Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
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4696 CCCTGCTGCT
* * * *
4706 CGAGGCAT-CCGCACATCCAACGTCCTAGGTTGCCTATGGTGTC
1 CGAGGC-TCCCGCACA-CCAAGGGCCTAGGTTGCCGATGGTGCC
** * * * *
4749 CGAGGCTCCCGCACATCCAAGCACCAAGG-TGCCAATGCTGCT
1 CGAGGCTCCCGCACA-CCAAGGGCCTAGGTTGCCGATGGTGCC
* * *
4791 CGAGGCTCTCGCACATCCGA-GGCAGCAAGG-TGCCGATGGTGCC
1 CGAGGCTCCCGCACA-CCAAGGGC--CTAGGTTGCCGATGGTGCC
* * *
4834 CGAGGCTCTCGCATGACCAAGGGCCTAGGTTACCGATGGTGCC
1 CGAGGCTCCCGCA-CACCAAGGGCCTAGGTTGCCGATGGTGCC
* * *
4877 CGAGGCTCCCGCAGAACCAAGGGCCTAGGTTACCGATGGTGTC
1 CGAGGCTCCCGCA-CACCAAGGGCCTAGGTTGCCGATGGTGCC
* ** **
4920 CGAGGCT--CGTACATCCAAGCACGAAGG-TG-CGATGGTGCC
1 CGAGGCTCCCGCACA-CCAAGGGCCTAGGTTGCCGATGGTGCC
*
4959 CGAGGCTCCCGCACGACCAGGGGCCTAGGTTGCCGATGGTGCC
1 CGAGGCTCCCGCAC-ACCAAGGGCCTAGGTTGCCGATGGTGCC
*
5002 CGAGGCTCCCGCACGACCAGGGGCCTAGG-TGCCGATGGTGCC
1 CGAGGCTCCCGCAC-ACCAAGGGCCTAGGTTGCCGATGGTGCC
* *
5044 CGAGGCTCTCGCACGACCAGGGGCCTAGGTTGCCGATGGTGCC
1 CGAGGCTCCCGCAC-ACCAAGGGCCTAGGTTGCCGATGGTGCC
* * * *
5087 CGAGGATCCCGCACGACCAGGGGCTTAGGTTG-CGACGGTGCC
1 CGAGGCTCCCGCAC-ACCAAGGGCCTAGGTTGCCGATGGTGCC
* ** * *
5129 CGACGCTCCCGCACGATTAGGGGCCTAGGTTACCGATGGTGCC
1 CGAGGCTCCCGCAC-ACCAAGGGCCTAGGTTGCCGATGGTGCC
*
5172 CGAGGCT-CCGCACGACCAGGGGCCTAGGTTGCCGATGGTG-C
1 CGAGGCTCCCGCAC-ACCAAGGGCCTAGGTTGCCGATGGTGCC
* *
5213 CGAGGCTCTCGCACGACCAAGGGCCTAGGTTACCGATGGTG-C
1 CGAGGCTCCCGCAC-ACCAAGGGCCTAGGTTGCCGATGGTGCC
* ** * *
5255 CGAGACTCCCGCACGACCAAGTTCCTAGGTTACCGATGGTGTC
1 CGAGGCTCCCGCAC-ACCAAGGGCCTAGGTTGCCGATGGTGCC
* * *
5298 CGAGGCTTCCG-ACATCCAAGGGCCTGGGTTGCCGATGGTGTC
1 CGAGGCTCCCGCACA-CCAAGGGCCTAGGTTGCCGATGGTGCC
* * *
5340 CGAGGCTCCCGTACATCCAA-GGCCAAGG-TGCCGATGGTGTC
1 CGAGGCTCCCGCACA-CCAAGGGCCTAGGTTGCCGATGGTGCC
* * * *
5381 CGAGGCTCCCGTAGGACCAAGGGCCTAGGTTGTCGATGGTGTC
1 CGAGGCTCCCGCA-CACCAAGGGCCTAGGTTGCCGATGGTGCC
*
5424 CGAGGCTCCCGCACGACCAAGGGCCTAGGTTGCGGATGGTG-C
1 CGAGGCTCCCGCAC-ACCAAGGGCCTAGGTTGCCGATGGTGCC
* *
5466 CGAGGCTCTCGCATGACCAAGGGCCTAGGTTGCCGATGGTGCC
1 CGAGGCTCCCGCA-CACCAAGGGCCTAGGTTGCCGATGGTGCC
* * *
5509 CGAGGGTCCCGTACGACCAAGGGCCTAAGTTGCCGATGGTG-C
1 CGAGGCTCCCGCAC-ACCAAGGGCCTAGGTTGCCGATGGTGCC
* * * ** ** *
5551 CAAGGCTCTCGTACATCCTTGCACCAAGG-TGCCGATGGTGCC
1 CGAGGCTCCCGCACA-CCAAGGGCCTAGGTTGCCGATGGTGCC
* * * ** * *
5593 CAAGGCTCCTGCACATCCGAGCACCAAGG-TGCTGATGGT-CAC
1 CGAGGCTCCCGCACA-CCAAGGGCCTAGGTTGCCGATGGTGC-C
*
5635 CGAGGCTCCTGCACAACCAAGG
1 CGAGGCTCCCGCAC-ACCAAGG
5657 CACCAAGGTT
Statistics
Matches: 777, Mismatches: 102, Indels: 59
0.83 0.11 0.06
Matches are distributed among these distances:
39 16 0.02
40 2 0.00
41 77 0.10
42 367 0.47
43 311 0.40
44 4 0.01
ACGTcount: A:0.18, C:0.32, G:0.33, T:0.17
Consensus pattern (42 bp):
CGAGGCTCCCGCACACCAAGGGCCTAGGTTGCCGATGGTGCC
Found at i:4830 original size:85 final size:83
Alignment explanation
Indices: 4670--5649 Score: 656
Period size: 85 Copynumber: 11.6 Consensus size: 83
4660 CTTTCTTTAG
* * ** * * * *
4670 CCCGCACATCCGAGGCACCAGGGTGCCCCTGCTGCTCGAGGCAT-CCGCACATCCAACGTCCTAG
1 CCCGCACATCC-AAGCACCAAGGTGCCGATGGTGCCCGAGGC-TCCCGCACA-CC-AGGGCCTAG
* *
4734 GTTGCCTATGGTGTCCGAGGCT
62 GTTGCCGATGGTGCCCGAGGCT
* * * * *
4756 CCCGCACATCCAAGCACCAAGGTGCCAATGCTGCTCGAGGCTCTCGCACATCC-GAGGCAGCAAG
1 CCCGCACATCCAAGCACCAAGGTGCCGATGGTGCCCGAGGCTCCCGCACA-CCAG-GGC--CTAG
4820 G-TGCCGATGGTGCCCGAGGCT
62 GTTGCCGATGGTGCCCGAGGCT
* * ** * * *
4841 CTCGCATGA-CCAAGGGCCTAGGTTACCGATGGTGCCCGAGGCTCCCGCAGAACCAAGGGCCTAG
1 CCCGCA-CATCCAAGCACCAAGG-TGCCGATGGTGCCCGAGGCTCCCGCA-CACC-AGGGCCTAG
* *
4905 GTTACCGATGGTGTCCGAGGCT
62 GTTGCCGATGGTGCCCGAGGCT
* *
4927 --CGTACATCCAAGCACGAAGGTG-CGATGGTGCCCGAGGCTCCCGCACGACCAGGGGCCTAGGT
1 CCCGCACATCCAAGCACCAAGGTGCCGATGGTGCCCGAGGCTCCCGCAC-ACCA-GGGCCTAGGT
4989 TGCCGATGGTGCCCGAGGCT
64 TGCCGATGGTGCCCGAGGCT
* ** * *
5009 CCCGCACGA-CCAGGGGCCTAGGTGCCGATGGTGCCCGAGGCTCTCGCACGACCAGGGGCCTAGG
1 CCCGCAC-ATCCAAGCACCAAGGTGCCGATGGTGCCCGAGGCTCCCGCAC-ACCA-GGGCCTAGG
*
5073 TTGCCGATGGTGCCCGAGGAT
63 TTGCCGATGGTGCCCGAGGCT
* ** ** * * **
5094 CCCGCACGA-CCAGGGGCTTAGGTTG-CGACGGTGCCCGACGCTCCCGCACGATTAGGGGCCTAG
1 CCCGCAC-ATCCAAGCACCAAGG-TGCCGATGGTGCCCGAGGCTCCCGCAC-ACCA-GGGCCTAG
*
5157 GTTACCGATGGTGCCCGAGGCT
62 GTTGCCGATGGTGCCCGAGGCT
* ** * *
5179 -CCGCACGA-CCAGGGGCCTAGGTTGCCGATGGTG-CCGAGGCTCTCGCACGACCAAGGGCCTAG
1 CCCGCAC-ATCCAAGCACCAAGG-TGCCGATGGTGCCCGAGGCTCCCGCAC-ACC-AGGGCCTAG
* *
5241 GTTACCGATGGTG-CCGAGACT
62 GTTGCCGATGGTGCCCGAGGCT
** * * * * *
5262 CCCGCACGA-CCAAGTTCCTAGGTTACCGATGGTGTCCGAGGCTTCCG-ACATCCAAGGGCCTGG
1 CCCGCAC-ATCCAAGCACCAAGG-TGCCGATGGTGCCCGAGGCTCCCGCACA-CC-AGGGCCTAG
*
5325 GTTGCCGATGGTGTCCGAGGCT
62 GTTGCCGATGGTGCCCGAGGCT
* * * * *
5347 CCCGTACATCCAAG-GCCAAGGTGCCGATGGTGTCCGAGGCTCCCGTAGGACCAAGGGCCTAGGT
1 CCCGCACATCCAAGCACCAAGGTGCCGATGGTGCCCGAGGCTCCCGCA-CACC-AGGGCCTAGGT
* *
5411 TGTCGATGGTGTCCGAGGCT
64 TGCCGATGGTGCCCGAGGCT
** * * * *
5431 CCCGCACGA-CCAAGGGCCTAGGTTGCGGATGGTG-CCGAGGCTCTCGCATGACCAAGGGCCTAG
1 CCCGCAC-ATCCAAGCACCAAGG-TGCCGATGGTGCCCGAGGCTCCCGCA-CACC-AGGGCCTAG
*
5494 GTTGCCGATGGTGCCCGAGGGT
62 GTTGCCGATGGTGCCCGAGGCT
* ** * * * * * ** *
5516 CCCGTACGA-CCAAGGGCCTAAGTTGCCGATGGTG-CCAAGGCTCTCGTACATCCTTGCACCAAG
1 CCCGCAC-ATCCAAGCACC-AAGGTGCCGATGGTGCCCGAGGCTCCCGCACA-CC-AGGGCCTAG
*
5579 G-TGCCGATGGTGCCCAAGGCT
62 GTTGCCGATGGTGCCCGAGGCT
* * * *
5600 CCTGCACATCCGAGCACCAAGGTGCTGATGGT-CACCGAGGCTCCTGCACA
1 CCCGCACATCCAAGCACCAAGGTGCCGATGGTGC-CCGAGGCTCCCGCACA
5650 ACCAAGGCAC
Statistics
Matches: 751, Mismatches: 108, Indels: 72
0.81 0.12 0.08
Matches are distributed among these distances:
81 1 0.00
82 54 0.07
83 45 0.06
84 234 0.31
85 341 0.45
86 71 0.09
87 4 0.01
88 1 0.00
ACGTcount: A:0.18, C:0.32, G:0.33, T:0.17
Consensus pattern (83 bp):
CCCGCACATCCAAGCACCAAGGTGCCGATGGTGCCCGAGGCTCCCGCACACCAGGGCCTAGGTTG
CCGATGGTGCCCGAGGCT
Found at i:5048 original size:42 final size:43
Alignment explanation
Indices: 4729--5551 Score: 898
Period size: 42 Copynumber: 19.5 Consensus size: 43
4719 CATCCAACGT
* * **
4729 CCTAGGTTGCCTATGGTGTCCGAGGCTCCCGCAC-ATCCAAGCA
1 CCTAGGTTGCCGATGGTGCCCGAGGCTCCCGCACGA-CCAAGGG
* * * * * *
4772 CCAAGG-TGCCAATGCTGCTCGAGGCTCTCGCAC-ATCCGA-GG
1 CCTAGGTTGCCGATGGTGCCCGAGGCTCCCGCACGA-CCAAGGG
* * *
4813 CAGCAAGG-TGCCGATGGTGCCCGAGGCTCTCGCATGACCAAGGG
1 C--CTAGGTTGCCGATGGTGCCCGAGGCTCCCGCACGACCAAGGG
*
4857 CCTAGGTTACCGATGGTGCCCGAGGCTCCCGCA-GAACCAAGGG
1 CCTAGGTTGCCGATGGTGCCCGAGGCTCCCGCACG-ACCAAGGG
* * * **
4900 CCTAGGTTACCGATGGTGTCCGAGGCT--CGTAC-ATCCAAGCA
1 CCTAGGTTGCCGATGGTGCCCGAGGCTCCCGCACGA-CCAAGGG
** *
4941 CGAAGG-TG-CGATGGTGCCCGAGGCTCCCGCACGACCAGGGG
1 CCTAGGTTGCCGATGGTGCCCGAGGCTCCCGCACGACCAAGGG
*
4982 CCTAGGTTGCCGATGGTGCCCGAGGCTCCCGCACGACCAGGGG
1 CCTAGGTTGCCGATGGTGCCCGAGGCTCCCGCACGACCAAGGG
* *
5025 CCTAGG-TGCCGATGGTGCCCGAGGCTCTCGCACGACCAGGGG
1 CCTAGGTTGCCGATGGTGCCCGAGGCTCCCGCACGACCAAGGG
* *
5067 CCTAGGTTGCCGATGGTGCCCGAGGATCCCGCACGACCAGGGG
1 CCTAGGTTGCCGATGGTGCCCGAGGCTCCCGCACGACCAAGGG
* * * ** *
5110 CTTAGGTTG-CGACGGTGCCCGACGCTCCCGCACGATTAGGGG
1 CCTAGGTTGCCGATGGTGCCCGAGGCTCCCGCACGACCAAGGG
* *
5152 CCTAGGTTACCGATGGTGCCCGAGGCT-CCGCACGACCAGGGG
1 CCTAGGTTGCCGATGGTGCCCGAGGCTCCCGCACGACCAAGGG
*
5194 CCTAGGTTGCCGATGGTG-CCGAGGCTCTCGCACGACCAAGGG
1 CCTAGGTTGCCGATGGTGCCCGAGGCTCCCGCACGACCAAGGG
* * **
5236 CCTAGGTTACCGATGGTG-CCGAGACTCCCGCACGACCAAGTT
1 CCTAGGTTGCCGATGGTGCCCGAGGCTCCCGCACGACCAAGGG
* * *
5278 CCTAGGTTACCGATGGTGTCCGAGGCTTCCG-AC-ATCCAAGGG
1 CCTAGGTTGCCGATGGTGCCCGAGGCTCCCGCACGA-CCAAGGG
* * *
5320 CCTGGGTTGCCGATGGTGTCCGAGGCTCCCGTAC-ATCCAA-GG
1 CCTAGGTTGCCGATGGTGCCCGAGGCTCCCGCACGA-CCAAGGG
* * * *
5362 CCAAGG-TGCCGATGGTGTCCGAGGCTCCCGTAGGACCAAGGG
1 CCTAGGTTGCCGATGGTGCCCGAGGCTCCCGCACGACCAAGGG
* *
5404 CCTAGGTTGTCGATGGTGTCCGAGGCTCCCGCACGACCAAGGG
1 CCTAGGTTGCCGATGGTGCCCGAGGCTCCCGCACGACCAAGGG
* * *
5447 CCTAGGTTGCGGATGGTG-CCGAGGCTCTCGCATGACCAAGGG
1 CCTAGGTTGCCGATGGTGCCCGAGGCTCCCGCACGACCAAGGG
* *
5489 CCTAGGTTGCCGATGGTGCCCGAGGGTCCCGTACGACCAAGGG
1 CCTAGGTTGCCGATGGTGCCCGAGGCTCCCGCACGACCAAGGG
*
5532 CCTAAGTTGCCGATGGTGCC
1 CCTAGGTTGCCGATGGTGCC
5552 AAGGCTCTCG
Statistics
Matches: 679, Mismatches: 78, Indels: 46
0.85 0.10 0.06
Matches are distributed among these distances:
39 16 0.02
40 2 0.00
41 64 0.09
42 297 0.44
43 296 0.44
44 4 0.01
ACGTcount: A:0.17, C:0.31, G:0.34, T:0.17
Consensus pattern (43 bp):
CCTAGGTTGCCGATGGTGCCCGAGGCTCCCGCACGACCAAGGG
Found at i:5988 original size:24 final size:23
Alignment explanation
Indices: 5940--6002 Score: 72
Period size: 24 Copynumber: 2.7 Consensus size: 23
5930 GGATGGCTCA
*
5940 CCGGAGCACCGCCGGGAAAGCTCG
1 CCGGAGCACCGCC-GGAAAGATCG
*
5964 CCGGAGCACCGCCGGAATGGATCG
1 CCGGAGCACCGCCGGAA-AGATCG
* *
5988 CTGGAGCACCACCGG
1 CCGGAGCACCGCCGG
6003 GAACCTAACC
Statistics
Matches: 34, Mismatches: 4, Indels: 2
0.85 0.10 0.05
Matches are distributed among these distances:
23 4 0.12
24 30 0.88
ACGTcount: A:0.21, C:0.37, G:0.37, T:0.06
Consensus pattern (23 bp):
CCGGAGCACCGCCGGAAAGATCG
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Alignment explanation
Indices: 8315--8339 Score: 50
Period size: 13 Copynumber: 1.9 Consensus size: 13
8305 TAAGGAGATA
8315 ACGGATCCCCTTG
1 ACGGATCCCCTTG
8328 ACGGATCCCCTT
1 ACGGATCCCCTT
8340 TCCGGGACAA
Statistics
Matches: 12, Mismatches: 0, Indels: 0
1.00 0.00 0.00
Matches are distributed among these distances:
13 12 1.00
ACGTcount: A:0.16, C:0.40, G:0.20, T:0.24
Consensus pattern (13 bp):
ACGGATCCCCTTG
Found at i:12694 original size:24 final size:24
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Indices: 12643--12696 Score: 63
Period size: 24 Copynumber: 2.2 Consensus size: 24
12633 TTTGTATATC
* * *
12643 CCGGGATGGCTCGCCGGATCATCG
1 CCGGGATGGATCGCCGGAGCACCG
* *
12667 CCGGGATGGATCGTCGGAGCACCT
1 CCGGGATGGATCGCCGGAGCACCG
12691 CCGGGA
1 CCGGGA
12697 ACCTAACAGG
Statistics
Matches: 25, Mismatches: 5, Indels: 0
0.83 0.17 0.00
Matches are distributed among these distances:
24 25 1.00
ACGTcount: A:0.15, C:0.31, G:0.39, T:0.15
Consensus pattern (24 bp):
CCGGGATGGATCGCCGGAGCACCG
Found at i:20528 original size:43 final size:42
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Indices: 20490--21358 Score: 663
Period size: 43 Copynumber: 20.4 Consensus size: 42
20480 CATCCAACGT
** **
20490 CCTAGGTTGCTTATGGTGTCCGAGGCTCCCGCACATCCAAGCA
1 CCTAGGTTGCCGATGGTGTCCGAGGCTCCCGCACA-CCAAGGG
* * * * *
20533 CCAAGG-TGCCAATGCT-ACTCGAGGCTCCCGCACAACCGA-GG
1 CCTAGGTTGCCGATGGTGTC-CGAGGCTCCCGCAC-ACCAAGGG
* * *
20574 CAGCAAGG-TGCCGATGGTGCCCGAGGCTCCCGCATGACCAAGGG
1 C--CTAGGTTGCCGATGGTGTCCGAGGCTCCCGCA-CACCAAGGG
* * * *
20618 CCTAGGTTACCGATAGT-TCTCGAGGCTCCCGTACGACCAAGCG
1 CCTAGGTTGCCGATGGTGTC-CGAGGCTCCCGCAC-ACCAAGGG
* * **
20661 CCTAGGTTGCCGATGGTGTCCGAGGCTCCCGTACATCTAAGCA
1 CCTAGGTTGCCGATGGTGTCCGAGGCTCCCGCACA-CCAAGGG
** * * *
20704 CGAAGG-TGTCGACGGTGCCCGAGGCTCCCGCACGACC-AGGG
1 CCTAGGTTGCCGATGGTGTCCGAGGCTCCCGCAC-ACCAAGGG
* * *
20745 ACCTAGGTTGCCGATGGTG-CTCGACGCTGCCGCACGACCAGGGG
1 -CCTAGGTTGCCGATGGTGTC-CGAGGCTCCCGCAC-ACCAAGGG
* * * *
20789 CCTAGGTTACCGATGGTGCCCGACGCTCCCGCACGACCAGGGG
1 CCTAGGTTGCCGATGGTGTCCGAGGCTCCCGCAC-ACCAAGGG
* * * * *
20832 CCTAGTTTGTCGATGGT-TCCAAGGCTCTCGCACGACCAGGGG
1 CCTAGGTTGCCGATGGTGTCCGAGGCTCCCGCAC-ACCAAGGG
* * *
20874 CCTAGGTTGCCGATGGT-ACCGAGACTCCCGCACGACCAAGTG
1 CCTAGGTTGCCGATGGTGTCCGAGGCTCCCGCAC-ACCAAGGG
**
20916 CCTAGGTTGCCGATGGTGTCCGAGGCTTTCGCACATCCAAGGG
1 CCTAGGTTGCCGATGGTGTCCGAGGCTCCCGCACA-CCAAGGG
* * * *
20959 CCTAGGTTGCGGATGGTGTCCGAGGCTCCCGTAAATCCAAGCG
1 CCTAGGTTGCCGATGGTGTCCGAGGCTCCCGCACA-CCAAGGG
* * * *
21002 CCAAGG-TACCGATGGTGTCCGAGGCTCCCGTACGACTAAGGG
1 CCTAGGTTGCCGATGGTGTCCGAGGCTCCCGCAC-ACCAAGGG
21044 CCTAGGTTGCCGATGGTGTCCGAGGCTCCCGCACGACCAAGGG
1 CCTAGGTTGCCGATGGTGTCCGAGGCTCCCGCAC-ACCAAGGG
* * *
21087 CCTAGGTTGCGGATGGTG-CCGAGGCTCTCGCATGACCAAGGG
1 CCTAGGTTGCCGATGGTGTCCGAGGCTCCCGCA-CACCAAGGG
* * *
21129 CCTAGGTTACCGATGGTGCCCGAGGCTCCCGTACGACCAAGGG
1 CCTAGGTTGCCGATGGTGTCCGAGGCTCCCGCAC-ACCAAGGG
* * *
21172 CCTAGGTTGCCGATGGTG-CTCGAGGCTCCCGTATGACCAAGGT
1 CCTAGGTTGCCGATGGTGTC-CGAGGCTCCCGCA-CACCAAGGG
* * * ** **
21215 CCTAGGCTGCCAATGGTG-CCGAGGCTCTCGCACATCCTTGCA
1 CCTAGGTTGCCGATGGTGTCCGAGGCTCCCGCACA-CCAAGGG
* * * ** **
21257 CCAAGG-TGCCGATGGTGCCCAAGGCTCCCGCACATCTGAGCA
1 CCTAGGTTGCCGATGGTGTCCGAGGCTCCCGCACA-CCAAGGG
* * ** * *
21299 CCAAGG-TGCTGATGGTCACCGAGGCTCCTGCACAACCAAGAG
1 CCTAGGTTGCCGATGGTGTCCGAGGCTCCCGCAC-ACCAAGGG
*
21341 CCTAGTTTGCCGATGGTG
1 CCTAGGTTGCCGATGGTG
21359 CCTGAGGTGT
Statistics
Matches: 677, Mismatches: 118, Indels: 62
0.79 0.14 0.07
Matches are distributed among these distances:
41 15 0.02
42 277 0.41
43 375 0.55
44 10 0.01
ACGTcount: A:0.19, C:0.32, G:0.32, T:0.18
Consensus pattern (42 bp):
CCTAGGTTGCCGATGGTGTCCGAGGCTCCCGCACACCAAGGG
Found at i:20710 original size:128 final size:127
Alignment explanation
Indices: 20552--21247 Score: 719
Period size: 128 Copynumber: 5.4 Consensus size: 127
20542 CAATGCTACT
* * * *
20552 CGAGGCTCCCGCACAACCGA-GGCAGCAAGGTGCCGATGGTGCCCGAGGCTCCCGCATGACCAAG
1 CGAGGCTCCCGCACGACCAAGGGC--CTAGGTGCCGATGGTGCCCGAGGCTCCCGCACGACCAAG
* * *
20616 GGCCTAGGTTACCGATAGTTCTCGAGGCTCCCGTACGACCAAGCGCCTAGGTTGCCGATGGTGTC
64 GGCCTAGGTTACCGATGGTGC-CGAGGCTCCCGTACGACCAAGGGCCTAGGTTGCCGATGGTGTC
* * ** ** * *
20681 CGAGGCTCCCGTAC-ATCTAAGCACGAAGGTGTCGACGGTGCCCGAGGCTCCCGCACGACC-AGG
1 CGAGGCTCCCGCACGA-CCAAGGGCCTAGGTGCCGATGGTGCCCGAGGCTCCCGCACGACCAAGG
* * * * * * *
20744 GACCTAGGTTGCCGATGGTGCTCGACGCTGCCGCACGACCAGGGGCCTAGGTTACCGATGGTGCC
65 G-CCTAGGTTACCGATGGTGC-CGAGGCTCCCGTACGACCAAGGGCCTAGGTTGCCGATGGTGTC
* * * * * * * *
20809 CGACGCTCCCGCACGACCAGGGGCCTAGTTTGTCGATGGT-TCCAAGGCTCTCGCACGACCAGGG
1 CGAGGCTCCCGCACGACCAAGGGCCTAG-GTGCCGATGGTGCCCGAGGCTCCCGCACGACCAAGG
* * * * *
20873 GCCTAGGTTGCCGATGGTACCGAGACTCCCGCACGACCAAGTGCCTAGGTTGCCGATGGTGTC
65 GCCTAGGTTACCGATGGTGCCGAGGCTCCCGTACGACCAAGGGCCTAGGTTGCCGATGGTGTC
** * * * *
20936 CGAGGCTTTCGCAC-ATCCAAGGGCCTAGGTTGCGGATGGTGTCCGAGGCTCCCGTA-AATCCAA
1 CGAGGCTCCCGCACGA-CCAAGGGCCTAGG-TGCCGATGGTGCCCGAGGCTCCCGCACGA-CCAA
* * *
20999 GCGCCAAGG-TACCGATGGTGTCCGAGGCTCCCGTACGACTAAGGGCCTAGGTTGCCGATGGTGT
63 GGGCCTAGGTTACCGATGGTG-CCGAGGCTCCCGTACGACCAAGGGCCTAGGTTGCCGATGGTGT
21063 C
127 C
* * *
21064 CGAGGCTCCCGCACGACCAAGGGCCTAGGTTGCGGATGGTG-CCGAGGCTCTCGCATGACCAAGG
1 CGAGGCTCCCGCACGACCAAGGGCCTAGG-TGCCGATGGTGCCCGAGGCTCCCGCACGACCAAGG
21128 GCCTAGGTTACCGATGGTGCCCGAGGCTCCCGTACGACCAAGGGCCTAGGTTGCCGATGGTG-C
65 GCCTAGGTTACCGATGGTG-CCGAGGCTCCCGTACGACCAAGGGCCTAGGTTGCCGATGGTGTC
* * * * *
21191 TCGAGGCTCCCGTATGACCAAGGTCCTAGGCTGCCAATGGTG-CCGAGGCTCTCGCAC
1 -CGAGGCTCCCGCACGACCAAGGGCCTAGG-TGCCGATGGTGCCCGAGGCTCCCGCAC
21248 ATCCTTGCAC
Statistics
Matches: 475, Mismatches: 77, Indels: 31
0.81 0.13 0.05
Matches are distributed among these distances:
126 1 0.00
127 104 0.22
128 340 0.72
129 29 0.06
130 1 0.00
ACGTcount: A:0.18, C:0.31, G:0.33, T:0.18
Consensus pattern (127 bp):
CGAGGCTCCCGCACGACCAAGGGCCTAGGTGCCGATGGTGCCCGAGGCTCCCGCACGACCAAGGG
CCTAGGTTACCGATGGTGCCGAGGCTCCCGTACGACCAAGGGCCTAGGTTGCCGATGGTGTC
Found at i:20750 original size:85 final size:85
Alignment explanation
Indices: 20490--21247 Score: 664
Period size: 85 Copynumber: 8.9 Consensus size: 85
20480 CATCCAACGT
** ** * ** * * * *
20490 CCTAGGTTGCTTATGGTGTCCGAGGCTCCCGCAC-ATCCAAGCACCAAGGTGCCAATGCTACTCG
1 CCTAGGTTGCCGATGGTGTCCGAGGCTCCCGCACGA-CCAAGGGCCTAGGTTACGATGGTGCCCG
* *
20554 AGGCTCCCGCACAACCGA-GG
65 AGGCTCCCGCACGACCAAGGG
* * * * * *
20574 CAGCAAGG-TGCCGATGGTGCCCGAGGCTCCCGCATGACCAAGGGCCTAGGTTACCGATAGTTCT
1 C--CTAGGTTGCCGATGGTGTCCGAGGCTCCCGCACGACCAAGGGCCTAGGTTA-CGATGGTGCC
* *
20638 CGAGGCTCCCGTACGACCAAGCG
63 CGAGGCTCCCGCACGACCAAGGG
* * ** ** *
20661 CCTAGGTTGCCGATGGTGTCCGAGGCTCCCGTAC-ATCTAAGCACGAAGGTGT-CGACGGTGCCC
1 CCTAGGTTGCCGATGGTGTCCGAGGCTCCCGCACGA-CCAAGGGCCTAGGT-TACGATGGTGCCC
20724 GAGGCTCCCGCACGACC-AGGG
64 GAGGCTCCCGCACGACCAAGGG
* * *
20745 ACCTAGGTTGCCGATGGTG-CTCGACGCTGCCGCACGACCAGGGGCCTAGGTTACCGATGGTGCC
1 -CCTAGGTTGCCGATGGTGTC-CGAGGCTCCCGCACGACCAAGGGCCTAGGTTA-CGATGGTGCC
* *
20809 CGACGCTCCCGCACGACCAGGGG
63 CGAGGCTCCCGCACGACCAAGGG
* * * * * * *
20832 CCTAGTTTGTCGATGGT-TCCAAGGCTCTCGCACGACCAGGGGCCTAGGTTGCCGATGGT-ACCG
1 CCTAGGTTGCCGATGGTGTCCGAGGCTCCCGCACGACCAAGGGCCTAGGTT-ACGATGGTGCCCG
* *
20895 AGACTCCCGCACGACCAAGTG
65 AGGCTCCCGCACGACCAAGGG
** * *
20916 CCTAGGTTGCCGATGGTGTCCGAGGCTTTCGCAC-ATCCAAGGGCCTAGGTTGCGGATGGTGTCC
1 CCTAGGTTGCCGATGGTGTCCGAGGCTCCCGCACGA-CCAAGGGCCTAGGTTAC-GATGGTGCCC
* * *
20980 GAGGCTCCCGTA-AATCCAAGCG
64 GAGGCTCCCGCACGA-CCAAGGG
* * * * * *
21002 CCAAGG-TACCGATGGTGTCCGAGGCTCCCGTACGACTAAGGGCCTAGGTTGCCGATGGTGTCCG
1 CCTAGGTTGCCGATGGTGTCCGAGGCTCCCGCACGACCAAGGGCCTAGGTT-ACGATGGTGCCCG
21066 AGGCTCCCGCACGACCAAGGG
65 AGGCTCCCGCACGACCAAGGG
* * *
21087 CCTAGGTTGCGGATGGTG-CCGAGGCTCTCGCATGACCAAGGGCCTAGGTTACCGATGGTGCCCG
1 CCTAGGTTGCCGATGGTGTCCGAGGCTCCCGCACGACCAAGGGCCTAGGTTA-CGATGGTGCCCG
*
21151 AGGCTCCCGTACGACCAAGGG
65 AGGCTCCCGCACGACCAAGGG
* * * ** *
21172 CCTAGGTTGCCGATGGTG-CTCGAGGCTCCCGTATGACCAAGGTCCTAGGCTGCCAATGGTG-CC
1 CCTAGGTTGCCGATGGTGTC-CGAGGCTCCCGCACGACCAAGGGCCTAGG-TTACGATGGTGCCC
*
21235 GAGGCTCTCGCAC
64 GAGGCTCCCGCAC
21248 ATCCTTGCAC
Statistics
Matches: 549, Mismatches: 97, Indels: 55
0.78 0.14 0.08
Matches are distributed among these distances:
84 43 0.08
85 327 0.60
86 172 0.31
87 7 0.01
ACGTcount: A:0.18, C:0.32, G:0.32, T:0.18
Consensus pattern (85 bp):
CCTAGGTTGCCGATGGTGTCCGAGGCTCCCGCACGACCAAGGGCCTAGGTTACGATGGTGCCCGA
GGCTCCCGCACGACCAAGGG
Found at i:21282 original size:42 final size:41
Alignment explanation
Indices: 21222--21332 Score: 116
Period size: 42 Copynumber: 2.7 Consensus size: 41
21212 GGTCCTAGGC
* * * *
21222 TGCCAATGGTGCCGAGGCTCTCGCACATCCT-TGCACCAAGG
1 TGCCGATGGTGCCAAGGCTCCCGCACAT-CTGAGCACCAAGG
21263 TGCCGATGGTGCCCAAGGCTCCCGCACATCTGAGCACCAAGG
1 TGCCGATGGTG-CCAAGGCTCCCGCACATCTGAGCACCAAGG
* * * *
21305 TGCTGATGGTCACCGAGGCTCCTGCACA
1 TGCCGATGGT-GCCAAGGCTCCCGCACA
21333 ACCAAGAGCC
Statistics
Matches: 59, Mismatches: 8, Indels: 5
0.82 0.11 0.07
Matches are distributed among these distances:
41 12 0.20
42 47 0.80
ACGTcount: A:0.20, C:0.34, G:0.28, T:0.18
Consensus pattern (41 bp):
TGCCGATGGTGCCAAGGCTCCCGCACATCTGAGCACCAAGG
Done.