Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: Scaffold2921
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 1000
Length: 16269
ACGTcount: A:0.32, C:0.11, G:0.23, T:0.34
Found at i:2662 original size:48 final size:48
Alignment explanation
Indices: 2531--2916 Score: 733
Period size: 48 Copynumber: 8.1 Consensus size: 48
2521 GATGAAATTG
2531 ATGTATGAGATATGTATATGTGGTAAAGCCGAATGGCTAATGTGAAAT
1 ATGTATGAGATATGTATATGTGGTAAAGCCGAATGGCTAATGTGAAAT
2579 ATGTATGAGATA-GTATATGTGGTAAAGCCGAATGGCTAATGTGAAAT
1 ATGTATGAGATATGTATATGTGGTAAAGCCGAATGGCTAATGTGAAAT
2626 ATGTATGAGATATGTATATGTGGTAAAGCCGAATGGCTAATGTGAAAT
1 ATGTATGAGATATGTATATGTGGTAAAGCCGAATGGCTAATGTGAAAT
2674 ATGTATGAGATATG--TATGTGGTAAAGCCGAATGGCTAATGTGAAAT
1 ATGTATGAGATATGTATATGTGGTAAAGCCGAATGGCTAATGTGAAAT
2720 ATGTATGAGATATGTATATGTGGTAAAGCCGAATGGCTAATGTGAAAT
1 ATGTATGAGATATGTATATGTGGTAAAGCCGAATGGCTAATGTGAAAT
2768 ATGTATGAGATATGTATATGTGGTAAAGCCGAATGGCTAATGTGAAAT
1 ATGTATGAGATATGTATATGTGGTAAAGCCGAATGGCTAATGTGAAAT
*
2816 ATATATGAGATATGTATATGTGGTAAAGCCGAATGGCTAATGTGAAAT
1 ATGTATGAGATATGTATATGTGGTAAAGCCGAATGGCTAATGTGAAAT
*
2864 ATGTATGAGATATGTATATGTGGTAAAGCCGAATGGCTAGTGTGAAAT
1 ATGTATGAGATATGTATATGTGGTAAAGCCGAATGGCTAATGTGAAAT
2912 ATGTA
1 ATGTA
2917 GGCGATGTGT
Statistics
Matches: 332, Mismatches: 3, Indels: 6
0.97 0.01 0.02
Matches are distributed among these distances:
46 46 0.14
47 47 0.14
48 239 0.72
ACGTcount: A:0.35, C:0.06, G:0.27, T:0.31
Consensus pattern (48 bp):
ATGTATGAGATATGTATATGTGGTAAAGCCGAATGGCTAATGTGAAAT
Found at i:4480 original size:40 final size:40
Alignment explanation
Indices: 4380--4775 Score: 491
Period size: 40 Copynumber: 10.1 Consensus size: 40
4370 CGAGAGTTAT
*
4380 ATATATCCGGGCTAAGTCCCGAAGAGCATT--TGCTGGTG
1 ATATATCCGGGCTAAGTCCCGAAGAGCATTCGTGCTAGTG
4418 -TATATCC-GGCTAAGTCCCGAAGAGCATTCGTGCTAGTG
1 ATATATCCGGGCTAAGTCCCGAAGAGCATTCGTGCTAGTG
*
4456 ATGTATCCGGGCTAAGTCCCGAAGAGCATTCGTGCTAGTG
1 ATATATCCGGGCTAAGTCCCGAAGAGCATTCGTGCTAGTG
* *
4496 ATGTATCCGGGCTAAGTCCCGAAGATCATTCGTGCTAGTG
1 ATATATCCGGGCTAAGTCCCGAAGAGCATTCGTGCTAGTG
** * *
4536 ATGCATCCGGGCTAAGTCCCGAAGAGCATTTGTGCTGGTG
1 ATATATCCGGGCTAAGTCCCGAAGAGCATTCGTGCTAGTG
*
4576 TTATATCCGGGCTAAGT-CCGAAGAGCATTCGTGCTAGTG
1 ATATATCCGGGCTAAGTCCCGAAGAGCATTCGTGCTAGTG
* *
4615 ATGTATCCGGGCTAAGT-CCGAAGAGCATT-GTGCTGGTG
1 ATATATCCGGGCTAAGTCCCGAAGAGCATTCGTGCTAGTG
* * * * *
4653 TTATATCCGGGCTAAGTCTCAAAGAGCATTTGTGCTAGAG
1 ATATATCCGGGCTAAGTCCCGAAGAGCATTCGTGCTAGTG
* * * * *
4693 CTATGTCAAGGGTTAAGTCCCGAAGAGCATTCGTGCTGGTG
1 ATATATC-CGGGCTAAGTCCCGAAGAGCATTCGTGCTAGTG
* * * * * *
4734 TTATAACCGGGCTAGGTCCCGAAGAGCAATCATGCTGGTG
1 ATATATCCGGGCTAAGTCCCGAAGAGCATTCGTGCTAGTG
4774 AT
1 AT
4776 GTGTATTCGG
Statistics
Matches: 312, Mismatches: 39, Indels: 12
0.86 0.11 0.03
Matches are distributed among these distances:
36 21 0.07
37 7 0.02
38 30 0.10
39 63 0.20
40 161 0.52
41 30 0.10
ACGTcount: A:0.23, C:0.21, G:0.29, T:0.27
Consensus pattern (40 bp):
ATATATCCGGGCTAAGTCCCGAAGAGCATTCGTGCTAGTG
Found at i:4532 original size:80 final size:79
Alignment explanation
Indices: 4383--4777 Score: 548
Period size: 80 Copynumber: 5.0 Consensus size: 79
4373 GAGTTATATA
4383 TATCCGGGCTAAGTCCCGAAGAGCATT-TGCTGGTG-TATATCC-GGCTAAGTCCCGAAGAGCAT
1 TATCCGGGCTAAGTCCCGAAGAGCATTGTGCTGGTGTTATATCCGGGCTAAGTCCCGAAGAGCAT
4445 TCGTGCTAGTGATG
66 TCGTGCTAGTGATG
* * * *
4459 TATCCGGGCTAAGTCCCGAAGAGCATTCGTGCTAGTGATGTATCCGGGCTAAGTCCCGAAGATCA
1 TATCCGGGCTAAGTCCCGAAGAGCATT-GTGCTGGTGTTATATCCGGGCTAAGTCCCGAAGAGCA
4524 TTCGTGCTAGTGATG
65 TTCGTGCTAGTGATG
*
4539 CATCCGGGCTAAGTCCCGAAGAGCATTTGTGCTGGTGTTATATCCGGGCTAAGT-CCGAAGAGCA
1 TATCCGGGCTAAGTCCCGAAGAGCA-TTGTGCTGGTGTTATATCCGGGCTAAGTCCCGAAGAGCA
4603 TTCGTGCTAGTGATG
65 TTCGTGCTAGTGATG
* *
4618 TATCCGGGCTAAGT-CCGAAGAGCATTGTGCTGGTGTTATATCCGGGCTAAGTCTCAAAGAGCAT
1 TATCCGGGCTAAGTCCCGAAGAGCATTGTGCTGGTGTTATATCCGGGCTAAGTCCCGAAGAGCAT
* * * *
4682 TTGTGCTAGAGCTA
66 TCGTGCTAGTGATG
* * * * *
4696 TGTCAAGGGTTAAGTCCCGAAGAGCATTCGTGCTGGTGTTATAACCGGGCTAGGTCCCGAAGAGC
1 TATC-CGGGCTAAGTCCCGAAGAGCATT-GTGCTGGTGTTATATCCGGGCTAAGTCCCGAAGAGC
* * *
4761 AATCATGCTGGTGATG
64 ATTCGTGCTAGTGATG
4777 T
1 T
4778 GTATTCGGGC
Statistics
Matches: 281, Mismatches: 29, Indels: 13
0.87 0.09 0.04
Matches are distributed among these distances:
76 27 0.10
77 28 0.10
78 39 0.14
79 51 0.18
80 92 0.33
81 44 0.16
ACGTcount: A:0.23, C:0.21, G:0.30, T:0.27
Consensus pattern (79 bp):
TATCCGGGCTAAGTCCCGAAGAGCATTGTGCTGGTGTTATATCCGGGCTAAGTCCCGAAGAGCAT
TCGTGCTAGTGATG
Found at i:4628 original size:119 final size:118
Alignment explanation
Indices: 4383--4776 Score: 503
Period size: 119 Copynumber: 3.3 Consensus size: 118
4373 GAGTTATATA
4383 TATCCGGGCTAAGTCCCGAAGAGCATT-TGCTGGTGTAT-ATCC-GGCTAAGTCCCGAAGAGCAT
1 TATCCGGGCTAAGTCCCGAAGAGCATTGTGCTGGTG-ATGATCCGGGCTAAGTCCCGAAGAGCAT
* *
4445 TCGTGCTAGTGATGTATCCGGGCTAAGTCCCGAAGAGCATTCGTGCTAGTGATG
65 TTGTGCTAGTGATATATCCGGGCTAAGTCCCGAAGAGCATTCGTGCTAGTGATG
* *
4499 TATCCGGGCTAAGTCCCGAAGATCATTCGTGCTAGTGATGCATCCGGGCTAAGTCCCGAAGAGCA
1 TATCCGGGCTAAGTCCCGAAGAGCATT-GTGCTGGTGATG-ATCCGGGCTAAGTCCCGAAGAGCA
* *
4564 TTTGTGCTGGTGTTATATCCGGGCTAAGT-CCGAAGAGCATTCGTGCTAGTGATG
64 TTTGTGCTAGTGATATATCCGGGCTAAGTCCCGAAGAGCATTCGTGCTAGTGATG
* *
4618 TATCCGGGCTAAGT-CCGAAGAGCATTGTGCTGGTGTTAT-ATCCGGGCTAAGTCTCAAAGAGCA
1 TATCCGGGCTAAGTCCCGAAGAGCATTGTGCTGGTG--ATGATCCGGGCTAAGTCCCGAAGAGCA
* * * * * * * *
4681 TTTGTGCTAGAGCTATGTCAAGGGTTAAGTCCCGAAGAGCATTCGTGCTGGTGTTA
64 TTTGTGCTAGTGATATATC-CGGGCTAAGTCCCGAAGAGCATTCGTGCTAGTGATG
* * **
4737 TAACCGGGCTAGGTCCCGAAGAGCAATCATGCTGGTGATG
1 TATCCGGGCTAAGTCCCGAAGAGC-ATTGTGCTGGTGATG
4777 TGTATTCGGG
Statistics
Matches: 243, Mismatches: 23, Indels: 20
0.85 0.08 0.07
Matches are distributed among these distances:
116 26 0.11
117 47 0.19
118 26 0.11
119 81 0.33
120 53 0.22
121 10 0.04
ACGTcount: A:0.23, C:0.21, G:0.30, T:0.26
Consensus pattern (118 bp):
TATCCGGGCTAAGTCCCGAAGAGCATTGTGCTGGTGATGATCCGGGCTAAGTCCCGAAGAGCATT
TGTGCTAGTGATATATCCGGGCTAAGTCCCGAAGAGCATTCGTGCTAGTGATG
Found at i:4987 original size:25 final size:25
Alignment explanation
Indices: 4937--4987 Score: 59
Period size: 25 Copynumber: 2.0 Consensus size: 25
4927 TGTGTAACAA
* *
4937 CAAATGAATAGGGGCACTATGTGTG
1 CAAATGAATAGAGGCACTATGAGTG
*
4962 CAAATGATTAGAGGCACTGA-GAGTG
1 CAAATGAATAGAGGCACT-ATGAGTG
4987 C
1 C
4988 GAGTTCTTCA
Statistics
Matches: 22, Mismatches: 3, Indels: 2
0.81 0.11 0.07
Matches are distributed among these distances:
25 21 0.95
26 1 0.05
ACGTcount: A:0.33, C:0.14, G:0.31, T:0.22
Consensus pattern (25 bp):
CAAATGAATAGAGGCACTATGAGTG
Found at i:5065 original size:27 final size:27
Alignment explanation
Indices: 4984--5073 Score: 92
Period size: 29 Copynumber: 3.2 Consensus size: 27
4974 GGCACTGAGA
*
4984 GTGCGAGTTCTTCAACTGAGCACTATGT
1 GTGCGAGTTCTTTAAC-GAGCACTATGT
** *
5012 GTGCGAGATT-GGTAATTGAGGCACTATGT
1 GTGCGAG-TTCTTTAA-CGA-GCACTATGT
*
5041 GTGCGAGTTCTTTAACGAGCGCTATGT
1 GTGCGAGTTCTTTAACGAGCACTATGT
5068 GTGCGA
1 GTGCGA
5074 AATCAGTCAG
Statistics
Matches: 50, Mismatches: 8, Indels: 9
0.75 0.12 0.13
Matches are distributed among these distances:
27 14 0.28
28 15 0.30
29 21 0.42
ACGTcount: A:0.21, C:0.17, G:0.31, T:0.31
Consensus pattern (27 bp):
GTGCGAGTTCTTTAACGAGCACTATGT
Found at i:8484 original size:48 final size:48
Alignment explanation
Indices: 8418--8664 Score: 440
Period size: 48 Copynumber: 5.1 Consensus size: 48
8408 GCGGAAATTG
*
8418 ATGTATGAGATAGGTATATGTGGTAAAGCCGAATGGCTAATGTGAAAT
1 ATGTATGAGATATGTATATGTGGTAAAGCCGAATGGCTAATGTGAAAT
*
8466 ATGTATGAGATAAGTATATGTGGTAAAGCCGAATGGCTAATGTGAAAT
1 ATGTATGAGATATGTATATGTGGTAAAGCCGAATGGCTAATGTGAAAT
8514 ATGTATGAGATATGTATATGTGGTAAAGCCGAATGGCTAATGTGAAATAT
1 ATGTATGAGATATGTATATGTGGTAAAGCCGAATGGCTAATGTG-AA-AT
*
8564 ATATATGAGATATGTATATGTGGTAAAGCCGAATGGCTAATGTGAAAT
1 ATGTATGAGATATGTATATGTGGTAAAGCCGAATGGCTAATGTGAAAT
*
8612 ATGTATGAGATATGTATATGTGGTAAAGCCGAATGGCTAGTGTGAAAT
1 ATGTATGAGATATGTATATGTGGTAAAGCCGAATGGCTAATGTGAAAT
8660 ATGTA
1 ATGTA
8665 GGCGATGTGT
Statistics
Matches: 192, Mismatches: 5, Indels: 4
0.96 0.02 0.02
Matches are distributed among these distances:
48 143 0.74
49 4 0.02
50 45 0.23
ACGTcount: A:0.36, C:0.06, G:0.27, T:0.31
Consensus pattern (48 bp):
ATGTATGAGATATGTATATGTGGTAAAGCCGAATGGCTAATGTGAAAT
Found at i:8600 original size:98 final size:98
Alignment explanation
Indices: 8418--8661 Score: 438
Period size: 98 Copynumber: 2.5 Consensus size: 98
8408 GCGGAAATTG
* *
8418 ATGTATGAGATAGGTATATGTGGTAAAGCCGAATGGCTAATGTG-AA-ATATGTATGAGATAAGT
1 ATGTATGAGATATGTATATGTGGTAAAGCCGAATGGCTAATGTGAAATATATATATGAGATAAGT
8481 ATATGTGGTAAAGCCGAATGGCTAATGTGAAAT
66 ATATGTGGTAAAGCCGAATGGCTAATGTGAAAT
*
8514 ATGTATGAGATATGTATATGTGGTAAAGCCGAATGGCTAATGTGAAATATATATATGAGATATGT
1 ATGTATGAGATATGTATATGTGGTAAAGCCGAATGGCTAATGTGAAATATATATATGAGATAAGT
8579 ATATGTGGTAAAGCCGAATGGCTAATGTGAAAT
66 ATATGTGGTAAAGCCGAATGGCTAATGTGAAAT
*
8612 ATGTATGAGATATGTATATGTGGTAAAGCCGAATGGCTAGTGTGAAATAT
1 ATGTATGAGATATGTATATGTGGTAAAGCCGAATGGCTAATGTGAAATAT
8662 GTAGGCGATG
Statistics
Matches: 142, Mismatches: 4, Indels: 2
0.96 0.03 0.01
Matches are distributed among these distances:
96 43 0.30
97 2 0.01
98 97 0.68
ACGTcount: A:0.36, C:0.06, G:0.27, T:0.31
Consensus pattern (98 bp):
ATGTATGAGATATGTATATGTGGTAAAGCCGAATGGCTAATGTGAAATATATATATGAGATAAGT
ATATGTGGTAAAGCCGAATGGCTAATGTGAAAT
Found at i:8878 original size:37 final size:37
Alignment explanation
Indices: 8815--8919 Score: 165
Period size: 37 Copynumber: 2.8 Consensus size: 37
8805 ATATATTCCG
* *
8815 GGTAAGACCCGATGACTACGTGTGGAGATTTTGTCCA
1 GGTAAGACCCGATAACTTCGTGTGGAGATTTTGTCCA
* *
8852 GGTAAGACCCGATAACTTCGTATGGAGATTTTGTCCG
1 GGTAAGACCCGATAACTTCGTGTGGAGATTTTGTCCA
*
8889 GGTAAGACCCGATAACTTCGTGTAGAGATTT
1 GGTAAGACCCGATAACTTCGTGTGGAGATTT
8920 CATCTGAGCT
Statistics
Matches: 62, Mismatches: 6, Indels: 0
0.91 0.09 0.00
Matches are distributed among these distances:
37 62 1.00
ACGTcount: A:0.26, C:0.18, G:0.28, T:0.29
Consensus pattern (37 bp):
GGTAAGACCCGATAACTTCGTGTGGAGATTTTGTCCA
Found at i:9016 original size:48 final size:48
Alignment explanation
Indices: 8964--9302 Score: 597
Period size: 48 Copynumber: 7.0 Consensus size: 48
8954 GCAGAAATTG
8964 ATGTATGAGATATGTATATGTGGTAAAGCCGAATGGCTAATGTGAAAT
1 ATGTATGAGATATGTATATGTGGTAAAGCCGAATGGCTAATGTGAAAT
* *
9012 ATGTATGAGATAAGTATATGTGGTAAAGCGGAATGGCTAATGTGAAAT
1 ATGTATGAGATATGTATATGTGGTAAAGCCGAATGGCTAATGTGAAAT
* *
9060 ATGTATGAGATAAGTATATGTGGTAAAGCGGAATGGCTAATGTGAAAT
1 ATGTATGAGATATGTATATGTGGTAAAGCCGAATGGCTAATGTGAAAT
9108 ATGTATGAGATATGTATATGTGGTAAAGCCGAATGGCTAATGTGAAAT
1 ATGTATGAGATATGTATATGTGGTAAAGCCGAATGGCTAATGTGAAAT
*
9156 ATGTATGAGATATGTATATGTGGTAAAGCCGAATGGTTAATGTGAAATAT
1 ATGTATGAGATATGTATATGTGGTAAAGCCGAATGGCTAATGTG-AA-AT
*
9206 ATATATGAGATATGTATATGTGGTAAAGCCGAATGGCTAATGTGAAAT
1 ATGTATGAGATATGTATATGTGGTAAAGCCGAATGGCTAATGTGAAAT
*
9254 ATGTATGAGATATGTATATGTGGTAAAGCCGAATGGCTAGTGTGAAAT
1 ATGTATGAGATATGTATATGTGGTAAAGCCGAATGGCTAATGTGAAAT
9302 A
1 A
9303 CGTAGGCGAT
Statistics
Matches: 280, Mismatches: 9, Indels: 4
0.96 0.03 0.01
Matches are distributed among these distances:
48 232 0.83
49 4 0.01
50 44 0.16
ACGTcount: A:0.36, C:0.05, G:0.27, T:0.31
Consensus pattern (48 bp):
ATGTATGAGATATGTATATGTGGTAAAGCCGAATGGCTAATGTGAAAT
Found at i:9149 original size:144 final size:146
Alignment explanation
Indices: 8964--9302 Score: 601
Period size: 146 Copynumber: 2.3 Consensus size: 146
8954 GCAGAAATTG
8964 ATGTATGAGATATGTATATGTGGTAAAGCCGAATGGCTAATGTGAAATATGTATGAGATAAGTAT
1 ATGTATGAGATATGTATATGTGGTAAAGCCGAATGGCTAATGTGAAATATGTATGAGATAAGTAT
* * *
9029 ATGTGGTAAAGCGGAATGGCTAATGTG-AA-ATATGTATGAGATAAGTATATGTGGTAAAGCGGA
66 ATGTGGTAAAGCCGAATGGCTAATGTGAAATATATATATGAGATAAGTATATGTGGTAAAGCCGA
9092 ATGGCTAATGTGAAAT
131 ATGGCTAATGTGAAAT
*
9108 ATGTATGAGATATGTATATGTGGTAAAGCCGAATGGCTAATGTGAAATATGTATGAGATATGTAT
1 ATGTATGAGATATGTATATGTGGTAAAGCCGAATGGCTAATGTGAAATATGTATGAGATAAGTAT
* *
9173 ATGTGGTAAAGCCGAATGGTTAATGTGAAATATATATATGAGATATGTATATGTGGTAAAGCCGA
66 ATGTGGTAAAGCCGAATGGCTAATGTGAAATATATATATGAGATAAGTATATGTGGTAAAGCCGA
9238 ATGGCTAATGTGAAAT
131 ATGGCTAATGTGAAAT
*
9254 ATGTATGAGATATGTATATGTGGTAAAGCCGAATGGCTAGTGTGAAATA
1 ATGTATGAGATATGTATATGTGGTAAAGCCGAATGGCTAATGTGAAATA
9303 CGTAGGCGAT
Statistics
Matches: 186, Mismatches: 7, Indels: 2
0.95 0.04 0.01
Matches are distributed among these distances:
144 89 0.48
145 2 0.01
146 95 0.51
ACGTcount: A:0.36, C:0.05, G:0.27, T:0.31
Consensus pattern (146 bp):
ATGTATGAGATATGTATATGTGGTAAAGCCGAATGGCTAATGTGAAATATGTATGAGATAAGTAT
ATGTGGTAAAGCCGAATGGCTAATGTGAAATATATATATGAGATAAGTATATGTGGTAAAGCCGA
ATGGCTAATGTGAAAT
Found at i:9957 original size:39 final size:39
Alignment explanation
Indices: 9903--9980 Score: 156
Period size: 39 Copynumber: 2.0 Consensus size: 39
9893 CAACTATGTT
9903 ATAATTTGATTGTTATCTGTTGACACTGCTTAAAACTTA
1 ATAATTTGATTGTTATCTGTTGACACTGCTTAAAACTTA
9942 ATAATTTGATTGTTATCTGTTGACACTGCTTAAAACTTA
1 ATAATTTGATTGTTATCTGTTGACACTGCTTAAAACTTA
9981 CTAAGCATTG
Statistics
Matches: 39, Mismatches: 0, Indels: 0
1.00 0.00 0.00
Matches are distributed among these distances:
39 39 1.00
ACGTcount: A:0.31, C:0.13, G:0.13, T:0.44
Consensus pattern (39 bp):
ATAATTTGATTGTTATCTGTTGACACTGCTTAAAACTTA
Found at i:10872 original size:40 final size:40
Alignment explanation
Indices: 10818--11217 Score: 498
Period size: 40 Copynumber: 10.1 Consensus size: 40
10808 CGAGGGTTAT
* **
10818 ATATATCCAGGCTAAGTCCCGAAGAGCATTTATGCTGGTG
1 ATATATCCGGGCTAAGTCCCGAAGAGCATTCGTGCTGGTG
* * *
10858 TTATATCCGGGCTAAGTCTCGAAGAGCATTCGTGCTAGTG
1 ATATATCCGGGCTAAGTCCCGAAGAGCATTCGTGCTGGTG
* *
10898 ATGTATCCGGGCTAAGTCCCGAAGAGCATTCGTGCTTGTG
1 ATATATCCGGGCTAAGTCCCGAAGAGCATTCGTGCTGGTG
* * *
10938 ATGTATCCAGGCTAAGTCCCGAAGAGCATTCGTGCTAGTG
1 ATATATCCGGGCTAAGTCCCGAAGAGCATTCGTGCTGGTG
* *
10978 ATGTATCCGGGCTAAGT-CCGAAGAGCATTTGTGCTGGTG
1 ATATATCCGGGCTAAGTCCCGAAGAGCATTCGTGCTGGTG
* *
11017 TTATATCC-GGCTAAGTCCCGAAGAGCATTCGTGCTAGTG
1 ATATATCCGGGCTAAGTCCCGAAGAGCATTCGTGCTGGTG
* *
11056 ATGTATCCGGGCTAAGTCCCGAAGAGCATTTGTGCTGGTG
1 ATATATCCGGGCTAAGTCCCGAAGAGCATTCGTGCTGGTG
* * * * * *
11096 TTATATCCGGGCTAAGTCTCAAAGAGCATTTGTGCTAGAG
1 ATATATCCGGGCTAAGTCCCGAAGAGCATTCGTGCTGGTG
* * * *
11136 CTATATCAGGGTTAAGTCCCAAAGAGCATTCGTGCTGGTG
1 ATATATCCGGGCTAAGTCCCGAAGAGCATTCGTGCTGGTG
* * * * *
11176 TTATAACCGGGCTAGGTCCCGAAGAGCAATCATGCTGGTG
1 ATATATCCGGGCTAAGTCCCGAAGAGCATTCGTGCTGGTG
11216 AT
1 AT
11218 GTGTATTCGG
Statistics
Matches: 313, Mismatches: 45, Indels: 4
0.86 0.12 0.01
Matches are distributed among these distances:
38 8 0.03
39 52 0.17
40 253 0.81
ACGTcount: A:0.24, C:0.20, G:0.28, T:0.28
Consensus pattern (40 bp):
ATATATCCGGGCTAAGTCCCGAAGAGCATTCGTGCTGGTG
Found at i:10954 original size:80 final size:80
Alignment explanation
Indices: 10821--11219 Score: 577
Period size: 80 Copynumber: 5.0 Consensus size: 80
10811 GGGTTATATA
* * *
10821 TATCCAGGCTAAGTCCCGAAGAGCATTTATGCTGGTGTTATATCCGGGCTAAGTCTCGAAGAGCA
1 TATCCGGGCTAAGTCCCGAAGAGCATTTGTGCTGGTGTTATATCCGGGCTAAGTCCCGAAGAGCA
10886 TTCGTGCTAGTGATG
66 TTCGTGCTAGTGATG
* * * * *
10901 TATCCGGGCTAAGTCCCGAAGAGCATTCGTGCTTGTGATGTATCCAGGCTAAGTCCCGAAGAGCA
1 TATCCGGGCTAAGTCCCGAAGAGCATTTGTGCTGGTGTTATATCCGGGCTAAGTCCCGAAGAGCA
10966 TTCGTGCTAGTGATG
66 TTCGTGCTAGTGATG
10981 TATCCGGGCTAAGT-CCGAAGAGCATTTGTGCTGGTGTTATATCC-GGCTAAGTCCCGAAGAGCA
1 TATCCGGGCTAAGTCCCGAAGAGCATTTGTGCTGGTGTTATATCCGGGCTAAGTCCCGAAGAGCA
11044 TTCGTGCTAGTGATG
66 TTCGTGCTAGTGATG
* *
11059 TATCCGGGCTAAGTCCCGAAGAGCATTTGTGCTGGTGTTATATCCGGGCTAAGTCTCAAAGAGCA
1 TATCCGGGCTAAGTCCCGAAGAGCATTTGTGCTGGTGTTATATCCGGGCTAAGTCCCGAAGAGCA
* * * *
11124 TTTGTGCTAGAGCTA
66 TTCGTGCTAGTGATG
* * * * * *
11139 TATCAGGGTTAAGTCCCAAAGAGCATTCGTGCTGGTGTTATAACCGGGCTAGGTCCCGAAGAGCA
1 TATCCGGGCTAAGTCCCGAAGAGCATTTGTGCTGGTGTTATATCCGGGCTAAGTCCCGAAGAGCA
* * *
11204 ATCATGCTGGTGATG
66 TTCGTGCTAGTGATG
11219 T
1 T
11220 GTATTCGGGC
Statistics
Matches: 284, Mismatches: 33, Indels: 4
0.88 0.10 0.01
Matches are distributed among these distances:
78 48 0.17
79 56 0.20
80 180 0.63
ACGTcount: A:0.23, C:0.21, G:0.29, T:0.28
Consensus pattern (80 bp):
TATCCGGGCTAAGTCCCGAAGAGCATTTGTGCTGGTGTTATATCCGGGCTAAGTCCCGAAGAGCA
TTCGTGCTAGTGATG
Found at i:11165 original size:198 final size:200
Alignment explanation
Indices: 10819--11203 Score: 524
Period size: 198 Copynumber: 1.9 Consensus size: 200
10809 GAGGGTTATA
* * * *
10819 TATATCCAGGCTAAGTCCCGAAGAGCATTTATGCTGGTGTTATATCCGGGCTAAGTCTCGAAGAG
1 TATATCCAGGCTAAGTCCCGAAGAGCATTCATGCTAGTGATATATCCGGGCTAAGTCCCGAAGAG
* * * * *
10884 CATTCGTGCTAGTGATGTATCCGGGCTAAGTCCCGAAGAGCATTCGTGCTTGTGATGTATCCAGG
66 CATTCGTGCTAGTGATATATCCGGGCTAAGTCCCAAAGAGCATTCGTGCTAGAGATATATCCAGG
* * *
10949 CTAAGTCCCGAAGAGCATTCGTGCTAGTGATGTATCCGGGCTAAGT-CCGAAGAGCATTTGTGCT
131 CTAAGTCCCAAAGAGCATTCGTGCTAGTGATATAACCGGGCTAAGTCCCGAAGAGCATTTGTGCT
11013 GGTGT
196 GGTGT
* *
11018 TATATCC-GGCTAAGTCCCGAAGAGCATTCGTGCTAGTGATGTATCCGGGCTAAGTCCCGAAGAG
1 TATATCCAGGCTAAGTCCCGAAGAGCATTCATGCTAGTGATATATCCGGGCTAAGTCCCGAAGAG
* * * * * *
11082 CATTTGTGCTGGTGTTATATCCGGGCTAAGTCTCAAAGAGCATTTGTGCTAGAGCTATAT-CAGG
66 CATTCGTGCTAGTGATATATCCGGGCTAAGTCCCAAAGAGCATTCGTGCTAGAGATATATCCA-G
* * * *
11146 GTTAAGTCCCAAAGAGCATTCGTGCTGGTGTTATAACCGGGCTAGGTCCCGAAGAGCA
130 GCTAAGTCCCAAAGAGCATTCGTGCTAGTGATATAACCGGGCTAAGTCCCGAAGAGCA
11204 ATCATGCTGG
Statistics
Matches: 160, Mismatches: 24, Indels: 4
0.85 0.13 0.02
Matches are distributed among these distances:
197 2 0.01
198 141 0.88
199 17 0.11
ACGTcount: A:0.24, C:0.21, G:0.28, T:0.27
Consensus pattern (200 bp):
TATATCCAGGCTAAGTCCCGAAGAGCATTCATGCTAGTGATATATCCGGGCTAAGTCCCGAAGAG
CATTCGTGCTAGTGATATATCCGGGCTAAGTCCCAAAGAGCATTCGTGCTAGAGATATATCCAGG
CTAAGTCCCAAAGAGCATTCGTGCTAGTGATATAACCGGGCTAAGTCCCGAAGAGCATTTGTGCT
GGTGT
Found at i:11405 original size:19 final size:19
Alignment explanation
Indices: 11381--11420 Score: 80
Period size: 19 Copynumber: 2.1 Consensus size: 19
11371 TAACAACAAA
11381 TGAATAGGGGCACTATGTG
1 TGAATAGGGGCACTATGTG
11400 TGAATAGGGGCACTATGTG
1 TGAATAGGGGCACTATGTG
11419 TG
1 TG
11421 CAAATGATTA
Statistics
Matches: 21, Mismatches: 0, Indels: 0
1.00 0.00 0.00
Matches are distributed among these distances:
19 21 1.00
ACGTcount: A:0.25, C:0.10, G:0.38, T:0.28
Consensus pattern (19 bp):
TGAATAGGGGCACTATGTG
Found at i:11515 original size:29 final size:29
Alignment explanation
Indices: 11443--11533 Score: 91
Period size: 28 Copynumber: 3.2 Consensus size: 29
11433 GGCACTGAGA
* *
11443 GTGCGAGTTCTTCAACTGA-GCACTATGT
1 GTGCGAGTTCTTTAATTGAGGCACTATGT
**
11471 GTGCGAGATT-GGTAATTGAGGCACTATGT
1 GTGCGAG-TTCTTTAATTGAGGCACTATGT
*
11500 GTGCGAGTTCTTTAATCGAGTG--CTATGT
1 GTGCGAGTTCTTTAATTGAG-GCACTATGT
11528 GTGCGA
1 GTGCGA
11534 AATCAGTCAG
Statistics
Matches: 52, Mismatches: 7, Indels: 8
0.78 0.10 0.12
Matches are distributed among these distances:
28 26 0.50
29 25 0.48
30 1 0.02
ACGTcount: A:0.21, C:0.15, G:0.31, T:0.33
Consensus pattern (29 bp):
GTGCGAGTTCTTTAATTGAGGCACTATGT
Found at i:14943 original size:48 final size:48
Alignment explanation
Indices: 14877--15262 Score: 699
Period size: 48 Copynumber: 8.1 Consensus size: 48
14867 GCGGAAATTG
14877 ATGTATGAGATATGTATATGTGGTAAAGCCGAATGGCTAATGTGAAAT
1 ATGTATGAGATATGTATATGTGGTAAAGCCGAATGGCTAATGTGAAAT
14925 ATGTATGAGATATGTATATGT-GTAAAGCCGAATGGCTAATGTGAAAT
1 ATGTATGAGATATGTATATGTGGTAAAGCCGAATGGCTAATGTGAAAT
14972 ATGTATGAGA-A-GTATATGTGGTAAAGCCGAATGGCTAATGTGAAAT
1 ATGTATGAGATATGTATATGTGGTAAAGCCGAATGGCTAATGTGAAAT
* *
15018 ATGTATGAGATAAGTATATGTGGTAAGGCCGAATGGCTAATGTGAAAT
1 ATGTATGAGATATGTATATGTGGTAAAGCCGAATGGCTAATGTGAAAT
15066 ATGTATGAGATATGTATATGTGGTAAAGCCGAATGGCTAATGTGAAAT
1 ATGTATGAGATATGTATATGTGGTAAAGCCGAATGGCTAATGTGAAAT
15114 ATGTATGAGATATGTATATGTGGT-AAGCCGAATGGCTAATGTGAAAAT
1 ATGTATGAGATATGTATATGTGGTAAAGCCGAATGGCTAATGTG-AAAT
*
15162 ATATATGAGATATGTATATGTGGTAAAGCCGAATGGCTAATGTGAAAT
1 ATGTATGAGATATGTATATGTGGTAAAGCCGAATGGCTAATGTGAAAT
*
15210 ATGTATGAGATATGTATATGTGGTAAAGCCGAATGGCTAGTGTGAAAT
1 ATGTATGAGATATGTATATGTGGTAAAGCCGAATGGCTAATGTGAAAT
15258 ATGTA
1 ATGTA
15263 GGCGATGTGT
Statistics
Matches: 327, Mismatches: 6, Indels: 10
0.95 0.02 0.03
Matches are distributed among these distances:
45 8 0.02
46 37 0.11
47 56 0.17
48 207 0.63
49 19 0.06
ACGTcount: A:0.36, C:0.06, G:0.27, T:0.31
Consensus pattern (48 bp):
ATGTATGAGATATGTATATGTGGTAAAGCCGAATGGCTAATGTGAAAT
Found at i:15454 original size:36 final size:37
Alignment explanation
Indices: 15407--15477 Score: 117
Period size: 37 Copynumber: 1.9 Consensus size: 37
15397 TTGGAATATA
*
15407 TCCGGGTAAGA-CCGATGACTACGTGTGGAGATTTTG
1 TCCGGGTAAGACCCGATAACTACGTGTGGAGATTTTG
*
15443 TCCGGGTAAGACCCGATAACTTCGTGTGGAGATTT
1 TCCGGGTAAGACCCGATAACTACGTGTGGAGATTT
15478 CATCTGAGCT
Statistics
Matches: 32, Mismatches: 2, Indels: 1
0.91 0.06 0.03
Matches are distributed among these distances:
36 11 0.34
37 21 0.66
ACGTcount: A:0.23, C:0.18, G:0.31, T:0.28
Consensus pattern (37 bp):
TCCGGGTAAGACCCGATAACTACGTGTGGAGATTTTG
Done.