Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: Scaffold450
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 1000
Length: 11347
ACGTcount: A:0.32, C:0.13, G:0.23, T:0.33
Found at i:2504 original size:47 final size:47
Alignment explanation
Indices: 2408--2801 Score: 684
Period size: 47 Copynumber: 8.4 Consensus size: 47
2398 TTCAGCCAAG
2408 AGTGTATATATGTGATAAGGCCTAATAGGCCGATGTGATGAATGTGAA
1 AGTGTATATATGTGATAAGGCCTAAT-GGCCGATGTGATGAATGTGAA
2456 AGTGTATATATGTGATAAGGCCTAATGGCCGATGTGATGAATGTGAA
1 AGTGTATATATGTGATAAGGCCTAATGGCCGATGTGATGAATGTGAA
2503 AGTGTATATATGTGATAAGGCCTAATGGCCGATGTGATGAATGTGAA
1 AGTGTATATATGTGATAAGGCCTAATGGCCGATGTGATGAATGTGAA
2550 AGTGTATATATGTGATAAGGCCTAATGGCCGATGTGATGAATGTGAA
1 AGTGTATATATGTGATAAGGCCTAATGGCCGATGTGATGAATGTGAA
2597 AGTGTATATATGTGATAAGGCCTAAT-GCCGATGTGATGAATGTGAA
1 AGTGTATATATGTGATAAGGCCTAATGGCCGATGTGATGAATGTGAA
2643 AGTGTATATATGT-ATAAGGCCTAATGGCCGATGTGATGAATGTGAA
1 AGTGTATATATGTGATAAGGCCTAATGGCCGATGTGATGAATGTGAA
2689 AGTGTATATATGTGATAAGGCCTAATGGCCGATGTGATGAATGTGAA
1 AGTGTATATATGTGATAAGGCCTAATGGCCGATGTGATGAATGTGAA
* * * * * * *
2736 AGTGTATATATGTGACAGGGCCGAGTGGCCAACGTGATGGATGTGAA
1 AGTGTATATATGTGATAAGGCCTAATGGCCGATGTGATGAATGTGAA
* *
2783 AGTGCATAAATGTGATAAG
1 AGTGTATATATGTGATAAG
2802 TCCCGAAGGG
Statistics
Matches: 333, Mismatches: 11, Indels: 5
0.95 0.03 0.01
Matches are distributed among these distances:
45 12 0.04
46 66 0.20
47 229 0.69
48 26 0.08
ACGTcount: A:0.32, C:0.09, G:0.30, T:0.29
Consensus pattern (47 bp):
AGTGTATATATGTGATAAGGCCTAATGGCCGATGTGATGAATGTGAA
Found at i:2725 original size:186 final size:188
Alignment explanation
Indices: 2408--2801 Score: 684
Period size: 186 Copynumber: 2.1 Consensus size: 188
2398 TTCAGCCAAG
2408 AGTGTATATATGTGATAAGGCCTAATAGGCCGATGTGATGAATGTGAAAGTGTATATATGTGATA
1 AGTGTATATATGTGATAAGGCCTAATA-GCCGATGTGATGAATGTGAAAGTGTATATATGTGATA
2473 AGGCCTAATGGCCGATGTGATGAATGTGAAAGTGTATATATGTGATAAGGCCTAATGGCCGATGT
65 AGGCCTAATGGCCGATGTGATGAATGTGAAAGTGTATATATGTGATAAGGCCTAATGGCCGATGT
* * * *
2538 GATGAATGTGAAAGTGTATATATGTGATAAGGCCTAATGGCCGATGTGATGAATGTGAA
130 GATGAATGTGAAAGTGTATATATGTGACAAGGCCGAATGGCCAACGTGATGAATGTGAA
2597 AGTGTATATATGTGATAAGGCCTAAT-GCCGATGTGATGAATGTGAAAGTGTATATATGT-ATAA
1 AGTGTATATATGTGATAAGGCCTAATAGCCGATGTGATGAATGTGAAAGTGTATATATGTGATAA
2660 GGCCTAATGGCCGATGTGATGAATGTGAAAGTGTATATATGTGATAAGGCCTAATGGCCGATGTG
66 GGCCTAATGGCCGATGTGATGAATGTGAAAGTGTATATATGTGATAAGGCCTAATGGCCGATGTG
* * *
2725 ATGAATGTGAAAGTGTATATATGTGACAGGGCCGAGTGGCCAACGTGATGGATGTGAA
131 ATGAATGTGAAAGTGTATATATGTGACAAGGCCGAATGGCCAACGTGATGAATGTGAA
* *
2783 AGTGCATAAATGTGATAAG
1 AGTGTATATATGTGATAAG
2802 TCCCGAAGGG
Statistics
Matches: 196, Mismatches: 9, Indels: 3
0.94 0.04 0.01
Matches are distributed among these distances:
186 137 0.70
187 33 0.17
189 26 0.13
ACGTcount: A:0.32, C:0.09, G:0.30, T:0.29
Consensus pattern (188 bp):
AGTGTATATATGTGATAAGGCCTAATAGCCGATGTGATGAATGTGAAAGTGTATATATGTGATAA
GGCCTAATGGCCGATGTGATGAATGTGAAAGTGTATATATGTGATAAGGCCTAATGGCCGATGTG
ATGAATGTGAAAGTGTATATATGTGACAAGGCCGAATGGCCAACGTGATGAATGTGAA
Found at i:2976 original size:37 final size:37
Alignment explanation
Indices: 2920--2998 Score: 115
Period size: 37 Copynumber: 2.1 Consensus size: 37
2910 CCGAGCTCTA
* *
2920 AAGACCCGATGACTACGTGTGG-GAATTTTGTCCGGGT
1 AAGACCCGATAACTACGTGTGGAG-ATTATGTCCGGGT
*
2957 AAGACCCGATAACTTCGTGTGGAGATTATGTCCGGGT
1 AAGACCCGATAACTACGTGTGGAGATTATGTCCGGGT
2994 AAGAC
1 AAGAC
2999 TTCGTAATAA
Statistics
Matches: 38, Mismatches: 3, Indels: 2
0.88 0.07 0.05
Matches are distributed among these distances:
37 37 0.97
38 1 0.03
ACGTcount: A:0.25, C:0.19, G:0.30, T:0.25
Consensus pattern (37 bp):
AAGACCCGATAACTACGTGTGGAGATTATGTCCGGGT
Found at i:4909 original size:43 final size:44
Alignment explanation
Indices: 4861--4963 Score: 192
Period size: 43 Copynumber: 2.4 Consensus size: 44
4851 TTGGTTTTCA
4861 GCACTAAGTGTGCGGGCAATAAGTGTTCACGG-TTGTGAGATTG
1 GCACTAAGTGTGCGGGCAATAAGTGTTCACGGTTTGTGAGATTG
4904 GCACTAAGTGTGCGGGCAATAAGTGTTCACGGTTTGTGAGATTG
1 GCACTAAGTGTGCGGGCAATAAGTGTTCACGGTTTGTGAGATTG
4948 GCACT-AGTGTGCGGGC
1 GCACTAAGTGTGCGGGC
4964 TTGAAATGCA
Statistics
Matches: 59, Mismatches: 0, Indels: 2
0.97 0.00 0.03
Matches are distributed among these distances:
43 43 0.73
44 16 0.27
ACGTcount: A:0.21, C:0.16, G:0.36, T:0.27
Consensus pattern (44 bp):
GCACTAAGTGTGCGGGCAATAAGTGTTCACGGTTTGTGAGATTG
Found at i:4989 original size:29 final size:29
Alignment explanation
Indices: 4946--5018 Score: 96
Period size: 29 Copynumber: 2.6 Consensus size: 29
4936 TTTGTGAGAT
* *
4946 TGGCACT-AGTGTGCGGGCTTGAAA-TGCA
1 TGGCACTAAGTGTGCGAG-TTGAAAGTACA
*
4974 TGGCACTAAGTGTGCGAGTTTAAAGTACA
1 TGGCACTAAGTGTGCGAGTTGAAAGTACA
5003 TGGCACTAAGTGTGCG
1 TGGCACTAAGTGTGCG
5019 TGGTTGATTA
Statistics
Matches: 40, Mismatches: 3, Indels: 3
0.87 0.07 0.07
Matches are distributed among these distances:
28 12 0.30
29 28 0.70
ACGTcount: A:0.25, C:0.16, G:0.33, T:0.26
Consensus pattern (29 bp):
TGGCACTAAGTGTGCGAGTTGAAAGTACA
Found at i:5509 original size:39 final size:38
Alignment explanation
Indices: 5332--5556 Score: 235
Period size: 39 Copynumber: 5.8 Consensus size: 38
5322 ATGATGTCCG
* *
5332 GGCTAAGTCCCGAAG-GC-TTTGTGCTAAGTGACCATATCC
1 GGCTAAGT-CCGAAGAGCATTCGTGCT-AGTGA-TATATCC
* * * *
5371 GGACTAAGTCCGAAG-GCATTGGTGCGAGTTACTAAATCC
1 GG-CTAAGTCCGAAGAGCATTCGTGCTAGTGA-TATATCC
* *
5410 GGCCTAAGTCCGAAGAGCATTC-TGCTAGTGATGTATCG
1 GG-CTAAGTCCGAAGAGCATTCGTGCTAGTGATATATCC
*
5448 GGCTAAGTCCGAAGAGCATTCGTGCTAGTGATGTATCC
1 GGCTAAGTCCGAAGAGCATTCGTGCTAGTGATATATCC
5486 GGCTAAGTTCCGAAGAGCATTCGTGCTAGTGATATATCC
1 GGCTAAG-TCCGAAGAGCATTCGTGCTAGTGATATATCC
* *
5525 GTGCTAA-TCCCGAAGAGCATTCATGCTGGTGA
1 G-GCTAAGT-CCGAAGAGCATTCGTGCTAGTGA
5557 CTGTGTATTC
Statistics
Matches: 163, Mismatches: 16, Indels: 14
0.84 0.08 0.07
Matches are distributed among these distances:
37 19 0.12
38 29 0.18
39 93 0.57
40 22 0.13
ACGTcount: A:0.25, C:0.22, G:0.28, T:0.26
Consensus pattern (38 bp):
GGCTAAGTCCGAAGAGCATTCGTGCTAGTGATATATCC
Found at i:5525 original size:115 final size:117
Alignment explanation
Indices: 5330--5556 Score: 272
Period size: 115 Copynumber: 2.0 Consensus size: 117
5320 GAATGATGTC
* *
5330 CGGGCTAAGTCCCGAAGGCTTTGTGCTAAGTGACCATATCCGGACTAAGTCCGAAGGCATTGGTG
1 CGGGCTAAGTCCCGAAGGCTTCGTGCTAAGTGACCATATCCGGACTAAGTCCGAAGGCATTCGTG
*
5395 CGAGTTACTAAATCCG-GCCTAAGT-CCGAAGAGCATTC-TGCTAGTGATGTAT
66 CGAGTGACTAAATCCGTG-CTAA-TCCCGAAGAGCATTCATGCTAGTGATGTAT
**
5446 CGGGCTAAGT-CCGAAGAGCATTCGTGCT-AGTGA-TGTATCCGG-CTAAGTTCCGAAGAGCATT
1 CGGGCTAAGTCCCGAAG-GC-TTCGTGCTAAGTGACCATATCCGGACTAAG-TCCGAAG-GCATT
* * *
5507 CGTGCTAGTGA-TATATCCGTGCTAATCCCGAAGAGCATTCATGCTGGTGA
62 CGTGCGAGTGACTAAATCCGTGCTAATCCCGAAGAGCATTCATGCTAGTGA
5557 CTGTGTATTC
Statistics
Matches: 96, Mismatches: 8, Indels: 14
0.81 0.07 0.12
Matches are distributed among these distances:
114 6 0.06
115 44 0.46
116 39 0.41
117 7 0.07
ACGTcount: A:0.25, C:0.22, G:0.28, T:0.26
Consensus pattern (117 bp):
CGGGCTAAGTCCCGAAGGCTTCGTGCTAAGTGACCATATCCGGACTAAGTCCGAAGGCATTCGTG
CGAGTGACTAAATCCGTGCTAATCCCGAAGAGCATTCATGCTAGTGATGTAT
Found at i:5758 original size:24 final size:25
Alignment explanation
Indices: 5719--5768 Score: 66
Period size: 24 Copynumber: 2.0 Consensus size: 25
5709 GTGTATTAAC
5719 GAATGAATAAGAGCACTATGTATGT
1 GAATGAATAAGAGCACTATGTATGT
* * *
5744 GAAT-AATTAGAGCACTGTGTGTGT
1 GAATGAATAAGAGCACTATGTATGT
5768 G
1 G
5769 CGAATTCCTT
Statistics
Matches: 22, Mismatches: 3, Indels: 1
0.85 0.12 0.04
Matches are distributed among these distances:
24 18 0.82
25 4 0.18
ACGTcount: A:0.34, C:0.08, G:0.28, T:0.30
Consensus pattern (25 bp):
GAATGAATAAGAGCACTATGTATGT
Found at i:9138 original size:47 final size:47
Alignment explanation
Indices: 9080--9472 Score: 691
Period size: 47 Copynumber: 8.4 Consensus size: 47
9070 CAGCCAAGAC
9080 AGTGTATATATGTGATAAGGCCTAATGGCCGATGTGATGAATGTGAA
1 AGTGTATATATGTGATAAGGCCTAATGGCCGATGTGATGAATGTGAA
9127 AGTGTATATATGTGATAAGGCCTAATGGCCGATGTGATGAATGTGAA
1 AGTGTATATATGTGATAAGGCCTAATGGCCGATGTGATGAATGTGAA
*
9174 AGTGTATATGTGTGATAAGGCCTAAT-GCCGATGTGATGAATGTGAA
1 AGTGTATATATGTGATAAGGCCTAATGGCCGATGTGATGAATGTGAA
9220 AGTGTATATATGTGATAAGGCCTAATGGCCGATGTGATGAATGTGAA
1 AGTGTATATATGTGATAAGGCCTAATGGCCGATGTGATGAATGTGAA
9267 AGTGTATATATGTGATAAGGCCTAATGGCCGATGTGATGAATGTGAA
1 AGTGTATATATGTGATAAGGCCTAATGGCCGATGTGATGAATGTGAA
9314 AGTGTATATATGTGATAAGGCCTAATGGCCGATGTGATGAATGTGAA
1 AGTGTATATATGTGATAAGGCCTAATGGCCGATGTGATGAATGTGAA
9361 AGTGTATATATGTGATAAGGCCTAATGGCCGATGTGATGAATGTGAA
1 AGTGTATATATGTGATAAGGCCTAATGGCCGATGTGATGAATGTGAA
* * * * * *
9408 AGTGTATATATGTGA-AGGGCCGAGTGGCCAACGTGATGGATGTGAA
1 AGTGTATATATGTGATAAGGCCTAATGGCCGATGTGATGAATGTGAA
* *
9454 AGTGCATAAATGTGATAAG
1 AGTGTATATATGTGATAAG
9473 TCCCGAAGGG
Statistics
Matches: 333, Mismatches: 11, Indels: 4
0.96 0.03 0.01
Matches are distributed among these distances:
46 83 0.25
47 250 0.75
ACGTcount: A:0.32, C:0.09, G:0.31, T:0.29
Consensus pattern (47 bp):
AGTGTATATATGTGATAAGGCCTAATGGCCGATGTGATGAATGTGAA
Found at i:9332 original size:140 final size:141
Alignment explanation
Indices: 9080--9472 Score: 691
Period size: 140 Copynumber: 2.8 Consensus size: 141
9070 CAGCCAAGAC
9080 AGTGTATATATGTGATAAGGCCTAATGGCCGATGTGATGAATGTGAAAGTGTATATATGTGATAA
1 AGTGTATATATGTGATAAGGCCTAATGGCCGATGTGATGAATGTGAAAGTGTATATATGTGATAA
*
9145 GGCCTAATGGCCGATGTGATGAATGTGAAAGTGTATATGTGTGATAAGGCCTAAT-GCCGATGTG
66 GGCCTAATGGCCGATGTGATGAATGTGAAAGTGTATATATGTGATAAGGCCTAATGGCCGATGTG
9209 ATGAATGTGAA
131 ATGAATGTGAA
9220 AGTGTATATATGTGATAAGGCCTAATGGCCGATGTGATGAATGTGAAAGTGTATATATGTGATAA
1 AGTGTATATATGTGATAAGGCCTAATGGCCGATGTGATGAATGTGAAAGTGTATATATGTGATAA
9285 GGCCTAATGGCCGATGTGATGAATGTGAAAGTGTATATATGTGATAAGGCCTAATGGCCGATGTG
66 GGCCTAATGGCCGATGTGATGAATGTGAAAGTGTATATATGTGATAAGGCCTAATGGCCGATGTG
9350 ATGAATGTGAA
131 ATGAATGTGAA
*
9361 AGTGTATATATGTGATAAGGCCTAATGGCCGATGTGATGAATGTGAAAGTGTATATATGTGA-AG
1 AGTGTATATATGTGATAAGGCCTAATGGCCGATGTGATGAATGTGAAAGTGTATATATGTGATAA
* * * * * * *
9425 GGCCGAGTGGCCAACGTGATGGATGTGAAAGTGCATAAATGTGATAAG
66 GGCCTAATGGCCGATGTGATGAATGTGAAAGTGTATATATGTGATAAG
9473 TCCCGAAGGG
Statistics
Matches: 243, Mismatches: 9, Indels: 2
0.96 0.04 0.01
Matches are distributed among these distances:
140 161 0.66
141 82 0.34
ACGTcount: A:0.32, C:0.09, G:0.31, T:0.29
Consensus pattern (141 bp):
AGTGTATATATGTGATAAGGCCTAATGGCCGATGTGATGAATGTGAAAGTGTATATATGTGATAA
GGCCTAATGGCCGATGTGATGAATGTGAAAGTGTATATATGTGATAAGGCCTAATGGCCGATGTG
ATGAATGTGAA
Found at i:9453 original size:187 final size:187
Alignment explanation
Indices: 9080--9472 Score: 689
Period size: 187 Copynumber: 2.1 Consensus size: 187
9070 CAGCCAAGAC
9080 AGTGTATATATGTGATAAGGCCTAATGGCCGATGTGATGAATGTGAAAGTGTATATATGTGATAA
1 AGTGTATATATGTGATAAGGCCTAATGGCCGATGTGATGAATGTGAAAGTGTATATATGTGATAA
*
9145 GGCCTAATGGCCGATGTGATGAATGTGAAAGTGTATATGTGTGATAAGGCCTAATGCCGATGTGA
66 GGCCTAATGGCCGATGTGATGAATGTGAAAGTGTATATATGTGATAAGGCCTAATGCCGATGTGA
* * *
9210 TGAATGTGAAAGTGTATATATGTGATAAGGCCTAATGGCCGATGTGATGAATGTGAA
131 TGAATGTGAAAGTGTATATATGTGATAAGGCCGAATGGCCAACGTGATGAATGTGAA
9267 AGTGTATATATGTGATAAGGCCTAATGGCCGATGTGATGAATGTGAAAGTGTATATATGTGATAA
1 AGTGTATATATGTGATAAGGCCTAATGGCCGATGTGATGAATGTGAAAGTGTATATATGTGATAA
9332 GGCCTAATGGCCGATGTGATGAATGTGAAAGTGTATATATGTGATAAGGCCTAATGGCCGATGTG
66 GGCCTAATGGCCGATGTGATGAATGTGAAAGTGTATATATGTGATAAGGCCTAAT-GCCGATGTG
* * *
9397 ATGAATGTGAAAGTGTATATATGTGA-AGGGCCGAGTGGCCAACGTGATGGATGTGAA
130 ATGAATGTGAAAGTGTATATATGTGATAAGGCCGAATGGCCAACGTGATGAATGTGAA
* *
9454 AGTGCATAAATGTGATAAG
1 AGTGTATATATGTGATAAG
9473 TCCCGAAGGG
Statistics
Matches: 196, Mismatches: 9, Indels: 2
0.95 0.04 0.01
Matches are distributed among these distances:
187 161 0.82
188 35 0.18
ACGTcount: A:0.32, C:0.09, G:0.31, T:0.29
Consensus pattern (187 bp):
AGTGTATATATGTGATAAGGCCTAATGGCCGATGTGATGAATGTGAAAGTGTATATATGTGATAA
GGCCTAATGGCCGATGTGATGAATGTGAAAGTGTATATATGTGATAAGGCCTAATGCCGATGTGA
TGAATGTGAAAGTGTATATATGTGATAAGGCCGAATGGCCAACGTGATGAATGTGAA
Found at i:9645 original size:37 final size:37
Alignment explanation
Indices: 9589--9667 Score: 115
Period size: 37 Copynumber: 2.1 Consensus size: 37
9579 CCGAGCTCTA
* *
9589 AAGACCCGATGACTACGTGTGG-GAATTTTGTCCGGGT
1 AAGACCCGATAACTACGTGTGGAG-ATTATGTCCGGGT
*
9626 AAGACCCGATAACTTCGTGTGGAGATTATGTCCGGGT
1 AAGACCCGATAACTACGTGTGGAGATTATGTCCGGGT
9663 AAGAC
1 AAGAC
9668 TTCGTAATAA
Statistics
Matches: 38, Mismatches: 3, Indels: 2
0.88 0.07 0.05
Matches are distributed among these distances:
37 37 0.97
38 1 0.03
ACGTcount: A:0.25, C:0.19, G:0.30, T:0.25
Consensus pattern (37 bp):
AAGACCCGATAACTACGTGTGGAGATTATGTCCGGGT
Found at i:10741 original size:22 final size:22
Alignment explanation
Indices: 10713--10757 Score: 81
Period size: 22 Copynumber: 2.0 Consensus size: 22
10703 GCTCTGTGCA
*
10713 GGAGATATCCAAGTCGTAATGC
1 GGAGATATCAAAGTCGTAATGC
10735 GGAGATATCAAAGTCGTAATGC
1 GGAGATATCAAAGTCGTAATGC
10757 G
1 G
10758 CAAGGTCAGT
Statistics
Matches: 22, Mismatches: 1, Indels: 0
0.96 0.04 0.00
Matches are distributed among these distances:
22 22 1.00
ACGTcount: A:0.33, C:0.16, G:0.29, T:0.22
Consensus pattern (22 bp):
GGAGATATCAAAGTCGTAATGC
Done.