Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: Scaffold2522
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 1000
Length: 20126
ACGTcount: A:0.35, C:0.22, G:0.12, T:0.31
Found at i:104 original size:23 final size:23
Alignment explanation
Indices: 86--6924 Score: 3694
Period size: 23 Copynumber: 301.0 Consensus size: 23
76 TCTCAATGTC
*
86 CAGCAACTAAACACTTCAATTTG
1 CAGCAATTAAACACTTCAATTTG
* *
109 CAGTACTTAAACACTTCAATTTG
1 CAGCAATTAAACACTTCAATTTG
* * * *
132 CAACATTTAAGCACTTCAATTTA
1 CAGCAATTAAACACTTCAATTTG
*
155 CAGCATTTAAACACTTCAATTTG
1 CAGCAATTAAACACTTCAATTTG
178 CAGC-ATTCAAACACTTCAATTTG
1 CAGCAATT-AAACACTTCAATTTG
* * *
201 CAGCACTTTAACACTTCAATTTA
1 CAGCAATTAAACACTTCAATTTG
* *
224 CAGCATTTAAGCACTTCAATTTG
1 CAGCAATTAAACACTTCAATTTG
* ** *
247 CAGCACTTTTACA-TCTCAA-TTA
1 CAGCAATTAAACACT-TCAATTTG
* * * * *
269 AAAC-ATTATACACCTCAA-TTA
1 CAGCAATTAAACACTTCAATTTG
* * * *
290 CAGCGATAAAACA-TCTCAATGTC
1 CAGCAATTAAACACT-TCAATTTG
*
313 CAGCAACTAAACACTTCAATTTG
1 CAGCAATTAAACACTTCAATTTG
* *
336 CAGTACTTAAACACTTCAA-TTG
1 CAGCAATTAAACACTTCAATTTG
* * * * *
358 CAACATTTAAGCACATCAATTTA
1 CAGCAATTAAACACTTCAATTTG
*
381 CAGCATTTAAACACTTCAATTT-
1 CAGCAATTAAACACTTCAATTTG
*
403 TAGC-ATTCAAACACTTCAATTTG
1 CAGCAATT-AAACACTTCAATTTG
* * *
426 CAGCACTTTAACACTTCAATTTA
1 CAGCAATTAAACACTTCAATTTG
* *
449 CAGCATTTAAGCACTTCAATTTG
1 CAGCAATTAAACACTTCAATTTG
* ** **
472 CAGCACTTTTACA-TCTCAATTAA
1 CAGCAATTAAACACT-TCAATTTG
* * * * *
495 CAACATTTATACACCTCAA-TTA
1 CAGCAATTAAACACTTCAATTTG
* * * *
517 CAGCGATAAAACA-TCTCAATGTC
1 CAGCAATTAAACACT-TCAATTTG
* *
540 CAGCAACTAAACACTTCAATTTT
1 CAGCAATTAAACACTTCAATTTG
* *
563 CAGTACTTAAACACTTCAATTTG
1 CAGCAATTAAACACTTCAATTTG
* * * *
586 CAACATTTAAGCACTTCAATTTA
1 CAGCAATTAAACACTTCAATTTG
*
609 CAGCATTTAAACACTTCAATTTG
1 CAGCAATTAAACACTTCAATTTG
632 CAGC-ATTCAAACACTTCAATTTG
1 CAGCAATT-AAACACTTCAATTTG
* * *
655 CAGCACTTTAACACTTCAATTTA
1 CAGCAATTAAACACTTCAATTTG
* *
678 CAGCATTTAAGCACTTCAATTTG
1 CAGCAATTAAACACTTCAATTTG
* ** **
701 CAGCACTTTTACA-TCTCAATTAA
1 CAGCAATTAAACACT-TCAATTTG
* * * * *
724 CAACATTTATACACCTCAA-TTA
1 CAGCAATTAAACACTTCAATTTG
* * * *
746 CAGCGATAAAACA-TCTCAATGTC
1 CAGCAATTAAACACT-TCAATTTG
*
769 CAGCAACTAAACACTTCAATTTG
1 CAGCAATTAAACACTTCAATTTG
* *
792 CAGTACTTAAACACTTCAA-TTG
1 CAGCAATTAAACACTTCAATTTG
* * * *
814 CAACATTTAAGCACTTCAATTTA
1 CAGCAATTAAACACTTCAATTTG
*
837 CAGCATTTAAACACTTCAATTT-
1 CAGCAATTAAACACTTCAATTTG
859 -AGC-ATTCAAACACTTCAATTTG
1 CAGCAATT-AAACACTTCAATTTG
* * *
881 CAGCACTTTAACACTTCAATTTA
1 CAGCAATTAAACACTTCAATTTG
* *
904 CAGCATTTAAGCACTTCAATTTG
1 CAGCAATTAAACACTTCAATTTG
* ** **
927 CAGCACTTTTACA-TCTCAATTAA
1 CAGCAATTAAACACT-TCAATTTG
* * * * *
950 CAACATTTATACACCTCAA-TTA
1 CAGCAATTAAACACTTCAATTTG
** * * *
972 CAGTGATAAAACA-TCTCAATGTC
1 CAGCAATTAAACACT-TCAATTTG
* *
995 CAGCAACTAAACACTTCAATTTT
1 CAGCAATTAAACACTTCAATTTG
* *
1018 CAGTACTTAAACACTTCAATTTG
1 CAGCAATTAAACACTTCAATTTG
* * * *
1041 CAACATTTAAGCACTTCAATTTA
1 CAGCAATTAAACACTTCAATTTG
*
1064 CAGCATTTAAACACTTCAATTT-
1 CAGCAATTAAACACTTCAATTTG
1086 -AGC-ATTCAAACACTTCAATTTG
1 CAGCAATT-AAACACTTCAATTTG
* * *
1108 CA--ACTTTAACACTTCAATTTA
1 CAGCAATTAAACACTTCAATTTG
* * *
1129 CAGCATTTAAGCACTTCAATTTC
1 CAGCAATTAAACACTTCAATTTG
* ** **
1152 CAGCACTTTTACA-TCTCAATTAA
1 CAGCAATTAAACACT-TCAATTTG
* * * * *
1175 CAACATTTATACACCTCAA-TTA
1 CAGCAATTAAACACTTCAATTTG
* ** * *
1197 CAGCGACAAAACA-TCTCAATGTC
1 CAGCAATTAAACACT-TCAATTTG
* *
1220 CAGCAACTAAACACTTCAATTTT
1 CAGCAATTAAACACTTCAATTTG
1243 CAGTC--TTAAACACTTCAATTTG
1 CAG-CAATTAAACACTTCAATTTG
* * * *
1265 CAACATTTAAGCACTTCAATTTA
1 CAGCAATTAAACACTTCAATTTG
*
1288 CAGCATTTAAACACTTCAATTT-
1 CAGCAATTAAACACTTCAATTTG
*
1310 TAGC-ATTCAAACACTTCAATTTG
1 CAGCAATT-AAACACTTCAATTTG
* * *
1333 CAGCACTTTAACACTTCAATTTA
1 CAGCAATTAAACACTTCAATTTG
* *
1356 CAGCATTTAAGCACTTCAATTTG
1 CAGCAATTAAACACTTCAATTTG
* ** **
1379 CAGCACTTTTACA-TCTCAATTAA
1 CAGCAATTAAACACT-TCAATTTG
* * * * *
1402 CAACATTTATACACCTCAA-TTA
1 CAGCAATTAAACACTTCAATTTG
* * * * *
1424 CAGCGATAAAACA-TCTCCATGTC
1 CAGCAATTAAACACT-TCAATTTG
* *
1447 CAGCAACTAAACACTTCAATTTA
1 CAGCAATTAAACACTTCAATTTG
* *
1470 CAGTAGTTAAACACTTCAATTTG
1 CAGCAATTAAACACTTCAATTTG
* * * *
1493 CAACATTTAAGCACTTCAATTTA
1 CAGCAATTAAACACTTCAATTTG
*
1516 CAGCATTTAAACACTTCAATTTG
1 CAGCAATTAAACACTTCAATTTG
1539 CAGC-ATTCAAACACTTCAATTTG
1 CAGCAATT-AAACACTTCAATTTG
* * *
1562 CAGCACTTTAACACTTCAATTTA
1 CAGCAATTAAACACTTCAATTTG
* *
1585 CAGCATTTAAGCACTTCAATTTG
1 CAGCAATTAAACACTTCAATTTG
* ** **
1608 CAGCACTTTTACA-TCTCAATTAA
1 CAGCAATTAAACACT-TCAATTTG
* * * * *
1631 CAACATTTATACACCTCAA-TTA
1 CAGCAATTAAACACTTCAATTTG
* * * *
1653 CAGCGATAAAACA-TCTCAATGTC
1 CAGCAATTAAACACT-TCAATTTG
*
1676 CAGCAACTAAACACTTCAATTTG
1 CAGCAATTAAACACTTCAATTTG
* *
1699 CAGTACTTAAACACTTCAATTTG
1 CAGCAATTAAACACTTCAATTTG
* * * *
1722 CAACATTTAAGCACTTCAATTTA
1 CAGCAATTAAACACTTCAATTTG
* *
1745 CAGCATTTAAACACTTCAATTTA
1 CAGCAATTAAACACTTCAATTTG
*
1768 TAGC-ATTCAAACACTTCAA-TTG
1 CAGCAATT-AAACACTTCAATTTG
* * *
1790 CAGCACTTTAACACTTCAATTTA
1 CAGCAATTAAACACTTCAATTTG
* *
1813 CAGCATTTAAGCACTTCAATTTG
1 CAGCAATTAAACACTTCAATTTG
* ** **
1836 CAGCACTTTTACA-TCTCAATTAA
1 CAGCAATTAAACACT-TCAATTTG
* * *
1859 CA--AATTTATACACCTCAA-TTA
1 CAGCAA-TTAAACACTTCAATTTG
* * * *
1880 CAGCGATAAAACA-TCTCAATGTC
1 CAGCAATTAAACACT-TCAATTTG
* *
1903 CAGCAACTAAACACTTCAATTTT
1 CAGCAATTAAACACTTCAATTTG
* *
1926 CAGTACTTAAACACTTCAATTTG
1 CAGCAATTAAACACTTCAATTTG
* * * *
1949 CAACATTTAAGCACTTCAATTTA
1 CAGCAATTAAACACTTCAATTTG
*
1972 CAGCATTTAAACACTTCAATTT-
1 CAGCAATTAAACACTTCAATTTG
1994 -AGC-ATTCAAACACTTCAATTTG
1 CAGCAATT-AAACACTTCAATTTG
* * *
2016 CAACACTTTAAA-ACTTCAATTTA
1 CAGCA-ATTAAACACTTCAATTTG
* *
2039 CAGCATTTAAGCACTTCAATTTG
1 CAGCAATTAAACACTTCAATTTG
* ** **
2062 CAGCACTTTTACA-TCTCAATTAA
1 CAGCAATTAAACACT-TCAATTTG
* * * * *
2085 CAACATTTATACACCTCAA-TTA
1 CAGCAATTAAACACTTCAATTTG
* * * * *
2107 CAGCGATAAAACATCTCCAATGTC
1 CAGCAATTAAACA-CTTCAATTTG
*
2131 CAGCAACTAAACACTTCAATTTG
1 CAGCAATTAAACACTTCAATTTG
2154 CAGTC--TTAAACACTTCAATTTG
1 CAG-CAATTAAACACTTCAATTTG
* * * *
2176 CAACATTTAAGCACTTCAATTTA
1 CAGCAATTAAACACTTCAATTTG
*
2199 CAGCATTTAAA-ACTTCAATTTG
1 CAGCAATTAAACACTTCAATTTG
2221 CAGC-ATTCAAACACTTCAATTT-
1 CAGCAATT-AAACACTTCAATTTG
* *
2243 CAGCATTTAAGCACTTCAATTTG
1 CAGCAATTAAACACTTCAATTTG
* ** **
2266 CAGCACTTTTACA-TCTCAATTAA
1 CAGCAATTAAACACT-TCAATTTG
* * * * *
2289 CAACATTTATACACCTCAA-TTA
1 CAGCAATTAAACACTTCAATTTG
* * * *
2311 CAGCGATAAAACA-TCTCAATGTC
1 CAGCAATTAAACACT-TCAATTTG
*
2334 CAGCAACTAAACACTTCAATTTG
1 CAGCAATTAAACACTTCAATTTG
* * * *
2357 CAACATTTAAGCACTTCAATTTA
1 CAGCAATTAAACACTTCAATTTG
* *
2380 CAGCATTTAAACAATTCAATTTG
1 CAGCAATTAAACACTTCAATTTG
2403 CAGC-ATTCAAACACTTCAATTTG
1 CAGCAATT-AAACACTTCAATTTG
* * * *
2426 TAGCACTTTAACACTTCAATTTA
1 CAGCAATTAAACACTTCAATTTG
* *
2449 CAGCATTTAAGCACTTCAATTTG
1 CAGCAATTAAACACTTCAATTTG
* ** **
2472 CAGCACTTTTACA-TCTCAATTAA
1 CAGCAATTAAACACT-TCAATTTG
* * * * *
2495 CAACATTTATACACCTCAA-TTA
1 CAGCAATTAAACACTTCAATTTG
* * * *
2517 CAGCGATAAAACA-TCTCAATGTC
1 CAGCAATTAAACACT-TCAATTTG
*
2540 CAGCAACTAAACACTTCAATTTG
1 CAGCAATTAAACACTTCAATTTG
* *
2563 CAGTACTTAAACACTTCAATTTG
1 CAGCAATTAAACACTTCAATTTG
* * * *
2586 CAACATTTAAGCACTTCAATTTA
1 CAGCAATTAAACACTTCAATTTG
*
2609 CAGCATTTAAACACTTCAATTTG
1 CAGCAATTAAACACTTCAATTTG
*
2632 TAGC-ATTCAAACAC-TCAATTTG
1 CAGCAATT-AAACACTTCAATTTG
* * *
2654 CAGCACTTTAACACTTCAATTTA
1 CAGCAATTAAACACTTCAATTTG
* *
2677 CAGCATTTAAGCACTTCAATTTG
1 CAGCAATTAAACACTTCAATTTG
* **
2700 CAGCACTTTTACA-TCTCAA-TT-
1 CAGCAATTAAACACT-TCAATTTG
* * * *
2721 -AACAATTTATACACCTCAA-TTA
1 CAGCAA-TTAAACACTTCAATTTG
* * * *
2743 CAGCGATAAAACA-TCTCAATGTC
1 CAGCAATTAAACACT-TCAATTTG
*
2766 CAGCAACTAAACACTTCAATTT-
1 CAGCAATTAAACACTTCAATTTG
* *
2788 CAGTACTTAAACACTTCAATTTG
1 CAGCAATTAAACACTTCAATTTG
* * * *
2811 CAACATTTAAGCACTTCAATTTA
1 CAGCAATTAAACACTTCAATTTG
*
2834 CAGCATTTAAACACTTCAATTTG
1 CAGCAATTAAACACTTCAATTTG
*
2857 TAGC-ATTCAAACACTTCAATTTG
1 CAGCAATT-AAACACTTCAATTTG
*
2880 CA-C-----AACACTTCAATTTA
1 CAGCAATTAAACACTTCAATTTG
* *
2897 CAGCATTTAAGCACTTCAATTTG
1 CAGCAATTAAACACTTCAATTTG
* * ** **
2920 CTGCACTTTTACA-TCTCAATTAA
1 CAGCAATTAAACACT-TCAATTTG
* * * * *
2943 CAACATTTATACACCTCAA-TTA
1 CAGCAATTAAACACTTCAATTTG
* * * *
2965 CAGCGA-TACAACA-TCTCCATGTC
1 CAGCAATTA-AACACT-TCAATTTG
*
2988 CAGCAACTAAACACTTCAATTTG
1 CAGCAATTAAACACTTCAATTTG
* *
3011 CAGTACTTAAACACTTCAATTTG
1 CAGCAATTAAACACTTCAATTTG
* * * *
3034 CAACATTTAAGCACTTCAATTTA
1 CAGCAATTAAACACTTCAATTTG
*
3057 CAGCATTTAAACACTTCAATTT-
1 CAGCAATTAAACACTTCAATTTG
3079 -AGC-ATTCAAACACTTCAA-TTG
1 CAGCAATT-AAACACTTCAATTTG
* * *
3100 CAGCACTTTAACACTTCAATTTA
1 CAGCAATTAAACACTTCAATTTG
* *
3123 CAGCATTTAAGCACTTCAATTTG
1 CAGCAATTAAACACTTCAATTTG
** **
3146 CA-C--TTTTACA-TCTCAATTAA
1 CAGCAATTAAACACT-TCAATTTG
* * * * *
3166 CAACATTTATACACCTCAA-TTA
1 CAGCAATTAAACACTTCAATTTG
* * * *
3188 CAGCGATAAAACA-TCTCAATGTC
1 CAGCAATTAAACACT-TCAATTTG
*
3211 CAGCAACTAAACACTTCAATTTG
1 CAGCAATTAAACACTTCAATTTG
* *
3234 CAGTACTTAAACACTTCAATTTG
1 CAGCAATTAAACACTTCAATTTG
* * * *
3257 CAACATTTAAGCACTTCAATTTA
1 CAGCAATTAAACACTTCAATTTG
*
3280 CAGCATTTAAACACTTCAATTT-
1 CAGCAATTAAACACTTCAATTTG
*
3302 -AGC-ATTCAACACTTCAATTTG
1 CAGCAATTAAACACTTCAATTTG
* * *
3323 CAGCACTTTAACACTTCAATTTA
1 CAGCAATTAAACACTTCAATTTG
* *
3346 CAGCATTTAAGCACTTCAATTTG
1 CAGCAATTAAACACTTCAATTTG
* ** **
3369 CAGCACTTTTACA-TCTCAATTAA
1 CAGCAATTAAACACT-TCAATTTG
* * * * *
3392 CAACATTTATACACCTCAA-TTA
1 CAGCAATTAAACACTTCAATTTG
* * * *
3414 CAGCGATAAAACA-TCTCAATGTC
1 CAGCAATTAAACACT-TCAATTTG
*
3437 CAGCAACTAAACACTTCAATTT-
1 CAGCAATTAAACACTTCAATTTG
* *
3459 CAGTACTTAAACACTTCAATTTG
1 CAGCAATTAAACACTTCAATTTG
* * * * *
3482 CAACATTTAAGCACATCAATTTA
1 CAGCAATTAAACACTTCAATTTG
* *
3505 CAGCATTTAAACACTTCAATTTA
1 CAGCAATTAAACACTTCAATTTG
*
3528 TAGC-ATTCAAACACTTCAATTTG
1 CAGCAATT-AAACACTTCAATTTG
* * *
3551 CAGCACTTTAACACTTCAATTTA
1 CAGCAATTAAACACTTCAATTTG
* *
3574 CAGCATTTAAGCACTTCAATTTG
1 CAGCAATTAAACACTTCAATTTG
* ** **
3597 CAGCACTTTTACA-TCTCAATTAA
1 CAGCAATTAAACACT-TCAATTTG
* * * * *
3620 CAACATTTATACACCTCAA-TTA
1 CAGCAATTAAACACTTCAATTTG
* * * * *
3642 CAGCGATAAAACA-TCTCCATGTC
1 CAGCAATTAAACACT-TCAATTTG
*
3665 CAGCAACTAAACACTTCAATTT-
1 CAGCAATTAAACACTTCAATTTG
*
3687 CAGTC-CTTAAACACTTCAATTTG
1 CAG-CAATTAAACACTTCAATTTG
* * * *
3710 CAACATTTAAGCACTTCAATTTA
1 CAGCAATTAAACACTTCAATTTG
* *
3733 CAGCATTTAAAAACTTCAATTTG
1 CAGCAATTAAACACTTCAATTTG
*
3756 TAGC-ATTCAAACACTTCAATTTG
1 CAGCAATT-AAACACTTCAATTTG
* * *
3779 CAGCACTTTAACACTTCAATTTA
1 CAGCAATTAAACACTTCAATTTG
* *
3802 CAGCATTTAAGCACTTCAATTTG
1 CAGCAATTAAACACTTCAATTTG
* ** **
3825 CAGCACTTTTACA-TCTCAATTAA
1 CAGCAATTAAACACT-TCAATTTG
* * * * *
3848 CAACATTTATACACCTCAA-TTA
1 CAGCAATTAAACACTTCAATTTG
* * * *
3870 CAGCGATAAAACA-TCTCAATGTC
1 CAGCAATTAAACACT-TCAATTTG
* * *
3893 CAGCAACTAAACACTTTAATTTA
1 CAGCAATTAAACACTTCAATTTG
* *
3916 CAGTAGTTAAACACTTCAATTTG
1 CAGCAATTAAACACTTCAATTTG
* * * *
3939 CAACATTTAAGCACTTCAATTTA
1 CAGCAATTAAACACTTCAATTTG
*
3962 CAGCATTTAAACACTTCAATTTG
1 CAGCAATTAAACACTTCAATTTG
3985 CAGC-ATTCAAACACTTCAATTTG
1 CAGCAATT-AAACACTTCAATTTG
* * *
4008 CAGCACTTTAACACTTCAATTTA
1 CAGCAATTAAACACTTCAATTTG
* *
4031 CAGCATTTAAGCACTTCAATTTG
1 CAGCAATTAAACACTTCAATTTG
* * **
4054 CAGCACTTTAACA-TCTCAATTAA
1 CAGCAATTAAACACT-TCAATTTG
* * * * *
4077 CAACATTTATACACCTCAA-TTA
1 CAGCAATTAAACACTTCAATTTG
* * * *
4099 CAGCGATAAAACA-TCTCAATGTC
1 CAGCAATTAAACACT-TCAATTTG
4122 CAGCAA-TAAACACTTCAATTTG
1 CAGCAATTAAACACTTCAATTTG
* *
4144 CAGTACTTAAACACTTCAATTTG
1 CAGCAATTAAACACTTCAATTTG
* * * *
4167 CAACATTTAAGCACTTCAATTTA
1 CAGCAATTAAACACTTCAATTTG
*
4190 CAGCATTTAAACACTTCAATTTG
1 CAGCAATTAAACACTTCAATTTG
*
4213 TAGC-ATTCAAACACTTCAA-TTG
1 CAGCAATT-AAACACTTCAATTTG
* * *
4235 CAGCACTTTAACACTTCAATTTA
1 CAGCAATTAAACACTTCAATTTG
* *
4258 CAGCATTTAAGCACTTCAATTTG
1 CAGCAATTAAACACTTCAATTTG
* ** **
4281 CAGCACTTTTACA-TCTCAATTAA
1 CAGCAATTAAACACT-TCAATTTG
* * * * *
4304 CAACATTTATACACCTCAA-TTA
1 CAGCAATTAAACACTTCAATTTG
* * * *
4326 CAGCGATAAAACA-TCTCAATGTC
1 CAGCAATTAAACACT-TCAATTTG
*
4349 CAGCAACTAAACACTTCAATTTG
1 CAGCAATTAAACACTTCAATTTG
* *
4372 CAGTACTTAAA-ACTTCAATTTG
1 CAGCAATTAAACACTTCAATTTG
* * * *
4394 CAACATTTAAGCACTTCAATTTA
1 CAGCAATTAAACACTTCAATTTG
*
4417 CAGCATTTAAACACTTTCAATTTG
1 CAGCAATTAAACAC-TTCAATTTG
4441 CAGC-ATTCAAACACTTCAATTTG
1 CAGCAATT-AAACACTTCAATTTG
* * *
4464 CA--ACTTTAACACTTCAATTTA
1 CAGCAATTAAACACTTCAATTTG
* *
4485 CAGCATTTAAGCACTTCAATTTG
1 CAGCAATTAAACACTTCAATTTG
* ** **
4508 CAGCACTTTTACA-TCTCAATTAA
1 CAGCAATTAAACACT-TCAATTTG
* * * * *
4531 CAACATTTATACACCTCAA-TTA
1 CAGCAATTAAACACTTCAATTTG
* * * *
4553 CAGCGATAAAACA-TCTCAATGTC
1 CAGCAATTAAACACT-TCAATTTG
*
4576 CAGCAA-CAAACACTTCAATTTTG
1 CAGCAATTAAACACTTCAA-TTTG
* *
4599 CAGTACTTAAACACTTCAATTTG
1 CAGCAATTAAACACTTCAATTTG
* * * * *
4622 CAACATTTAAGCACATCAATTTA
1 CAGCAATTAAACACTTCAATTTG
*
4645 CAGCATTTAAACACTTCAATTT-
1 CAGCAATTAAACACTTCAATTTG
4667 -AGC-ATTCAAACACTTCAATTTG
1 CAGCAATT-AAACACTTCAATTTG
* * * *
4689 CAACACTTTAACACTTCAATTTA
1 CAGCAATTAAACACTTCAATTTG
* *
4712 CAGCATTTAAGCACTTCAATTTG
1 CAGCAATTAAACACTTCAATTTG
* * **
4735 CAGCACTT-TACA-TCTCAATTAA
1 CAGCAATTAAACACT-TCAATTTG
* * * * *
4757 CAACATTTATACACCTCAA-TTA
1 CAGCAATTAAACACTTCAATTTG
* * * * *
4779 CAGCGATAAAACA-TCTCCATGTC
1 CAGCAATTAAACACT-TCAATTTG
* *
4802 CAGCAACTAAACACTACAATTT-
1 CAGCAATTAAACACTTCAATTTG
4824 CAGTC--TTAAACACTTCAATTTG
1 CAG-CAATTAAACACTTCAATTTG
* * * * *
4846 AAACATTTAAGCACTTCAATTTA
1 CAGCAATTAAACACTTCAATTTG
*
4869 CAGCATTTAAACACTTCAATTTG
1 CAGCAATTAAACACTTCAATTTG
*
4892 CA-CCATTCAAACACTTCAATTTG
1 CAGCAATT-AAACACTTCAATTTG
* * *
4915 CAGCACTTTAACACTTCAATTTA
1 CAGCAATTAAACACTTCAATTTG
* *
4938 CAGCATTTAAGCACTTCAATTTG
1 CAGCAATTAAACACTTCAATTTG
* * **
4961 CAGCACTT-TACA-TCTCAATTAA
1 CAGCAATTAAACACT-TCAATTTG
* * * * *
4983 CAACATTTATACACCTCAA-TTA
1 CAGCAATTAAACACTTCAATTTG
* * * * *
5005 CAGCGATAAAACA-TCTCCATGTC
1 CAGCAATTAAACACT-TCAATTTG
* *
5028 CAGCAACTAAACACTTTAATTTAG
1 CAGCAATTAAACACTTCAATTT-G
* *
5052 -AGTAGTTAAACACTTCAATTTG
1 CAGCAATTAAACACTTCAATTTG
* * * * *
5074 CAACATTTTAGCACTTCAATTTA
1 CAGCAATTAAACACTTCAATTTG
*
5097 CAGCATTTAAACACTTCAATTTG
1 CAGCAATTAAACACTTCAATTTG
5120 CAGC-ATTCAAACACTTCAATTTG
1 CAGCAATT-AAACACTTCAATTTG
* * *
5143 CAGCACTTTAACACTTCAATTTA
1 CAGCAATTAAACACTTCAATTTG
* *
5166 CAGCATTTAAGCACTTCAATTTG
1 CAGCAATTAAACACTTCAATTTG
* * **
5189 CAGCACTT-TACA-TCTCAATTAA
1 CAGCAATTAAACACT-TCAATTTG
* * * * *
5211 CAACATTTATACACCTCAA-TTA
1 CAGCAATTAAACACTTCAATTTG
* * * *
5233 CAGCGATAAAACA-TCTCAATGTC
1 CAGCAATTAAACACT-TCAATTTG
*
5256 CAGCAACTAAACACTTCAATTTG
1 CAGCAATTAAACACTTCAATTTG
* *
5279 CAGTACTTAAACACTTCAATTTG
1 CAGCAATTAAACACTTCAATTTG
* * * *
5302 CAACATTTAAGCACTTCAATTTA
1 CAGCAATTAAACACTTCAATTTG
*
5325 CAGCATTTAAACACTTCAATTTG
1 CAGCAATTAAACACTTCAATTTG
5348 CAGC-ATTCAAACACTTCAATTTG
1 CAGCAATT-AAACACTTCAATTTG
* * *
5371 CAGCACTTTAACACTTCAATTTA
1 CAGCAATTAAACACTTCAATTTG
* * *
5394 CAGCATTTAAGCAGTTCAATTTG
1 CAGCAATTAAACACTTCAATTTG
* ** *
5417 CAGCACTTTTACA-TCTCAA-TTA
1 CAGCAATTAAACACT-TCAATTTG
* ** * * *
5439 AAAAAATTTATACACCTCAA-TTA
1 CAGCAA-TTAAACACTTCAATTTG
* * * *
5462 CAGCGATAAAACA-TCTCAATGTC
1 CAGCAATTAAACACT-TCAATTTG
*
5485 CAGCAACTAAACACTTCAATTTG
1 CAGCAATTAAACACTTCAATTTG
* *
5508 CAGTACTTAAACACTTCAATTTG
1 CAGCAATTAAACACTTCAATTTG
* * * * *
5531 CAACATTTAAGCACATCAATTTA
1 CAGCAATTAAACACTTCAATTTG
* *
5554 CAGCATTTAAACACTTCAATTTA
1 CAGCAATTAAACACTTCAATTTG
*
5577 TAGC-ATTCAAACACTTCAATTTG
1 CAGCAATT-AAACACTTCAATTTG
* * *
5600 CAGCACTTTAACACTTCAATTTA
1 CAGCAATTAAACACTTCAATTTG
* *
5623 CAGCATTTAAGCACTTCAATTTG
1 CAGCAATTAAACACTTCAATTTG
* ** *
5646 CAGCACTTTTACA-TCTCAA-TTA
1 CAGCAATTAAACACT-TCAATTTG
* ** * * *
5668 AAAAAATTTATACACCTCAA-TTA
1 CAGCAA-TTAAACACTTCAATTTG
* * * *
5691 CAGCGATAAAACA-TCTCAATGTC
1 CAGCAATTAAACACT-TCAATTTG
* *
5714 CAGCAACTAAACACTTCAATTTA
1 CAGCAATTAAACACTTCAATTTG
* *
5737 CAGTACTTAAACACTTCAATTTG
1 CAGCAATTAAACACTTCAATTTG
* * * *
5760 CAACATTTAAGCACTTCAATTTA
1 CAGCAATTAAACACTTCAATTTG
* *
5783 CAGCATTTAAACAATTCAATTTG
1 CAGCAATTAAACACTTCAATTTG
5806 CAGC-ATTCAAACACTTCAATTTG
1 CAGCAATT-AAACACTTCAATTTG
* * *
5829 CAGCACTTTAACACTTCAATTTA
1 CAGCAATTAAACACTTCAATTTG
* *
5852 CAGCATTTAAGCACTTCAATTTG
1 CAGCAATTAAACACTTCAATTTG
* * **
5875 CAGCACTT-TACA-TCTCAATTAA
1 CAGCAATTAAACACT-TCAATTTG
* * * * *
5897 CAACATTTATACACCTCAA-TTA
1 CAGCAATTAAACACTTCAATTTG
* * * *
5919 CAGCGATAAAACA-TCTC-ATGTC
1 CAGCAATTAAACACT-TCAATTTG
*
5941 CAGCAACTAAACACTTCAATTT-
1 CAGCAATTAAACACTTCAATTTG
* *
5963 CAGTACTTAAACACTTCAATTTG
1 CAGCAATTAAACACTTCAATTTG
* * * *
5986 CAACATTTAAGCACTTCAATTTA
1 CAGCAATTAAACACTTCAATTTG
*
6009 CAGCATTTAAACACTTCAATTTG
1 CAGCAATTAAACACTTCAATTTG
6032 CAGC-ATTCAAACACTTCAATTTG
1 CAGCAATT-AAACACTTCAATTTG
* * *
6055 CAGCACTTTAACACTTCAATTTA
1 CAGCAATTAAACACTTCAATTTG
* * *
6078 AAGCATTTAAGCACTTCAATTTG
1 CAGCAATTAAACACTTCAATTTG
* ** *
6101 CAGCACTTTTACA-TCTCAA-TTA
1 CAGCAATTAAACACT-TCAATTTG
* ** * * *
6123 AAAAAATTTATACACCTCAA-TTA
1 CAGCAA-TTAAACACTTCAATTTG
* * * *
6146 CAGCGATAAAACA-TCTCAATGTC
1 CAGCAATTAAACACT-TCAATTTG
*
6169 CAGCAACTAAACACTTCAATTTG
1 CAGCAATTAAACACTTCAATTTG
* *
6192 CAGTACTTAAACACTTCAATTTG
1 CAGCAATTAAACACTTCAATTTG
* * * * *
6215 CAACATTTAAGCACAGTCAATTTA
1 CAGCAATTAAACAC-TTCAATTTG
* *
6239 CAGCATTTAAACACTTCAATTTA
1 CAGCAATTAAACACTTCAATTTG
*
6262 TAGC-ATTCAAACACTTCAATTTG
1 CAGCAATT-AAACACTTCAATTTG
* * ** *
6285 CAACAGTTTCACACTTCAATTTA
1 CAGCAATTAAACACTTCAATTTG
* *
6308 CAGCATTTAAGCACTTCAATTTG
1 CAGCAATTAAACACTTCAATTTG
* ** **
6331 CAGCACTTTTACA-TCTCAATTAA
1 CAGCAATTAAACACT-TCAATTTG
* * * * *
6354 CAACATTTATACACCTCAA-TTA
1 CAGCAATTAAACACTTCAATTTG
* * * * *
6376 CAGCGATAAAACA-TCTCCATGTC
1 CAGCAATTAAACACT-TCAATTTG
* * *
6399 CAGCAACTAAACACTACAATTTT
1 CAGCAATTAAACACTTCAATTTG
* *
6422 CAGTC-CTTAAAAACTTCAATTTG
1 CAG-CAATTAAACACTTCAATTTG
* * * *
6445 CAACATTTAAGCACTTCAATTTA
1 CAGCAATTAAACACTTCAATTTG
* *
6468 CAGCATTTAAAAACTTCAATTTG
1 CAGCAATTAAACACTTCAATTTG
*
6491 TAGC-ATTCAAACACTTCAATTTG
1 CAGCAATT-AAACACTTCAATTTG
* * *
6514 CAGCACTTTAACACTTCAATTTA
1 CAGCAATTAAACACTTCAATTTG
*
6537 CAGCATTTAAGA-ACTTCAATTTG
1 CAGCAATTAA-ACACTTCAATTTG
* * * * **
6560 TAGCACTCT-TACA-TCTCAAATAA
1 CAGCAAT-TAAACACT-TCAATTTG
* * * * *
6583 CAACATTTATACAC--CTATATTA
1 CAGCAATTAAACACTTCAAT-TTG
* * * *
6605 CAGCGATAAAACA-TCTCAATGTC
1 CAGCAATTAAACACT-TCAATTTG
* *
6628 CAGCAACTAAACACTTTAATTTAG
1 CAGCAATTAAACACTTCAATTT-G
* * *
6652 -AGTAGTTAAACACTTTAATTTG
1 CAGCAATTAAACACTTCAATTTG
* * * * *
6674 CAACATTTTAGCACTTCAATTTA
1 CAGCAATTAAACACTTCAATTTG
*
6697 CAGCATTTAAACACTTCAATTTG
1 CAGCAATTAAACACTTCAATTTG
6720 CAGC-ATTCAAACACTTCAATTTG
1 CAGCAATT-AAACACTTCAATTTG
* * * *
6743 CAGCACTTTAACAATTCAATTTA
1 CAGCAATTAAACACTTCAATTTG
* * *
6766 CAACATTTAAGCACTTCAATTTG
1 CAGCAATTAAACACTTCAATTTG
* * **
6789 CAGCACTTTAACA-TCTCAATTAA
1 CAGCAATTAAACACT-TCAATTTG
* * * * *
6812 CAACATTTATACACCTCAA-TTA
1 CAGCAATTAAACACTTCAATTTG
** * * *
6834 CAGTGATAAAACA-TCTCAATGTC
1 CAGCAATTAAACACT-TCAATTTG
*
6857 CAGCAAATAAACACTTCAATTTG
1 CAGCAATTAAACACTTCAATTTG
* * *
6880 CAGTACTTAAACACTTCAATTTA
1 CAGCAATTAAACACTTCAATTTG
* * *
6903 CAACATTTAAGCACTTCAATTT
1 CAGCAATTAAACACTTCAATTT
6925 TGATGAAGTT
Statistics
Matches: 5184, Mismatches: 1337, Indels: 590
0.73 0.19 0.08
Matches are distributed among these distances:
17 15 0.00
18 1 0.00
19 1 0.00
20 42 0.01
21 180 0.03
22 872 0.17
23 3932 0.76
24 139 0.03
25 2 0.00
ACGTcount: A:0.37, C:0.24, G:0.07, T:0.32
Consensus pattern (23 bp):
CAGCAATTAAACACTTCAATTTG
Found at i:128 original size:46 final size:46
Alignment explanation
Indices: 1--6924 Score: 5083
Period size: 46 Copynumber: 152.4 Consensus size: 46
* * * *
1 ATTTAAGCACTTCAATTTGCAGCACTTTAA-A-TCTCAATTAACAAC
1 ATTTAAACACTTCAATTTGCAGCACTTAAACACT-TCAATTTACAGC
* * * * *
46 ATTTATACACCTCAA-TTACAGCGA--TAAACA-TCTCAATGTCCAGC
1 ATTTAAACACTTCAATTTGCAGC-ACTTAAACACT-TCAATTTACAGC
** * * *
90 AACTAAACACTTCAATTTGCAGTACTTAAACACTTCAATTTGCAAC
1 ATTTAAACACTTCAATTTGCAGCACTTAAACACTTCAATTTACAGC
* * * *
136 ATTTAAGCACTTCAATTTACAGCATTTAAACACTTCAATTTGCAGC
1 ATTTAAACACTTCAATTTGCAGCACTTAAACACTTCAATTTACAGC
* *
182 ATTCAAACACTTCAATTTGCAGCACTTTAACACTTCAATTTACAGC
1 ATTTAAACACTTCAATTTGCAGCACTTAAACACTTCAATTTACAGC
* ** * *
228 ATTTAAGCACTTCAATTTGCAGCACTTTTACA-TCTCAA-TTAAAAC
1 ATTTAAACACTTCAATTTGCAGCACTTAAACACT-TCAATTTACAGC
* * * * * *
273 A-TTATACACCTCAA-TTACAGCGA-TAAAACA-TCTCAATGTCCAGC
1 ATTTAAACACTTCAATTTGCAGC-ACTTAAACACT-TCAATTTACAGC
** * * *
317 AACTAAACACTTCAATTTGCAGTACTTAAACACTTCAA-TTGCAAC
1 ATTTAAACACTTCAATTTGCAGCACTTAAACACTTCAATTTACAGC
* * * * *
362 ATTTAAGCACATCAATTTACAGCATTTAAACACTTCAATTT-TAGC
1 ATTTAAACACTTCAATTTGCAGCACTTAAACACTTCAATTTACAGC
* *
407 ATTCAAACACTTCAATTTGCAGCACTTTAACACTTCAATTTACAGC
1 ATTTAAACACTTCAATTTGCAGCACTTAAACACTTCAATTTACAGC
* ** * *
453 ATTTAAGCACTTCAATTTGCAGCACTTTTACA-TCTCAATTAACAAC
1 ATTTAAACACTTCAATTTGCAGCACTTAAACACT-TCAATTTACAGC
* * * * * *
499 ATTTATACACCTCAA-TTACAGCGA-TAAAACA-TCTCAATGTCCAGC
1 ATTTAAACACTTCAATTTGCAGC-ACTTAAACACT-TCAATTTACAGC
** * * * *
544 AACTAAACACTTCAATTTTCAGTACTTAAACACTTCAATTTGCAAC
1 ATTTAAACACTTCAATTTGCAGCACTTAAACACTTCAATTTACAGC
* * * *
590 ATTTAAGCACTTCAATTTACAGCATTTAAACACTTCAATTTGCAGC
1 ATTTAAACACTTCAATTTGCAGCACTTAAACACTTCAATTTACAGC
* *
636 ATTCAAACACTTCAATTTGCAGCACTTTAACACTTCAATTTACAGC
1 ATTTAAACACTTCAATTTGCAGCACTTAAACACTTCAATTTACAGC
* ** * *
682 ATTTAAGCACTTCAATTTGCAGCACTTTTACA-TCTCAATTAACAAC
1 ATTTAAACACTTCAATTTGCAGCACTTAAACACT-TCAATTTACAGC
* * * * * *
728 ATTTATACACCTCAA-TTACAGCGA-TAAAACA-TCTCAATGTCCAGC
1 ATTTAAACACTTCAATTTGCAGC-ACTTAAACACT-TCAATTTACAGC
** * * *
773 AACTAAACACTTCAATTTGCAGTACTTAAACACTTCAA-TTGCAAC
1 ATTTAAACACTTCAATTTGCAGCACTTAAACACTTCAATTTACAGC
* * *
818 ATTTAAGCACTTCAATTTACAGCATTTAAACACTTCAATTT--AGC
1 ATTTAAACACTTCAATTTGCAGCACTTAAACACTTCAATTTACAGC
* *
862 ATTCAAACACTTCAATTTGCAGCACTTTAACACTTCAATTTACAGC
1 ATTTAAACACTTCAATTTGCAGCACTTAAACACTTCAATTTACAGC
* ** * *
908 ATTTAAGCACTTCAATTTGCAGCACTTTTACA-TCTCAATTAACAAC
1 ATTTAAACACTTCAATTTGCAGCACTTAAACACT-TCAATTTACAGC
* * * * * * *
954 ATTTATACACCTCAA-TTACAGTGA-TAAAACA-TCTCAATGTCCAGC
1 ATTTAAACACTTCAATTTGCAG-CACTTAAACACT-TCAATTTACAGC
** * * * *
999 AACTAAACACTTCAATTTTCAGTACTTAAACACTTCAATTTGCAAC
1 ATTTAAACACTTCAATTTGCAGCACTTAAACACTTCAATTTACAGC
* * *
1045 ATTTAAGCACTTCAATTTACAGCATTTAAACACTTCAATTT--AGC
1 ATTTAAACACTTCAATTTGCAGCACTTAAACACTTCAATTTACAGC
* *
1089 ATTCAAACACTTCAATTTGCA--ACTTTAACACTTCAATTTACAGC
1 ATTTAAACACTTCAATTTGCAGCACTTAAACACTTCAATTTACAGC
* * ** * *
1133 ATTTAAGCACTTCAATTTCCAGCACTTTTACA-TCTCAATTAACAAC
1 ATTTAAACACTTCAATTTGCAGCACTTAAACACT-TCAATTTACAGC
* * * * * *
1179 ATTTATACACCTCAA-TTACAGCGAC-AAAACA-TCTCAATGTCCAGC
1 ATTTAAACACTTCAATTTGCAGC-ACTTAAACACT-TCAATTTACAGC
** * * * *
1224 AACTAAACACTTCAATTTTCAG-TCTTAAACACTTCAATTTGCAAC
1 ATTTAAACACTTCAATTTGCAGCACTTAAACACTTCAATTTACAGC
* * * *
1269 ATTTAAGCACTTCAATTTACAGCATTTAAACACTTCAATTT-TAGC
1 ATTTAAACACTTCAATTTGCAGCACTTAAACACTTCAATTTACAGC
* *
1314 ATTCAAACACTTCAATTTGCAGCACTTTAACACTTCAATTTACAGC
1 ATTTAAACACTTCAATTTGCAGCACTTAAACACTTCAATTTACAGC
* ** * *
1360 ATTTAAGCACTTCAATTTGCAGCACTTTTACA-TCTCAATTAACAAC
1 ATTTAAACACTTCAATTTGCAGCACTTAAACACT-TCAATTTACAGC
* * * * * * *
1406 ATTTATACACCTCAA-TTACAGCGA-TAAAACA-TCTCCATGTCCAGC
1 ATTTAAACACTTCAATTTGCAGC-ACTTAAACACT-TCAATTTACAGC
** * * * * *
1451 AACTAAACACTTCAATTTACAGTAGTTAAACACTTCAATTTGCAAC
1 ATTTAAACACTTCAATTTGCAGCACTTAAACACTTCAATTTACAGC
* * * *
1497 ATTTAAGCACTTCAATTTACAGCATTTAAACACTTCAATTTGCAGC
1 ATTTAAACACTTCAATTTGCAGCACTTAAACACTTCAATTTACAGC
* *
1543 ATTCAAACACTTCAATTTGCAGCACTTTAACACTTCAATTTACAGC
1 ATTTAAACACTTCAATTTGCAGCACTTAAACACTTCAATTTACAGC
* ** * *
1589 ATTTAAGCACTTCAATTTGCAGCACTTTTACA-TCTCAATTAACAAC
1 ATTTAAACACTTCAATTTGCAGCACTTAAACACT-TCAATTTACAGC
* * * * * *
1635 ATTTATACACCTCAA-TTACAGCGA-TAAAACA-TCTCAATGTCCAGC
1 ATTTAAACACTTCAATTTGCAGC-ACTTAAACACT-TCAATTTACAGC
** * * *
1680 AACTAAACACTTCAATTTGCAGTACTTAAACACTTCAATTTGCAAC
1 ATTTAAACACTTCAATTTGCAGCACTTAAACACTTCAATTTACAGC
* * * *
1726 ATTTAAGCACTTCAATTTACAGCATTTAAACACTTCAATTTATAGC
1 ATTTAAACACTTCAATTTGCAGCACTTAAACACTTCAATTTACAGC
* *
1772 ATTCAAACACTTCAA-TTGCAGCACTTTAACACTTCAATTTACAGC
1 ATTTAAACACTTCAATTTGCAGCACTTAAACACTTCAATTTACAGC
* ** * *
1817 ATTTAAGCACTTCAATTTGCAGCACTTTTACA-TCTCAATTAACA-A
1 ATTTAAACACTTCAATTTGCAGCACTTAAACACT-TCAATTTACAGC
* * * * * *
1862 ATTTATACACCTCAA-TTACAGCGA-TAAAACA-TCTCAATGTCCAGC
1 ATTTAAACACTTCAATTTGCAGC-ACTTAAACACT-TCAATTTACAGC
** * * * *
1907 AACTAAACACTTCAATTTTCAGTACTTAAACACTTCAATTTGCAAC
1 ATTTAAACACTTCAATTTGCAGCACTTAAACACTTCAATTTACAGC
* * *
1953 ATTTAAGCACTTCAATTTACAGCATTTAAACACTTCAATTT--AGC
1 ATTTAAACACTTCAATTTGCAGCACTTAAACACTTCAATTTACAGC
* *
1997 ATTCAAACACTTCAATTTGCAACACTTTAAA-ACTTCAATTTACAGC
1 ATTTAAACACTTCAATTTGCAGCAC-TTAAACACTTCAATTTACAGC
* ** * *
2043 ATTTAAGCACTTCAATTTGCAGCACTTTTACA-TCTCAATTAACAAC
1 ATTTAAACACTTCAATTTGCAGCACTTAAACACT-TCAATTTACAGC
* * * * * * *
2089 ATTTATACACCTCAA-TTACAGCGA-TAAAACATCTCCAATGTCCAGC
1 ATTTAAACACTTCAATTTGCAGC-ACTTAAACA-CTTCAATTTACAGC
** * * *
2135 AACTAAACACTTCAATTTGCAG-TCTTAAACACTTCAATTTGCAAC
1 ATTTAAACACTTCAATTTGCAGCACTTAAACACTTCAATTTACAGC
* * * *
2180 ATTTAAGCACTTCAATTTACAGCATTTAAA-ACTTCAATTTGCAGC
1 ATTTAAACACTTCAATTTGCAGCACTTAAACACTTCAATTTACAGC
* * * *
2225 ATTCAAACACTTCAATTT-CAGCATTTAAGCACTTCAATTTGCAGC
1 ATTTAAACACTTCAATTTGCAGCACTTAAACACTTCAATTTACAGC
* ** * * * *
2270 ACTTT-TACA-TCTCAATTAACAACATTTATACACCTCAA-TTACAGC
1 A-TTTAAACACT-TCAATTTGCAGCACTTAAACACTTCAATTTACAGC
* * * * *
2315 GA-TAAAACA-TCTCAATGTCCAGCAAC-TAAACACTTCAATTTGCAAC
1 -ATTTAAACACT-TCAATTTGCAGC-ACTTAAACACTTCAATTTACAGC
* * * * *
2361 ATTTAAGCACTTCAATTTACAGCATTTAAACAATTCAATTTGCAGC
1 ATTTAAACACTTCAATTTGCAGCACTTAAACACTTCAATTTACAGC
* * *
2407 ATTCAAACACTTCAATTTGTAGCACTTTAACACTTCAATTTACAGC
1 ATTTAAACACTTCAATTTGCAGCACTTAAACACTTCAATTTACAGC
* ** * *
2453 ATTTAAGCACTTCAATTTGCAGCACTTTTACA-TCTCAATTAACAAC
1 ATTTAAACACTTCAATTTGCAGCACTTAAACACT-TCAATTTACAGC
* * * * * *
2499 ATTTATACACCTCAA-TTACAGCGA-TAAAACA-TCTCAATGTCCAGC
1 ATTTAAACACTTCAATTTGCAGC-ACTTAAACACT-TCAATTTACAGC
** * * *
2544 AACTAAACACTTCAATTTGCAGTACTTAAACACTTCAATTTGCAAC
1 ATTTAAACACTTCAATTTGCAGCACTTAAACACTTCAATTTACAGC
* * * **
2590 ATTTAAGCACTTCAATTTACAGCATTTAAACACTTCAATTTGTAGC
1 ATTTAAACACTTCAATTTGCAGCACTTAAACACTTCAATTTACAGC
* *
2636 ATTCAAACAC-TCAATTTGCAGCACTTTAACACTTCAATTTACAGC
1 ATTTAAACACTTCAATTTGCAGCACTTAAACACTTCAATTTACAGC
* ** *
2681 ATTTAAGCACTTCAATTTGCAGCACTTTTACA-TCTCAATTAACA--
1 ATTTAAACACTTCAATTTGCAGCACTTAAACACT-TCAATTTACAGC
* * * * * *
2725 ATTTATACACCTCAA-TTACAGCGA-TAAAACA-TCTCAATGTCCAGC
1 ATTTAAACACTTCAATTTGCAGC-ACTTAAACACT-TCAATTTACAGC
** * * *
2770 AACTAAACACTTCAATTT-CAGTACTTAAACACTTCAATTTGCAAC
1 ATTTAAACACTTCAATTTGCAGCACTTAAACACTTCAATTTACAGC
* * * **
2815 ATTTAAGCACTTCAATTTACAGCATTTAAACACTTCAATTTGTAGC
1 ATTTAAACACTTCAATTTGCAGCACTTAAACACTTCAATTTACAGC
*
2861 ATTCAAACACTTCAATTT---GCAC---AACACTTCAATTTACAGC
1 ATTTAAACACTTCAATTTGCAGCACTTAAACACTTCAATTTACAGC
* * ** * *
2901 ATTTAAGCACTTCAATTTGCTGCACTTTTACA-TCTCAATTAACAAC
1 ATTTAAACACTTCAATTTGCAGCACTTAAACACT-TCAATTTACAGC
* * * * * *
2947 ATTTATACACCTCAA-TTACAGCGA--TACAACA-TCTCCATGTCCAGC
1 ATTTAAACACTTCAATTTGCAGC-ACTTA-AACACT-TCAATTTACAGC
** * * *
2992 AACTAAACACTTCAATTTGCAGTACTTAAACACTTCAATTTGCAAC
1 ATTTAAACACTTCAATTTGCAGCACTTAAACACTTCAATTTACAGC
* * *
3038 ATTTAAGCACTTCAATTTACAGCATTTAAACACTTCAATTT--AGC
1 ATTTAAACACTTCAATTTGCAGCACTTAAACACTTCAATTTACAGC
* *
3082 ATTCAAACACTTCAA-TTGCAGCACTTTAACACTTCAATTTACAGC
1 ATTTAAACACTTCAATTTGCAGCACTTAAACACTTCAATTTACAGC
* ** * *
3127 ATTTAAGCACTTCAATTT---GCACTTTTACA-TCTCAATTAACAAC
1 ATTTAAACACTTCAATTTGCAGCACTTAAACACT-TCAATTTACAGC
* * * * * *
3170 ATTTATACACCTCAA-TTACAGCGA-TAAAACA-TCTCAATGTCCAGC
1 ATTTAAACACTTCAATTTGCAGC-ACTTAAACACT-TCAATTTACAGC
** * * *
3215 AACTAAACACTTCAATTTGCAGTACTTAAACACTTCAATTTGCAAC
1 ATTTAAACACTTCAATTTGCAGCACTTAAACACTTCAATTTACAGC
* * *
3261 ATTTAAGCACTTCAATTTACAGCATTTAAACACTTCAATTT--AGC
1 ATTTAAACACTTCAATTTGCAGCACTTAAACACTTCAATTTACAGC
* *
3305 A-TTCAACACTTCAATTTGCAGCACTTTAACACTTCAATTTACAGC
1 ATTTAAACACTTCAATTTGCAGCACTTAAACACTTCAATTTACAGC
* ** * *
3350 ATTTAAGCACTTCAATTTGCAGCACTTTTACA-TCTCAATTAACAAC
1 ATTTAAACACTTCAATTTGCAGCACTTAAACACT-TCAATTTACAGC
* * * * * *
3396 ATTTATACACCTCAA-TTACAGCGA-TAAAACA-TCTCAATGTCCAGC
1 ATTTAAACACTTCAATTTGCAGC-ACTTAAACACT-TCAATTTACAGC
** * * *
3441 AACTAAACACTTCAATTT-CAGTACTTAAACACTTCAATTTGCAAC
1 ATTTAAACACTTCAATTTGCAGCACTTAAACACTTCAATTTACAGC
* * * * *
3486 ATTTAAGCACATCAATTTACAGCATTTAAACACTTCAATTTATAGC
1 ATTTAAACACTTCAATTTGCAGCACTTAAACACTTCAATTTACAGC
* *
3532 ATTCAAACACTTCAATTTGCAGCACTTTAACACTTCAATTTACAGC
1 ATTTAAACACTTCAATTTGCAGCACTTAAACACTTCAATTTACAGC
* ** * *
3578 ATTTAAGCACTTCAATTTGCAGCACTTTTACA-TCTCAATTAACAAC
1 ATTTAAACACTTCAATTTGCAGCACTTAAACACT-TCAATTTACAGC
* * * * * * *
3624 ATTTATACACCTCAA-TTACAGCGA-TAAAACA-TCTCCATGTCCAGC
1 ATTTAAACACTTCAATTTGCAGC-ACTTAAACACT-TCAATTTACAGC
** * *
3669 AACTAAACACTTCAATTT-CAGTC-CTTAAACACTTCAATTTGCAAC
1 ATTTAAACACTTCAATTTGCAG-CACTTAAACACTTCAATTTACAGC
* * * * **
3714 ATTTAAGCACTTCAATTTACAGCATTTAAAAACTTCAATTTGTAGC
1 ATTTAAACACTTCAATTTGCAGCACTTAAACACTTCAATTTACAGC
* *
3760 ATTCAAACACTTCAATTTGCAGCACTTTAACACTTCAATTTACAGC
1 ATTTAAACACTTCAATTTGCAGCACTTAAACACTTCAATTTACAGC
* ** * *
3806 ATTTAAGCACTTCAATTTGCAGCACTTTTACA-TCTCAATTAACAAC
1 ATTTAAACACTTCAATTTGCAGCACTTAAACACT-TCAATTTACAGC
* * * * * *
3852 ATTTATACACCTCAA-TTACAGCGA-TAAAACA-TCTCAATGTCCAGC
1 ATTTAAACACTTCAATTTGCAGC-ACTTAAACACT-TCAATTTACAGC
** * * * * * *
3897 AACTAAACACTTTAATTTACAGTAGTTAAACACTTCAATTTGCAAC
1 ATTTAAACACTTCAATTTGCAGCACTTAAACACTTCAATTTACAGC
* * * *
3943 ATTTAAGCACTTCAATTTACAGCATTTAAACACTTCAATTTGCAGC
1 ATTTAAACACTTCAATTTGCAGCACTTAAACACTTCAATTTACAGC
* *
3989 ATTCAAACACTTCAATTTGCAGCACTTTAACACTTCAATTTACAGC
1 ATTTAAACACTTCAATTTGCAGCACTTAAACACTTCAATTTACAGC
* * * *
4035 ATTTAAGCACTTCAATTTGCAGCACTTTAACA-TCTCAATTAACAAC
1 ATTTAAACACTTCAATTTGCAGCACTTAAACACT-TCAATTTACAGC
* * * * * *
4081 ATTTATACACCTCAA-TTACAGCGA-TAAAACA-TCTCAATGTCCAGC
1 ATTTAAACACTTCAATTTGCAGC-ACTTAAACACT-TCAATTTACAGC
* * * *
4126 A-ATAAACACTTCAATTTGCAGTACTTAAACACTTCAATTTGCAAC
1 ATTTAAACACTTCAATTTGCAGCACTTAAACACTTCAATTTACAGC
* * * **
4171 ATTTAAGCACTTCAATTTACAGCATTTAAACACTTCAATTTGTAGC
1 ATTTAAACACTTCAATTTGCAGCACTTAAACACTTCAATTTACAGC
* *
4217 ATTCAAACACTTCAA-TTGCAGCACTTTAACACTTCAATTTACAGC
1 ATTTAAACACTTCAATTTGCAGCACTTAAACACTTCAATTTACAGC
* ** * *
4262 ATTTAAGCACTTCAATTTGCAGCACTTTTACA-TCTCAATTAACAAC
1 ATTTAAACACTTCAATTTGCAGCACTTAAACACT-TCAATTTACAGC
* * * * * *
4308 ATTTATACACCTCAA-TTACAGCGA-TAAAACA-TCTCAATGTCCAGC
1 ATTTAAACACTTCAATTTGCAGC-ACTTAAACACT-TCAATTTACAGC
** * * *
4353 AACTAAACACTTCAATTTGCAGTACTTAAA-ACTTCAATTTGCAAC
1 ATTTAAACACTTCAATTTGCAGCACTTAAACACTTCAATTTACAGC
* * * *
4398 ATTTAAGCACTTCAATTTACAGCATTTAAACACTTTCAATTTGCAGC
1 ATTTAAACACTTCAATTTGCAGCACTTAAACAC-TTCAATTTACAGC
* *
4445 ATTCAAACACTTCAATTTGCA--ACTTTAACACTTCAATTTACAGC
1 ATTTAAACACTTCAATTTGCAGCACTTAAACACTTCAATTTACAGC
* ** * *
4489 ATTTAAGCACTTCAATTTGCAGCACTTTTACA-TCTCAATTAACAAC
1 ATTTAAACACTTCAATTTGCAGCACTTAAACACT-TCAATTTACAGC
* * * * * *
4535 ATTTATACACCTCAA-TTACAGCGA-TAAAACA-TCTCAATGTCCAGC
1 ATTTAAACACTTCAATTTGCAGC-ACTTAAACACT-TCAATTTACAGC
** * * *
4580 A-ACAAACACTTCAATTTTGCAGTACTTAAACACTTCAATTTGCAAC
1 ATTTAAACACTTCAA-TTTGCAGCACTTAAACACTTCAATTTACAGC
* * * *
4626 ATTTAAGCACATCAATTTACAGCATTTAAACACTTCAATTT--AGC
1 ATTTAAACACTTCAATTTGCAGCACTTAAACACTTCAATTTACAGC
* * *
4670 ATTCAAACACTTCAATTTGCAACACTTTAACACTTCAATTTACAGC
1 ATTTAAACACTTCAATTTGCAGCACTTAAACACTTCAATTTACAGC
* * * *
4716 ATTTAAGCACTTCAATTTGCAGCACTT-TACA-TCTCAATTAACAAC
1 ATTTAAACACTTCAATTTGCAGCACTTAAACACT-TCAATTTACAGC
* * * * * * *
4761 ATTTATACACCTCAA-TTACAGCGA-TAAAACA-TCTCCATGTCCAGC
1 ATTTAAACACTTCAATTTGCAGC-ACTTAAACACT-TCAATTTACAGC
** * * *
4806 AACTAAACACTACAATTT-CAG-TCTTAAACACTTCAATTTGA-AAC
1 ATTTAAACACTTCAATTTGCAGCACTTAAACACTTCAATTT-ACAGC
* * * * *
4850 ATTTAAGCACTTCAATTTACAGCATTTAAACACTTCAATTTGCACC
1 ATTTAAACACTTCAATTTGCAGCACTTAAACACTTCAATTTACAGC
* *
4896 ATTCAAACACTTCAATTTGCAGCACTTTAACACTTCAATTTACAGC
1 ATTTAAACACTTCAATTTGCAGCACTTAAACACTTCAATTTACAGC
* * * *
4942 ATTTAAGCACTTCAATTTGCAGCACTT-TACA-TCTCAATTAACAAC
1 ATTTAAACACTTCAATTTGCAGCACTTAAACACT-TCAATTTACAGC
* * * * * * *
4987 ATTTATACACCTCAA-TTACAGCGA-TAAAACA-TCTCCATGTCCAGC
1 ATTTAAACACTTCAATTTGCAGC-ACTTAAACACT-TCAATTTACAGC
** * * * * *
5032 AACTAAACACTTTAATTTAG-AGTAGTTAAACACTTCAATTTGCAAC
1 ATTTAAACACTTCAATTT-GCAGCACTTAAACACTTCAATTTACAGC
* * * * *
5078 ATTTTAGCACTTCAATTTACAGCATTTAAACACTTCAATTTGCAGC
1 ATTTAAACACTTCAATTTGCAGCACTTAAACACTTCAATTTACAGC
* *
5124 ATTCAAACACTTCAATTTGCAGCACTTTAACACTTCAATTTACAGC
1 ATTTAAACACTTCAATTTGCAGCACTTAAACACTTCAATTTACAGC
* * * *
5170 ATTTAAGCACTTCAATTTGCAGCACTT-TACA-TCTCAATTAACAAC
1 ATTTAAACACTTCAATTTGCAGCACTTAAACACT-TCAATTTACAGC
* * * * * *
5215 ATTTATACACCTCAA-TTACAGCGA-TAAAACA-TCTCAATGTCCAGC
1 ATTTAAACACTTCAATTTGCAGC-ACTTAAACACT-TCAATTTACAGC
** * * *
5260 AACTAAACACTTCAATTTGCAGTACTTAAACACTTCAATTTGCAAC
1 ATTTAAACACTTCAATTTGCAGCACTTAAACACTTCAATTTACAGC
* * * *
5306 ATTTAAGCACTTCAATTTACAGCATTTAAACACTTCAATTTGCAGC
1 ATTTAAACACTTCAATTTGCAGCACTTAAACACTTCAATTTACAGC
* *
5352 ATTCAAACACTTCAATTTGCAGCACTTTAACACTTCAATTTACAGC
1 ATTTAAACACTTCAATTTGCAGCACTTAAACACTTCAATTTACAGC
* * ** * * **
5398 ATTTAAGCAGTTCAATTTGCAGCACTTTTACA-TCTCAATTAAAAAA
1 ATTTAAACACTTCAATTTGCAGCACTTAAACACT-TCAATTTACAGC
* * * * * *
5444 ATTTATACACCTCAA-TTACAGCGA-TAAAACA-TCTCAATGTCCAGC
1 ATTTAAACACTTCAATTTGCAGC-ACTTAAACACT-TCAATTTACAGC
** * * *
5489 AACTAAACACTTCAATTTGCAGTACTTAAACACTTCAATTTGCAAC
1 ATTTAAACACTTCAATTTGCAGCACTTAAACACTTCAATTTACAGC
* * * * *
5535 ATTTAAGCACATCAATTTACAGCATTTAAACACTTCAATTTATAGC
1 ATTTAAACACTTCAATTTGCAGCACTTAAACACTTCAATTTACAGC
* *
5581 ATTCAAACACTTCAATTTGCAGCACTTTAACACTTCAATTTACAGC
1 ATTTAAACACTTCAATTTGCAGCACTTAAACACTTCAATTTACAGC
* ** * * **
5627 ATTTAAGCACTTCAATTTGCAGCACTTTTACA-TCTCAATTAAAAAA
1 ATTTAAACACTTCAATTTGCAGCACTTAAACACT-TCAATTTACAGC
* * * * * *
5673 ATTTATACACCTCAA-TTACAGCGA-TAAAACA-TCTCAATGTCCAGC
1 ATTTAAACACTTCAATTTGCAGC-ACTTAAACACT-TCAATTTACAGC
** * * * *
5718 AACTAAACACTTCAATTTACAGTACTTAAACACTTCAATTTGCAAC
1 ATTTAAACACTTCAATTTGCAGCACTTAAACACTTCAATTTACAGC
* * * * *
5764 ATTTAAGCACTTCAATTTACAGCATTTAAACAATTCAATTTGCAGC
1 ATTTAAACACTTCAATTTGCAGCACTTAAACACTTCAATTTACAGC
* *
5810 ATTCAAACACTTCAATTTGCAGCACTTTAACACTTCAATTTACAGC
1 ATTTAAACACTTCAATTTGCAGCACTTAAACACTTCAATTTACAGC
* * * *
5856 ATTTAAGCACTTCAATTTGCAGCACTT-TACA-TCTCAATTAACAAC
1 ATTTAAACACTTCAATTTGCAGCACTTAAACACT-TCAATTTACAGC
* * * * * *
5901 ATTTATACACCTCAA-TTACAGCGA-TAAAACA-TCTC-ATGTCCAGC
1 ATTTAAACACTTCAATTTGCAGC-ACTTAAACACT-TCAATTTACAGC
** * * *
5945 AACTAAACACTTCAATTT-CAGTACTTAAACACTTCAATTTGCAAC
1 ATTTAAACACTTCAATTTGCAGCACTTAAACACTTCAATTTACAGC
* * * *
5990 ATTTAAGCACTTCAATTTACAGCATTTAAACACTTCAATTTGCAGC
1 ATTTAAACACTTCAATTTGCAGCACTTAAACACTTCAATTTACAGC
* * *
6036 ATTCAAACACTTCAATTTGCAGCACTTTAACACTTCAATTTAAAGC
1 ATTTAAACACTTCAATTTGCAGCACTTAAACACTTCAATTTACAGC
* ** * * **
6082 ATTTAAGCACTTCAATTTGCAGCACTTTTACA-TCTCAATTAAAAAA
1 ATTTAAACACTTCAATTTGCAGCACTTAAACACT-TCAATTTACAGC
* * * * * *
6128 ATTTATACACCTCAA-TTACAGCGA-TAAAACA-TCTCAATGTCCAGC
1 ATTTAAACACTTCAATTTGCAGC-ACTTAAACACT-TCAATTTACAGC
** * * *
6173 AACTAAACACTTCAATTTGCAGTACTTAAACACTTCAATTTGCAAC
1 ATTTAAACACTTCAATTTGCAGCACTTAAACACTTCAATTTACAGC
* * * * *
6219 ATTTAAGCACAGTCAATTTACAGCATTTAAACACTTCAATTTATAGC
1 ATTTAAACAC-TTCAATTTGCAGCACTTAAACACTTCAATTTACAGC
* * * **
6266 ATTCAAACACTTCAATTTGCAACAGTTTCACACTTCAATTTACAGC
1 ATTTAAACACTTCAATTTGCAGCACTTAAACACTTCAATTTACAGC
* ** * *
6312 ATTTAAGCACTTCAATTTGCAGCACTTTTACA-TCTCAATTAACAAC
1 ATTTAAACACTTCAATTTGCAGCACTTAAACACT-TCAATTTACAGC
* * * * * * *
6358 ATTTATACACCTCAA-TTACAGCGA-TAAAACA-TCTCCATGTCCAGC
1 ATTTAAACACTTCAATTTGCAGC-ACTTAAACACT-TCAATTTACAGC
** * * * * *
6403 AACTAAACACTACAATTTTCAGTC-CTTAAAAACTTCAATTTGCAAC
1 ATTTAAACACTTCAATTTGCAG-CACTTAAACACTTCAATTTACAGC
* * * * **
6449 ATTTAAGCACTTCAATTTACAGCATTTAAAAACTTCAATTTGTAGC
1 ATTTAAACACTTCAATTTGCAGCACTTAAACACTTCAATTTACAGC
* *
6495 ATTCAAACACTTCAATTTGCAGCACTTTAACACTTCAATTTACAGC
1 ATTTAAACACTTCAATTTGCAGCACTTAAACACTTCAATTTACAGC
* * * * *
6541 ATTTAAGA-ACTTCAATTTGTAGCACTCT-TACA-TCTCAAATAACAAC
1 ATTTAA-ACACTTCAATTTGCAGCACT-TAAACACT-TCAATTTACAGC
* * * * * *
6587 ATTTATACAC--CTATATTACAGCGA-TAAAACA-TCTCAATGTCCAGC
1 ATTTAAACACTTCAAT-TTGCAGC-ACTTAAACACT-TCAATTTACAGC
** * * * * * *
6632 AACTAAACACTTTAATTTAG-AGTAGTTAAACACTTTAATTTGCAAC
1 ATTTAAACACTTCAATTT-GCAGCACTTAAACACTTCAATTTACAGC
* * * * *
6678 ATTTTAGCACTTCAATTTACAGCATTTAAACACTTCAATTTGCAGC
1 ATTTAAACACTTCAATTTGCAGCACTTAAACACTTCAATTTACAGC
* * * *
6724 ATTCAAACACTTCAATTTGCAGCACTTTAACAATTCAATTTACAAC
1 ATTTAAACACTTCAATTTGCAGCACTTAAACACTTCAATTTACAGC
* * * *
6770 ATTTAAGCACTTCAATTTGCAGCACTTTAACA-TCTCAATTAACAAC
1 ATTTAAACACTTCAATTTGCAGCACTTAAACACT-TCAATTTACAGC
* * * * * * *
6816 ATTTATACACCTCAA-TTACAGTGA-TAAAACA-TCTCAATGTCCAGC
1 ATTTAAACACTTCAATTTGCAG-CACTTAAACACT-TCAATTTACAGC
** * *
6861 AAATAAACACTTCAATTTGCAGTACTTAAACACTTCAATTTACAAC
1 ATTTAAACACTTCAATTTGCAGCACTTAAACACTTCAATTTACAGC
*
6907 ATTTAAGCACTTCAATTT
1 ATTTAAACACTTCAATTT
6925 TGATGAAGTT
Statistics
Matches: 5402, Mismatches: 1236, Indels: 481
0.76 0.17 0.07
Matches are distributed among these distances:
40 32 0.01
42 19 0.00
43 134 0.02
44 397 0.07
45 1537 0.28
46 3172 0.59
47 111 0.02
ACGTcount: A:0.37, C:0.24, G:0.07, T:0.32
Consensus pattern (46 bp):
ATTTAAACACTTCAATTTGCAGCACTTAAACACTTCAATTTACAGC
Found at i:166 original size:69 final size:69
Alignment explanation
Indices: 1--6924 Score: 4741
Period size: 69 Copynumber: 101.6 Consensus size: 69
* * * ** * * *
1 ATTTAAGCACTTCAATTTGCAGCACTTTAAA-TC-TCAATTAACAACATTTATACACCTCAA-TT
1 ATTTAAACACTTCAATTTACAGCA-TTTAAACACTTCAATTTGCAGCATTTAAACACTTCAATTT
63 ACAGC
65 ACAGC
* * ** * *
68 GA--TAAACA-TCTCAATGTCCAGCAACTAAACACTTCAATTTGCAGTACTTAAACACTTCAATT
1 -ATTTAAACACT-TCAATTTACAGCATTTAAACACTTCAATTTGCAGCATTTAAACACTTCAATT
* *
130 TGCAAC
64 TACAGC
* * *
136 ATTTAAGCACTTCAATTTACAGCATTTAAACACTTCAATTTGCAGCATTCAAACACTTCAATTTG
1 ATTTAAACACTTCAATTTACAGCATTTAAACACTTCAATTTGCAGCATTTAAACACTTCAATTTA
201 CAGC
66 CAGC
* *
205 ACTTT-AACACTTCAATTTACAGCATTTAAGCACTTCAATTTGCAGCACTTT-TACA-TCTCAA-
1 A-TTTAAACACTTCAATTTACAGCATTTAAACACTTCAATTTGCAGCA-TTTAAACACT-TCAAT
* *
266 TTAAAAC
63 TTACAGC
* * * * * **
273 A-TTATACACCTCAA-TTACAGCGA-TAAAACA-TCTCAATGTCCAGCAACTAAACACTTCAATT
1 ATTTAAACACTTCAATTTACAGC-ATTTAAACACT-TCAATTTGCAGCATTTAAACACTTCAATT
* *
334 TGCAGT
64 TACAGC
* * * * * *
340 ACTTAAACACTTCAA-TTGCAACATTTAAGCACATCAATTTACAGCATTTAAACACTTCAATTT-
1 ATTTAAACACTTCAATTTACAGCATTTAAACACTTCAATTTGCAGCATTTAAACACTTCAATTTA
*
403 TAGC
66 CAGC
* * * *
407 ATTCAAACACTTCAATTTGCAGCACTTT-AACACTTCAATTTACAGCATTTAAGCACTTCAATTT
1 ATTTAAACACTTCAATTTACAGCA-TTTAAACACTTCAATTTGCAGCATTTAAACACTTCAATTT
*
471 GCAGC
65 ACAGC
* * * * * * *
476 ACTTT-TACA-TCTCAATTAACAACATTTATACACCTCAA-TTACAGCGA-TAAAACA-TCTCAA
1 A-TTTAAACACT-TCAATTTACAGCATTTAAACACTTCAATTTGCAGC-ATTTAAACACT-TCAA
* *
536 TGTCCAGC
62 TTTACAGC
** * * * * *
544 AACTAAACACTTCAATTTTCAGTACTTAAACACTTCAATTTGCAACATTTAAGCACTTCAATTTA
1 ATTTAAACACTTCAATTTACAGCATTTAAACACTTCAATTTGCAGCATTTAAACACTTCAATTTA
609 CAGC
66 CAGC
* *
613 ATTTAAACACTTCAATTTGCAGCATTCAAACACTTCAATTTGCAGCACTTT-AACACTTCAATTT
1 ATTTAAACACTTCAATTTACAGCATTTAAACACTTCAATTTGCAGCA-TTTAAACACTTCAATTT
677 ACAGC
65 ACAGC
* * * ** * * *
682 ATTTAAGCACTTCAATTTGCAGCACTTT-TACA-TCTCAATTAACAACATTTATACACCTCAA-T
1 ATTTAAACACTTCAATTTACAGCA-TTTAAACACT-TCAATTTGCAGCATTTAAACACTTCAATT
744 TACAGC
64 TACAGC
* * * ** * *
750 GA-TAAAACA-TCTCAATGTCCAGCAACTAAACACTTCAATTTGCAGTACTTAAACACTTCAA-T
1 -ATTTAAACACT-TCAATTTACAGCATTTAAACACTTCAATTTGCAGCATTTAAACACTTCAATT
* *
812 TGCAAC
64 TACAGC
* * *
818 ATTTAAGCACTTCAATTTACAGCATTTAAACACTTCAATTT--AGCATTCAAACACTTCAATTTG
1 ATTTAAACACTTCAATTTACAGCATTTAAACACTTCAATTTGCAGCATTTAAACACTTCAATTTA
881 CAGC
66 CAGC
* *
885 ACTTT-AACACTTCAATTTACAGCATTTAAGCACTTCAATTTGCAGCACTTT-TACA-TCTCAAT
1 A-TTTAAACACTTCAATTTACAGCATTTAAACACTTCAATTTGCAGCA-TTTAAACACT-TCAAT
* *
947 TAACAAC
63 TTACAGC
* * * * * * **
954 ATTTATACACCTCAA-TTACAGTGA-TAAAACA-TCTCAATGTCCAGCAACTAAACACTTCAATT
1 ATTTAAACACTTCAATTTACAG-CATTTAAACACT-TCAATTTGCAGCATTTAAACACTTCAATT
* *
1016 TTCAGT
64 TACAGC
* * * * *
1022 ACTTAAACACTTCAATTTGCAACATTTAAGCACTTCAATTTACAGCATTTAAACACTTCAATTT-
1 ATTTAAACACTTCAATTTACAGCATTTAAACACTTCAATTTGCAGCATTTAAACACTTCAATTTA
1086 -AGC
66 CAGC
* * * * * *
1089 ATTCAAACACTTCAATTTGCAAC-TTT-AACACTTCAATTTACAGCATTTAAGCACTTCAATTTC
1 ATTTAAACACTTCAATTTACAGCATTTAAACACTTCAATTTGCAGCATTTAAACACTTCAATTTA
1152 CAGC
66 CAGC
* * * * * * **
1156 ACTTT-TACA-TCTCAATTAACAACATTTATACACCTCAA-TTACAGCGA-CAAAACA-TCTCAA
1 A-TTTAAACACT-TCAATTTACAGCATTTAAACACTTCAATTTGCAGC-ATTTAAACACT-TCAA
* *
1216 TGTCCAGC
62 TTTACAGC
** * * *
1224 AACTAAACACTTCAATTTTCAG--TCTTAAACACTTCAATTTGCAACATTTAAGCACTTCAATTT
1 ATTTAAACACTTCAATTTACAGCAT-TTAAACACTTCAATTTGCAGCATTTAAACACTTCAATTT
1287 ACAGC
65 ACAGC
* *
1292 ATTTAAACACTTCAATTT-TAGCATTCAAACACTTCAATTTGCAGCACTTT-AACACTTCAATTT
1 ATTTAAACACTTCAATTTACAGCATTTAAACACTTCAATTTGCAGCA-TTTAAACACTTCAATTT
1355 ACAGC
65 ACAGC
* * * ** * * *
1360 ATTTAAGCACTTCAATTTGCAGCACTTT-TACA-TCTCAATTAACAACATTTATACACCTCAA-T
1 ATTTAAACACTTCAATTTACAGCA-TTTAAACACT-TCAATTTGCAGCATTTAAACACTTCAATT
1422 TACAGC
64 TACAGC
* * * * ** * * *
1428 GA-TAAAACA-TCTCCATGTCCAGCAACTAAACACTTCAATTTACAGTAGTTAAACACTTCAATT
1 -ATTTAAACACT-TCAATTTACAGCATTTAAACACTTCAATTTGCAGCATTTAAACACTTCAATT
* *
1491 TGCAAC
64 TACAGC
* * *
1497 ATTTAAGCACTTCAATTTACAGCATTTAAACACTTCAATTTGCAGCATTCAAACACTTCAATTTG
1 ATTTAAACACTTCAATTTACAGCATTTAAACACTTCAATTTGCAGCATTTAAACACTTCAATTTA
1562 CAGC
66 CAGC
* *
1566 ACTTT-AACACTTCAATTTACAGCATTTAAGCACTTCAATTTGCAGCACTTT-TACA-TCTCAAT
1 A-TTTAAACACTTCAATTTACAGCATTTAAACACTTCAATTTGCAGCA-TTTAAACACT-TCAAT
* *
1628 TAACAAC
63 TTACAGC
* * * * * **
1635 ATTTATACACCTCAA-TTACAGCGA-TAAAACA-TCTCAATGTCCAGCAACTAAACACTTCAATT
1 ATTTAAACACTTCAATTTACAGC-ATTTAAACACT-TCAATTTGCAGCATTTAAACACTTCAATT
* *
1697 TGCAGT
64 TACAGC
* * * * *
1703 ACTTAAACACTTCAATTTGCAACATTTAAGCACTTCAATTTACAGCATTTAAACACTTCAATTTA
1 ATTTAAACACTTCAATTTACAGCATTTAAACACTTCAATTTGCAGCATTTAAACACTTCAATTTA
*
1768 TAGC
66 CAGC
* * * *
1772 ATTCAAACACTTCAA-TTGCAGCACTTT-AACACTTCAATTTACAGCATTTAAGCACTTCAATTT
1 ATTTAAACACTTCAATTTACAGCA-TTTAAACACTTCAATTTGCAGCATTTAAACACTTCAATTT
*
1835 GCAGC
65 ACAGC
* * * * * * *
1840 ACTTT-TACA-TCTCAATTAACA-AATTTATACACCTCAA-TTACAGCGA-TAAAACA-TCTCAA
1 A-TTTAAACACT-TCAATTTACAGCATTTAAACACTTCAATTTGCAGC-ATTTAAACACT-TCAA
* *
1899 TGTCCAGC
62 TTTACAGC
** * * * * *
1907 AACTAAACACTTCAATTTTCAGTACTTAAACACTTCAATTTGCAACATTTAAGCACTTCAATTTA
1 ATTTAAACACTTCAATTTACAGCATTTAAACACTTCAATTTGCAGCATTTAAACACTTCAATTTA
1972 CAGC
66 CAGC
* *
1976 ATTTAAACACTTCAATTT--AGCATTCAAACACTTCAATTTGCAACACTTTAAA-ACTTCAATTT
1 ATTTAAACACTTCAATTTACAGCATTTAAACACTTCAATTTGCAGCA-TTTAAACACTTCAATTT
2038 ACAGC
65 ACAGC
* * * ** * * *
2043 ATTTAAGCACTTCAATTTGCAGCACTTT-TACA-TCTCAATTAACAACATTTATACACCTCAA-T
1 ATTTAAACACTTCAATTTACAGCA-TTTAAACACT-TCAATTTGCAGCATTTAAACACTTCAATT
2105 TACAGC
64 TACAGC
* * * * **
2111 GA-TAAAACATCTCCAATGTCCAGCAACTAAACACTTCAATTTGCAG--TCTTAAACACTTCAAT
1 -ATTTAAACA-CTTCAATTTACAGCATTTAAACACTTCAATTTGCAGCAT-TTAAACACTTCAAT
* *
2173 TTGCAAC
63 TTACAGC
* *
2180 ATTTAAGCACTTCAATTTACAGCATTTAAA-ACTTCAATTTGCAGCATTCAAACACTTCAATTT-
1 ATTTAAACACTTCAATTTACAGCATTTAAACACTTCAATTTGCAGCATTTAAACACTTCAATTTA
2243 CAGC
66 CAGC
* * * ** * * *
2247 ATTTAAGCACTTCAATTTGCAGCACTTT-TACA-TCTCAATTAACAACATTTATACACCTCAA-T
1 ATTTAAACACTTCAATTTACAGCA-TTTAAACACT-TCAATTTGCAGCATTTAAACACTTCAATT
2309 TACAGC
64 TACAGC
* * * ** * *
2315 GA-TAAAACA-TCTCAATGTCCAGCAACTAAACACTTCAATTTGCAACATTTAAGCACTTCAATT
1 -ATTTAAACACT-TCAATTTACAGCATTTAAACACTTCAATTTGCAGCATTTAAACACTTCAATT
2378 TACAGC
64 TACAGC
* * * *
2384 ATTTAAACAATTCAATTTGCAGCATTCAAACACTTCAATTTGTAGCACTTT-AACACTTCAATTT
1 ATTTAAACACTTCAATTTACAGCATTTAAACACTTCAATTTGCAGCA-TTTAAACACTTCAATTT
2448 ACAGC
65 ACAGC
* * * ** * * *
2453 ATTTAAGCACTTCAATTTGCAGCACTTT-TACA-TCTCAATTAACAACATTTATACACCTCAA-T
1 ATTTAAACACTTCAATTTACAGCA-TTTAAACACT-TCAATTTGCAGCATTTAAACACTTCAATT
2515 TACAGC
64 TACAGC
* * * ** * *
2521 GA-TAAAACA-TCTCAATGTCCAGCAACTAAACACTTCAATTTGCAGTACTTAAACACTTCAATT
1 -ATTTAAACACT-TCAATTTACAGCATTTAAACACTTCAATTTGCAGCATTTAAACACTTCAATT
* *
2584 TGCAAC
64 TACAGC
* * * *
2590 ATTTAAGCACTTCAATTTACAGCATTTAAACACTTCAATTTGTAGCATTCAAACAC-TCAATTTG
1 ATTTAAACACTTCAATTTACAGCATTTAAACACTTCAATTTGCAGCATTTAAACACTTCAATTTA
2654 CAGC
66 CAGC
* *
2658 ACTTT-AACACTTCAATTTACAGCATTTAAGCACTTCAATTTGCAGCACTTT-TACA-TCTCAAT
1 A-TTTAAACACTTCAATTTACAGCATTTAAACACTTCAATTTGCAGCA-TTTAAACACT-TCAAT
*
2720 TAACA--
63 TTACAGC
* * * * * **
2725 ATTTATACACCTCAA-TTACAGCGA-TAAAACA-TCTCAATGTCCAGCAACTAAACACTTCAATT
1 ATTTAAACACTTCAATTTACAGC-ATTTAAACACT-TCAATTTGCAGCATTTAAACACTTCAATT
*
2787 T-CAGT
64 TACAGC
* * * * * *
2792 ACTTAAACACTTCAATTTGCAACATTTAAGCACTTCAATTTACAGCATTTAAACACTTCAATTTG
1 ATTTAAACACTTCAATTTACAGCATTTAAACACTTCAATTTGCAGCATTTAAACACTTCAATTTA
*
2857 TAGC
66 CAGC
* * * * *
2861 ATTCAAACACTTCAATTT---GCA---CAACACTTCAATTTACAGCATTTAAGCACTTCAATTTG
1 ATTTAAACACTTCAATTTACAGCATTTAAACACTTCAATTTGCAGCATTTAAACACTTCAATTTA
*
2920 CTGC
66 CAGC
* * * * * * *
2924 ACTTT-TACA-TCTCAATTAACAACATTTATACACCTCAA-TTACAGCGA--TACAACA-TCTCC
1 A-TTTAAACACT-TCAATTTACAGCATTTAAACACTTCAATTTGCAGC-ATTTA-AACACT-TCA
* *
2983 ATGTCCAGC
61 ATTTACAGC
** * * * * *
2992 AACTAAACACTTCAATTTGCAGTACTTAAACACTTCAATTTGCAACATTTAAGCACTTCAATTTA
1 ATTTAAACACTTCAATTTACAGCATTTAAACACTTCAATTTGCAGCATTTAAACACTTCAATTTA
3057 CAGC
66 CAGC
*
3061 ATTTAAACACTTCAATTT--AGCATTCAAACACTTCAA-TTGCAGCACTTT-AACACTTCAATTT
1 ATTTAAACACTTCAATTTACAGCATTTAAACACTTCAATTTGCAGCA-TTTAAACACTTCAATTT
3122 ACAGC
65 ACAGC
* * * ** * * *
3127 ATTTAAGCACTTCAATTTGCA-C-TTT-TACA-TCTCAATTAACAACATTTATACACCTCAA-TT
1 ATTTAAACACTTCAATTTACAGCATTTAAACACT-TCAATTTGCAGCATTTAAACACTTCAATTT
3187 ACAGC
65 ACAGC
* * * ** * *
3192 GA-TAAAACA-TCTCAATGTCCAGCAACTAAACACTTCAATTTGCAGTACTTAAACACTTCAATT
1 -ATTTAAACACT-TCAATTTACAGCATTTAAACACTTCAATTTGCAGCATTTAAACACTTCAATT
* *
3255 TGCAAC
64 TACAGC
* * *
3261 ATTTAAGCACTTCAATTTACAGCATTTAAACACTTCAATTT--AGCA-TTCAACACTTCAATTTG
1 ATTTAAACACTTCAATTTACAGCATTTAAACACTTCAATTTGCAGCATTTAAACACTTCAATTTA
3323 CAGC
66 CAGC
* *
3327 ACTTT-AACACTTCAATTTACAGCATTTAAGCACTTCAATTTGCAGCACTTT-TACA-TCTCAAT
1 A-TTTAAACACTTCAATTTACAGCATTTAAACACTTCAATTTGCAGCA-TTTAAACACT-TCAAT
* *
3389 TAACAAC
63 TTACAGC
* * * * * **
3396 ATTTATACACCTCAA-TTACAGCGA-TAAAACA-TCTCAATGTCCAGCAACTAAACACTTCAATT
1 ATTTAAACACTTCAATTTACAGC-ATTTAAACACT-TCAATTTGCAGCATTTAAACACTTCAATT
*
3458 T-CAGT
64 TACAGC
* * * * * *
3463 ACTTAAACACTTCAATTTGCAACATTTAAGCACATCAATTTACAGCATTTAAACACTTCAATTTA
1 ATTTAAACACTTCAATTTACAGCATTTAAACACTTCAATTTGCAGCATTTAAACACTTCAATTTA
*
3528 TAGC
66 CAGC
* * * *
3532 ATTCAAACACTTCAATTTGCAGCACTTT-AACACTTCAATTTACAGCATTTAAGCACTTCAATTT
1 ATTTAAACACTTCAATTTACAGCA-TTTAAACACTTCAATTTGCAGCATTTAAACACTTCAATTT
*
3596 GCAGC
65 ACAGC
* * * * * * * *
3601 ACTTT-TACA-TCTCAATTAACAACATTTATACACCTCAA-TTACAGCGA-TAAAACA-TCTCCA
1 A-TTTAAACACT-TCAATTTACAGCATTTAAACACTTCAATTTGCAGC-ATTTAAACACT-TCAA
* *
3661 TGTCCAGC
62 TTTACAGC
** * * *
3669 AACTAAACACTTCAATTT-CAGTC-CTTAAACACTTCAATTTGCAACATTTAAGCACTTCAATTT
1 ATTTAAACACTTCAATTTACAG-CATTTAAACACTTCAATTTGCAGCATTTAAACACTTCAATTT
3732 ACAGC
65 ACAGC
* ** *
3737 ATTTAAAAACTTCAATTTGTAGCATTCAAACACTTCAATTTGCAGCACTTT-AACACTTCAATTT
1 ATTTAAACACTTCAATTTACAGCATTTAAACACTTCAATTTGCAGCA-TTTAAACACTTCAATTT
3801 ACAGC
65 ACAGC
* * * ** * * *
3806 ATTTAAGCACTTCAATTTGCAGCACTTT-TACA-TCTCAATTAACAACATTTATACACCTCAA-T
1 ATTTAAACACTTCAATTTACAGCA-TTTAAACACT-TCAATTTGCAGCATTTAAACACTTCAATT
3868 TACAGC
64 TACAGC
* * * ** * * * *
3874 GA-TAAAACA-TCTCAATGTCCAGCAACTAAACACTTTAATTTACAGTAGTTAAACACTTCAATT
1 -ATTTAAACACT-TCAATTTACAGCATTTAAACACTTCAATTTGCAGCATTTAAACACTTCAATT
* *
3937 TGCAAC
64 TACAGC
* * *
3943 ATTTAAGCACTTCAATTTACAGCATTTAAACACTTCAATTTGCAGCATTCAAACACTTCAATTTG
1 ATTTAAACACTTCAATTTACAGCATTTAAACACTTCAATTTGCAGCATTTAAACACTTCAATTTA
4008 CAGC
66 CAGC
*
4012 ACTTT-AACACTTCAATTTACAGCATTTAAGCACTTCAATTTGCAGCACTTT-AACA-TCTCAAT
1 A-TTTAAACACTTCAATTTACAGCATTTAAACACTTCAATTTGCAGCA-TTTAAACACT-TCAAT
* *
4074 TAACAAC
63 TTACAGC
* * * * * *
4081 ATTTATACACCTCAA-TTACAGCGA-TAAAACA-TCTCAATGTCCAGCA-ATAAACACTTCAATT
1 ATTTAAACACTTCAATTTACAGC-ATTTAAACACT-TCAATTTGCAGCATTTAAACACTTCAATT
* *
4142 TGCAGT
64 TACAGC
* * * * * *
4148 ACTTAAACACTTCAATTTGCAACATTTAAGCACTTCAATTTACAGCATTTAAACACTTCAATTTG
1 ATTTAAACACTTCAATTTACAGCATTTAAACACTTCAATTTGCAGCATTTAAACACTTCAATTTA
*
4213 TAGC
66 CAGC
* * * *
4217 ATTCAAACACTTCAA-TTGCAGCACTTT-AACACTTCAATTTACAGCATTTAAGCACTTCAATTT
1 ATTTAAACACTTCAATTTACAGCA-TTTAAACACTTCAATTTGCAGCATTTAAACACTTCAATTT
*
4280 GCAGC
65 ACAGC
* * * * * * *
4285 ACTTT-TACA-TCTCAATTAACAACATTTATACACCTCAA-TTACAGCGA-TAAAACA-TCTCAA
1 A-TTTAAACACT-TCAATTTACAGCATTTAAACACTTCAATTTGCAGC-ATTTAAACACT-TCAA
* *
4345 TGTCCAGC
62 TTTACAGC
** * * * * *
4353 AACTAAACACTTCAATTTGCAGTACTTAAA-ACTTCAATTTGCAACATTTAAGCACTTCAATTTA
1 ATTTAAACACTTCAATTTACAGCATTTAAACACTTCAATTTGCAGCATTTAAACACTTCAATTTA
4417 CAGC
66 CAGC
* * *
4421 ATTTAAACACTTTCAATTTGCAGCATTCAAACACTTCAATTTGCAAC-TTT-AACACTTCAATTT
1 ATTTAAACAC-TTCAATTTACAGCATTTAAACACTTCAATTTGCAGCATTTAAACACTTCAATTT
4484 ACAGC
65 ACAGC
* * * ** * * *
4489 ATTTAAGCACTTCAATTTGCAGCACTTT-TACA-TCTCAATTAACAACATTTATACACCTCAA-T
1 ATTTAAACACTTCAATTTACAGCA-TTTAAACACT-TCAATTTGCAGCATTTAAACACTTCAATT
4551 TACAGC
64 TACAGC
* * * ** * *
4557 GA-TAAAACA-TCTCAATGTCCAGCA-ACAAACACTTCAATTTTGCAGTACTTAAACACTTCAAT
1 -ATTTAAACACT-TCAATTTACAGCATTTAAACACTTCAA-TTTGCAGCATTTAAACACTTCAAT
* *
4619 TTGCAAC
63 TTACAGC
* * * *
4626 ATTTAAGCACATCAATTTACAGCATTTAAACACTTCAATTT--AGCATTCAAACACTTCAATTTG
1 ATTTAAACACTTCAATTTACAGCATTTAAACACTTCAATTTGCAGCATTTAAACACTTCAATTTA
*
4689 CAAC
66 CAGC
*
4693 ACTTT-AACACTTCAATTTACAGCATTTAAGCACTTCAATTTGCAGCACTTT--ACA-TCTCAAT
1 A-TTTAAACACTTCAATTTACAGCATTTAAACACTTCAATTTGCAGCA-TTTAAACACT-TCAAT
* *
4754 TAACAAC
63 TTACAGC
* * * * * * ** *
4761 ATTTATACACCTCAA-TTACAGCGA-TAAAACA-TCTCCATGTCCAGCAACTAAACACTACAATT
1 ATTTAAACACTTCAATTTACAGC-ATTTAAACACT-TCAATTTGCAGCATTTAAACACTTCAATT
4823 T-CAG-
64 TACAGC
* * *
4827 -TCTTAAACACTTCAATTTGA-AACATTTAAGCACTTCAATTTACAGCATTTAAACACTTCAATT
1 AT-TTAAACACTTCAATTT-ACAGCATTTAAACACTTCAATTTGCAGCATTTAAACACTTCAATT
* *
4890 TGCACC
64 TACAGC
* * * *
4896 ATTCAAACACTTCAATTTGCAGCACTTT-AACACTTCAATTTACAGCATTTAAGCACTTCAATTT
1 ATTTAAACACTTCAATTTACAGCA-TTTAAACACTTCAATTTGCAGCATTTAAACACTTCAATTT
*
4960 GCAGC
65 ACAGC
* * * * * * *
4965 ACTTT--ACA-TCTCAATTAACAACATTTATACACCTCAA-TTACAGCGA-TAAAACA-TCTCCA
1 A-TTTAAACACT-TCAATTTACAGCATTTAAACACTTCAATTTGCAGC-ATTTAAACACT-TCAA
* *
5024 TGTCCAGC
62 TTTACAGC
** * * * * * * *
5032 AACTAAACACTTTAATTTAGAGTAGTTAAACACTTCAATTTGCAACATTTTAGCACTTCAATTTA
1 ATTTAAACACTTCAATTTACAGCATTTAAACACTTCAATTTGCAGCATTTAAACACTTCAATTTA
5097 CAGC
66 CAGC
* *
5101 ATTTAAACACTTCAATTTGCAGCATTCAAACACTTCAATTTGCAGCACTTT-AACACTTCAATTT
1 ATTTAAACACTTCAATTTACAGCATTTAAACACTTCAATTTGCAGCA-TTTAAACACTTCAATTT
5165 ACAGC
65 ACAGC
* * ** * * *
5170 ATTTAAGCACTTCAATTTGCAGCACTTT--ACA-TCTCAATTAACAACATTTATACACCTCAA-T
1 ATTTAAACACTTCAATTTACAGCA-TTTAAACACT-TCAATTTGCAGCATTTAAACACTTCAATT
5231 TACAGC
64 TACAGC
* * * ** * *
5237 GA-TAAAACA-TCTCAATGTCCAGCAACTAAACACTTCAATTTGCAGTACTTAAACACTTCAATT
1 -ATTTAAACACT-TCAATTTACAGCATTTAAACACTTCAATTTGCAGCATTTAAACACTTCAATT
* *
5300 TGCAAC
64 TACAGC
* * *
5306 ATTTAAGCACTTCAATTTACAGCATTTAAACACTTCAATTTGCAGCATTCAAACACTTCAATTTG
1 ATTTAAACACTTCAATTTACAGCATTTAAACACTTCAATTTGCAGCATTTAAACACTTCAATTTA
5371 CAGC
66 CAGC
* * *
5375 ACTTT-AACACTTCAATTTACAGCATTTAAGCAGTTCAATTTGCAGCACTTT-TACA-TCTCAAT
1 A-TTTAAACACTTCAATTTACAGCATTTAAACACTTCAATTTGCAGCA-TTTAAACACT-TCAAT
* * **
5437 TAAAAAA
63 TTACAGC
* * * * * **
5444 ATTTATACACCTCAA-TTACAGCGA-TAAAACA-TCTCAATGTCCAGCAACTAAACACTTCAATT
1 ATTTAAACACTTCAATTTACAGC-ATTTAAACACT-TCAATTTGCAGCATTTAAACACTTCAATT
* *
5506 TGCAGT
64 TACAGC
* * * * * *
5512 ACTTAAACACTTCAATTTGCAACATTTAAGCACATCAATTTACAGCATTTAAACACTTCAATTTA
1 ATTTAAACACTTCAATTTACAGCATTTAAACACTTCAATTTGCAGCATTTAAACACTTCAATTTA
*
5577 TAGC
66 CAGC
* * * *
5581 ATTCAAACACTTCAATTTGCAGCACTTT-AACACTTCAATTTACAGCATTTAAGCACTTCAATTT
1 ATTTAAACACTTCAATTTACAGCA-TTTAAACACTTCAATTTGCAGCATTTAAACACTTCAATTT
*
5645 GCAGC
65 ACAGC
* * * ** * * * *
5650 ACTTT-TACA-TCTCAATTAAAAAAATTTATACACCTCAA-TTACAGCGA-TAAAACA-TCTCAA
1 A-TTTAAACACT-TCAATTTACAGCATTTAAACACTTCAATTTGCAGC-ATTTAAACACT-TCAA
* *
5710 TGTCCAGC
62 TTTACAGC
** * * * *
5718 AACTAAACACTTCAATTTACAGTACTTAAACACTTCAATTTGCAACATTTAAGCACTTCAATTTA
1 ATTTAAACACTTCAATTTACAGCATTTAAACACTTCAATTTGCAGCATTTAAACACTTCAATTTA
5783 CAGC
66 CAGC
* * *
5787 ATTTAAACAATTCAATTTGCAGCATTCAAACACTTCAATTTGCAGCACTTT-AACACTTCAATTT
1 ATTTAAACACTTCAATTTACAGCATTTAAACACTTCAATTTGCAGCA-TTTAAACACTTCAATTT
5851 ACAGC
65 ACAGC
* * ** * * *
5856 ATTTAAGCACTTCAATTTGCAGCACTTT--ACA-TCTCAATTAACAACATTTATACACCTCAA-T
1 ATTTAAACACTTCAATTTACAGCA-TTTAAACACT-TCAATTTGCAGCATTTAAACACTTCAATT
5917 TACAGC
64 TACAGC
* * * ** * *
5923 GA-TAAAACA-TCTC-ATGTCCAGCAACTAAACACTTCAATTT-CAGTACTTAAACACTTCAATT
1 -ATTTAAACACT-TCAATTTACAGCATTTAAACACTTCAATTTGCAGCATTTAAACACTTCAATT
* *
5984 TGCAAC
64 TACAGC
* * *
5990 ATTTAAGCACTTCAATTTACAGCATTTAAACACTTCAATTTGCAGCATTCAAACACTTCAATTTG
1 ATTTAAACACTTCAATTTACAGCATTTAAACACTTCAATTTGCAGCATTTAAACACTTCAATTTA
6055 CAGC
66 CAGC
* * *
6059 ACTTT-AACACTTCAATTTAAAGCATTTAAGCACTTCAATTTGCAGCACTTT-TACA-TCTCAAT
1 A-TTTAAACACTTCAATTTACAGCATTTAAACACTTCAATTTGCAGCA-TTTAAACACT-TCAAT
* * **
6121 TAAAAAA
63 TTACAGC
* * * * * **
6128 ATTTATACACCTCAA-TTACAGCGA-TAAAACA-TCTCAATGTCCAGCAACTAAACACTTCAATT
1 ATTTAAACACTTCAATTTACAGC-ATTTAAACACT-TCAATTTGCAGCATTTAAACACTTCAATT
* *
6190 TGCAGT
64 TACAGC
* * * * * *
6196 ACTTAAACACTTCAATTTGCAACATTTAAGCACAGTCAATTTACAGCATTTAAACACTTCAATTT
1 ATTTAAACACTTCAATTTACAGCATTTAAACAC-TTCAATTTGCAGCATTTAAACACTTCAATTT
*
6261 ATAGC
65 ACAGC
* * * * * *
6266 ATTCAAACACTTCAATTTGCAACAGTTT-CACACTTCAATTTACAGCATTTAAGCACTTCAATTT
1 ATTTAAACACTTCAATTTACAGCA-TTTAAACACTTCAATTTGCAGCATTTAAACACTTCAATTT
*
6330 GCAGC
65 ACAGC
* * * * * * * *
6335 ACTTT-TACA-TCTCAATTAACAACATTTATACACCTCAA-TTACAGCGA-TAAAACA-TCTCCA
1 A-TTTAAACACT-TCAATTTACAGCATTTAAACACTTCAATTTGCAGC-ATTTAAACACT-TCAA
* *
6395 TGTCCAGC
62 TTTACAGC
** * * * * * *
6403 AACTAAACACTACAATTTTCAGTC-CTTAAAAACTTCAATTTGCAACATTTAAGCACTTCAATTT
1 ATTTAAACACTTCAATTTACAG-CATTTAAACACTTCAATTTGCAGCATTTAAACACTTCAATTT
6467 ACAGC
65 ACAGC
* ** *
6472 ATTTAAAAACTTCAATTTGTAGCATTCAAACACTTCAATTTGCAGCACTTT-AACACTTCAATTT
1 ATTTAAACACTTCAATTTACAGCATTTAAACACTTCAATTTGCAGCA-TTTAAACACTTCAATTT
6536 ACAGC
65 ACAGC
** * ** * * *
6541 ATTTAAGA-ACTTCAATTTGTAGCACTCTT--ACA-TCTCAAATAACAACATTTATACAC--CTA
1 ATTTAA-ACACTTCAATTTACAGCA-T-TTAAACACT-TCAATTTGCAGCATTTAAACACTTCAA
6600 TATTACAGC
62 T-TTACAGC
* * * ** * * * *
6609 GA-TAAAACA-TCTCAATGTCCAGCAACTAAACACTTTAATTTAG-AGTAGTTAAACACTTTAAT
1 -ATTTAAACACT-TCAATTTACAGCATTTAAACACTTCAATTT-GCAGCATTTAAACACTTCAAT
* *
6671 TTGCAAC
63 TTACAGC
* * * *
6678 ATTTTAGCACTTCAATTTACAGCATTTAAACACTTCAATTTGCAGCATTCAAACACTTCAATTTG
1 ATTTAAACACTTCAATTTACAGCATTTAAACACTTCAATTTGCAGCATTTAAACACTTCAATTTA
6743 CAGC
66 CAGC
* * *
6747 ACTTT-AACAATTCAATTTACAACATTTAAGCACTTCAATTTGCAGCACTTT-AACA-TCTCAAT
1 A-TTTAAACACTTCAATTTACAGCATTTAAACACTTCAATTTGCAGCA-TTTAAACACT-TCAAT
* *
6809 TAACAAC
63 TTACAGC
* * * * * * **
6816 ATTTATACACCTCAA-TTACAGTGA-TAAAACA-TCTCAATGTCCAGCAAATAAACACTTCAATT
1 ATTTAAACACTTCAATTTACAG-CATTTAAACACT-TCAATTTGCAGCATTTAAACACTTCAATT
* *
6878 TGCAGT
64 TACAGC
* * *
6884 ACTTAAACACTTCAATTTACAACATTTAAGCACTTCAATTT
1 ATTTAAACACTTCAATTTACAGCATTTAAACACTTCAATTT
6925 TGATGAAGTT
Statistics
Matches: 5340, Mismatches: 1110, Indels: 811
0.74 0.15 0.11
Matches are distributed among these distances:
62 1 0.00
63 47 0.01
64 4 0.00
65 77 0.01
66 267 0.05
67 687 0.13
68 1851 0.35
69 2211 0.41
70 191 0.04
71 4 0.00
ACGTcount: A:0.37, C:0.24, G:0.07, T:0.32
Consensus pattern (69 bp):
ATTTAAACACTTCAATTTACAGCATTTAAACACTTCAATTTGCAGCATTTAAACACTTCAATTTA
CAGC
Found at i:509 original size:227 final size:229
Alignment explanation
Indices: 1--2708 Score: 4209
Period size: 227 Copynumber: 11.9 Consensus size: 229
*
1 ATTTAAGCACTTCAATTTGCAGCAC-TTTAAATCTCAATTAACAACATTTATACACCTCAATTAC
1 ATTTAAGCACTTCAATTTGCAGCACTTTTACATCTCAATTAACAACATTTATACACCTCAATTAC
65 AGCGAT-AAACATCTCAATGTCCAGCAACTAAACACTTCAATTTGCAGTACTTAAACACTTCAAT
66 AGCGATAAAACATCTCAATGTCCAGCAACTAAACACTTCAATTTGCAGTACTTAAACACTTCAAT
*
129 TTGCAACATTTAAGCACTTCAATTTACAGCATTTAAACACTTCAATTTGCAGCATTCAAACACTT
131 TTGCAACATTTAAGCACTTCAATTTACAGCATTTAAACACTTCAATTTGTAGCATTCAAACACTT
194 CAATTTGCAGCACTTTAACACTTCAATTTACAGC
196 CAATTTGCAGCACTTTAACACTTCAATTTACAGC
228 ATTTAAGCACTTCAATTTGCAGCACTTTTACATCTCAATTAA-AACA-TTATACACCTCAATTAC
1 ATTTAAGCACTTCAATTTGCAGCACTTTTACATCTCAATTAACAACATTTATACACCTCAATTAC
291 AGCGATAAAACATCTCAATGTCCAGCAACTAAACACTTCAATTTGCAGTACTTAAACACTTCAA-
66 AGCGATAAAACATCTCAATGTCCAGCAACTAAACACTTCAATTTGCAGTACTTAAACACTTCAAT
*
355 TTGCAACATTTAAGCACATCAATTTACAGCATTTAAACACTTCAATTT-TAGCATTCAAACACTT
131 TTGCAACATTTAAGCACTTCAATTTACAGCATTTAAACACTTCAATTTGTAGCATTCAAACACTT
419 CAATTTGCAGCACTTTAACACTTCAATTTACAGC
196 CAATTTGCAGCACTTTAACACTTCAATTTACAGC
453 ATTTAAGCACTTCAATTTGCAGCACTTTTACATCTCAATTAACAACATTTATACACCTCAATTAC
1 ATTTAAGCACTTCAATTTGCAGCACTTTTACATCTCAATTAACAACATTTATACACCTCAATTAC
*
518 AGCGATAAAACATCTCAATGTCCAGCAACTAAACACTTCAATTTTCAGTACTTAAACACTTCAAT
66 AGCGATAAAACATCTCAATGTCCAGCAACTAAACACTTCAATTTGCAGTACTTAAACACTTCAAT
*
583 TTGCAACATTTAAGCACTTCAATTTACAGCATTTAAACACTTCAATTTGCAGCATTCAAACACTT
131 TTGCAACATTTAAGCACTTCAATTTACAGCATTTAAACACTTCAATTTGTAGCATTCAAACACTT
648 CAATTTGCAGCACTTTAACACTTCAATTTACAGC
196 CAATTTGCAGCACTTTAACACTTCAATTTACAGC
682 ATTTAAGCACTTCAATTTGCAGCACTTTTACATCTCAATTAACAACATTTATACACCTCAATTAC
1 ATTTAAGCACTTCAATTTGCAGCACTTTTACATCTCAATTAACAACATTTATACACCTCAATTAC
747 AGCGATAAAACATCTCAATGTCCAGCAACTAAACACTTCAATTTGCAGTACTTAAACACTTCAA-
66 AGCGATAAAACATCTCAATGTCCAGCAACTAAACACTTCAATTTGCAGTACTTAAACACTTCAAT
811 TTGCAACATTTAAGCACTTCAATTTACAGCATTTAAACACTTCAA-TT-TAGCATTCAAACACTT
131 TTGCAACATTTAAGCACTTCAATTTACAGCATTTAAACACTTCAATTTGTAGCATTCAAACACTT
874 CAATTTGCAGCACTTTAACACTTCAATTTACAGC
196 CAATTTGCAGCACTTTAACACTTCAATTTACAGC
908 ATTTAAGCACTTCAATTTGCAGCACTTTTACATCTCAATTAACAACATTTATACACCTCAATTAC
1 ATTTAAGCACTTCAATTTGCAGCACTTTTACATCTCAATTAACAACATTTATACACCTCAATTAC
* *
973 AGTGATAAAACATCTCAATGTCCAGCAACTAAACACTTCAATTTTCAGTACTTAAACACTTCAAT
66 AGCGATAAAACATCTCAATGTCCAGCAACTAAACACTTCAATTTGCAGTACTTAAACACTTCAAT
1038 TTGCAACATTTAAGCACTTCAATTTACAGCATTTAAACACTTCAA-TT-TAGCATTCAAACACTT
131 TTGCAACATTTAAGCACTTCAATTTACAGCATTTAAACACTTCAATTTGTAGCATTCAAACACTT
1101 CAATTTGCA--ACTTTAACACTTCAATTTACAGC
196 CAATTTGCAGCACTTTAACACTTCAATTTACAGC
*
1133 ATTTAAGCACTTCAATTTCCAGCACTTTTACATCTCAATTAACAACATTTATACACCTCAATTAC
1 ATTTAAGCACTTCAATTTGCAGCACTTTTACATCTCAATTAACAACATTTATACACCTCAATTAC
* *
1198 AGCGACAAAACATCTCAATGTCCAGCAACTAAACACTTCAATTTTCAGT-CTTAAACACTTCAAT
66 AGCGATAAAACATCTCAATGTCCAGCAACTAAACACTTCAATTTGCAGTACTTAAACACTTCAAT
1262 TTGCAACATTTAAGCACTTCAATTTACAGCATTTAAACACTTCAATTT-TAGCATTCAAACACTT
131 TTGCAACATTTAAGCACTTCAATTTACAGCATTTAAACACTTCAATTTGTAGCATTCAAACACTT
1326 CAATTTGCAGCACTTTAACACTTCAATTTACAGC
196 CAATTTGCAGCACTTTAACACTTCAATTTACAGC
1360 ATTTAAGCACTTCAATTTGCAGCACTTTTACATCTCAATTAACAACATTTATACACCTCAATTAC
1 ATTTAAGCACTTCAATTTGCAGCACTTTTACATCTCAATTAACAACATTTATACACCTCAATTAC
* * *
1425 AGCGATAAAACATCTCCATGTCCAGCAACTAAACACTTCAATTTACAGTAGTTAAACACTTCAAT
66 AGCGATAAAACATCTCAATGTCCAGCAACTAAACACTTCAATTTGCAGTACTTAAACACTTCAAT
*
1490 TTGCAACATTTAAGCACTTCAATTTACAGCATTTAAACACTTCAATTTGCAGCATTCAAACACTT
131 TTGCAACATTTAAGCACTTCAATTTACAGCATTTAAACACTTCAATTTGTAGCATTCAAACACTT
1555 CAATTTGCAGCACTTTAACACTTCAATTTACAGC
196 CAATTTGCAGCACTTTAACACTTCAATTTACAGC
1589 ATTTAAGCACTTCAATTTGCAGCACTTTTACATCTCAATTAACAACATTTATACACCTCAATTAC
1 ATTTAAGCACTTCAATTTGCAGCACTTTTACATCTCAATTAACAACATTTATACACCTCAATTAC
1654 AGCGATAAAACATCTCAATGTCCAGCAACTAAACACTTCAATTTGCAGTACTTAAACACTTCAAT
66 AGCGATAAAACATCTCAATGTCCAGCAACTAAACACTTCAATTTGCAGTACTTAAACACTTCAAT
*
1719 TTGCAACATTTAAGCACTTCAATTTACAGCATTTAAACACTTCAATTTATAGCATTCAAACACTT
131 TTGCAACATTTAAGCACTTCAATTTACAGCATTTAAACACTTCAATTTGTAGCATTCAAACACTT
1784 CAA-TTGCAGCACTTTAACACTTCAATTTACAGC
196 CAATTTGCAGCACTTTAACACTTCAATTTACAGC
1817 ATTTAAGCACTTCAATTTGCAGCACTTTTACATCTCAATTAACAA-ATTTATACACCTCAATTAC
1 ATTTAAGCACTTCAATTTGCAGCACTTTTACATCTCAATTAACAACATTTATACACCTCAATTAC
*
1881 AGCGATAAAACATCTCAATGTCCAGCAACTAAACACTTCAATTTTCAGTACTTAAACACTTCAAT
66 AGCGATAAAACATCTCAATGTCCAGCAACTAAACACTTCAATTTGCAGTACTTAAACACTTCAAT
1946 TTGCAACATTTAAGCACTTCAATTTACAGCATTTAAACACTTCAA-TT-TAGCATTCAAACACTT
131 TTGCAACATTTAAGCACTTCAATTTACAGCATTTAAACACTTCAATTTGTAGCATTCAAACACTT
* *
2009 CAATTTGCAACACTTTAAAACTTCAATTTACAGC
196 CAATTTGCAGCACTTTAACACTTCAATTTACAGC
2043 ATTTAAGCACTTCAATTTGCAGCACTTTTACATCTCAATTAACAACATTTATACACCTCAATTAC
1 ATTTAAGCACTTCAATTTGCAGCACTTTTACATCTCAATTAACAACATTTATACACCTCAATTAC
2108 AGCGATAAAACATCTCCAATGTCCAGCAACTAAACACTTCAATTTGCAGT-CTTAAACACTTCAA
66 AGCGATAAAACATCT-CAATGTCCAGCAACTAAACACTTCAATTTGCAGTACTTAAACACTTCAA
*
2172 TTTGCAACATTTAAGCACTTCAATTTACAGCATTTAAA-ACTTCAATTTGCAGCATTCAAACACT
130 TTTGCAACATTTAAGCACTTCAATTTACAGCATTTAAACACTTCAATTTGTAGCATTCAAACACT
*
2236 TCAATTT-CAGCA-TTTAAGCACTTCAATTTGCAGC
195 TCAATTTGCAGCACTTTAA-CACTTCAATTTACAGC
* ** * * * * * *
2270 ACTTTTA-CA-TCTCAATTAACAACA-TTTATACACCTCAATT-ACAGCGA-TAAAACATCTCAA
1 A-TTTAAGCACT-TCAATTTGCAGCACTTT-TACATCTCAATTAACAAC-ATTTATACACCTCAA
* * * * * ** * * * *
2330 TGTCCAGCAACT-AAACA-CTTCAATTTGCAACATTTAAGCACTTCAATTTACAGCATTTAAACA
62 T-TACAGCGA-TAAAACATC-TCAATGTCCAGCAACTAAACACTTCAATTTGCAGTACTTAAACA
* * * * ** ** *
2393 ATTCAATTTGCAGCATTCAAACACTTCAATTTGTAGCACTTT-AACACTTCAATTTACAGCATTT
124 CTTCAATTTGCAACATTTAAGCACTTCAATTTACAGCA-TTTAAACACTTCAATTTGTAGCATTC
* * * *
2457 AAGCACTTCAATTTGCAGCACTTTTACA-TCTCAATTAACAAC
188 AAACACTTCAATTTGCAGCACTTTAACACT-TCAATTTACAGC
* * *** * * ** * *
2499 ATTTATA-CACCTCAA-TTACAGCGA-TAAAACATCTCAATGT-CCAGCAACTAAACACTTCAAT
1 ATTTA-AGCACTTCAATTTGCAGC-ACTTTTACATCTCAAT-TAACAACATTTATACACCTCAA-
* * * * * * ** * * * *
2560 TTGCAG-TACTTAAACA-CTTCAATTTGCAACATTTAAGCACTTCAATTTACAGCATTTAAACAC
62 TTACAGCGA-TAAAACATC-TCAATGTCCAGCAACTAAACACTTCAATTTGCAGTACTTAAACAC
* * * * * ** *
2623 TTCAATTTGTAGCATTCAAACAC-TCAATTTGCAGCACTTT-AACACTTCAATTTACAGCATTTA
125 TTCAATTTGCAACATTTAAGCACTTCAATTTACAGCA-TTTAAACACTTCAATTTGTAGCATTCA
*
2686 AGCACTTCAATTTGCAGCACTTT
189 AACACTTCAATTTGCAGCACTTT
2709 TACATCTCAA
Statistics
Matches: 2360, Mismatches: 83, Indels: 75
0.94 0.03 0.03
Matches are distributed among these distances:
224 60 0.03
225 271 0.11
226 383 0.16
227 685 0.29
228 420 0.18
229 536 0.23
230 5 0.00
ACGTcount: A:0.37, C:0.24, G:0.07, T:0.32
Consensus pattern (229 bp):
ATTTAAGCACTTCAATTTGCAGCACTTTTACATCTCAATTAACAACATTTATACACCTCAATTAC
AGCGATAAAACATCTCAATGTCCAGCAACTAAACACTTCAATTTGCAGTACTTAAACACTTCAAT
TTGCAACATTTAAGCACTTCAATTTACAGCATTTAAACACTTCAATTTGTAGCATTCAAACACTT
CAATTTGCAGCACTTTAACACTTCAATTTACAGC
Found at i:2887 original size:40 final size:40
Alignment explanation
Indices: 2843--2920 Score: 120
Period size: 40 Copynumber: 1.9 Consensus size: 40
2833 ACAGCATTTA
**
2843 AACACTTCAATTTGTAGCATTCAAACACTTCAATTTGCAC
1 AACACTTCAATTTACAGCATTCAAACACTTCAATTTGCAC
* *
2883 AACACTTCAATTTACAGCATTTAAGCACTTCAATTTGC
1 AACACTTCAATTTACAGCATTCAAACACTTCAATTTGC
2921 TGCACTTTTA
Statistics
Matches: 34, Mismatches: 4, Indels: 0
0.89 0.11 0.00
Matches are distributed among these distances:
40 34 1.00
ACGTcount: A:0.35, C:0.24, G:0.08, T:0.33
Consensus pattern (40 bp):
AACACTTCAATTTACAGCATTCAAACACTTCAATTTGCAC
Found at i:12296 original size:229 final size:229
Alignment explanation
Indices: 11896--15919 Score: 6940
Period size: 229 Copynumber: 17.6 Consensus size: 229
11886 TGCACCAACA
*
11896 AATTTACAGCATTTAAACACTTCAATTTGTAGCATTCAAACACTTCAATCTGCAGCACTTTAACA
1 AATTTACAGCATTTAAACACTTCAATTTGTAGCATTCAAACACTTCAATTTGCAGCACTTTAACA
* * *
11961 CTTCAATTTACAGCATTTAAGCAGTTCAATTTGCAGCACTTTTACATCTCAATTAAAAAAATTTA
66 CTTCAATTTACAGCATTTAAGCACTTCAATTTGCAGCACTTTTACATCTCAATTAACAACATTTA
12026 TACACCTCAATTACAGCGATAAAACATCTCAATGTCCAGCAACTAAACACTTCAATTTGCAGTAC
131 TACACCTCAATTACAGCGATAAAACATCTCAATGTCCAGCAACTAAACACTTCAATTTGCAGTAC
* *
12091 TTAAACACTTCAATTTGCAACATTTAAGCACATA
196 TTAAACACTTCAATTTGCAACATTTAAGCACTTC
* * *
12125 AATTTACAGCATTTAAACACTTCAATTTATAGCATTCAAACACTTCAATTTGCAACACTTTCACA
1 AATTTACAGCATTTAAACACTTCAATTTGTAGCATTCAAACACTTCAATTTGCAGCACTTTAACA
12190 CTTCAATTTACAGCATTTAAGCACTTCAATTTGCAGCACTTTTACATCTCAATTAACAACATTTA
66 CTTCAATTTACAGCATTTAAGCACTTCAATTTGCAGCACTTTTACATCTCAATTAACAACATTTA
* * * *
12255 TACACCTCAATTACAGCGATAAAACATCTCCATGTCCAGCAACTAAACACTACAATTTTCAGTCC
131 TACACCTCAATTACAGCGATAAAACATCTCAATGTCCAGCAACTAAACACTTCAATTTGCAGTAC
* *
12320 TTAAACACTTCAATTTGAAACATATAAGCACTTC
196 TTAAACACTTCAATTTGCAACATTTAAGCACTTC
*
12354 AATTTACAGCATTTAAAAACTTCAATTTGTAGCATTCAAACACTTCAATTTGCAGCACTTTAACA
1 AATTTACAGCATTTAAACACTTCAATTTGTAGCATTCAAACACTTCAATTTGCAGCACTTTAACA
* *
12419 CTTCAATTTACAGCATTTAAGAACTTCAATTTGCAGCACTCTTACATCTCAATTAACAACATTTA
66 CTTCAATTTACAGCATTTAAGCACTTCAATTTGCAGCACTTTTACATCTCAATTAACAACATTTA
* *
12484 TACACCTCAATTACAGCGATAAAACATCTCAATCTCCAGCAACTAAACACTTTAATTTAG-AGTA
131 TACACCTCAATTACAGCGATAAAACATCTCAATGTCCAGCAACTAAACACTTCAATTT-GCAGTA
* * *
12548 GTTAAACACTTTAATTTGCAACATTTTAGCACTTC
195 CTTAAACACTTCAATTTGCAACATTTAAGCACTTC
* *
12583 AATTTATAGCATTTAAACACTTCAATTTGCAGCATTCAAACACTTCAATTTGCAGCACTTTAACA
1 AATTTACAGCATTTAAACACTTCAATTTGTAGCATTCAAACACTTCAATTTGCAGCACTTTAACA
* *
12648 CTTCAATTTACAGCATTTAAGCACTTCAATTTGCAGCACTTTAACATCTGAATTAACAACATTTA
66 CTTCAATTTACAGCATTTAAGCACTTCAATTTGCAGCACTTTTACATCTCAATTAACAACATTTA
* *
12713 TACACCTCAATTACAGTGATAAAACATCTCAATGTCCAGCAAATAAACACTTCAATTTGCAGTAC
131 TACACCTCAATTACAGCGATAAAACATCTCAATGTCCAGCAACTAAACACTTCAATTTGCAGTAC
* *
12778 TTAAACACTTGAATTTACAACATTTAAGCACTTC
196 TTAAACACTTCAATTTGCAACATTTAAGCACTTC
* *
12812 AATTTACAGCATTTAAACACTTCAATTTGTAGCATTCAAACACCTCAATCTGCAGCACTTTAACA
1 AATTTACAGCATTTAAACACTTCAATTTGTAGCATTCAAACACTTCAATTTGCAGCACTTTAACA
*
12877 CTTCAATTTACAGCATTTAAGCACTTCAATTTGTAGCACTTTTACATCTCAATTAACAACATTTA
66 CTTCAATTTACAGCATTTAAGCACTTCAATTTGCAGCACTTTTACATCTCAATTAACAACATTTA
* *
12942 TACACCTCAATTACAGCGATAAAACATCTCAATGTCTAGCAACTAAACACTTCAATTTACAGTAC
131 TACACCTCAATTACAGCGATAAAACATCTCAATGTCCAGCAACTAAACACTTCAATTTGCAGTAC
13007 TTAAACACTTCAATTTGCAACATTTAAGCACTTC
196 TTAAACACTTCAATTTGCAACATTTAAGCACTTC
* *
13041 AATTTACAGCATTTAAACACTTCAATTTGCAGCATTCAAACACTTCAATTTGTAGCACTTTAACA
1 AATTTACAGCATTTAAACACTTCAATTTGTAGCATTCAAACACTTCAATTTGCAGCACTTTAACA
* *
13106 CTTCAATTTACAACATTTAAGCACTTCAATTTGCAGCACTTTAACATCTCAATTAACAACATTTA
66 CTTCAATTTACAGCATTTAAGCACTTCAATTTGCAGCACTTTTACATCTCAATTAACAACATTTA
* *
13171 TACACCTCAATTACAGTGATAAAACATCTCAATGTCCAGCAAATAAACACTTCAATTTGCAGTAC
131 TACACCTCAATTACAGCGATAAAACATCTCAATGTCCAGCAACTAAACACTTCAATTTGCAGTAC
*
13236 TTAAACACTTCAATTTACAACATTTAAGCACTTC
196 TTAAACACTTCAATTTGCAACATTTAAGCACTTC
*
13270 AATTTACAGCATTTAAACACTTCAATTTGTAGCATTCAAACACTTCAATCTGCAGCACTTTAACA
1 AATTTACAGCATTTAAACACTTCAATTTGTAGCATTCAAACACTTCAATTTGCAGCACTTTAACA
* * *
13335 CTTCAATTTACAGCATTTAAGCAGTTCAATTTGCAGCACTTTTACATCTCAATTAAAAAAATTTA
66 CTTCAATTTACAGCATTTAAGCACTTCAATTTGCAGCACTTTTACATCTCAATTAACAACATTTA
13400 TACACCTCAATTACAGCGATAAAACATCTCAATGTCCAGCAACTAAACACTTCAATTTGCAGTAC
131 TACACCTCAATTACAGCGATAAAACATCTCAATGTCCAGCAACTAAACACTTCAATTTGCAGTAC
*
13465 TTAAACACTTCAATTTGCAACATTTAAGCACATC
196 TTAAACACTTCAATTTGCAACATTTAAGCACTTC
* * * *
13499 AATTTACAGCATTTAAACACTTCAATTTATAGCATTCAAACACTTCAATTTGCAACAGTTTCACA
1 AATTTACAGCATTTAAACACTTCAATTTGTAGCATTCAAACACTTCAATTTGCAGCACTTTAACA
13564 CTTCAATTTACAGCATTTAAGCACTTCAATTTGCAGCACTTTTACATCTCAATTAACAACATTTA
66 CTTCAATTTACAGCATTTAAGCACTTCAATTTGCAGCACTTTTACATCTCAATTAACAACATTTA
* * * *
13629 TACACCTCAATTACAGCGATAAAACATCTCCATGTCCAGCAACTAAACACTACAATTTTCAGTCC
131 TACACCTCAATTACAGCGATAAAACATCTCAATGTCCAGCAACTAAACACTTCAATTTGCAGTAC
13694 TTAAACACTTCAATTTGCAACATTTAAGCACTTC
196 TTAAACACTTCAATTTGCAACATTTAAGCACTTC
*
13728 AATTTACAGCATTTAAAAACTTCAATTTGTAGCATTCAAACACTTCAATTTGCAGCACTTTAACA
1 AATTTACAGCATTTAAACACTTCAATTTGTAGCATTCAAACACTTCAATTTGCAGCACTTTAACA
* *
13793 CTTCAATTTACAGCATTTAAGAACTTCAATTTGCAGCACTCTTACATCTCAATTAACAACATTTA
66 CTTCAATTTACAGCATTTAAGCACTTCAATTTGCAGCACTTTTACATCTCAATTAACAACATTTA
*
13858 TACACCTCAATTACAGCGATAAAACATCTCAATCTCCAGCAACTAAACAC-TCTAATTTAG-AGT
131 TACACCTCAATTACAGCGATAAAACATCTCAATGTCCAGCAACTAAACACTTC-AATTT-GCAGT
* * *
13921 AGTTAAACACTTTAATTTGCAACATTTTAGCACTTC
194 ACTTAAACACTTCAATTTGCAACATTTAAGCACTTC
*
13957 AATTTACAGCATTTAAACACTTCAATTTGCAGCATTCAAACACTTCAATTTGCAGCACTTTAACA
1 AATTTACAGCATTTAAACACTTCAATTTGTAGCATTCAAACACTTCAATTTGCAGCACTTTAACA
*
14022 CTTCAATTTACAGCATTTAAGCACTTCAATTTGCAGCACTTTAACATCTCAATTAACAACATTTA
66 CTTCAATTTACAGCATTTAAGCACTTCAATTTGCAGCACTTTTACATCTCAATTAACAACATTTA
* *
14087 TACACCTCAATTACAGTGATAAAACATCTCAATGTCCAGCAAATAAACACTTCAATTTGCAGTAC
131 TACACCTCAATTACAGCGATAAAACATCTCAATGTCCAGCAACTAAACACTTCAATTTGCAGTAC
*
14152 TTAAACACTTCAATTTACAACATTTAAGCACTTC
196 TTAAACACTTCAATTTGCAACATTTAAGCACTTC
*
14186 AATTTACAGCATTTAAACACTTCAATTTGTAGCATTCAAACACTTCAATCTGCAGCACTTTAACA
1 AATTTACAGCATTTAAACACTTCAATTTGTAGCATTCAAACACTTCAATTTGCAGCACTTTAACA
14251 CTTCAATTTACAGCATTTAAGCACTTCAATTTGCAGCACTTTTACATCTCAATTAACAACATTTA
66 CTTCAATTTACAGCATTTAAGCACTTCAATTTGCAGCACTTTTACATCTCAATTAACAACATTTA
*
14316 TACACCTCAATTACAGCGATAAAACATCTCAATGTCCAGCAACTAAACACTTCAATTTACAGTAC
131 TACACCTCAATTACAGCGATAAAACATCTCAATGTCCAGCAACTAAACACTTCAATTTGCAGTAC
14381 TTAAACACTTCAATTTGCAACATTTAAGCACTTC
196 TTAAACACTTCAATTTGCAACATTTAAGCACTTC
* * *
14415 AATTTACAGCATTTAAACACTTTAATTCGCAGCATTCAAACACTTCAATTTGCAGCACTTTAACA
1 AATTTACAGCATTTAAACACTTCAATTTGTAGCATTCAAACACTTCAATTTGCAGCACTTTAACA
14480 CTTCAATTTACAGCATTTAAGCACTTCAATTTGCAGCACTTTTACATCTCAATTAACAACATTTA
66 CTTCAATTTACAGCATTTAAGCACTTCAATTTGCAGCACTTTTACATCTCAATTAACAACATTTA
14545 TACACCTCAATTACAGCGATAAAACATCTCAATGTCCAGCAACTAAACACTTCAATTTTGCAGTA
131 TACACCTCAATTACAGCGATAAAACATCTCAATGTCCAGCAACTAAACACTTCAA-TTTGCAGTA
*
14610 CTTAAACACTTCAATTTGCAACATTTAAGCACATC
195 CTTAAACACTTCAATTTGCAACATTTAAGCACTTC
*
14645 AATTTACAGCATTTAAACACTTCAATTTATAGCATTCAAACACTTCAATTTGCAGCACTTTAACA
1 AATTTACAGCATTTAAACACTTCAATTTGTAGCATTCAAACACTTCAATTTGCAGCACTTTAACA
* *
14710 CTTCAATTTACAGCATTTAAGCACTTCAATGTGCAGCACTTTAACATCTCAATTAACAACATTTA
66 CTTCAATTTACAGCATTTAAGCACTTCAATTTGCAGCACTTTTACATCTCAATTAACAACATTTA
* * *
14775 TACACCTCAATTACAGCGATAAAACATCTCCATGTCCAGCAACTAAACACTTCAATTTTCAGTTC
131 TACACCTCAATTACAGCGATAAAACATCTCAATGTCCAGCAACTAAACACTTCAATTTGCAGTAC
*
14840 TTAAACCCTTCAATTTGCAACATTTAAGCACTTC
196 TTAAACACTTCAATTTGCAACATTTAAGCACTTC
* * *
14874 AATTTACAGCATTTAAACACTTGAATTTGAAGCATTCAAACAATTCAATTTGCAGCACTTTAACA
1 AATTTACAGCATTTAAACACTTCAATTTGTAGCATTCAAACACTTCAATTTGCAGCACTTTAACA
* * *
14939 CTTCAATTTAAAGCATTTAAGCACTTCAATTTGCAGCACTTTTACATCTCAATTAAAAAAATTTA
66 CTTCAATTTACAGCATTTAAGCACTTCAATTTGCAGCACTTTTACATCTCAATTAACAACATTTA
15004 TACACCTCAATTACAGCGATAAAACATCTCAATGTCCAGCAACTAAACACTTCAATTTGCAGTAC
131 TACACCTCAATTACAGCGATAAAACATCTCAATGTCCAGCAACTAAACACTTCAATTTGCAGTAC
* *
15069 TTAAACACTTCAATTTGCAACATTTAAGCACATG
196 TTAAACACTTCAATTTGCAACATTTAAGCACTTC
* *
15103 AATTTATAGCATTTAAACACTTCAATTTATAGCATTCAAACACTTCAATTTGCAGCACTTTAACA
1 AATTTACAGCATTTAAACACTTCAATTTGTAGCATTCAAACACTTCAATTTGCAGCACTTTAACA
*
15168 CTTCAATTTACAGCATTTAAGCACTTCAATTTGCAGCACTTTAACATCTCAATTAACAACATTTA
66 CTTCAATTTACAGCATTTAAGCACTTCAATTTGCAGCACTTTTACATCTCAATTAACAACATTTA
* * *
15233 TACACCTCAATTACAGCGATAAAACATCTCCATGTCCAGCAACTAAACACTTCAATTTTCAGTTC
131 TACACCTCAATTACAGCGATAAAACATCTCAATGTCCAGCAACTAAACACTTCAATTTGCAGTAC
*
15298 TTAAACCCTTCAATTTGCAACATTTAAGCACTTC
196 TTAAACACTTCAATTTGCAACATTTAAGCACTTC
* *
15332 AATTTACAGCATTTAAACACTTGAATTTGCAGCATTCAAACACTTCAATTTGCAGCACTTTAACA
1 AATTTACAGCATTTAAACACTTCAATTTGTAGCATTCAAACACTTCAATTTGCAGCACTTTAACA
* * *
15397 CTTCAATTTAAAGCATTTAAGCACTTCAATTTGCAGCACTTTTACATCTCAATTAAAAAAATTTA
66 CTTCAATTTACAGCATTTAAGCACTTCAATTTGCAGCACTTTTACATCTCAATTAACAACATTTA
15462 TACACCTCAATTACAGCGATAAAACATCTCAATGTCCAGCAACTAAACACTTCAATTTGCAGTAC
131 TACACCTCAATTACAGCGATAAAACATCTCAATGTCCAGCAACTAAACACTTCAATTTGCAGTAC
*
15527 TTAAACACTTCAATTTGCAACATTTAAGCACATC
196 TTAAACACTTCAATTTGCAACATTTAAGCACTTC
* *
15561 AATTTATAGCATTTAAACACTTCAATTTATAGCATTCAAACACTTCAATTTGCAGCACTTTAACA
1 AATTTACAGCATTTAAACACTTCAATTTGTAGCATTCAAACACTTCAATTTGCAGCACTTTAACA
15626 CTTCAATTTACAGCATTTAAGCACTTCAATTTGCAGCACTTTTACATCTCAATTAACAACATTTA
66 CTTCAATTTACAGCATTTAAGCACTTCAATTTGCAGCACTTTTACATCTCAATTAACAACATTTA
* * **
15691 TACACCTCAATTACAGCGATAAAACATCTCCATGTCCAGCAACTAAACACTTCAATTTTCAGGCC
131 TACACCTCAATTACAGCGATAAAACATCTCAATGTCCAGCAACTAAACACTTCAATTTGCAGTAC
15756 TTAAACACTTCAATTTGCAACATTTAAGCACTTC
196 TTAAACACTTCAATTTGCAACATTTAAGCACTTC
* **
15790 AATTTACAGCATTTAAACACTTGAATTTCCAGCATTCAAACACTTCAATTTGCAGCACTTTAACA
1 AATTTACAGCATTTAAACACTTCAATTTGTAGCATTCAAACACTTCAATTTGCAGCACTTTAACA
* * * *
15855 CTTCAATTTAAAGCATTTAAGCACTTCAATTTGCAGCACTTTAACA-CTTCAATTTACAGCATTT
66 CTTCAATTTACAGCATTTAAGCACTTCAATTTGCAGCACTTTTACATC-TCAATTAACAACATTT
15919 A
130 A
15920 AGCACTTCAA
Statistics
Matches: 3576, Mismatches: 211, Indels: 16
0.94 0.06 0.00
Matches are distributed among these distances:
228 4 0.00
229 3350 0.94
230 222 0.06
ACGTcount: A:0.37, C:0.24, G:0.07, T:0.32
Consensus pattern (229 bp):
AATTTACAGCATTTAAACACTTCAATTTGTAGCATTCAAACACTTCAATTTGCAGCACTTTAACA
CTTCAATTTACAGCATTTAAGCACTTCAATTTGCAGCACTTTTACATCTCAATTAACAACATTTA
TACACCTCAATTACAGCGATAAAACATCTCAATGTCCAGCAACTAAACACTTCAATTTGCAGTAC
TTAAACACTTCAATTTGCAACATTTAAGCACTTC
Found at i:16019 original size:229 final size:229
Alignment explanation
Indices: 11896--17291 Score: 6930
Period size: 229 Copynumber: 23.6 Consensus size: 229
11886 TGCACCAACA
* *
11896 AATTTACAGCATTTAAACACTTCAATTTGTAGCATTCAAACACTTCAATCTGCAGCACTTTAACA
1 AATTTACAGCATTTAAACACTTCAATTTGCAGCATTCAAACACTTCAATTTGCAGCACTTTAACA
* * * *
11961 CTTCAATTTACAGCATTTAAGCAGTTCAATTTGCAGCACTTTTACATCTCAATTAAAAAAATTTA
66 CTTCAATTTACAGCATTTAAGCACTTCAATTTGCAGCACTTTAACATCTCAATTAACAACATTTA
*
12026 TACACCTCAATTACAGCGATAAAACATCTCAATGTCCAGCAACTAAACACTTCAATTTGCAGTAC
131 TACACCTCAATTACAGCGATAAAACATCTCAATGTCCAGCAACTAAACACTTCAATTTACAGTAC
* *
12091 TTAAACACTTCAATTTGCAACATTTAAGCACATA
196 TTAAACACTTCAATTTGCAACATTTAAGCACTTC
** * *
12125 AATTTACAGCATTTAAACACTTCAATTTATAGCATTCAAACACTTCAATTTGCAACACTTTCACA
1 AATTTACAGCATTTAAACACTTCAATTTGCAGCATTCAAACACTTCAATTTGCAGCACTTTAACA
*
12190 CTTCAATTTACAGCATTTAAGCACTTCAATTTGCAGCACTTTTACATCTCAATTAACAACATTTA
66 CTTCAATTTACAGCATTTAAGCACTTCAATTTGCAGCACTTTAACATCTCAATTAACAACATTTA
* * * *
12255 TACACCTCAATTACAGCGATAAAACATCTCCATGTCCAGCAACTAAACACTACAATTTTCAGTCC
131 TACACCTCAATTACAGCGATAAAACATCTCAATGTCCAGCAACTAAACACTTCAATTTACAGTAC
* *
12320 TTAAACACTTCAATTTGAAACATATAAGCACTTC
196 TTAAACACTTCAATTTGCAACATTTAAGCACTTC
* *
12354 AATTTACAGCATTTAAAAACTTCAATTTGTAGCATTCAAACACTTCAATTTGCAGCACTTTAACA
1 AATTTACAGCATTTAAACACTTCAATTTGCAGCATTCAAACACTTCAATTTGCAGCACTTTAACA
*
12419 CTTCAATTTACAGCATTTAAGAACTTCAATTTGCAGCACTCTT-ACATCTCAATTAACAACATTT
66 CTTCAATTTACAGCATTTAAGCACTTCAATTTGCAGCACT-TTAACATCTCAATTAACAACATTT
* * *
12483 ATACACCTCAATTACAGCGATAAAACATCTCAATCTCCAGCAACTAAACACTTTAATTTAGAGTA
130 ATACACCTCAATTACAGCGATAAAACATCTCAATGTCCAGCAACTAAACACTTCAATTTACAGTA
* * *
12548 GTTAAACACTTTAATTTGCAACATTTTAGCACTTC
195 CTTAAACACTTCAATTTGCAACATTTAAGCACTTC
*
12583 AATTTATAGCATTTAAACACTTCAATTTGCAGCATTCAAACACTTCAATTTGCAGCACTTTAACA
1 AATTTACAGCATTTAAACACTTCAATTTGCAGCATTCAAACACTTCAATTTGCAGCACTTTAACA
*
12648 CTTCAATTTACAGCATTTAAGCACTTCAATTTGCAGCACTTTAACATCTGAATTAACAACATTTA
66 CTTCAATTTACAGCATTTAAGCACTTCAATTTGCAGCACTTTAACATCTCAATTAACAACATTTA
* * *
12713 TACACCTCAATTACAGTGATAAAACATCTCAATGTCCAGCAAATAAACACTTCAATTTGCAGTAC
131 TACACCTCAATTACAGCGATAAAACATCTCAATGTCCAGCAACTAAACACTTCAATTTACAGTAC
* *
12778 TTAAACACTTGAATTTACAACATTTAAGCACTTC
196 TTAAACACTTCAATTTGCAACATTTAAGCACTTC
* * *
12812 AATTTACAGCATTTAAACACTTCAATTTGTAGCATTCAAACACCTCAATCTGCAGCACTTTAACA
1 AATTTACAGCATTTAAACACTTCAATTTGCAGCATTCAAACACTTCAATTTGCAGCACTTTAACA
* *
12877 CTTCAATTTACAGCATTTAAGCACTTCAATTTGTAGCACTTTTACATCTCAATTAACAACATTTA
66 CTTCAATTTACAGCATTTAAGCACTTCAATTTGCAGCACTTTAACATCTCAATTAACAACATTTA
*
12942 TACACCTCAATTACAGCGATAAAACATCTCAATGTCTAGCAACTAAACACTTCAATTTACAGTAC
131 TACACCTCAATTACAGCGATAAAACATCTCAATGTCCAGCAACTAAACACTTCAATTTACAGTAC
13007 TTAAACACTTCAATTTGCAACATTTAAGCACTTC
196 TTAAACACTTCAATTTGCAACATTTAAGCACTTC
*
13041 AATTTACAGCATTTAAACACTTCAATTTGCAGCATTCAAACACTTCAATTTGTAGCACTTTAACA
1 AATTTACAGCATTTAAACACTTCAATTTGCAGCATTCAAACACTTCAATTTGCAGCACTTTAACA
*
13106 CTTCAATTTACAACATTTAAGCACTTCAATTTGCAGCACTTTAACATCTCAATTAACAACATTTA
66 CTTCAATTTACAGCATTTAAGCACTTCAATTTGCAGCACTTTAACATCTCAATTAACAACATTTA
* * *
13171 TACACCTCAATTACAGTGATAAAACATCTCAATGTCCAGCAAATAAACACTTCAATTTGCAGTAC
131 TACACCTCAATTACAGCGATAAAACATCTCAATGTCCAGCAACTAAACACTTCAATTTACAGTAC
*
13236 TTAAACACTTCAATTTACAACATTTAAGCACTTC
196 TTAAACACTTCAATTTGCAACATTTAAGCACTTC
* *
13270 AATTTACAGCATTTAAACACTTCAATTTGTAGCATTCAAACACTTCAATCTGCAGCACTTTAACA
1 AATTTACAGCATTTAAACACTTCAATTTGCAGCATTCAAACACTTCAATTTGCAGCACTTTAACA
* * * *
13335 CTTCAATTTACAGCATTTAAGCAGTTCAATTTGCAGCACTTTTACATCTCAATTAAAAAAATTTA
66 CTTCAATTTACAGCATTTAAGCACTTCAATTTGCAGCACTTTAACATCTCAATTAACAACATTTA
*
13400 TACACCTCAATTACAGCGATAAAACATCTCAATGTCCAGCAACTAAACACTTCAATTTGCAGTAC
131 TACACCTCAATTACAGCGATAAAACATCTCAATGTCCAGCAACTAAACACTTCAATTTACAGTAC
*
13465 TTAAACACTTCAATTTGCAACATTTAAGCACATC
196 TTAAACACTTCAATTTGCAACATTTAAGCACTTC
** * * *
13499 AATTTACAGCATTTAAACACTTCAATTTATAGCATTCAAACACTTCAATTTGCAACAGTTTCACA
1 AATTTACAGCATTTAAACACTTCAATTTGCAGCATTCAAACACTTCAATTTGCAGCACTTTAACA
*
13564 CTTCAATTTACAGCATTTAAGCACTTCAATTTGCAGCACTTTTACATCTCAATTAACAACATTTA
66 CTTCAATTTACAGCATTTAAGCACTTCAATTTGCAGCACTTTAACATCTCAATTAACAACATTTA
* * * *
13629 TACACCTCAATTACAGCGATAAAACATCTCCATGTCCAGCAACTAAACACTACAATTTTCAGTCC
131 TACACCTCAATTACAGCGATAAAACATCTCAATGTCCAGCAACTAAACACTTCAATTTACAGTAC
13694 TTAAACACTTCAATTTGCAACATTTAAGCACTTC
196 TTAAACACTTCAATTTGCAACATTTAAGCACTTC
* *
13728 AATTTACAGCATTTAAAAACTTCAATTTGTAGCATTCAAACACTTCAATTTGCAGCACTTTAACA
1 AATTTACAGCATTTAAACACTTCAATTTGCAGCATTCAAACACTTCAATTTGCAGCACTTTAACA
*
13793 CTTCAATTTACAGCATTTAAGAACTTCAATTTGCAGCACTCTT-ACATCTCAATTAACAACATTT
66 CTTCAATTTACAGCATTTAAGCACTTCAATTTGCAGCACT-TTAACATCTCAATTAACAACATTT
* *
13857 ATACACCTCAATTACAGCGATAAAACATCTCAATCTCCAGCAACTAAACAC-TCTAATTTAGAGT
130 ATACACCTCAATTACAGCGATAAAACATCTCAATGTCCAGCAACTAAACACTTC-AATTTACAGT
* * *
13921 AGTTAAACACTTTAATTTGCAACATTTTAGCACTTC
194 ACTTAAACACTTCAATTTGCAACATTTAAGCACTTC
13957 AATTTACAGCATTTAAACACTTCAATTTGCAGCATTCAAACACTTCAATTTGCAGCACTTTAACA
1 AATTTACAGCATTTAAACACTTCAATTTGCAGCATTCAAACACTTCAATTTGCAGCACTTTAACA
14022 CTTCAATTTACAGCATTTAAGCACTTCAATTTGCAGCACTTTAACATCTCAATTAACAACATTTA
66 CTTCAATTTACAGCATTTAAGCACTTCAATTTGCAGCACTTTAACATCTCAATTAACAACATTTA
* * *
14087 TACACCTCAATTACAGTGATAAAACATCTCAATGTCCAGCAAATAAACACTTCAATTTGCAGTAC
131 TACACCTCAATTACAGCGATAAAACATCTCAATGTCCAGCAACTAAACACTTCAATTTACAGTAC
*
14152 TTAAACACTTCAATTTACAACATTTAAGCACTTC
196 TTAAACACTTCAATTTGCAACATTTAAGCACTTC
* *
14186 AATTTACAGCATTTAAACACTTCAATTTGTAGCATTCAAACACTTCAATCTGCAGCACTTTAACA
1 AATTTACAGCATTTAAACACTTCAATTTGCAGCATTCAAACACTTCAATTTGCAGCACTTTAACA
*
14251 CTTCAATTTACAGCATTTAAGCACTTCAATTTGCAGCACTTTTACATCTCAATTAACAACATTTA
66 CTTCAATTTACAGCATTTAAGCACTTCAATTTGCAGCACTTTAACATCTCAATTAACAACATTTA
14316 TACACCTCAATTACAGCGATAAAACATCTCAATGTCCAGCAACTAAACACTTCAATTTACAGTAC
131 TACACCTCAATTACAGCGATAAAACATCTCAATGTCCAGCAACTAAACACTTCAATTTACAGTAC
14381 TTAAACACTTCAATTTGCAACATTTAAGCACTTC
196 TTAAACACTTCAATTTGCAACATTTAAGCACTTC
* *
14415 AATTTACAGCATTTAAACACTTTAATTCGCAGCATTCAAACACTTCAATTTGCAGCACTTTAACA
1 AATTTACAGCATTTAAACACTTCAATTTGCAGCATTCAAACACTTCAATTTGCAGCACTTTAACA
*
14480 CTTCAATTTACAGCATTTAAGCACTTCAATTTGCAGCACTTTTACATCTCAATTAACAACATTTA
66 CTTCAATTTACAGCATTTAAGCACTTCAATTTGCAGCACTTTAACATCTCAATTAACAACATTTA
*
14545 TACACCTCAATTACAGCGATAAAACATCTCAATGTCCAGCAACTAAACACTTCAATTTTGCAGTA
131 TACACCTCAATTACAGCGATAAAACATCTCAATGTCCAGCAACTAAACACTTCAA-TTTACAGTA
*
14610 CTTAAACACTTCAATTTGCAACATTTAAGCACATC
195 CTTAAACACTTCAATTTGCAACATTTAAGCACTTC
**
14645 AATTTACAGCATTTAAACACTTCAATTTATAGCATTCAAACACTTCAATTTGCAGCACTTTAACA
1 AATTTACAGCATTTAAACACTTCAATTTGCAGCATTCAAACACTTCAATTTGCAGCACTTTAACA
*
14710 CTTCAATTTACAGCATTTAAGCACTTCAATGTGCAGCACTTTAACATCTCAATTAACAACATTTA
66 CTTCAATTTACAGCATTTAAGCACTTCAATTTGCAGCACTTTAACATCTCAATTAACAACATTTA
* * *
14775 TACACCTCAATTACAGCGATAAAACATCTCCATGTCCAGCAACTAAACACTTCAATTTTCAGTTC
131 TACACCTCAATTACAGCGATAAAACATCTCAATGTCCAGCAACTAAACACTTCAATTTACAGTAC
*
14840 TTAAACCCTTCAATTTGCAACATTTAAGCACTTC
196 TTAAACACTTCAATTTGCAACATTTAAGCACTTC
* * *
14874 AATTTACAGCATTTAAACACTTGAATTTGAAGCATTCAAACAATTCAATTTGCAGCACTTTAACA
1 AATTTACAGCATTTAAACACTTCAATTTGCAGCATTCAAACACTTCAATTTGCAGCACTTTAACA
* * * *
14939 CTTCAATTTAAAGCATTTAAGCACTTCAATTTGCAGCACTTTTACATCTCAATTAAAAAAATTTA
66 CTTCAATTTACAGCATTTAAGCACTTCAATTTGCAGCACTTTAACATCTCAATTAACAACATTTA
*
15004 TACACCTCAATTACAGCGATAAAACATCTCAATGTCCAGCAACTAAACACTTCAATTTGCAGTAC
131 TACACCTCAATTACAGCGATAAAACATCTCAATGTCCAGCAACTAAACACTTCAATTTACAGTAC
* *
15069 TTAAACACTTCAATTTGCAACATTTAAGCACATG
196 TTAAACACTTCAATTTGCAACATTTAAGCACTTC
* **
15103 AATTTATAGCATTTAAACACTTCAATTTATAGCATTCAAACACTTCAATTTGCAGCACTTTAACA
1 AATTTACAGCATTTAAACACTTCAATTTGCAGCATTCAAACACTTCAATTTGCAGCACTTTAACA
15168 CTTCAATTTACAGCATTTAAGCACTTCAATTTGCAGCACTTTAACATCTCAATTAACAACATTTA
66 CTTCAATTTACAGCATTTAAGCACTTCAATTTGCAGCACTTTAACATCTCAATTAACAACATTTA
* * *
15233 TACACCTCAATTACAGCGATAAAACATCTCCATGTCCAGCAACTAAACACTTCAATTTTCAGTTC
131 TACACCTCAATTACAGCGATAAAACATCTCAATGTCCAGCAACTAAACACTTCAATTTACAGTAC
*
15298 TTAAACCCTTCAATTTGCAACATTTAAGCACTTC
196 TTAAACACTTCAATTTGCAACATTTAAGCACTTC
*
15332 AATTTACAGCATTTAAACACTTGAATTTGCAGCATTCAAACACTTCAATTTGCAGCACTTTAACA
1 AATTTACAGCATTTAAACACTTCAATTTGCAGCATTCAAACACTTCAATTTGCAGCACTTTAACA
* * * *
15397 CTTCAATTTAAAGCATTTAAGCACTTCAATTTGCAGCACTTTTACATCTCAATTAAAAAAATTTA
66 CTTCAATTTACAGCATTTAAGCACTTCAATTTGCAGCACTTTAACATCTCAATTAACAACATTTA
*
15462 TACACCTCAATTACAGCGATAAAACATCTCAATGTCCAGCAACTAAACACTTCAATTTGCAGTAC
131 TACACCTCAATTACAGCGATAAAACATCTCAATGTCCAGCAACTAAACACTTCAATTTACAGTAC
*
15527 TTAAACACTTCAATTTGCAACATTTAAGCACATC
196 TTAAACACTTCAATTTGCAACATTTAAGCACTTC
* **
15561 AATTTATAGCATTTAAACACTTCAATTTATAGCATTCAAACACTTCAATTTGCAGCACTTTAACA
1 AATTTACAGCATTTAAACACTTCAATTTGCAGCATTCAAACACTTCAATTTGCAGCACTTTAACA
*
15626 CTTCAATTTACAGCATTTAAGCACTTCAATTTGCAGCACTTTTACATCTCAATTAACAACATTTA
66 CTTCAATTTACAGCATTTAAGCACTTCAATTTGCAGCACTTTAACATCTCAATTAACAACATTTA
* * **
15691 TACACCTCAATTACAGCGATAAAACATCTCCATGTCCAGCAACTAAACACTTCAATTTTCAGGCC
131 TACACCTCAATTACAGCGATAAAACATCTCAATGTCCAGCAACTAAACACTTCAATTTACAGTAC
15756 TTAAACACTTCAATTTGCAACATTTAAGCACTTC
196 TTAAACACTTCAATTTGCAACATTTAAGCACTTC
* *
15790 AATTTACAGCATTTAAACACTTGAATTTCCAGCATTCAAACACTTCAATTTGCAGCACTTTAACA
1 AATTTACAGCATTTAAACACTTCAATTTGCAGCATTCAAACACTTCAATTTGCAGCACTTTAACA
* * *
15855 CTTCAATTTAAAGCATTTAAGCACTTCAATTTGCAGCACTTTAACA-CTTCAATTTACAGCATTT
66 CTTCAATTTACAGCATTTAAGCACTTCAATTTGCAGCACTTTAACATC-TCAATTAACAACATTT
* * *** * * ** * *
15919 A-AGCACTTCAATTTGCAGC-ACTTTTACATCTCAAT-TAACAACATTTATACACCTCAA-TTAC
130 ATA-CACCTCAA-TTACAGCGA-TAAAACATCTCAATGT-CCAGCAACTAAACACTTCAATTTAC
* * * * ** *** *
15980 A--ACGATAAA-ACATCTAAATGTCCAGTAACGAAACACTTC
191 AGTAC-TTAAACAC-T-TCAATTTGCAACATTTAAGCACTTC
* * * * * * *
16019 AATTTGCAGTACTTAAACACTTCAATTTGCAACATTTAAGCACTTCAATTTACAGCA-TTTAAAC
1 AATTTACAGCATTTAAACACTTCAATTTGCAGCATTCAAACACTTCAATTTGCAGCACTTT-AAC
* * * * * *
16083 ACTTTAATTTGCAGCATTCAAACACTTCAATTTGCAGCACTTTAACA-CTTCAATTTACAGCATT
65 ACTTCAATTTACAGCATTTAAGCACTTCAATTTGCAGCACTTTAACATC-TCAATTAACAACATT
* * *** * * ** * *
16147 TA-AGCACTTCAATTTGCAGC-ACTTTTACATCTCAAT-TAACAACATTTATACACCTCAA-TTA
129 TATA-CACCTCAA-TTACAGCGA-TAAAACATCTCAATGT-CCAGCAACTAAACACTTCAATTTA
* * * * * ** *
16208 CAGCGA-TAAAACA-TCTCAATGTCCAGCAACTAAACACTTC
190 CAG-TACTTAAACACT-TCAATTTGCAACATTTAAGCACTTC
* * * * * * * *
16248 AATTTGCAGTACTTAAACACTTCAATTTGCAACATTTAAGCACGTCAATTTACAGCA-TTTAAAC
1 AATTTACAGCATTTAAACACTTCAATTTGCAGCATTCAAACACTTCAATTTGCAGCACTTT-AAC
* * * * * * *
16312 ACTTCAATTTATAGCATTCAAACACTTCAATTTGCAACACTTTCACA-CTTCAATTTACAGCATT
65 ACTTCAATTTACAGCATTTAAGCACTTCAATTTGCAGCACTTTAACATC-TCAATTAACAACATT
* * *** * * ** * *
16376 TA-AGCACTTCAATTTGCAGC-ACTTTTACATCTCAAT-TAACAACATTTATACACCTCAA-TTA
129 TATA-CACCTCAA-TTACAGCGA-TAAAACATCTCAATGT-CCAGCAACTAAACACTTCAATTTA
* * * * * * ** *
16437 CAGCGA-TAAAACA-TCTCCATGTCCAGCAACTAAACACTTC
190 CAG-TACTTAAACACT-TCAATTTGCAACATTTAAGCACTTC
* * * * * *
16477 AATTTTCAGGC-CTTAAACACTTCAATTTGCAACATTTAAGCACTTCAATTTACAGCA-TTTAAA
1 AATTTACA-GCATTTAAACACTTCAATTTGCAGCATTCAAACACTTCAATTTGCAGCACTTT-AA
* * * * *
16540 CACTTGAATTTCCAGCATTCAAACACTTCAATTTGCAGCACTTTAACA-CTTCAATTTAA-AGCA
64 CACTTCAATTTACAGCATTTAAGCACTTCAATTTGCAGCACTTTAACATC-TCAA-TTAACAACA
* * *** ** ** * * *
16603 TTTA-AGCACTTCAATTTGCAGC-ACTTTTACATCTCAAT-TAAAAAAATTTATACACCTCAA-T
127 TTTATA-CACCTCAA-TTACAGCGA-TAAAACATCTCAATGTCCAGCAA-CTAAACACTTCAATT
* * * * * ** *
16664 TACAGCGA-TAAAACA-TCTCAATGTCCAGCAACTAAACACTTC
188 TACAG-TACTTAAACACT-TCAATTTGCAACATTTAAGCACTTC
* * * * * * * *
16706 AATTTGCAGTACTTAAACACTTCAATTTGCAACATTTAAGCACTTCAATTTACATCA-TTTAAAC
1 AATTTACAGCATTTAAACACTTCAATTTGCAGCATTCAAACACTTCAATTTGCAGCACTTT-AAC
* * * * * *
16770 ACTTTAATTTACAGCATTCAAACACTTCAATTTGCAACACTTTAACA-CTTCAATTTACAGCATT
65 ACTTCAATTTACAGCATTTAAGCACTTCAATTTGCAGCACTTTAACATC-TCAATTAACAACATT
* * *** * * ** * *
16834 TA-AGCACTTCAATTTGCAGC-ACTTTTACATCTCAAT-TAACAACATTTATACACCTCAA-TTA
129 TATA-CACCTCAA-TTACAGCGA-TAAAACATCTCAATGT-CCAGCAACTAAACACTTCAATTTA
* * * * * ** *
16895 CAGCGA-TAAAACA-TCTCAATGTCCAGCAACTAAACACTTC
190 CAG-TACTTAAACACT-TCAATTTGCAACATTTAAGCACTTC
* * * * * * *
16935 AATTTGCAGTACTTAAACACTTCAATTTGCAACATTTAAGCACTTCAATTTACAGCA-TTTAAAC
1 AATTTACAGCATTTAAACACTTCAATTTGCAGCATTCAAACACTTCAATTTGCAGCACTTT-AAC
* * * * * * *
16999 ACTTCAATTTATAGCATTCAAACACTTCAATTTGCAACACTTTCACA-CTTCAATTTACAGCATT
65 ACTTCAATTTACAGCATTTAAGCACTTCAATTTGCAGCACTTTAACATC-TCAATTAACAACATT
* * *** * * ** * *
17063 TA-AGCACTTCAATTTGCAGC-ACTTTTACATCTCAAT-TAACAACATTTATACACCTCAA-TTA
129 TATA-CACCTCAA-TTACAGCGA-TAAAACATCTCAATGT-CCAGCAACTAAACACTTCAATTTA
* * * * * ** *
17124 CAGCGA-TAAAACA-TCTC-ATGTCCAGCAACTAAACACTTC
190 CAG-TACTTAAACACT-TCAATTTGCAACATTTAAGCACTTC
* * * * *
17163 AATTTTCAG--TCTTAAACACTTCAATTTGCAACATTTAAGCACTTCAATTTACAGCA-TTTAAA
1 AATTTACAGCAT-TTAAACACTTCAATTTGCAGCATTCAAACACTTCAATTTGCAGCACTTT-AA
* ** * * * *
17225 AACTTCAATTTGTAGCATTCAAACACTTCAATTTGCAGCACTTTAACA-CTTCAATTTACAGCAT
64 CACTTCAATTTACAGCATTTAAGCACTTCAATTTGCAGCACTTTAACATC-TCAATTAACAACAT
17289 TTA
128 TTA
17292 AGAACTTCAA
Statistics
Matches: 4846, Mismatches: 294, Indels: 56
0.93 0.06 0.01
Matches are distributed among these distances:
227 117 0.02
228 53 0.01
229 4407 0.91
230 267 0.06
231 1 0.00
232 1 0.00
ACGTcount: A:0.37, C:0.24, G:0.07, T:0.32
Consensus pattern (229 bp):
AATTTACAGCATTTAAACACTTCAATTTGCAGCATTCAAACACTTCAATTTGCAGCACTTTAACA
CTTCAATTTACAGCATTTAAGCACTTCAATTTGCAGCACTTTAACATCTCAATTAACAACATTTA
TACACCTCAATTACAGCGATAAAACATCTCAATGTCCAGCAACTAAACACTTCAATTTACAGTAC
TTAAACACTTCAATTTGCAACATTTAAGCACTTC
Found at i:18460 original size:45 final size:43
Alignment explanation
Indices: 18376--18497 Score: 124
Period size: 43 Copynumber: 2.8 Consensus size: 43
18366 CGGGTTTTAG
18376 TAACTCACACAATGCCCTTCGGGACTTAACCCGGAATTTAAAA
1 TAACTCACACAATGCCCTTCGGGACTTAACCCGGAATTTAAAA
* * *
18419 TAACTCGCACGAATGCGCTTCGGCGACTTAACCCTGG-ATTT--AG
1 TAACTCACAC-AATGCCCTTCGG-GACTTAACCC-GGAATTTAAAA
* * * * *
18462 TATCTCGCACAAAGGCCTTCGGGGCTTAACCCGGAA
1 TAACTCACACAATGCCCTTCGGGACTTAACCCGGAA
18498 CTTGTATCTC
Statistics
Matches: 67, Mismatches: 8, Indels: 10
0.79 0.09 0.12
Matches are distributed among these distances:
40 2 0.03
41 10 0.15
42 9 0.13
43 19 0.28
44 11 0.16
45 14 0.21
46 2 0.03
ACGTcount: A:0.28, C:0.29, G:0.20, T:0.23
Consensus pattern (43 bp):
TAACTCACACAATGCCCTTCGGGACTTAACCCGGAATTTAAAA
Found at i:18519 original size:39 final size:42
Alignment explanation
Indices: 18422--18522 Score: 120
Period size: 39 Copynumber: 2.5 Consensus size: 42
18412 TTTAAAATAA
* *
18422 CTCGCACGAATGCGCTTCGGCGACTTAACCCTGGATTTAGTAT
1 CTCGCACAAATGC-CTTCGGCGACTTAACCCTGGACTTAGTAT
* *
18465 CTCGCACAAAGGCCTTCGG-GGCTTAACCC-GGAACTT-GTAT
1 CTCGCACAAATGCCTTCGGCGACTTAACCCTGG-ACTTAGTAT
18505 CTC-CACAAATGCCTTCGG
1 CTCGCACAAATGCCTTCGG
18523 ATCTTGAGTC
Statistics
Matches: 52, Mismatches: 5, Indels: 6
0.83 0.08 0.10
Matches are distributed among these distances:
39 14 0.27
40 9 0.17
41 12 0.23
42 6 0.12
43 11 0.21
ACGTcount: A:0.22, C:0.31, G:0.23, T:0.25
Consensus pattern (42 bp):
CTCGCACAAATGCCTTCGGCGACTTAACCCTGGACTTAGTAT
Done.