Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: Scaffold3011
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 1000
Length: 25897
ACGTcount: A:0.31, C:0.17, G:0.20, T:0.32
Found at i:3474 original size:47 final size:47
Alignment explanation
Indices: 3422--3870 Score: 740
Period size: 47 Copynumber: 9.6 Consensus size: 47
3412 GATAATTGTG
* *
3422 ATGTGAATGTATATATATGTGATAAGGCCTAATGGCCGATGTGATGA
1 ATGTGAAAGTGTATATATGTGATAAGGCCTAATGGCCGATGTGATGA
* *
3469 ATGTGAAAGTGTATATATGTGATAAGGCCGAATGGCCAATGTGATGA
1 ATGTGAAAGTGTATATATGTGATAAGGCCTAATGGCCGATGTGATGA
3516 ATGTGAAAGTGTATATATATGTGATAAGGCCTAATGGCCGATGTGATGA
1 ATGTGAAAGTG--TATATATGTGATAAGGCCTAATGGCCGATGTGATGA
3565 ATGTGAAAGTGTATATATGTGATAAGGCCTAATGGCCGATGTGATGA
1 ATGTGAAAGTGTATATATGTGATAAGGCCTAATGGCCGATGTGATGA
3612 ATGTGAAAGTGTATATATGTGATAAGGCCTAATGGCCGATGTGATGA
1 ATGTGAAAGTGTATATATGTGATAAGGCCTAATGGCCGATGTGATGA
* *
3659 ATGTGAAAGTGTATATATGTGATAAGGCCGAATGGCCAATGTGATG-
1 ATGTGAAAGTGTATATATGTGATAAGGCCTAATGGCCGATGTGATGA
3705 ATGTGAAAGTGTATATATGTGATAAGGCCTAATGGCCGATGTGATGA
1 ATGTGAAAGTGTATATATGTGATAAGGCCTAATGGCCGATGTGATGA
*
3752 ATGTGAAAGTGTATATATGTGATAAGGCCTAATGGCCGATATGATGA
1 ATGTGAAAGTGTATATATGTGATAAGGCCTAATGGCCGATGTGATGA
* * * * * *
3799 ATGTGAAAGTGTATATATGTGA-CAGGCCGAGTGGCCAACGTGATGG
1 ATGTGAAAGTGTATATATGTGATAAGGCCTAATGGCCGATGTGATGA
*
3845 ATGTGAAAGTGTATAAATGTGATAAG
1 ATGTGAAAGTGTATATATGTGATAAG
3871 TCCCGAAGGG
Statistics
Matches: 378, Mismatches: 20, Indels: 8
0.93 0.05 0.02
Matches are distributed among these distances:
46 82 0.22
47 251 0.66
49 45 0.12
ACGTcount: A:0.33, C:0.08, G:0.30, T:0.29
Consensus pattern (47 bp):
ATGTGAAAGTGTATATATGTGATAAGGCCTAATGGCCGATGTGATGA
Found at i:3771 original size:93 final size:94
Alignment explanation
Indices: 3422--3870 Score: 740
Period size: 93 Copynumber: 4.8 Consensus size: 94
3412 GATAATTGTG
* *
3422 ATGTGAATGTATATATATGTGATAAGGCCTAATGGCCGATGTGATGAATGTGAAAGTGTATATAT
1 ATGTGAAAGTGTATATATGTGATAAGGCCTAATGGCCGATGTGATGAATGTGAAAGTGTATATAT
3487 GTGATAAGGCCGAATGGCCAATGTGATGA
66 GTGATAAGGCCGAATGGCCAATGTGATGA
3516 ATGTGAAAGTGTATATATATGTGATAAGGCCTAATGGCCGATGTGATGAATGTGAAAGTGTATAT
1 ATGTGAAAGTG--TATATATGTGATAAGGCCTAATGGCCGATGTGATGAATGTGAAAGTGTATAT
* *
3581 ATGTGATAAGGCCTAATGGCCGATGTGATGA
64 ATGTGATAAGGCCGAATGGCCAATGTGATGA
3612 ATGTGAAAGTGTATATATGTGATAAGGCCTAATGGCCGATGTGATGAATGTGAAAGTGTATATAT
1 ATGTGAAAGTGTATATATGTGATAAGGCCTAATGGCCGATGTGATGAATGTGAAAGTGTATATAT
3677 GTGATAAGGCCGAATGGCCAATGTGATG-
66 GTGATAAGGCCGAATGGCCAATGTGATGA
3705 ATGTGAAAGTGTATATATGTGATAAGGCCTAATGGCCGATGTGATGAATGTGAAAGTGTATATAT
1 ATGTGAAAGTGTATATATGTGATAAGGCCTAATGGCCGATGTGATGAATGTGAAAGTGTATATAT
* * *
3770 GTGATAAGGCCTAATGGCCGATATGATGA
66 GTGATAAGGCCGAATGGCCAATGTGATGA
* * * * * * *
3799 ATGTGAAAGTGTATATATGTGA-CAGGCCGAGTGGCCAACGTGATGGATGTGAAAGTGTATAAAT
1 ATGTGAAAGTGTATATATGTGATAAGGCCTAATGGCCGATGTGATGAATGTGAAAGTGTATATAT
3863 GTGATAAG
66 GTGATAAG
3871 TCCCGAAGGG
Statistics
Matches: 336, Mismatches: 16, Indels: 7
0.94 0.04 0.02
Matches are distributed among these distances:
93 133 0.40
94 111 0.33
96 92 0.27
ACGTcount: A:0.33, C:0.08, G:0.30, T:0.29
Consensus pattern (94 bp):
ATGTGAAAGTGTATATATGTGATAAGGCCTAATGGCCGATGTGATGAATGTGAAAGTGTATATAT
GTGATAAGGCCGAATGGCCAATGTGATGA
Found at i:3783 original size:140 final size:140
Alignment explanation
Indices: 3420--3870 Score: 760
Period size: 140 Copynumber: 3.2 Consensus size: 140
3410 TGGATAATTG
* *
3420 TGATGTGAATGTATATATATGTGATAAGGCCTAATGGCCGATGTGATGAATGTGAAAGTGTATAT
1 TGATGTGAAAGTGTATATATGTGATAAGGCCTAATGGCCGATGTGATGAATGTGAAAGTGTATAT
* * *
3485 ATGTGATAAGGCCGAATGGCCAATGTGATGAATGTGAAAGTGTATATATATGTGATAAGGCCTAA
66 ATGTGATAAGGCCTAATGGCCGATGTGATGAATGTGAAAGTG--TATATATGTGATAAGGCCGAA
*
3550 TGGCCGATGTGA
129 TGGCCAATGTGA
3562 TGAATGTGAAAGTGTATATATGTGATAAGGCCTAATGGCCGATGTGATGAATGTGAAAGTGTATA
1 TG-ATGTGAAAGTGTATATATGTGATAAGGCCTAATGGCCGATGTGATGAATGTGAAAGTGTATA
3627 TATGTGATAAGGCCTAATGGCCGATGTGATGAATGTGAAAGTGTATATATGTGATAAGGCCGAAT
65 TATGTGATAAGGCCTAATGGCCGATGTGATGAATGTGAAAGTGTATATATGTGATAAGGCCGAAT
3692 GGCCAATGTGA
130 GGCCAATGTGA
3703 TGATGTGAAAGTGTATATATGTGATAAGGCCTAATGGCCGATGTGATGAATGTGAAAGTGTATAT
1 TGATGTGAAAGTGTATATATGTGATAAGGCCTAATGGCCGATGTGATGAATGTGAAAGTGTATAT
* * *
3768 ATGTGATAAGGCCTAATGGCCGATATGATGAATGTGAAAGTGTATATATGTGA-CAGGCCGAGTG
66 ATGTGATAAGGCCTAATGGCCGATGTGATGAATGTGAAAGTGTATATATGTGATAAGGCCGAATG
*
3832 GCCAACGTGA
131 GCCAATGTGA
*
3842 TGGATGTGAAAGTGTATAAATGTGATAAG
1 T-GATGTGAAAGTGTATATATGTGATAAG
3871 TCCCGAAGGG
Statistics
Matches: 296, Mismatches: 11, Indels: 6
0.95 0.04 0.02
Matches are distributed among these distances:
139 19 0.06
140 141 0.48
141 33 0.11
142 2 0.01
143 101 0.34
ACGTcount: A:0.33, C:0.08, G:0.30, T:0.29
Consensus pattern (140 bp):
TGATGTGAAAGTGTATATATGTGATAAGGCCTAATGGCCGATGTGATGAATGTGAAAGTGTATAT
ATGTGATAAGGCCTAATGGCCGATGTGATGAATGTGAAAGTGTATATATGTGATAAGGCCGAATG
GCCAATGTGA
Found at i:8202 original size:13 final size:13
Alignment explanation
Indices: 8184--8209 Score: 52
Period size: 13 Copynumber: 2.0 Consensus size: 13
8174 GGACTTCCTT
8184 ACACAGCCGTGTC
1 ACACAGCCGTGTC
8197 ACACAGCCGTGTC
1 ACACAGCCGTGTC
8210 CATTTGGCAG
Statistics
Matches: 13, Mismatches: 0, Indels: 0
1.00 0.00 0.00
Matches are distributed among these distances:
13 13 1.00
ACGTcount: A:0.23, C:0.38, G:0.23, T:0.15
Consensus pattern (13 bp):
ACACAGCCGTGTC
Found at i:23612 original size:47 final size:47
Alignment explanation
Indices: 23540--24027 Score: 689
Period size: 47 Copynumber: 10.3 Consensus size: 47
23530 CCCTTCGGGA
* * * *
23540 CTTATCACATTTATACACT-TCCACATCCATCACATTGGCCACTCGGC
1 CTTATCACATATATACA-TGTTCACATTCATCACATTGGCCATTCGGC
23587 CTTATCACATATATACACT-TTCACATTCATCACATTGGCCATTCGGC
1 CTTATCACATATATACA-TGTTCACATTCATCACATTGGCCATTCGGC
* **
23634 CTTATCTCATATATGTATGTTCACATTCATCACATTGGCCATTCGGC
1 CTTATCACATATATACATGTTCACATTCATCACATTGGCCATTCGGC
* *
23681 CTTATCACACATACACATGTTCACATTCATCACATTGGCCATTCGGC
1 CTTATCACATATATACATGTTCACATTCATCACATTGGCCATTCGGC
* *
23728 CTTATCACACATACACATGTTCACATTCATCACATTGGCCATTCGGC
1 CTTATCACATATATACATGTTCACATTCATCACATTGGCCATTCGGC
* *
23775 CTTATCTCATATATGCATGTTCACATTCATCACATTGGCCATTCGGC
1 CTTATCACATATATACATGTTCACATTCATCACATTGGCCATTCGGC
* *
23822 CTTATCACACATACACATGTTCACATTCATCACATTGGCCATTCGGC
1 CTTATCACATATATACATGTTCACATTCATCACATTGGCCATTCGGC
23869 CTTATCACATATATATACACT-TTCACATTCATCACATTGGCCATTCGGC
1 CTTATCAC--ATATATACA-TGTTCACATTCATCACATTGGCCATTCGGC
* *
23918 CTTATCACATATATACACT-TTCACATTCATCACATCGGCCATTAGGC
1 CTTATCACATATATACA-TGTTCACATTCATCACATTGGCCATTCGGC
* *
23965 CTTATCACATATATATACACT-TTCACATTCATCACATCGGCCATTAGGC
1 CTTATCAC--ATATATACA-TGTTCACATTCATCACATTGGCCATTCGGC
24014 CTTATCACATATAT
1 CTTATCACATATAT
24028 GCTATTAGGC
Statistics
Matches: 411, Mismatches: 24, Indels: 12
0.92 0.05 0.03
Matches are distributed among these distances:
46 1 0.00
47 319 0.78
49 90 0.22
50 1 0.00
ACGTcount: A:0.27, C:0.30, G:0.10, T:0.33
Consensus pattern (47 bp):
CTTATCACATATATACATGTTCACATTCATCACATTGGCCATTCGGC
Found at i:24023 original size:22 final size:22
Alignment explanation
Indices: 23995--24048 Score: 63
Period size: 24 Copynumber: 2.4 Consensus size: 22
23985 TTTCACATTC
*
23995 ATCACATCGGCCATTAGGCCTT
1 ATCACATAGGCCATTAGGCCTT
* *
24017 ATCACATATATGCTATTAGGCCTT
1 ATCAC--ATAGGCCATTAGGCCTT
24041 ATCACATA
1 ATCACATA
24049 TATACACTTT
Statistics
Matches: 27, Mismatches: 3, Indels: 4
0.79 0.09 0.12
Matches are distributed among these distances:
22 8 0.30
24 19 0.70
ACGTcount: A:0.30, C:0.26, G:0.13, T:0.31
Consensus pattern (22 bp):
ATCACATAGGCCATTAGGCCTT
Found at i:24060 original size:71 final size:72
Alignment explanation
Indices: 23958--24098 Score: 257
Period size: 71 Copynumber: 2.0 Consensus size: 72
23948 CACATCGGCC
23958 ATTAGGCCTTATCACATATATATACACTTTCACATTCATCACATCGGCCATTAGGCCTTATCACA
1 ATTAGGCCTTATCACA-ATATATACACTTTCACATTCATCACATCGGCCATTAGGCCTTATCACA
24023 TATATGCT
65 TATATGCT
*
24031 ATTAGGCCTTATCAC-ATATATACACTTTCACATTCATCACATCGGCTATTAGGCCTTATCACAT
1 ATTAGGCCTTATCACAATATATACACTTTCACATTCATCACATCGGCCATTAGGCCTTATCACAT
24095 ATAT
66 ATAT
24099 ACACTTTCAC
Statistics
Matches: 67, Mismatches: 1, Indels: 2
0.96 0.01 0.03
Matches are distributed among these distances:
71 52 0.78
73 15 0.22
ACGTcount: A:0.30, C:0.26, G:0.09, T:0.35
Consensus pattern (72 bp):
ATTAGGCCTTATCACAATATATACACTTTCACATTCATCACATCGGCCATTAGGCCTTATCACAT
ATATGCT
Found at i:25486 original size:86 final size:85
Alignment explanation
Indices: 25376--25549 Score: 305
Period size: 86 Copynumber: 2.0 Consensus size: 85
25366 TATTTTATTG
25376 CCATGCCCTTTATTTTATTAATCCTTACATAATGCACTACCCCAACATGTTTATGACATGTTTTT
1 CCATGCCCTTTATTTTATTAATCCTTACATAATGCACTACCCCAACATGTTTATGACATGTTTTT
*
25441 AGTCATA-ACATCTTGTCCAC
66 AGCCA-ACACATCTTGTCCAC
*
25461 CCATGCTCTTTATCTTTATTAATCCTTACATAATGCACTACCCCAACATGTTTATGACATGTTTT
1 CCATGCCCTTTAT-TTTATTAATCCTTACATAATGCACTACCCCAACATGTTTATGACATGTTTT
25526 TAGCCAACACATCTTGTCCAC
65 TAGCCAACACATCTTGTCCAC
25547 CCA
1 CCA
25550 GCGTCATGGC
Statistics
Matches: 85, Mismatches: 2, Indels: 3
0.94 0.02 0.03
Matches are distributed among these distances:
85 13 0.15
86 72 0.85
ACGTcount: A:0.27, C:0.28, G:0.08, T:0.37
Consensus pattern (85 bp):
CCATGCCCTTTATTTTATTAATCCTTACATAATGCACTACCCCAACATGTTTATGACATGTTTTT
AGCCAACACATCTTGTCCAC
Done.