Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: Scaffold3810
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 1000
Length: 30066
ACGTcount: A:0.31, C:0.13, G:0.24, T:0.33
Found at i:3376 original size:40 final size:40
Alignment explanation
Indices: 3282--3426 Score: 193
Period size: 40 Copynumber: 3.6 Consensus size: 40
3272 TACTCGAATG
*
3282 ATATCCGGGCTAAGTCCCGAAGGCTTTTGTGCTAAGCGACT
1 ATATCCGGGCTAAGTCCCGAAGGCATTTGTGCT-AGCGACT
* *
3323 ACATCCGGACTAAGAT-CCGAAGGCATTTGTGCTAGCGACT
1 ATATCCGGGCTAAG-TCCCGAAGGCATTTGTGCTAGCGACT
* * *
3363 ATATCCGGGCTAAGTCCCGAAGGCATTTATGCTAGTGACC
1 ATATCCGGGCTAAGTCCCGAAGGCATTTGTGCTAGCGACT
* *
3403 ATATCCGGGTTAAGACCCGAAGGC
1 ATATCCGGGCTAAGTCCCGAAGGC
3427 CTTGTGCGAG
Statistics
Matches: 92, Mismatches: 10, Indels: 5
0.86 0.09 0.05
Matches are distributed among these distances:
39 1 0.01
40 62 0.67
41 28 0.30
42 1 0.01
ACGTcount: A:0.26, C:0.25, G:0.26, T:0.23
Consensus pattern (40 bp):
ATATCCGGGCTAAGTCCCGAAGGCATTTGTGCTAGCGACT
Found at i:11038 original size:29 final size:29
Alignment explanation
Indices: 11005--11078 Score: 96
Period size: 29 Copynumber: 2.6 Consensus size: 29
10995 GTTGTGAGAT
* *
11005 TGGCACTAGGTGTGCGAACTTGAAA-TGCA
1 TGGCACTAAGTGTGCG-ACTTGAAAGTACA
* *
11034 TGGCACTAAGTGTGCGAGTTTAAAGTACA
1 TGGCACTAAGTGTGCGACTTGAAAGTACA
11063 TGGCACTAAGTGTGCG
1 TGGCACTAAGTGTGCG
11079 CGGTTGATTA
Statistics
Matches: 40, Mismatches: 4, Indels: 2
0.87 0.09 0.04
Matches are distributed among these distances:
28 6 0.15
29 34 0.85
ACGTcount: A:0.27, C:0.16, G:0.31, T:0.26
Consensus pattern (29 bp):
TGGCACTAAGTGTGCGACTTGAAAGTACA
Found at i:13378 original size:40 final size:40
Alignment explanation
Indices: 12742--13366 Score: 962
Period size: 40 Copynumber: 15.6 Consensus size: 40
12732 GAGTTATATA
12742 TATCCGGGCTAAGTCCCGAAGAGCATTCGTGCTAGTGATG
1 TATCCGGGCTAAGTCCCGAAGAGCATTCGTGCTAGTGATG
12782 TATCCGGGCTAAGTCCCGAAGAGCATTCGTGCTAGTGATG
1 TATCCGGGCTAAGTCCCGAAGAGCATTCGTGCTAGTGATG
* ** * *
12822 TAACCGGGCTAAGTCTTGAAGATCATTCGAGCTAGTGATG
1 TATCCGGGCTAAGTCCCGAAGAGCATTCGTGCTAGTGATG
* *
12862 TATCCGGGTTAAGTCCCAAAGAGCATTCGTGCTAGTGATG
1 TATCCGGGCTAAGTCCCGAAGAGCATTCGTGCTAGTGATG
12902 TATCCGGGCTAAGTCCCGAAGAGCATTCGTGCTAGTGATG
1 TATCCGGGCTAAGTCCCGAAGAGCATTCGTGCTAGTGATG
* *
12942 TAACCGGGCTAAGTCCCGAAGAGCATTCGAGCTAGTGATG
1 TATCCGGGCTAAGTCCCGAAGAGCATTCGTGCTAGTGATG
*
12982 TATCCGGTCTAAGTCCCGAAGAGCATTCGTGCTAGTGATG
1 TATCCGGGCTAAGTCCCGAAGAGCATTCGTGCTAGTGATG
* *
13022 TAACCGGGCTAAGTCCCGAAGAGCATTCGAGCTAGTGATG
1 TATCCGGGCTAAGTCCCGAAGAGCATTCGTGCTAGTGATG
*
13062 TATCCGGGTTAAGTCCCGAAGAGCATTCGTGCTAGTGATG
1 TATCCGGGCTAAGTCCCGAAGAGCATTCGTGCTAGTGATG
*
13102 TAACCGGGCTAAGTCCCGAAGAGCATTCGTGCTAGTGATG
1 TATCCGGGCTAAGTCCCGAAGAGCATTCGTGCTAGTGATG
* * *
13142 TATTCGGGCAAAGTCCCGAAGAGCATTCGAGCTAGTGATG
1 TATCCGGGCTAAGTCCCGAAGAGCATTCGTGCTAGTGATG
*
13182 TATCCGGGTTAAGTCCCGAAGAGCATTCGTGCTAGTGATG
1 TATCCGGGCTAAGTCCCGAAGAGCATTCGTGCTAGTGATG
***
13222 TATCCGGGCTAAGTTTTGAAGAGCATTCGTGCTAGTGATG
1 TATCCGGGCTAAGTCCCGAAGAGCATTCGTGCTAGTGATG
* * *
13262 TATCCGGGCTAAGTTCTGAAGAGCATTCGTGCTAGTGATA
1 TATCCGGGCTAAGTCCCGAAGAGCATTCGTGCTAGTGATG
** ** * * *
13302 TATCCGTTCTAAACCCCGAAGAGCATTCGTGCTGGTGTTA
1 TATCCGGGCTAAGTCCCGAAGAGCATTCGTGCTAGTGATG
*
13342 TATCCGGGCTAGGTCCCGAAGAGCA
1 TATCCGGGCTAAGTCCCGAAGAGCA
13367 ATCATGCTGG
Statistics
Matches: 531, Mismatches: 54, Indels: 0
0.91 0.09 0.00
Matches are distributed among these distances:
40 531 1.00
ACGTcount: A:0.24, C:0.21, G:0.29, T:0.26
Consensus pattern (40 bp):
TATCCGGGCTAAGTCCCGAAGAGCATTCGTGCTAGTGATG
Found at i:16869 original size:47 final size:47
Alignment explanation
Indices: 16818--17349 Score: 758
Period size: 47 Copynumber: 11.1 Consensus size: 47
16808 TTAGGATTTT
* *
16818 ATGTGATGGATGTGAACATGCGTATGTGTGATAAGGCTGAATGGCCA
1 ATGTGATGAATGTGAACATGCGTATGTGTGATAAGGCCGAATGGCCA
***
16865 ATGTGATGAATGTGAACCCGTATATATATGTGTGATAAGGCCGAATGGCCA
1 ATGTGATGAATGTGAA--C--ATGCGTATGTGTGATAAGGCCGAATGGCCA
16916 ATGTGATGAATGTGAACATGCGTATGTGTGATAAGGCCGAATGGCCA
1 ATGTGATGAATGTGAACATGCGTATGTGTGATAAGGCCGAATGGCCA
*
16963 ATGTGATGGATGTGAACATGCGTATGTGTGATAAGGCCGAATGGCCA
1 ATGTGATGAATGTGAACATGCGTATGTGTGATAAGGCCGAATGGCCA
***
17010 ATGTGATGAATGTGAACCCGTATATATATGTGTGATAAGGCCGAATGGCCA
1 ATGTGATGAATGTGAA--C--ATGCGTATGTGTGATAAGGCCGAATGGCCA
17061 ATGTGATGAATGTGAACATGCGTATGTGTGATAAGGCCGAATGGCCA
1 ATGTGATGAATGTGAACATGCGTATGTGTGATAAGGCCGAATGGCCA
*** *
17108 ATGTGATGAATGTGAACCTGTATATATATGCGTGATAAGGCCGAATGGCCA
1 ATGTGATGAATGTGAA-C---ATGCGTATGTGTGATAAGGCCGAATGGCCA
17159 ATGTGATGAATGTGAACATGCGTATGTGTGATAAGGCCGAATGGCCA
1 ATGTGATGAATGTGAACATGCGTATGTGTGATAAGGCCGAATGGCCA
17206 ATGTGATGAATGTGAACATGCGTATGTGTGATAAGGCCGAATGGCCA
1 ATGTGATGAATGTGAACATGCGTATGTGTGATAAGGCCGAATGGCCA
* * *
17253 ATGTGATGAATGTGAACATGCATATATGAGATAAGGCCGAATGGCCA
1 ATGTGATGAATGTGAACATGCGTATGTGTGATAAGGCCGAATGGCCA
** * * * *
17300 ATGTGATGAATGTGAACATGAATATATGTGGTAAGGCTGAATGGCTA
1 ATGTGATGAATGTGAACATGCGTATGTGTGATAAGGCCGAATGGCCA
17347 ATG
1 ATG
17350 CGAAACGTGT
Statistics
Matches: 441, Mismatches: 32, Indels: 24
0.89 0.06 0.05
Matches are distributed among these distances:
47 308 0.70
48 1 0.00
49 4 0.01
50 1 0.00
51 127 0.29
ACGTcount: A:0.31, C:0.12, G:0.30, T:0.27
Consensus pattern (47 bp):
ATGTGATGAATGTGAACATGCGTATGTGTGATAAGGCCGAATGGCCA
Found at i:16929 original size:98 final size:94
Alignment explanation
Indices: 16818--17349 Score: 758
Period size: 98 Copynumber: 5.5 Consensus size: 94
16808 TTAGGATTTT
* * *
16818 ATGTGATGGATGTGAACATGCGTATGTGTGATAAGGCTGAATGGCCAATGTGATGAATGTGAACC
1 ATGTGATGAATGTGAACATGCATATGTGTGATAAGGCCGAATGGCCAATGTGATGAATGTGAA--
***
16883 CGTATATATATGTGTGATAAGGCCGAATGGCCA
64 C--ATGCGTATGTGTGATAAGGCCGAATGGCCA
* *
16916 ATGTGATGAATGTGAACATGCGTATGTGTGATAAGGCCGAATGGCCAATGTGATGGATGTGAACA
1 ATGTGATGAATGTGAACATGCATATGTGTGATAAGGCCGAATGGCCAATGTGATGAATGTGAACA
16981 TGCGTATGTGTGATAAGGCCGAATGGCCA
66 TGCGTATGTGTGATAAGGCCGAATGGCCA
**
17010 ATGTGATGAATGTGAACCCGTATATATATGTGTGATAAGGCCGAATGGCCAATGTGATGAATGTG
1 ATGTGATGAATGTGAA--C--ATGCATATGTGTGATAAGGCCGAATGGCCAATGTGATGAATGTG
17075 AACATGCGTATGTGTGATAAGGCCGAATGGCCA
62 AACATGCGTATGTGTGATAAGGCCGAATGGCCA
** *
17108 ATGTGATGAATGTGAACCTGTATATATATGCGTGATAAGGCCGAATGGCCAATGTGATGAATGTG
1 ATGTGATGAATGTGAA-C---ATGCATATGTGTGATAAGGCCGAATGGCCAATGTGATGAATGTG
17173 AACATGCGTATGTGTGATAAGGCCGAATGGCCA
62 AACATGCGTATGTGTGATAAGGCCGAATGGCCA
*
17206 ATGTGATGAATGTGAACATGCGTATGTGTGATAAGGCCGAATGGCCAATGTGATGAATGTGAACA
1 ATGTGATGAATGTGAACATGCATATGTGTGATAAGGCCGAATGGCCAATGTGATGAATGTGAACA
* * *
17271 TGCATATATGAGATAAGGCCGAATGGCCA
66 TGCGTATGTGTGATAAGGCCGAATGGCCA
* * * * *
17300 ATGTGATGAATGTGAACATGAATATATGTGGTAAGGCTGAATGGCTAATG
1 ATGTGATGAATGTGAACATGCATATGTGTGATAAGGCCGAATGGCCAATG
17350 CGAAACGTGT
Statistics
Matches: 405, Mismatches: 24, Indels: 14
0.91 0.05 0.03
Matches are distributed among these distances:
94 157 0.39
96 2 0.00
97 3 0.01
98 243 0.60
ACGTcount: A:0.31, C:0.12, G:0.30, T:0.27
Consensus pattern (94 bp):
ATGTGATGAATGTGAACATGCATATGTGTGATAAGGCCGAATGGCCAATGTGATGAATGTGAACA
TGCGTATGTGTGATAAGGCCGAATGGCCA
Found at i:16967 original size:145 final size:144
Alignment explanation
Indices: 16818--17349 Score: 815
Period size: 145 Copynumber: 3.7 Consensus size: 144
16808 TTAGGATTTT
* * *
16818 ATGTGATGGATGTGAACATGCGTATGTGTGATAAGGCTGAATGGCCAATGTGATGAATGTGAACC
1 ATGTGATGAATGTGAACATGCATATGTGTGATAAGGCCGAATGGCCAATGTGATGAATGTGAACC
16883 CGTATATATATGTGTGATAAGGCCGAATGGCCAATGTGATGAATGTGAACATGCGTATGTGTGAT
66 CG-ATATATATGTGTGATAAGGCCGAATGGCCAATGTGATGAATGTGAACATGCGTATGTGTGAT
16948 AAGGCCGAATGGCCA
130 AAGGCCGAATGGCCA
* *
16963 ATGTGATGGATGTGAACATGCGTATGTGTGATAAGGCCGAATGGCCAATGTGATGAATGTGAACC
1 ATGTGATGAATGTGAACATGCATATGTGTGATAAGGCCGAATGGCCAATGTGATGAATGTGAACC
17028 CGTATATATATGTGTGATAAGGCCGAATGGCCAATGTGATGAATGTGAACATGCGTATGTGTGAT
66 CG-ATATATATGTGTGATAAGGCCGAATGGCCAATGTGATGAATGTGAACATGCGTATGTGTGAT
17093 AAGGCCGAATGGCCA
130 AAGGCCGAATGGCCA
** *
17108 ATGTGATGAATGTGAACCTGTATATATATGCGTGATAAGGCCGAATGGCCAATGTGATGAATGTG
1 ATGTGATGAATGTGAA-C---ATGCATATGTGTGATAAGGCCGAATGGCCAATGTGATGAATGTG
***
17173 AA--C-ATGCGTATGTGTGATAAGGCCGAATGGCCAATGTGATGAATGTGAACATGCGTATGTGT
62 AACCCGATATATATGTGTGATAAGGCCGAATGGCCAATGTGATGAATGTGAACATGCGTATGTGT
17235 GATAAGGCCGAATGGCCA
127 GATAAGGCCGAATGGCCA
* * *
17253 ATGTGATGAATGTGAACATGCATATATGAGATAAGGCCGAATGGCCAATGTGATGAATGTGAACA
1 ATGTGATGAATGTGAACATGCATATGTGTGATAAGGCCGAATGGCCAATGTGATGAATGTGAACC
* * *
17318 TGA-ATATATGTG-G-TAAGGCTGAATGGCTAATG
66 CGATATATATGTGTGATAAGGCCGAATGGCCAATG
17350 CGAAACGTGT
Statistics
Matches: 360, Mismatches: 20, Indels: 18
0.90 0.05 0.05
Matches are distributed among these distances:
141 58 0.16
142 1 0.00
143 6 0.02
144 2 0.01
145 249 0.69
146 1 0.00
147 1 0.00
149 42 0.12
ACGTcount: A:0.31, C:0.12, G:0.30, T:0.27
Consensus pattern (144 bp):
ATGTGATGAATGTGAACATGCATATGTGTGATAAGGCCGAATGGCCAATGTGATGAATGTGAACC
CGATATATATGTGTGATAAGGCCGAATGGCCAATGTGATGAATGTGAACATGCGTATGTGTGATA
AGGCCGAATGGCCA
Found at i:17065 original size:24 final size:24
Alignment explanation
Indices: 17037--17112 Score: 61
Period size: 24 Copynumber: 3.2 Consensus size: 24
17027 CCGTATATAT
17037 ATGTGTGATAAGGCCGAATGGCCA
1 ATGTGTGATAAGGCCGAATGGCCA
* * **
17061 ATGTGATGA-ATGTG--AACAT-GCGT
1 ATGTG-TGATAAG-GCCGA-ATGGCCA
17084 ATGTGTGATAAGGCCGAATGGCCA
1 ATGTGTGATAAGGCCGAATGGCCA
17108 ATGTG
1 ATGTG
17113 ATGAATGTGA
Statistics
Matches: 37, Mismatches: 8, Indels: 14
0.63 0.14 0.24
Matches are distributed among these distances:
22 4 0.11
23 12 0.32
24 17 0.46
25 4 0.11
ACGTcount: A:0.29, C:0.13, G:0.33, T:0.25
Consensus pattern (24 bp):
ATGTGTGATAAGGCCGAATGGCCA
Found at i:17186 original size:23 final size:23
Alignment explanation
Indices: 17159--17233 Score: 57
Period size: 23 Copynumber: 3.2 Consensus size: 23
17149 CGAATGGCCA
17159 ATGTGATGAATGTGAACATGCGT
1 ATGTGATGAATGTGAACATGCGT
* * **
17182 ATGTG-TGATAAG-G-CCGAATGGCCA
1 ATGTGATGA-ATGTGAAC--AT-GCGT
17206 ATGTGATGAATGTGAACATGCGT
1 ATGTGATGAATGTGAACATGCGT
17229 ATGTG
1 ATGTG
17234 TGATAAGGCC
Statistics
Matches: 37, Mismatches: 8, Indels: 14
0.63 0.14 0.24
Matches are distributed among these distances:
21 1 0.03
22 4 0.11
23 16 0.43
24 11 0.30
25 4 0.11
26 1 0.03
ACGTcount: A:0.29, C:0.11, G:0.32, T:0.28
Consensus pattern (23 bp):
ATGTGATGAATGTGAACATGCGT
Found at i:17412 original size:46 final size:46
Alignment explanation
Indices: 17323--17413 Score: 110
Period size: 46 Copynumber: 2.0 Consensus size: 46
17313 GAACATGAAT
* ** * *
17323 ATATGTGGTAAGGCTGAATGGCTAATGCGAAACGTGTATGAGATGG
1 ATATGTGGTAAAGCCAAATGGCTAATGCGAAACATGTACGAGATGG
* * *
17369 ATATGTGGTAAAGCCAAATGGCTAATGTGAGATATGTACGAGATG
1 ATATGTGGTAAAGCCAAATGGCTAATGCGAAACATGTACGAGATG
17414 TGTATATATA
Statistics
Matches: 37, Mismatches: 8, Indels: 0
0.82 0.18 0.00
Matches are distributed among these distances:
46 37 1.00
ACGTcount: A:0.33, C:0.09, G:0.32, T:0.26
Consensus pattern (46 bp):
ATATGTGGTAAAGCCAAATGGCTAATGCGAAACATGTACGAGATGG
Found at i:17703 original size:37 final size:37
Alignment explanation
Indices: 17558--17702 Score: 218
Period size: 37 Copynumber: 3.9 Consensus size: 37
17548 GGAAATATAT
17558 TCCGGGTAAGACCCGATGACTACGTGTGGAGATTATG
1 TCCGGGTAAGACCCGATGACTACGTGTGGAGATTATG
* *
17595 TCTGGGTAAGACCCGATGACTACCTGTGGAGATTATG
1 TCCGGGTAAGACCCGATGACTACGTGTGGAGATTATG
* * *
17632 TCCGGGTAAGACTCGATGACTACGCGTGGAGATTTTG
1 TCCGGGTAAGACCCGATGACTACGTGTGGAGATTATG
* * *
17669 TCCGGGTAAGACCCGATAACTTCATGTGGAGATT
1 TCCGGGTAAGACCCGATGACTACGTGTGGAGATT
17703 TCATCTGAGC
Statistics
Matches: 96, Mismatches: 12, Indels: 0
0.89 0.11 0.00
Matches are distributed among these distances:
37 96 1.00
ACGTcount: A:0.24, C:0.19, G:0.30, T:0.26
Consensus pattern (37 bp):
TCCGGGTAAGACCCGATGACTACGTGTGGAGATTATG
Found at i:24102 original size:47 final size:47
Alignment explanation
Indices: 24044--24503 Score: 785
Period size: 47 Copynumber: 9.8 Consensus size: 47
24034 ATTTAGGATT
* *
24044 CGATGTAATGAATGTGAAAGTGTATATATGTGATAAGGCCTAATAGC
1 CGATGTGATGAATGTGAAAGTGTATATATGTGATAAGGCCTAATGGC
*
24091 CGATGTGATGAATGTGGAAGTGTATATATGTGATAAGGCCTAATGGC
1 CGATGTGATGAATGTGAAAGTGTATATATGTGATAAGGCCTAATGGC
*
24138 CGATGTGATTAATGTGAAAGTGTATATATGTGATAAGGCCTAATGGC
1 CGATGTGATGAATGTGAAAGTGTATATATGTGATAAGGCCTAATGGC
*
24185 CGATGTGATTAATGTGAAAGTGTATATATGTGATAAGGCCTAATGGC
1 CGATGTGATGAATGTGAAAGTGTATATATGTGATAAGGCCTAATGGC
* *
24232 CGATGTGATAAATGTGAAAGTGTATATATGTGATAAGGCCTAATAGC
1 CGATGTGATGAATGTGAAAGTGTATATATGTGATAAGGCCTAATGGC
24279 CGATGTGATGAATGTGAAAGTGTATATATGTGATAAGGCCTAATGGC
1 CGATGTGATGAATGTGAAAGTGTATATATGTGATAAGGCCTAATGGC
24326 CGATGTGATGAATGTGAAAGTGTATATATGTGATAAGGCCTAATGGC
1 CGATGTGATGAATGTGAAAGTGTATATATGTGATAAGGCCTAATGGC
24373 CGATGTGATGAATGTGAAAGTGTATATATGTGATAAGGCCTAATGGC
1 CGATGTGATGAATGTGAAAGTGTATATATGTGATAAGGCCTAATGGC
* * * *
24420 CGATGTGATGAATGTGAAAGTGTATATATGTGACAGGGCCGAGTGGC
1 CGATGTGATGAATGTGAAAGTGTATATATGTGATAAGGCCTAATGGC
* * * *
24467 CAACGTGATGGATGTGAAAGTGTATAAATGTGATAAG
1 CGATGTGATGAATGTGAAAGTGTATATATGTGATAAG
24504 TCCCGAAGGG
Statistics
Matches: 394, Mismatches: 19, Indels: 0
0.95 0.05 0.00
Matches are distributed among these distances:
47 394 1.00
ACGTcount: A:0.33, C:0.08, G:0.29, T:0.30
Consensus pattern (47 bp):
CGATGTGATGAATGTGAAAGTGTATATATGTGATAAGGCCTAATGGC
Found at i:24678 original size:37 final size:37
Alignment explanation
Indices: 24622--24700 Score: 122
Period size: 37 Copynumber: 2.1 Consensus size: 37
24612 CCGAGCTCTA
* * *
24622 AAGACCCGATGACTACGTGTGGGGATTTTGTCCGGGT
1 AAGACCCGATAACTACGTGTGGAGATTATGTCCGGGT
*
24659 AAGACCCGATAACTTCGTGTGGAGATTATGTCCGGGT
1 AAGACCCGATAACTACGTGTGGAGATTATGTCCGGGT
24696 AAGAC
1 AAGAC
24701 TTCGTAATAA
Statistics
Matches: 38, Mismatches: 4, Indels: 0
0.90 0.10 0.00
Matches are distributed among these distances:
37 38 1.00
ACGTcount: A:0.24, C:0.19, G:0.32, T:0.25
Consensus pattern (37 bp):
AAGACCCGATAACTACGTGTGGAGATTATGTCCGGGT
Found at i:26007 original size:43 final size:43
Alignment explanation
Indices: 25959--26061 Score: 206
Period size: 43 Copynumber: 2.4 Consensus size: 43
25949 TTGGTTTTCA
25959 GCACTAAGTGTGCGGGCAATAAGTGTTCACGGTTGTGAGATTG
1 GCACTAAGTGTGCGGGCAATAAGTGTTCACGGTTGTGAGATTG
26002 GCACTAAGTGTGCGGGCAATAAGTGTTCACGGTTGTGAGATTG
1 GCACTAAGTGTGCGGGCAATAAGTGTTCACGGTTGTGAGATTG
26045 GCACTAAGTGTGCGGGC
1 GCACTAAGTGTGCGGGC
26062 TTGAAATGCA
Statistics
Matches: 60, Mismatches: 0, Indels: 0
1.00 0.00 0.00
Matches are distributed among these distances:
43 60 1.00
ACGTcount: A:0.22, C:0.16, G:0.36, T:0.26
Consensus pattern (43 bp):
GCACTAAGTGTGCGGGCAATAAGTGTTCACGGTTGTGAGATTG
Found at i:26078 original size:29 final size:29
Alignment explanation
Indices: 26043--26115 Score: 103
Period size: 29 Copynumber: 2.5 Consensus size: 29
26033 GTTGTGAGAT
* *
26043 TGGCACTAAGTGTGCGGGCTTGAAA-TGCA
1 TGGCACTAAGTGTGCGAG-TTGAAAGTACA
*
26072 TGGCACTAAGTGTGCGAGTTTAAAGTACA
1 TGGCACTAAGTGTGCGAGTTGAAAGTACA
26101 TGGCACTAAGTGTGC
1 TGGCACTAAGTGTGC
26116 ATGGTTGATT
Statistics
Matches: 40, Mismatches: 3, Indels: 2
0.89 0.07 0.04
Matches are distributed among these distances:
28 5 0.12
29 35 0.88
ACGTcount: A:0.26, C:0.16, G:0.32, T:0.26
Consensus pattern (29 bp):
TGGCACTAAGTGTGCGAGTTGAAAGTACA
Found at i:26483 original size:40 final size:40
Alignment explanation
Indices: 26464--26645 Score: 249
Period size: 40 Copynumber: 4.6 Consensus size: 40
26454 TAAGTGACCA
26464 TATCCGGACTAAGTTCCGAAGAGCATTCGTGCTAGTGATG
1 TATCCGGACTAAGTTCCGAAGAGCATTCGTGCTAGTGATG
26504 TATCCGGACTAAGTTCCGAAGAGCATTCGTGCTAGTGATG
1 TATCCGGACTAAGTTCCGAAGAGCATTCGTGCTAGTGATG
* *
26544 TATCCGGACTAAGTTCTGAAGAGCATTCGTGCTAGTGATA
1 TATCCGGACTAAGTTCCGAAGAGCATTCGTGCTAGTGATG
* *** * * *
26584 TATCCTG-CTAAACCCCGAAGAGCATTCGTGCTGGTGTTA
1 TATCCGGACTAAGTTCCGAAGAGCATTCGTGCTAGTGATG
* * *
26623 TATCCGGGCTAGGTCCCGAAGAG
1 TATCCGGACTAAGTTCCGAAGAG
26646 AATCATGCTG
Statistics
Matches: 128, Mismatches: 13, Indels: 2
0.90 0.09 0.01
Matches are distributed among these distances:
39 32 0.25
40 96 0.75
ACGTcount: A:0.25, C:0.21, G:0.27, T:0.27
Consensus pattern (40 bp):
TATCCGGACTAAGTTCCGAAGAGCATTCGTGCTAGTGATG
Found at i:26559 original size:80 final size:79
Alignment explanation
Indices: 26438--26645 Score: 249
Period size: 80 Copynumber: 2.6 Consensus size: 79
26428 CGGGCTAAGT
* *
26438 CCCGAAG-GC-TTTGTGCTAAGTGACCATATCCGGACTAAGTTCCGAAGAGCATTCGTGCTAGTG
1 CCCGAAGAGCATTCGTGCT-AGTGA-TATATCCGGACTAAGTTCCGAAGAGCATTCGTGCTAGTG
* **
26501 ATGTATCCGGACTAAGT
64 ATATATCCGG-CTAAAC
* * *
26518 TCCGAAGAGCATTCGTGCTAGTGATGTATCCGGACTAAGTTCTGAAGAGCATTCGTGCTAGTGAT
1 CCCGAAGAGCATTCGTGCTAGTGATATATCCGGACTAAGTTCCGAAGAGCATTCGTGCTAGTGAT
*
26583 ATATCCTGCTAAAC
66 ATATCCGGCTAAAC
* * * * *
26597 CCCGAAGAGCATTCGTGCTGGTGTTATATCCGGGCTAGGTCCCGAAGAG
1 CCCGAAGAGCATTCGTGCTAGTGATATATCCGGACTAAGTTCCGAAGAG
26646 AATCATGCTG
Statistics
Matches: 109, Mismatches: 17, Indels: 5
0.83 0.13 0.04
Matches are distributed among these distances:
79 45 0.41
80 50 0.46
81 7 0.06
82 7 0.06
ACGTcount: A:0.25, C:0.22, G:0.27, T:0.26
Consensus pattern (79 bp):
CCCGAAGAGCATTCGTGCTAGTGATATATCCGGACTAAGTTCCGAAGAGCATTCGTGCTAGTGAT
ATATCCGGCTAAAC
Found at i:30043 original size:48 final size:47
Alignment explanation
Indices: 29960--30066 Score: 173
Period size: 48 Copynumber: 2.3 Consensus size: 47
29950 TTAGGATTCT
29960 ATGTGATG-ATGTGAACATGCAATATATGTGATAAGGCTAATGGCCG
1 ATGTGATGAATGTGAACATGCAATATATGTGATAAGGCTAATGGCCG
*
30006 ATGTGATGAATGTGAA-AGTGTATATATATGTGATAAGGCTAATGGCCG
1 ATGTGATGAATGTGAACA-TGCA-ATATATGTGATAAGGCTAATGGCCG
30054 ATGTGATGAATGT
1 ATGTGATGAATGT
Statistics
Matches: 57, Mismatches: 1, Indels: 4
0.92 0.02 0.06
Matches are distributed among these distances:
46 9 0.16
47 10 0.18
48 38 0.67
ACGTcount: A:0.33, C:0.07, G:0.29, T:0.31
Consensus pattern (47 bp):
ATGTGATGAATGTGAACATGCAATATATGTGATAAGGCTAATGGCCG
Done.