Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: Scaffold3093
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 1000
Length: 28125
ACGTcount: A:0.33, C:0.13, G:0.22, T:0.32
Found at i:1261 original size:47 final size:47
Alignment explanation
Indices: 1208--1652 Score: 672
Period size: 47 Copynumber: 9.6 Consensus size: 47
1198 GATAATTGTG
* *
1208 ATGTGAATGTATATATATGTGATAAGGCCTAATGGCCGATGTGATGA
1 ATGTGAAAGTGTATATATGTGATAAGGCCTAATGGCCGATGTGATGA
1255 ATGTGAAAGTGTATATATGTGATAAGG-CTAATGGCCGAATGTGATGA
1 ATGTGAAAGTGTATATATGTGATAAGGCCTAATGGCCG-ATGTGATGA
*
1302 ATGTGAAAGTGTATATATGTGATAAGGCCGAAT-GCC-ATGTGATGA
1 ATGTGAAAGTGTATATATGTGATAAGGCCTAATGGCCGATGTGATGA
*
1347 ATGTGAAAGTGTATATATGTGATAAGGCCTAATGGCCGATGTGAAGA
1 ATGTGAAAGTGTATATATGTGATAAGGCCTAATGGCCGATGTGATGA
*
1394 ATGTGAAAGTGTATATATGTGATAAGGCCTAATAGCCGATGTGATGA
1 ATGTGAAAGTGTATATATGTGATAAGGCCTAATGGCCGATGTGATGA
*
1441 ATGTGAAAGTGTATATATGTGATGAGGCCTAAT-GCCGATGTGATGA
1 ATGTGAAAGTGTATATATGTGATAAGGCCTAATGGCCGATGTGATGA
1487 ATGTGAAAGTGTAT-TATAGTGATAAGGCCTAATGGCCGATGTGATGA
1 ATGTGAAAGTGTATATAT-GTGATAAGGCCTAATGGCCGATGTGATGA
1534 ATGTGAAAGTGTATATATGTGATAAGGCCTAAT-GCCGATGTGGAATGA
1 ATGTGAAAGTGTATATATGTGATAAGGCCTAATGGCCGATGT-G-ATGA
* * * * * * *
1582 ATG-GAAAGTGTATATATGTGA-CAGGGCGAGTGGCCAACGTGATGG
1 ATGTGAAAGTGTATATATGTGATAAGGCCTAATGGCCGATGTGATGA
*
1627 ATGTGAAAGTGTATAAATGTGATAAG
1 ATGTGAAAGTGTATATATGTGATAAG
1653 TCCGAAGGGC
Statistics
Matches: 368, Mismatches: 18, Indels: 24
0.90 0.04 0.06
Matches are distributed among these distances:
45 50 0.14
46 86 0.23
47 218 0.59
48 14 0.04
ACGTcount: A:0.33, C:0.08, G:0.30, T:0.29
Consensus pattern (47 bp):
ATGTGAAAGTGTATATATGTGATAAGGCCTAATGGCCGATGTGATGA
Found at i:1525 original size:93 final size:94
Alignment explanation
Indices: 1208--1652 Score: 672
Period size: 93 Copynumber: 4.8 Consensus size: 94
1198 GATAATTGTG
* *
1208 ATGTGAATGTATATATATGTGATAAGGCCTAATGGCCGATGTGATGAATGTGAAAGTGTATATAT
1 ATGTGAAAGTGTATATATGTGATAAGGCCTAATGGCCGATGTGATGAATGTGAAAGTGTATATAT
1273 GTGATAAGG-CTAATGGCCGAATGTGATGA
66 GTGATAAGGCCTAATGGCCG-ATGTGATGA
*
1302 ATGTGAAAGTGTATATATGTGATAAGGCCGAAT-GCC-ATGTGATGAATGTGAAAGTGTATATAT
1 ATGTGAAAGTGTATATATGTGATAAGGCCTAATGGCCGATGTGATGAATGTGAAAGTGTATATAT
*
1365 GTGATAAGGCCTAATGGCCGATGTGAAGA
66 GTGATAAGGCCTAATGGCCGATGTGATGA
*
1394 ATGTGAAAGTGTATATATGTGATAAGGCCTAATAGCCGATGTGATGAATGTGAAAGTGTATATAT
1 ATGTGAAAGTGTATATATGTGATAAGGCCTAATGGCCGATGTGATGAATGTGAAAGTGTATATAT
*
1459 GTGATGAGGCCTAAT-GCCGATGTGATGA
66 GTGATAAGGCCTAATGGCCGATGTGATGA
1487 ATGTGAAAGTGTAT-TATAGTGATAAGGCCTAATGGCCGATGTGATGAATGTGAAAGTGTATATA
1 ATGTGAAAGTGTATATAT-GTGATAAGGCCTAATGGCCGATGTGATGAATGTGAAAGTGTATATA
1551 TGTGATAAGGCCTAAT-GCCGATGTGGAATGA
65 TGTGATAAGGCCTAATGGCCGATGT-G-ATGA
* * * * * * * *
1582 ATG-GAAAGTGTATATATGTGA-CAGGGCGAGTGGCCAACGTGATGGATGTGAAAGTGTATAAAT
1 ATGTGAAAGTGTATATATGTGATAAGGCCTAATGGCCGATGTGATGAATGTGAAAGTGTATATAT
1645 GTGATAAG
66 GTGATAAG
1653 TCCGAAGGGC
Statistics
Matches: 327, Mismatches: 17, Indels: 15
0.91 0.05 0.04
Matches are distributed among these distances:
92 79 0.24
93 152 0.46
94 86 0.26
95 10 0.03
ACGTcount: A:0.33, C:0.08, G:0.30, T:0.29
Consensus pattern (94 bp):
ATGTGAAAGTGTATATATGTGATAAGGCCTAATGGCCGATGTGATGAATGTGAAAGTGTATATAT
GTGATAAGGCCTAATGGCCGATGTGATGA
Found at i:1536 original size:140 final size:139
Alignment explanation
Indices: 1208--1652 Score: 672
Period size: 140 Copynumber: 3.2 Consensus size: 139
1198 GATAATTGTG
1208 ATGTG-AA-TGTATATATATGTGATAAGGCCTAATGGCCGATGTGATGAATGTGAAAGTGTATAT
1 ATGTGAAAGTGTAT-TATATGTGATAAGGCCTAATGGCCGATGTGATGAATGTGAAAGTGTATAT
1271 ATGTGATAAGG-CTAATGGCCGAATGTGATGAATGTGAAAGTGTATATATGTGATAAGGCCGAAT
65 ATGTGATAAGGCCTAAT-GCCG-ATGTGATGAATGTGAAAGTGTATATATGTGATAAGGCCGAAT
1335 GCCATGTGATGA
128 GCCATGTGATGA
*
1347 ATGTGAAAGTGTA-TATATGTGATAAGGCCTAATGGCCGATGTGAAGAATGTGAAAGTGTATATA
1 ATGTGAAAGTGTATTATATGTGATAAGGCCTAATGGCCGATGTGATGAATGTGAAAGTGTATATA
* *
1411 TGTGATAAGGCCTAATAGCCGATGTGATGAATGTGAAAGTGTATATATGTGATGAGGCCTAATGC
66 TGTGATAAGGCCTAAT-GCCGATGTGATGAATGTGAAAGTGTATATATGTGATAAGGCCGAATGC
1476 CGATGTGATGA
130 C-ATGTGATGA
1487 ATGTGAAAGTGTATTATA-GTGATAAGGCCTAATGGCCGATGTGATGAATGTGAAAGTGTATATA
1 ATGTGAAAGTGTATTATATGTGATAAGGCCTAATGGCCGATGTGATGAATGTGAAAGTGTATATA
* * *
1551 TGTGATAAGGCCTAATGCCGATGTGGAATGAATG-GAAAGTGTATATATGTGA-CAGGGCGAGTG
66 TGTGATAAGGCCTAATGCCGATGT-G-ATGAATGTGAAAGTGTATATATGTGATAAGGCCGAAT-
* *
1614 GCCAACGTGATGG
128 GCC-ATGTGATGA
*
1627 ATGTGAAAGTGTA-TAAATGTGATAAG
1 ATGTGAAAGTGTATTATATGTGATAAG
1653 TCCGAAGGGC
Statistics
Matches: 284, Mismatches: 13, Indels: 17
0.90 0.04 0.05
Matches are distributed among these distances:
139 125 0.44
140 144 0.51
141 15 0.05
ACGTcount: A:0.33, C:0.08, G:0.30, T:0.29
Consensus pattern (139 bp):
ATGTGAAAGTGTATTATATGTGATAAGGCCTAATGGCCGATGTGATGAATGTGAAAGTGTATATA
TGTGATAAGGCCTAATGCCGATGTGATGAATGTGAAAGTGTATATATGTGATAAGGCCGAATGCC
ATGTGATGA
Found at i:3961 original size:40 final size:40
Alignment explanation
Indices: 3890--4513 Score: 897
Period size: 40 Copynumber: 16.1 Consensus size: 40
3880 AGGTCTCGAC
*
3890 GATG-ATCCGGGCTAAGT-CCGAAGAGCATTCATGCTAGT
1 GATGTATCCGGGCTAAGTCCCGAAGAGCATTCGTGCTAGT
*
3928 GATGTATCCGGGCTAAGTCCCGAAGAGCATTCATGCTAGT
1 GATGTATCCGGGCTAAGTCCCGAAGAGCATTCGTGCTAGT
3968 GATGTA-CCGGG-TAAGTCCCGAAGAGCATTCGTGCTAGT
1 GATGTATCCGGGCTAAGTCCCGAAGAGCATTCGTGCTAGT
*
4006 GATGTATCCGGGCTAAGTCCCGAAGAGCATTCATGCTAGT
1 GATGTATCCGGGCTAAGTCCCGAAGAGCATTCGTGCTAGT
* *
4046 GATGTATCCGGGCTAAGTCTCGAAGAGCATTCCTGCTAGT
1 GATGTATCCGGGCTAAGTCCCGAAGAGCATTCGTGCTAGT
*
4086 GATGTACCCGGGCTAAGTCCCGAAGAGCATTCGTGCTAGT
1 GATGTATCCGGGCTAAGTCCCGAAGAGCATTCGTGCTAGT
*
4126 GATGTATCCGGGCTAAGTCCCGAAGAGCATTCATGCTAGT
1 GATGTATCCGGGCTAAGTCCCGAAGAGCATTCGTGCTAGT
* * *
4166 GATGTATCCGGGCTAAGTCCCGAAAAGAATTCATGCTAGT
1 GATGTATCCGGGCTAAGTCCCGAAGAGCATTCGTGCTAGT
*
4206 GATGTATCCGGGCTAAGTCCCGAAGAGCATTCGTGCCAGT
1 GATGTATCCGGGCTAAGTCCCGAAGAGCATTCGTGCTAGT
*
4246 GATGTACCCGGGCTAAGTCCCGAAGAGCATTCGTGCTAGT
1 GATGTATCCGGGCTAAGTCCCGAAGAGCATTCGTGCTAGT
4286 GATGTA-CCGGGCTAAGT-CCGAAGAGCATTCGTGCTAGT
1 GATGTATCCGGGCTAAGTCCCGAAGAGCATTCGTGCTAGT
*
4324 GATGTATCCGGGCTAAGTCTCGAAGAGCATTCGTGCTAGT
1 GATGTATCCGGGCTAAGTCCCGAAGAGCATTCGTGCTAGT
*
4364 GATGTATCCGGGCTAAGTCTCGAAGAGCATTCGTGCTAGT
1 GATGTATCCGGGCTAAGTCCCGAAGAGCATTCGTGCTAGT
4404 GATGTAT-C---C---GT-----AGAGCATTCGTGCTAGT
1 GATGTATCCGGGCTAAGTCCCGAAGAGCATTCGTGCTAGT
* * ** *
4432 GATATATCCGTGCTAAACCCCGAAGAGCATTCGTGCTGGT
1 GATGTATCCGGGCTAAGTCCCGAAGAGCATTCGTGCTAGT
* * * * * *
4472 GTTATATCTGGGCTAGGTCCCGAAGAGCAATCATGCTAGT
1 GATGTATCCGGGCTAAGTCCCGAAGAGCATTCGTGCTAGT
4512 GA
1 GA
4514 CGTGTATTCG
Statistics
Matches: 536, Mismatches: 32, Indels: 34
0.89 0.05 0.06
Matches are distributed among these distances:
28 23 0.04
29 1 0.00
32 1 0.00
33 2 0.00
36 1 0.00
38 63 0.12
39 46 0.09
40 399 0.74
ACGTcount: A:0.24, C:0.22, G:0.29, T:0.25
Consensus pattern (40 bp):
GATGTATCCGGGCTAAGTCCCGAAGAGCATTCGTGCTAGT
Found at i:4427 original size:28 final size:28
Alignment explanation
Indices: 4387--4442 Score: 103
Period size: 28 Copynumber: 2.0 Consensus size: 28
4377 TAAGTCTCGA
*
4387 AGAGCATTCGTGCTAGTGATGTATCCGT
1 AGAGCATTCGTGCTAGTGATATATCCGT
4415 AGAGCATTCGTGCTAGTGATATATCCGT
1 AGAGCATTCGTGCTAGTGATATATCCGT
4443 GCTAAACCCC
Statistics
Matches: 27, Mismatches: 1, Indels: 0
0.96 0.04 0.00
Matches are distributed among these distances:
28 27 1.00
ACGTcount: A:0.23, C:0.18, G:0.27, T:0.32
Consensus pattern (28 bp):
AGAGCATTCGTGCTAGTGATATATCCGT
Found at i:4496 original size:108 final size:108
Alignment explanation
Indices: 4302--4513 Score: 298
Period size: 108 Copynumber: 2.0 Consensus size: 108
4292 CCGGGCTAAG
* ** *
4302 TCCGAAGAGCATTCGTGCTAGTGATGTATCCGGGCTAAGTCTCGAAGAGCATTCGTGCTAGTGAT
1 TCCGAAGAGCATTCGTGCTAGTGATATATCCGGGCTAAACCCCGAAGAGCATTCGTGCTAGTGAT
* * * *
4367 GTATCCGGGCTAAGTCTCGAAGAGCATTCGTGCTAGTGATGTA
66 ATATCCGGGCTAAGTCCCGAAGAGCAATCATGCTAGTGATGTA
* * * *
4410 TCCGTAGAGCATTCGTGCTAGTGATATATCCGTGCTAAACCCCGAAGAGCATTCGTGCTGGTGTT
1 TCCGAAGAGCATTCGTGCTAGTGATATATCCGGGCTAAACCCCGAAGAGCATTCGTGCTAGTGAT
* *
4475 ATATCTGGGCTAGGTCCCGAAGAGCAATCATGCTAGTGA
66 ATATCCGGGCTAAGTCCCGAAGAGCAATCATGCTAGTGA
4514 CGTGTATTCG
Statistics
Matches: 90, Mismatches: 14, Indels: 0
0.87 0.13 0.00
Matches are distributed among these distances:
108 90 1.00
ACGTcount: A:0.24, C:0.21, G:0.28, T:0.27
Consensus pattern (108 bp):
TCCGAAGAGCATTCGTGCTAGTGATATATCCGGGCTAAACCCCGAAGAGCATTCGTGCTAGTGAT
ATATCCGGGCTAAGTCCCGAAGAGCAATCATGCTAGTGATGTA
Found at i:7977 original size:47 final size:47
Alignment explanation
Indices: 7925--8377 Score: 699
Period size: 47 Copynumber: 9.6 Consensus size: 47
7915 GATAATTGTG
* *
7925 ATGTGAATGTATATATATGTGATAAGGCCTAATGGCCGATGTGATGA
1 ATGTGAAAGTGTATATATGTGATAAGGCCTAATGGCCGATGTGATGA
7972 ATGTGAAAGTGTATATATGTGATAAGGCCTAATGGCCGATGTGATGA
1 ATGTGAAAGTGTATATATGTGATAAGGCCTAATGGCCGATGTGATGA
* *
8019 ATGTGAAAGTGTATATATGTGATAAGGCCGAATGGCCAATGTGATGA
1 ATGTGAAAGTGTATATATGTGATAAGGCCTAATGGCCGATGTGATGA
*
8066 ATGTGAAAGTGTATAAAAATGTGATAAGGCCTAATGGCCGATGTGATGA
1 ATGTGAAAGTGTAT--ATATGTGATAAGGCCTAATGGCCGATGTGATGA
* *
8115 ATGTGAAAGTGTATATATGTGATAAGGCCTAATAGCCAATGTGATGA
1 ATGTGAAAGTGTATATATGTGATAAGGCCTAATGGCCGATGTGATGA
* *
8162 ATGTGAAAGTGTATATATGTGGTGAGGCCTAATGGCCGATGTGATGA
1 ATGTGAAAGTGTATATATGTGATAAGGCCTAATGGCCGATGTGATGA
*
8209 ATGTGAAAGTGTATATATATGTGATAAGGCCTAATGGCTGATGTGATGA
1 ATGTGAAAGTG--TATATATGTGATAAGGCCTAATGGCCGATGTGATGA
*
8258 ATGTGAAAGTGTATATATGTGATAAGGCCTAATAGCCGATGTGATGA
1 ATGTGAAAGTGTATATATGTGATAAGGCCTAATGGCCGATGTGATGA
* * * * * * *
8305 ATGTGAAAGTGTATATATGTGACAGGGCCGAGTGGCCAACGTGATGG
1 ATGTGAAAGTGTATATATGTGATAAGGCCTAATGGCCGATGTGATGA
*
8352 ATGTGAAAGTGTATAAATGTGATAAG
1 ATGTGAAAGTGTATATATGTGATAAG
8378 TCCCGAAGGG
Statistics
Matches: 372, Mismatches: 30, Indels: 8
0.91 0.07 0.02
Matches are distributed among these distances:
47 284 0.76
49 88 0.24
ACGTcount: A:0.33, C:0.08, G:0.30, T:0.29
Consensus pattern (47 bp):
ATGTGAAAGTGTATATATGTGATAAGGCCTAATGGCCGATGTGATGA
Found at i:8032 original size:96 final size:94
Alignment explanation
Indices: 7925--8377 Score: 708
Period size: 96 Copynumber: 4.8 Consensus size: 94
7915 GATAATTGTG
* * *
7925 ATGTGAATGTATATATATGTGATAAGGCCTAATGGCCGATGTGATGAATGTGAAAGTGTATATAT
1 ATGTGAAAGTGTATATATGTGATAAGGCCTAATGGCCAATGTGATGAATGTGAAAGTGTATATAT
7990 GTGATAAGGCCTAATGGCCGATGTGATGA
66 GTGATAAGGCCTAATGGCCGATGTGATGA
* *
8019 ATGTGAAAGTGTATATATGTGATAAGGCCGAATGGCCAATGTGATGAATGTGAAAGTGTATAAAA
1 ATGTGAAAGTGTATATATGTGATAAGGCCTAATGGCCAATGTGATGAATGTGAAAGTGTAT--AT
8084 ATGTGATAAGGCCTAATGGCCGATGTGATGA
64 ATGTGATAAGGCCTAATGGCCGATGTGATGA
*
8115 ATGTGAAAGTGTATATATGTGATAAGGCCTAATAGCCAATGTGATGAATGTGAAAGTGTATATAT
1 ATGTGAAAGTGTATATATGTGATAAGGCCTAATGGCCAATGTGATGAATGTGAAAGTGTATATAT
* *
8180 GTGGTGAGGCCTAATGGCCGATGTGATGA
66 GTGATAAGGCCTAATGGCCGATGTGATGA
**
8209 ATGTGAAAGTGTATATATATGTGATAAGGCCTAATGGCTGATGTGATGAATGTGAAAGTGTATAT
1 ATGTGAAAGTG--TATATATGTGATAAGGCCTAATGGCCAATGTGATGAATGTGAAAGTGTATAT
*
8274 ATGTGATAAGGCCTAATAGCCGATGTGATGA
64 ATGTGATAAGGCCTAATGGCCGATGTGATGA
* * * * * * *
8305 ATGTGAAAGTGTATATATGTGACAGGGCCGAGTGGCCAACGTGATGGATGTGAAAGTGTATAAAT
1 ATGTGAAAGTGTATATATGTGATAAGGCCTAATGGCCAATGTGATGAATGTGAAAGTGTATATAT
8370 GTGATAAG
66 GTGATAAG
8378 TCCCGAAGGG
Statistics
Matches: 330, Mismatches: 25, Indels: 8
0.91 0.07 0.02
Matches are distributed among these distances:
94 151 0.46
96 179 0.54
ACGTcount: A:0.33, C:0.08, G:0.30, T:0.29
Consensus pattern (94 bp):
ATGTGAAAGTGTATATATGTGATAAGGCCTAATGGCCAATGTGATGAATGTGAAAGTGTATATAT
GTGATAAGGCCTAATGGCCGATGTGATGA
Found at i:8088 original size:143 final size:141
Alignment explanation
Indices: 7925--8377 Score: 609
Period size: 143 Copynumber: 3.2 Consensus size: 141
7915 GATAATTGTG
* * *
7925 ATGTGAATGTATATATATGTGATAAGGCCTAATGGCCGATGTGATGAATGTGAAAGTGTATATAT
1 ATGTGAAAGTGTATATATGTGATAAGGCCTAATAGCCGATGTGATGAATGTGAAAGTGTATATAT
* * * *
7990 GTGATAAGGCCTAATGGCCGATGTGATGAATGTGAAAGTGTATATATGTGATAAGGCCGAATGGC
66 GTGATAAGGCCGAATGGCCAATGTGATGAATGTGAAAGTGTATAAATGTGATAAGGCCTAATGGC
*
8055 CAATGTGATGA
131 CGATGTGATGA
* *
8066 ATGTGAAAGTGTATAAAAATGTGATAAGGCCTAATGGCCGATGTGATGAATGTGAAAGTGTATAT
1 ATGTGAAAGTGTAT--ATATGTGATAAGGCCTAATAGCCGATGTGATGAATGTGAAAGTGTATAT
* * * * *
8131 ATGTGATAAGGCCTAATAGCCAATGTGATGAATGTGAAAGTGTATATATGTGGTGAGGCCTAATG
64 ATGTGATAAGGCCGAATGGCCAATGTGATGAATGTGAAAGTGTATAAATGTGATAAGGCCTAATG
8196 GCCGATGTGATGA
129 GCCGATGTGATGA
* *
8209 ATGTGAAAGTGTATATATATGTGATAAGGCCTAATGGCTGATGTGATGAATGTGAAAGTGTATAT
1 ATGTGAAAGTG--TATATATGTGATAAGGCCTAATAGCCGATGTGATGAATGTGAAAGTGTATAT
* * * * * * * *
8274 ATGTGATAAGGCCTAATAGCCGATGTGATGAATGTGAAAGTGTATATATGTGACAGGGCCGAGTG
64 ATGTGATAAGGCCGAATGGCCAATGTGATGAATGTGAAAGTGTATAAATGTGATAAGGCCTAATG
* * *
8339 GCCAACGTGATGG
129 GCCGATGTGATGA
*
8352 ATGTGAAAGTGTATAAATGTGATAAG
1 ATGTGAAAGTGTATATATGTGATAAG
8378 TCCCGAAGGG
Statistics
Matches: 286, Mismatches: 22, Indels: 8
0.91 0.07 0.03
Matches are distributed among these distances:
141 26 0.09
143 257 0.90
145 3 0.01
ACGTcount: A:0.33, C:0.08, G:0.30, T:0.29
Consensus pattern (141 bp):
ATGTGAAAGTGTATATATGTGATAAGGCCTAATAGCCGATGTGATGAATGTGAAAGTGTATATAT
GTGATAAGGCCGAATGGCCAATGTGATGAATGTGAAAGTGTATAAATGTGATAAGGCCTAATGGC
CGATGTGATGA
Found at i:13568 original size:48 final size:48
Alignment explanation
Indices: 13462--13629 Score: 163
Period size: 50 Copynumber: 3.6 Consensus size: 48
13452 AGATGTAAGC
* * *
13462 CAGTGTAAGA-CATGTCCGGGACAT-GCATCGG--C-TATGAGATGTGT
1 CAGTGGAAGACCATGTCTGGGACATGGCATCGGCACATAT-AGAGGTGT
* *
13506 CAGT-GTAGACCATGTCTGGGACATGGCATTGGCACATATAGAGGTGT
1 CAGTGGAAGACCATGTCTGGGACATGGCATCGGCACATATAGAGGTGT
* *
13553 CAGTGGAAGACCATGTCTGGGACATGGCATCGGCACGCATAT-GTGAGAG-
1 CAGTGGAAGACCATGTCTGGGACATGGCATCGGCA--CATATAGAG-GTGT
*
13602 CTAGTGTAAGACCATGTCTGGGACATGG
1 C-AGTGGAAGACCATGTCTGGGACATGG
13630 TGTCGGCCTC
Statistics
Matches: 104, Mismatches: 10, Indels: 14
0.81 0.08 0.11
Matches are distributed among these distances:
43 3 0.03
44 17 0.16
45 6 0.06
47 12 0.12
48 31 0.30
49 3 0.03
50 32 0.31
ACGTcount: A:0.26, C:0.18, G:0.33, T:0.23
Consensus pattern (48 bp):
CAGTGGAAGACCATGTCTGGGACATGGCATCGGCACATATAGAGGTGT
Found at i:13618 original size:50 final size:50
Alignment explanation
Indices: 13366--13629 Score: 190
Period size: 46 Copynumber: 5.6 Consensus size: 50
13356 TCATTTGTGT
* * * * * *
13366 GCTATTGTAAGACCATGTATAGGACATGGCATTGGCATTG-AGA--CGAGA
1 GCTAGTGTAAGACCATGTCTGGGACATGGCATCGGCA-CGCAGATGTGAGA
*
13414 GCTAGTGTAAGA-CATGTCTGGGACAT-GCATCGGC-CTCGAGATGT-A-A
1 GCTAGTGTAAGACCATGTCTGGGACATGGCATCGGCACGC-AGATGTGAGA
* * *
13460 GCCAGTGTAAGA-CATGTCCGGGACAT-GCATCGGCTATG-AGATGT--G-
1 GCTAGTGTAAGACCATGTCTGGGACATGGCATCGGC-ACGCAGATGTGAGA
* * * *
13505 TC-AGTGT-AGACCATGTCTGGGACATGGCATTGGCA--CATAT-AGAG-
1 GCTAGTGTAAGACCATGTCTGGGACATGGCATCGGCACGCAGATGTGAGA
* * *
13549 GTGTCAGTGGAAGACCATGTCTGGGACATGGCATCGGCACGCATATGTGAGA
1 G-CT-AGTGTAAGACCATGTCTGGGACATGGCATCGGCACGCAGATGTGAGA
13601 GCTAGTGTAAGACCATGTCTGGGACATGG
1 GCTAGTGTAAGACCATGTCTGGGACATGG
13630 TGTCGGCCTC
Statistics
Matches: 173, Mismatches: 23, Indels: 38
0.74 0.10 0.16
Matches are distributed among these distances:
43 6 0.03
44 20 0.12
45 8 0.05
46 49 0.28
47 17 0.10
48 38 0.22
50 30 0.17
51 4 0.02
52 1 0.01
ACGTcount: A:0.27, C:0.18, G:0.32, T:0.23
Consensus pattern (50 bp):
GCTAGTGTAAGACCATGTCTGGGACATGGCATCGGCACGCAGATGTGAGA
Found at i:20893 original size:13 final size:13
Alignment explanation
Indices: 20875--20899 Score: 50
Period size: 13 Copynumber: 1.9 Consensus size: 13
20865 TAATGGTATA
20875 TTGAATCCATGAT
1 TTGAATCCATGAT
20888 TTGAATCCATGA
1 TTGAATCCATGA
20900 AAATTTAGTA
Statistics
Matches: 12, Mismatches: 0, Indels: 0
1.00 0.00 0.00
Matches are distributed among these distances:
13 12 1.00
ACGTcount: A:0.32, C:0.16, G:0.16, T:0.36
Consensus pattern (13 bp):
TTGAATCCATGAT
Found at i:22824 original size:46 final size:47
Alignment explanation
Indices: 22745--22897 Score: 263
Period size: 47 Copynumber: 3.3 Consensus size: 47
22735 ACAAGATATG
22745 TATATGTGATAAGGCCTAATGGCCGATGTGATGAATGTGAAAGTGTA
1 TATATGTGATAAGGCCTAATGGCCGATGTGATGAATGTGAAAGTGTA
* **
22792 TATATGTGATAAGG-CGAATGGCAAATGTGATGAATGTGAAAGTGTA
1 TATATGTGATAAGGCCTAATGGCCGATGTGATGAATGTGAAAGTGTA
*
22838 TATATGTGATAAGGCCTAATGGCCGATGTGATGAATGGGAAAGTGTA
1 TATATGTGATAAGGCCTAATGGCCGATGTGATGAATGTGAAAGTGTA
22885 TATATGTGATAAG
1 TATATGTGATAAG
22898 TCCCGAAGGA
Statistics
Matches: 98, Mismatches: 7, Indels: 2
0.92 0.07 0.02
Matches are distributed among these distances:
46 43 0.44
47 55 0.56
ACGTcount: A:0.34, C:0.07, G:0.30, T:0.29
Consensus pattern (47 bp):
TATATGTGATAAGGCCTAATGGCCGATGTGATGAATGTGAAAGTGTA
Found at i:24794 original size:40 final size:40
Alignment explanation
Indices: 24737--24974 Score: 273
Period size: 40 Copynumber: 6.0 Consensus size: 40
24727 AGTTTAGTGA
* * * *
24737 GTTATATCCAGGCTAAGTCCCGAAGGGCATTTGTGCCGAT
1 GTTATATCCGGGTTAAGTCCCGAAGAGCATTCGTGCCGAT
* * * *
24777 GCTATATCTGGGTTAAGTCCCGAAGAGCATTCGTGCTGGT
1 GTTATATCCGGGTTAAGTCCCGAAGAGCATTCGTGCCGAT
* * * *
24817 GTTATACCCGGGTTAAGACCTGAAGAGCATTCGTG-CTAGT
1 GTTATATCCGGGTTAAGTCCCGAAGAGCATTCGTGCCGA-T
* *
24857 GTTATATCCGGGTTAAGTCCCGAAGAGCATTCGTGCTGGT
1 GTTATATCCGGGTTAAGTCCCGAAGAGCATTCGTGCCGAT
* * *
24897 GTTATACCCGGGTTAAGACCCGAAGAGCATTCGTG-CTAGT
1 GTTATATCCGGGTTAAGTCCCGAAGAGCATTCGTGCCGA-T
* *
24937 GTTATATCCGAGCTAAGTCCCGAAGAGCATTCGTGCCG
1 GTTATATCCGGGTTAAGTCCCGAAGAGCATTCGTGCCG
24975 GTGATGTGTA
Statistics
Matches: 162, Mismatches: 32, Indels: 7
0.81 0.16 0.03
Matches are distributed among these distances:
40 161 0.99
41 1 0.01
ACGTcount: A:0.23, C:0.22, G:0.28, T:0.27
Consensus pattern (40 bp):
GTTATATCCGGGTTAAGTCCCGAAGAGCATTCGTGCCGAT
Found at i:24872 original size:80 final size:80
Alignment explanation
Indices: 24779--24977 Score: 353
Period size: 80 Copynumber: 2.5 Consensus size: 80
24769 GTGCCGATGC
* *
24779 TATATCTGGGTTAAGTCCCGAAGAGCATTCGTGCTGGTGTTATACCCGGGTTAAGACCTGAAGAG
1 TATATCCGGGTTAAGTCCCGAAGAGCATTCGTGCTGGTGTTATACCCGGGTTAAGACCCGAAGAG
24844 CATTCGTGCTAGTGT
66 CATTCGTGCTAGTGT
24859 TATATCCGGGTTAAGTCCCGAAGAGCATTCGTGCTGGTGTTATACCCGGGTTAAGACCCGAAGAG
1 TATATCCGGGTTAAGTCCCGAAGAGCATTCGTGCTGGTGTTATACCCGGGTTAAGACCCGAAGAG
24924 CATTCGTGCTAGTGT
66 CATTCGTGCTAGTGT
* * *
24939 TATATCCGAGCTAAGTCCCGAAGAGCATTCGTGCCGGTG
1 TATATCCGGGTTAAGTCCCGAAGAGCATTCGTGCTGGTG
24978 ATGTGTATTC
Statistics
Matches: 114, Mismatches: 5, Indels: 0
0.96 0.04 0.00
Matches are distributed among these distances:
80 114 1.00
ACGTcount: A:0.23, C:0.21, G:0.29, T:0.28
Consensus pattern (80 bp):
TATATCCGGGTTAAGTCCCGAAGAGCATTCGTGCTGGTGTTATACCCGGGTTAAGACCCGAAGAG
CATTCGTGCTAGTGT
Found at i:24962 original size:120 final size:120
Alignment explanation
Indices: 24737--24972 Score: 328
Period size: 120 Copynumber: 2.0 Consensus size: 120
24727 AGTTTAGTGA
* * * * *
24737 GTTATATCCAGGCTAAGTCCCGAAGGGCATTTGTGCCGATGCTATATCTGGGTTAAGTCCCGAAG
1 GTTATATCCAGGCTAAGTCCCGAAGAGCATTCGTGCCGATGCTATACCCGGGTTAAGACCCGAAG
* * * *
24802 AGCATTCGTGCTGGTGTTATACCCGGGTTAAGACCTGAAGAGCATTCGTGCTAGT
66 AGCATTCGTGCTAGTGTTATACCCGAGCTAAGACCCGAAGAGCATTCGTGCTAGT
* * * * *
24857 GTTATATCCGGGTTAAGTCCCGAAGAGCATTCGTGCTGGTGTTATACCCGGGTTAAGACCCGAAG
1 GTTATATCCAGGCTAAGTCCCGAAGAGCATTCGTGCCGATGCTATACCCGGGTTAAGACCCGAAG
* *
24922 AGCATTCGTGCTAGTGTTATATCCGAGCTAAGTCCCGAAGAGCATTCGTGC
66 AGCATTCGTGCTAGTGTTATACCCGAGCTAAGACCCGAAGAGCATTCGTGC
24973 CGGTGATGTG
Statistics
Matches: 100, Mismatches: 16, Indels: 0
0.86 0.14 0.00
Matches are distributed among these distances:
120 100 1.00
ACGTcount: A:0.23, C:0.22, G:0.28, T:0.28
Consensus pattern (120 bp):
GTTATATCCAGGCTAAGTCCCGAAGAGCATTCGTGCCGATGCTATACCCGGGTTAAGACCCGAAG
AGCATTCGTGCTAGTGTTATACCCGAGCTAAGACCCGAAGAGCATTCGTGCTAGT
Found at i:25028 original size:43 final size:43
Alignment explanation
Indices: 24965--25048 Score: 132
Period size: 43 Copynumber: 2.0 Consensus size: 43
24955 CCCGAAGAGC
* * *
24965 ATTCGTGCCGGTGATGTGTATTCGGGCCTTCGTGCCTAGCAGG
1 ATTCGTGCCGGTGATATGTATTCAGGCCTTCATGCCTAGCAGG
*
25008 ATTCGTGCCGGTGATATGTATTCAGGCTTTCATGCCTAGCA
1 ATTCGTGCCGGTGATATGTATTCAGGCCTTCATGCCTAGCA
25049 AGCTTAATGC
Statistics
Matches: 37, Mismatches: 4, Indels: 0
0.90 0.10 0.00
Matches are distributed among these distances:
43 37 1.00
ACGTcount: A:0.15, C:0.23, G:0.30, T:0.32
Consensus pattern (43 bp):
ATTCGTGCCGGTGATATGTATTCAGGCCTTCATGCCTAGCAGG
Found at i:25064 original size:43 final size:43
Alignment explanation
Indices: 24970--25065 Score: 111
Period size: 43 Copynumber: 2.2 Consensus size: 43
24960 AGAGCATTCG
* * * * **
24970 TGCCGGTGATGTGTATTCGGGCCTTCGTGCCTAGCAGGATTCG
1 TGCCGGTGATATGTATTCAGGCCTTCATGCCTAGCAAGATTAA
* *
25013 TGCCGGTGATATGTATTCAGGCTTTCATGCCTAGCAAGCTTAA
1 TGCCGGTGATATGTATTCAGGCCTTCATGCCTAGCAAGATTAA
*
25056 TGCTGGTGAT
1 TGCCGGTGAT
25066 CTGAGCAAAG
Statistics
Matches: 44, Mismatches: 9, Indels: 0
0.83 0.17 0.00
Matches are distributed among these distances:
43 44 1.00
ACGTcount: A:0.17, C:0.21, G:0.30, T:0.32
Consensus pattern (43 bp):
TGCCGGTGATATGTATTCAGGCCTTCATGCCTAGCAAGATTAA
Found at i:25288 original size:58 final size:54
Alignment explanation
Indices: 25197--25316 Score: 161
Period size: 58 Copynumber: 2.1 Consensus size: 54
25187 ATGAATAAGG
* *
25197 GCACTATGTGTGTGAATGATTTGAGGCATTGTGTGTGCAAAT-TCCTTTAACCGA
1 GCACTATGTGGGTGAATGATTTGAGGCACTGTGTGTGCAAATGT-CTTTAACCGA
25251 GCACTATGTGGGTGAGATCGATAATTGAGGCACTGTGTGTGCAAATGTCTTTAACCGA
1 GCACTATGTGGGTGA-AT-GAT--TTGAGGCACTGTGTGTGCAAATGTCTTTAACCGA
*
25309 GTACTATG
1 GCACTATG
25317 AGTGCAAGAT
Statistics
Matches: 58, Mismatches: 3, Indels: 6
0.87 0.04 0.09
Matches are distributed among these distances:
54 14 0.24
55 2 0.03
56 3 0.05
58 38 0.66
59 1 0.02
ACGTcount: A:0.25, C:0.15, G:0.28, T:0.33
Consensus pattern (54 bp):
GCACTATGTGGGTGAATGATTTGAGGCACTGTGTGTGCAAATGTCTTTAACCGA
Found at i:25327 original size:58 final size:59
Alignment explanation
Indices: 25217--25355 Score: 160
Period size: 58 Copynumber: 2.4 Consensus size: 59
25207 TGTGAATGAT
* * **
25217 TTGAGGCATTGTGTGTGCAAAT-TCCTTTAACCGAGCACTATGTGGGTGAGATCGATAA
1 TTGAGGCACTGTGTGTGCAAATGTCCTTTAACCGAGCACTATGAGGGCAAGATCGATAA
* * *
25275 TTGAGGCACTGTGTGTGCAAATGT-CTTTAACCGAGTACTATGAGTGCAAGATCGATCA
1 TTGAGGCACTGTGTGTGCAAATGTCCTTTAACCGAGCACTATGAGGGCAAGATCGATAA
*
25333 GTG-GGCACTAAGTGTGTG-AAATG
1 TTGAGGCACT--GTGTGTGCAAATG
25356 GAATTCATGT
Statistics
Matches: 70, Mismatches: 8, Indels: 6
0.83 0.10 0.07
Matches are distributed among these distances:
57 6 0.09
58 56 0.80
59 8 0.11
ACGTcount: A:0.27, C:0.15, G:0.29, T:0.29
Consensus pattern (59 bp):
TTGAGGCACTGTGTGTGCAAATGTCCTTTAACCGAGCACTATGAGGGCAAGATCGATAA
Found at i:27491 original size:13 final size:13
Alignment explanation
Indices: 27473--27497 Score: 50
Period size: 13 Copynumber: 1.9 Consensus size: 13
27463 TAATGGTATA
27473 TTGAATCCATGAT
1 TTGAATCCATGAT
27486 TTGAATCCATGA
1 TTGAATCCATGA
27498 AATTTAGTAA
Statistics
Matches: 12, Mismatches: 0, Indels: 0
1.00 0.00 0.00
Matches are distributed among these distances:
13 12 1.00
ACGTcount: A:0.32, C:0.16, G:0.16, T:0.36
Consensus pattern (13 bp):
TTGAATCCATGAT
Done.