCA
19239 CTTTAACACTTCAATTTGCAGCA
1 -TTTAACACTTCAATTTGCAGCA
** *
19262 CTTTAACA-TCTCAATTAACAACA
1 -TTTAACACT-TCAATTTGCAGCA
* *
19285 TTTATACACCTCAA-TTACAGCGA
1 TTTA-ACACTTCAATTTGCAGC-A
** * *
19308 TAAAACA-TCTCAATGTCCAGCAA
1 TTTAACACT-TCAATTTGCAGC-A
* * *
19331 CTAAACACTTCAATTTGCAGTA
1 TTTAACACTTCAATTTGCAGCA
* *
19353 CTTAAACACTTCAATTTGCAACA
1 -TTTAACACTTCAATTTGCAGCA
*
19376 TTTAAGCACTTCAATTTACAGCA
1 TTTAA-CACTTCAATTTGCAGCA
**
19399 TTTAAACACTTCAATTTATAGCA
1 TTT-AACACTTCAATTTGCAGCA
* *
19422 TTCAAACACTTCAATTTGCAACA
1 TT-TAACACTTCAATTTGCAGCA
*
19445 CTTTAACACTTCAATTTACAGCA
1 -TTTAACACTTCAATTTGCAGCA
19468 TTTAAGCACTTCAATTTGCAGCA
1 TTTAA-CACTTCAATTTGCAGCA
* ** *
19491 CTTTTACA-TCTCAATTAACAACA
1 -TTTAACACT-TCAATTTGCAGCA
* *
19514 TTTATACACCTCAA-TTACAGCGA
1 TTTA-ACACTTCAATTTGCAGC-A
** * *
19537 TAAAACA-TCTC-ATGTCCAGCAA
1 TTTAACACT-TCAATTTGCAGC-A
* *
19559 CTAAACAC-TCAATTT-CAGTC-
1 TTTAACACTTCAATTTGCAG-CA
* *
19579 TTAAACACTTCAATTTGCAACA
1 TTTAACACTTCAATTTGCAGCA
*
19601 TTTAAGCACTTCAATTTACAGCA
1 TTTAA-CACTTCAATTTGCAGCA
19624 TTTAAACACTTCAATTTGCAGCA
1 TTT-AACACTTCAATTTGCAGCA
*
19647 TTCAAACACTTCAATTTGCAGCA
1 TT-TAACACTTCAATTTGCAGCA
*
19670 CTTTAACACTTCAATTTACAGCA
1 -TTTAACACTTCAATTTGCAGCA
19693 TTTAAGCACTTCAATTTGCAGCA
1 TTTAA-CACTTCAATTTGCAGCA
* ** *
19716 CTTTTACA-TCTCAATTAACAACA
1 -TTTAACACT-TCAATTTGCAGCA
* *
19739 TTTATACACCTCAA-TTACAGCGA
1 TTTA-ACACTTCAATTTGCAGC-A
** * *
19762 TAAAACA-TCTCAATGTCCAGCAA
1 TTTAACACT-TCAATTTGCAGC-A
* * * *
19785 CTAAACACTTCAATTTGTAGTA
1 TTTAACACTTCAATTTGCAGCA
* *
19807 CTTAAACACTTCAATTTGCAACA
1 -TTTAACACTTCAATTTGCAGCA
* *
19830 TTTAAGCACATCAATTTACAGCA
1 TTTAA-CACTTCAATTTGCAGCA
**
19853 TTTAAACACTTCAATTTATAGCA
1 TTT-AACACTTCAATTTGCAGCA
*
19876 TTCAAACACTTCAATTTGCAGCA
1 TT-TAACACTTCAATTTGCAGCA
*
19899 CTTTAACACTTCAATTTACAGCA
1 -TTTAACACTTCAATTTGCAGCA
19922 TTTAAGCACTTCAATTTGCAGCA
1 TTTAA-CACTTCAATTTGCAGCA
* ** *
19945 CTTTTACA-TCTCAATTAACAACA
1 -TTTAACACT-TCAATTTGCAGCA
* *
19968 TTTATACACCTCAA-TTACAGCGA
1 TTTA-ACACTTCAATTTGCAGC-A
** * * *
19991 TAAAACA-TCTCCATGTCCAGCAA
1 TTTAACACT-TCAATTTGCAGC-A
* * *
20014 CTAAACACTTCAATTT--AGTA
1 TTTAACACTTCAATTTGCAGCA
* *
20034 CTTAAACACTTCAATTTGCAACA
1 -TTTAACACTTCAATTTGCAGCA
*
20057 TTTAAGCACTTCAATTTACAGCA
1 TTTAA-CACTTCAATTTGCAGCA
20080 TTTAAACACTTCAATTT---GCA
1 TTT-AACACTTCAATTTGCAGCA
*
20100 TTCAAACACTTCAATTTGCAGCA
1 TT-TAACACTTCAATTTGCAGCA
*
20123 CTTTAACACTTCAATTTACAGCA
1 -TTTAACACTTCAATTTGCAGCA
20146 TTTAAGCACTTCAATTTGCAGCA
1 TTTAA-CACTTCAATTTGCAGCA
* ** *
20169 CTTTTACA-TCTCAATTAACAACA
1 -TTTAACACT-TCAATTTGCAGCA
* *
20192 TTTATACACCTCAA-TTACAGCGA
1 TTTA-ACACTTCAATTTGCAGC-A
** * *
20215 TAAAACA-TCTCAATGTCCAGCAA
1 TTTAACACT-TCAATTTGCAGC-A
* * * *
20238 CTAAACACTTTAATTTGCAGTA
1 TTTAACACTTCAATTTGCAGCA
* *
20260 GTTAAACACTTCAATTTGCAACA
1 -TTTAACACTTCAATTTGCAGCA
* *
20283 TTTAAGCATTTCAATTTACAGCA
1 TTTAA-CACTTCAATTTGCAGCA
*
20306 TTTAAACACTTCAATTGGCAGC-
1 TTT-AACACTTCAATTTGCAGCA
20328 TTTCAAACACTTCAATTTGCAGCA
1 TTT--AACACTTCAATTTGCAGCA
*
20352 CTTTAACACTTCAATTTACAGCA
1 -TTTAACACTTCAATTTGCAGCA
** *
20375 CTTT-ACA-TCTCAATTAACAACA
1 -TTTAACACT-TCAATTTGCAGCA
* *
20397 TTTATACACCTCAA-TTACAGCGA
1 TTTA-ACACTTCAATTTGCAGC-A
** * *
20420 TAAAACA-TCTCAATGTCCAGCAA
1 TTTAACACT-TCAATTTGCAGC-A
* * * *
20443 CTAAACACTTGAATTTGCAGTA
1 TTTAACACTTCAATTTGCAGCA
* *
20465 CTTAAACACTTCAATTTGCAACA
1 -TTTAACACTTCAATTTGCAGCA
*
20488 TTTAAGCACTTCAATTTACAGCA
1 TTTAA-CACTTCAATTTGCAGCA
20511 TTTAAACACTTCAATTT--AGCA
1 TTT-AACACTTCAATTTGCAGCA
*
20532 TTCAAACACTTCAATTTGCAGCA
1 TT-TAACACTTCAATTTGCAGCA
*
20555 CTTTAACACTTCAATTTACAGCA
1 -TTTAACACTTCAATTTGCAGCA
20578 TTTAAGCACTTCAATTTGCAGCA
1 TTTAA-CACTTCAATTTGCAGCA
** *
20601 CTTT-ACA-TCTCAATTAACAACA
1 -TTTAACACT-TCAATTTGCAGCA
* *
20623 TTTATACACCTCAA-TTACAGCGA
1 TTTA-ACACTTCAATTTGCAGC-A
** * *
20646 TAAAACA-TCTCAATGTCCAGCAA
1 TTTAACACT-TCAATTTGCAGC-A
* * *
20669 CTAAACACTTCAATTT-CAGTA
1 TTTAACACTTCAATTTGCAGCA
* *
20690 CTTAAACACTTCAATTTGCAACA
1 -TTTAACACTTCAATTTGCAGCA
*
20713 TTTAAGCACTTCAATTTACAGCA
1 TTTAA-CACTTCAATTTGCAGCA
*
20736 TTTAAATACTTCAATTTGCAGCA
1 TTT-AACACTTCAATTTGCAGCA
* *
20759 TTCAAACATTTCAATTTGCAGCA
1 TT-TAACACTTCAATTTGCAGCA
*
20782 CTTTAACACTTCAATTTACAGCA
1 -TTTAACACTTCAATTTGCAGCA
*
20805 TTTAAACACTTCAATTTGTAGCA
1 TTT-AACACTTCAATTTGCAGCA
* * ** *
20828 CTTTTACA-TCTCAAATAACAACA
1 -TTTAACACT-TCAATTTGCAGCA
* *
20851 TTTATACACCTCAA-TTACAGCGA
1 TTTA-ACACTTCAATTTGCAGC-A
** * *
20874 TAAAACA-TCTC-ATGTCCAGCAA
1 TTTAACACT-TCAATTTGCAGC-A
* * *
20896 CTAAACACTTCAATTT-CAGTA
1 TTTAACACTTCAATTTGCAGCA
* *
20917 CTTAAACACTTCAATTTGCAACA
1 -TTTAACACTTCAATTTGCAGCA
*
20940 TTTAAGCACTTCAATTTACAGCA
1 TTTAA-CACTTCAATTTGCAGCA
20963 TTTAAACACTTCAATTT--AGCA
1 TTT-AACACTTCAATTTGCAGCA
*
20984 TTCAAACACTTCAATTTGCAGCA
1 TT-TAACACTTCAATTTGCAGCA
*
21007 CTTTAACACTTCAATTTACAGCA
1 -TTTAACACTTCAATTTGCAGCA
21030 TTTAAGCACTTCAATTTGCAGCA
1 TTTAA-CACTTCAATTTGCAGCA
* ** *
21053 CTTTTACA-TCTCAATTAACAACA
1 -TTTAACACT-TCAATTTGCAGCA
** *
21076 TTTATACAGCGATAAAACATCT-CA--A
1 TTTA-ACA-C--T-TCA-ATTTGCAGCA
* * ** *
21101 TGTCCAGCAACTAAACACTT-CA--A
1 T-T-TAAC-ACTTCA-ATTTGCAGCA
** * ** *
21124 TTTTCAGTACTTAAACACTTCA--A
1 -TTT-AACACTTCAA-TTTGCAGCA
* *
21147 TTTGCAACA-TTTAA---GCACTTCAA
1 TTT--AACACTTCAATTTGCA--GC-A
* * *
21170 TTTATAGCATTTAAACACTT-CA--A
1 TTTA-A-CACTT-CA-ATTTGCAGCA
* *
21193 TTTAGCA-TTCAAAACTT-CA--A
1 TTTAACACTTC--AATTTGCAGCA
* * *
21213 TTTGCAGCACTTTAACACTT-CA--A
1 TTT--AACAC-TTCA-ATTTGCAGCA
* * *
21236 TTTACAGCATTTAAGCACTT-CA--A
1 TTTA-A-CACTTCA--ATTTGCAGCA
* * *
21259 TTTGCAGCACTTTTACATCT-CA--A
1 TTT--AACAC-TTCA-ATTTGCAGCA
* * * *
21282 -TTAACA--ACATTTATACACCTCA
1 TTTAACACTTCAATT-TGCA--GCA
* ** *
21304 ATT-ACAGCGATAAAACATCT-CA--A
1 TTTAACA-C--T-TCA-ATTTGCAGCA
* * ** *
21327 TGTCCAGCAACTAAACACTT-CA--A
1 T-T-TAAC-ACTTCA-ATTTGCAGCA
** * *
21350 TTTGCAGTACTTAAACACTT-CA--A
1 TTT--AACACTT-CA-ATTTGCAGCA
* *** *
21373 TTTGCAACA-TTTAA-GCACATCAA
1 TTT--AACACTTCAATTTGCAGC-A
* * *
21396 TTTACAGCATTTAAACACTT-CA--A
1 TTTA-A-CACTT-CA-ATTTGCAGCA
*
21419 TTTATAGCA-TTCAAACACTT-CA--A
1 TTTA-A-CACTTC--A-ATTTGCAGCA
* * *
21442 TTTGCAGCACTTTAACACTT-CA--A
1 TTT--AACAC-TTCA-ATTTGCAGCA
* * *
21465 TTTACAGCATTTAAGCACTT-CA--A
1 TTTA-A-CACTTCA--ATTTGCAGCA
* * *
21488 TTTGCAGCACTTTTACATCT-CA--A
1 TTT--AACAC-TTCA-ATTTGCAGCA
* *
21511 -TTAACA--ACATATTAATACAGCGA
1 TTTAACACTTCA-ATT--TGCAGC-A
** * *
21534 TAAAACA-TCTC-ATGTCCAGCAA
1 TTTAACACT-TCAATTTGCAGC-A
* * * *
21556 CTAAACACTTCAATTTTCAGTA
1 TTTAACACTTCAATTTGCAGCA
* *
21578 CTTAAACACTTCAATTTGCAACA
1 -TTTAACACTTCAATTTGCAGCA
*
21601 TTTAAGCACTTCAATTTACAGCA
1 TTTAA-CACTTCAATTTGCAGCA
21624 TTTAAACACTTCAATTTGCAGCA
1 TTT-AACACTTCAATTTGCAGCA
*
21647 TTCAAACACTTCAATTTGCAGCA
1 TT-TAACACTTCAATTTGCAGCA
*
21670 CTTTAACACTTCAATTTACAGCA
1 -TTTAACACTTCAATTTGCAGCA
21693 TTTAAGCACTTCAATTTGCAGCA
1 TTTAA-CACTTCAATTTGCAGCA
* ** *
21716 CTTTTACA-TCTCAATTAACAACA
1 -TTTAACACT-TCAATTTGCAGCA
* *
21739 TTTATACACCTCAA-TTACAGCGA
1 TTTA-ACACTTCAATTTGCAGC-A
** * *
21762 TAAAACA-TCTCAATGTCCAGCAA
1 TTTAACACT-TCAATTTGCAGC-A
* * *
21785 CTAAACACTTCAATTTGCAGTA
1 TTTAACACTTCAATTTGCAGCA
* *
21807 CTTAAACACTTCAATTTGCAACA
1 -TTTAACACTTCAATTTGCAGCA
*
21830 TTTAAGCACTTCAATTTACAGCA
1 TTTAA-CACTTCAATTTGCAGCA
21853 TTTAAACACTTCAATTTGCAGCA
1 TTT-AACACTTCAATTTGCAGCA
*
21876 TTCAAACACTTCAATTTGCAGCA
1 TT-TAACACTTCAATTTGCAGCA
21899 CTTTAACACTTCAATTTGCAGCA
1 -TTTAACACTTCAATTTGCAGCA
* ** *
21922 CTTTAACA-TCTCAACTAACAACA
1 -TTTAACACT-TCAATTTGCAGCA
* *
21945 TTTAACACCTCAA-TTACAGCGA
1 TTTAACACTTCAATTTGCAGC-A
** * *
21967 TAAAACA-TCTCAATGTCCAGCAA
1 TTTAACACT-TCAATTTGCAGC-A
* * *
21990 CTAAACACTTCAATTTGCAGTA
1 TTTAACACTTCAATTTGCAGCA
* *
22012 CTTAAACACTTCAATTTGCAACA
1 -TTTAACACTTCAATTTGCAGCA
*
22035 TTTAAGCACTTCAATTTACAGCA
1 TTTAA-CACTTCAATTTGCAGCA
22058 TTTAAACACTTCAATTTGCAGC-
1 TTT-AACACTTCAATTTGCAGCA
*
22080 TTTCAAACACTTCAATTTGCAACA
1 TTT--AACACTTCAATTTGCAGCA
22104 CTTTAACACTTCAATTTGCAGCA
1 -TTTAACACTTCAATTTGCAGCA
* ** *
22127 CTTTTACA-TCTCAATTAACAACA
1 -TTTAACACT-TCAATTTGCAGCA
* *
22150 TTTATACACCTCAA-TTACAGCGA
1 TTTA-ACACTTCAATTTGCAGC-A
** * *
22173 TAAAACA-TCTCAATGTCCAGCAA
1 TTTAACACT-TCAATTTGCAGC-A
* * *
22196 CTAAACACTTCAATTT-CAGTA
1 TTTAACACTTCAATTTGCAGCA
* *
22217 CTTAAACACTTCAATTTGCAACA
1 -TTTAACACTTCAATTTGCAGCA
*
22240 TTTAAGCACTTCAA-TTACAGCA
1 TTTAA-CACTTCAATTTGCAGCA
22262 TTTAAACACTTCAATTAT--AGCA
1 TTT-AACACTTCAATT-TGCAGCA
*
22284 TTCAAACACTTCAATTTGCAGCA
1 TT-TAACACTTCAATTTGCAGCA
*
22307 CTTTAACACTTCAATTTACAGCA
1 -TTTAACACTTCAATTTGCAGCA
22330 TTTAAGCACTTCAATTTGCAGCA
1 TTTAA-CACTTCAATTTGCAGCA
* ** *
22353 CTTTTACA-TCTCAATTAACAACA
1 -TTTAACACT-TCAATTTGCAGCA
* *
22376 TTTATACACCTCAA-TTACAGCGA
1 TTTA-ACACTTCAATTTGCAGC-A
** * *
22399 TAAAACA-TCTCAATGTCCAGCAA
1 TTTAACACT-TCAATTTGCAGC-A
* *
22422 CTAAACAC-TCAATTT-CAG--
1 TTTAACACTTCAATTTGCAGCA
*
22440 TTTAAACACTTCAATTTGCAACA
1 TTT-AACACTTCAATTTGCAGCA
*
22463 TTTAAGCACTTCAATTTACAGCA
1 TTTAA-CACTTCAATTTGCAGCA
22486 TTTAAACACTTCAATTTGCAGCA
1 TTT-AACACTTCAATTTGCAGCA
*
22509 TTCAAACACTTCAATTTGCAGCA
1 TT-TAACACTTCAATTTGCAGCA
*
22532 CTTTAACACTTCAATTTACAGCA
1 -TTTAACACTTCAATTTGCAGCA
22555 TTTAAGCACTTCAATTTGCAGCA
1 TTTAA-CACTTCAATTTGCAGCA
* ** *
22578 CTTTTACA-TCTCAATTAACAACA
1 -TTTAACACT-TCAATTTGCAGCA
* *
22601 TTTATACACCTCAA-TTACAGCGA
1 TTTA-ACACTTCAATTTGCAGC-A
** * *
22624 TAAAACA-TCTCAATGTCCAGCAA
1 TTTAACACT-TCAATTTGCAGC-A
* * *
22647 CTAAACACTTCAATTTGCAGTA
1 TTTAACACTTCAATTTGCAGCA
* *
22669 CTTAAACACTTCAATTTGCAACA
1 -TTTAACACTTCAATTTGCAGCA
*
22692 TTTAAGCAC-TCAATTTACAGCA
1 TTTAA-CACTTCAATTTGCAGCA
**
22714 TTTAAACACTTCAATTTATAGCA
1 TTT-AACACTTCAATTTGCAGCA
*
22737 TTCAAACACTTCAATTTGCA-CA
1 TT-TAACACTTCAATTTGCAGCA
*
22759 CTTTAACACTTCAATTTACAGCA
1 -TTTAACACTTCAATTTGCAGCA
*
22782 TTTAAGACTTCAATTTGCAGCA
1 TTTAACACTTCAATTTGCAGCA
* ** *
22804 CTTTTACA-TCTCAATTAACAACA
1 -TTTAACACT-TCAATTTGCAGCA
* *
22827 TTTATACACCTCAA-TTACAGCGA
1 TTTA-ACACTTCAATTTGCAGC-A
** * *
22850 TAAAACA-TCTCAATGTCCAGCAA
1 TTTAACACT-TCAATTTGCAGC-A
* * *
22873 CTAAACACTTCAATTT--AGTA
1 TTTAACACTTCAATTTGCAGCA
* *
22893 CTTAAACACTTCAATTTGCAACA
1 -TTTAACACTTCAATTTGCAGCA
*
22916 TTTAAGCACTTCAATTTACAGCA
1 TTTAA-CACTTCAATTTGCAGCA
22939 TTTAAACACTTCAATTTGCAGCA
1 TTT-AACACTTCAATTTGCAGCA
*
22962 TTCAAACACTTCAATTTGCAGCA
1 TT-TAACACTTCAATTTGCAGCA
*
22985 CTTTAACACTTCAATTTACAGCA
1 -TTTAACACTTCAATTTGCAGCA
23008 TTTAAGCACTTCAATTTGCAGCA
1 TTTAA-CACTTCAATTTGCAGCA
* ** *
23031 CTTTTACA-TCTCAATTAACAACA
1 -TTTAACACT-TCAATTTGCAGCA
* *
23054 TTTATACACCTCAA-TTACAGCGA
1 TTTA-ACACTTCAATTTGCAGC-A
** * *
23077 TAAAACA-TCTCAATGTCCAGCAA
1 TTTAACACT-TCAATTTGCAGC-A
*** * *
23100 CAAAACACTTTAATTTGCAGTA
1 TTTAACACTTCAATTTGCAGCA
* *
23122 GTTAAACACTTCAATTTGCAACA
1 -TTTAACACTTCAATTTGCAGCA
* *
23145 TTTAAGCATTTCAATTTACAGCA
1 TTTAA-CACTTCAATTTGCAGCA
*
23168 TTTAAACACTTCAATTGGCAGCA
1 TTT-AACACTTCAATTTGCAGCA
*
23191 TTCAAACACTTCAATTTGCAGCA
1 TT-TAACACTTCAATTTGCAGCA
*
23214 CTTTAACACTTCAATTTACAGCA
1 -TTTAACACTTCAATTTGCAGCA
* ** *
23237 CTTTTACA-TCTCAATTAACAACA
1 -TTTAACACT-TCAATTTGCAGCA
* *
23260 TTTATACACCTCAA-TTACAGCGA
1 TTTA-ACACTTCAATTTGCAGC-A
** * *
23283 TAAAACA-TCTCAATGTCCAGCAA
1 TTTAACACT-TCAATTTGCAGC-A
* * *
23306 CTAAACACTTCAATTTGCAGTA
1 TTTAACACTTCAATTTGCAGCA
* *
23328 CTTAAACACTTCAATTTGCAACA
1 -TTTAACACTTCAATTTGCAGCA
* *
23351 TTTAAGCACATCAATTTACAGCA
1 TTTAA-CACTTCAATTTGCAGCA
* **
23374 TTTAAACACCTCAATTTATAGCA
1 TTT-AACACTTCAATTTGCAGCA
*
23397 TTCAAACACTTCAATTTGCAGCA
1 TT-TAACACTTCAATTTGCAGCA
*
23420 CTTTAACACTTCAATTTACAGCA
1 -TTTAACACTTCAATTTGCAGCA
*
23443 TTTAAGAGCTTCAATTTGCAGCA
1 TTTAACA-CTTCAATTTGCAGCA
** *
23466 CTTTAACA-TCTCAATTAACAACA
1 -TTTAACACT-TCAATTTGCAGCA
* *
23489 TTTATACACCTCAA-TTACAGCGA
1 TTTA-ACACTTCAATTTGCAGC-A
** * *
23512 TAAAACA-TCTCAATGTCCAGCAA
1 TTTAACACT-TCAATTTGCAGC-A
*** * * *
23535 CAAAACACTTTAATTTACAGTA
1 TTTAACACTTCAATTTGCAGCA
* *
23557 GTTAAACACTTCAATTTGCAACA
1 -TTTAACACTTCAATTTGCAGCA
*
23580 TTTAAGCACTTCAATTTACAGCA
1 TTTAA-CACTTCAATTTGCAGCA
*
23603 TTTAAATACTTCAATTTGCAGCA
1 TTT-AACACTTCAATTTGCAGCA
* *
23626 TTCAAACATTTCAATTTGCAGCA
1 TT-TAACACTTCAATTTGCAGCA
*
23649 CTTTAACACTTCAATTTACAGCA
1 -TTTAACACTTCAATTTGCAGCA
23672 TTTAAGCACTTCAATTTGCAGCA
1 TTTAA-CACTTCAATTTGCAGCA
* ** *
23695 CTTTTACA-TCTCAATTAACAACA
1 -TTTAACACT-TCAATTTGCAGCA
* *
23718 TTTATACACCTCAA-TTACAGCGA
1 TTTA-ACACTTCAATTTGCAGC-A
** * *
23741 TAAAACA-TCTCAATGTCCAGCAA
1 TTTAACACT-TCAATTTGCAGC-A
* * *
23764 CTAAACACTTCAATTTGCAGTA
1 TTTAACACTTCAATTTGCAGCA
* *
23786 CTTAAACACTTCAATTTGCAACA
1 -TTTAACACTTCAATTTGCAGCA
* *
23809 TTTAAGCACATCAATTTACAGCA
1 TTTAA-CACTTCAATTTGCAGCA
**
23832 TTTAAACACTTCAATTTATAGCA
1 TTT-AACACTTCAATTTGCAGCA
* *
23855 TTCAAACACTTCAATTTGCAACA
1 TT-TAACACTTCAATTTGCAGCA
*
23878 CTTTAACACTTCAATTTACAGCA
1 -TTTAACACTTCAATTTGCAGCA
* *
23901 CTTAGGCACTTCAATTTGCAGCA
1 TTTA-ACACTTCAATTTGCAGCA
23924 CTTTTACATC
Statistics
Matches: 6790, Mismatches: 1280, Indels: 1414
0.72 0.13 0.15
Matches are distributed among these distances:
15 1 0.00
16 7 0.00
17 14 0.00
18 12 0.00
19 10 0.00
20 75 0.01
21 203 0.03
22 1266 0.19
23 4816 0.71
24 295 0.04
25 34 0.01
26 20 0.00
27 23 0.00
28 12 0.00
29 2 0.00
ACGTcount: A:0.37, C:0.24, G:0.07, T:0.32
Consensus pattern (22 bp):
TTTAACACTTCAATTTGCAGCA
Found at i:15288 original size:46 final size:46
Alignment explanation
Indices: 15216--24226 Score: 5966
Period size: 46 Copynumber: 196.3 Consensus size: 46
15206 GTCCAGCAAC
* * * * * *
15216 TAAACACTTCAATTTGCAGTACTTAAATACTTCGATTTGCAACATT
1 TAAACACTTCAATTTACAGCATTTAAACACTTCAATTTGCAGCATT
* * *
15262 TAAGCACATCAATTTACAGCATTTAAACACTTCAATTTGTAGCATT
1 TAAACACTTCAATTTACAGCATTTAAACACTTCAATTTGCAGCATT
* * *
15308 CAAACACTTCAATTTGCAGCACTTT-AACACTTCATTTTGCAGCACTT
1 TAAACACTTCAATTTACAGCA-TTTAAACACTTCAATTTGCAGCA-TT
* * * * * *
15355 T-AACA-TCTCAATTAACAACATTTATACACCTCAA-TTACAGCAAT
1 TAAACACT-TCAATTTACAGCATTTAAACACTTCAATTTGCAGCATT
* * * ** * *
15399 AAAACA-TCTCAATGTCCAGCAACTAAACACTTCAATTTGCAGTACT
1 TAAACACT-TCAATTTACAGCATTTAAACACTTCAATTTGCAGCATT
* * * * *
15445 TAAACACTTCAATTTGCAACATTTAAGCACATCAATTTACAGCATT
1 TAAACACTTCAATTTACAGCATTTAAACACTTCAATTTGCAGCATT
* * *
15491 TAAACACTTCAATTTATAGCATTCAAACACTTCAATTTGCAACACTT
1 TAAACACTTCAATTTACAGCATTTAAACACTTCAATTTGCAGCA-TT
* *
15538 T-AACACTTCAATTTTCAGCATTTAAGCACTTCAATTTGCAGCACTT
1 TAAACACTTCAATTTACAGCATTTAAACACTTCAATTTGCAGCA-TT
* * * * * *
15584 T-TACA-TCTCAATTAACAACATTTATACACCTCAA-TTACAGCGA-T
1 TAAACACT-TCAATTTACAGCATTTAAACACTTCAATTTGCAGC-ATT
* * * * ** * *
15628 AAAACA-TCTCCATGTCCAGCAGCTAAACATTTCAATCTT-CAGTC-CT
1 TAAACACT-TCAATTTACAGCATTTAAACACTTCAAT-TTGCAG-CATT
* * * *
15674 TAAACACTTCAATTTGCAACATTTAAGCACTTCAATTTACAGCATT
1 TAAACACTTCAATTTACAGCATTTAAACACTTCAATTTGCAGCATT
* *
15720 T-AA-ACTTCAATTTGCAGCATTCAAACACTTCAATTTGCAGCACTT
1 TAAACACTTCAATTTACAGCATTTAAACACTTCAATTTGCAGCA-TT
*
15765 T-AACACTTCAATTTACAGCATTTAAGCACTTCAATTTGCAGCACTT
1 TAAACACTTCAATTTACAGCATTTAAACACTTCAATTTGCAGCA-TT
* * * * * *
15811 T-TACA-TCTCAATTAACAACATTTATACACCTCAA-TTACAGCGA-T
1 TAAACACT-TCAATTTACAGCATTTAAACACTTCAATTTGCAGC-ATT
* * * ** * *
15855 AAAACA-TCTCAATGTCCAGCAACTAAACACTTCAATTTGCAGTACT
1 TAAACACT-TCAATTTACAGCATTTAAACACTTCAATTTGCAGCATT
* * * * *
15901 TAAACACTTCAATTTGCAACATTTAAGCACATCAATTTACAGCATT
1 TAAACACTTCAATTTACAGCATTTAAACACTTCAATTTGCAGCATT
* *
15947 TAAACACTTCAATTTATAGCATTCAAACACTTCAATTTGCAGCACTT
1 TAAACACTTCAATTTACAGCATTTAAACACTTCAATTTGCAGCA-TT
* *
15994 T-AACACTTCAATTTACAGCATTTAAGCACTTCAATTTCCAGCACTT
1 TAAACACTTCAATTTACAGCATTTAAACACTTCAATTTGCAGCA-TT
* * * * * *
16040 T-TACA-TCTCAATTAACAACATTTATACACCTCAA-TTACAGCGA-T
1 TAAACACT-TCAATTTACAGCATTTAAACACTTCAATTTGCAGC-ATT
* * * ** * * *
16084 AAAACA-TCTC-ATGTCCAGCAACTAAACACTTCAATTT-TAGTACT
1 TAAACACT-TCAATTTACAGCATTTAAACACTTCAATTTGCAGCATT
* * * **
16128 TAAACACTTCAATTTGCAACATTTAAGCACTTCAATTTATAGCATT
1 TAAACACTTCAATTTACAGCATTTAAACACTTCAATTTGCAGCATT
* * *
16174 TAAACACTTCAATTTGCACCATTCAAACACTTCAATTTGCAGCACTT
1 TAAACACTTCAATTTACAGCATTTAAACACTTCAATTTGCAGCA-TT
*
16221 T-AACACTTCAATTTACAGCATTTAAGCACTTCAATTTGCAGCACTT
1 TAAACACTTCAATTTACAGCATTTAAACACTTCAATTTGCAGCA-TT
* * * * * *
16267 T-TACA-TCTCAA-TTAAAACATTTATACACCTCAA-TTACAGCGA-T
1 TAAACACT-TCAATTTACAGCATTTAAACACTTCAATTTGCAGC-ATT
* * * ** * *
16310 AAAACA-TCTCAATGTCCAGCAAATAAACACTTCAATTTGCAGTACT
1 TAAACACT-TCAATTTACAGCATTTAAACACTTCAATTTGCAGCATT
* * * *
16356 TAAA-ACTTCAATTTGCAACATTTAAGCACTTCAATTTACAGCATT
1 TAAACACTTCAATTTACAGCATTTAAACACTTCAATTTGCAGCATT
* ** *
16401 TAAAAACTTCAATTTGTAGCATTCAAACACTTCAATTTGCAGCATT
1 TAAACACTTCAATTTACAGCATTTAAACACTTCAATTTGCAGCATT
* * * * ** *
16447 TAAGCACTTCAATTTGCTGCACTTT-TACA-TCTCAATTAACAACATT
1 TAAACACTTCAATTTACAGCA-TTTAAACACT-TCAATTTGCAGCATT
* * ** * * **
16493 TATACACCTCAA-TTACAGCGA-CAAAACA-TCTCAATGTCCAGCAAC
1 TAAACACTTCAATTTACAGC-ATTTAAACACT-TCAATTTGCAGCATT
* * * *
16538 TAAACACTTCAATTTGCAGTAGTTAAACACTTCAATTTGCAACATT
1 TAAACACTTCAATTTACAGCATTTAAACACTTCAATTTGCAGCATT
* *
16584 TAAGCACATCAATTTACAGCATTTAAACACTTCAATTTGCAGCATT
1 TAAACACTTCAATTTACAGCATTTAAACACTTCAATTTGCAGCATT
* * *
16630 CAAACACTTCAATTTGCAGCACTTT-AACACTTCAATTTACAGCATT
1 TAAACACTTCAATTTACAGCA-TTTAAACACTTCAATTTGCAGCATT
* * * ** *
16676 TAAGCACTTCAATTTGCAGCACTTT-TACA-TCTCAATTAACAACATT
1 TAAACACTTCAATTTACAGCA-TTTAAACACT-TCAATTTGCAGCATT
* * * * * **
16722 TATACACCTCAA-TTACAGCGA-TAAAACA-TCTCAATGTCCAGCAAC
1 TAAACACTTCAATTTACAGC-ATTTAAACACT-TCAATTTGCAGCATT
* * * *
16767 TAAACACTTCAATTTGCAGTACTTAAACACTTCAATTTGCAACATT
1 TAAACACTTCAATTTACAGCATTTAAACACTTCAATTTGCAGCATT
* * **
16813 TAAGCAC-ACAATTTACAGCATTTAAACACTTCAATTTATAGCATT
1 TAAACACTTCAATTTACAGCATTTAAACACTTCAATTTGCAGCATT
* * *
16858 CAAACACTTCAATTTGCAGCACTTT-AACACTTCAATTTACAGCATT
1 TAAACACTTCAATTTACAGCA-TTTAAACACTTCAATTTGCAGCATT
* * * ** *
16904 TAAGCACTTCAATTTGCAGCACTTT-TACA-TCTCAATTAACAACATT
1 TAAACACTTCAATTTACAGCA-TTTAAACACT-TCAATTTGCAGCATT
* * ** *
16950 TATACAGCGATAAAACATCTCAATGTCCAGCAACTAAACACTTCAATTT-C-G-GTCT
1 TA-A-A-C------AC-T-TCAATTTACAGCATTTAAACACTTCAATTTGCAGCAT-T
* * * *
17005 TAAACACTTCAATTTGCAACATTTAAGCACTTCAATTTACAGCATT
1 TAAACACTTCAATTTACAGCATTTAAACACTTCAATTTGCAGCATT
* *
17051 TAAACACTTCAATTTCCAGCACTTT-AACACTTCATTTTGCAGCACTT
1 TAAACACTTCAATTTACAGCA-TTTAAACACTTCAATTTGCAGCA-TT
* * * * *
17098 T-AACA-TCTCAATTAACAACATTTATACACCTCAA-TTACAGCGA-T
1 TAAACACT-TCAATTTACAGCATTTAAACACTTCAATTTGCAGC-ATT
* * * ** * *
17142 AAAACA-TCTCAATGTCCAGCAACTAAACACTTCAATTTGCAGTACT
1 TAAACACT-TCAATTTACAGCATTTAAACACTTCAATTTGCAGCATT
* * * * *
17188 TAAACACTTCAATTTGCAACATTTAAGCAC-ACAATTTACAGCATT
1 TAAACACTTCAATTTACAGCATTTAAACACTTCAATTTGCAGCATT
* *
17233 TAAACACTTCAATTTATAGCATTCAAACACTTCAATTTGCAGCACTT
1 TAAACACTTCAATTTACAGCATTTAAACACTTCAATTTGCAGCA-TT
*
17280 T-AACACTTCAATTTACAGCATTTAAGCACTTCAATTTGCAGCACTT
1 TAAACACTTCAATTTACAGCATTTAAACACTTCAATTTGCAGCA-TT
* * * * ** **
17326 T-TACA-TCTCAATTAACAACATTTATACAGCGATAAAACATCTCATGTCCAGCAAC
1 TAAACACT-TCAATTTACAGCATTTAAACA-C--T-TCA-AT-T--TG--CAGCATT
* * * *
17381 TAAACACTTCAATTTGCAGTACTTAAACACTTCAATTTGCAACATT
1 TAAACACTTCAATTTACAGCATTTAAACACTTCAATTTGCAGCATT
*
17427 TAAGCACTTCAATTTACAGCATTTAAACACTTCAATTTGCAGCATT
1 TAAACACTTCAATTTACAGCATTTAAACACTTCAATTTGCAGCATT
* * *
17473 CAAACACTTCAATTTGCAGCACTTT-AACACTTCAATTTACAGCATT
1 TAAACACTTCAATTTACAGCA-TTTAAACACTTCAATTTGCAGCATT
* * ** *
17519 TAAGCACTTCAATTTGCAGCACTTT--ACA-TCTCAATTAACAACATT
1 TAAACACTTCAATTTACAGCA-TTTAAACACT-TCAATTTGCAGCATT
* * * * * **
17564 TATACACCTCAA-TTACAGCGA-TAAAACA-TCTCAATGTCCAGCAAC
1 TAAACACTTCAATTTACAGC-ATTTAAACACT-TCAATTTGCAGCATT
* * * *
17609 TAAACACTTCAATTTGCAGTACTTAAACACTTCAATTTGCAACATT
1 TAAACACTTCAATTTACAGCATTTAAACACTTCAATTTGCAGCATT
*
17655 TAAGCACTTCAATTTACAGCATTTAAACACTTCAATTTGCAGCATT
1 TAAACACTTCAATTTACAGCATTTAAACACTTCAATTTGCAGCATT
* *
17701 CAAACACTTCAATTTGCAGCACTTT-AACACTTCAATTTGCAGCACTT
1 TAAACACTTCAATTTACAGCA-TTTAAACACTTCAATTTGCAGCA-TT
* * * *
17748 T--ACA-TCTCAATTAACAACATTT-AACACCTCAA-TTACAGCGA-T
1 TAAACACT-TCAATTTACAGCATTTAAACACTTCAATTTGCAGC-ATT
* * * ** * *
17790 AAAACA-TCTCAATGTCCAGCAACTAAACACTTCAATTTGCAGTACT
1 TAAACACT-TCAATTTACAGCATTTAAACACTTCAATTTGCAGCATT
* * * *
17836 TAAACACTTCAATTTGCAACATTTAAGCACTTCAATTTACAGCATT
1 TAAACACTTCAATTTACAGCATTTAAACACTTCAATTTGCAGCATT
** *
17882 TAAACACTTCAATTTGTAGCATTCAAACACTTCAATTTGCAGCACTT
1 TAAACACTTCAATTTACAGCATTTAAACACTTCAATTTGCAGCA-TT
* ** *
17929 T-AACACTTCAATTTGCAGCACTTT--ACA-TCTCAATTAACAACATT
1 TAAACACTTCAATTTACAGCA-TTTAAACACT-TCAATTTGCAGCATT
* * * * * **
17973 TATACACCTCAA-TTACAGCGA-TAAAACA-TCTCAATGTCCAGCAAC
1 TAAACACTTCAATTTACAGC-ATTTAAACACT-TCAATTTGCAGCATT
* * * *
18018 TAAACACTTCAATTTGCAGTACTTAAACACTTCAATTTGCAACATT
1 TAAACACTTCAATTTACAGCATTTAAACACTTCAATTTGCAGCATT
* **
18064 TAAGCACTTCAATTTACAGCATTTAAACACTTCAATTTATAGCATT
1 TAAACACTTCAATTTACAGCATTTAAACACTTCAATTTGCAGCATT
* * * *
18110 CAAACACTTCAATTTGCAACACTTT-AACACTTCAATTTACAGCATT
1 TAAACACTTCAATTTACAGCA-TTTAAACACTTCAATTTGCAGCATT
* * * ** *
18156 TAAGCACTTCAATTTGCAGCACTTT-TACA-TCTCAATTAACAACATT
1 TAAACACTTCAATTTACAGCA-TTTAAACACT-TCAATTTGCAGCATT
* * * * * **
18202 TATACACCTCAA-TTACAGCGA-TAAAACA-TCTCAATGTCCAGCAAC
1 TAAACACTTCAATTTACAGC-ATTTAAACACT-TCAATTTGCAGCATT
* * *
18247 TAAACACTTCAATTT-CAGTACTTAAACACTTCAATTTGCAACATT
1 TAAACACTTCAATTTACAGCATTTAAACACTTCAATTTGCAGCATT
*
18292 TAAGCACTTCAATTTACAGCATTTAAACACTTCAATTTGCAGCATT
1 TAAACACTTCAATTTACAGCATTTAAACACTTCAATTTGCAGCATT
* * *
18338 CAAACACTTCAATTTGCAGCACTTT-AACACTTCAATTTACAGCATT
1 TAAACACTTCAATTTACAGCA-TTTAAACACTTCAATTTGCAGCATT
* * * ** *
18384 TAAGCACTTCAATTTGCAGCACTTT-TACA-TCTCAATTAACAACATT
1 TAAACACTTCAATTTACAGCA-TTTAAACACT-TCAATTTGCAGCATT
* * * * * **
18430 TATACACCTCAA-TTACAGCGA-TAAAACA-TCTCAATGTCCAGCAAC
1 TAAACACTTCAATTTACAGC-ATTTAAACACT-TCAATTTGCAGCATT
* * * *
18475 TAAACACTTCAATTTGCAGTACTTAAACACTTCAATTTGCAACATT
1 TAAACACTTCAATTTACAGCATTTAAACACTTCAATTTGCAGCATT
* * **
18521 TAAGCACATCAATTTACAGCATTTAAACACTTCAATTTATAGCATT
1 TAAACACTTCAATTTACAGCATTTAAACACTTCAATTTGCAGCATT
* * * *
18567 CAAACACTTCAATTTGCAACACTTT-AACACTTCAATTTACAGCATT
1 TAAACACTTCAATTTACAGCA-TTTAAACACTTCAATTTGCAGCATT
* * * ** *
18613 TAAGCACTTCAATTTGCAGCACTTT-TACA-TCTCAATTAACAACATT
1 TAAACACTTCAATTTACAGCA-TTTAAACACT-TCAATTTGCAGCATT
* * * ** * * *
18659 TATACAGCGATAAAACATCTCCATGTCCAGCAACTAAACACTACAATTTTCAGTC-CT
1 TA-A-A-C------AC-T-TCAATTTACAGCATTTAAACACTTCAATTTGCAG-CATT
* * * *
18716 TAAACACTTCAATTTGCAACATTTAAGCACTTCAATTTACAGCATT
1 TAAACACTTCAATTTACAGCATTTAAACACTTCAATTTGCAGCATT
* *
18762 TAAACACTTCAATTTGCAGCATTCAAACACTTCAATTTGCAGCACTT
1 TAAACACTTCAATTTACAGCATTTAAACACTTCAATTTGCAGCA-TT
*
18809 T-AACACTTCAATTTACAGCATTTAAGCACTTCAATTTGCAGCACTT
1 TAAACACTTCAATTTACAGCATTTAAACACTTCAATTTGCAGCA-TT
* * * * * *
18855 T-TACA-TCTCAATTAACAACATTTATACACCTCAA-TTACAGCGA-T
1 TAAACACT-TCAATTTACAGCATTTAAACACTTCAATTTGCAGC-ATT
* * * **
18899 AAAACA-TCTCAATGTCCAGCAACTAAACACTTCAATTTGC-G-ATACT
1 TAAACACT-TCAATTTACAGCATTTAAACACTTCAATTTGCAGCAT--T
* * * *
18945 TAAACACTTCAATTTGCAACATTTAAGCACTTCAATTTACAGCATT
1 TAAACACTTCAATTTACAGCATTTAAACACTTCAATTTGCAGCATT
*
18991 TAAACACTTCAATTT--AGCATTCAAACACTTCAATTTGCAGCACTT
1 TAAACACTTCAATTTACAGCATTTAAACACTTCAATTTGCAGCA-TT
* ** *
19036 T-AACACTTCAATTTGCAGCACTTT-AACA-TCTCAATTAACAACATT
1 TAAACACTTCAATTTACAGCA-TTTAAACACT-TCAATTTGCAGCATT
* * * * * **
19081 TATACACCTCAA-TTACAGCGA-TAAAACA-TCTCAATGTCCAGCAAC
1 TAAACACTTCAATTTACAGC-ATTTAAACACT-TCAATTTGCAGCATT
* * * *
19126 TAAACACTTCAATTTGCAGTACTTAAACACTTCAATTTGCAACATT
1 TAAACACTTCAATTTACAGCATTTAAACACTTCAATTTGCAGCATT
* ** *
19172 TAAGCACTTCAATTTACAGCATTTAAACACTTCAGGTTGTAGCATT
1 TAAACACTTCAATTTACAGCATTTAAACACTTCAATTTGCAGCATT
* *
19218 CAAACACTTCAATTTGCAGCACTTT-AACACTTCAATTTGCAGCACTT
1 TAAACACTTCAATTTACAGCA-TTTAAACACTTCAATTTGCAGCA-TT
* * * * *
19265 T-AACA-TCTCAATTAACAACATTTATACACCTCAA-TTACAGCGA-T
1 TAAACACT-TCAATTTACAGCATTTAAACACTTCAATTTGCAGC-ATT
* * * ** * *
19309 AAAACA-TCTCAATGTCCAGCAACTAAACACTTCAATTTGCAGTACT
1 TAAACACT-TCAATTTACAGCATTTAAACACTTCAATTTGCAGCATT
* * * *
19355 TAAACACTTCAATTTGCAACATTTAAGCACTTCAATTTACAGCATT
1 TAAACACTTCAATTTACAGCATTTAAACACTTCAATTTGCAGCATT
* * *
19401 TAAACACTTCAATTTATAGCATTCAAACACTTCAATTTGCAACACTT
1 TAAACACTTCAATTTACAGCATTTAAACACTTCAATTTGCAGCA-TT
*
19448 T-AACACTTCAATTTACAGCATTTAAGCACTTCAATTTGCAGCACTT
1 TAAACACTTCAATTTACAGCATTTAAACACTTCAATTTGCAGCA-TT
* * * * * *
19494 T-TACA-TCTCAATTAACAACATTTATACACCTCAA-TTACAGCGA-T
1 TAAACACT-TCAATTTACAGCATTTAAACACTTCAATTTGCAGC-ATT
* * * **
19538 AAAACA-TCTC-ATGTCCAGCAACTAAACAC-TCAATTT-CAG--TCT
1 TAAACACT-TCAATTTACAGCATTTAAACACTTCAATTTGCAGCAT-T
* * * *
19580 TAAACACTTCAATTTGCAACATTTAAGCACTTCAATTTACAGCATT
1 TAAACACTTCAATTTACAGCATTTAAACACTTCAATTTGCAGCATT
* *
19626 TAAACACTTCAATTTGCAGCATTCAAACACTTCAATTTGCAGCACTT
1 TAAACACTTCAATTTACAGCATTTAAACACTTCAATTTGCAGCA-TT
*
19673 T-AACACTTCAATTTACAGCATTTAAGCACTTCAATTTGCAGCACTT
1 TAAACACTTCAATTTACAGCATTTAAACACTTCAATTTGCAGCA-TT
* * * * * *
19719 T-TACA-TCTCAATTAACAACATTTATACACCTCAA-TTACAGCGA-T
1 TAAACACT-TCAATTTACAGCATTTAAACACTTCAATTTGCAGC-ATT
* * * ** * * *
19763 AAAACA-TCTCAATGTCCAGCAACTAAACACTTCAATTTGTAGTACT
1 TAAACACT-TCAATTTACAGCATTTAAACACTTCAATTTGCAGCATT
* * * * *
19809 TAAACACTTCAATTTGCAACATTTAAGCACATCAATTTACAGCATT
1 TAAACACTTCAATTTACAGCATTTAAACACTTCAATTTGCAGCATT
* *
19855 TAAACACTTCAATTTATAGCATTCAAACACTTCAATTTGCAGCACTT
1 TAAACACTTCAATTTACAGCATTTAAACACTTCAATTTGCAGCA-TT
*
19902 T-AACACTTCAATTTACAGCATTTAAGCACTTCAATTTGCAGCACTT
1 TAAACACTTCAATTTACAGCATTTAAACACTTCAATTTGCAGCA-TT
* * * * * *
19948 T-TACA-TCTCAATTAACAACATTTATACACCTCAA-TTACAGCGA-T
1 TAAACACT-TCAATTTACAGCATTTAAACACTTCAATTTGCAGC-ATT
* * * * ** * *
19992 AAAACA-TCTCCATGTCCAGCAACTAAACACTTCAATTT--AGTACT
1 TAAACACT-TCAATTTACAGCATTTAAACACTTCAATTTGCAGCATT
* * * *
20036 TAAACACTTCAATTTGCAACATTTAAGCACTTCAATTTACAGCATT
1 TAAACACTTCAATTTACAGCATTTAAACACTTCAATTTGCAGCATT
*
20082 TAAACACTTCAATTT---GCATTCAAACACTTCAATTTGCAGCACTT
1 TAAACACTTCAATTTACAGCATTTAAACACTTCAATTTGCAGCA-TT
*
20126 T-AACACTTCAATTTACAGCATTTAAGCACTTCAATTTGCAGCACTT
1 TAAACACTTCAATTTACAGCATTTAAACACTTCAATTTGCAGCA-TT
* * * * * *
20172 T-TACA-TCTCAATTAACAACATTTATACACCTCAA-TTACAGCGA-T
1 TAAACACT-TCAATTTACAGCATTTAAACACTTCAATTTGCAGC-ATT
* * * ** * * *
20216 AAAACA-TCTCAATGTCCAGCAACTAAACACTTTAATTTGCAGTAGT
1 TAAACACT-TCAATTTACAGCATTTAAACACTTCAATTTGCAGCATT
* * * * *
20262 TAAACACTTCAATTTGCAACATTTAAGCATTTCAATTTACAGCATT
1 TAAACACTTCAATTTACAGCATTTAAACACTTCAATTTGCAGCATT
**
20308 TAAACACTTCAATTGGCAGC-TTTCAAACACTTCAATTTGCAGCACTT
1 TAAACACTTCAATTTACAGCATTT-AAACACTTCAATTTGCAGCA-TT
** *
20355 T-AACACTTCAATTTACAGCACTTT--ACA-TCTCAATTAACAACATT
1 TAAACACTTCAATTTACAGCA-TTTAAACACT-TCAATTTGCAGCATT
* * * * * **
20399 TATACACCTCAA-TTACAGCGA-TAAAACA-TCTCAATGTCCAGCAAC
1 TAAACACTTCAATTTACAGC-ATTTAAACACT-TCAATTTGCAGCATT
* * * * *
20444 TAAACACTTGAATTTGCAGTACTTAAACACTTCAATTTGCAACATT
1 TAAACACTTCAATTTACAGCATTTAAACACTTCAATTTGCAGCATT
*
20490 TAAGCACTTCAATTTACAGCATTTAAACACTTCAATTT--AGCATT
1 TAAACACTTCAATTTACAGCATTTAAACACTTCAATTTGCAGCATT
* * *
20534 CAAACACTTCAATTTGCAGCACTTT-AACACTTCAATTTACAGCATT
1 TAAACACTTCAATTTACAGCA-TTTAAACACTTCAATTTGCAGCATT
* * ** *
20580 TAAGCACTTCAATTTGCAGCACTTT--ACA-TCTCAATTAACAACATT
1 TAAACACTTCAATTTACAGCA-TTTAAACACT-TCAATTTGCAGCATT
* * * * * **
20625 TATACACCTCAA-TTACAGCGA-TAAAACA-TCTCAATGTCCAGCAAC
1 TAAACACTTCAATTTACAGC-ATTTAAACACT-TCAATTTGCAGCATT
* * *
20670 TAAACACTTCAATTT-CAGTACTTAAACACTTCAATTTGCAACATT
1 TAAACACTTCAATTTACAGCATTTAAACACTTCAATTTGCAGCATT
* *
20715 TAAGCACTTCAATTTACAGCATTTAAATACTTCAATTTGCAGCATT
1 TAAACACTTCAATTTACAGCATTTAAACACTTCAATTTGCAGCATT
* * * *
20761 CAAACATTTCAATTTGCAGCACTTT-AACACTTCAATTTACAGCATT
1 TAAACACTTCAATTTACAGCA-TTTAAACACTTCAATTTGCAGCATT
** * * ** *
20807 TAAACACTTCAATTTGTAGCACTTT-TACA-TCTCAAATAACAACATT
1 TAAACACTTCAATTTACAGCA-TTTAAACACT-TCAATTTGCAGCATT
* * * * * **
20853 TATACACCTCAA-TTACAGCGA-TAAAACA-TCTC-ATGTCCAGCAAC
1 TAAACACTTCAATTTACAGC-ATTTAAACACT-TCAATTTGCAGCATT
* * *
20897 TAAACACTTCAATTT-CAGTACTTAAACACTTCAATTTGCAACATT
1 TAAACACTTCAATTTACAGCATTTAAACACTTCAATTTGCAGCATT
*
20942 TAAGCACTTCAATTTACAGCATTTAAACACTTCAATTT--AGCATT
1 TAAACACTTCAATTTACAGCATTTAAACACTTCAATTTGCAGCATT
* * *
20986 CAAACACTTCAATTTGCAGCACTTT-AACACTTCAATTTACAGCATT
1 TAAACACTTCAATTTACAGCA-TTTAAACACTTCAATTTGCAGCATT
* * * ** *
21032 TAAGCACTTCAATTTGCAGCACTTT-TACA-TCTCAATTAACAACATT
1 TAAACACTTCAATTTACAGCA-TTTAAACACT-TCAATTTGCAGCATT
* * ** * * *
21078 TATACAGCGATAAAACATCTCAATGTCCAGCAACTAAACACTTCAATTTTCAGTACT
1 TA-A-A-C------AC-T-TCAATTTACAGCATTTAAACACTTCAATTTGCAGCATT
* * * **
21135 TAAACACTTCAATTTGCAACATTTAAGCACTTCAATTTATAGCATT
1 TAAACACTTCAATTTACAGCATTTAAACACTTCAATTTGCAGCATT
*
21181 TAAACACTTCAATTT--AGCATTCAAA-ACTTCAATTTGCAGCACTT
1 TAAACACTTCAATTTACAGCATTTAAACACTTCAATTTGCAGCA-TT
*
21225 T-AACACTTCAATTTACAGCATTTAAGCACTTCAATTTGCAGCACTT
1 TAAACACTTCAATTTACAGCATTTAAACACTTCAATTTGCAGCA-TT
* * * * * *
21271 T-TACA-TCTCAATTAACAACATTTATACACCTCAA-TTACAGCGA-T
1 TAAACACT-TCAATTTACAGCATTTAAACACTTCAATTTGCAGC-ATT
* * * ** * *
21315 AAAACA-TCTCAATGTCCAGCAACTAAACACTTCAATTTGCAGTACT
1 TAAACACT-TCAATTTACAGCATTTAAACACTTCAATTTGCAGCATT
* * * * *
21361 TAAACACTTCAATTTGCAACATTTAAGCACATCAATTTACAGCATT
1 TAAACACTTCAATTTACAGCATTTAAACACTTCAATTTGCAGCATT
* *
21407 TAAACACTTCAATTTATAGCATTCAAACACTTCAATTTGCAGCACTT
1 TAAACACTTCAATTTACAGCATTTAAACACTTCAATTTGCAGCA-TT
*
21454 T-AACACTTCAATTTACAGCATTTAAGCACTTCAATTTGCAGCACTT
1 TAAACACTTCAATTTACAGCATTTAAACACTTCAATTTGCAGCA-TT
* * * ** **
21500 T-TACA-TCTCAATTAACAACATATTAATACAGCGATAAAACATCTCATGTCCAGCAAC
1 TAAACACT-TCAATTTACAGCAT-TTAA-ACA-C--T-TCA-AT-T--TG--CAGCATT
* * * *
21557 TAAACACTTCAATTTTCAGTACTTAAACACTTCAATTTGCAACATT
1 TAAACACTTCAATTTACAGCATTTAAACACTTCAATTTGCAGCATT
*
21603 TAAGCACTTCAATTTACAGCATTTAAACACTTCAATTTGCAGCATT
1 TAAACACTTCAATTTACAGCATTTAAACACTTCAATTTGCAGCATT
* * *
21649 CAAACACTTCAATTTGCAGCACTTT-AACACTTCAATTTACAGCATT
1 TAAACACTTCAATTTACAGCA-TTTAAACACTTCAATTTGCAGCATT
* * * ** *
21695 TAAGCACTTCAATTTGCAGCACTTT-TACA-TCTCAATTAACAACATT
1 TAAACACTTCAATTTACAGCA-TTTAAACACT-TCAATTTGCAGCATT
* * * * * **
21741 TATACACCTCAA-TTACAGCGA-TAAAACA-TCTCAATGTCCAGCAAC
1 TAAACACTTCAATTTACAGC-ATTTAAACACT-TCAATTTGCAGCATT
* * * *
21786 TAAACACTTCAATTTGCAGTACTTAAACACTTCAATTTGCAACATT
1 TAAACACTTCAATTTACAGCATTTAAACACTTCAATTTGCAGCATT
*
21832 TAAGCACTTCAATTTACAGCATTTAAACACTTCAATTTGCAGCATT
1 TAAACACTTCAATTTACAGCATTTAAACACTTCAATTTGCAGCATT
* *
21878 CAAACACTTCAATTTGCAGCACTTT-AACACTTCAATTTGCAGCACTT
1 TAAACACTTCAATTTACAGCA-TTTAAACACTTCAATTTGCAGCA-TT
* * * * *
21925 T-AACA-TCTCAACTAACAACATTT-AACACCTCAA-TTACAGCGA-T
1 TAAACACT-TCAATTTACAGCATTTAAACACTTCAATTTGCAGC-ATT
* * * ** * *
21968 AAAACA-TCTCAATGTCCAGCAACTAAACACTTCAATTTGCAGTACT
1 TAAACACT-TCAATTTACAGCATTTAAACACTTCAATTTGCAGCATT
* * * *
22014 TAAACACTTCAATTTGCAACATTTAAGCACTTCAATTTACAGCATT
1 TAAACACTTCAATTTACAGCATTTAAACACTTCAATTTGCAGCATT
* *
22060 TAAACACTTCAATTTGCAGC-TTTCAAACACTTCAATTTGCAACACTT
1 TAAACACTTCAATTTACAGCATTT-AAACACTTCAATTTGCAGCA-TT
* * ** *
22107 T-AACACTTCAATTTGCAGCACTTT-TACA-TCTCAATTAACAACATT
1 TAAACACTTCAATTTACAGCA-TTTAAACACT-TCAATTTGCAGCATT
* * * * * **
22152 TATACACCTCAA-TTACAGCGA-TAAAACA-TCTCAATGTCCAGCAAC
1 TAAACACTTCAATTTACAGC-ATTTAAACACT-TCAATTTGCAGCATT
* * *
22197 TAAACACTTCAATTT-CAGTACTTAAACACTTCAATTTGCAACATT
1 TAAACACTTCAATTTACAGCATTTAAACACTTCAATTTGCAGCATT
*
22242 TAAGCACTTCAA-TTACAGCATTTAAACACTTCAATTAT--AGCATT
1 TAAACACTTCAATTTACAGCATTTAAACACTTCAATT-TGCAGCATT
* * *
22286 CAAACACTTCAATTTGCAGCACTTT-AACACTTCAATTTACAGCATT
1 TAAACACTTCAATTTACAGCA-TTTAAACACTTCAATTTGCAGCATT
* * * ** *
22332 TAAGCACTTCAATTTGCAGCACTTT-TACA-TCTCAATTAACAACATT
1 TAAACACTTCAATTTACAGCA-TTTAAACACT-TCAATTTGCAGCATT
* * * * * **
22378 TATACACCTCAA-TTACAGCGA-TAAAACA-TCTCAATGTCCAGCAAC
1 TAAACACTTCAATTTACAGC-ATTTAAACACT-TCAATTTGCAGCATT
*
22423 TAAACAC-TCAATTT-CAG--TTTAAACACTTCAATTTGCAACATT
1 TAAACACTTCAATTTACAGCATTTAAACACTTCAATTTGCAGCATT
*
22465 TAAGCACTTCAATTTACAGCATTTAAACACTTCAATTTGCAGCATT
1 TAAACACTTCAATTTACAGCATTTAAACACTTCAATTTGCAGCATT
* * *
22511 CAAACACTTCAATTTGCAGCACTTT-AACACTTCAATTTACAGCATT
1 TAAACACTTCAATTTACAGCA-TTTAAACACTTCAATTTGCAGCATT
* * * ** *
22557 TAAGCACTTCAATTTGCAGCACTTT-TACA-TCTCAATTAACAACATT
1 TAAACACTTCAATTTACAGCA-TTTAAACACT-TCAATTTGCAGCATT
* * * * * **
22603 TATACACCTCAA-TTACAGCGA-TAAAACA-TCTCAATGTCCAGCAAC
1 TAAACACTTCAATTTACAGC-ATTTAAACACT-TCAATTTGCAGCATT
* * * *
22648 TAAACACTTCAATTTGCAGTACTTAAACACTTCAATTTGCAACATT
1 TAAACACTTCAATTTACAGCATTTAAACACTTCAATTTGCAGCATT
* **
22694 TAAGCAC-TCAATTTACAGCATTTAAACACTTCAATTTATAGCATT
1 TAAACACTTCAATTTACAGCATTTAAACACTTCAATTTGCAGCATT
* * *
22739 CAAACACTTCAATTTGCA-CACTTT-AACACTTCAATTTACAGCATT
1 TAAACACTTCAATTTACAGCA-TTTAAACACTTCAATTTGCAGCATT
* * * ** *
22784 T-AAGACTTCAATTTGCAGCACTTT-TACA-TCTCAATTAACAACATT
1 TAAACACTTCAATTTACAGCA-TTTAAACACT-TCAATTTGCAGCATT
* * * * * **
22829 TATACACCTCAA-TTACAGCGA-TAAAACA-TCTCAATGTCCAGCAAC
1 TAAACACTTCAATTTACAGC-ATTTAAACACT-TCAATTTGCAGCATT
* * *
22874 TAAACACTTCAATTT--AGTACTTAAACACTTCAATTTGCAACATT
1 TAAACACTTCAATTTACAGCATTTAAACACTTCAATTTGCAGCATT
*
22918 TAAGCACTTCAATTTACAGCATTTAAACACTTCAATTTGCAGCATT
1 TAAACACTTCAATTTACAGCATTTAAACACTTCAATTTGCAGCATT
* * *
22964 CAAACACTTCAATTTGCAGCACTTT-AACACTTCAATTTACAGCATT
1 TAAACACTTCAATTTACAGCA-TTTAAACACTTCAATTTGCAGCATT
* * * ** *
23010 TAAGCACTTCAATTTGCAGCACTTT-TACA-TCTCAATTAACAACATT
1 TAAACACTTCAATTTACAGCA-TTTAAACACT-TCAATTTGCAGCATT
* * * * * **
23056 TATACACCTCAA-TTACAGCGA-TAAAACA-TCTCAATGTCCAGCAAC
1 TAAACACTTCAATTTACAGC-ATTTAAACACT-TCAATTTGCAGCATT
* * * * * *
23101 AAAACACTTTAATTTGCAGTAGTTAAACACTTCAATTTGCAACATT
1 TAAACACTTCAATTTACAGCATTTAAACACTTCAATTTGCAGCATT
* * *
23147 TAAGCATTTCAATTTACAGCATTTAAACACTTCAATTGGCAGCATT
1 TAAACACTTCAATTTACAGCATTTAAACACTTCAATTTGCAGCATT
* * *
23193 CAAACACTTCAATTTGCAGCACTTT-AACACTTCAATTTACAGCACTT
1 TAAACACTTCAATTTACAGCA-TTTAAACACTTCAATTTGCAGCA-TT
* * * * * *
23240 T-TACA-TCTCAATTAACAACATTTATACACCTCAA-TTACAGCGA-T
1 TAAACACT-TCAATTTACAGCATTTAAACACTTCAATTTGCAGC-ATT
* * * ** * *
23284 AAAACA-TCTCAATGTCCAGCAACTAAACACTTCAATTTGCAGTACT
1 TAAACACT-TCAATTTACAGCATTTAAACACTTCAATTTGCAGCATT
* * * * *
23330 TAAACACTTCAATTTGCAACATTTAAGCACATCAATTTACAGCATT
1 TAAACACTTCAATTTACAGCATTTAAACACTTCAATTTGCAGCATT
* * *
23376 TAAACACCTCAATTTATAGCATTCAAACACTTCAATTTGCAGCACTT
1 TAAACACTTCAATTTACAGCATTTAAACACTTCAATTTGCAGCA-TT
*
23423 T-AACACTTCAATTTACAGCATTTAAGA-GCTTCAATTTGCAGCACTT
1 TAAACACTTCAATTTACAGCATTTAA-ACACTTCAATTTGCAGCA-TT
* * * * *
23469 T-AACA-TCTCAATTAACAACATTTATACACCTCAA-TTACAGCGA-T
1 TAAACACT-TCAATTTACAGCATTTAAACACTTCAATTTGCAGC-ATT
* * * *** * * * *
23513 AAAACA-TCTCAATGTCCAGCAACAAAACACTTTAATTTACAGTAGT
1 TAAACACT-TCAATTTACAGCATTTAAACACTTCAATTTGCAGCATT
* * * *
23559 TAAACACTTCAATTTGCAACATTTAAGCACTTCAATTTACAGCATT
1 TAAACACTTCAATTTACAGCATTTAAACACTTCAATTTGCAGCATT
* * * *
23605 TAAATACTTCAATTTGCAGCATTCAAACATTTCAATTTGCAGCACTT
1 TAAACACTTCAATTTACAGCATTTAAACACTTCAATTTGCAGCA-TT
*
23652 T-AACACTTCAATTTACAGCATTTAAGCACTTCAATTTGCAGCACTT
1 TAAACACTTCAATTTACAGCATTTAAACACTTCAATTTGCAGCA-TT
* * * * * *
23698 T-TACA-TCTCAATTAACAACATTTATACACCTCAA-TTACAGCGA-T
1 TAAACACT-TCAATTTACAGCATTTAAACACTTCAATTTGCAGC-ATT
* * * ** * *
23742 AAAACA-TCTCAATGTCCAGCAACTAAACACTTCAATTTGCAGTACT
1 TAAACACT-TCAATTTACAGCATTTAAACACTTCAATTTGCAGCATT
* * * * *
23788 TAAACACTTCAATTTGCAACATTTAAGCACATCAATTTACAGCATT
1 TAAACACTTCAATTTACAGCATTTAAACACTTCAATTTGCAGCATT
* * *
23834 TAAACACTTCAATTTATAGCATTCAAACACTTCAATTTGCAACACTT
1 TAAACACTTCAATTTACAGCATTTAAACACTTCAATTTGCAGCA-TT
* **
23881 T-AACACTTCAATTTACAGCACTTAGGCACTTCAATTTGCAGCACTT
1 TAAACACTTCAATTTACAGCATTTAAACACTTCAATTTGCAGCA-TT
* * * * * * **
23927 T-TACA-TCTCAATTAACAACATTTATACAGCGATAAAACATCTCCATGTCCAGCAAC
1 TAAACACT-TCAATTTACAGCATTTA-A-A-C------AC-T-TCAATTTGCAGCATT
* * * *
23983 TAAACACTACAATTTTCAGTC-CTTAAACACTTCAATTTGCAACATT
1 TAAACACTTCAATTTACAG-CATTTAAACACTTCAATTTGCAGCATT
*
24029 TAAGCACTTCAATTTACAGCATTTAAACACTTCAATTTGCAGCATT
1 TAAACACTTCAATTTACAGCATTTAAACACTTCAATTTGCAGCATT
* * *
24075 CAAACACTTCAATTTGCAGCACTT-AACACTTCAATTTGCAGCACTT
1 TAAACACTTCAATTTACAGCATTTAAACACTTCAATTTGCAGCA-TT
* * * *
24121 T-AACA-TCTCAATTAAACAACATTTATACACCTCAATTAT--AGCGA-T
1 TAAACACT-TCAATT-TACAGCATTTAAACACTTCAATT-TGCAGC-ATT
* * * ** * *
24166 AAAACA-TCTCAATGTCCAGCAACTAAACACTTCAATTTGCAGTACT
1 TAAACACT-TCAATTTACAGCATTTAAACACTTCAATTTGCAGCATT
*
24212 TAAATACTTCAATTT
1 TAAACACTTCAATTT
24227 TGTTAAGTTT
Statistics
Matches: 7057, Mismatches: 1479, Indels: 858
0.75 0.16 0.09
Matches are distributed among these distances:
42 31 0.00
43 108 0.02
44 491 0.07
45 1556 0.22
46 4471 0.63
47 166 0.02
48 21 0.00
49 6 0.00
50 3 0.00
51 7 0.00
52 5 0.00
53 5 0.00
54 8 0.00
55 17 0.00
56 40 0.01
57 98 0.01
58 23 0.00
59 1 0.00
ACGTcount: A:0.37, C:0.24, G:0.07, T:0.32
Consensus pattern (46 bp):
TAAACACTTCAATTTACAGCATTTAAACACTTCAATTTGCAGCATT
Found at i:15289 original size:69 final size:69
Alignment explanation
Indices: 15216--24226 Score: 5751
Period size: 69 Copynumber: 130.9 Consensus size: 69
15206 GTCCAGCAAC
* * * * * * *
15216 TAAACACTTCAATTTGCAGTACTTAAATACTTCGATTTGCAACATTTAAGCACATCAATTTACAG
1 TAAACACTTCAATTTGCAGCACTTAAACACTTCAATTTGCAGCATTTAAACACTTCAATTTGCAG
15281 CATT
66 CATT
* *
15285 TAAACACTTCAATTTGTAGCA-TTCAAACACTTCAATTTGCAGCACTTT-AACACTTCATTTTGC
1 TAAACACTTCAATTTGCAGCACTT-AAACACTTCAATTTGCAGCA-TTTAAACACTTCAATTTGC
15348 AGCACTT
64 AGCA-TT
** * * * * * * * * *
15355 T-AACA-TCTCAATTAACAACATTTATACACCTCAA-TTACAGCAATAAAACA-TCTCAATGTCC
1 TAAACACT-TCAATTTGCAGCACTTAAACACTTCAATTTGCAGCATTTAAACACT-TCAATTTGC
**
15416 AGCAAC
64 AGCATT
* * * * *
15422 TAAACACTTCAATTTGCAGTACTTAAACACTTCAATTTGCAACATTTAAGCACATCAATTTACAG
1 TAAACACTTCAATTTGCAGCACTTAAACACTTCAATTTGCAGCATTTAAACACTTCAATTTGCAG
15487 CATT
66 CATT
** * *
15491 TAAACACTTCAATTTATAGCA-TTCAAACACTTCAATTTGCAACACTTT-AACACTTCAATTTTC
1 TAAACACTTCAATTTGCAGCACTT-AAACACTTCAATTTGCAGCA-TTTAAACACTTCAATTTGC
15554 AGCATT
64 AGCATT
* ** ** * * * *
15560 TAAGCACTTCAATTTGCAGCACTTTTACA-TCTCAATTAACAACATTTATACACCTCAA-TTACA
1 TAAACACTTCAATTTGCAGCACTTAAACACT-TCAATTTGCAGCATTTAAACACTTCAATTTGCA
15623 GCGA-T
65 GC-ATT
* * * * * *
15628 AAAACA-TCTCCATGTCCAGCAGC-TAAACATTTCAATCTT-CAGTC-CTTAAACACTTCAATTT
1 TAAACACT-TCAATTTGCAGCA-CTTAAACACTTCAAT-TTGCAG-CATTTAAACACTTCAATTT
*
15689 GCAACATT
62 GCAGCATT
* * * *
15697 TAAGCACTTCAATTTACAGCA-TTTAA-ACTTCAATTTGCAGCATTCAAACACTTCAATTTGCAG
1 TAAACACTTCAATTTGCAGCACTTAAACACTTCAATTTGCAGCATTTAAACACTTCAATTTGCAG
15760 CACTT
66 CA-TT
* * * * **
15765 T-AACACTTCAATTTACAGCATTTAAGCACTTCAATTTGCAGCACTTT-TACA-TCTCAATTAAC
1 TAAACACTTCAATTTGCAGCACTTAAACACTTCAATTTGCAGCA-TTTAAACACT-TCAATTTGC
*
15827 AACATT
64 AGCATT
* * * * * * **
15833 TATACACCTCAA-TTACAGCGA-TAAAACA-TCTCAATGTCCAGCAACTAAACACTTCAATTTGC
1 TAAACACTTCAATTTGCAGC-ACTTAAACACT-TCAATTTGCAGCATTTAAACACTTCAATTTGC
* *
15895 AGTACT
64 AGCATT
* * * * * **
15901 TAAACACTTCAATTTGCAACATTTAAGCACATCAATTTACAGCATTTAAACACTTCAATTTATAG
1 TAAACACTTCAATTTGCAGCACTTAAACACTTCAATTTGCAGCATTTAAACACTTCAATTTGCAG
15966 CATT
66 CATT
* * * * *
15970 CAAACACTTCAATTTGCAGCACTTTAACACTTCAATTTACAGCATTTAAGCACTTCAATTTCCAG
1 TAAACACTTCAATTTGCAGCACTTAAACACTTCAATTTGCAGCATTTAAACACTTCAATTTGCAG
16035 CACTT
66 CA-TT
* ** * * * * * * * *
16040 T-TACA-TCTCAATTAACAACATTTATACACCTCAA-TTACAGCGA-TAAAACA-TCTC-ATGTC
1 TAAACACT-TCAATTTGCAGCACTTAAACACTTCAATTTGCAGC-ATTTAAACACT-TCAATTTG
**
16099 CAGCAAC
63 CAGCATT
* * * * **
16106 TAAACACTTCAATTT-TAGTACTTAAACACTTCAATTTGCAACATTTAAGCACTTCAATTTATAG
1 TAAACACTTCAATTTGCAGCACTTAAACACTTCAATTTGCAGCATTTAAACACTTCAATTTGCAG
16170 CATT
66 CATT
* *
16174 TAAACACTTCAATTTGCACCA-TTCAAACACTTCAATTTGCAGCACTTT-AACACTTCAATTTAC
1 TAAACACTTCAATTTGCAGCACTT-AAACACTTCAATTTGCAGCA-TTTAAACACTTCAATTTGC
16237 AGCATT
64 AGCATT
* ** ** * * * *
16243 TAAGCACTTCAATTTGCAGCACTTTTACA-TCTCAA-TTAAAACATTTATACACCTCAA-TTACA
1 TAAACACTTCAATTTGCAGCACTTAAACACT-TCAATTTGCAGCATTTAAACACTTCAATTTGCA
16305 GCGA-T
65 GC-ATT
* * * ** * *
16310 AAAACA-TCTCAATGTCCAGCAAATAAACACTTCAATTTGCAGTACTTAAA-ACTTCAATTTGCA
1 TAAACACT-TCAATTTGCAGCACTTAAACACTTCAATTTGCAGCATTTAAACACTTCAATTTGCA
*
16373 ACATT
65 GCATT
* * * * * *
16378 TAAGCACTTCAATTTACAGCATTTAAAAACTTCAATTTGTAGCATTCAAACACTTCAATTTGCAG
1 TAAACACTTCAATTTGCAGCACTTAAACACTTCAATTTGCAGCATTTAAACACTTCAATTTGCAG
16443 CATT
66 CATT
* * ** ** * * * *
16447 TAAGCACTTCAATTTGCTGCACTTTTACA-TCTCAATTAACAACATTTATACACCTCAA-TTACA
1 TAAACACTTCAATTTGCAGCACTTAAACACT-TCAATTTGCAGCATTTAAACACTTCAATTTGCA
*
16510 GCGA-C
65 GC-ATT
* * * * *
16515 AAAACA-TCTCAATGTCCAGCAAC-TAAACACTTCAATTTGCAGTAGTTAAACACTTCAATTTGC
1 TAAACACT-TCAATTTGCAGC-ACTTAAACACTTCAATTTGCAGCATTTAAACACTTCAATTTGC
*
16578 AACATT
64 AGCATT
* * * * *
16584 TAAGCACATCAATTTACAGCATTTAAACACTTCAATTTGCAGCATTCAAACACTTCAATTTGCAG
1 TAAACACTTCAATTTGCAGCACTTAAACACTTCAATTTGCAGCATTTAAACACTTCAATTTGCAG
16649 CACTT
66 CA-TT
* * * * **
16654 T-AACACTTCAATTTACAGCATTTAAGCACTTCAATTTGCAGCACTTT-TACA-TCTCAATTAAC
1 TAAACACTTCAATTTGCAGCACTTAAACACTTCAATTTGCAGCA-TTTAAACACT-TCAATTTGC
*
16716 AACATT
64 AGCATT
* * * * * * **
16722 TATACACCTCAA-TTACAGCGA-TAAAACA-TCTCAATGTCCAGCAACTAAACACTTCAATTTGC
1 TAAACACTTCAATTTGCAGC-ACTTAAACACT-TCAATTTGCAGCATTTAAACACTTCAATTTGC
* *
16784 AGTACT
64 AGCATT
* * * * * **
16790 TAAACACTTCAATTTGCAACATTTAAGCAC-ACAATTTACAGCATTTAAACACTTCAATTTATAG
1 TAAACACTTCAATTTGCAGCACTTAAACACTTCAATTTGCAGCATTTAAACACTTCAATTTGCAG
16854 CATT
66 CATT
* * * *
16858 CAAACACTTCAATTTGCAGCACTTTAACACTTCAATTTACAGCATTTAAGCACTTCAATTTGCAG
1 TAAACACTTCAATTTGCAGCACTTAAACACTTCAATTTGCAGCATTTAAACACTTCAATTTGCAG
16923 CACTTT
66 CA--TT
* * * * * * **
16929 TACATCTCAATTAACAACATTTATACAGCGA-TAAAACA-TCTCAATGTCCAGCAACTAAACACT
1 TA-A--ACACTT--C-A-A-TT-TGCAGC-ACTTAAACACT-TCAATTTGCAGCATTTAAACACT
*
16992 TCAATTT-C-G-GTCT
55 TCAATTTGCAGCAT-T
* * * * *
17005 TAAACACTTCAATTTGCAACATTTAAGCACTTCAATTTACAGCATTTAAACACTTCAATTTCCAG
1 TAAACACTTCAATTTGCAGCACTTAAACACTTCAATTTGCAGCATTTAAACACTTCAATTTGCAG
17070 CACTT
66 CA-TT
* * ** * * * *
17075 T-AACACTTCATTTTGCAGCACTTTAACA-TCTCAATTAACAACATTTATACACCTCAA-TTACA
1 TAAACACTTCAATTTGCAGCACTTAAACACT-TCAATTTGCAGCATTTAAACACTTCAATTTGCA
17137 GCGA-T
65 GC-ATT
* * * * *
17142 AAAACA-TCTCAATGTCCAGCAAC-TAAACACTTCAATTTGCAGTACTTAAACACTTCAATTTGC
1 TAAACACT-TCAATTTGCAGC-ACTTAAACACTTCAATTTGCAGCATTTAAACACTTCAATTTGC
*
17205 AACATT
64 AGCATT
* * * * ** *
17211 TAAGCAC-ACAATTTACAGCATTTAAACACTTCAATTTATAGCATTCAAACACTTCAATTTGCAG
1 TAAACACTTCAATTTGCAGCACTTAAACACTTCAATTTGCAGCATTTAAACACTTCAATTTGCAG
17275 CACTT
66 CA-TT
* * * * **
17280 T-AACACTTCAATTTACAGCATTTAAGCACTTCAATTTGCAGCACTTT-TACA-TCTCAATTAAC
1 TAAACACTTCAATTTGCAGCACTTAAACACTTCAATTTGCAGCA-TTTAAACACT-TCAATTTGC
*
17342 AACATT
64 AGCATT
* ** * *
17348 TATACAGCGATAAAACATCTCATGTCCAGCAAC-TAAACACTTCAATTTGCAGTACTTAAACACT
1 TAAACA-C--T-TCA-AT-T--TG--CAGC-ACTTAAACACTTCAATTTGCAGCATTTAAACACT
*
17412 TCAATTTGCAACATT
55 TCAATTTGCAGCATT
* * * *
17427 TAAGCACTTCAATTTACAGCATTTAAACACTTCAATTTGCAGCATTCAAACACTTCAATTTGCAG
1 TAAACACTTCAATTTGCAGCACTTAAACACTTCAATTTGCAGCATTTAAACACTTCAATTTGCAG
17492 CACTT
66 CA-TT
* * * **
17497 T-AACACTTCAATTTACAGCATTTAAGCACTTCAATTTGCAGCACTTT--ACA-TCTCAATTAAC
1 TAAACACTTCAATTTGCAGCACTTAAACACTTCAATTTGCAGCA-TTTAAACACT-TCAATTTGC
*
17558 AACATT
64 AGCATT
* * * * * * **
17564 TATACACCTCAA-TTACAGCGA-TAAAACA-TCTCAATGTCCAGCAACTAAACACTTCAATTTGC
1 TAAACACTTCAATTTGCAGC-ACTTAAACACT-TCAATTTGCAGCATTTAAACACTTCAATTTGC
* *
17626 AGTACT
64 AGCATT
* * * *
17632 TAAACACTTCAATTTGCAACATTTAAGCACTTCAATTTACAGCATTTAAACACTTCAATTTGCAG
1 TAAACACTTCAATTTGCAGCACTTAAACACTTCAATTTGCAGCATTTAAACACTTCAATTTGCAG
17697 CATT
66 CATT
* * **
17701 CAAACACTTCAATTTGCAGCACTTTAACACTTCAATTTGCAGCACTTT--ACA-TCTCAATTAAC
1 TAAACACTTCAATTTGCAGCACTTAAACACTTCAATTTGCAGCA-TTTAAACACT-TCAATTTGC
*
17763 AACATT
64 AGCATT
* * * * * **
17769 T-AACACCTCAA-TTACAGCGA-TAAAACA-TCTCAATGTCCAGCAACTAAACACTTCAATTTGC
1 TAAACACTTCAATTTGCAGC-ACTTAAACACT-TCAATTTGCAGCATTTAAACACTTCAATTTGC
* *
17830 AGTACT
64 AGCATT
* * * * *
17836 TAAACACTTCAATTTGCAACATTTAAGCACTTCAATTTACAGCATTTAAACACTTCAATTTGTAG
1 TAAACACTTCAATTTGCAGCACTTAAACACTTCAATTTGCAGCATTTAAACACTTCAATTTGCAG
17901 CATT
66 CATT
* * **
17905 CAAACACTTCAATTTGCAGCACTTTAACACTTCAATTTGCAGCACTTT--ACA-TCTCAATTAAC
1 TAAACACTTCAATTTGCAGCACTTAAACACTTCAATTTGCAGCA-TTTAAACACT-TCAATTTGC
*
17967 AACATT
64 AGCATT
* * * * * * **
17973 TATACACCTCAA-TTACAGCGA-TAAAACA-TCTCAATGTCCAGCAACTAAACACTTCAATTTGC
1 TAAACACTTCAATTTGCAGC-ACTTAAACACT-TCAATTTGCAGCATTTAAACACTTCAATTTGC
* *
18035 AGTACT
64 AGCATT
* * * * **
18041 TAAACACTTCAATTTGCAACATTTAAGCACTTCAATTTACAGCATTTAAACACTTCAATTTATAG
1 TAAACACTTCAATTTGCAGCACTTAAACACTTCAATTTGCAGCATTTAAACACTTCAATTTGCAG
18106 CATT
66 CATT
* * * * *
18110 CAAACACTTCAATTTGCAACACTTTAACACTTCAATTTACAGCATTTAAGCACTTCAATTTGCAG
1 TAAACACTTCAATTTGCAGCACTTAAACACTTCAATTTGCAGCATTTAAACACTTCAATTTGCAG
18175 CACTT
66 CA-TT
* ** * * * * * * * *
18180 T-TACA-TCTCAATTAACAACATTTATACACCTCAA-TTACAGCGA-TAAAACA-TCTCAATGTC
1 TAAACACT-TCAATTTGCAGCACTTAAACACTTCAATTTGCAGC-ATTTAAACACT-TCAATTTG
**
18240 CAGCAAC
63 CAGCATT
* * * *
18247 TAAACACTTCAATTT-CAGTACTTAAACACTTCAATTTGCAACATTTAAGCACTTCAATTTACAG
1 TAAACACTTCAATTTGCAGCACTTAAACACTTCAATTTGCAGCATTTAAACACTTCAATTTGCAG
18311 CATT
66 CATT
*
18315 TAAACACTTCAATTTGCAGCA-TTCAAACACTTCAATTTGCAGCACTTT-AACACTTCAATTTAC
1 TAAACACTTCAATTTGCAGCACTT-AAACACTTCAATTTGCAGCA-TTTAAACACTTCAATTTGC
18378 AGCATT
64 AGCATT
* ** ** * * * *
18384 TAAGCACTTCAATTTGCAGCACTTTTACA-TCTCAATTAACAACATTTATACACCTCAA-TTACA
1 TAAACACTTCAATTTGCAGCACTTAAACACT-TCAATTTGCAGCATTTAAACACTTCAATTTGCA
18447 GCGA-T
65 GC-ATT
* * * * *
18452 AAAACA-TCTCAATGTCCAGCAAC-TAAACACTTCAATTTGCAGTACTTAAACACTTCAATTTGC
1 TAAACACT-TCAATTTGCAGC-ACTTAAACACTTCAATTTGCAGCATTTAAACACTTCAATTTGC
*
18515 AACATT
64 AGCATT
* * * * ** * *
18521 TAAGCACATCAATTTACAGCATTTAAACACTTCAATTTATAGCATTCAAACACTTCAATTTGCAA
1 TAAACACTTCAATTTGCAGCACTTAAACACTTCAATTTGCAGCATTTAAACACTTCAATTTGCAG
18586 CACTT
66 CA-TT
* * * * **
18591 T-AACACTTCAATTTACAGCATTTAAGCACTTCAATTTGCAGCACTTT-TACA-TCTCAATTAAC
1 TAAACACTTCAATTTGCAGCACTTAAACACTTCAATTTGCAGCA-TTTAAACACT-TCAATTTGC
*
18653 AACATT
64 AGCATT
* * * * * *
18659 TATACAGCGATAAAACATCTCCATGTCCAGCAAC-TAAACACTACAATTTTCAGTC-CTTAAACA
1 TA-A-A-C------AC-T-TCAATTTGCAGC-ACTTAAACACTTCAATTTGCAG-CATTTAAACA
*
18722 CTTCAATTTGCAACATT
53 CTTCAATTTGCAGCATT
* * * *
18739 TAAGCACTTCAATTTACAGCATTTAAACACTTCAATTTGCAGCATTCAAACACTTCAATTTGCAG
1 TAAACACTTCAATTTGCAGCACTTAAACACTTCAATTTGCAGCATTTAAACACTTCAATTTGCAG
18804 CACTT
66 CA-TT
* * * * **
18809 T-AACACTTCAATTTACAGCATTTAAGCACTTCAATTTGCAGCACTTT-TACA-TCTCAATTAAC
1 TAAACACTTCAATTTGCAGCACTTAAACACTTCAATTTGCAGCA-TTTAAACACT-TCAATTTGC
*
18871 AACATT
64 AGCATT
* * * * * * **
18877 TATACACCTCAA-TTACAGCGA-TAAAACA-TCTCAATGTCCAGCAACTAAACACTTCAATTTGC
1 TAAACACTTCAATTTGCAGC-ACTTAAACACT-TCAATTTGCAGCATTTAAACACTTCAATTTGC
18939 -G-ATACT
64 AGCAT--T
* * * *
18945 TAAACACTTCAATTTGCAACATTTAAGCACTTCAATTTACAGCATTTAAACACTTCAATTT--AG
1 TAAACACTTCAATTTGCAGCACTTAAACACTTCAATTTGCAGCATTTAAACACTTCAATTTGCAG
19008 CATT
66 CATT
* * **
19012 CAAACACTTCAATTTGCAGCACTTTAACACTTCAATTTGCAGCACTTT-AACA-TCTCAATTAAC
1 TAAACACTTCAATTTGCAGCACTTAAACACTTCAATTTGCAGCA-TTTAAACACT-TCAATTTGC
*
19075 AACATT
64 AGCATT
* * * * * * **
19081 TATACACCTCAA-TTACAGCGA-TAAAACA-TCTCAATGTCCAGCAACTAAACACTTCAATTTGC
1 TAAACACTTCAATTTGCAGC-ACTTAAACACT-TCAATTTGCAGCATTTAAACACTTCAATTTGC
* *
19143 AGTACT
64 AGCATT
* * * * ** *
19149 TAAACACTTCAATTTGCAACATTTAAGCACTTCAATTTACAGCATTTAAACACTTCAGGTTGTAG
1 TAAACACTTCAATTTGCAGCACTTAAACACTTCAATTTGCAGCATTTAAACACTTCAATTTGCAG
19214 CATT
66 CATT
* * **
19218 CAAACACTTCAATTTGCAGCACTTTAACACTTCAATTTGCAGCACTTT-AACA-TCTCAATTAAC
1 TAAACACTTCAATTTGCAGCACTTAAACACTTCAATTTGCAGCA-TTTAAACACT-TCAATTTGC
*
19281 AACATT
64 AGCATT
* * * * * * **
19287 TATACACCTCAA-TTACAGCGA-TAAAACA-TCTCAATGTCCAGCAACTAAACACTTCAATTTGC
1 TAAACACTTCAATTTGCAGC-ACTTAAACACT-TCAATTTGCAGCATTTAAACACTTCAATTTGC
* *
19349 AGTACT
64 AGCATT
* * * * **
19355 TAAACACTTCAATTTGCAACATTTAAGCACTTCAATTTACAGCATTTAAACACTTCAATTTATAG
1 TAAACACTTCAATTTGCAGCACTTAAACACTTCAATTTGCAGCATTTAAACACTTCAATTTGCAG
19420 CATT
66 CATT
* * * * *
19424 CAAACACTTCAATTTGCAACACTTTAACACTTCAATTTACAGCATTTAAGCACTTCAATTTGCAG
1 TAAACACTTCAATTTGCAGCACTTAAACACTTCAATTTGCAGCATTTAAACACTTCAATTTGCAG
19489 CACTT
66 CA-TT
* ** * * * * * * * *
19494 T-TACA-TCTCAATTAACAACATTTATACACCTCAA-TTACAGCGA-TAAAACA-TCTC-ATGTC
1 TAAACACT-TCAATTTGCAGCACTTAAACACTTCAATTTGCAGC-ATTTAAACACT-TCAATTTG
**
19553 CAGCAAC
63 CAGCATT
* * * *
19560 TAAACAC-TCAATTT-CAG-TCTTAAACACTTCAATTTGCAACATTTAAGCACTTCAATTTACAG
1 TAAACACTTCAATTTGCAGCACTTAAACACTTCAATTTGCAGCATTTAAACACTTCAATTTGCAG
19622 CATT
66 CATT
*
19626 TAAACACTTCAATTTGCAGCA-TTCAAACACTTCAATTTGCAGCACTTT-AACACTTCAATTTAC
1 TAAACACTTCAATTTGCAGCACTT-AAACACTTCAATTTGCAGCA-TTTAAACACTTCAATTTGC
19689 AGCATT
64 AGCATT
* ** ** * * * *
19695 TAAGCACTTCAATTTGCAGCACTTTTACA-TCTCAATTAACAACATTTATACACCTCAA-TTACA
1 TAAACACTTCAATTTGCAGCACTTAAACACT-TCAATTTGCAGCATTTAAACACTTCAATTTGCA
19758 GCGA-T
65 GC-ATT
* * * * * *
19763 AAAACA-TCTCAATGTCCAGCAAC-TAAACACTTCAATTTGTAGTACTTAAACACTTCAATTTGC
1 TAAACACT-TCAATTTGCAGC-ACTTAAACACTTCAATTTGCAGCATTTAAACACTTCAATTTGC
*
19826 AACATT
64 AGCATT
* * * * ** *
19832 TAAGCACATCAATTTACAGCATTTAAACACTTCAATTTATAGCATTCAAACACTTCAATTTGCAG
1 TAAACACTTCAATTTGCAGCACTTAAACACTTCAATTTGCAGCATTTAAACACTTCAATTTGCAG
19897 CACTT
66 CA-TT
* * * * **
19902 T-AACACTTCAATTTACAGCATTTAAGCACTTCAATTTGCAGCACTTT-TACA-TCTCAATTAAC
1 TAAACACTTCAATTTGCAGCACTTAAACACTTCAATTTGCAGCA-TTTAAACACT-TCAATTTGC
*
19964 AACATT
64 AGCATT
* * * * * * * **
19970 TATACACCTCAA-TTACAGCGA-TAAAACA-TCTCCATGTCCAGCAACTAAACACTTCAATTT--
1 TAAACACTTCAATTTGCAGC-ACTTAAACACT-TCAATTTGCAGCATTTAAACACTTCAATTTGC
* *
20030 AGTACT
64 AGCATT
* * * *
20036 TAAACACTTCAATTTGCAACATTTAAGCACTTCAATTTACAGCATTTAAACACTTCAATTT---G
1 TAAACACTTCAATTTGCAGCACTTAAACACTTCAATTTGCAGCATTTAAACACTTCAATTTGCAG
20098 CATT
66 CATT
* * * *
20102 CAAACACTTCAATTTGCAGCACTTTAACACTTCAATTTACAGCATTTAAGCACTTCAATTTGCAG
1 TAAACACTTCAATTTGCAGCACTTAAACACTTCAATTTGCAGCATTTAAACACTTCAATTTGCAG
20167 CACTT
66 CA-TT
* ** * * * * * * * *
20172 T-TACA-TCTCAATTAACAACATTTATACACCTCAA-TTACAGCGA-TAAAACA-TCTCAATGTC
1 TAAACACT-TCAATTTGCAGCACTTAAACACTTCAATTTGCAGC-ATTTAAACACT-TCAATTTG
**
20232 CAGCAAC
63 CAGCATT
* * * * * * *
20239 TAAACACTTTAATTTGCAGTAGTTAAACACTTCAATTTGCAACATTTAAGCATTTCAATTTACAG
1 TAAACACTTCAATTTGCAGCACTTAAACACTTCAATTTGCAGCATTTAAACACTTCAATTTGCAG
20304 CATT
66 CATT
* * *
20308 TAAACACTTCAATTGGCAGC-TTTCAAACACTTCAATTTGCAGCACTTT-AACACTTCAATTTAC
1 TAAACACTTCAATTTGCAGCACTT-AAACACTTCAATTTGCAGCA-TTTAAACACTTCAATTTGC
20371 AGCACTT
64 AGCA-TT
** * * * * * * * *
20378 T--ACA-TCTCAATTAACAACATTTATACACCTCAA-TTACAGCGA-TAAAACA-TCTCAATGTC
1 TAAACACT-TCAATTTGCAGCACTTAAACACTTCAATTTGCAGC-ATTTAAACACT-TCAATTTG
**
20437 CAGCAAC
63 CAGCATT
* * * * *
20444 TAAACACTTGAATTTGCAGTACTTAAACACTTCAATTTGCAACATTTAAGCACTTCAATTTACAG
1 TAAACACTTCAATTTGCAGCACTTAAACACTTCAATTTGCAGCATTTAAACACTTCAATTTGCAG
20509 CATT
66 CATT
*
20513 TAAACACTTCAATTT--AGCA-TTCAAACACTTCAATTTGCAGCACTTT-AACACTTCAATTTAC
1 TAAACACTTCAATTTGCAGCACTT-AAACACTTCAATTTGCAGCA-TTTAAACACTTCAATTTGC
20574 AGCATT
64 AGCATT
* * ** * * * *
20580 TAAGCACTTCAATTTGCAGCACTT-TACA-TCTCAATTAACAACATTTATACACCTCAA-TTACA
1 TAAACACTTCAATTTGCAGCACTTAAACACT-TCAATTTGCAGCATTTAAACACTTCAATTTGCA
20642 GCGA-T
65 GC-ATT
* * * * *
20647 AAAACA-TCTCAATGTCCAGCAAC-TAAACACTTCAATTT-CAGTACTTAAACACTTCAATTTGC
1 TAAACACT-TCAATTTGCAGC-ACTTAAACACTTCAATTTGCAGCATTTAAACACTTCAATTTGC
*
20709 AACATT
64 AGCATT
* * * * * *
20715 TAAGCACTTCAATTTACAGCATTTAAATACTTCAATTTGCAGCATTCAAACATTTCAATTTGCAG
1 TAAACACTTCAATTTGCAGCACTTAAACACTTCAATTTGCAGCATTTAAACACTTCAATTTGCAG
20780 CACTT
66 CA-TT
* * * * * **
20785 T-AACACTTCAATTTACAGCATTTAAACACTTCAATTTGTAGCACTTT-TACA-TCTCAAATAAC
1 TAAACACTTCAATTTGCAGCACTTAAACACTTCAATTTGCAGCA-TTTAAACACT-TCAATTTGC
*
20847 AACATT
64 AGCATT
* * * * * * **
20853 TATACACCTCAA-TTACAGCGA-TAAAACA-TCTC-ATGTCCAGCAACTAAACACTTCAATTT-C
1 TAAACACTTCAATTTGCAGC-ACTTAAACACT-TCAATTTGCAGCATTTAAACACTTCAATTTGC
* *
20913 AGTACT
64 AGCATT
* * * *
20919 TAAACACTTCAATTTGCAACATTTAAGCACTTCAATTTACAGCATTTAAACACTTCAATTT--AG
1 TAAACACTTCAATTTGCAGCACTTAAACACTTCAATTTGCAGCATTTAAACACTTCAATTTGCAG
20982 CATT
66 CATT
* * * *
20986 CAAACACTTCAATTTGCAGCACTTTAACACTTCAATTTACAGCATTTAAGCACTTCAATTTGCAG
1 TAAACACTTCAATTTGCAGCACTTAAACACTTCAATTTGCAGCATTTAAACACTTCAATTTGCAG
21051 CACTTT
66 CA--TT
* * * * * * **
21057 TACATCTCAATTAACAACATTTATACAGCGA-TAAAACA-TCTCAATGTCCAGCAACTAAACACT
1 TA-A--ACACTT--C-A-A-TT-TGCAGC-ACTTAAACACT-TCAATTTGCAGCATTTAAACACT
* * *
21120 TCAATTTTCAGTACT
55 TCAATTTGCAGCATT
* * * **
21135 TAAACACTTCAATTTGCAACATTTAAGCACTTCAATTTATAGCATTTAAACACTTCAATTT--AG
1 TAAACACTTCAATTTGCAGCACTTAAACACTTCAATTTGCAGCATTTAAACACTTCAATTTGCAG
21198 CATT
66 CATT
* * * *
21202 CAAA-ACTTCAATTTGCAGCACTTTAACACTTCAATTTACAGCATTTAAGCACTTCAATTTGCAG
1 TAAACACTTCAATTTGCAGCACTTAAACACTTCAATTTGCAGCATTTAAACACTTCAATTTGCAG
21266 CACTT
66 CA-TT
* ** * * * * * * * *
21271 T-TACA-TCTCAATTAACAACATTTATACACCTCAA-TTACAGCGA-TAAAACA-TCTCAATGTC
1 TAAACACT-TCAATTTGCAGCACTTAAACACTTCAATTTGCAGC-ATTTAAACACT-TCAATTTG
**
21331 CAGCAAC
63 CAGCATT
* * * * *
21338 TAAACACTTCAATTTGCAGTACTTAAACACTTCAATTTGCAACATTTAAGCACATCAATTTACAG
1 TAAACACTTCAATTTGCAGCACTTAAACACTTCAATTTGCAGCATTTAAACACTTCAATTTGCAG
21403 CATT
66 CATT
** *
21407 TAAACACTTCAATTTATAGCA-TTCAAACACTTCAATTTGCAGCACTTT-AACACTTCAATTTAC
1 TAAACACTTCAATTTGCAGCACTT-AAACACTTCAATTTGCAGCA-TTTAAACACTTCAATTTGC
21470 AGCATT
64 AGCATT
* ** ** * **
21476 TAAGCACTTCAATTTGCAGCACTTTTACA-TCTCAATTAACAACATATTAATACAGCGATAAAAC
1 TAAACACTTCAATTTGCAGCACTTAAACACT-TCAATTTGCAGCAT-TTAA-ACA-C--T-TCA-
**
21540 ATCTCATGTCCAGCAAC
58 AT-T--TG--CAGCATT
* * * * *
21557 TAAACACTTCAATTTTCAGTACTTAAACACTTCAATTTGCAACATTTAAGCACTTCAATTTACAG
1 TAAACACTTCAATTTGCAGCACTTAAACACTTCAATTTGCAGCATTTAAACACTTCAATTTGCAG
21622 CATT
66 CATT
*
21626 TAAACACTTCAATTTGCAGCA-TTCAAACACTTCAATTTGCAGCACTTT-AACACTTCAATTTAC
1 TAAACACTTCAATTTGCAGCACTT-AAACACTTCAATTTGCAGCA-TTTAAACACTTCAATTTGC
21689 AGCATT
64 AGCATT
* ** ** * * * *
21695 TAAGCACTTCAATTTGCAGCACTTTTACA-TCTCAATTAACAACATTTATACACCTCAA-TTACA
1 TAAACACTTCAATTTGCAGCACTTAAACACT-TCAATTTGCAGCATTTAAACACTTCAATTTGCA
21758 GCGA-T
65 GC-ATT
* * * * *
21763 AAAACA-TCTCAATGTCCAGCAAC-TAAACACTTCAATTTGCAGTACTTAAACACTTCAATTTGC
1 TAAACACT-TCAATTTGCAGC-ACTTAAACACTTCAATTTGCAGCATTTAAACACTTCAATTTGC
*
21826 AACATT
64 AGCATT
* * * *
21832 TAAGCACTTCAATTTACAGCATTTAAACACTTCAATTTGCAGCATTCAAACACTTCAATTTGCAG
1 TAAACACTTCAATTTGCAGCACTTAAACACTTCAATTTGCAGCATTTAAACACTTCAATTTGCAG
21897 CACTT
66 CA-TT
* * ** * * *
21902 T-AACACTTCAATTTGCAGCACTTTAACA-TCTCAACTAACAACATTT-AACACCTCAA-TTACA
1 TAAACACTTCAATTTGCAGCACTTAAACACT-TCAATTTGCAGCATTTAAACACTTCAATTTGCA
21963 GCGA-T
65 GC-ATT
* * * * *
21968 AAAACA-TCTCAATGTCCAGCAAC-TAAACACTTCAATTTGCAGTACTTAAACACTTCAATTTGC
1 TAAACACT-TCAATTTGCAGC-ACTTAAACACTTCAATTTGCAGCATTTAAACACTTCAATTTGC
*
22031 AACATT
64 AGCATT
* * *
22037 TAAGCACTTCAATTTACAGCATTTAAACACTTCAATTTGCAGC-TTTCAAACACTTCAATTTGCA
1 TAAACACTTCAATTTGCAGCACTTAAACACTTCAATTTGCAGCATTT-AAACACTTCAATTTGCA
*
22101 ACACTT
65 GCA-TT
** ** * * * *
22107 T-AACACTTCAATTTGCAGCACTTTTACA-TCTCAATTAACAACATTTATACACCTCAA-TTACA
1 TAAACACTTCAATTTGCAGCACTTAAACACT-TCAATTTGCAGCATTTAAACACTTCAATTTGCA
22169 GCGA-T
65 GC-ATT
* * * * *
22174 AAAACA-TCTCAATGTCCAGCAAC-TAAACACTTCAATTT-CAGTACTTAAACACTTCAATTTGC
1 TAAACACT-TCAATTTGCAGC-ACTTAAACACTTCAATTTGCAGCATTTAAACACTTCAATTTGC
*
22236 AACATT
64 AGCATT
* * * *
22242 TAAGCACTTCAA-TTACAGCATTTAAACACTTCAATTAT--AGCATTCAAACACTTCAATTTGCA
1 TAAACACTTCAATTTGCAGCACTTAAACACTTCAATT-TGCAGCATTTAAACACTTCAATTTGCA
22304 GCACTT
65 GCA-TT
* * * * **
22310 T-AACACTTCAATTTACAGCATTTAAGCACTTCAATTTGCAGCACTTT-TACA-TCTCAATTAAC
1 TAAACACTTCAATTTGCAGCACTTAAACACTTCAATTTGCAGCA-TTTAAACACT-TCAATTTGC
*
22372 AACATT
64 AGCATT
* * * * * * **
22378 TATACACCTCAA-TTACAGCGA-TAAAACA-TCTCAATGTCCAGCAACTAAACAC-TCAATTT-C
1 TAAACACTTCAATTTGCAGC-ACTTAAACACT-TCAATTTGCAGCATTTAAACACTTCAATTTGC
22438 AG--TT
64 AGCATT
* * * *
22442 TAAACACTTCAATTTGCAACATTTAAGCACTTCAATTTACAGCATTTAAACACTTCAATTTGCAG
1 TAAACACTTCAATTTGCAGCACTTAAACACTTCAATTTGCAGCATTTAAACACTTCAATTTGCAG
22507 CATT
66 CATT
* * * *
22511 CAAACACTTCAATTTGCAGCACTTTAACACTTCAATTTACAGCATTTAAGCACTTCAATTTGCAG
1 TAAACACTTCAATTTGCAGCACTTAAACACTTCAATTTGCAGCATTTAAACACTTCAATTTGCAG
22576 CACTT
66 CA-TT
* ** * * * * * * * *
22581 T-TACA-TCTCAATTAACAACATTTATACACCTCAA-TTACAGCGA-TAAAACA-TCTCAATGTC
1 TAAACACT-TCAATTTGCAGCACTTAAACACTTCAATTTGCAGC-ATTTAAACACT-TCAATTTG
**
22641 CAGCAAC
63 CAGCATT
* * * *
22648 TAAACACTTCAATTTGCAGTACTTAAACACTTCAATTTGCAACATTTAAGCAC-TCAATTTACAG
1 TAAACACTTCAATTTGCAGCACTTAAACACTTCAATTTGCAGCATTTAAACACTTCAATTTGCAG
22712 CATT
66 CATT
** *
22716 TAAACACTTCAATTTATAGCA-TTCAAACACTTCAATTTGCA-CACTTT-AACACTTCAATTTAC
1 TAAACACTTCAATTTGCAGCACTT-AAACACTTCAATTTGCAGCA-TTTAAACACTTCAATTTGC
22778 AGCATT
64 AGCATT
* ** ** * * * *
22784 T-AAGACTTCAATTTGCAGCACTTTTACA-TCTCAATTAACAACATTTATACACCTCAA-TTACA
1 TAAACACTTCAATTTGCAGCACTTAAACACT-TCAATTTGCAGCATTTAAACACTTCAATTTGCA
22846 GCGA-T
65 GC-ATT
* * * * *
22851 AAAACA-TCTCAATGTCCAGCAAC-TAAACACTTCAATTT--AGTACTTAAACACTTCAATTTGC
1 TAAACACT-TCAATTTGCAGC-ACTTAAACACTTCAATTTGCAGCATTTAAACACTTCAATTTGC
*
22912 AACATT
64 AGCATT
* * * *
22918 TAAGCACTTCAATTTACAGCATTTAAACACTTCAATTTGCAGCATTCAAACACTTCAATTTGCAG
1 TAAACACTTCAATTTGCAGCACTTAAACACTTCAATTTGCAGCATTTAAACACTTCAATTTGCAG
22983 CACTT
66 CA-TT
* * * * **
22988 T-AACACTTCAATTTACAGCATTTAAGCACTTCAATTTGCAGCACTTT-TACA-TCTCAATTAAC
1 TAAACACTTCAATTTGCAGCACTTAAACACTTCAATTTGCAGCA-TTTAAACACT-TCAATTTGC
*
23050 AACATT
64 AGCATT
* * * * * * *** *
23056 TATACACCTCAA-TTACAGCGA-TAAAACA-TCTCAATGTCCAGCAACAAAACACTTTAATTTGC
1 TAAACACTTCAATTTGCAGC-ACTTAAACACT-TCAATTTGCAGCATTTAAACACTTCAATTTGC
* *
23118 AGTAGT
64 AGCATT
* * * * * *
23124 TAAACACTTCAATTTGCAACATTTAAGCATTTCAATTTACAGCATTTAAACACTTCAATTGGCAG
1 TAAACACTTCAATTTGCAGCACTTAAACACTTCAATTTGCAGCATTTAAACACTTCAATTTGCAG
23189 CATT
66 CATT
* * * * **
23193 CAAACACTTCAATTTGCAGCACTTTAACACTTCAATTTACAGCACTTT-TACA-TCTCAATTAAC
1 TAAACACTTCAATTTGCAGCACTTAAACACTTCAATTTGCAGCA-TTTAAACACT-TCAATTTGC
*
23256 AACATT
64 AGCATT
* * * * * * **
23262 TATACACCTCAA-TTACAGCGA-TAAAACA-TCTCAATGTCCAGCAACTAAACACTTCAATTTGC
1 TAAACACTTCAATTTGCAGC-ACTTAAACACT-TCAATTTGCAGCATTTAAACACTTCAATTTGC
* *
23324 AGTACT
64 AGCATT
* * * * * * **
23330 TAAACACTTCAATTTGCAACATTTAAGCACATCAATTTACAGCATTTAAACACCTCAATTTATAG
1 TAAACACTTCAATTTGCAGCACTTAAACACTTCAATTTGCAGCATTTAAACACTTCAATTTGCAG
23395 CATT
66 CATT
* * * *
23399 CAAACACTTCAATTTGCAGCACTTTAACACTTCAATTTACAGCATTTAAGA-GCTTCAATTTGCA
1 TAAACACTTCAATTTGCAGCACTTAAACACTTCAATTTGCAGCATTTAA-ACACTTCAATTTGCA
23463 GCACTT
65 GCA-TT
** * * * * * * * *
23469 T-AACA-TCTCAATTAACAACATTTATACACCTCAA-TTACAGCGA-TAAAACA-TCTCAATGTC
1 TAAACACT-TCAATTTGCAGCACTTAAACACTTCAATTTGCAGC-ATTTAAACACT-TCAATTTG
**
23529 CAGCAAC
63 CAGCATT
* * * * * * * *
23536 AAAACACTTTAATTTACAGTAGTTAAACACTTCAATTTGCAACATTTAAGCACTTCAATTTACAG
1 TAAACACTTCAATTTGCAGCACTTAAACACTTCAATTTGCAGCATTTAAACACTTCAATTTGCAG
23601 CATT
66 CATT
* * *
23605 TAAATACTTCAATTTGCAGCA-TTCAAACATTTCAATTTGCAGCACTTT-AACACTTCAATTTAC
1 TAAACACTTCAATTTGCAGCACTT-AAACACTTCAATTTGCAGCA-TTTAAACACTTCAATTTGC
23668 AGCATT
64 AGCATT
* ** ** * * * *
23674 TAAGCACTTCAATTTGCAGCACTTTTACA-TCTCAATTAACAACATTTATACACCTCAA-TTACA
1 TAAACACTTCAATTTGCAGCACTTAAACACT-TCAATTTGCAGCATTTAAACACTTCAATTTGCA
23737 GCGA-T
65 GC-ATT
* * * * *
23742 AAAACA-TCTCAATGTCCAGCAAC-TAAACACTTCAATTTGCAGTACTTAAACACTTCAATTTGC
1 TAAACACT-TCAATTTGCAGC-ACTTAAACACTTCAATTTGCAGCATTTAAACACTTCAATTTGC
*
23805 AACATT
64 AGCATT
* * * * ** * *
23811 TAAGCACATCAATTTACAGCATTTAAACACTTCAATTTATAGCATTCAAACACTTCAATTTGCAA
1 TAAACACTTCAATTTGCAGCACTTAAACACTTCAATTTGCAGCATTTAAACACTTCAATTTGCAG
23876 CACTT
66 CA-TT
* ** * **
23881 T-AACACTTCAATTTACAGCACTTAGGCACTTCAATTTGCAGCACTTT-TACA-TCTCAATTAAC
1 TAAACACTTCAATTTGCAGCACTTAAACACTTCAATTTGCAGCA-TTTAAACACT-TCAATTTGC
*
23943 AACATT
64 AGCATT
* * * * * *
23949 TATACAGCGATAAAACATCTCCATGTCCAGCAAC-TAAACACTACAATTTTCAGTC-CTTAAACA
1 TA-A-A-C------AC-T-TCAATTTGCAGC-ACTTAAACACTTCAATTTGCAG-CATTTAAACA
*
24012 CTTCAATTTGCAACATT
53 CTTCAATTTGCAGCATT
* * * *
24029 TAAGCACTTCAATTTACAGCATTTAAACACTTCAATTTGCAGCATTCAAACACTTCAATTTGCAG
1 TAAACACTTCAATTTGCAGCACTTAAACACTTCAATTTGCAGCATTTAAACACTTCAATTTGCAG
*
24094 CACT
66 CATT
* ** * * *
24098 T-AACACTTCAATTTGCAGCACTTTAACA-TCTCAATTAAACAACATTTATACACCTCAATTAT-
1 TAAACACTTCAATTTGCAGCACTTAAACACT-TCAATT-TGCAGCATTTAAACACTTCAATT-TG
24160 -AGCGA-T
63 CAGC-ATT
* * * * * *
24166 AAAACA-TCTCAATGTCCAGCAAC-TAAACACTTCAATTTGCAGTACTTAAATACTTCAATTT
1 TAAACACT-TCAATTTGCAGC-ACTTAAACACTTCAATTTGCAGCATTTAAACACTTCAATTT
24227 TGTTAAGTTT
Statistics
Matches: 6927, Mismatches: 1472, Indels: 1088
0.73 0.16 0.11
Matches are distributed among these distances:
64 25 0.00
65 44 0.01
66 245 0.04
67 799 0.12
68 1878 0.27
69 3409 0.49
70 160 0.02
71 20 0.00
72 7 0.00
73 8 0.00
74 15 0.00
75 10 0.00
76 9 0.00
77 7 0.00
78 14 0.00
79 61 0.01
80 165 0.02
81 50 0.01
82 1 0.00
ACGTcount: A:0.37, C:0.24, G:0.07, T:0.32
Consensus pattern (69 bp):
TAAACACTTCAATTTGCAGCACTTAAACACTTCAATTTGCAGCATTTAAACACTTCAATTTGCAG
CATT
Found at i:23710 original size:206 final size:205
Alignment explanation
Indices: 15286--24226 Score: 3523
Period size: 206 Copynumber: 43.3 Consensus size: 205
15276 TACAGCATTT
** * *
15286 AAACACTTCAATTTGTAGCATTCAAACACTTCAATTTGCAGCACTTT-AACACTTCATTTTGCAG
1 AAACACTTCAATTTACAGCATTTAAACACTTCAATTTGCAGCA-TTTAAACACTTCAATTTGCAG
** * * * * **
15350 CACTTT-AACA-TCTCAATTAACAACATTTATACACCTCAA-TTACAGCAATAAAACA-TCTCAA
65 CA-TTTAAACACT-TCAATTTGCAGCA-TTAAACACTTCAATTTACAGCACTTTAACACT-TCAA
* * * * * * * * * * * * *
15411 TGTCCAGCAACTAAACACTTCAATTTGCAGTACTTAAACA-CTTCAATTTGCAAC-ATTTAAGCA
126 TTTACAAC-ATTTAACACTTCAATTTACAGCA-TTAAACATC-TCAATGTACAGCAACTAAAACA
* * ***
15474 CATCAATTTACAGCATTT
188 CTTCAATTTGCAGCAACA
* * * *
15492 AAACACTTCAATTTATAGCATTCAAACACTTCAATTTGCAACACTTT-AACACTTCAATTTTCAG
1 AAACACTTCAATTTACAGCATTTAAACACTTCAATTTGCAGCA-TTTAAACACTTCAATTTGCAG
* ** * * *
15556 CATTTAAGCACTTCAATTTGCAGCACTTTTACA-TCTCAATTAACAACA-TTTATACACCTCAA-
65 CATTTAAACACTTCAATTTGCAGCA-TTAAACACT-TCAATTTACAGCACTTTA-ACACTTCAAT
* ** * * * * * * * *
15618 TTACAGCGATAAAACA-TCTCCATGTCCAGCAGCTAAACATTTCAATCTTCAGTC--CTTAAACA
127 TTACAAC-ATTTAACACT-TCAATTTACAGCA-TTAAACATCTCAATGTACAG-CAACTAAAACA
* ***
15680 CTTCAATTTGCAACATTT
188 CTTCAATTTGCAGCAACA
* *
15698 AAGCACTTCAATTTACAGCATTT-AA-ACTTCAATTTGCAGCATTCAAACACTTCAATTTGCAGC
1 AAACACTTCAATTTACAGCATTTAAACACTTCAATTTGCAGCATTTAAACACTTCAATTTGCAGC
* * * *
15761 ACTTT-AACACTTCAATTTACAGCATTTAAGCACTTCAATTTGCAGCACTTTTACA-TCTCAATT
66 A-TTTAAACACTTCAATTTGCAGCA-TTAAACACTTCAATTTACAGCACTTTAACACT-TCAATT
* * * *
15824 AACAACATTTATACACCTCAA-TTACAGCGATAAAACATCTCAATGTCCAGCAACT-AAACACTT
128 TACAACATTTA-ACACTTCAATTTACAGC-ATTAAACATCTCAATGTACAGCAACTAAAACACTT
* *
15887 CAATTTGCAG-TACTT
191 CAATTTGCAGCAAC-A
* * * * * **
15902 AAACACTTCAATTTGCAACATTTAAGCACATCAATTTACAGCATTTAAACACTTCAATTTATAGC
1 AAACACTTCAATTTACAGCATTTAAACACTTCAATTTGCAGCATTTAAACACTTCAATTTGCAGC
* *
15967 ATTCAAACACTTCAATTTGCAGCACTTTAACACTTCAATTTACAGCA-TTTAAGCACTTCAATTT
66 ATTTAAACACTTCAATTTGCAGCA-TTAAACACTTCAATTTACAGCACTTTAA-CACTTCAATTT
* * * * * * * *
16031 CCAGCACTTTTACA-TCTCAATTAACAACATTTATACACCTCAAT-TACAGCGA-TAAAACA-TC
129 ACAACA-TTTAACACT-TCAATTTACAGCA-TTAAACATCTCAATGTACAGCAACTAAAACACT-
* * *
16092 TC-ATGTCCAGCAACT
190 TCAATTTGCAGCAACA
* * * * * **
16107 AAACACTTCAATTT-TAGTACTTAAACACTTCAATTTGCAACATTTAAGCACTTCAATTTATAGC
1 AAACACTTCAATTTACAGCATTTAAACACTTCAATTTGCAGCATTTAAACACTTCAATTTGCAGC
* *
16171 ATTTAAACACTTCAATTTGCACCATTCAAACACTTCAATTTGCAGCACTTTAACACTTCAATTTA
66 ATTTAAACACTTCAATTTGCAGCATT-AAACACTTCAATTTACAGCACTTTAACACTTCAATTTA
* * ** * * * * * *
16236 CAGCATTTAAGCACTTCAATTTGCAGCACTTTTACATCTCAAT-TAAAAC-ATTTATACACCTCA
130 CAACATTTAA-CACTTCAATTTACAGCA-TTAAACATCTCAATGTACAGCAACTAAAACACTTCA
* * *
16299 A-TTACAGCGATA
193 ATTTGCAGCAACA
* * ** * * *
16311 AAACA-TCTCAATGTCCAGCAAATAAACACTTCAATTTGCAGTACTTAAA-ACTTCAATTTGCAA
1 AAACACT-TCAATTTACAGCATTTAAACACTTCAATTTGCAGCATTTAAACACTTCAATTTGCAG
* * * ** *
16374 CATTTAAGCACTTCAATTTACAGCATTTAAAAACTTCAATTTGTAGCA-TTCAAACACTTCAATT
65 CATTTAAACACTTCAATTTGCAGCA-TTAAACACTTCAATTTACAGCACTT-TAACACTTCAATT
* * * * ** * *
16438 TGCAGCATTTAAGCACTTCAATTTGCTGCACTTTTACATCTCAAT-TA-A-CAACATTTATACAC
128 TACAACATTTAA-CACTTCAATTTACAGCA-TTAAACATCTCAATGTACAGCAAC--TAAAACAC
* * *
16500 CTCAA-TTACAGCGACA
189 TTCAATTTGCAGCAACA
* * ** * * *
16516 AAACA-TCTCAATGTCCAGCAACTAAACACTTCAATTTGCAGTAGTTAAACACTTCAATTTGCAA
1 AAACACT-TCAATTTACAGCATTTAAACACTTCAATTTGCAGCATTTAAACACTTCAATTTGCAG
* * * * *
16580 CATTTAAGCACATCAATTTACAGCATTTAAACACTTCAATTTGCAGCA-TTCAAACACTTCAATT
65 CATTTAAACACTTCAATTTGCAGCA-TTAAACACTTCAATTTACAGCACTT-TAACACTTCAATT
* * * * * ***
16644 TGCAGCACTTTAACACTTCAATTTACAGCATTTAAGCA-CTTCAATTTGCAGC-ACTTTTACA-T
128 TACAACA-TTTAACACTTCAATTTACAGCA-TTAAACATC-TCAATGTACAGCAACTAAAACACT
** * ***
16706 CTCAATTAACAACATTT
190 -TCAATTTGCAGCAACA
* * * * * **
16723 ATACACCTCAA-TTACAGCGA-TAAAACA-TCTCAATGTCCAGCAACTAAACACTTCAATTTGCA
1 AAACACTTCAATTTACAGC-ATTTAAACACT-TCAATTTGCAGCATTTAAACACTTCAATTTGCA
* * * * *
16785 GTACTTAAACACTTCAATTTGCAACATTTAAGCAC-ACAATTTACAGCA-TTTAAACACTTCAAT
64 GCATTTAAACACTTCAATTTGCAGCA-TTAAACACTTCAATTTACAGCACTTT-AACACTTCAAT
* * * * * * * * *
16848 TTATAGCATTCAAACACTTCAATTTGCAGCACTTTAACA-CTTCAATTTACAGC-ATTTAAGCAC
127 TTACAACATT-TAACACTTCAATTTACAGCA-TTAAACATC-TCAATGTACAGCAACTAAAACAC
*
16911 TTCAATTTGCAGC-ACTT
189 TTCAATTTGCAGCAAC-A
** * * * * **
16928 TTACA-TCTCAATTAACAACATTTATACAGCGATAAAACATCTCAATGTCCAGCAACTAAACACT
1 AAACACT-TCAATTTACAGCATTTA-A-A-C------AC-T-TCAATTTGCAGCATTTAAACACT
* * *
16992 TCAATTT-C-G-GTCTTAAACACTTCAATTTGCAACATTTAAGCACTTCAATTTACAGCA-TTTA
54 TCAATTTGCAGCAT-TTAAACACTTCAATTTGCAGCA-TTAAACACTTCAATTTACAGCACTTT-
* * * * *
17053 AACACTTCAATTTCCAGCACTTTAACACTTCATTTTGCAGCACTTTAACATCTCAAT-TA-A-CA
116 AACACTTCAATTTACAACA-TTTAACACTTCAATTTACAGCA-TTAAACATCTCAATGTACAGCA
* * * * * *
17115 ACATTTATACACCTCAA-TTACAGCGATA
179 AC--TAAAACACTTCAATTTGCAGCAACA
* * ** * * *
17143 AAACA-TCTCAATGTCCAGCAACTAAACACTTCAATTTGCAGTACTTAAACACTTCAATTTGCAA
1 AAACACT-TCAATTTACAGCATTTAAACACTTCAATTTGCAGCATTTAAACACTTCAATTTGCAG
* * * * *
17207 CATTTAAGCAC-ACAATTTACAGCATTTAAACACTTCAATTTATAGCA-TTCAAACACTTCAATT
65 CATTTAAACACTTCAATTTGCAGCA-TTAAACACTTCAATTTACAGCACTT-TAACACTTCAATT
* * * * * *
17270 TGCAGCACTTTAACACTTCAATTTACAGCATTTAAGCA-CTTCAATTTGCAGC-ACTTTTACATC
128 TACAACA-TTTAACACTTCAATTTACAGCA-TTAAACATC-TCAATGTACAGCAAC---TA-A-A
* * * * *
17333 TCAATTAACAACATTTATACAGCGATA
185 ACACTT--C-A-A-TT-TGCAGCAACA
* * ** * * *
17360 AAACA-TCTC-ATGTCCAGCAACTAAACACTTCAATTTGCAGTACTTAAACACTTCAATTTGCAA
1 AAACACT-TCAATTTACAGCATTTAAACACTTCAATTTGCAGCATTTAAACACTTCAATTTGCAG
* * * *
17423 CATTTAAGCACTTCAATTTACAGCATTTAAACACTTCAATTTGCAGCA-TTCAAACACTTCAATT
65 CATTTAAACACTTCAATTTGCAGCA-TTAAACACTTCAATTTACAGCACTT-TAACACTTCAATT
* * * * * **
17487 TGCAGCACTTTAACACTTCAATTTACAGCATTTAAGCA-CTTCAATTTGCAGC-ACT-TTACA-T
128 TACAACA-TTTAACACTTCAATTTACAGCA-TTAAACATC-TCAATGTACAGCAACTAAAACACT
** * ***
17548 CTCAATTAACAACATTT
190 -TCAATTTGCAGCAACA
* * * * * **
17565 ATACACCTCAA-TTACAGCGA-TAAAACA-TCTCAATGTCCAGCAACTAAACACTTCAATTTGCA
1 AAACACTTCAATTTACAGC-ATTTAAACACT-TCAATTTGCAGCATTTAAACACTTCAATTTGCA
* * * *
17627 GTACTTAAACACTTCAATTTGCAACATTTAAGCACTTCAATTTACAGCA-TTTAAACACTTCAAT
64 GCATTTAAACACTTCAATTTGCAGCA-TTAAACACTTCAATTTACAGCACTTT-AACACTTCAAT
* * * * * * * **
17691 TTGCAGCATTCAAACACTTCAATTTGCAGCACTTTAACA-CTTCAATTTGCAGC-ACT-TTACA-
127 TTACAACATT-TAACACTTCAATTTACAGCA-TTAAACATC-TCAATGTACAGCAACTAAAACAC
*
17752 TCTCAA-TT--AACAACA
189 T-TCAATTTGCAGCAACA
* * * * * **
17767 TTTAACACCTCAA-TTACAGCGA-TAAAACA-TCTCAATGTCCAGCAACTAAACACTTCAATTTG
1 --AAACACTTCAATTTACAGC-ATTTAAACACT-TCAATTTGCAGCATTTAAACACTTCAATTTG
* * * *
17829 CAGTACTTAAACACTTCAATTTGCAACATTTAAGCACTTCAATTTACAGCA-TTTAAACACTTCA
62 CAGCATTTAAACACTTCAATTTGCAGCA-TTAAACACTTCAATTTACAGCACTTT-AACACTTCA
** * * * * * * **
17893 ATTTGTAGCATTCAAACACTTCAATTTGCAGCACTTTAACA-CTTCAATTTGCAGC-ACT-TTAC
125 ATTTACAACATT-TAACACTTCAATTTACAGCA-TTAAACATC-TCAATGTACAGCAACTAAAAC
** * ***
17955 A-TCTCAATTAACAACATTT
187 ACT-TCAATTTGCAGCAACA
* * * * * **
17974 ATACACCTCAA-TTACAGCGA-TAAAACA-TCTCAATGTCCAGCAACTAAACACTTCAATTTGCA
1 AAACACTTCAATTTACAGC-ATTTAAACACT-TCAATTTGCAGCATTTAAACACTTCAATTTGCA
* * * *
18036 GTACTTAAACACTTCAATTTGCAACATTTAAGCACTTCAATTTACAGCA-TTTAAACACTTCAAT
64 GCATTTAAACACTTCAATTTGCAGCA-TTAAACACTTCAATTTACAGCACTTT-AACACTTCAAT
* * * * * * * * * *
18100 TTATAGCATTCAAACACTTCAATTTGCAACACTTTAACA-CTTCAATTTACAGC-ATTTAAGCAC
127 TTACAACATT-TAACACTTCAATTTACAGCA-TTAAACATC-TCAATGTACAGCAACTAAAACAC
*
18163 TTCAATTTGCAGC-ACTT
189 TTCAATTTGCAGCAAC-A
** * * * * * * * *
18180 TTACA-TCTCAATTAACAACATTTATACACCTCAA-TTACAGCGA-TAAAACA-TCTCAATGTCC
1 AAACACT-TCAATTTACAGCATTTAAACACTTCAATTTGCAGC-ATTTAAACACT-TCAATTTGC
** * * *
18241 AGCAACTAAACACTTCAATTT-CAGTACTTAAACACTTCAATTTGCAACA-TTTAAGCACTTCAA
63 AGCATTTAAACACTTCAATTTGCAGCA-TTAAACACTTCAATTTACAGCACTTTAA-CACTTCAA
* * * * **
18304 TTTACAGCATTTAAACACTTCAATTTGCAGCATTCAAACA-CTTCAATTTGCAGC-ACTTTAACA
126 TTTACAACATTT-AACACTTCAATTTACAGCATT-AAACATC-TCAATGTACAGCAACTAAAACA
* ***
18367 CTTCAATTTACAGCATTT
188 CTTCAATTTGCAGCAACA
* * * ** * * * *
18385 AAGCACTTCAATTTGCAGCACTTT-TACA-TCTCAATTAACAACATTTATACACCTCAA-TTACA
1 AAACACTTCAATTTACAGCA-TTTAAACACT-TCAATTTGCAGCATTTAAACACTTCAATTTGCA
* * * * * * *
18447 GCGA-TAAAACA-TCTCAATGTCCAGCAACTAAACACTTCAATTTGCAGTACTTAAACACTTCAA
64 GC-ATTTAAACACT-TCAATTTGCAGC-ATTAAACACTTCAATTTACAGCACTTTAACACTTCAA
* * * * * *
18510 TTTGCAACATTTAAGCACATCAATTTACAGCATTTAAACA-CTTCAATTTATAGC-ATTCAAACA
126 TTTACAACATTTAA-CACTTCAATTTACAGCA-TTAAACATC-TCAATGTACAGCAACTAAAACA
* *
18573 CTTCAATTTGCAAC-ACTT
188 CTTCAATTTGCAGCAAC-A
* * * **
18591 TAACACTTCAATTTACAGCATTTAAGCACTTCAATTTGCAGCACTTT-TACA-TCTCAATTAACA
1 AAACACTTCAATTTACAGCATTTAAACACTTCAATTTGCAGCA-TTTAAACACT-TCAATTTGCA
* * * * * * * *
18654 ACATTTATACAGCGATAAAACATCTCCATGTCCAGCAACTAAACACTACAATTTTCAGTC-CTTA
64 GCATTTA-A-A-C------AC-T-TCAATTTGCAGC-ATTAAACACTTCAATTTACAG-CACTTT
* * *
18718 AACACTTCAATTTGCAACATTTAAGCACTTCAATTTACAGCATTTAAACA-CTTCAATTTGCAGC
116 AACACTTCAATTTACAACATTTAA-CACTTCAATTTACAGCA-TTAAACATC-TCAATGTACAGC
* * *
18782 -ATTCAAACACTTCAATTTGCAGC-ACTT
178 AACTAAAACACTTCAATTTGCAGCAAC-A
* * * **
18809 TAACACTTCAATTTACAGCATTTAAGCACTTCAATTTGCAGCACTTT-TACA-TCTCAATTAACA
1 AAACACTTCAATTTACAGCATTTAAACACTTCAATTTGCAGCA-TTTAAACACT-TCAATTTGCA
* * * * * * * *
18872 ACATTTATACACCTCAA-TTACAGCGATAAAACA-TCTCAATGTCCAGCAAC-TAAACACTTCAA
64 GCATTTAAACACTTCAATTTGCAGC-ATTAAACACT-TCAATTTACAGC-ACTTTAACACTTCAA
* * * * * * * *
18934 TTTGCGATAC-TTAAACACTTCAATTTGCAACATTTAAGCA-CTTCAATTTACAGC-ATTTAAAC
126 TTTAC-A-ACATTTAACACTTCAATTTACAGCA-TTAAACATC-TCAATGTACAGCAACTAAAAC
*
18996 ACTTCAATTT--AGCATTC-
187 ACTTCAATTTGCAGCA-ACA
* **
19013 AAACACTTCAATTTGCAGCACTTT-AACACTTCAATTTGCAGCACTTT-AACA-TCTCAATTAAC
1 AAACACTTCAATTTACAGCA-TTTAAACACTTCAATTTGCAGCA-TTTAAACACT-TCAATTTGC
* * * * * * * *
19075 AACATTTATACACCTCAA-TTACAGCGATAAAACA-TCTCAATGTCCAGCAAC-TAAACACTTCA
63 AGCATTTAAACACTTCAATTTGCAGC-ATTAAACACT-TCAATTTACAGC-ACTTTAACACTTCA
* * * * * * * *
19137 ATTTGCAGTAC-TTAAACACTTCAATTTGCAACATTTAAGCA-CTTCAATTTACAGC-ATTTAAA
125 ATTTACA--ACATTTAACACTTCAATTTACAGCA-TTAAACATC-TCAATGTACAGCAACTAAAA
** * *
19199 CACTTCAGGTTGTAGCATTC-
186 CACTTCAATTTGCAGCA-ACA
* **
19219 AAACACTTCAATTTGCAGCACTTT-AACACTTCAATTTGCAGCACTTT-AACA-TCTCAATTAAC
1 AAACACTTCAATTTACAGCA-TTTAAACACTTCAATTTGCAGCA-TTTAAACACT-TCAATTTGC
* * * * * * * *
19281 AACATTTATACACCTCAA-TTACAGCGATAAAACA-TCTCAATGTCCAGCAAC-TAAACACTTCA
63 AGCATTTAAACACTTCAATTTGCAGC-ATTAAACACT-TCAATTTACAGC-ACTTTAACACTTCA
* * * * * * * *
19343 ATTTGCAGTAC-TTAAACACTTCAATTTGCAACATTTAAGCA-CTTCAATTTACAGC-ATTTAAA
125 ATTTACA--ACATTTAACACTTCAATTTACAGCA-TTAAACATC-TCAATGTACAGCAACTAAAA
** *
19405 CACTTCAATTTATAGCATTC-
186 CACTTCAATTTGCAGCA-ACA
* * * *
19425 AAACACTTCAATTTGCAACACTTT-AACACTTCAATTTACAGCATTTAAGCACTTCAATTTGCAG
1 AAACACTTCAATTTACAGCA-TTTAAACACTTCAATTTGCAGCATTTAAACACTTCAATTTGCAG
* ** * * * **
19489 CACTTT-TACA-TCTCAATTAACAACATTTATACACCTCAA-TTACAGCGA-TAAAACA-TCTC-
65 CA-TTTAAACACT-TCAATTTGCAGCA-TTAAACACTTCAATTTACAGC-ACTTTAACACT-TCA
* * * * * * * * * * *
19548 ATGTCCAGCAACTAAACAC-TCAATTT-CAGTC-TTAAACA-CTTCAATTTGCAAC-ATTTAAGC
125 ATTTACAAC-ATTTAACACTTCAATTTACAG-CATTAAACATC-TCAATGTACAGCAACTAAAAC
* ***
19608 ACTTCAATTTACAGCATTT
187 ACTTCAATTTGCAGCAACA
* * *
19627 AAACACTTCAATTTGCAGCATTCAAACACTTCAATTTGCAGCACTTT-AACACTTCAATTTACAG
1 AAACACTTCAATTTACAGCATTTAAACACTTCAATTTGCAGCA-TTTAAACACTTCAATTTGCAG
* ** * * *
19691 CATTTAAGCACTTCAATTTGCAGCACTTTTACA-TCTCAATTAACAACA-TTTATACACCTCAA-
65 CATTTAAACACTTCAATTTGCAGCA-TTAAACACT-TCAATTTACAGCACTTTA-ACACTTCAAT
* ** * * * * ** * *
19753 TTACAGCGATAAAACA-TCTCAATGTCCAGCAACTAAACA-CTTCAATTTGTAG-TACTTAAACA
127 TTACAAC-ATTTAACACT-TCAATTTACAGC-ATTAAACATC-TCAATGTACAGCAACTAAAACA
* ***
19815 CTTCAATTTGCAACATTT
188 CTTCAATTTGCAGCAACA
* * ** *
19833 AAGCACATCAATTTACAGCATTTAAACACTTCAATTTATAGCATTCAAACACTTCAATTTGCAGC
1 AAACACTTCAATTTACAGCATTTAAACACTTCAATTTGCAGCATTTAAACACTTCAATTTGCAGC
* * * *
19898 ACTTT-AACACTTCAATTTACAGCATTTAAGCACTTCAATTTGCAGCACTTTTACA-TCTCAATT
66 A-TTTAAACACTTCAATTTGCAGCA-TTAAACACTTCAATTTACAGCACTTTAACACT-TCAATT
* * * * *
19961 AACAACATTTATACACCTCAA-TTACAGCGATAAAACATCTCCATGTCCAGCAACT-AAACACTT
128 TACAACATTTA-ACACTTCAATTTACAGC-ATTAAACATCTCAATGTACAGCAACTAAAACACTT
* *
20024 CAATTT--AG-TACTT
191 CAATTTGCAGCAAC-A
* * * *
20037 AAACACTTCAATTTGCAACATTTAAGCACTTCAATTTACAGCATTTAAACACTTCAATTT---GC
1 AAACACTTCAATTTACAGCATTTAAACACTTCAATTTGCAGCATTTAAACACTTCAATTTGCAGC
* *
20099 ATTCAAACACTTCAATTTGCAGCACTTTAACACTTCAATTTACAGCA-TTTAAGCACTTCAATTT
66 ATTTAAACACTTCAATTTGCAGCA-TTAAACACTTCAATTTACAGCACTTTAA-CACTTCAATTT
* * * * * * * *
20163 GCAGCACTTTTACA-TCTCAATTAACAACATTTATACACCTCAAT-TACAGCGA-TAAAACA-TC
129 ACAACA-TTTAACACT-TCAATTTACAGCA-TTAAACATCTCAATGTACAGCAACTAAAACACT-
* * *
20224 TCAATGTCCAGCAACT
190 TCAATTTGCAGCAACA
* * * * * * * *
20240 AAACACTTTAATTTGCAGTAGTTAAACACTTCAATTTGCAACATTTAAGCATTTCAATTTACAGC
1 AAACACTTCAATTTACAGCATTTAAACACTTCAATTTGCAGCATTTAAACACTTCAATTTGCAGC
* * *
20305 ATTTAAACACTTCAATTGGCAGCTTTCAAACACTTCAATTTGCAGCACTTTAACACTTCAATTTA
66 ATTTAAACACTTCAATTTGCAGCATT-AAACACTTCAATTTACAGCACTTTAACACTTCAATTTA
* * * * * *
20370 CAGCACTTT-ACA-TCTCAATTAACAACATTTATACACCTCAAT-TACAGCGA-TAAAACA-TCT
130 CAACA-TTTAACACT-TCAATTTACAGCA-TTAAACATCTCAATGTACAGCAACTAAAACACT-T
* * *
20430 CAATGTCCAGCAACT
191 CAATTTGCAGCAACA
* * * * * * *
20445 AAACACTTGAATTTGCAGTACTTAAACACTTCAATTTGCAACATTTAAGCACTTCAATTTACAGC
1 AAACACTTCAATTTACAGCATTTAAACACTTCAATTTGCAGCATTTAAACACTTCAATTTGCAGC
*
20510 ATTTAAACACTTCAATTT--AGCATTCAAACACTTCAATTTGCAGCACTTTAACACTTCAATTTA
66 ATTTAAACACTTCAATTTGCAGCATT-AAACACTTCAATTTACAGCACTTTAACACTTCAATTTA
* * * * * *
20573 CAGCATTTAAGCACTTCAATTTGCAGCACTT-TACATCTCAAT-TA-A-CAACATTTATACACCT
130 CAACATTTAA-CACTTCAATTTACAGCA-TTAAACATCTCAATGTACAGCAAC--TAAAACACTT
* * *
20634 CAA-TTACAGCGATA
191 CAATTTGCAGCAACA
* * ** * * *
20648 AAACA-TCTCAATGTCCAGCAACTAAACACTTCAATTT-CAGTACTTAAACACTTCAATTTGCAA
1 AAACACT-TCAATTTACAGCATTTAAACACTTCAATTTGCAGCATTTAAACACTTCAATTTGCAG
* * * * * *
20711 CATTTAAGCACTTCAATTTACAGCATTTAAATACTTCAATTTGCAGCA-TTCAAACATTTCAATT
65 CATTTAAACACTTCAATTTGCAGCA-TTAAACACTTCAATTTACAGCACTT-TAACACTTCAATT
* * * ** ***
20775 TGCAGCACTTTAACACTTCAATTTACAGCATTTAAACA-CTTCAATTTGTAGC-ACTTTTACA-T
128 TACAACA-TTTAACACTTCAATTTACAGCA-TTAAACATC-TCAATGTACAGCAACTAAAACACT
* ** * ***
20837 CTCAAATAACAACATTT
190 -TCAATTTGCAGCAACA
* * * * * **
20854 ATACACCTCAA-TTACAGCGA-TAAAACA-TCTC-ATGTCCAGCAACTAAACACTTCAATTT-CA
1 AAACACTTCAATTTACAGC-ATTTAAACACT-TCAATTTGCAGCATTTAAACACTTCAATTTGCA
* * * *
20914 GTACTTAAACACTTCAATTTGCAACATTTAAGCACTTCAATTTACAGCA-TTTAAACACTTCAAT
64 GCATTTAAACACTTCAATTTGCAGCA-TTAAACACTTCAATTTACAGCACTTT-AACACTTCAAT
* * * * * * * *
20978 TT--AGCATTCAAACACTTCAATTTGCAGCACTTTAACA-CTTCAATTTACAGC-ATTTAAGCAC
127 TTACAACATT-TAACACTTCAATTTACAGCA-TTAAACATC-TCAATGTACAGCAACTAAAACAC
*
21039 TTCAATTTGCAGC-ACTT
189 TTCAATTTGCAGCAAC-A
** * * * * **
21056 TTACA-TCTCAATTAACAACATTTATACAGCGATAAAACATCTCAATGTCCAGCAACTAAACACT
1 AAACACT-TCAATTTACAGCATTTA-A-A-C------AC-T-TCAATTTGCAGCATTTAAACACT
* * * * * *
21120 TCAATTTTCAGTACTTAAACACTTCAATTTGCAACATTTAAGCACTTCAATTTATAGCA-TTTAA
54 TCAATTTGCAGCATTTAAACACTTCAATTTGCAGCA-TTAAACACTTCAATTTACAGCACTTT-A
* * * * * *
21184 ACACTTCAATTT--AGCATTCAAAACTTCAATTTGCAGCACTTTAACA-CTTCAATTTACAGC-A
117 ACACTTCAATTTACAACATTTAACACTTCAATTTACAGCA-TTAAACATC-TCAATGTACAGCAA
* * * *
21245 TTTAAGCACTTCAATTTGCAGC-ACTT
180 CTAAAACACTTCAATTTGCAGCAAC-A
** * * * * * * * *
21271 TTACA-TCTCAATTAACAACATTTATACACCTCAA-TTACAGCGA-TAAAACA-TCTCAATGTCC
1 AAACACT-TCAATTTACAGCATTTAAACACTTCAATTTGCAGC-ATTTAAACACT-TCAATTTGC
** * * * *
21332 AGCAACTAAACACTTCAATTTGCAGTACTTAAACACTTCAATTTGCAACA-TTTAAGCACATCAA
63 AGCATTTAAACACTTCAATTTGCAGCA-TTAAACACTTCAATTTACAGCACTTTAA-CACTTCAA
* * * * **
21396 TTTACAGCATTTAAACACTTCAATTTATAGCATTCAAACA-CTTCAATTTGCAGC-ACTTTAACA
126 TTTACAACATTT-AACACTTCAATTTACAGCATT-AAACATC-TCAATGTACAGCAACTAAAACA
* ***
21459 CTTCAATTTACAGCATTT
188 CTTCAATTTGCAGCAACA
* * * ** * **
21477 AAGCACTTCAATTTGCAGCACTTT-TACA-TCTCAATTAACAACATATTAATACAGCGATAAAAC
1 AAACACTTCAATTTACAGCA-TTTAAACACT-TCAATTTGCAGCAT-TTAA-ACA-C--T-TCA-
** * * * *
21540 ATCTCATGTCCAGCAACTAAACACTTCAATTTTCAGTACTTAAACACTTCAATTTGCAACA-TTT
57 AT-T--TG--CAGCATTTAAACACTTCAATTTGCAGCA-TTAAACACTTCAATTTACAGCACTTT
* * * *
21604 AAGCACTTCAATTTACAGCATTTAAACACTTCAATTTGCAGCATTCAAACA-CTTCAATTTGCAG
116 AA-CACTTCAATTTACAACATTT-AACACTTCAATTTACAGCATT-AAACATC-TCAATGTACAG
** * ***
21668 C-ACTTTAACACTTCAATTTACAGCATTT
177 CAACTAAAACACTTCAATTTGCAGCAACA
* * * ** * * * *
21696 AAGCACTTCAATTTGCAGCACTTT-TACA-TCTCAATTAACAACATTTATACACCTCAA-TTACA
1 AAACACTTCAATTTACAGCA-TTTAAACACT-TCAATTTGCAGCATTTAAACACTTCAATTTGCA
* * * * * * *
21758 GCGA-TAAAACA-TCTCAATGTCCAGCAACTAAACACTTCAATTTGCAGTACTTAAACACTTCAA
64 GC-ATTTAAACACT-TCAATTTGCAGC-ATTAAACACTTCAATTTACAGCACTTTAACACTTCAA
* * * * *
21821 TTTGCAACATTTAAGCACTTCAATTTACAGCATTTAAACA-CTTCAATTTGCAGC-ATTCAAACA
126 TTTACAACATTTAA-CACTTCAATTTACAGCA-TTAAACATC-TCAATGTACAGCAACTAAAACA
*
21884 CTTCAATTTGCAGC-ACTT
188 CTTCAATTTGCAGCAAC-A
* * * ** * * *
21902 TAACACTTCAATTTGCAGCACTTT-AACA-TCTCAACTAACAACATTT-AACACCTCAA-TTACA
1 AAACACTTCAATTTACAGCA-TTTAAACACT-TCAATTTGCAGCATTTAAACACTTCAATTTGCA
* * * * * * *
21963 GCGA-TAAAACA-TCTCAATGTCCAGCAACTAAACACTTCAATTTGCAGTACTTAAACACTTCAA
64 GC-ATTTAAACACT-TCAATTTGCAGC-ATTAAACACTTCAATTTACAGCACTTTAACACTTCAA
* * * ** *
22026 TTTGCAACATTTAAGCACTTCAATTTACAGCATTTAAACA-CTTCAATTTGCAGC-TTTCAAACA
126 TTTACAACATTTAA-CACTTCAATTTACAGCA-TTAAACATC-TCAATGTACAGCAACTAAAACA
* *
22089 CTTCAATTTGCAAC-ACTT
188 CTTCAATTTGCAGCAAC-A
* * * ** * * * *
22107 TAACACTTCAATTTGCAGCACTTT-TACA-TCTCAATTAACAACATTTATACACCTCAA-TTACA
1 AAACACTTCAATTTACAGCA-TTTAAACACT-TCAATTTGCAGCATTTAAACACTTCAATTTGCA
* * * * * *
22169 GCGA-TAAAACA-TCTCAATGTCCAGCAACTAAACACTTCAATTT-CAGTACTTAAACACTTCAA
64 GC-ATTTAAACACT-TCAATTTGCAGC-ATTAAACACTTCAATTTACAGCACTTTAACACTTCAA
* * * *
22231 TTTGCAACATTTAAGCACTTCAA-TTACAGCATTTAAACA-CTTCAAT-TATAGC-ATTCAAACA
126 TTTACAACATTTAA-CACTTCAATTTACAGCA-TTAAACATC-TCAATGTACAGCAACTAAAACA
*
22292 CTTCAATTTGCAGC-ACTT
188 CTTCAATTTGCAGCAAC-A
* * * **
22310 TAACACTTCAATTTACAGCATTTAAGCACTTCAATTTGCAGCACTTT-TACA-TCTCAATTAACA
1 AAACACTTCAATTTACAGCATTTAAACACTTCAATTTGCAGCA-TTTAAACACT-TCAATTTGCA
* * * * * * * *
22373 ACATTTATACACCTCAA-TTACAGCGATAAAACA-TCTCAATGTCCAGCAAC-TAAACAC-TCAA
64 GCATTTAAACACTTCAATTTGCAGC-ATTAAACACT-TCAATTTACAGC-ACTTTAACACTTCAA
* * * * * * *
22434 TTT-C-A-GTTTAAACACTTCAATTTGCAACATTTAAGCA-CTTCAATTTACAGC-ATTTAAACA
126 TTTACAACATTT-AACACTTCAATTTACAGCA-TTAAACATC-TCAATGTACAGCAACTAAAACA
*
22494 CTTCAATTTGCAGCATTC-
188 CTTCAATTTGCAGCA-ACA
* * *
22512 AAACACTTCAATTTGCAGCACTTT-AACACTTCAATTTACAGCATTTAAGCACTTCAATTTGCAG
1 AAACACTTCAATTTACAGCA-TTTAAACACTTCAATTTGCAGCATTTAAACACTTCAATTTGCAG
* ** * * * **
22576 CACTTT-TACA-TCTCAATTAACAACATTTATACACCTCAA-TTACAGCGA-TAAAACA-TCTCA
65 CA-TTTAAACACT-TCAATTTGCAGCA-TTAAACACTTCAATTTACAGC-ACTTTAACACT-TCA
* * * * * * * * * * * * *
22636 ATGTCCAGCAACTAAACACTTCAATTTGCAGTACTTAAACA-CTTCAATTTGCAAC-ATTTAAGC
125 ATTTACAAC-ATTTAACACTTCAATTTACAGCA-TTAAACATC-TCAATGTACAGCAACTAAAAC
* ***
22699 AC-TCAATTTACAGCATTT
187 ACTTCAATTTGCAGCAACA
* * *
22717 AAACACTTCAATTTATAGCATTCAAACACTTCAATTTGCA-CACTTT-AACACTTCAATTTACAG
1 AAACACTTCAATTTACAGCATTTAAACACTTCAATTTGCAGCA-TTTAAACACTTCAATTTGCAG
* ** * * *
22780 CATTT-AAGACTTCAATTTGCAGCACTTTTACA-TCTCAATTAACAACA-TTTATACACCTCAA-
65 CATTTAAACACTTCAATTTGCAGCA-TTAAACACT-TCAATTTACAGCACTTTA-ACACTTCAAT
* ** * * * * * *
22841 TTACAGCGATAAAACA-TCTCAATGTCCAGCAACTAAACA-CTTCAAT-T-TAG-TACTTAAACA
127 TTACAAC-ATTTAACACT-TCAATTTACAGC-ATTAAACATC-TCAATGTACAGCAACTAAAACA
* ***
22901 CTTCAATTTGCAACATTT
188 CTTCAATTTGCAGCAACA
* *
22919 AAGCACTTCAATTTACAGCATTTAAACACTTCAATTTGCAGCATTCAAACACTTCAATTTGCAGC
1 AAACACTTCAATTTACAGCATTTAAACACTTCAATTTGCAGCATTTAAACACTTCAATTTGCAGC
* * * *
22984 ACTTT-AACACTTCAATTTACAGCATTTAAGCACTTCAATTTGCAGCACTTTTACA-TCTCAATT
66 A-TTTAAACACTTCAATTTGCAGCA-TTAAACACTTCAATTTACAGCACTTTAACACT-TCAATT
* * * *
23047 AACAACATTTATACACCTCAA-TTACAGCGATAAAACATCTCAATGTCCAGCAAC-AAAACACTT
128 TACAACATTTA-ACACTTCAATTTACAGC-ATTAAACATCTCAATGTACAGCAACTAAAACACTT
* * ***
23110 TAATTTGCAGTAGTT
191 CAATTTGCAGCAACA
* * * * * *
23125 AAACACTTCAATTTGCAACATTTAAGCATTTCAATTTACAGCATTTAAACACTTCAATTGGCAGC
1 AAACACTTCAATTTACAGCATTTAAACACTTCAATTTGCAGCATTTAAACACTTCAATTTGCAGC
* * * *
23190 ATTCAAACACTTCAATTTGCAGCACTTTAACACTTCAATTTACAGCACTTTTACA-TCTCAATTA
66 ATTTAAACACTTCAATTTGCAGCA-TTAAACACTTCAATTTACAGCACTTTAACACT-TCAATTT
* * *
23254 ACAACATTTATACACCTCAA-TTACAGCGATAAAACATCTCAATGTCCAGCAACT-AAACACTTC
129 ACAACATTTA-ACACTTCAATTTACAGC-ATTAAACATCTCAATGTACAGCAACTAAAACACTTC
* *
23317 AATTTGCAG-TACTT
192 AATTTGCAGCAAC-A
* * * * * * **
23331 AAACACTTCAATTTGCAACATTTAAGCACATCAATTTACAGCATTTAAACACCTCAATTTATAGC
1 AAACACTTCAATTTACAGCATTTAAACACTTCAATTTGCAGCATTTAAACACTTCAATTTGCAGC
* * *
23396 ATTCAAACACTTCAATTTGCAGCACTTTAACACTTCAATTTACAGCA-TTTAAGAGCTTCAATTT
66 ATTTAAACACTTCAATTTGCAGCA-TTAAACACTTCAATTTACAGCACTTTAACA-CTTCAATTT
* * * * * * *
23460 GCAGCACTTTAACA-TCTCAATTAACAACATTTATACACCTCAAT-TACAGCGA-TAAAACA-TC
129 ACAACA-TTTAACACT-TCAATTTACAGCA-TTAAACATCTCAATGTACAGCAACTAAAACACT-
* *
23521 TCAATGTCCAGCAACA
190 TCAATTTGCAGCAACA
* * * * * *
23537 AAACACTTTAATTTACAGTAGTTAAACACTTCAATTTGCAACATTTAAGCACTTCAATTTACAGC
1 AAACACTTCAATTTACAGCATTTAAACACTTCAATTTGCAGCATTTAAACACTTCAATTTGCAGC
* * *
23602 ATTTAAATACTTCAATTTGCAGCATTCAAACATTTCAATTTGCAGCACTTTAACACTTCAATTTA
66 ATTTAAACACTTCAATTTGCAGCATT-AAACACTTCAATTTACAGCACTTTAACACTTCAATTTA
* * ** * * *
23667 CAGCATTTAAGCACTTCAATTTGCAGCACTTTTACATCTCAAT-TA-A-CAACATTTATACACCT
130 CAACATTTAA-CACTTCAATTTACAGCA-TTAAACATCTCAATGTACAGCAAC--TAAAACACTT
* * *
23729 CAA-TTACAGCGATA
191 CAATTTGCAGCAACA
* * ** * * *
23743 AAACA-TCTCAATGTCCAGCAACTAAACACTTCAATTTGCAGTACTTAAACACTTCAATTTGCAA
1 AAACACT-TCAATTTACAGCATTTAAACACTTCAATTTGCAGCATTTAAACACTTCAATTTGCAG
* * * * *
23807 CATTTAAGCACATCAATTTACAGCATTTAAACACTTCAATTTATAGCA-TTCAAACACTTCAATT
65 CATTTAAACACTTCAATTTGCAGCA-TTAAACACTTCAATTTACAGCACTT-TAACACTTCAATT
* ** * * *
23871 TGCAACACTTTAACACTTCAATTTACAGCACTTAGGCA-CTTCAATTTGCAGC-ACTTTTACATC
128 TACAACA-TTTAACACTTCAATTTACAGCA-TTAAACATC-TCAATGTACAGCAAC---TA-A-A
* * * * *
23934 TCAATTAACAACATTTATACAGCGATA
185 ACACTT--C-A-A-TT-TGCAGCAACA
* * * ** * * *
23961 AAACA-TCTCCATGTCCAGCAACTAAACACTACAATTTTCAGTC-CTTAAACACTTCAATTTGCA
1 AAACACT-TCAATTTACAGCATTTAAACACTTCAATTTGCAG-CATTTAAACACTTCAATTTGCA
* * * * *
24024 ACATTTAAGCACTTCAATTTACAGCATTTAAACACTTCAATTTGCAGCA-TTCAAACACTTCAAT
64 GCATTTAAACACTTCAATTTGCAGCA-TTAAACACTTCAATTTACAGCACTT-TAACACTTCAAT
* * * * * * * *
24088 TTGCAGCACTTAACACTTCAATTTGCAGCACTTTAACATCTCAAT-TA-AACAACATTTATACAC
127 TTACAACATTTAACACTTCAATTTACAGCA-TTAAACATCTCAATGTACAGCAAC--TAAAACAC
* * *
24151 CTCAATTAT--AGCGATA
189 TTCAATT-TGCAGCAACA
* * ** * * *
24167 AAACA-TCTCAATGTCCAGCAACTAAACACTTCAATTTGCAGTACTTAAATACTTCAATTT
1 AAACACT-TCAATTTACAGCATTTAAACACTTCAATTTGCAGCATTTAAACACTTCAATTT
24227 TGTTAAGTTT
Statistics
Matches: 7313, Mismatches: 1021, Indels: 802
0.80 0.11 0.09
Matches are distributed among these distances:
200 19 0.00
201 122 0.02
202 406 0.06
203 476 0.07
204 1176 0.16
205 1391 0.19
206 2304 0.32
207 224 0.03
208 23 0.00
209 14 0.00
210 8 0.00
211 7 0.00
212 5 0.00
213 11 0.00
214 13 0.00
215 181 0.02
216 221 0.03
217 192 0.03
218 334 0.05
219 186 0.03
ACGTcount: A:0.37, C:0.24, G:0.07, T:0.32
Consensus pattern (205 bp):
AAACACTTCAATTTACAGCATTTAAACACTTCAATTTGCAGCATTTAAACACTTCAATTTGCAGC
ATTTAAACACTTCAATTTGCAGCATTAAACACTTCAATTTACAGCACTTTAACACTTCAATTTAC
AACATTTAACACTTCAATTTACAGCATTAAACATCTCAATGTACAGCAACTAAAACACTTCAATT
TGCAGCAACA
Found at i:23734 original size:229 final size:229
Alignment explanation
Indices: 16984--24133 Score: 2782
Period size: 229 Copynumber: 31.5 Consensus size: 229
16974 GTCCAGCAAC
* * * * *
16984 TAAACACTTCAATTT-C-G-GTCTTAAACACTTCAATTTGCAACATTTAAGCACTTCAATTTACA
1 TAAACACTTCAATTTACAGCAT-TTAAACACTTCAATTTGCAGCATTCAAACACTTCAATTTGCA
* * *
17046 GCA-TTTAAACACTTCAATTTCCAGCACTTTAACACTTCATTTTGCAGCACTTTAACATCTCAAT
65 GCACTTT-AACACTTCAATTTACAGCACTTTAACACTTCAATTTGCAGCACTTTTACATCTCAAT
17110 TAACAACATTTATACACCTCAATTACAGCGATAAAACATCTCAATGTCCAGCAACTAAACACTTC
129 TAACAACATTTATACACCTCAATTACAGCGATAAAACATCTCAATGTCCAGCAACTAAACACTTC
** *
17175 AATTTGCAGTACTTAAACACTTCAATTTGCAACATT
194 AATTTGCAACATTTAAACACTTCAATTTGCAACATT
* * **
17211 TAAGCAC-ACAATTTACAGCATTTAAACACTTCAATTTATAGCATTCAAACACTTCAATTTGCAG
1 TAAACACTTCAATTTACAGCATTTAAACACTTCAATTTGCAGCATTCAAACACTTCAATTTGCAG
17275 CACTTTAACACTTCAATTTACAGCA-TTTAAGCACTTCAATTTGCAGCACTTTTACATCTCAATT
66 CACTTTAACACTTCAATTTACAGCACTTTAA-CACTTCAATTTGCAGCACTTTTACATCTCAATT
17339 AACAACA--T-T-----T--A-TACAGCGATAAAACATCTC-ATGTCCAGCAACTAAACACTTCA
130 AACAACATTTATACACCTCAATTACAGCGATAAAACATCTCAATGTCCAGCAACTAAACACTTCA
** *
17392 ATTTGCAGTACTTAAACACTTCAATTTGCAACATT
195 ATTTGCAACATTTAAACACTTCAATTTGCAACATT
*
17427 TAAGCACTTCAATTTACAGCATTTAAACACTTCAATTTGCAGCATTCAAACACTTCAATTTGCAG
1 TAAACACTTCAATTTACAGCATTTAAACACTTCAATTTGCAGCATTCAAACACTTCAATTTGCAG
17492 CACTTTAACACTTCAATTTACAGCA-TTTAAGCACTTCAATTTGCAGCAC-TTTACATCTCAATT
66 CACTTTAACACTTCAATTTACAGCACTTTAA-CACTTCAATTTGCAGCACTTTTACATCTCAATT
17555 AACAACATTTATACACCTCAATTACAGCGATAAAACATCTCAATGTCCAGCAACTAAACACTTCA
130 AACAACATTTATACACCTCAATTACAGCGATAAAACATCTCAATGTCCAGCAACTAAACACTTCA
** *
17620 ATTTGCAGTACTTAAACACTTCAATTTGCAACATT
195 ATTTGCAACATTTAAACACTTCAATTTGCAACATT
*
17655 TAAGCACTTCAATTTACAGCATTTAAACACTTCAATTTGCAGCATTCAAACACTTCAATTTGCAG
1 TAAACACTTCAATTTACAGCATTTAAACACTTCAATTTGCAGCATTCAAACACTTCAATTTGCAG
* ** * * *
17720 CACTTTAACACTTCAATTTGCAGCACTTT-ACA-TCTCAATTAACAACA-TTTAACACCTCAATT
66 CACTTTAACACTTCAATTTACAGCACTTTAACACT-TCAATTTGCAGCACTTTTACATCTCAATT
* * * * * * * * *
17782 -ACAGCGA-TAAAACATCTCAATGTCCAGCAACT-AAACA-CTTCAATTTGCAG-TACTTAAACA
130 AACAAC-ATTTATACACCTCAAT-TACAGCGA-TAAAACATC-TCAATGTCCAGCAAC-TAAACA
* * *
17842 CTTCAATTTGCAACATTTAAGCACTTCAATTTACAGCATT
190 CTTCAATTTGCAACATTTAAACACTTCAATTTGCAACATT
** * *
17882 TAAACACTTCAATTTGTAGCATTCAAACACTTCAATTTGCAGCACTT-TAACACTTCAATTTGCA
1 TAAACACTTCAATTTACAGCATTTAAACACTTCAATTTGCAGCA-TTCAAACACTTCAATTTGCA
* * * * ***
17946 GCACTTT-ACA-TCTCAATTAACAACA-TTTATACACCTCAA-TTACAGCGA-TAAAACATCTCA
65 GCACTTTAACACT-TCAATTTACAGCACTTTA-ACACTTCAATTTGCAGC-ACTTTTACATCTCA
* * ** * * * * * * * * ** *
18006 ATGT-CCAGCAACTAAACACTTCAATTTGCAG-TACTTAAACA-CTTCAATTTGCAACATTTAAG
127 AT-TAACAACATTTATACACCTCAA-TTACAGCGA-TAAAACATC-TCAATGTCCAGCAACTAAA
* * ** *
18068 CACTTCAATTTACAGCATTTAAACACTTCAATTTATAGCATT
188 CACTTCAATTTGCAACATTTAAACACTTCAATTTGCAACATT
* * * * * *
18110 CAAACACTTCAATTTGCAACACTTT-AACACTTCAATTTACAGCATTTAAGCACTTCAATTTGCA
1 TAAACACTTCAATTTACAGCA-TTTAAACACTTCAATTTGCAGCATTCAAACACTTCAATTTGCA
* * * * * ***
18174 GCACTTTTACA-TCTCAATTAACAACA-TTTATACACCTCAA-TTACAGCGA-TAAAACATCTCA
65 GCACTTTAACACT-TCAATTTACAGCACTTTA-ACACTTCAATTTGCAGC-ACTTTTACATCTCA
* * ** * * * * * * * * ** *
18235 ATGT-CCAGCAACTAAACACTTCAATTTCAG-TACTTAAACA-CTTCAATTTGCAACATTTAAGC
127 AT-TAACAACATTTATACACCTCAATTACAGCGA-TAAAACATC-TCAATGTCCAGCAACTAAAC
* * *
18297 ACTTCAATTTACAGCATTTAAACACTTCAATTTGCAGCATT
189 ACTTCAATTTGCAACATTTAAACACTTCAATTTGCAACATT
* * * * *
18338 CAAACACTTCAATTTGCAGCACTTT-AACACTTCAATTTACAGCATTTAAGCACTTCAATTTGCA
1 TAAACACTTCAATTTACAGCA-TTTAAACACTTCAATTTGCAGCATTCAAACACTTCAATTTGCA
* * * * * ***
18402 GCACTTTTACA-TCTCAATTAACAACA-TTTATACACCTCAA-TTACAGCGA-TAAAACATCTCA
65 GCACTTTAACACT-TCAATTTACAGCACTTTA-ACACTTCAATTTGCAGC-ACTTTTACATCTCA
* * ** * * * * * * * * ** *
18463 ATGT-CCAGCAACTAAACACTTCAATTTGCAG-TACTTAAACA-CTTCAATTTGCAACATTTAAG
127 AT-TAACAACATTTATACACCTCAA-TTACAGCGA-TAAAACATC-TCAATGTCCAGCAACTAAA
* * * ** *
18525 CACATCAATTTACAGCATTTAAACACTTCAATTTATAGCATT
188 CACTTCAATTTGCAACATTTAAACACTTCAATTTGCAACATT
* * * * * *
18567 CAAACACTTCAATTTGCAACACTTT-AACACTTCAATTTACAGCATTTAAGCACTTCAATTTGCA
1 TAAACACTTCAATTTACAGCA-TTTAAACACTTCAATTTGCAGCATTCAAACACTTCAATTTGCA
* * * * *** *
18631 GCACTTTTACA-TCTCAATTAACAACA-TTT---A-TAC-A---GC-G-A-TAAAACATCTCCAT
65 GCACTTTAACACT-TCAATTTACAGCACTTTAACACTTCAATTTGCAGCACTTTTACATCTCAAT
* * ** * * * * * * * ** *
18683 GT-CCAGCAACTAAACA-CTACAATTTTCAGTC-CTTAAACACT-TCAATTTGCAACATTTAAGC
129 -TAACAACATTTATACACCT-CAA-TTACAG-CGATAAAACA-TCTCAATGTCCAGCAACTAAAC
* * *
18744 ACTTCAATTTACAGCATTTAAACACTTCAATTTGCAGCATT
189 ACTTCAATTTGCAACATTTAAACACTTCAATTTGCAACATT
* * * * *
18785 CAAACACTTCAATTTGCAGCACTTT-AACACTTCAATTTACAGCATTTAAGCACTTCAATTTGCA
1 TAAACACTTCAATTTACAGCA-TTTAAACACTTCAATTTGCAGCATTCAAACACTTCAATTTGCA
* * * * * ***
18849 GCACTTTTACA-TCTCAATTAACAACA-TTTATACACCTCAA-TTACAGCGA-TAAAACATCTCA
65 GCACTTTAACACT-TCAATTTACAGCACTTTA-ACACTTCAATTTGCAGC-ACTTTTACATCTCA
* * ** * * * * * * **
18910 ATGT-CCAGCAACTAAACACTTCAATT--TGCGATACTTAAACA-CTTCAATTTGCAACATTTAA
127 AT-TAACAACATTTATACACCTCAATTACAGCGATA---AAACATC-TCAATGTCCAGCAACTAA
* * * *
18971 GCACTTCAATTTACAGCATTTAAACACTTCAATTT--AGCATT
187 ACACTTCAATTTGCAACATTTAAACACTTCAATTTGCAACATT
* * * **
19012 CAAACACTTCAATTTGCAGCACTTT-AACACTTCAATTTGCAGCACTT-TAACA-TCTCAATTAA
1 TAAACACTTCAATTTACAGCA-TTTAAACACTTCAATTTGCAGCA-TTCAAACACT-TCAATTTG
* * ** * * **
19074 CAACA-TTTATACACCTCAA-TTACAGCGA-TAAAACA-TCTCAATGTCCAGCAAC-TAAACA-C
63 CAGCACTTTA-ACACTTCAATTTACAGC-ACTTTAACACT-TCAATTTGCAGC-ACTTTTACATC
** ** * * * * * * * * * **
19133 TTCAATTTGCAGTACTTAAACACTTCAATTTGCAAC-ATTTAAGCA-CTTCAATTTACAGCATTT
124 -TCAATTAACAACATTTATACACCTCAA-TTACAGCGA-TAAAACATC-TCAATGTCCAGCAACT
** * * * *
19196 AAACACTTCAGGTTGTAGCATTCAAACACTTCAATTTGCAGCACTT
185 AAACACTTCAATTTGCAACATTTAAACACTTCAATTTGCAACA-TT
* ** * * * * *
19242 T-AACACTTCAATTTGCAGCACTTT-AACA-TCTCAATTAACAACATTTATACACCTCAA-TTAC
1 TAAACACTTCAATTTACAGCA-TTTAAACACT-TCAATTTGCAGCATTCAAACACTTCAATTTGC
** * * * * **
19303 AGCGA-TAAAACA-TCTCAATGTCCAGCAAC-TAAACACTTCAATTTGCAGTACTTAAACA-CTT
64 AGC-ACTTTAACACT-TCAATTTACAGC-ACTTTAACACTTCAATTTGCAGCACTTTTACATC-T
** * * * ** *
19364 CAATTTGCAACATTTA-AGCACTTCAATTTACAGC-ATTTAAACA-CTTCAATTTATAGC-ATTC
125 CAATTAACAACATTTATA-CACCTCAA-TTACAGCGA-TAAAACATC-TCAATGTCCAGCAACT-
* *
19425 AAACACTTCAATTTGCAACACTTT-AACACTTCAATTTACAGCATT
185 AAACACTTCAATTTGCAACA-TTTAAACACTTCAATTTGCAACATT
* * * ** * * * * *
19470 TAAGCACTTCAATTTGCAGCACTTT-TACA-TCTCAATTAACAACATTTATACACCTCAA-TTAC
1 TAAACACTTCAATTTACAGCA-TTTAAACACT-TCAATTTGCAGCATTCAAACACTTCAATTTGC
** * * * * **
19532 AGCGA-TAAAACA-TCTC-ATGTCCAGCAAC-TAAACAC-TCAATTT-CAG-TCTTAAACA-CTT
64 AGC-ACTTTAACACT-TCAATTTACAGC-ACTTTAACACTTCAATTTGCAGCACTTTTACATC-T
** * * * * *
19589 CAATTTGCAACATTTA-AGCACTTCAATTTACAGC-ATTTAAACA-CTTCAATTTGCAGC-ATTC
125 CAATTAACAACATTTATA-CACCTCAA-TTACAGCGA-TAAAACATC-TCAATGTCCAGCAACT-
* * *
19650 AAACACTTCAATTTGCAGCACTTT-AACACTTCAATTTACAGCATT
185 AAACACTTCAATTTGCAACA-TTTAAACACTTCAATTTGCAACATT
* * * ** * * * * *
19695 TAAGCACTTCAATTTGCAGCACTTT-TACA-TCTCAATTAACAACATTTATACACCTCAA-TTAC
1 TAAACACTTCAATTTACAGCA-TTTAAACACT-TCAATTTGCAGCATTCAAACACTTCAATTTGC
** * * * * * **
19757 AGCGA-TAAAACA-TCTCAATGTCCAGCAAC-TAAACACTTCAATTTGTAGTACTTAAACA-CTT
64 AGC-ACTTTAACACT-TCAATTTACAGC-ACTTTAACACTTCAATTTGCAGCACTTTTACATC-T
** * * * ** *
19818 CAATTTGCAACATTTA-AGCACATCAATTTACAGC-ATTTAAACA-CTTCAATTTATAGC-ATTC
125 CAATTAACAACATTTATA-CACCTCAA-TTACAGCGA-TAAAACATC-TCAATGTCCAGCAACT-
* * *
19879 AAACACTTCAATTTGCAGCACTTT-AACACTTCAATTTACAGCATT
185 AAACACTTCAATTTGCAACA-TTTAAACACTTCAATTTGCAACATT
* * * ** * * * * *
19924 TAAGCACTTCAATTTGCAGCACTTT-TACA-TCTCAATTAACAACATTTATACACCTCAA-TTAC
1 TAAACACTTCAATTTACAGCA-TTTAAACACT-TCAATTTGCAGCATTCAAACACTTCAATTTGC
** * * * * * **
19986 AGCGA-TAAAACA-TCTCCATGTCCAGCAAC-TAAACACTTCAATTT--AGTACTTAAACA-CTT
64 AGC-ACTTTAACACT-TCAATTTACAGC-ACTTTAACACTTCAATTTGCAGCACTTTTACATC-T
** * * * *
20045 CAATTTGCAACATTTA-AGCACTTCAATTTACAGC-ATTTAAACA-CTTCAAT-T--TGC-ATTC
125 CAATTAACAACATTTATA-CACCTCAA-TTACAGCGA-TAAAACATC-TCAATGTCCAGCAACT-
* * *
20103 AAACACTTCAATTTGCAGCACTTT-AACACTTCAATTTACAGCATT
185 AAACACTTCAATTTGCAACA-TTTAAACACTTCAATTTGCAACATT
* * * ** * * * * *
20148 TAAGCACTTCAATTTGCAGCACTTT-TACA-TCTCAATTAACAACATTTATACACCTCAA-TTAC
1 TAAACACTTCAATTTACAGCA-TTTAAACACT-TCAATTTGCAGCATTCAAACACTTCAATTTGC
** * * * * * * **
20210 AGCGA-TAAAACA-TCTCAATGTCCAGCAAC-TAAACACTTTAATTTGCAGTAGTTAAACA-CTT
64 AGC-ACTTTAACACT-TCAATTTACAGC-ACTTTAACACTTCAATTTGCAGCACTTTTACATC-T
** ** * * **
20271 CAATTTGCAACATTTA-AGCATTTCAATTTACAGC-ATTTAAACA-CTTCAAT-TGGCAGC-TTT
125 CAATTAACAACATTTATA-CACCTCAA-TTACAGCGA-TAAAACATC-TCAATGT-CCAGCAACT
* * *
20331 CAAACACTTCAATTTGCAGCACTTT-AACACTTCAATTTACAGCACTT
185 -AAACACTTCAATTTGCAACA-TTTAAACACTTCAATTTGCAACA-TT
* * * * * * * *
20378 T--ACA-TCTCAATTAACAACATTTATACACCTCAA-TTACAGCGA-TAAAACA-TCTCAATGTC
1 TAAACACT-TCAATTTACAGCATTTAAACACTTCAATTTGCAGC-ATTCAAACACT-TCAATTTG
* * * * * * *
20437 CAGCAAC-TAAACACTTGAATTTGCAGTACTTAAACACTTCAATTTGCAACA-TTTAAGCA-CTT
63 CAGC-ACTTTAACACTTCAATTTACAGCACTTTAACACTTCAATTTGCAGCACTTTTA-CATC-T
* * * * * * * * *
20499 CAATTTACAGCATTTAAACACTTCAATT-TAGC-ATTCAAACA-CTTCAATTTGCAGC-ACTTTA
125 CAATTAACAACATTTATACACCTCAATTACAGCGA-TAAAACATC-TCAATGTCCAGCAAC-TAA
* * * *
20560 ACACTTCAATTTACAGCATTTAAGCACTTCAATTTGCAGCACTT
187 ACACTTCAATTTGCAACATTTAAACACTTCAATTTGCAACA-TT
* * * * * * * *
20604 T--ACA-TCTCAATTAACAACATTTATACACCTCAA-TTACAGCGA-TAAAACA-TCTCAATGTC
1 TAAACACT-TCAATTTACAGCATTTAAACACTTCAATTTGCAGC-ATTCAAACACT-TCAATTTG
* * * * *
20663 CAGCAAC-TAAACACTTCAATTT-CAGTACTTAAACACTTCAATTTGCAACA-TTTAAGCA-CTT
63 CAGC-ACTTTAACACTTCAATTTACAGCACTTTAACACTTCAATTTGCAGCACTTTTA-CATC-T
* * * * * * * * * * *
20724 CAATTTACAGCATTTAAATACTTCAATTTGCAGC-ATTCAAACATTTCAATTTGCAGC-ACTTTA
125 CAATTAACAACATTTATACACCTCAA-TTACAGCGA-TAAAACATCTCAATGTCCAGCAAC-TAA
* * * *
20787 ACACTTCAATTTACAGCATTTAAACACTTCAATTTGTAGCACTT
187 ACACTTCAATTTGCAACATTTAAACACTTCAATTTGCAACA-TT
* * * * * * * * * *
20831 T-TACA-TCTCAAATAACAACATTTATACACCTCAA-TTACAGCGA-TAAAACA-TCTC-ATGTC
1 TAAACACT-TCAATTTACAGCATTTAAACACTTCAATTTGCAGC-ATTCAAACACT-TCAATTTG
* * * * *
20890 CAGCAAC-TAAACACTTCAATTT-CAGTACTTAAACACTTCAATTTGCAACA-TTTAAGCA-CTT
63 CAGC-ACTTTAACACTTCAATTTACAGCACTTTAACACTTCAATTTGCAGCACTTTTA-CATC-T
* * * * * * * * *
20951 CAATTTACAGCATTTAAACACTTCAATT-TAGC-ATTCAAACA-CTTCAATTTGCAGC-ACTTTA
125 CAATTAACAACATTTATACACCTCAATTACAGCGA-TAAAACATC-TCAATGTCCAGCAAC-TAA
* * * *
21012 ACACTTCAATTTACAGCATTTAAGCACTTCAATTTGCAGCACTT
187 ACACTTCAATTTGCAACATTTAAACACTTCAATTTGCAACA-TT
* * * * * *
21056 T-TACA-TCTCAATTAACAACATTTATACAGCGATAAAACATCTCAATGTCCAGCA-ACTAAACA
1 TAAACACT-TCAATTTACAGCATTTA-A-A-C------AC-T-TCAATTTGCAGCATTC-AAACA
* * * * * **
21118 CTTCAATTTTCAGTACTTAAACACTTCAATTTGCAACA-TTTAAGCACTTCAATTTATAGCA-TT
53 CTTCAATTTGCAGCACTTTAACACTTCAATTTACAGCACTTTAA-CACTTCAATTTGCAGCACTT
* * * * * * * ** * *
21181 TAAACA-CTTCAATT--TAGCATTCA-AAACTTCAATTTGCAGC-ACTTTAACA-CTTCAATTTA
117 T-TACATC-TCAATTAACAACATTTATACACCTCAA-TTACAGCGA-TAAAACATC-TCAATGTC
** * * * **
21240 CAGCATTTAAGCACTTCAATTTGCAGCACTTT-TACA-TCTCAATTAACAACATT
177 CAGCAACTAAACACTTCAATTTGCAACA-TTTAAACACT-TCAATTTGCAACATT
* * * * * *
21293 TATACACCTCAA-TTACAGCGA-TAAAACA-TCTCAATGTCCAGCA-ACTAAACACTTCAATTTG
1 TAAACACTTCAATTTACAGC-ATTTAAACACT-TCAATTTGCAGCATTC-AAACACTTCAATTTG
* * * * * * *
21354 CAGTACTTAAACACTTCAATTTGCAACA-TTTAAGCACATCAATTTACAGCA-TTTAAACA-CTT
63 CAGCACTTTAACACTTCAATTTACAGCACTTTAA-CACTTCAATTTGCAGCACTTT-TACATC-T
* * * * * * * ** * * **
21416 CAATTTATAGCATTCAAACACTTCAATTTGCAGC-ACTTTAACA-CTTCAATTTACAGCATTTAA
125 CAATTAACAACATTTATACACCTCAA-TTACAGCGA-TAAAACATC-TCAATGTCCAGCAACTAA
* * * **
21479 GCACTTCAATTTGCAGCACTTT-TACA-TCTCAATTAACAACATAT
187 ACACTTCAATTTGCAACA-TTTAAACACT-TCAATTTGCAACAT-T
* * * ** * *
21523 TAATACAGCGATAAAACATCTCATGTCCAGCAACTAAACACTTCAATTTTCAGTACTT-AAACAC
1 TAA-ACA-C--T------TC-AATTTACAGCATTTAAACACTTCAATTTGCAGCA-TTCAAACAC
*
21587 TTCAATTTGCAACA-TTTAAGCACTTCAATTTACAGCA-TTTAAACACTTCAATTTGCAGCA-TT
54 TTCAATTTGCAGCACTTTAA-CACTTCAATTTACAGCACTTT-AACACTTCAATTTGCAGCACTT
** ** * * * * *
21649 CAAACA-CTTCAATTTGCAGCACTTTA-ACACTTCAATTTACAGC-ATTTAAGCA-CTTCAATTT
117 -TTACATC-TCAATTAACAACA-TTTATACACCTCAA-TTACAGCGA-TAAAACATC-TCAATGT
* ** ** * * * *
21710 GCAGC-ACTTTTACA-TCTCAATTAACAACATTTATACACCTCAA-TTACAGCGA-T
176 CCAGCAAC-TAAACACT-TCAATTTGCAACATTTAAACACTTCAATTTGCAAC-ATT
* * * ** *
21763 AAAACA-TCTCAATGTCCAGCAACTAAACACTTCAATTTGCAGTACTT-AAACACTTCAATTTGC
1 TAAACACT-TCAATTTACAGCATTTAAACACTTCAATTTGCAGCA-TTCAAACACTTCAATTTGC
* **
21826 AACA-TTTAAGCACTTCAATTTACAGCA-TTTAAACACTTCAATTTGCAGCA-TTCAAACA-CTT
64 AGCACTTTAA-CACTTCAATTTACAGCACTTT-AACACTTCAATTTGCAGCACTT-TTACATC-T
** * * * ** * *
21887 CAATTTGCAGCACTTTA-ACACTTCAATTTGCAGC-ACTTTAACATCTCAA---CTAACAACATT
125 CAATTAACAACA-TTTATACACCTCAA-TTACAGCGA-TAAAACATCTCAATGTCCAGCAAC--T
* * * * * * * * **
21947 TAACACCTCAA-TTACAGCGA-TAAAACA-TCTCAATGTCCAGCAAC
185 AAACACTTCAATTTGCAAC-ATTTAAACACT-TCAATTTGCAACATT
* * * * * * *
21991 TAAACACTTCAATTTGCAGTACTTAAACACTTCAATTTGCAACATTTAAGCACTTCAATTTACAG
1 TAAACACTTCAATTTACAGCATTTAAACACTTCAATTTGCAGCATTCAAACACTTCAATTTGCAG
* * *
22056 CA-TTTAAACACTTCAATTTGCAG--CTTTCAAACACTTCAATTTGCAACACTTTAACA-CTTCA
66 CACTTT-AACACTTCAATTTACAGCACTTT--AACACTTCAATTTGCAGCACTTTTACATC-TCA
** * * * * * * * *
22117 ATTTGCAGCACTTT-TACATCTCAATTAACAAC-ATTTATACACCTCAAT-TACAGCGA-TAAA-
127 ATTAACAACA-TTTATACACCTCAATT-ACAGCGA-TAAAACATCTCAATGTCCAGCAACTAAAC
* * * ** ** *
22177 ACATCTCAATGTCCAGCAACTAAACACTTCAATTT-CAGTACT
189 AC-T-TCAATTTGCAACATTTAAACACTTCAATTTGCAACATT
* * * * *
22219 TAAACACTTCAATTTGCAACATTTAAGCACTTCAA-TTACAGCATTTAAACACTTCAATTAT--A
1 TAAACACTTCAATTTACAGCATTTAAACACTTCAATTTGCAGCATTCAAACACTTCAATT-TGCA
* * * *
22281 GCA-TTCAAACACTTCAATTTGCAGCACTTTAACACTTCAATTTACAGCA-TTTAAGCA-CTTCA
65 GCACTT-TAACACTTCAATTTACAGCACTTTAACACTTCAATTTGCAGCACTTTTA-CATC-TCA
** * * * * * * * *
22343 ATTTGCAGCACTTT-TACATCTCAATTAACAAC-ATTTATACACCTCAAT-TACAGCGA-TAAA-
127 ATTAACAACA-TTTATACACCTCAATT-ACAGCGA-TAAAACATCTCAATGTCCAGCAACTAAAC
* * * ** *
22403 ACATCTCAATGTCCAGCAACTAAACAC-TCAATTT-C-A-GTT
189 AC-T-TCAATTTGCAACATTTAAACACTTCAATTTGCAACATT
* * * * *
22442 TAAACACTTCAATTTGCAACATTTAAGCACTTCAATTTACAGCATTTAAACACTTCAATTTGCAG
1 TAAACACTTCAATTTACAGCATTTAAACACTTCAATTTGCAGCATTCAAACACTTCAATTTGCAG
* * * *
22507 CA-TTCAAACACTTCAATTTGCAGCACTTTAACACTTCAATTTACAGCA-TTTAAGCA-CTTCAA
66 CACTT-TAACACTTCAATTTACAGCACTTTAACACTTCAATTTGCAGCACTTTTA-CATC-TCAA
** * * * * * * * *
22569 TTTGCAGCACTTT-TACATCTCAATTAACAAC-ATTTATACACCTCAAT-TACAGCGA-TAAA-A
128 TTAACAACA-TTTATACACCTCAATT-ACAGCGA-TAAAACATCTCAATGTCCAGCAACTAAACA
* * * ** ** *
22629 CATCTCAATGTCCAGCAACTAAACACTTCAATTTGCAGTACT
190 C-T-TCAATTTGCAACATTTAAACACTTCAATTTGCAACATT
* * * * * **
22671 TAAACACTTCAATTTGCAACATTTAAGCAC-TCAATTTACAGCATTTAAACACTTCAATTTATAG
1 TAAACACTTCAATTTACAGCATTTAAACACTTCAATTTGCAGCATTCAAACACTTCAATTTGCAG
* * * * *
22735 CA-TTCAAACACTTCAATTTGCA-CACTTTAACACTTCAATTTACAGCA-TTTAAGA-CTTCAAT
66 CACTT-TAACACTTCAATTTACAGCACTTTAACACTTCAATTTGCAGCACTTTTACATC-TCAAT
** * * * * * * * *
22796 TTGCAGCACTTT-TACATCTCAATTAACAAC-ATTTATACACCTCAAT-TACAGCGA-TAAA-AC
129 TAACAACA-TTTATACACCTCAATT-ACAGCGA-TAAAACATCTCAATGTCCAGCAACTAAACAC
* * * ** *
22856 ATCTCAATGTCCAGCAACTAAACACTTCAATTTAG-TAC--T
191 -T-TCAATTTGCAACATTTAAACACTTCAATTT-GCAACATT
* * * * *
22895 TAAACACTTCAATTTGCAACATTTAAGCACTTCAATTTACAGCATTTAAACACTTCAATTTGCAG
1 TAAACACTTCAATTTACAGCATTTAAACACTTCAATTTGCAGCATTCAAACACTTCAATTTGCAG
* * * *
22960 CA-TTCAAACACTTCAATTTGCAGCACTTTAACACTTCAATTTACAGCA-TTTAAGCA-CTTCAA
66 CACTT-TAACACTTCAATTTACAGCACTTTAACACTTCAATTTGCAGCACTTTTA-CATC-TCAA
** * * * * * * * *
23022 TTTGCAGCACTTT-TACATCTCAATTAACAAC-ATTTATACACCTCAAT-TACAGCGA-TAAA-A
128 TTAACAACA-TTTATACACCTCAATT-ACAGCGA-TAAAACATCTCAATGTCCAGCAACTAAACA
* * * *** * ** *
23082 CATCTCAATGTCCAGCAACAAAACACTTTAATTTGCAGTAGT
190 C-T-TCAATTTGCAACATTTAAACACTTCAATTTGCAACATT
* * * * * * *
23124 TAAACACTTCAATTTGCAACATTTAAGCATTTCAATTTACAGCATTTAAACACTTCAATTGGCAG
1 TAAACACTTCAATTTACAGCATTTAAACACTTCAATTTGCAGCATTCAAACACTTCAATTTGCAG
* * *
23189 CA-TTCAAACACTTCAATTTGCAGCACTTTAACACTTCAATTTACAGCACTTTTACATCTCAATT
66 CACTT-TAACACTTCAATTTACAGCACTTTAACACTTCAATTTGCAGCACTTTTACATCTCAATT
23253 AACAACATTTATACACCTCAATTACAGCGATAAAACATCTCAATGTCCAGCAACTAAACACTTCA
130 AACAACATTTATACACCTCAATTACAGCGATAAAACATCTCAATGTCCAGCAACTAAACACTTCA
** *
23318 ATTTGCAGTACTTAAACACTTCAATTTGCAACATT
195 ATTTGCAACATTTAAACACTTCAATTTGCAACATT
* * * **
23353 TAAGCACATCAATTTACAGCATTTAAACACCTCAATTTATAGCATTCAAACACTTCAATTTGCAG
1 TAAACACTTCAATTTACAGCATTTAAACACTTCAATTTGCAGCATTCAAACACTTCAATTTGCAG
* *
23418 CACTTTAACACTTCAATTTACAGCA-TTTAAGAGCTTCAATTTGCAGCACTTTAACATCTCAATT
66 CACTTTAACACTTCAATTTACAGCACTTTAACA-CTTCAATTTGCAGCACTTTTACATCTCAATT
* *
23482 AACAACATTTATACACCTCAATTACAGCGATAAAACATCTCAATGTCCAGCAACAAAACACTTTA
130 AACAACATTTATACACCTCAATTACAGCGATAAAACATCTCAATGTCCAGCAACTAAACACTTCA
* ** *
23547 ATTTACAGTAGTTAAACACTTCAATTTGCAACATT
195 ATTTGCAACATTTAAACACTTCAATTTGCAACATT
* * *
23582 TAAGCACTTCAATTTACAGCATTTAAATACTTCAATTTGCAGCATTCAAACATTTCAATTTGCAG
1 TAAACACTTCAATTTACAGCATTTAAACACTTCAATTTGCAGCATTCAAACACTTCAATTTGCAG
23647 CACTTTAACACTTCAATTTACAGCA-TTTAAGCACTTCAATTTGCAGCACTTTTACATCTCAATT
66 CACTTTAACACTTCAATTTACAGCACTTTAA-CACTTCAATTTGCAGCACTTTTACATCTCAATT
23711 AACAACATTTATACACCTCAATTACAGCGATAAAACATCTCAATGTCCAGCAACTAAACACTTCA
130 AACAACATTTATACACCTCAATTACAGCGATAAAACATCTCAATGTCCAGCAACTAAACACTTCA
** *
23776 ATTTGCAGTACTTAAACACTTCAATTTGCAACATT
195 ATTTGCAACATTTAAACACTTCAATTTGCAACATT
* * ** *
23811 TAAGCACATCAATTTACAGCATTTAAACACTTCAATTTATAGCATTCAAACACTTCAATTTGCAA
1 TAAACACTTCAATTTACAGCATTTAAACACTTCAATTTGCAGCATTCAAACACTTCAATTTGCAG
*
23876 CACTTTAACACTTCAATTTACAGCAC-TTAGGCACTTCAATTTGCAGCACTTTTACATCTCAATT
66 CACTTTAACACTTCAATTTACAGCACTTTA-ACACTTCAATTTGCAGCACTTTTACATCTCAATT
* *
23940 AACAACA--T-T-----T--A-TACAGCGATAAAACATCTCCATGTCCAGCAACTAAACACTACA
130 AACAACATTTATACACCTCAATTACAGCGATAAAACATCTCAATGTCCAGCAACTAAACACTTCA
* * *
23994 ATTTTCAGTC-CTTAAACACTTCAATTTGCAACATT
195 ATTTGCA-ACATTTAAACACTTCAATTTGCAACATT
*
24029 TAAGCACTTCAATTTACAGCATTTAAACACTTCAATTTGCAGCATTCAAACACTTCAATTTGCAG
1 TAAACACTTCAATTTACAGCATTTAAACACTTCAATTTGCAGCATTCAAACACTTCAATTTGCAG
*
24094 CAC-TTAACACTTCAATTTGCAGCACTTTAACA-TCTCAATT
66 CACTTTAACACTTCAATTTACAGCACTTTAACACT-TCAATT
24134 AAACAACATT
Statistics
Matches: 6216, Mismatches: 471, Indels: 482
0.87 0.07 0.07
Matches are distributed among these distances:
216 87 0.01
217 152 0.02
218 337 0.05
219 2 0.00
220 2 0.00
221 2 0.00
222 1 0.00
223 39 0.01
224 213 0.03
225 578 0.09
226 673 0.11
227 811 0.13
228 1071 0.17
229 1857 0.30
230 34 0.01
231 5 0.00
232 1 0.00
234 3 0.00
235 2 0.00
236 14 0.00
237 34 0.01
238 87 0.01
239 36 0.01
240 7 0.00
241 15 0.00
242 147 0.02
243 6 0.00
ACGTcount: A:0.37, C:0.24, G:0.07, T:0.32
Consensus pattern (229 bp):
TAAACACTTCAATTTACAGCATTTAAACACTTCAATTTGCAGCATTCAAACACTTCAATTTGCAG
CACTTTAACACTTCAATTTACAGCACTTTAACACTTCAATTTGCAGCACTTTTACATCTCAATTA
ACAACATTTATACACCTCAATTACAGCGATAAAACATCTCAATGTCCAGCAACTAAACACTTCAA
TTTGCAACATTTAAACACTTCAATTTGCAACATT
Found at i:24031 original size:23 final size:23
Alignment explanation
Indices: 23983--24226 Score: 180
Period size: 23 Copynumber: 10.7 Consensus size: 23
23973 GTCCAGCAAC
* * *
23983 TAAACACTACAATTTTCAGTC-CT
1 TAAACACTTCAATTTGCAG-CATT
*
24006 TAAACACTTCAATTTGCAACATT
1 TAAACACTTCAATTTGCAGCATT
* *
24029 TAAGCACTTCAATTTACAGCATT
1 TAAACACTTCAATTTGCAGCATT
24052 TAAACACTTCAATTTGCAGCATT
1 TAAACACTTCAATTTGCAGCATT
* *
24075 CAAACACTTCAATTTGCAGCACT
1 TAAACACTTCAATTTGCAGCATT
24098 T-AACACTTCAATTTGCAGCACTT
1 TAAACACTTCAATTTGCAGCA-TT
** *
24121 T-AACA-TCTCAATTAAACAACATT
1 TAAACACT-TCAATT-TGCAGCATT
* *
24144 TATACACCTCAATTAT--AGCGA-T
1 TAAACACTTCAATT-TGCAGC-ATT
* * * **
24166 AAAACA-TCTCAATGTCCAGCAAC
1 TAAACACT-TCAATTTGCAGCATT
* *
24189 TAAACACTTCAATTTGCAGTACT
1 TAAACACTTCAATTTGCAGCATT
*
24212 TAAATACTTCAATTT
1 TAAACACTTCAATTT
24227 TGTTAAGTTT
Statistics
Matches: 177, Mismatches: 32, Indels: 24
0.76 0.14 0.10
Matches are distributed among these distances:
21 1 0.01
22 34 0.19
23 127 0.72
24 15 0.08
ACGTcount: A:0.37, C:0.24, G:0.07, T:0.32
Consensus pattern (23 bp):
TAAACACTTCAATTTGCAGCATT
Done.