genome.fa.s2682.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold2729
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  33346

Tables:   1   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1137--1201	28	2.4	27	82	7	78	38	18	3	40	1.66
1609--1670	6	10.3	6	75	13	56	72	0	27	0	0.85
1608--1671	13	5.2	13	82	16	75	73	0	26	0	0.84
1608--1671	16	4.2	16	78	13	73	73	0	26	0	0.84
1612--1683	6	12.3	6	74	12	53	77	0	22	0	0.76
1612--1678	13	5.2	13	80	16	68	76	0	23	0	0.79
1621--1682	8	7.4	8	79	13	54	79	0	20	0	0.74
1734--1780	11	4.0	12	81	13	53	78	8	8	4	1.07
1735--1778	13	3.5	13	81	12	56	81	6	6	4	0.97
1846--1900	26	2.2	25	83	3	65	29	47	23	0	1.52
1905--1953	23	2.1	23	85	14	66	83	0	16	0	0.64
1905--1951	5	9.6	5	82	11	53	82	0	17	0	0.66
2315--2354	21	2.0	21	90	9	66	35	12	10	42	1.76
2276--2356	36	2.2	36	78	4	83	35	13	9	40	1.78
2493--2810	18	17.9	18	73	12	248	29	12	10	46	1.76
2492--2781	35	8.2	36	73	15	178	31	12	10	45	1.76
2493--2781	71	4.1	70	80	10	259	30	12	10	45	1.76
2493--2780	53	5.4	53	77	11	243	30	12	10	45	1.76
2486--2847	17	20.7	17	71	14	170	29	12	11	46	1.76
5155--5220	26	2.5	26	97	0	123	31	13	31	22	1.93
5470--5509	14	2.9	14	84	0	53	32	7	17	42	1.77
5493--5532	20	2.0	20	90	0	62	27	10	12	50	1.72
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
5478--5544	34	1.9	35	90	3	109	31	8	13	46	1.74
5472--5548	14	5.0	15	71	20	52	32	9	15	42	1.78
6292--6755	17	26.5	17	70	11	253	45	11	12	30	1.78
6437--6755	35	9.1	35	77	9	276	45	11	13	30	1.78
6445--6755	52	5.9	51	74	10	218	45	11	12	30	1.78
6433--6756	18	18.4	18	75	8	281	45	11	13	30	1.78
6985--7050	18	3.5	18	78	15	62	45	9	15	30	1.77
7206--7237	16	2.0	16	93	0	55	65	0	0	34	0.93
7395--7459	11	6.0	10	73	21	51	1	15	1	81	0.84
7405--7457	25	2.2	26	83	13	76	0	16	1	81	0.79
7408--7463	25	2.3	25	87	6	71	0	21	1	76	0.87
7395--7463	23	3.0	22	82	15	79	1	17	1	79	0.88
7485--7554	30	2.4	28	80	17	79	4	21	47	27	1.69
7588--7624	14	2.6	14	82	0	56	2	8	8	81	0.97
8228--8382	30	5.2	30	86	5	217	38	1	23	36	1.63
8228--8382	58	2.6	59	87	5	231	38	1	23	36	1.63
8588--9421	79	10.8	78	85	7	928	36	20	16	26	1.94
8552--9420	150	5.6	153	85	7	1005	36	20	17	26	1.94
10582--10695	41	2.8	41	89	1	165	25	28	21	25	1.99
17078--17188	29	3.9	29	77	7	118	34	18	5	41	1.74
17439--17470	16	2.0	16	93	0	55	59	0	37	3	1.13
17555--17602	3	15.3	3	82	8	60	68	2	29	0	1.01
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
17561--17619	22	2.8	22	80	12	61	74	1	23	0	0.91
17830--17884	26	2.2	25	83	3	65	29	47	23	0	1.52
17888--17937	5	10.0	5	79	14	50	82	0	18	0	0.68
17894--17936	20	2.2	20	91	4	70	83	0	16	0	0.64
18115--18139	5	5.0	5	100	0	50	20	0	0	80	0.72
18303--18343	21	2.0	20	90	4	64	34	14	9	41	1.79
18303--18343	20	2.1	19	86	9	55	34	14	9	41	1.79
18485--18802	18	17.9	18	73	12	241	29	12	10	46	1.76
18484--18614	35	3.7	36	74	14	128	33	12	7	45	1.71
18477--18772	53	5.6	54	74	12	274	30	12	11	45	1.77
18534--18803	35	7.6	35	77	8	224	28	12	11	47	1.77
18478--18839	17	20.7	17	70	15	154	29	12	11	46	1.76
23191--23344	42	3.6	42	86	0	191	16	37	23	22	1.94
25182--25261	20	4.1	20	72	27	73	55	2	0	42	1.13
25181--25286	9	11.3	9	67	16	56	52	2	0	43	1.22
27574--27684	29	3.9	29	77	7	118	34	18	5	41	1.74
27936--27967	16	2.0	16	93	0	55	59	0	37	3	1.13
28052--28116	3	21.7	3	72	12	53	70	1	26	1	1.04
28052--28128	8	8.9	9	83	9	65	74	1	23	1	0.97
28090--28130	14	3.1	14	86	13	52	82	0	17	0	0.66
28051--28128	16	4.8	16	77	14	79	74	1	23	1	0.97
28179--28225	11	4.0	12	81	13	53	78	8	8	4	1.07
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28180--28223	13	3.5	13	81	12	56	81	6	6	4	0.97
28292--28346	26	2.2	25	83	3	65	29	47	23	0	1.52
28350--28398	5	10.0	5	82	10	57	83	0	16	0	0.64
28351--28399	11	4.8	11	78	16	61	85	0	14	0	0.59
28351--28399	15	3.3	15	88	8	73	85	0	14	0	0.59
28350--28399	19	2.5	19	90	6	73	84	0	16	0	0.63
28577--28601	5	5.0	5	100	0	50	20	0	0	80	0.72
28764--28804	21	2.0	20	90	4	64	34	14	9	41	1.79
28764--28804	20	2.1	19	86	9	55	34	14	9	41	1.79
28946--29262	18	17.9	18	74	13	239	30	12	10	46	1.75
28946--29232	35	8.1	35	74	15	191	31	12	10	45	1.76
28946--29232	53	5.4	53	77	11	234	31	12	10	45	1.76
28939--29299	18	20.8	16	70	17	163	30	12	10	46	1.75
28923--29232	88	3.5	88	75	10	274	31	11	10	45	1.76
31018--31066	18	2.7	18	81	9	55	30	8	12	48	1.69
32101--32137	18	2.1	18	89	0	56	45	13	10	29	1.77

Tables:   1

The End!