Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: Scaffold3662
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 1000
Length: 21067
ACGTcount: A:0.30, C:0.16, G:0.25, T:0.29
Found at i:384 original size:27 final size:27
Alignment explanation
Indices: 353--529 Score: 203
Period size: 27 Copynumber: 6.6 Consensus size: 27
343 TAAATTGTAC
*
353 AGCACTAAGTGTGCGATTTGACTATGT
1 AGCACTAAGTGTGCGAATTGACTATGT
* * *
380 TGCACTAAGTGTGCGAAATGAATATG-
1 AGCACTAAGTGTGCGAATTGACTATGT
* *
406 ATGCACTAAGTGTGCGAATTGACCATGC
1 A-GCACTAAGTGTGCGAATTGACTATGT
* *
434 GGCACTAAGTGTGCGAGTTGACTATGT
1 AGCACTAAGTGTGCGAATTGACTATGT
* * *
461 AGCACTAAGTGTGCGATTTGATTACGT
1 AGCACTAAGTGTGCGAATTGACTATGT
* * *
488 AGCACTAAGTGTGCGAGTTGATTATAT
1 AGCACTAAGTGTGCGAATTGACTATGT
*
515 AGCACTGAGTGTGCG
1 AGCACTAAGTGTGCG
530 GACTCAATAT
Statistics
Matches: 128, Mismatches: 20, Indels: 4
0.84 0.13 0.03
Matches are distributed among these distances:
27 128 1.00
ACGTcount: A:0.27, C:0.15, G:0.28, T:0.29
Consensus pattern (27 bp):
AGCACTAAGTGTGCGAATTGACTATGT
Found at i:414 original size:54 final size:55
Alignment explanation
Indices: 353--529 Score: 225
Period size: 54 Copynumber: 3.3 Consensus size: 55
343 TAAATTGTAC
* **
353 AGCACTAAGTGTGCGATTTGACTATGTTGCACTAAGTGTGCGAAATGAATATGAT
1 AGCACTAAGTGTGCGATTTGACTATGTAGCACTAAGTGTGCGAGTTGAATATGAT
* * ** *
408 -GCACTAAGTGTGCGAATTGACCATGCGGCACTAAGTGTGCGAGTTGACTATG-T
1 AGCACTAAGTGTGCGATTTGACTATGTAGCACTAAGTGTGCGAGTTGAATATGAT
* * *
461 AGCACTAAGTGTGCGATTTGATTACGTAGCACTAAGTGTGCGAGTTGATTAT-AT
1 AGCACTAAGTGTGCGATTTGACTATGTAGCACTAAGTGTGCGAGTTGAATATGAT
*
515 AGCACTGAGTGTGCG
1 AGCACTAAGTGTGCG
530 GACTCAATAT
Statistics
Matches: 105, Mismatches: 15, Indels: 5
0.84 0.12 0.04
Matches are distributed among these distances:
53 1 0.01
54 104 0.99
ACGTcount: A:0.27, C:0.15, G:0.28, T:0.29
Consensus pattern (55 bp):
AGCACTAAGTGTGCGATTTGACTATGTAGCACTAAGTGTGCGAGTTGAATATGAT
Found at i:493 original size:81 final size:81
Alignment explanation
Indices: 354--508 Score: 231
Period size: 81 Copynumber: 1.9 Consensus size: 81
344 AAATTGTACA
* * *
354 GCACTAAGTGTGCGATTTGACTATGTTGCACTAAGTGTGCGAAATGAATATGATGCACTAAGTGT
1 GCACTAAGTGTGCGAGTTGACTATGTAGCACTAAGTGTGCGAAATGAATACGATGCACTAAGTGT
419 GCGAATTGACCATGCG
66 GCGAATTGACCATGCG
** *
435 GCACTAAGTGTGCGAGTTGACTATGTAGCACTAAGTGTGCGATTTGATTACG-TAGCACTAAGTG
1 GCACTAAGTGTGCGAGTTGACTATGTAGCACTAAGTGTGCGAAATGAATACGAT-GCACTAAGTG
*
499 TGCGAGTTGA
65 TGCGAATTGA
509 TTATATAGCA
Statistics
Matches: 66, Mismatches: 7, Indels: 2
0.88 0.09 0.03
Matches are distributed among these distances:
80 1 0.02
81 65 0.98
ACGTcount: A:0.27, C:0.15, G:0.28, T:0.29
Consensus pattern (81 bp):
GCACTAAGTGTGCGAGTTGACTATGTAGCACTAAGTGTGCGAAATGAATACGATGCACTAAGTGT
GCGAATTGACCATGCG
Found at i:520 original size:81 final size:81
Alignment explanation
Indices: 350--529 Score: 227
Period size: 81 Copynumber: 2.2 Consensus size: 81
340 GATTAAATTG
* * *
350 TACAGCACTAAGTGTGCGATTTGACTATGTTGCACTAAGTGTGCGAAATGAATATGATGCACTAA
1 TACAGCACTAAGTGTGCGAGTTGACTATGTAGCACTAAGTGTGCGAAATGAATACGATGCACTAA
415 GTGTGCGAATTGACCA
66 GTGTGCGAATTGACCA
* * ** *
431 TGCGGCACTAAGTGTGCGAGTTGACTATGTAGCACTAAGTGTGCGATTTGATTACG-TAGCACTA
1 TACAGCACTAAGTGTGCGAGTTGACTATGTAGCACTAAGTGTGCGAAATGAATACGAT-GCACTA
* **
495 AGTGTGCGAGTTGATTA
65 AGTGTGCGAATTGACCA
* *
512 TATAGCACTGAGTGTGCG
1 TACAGCACTAAGTGTGCG
530 GACTCAATAT
Statistics
Matches: 83, Mismatches: 15, Indels: 2
0.83 0.15 0.02
Matches are distributed among these distances:
80 1 0.01
81 82 0.99
ACGTcount: A:0.27, C:0.16, G:0.28, T:0.29
Consensus pattern (81 bp):
TACAGCACTAAGTGTGCGAGTTGACTATGTAGCACTAAGTGTGCGAAATGAATACGATGCACTAA
GTGTGCGAATTGACCA
Found at i:8303 original size:27 final size:27
Alignment explanation
Indices: 8272--8448 Score: 203
Period size: 27 Copynumber: 6.6 Consensus size: 27
8262 TAAATTGTAC
*
8272 AGCACTAAGTGTGCGATTTGACTATGT
1 AGCACTAAGTGTGCGAATTGACTATGT
* * *
8299 TGCACTAAGTGTGCGAAATGAATATG-
1 AGCACTAAGTGTGCGAATTGACTATGT
* *
8325 ATGCACTAAGTGTGCGAATTGACCATGC
1 A-GCACTAAGTGTGCGAATTGACTATGT
* *
8353 GGCACTAAGTGTGCGAGTTGACTATGT
1 AGCACTAAGTGTGCGAATTGACTATGT
* * *
8380 AGCACTAAGTGTGCGATTTGATTACGT
1 AGCACTAAGTGTGCGAATTGACTATGT
* * *
8407 AGCACTAAGTGTGCGAGTTGATTATAT
1 AGCACTAAGTGTGCGAATTGACTATGT
*
8434 AGCACTGAGTGTGCG
1 AGCACTAAGTGTGCG
8449 GACTCAATAT
Statistics
Matches: 128, Mismatches: 20, Indels: 4
0.84 0.13 0.03
Matches are distributed among these distances:
27 128 1.00
ACGTcount: A:0.27, C:0.15, G:0.28, T:0.29
Consensus pattern (27 bp):
AGCACTAAGTGTGCGAATTGACTATGT
Found at i:8333 original size:54 final size:55
Alignment explanation
Indices: 8272--8448 Score: 225
Period size: 54 Copynumber: 3.3 Consensus size: 55
8262 TAAATTGTAC
* **
8272 AGCACTAAGTGTGCGATTTGACTATGTTGCACTAAGTGTGCGAAATGAATATGAT
1 AGCACTAAGTGTGCGATTTGACTATGTAGCACTAAGTGTGCGAGTTGAATATGAT
* * ** *
8327 -GCACTAAGTGTGCGAATTGACCATGCGGCACTAAGTGTGCGAGTTGACTATG-T
1 AGCACTAAGTGTGCGATTTGACTATGTAGCACTAAGTGTGCGAGTTGAATATGAT
* * *
8380 AGCACTAAGTGTGCGATTTGATTACGTAGCACTAAGTGTGCGAGTTGATTAT-AT
1 AGCACTAAGTGTGCGATTTGACTATGTAGCACTAAGTGTGCGAGTTGAATATGAT
*
8434 AGCACTGAGTGTGCG
1 AGCACTAAGTGTGCG
8449 GACTCAATAT
Statistics
Matches: 105, Mismatches: 15, Indels: 5
0.84 0.12 0.04
Matches are distributed among these distances:
53 1 0.01
54 104 0.99
ACGTcount: A:0.27, C:0.15, G:0.28, T:0.29
Consensus pattern (55 bp):
AGCACTAAGTGTGCGATTTGACTATGTAGCACTAAGTGTGCGAGTTGAATATGAT
Found at i:8412 original size:81 final size:81
Alignment explanation
Indices: 8273--8427 Score: 231
Period size: 81 Copynumber: 1.9 Consensus size: 81
8263 AAATTGTACA
* * *
8273 GCACTAAGTGTGCGATTTGACTATGTTGCACTAAGTGTGCGAAATGAATATGATGCACTAAGTGT
1 GCACTAAGTGTGCGAGTTGACTATGTAGCACTAAGTGTGCGAAATGAATACGATGCACTAAGTGT
8338 GCGAATTGACCATGCG
66 GCGAATTGACCATGCG
** *
8354 GCACTAAGTGTGCGAGTTGACTATGTAGCACTAAGTGTGCGATTTGATTACG-TAGCACTAAGTG
1 GCACTAAGTGTGCGAGTTGACTATGTAGCACTAAGTGTGCGAAATGAATACGAT-GCACTAAGTG
*
8418 TGCGAGTTGA
65 TGCGAATTGA
8428 TTATATAGCA
Statistics
Matches: 66, Mismatches: 7, Indels: 2
0.88 0.09 0.03
Matches are distributed among these distances:
80 1 0.02
81 65 0.98
ACGTcount: A:0.27, C:0.15, G:0.28, T:0.29
Consensus pattern (81 bp):
GCACTAAGTGTGCGAGTTGACTATGTAGCACTAAGTGTGCGAAATGAATACGATGCACTAAGTGT
GCGAATTGACCATGCG
Found at i:8439 original size:81 final size:81
Alignment explanation
Indices: 8269--8448 Score: 227
Period size: 81 Copynumber: 2.2 Consensus size: 81
8259 GATTAAATTG
* * *
8269 TACAGCACTAAGTGTGCGATTTGACTATGTTGCACTAAGTGTGCGAAATGAATATGATGCACTAA
1 TACAGCACTAAGTGTGCGAGTTGACTATGTAGCACTAAGTGTGCGAAATGAATACGATGCACTAA
8334 GTGTGCGAATTGACCA
66 GTGTGCGAATTGACCA
* * ** *
8350 TGCGGCACTAAGTGTGCGAGTTGACTATGTAGCACTAAGTGTGCGATTTGATTACG-TAGCACTA
1 TACAGCACTAAGTGTGCGAGTTGACTATGTAGCACTAAGTGTGCGAAATGAATACGAT-GCACTA
* **
8414 AGTGTGCGAGTTGATTA
65 AGTGTGCGAATTGACCA
* *
8431 TATAGCACTGAGTGTGCG
1 TACAGCACTAAGTGTGCG
8449 GACTCAATAT
Statistics
Matches: 83, Mismatches: 15, Indels: 2
0.83 0.15 0.02
Matches are distributed among these distances:
80 1 0.01
81 82 0.99
ACGTcount: A:0.27, C:0.16, G:0.28, T:0.29
Consensus pattern (81 bp):
TACAGCACTAAGTGTGCGAGTTGACTATGTAGCACTAAGTGTGCGAAATGAATACGATGCACTAA
GTGTGCGAATTGACCA
Found at i:16215 original size:27 final size:27
Alignment explanation
Indices: 16184--16361 Score: 205
Period size: 27 Copynumber: 6.6 Consensus size: 27
16174 TAAATTGTAC
*
16184 AGCACTAAGTGTGCGATTTGACTATGT
1 AGCACTAAGTGTGCGAATTGACTATGT
* * *
16211 TGCACTAAGTGTGCGAAATGAATATG-
1 AGCACTAAGTGTGCGAATTGACTATGT
* *
16237 ATGCACTAAGTGTGCGAATTGACCATGC
1 A-GCACTAAGTGTGCGAATTGACTATGT
* *
16265 GGCACTAAGTGTGCGAGTTGACTATGT
1 AGCACTAAGTGTGCGAATTGACTATGT
* *
16292 AGCACTAAGTGTGCGAGTTTGATTATGT
1 AGCACTAAGTGTGCGA-ATTGACTATGT
* * *
16320 AGCACTAAGTGTGCGAGTTGATTATAT
1 AGCACTAAGTGTGCGAATTGACTATGT
*
16347 AGCACTGAGTGTGCG
1 AGCACTAAGTGTGCG
16362 GACTTAATAT
Statistics
Matches: 130, Mismatches: 18, Indels: 6
0.84 0.12 0.04
Matches are distributed among these distances:
27 105 0.81
28 25 0.19
ACGTcount: A:0.27, C:0.15, G:0.29, T:0.30
Consensus pattern (27 bp):
AGCACTAAGTGTGCGAATTGACTATGT
Found at i:16245 original size:54 final size:55
Alignment explanation
Indices: 16184--16361 Score: 227
Period size: 54 Copynumber: 3.3 Consensus size: 55
16174 TAAATTGTAC
* **
16184 AGCACTAAGTGTGCGATTTGACTATGTTGCACTAAGTGTGCGAAATGAATATGAT
1 AGCACTAAGTGTGCGATTTGACTATGTAGCACTAAGTGTGCGAGTTGAATATGAT
* * ** *
16239 -GCACTAAGTGTGCGAATTGACCATGCGGCACTAAGTGTGCGAGTTGACTATG-T
1 AGCACTAAGTGTGCGATTTGACTATGTAGCACTAAGTGTGCGAGTTGAATATGAT
* *
16292 AGCACTAAGTGTGCGAGTTTGATTATGTAGCACTAAGTGTGCGAGTTGATTAT-AT
1 AGCACTAAGTGTGCGA-TTTGACTATGTAGCACTAAGTGTGCGAGTTGAATATGAT
*
16347 AGCACTGAGTGTGCG
1 AGCACTAAGTGTGCG
16362 GACTTAATAT
Statistics
Matches: 106, Mismatches: 14, Indels: 6
0.84 0.11 0.05
Matches are distributed among these distances:
53 1 0.01
54 60 0.57
55 45 0.42
ACGTcount: A:0.27, C:0.15, G:0.29, T:0.30
Consensus pattern (55 bp):
AGCACTAAGTGTGCGATTTGACTATGTAGCACTAAGTGTGCGAGTTGAATATGAT
Found at i:20219 original size:21 final size:22
Alignment explanation
Indices: 20190--20234 Score: 74
Period size: 21 Copynumber: 2.1 Consensus size: 22
20180 CAGAAGGAGT
*
20190 GAGTAGTACTTCGCAGCAGGTG
1 GAGTAGTACTCCGCAGCAGGTG
20212 GAGT-GTACTCCGCAGCAGGTG
1 GAGTAGTACTCCGCAGCAGGTG
20233 GA
1 GA
20235 TTTGAGCAGA
Statistics
Matches: 22, Mismatches: 1, Indels: 1
0.92 0.04 0.04
Matches are distributed among these distances:
21 18 0.82
22 4 0.18
ACGTcount: A:0.22, C:0.20, G:0.38, T:0.20
Consensus pattern (22 bp):
GAGTAGTACTCCGCAGCAGGTG
Done.