Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: Gbar_A03
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Warning! 1369460 characters in sequence are not A, C, G, or T
File 158 of 325
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*
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* *
50699347 AATAAATTTTAAAAATATAT
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*
50699367 AA-AAATAAAAA-AAAT
1 AATATATAAAAATAAAT
* *
50699382 ATTAT-TGAGAAAAAATAAT
1 AATATAT-A-AAAATA-AAT
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1 AATATATAAAAATAAAT
* *
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1 AATA
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AATATATAAAAATAAAT
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50701336 GAATACAAAC
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ATATTTATTTAAATATTAATAAATT
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50714459 ATAGTTACGA
50714469 GTATCCATATTTTTTCATAATCATAACCCATATATTTT
1 GTATCCATATTTTTTCATAATCATAACCCATATATTTT
50714507 GTATCCATATTTTTTCATAATCATAACCCATATATTTT
1 GTATCCATATTTTTTCATAATCATAACCCATATATTTT
50714545 CTTCTTTATT
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GTATCCATATTTTTTCATAATCATAACCCATATATTTT
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50718791 AAATTGTACA
** * *
50718801 GCACTAAGTGTGCGATTTGACTATGTT
1 GCACTAAGTGTGCGAAATGAATATGAT
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50718856 GCA
1 GCA
50718859 ACACTAAGTC
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GCACTAAGTGTGCGAAATGAATATGAT
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50718790 TAAATTGTAC
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* ** *
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* * * *
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*
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*
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* * *
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*
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50718986 GACTCAATAT
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AGCACTAAGTGTGCGATTTGACTATGT
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50726973 TAAATTGTAC
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* ** *
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1 AGCACTAAGTGTGCGATTTGACTATGT
* * *
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*
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*
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* * *
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*
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1 AGCACTAAGTGTGCG
50727161 GACTCATATA
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AGCACTAAGTGTGCGATTTGACTATGT
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50726974 AAATTGTACA
*
50726984 GCACTAAGTGTGCGATTTGACTATGTTGCACTAAGTGTGCGAAATGAATATG-ATGCACTAAGTG
1 GCACTAAGTGTGCGATTTGACTATGTAGCACTAAGTGTGCGAAATGAATATGTA-GCACTAAGTG
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65 TGCGAATTGACCATGCG
** *
50727065 GCACTAAGTGTGCGAGTTTGACTATGTAGCACTAAGTGTGCGATTTGATTATGTAGCACTAAGTG
1 GCACTAAGTGTGCGA-TTTGACTATGTAGCACTAAGTGTGCGAAATGAATATGTAGCACTAAGTG
*
50727130 TGCGAGTTGA
65 TGCGAATTGA
50727140 TTATATAGCA
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GCACTAAGTGTGCGATTTGACTATGTAGCACTAAGTGTGCGAAATGAATATGTAGCACTAAGTGT
GCGAATTGACCATGCG
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50726970 GATTAAATTG
*
50726980 TACAGCACTAAGTGTGCGATTTGACTATGTTGCACTAAGTGTGCGAAATGAATATGATGCACTAA
1 TACAGCACTAAGTGTGCGATTTGACTATGTAGCACTAAGTGTGCGAAATGAATATGATGCACTAA
50727045 GTGTGCGAATTGACCA
66 GTGTGCGAATTGACCA
* * ** *
50727061 TGCGGCACTAAGTGTGCGAGTTTGACTATGTAGCACTAAGTGTGCGATTTGATTATG-TAGCACT
1 TACAGCACTAAGTGTGCGA-TTTGACTATGTAGCACTAAGTGTGCGAAATGAATATGAT-GCACT
* **
50727125 AAGTGTGCGAGTTGATTA
64 AAGTGTGCGAATTGACCA
* *
50727143 TATAGCACTGAGTGTGCG
1 TACAGCACTAAGTGTGCG
50727161 GACTCATATA
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TACAGCACTAAGTGTGCGATTTGACTATGTAGCACTAAGTGTGCGAAATGAATATGATGCACTAA
GTGTGCGAATTGACCA
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50731040 CCTATATATA
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1 TATATATATGCGCTTTTGATATAGGTATTCTTATTTCCTTCAAATTTTATGTACCAATCTGAAGT
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66 TGTACAAC
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1 TATATATATGCGCTTTTGATATAGGTATTCTTATTTCCTTCAAATTTTATGTACCAATCTGAAGT
50731188 TGTACAAC
66 TGTACAAC
50731196 CAAACAAAAT
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TATATATATGCGCTTTTGATATAGGTATTCTTATTTCCTTCAAATTTTATGTACCAATCTGAAGT
TGTACAAC
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50731440 AGGAGCCCCG
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1 TAACAATTACTAATATTAGTTTGA
50731474 TAACAATTACTAATATTAGTTTGA
1 TAACAATTACTAATATTAGTTTGA
50731498 T
1 T
50731499 GGAGAAAATT
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TAACAATTACTAATATTAGTTTGA
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50743683 TGTGCTAGTG
*
50743693 TAAGACATGTCTGGGACATGCATTGGCCACATTATGAGAGCCAGTA
1 TAAGACATGTCTGGGACATGCATT-GCCACATTACGAGAGCCAGTA
* * *
50743739 TAAGACATGTCTGGGACATGCA-T-CGACATTGAGACGAGAGCTAGTG
1 TAAGACATGTCTGGGACATGCATTGCCACATT---ACGAGAGCCAGTA
50743785 TAAGACATGTCT
1 TAAGACATGTCT
50743797 TGTAACACCC
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TAAGACATGTCTGGGACATGCATTGCCACATTACGAGAGCCAGTA
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50766336 CAACCTTAAC
* * *
50766346 CCTAGGGGTATATCAGTAATTTTACT
1 CCTAGGGGTAAATCAGTAATTGTACA
* *
50766372 CCTAGGGGTAAATCTGTAAATTGTCCA
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1 CCTA
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CCTAGGGGTAAATCAGTAATTGTACA
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1 TGACACGGCCTA
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1 TGACA
50769819 TGGGCGTGTC
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* * *
50777998 CATTAGTCCGTCTGTTTGCATGCA
1 CATTAGCCCATCTGTTTACATGCA
50778022 TAAGGTCATC
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CATTAGCCCATCTGTTTACATGCA
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50781036 CGGGACTTTA
* *
50781046 AGCCCGAATATAATACCAGCACGAATGCCTTCGGGGCTT
1 AGCCCGGATATAACACCAGCACGAATGCCTTCGGGGCTT
* * *
50781085 ACCCCGGATATAACACCAGCACGAATGCCTTTGGGGTTT
1 AGCCCGGATATAACACCAGCACGAATGCCTTCGGGGCTT
* * *
50781124 AGCCTGGATATAACACCAGCACAAATGCCTTTGGGGCTT
1 AGCCCGGATATAACACCAGCACGAATGCCTTCGGGGCTT
** * * *
50781163 AGCCTAGATATAACCCCAGCACGAATGCCTTCGAGACTT
1 AGCCCGGATATAACACCAGCACGAATGCCTTCGGGGCTT
*
50781202 AGCCCGGATATAACACCAGCACGAATGCCTTCGGGACTT
1 AGCCCGGATATAACACCAGCACGAATGCCTTCGGGGCTT
50781241 AGCCCGGATATAA
1 AGCCCGGATATAA
50781254 TTCTCCATTA
Statistics
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50786960 ACAAAGCATG
* *
50786970 CGGGACTTTAAGCCCGAATATAATACCAGCACGAATGCCTT
1 CGGGAC-TT-AGCCCGGATATAACACCAGCACGAATGCCTT
*
50787011 CGGGGCTTAGCCCGGATATAACACCAGCACGAATGCCTT
1 CGGGACTTAGCCCGGATATAACACCAGCACGAATGCCTT
* *
50787050 TGGG-CTTTAGCCCGGATATAACACCAGCACAAATGCCTT
1 CGGGAC-TTAGCCCGGATATAACACCAGCACGAATGCCTT
* *
50787089 CGGGCCTTAGCCCGGATATAACCCCAGCACGAATGCCTT
1 CGGGACTTAGCCCGGATATAACACCAGCACGAATGCCTT
* *
50787128 CGAGACTTAGCCCGAATATAACACCAGCACGAATGCCTT
1 CGGGACTTAGCCCGGATATAACACCAGCACGAATGCCTT
50787167 CGGGACTTAGCCCGGATATAACACCAGCACGAATGCCTT
1 CGGGACTTAGCCCGGATATAACACCAGCACGAATGCCTT
50787206 CGGGACTTAGCCCGGATATAA
1 CGGGACTTAGCCCGGATATAA
50787227 TTCTCCATTA
Statistics
Matches: 200, Mismatches: 14, Indels: 6
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Matches are distributed among these distances:
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CGGGACTTAGCCCGGATATAACACCAGCACGAATGCCTT
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50799966 CGAATAGTCC
* *
50799976 CCACACGTAGTTATCGGGTCTTACCCAGACAAAATCT
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*
50800013 CCACACGTAGTCATCGGGTCTTACCCGGACATAATCT
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1 CCACACGTAGTCATCGGGTCTTACCCGGA
50800079 ATATATTTCC
Statistics
Matches: 63, Mismatches: 3, Indels: 0
0.95 0.05 0.00
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*
50800219 ATCTCCTACATATTTCACACTAGCCATTCGGCTTTACCACATATACAT
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50800267 ATCTCATACATATTTCACACTAGCCATTCGGCTTTACCACATATACAT
1 ATCTCATACATATTTCACACTAGCCATTCGGCTTTACCACATATACAT
*
50800315 ATCTCATACATATTTCACACTAGCCATTCGGCTTTACCACATATACGT
1 ATCTCATACATATTTCACACTAGCCATTCGGCTTTACCACATATACAT
* *
50800363 ATCTCATACATATTTCACACTAGCCATTCGGCTTTACCACACATATAT
1 ATCTCATACATATTTCACACTAGCCATTCGGCTTTACCACATATACAT
50800411 AT
1 AT
50800413 ATTTATCTTG
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Matches: 141, Mismatches: 5, Indels: 0
0.97 0.03 0.00
Matches are distributed among these distances:
48 141 1.00
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ATCTCATACATATTTCACACTAGCCATTCGGCTTTACCACATATACAT
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* *
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*
50804878 CAGTCATTTTACACTACAAGGGTATTT
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* *
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* *
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** * *
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* *
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* * *
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* * * *
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**
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* *
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* * *
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* * * *
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* * *
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* * *
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*
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* * *
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* * * ***
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* * * * * *
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* * ** *
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* * *
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* * * * * * * *
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* * * * *
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* * * * * * *
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* ** * * **
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** * *
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*
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* * * *
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* * * *
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65 AGTAAT
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* * * *
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* * * *
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* **
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*
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* *
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*
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1 AAGATAAATATATAT
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1 AA
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131 TAT
*
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*
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TAT
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*
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*
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1 TTTGATTCAACTTAAGTAT
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* *
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*
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* *
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*
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*
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*
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456 TATTA
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*
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*
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391 CAAAATAGTATTATTAATTATTATTTGAAGTATGAATAAGTTTTTATATTTTGGTTCAGCTTAAG
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456 TATTA
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*
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326 TAAACATGTTTGATTTTAATATTTATTATTTTTAAATGTCTTTAAAATTTATAACTAATTTTTTT
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391 CAAAATAGTATTATTAATTATTATTTGAAGTATGAATAAGTTTTTATATTTTGGTTCAGCTTAAG
50818820 TATTA
456 TATTA
*
50818825 TTTGATTAAACTTAAGTATGAATTAATTTTATTACCATATATGTAGCTTGCTTGTCCATTCCTTA
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456 TATTA
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*
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*
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*
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*
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*
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*
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* * *
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*
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*
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** ** **
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* **
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* *
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* ** * * * * ** ** **
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* * * *
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* * * *
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** *
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T
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*
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* ** *
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* * ** **
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* * *
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* *
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* * *
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*
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* * * *
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* ** *
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* **
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* *
50844356 TATAGCACTGAGTGTGCG
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Matches are distributed among these distances:
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TACAGCACTAAGTGTGCGAGTCTACTATGTAGCACTAAGTGTGCGAAATGAATACGATGCACTAA
GAGTGCGAATTGACCA
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50852196 TAAATTGTAC
*
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* ** *
50852233 TGCACTAAGTGTGCGAAATGAATATG-
1 AGCACTAAGTGTGCGAGTTGATTATGT
* * ** **
50852259 ATGCACTAAGAGTGCGAATTGACCATAC
1 A-GCACTAAGTGTGCGAGTTGATTATGT
* * *
50852287 GGCACTAAGTGTGCGAGTCTAACTATGT
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* *
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* * *
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*
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50852193 GATTAAATTG
* * * *
50852203 TACAGCACTAAGTGTGCGATTCTACTTTGTTGCACTAAGTGTGCGAAATGAATATGATGCACTAA
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* ** *
50852284 TACGGCACTAAGTGTGCGAGTCTAACTATGTAGCACTAAGTGTGCGATTTGATTACG-TGGCACT
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* **
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* *
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* * * ** *
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* * **
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* *
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Consensus pattern (46 bp):
TTTCATGTCATGTTGCCATGGTATCTTTCAACCATGGTCTTATTCA
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50856272 TATGTCACGT
* * * *
50856282 TGCCATGGTATCTTTCAACCATGGTCTTACACATTTCATATCATG-
1 TGCCATAGTGTCTTTCAACCATGGTCTTACACATTTGA-ATCGTGA
* *
50856327 TGGCCATGGTATCTTTCAACCATGGTCTTACACATTTGAATCGTGA
1 T-GCCATAGTGTCTTTCAACCATGGTCTTACACATTTGAATCGTGA
* * * * * *
50856373 TGCCATAGCGTCTTTCAGCTATGGTCTTACTCGTCTGAATCGTGA
1 TGCCATAGTGTCTTTCAACCATGGTCTTACACATTTGAATCGTGA
* *
50856418 TGCCATAGTGTCTTTCAGCTATGGTCTTACACAT
1 TGCCATAGTGTCTTTCAACCATGGTCTTACACAT
50856452 ATATTTCCAT
Statistics
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TGCCATAGTGTCTTTCAACCATGGTCTTACACATTTGAATCGTGA
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50866617 CTAAGATGTG
50866627 AATTTGACTAAATTGA-GTTTA
1 AATTT-ACTAAATTGATG-TTA
*
50866648 AATTATATTAAATTGATGTTA
1 AATT-TACTAAATTGATGTTA
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1 AATTTACT
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Statistics
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AATTTACTAAATTGATGTTA
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50874697 CCCCAAATTT
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1 CATTGCCTGGGAG
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1 CATTGCCTGGGA
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Statistics
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CATTGCCTGGGAG
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50876415 GATGATAACG
* * *
50876425 GGGCTAAGTCCCGAAGGCATTTGTGCTAGTGACTAATTCCGGGCTAAGTCCCGGAGGCATTTGTG
1 GGGCTAAGTCCCGAAGGCATTTGTGCGAGTTACTAATTCCGGGCTAAGTCCCGAAGGCATTTGTG
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66 CGAGTTACTATA-TCC
*
50876505 GGGCTAAGTCCCGGAGGCATTTGTGCGAGTTACTAATTCCGGGCTAAGTCCCGAAGGCATTTGTG
1 GGGCTAAGTCCCGAAGGCATTTGTGCGAGTTACTAATTCCGGGCTAAGTCCCGAAGGCATTTGTG
50876570 CGAGTTACTATATCC
66 CGAGTTACTATATCC
** *
50876585 GGGCTAAGTCCCGAAGGCATTTGTGCGAACTACT-ATATCCGGGCTAAGTCCCGAAGGCATTTGA
1 GGGCTAAGTCCCGAAGGCATTTGTGCGAGTTACTAAT-TCCGGGCTAAGTCCCGAAGGCATTTGT
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65 GCGAGTTA-CTATATCC
* *
50876665 -GGTTAATTCCCGAAGG
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50876681 TACTTGGTTT
Statistics
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GGGCTAAGTCCCGAAGGCATTTGTGCGAGTTACTAATTCCGGGCTAAGTCCCGAAGGCATTTGTG
CGAGTTACTATATCC
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50876415 GATGATAACG
* *
50876425 GGGCTAAGTCCCGAAGGCATTTGTGCTAGTGACTAATTCC
1 GGGCTAAGTCCCGAAGGCATTTGTGCGAGTTACTAATTCC
*
50876465 GGGCTAAGTCCCGGAGGCATTTGTGCGAGTTACTAATTCC
1 GGGCTAAGTCCCGAAGGCATTTGTGCGAGTTACTAATTCC
*
50876505 GGGCTAAGTCCCGGAGGCATTTGTGCGAGTTACTAATTCC
1 GGGCTAAGTCCCGAAGGCATTTGTGCGAGTTACTAATTCC
50876545 GGGCTAAGTCCCGAAGGCATTTGTGCGAGTTACT-ATATCC
1 GGGCTAAGTCCCGAAGGCATTTGTGCGAGTTACTAAT-TCC
**
50876585 GGGCTAAGTCCCGAAGGCATTTGTGCGAACTACT-ATATCC
1 GGGCTAAGTCCCGAAGGCATTTGTGCGAGTTACTAAT-TCC
*
50876625 GGGCTAAGTCCCGAAGGCATTTGAGCGAGT
1 GGGCTAAGTCCCGAAGGCATTTGTGCGAGT
50876655 AGCTATATCC
Statistics
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GGGCTAAGTCCCGAAGGCATTTGTGCGAGTTACTAATTCC
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50879294 GCGAAGCTGC
*
50879304 CAGATATTGTGACAAAGTCACCAGATA
1 CAGATATTGTGACAAAGCCACCAGA-A
* * *
50879331 CAGATATTGTGGCTAGGCCACCAGAA
1 CAGATATTGTGACAAAGCCACCAGAA
50879357 CAGATAT
1 CAGATAT
50879364 ATATATGTGG
Statistics
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CAGATATTGTGACAAAGCCACCAGAA
Found at i:50882375 original size:39 final size:40
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Period size: 40 Copynumber: 4.7 Consensus size: 40
50882265 TCGAATGATG
* * * *
50882275 TCCGGGCTAAGTCTCGAAGGC-TTTGTGCTAAGTGAC-CAT
1 TCCGGGCTAAGTCCCGAAGGCATTTGTGC-GAGTTACTAAT
*
50882314 ATCCGGACTAAGAT-CCGAAGGCATTTGTGCGAGTTACTAAT
1 -TCCGGGCTAAG-TCCCGAAGGCATTTGTGCGAGTTACTAAT
* * *
50882355 TCCAGGCTAAG-CCCGAAGGCATTGGTGCGAGTTACTAAA
1 TCCGGGCTAAGTCCCGAAGGCATTTGTGCGAGTTACTAAT
* *
50882394 TCTGGGTTAAGTCCCGAAGGCATTTGTGCGAGTTACT-AT
1 TCCGGGCTAAGTCCCGAAGGCATTTGTGCGAGTTACTAAT
* *
50882433 AACCGGGCTATGTCCCGAAGGCATTTG
1 -TCCGGGCTAAGTCCCGAAGGCATTTG
50882460 AACGAGTAGC
Statistics
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0.80 0.12 0.08
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39 34 0.28
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TCCGGGCTAAGTCCCGAAGGCATTTGTGCGAGTTACTAAT
Found at i:50882481 original size:79 final size:79
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Indices: 50882328--50882482 Score: 199
Period size: 79 Copynumber: 2.0 Consensus size: 79
50882318 GGACTAAGAT
* **
50882328 CCGAAGGCATTTGTGCGAGTTACTAATTCCAGGCTAAGCCCGAAGGCATTGGTGCGAGTTACTAA
1 CCGAAGGCATTTGTGCGAGTTACTAATACCAGGCTAAGCCCGAAGGCATTGGAACGAGTTACTAA
50882393 ATCTGGGTTAAGTC
66 ATCTGGGTTAAGTC
* * *
50882407 CCGAAGGCATTTGTGCGAGTTACT-ATAACCGGGCTATGTCCCGAAGGCATTTGAACGAG-TAGC
1 CCGAAGGCATTTGTGCGAGTTACTAAT-ACCAGGCTAAG-CCCGAAGGCATTGGAACGAGTTA-C
*
50882470 TATATCT-GGTTAA
63 TAAATCTGGGTTAA
50882483 ATTCTGAAGG
Statistics
Matches: 66, Mismatches: 7, Indels: 6
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Matches are distributed among these distances:
78 2 0.03
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CCGAAGGCATTTGTGCGAGTTACTAATACCAGGCTAAGCCCGAAGGCATTGGAACGAGTTACTAA
ATCTGGGTTAAGTC
Found at i:50884699 original size:49 final size:49
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Period size: 49 Copynumber: 4.5 Consensus size: 49
50884616 TGAGGTCATG
* *
50884626 TGTGTAGTACTAATTGCAGGCTACTACGTGTACTGGATAATTGGTCGCA
1 TGTGTAGTACTAAGTGCAGGCTACTACGTGTACTGGATAATTGGTCACA
* * * * * *
50884675 CGTGTAGTACTAAGTGCAAGCTACTATGTATACCT-GATAACTTTGATCACG
1 TGTGTAGTACTAAGTGCAGGCTACTACGTGTA-CTGGATAA--TTGGTCACA
* ** *
50884726 TGTGTAGTACTAAGTGCAGGCTACTACGTGTA-TCAGATGGTTAGGTCACT
1 TGTGTAGTACTAAGTGCAGGCTACTACGTGTACT-GGATAATT-GGTCACA
* * * *
50884776 TGTGTAGTACTAAGTGCTGGCTACTACGTCTACCGGATAATTGGTCGCA
1 TGTGTAGTACTAAGTGCAGGCTACTACGTGTACTGGATAATTGGTCACA
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1 TGTGTAGTACTAAGTGCAGGCTACTA
50884851 TGCGTACCAG
Statistics
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TGTGTAGTACTAAGTGCAGGCTACTACGTGTACTGGATAATTGGTCACA
Found at i:50886910 original size:22 final size:26
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Indices: 50886880--50886928 Score: 70
Period size: 22 Copynumber: 2.0 Consensus size: 26
50886870 TACATGTGTA
50886880 TATTCTTTATATA-GT-AT-TATTAT
1 TATTCTTTATATATGTCATATATTAT
50886903 TATT-TTTATATATGTCATATATTAT
1 TATTCTTTATATATGTCATATATTAT
50886928 T
1 T
50886929 GTACTTAATA
Statistics
Matches: 23, Mismatches: 0, Indels: 4
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Matches are distributed among these distances:
22 8 0.35
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Consensus pattern (26 bp):
TATTCTTTATATATGTCATATATTAT
Found at i:50890838 original size:34 final size:34
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Indices: 50890795--50890865 Score: 142
Period size: 34 Copynumber: 2.1 Consensus size: 34
50890785 ACGAATATAT
50890795 TGTCAGTCTGATTGGGTTATGATCTGCATGGTTC
1 TGTCAGTCTGATTGGGTTATGATCTGCATGGTTC
50890829 TGTCAGTCTGATTGGGTTATGATCTGCATGGTTC
1 TGTCAGTCTGATTGGGTTATGATCTGCATGGTTC
50890863 TGT
1 TGT
50890866 TTTTCTCTGG
Statistics
Matches: 37, Mismatches: 0, Indels: 0
1.00 0.00 0.00
Matches are distributed among these distances:
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TGTCAGTCTGATTGGGTTATGATCTGCATGGTTC
Found at i:50893306 original size:43 final size:43
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Indices: 50893202--50893298 Score: 131
Period size: 43 Copynumber: 2.3 Consensus size: 43
50893192 TGTGATTTCG
** * * *
50893202 TGTAAGACCATGTCTGGGACATTGGCATCAATGTGAGATTACA
1 TGTAAGACCATGTCTGGGACAGAGGAATCAATATGAGATAACA
* *
50893245 TGTAAGACCCTGTCTGGGACAGAGGAATCAATATGTGATAACA
1 TGTAAGACCATGTCTGGGACAGAGGAATCAATATGAGATAACA
50893288 TGTAAGACCAT
1 TGTAAGACCAT
50893299 ATATGGGATA
Statistics
Matches: 46, Mismatches: 8, Indels: 0
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Matches are distributed among these distances:
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TGTAAGACCATGTCTGGGACAGAGGAATCAATATGAGATAACA
Found at i:50894114 original size:31 final size:31
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Indices: 50894079--50894186 Score: 153
Period size: 31 Copynumber: 3.5 Consensus size: 31
50894069 CAGCATATAA
* *
50894079 TGGGCCGAAGCCTTTGCATTATTCATATCAC
1 TGGGCCAAAGCCTTTTCATTATTCATATCAC
* *
50894110 TGGGCCAAAGACTTTTCATTATTCATATCTC
1 TGGGCCAAAGCCTTTTCATTATTCATATCAC
* *
50894141 TGGGCCGAAGTCTTTTCATTATTCATATCAC
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*
50894172 TGGGTCAAAGCCTTT
1 TGGGCCAAAGCCTTT
50894187 ATTGTAACAA
Statistics
Matches: 67, Mismatches: 10, Indels: 0
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Matches are distributed among these distances:
31 67 1.00
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Consensus pattern (31 bp):
TGGGCCAAAGCCTTTTCATTATTCATATCAC
Found at i:50894488 original size:24 final size:25
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Indices: 50894410--50894499 Score: 155
Period size: 25 Copynumber: 3.6 Consensus size: 25
50894400 TTTAATAACG
50894410 GGGGCAAAGCCCTTTTCGGTAAACT
1 GGGGCAAAGCCCTTTTCGGTAAACT
50894435 GGGGCAAAGCCCTTTTCGGTAAACT
1 GGGGCAAAGCCCTTTTCGGTAAACT
*
50894460 AGGGCAAAGCCCTTTTCGGT-AACT
1 GGGGCAAAGCCCTTTTCGGTAAACT
*
50894484 GGGGCATAGCCCTTTT
1 GGGGCAAAGCCCTTTT
50894500 GCACTTCCTC
Statistics
Matches: 62, Mismatches: 3, Indels: 1
0.94 0.05 0.02
Matches are distributed among these distances:
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GGGGCAAAGCCCTTTTCGGTAAACT
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Indices: 50894546--50894583 Score: 53
Period size: 11 Copynumber: 3.6 Consensus size: 11
50894536 AAATGAATAC
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1 ATCATGTGCAT
*
50894557 ATCA--TACAT
1 ATCATGTGCAT
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1 ATCATGTGCAT
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1 ATCATGT
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Statistics
Matches: 23, Mismatches: 2, Indels: 4
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Matches are distributed among these distances:
9 8 0.35
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Consensus pattern (11 bp):
ATCATGTGCAT
Found at i:50894658 original size:25 final size:25
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Indices: 50894630--50894677 Score: 69
Period size: 25 Copynumber: 1.9 Consensus size: 25
50894620 ATAATTAAAC
* **
50894630 CCTAGGGGTAAAATGGTCATTTTTA
1 CCTAGGGGCAAAACAGTCATTTTTA
50894655 CCTAGGGGCAAAACAGTCATTTT
1 CCTAGGGGCAAAACAGTCATTTT
50894678 CATATTATAA
Statistics
Matches: 20, Mismatches: 3, Indels: 0
0.87 0.13 0.00
Matches are distributed among these distances:
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CCTAGGGGCAAAACAGTCATTTTTA
Found at i:50899164 original size:46 final size:45
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Indices: 50899114--50899286 Score: 192
Period size: 46 Copynumber: 3.8 Consensus size: 45
50899104 TGGTTGAGCA
*
50899114 TCCGAAGTCGTTGAGTTGAGTCCGAGTTCACTTATGGATGCGAATG
1 TCCGAACTCGTTGAGTTGAGTCCGAGTTCACTTATGGATGCGAA-G
* *
50899160 TCCGAACTCGTTGAGTTGAGTCCGAGTTCGTGAC--ATGTAACTAG-GCA-
1 TCCGAACTCGTTGAGTTGAGTCCGAGTTC---ACTTATG-GA-T-GCGAAG
*
50899207 TCCGAACTCGTTGAGTTGAGTCCGAGTTCTCTTATGGATGCGAACG
1 TCCGAACTCGTTGAGTTGAGTCCGAGTTCACTTATGGATGCGAA-G
* *
50899253 CCCGAGCTCGTTGAGTTGAGTCCGAGTTCACTTA
1 TCCGAACTCGTTGAGTTGAGTCCGAGTTCACTTA
50899287 GGGGCAGGTT
Statistics
Matches: 107, Mismatches: 9, Indels: 22
0.78 0.07 0.16
Matches are distributed among these distances:
43 1 0.01
44 4 0.04
45 1 0.01
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TCCGAACTCGTTGAGTTGAGTCCGAGTTCACTTATGGATGCGAAG
Found at i:50899270 original size:93 final size:93
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Indices: 50899111--50899281 Score: 297
Period size: 93 Copynumber: 1.8 Consensus size: 93
50899101 GGATGGTTGA
* * *
50899111 GCATCCGAAGTCGTTGAGTTGAGTCCGAGTTCACTTATGGATGCGAATGTCCGAACTCGTTGAGT
1 GCATCCGAACTCGTTGAGTTGAGTCCGAGTTCACTTATGGATGCGAACGCCCGAACTCGTTGAGT
50899176 TGAGTCCGAGTTCGTGACATGTAACTAG
66 TGAGTCCGAGTTCGTGACATGTAACTAG
* *
50899204 GCATCCGAACTCGTTGAGTTGAGTCCGAGTTCTCTTATGGATGCGAACGCCCGAGCTCGTTGAGT
1 GCATCCGAACTCGTTGAGTTGAGTCCGAGTTCACTTATGGATGCGAACGCCCGAACTCGTTGAGT
50899269 TGAGTCCGAGTTC
66 TGAGTCCGAGTTC
50899282 ACTTAGGGGC
Statistics
Matches: 73, Mismatches: 5, Indels: 0
0.94 0.06 0.00
Matches are distributed among these distances:
93 73 1.00
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GCATCCGAACTCGTTGAGTTGAGTCCGAGTTCACTTATGGATGCGAACGCCCGAACTCGTTGAGT
TGAGTCCGAGTTCGTGACATGTAACTAG
Found at i:50907654 original size:47 final size:47
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Indices: 50907602--50907912 Score: 532
Period size: 47 Copynumber: 6.5 Consensus size: 47
50907592 GATAATTGTG
* *
50907602 ATGTGAATGTATATATATGTGATAAGGCCTAATGGCCGATGTGATGA
1 ATGTGAAAGTGTATATATGTGATAAGGCCTAATGGCCGATGTGATGA
* *
50907649 ATGTGAAAGTGTATATATGTGATAAGGCCGAATGGCCAATGTGATGA
1 ATGTGAAAGTGTATATATGTGATAAGGCCTAATGGCCGATGTGATGA
50907696 ATGTGAAAGTGTATATATATGTGATAAGGCCTAATGGCCGATGTGATGA
1 ATGTGAAAGTG--TATATATGTGATAAGGCCTAATGGCCGATGTGATGA
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TA
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* * * * * * *
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*
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* * *
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* *
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*
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* * *
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* * * **
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* * *
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*
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* *
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*
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*
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** *
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* *
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*
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ATGGACTTACATGGCTCATTCCTGTCTCCAAAGCCAATATATATCTAAT
Found at i:50935276 original size:40 final size:40
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Period size: 40 Copynumber: 6.3 Consensus size: 40
50935207 CATTTGAATG
* *
50935217 ATATCCGGGCTAAGTCCCGAAGGCATTTATGCTAGTGATT
1 ATATCCGGGCTAAGACCCGAAGGCATTTGTGCTAGTGATT
* * *
50935257 TTATCCGGGTTAAGACCCGAAGGCATTTATGCTAGTGATT
1 ATATCCGGGCTAAGACCCGAAGGCATTTGTGCTAGTGATT
* *
50935297 TTATCCGGGTTAAGACCCGAAGGCATTTGTGCTAGTGATT
1 ATATCCGGGCTAAGACCCGAAGGCATTTGTGCTAGTGATT
* *
50935337 TTATCCGGGCTAAGACCCGAAGGCATTTGTGCGAGTTGA-T
1 ATATCCGGGCTAAGACCCGAAGGCATTTGTGCTAG-TGATT
* *
50935377 ATATCCGGGCTAAGACCCGAAGGCATTTGTGCGAGTTG-CT
1 ATATCCGGGCTAAGACCCGAAGGCATTTGTGCTAG-TGATT
* * * * *
50935417 ATACCCGGGTTAAGACCCGAAGGCAATTGTGCTTGTGGTT
1 ATATCCGGGCTAAGACCCGAAGGCATTTGTGCTAGTGATT
50935457 ATATCC-GGCTAA
1 ATATCCGGGCTAA
50935469 ATTCCGAAGA
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ATATCCGGGCTAAGACCCGAAGGCATTTGTGCTAGTGATT
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50938538 TATGAGATGT
** ** * *
50938548 GTCAGTGTAAGACCATGTCTAAGACATGGCATCAGAACG-TATAGATGTA
1 GTCAGTGTAAGACCATGTCTGGGACATGGCATCA-CTCGATTTTGA-G-A
* * *
50938597 -TCAGTGTAAGACCATGTCTGGGGCATGGCATCAGCACGAATATGTGAGA
1 GTCAGTGTAAGACCATGTCTGGGACATGGCATCA-CTCG-AT-TTTGAGA
* *
50938646 G-CTAGTGTAAGACCATGTCTAGGACATGGCATCAACCTCGATTTTGATA
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* * *
50938695 GTCAGTGTAAGACCATGTCTGGGACATGGAATCGACTTGA--TGGACGA
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*
50938742 GCCAGTGTAAGACCATGTCTGGGACATGGCAT
1 GTCAGTGTAAGACCATGTCTGGGACATGGCAT
50938774 TGACATTATA
Statistics
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GTCAGTGTAAGACCATGTCTGGGACATGGCATCACTCGATTTTGAGA
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50938397 GATCAGTTGT
* * * *
50938407 GAGAGCTAGTGTAAGACCATTTCTGGGACATGGTATC-AGCATGA-G
1 GAGAGCCAGTGTAAGACCATGTCTGGGACATGGCATCGA-CTTGATG
* * * * *
50938452 ACGAGGGCCAGTGTAAGA-AAAGTATGGGACAT-GCATCGGCCTTAAGATG
1 --GAGAGCCAGTGTAAGACCATGTCTGGGACATGGCATC-GACTT--GATG
* * * *
50938501 TA-AGCCAATGTAAGA-CATGTCTGGGGCAT-GCATCGGC-T-ATG
1 GAGAGCCAGTGTAAGACCATGTCTGGGACATGGCATCGACTTGATG
* * ** * *
50938542 AGATGTGTCAGTGTAAGACCATGTCTAAGACATGGCATCAGAACGT-ATA
1 -GA-GAGCCAGTGTAAGACCATGTCTGGGACATGGCATC-G-ACTTGATG
* * *
50938591 GATGTA-TCAGTGTAAGACCATGTCTGGGGCATGGCATCAGCACGAAT-ATG
1 GA-G-AGCCAGTGTAAGACCATGTCTGGGACATGGCATC-G-AC--TTGATG
* * * * *
50938641 TGAGAGCTAGTGTAAGACCATGTCTAGGACATGGCATCAACCTCGATTTT
1 -GAGAGCCAGTGTAAGACCATGTCTGGGACATGGCATCGA-CTTGA--TG
* * *
50938691 GATAGTCAGTGTAAGACCATGTCTGGGACATGGAATCGACTTGATG
1 GAGAGCCAGTGTAAGACCATGTCTGGGACATGGCATCGACTTGATG
50938737 GACGAGCCAGTGTAAGACCATGTCTGGGACATGGCAT
1 GA-GAGCCAGTGTAAGACCATGTCTGGGACATGGCAT
50938774 TGACATTATA
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GAGAGCCAGTGTAAGACCATGTCTGGGACATGGCATCGACTTGATG
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50938540 TGAGATGTGT
* * * *
50938550 CAGTGTAAGACCATGTCTAAGACATGGCATCAGA--ACG-TATAGAT-GTATCAGTGTAAGACCA
1 CAGTGTAAGACCATGTCTAGGACATGGCATCA-ACCTCGATTTTGATAG--TCAGTGTAAGACCA
* *
50938611 TGTCTGGGGCATGGCATCAGCACGAATATGTGAGAGC
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*
50938648 TAGTGTAAGACCATGTCTAGGACATGGCATCAACCTCGATTTTGATAGTCAGTGTAAGACCATGT
1 CAGTGTAAGACCATGTCTAGGACATGGCATCAACCTCGATTTTGATAGTCAGTGTAAGACCATGT
*
50938713 CTGGGACATGGAATC-G-AC-TTGATG-GACGAGC
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*
50938744 CAGTGTAAGACCATGTCTGGGACATGGCAT
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50938774 TGACATTATA
Statistics
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CAGTGTAAGACCATGTCTAGGACATGGCATCAACCTCGATTTTGATAGTCAGTGTAAGACCATGT
CTGGGACATGGAATCAGCACAATATGTGAGAGC
Found at i:50939965 original size:20 final size:21
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50939916 GTTATAATGA
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1 CCACACAGGCGTGTTGCCCTT
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50939966 ATTTCAAGAG
Statistics
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Matches are distributed among these distances:
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CCACACAGGCGTGTTGCCCTT
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Indices: 50942154--50942224 Score: 142
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50942144 ATTAAGAGAA
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50942225 ATTACGATAG
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50945391 ATAATCATAC
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1 ATAGTACGAGGAGTAGGATCCTGATTT
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1 A
50945456 CTGGATTTGC
Statistics
Matches: 28, Mismatches: 0, Indels: 0
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Found at i:50950860 original size:30 final size:30
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Indices: 50950826--50950910 Score: 116
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50950816 TGATTTTTAG
*
50950826 GTCTAGGGGTAAAATAGTCATTTTGTGAAA
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*
50950856 GTCTAAAGGTAAAATAGTCATTTTGTGAAA
1 GTCTAAGGGTAAAATAGTCATTTTGTGAAA
* * * *
50950886 GTTTAAGGGCATAATGGTCATTTTG
1 GTCTAAGGGTAAAATAGTCATTTTG
50950911 CCCAAATCAT
Statistics
Matches: 48, Mismatches: 7, Indels: 0
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Found at i:50951342 original size:46 final size:47
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Indices: 50951250--50951466 Score: 182
Period size: 46 Copynumber: 4.6 Consensus size: 47
50951240 TGAGAGCTAA
* * *
50951250 TGTAAGACAATGTCTAGAACATGGCATCGGCATTGAGACG-AGAGCCAG
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*
50951298 TGTAAGACATGTCTGGGACAT-GCATCGGCCTTGAGATGTAAGCCAG
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* * **
50951344 TGTAAGGCATGTCTAGGACAT-GCATCGG-CTACGAGATGT--GTTAG
1 TGTAAGACATGTCTAGGACATGGCATCGGCCT-TGAGATGTAAGCCAG
* * * **
50951388 TGTAAGAGCATGTCTGGGACATGGCATCGACACATAT-AGAGGT--GTTAG
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1 TGTAAGA-CATGTCTAGGACATGGCATCGGC
50951467 ACAAATATGT
Statistics
Matches: 145, Mismatches: 17, Indels: 14
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Matches are distributed among these distances:
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TGTAAGACATGTCTAGGACATGGCATCGGCCTTGAGATGTAAGCCAG
Found at i:50951448 original size:48 final size:48
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Indices: 50951381--50951610 Score: 178
Period size: 48 Copynumber: 4.8 Consensus size: 48
50951371 GCTACGAGAT
*
50951381 GTGTTAGTGTAAGAGCATGTCTGGGACATGGCATCGACACATATAGAG
1 GTGTTAGTGTAAGACCATGTCTGGGACATGGCATCGACACATATAGAG
* * * *
50951429 GTGTTAGTGTAAGACCATGTCTAGGACATGGCATCGGCACAAATATGTG
1 GTGTTAGTGTAAGACCATGTCTGGGACATGGCATCGACACATATA-GAG
* * * ** * ***
50951478 AGAGCTAGTGTAAGACCATGTTTGGGACATGGTGTCGAC-CTTTATTTTG
1 -GTGTTAGTGTAAGACCATGTCTGGGACATGGCATCGACAC-ATATAGAG
* ** * *
50951527 ATAGTTAGTGTAAGACCATGT-TCGGGACATGGCATCGACTTA-ATGGAT
1 GT-GTTAGTGTAAGACCATGTCT-GGGACATGGCATCGACACATATAGAG
**** *
50951575 GAACCAGTGTAAAACCATGTCTGGGACATGGCATCG
1 GTGTTAGTGTAAGACCATGTCTGGGACATGGCATCG
50951611 GCATTATACC
Statistics
Matches: 142, Mismatches: 33, Indels: 15
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Matches are distributed among these distances:
47 28 0.20
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Indices: 50951385--50951610 Score: 235
Period size: 98 Copynumber: 2.3 Consensus size: 96
50951375 CGAGATGTGT
* *
50951385 TAGTGTAAGAGCATGTCTGGGACATGGCATCGACAC-ATATAGAGGT-GTTAGTGTAAGACCATG
1 TAGTGTAAGACCATGTCTGGGACATGGCATCGAC-CTATATAGAGATAGTTAGTGTAAGACCATG
*
50951448 -TCTAGGACATGGCATCGGCACAAATATGTGA-GAGC
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* ** * ***
50951483 TAGTGTAAGACCATGTTTGGGACATGGTGTCGACCTTTATTTTGATAGTTAGTGTAAGACCATGT
1 TAGTGTAAGACCATGTCTGGGACATGGCATCGACCTATATAGAGATAGTTAGTGTAAGACCATGT
* **
50951548 TCGGGACATGGCATCGACTTAATGGATGAAC
66 TCAGGACATGGCATCGACAAAATGGATGAAC
* *
50951579 CAGTGTAAAACCATGTCTGGGACATGGCATCG
1 TAGTGTAAGACCATGTCTGGGACATGGCATCG
50951611 GCATTATACC
Statistics
Matches: 106, Mismatches: 18, Indels: 10
0.79 0.13 0.07
Matches are distributed among these distances:
95 2 0.02
96 33 0.31
97 4 0.04
98 36 0.34
99 29 0.27
100 2 0.02
ACGTcount: A:0.28, C:0.16, G:0.28, T:0.27
Consensus pattern (96 bp):
TAGTGTAAGACCATGTCTGGGACATGGCATCGACCTATATAGAGATAGTTAGTGTAAGACCATGT
TCAGGACATGGCATCGACAAAATGGATGAAC
Done.