Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: Scaffold2315
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 1000
Length: 9597
ACGTcount: A:0.32, C:0.13, G:0.23, T:0.31
Found at i:2047 original size:47 final size:47
Alignment explanation
Indices: 1979--2349 Score: 564
Period size: 47 Copynumber: 7.7 Consensus size: 47
1969 TTAGGATTCT
1979 ATGTGATG-ATGTGAAAGTGTATATATGTGATAAGGCCTAATGGCCG
1 ATGTGATGAATGTGAAAGTGTATATATGTGATAAGGCCTAATGGCCG
2025 ATGTGATGAATGTGAAAGTGTATATATGTGATAAGGCCTAATGGCCG
1 ATGTGATGAATGTGAAAGTGTATATATGTGATAAGGCCTAATGGCCG
2072 ATGTGATGAATGTGAAAGTGTATATATGTGATAAGGCCTAATGGCCTAATGGCCG
1 ATGTGATGAATGTGAAAGTGTATATATGTG---A----TAA-GGCCTAATGGCCG
2127 ATGTGATGAATGTGAAAGTGTATATATGTGATAAGGCCTAATGGCCG
1 ATGTGATGAATGTGAAAGTGTATATATGTGATAAGGCCTAATGGCCG
2174 ATGTGATGAATGTGAAAGTGTATATATGTGATAAGGCCTAATGGCCG
1 ATGTGATGAATGTGAAAGTGTATATATGTGATAAGGCCTAATGGCCG
* * *
2221 ATGTGATGAATGTGAAAGTGTATCTATATGATAAGGCCTAATGGTCG
1 ATGTGATGAATGTGAAAGTGTATATATGTGATAAGGCCTAATGGCCG
* * * * *
2268 ATGTGATGAATGTGAAAGTGTATATATGTGACAGGGCCGAGTGGCCA
1 ATGTGATGAATGTGAAAGTGTATATATGTGATAAGGCCTAATGGCCG
* * *
2315 ACGTGATGGATGTGAAAGTGTATAAATGTGATAAG
1 ATGTGATGAATGTGAAAGTGTATATATGTGATAAG
2350 TCCCGAAGGG
Statistics
Matches: 300, Mismatches: 16, Indels: 17
0.90 0.05 0.05
Matches are distributed among these distances:
46 8 0.03
47 241 0.80
48 3 0.01
50 1 0.00
52 1 0.00
54 3 0.01
55 43 0.14
ACGTcount: A:0.32, C:0.09, G:0.30, T:0.29
Consensus pattern (47 bp):
ATGTGATGAATGTGAAAGTGTATATATGTGATAAGGCCTAATGGCCG
Found at i:2151 original size:149 final size:141
Alignment explanation
Indices: 1979--2349 Score: 573
Period size: 149 Copynumber: 2.6 Consensus size: 141
1969 TTAGGATTCT
1979 ATGTGATG-ATGTGAAAGTGTATATATGTGATAAGGCCTAATGGCCGATGTGATGAATGTGAAAG
1 ATGTGATGAATGTGAAAGTGTATATATGTGATAAGGCCTAATGGCCGATGTGATGAATGTGAAAG
*
2043 TGTATATATGTGATAAGGCCTAATGGCCGATGTGATGAATGTGAAAGTGTATATATGTGATAAGG
66 TGTATATATGTGATAAGGCCTAATGGCCGATGTGATGAATGTGAAAGTGTATATATATGATAAGG
2108 CCTAATGGCCTAATGGCCG
131 CCTAATGG-----T---CG
2127 ATGTGATGAATGTGAAAGTGTATATATGTGATAAGGCCTAATGGCCGATGTGATGAATGTGAAAG
1 ATGTGATGAATGTGAAAGTGTATATATGTGATAAGGCCTAATGGCCGATGTGATGAATGTGAAAG
*
2192 TGTATATATGTGATAAGGCCTAATGGCCGATGTGATGAATGTGAAAGTGTATCTATATGATAAGG
66 TGTATATATGTGATAAGGCCTAATGGCCGATGTGATGAATGTGAAAGTGTATATATATGATAAGG
2257 CCTAATGGTCG
131 CCTAATGGTCG
* * * * * * *
2268 ATGTGATGAATGTGAAAGTGTATATATGTGACAGGGCCGAGTGGCCAACGTGATGGATGTGAAAG
1 ATGTGATGAATGTGAAAGTGTATATATGTGATAAGGCCTAATGGCCGATGTGATGAATGTGAAAG
*
2333 TGTATAAATGTGATAAG
66 TGTATATATGTGATAAG
2350 TCCCGAAGGG
Statistics
Matches: 212, Mismatches: 10, Indels: 9
0.92 0.04 0.04
Matches are distributed among these distances:
141 76 0.36
144 1 0.00
148 8 0.04
149 127 0.60
ACGTcount: A:0.32, C:0.09, G:0.30, T:0.29
Consensus pattern (141 bp):
ATGTGATGAATGTGAAAGTGTATATATGTGATAAGGCCTAATGGCCGATGTGATGAATGTGAAAG
TGTATATATGTGATAAGGCCTAATGGCCGATGTGATGAATGTGAAAGTGTATATATATGATAAGG
CCTAATGGTCG
Found at i:2155 original size:25 final size:25
Alignment explanation
Indices: 2127--2205 Score: 65
Period size: 25 Copynumber: 3.3 Consensus size: 25
2117 CTAATGGCCG
2127 ATGTGATGAATGTGAAAGTGTATAT
1 ATGTGATGAATGTGAAAGTGTATAT
* *** ****
2152 ATGTGAT-AAGGCCTAA-TG-GCCG
1 ATGTGATGAATGTGAAAGTGTATAT
2174 ATGTGATGAATGTGAAAGTGTATAT
1 ATGTGATGAATGTGAAAGTGTATAT
2199 ATGTGAT
1 ATGTGAT
2206 AAGGCCTAAT
Statistics
Matches: 35, Mismatches: 16, Indels: 6
0.61 0.28 0.11
Matches are distributed among these distances:
22 7 0.20
23 7 0.20
24 7 0.20
25 14 0.40
ACGTcount: A:0.33, C:0.05, G:0.29, T:0.33
Consensus pattern (25 bp):
ATGTGATGAATGTGAAAGTGTATAT
Found at i:2274 original size:22 final size:22
Alignment explanation
Indices: 2199--2274 Score: 53
Period size: 22 Copynumber: 3.3 Consensus size: 22
2189 AAGTGTATAT
*
2199 ATGTGATAAGGCCTAATGGCCG
1 ATGTGATAAGGCCTAATGGTCG
* *** * *
2221 ATGTGATGAATGTGAAAGTGTATCT
1 ATGTGAT-AAGGCCTAA-TG-GTCG
*
2246 ATATGATAAGGCCTAATGGTCG
1 ATGTGATAAGGCCTAATGGTCG
2268 ATGTGAT
1 ATGTGAT
2275 GAATGTGAAA
Statistics
Matches: 36, Mismatches: 15, Indels: 6
0.63 0.26 0.11
Matches are distributed among these distances:
22 15 0.42
23 7 0.19
24 7 0.19
25 7 0.19
ACGTcount: A:0.30, C:0.11, G:0.29, T:0.30
Consensus pattern (22 bp):
ATGTGATAAGGCCTAATGGTCG
Found at i:2524 original size:37 final size:37
Alignment explanation
Indices: 2468--2546 Score: 122
Period size: 37 Copynumber: 2.1 Consensus size: 37
2458 CCGAGCTCTA
* * *
2468 AAGACCCGATGACTACGTGTGGGGATTTTGTCCGGGT
1 AAGACCCGATAACTACGTGTGGAGATTATGTCCGGGT
*
2505 AAGACCCGATAACTTCGTGTGGAGATTATGTCCGGGT
1 AAGACCCGATAACTACGTGTGGAGATTATGTCCGGGT
2542 AAGAC
1 AAGAC
2547 TTCGTAATAA
Statistics
Matches: 38, Mismatches: 4, Indels: 0
0.90 0.10 0.00
Matches are distributed among these distances:
37 38 1.00
ACGTcount: A:0.24, C:0.19, G:0.32, T:0.25
Consensus pattern (37 bp):
AAGACCCGATAACTACGTGTGGAGATTATGTCCGGGT
Found at i:4594 original size:79 final size:79
Alignment explanation
Indices: 4393--4689 Score: 273
Period size: 79 Copynumber: 3.7 Consensus size: 79
4383 TCGAATGATG
* * * *
4393 TCCGGGCTAAGTCCCGAAG-GC-TTTGTGCTAAGTGACCATATCCGGACTAAGAT-CCGAAGGCA
1 TCCGGGCTAA-ACCCGAAGAGCATTCGTGCT-AGTGA-TATATCCGGGCTAAG-TCCCGAAGGCA
4455 TTTGTGCGAGTTACTA-A
62 TTTGTGCGAGTTACTATA
* * * * *
4472 TTCCGGGCTAAACCCGAAG-GCATTGGTGCGAGTTACTAAATCCGGGTTAAGTCCCGAAGGCATT
1 -TCCGGGCTAAACCCGAAGAGCATTCGTGCTAGTGA-TATATCCGGGCTAAGTCCCGAAGGCATT
4536 TGTGCGAGTTACTATA
64 TGTGCGAGTTACTATA
* *** * * * *
4552 ACCGGGCTAAGTTCGAAGAGCATTCATGCTAGTGATGTATCCGGGCTAAGTTCCGAAGAGCATTC
1 TCCGGGCTAAACCCGAAGAGCATTCGTGCTAGTGATATATCCGGGCTAAGTCCCGAAG-GCATTT
* *
4617 GTGCTAGTGA-TATA
65 GTGCGAGTTACTATA
* * * *
4631 TCCGTGCTAAACCCCGAAGAGCATTCGTGCTGGTGTTATATCCGGGCTAGGTCCCGAAG
1 TCCGGGCTAAA-CCCGAAGAGCATTCGTGCTAGTGATATATCCGGGCTAAGTCCCGAAG
4690 AGCAATCATG
Statistics
Matches: 177, Mismatches: 34, Indels: 12
0.79 0.15 0.05
Matches are distributed among these distances:
78 1 0.01
79 95 0.54
80 81 0.46
ACGTcount: A:0.25, C:0.22, G:0.28, T:0.26
Consensus pattern (79 bp):
TCCGGGCTAAACCCGAAGAGCATTCGTGCTAGTGATATATCCGGGCTAAGTCCCGAAGGCATTTG
TGCGAGTTACTATA
Found at i:4622 original size:40 final size:40
Alignment explanation
Indices: 4393--4693 Score: 242
Period size: 40 Copynumber: 7.6 Consensus size: 40
4383 TCGAATGATG
* *
4393 TCCGGGCTAAGTCCCGAAG-GC-TTTGTGCTAAGTGACCATA
1 TCCGGGCTAAGTCCCGAAGAGCATTCGTGCT-AGTGA-TATA
* * * *
4433 TCCGGACTAAGAT-CCGAAG-GCATTTGTGCGAGTTACTA-A
1 TCCGGGCTAAG-TCCCGAAGAGCATTCGTGCTAGTGA-TATA
* * * * *
4472 TTCCGGGCTAA-ACCCGAAG-GCATTGGTGCGAGTTACTAAA
1 -TCCGGGCTAAGTCCCGAAGAGCATTCGTGCTAGTGA-TATA
* * * *
4512 TCCGGGTTAAGTCCCGAAG-GCATTTGTGCGAGTTACTATA
1 TCCGGGCTAAGTCCCGAAGAGCATTCGTGCTAGTGA-TATA
* * * *
4552 ACCGGGCTAAGT-TCGAAGAGCATTCATGCTAGTGATGTA
1 TCCGGGCTAAGTCCCGAAGAGCATTCGTGCTAGTGATATA
*
4591 TCCGGGCTAAGTTCCGAAGAGCATTCGTGCTAGTGATATA
1 TCCGGGCTAAGTCCCGAAGAGCATTCGTGCTAGTGATATA
* ** * *
4631 TCCGTGCTAAACCCCGAAGAGCATTCGTGCTGGTGTTATA
1 TCCGGGCTAAGTCCCGAAGAGCATTCGTGCTAGTGATATA
*
4671 TCCGGGCTAGGTCCCGAAGAGCA
1 TCCGGGCTAAGTCCCGAAGAGCA
4694 ATCATGCTGG
Statistics
Matches: 220, Mismatches: 33, Indels: 16
0.82 0.12 0.06
Matches are distributed among these distances:
39 53 0.24
40 159 0.72
41 8 0.04
ACGTcount: A:0.25, C:0.22, G:0.28, T:0.25
Consensus pattern (40 bp):
TCCGGGCTAAGTCCCGAAGAGCATTCGTGCTAGTGATATA
Found at i:7634 original size:47 final size:47
Alignment explanation
Indices: 7581--7991 Score: 750
Period size: 47 Copynumber: 8.7 Consensus size: 47
7571 TTAGGATTCT
7581 ATGTGATGAATGTGAAAGTGTATATATGTGATAAGGCCTAATGGCCG
1 ATGTGATGAATGTGAAAGTGTATATATGTGATAAGGCCTAATGGCCG
7628 ATGTGATGAATGTGAAAGTGTATATATGTGATAAGGCCTAATGGCCG
1 ATGTGATGAATGTGAAAGTGTATATATGTGATAAGGCCTAATGGCCG
7675 ATGTGATGAATGTGAAAGTGTATATATGTGATAAGGCCTAATGGCCG
1 ATGTGATGAATGTGAAAGTGTATATATGTGATAAGGCCTAATGGCCG
7722 ATGTGATGAATGTGAAAGTGTATATATGTGATAAGGCCTAATGGCCG
1 ATGTGATGAATGTGAAAGTGTATATATGTGATAAGGCCTAATGGCCG
7769 ATGTGATGAATGTGAAAGTGTATATATGTGATAAGGCCTAATGGCCG
1 ATGTGATGAATGTGAAAGTGTATATATGTGATAAGGCCTAATGGCCG
7816 ATGTGATGAATGTGAAAGTGTATATATGTGATAAGGCCTAATGGCCG
1 ATGTGATGAATGTGAAAGTGTATATATGTGATAAGGCCTAATGGCCG
7863 ATGTGATGAATGTGAAAGTGTATATATGTGATAAGGCCTAATGGCCG
1 ATGTGATGAATGTGAAAGTGTATATATGTGATAAGGCCTAATGGCCG
* * * * *
7910 ATGTGATGAATGTGAAAGTGTATATATGTGACAGGGCCGAGTGGCCA
1 ATGTGATGAATGTGAAAGTGTATATATGTGATAAGGCCTAATGGCCG
* * *
7957 ACGTGATGGATGTGAAAGTGTATAAATGTGATAAG
1 ATGTGATGAATGTGAAAGTGTATATATGTGATAAG
7992 TCCCGAAGGG
Statistics
Matches: 354, Mismatches: 10, Indels: 0
0.97 0.03 0.00
Matches are distributed among these distances:
47 354 1.00
ACGTcount: A:0.32, C:0.08, G:0.30, T:0.29
Consensus pattern (47 bp):
ATGTGATGAATGTGAAAGTGTATATATGTGATAAGGCCTAATGGCCG
Found at i:8166 original size:37 final size:37
Alignment explanation
Indices: 8110--8188 Score: 122
Period size: 37 Copynumber: 2.1 Consensus size: 37
8100 CCGAGCTCTA
* * *
8110 AAGACCCGATGACTACGTGTGGGGATTTTGTCCGGGT
1 AAGACCCGATAACTACGTGTGGAGATTATGTCCGGGT
*
8147 AAGACCCGATAACTTCGTGTGGAGATTATGTCCGGGT
1 AAGACCCGATAACTACGTGTGGAGATTATGTCCGGGT
8184 AAGAC
1 AAGAC
8189 TTCGTAATAA
Statistics
Matches: 38, Mismatches: 4, Indels: 0
0.90 0.10 0.00
Matches are distributed among these distances:
37 38 1.00
ACGTcount: A:0.24, C:0.19, G:0.32, T:0.25
Consensus pattern (37 bp):
AAGACCCGATAACTACGTGTGGAGATTATGTCCGGGT
Done.