Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: Scaffold2034
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 1000
Length: 68337
ACGTcount: A:0.22, C:0.30, G:0.26, T:0.22
Found at i:2670 original size:43 final size:43
Alignment explanation
Indices: 2600--2692 Score: 143
Period size: 42 Copynumber: 2.2 Consensus size: 43
2590 TCTTCTTTAG
*
2600 CCCGCACATCCCAGGCACCAAGGTGCCGATGGGTGCCCGAGGCT
1 CCCGCACATCCCAAGCACCAAGGTGCCGAT-GGTGCCCGAGGCT
* *
2644 CCCGCACAT-CCAAGCACCAAGTTGCCGATGGTGTCCGAGGCT
1 CCCGCACATCCCAAGCACCAAGGTGCCGATGGTGCCCGAGGCT
2686 CCCGCAC
1 CCCGCAC
2693 CTCCTAGCCA
Statistics
Matches: 46, Mismatches: 3, Indels: 2
0.90 0.06 0.04
Matches are distributed among these distances:
42 19 0.41
43 18 0.39
44 9 0.20
ACGTcount: A:0.19, C:0.40, G:0.28, T:0.13
Consensus pattern (43 bp):
CCCGCACATCCCAAGCACCAAGGTGCCGATGGTGCCCGAGGCT
Found at i:2711 original size:24 final size:24
Alignment explanation
Indices: 2679--2727 Score: 80
Period size: 24 Copynumber: 2.0 Consensus size: 24
2669 CGATGGTGTC
* *
2679 CGAGGCTCCCGCACCTCCTAGCCA
1 CGAGGCTCCCGCACATCCGAGCCA
2703 CGAGGCTCCCGCACATCCGAGCCA
1 CGAGGCTCCCGCACATCCGAGCCA
2727 C
1 C
2728 CAAGGTGCCG
Statistics
Matches: 23, Mismatches: 2, Indels: 0
0.92 0.08 0.00
Matches are distributed among these distances:
24 23 1.00
ACGTcount: A:0.18, C:0.49, G:0.22, T:0.10
Consensus pattern (24 bp):
CGAGGCTCCCGCACATCCGAGCCA
Found at i:2774 original size:34 final size:34
Alignment explanation
Indices: 2726--2804 Score: 131
Period size: 34 Copynumber: 2.3 Consensus size: 34
2716 CATCCGAGCC
*
2726 ACCAAGGTGCCGATGGTGCCCGAGGCTCCCGCACG
1 ACCAAGG-GCCGATGGTGCCCGAGGCCCCCGCACG
*
2761 ACCAAGGGCCGATGGTGGCCGAGGCCCCCGCACG
1 ACCAAGGGCCGATGGTGCCCGAGGCCCCCGCACG
2795 ACCAAGGGCC
1 ACCAAGGGCC
2805 TATTTTACCG
Statistics
Matches: 42, Mismatches: 2, Indels: 1
0.93 0.04 0.02
Matches are distributed among these distances:
34 35 0.83
35 7 0.17
ACGTcount: A:0.19, C:0.38, G:0.35, T:0.08
Consensus pattern (34 bp):
ACCAAGGGCCGATGGTGCCCGAGGCCCCCGCACG
Found at i:2912 original size:42 final size:42
Alignment explanation
Indices: 2768--3743 Score: 885
Period size: 43 Copynumber: 22.9 Consensus size: 42
2758 ACGACCAAGG
* * **
2768 GCCGATGGTGGCCGAGGCCCCCGCACGACCAAGGGCCTATTTT
1 GCCGATGGTGCCCGAGGCTCCCGCACGACCAAGGGCCTA-GGT
* * * *
2811 ACCGATGGTGCCCGAGCCTCTCGCACGACCAAGGGTCTAGGTT
1 GCCGATGGTGCCCGAGGCTCCCGCACGACCAAGGGCCTAGG-T
* * ** *
2854 GCCGATGGTGCCCGAGGTTCCGGCAC-ATCCAAGCACCAAGGT
1 GCCGATGGTGCCCGAGGCTCCCGCACGA-CCAAGGGCCTAGGT
* * *
2896 GTCGATGGTGCTCGAGGCTCCCGCACGACCAAGGGCCTAGTTT
1 GCCGATGGTGCCCGAGGCTCCCGCACGACCAAGGGCCTAG-GT
* * ** *
2939 GCCGATGGTGTCCGAGGCTCCCGCAC-ATCCCAGCACCTAGGA
1 GCCGATGGTGCCCGAGGCTCCCGCACGA-CCAAGGGCCTAGGT
* **
2981 GCCGATGGTGGCCGAGGCTCCCGCACGACCAAGGGCCTATTTT
1 GCCGATGGTGCCCGAGGCTCCCGCACGACCAAGGGCCTA-GGT
* *
3024 GCCGATGGTGCCCGAGGCT-CCGCACGACCAAGGGCTTAGTTT
1 GCCGATGGTGCCCGAGGCTCCCGCACGACCAAGGGCCTAG-GT
* *
3066 GCCGATGGTGCCCGAGCCTCTCGCACGACCAAGGGCCTAGGTT
1 GCCGATGGTGCCCGAGGCTCCCGCACGACCAAGGGCCTAGG-T
* * * * * ** *
3109 GTCGATGGTGCGCGAGGTTCTCGGAC-ATCCAAGCACCAAGGT
1 GCCGATGGTGCCCGAGGCTCCCGCACGA-CCAAGGGCCTAGGT
*
3151 GCCGATGGTGCTCGAGGCTCCCGCACGACCAAGGGCCTAGGTT
1 GCCGATGGTGCCCGAGGCTCCCGCACGACCAAGGGCCTAGG-T
** * * * ** *
3194 GCCGACAGTGTCCGAGGCTCCCGC-CCATCATAGCACCGAGGT
1 GCCGATGGTGCCCGAGGCTCCCGCACGACCA-AGGGCCTAGGT
* *
3236 GCCGATGGTGGCCGAGGCTCCCGCACGACCAAGGGCCTAGTTT
1 GCCGATGGTGCCCGAGGCTCCCGCACGACCAAGGGCCTAG-GT
* **
3279 GCCGATGGTGTCCGAGGCTCCCGCACGACCAAGGGCCTATTT
1 GCCGATGGTGCCCGAGGCTCCCGCACGACCAAGGGCCTAGGT
* * *
3321 GCCGATGGTGGCCGAGGCTCCCGCACGACCAAGGGCTTAGTTT
1 GCCGATGGTGCCCGAGGCTCCCGCACGACCAAGGGCCTAG-GT
* *
3364 GCCGATGGTGCCCGAGCCTCTCGCACGACCAAGGGCCTAGGTT
1 GCCGATGGTGCCCGAGGCTCCCGCACGACCAAGGGCCTAGG-T
* * * * ** *
3407 GCCGATGGTACGCGAGGTTCTCGCAC-ATCCAAGCACCAAGGT
1 GCCGATGGTGCCCGAGGCTCCCGCACGA-CCAAGGGCCTAGGT
*
3449 GCCGATGGTGCTCGAGGCTCCCGCACGACCAAGGGCCTAGGTT
1 GCCGATGGTGCCCGAGGCTCCCGCACGACCAAGGGCCTAGG-T
** * * ** *
3492 GCCGACAGTGTCCGAGGCTCCCGCAC-ATCATAGCACCGAGGT
1 GCCGATGGTGCCCGAGGCTCCCGCACGACCA-AGGGCCTAGGT
*
3534 GCCGATGGTGCCCGAGGCTACCGCACGACCAAGGGCCTAGGTT
1 GCCGATGGTGCCCGAGGCTCCCGCACGACCAAGGGCCTAGG-T
* ** *
3577 GCCGATGGTGCCCGAGGCTCCCGCAC-ATCGAAGCACCGAGGT
1 GCCGATGGTGCCCGAGGCTCCCGCACGA-CCAAGGGCCTAGGT
* * * * *
3619 GCCGATGGCGCCCGAGGCTGCACAGCA-TACCAAGGGCTTAGTTT
1 GCCGATGGTGCCCGAGGCT-C-CCGCACGACCAAGGGCCTAG-GT
* * * * **
3663 GCCGATGGTGTCCGGGGCTCCTGCAC-ATCCTAGCACC-AGGTT
1 GCCGATGGTGCCCGAGGCTCCCGCACGA-CCAAGGGCCTAGG-T
3705 GCCGATGGTGCCCGAGGCTCCCGCACGACCAAGGGCCTA
1 GCCGATGGTGCCCGAGGCTCCCGCACGACCAAGGGCCTA
3744 TGCTACCGGA
Statistics
Matches: 750, Mismatches: 149, Indels: 68
0.78 0.15 0.07
Matches are distributed among these distances:
42 333 0.44
43 395 0.53
44 22 0.03
ACGTcount: A:0.18, C:0.33, G:0.32, T:0.17
Consensus pattern (42 bp):
GCCGATGGTGCCCGAGGCTCCCGCACGACCAAGGGCCTAGGT
Found at i:2928 original size:85 final size:84
Alignment explanation
Indices: 2768--3730 Score: 763
Period size: 85 Copynumber: 11.3 Consensus size: 84
2758 ACGACCAAGG
* * ** ** * * *
2768 GCCGATGGTGGCCGAGGCCCCCGCACGA-CCAAGGGCCTATTTTACCGATGGTGCCCGAGCCTCT
1 GCCGATGGTGCCCGAGGCTCCCGCAC-ATCCAAGCACCTA-GGTGCCGATGGTG-CCGAGGCTCC
* *
2832 CGCACGACCAAGGGTCTAGGTT
63 CGCACGACCAAGGGCCTAGTTT
* * * *
2854 GCCGATGGTGCCCGAGGTTCCGGCACATCCAAGCACCAAGGTGTCGATGGTGCTCGAGGCTCCCG
1 GCCGATGGTGCCCGAGGCTCCCGCACATCCAAGCACCTAGGTGCCGATGGTGC-CGAGGCTCCCG
2919 CACGACCAAGGGCCTAGTTT
65 CACGACCAAGGGCCTAGTTT
* * *
2939 GCCGATGGTGTCCGAGGCTCCCGCACATCCCAGCACCTAGGAGCCGATGGTGGCCGAGGCTCCCG
1 GCCGATGGTGCCCGAGGCTCCCGCACATCCAAGCACCTAGGTGCCGATGGT-GCCGAGGCTCCCG
*
3004 CACGACCAAGGGCCTATTTT
65 CACGACCAAGGGCCTAGTTT
** * * * *
3024 GCCGATGGTGCCCGAGGCT-CCGCACGA-CCAAGGGCTTAGTTTGCCGATGGTGCCCGAGCCTCT
1 GCCGATGGTGCCCGAGGCTCCCGCAC-ATCCAAGCACCTAG-GTGCCGATGGTG-CCGAGGCTCC
*
3087 CGCACGACCAAGGGCCTAGGTT
63 CGCACGACCAAGGGCCTAGTTT
* * * * * *
3109 GTCGATGGTGCGCGAGGTTCTCGGACATCCAAGCACCAAGGTGCCGATGGTGCTCGAGGCTCCCG
1 GCCGATGGTGCCCGAGGCTCCCGCACATCCAAGCACCTAGGTGCCGATGGTGC-CGAGGCTCCCG
*
3174 CACGACCAAGGGCCTAGGTT
65 CACGACCAAGGGCCTAGTTT
** * * *
3194 GCCGACAGTGTCCGAGGCTCCCGCCCAT-CATAGCACCGAGGTGCCGATGGTGGCCGAGGCTCCC
1 GCCGATGGTGCCCGAGGCTCCCGCACATCCA-AGCACCTAGGTGCCGATGGT-GCCGAGGCTCCC
3258 GCACGACCAAGGGCCTAGTTT
64 GCACGACCAAGGGCCTAGTTT
* ** **
3279 GCCGATGGTGTCCGAGGCTCCCGCACGA-CCAAGGGCCTATTTGCCGATGGTGGCCGAGGCTCCC
1 GCCGATGGTGCCCGAGGCTCCCGCAC-ATCCAAGCACCTAGGTGCCGATGGT-GCCGAGGCTCCC
*
3343 GCACGACCAAGGGCTTAGTTT
64 GCACGACCAAGGGCCTAGTTT
* * ** * * *
3364 GCCGATGGTGCCCGAGCCTCTCGCACGA-CCAAGGGCCTAGGTTGCCGATGGTACGCGAGGTTCT
1 GCCGATGGTGCCCGAGGCTCCCGCAC-ATCCAAGCACCTAGG-TGCCGATGGTGC-CGAGGCTCC
** * *
3428 CGCAC-ATCCAAGCACCAAG-GT
63 CGCACGA-CCAAGGGCCTAGTTT
* ** **
3449 GCCGATGGTGCTCGAGGCTCCCGCACGA-CCAAGGGCCTAGGTTGCCGACAGTGTCCGAGGCTCC
1 GCCGATGGTGCCCGAGGCTCCCGCAC-ATCCAAGCACCTAGG-TGCCGATGGTG-CCGAGGCTCC
* ** * *
3513 CGCAC-ATCATAGCACCGAG-GT
63 CGCACGACCA-AGGGCCTAGTTT
* **
3534 GCCGATGGTGCCCGAGGCTACCGCACGA-CCAAGGGCCTAGGTTGCCGATGGTGCCCGAGGCTCC
1 GCCGATGGTGCCCGAGGCTCCCGCAC-ATCCAAGCACCTAGG-TGCCGATGGTG-CCGAGGCTCC
* ** * *
3598 CGCAC-ATCGAAGCACCGAG-GT
63 CGCACGA-CCAAGGGCCTAGTTT
* * * ** * * *
3619 GCCGATGGCGCCCGAGGCT-GCACAGCATACCAAGGGCTTAGTTTGCCGATGGTGTCCGGGGCTC
1 GCCGATGGTGCCCGAGGCTCCCGCA-CAT-CCAAGCACCTAG-GTGCCGATGGTG-CCGAGGCTC
* * ** *
3683 CTGCAC-ATCCTAGCACC-AGGTT
62 CCGCACGA-CCAAGGGCCTAGTTT
3705 GCCGATGGTGCCCGAGGCTCCCGCAC
1 GCCGATGGTGCCCGAGGCTCCCGCAC
3731 GACCAAGGGC
Statistics
Matches: 742, Mismatches: 110, Indels: 50
0.82 0.12 0.06
Matches are distributed among these distances:
84 25 0.03
85 569 0.77
86 145 0.20
87 3 0.00
ACGTcount: A:0.18, C:0.33, G:0.32, T:0.17
Consensus pattern (84 bp):
GCCGATGGTGCCCGAGGCTCCCGCACATCCAAGCACCTAGGTGCCGATGGTGCCGAGGCTCCCGC
ACGACCAAGGGCCTAGTTT
Found at i:3074 original size:170 final size:169
Alignment explanation
Indices: 2733--3743 Score: 866
Period size: 170 Copynumber: 6.0 Consensus size: 169
2723 GCCACCAAGG
* *
2733 TGCCGATGGTGCCCGAGGCTCCCGCACGACCAAGGGCC--G-ATG--G-T-G-GC-CGAGGCCCC
1 TGCCGATGGTGCCCGAGGCTCCCGCACGACCAAGGGCCTAGTTTGCCGATGGTGCGCGAGGCTCC
** ** * * * * *
2789 CGCACGACCAAGGGCCTATTTTACCGATGGTGCCCGAGCCTCTCGCACGACCAAGGGTCTAGGTT
66 CGCACGACCAAGCACCTA-GGTGCCGATGGTGGCCGAGGCTCCCGCACGACCAAGGGCCTAGGTT
* ** * *
2854 GCCGATGGTGCCCGAGGTTCCGGCAC-ATCCAAGCACCAAGG
130 GCCGATGGTGCCCGAGGCTCC-GCACGA-CCAAGGGCCTAGT
* *
2895 TGTCGATGGTGCTCGAGGCTCCCGCACGACCAAGGGCCTAGTTTGCCGATGGTGTC-CGAGGCTC
1 TGCCGATGGTGCCCGAGGCTCCCGCACGACCAAGGGCCTAGTTTGCCGATGGTG-CGCGAGGCTC
* * **
2959 CCGCAC-ATCCCAGCACCTAGGAGCCGATGGTGGCCGAGGCTCCCGCACGACCAAGGGCCTATTT
65 CCGCACGA-CCAAGCACCTAGGTGCCGATGGTGGCCGAGGCTCCCGCACGACCAAGGGCCTAGGT
*
3023 TGCCGATGGTGCCCGAGGCTCCGCACGACCAAGGGCTTAGTT
129 TGCCGATGGTGCCCGAGGCTCCGCACGACCAAGGGCCTAG-T
* * * * * *
3065 TGCCGATGGTGCCCGAGCCTCTCGCACGACCAAGGGCCTAGGTTGTCGATGGTGCGCGAGGTTCT
1 TGCCGATGGTGCCCGAGGCTCCCGCACGACCAAGGGCCTAGTTTGCCGATGGTGCGCGAGGCTCC
* *
3130 CGGAC-ATCCAAGCACCAAGGTGCCGATGGT-GCTCGAGGCTCCCGCACGACCAAGGGCCTAGGT
66 CGCACGA-CCAAGCACCTAGGTGCCGATGGTGGC-CGAGGCTCCCGCACGACCAAGGGCCTAGGT
** * * * ** * *
3193 TGCCGACAGTGTCCGAGGCTCCCGC-CCATCATAGCACCGAGG
129 TGCCGATGGTGCCCGAGGCT-CCGCACGACCA-AGGGCCTAGT
*
3235 TGCCGATGGTGGCCGAGGCTCCCGCACGACCAAGGGCCTAGTTTGCCGATGGTGTC-CGAGGCTC
1 TGCCGATGGTGCCCGAGGCTCCCGCACGACCAAGGGCCTAGTTTGCCGATGGTG-CGCGAGGCTC
** ** * *
3299 CCGCACGACCAAGGGCCTATTTGCCGATGGTGGCCGAGGCTCCCGCACGACCAAGGGCTTAGTTT
65 CCGCACGACCAAGCACCTAGGTGCCGATGGTGGCCGAGGCTCCCGCACGACCAAGGGCCTAGGTT
*
3364 GCCGATGGTGCCCGAGCCTCTCGCACGACCAAGGGCCTAGGT
130 GCCGATGGTGCCCGAGGCTC-CGCACGACCAAGGGCCTA-GT
* * * * ** * * *
3406 TGCCGATGGTACGCGAGGTTCTCGCAC-ATCCAAGCACCAAG-GTGCCGATGGTGCTCGAGGCTC
1 TGCCGATGGTGCCCGAGGCTCCCGCACGA-CCAAGGGCCTAGTTTGCCGATGGTGCGCGAGGCTC
** ** * * ** *
3469 CCGCACGACCAAGGGCCTAGGTTGCCGACAGTGTCCGAGGCTCCCGCAC-ATCATAGCACCGAGG
65 CCGCACGACCAAGCACCTAGG-TGCCGATGGTGGCCGAGGCTCCCGCACGACCA-AGGGCCTAGG
3533 -TGCCGATGGTGCCCGAGGCTACCGCACGACCAAGGGCCTAGGT
128 TTGCCGATGGTGCCCGAGGCT-CCGCACGACCAAGGGCCTA-GT
* ** * * * *
3576 TGCCGATGGTGCCCGAGGCTCCCGCAC-ATCGAAGCACCGAG-GTGCCGATGGCGCCCGAGGCTG
1 TGCCGATGGTGCCCGAGGCTCCCGCACGA-CCAAGGGCCTAGTTTGCCGATGGTGCGCGAGGCT-
* * ** * * * * * * **
3639 CACAGCA-TACCAAGGGCTTAGTTTGCCGATGGTGTCCGGGGCTCCTGCAC-ATCCTAGCACC-A
64 C-CCGCACGACCAAGCACCTAG-GTGCCGATGGTGGCCGAGGCTCCCGCACGA-CCAAGGGCCTA
3701 GGTTGCCGATGGTGCCCGAGGCTCCCGCACGACCAAGGGCCTA
126 GGTTGCCGATGGTGCCCGAGGCT-CCGCACGACCAAGGGCCTA
3744 TGCTACCGGA
Statistics
Matches: 705, Mismatches: 112, Indels: 55
0.81 0.13 0.06
Matches are distributed among these distances:
162 36 0.05
164 1 0.00
165 2 0.00
167 1 0.00
168 1 0.00
169 18 0.03
170 458 0.65
171 183 0.26
172 5 0.01
ACGTcount: A:0.18, C:0.33, G:0.32, T:0.16
Consensus pattern (169 bp):
TGCCGATGGTGCCCGAGGCTCCCGCACGACCAAGGGCCTAGTTTGCCGATGGTGCGCGAGGCTCC
CGCACGACCAAGCACCTAGGTGCCGATGGTGGCCGAGGCTCCCGCACGACCAAGGGCCTAGGTTG
CCGATGGTGCCCGAGGCTCCGCACGACCAAGGGCCTAGT
Found at i:3704 original size:128 final size:128
Alignment explanation
Indices: 2768--3737 Score: 749
Period size: 128 Copynumber: 7.6 Consensus size: 128
2758 ACGACCAAGG
* * * ** ** * * *
2768 GCCGATGGTGGCCGAGGCCCCCGCACGACCAAGGGCCTATTTTACCGATGGTGCCCGAGCCTCTC
1 GCCGATGGTGTCCGAGGCTCCTGCACGACCAAGCACCTAGGTTGCCGATGGTGCCCGAGGCTCCC
*** * * * ** * *
2833 GCACGACCAAGGGTCTAGGTTGCCGATGGTGCCCGAGGTTCCGGCAC-ATCCAAGCACCAAG-GT
66 GCACGACCAAGCACCGAGG-TGCCGATGGTGCCCGAGGCTCCCGCACGA-CCAAGGGCCTAGTTT
* * ** * *
2896 GTCGATGGTG-CTCGAGGCTCCCGCACGACCAAGGGCCTAGTTTGCCGATGGTGTCCGAGGCTCC
1 GCCGATGGTGTC-CGAGGCTCCTGCACGACCAAGCACCTAGGTTGCCGATGGTGCCCGAGGCTCC
* * * * *
2960 CGCAC-ATCCCAGCACCTAGGAGCCGATGGTGGCCGAGGCTCCCGCACGACCAAGGGCCTATTTT
65 CGCACGA-CCAAGCACCGAGGTGCCGATGGTGCCCGAGGCTCCCGCACGACCAAGGGCCTAGTTT
* ** * * * *
3024 GCCGATGGTGCCCGAGGCTCC-GCACGACCAAGGGCTTAGTTTGCCGATGGTGCCCGAGCCTCTC
1 GCCGATGGTGTCCGAGGCTCCTGCACGACCAAGCACCTAGGTTGCCGATGGTGCCCGAGGCTCCC
** * * * * * * ** * *
3088 GCACGACCAAGGGCCTAGGTTGTCGATGGTGCGCGAGGTTCTCGGAC-ATCCAAGCACCAAG-GT
66 GCACGACCAAGCACCGAGG-TGCCGATGGTGCCCGAGGCTCCCGCACGA-CCAAGGGCCTAGTTT
* ** ** *
3151 GCCGATGGTG-CTCGAGGCTCCCGCACGACCAAGGGCCTAGGTTGCCGACAGTGTCCGAGGCTCC
1 GCCGATGGTGTC-CGAGGCTCCTGCACGACCAAGCACCTAGGTTGCCGATGGTGCCCGAGGCTCC
* * *
3215 CGC-CCATCATAGCACCGAGGTGCCGATGGTGGCCGAGGCTCCCGCACGACCAAGGGCCTAGTTT
65 CGCACGACCA-AGCACCGAGGTGCCGATGGTGCCCGAGGCTCCCGCACGACCAAGGGCCTAGTTT
* ** * *
3279 GCCGATGGTGTCCGAGGCTCCCGCACGACCAAGGGCCTA-TTTGCCGATGGTGGCCGAGGCTCCC
1 GCCGATGGTGTCCGAGGCTCCTGCACGACCAAGCACCTAGGTTGCCGATGGTGCCCGAGGCTCCC
** ** * * * *
3343 GCACGACCAAGGGCTTAGTTTGCCGATGGTGCCCGAGCCTCTCGCACGACCAAGGGCCTAGGTT
66 GCACGACCAAGCACCGAG-GTGCCGATGGTGCCCGAGGCTCCCGCACGACCAAGGGCCTAGTTT
* * * *
3407 GCCGATGGT-ACGCGAGG-TTCTCGCAC-ATCCAAGCACCAAGG-TGCCGATGGTGCTCGAGGCT
1 GCCGATGGTGTC-CGAGGCTCCT-GCACGA-CCAAGCACCTAGGTTGCCGATGGTGCCCGAGGCT
** * ** * * ** *
3468 CCCGCACGACCAAGGGCCTAGGTTGCCGACAGTGTCCGAGGCTCCCGCAC-ATCATAGCACCGAG
63 CCCGCACGACCAAGCACCGAGG-TGCCGATGGTGCCCGAGGCTCCCGCACGACCA-AGGGCCTAG
*
3532 -GT
126 TTT
* **
3534 GCCGATGGTGCCCGAGGCTACC-GCACGACCAAGGGCCTAGGTTGCCGATGGTGCCCGAGGCTCC
1 GCCGATGGTGTCCGAGGCT-CCTGCACGACCAAGCACCTAGGTTGCCGATGGTGCCCGAGGCTCC
* * * * *
3598 CGCAC-ATCGAAGCACCGAGGTGCCGATGGCGCCCGAGGCTGCACAGCA-TACCAAGGGCTTAGT
65 CGCACGA-CCAAGCACCGAGGTGCCGATGGTGCCCGAGGCT-C-CCGCACGACCAAGGGCCTAGT
3661 TT
127 TT
* *
3663 GCCGATGGTGTCCGGGGCTCCTGCAC-ATCCTAGCACC-AGGTTGCCGATGGTGCCCGAGGCTCC
1 GCCGATGGTGTCCGAGGCTCCTGCACGA-CCAAGCACCTAGGTTGCCGATGGTGCCCGAGGCTCC
3726 CGCACGACCAAG
65 CGCACGACCAAG
3738 GGCCTATGCT
Statistics
Matches: 682, Mismatches: 125, Indels: 70
0.78 0.14 0.08
Matches are distributed among these distances:
126 1 0.00
127 222 0.33
128 420 0.62
129 39 0.06
ACGTcount: A:0.18, C:0.33, G:0.32, T:0.17
Consensus pattern (128 bp):
GCCGATGGTGTCCGAGGCTCCTGCACGACCAAGCACCTAGGTTGCCGATGGTGCCCGAGGCTCCC
GCACGACCAAGCACCGAGGTGCCGATGGTGCCCGAGGCTCCCGCACGACCAAGGGCCTAGTTT
Found at i:3713 original size:298 final size:297
Alignment explanation
Indices: 2938--3672 Score: 1172
Period size: 298 Copynumber: 2.5 Consensus size: 297
2928 GGGCCTAGTT
* * ** * *
2938 TGCCGATGGTGTCCGAGGCTCCCGCAC-ATCCCAGCACCTAGG-AGCCGATGGTGGCCGAGGCTC
1 TGCCGATGGTGCCCGAGGCTCCCGCACGA-CCAAGGGCCTAGGTTGCCGATGGTGCCCGAGGCTC
3001 CCGCACGACCAAGGGCCTATTTTGCCGATGGTGCCCGAGGCTCCGCACGACCAAGGGCTTAGTTT
65 CCGCACGACCAAGGGCCTA-TTTGCCGATGGTGCCCGAGGCTCCGCACGACCAAGGGCTTAGTTT
* *
3066 GCCGATGGTGCCCGAGCCTCTCGCACGACCAAGGGCCTAGGTTGTCGATGGTGCGCGAGGTTCTC
129 GCCGATGGTGCCCGAGCCTCTCGCACGACCAAGGGCCTAGGTTGCCGATGGTACGCGAGGTTCTC
*
3131 GGACATCCAAGCACCAAGGTGCCGATGGTGCTCGAGGCTCCCGCACGACCAAGGGCCTAGGTTGC
194 GCACATCCAAGCACCAAGGTGCCGATGGTGCTCGAGGCTCCCGCACGACCAAGGGCCTAGGTTGC
*
3196 CGACAGTGTCCGAGGCTCCCGCCCATCATAGCACCGAGG
259 CGACAGTGTCCGAGGCTCCCGCACATCATAGCACCGAGG
* * *
3235 TGCCGATGGTGGCCGAGGCTCCCGCACGACCAAGGGCCTAGTTTGCCGATGGTGTCCGAGGCTCC
1 TGCCGATGGTGCCCGAGGCTCCCGCACGACCAAGGGCCTAGGTTGCCGATGGTGCCCGAGGCTCC
*
3300 CGCACGACCAAGGGCCTATTTGCCGATGGTGGCCGAGGCTCCCGCACGACCAAGGGCTTAGTTTG
66 CGCACGACCAAGGGCCTATTTGCCGATGGTGCCCGAGGCT-CCGCACGACCAAGGGCTTAGTTTG
3365 CCGATGGTGCCCGAGCCTCTCGCACGACCAAGGGCCTAGGTTGCCGATGGTACGCGAGGTTCTCG
130 CCGATGGTGCCCGAGCCTCTCGCACGACCAAGGGCCTAGGTTGCCGATGGTACGCGAGGTTCTCG
3430 CACATCCAAGCACCAAGGTGCCGATGGTGCTCGAGGCTCCCGCACGACCAAGGGCCTAGGTTGCC
195 CACATCCAAGCACCAAGGTGCCGATGGTGCTCGAGGCTCCCGCACGACCAAGGGCCTAGGTTGCC
3495 GACAGTGTCCGAGGCTCCCGCACATCATAGCACCGAGG
260 GACAGTGTCCGAGGCTCCCGCACATCATAGCACCGAGG
*
3533 TGCCGATGGTGCCCGAGGCTACCGCACGACCAAGGGCCTAGGTTGCCGATGGTGCCCGAGGCTCC
1 TGCCGATGGTGCCCGAGGCTCCCGCACGACCAAGGGCCTAGGTTGCCGATGGTGCCCGAGGCTCC
* ** * ** * *
3598 CGCAC-ATCGAAGCACCGAGGTGCCGATGGCGCCCGAGGCTGCACAGCA-TACCAAGGGCTTAGT
66 CGCACGA-CCAAGGGCCTATTTGCCGATGGTGCCCGAGGCT-C-C-GCACGACCAAGGGCTTAGT
3661 TTGCCGATGGTG
127 TTGCCGATGGTG
3673 TCCGGGGCTC
Statistics
Matches: 406, Mismatches: 26, Indels: 10
0.92 0.06 0.02
Matches are distributed among these distances:
297 57 0.14
298 319 0.79
299 27 0.07
300 3 0.01
ACGTcount: A:0.18, C:0.33, G:0.33, T:0.17
Consensus pattern (297 bp):
TGCCGATGGTGCCCGAGGCTCCCGCACGACCAAGGGCCTAGGTTGCCGATGGTGCCCGAGGCTCC
CGCACGACCAAGGGCCTATTTGCCGATGGTGCCCGAGGCTCCGCACGACCAAGGGCTTAGTTTGC
CGATGGTGCCCGAGCCTCTCGCACGACCAAGGGCCTAGGTTGCCGATGGTACGCGAGGTTCTCGC
ACATCCAAGCACCAAGGTGCCGATGGTGCTCGAGGCTCCCGCACGACCAAGGGCCTAGGTTGCCG
ACAGTGTCCGAGGCTCCCGCACATCATAGCACCGAGG
Found at i:3824 original size:24 final size:24
Alignment explanation
Indices: 3748--3826 Score: 106
Period size: 24 Copynumber: 3.3 Consensus size: 24
3738 GGCCTATGCT
* *
3748 ACCGGAACGGTTCACCGGAGCACC
1 ACCGGGACGGTTCGCCGGAGCACC
3772 GA-CGGGACGGTTCGCCGGAGCACC
1 -ACCGGGACGGTTCGCCGGAGCACC
* *
3796 GCCGGGACGGATCGCCGGAGCACC
1 ACCGGGACGGTTCGCCGGAGCACC
3820 ACCGGGA
1 ACCGGGA
3827 ACCTAACCGG
Statistics
Matches: 48, Mismatches: 5, Indels: 3
0.86 0.09 0.05
Matches are distributed among these distances:
24 47 0.98
25 1 0.02
ACGTcount: A:0.20, C:0.35, G:0.38, T:0.06
Consensus pattern (24 bp):
ACCGGGACGGTTCGCCGGAGCACC
Found at i:4088 original size:42 final size:42
Alignment explanation
Indices: 4033--4282 Score: 269
Period size: 42 Copynumber: 5.9 Consensus size: 42
4023 AACTTTAGCT
4033 TGGTGCT-GAAGGCTCCCGCACATCCAAGCACCAAGGTGCCGA
1 TGGTGCTCG-AGGCTCCCGCACATCCAAGCACCAAGGTGCCGA
*
4075 TGGTGCTCGAGGCTCCCGCACAT-CATAGCACCGAGGTGCCGA
1 TGGTGCTCGAGGCTCCCGCACATCCA-AGCACCAAGGTGCCGA
* ** * * *
4117 TGGT-CTCCGAGGCTCCC-CACAACCAAGGGCCTAGTTTGCCGG
1 TGGTGCT-CGAGGCTCCCGCACATCCAAGCACCAAG-GTGCCGA
* *
4159 TGGTG-TCCGATGCTCCCGCACATCCATGCACCAAGGTGCCGA
1 TGGTGCT-CGAGGCTCCCGCACATCCAAGCACCAAGGTGCCGA
* *
4201 TGGTGCTCGAGGCTCCCGCACATCCAAGCATCAAGGTTACCGA
1 TGGTGCTCGAGGCTCCCGCACATCCAAGCACCAAGG-TGCCGA
* *
4244 TGGTGGCT-GAGGCTCCCACACATCCGAGCCACCAAGGTG
1 TGGT-GCTCGAGGCTCCCGCACATCCAAG-CACCAAGGTG
4283 ATGGAGGCTC
Statistics
Matches: 174, Mismatches: 23, Indels: 21
0.80 0.11 0.10
Matches are distributed among these distances:
41 14 0.08
42 108 0.62
43 42 0.24
44 10 0.06
ACGTcount: A:0.20, C:0.34, G:0.28, T:0.17
Consensus pattern (42 bp):
TGGTGCTCGAGGCTCCCGCACATCCAAGCACCAAGGTGCCGA
Found at i:12249 original size:43 final size:43
Alignment explanation
Indices: 12179--12271 Score: 143
Period size: 42 Copynumber: 2.2 Consensus size: 43
12169 TCTTCTTTAG
*
12179 CCCGCACATCCCAGGCACCAAGGTGCCGATGGGTGCCCGAGGCT
1 CCCGCACATCCCAAGCACCAAGGTGCCGAT-GGTGCCCGAGGCT
* *
12223 CCCGCACAT-CCAAGCACCAAGTTGCCGATGGTGTCCGAGGCT
1 CCCGCACATCCCAAGCACCAAGGTGCCGATGGTGCCCGAGGCT
12265 CCCGCAC
1 CCCGCAC
12272 CTCCTAGCCA
Statistics
Matches: 46, Mismatches: 3, Indels: 2
0.90 0.06 0.04
Matches are distributed among these distances:
42 19 0.41
43 18 0.39
44 9 0.20
ACGTcount: A:0.19, C:0.40, G:0.28, T:0.13
Consensus pattern (43 bp):
CCCGCACATCCCAAGCACCAAGGTGCCGATGGTGCCCGAGGCT
Found at i:12291 original size:25 final size:25
Alignment explanation
Indices: 12257--12308 Score: 86
Period size: 25 Copynumber: 2.1 Consensus size: 25
12247 CCGATGGTGT
* *
12257 CCGAGGCTCCCGCACCTCCTAGCCA
1 CCGAGGCTCCCGCACATCCGAGCCA
12282 CCGAGGCTCCCGCACATCCGAGCCA
1 CCGAGGCTCCCGCACATCCGAGCCA
12307 CC
1 CC
12309 AAGGTGCCGA
Statistics
Matches: 25, Mismatches: 2, Indels: 0
0.93 0.07 0.00
Matches are distributed among these distances:
25 25 1.00
ACGTcount: A:0.17, C:0.52, G:0.21, T:0.10
Consensus pattern (25 bp):
CCGAGGCTCCCGCACATCCGAGCCA
Found at i:12330 original size:43 final size:42
Alignment explanation
Indices: 12282--13269 Score: 811
Period size: 43 Copynumber: 23.4 Consensus size: 42
12272 CTCCTAGCCA
* * *
12282 CCGAGGCTCCCGCAC-ATCCGAGCCACCAAGGTGCCGATGGTGC
1 CCGAGGCTCCCGCACGA-CCAAG-CGCCTAGGTGCCGATGGTGC
*
12325 CCGAGGCTCCCGCACGACC-A------AGG-GCCGATGGTGG
1 CCGAGGCTCCCGCACGACCAAGCGCCTAGGTGCCGATGGTGC
* * ** *
12359 CCGAGGCCCCCGCACGACCAAGGGCCTATTTTACCGATGGTGC
1 CCGAGGCTCCCGCACGACCAAGCGCCTA-GGTGCCGATGGTGC
* * * *
12402 CCGAGCCTCTCGCACGACCAAGGGTCTAGGTTGCCGATGGTGC
1 CCGAGGCTCCCGCACGACCAAGCGCCTAGG-TGCCGATGGTGC
* * * * *
12445 CCGAGGTTCCGGCAC-ATCCAAGCACCAAGGTGTCGATGGTGC
1 CCGAGGCTCCCGCACGA-CCAAGCGCCTAGGTGCCGATGGTGC
* * * *
12487 TCGAGGCTCCCGCACGACCAAGGGCCTAGTTTGCCGATGGTGT
1 CCGAGGCTCCCGCACGACCAAGCGCCTAG-GTGCCGATGGTGC
* * * *
12530 CCGAGGCTCCCGCAC-ATCCCAGCACCTAGGAGCCGATGGTGG
1 CCGAGGCTCCCGCACGA-CCAAGCGCCTAGGTGCCGATGGTGC
* **
12572 CCGAGGCTCCCGCACGACCAAGGGCCTATTTTGCCGATGGTGC
1 CCGAGGCTCCCGCACGACCAAGCGCCTA-GGTGCCGATGGTGC
* * *
12615 CCGAGGCTCCCGCACGACCAAGGGCTTAGTTTGCCGATGGTGC
1 CCGAGGCTCCCGCACGACCAAGCGCCTAG-GTGCCGATGGTGC
* * * *
12658 CCGAGCCTCTCGCACGACCAAGGGCCTAGGTTGTCGATGGTGC
1 CCGAGGCTCCCGCACGACCAAGCGCCTAGG-TGCCGATGGTGC
* * * * * *
12701 GCGAGGTTCTCGGAC-ATCCAAGCACCAAGGTGCCGATGGTGC
1 CCGAGGCTCCCGCACGA-CCAAGCGCCTAGGTGCCGATGGTGC
* * ** *
12743 TCGAGGCTCCCGCACGACCAAGGGCCTAGGTTGCCGACAGTGT
1 CCGAGGCTCCCGCACGACCAAGCGCCTAGG-TGCCGATGGTGC
* * * * *
12786 CCGAGGCTCCCGC-CCATCATAGCACCGAGGTGCCGATGGTGG
1 CCGAGGCTCCCGCACGACCA-AGCGCCTAGGTGCCGATGGTGC
* * *
12828 CCGAGGCTCCCGCACGACCAAGGGCCTAGTTTGCCGATGGTGT
1 CCGAGGCTCCCGCACGACCAAGCGCCTAG-GTGCCGATGGTGC
* ** *
12871 CCGAGGCTCCCGCACGACCAAGGGCCTATTTTGCCGATGGTGG
1 CCGAGGCTCCCGCACGACCAAGCGCCTA-GGTGCCGATGGTGC
* * *
12914 CCGAGGCTCCCGCACGACCAAGGGCTTAGTTTGCCGATGGTGC
1 CCGAGGCTCCCGCACGACCAAGCGCCTAG-GTGCCGATGGTGC
* * * *
12957 CCGAGCCTCTCGCACGACCAAGGGCCTAGGTTGCCGATGGTAC
1 CCGAGGCTCCCGCACGACCAAGCGCCTAGG-TGCCGATGGTGC
* * * * *
13000 GCGAGGTTCTCGCAC-ATCCAAGCACCAAGGTGCCGATGGTGC
1 CCGAGGCTCCCGCACGA-CCAAGCGCCTAGGTGCCGATGGTGC
* * ** *
13042 TCGAGGCTCCCGCACGACCAAGGGCCTAGGTTGCCGACAGTGT
1 CCGAGGCTCCCGCACGACCAAGCGCCTAGG-TGCCGATGGTGC
* * *
13085 CCGAGGCTCCCGCAC-ATCATAGCACCGAGGTGCCGATGGTGC
1 CCGAGGCTCCCGCACGACCA-AGCGCCTAGGTGCCGATGGTGC
* *
13127 CCGAGGCTACCGCACGACCAAGGGCCTAGGTTGCCGATGGTGC
1 CCGAGGCTCCCGCACGACCAAGCGCCTAGG-TGCCGATGGTGC
* * * *
13170 CCGAGGCTCCCGCAC-ATCGAAGCACCGAGGTGCCGATGGCGC
1 CCGAGGCTCCCGCACGA-CCAAGCGCCTAGGTGCCGATGGTGC
* ** * * * *
13212 CCGAGGCTCCTGCAATACCAAGGGCTTAGTTTGCCGATGGTGT
1 CCGAGGCTCCCGCACGACCAAGCGCCTAG-GTGCCGATGGTGC
* *
13255 CCGGGGCTCCTGCAC
1 CCGAGGCTCCCGCAC
13270 ATCCTAGTGT
Statistics
Matches: 765, Mismatches: 143, Indels: 74
0.78 0.15 0.08
Matches are distributed among these distances:
34 28 0.04
35 4 0.01
41 1 0.00
42 232 0.30
43 499 0.65
44 1 0.00
ACGTcount: A:0.18, C:0.34, G:0.32, T:0.16
Consensus pattern (42 bp):
CCGAGGCTCCCGCACGACCAAGCGCCTAGGTGCCGATGGTGC
Found at i:12354 original size:34 final size:34
Alignment explanation
Indices: 12306--12384 Score: 131
Period size: 34 Copynumber: 2.3 Consensus size: 34
12296 CATCCGAGCC
*
12306 ACCAAGGTGCCGATGGTGCCCGAGGCTCCCGCACG
1 ACCAAGG-GCCGATGGTGCCCGAGGCCCCCGCACG
*
12341 ACCAAGGGCCGATGGTGGCCGAGGCCCCCGCACG
1 ACCAAGGGCCGATGGTGCCCGAGGCCCCCGCACG
12375 ACCAAGGGCC
1 ACCAAGGGCC
12385 TATTTTACCG
Statistics
Matches: 42, Mismatches: 2, Indels: 1
0.93 0.04 0.02
Matches are distributed among these distances:
34 35 0.83
35 7 0.17
ACGTcount: A:0.19, C:0.38, G:0.35, T:0.08
Consensus pattern (34 bp):
ACCAAGGGCCGATGGTGCCCGAGGCCCCCGCACG
Found at i:12760 original size:256 final size:254
Alignment explanation
Indices: 12282--13184 Score: 1089
Period size: 256 Copynumber: 3.6 Consensus size: 254
12272 CTCCTAGCCA
* * *
12282 CCGAGGCTCCCGCACATCCGAGCCACCAAGGTGCCGATGGTGCCCGAGGCTCCCGCACGACCAA-
1 CCGAGGCTCCCGCACATCCAAG-CACCTAGGTGCCGATGGTGGCCGAGGCTCCCGCACGACCAAG
* * * *
12346 GG-------GCCGATGGTGGCCGAGGCCCCCGCACGACCAAGGGCCTATTTTACCGATGGTGCCC
65 GGCCTATTTGCCGATGGTGCCCGAGGCTCCCGCACGACCAAGGGCCTAGTTTGCCGATGGTGCCC
* *
12404 GAGCCTCTCGCACGACCAAGGGTCTAGGTTGCCGATGGTGCCCGAGGTTC-CGGCACATCCAAGC
130 GAGCCTCCCGCACGACCAAGGGCCTAGGTTGCCGATGGTGCCCGAGGTTCTCGG-ACATCCAAGC
*
12468 ACCAAGGTGTCGATGGTGCTCGAGGCTCCCGCACGACCAAGGGCCTAGTTTGCCGATGGTGT
194 ACCAAGGTGCCGATGGTGCTCGAGGCTCCCGCACGACCAAGGGCCTAG-TTGCCGATGGTGT
* *
12530 CCGAGGCTCCCGCACATCCCAGCACCTAGGAGCCGATGGTGGCCGAGGCTCCCGCACGACCAAGG
1 CCGAGGCTCCCGCACATCCAAGCACCTAGGTGCCGATGGTGGCCGAGGCTCCCGCACGACCAAGG
*
12595 GCCTATTTTGCCGATGGTGCCCGAGGCTCCCGCACGACCAAGGGCTTAGTTTGCCGATGGTGCCC
66 GCCTA-TTTGCCGATGGTGCCCGAGGCTCCCGCACGACCAAGGGCCTAGTTTGCCGATGGTGCCC
* * *
12660 GAGCCTCTCGCACGACCAAGGGCCTAGGTTGTCGATGGTGCGCGAGGTTCTCGGACATCCAAGCA
130 GAGCCTCCCGCACGACCAAGGGCCTAGGTTGCCGATGGTGCCCGAGGTTCTCGGACATCCAAGCA
**
12725 CCAAGGTGCCGATGGTGCTCGAGGCTCCCGCACGACCAAGGGCCTAGGTTGCCGACAGTGT
195 CCAAGGTGCCGATGGTGCTCGAGGCTCCCGCACGACCAAGGGCCTA-GTTGCCGATGGTGT
* *
12786 CCGAGGCTCCCGCCCAT-CATAGCACCGAGGTGCCGATGGTGGCCGAGGCTCCCGCACGACCAAG
1 CCGAGGCTCCCGCACATCCA-AGCACCTAGGTGCCGATGGTGGCCGAGGCTCCCGCACGACCAAG
* * *
12850 GGCCTAGTTTGCCGATGGTGTCCGAGGCTCCCGCACGACCAAGGGCCTATTTTGCCGATGGTGGC
65 GGCCTA-TTTGCCGATGGTGCCCGAGGCTCCCGCACGACCAAGGGCCTAGTTTGCCGATGGTGCC
* * * ** *
12915 CGAGGCTCCCGCACGACCAAGGGCTTAGTTTGCCGATGGTGCCCGAGCCTCTCGCACGA-CCAAG
129 CGAGCCTCCCGCACGACCAAGGGCCTAGGTTGCCGATGGTGCCCGAGGTTCTCGGAC-ATCCAAG
** * * * * * ** * *
12979 GGCCTAGGTTGCCGATGGTACGCGAGGTTCTCGCAC-ATCCAAGCACCAAGGTGCCGATGGTG-
193 CACCAAGG-TGCCGATGGTGCTCGAGGCTCCCGCACGA-CCAAGGGCCTAGTTGCCGATGGTGT
** ** * *
13041 CTCGAGGCTCCCGCACGA-CCAAGGGCCTAGGTTGCCGACAGTGTCCGAGGCTCCCGCAC-ATCA
1 C-CGAGGCTCCCGCAC-ATCCAAGCACCTAGG-TGCCGATGGTGGCCGAGGCTCCCGCACGACCA
** * ** * *
13104 TAGCACCGAGGTGCCGATGGTGCCCGAGGCTACCGCACGACCAAGGGCCTAGGTTGCCGATGGTG
63 -AGGGCCTATTTGCCGATGGTGCCCGAGGCTCCCGCACGACCAAGGGCCTAGTTTGCCGATGGTG
*
13169 CCCGAGGCTCCCGCAC
127 CCCGAGCCTCCCGCAC
13185 ATCGAAGCAC
Statistics
Matches: 571, Mismatches: 64, Indels: 32
0.86 0.10 0.05
Matches are distributed among these distances:
247 38 0.07
248 23 0.04
255 2 0.00
256 440 0.77
257 68 0.12
ACGTcount: A:0.18, C:0.34, G:0.32, T:0.16
Consensus pattern (254 bp):
CCGAGGCTCCCGCACATCCAAGCACCTAGGTGCCGATGGTGGCCGAGGCTCCCGCACGACCAAGG
GCCTATTTGCCGATGGTGCCCGAGGCTCCCGCACGACCAAGGGCCTAGTTTGCCGATGGTGCCCG
AGCCTCCCGCACGACCAAGGGCCTAGGTTGCCGATGGTGCCCGAGGTTCTCGGACATCCAAGCAC
CAAGGTGCCGATGGTGCTCGAGGCTCCCGCACGACCAAGGGCCTAGTTGCCGATGGTGT
Found at i:12866 original size:299 final size:298
Alignment explanation
Indices: 12518--13253 Score: 1190
Period size: 299 Copynumber: 2.5 Consensus size: 298
12508 GGGCCTAGTT
* * ** ** *
12518 TGCCGATGGTGTCCGAGGCTCCCGCAC-ATCCCAGCACCTAGGAGCCGATGGTGGCCGAGGCTCC
1 TGCCGATGGTGCCCGAGGCTCCCGCACGA-CCAAGGGCCTAGTTGCCGATGGTGCCCGAGGCTCC
12582 CGCACGACCAAGGGCCTATTTTGCCGATGGTGCCCGAGGCTCCCGCACGACCAAGGGCTTAGTTT
65 CGCACGACCAAGGGCCTATTTTGCCGATGGTGCCCGAGGCTCCCGCACGACCAAGGGCTTAGTTT
* *
12647 GCCGATGGTGCCCGAGCCTCTCGCACGACCAAGGGCCTAGGTTGTCGATGGTGCGCGAGGTTCTC
130 GCCGATGGTGCCCGAGCCTCTCGCACGACCAAGGGCCTAGGTTGCCGATGGTACGCGAGGTTCTC
*
12712 GGACATCCAAGCACCAAGGTGCCGATGGTGCTCGAGGCTCCCGCACGACCAAGGGCCTAGGTTGC
195 GCACATCCAAGCACCAAGGTGCCGATGGTGCTCGAGGCTCCCGCACGACCAAGGGCCTAGGTTGC
*
12777 CGACAGTGTCCGAGGCTCCCGCCCATCATAGCACCGAGG
260 CGACAGTGTCCGAGGCTCCCGCACATCATAGCACCGAGG
* *
12816 TGCCGATGGTGGCCGAGGCTCCCGCACGACCAAGGGCCTAGTTTGCCGATGGTGTCCGAGGCTCC
1 TGCCGATGGTGCCCGAGGCTCCCGCACGACCAAGGGCCTAG-TTGCCGATGGTGCCCGAGGCTCC
*
12881 CGCACGACCAAGGGCCTATTTTGCCGATGGTGGCCGAGGCTCCCGCACGACCAAGGGCTTAGTTT
65 CGCACGACCAAGGGCCTATTTTGCCGATGGTGCCCGAGGCTCCCGCACGACCAAGGGCTTAGTTT
12946 GCCGATGGTGCCCGAGCCTCTCGCACGACCAAGGGCCTAGGTTGCCGATGGTACGCGAGGTTCTC
130 GCCGATGGTGCCCGAGCCTCTCGCACGACCAAGGGCCTAGGTTGCCGATGGTACGCGAGGTTCTC
13011 GCACATCCAAGCACCAAGGTGCCGATGGTGCTCGAGGCTCCCGCACGACCAAGGGCCTAGGTTGC
195 GCACATCCAAGCACCAAGGTGCCGATGGTGCTCGAGGCTCCCGCACGACCAAGGGCCTAGGTTGC
13076 CGACAGTGTCCGAGGCTCCCGCACATCATAGCACCGAGG
260 CGACAGTGTCCGAGGCTCCCGCACATCATAGCACCGAGG
*
13115 TGCCGATGGTGCCCGAGGCTACCGCACGACCAAGGGCCTAGGTTGCCGATGGTGCCCGAGGCTCC
1 TGCCGATGGTGCCCGAGGCTCCCGCACGACCAAGGGCCTA-GTTGCCGATGGTGCCCGAGGCTCC
* ** * ** * * **
13180 CGCAC-ATCGAAGCACCGA-GGTGCCGATGGCGCCCGAGGCTCCTGCAATACCAAGGGCTTAGTT
65 CGCACGA-CCAAGGGCCTATTTTGCCGATGGTGCCCGAGGCTCCCGCACGACCAAGGGCTTAGTT
13243 TGCCGATGGTG
129 TGCCGATGGTG
13254 TCCGGGGCTC
Statistics
Matches: 408, Mismatches: 26, Indels: 8
0.92 0.06 0.02
Matches are distributed among these distances:
298 85 0.21
299 322 0.79
300 1 0.00
ACGTcount: A:0.18, C:0.33, G:0.32, T:0.17
Consensus pattern (298 bp):
TGCCGATGGTGCCCGAGGCTCCCGCACGACCAAGGGCCTAGTTGCCGATGGTGCCCGAGGCTCCC
GCACGACCAAGGGCCTATTTTGCCGATGGTGCCCGAGGCTCCCGCACGACCAAGGGCTTAGTTTG
CCGATGGTGCCCGAGCCTCTCGCACGACCAAGGGCCTAGGTTGCCGATGGTACGCGAGGTTCTCG
CACATCCAAGCACCAAGGTGCCGATGGTGCTCGAGGCTCCCGCACGACCAAGGGCCTAGGTTGCC
GACAGTGTCCGAGGCTCCCGCACATCATAGCACCGAGG
Found at i:13185 original size:85 final size:85
Alignment explanation
Indices: 12348--13269 Score: 885
Period size: 85 Copynumber: 10.8 Consensus size: 85
12338 ACGACCAAGG
* * ** * * *
12348 GCCGATGGTGGCCGAGGCCCCCGCACGACCAAGGGCCTATTTTACCGATGGTGCCCGAGCCTCTC
1 GCCGATGGTGCCCGAGGCTCCCGCACGACCAAGGGCCTAGGTTGCCGATGGTGCCCGAGGCTCCC
*
12413 GCACGACCAAGGGTCTAGGTT
66 GCACGACCAAGGGCCTAGG-T
* * ** * * *
12434 GCCGATGGTGCCCGAGGTTCCGGCAC-ATCCAAGCACCAAGG-TGTCGATGGTGCTCGAGGCTCC
1 GCCGATGGTGCCCGAGGCTCCCGCACGA-CCAAGGGCCTAGGTTGCCGATGGTGCCCGAGGCTCC
*
12497 CGCACGACCAAGGGCCTAGTTT
65 CGCACGACCAAGGGCCTAG-GT
* * ** * *
12519 GCCGATGGTGTCCGAGGCTCCCGCAC-ATCCCAGCACCTAGG-AGCCGATGGTGGCCGAGGCTCC
1 GCCGATGGTGCCCGAGGCTCCCGCACGA-CCAAGGGCCTAGGTTGCCGATGGTGCCCGAGGCTCC
**
12582 CGCACGACCAAGGGCCTATTTT
65 CGCACGACCAAGGGCCTA-GGT
* * * *
12604 GCCGATGGTGCCCGAGGCTCCCGCACGACCAAGGGCTTAGTTTGCCGATGGTGCCCGAGCCTCTC
1 GCCGATGGTGCCCGAGGCTCCCGCACGACCAAGGGCCTAGGTTGCCGATGGTGCCCGAGGCTCCC
12669 GCACGACCAAGGGCCTAGGTT
66 GCACGACCAAGGGCCTAGG-T
* * * * * ** * *
12690 GTCGATGGTGCGCGAGGTTCTCGGAC-ATCCAAGCACCAAGG-TGCCGATGGTGCTCGAGGCTCC
1 GCCGATGGTGCCCGAGGCTCCCGCACGA-CCAAGGGCCTAGGTTGCCGATGGTGCCCGAGGCTCC
12753 CGCACGACCAAGGGCCTAGGTT
65 CGCACGACCAAGGGCCTAGG-T
** * * * ** * *
12775 GCCGACAGTGTCCGAGGCTCCCGC-CCATCATAGCACCGAGG-TGCCGATGGTGGCCGAGGCTCC
1 GCCGATGGTGCCCGAGGCTCCCGCACGACCA-AGGGCCTAGGTTGCCGATGGTGCCCGAGGCTCC
*
12838 CGCACGACCAAGGGCCTAGTTT
65 CGCACGACCAAGGGCCTAG-GT
* ** *
12860 GCCGATGGTGTCCGAGGCTCCCGCACGACCAAGGGCCTATTTTGCCGATGGTGGCCGAGGCTCCC
1 GCCGATGGTGCCCGAGGCTCCCGCACGACCAAGGGCCTAGGTTGCCGATGGTGCCCGAGGCTCCC
* *
12925 GCACGACCAAGGGCTTAGTTT
66 GCACGACCAAGGGCCTAG-GT
* * * * * *
12946 GCCGATGGTGCCCGAGCCTCTCGCACGACCAAGGGCCTAGGTTGCCGATGGTACGCGAGGTTCTC
1 GCCGATGGTGCCCGAGGCTCCCGCACGACCAAGGGCCTAGGTTGCCGATGGTGCCCGAGGCTCCC
** *
13011 GCAC-ATCCAAGCACCAAGGT
66 GCACGA-CCAAGGGCCTAGGT
* ** *
13031 GCCGATGGTGCTCGAGGCTCCCGCACGACCAAGGGCCTAGGTTGCCGACAGTGTCCGAGGCTCCC
1 GCCGATGGTGCCCGAGGCTCCCGCACGACCAAGGGCCTAGGTTGCCGATGGTGCCCGAGGCTCCC
* ** *
13096 GCAC-ATCATAGCACCGAGGT
66 GCACGACCA-AGGGCCTAGGT
*
13116 GCCGATGGTGCCCGAGGCTACCGCACGACCAAGGGCCTAGGTTGCCGATGGTGCCCGAGGCTCCC
1 GCCGATGGTGCCCGAGGCTCCCGCACGACCAAGGGCCTAGGTTGCCGATGGTGCCCGAGGCTCCC
* ** *
13181 GCAC-ATCGAAGCACCGAGGT
66 GCACGA-CCAAGGGCCTAGGT
* * ** * * * * *
13201 GCCGATGGCGCCCGAGGCTCCTGCAATACCAAGGGCTTAGTTTGCCGATGGTGTCCGGGGCTCCT
1 GCCGATGGTGCCCGAGGCTCCCGCACGACCAAGGGCCTAGGTTGCCGATGGTGCCCGAGGCTCCC
13266 GCAC
66 GCAC
13270 ATCCTAGTGT
Statistics
Matches: 703, Mismatches: 118, Indels: 31
0.83 0.14 0.04
Matches are distributed among these distances:
84 5 0.01
85 486 0.69
86 212 0.30
ACGTcount: A:0.18, C:0.33, G:0.32, T:0.17
Consensus pattern (85 bp):
GCCGATGGTGCCCGAGGCTCCCGCACGACCAAGGGCCTAGGTTGCCGATGGTGCCCGAGGCTCCC
GCACGACCAAGGGCCTAGGT
Found at i:17004 original size:24 final size:24
Alignment explanation
Indices: 16928--17006 Score: 106
Period size: 24 Copynumber: 3.3 Consensus size: 24
16918 GGCCTATGCT
* *
16928 ACCGGAACGGTTCACCGGAGCACC
1 ACCGGGACGGTTCGCCGGAGCACC
16952 GA-CGGGACGGTTCGCCGGAGCACC
1 -ACCGGGACGGTTCGCCGGAGCACC
* *
16976 GCCGGGACGGATCGCCGGAGCACC
1 ACCGGGACGGTTCGCCGGAGCACC
17000 ACCGGGA
1 ACCGGGA
17007 ACCTAACCGG
Statistics
Matches: 48, Mismatches: 5, Indels: 3
0.86 0.09 0.05
Matches are distributed among these distances:
24 47 0.98
25 1 0.02
ACGTcount: A:0.20, C:0.35, G:0.38, T:0.06
Consensus pattern (24 bp):
ACCGGGACGGTTCGCCGGAGCACC
Found at i:17271 original size:42 final size:42
Alignment explanation
Indices: 17216--17465 Score: 269
Period size: 42 Copynumber: 5.9 Consensus size: 42
17206 ACTTTAGCTT
17216 TGGTGCT-GAAGGCTCCCGCACATCCAAGCACCAAGGTGCCGA
1 TGGTGCTCG-AGGCTCCCGCACATCCAAGCACCAAGGTGCCGA
*
17258 TGGTGCTCGAGGCTCCCGCACAT-CATAGCACCGAGGTGCCGA
1 TGGTGCTCGAGGCTCCCGCACATCCA-AGCACCAAGGTGCCGA
* ** * * *
17300 TGGT-CTCCGAGGCTCCC-CACAACCAAGGGCCTAGTTTGCCGG
1 TGGTGCT-CGAGGCTCCCGCACATCCAAGCACCAAG-GTGCCGA
* *
17342 TGGTG-TCCGATGCTCCCGCACATCCATGCACCAAGGTGCCGA
1 TGGTGCT-CGAGGCTCCCGCACATCCAAGCACCAAGGTGCCGA
* *
17384 TGGTGCTCGAGGCTCCCGCACATCCAAGCATCAAGGTTACCGA
1 TGGTGCTCGAGGCTCCCGCACATCCAAGCACCAAGG-TGCCGA
* *
17427 TGGTGGCT-GAGGCTCCCACACATCCGAGCCACCAAGGTG
1 TGGT-GCTCGAGGCTCCCGCACATCCAAG-CACCAAGGTG
17466 ATGGAGGCTC
Statistics
Matches: 174, Mismatches: 23, Indels: 21
0.80 0.11 0.10
Matches are distributed among these distances:
41 14 0.08
42 108 0.62
43 42 0.24
44 10 0.06
ACGTcount: A:0.20, C:0.34, G:0.28, T:0.17
Consensus pattern (42 bp):
TGGTGCTCGAGGCTCCCGCACATCCAAGCACCAAGGTGCCGA
Found at i:25438 original size:43 final size:43
Alignment explanation
Indices: 25368--25460 Score: 143
Period size: 42 Copynumber: 2.2 Consensus size: 43
25358 TCTTCTTTAG
*
25368 CCCGCACATCCCAGGCACCAAGGTGCCGATGGGTGCCCGAGGCT
1 CCCGCACATCCCAAGCACCAAGGTGCCGAT-GGTGCCCGAGGCT
* *
25412 CCCGCACAT-CCAAGCACCAAGTTGCCGATGGTGTCCGAGGCT
1 CCCGCACATCCCAAGCACCAAGGTGCCGATGGTGCCCGAGGCT
25454 CCCGCAC
1 CCCGCAC
25461 CTCCTAGCCA
Statistics
Matches: 46, Mismatches: 3, Indels: 2
0.90 0.06 0.04
Matches are distributed among these distances:
42 19 0.41
43 18 0.39
44 9 0.20
ACGTcount: A:0.19, C:0.40, G:0.28, T:0.13
Consensus pattern (43 bp):
CCCGCACATCCCAAGCACCAAGGTGCCGATGGTGCCCGAGGCT
Found at i:25482 original size:25 final size:25
Alignment explanation
Indices: 25448--25496 Score: 80
Period size: 25 Copynumber: 2.0 Consensus size: 25
25438 GATGGTGTCC
* *
25448 GAGGCTCCCGCACCTCCTAGCCACT
1 GAGGCTCCCGCACATCCGAGCCACT
25473 GAGGCTCCCGCACATCCGAGCCAC
1 GAGGCTCCCGCACATCCGAGCCAC
25497 CAAGGTGCCG
Statistics
Matches: 22, Mismatches: 2, Indels: 0
0.92 0.08 0.00
Matches are distributed among these distances:
25 22 1.00
ACGTcount: A:0.18, C:0.47, G:0.22, T:0.12
Consensus pattern (25 bp):
GAGGCTCCCGCACATCCGAGCCACT
Found at i:25521 original size:43 final size:42
Alignment explanation
Indices: 25473--26513 Score: 858
Period size: 43 Copynumber: 24.6 Consensus size: 42
25463 CCTAGCCACT
* * *
25473 GAGGCTCCCGCAC-ATCCGAGCCACCAAGGTGCCGATGGTGCCC
1 GAGGCTCCCGCACGA-CCAAG-CGCCTAGGTGCCGATGGTGCCC
*
25516 GAGGCTCCCGCACGACC-A------AGG-GCCGATGGTGGCC
1 GAGGCTCCCGCACGACCAAGCGCCTAGGTGCCGATGGTGCCC
* * ** *
25550 GAGGCCCCCGCACGACCAAGGGCCTATTTTACCGATGGTGCCC
1 GAGGCTCCCGCACGACCAAGCGCCTA-GGTGCCGATGGTGCCC
* * * *
25593 GAGCCTCTCGCACGACCAAGGGTCTAGGTTGCCGATGGTGCCC
1 GAGGCTCCCGCACGACCAAGCGCCTAGG-TGCCGATGGTGCCC
* * * * * *
25636 GAGGTTCCGGCAC-ATCCAAGCACCAAGGTGTCGATGGTGCTC
1 GAGGCTCCCGCACGA-CCAAGCGCCTAGGTGCCGATGGTGCCC
* * *
25678 GAGGCTCCCGCACGACCAAGGGCCTAGTTTGCCGATGGTGTCC
1 GAGGCTCCCGCACGACCAAGCGCCTAG-GTGCCGATGGTGCCC
* * * *
25721 GAGGCTCCCGCAC-ATCCCAGCACCTAGGAGCCGATGGTGGCC
1 GAGGCTCCCGCACGA-CCAAGCGCCTAGGTGCCGATGGTGCCC
* **
25763 GAGGCTCCCGCACGACCAAGGGCCTATTTTGCCGATGGTGCCC
1 GAGGCTCCCGCACGACCAAGCGCCTA-GGTGCCGATGGTGCCC
* * *
25806 GAGGCTCCCGCACGACCAAGGGCTTAGTTTGCCGATGGTGCCC
1 GAGGCTCCCGCACGACCAAGCGCCTAG-GTGCCGATGGTGCCC
* * * * *
25849 GAGCCTCTCGCACGACCAAGGGCCTAGGTTGTCGATGGTGCGC
1 GAGGCTCCCGCACGACCAAGCGCCTAGG-TGCCGATGGTGCCC
* * * * * *
25892 GAGGTTCTCGGAC-ATCCAAGCACCAAGGTGCCGATGGTGCTC
1 GAGGCTCCCGCACGA-CCAAGCGCCTAGGTGCCGATGGTGCCC
* ** *
25934 GAGGCTCCCGCACGACCAAGGGCCTAGGTTGCCGACAGTGTCC
1 GAGGCTCCCGCACGACCAAGCGCCTAGG-TGCCGATGGTGCCC
* * * * *
25977 GAGGCTCCCGC-CCATCATAGCACCGAGGTGCCGATGGTGGCC
1 GAGGCTCCCGCACGACCA-AGCGCCTAGGTGCCGATGGTGCCC
* * *
26019 GAGGCTCCCGCACGACCAAGGGCCTAGTTTGCCGATGGTGTCC
1 GAGGCTCCCGCACGACCAAGCGCCTAG-GTGCCGATGGTGCCC
* ** *
26062 GAGGCTCCCGCACGACCAAGGGCCTATTTTGCCGATGGTGGCC
1 GAGGCTCCCGCACGACCAAGCGCCTA-GGTGCCGATGGTGCCC
* * *
26105 GAGGCTCCCGCACGACCAAGGGCTTAGTTTGCCGATGGTGCCC
1 GAGGCTCCCGCACGACCAAGCGCCTAG-GTGCCGATGGTGCCC
* * * * *
26148 GAGCCTCTCGCACGACCAAGGGCCTAGGTTGCCGATGGTACGC
1 GAGGCTCCCGCACGACCAAGCGCCTAGG-TGCCGATGGTGCCC
* * * * *
26191 GAGGTTCTCGCAC-ATCCAAGCACCAAGGTGCCGATGGTGCTC
1 GAGGCTCCCGCACGA-CCAAGCGCCTAGGTGCCGATGGTGCCC
* ** *
26233 GAGGCTCCCGCACGACCAAGGGCCTAGGTTGCCGACAGTGTCC
1 GAGGCTCCCGCACGACCAAGCGCCTAGG-TGCCGATGGTGCCC
* * *
26276 GAGGCTCCCGCAC-ATCATAGCACCGAGGTGCCGATGGTGCCC
1 GAGGCTCCCGCACGACCA-AGCGCCTAGGTGCCGATGGTGCCC
* *
26318 GAGGCTACCGCACGACCAAGGGCCTAGGTTGCCGATGGTGCCC
1 GAGGCTCCCGCACGACCAAGCGCCTAGG-TGCCGATGGTGCCC
* * * *
26361 GAGGCTCCCGCAC-ATCGAAGCACCGAGGTGCCGATGGCGCCC
1 GAGGCTCCCGCACGA-CCAAGCGCCTAGGTGCCGATGGTGCCC
* ** * * * *
26403 GAGGCTCCAGCAATACCAAGGGCTTAGTTTGCCGATGGTGTCC
1 GAGGCTCCCGCACGACCAAGCGCCTAG-GTGCCGATGGTGCCC
* * * *
26446 GGGGCTCCTGCAC-ATCCTAGCACC-AGGTTGCCGATGGTGCCC
1 GAGGCTCCCGCACGA-CCAAGCGCCTAGG-TGCCGATGGTGCCC
*
26488 GAGGCTCCCGCACGACCAAGGGCCTA
1 GAGGCTCCCGCACGACCAAGCGCCTA
26514 TGCTACCGGA
Statistics
Matches: 802, Mismatches: 155, Indels: 82
0.77 0.15 0.08
Matches are distributed among these distances:
34 28 0.03
35 4 0.00
41 1 0.00
42 265 0.33
43 503 0.63
44 1 0.00
ACGTcount: A:0.18, C:0.34, G:0.32, T:0.16
Consensus pattern (42 bp):
GAGGCTCCCGCACGACCAAGCGCCTAGGTGCCGATGGTGCCC
Found at i:25543 original size:34 final size:34
Alignment explanation
Indices: 25495--25573 Score: 131
Period size: 34 Copynumber: 2.3 Consensus size: 34
25485 CATCCGAGCC
*
25495 ACCAAGGTGCCGATGGTGCCCGAGGCTCCCGCACG
1 ACCAAGG-GCCGATGGTGCCCGAGGCCCCCGCACG
*
25530 ACCAAGGGCCGATGGTGGCCGAGGCCCCCGCACG
1 ACCAAGGGCCGATGGTGCCCGAGGCCCCCGCACG
25564 ACCAAGGGCC
1 ACCAAGGGCC
25574 TATTTTACCG
Statistics
Matches: 42, Mismatches: 2, Indels: 1
0.93 0.04 0.02
Matches are distributed among these distances:
34 35 0.83
35 7 0.17
ACGTcount: A:0.19, C:0.38, G:0.35, T:0.08
Consensus pattern (34 bp):
ACCAAGGGCCGATGGTGCCCGAGGCCCCCGCACG
Found at i:25949 original size:256 final size:254
Alignment explanation
Indices: 25473--26373 Score: 1085
Period size: 256 Copynumber: 3.6 Consensus size: 254
25463 CCTAGCCACT
* * *
25473 GAGGCTCCCGCACATCCGAGCCACCAAGGTGCCGATGGTGCCCGAGGCTCCCGCACGACCAA-GG
1 GAGGCTCCCGCACATCCAAG-CACCTAGGTGCCGATGGTGGCCGAGGCTCCCGCACGACCAAGGG
* * * *
25537 -------GCCGATGGTGGCCGAGGCCCCCGCACGACCAAGGGCCTATTTTACCGATGGTGCCCGA
65 CCTATTTGCCGATGGTGCCCGAGGCTCCCGCACGACCAAGGGCCTAGTTTGCCGATGGTGCCCGA
* *
25595 GCCTCTCGCACGACCAAGGGTCTAGGTTGCCGATGGTGCCCGAGGTTC-CGGCACATCCAAGCAC
130 GCCTCCCGCACGACCAAGGGCCTAGGTTGCCGATGGTGCCCGAGGTTCTCGG-ACATCCAAGCAC
*
25659 CAAGGTGTCGATGGTGCTCGAGGCTCCCGCACGACCAAGGGCCTAGTTTGCCGATGGTGTCC
194 CAAGGTGCCGATGGTGCTCGAGGCTCCCGCACGACCAAGGGCCTAG-TTGCCGATGGTGTCC
* *
25721 GAGGCTCCCGCACATCCCAGCACCTAGGAGCCGATGGTGGCCGAGGCTCCCGCACGACCAAGGGC
1 GAGGCTCCCGCACATCCAAGCACCTAGGTGCCGATGGTGGCCGAGGCTCCCGCACGACCAAGGGC
*
25786 CTATTTTGCCGATGGTGCCCGAGGCTCCCGCACGACCAAGGGCTTAGTTTGCCGATGGTGCCCGA
66 CTA-TTTGCCGATGGTGCCCGAGGCTCCCGCACGACCAAGGGCCTAGTTTGCCGATGGTGCCCGA
* * *
25851 GCCTCTCGCACGACCAAGGGCCTAGGTTGTCGATGGTGCGCGAGGTTCTCGGACATCCAAGCACC
130 GCCTCCCGCACGACCAAGGGCCTAGGTTGCCGATGGTGCCCGAGGTTCTCGGACATCCAAGCACC
**
25916 AAGGTGCCGATGGTGCTCGAGGCTCCCGCACGACCAAGGGCCTAGGTTGCCGACAGTGTCC
195 AAGGTGCCGATGGTGCTCGAGGCTCCCGCACGACCAAGGGCCTA-GTTGCCGATGGTGTCC
* *
25977 GAGGCTCCCGCCCAT-CATAGCACCGAGGTGCCGATGGTGGCCGAGGCTCCCGCACGACCAAGGG
1 GAGGCTCCCGCACATCCA-AGCACCTAGGTGCCGATGGTGGCCGAGGCTCCCGCACGACCAAGGG
* * *
26041 CCTAGTTTGCCGATGGTGTCCGAGGCTCCCGCACGACCAAGGGCCTATTTTGCCGATGGTGGCCG
65 CCTA-TTTGCCGATGGTGCCCGAGGCTCCCGCACGACCAAGGGCCTAGTTTGCCGATGGTGCCCG
* * * ** * **
26106 AGGCTCCCGCACGACCAAGGGCTTAGTTTGCCGATGGTGCCCGAGCCTCTCGCACGA-CCAAGGG
129 AGCCTCCCGCACGACCAAGGGCCTAGGTTGCCGATGGTGCCCGAGGTTCTCGGAC-ATCCAAGCA
* * * * * ** * *
26170 CCTAGGTTGCCGATGGTACGCGAGGTTCTCGCAC-ATCCAAGCACCAAGGTGCCGATGGTG-CTC
193 CCAAGG-TGCCGATGGTGCTCGAGGCTCCCGCACGA-CCAAGGGCCTAGTTGCCGATGGTGTC-C
** ** * *
26233 GAGGCTCCCGCACGA-CCAAGGGCCTAGGTTGCCGACAGTGTCCGAGGCTCCCGCAC-ATCATAG
1 GAGGCTCCCGCAC-ATCCAAGCACCTAGG-TGCCGATGGTGGCCGAGGCTCCCGCACGACCA-AG
** * ** * *
26296 CACCGAGGTGCCGATGGTGCCCGAGGCTACCGCACGACCAAGGGCCTAGGTTGCCGATGGTGCCC
63 GGCCTATTTGCCGATGGTGCCCGAGGCTCCCGCACGACCAAGGGCCTAGTTTGCCGATGGTGCCC
*
26361 GAGGCTCCCGCAC
128 GAGCCTCCCGCAC
26374 ATCGAAGCAC
Statistics
Matches: 569, Mismatches: 64, Indels: 32
0.86 0.10 0.05
Matches are distributed among these distances:
247 38 0.07
248 21 0.04
255 2 0.00
256 440 0.77
257 68 0.12
ACGTcount: A:0.18, C:0.34, G:0.32, T:0.16
Consensus pattern (254 bp):
GAGGCTCCCGCACATCCAAGCACCTAGGTGCCGATGGTGGCCGAGGCTCCCGCACGACCAAGGGC
CTATTTGCCGATGGTGCCCGAGGCTCCCGCACGACCAAGGGCCTAGTTTGCCGATGGTGCCCGAG
CCTCCCGCACGACCAAGGGCCTAGGTTGCCGATGGTGCCCGAGGTTCTCGGACATCCAAGCACCA
AGGTGCCGATGGTGCTCGAGGCTCCCGCACGACCAAGGGCCTAGTTGCCGATGGTGTCC
Found at i:26055 original size:299 final size:298
Alignment explanation
Indices: 25707--26442 Score: 1190
Period size: 299 Copynumber: 2.5 Consensus size: 298
25697 GGGCCTAGTT
* * ** ** *
25707 TGCCGATGGTGTCCGAGGCTCCCGCAC-ATCCCAGCACCTAGGAGCCGATGGTGGCCGAGGCTCC
1 TGCCGATGGTGCCCGAGGCTCCCGCACGA-CCAAGGGCCTAGTTGCCGATGGTGCCCGAGGCTCC
25771 CGCACGACCAAGGGCCTATTTTGCCGATGGTGCCCGAGGCTCCCGCACGACCAAGGGCTTAGTTT
65 CGCACGACCAAGGGCCTATTTTGCCGATGGTGCCCGAGGCTCCCGCACGACCAAGGGCTTAGTTT
* *
25836 GCCGATGGTGCCCGAGCCTCTCGCACGACCAAGGGCCTAGGTTGTCGATGGTGCGCGAGGTTCTC
130 GCCGATGGTGCCCGAGCCTCTCGCACGACCAAGGGCCTAGGTTGCCGATGGTACGCGAGGTTCTC
*
25901 GGACATCCAAGCACCAAGGTGCCGATGGTGCTCGAGGCTCCCGCACGACCAAGGGCCTAGGTTGC
195 GCACATCCAAGCACCAAGGTGCCGATGGTGCTCGAGGCTCCCGCACGACCAAGGGCCTAGGTTGC
*
25966 CGACAGTGTCCGAGGCTCCCGCCCATCATAGCACCGAGG
260 CGACAGTGTCCGAGGCTCCCGCACATCATAGCACCGAGG
* *
26005 TGCCGATGGTGGCCGAGGCTCCCGCACGACCAAGGGCCTAGTTTGCCGATGGTGTCCGAGGCTCC
1 TGCCGATGGTGCCCGAGGCTCCCGCACGACCAAGGGCCTAG-TTGCCGATGGTGCCCGAGGCTCC
*
26070 CGCACGACCAAGGGCCTATTTTGCCGATGGTGGCCGAGGCTCCCGCACGACCAAGGGCTTAGTTT
65 CGCACGACCAAGGGCCTATTTTGCCGATGGTGCCCGAGGCTCCCGCACGACCAAGGGCTTAGTTT
26135 GCCGATGGTGCCCGAGCCTCTCGCACGACCAAGGGCCTAGGTTGCCGATGGTACGCGAGGTTCTC
130 GCCGATGGTGCCCGAGCCTCTCGCACGACCAAGGGCCTAGGTTGCCGATGGTACGCGAGGTTCTC
26200 GCACATCCAAGCACCAAGGTGCCGATGGTGCTCGAGGCTCCCGCACGACCAAGGGCCTAGGTTGC
195 GCACATCCAAGCACCAAGGTGCCGATGGTGCTCGAGGCTCCCGCACGACCAAGGGCCTAGGTTGC
26265 CGACAGTGTCCGAGGCTCCCGCACATCATAGCACCGAGG
260 CGACAGTGTCCGAGGCTCCCGCACATCATAGCACCGAGG
*
26304 TGCCGATGGTGCCCGAGGCTACCGCACGACCAAGGGCCTAGGTTGCCGATGGTGCCCGAGGCTCC
1 TGCCGATGGTGCCCGAGGCTCCCGCACGACCAAGGGCCTA-GTTGCCGATGGTGCCCGAGGCTCC
* ** * ** * * **
26369 CGCAC-ATCGAAGCACCGA-GGTGCCGATGGCGCCCGAGGCTCCAGCAATACCAAGGGCTTAGTT
65 CGCACGA-CCAAGGGCCTATTTTGCCGATGGTGCCCGAGGCTCCCGCACGACCAAGGGCTTAGTT
26432 TGCCGATGGTG
129 TGCCGATGGTG
26443 TCCGGGGCTC
Statistics
Matches: 408, Mismatches: 26, Indels: 8
0.92 0.06 0.02
Matches are distributed among these distances:
298 85 0.21
299 322 0.79
300 1 0.00
ACGTcount: A:0.18, C:0.33, G:0.32, T:0.17
Consensus pattern (298 bp):
TGCCGATGGTGCCCGAGGCTCCCGCACGACCAAGGGCCTAGTTGCCGATGGTGCCCGAGGCTCCC
GCACGACCAAGGGCCTATTTTGCCGATGGTGCCCGAGGCTCCCGCACGACCAAGGGCTTAGTTTG
CCGATGGTGCCCGAGCCTCTCGCACGACCAAGGGCCTAGGTTGCCGATGGTACGCGAGGTTCTCG
CACATCCAAGCACCAAGGTGCCGATGGTGCTCGAGGCTCCCGCACGACCAAGGGCCTAGGTTGCC
GACAGTGTCCGAGGCTCCCGCACATCATAGCACCGAGG
Found at i:26506 original size:85 final size:86
Alignment explanation
Indices: 25537--26513 Score: 933
Period size: 85 Copynumber: 11.5 Consensus size: 86
25527 ACGACCAAGG
* * ** * * *
25537 GCCGATGGTGGCCGAGGCCCCCGCACGACCAAGGGCCTATTTTACCGATGGTGCCCGAGCCTCTC
1 GCCGATGGTGCCCGAGGCTCCCGCACGACCAAGGGCCTAGGTTGCCGATGGTGCCCGAGGCTCCC
***
25602 GCACGACCAAGGGTCTAGGTT
66 GCACGACCAAGCACCTAGGTT
* * ** * * *
25623 GCCGATGGTGCCCGAGGTTCCGGCAC-ATCCAAGCACCAAGG-TGTCGATGGTGCTCGAGGCTCC
1 GCCGATGGTGCCCGAGGCTCCCGCACGA-CCAAGGGCCTAGGTTGCCGATGGTGCCCGAGGCTCC
** *
25686 CGCACGACCAAGGGCCTAGTTT
65 CGCACGACCAAGCACCTAGGTT
* * ** * *
25708 GCCGATGGTGTCCGAGGCTCCCGCAC-ATCCCAGCACCTAGG-AGCCGATGGTGGCCGAGGCTCC
1 GCCGATGGTGCCCGAGGCTCCCGCACGA-CCAAGGGCCTAGGTTGCCGATGGTGCCCGAGGCTCC
** **
25771 CGCACGACCAAGGGCCTATTTT
65 CGCACGACCAAGCACCTAGGTT
* * * *
25793 GCCGATGGTGCCCGAGGCTCCCGCACGACCAAGGGCTTAGTTTGCCGATGGTGCCCGAGCCTCTC
1 GCCGATGGTGCCCGAGGCTCCCGCACGACCAAGGGCCTAGGTTGCCGATGGTGCCCGAGGCTCCC
**
25858 GCACGACCAAGGGCCTAGGTT
66 GCACGACCAAGCACCTAGGTT
* * * * * ** * *
25879 GTCGATGGTGCGCGAGGTTCTCGGAC-ATCCAAGCACCAAGG-TGCCGATGGTGCTCGAGGCTCC
1 GCCGATGGTGCCCGAGGCTCCCGCACGA-CCAAGGGCCTAGGTTGCCGATGGTGCCCGAGGCTCC
**
25942 CGCACGACCAAGGGCCTAGGTT
65 CGCACGACCAAGCACCTAGGTT
** * * * ** * *
25964 GCCGACAGTGTCCGAGGCTCCCGC-CCATCATAGCACCGAGG-TGCCGATGGTGGCCGAGGCTCC
1 GCCGATGGTGCCCGAGGCTCCCGCACGACCA-AGGGCCTAGGTTGCCGATGGTGCCCGAGGCTCC
** *
26027 CGCACGACCAAGGGCCTAGTTT
65 CGCACGACCAAGCACCTAGGTT
* ** *
26049 GCCGATGGTGTCCGAGGCTCCCGCACGACCAAGGGCCTATTTTGCCGATGGTGGCCGAGGCTCCC
1 GCCGATGGTGCCCGAGGCTCCCGCACGACCAAGGGCCTAGGTTGCCGATGGTGCCCGAGGCTCCC
** * *
26114 GCACGACCAAGGGCTTAGTTT
66 GCACGACCAAGCACCTAGGTT
* * * * * *
26135 GCCGATGGTGCCCGAGCCTCTCGCACGACCAAGGGCCTAGGTTGCCGATGGTACGCGAGGTTCTC
1 GCCGATGGTGCCCGAGGCTCCCGCACGACCAAGGGCCTAGGTTGCCGATGGTGCCCGAGGCTCCC
*
26200 GCAC-ATCCAAGCACCAAGG-T
66 GCACGA-CCAAGCACCTAGGTT
* ** *
26220 GCCGATGGTGCTCGAGGCTCCCGCACGACCAAGGGCCTAGGTTGCCGACAGTGTCCGAGGCTCCC
1 GCCGATGGTGCCCGAGGCTCCCGCACGACCAAGGGCCTAGGTTGCCGATGGTGCCCGAGGCTCCC
* *
26285 GCAC-ATCATAGCACCGAGG-T
66 GCACGACCA-AGCACCTAGGTT
*
26305 GCCGATGGTGCCCGAGGCTACCGCACGACCAAGGGCCTAGGTTGCCGATGGTGCCCGAGGCTCCC
1 GCCGATGGTGCCCGAGGCTCCCGCACGACCAAGGGCCTAGGTTGCCGATGGTGCCCGAGGCTCCC
* *
26370 GCAC-ATCGAAGCACCGAGG-T
66 GCACGA-CCAAGCACCTAGGTT
* * ** * * * * *
26390 GCCGATGGCGCCCGAGGCTCCAGCAATACCAAGGGCTTAGTTTGCCGATGGTGTCCGGGGCTCCT
1 GCCGATGGTGCCCGAGGCTCCCGCACGACCAAGGGCCTAGGTTGCCGATGGTGCCCGAGGCTCCC
*
26455 GCAC-ATCCTAGCACC-AGGTT
66 GCACGA-CCAAGCACCTAGGTT
26475 GCCGATGGTGCCCGAGGCTCCCGCACGACCAAGGGCCTA
1 GCCGATGGTGCCCGAGGCTCCCGCACGACCAAGGGCCTA
26514 TGCTACCGGA
Statistics
Matches: 754, Mismatches: 125, Indels: 25
0.83 0.14 0.03
Matches are distributed among these distances:
84 8 0.01
85 533 0.71
86 213 0.28
ACGTcount: A:0.18, C:0.33, G:0.32, T:0.17
Consensus pattern (86 bp):
GCCGATGGTGCCCGAGGCTCCCGCACGACCAAGGGCCTAGGTTGCCGATGGTGCCCGAGGCTCCC
GCACGACCAAGCACCTAGGTT
Found at i:26594 original size:24 final size:24
Alignment explanation
Indices: 26518--26596 Score: 106
Period size: 24 Copynumber: 3.3 Consensus size: 24
26508 GGCCTATGCT
* *
26518 ACCGGAACGGTTCACCGGAGCACC
1 ACCGGGACGGTTCGCCGGAGCACC
26542 GA-CGGGACGGTTCGCCGGAGCACC
1 -ACCGGGACGGTTCGCCGGAGCACC
* *
26566 GCCGGGACGGATCGCCGGAGCACC
1 ACCGGGACGGTTCGCCGGAGCACC
26590 ACCGGGA
1 ACCGGGA
26597 ACCTAACCGG
Statistics
Matches: 48, Mismatches: 5, Indels: 3
0.86 0.09 0.05
Matches are distributed among these distances:
24 47 0.98
25 1 0.02
ACGTcount: A:0.20, C:0.35, G:0.38, T:0.06
Consensus pattern (24 bp):
ACCGGGACGGTTCGCCGGAGCACC
Found at i:26860 original size:42 final size:42
Alignment explanation
Indices: 26805--27054 Score: 269
Period size: 42 Copynumber: 5.9 Consensus size: 42
26795 ACTTTAGCTT
26805 TGGTGCT-GAAGGCTCCCGCACATCCAAGCACCAAGGTGCCGA
1 TGGTGCTCG-AGGCTCCCGCACATCCAAGCACCAAGGTGCCGA
*
26847 TGGTGCTCGAGGCTCCCGCACAT-CATAGCACCGAGGTGCCGA
1 TGGTGCTCGAGGCTCCCGCACATCCA-AGCACCAAGGTGCCGA
* ** * * *
26889 TGGT-CTCCGAGGCTCCC-CACAACCAAGGGCCTAGTTTGCCGG
1 TGGTGCT-CGAGGCTCCCGCACATCCAAGCACCAAG-GTGCCGA
* *
26931 TGGTG-TCCGATGCTCCCGCACATCCATGCACCAAGGTGCCGA
1 TGGTGCT-CGAGGCTCCCGCACATCCAAGCACCAAGGTGCCGA
* *
26973 TGGTGCTCGAGGCTCCCGCACATCCAAGCATCAAGGTTACCGA
1 TGGTGCTCGAGGCTCCCGCACATCCAAGCACCAAGG-TGCCGA
* *
27016 TGGTGGCT-GAGGCTCCCACACATCCGAGCCACCAAGGTG
1 TGGT-GCTCGAGGCTCCCGCACATCCAAG-CACCAAGGTG
27055 ATGGAGGCTC
Statistics
Matches: 174, Mismatches: 23, Indels: 21
0.80 0.11 0.10
Matches are distributed among these distances:
41 14 0.08
42 108 0.62
43 42 0.24
44 10 0.06
ACGTcount: A:0.20, C:0.34, G:0.28, T:0.17
Consensus pattern (42 bp):
TGGTGCTCGAGGCTCCCGCACATCCAAGCACCAAGGTGCCGA
Found at i:35026 original size:43 final size:43
Alignment explanation
Indices: 34956--35048 Score: 143
Period size: 42 Copynumber: 2.2 Consensus size: 43
34946 TCTTCTTTAG
*
34956 CCCGCACATCCCAGGCACCAAGGTGCCGATGGGTGCCCGAGGCT
1 CCCGCACATCCCAAGCACCAAGGTGCCGAT-GGTGCCCGAGGCT
* *
35000 CCCGCACAT-CCAAGCACCAAGTTGCCGATGGTGTCCGAGGCT
1 CCCGCACATCCCAAGCACCAAGGTGCCGATGGTGCCCGAGGCT
35042 CCCGCAC
1 CCCGCAC
35049 CTCCTAGCCA
Statistics
Matches: 46, Mismatches: 3, Indels: 2
0.90 0.06 0.04
Matches are distributed among these distances:
42 19 0.41
43 18 0.39
44 9 0.20
ACGTcount: A:0.19, C:0.40, G:0.28, T:0.13
Consensus pattern (43 bp):
CCCGCACATCCCAAGCACCAAGGTGCCGATGGTGCCCGAGGCT
Found at i:35070 original size:25 final size:25
Alignment explanation
Indices: 35036--35084 Score: 80
Period size: 25 Copynumber: 2.0 Consensus size: 25
35026 GATGGTGTCC
* *
35036 GAGGCTCCCGCACCTCCTAGCCACT
1 GAGGCTCCCGCACATCCGAGCCACT
35061 GAGGCTCCCGCACATCCGAGCCAC
1 GAGGCTCCCGCACATCCGAGCCAC
35085 CAAGGTGCCG
Statistics
Matches: 22, Mismatches: 2, Indels: 0
0.92 0.08 0.00
Matches are distributed among these distances:
25 22 1.00
ACGTcount: A:0.18, C:0.47, G:0.22, T:0.12
Consensus pattern (25 bp):
GAGGCTCCCGCACATCCGAGCCACT
Found at i:35109 original size:43 final size:42
Alignment explanation
Indices: 35061--36100 Score: 835
Period size: 43 Copynumber: 24.6 Consensus size: 42
35051 CCTAGCCACT
* * *
35061 GAGGCTCCCGCAC-ATCCGAGCCACCAAGGTGCCGATGGTGCCC
1 GAGGCTCCCGCACGA-CCAAG-CGCCTAGGTGCCGATGGTGCCC
*
35104 GAGGCTCCCGCACGACC-A------AGG-GCCGATGGTGGCC
1 GAGGCTCCCGCACGACCAAGCGCCTAGGTGCCGATGGTGCCC
* * ** *
35138 GAGGCCCCCGCACGACCAAGGGCCTATTTTACCGATGGTGCCC
1 GAGGCTCCCGCACGACCAAGCGCCTA-GGTGCCGATGGTGCCC
* * * * *
35181 GAGCCTCTCGCATGACCAAGGGTCTAGGTTGCCGATGGTGCCC
1 GAGGCTCCCGCACGACCAAGCGCCTAGG-TGCCGATGGTGCCC
* * * * * *
35224 GAGGTTCCGGCAC-ATCCAAGCACCAAGGTGTCGATGGTGCTC
1 GAGGCTCCCGCACGA-CCAAGCGCCTAGGTGCCGATGGTGCCC
* * *
35266 GAGGCTCCCGCACGACCAAGGGCCTAGTTTGCCGATGGTGTCC
1 GAGGCTCCCGCACGACCAAGCGCCTAG-GTGCCGATGGTGCCC
* * *
35309 GAGGCTCCCGCAC-ATCCCAGCACCTAGG-GGCGATGGT-CGCC
1 GAGGCTCCCGCACGA-CCAAGCGCCTAGGTGCCGATGGTGC-CC
* **
35350 GAGGCTCCCGCACGACCAAGGGCCTATTTTGCCGATGGTGCCC
1 GAGGCTCCCGCACGACCAAGCGCCTA-GGTGCCGATGGTGCCC
* * *
35393 GAGGCTCCCGCACGACCAAGGGCTTAGTTTGCCGATGGTGCCC
1 GAGGCTCCCGCACGACCAAGCGCCTAG-GTGCCGATGGTGCCC
* * * * *
35436 GAGCCTCTCGCACGACCAAGGGCCTAGGTTGTCGATGGTGCGC
1 GAGGCTCCCGCACGACCAAGCGCCTAGG-TGCCGATGGTGCCC
* * * * * *
35479 GAGGTTCTCGGAC-ATCCAAGCACCAAGGTGCCGATGGTGCTC
1 GAGGCTCCCGCACGA-CCAAGCGCCTAGGTGCCGATGGTGCCC
* ** *
35521 GAGGCTCCCGCACGACCAAGGGCCTAGGTTGCCGACAGTGTCC
1 GAGGCTCCCGCACGACCAAGCGCCTAGG-TGCCGATGGTGCCC
* * * * *
35564 GAGGCTCCCGC-CCATCATAGCACCGAGGTGCCGATGGTGGCC
1 GAGGCTCCCGCACGACCA-AGCGCCTAGGTGCCGATGGTGCCC
* * *
35606 GAGGCTCCCGCACGACCAAGGGCCTAGTTTGCCGATGGTGTCC
1 GAGGCTCCCGCACGACCAAGCGCCTAG-GTGCCGATGGTGCCC
* ** *
35649 GAGGCTCCCGCACGACCAAGGGCCTATTTTGCCGATGGTGGCC
1 GAGGCTCCCGCACGACCAAGCGCCTA-GGTGCCGATGGTGCCC
* * *
35692 GAGGCTCCCGCACGACCAAGGGCTTAGTTTGCCGATGGTGCCC
1 GAGGCTCCCGCACGACCAAGCGCCTAG-GTGCCGATGGTGCCC
* * * * *
35735 GAGCCTCTCGCACGACCAAGGGCCTAGGTTGCCGATGGTACGC
1 GAGGCTCCCGCACGACCAAGCGCCTAGG-TGCCGATGGTGCCC
* * * * *
35778 GAGGTTCTCGCAC-ATCCAAGCACCAAGGTGCCGATGGTGCTC
1 GAGGCTCCCGCACGA-CCAAGCGCCTAGGTGCCGATGGTGCCC
* ** *
35820 GAGGCTCCCGCACGACCAAGGGCCTAGGTTGCCGACAGTGTCC
1 GAGGCTCCCGCACGACCAAGCGCCTAGG-TGCCGATGGTGCCC
* * *
35863 GAGGCTCCCGCAC-ATCATAGCACCGAGGTGCCGATGGTGCCC
1 GAGGCTCCCGCACGACCA-AGCGCCTAGGTGCCGATGGTGCCC
* *
35905 GAGGCTACCGCACGACCAAGGGCCTAGGTTGCCGATGGTGCCC
1 GAGGCTCCCGCACGACCAAGCGCCTAGG-TGCCGATGGTGCCC
* * * *
35948 GAGGCTCCCGCAC-ATCGAAGCACCGAGGTGCCGATGGCGCCC
1 GAGGCTCCCGCACGA-CCAAGCGCCTAGGTGCCGATGGTGCCC
* * * * *
35990 GAGGCTCCTGCA-GTACCAAGGGCTTAGTTTGCCGATGGTGTCC
1 GAGGCTCCCGCACG-ACCAAGCGCCTAG-GTGCCGATGGTGCCC
* * * *
36033 GGGGCTCCTGCAC-ATCCTAGCACC-AGGTTGCCGATGGTGCCC
1 GAGGCTCCCGCACGA-CCAAGCGCCTAGG-TGCCGATGGTGCCC
*
36075 GAGGCTCCCGCACGACCAAGGGCCTA
1 GAGGCTCCCGCACGACCAAGCGCCTA
36101 TGCTACCGGA
Statistics
Matches: 798, Mismatches: 153, Indels: 92
0.77 0.15 0.09
Matches are distributed among these distances:
34 28 0.04
35 4 0.01
41 32 0.04
42 233 0.29
43 499 0.63
44 2 0.00
ACGTcount: A:0.18, C:0.34, G:0.32, T:0.16
Consensus pattern (42 bp):
GAGGCTCCCGCACGACCAAGCGCCTAGGTGCCGATGGTGCCC
Found at i:35131 original size:34 final size:34
Alignment explanation
Indices: 35083--35161 Score: 131
Period size: 34 Copynumber: 2.3 Consensus size: 34
35073 CATCCGAGCC
*
35083 ACCAAGGTGCCGATGGTGCCCGAGGCTCCCGCACG
1 ACCAAGG-GCCGATGGTGCCCGAGGCCCCCGCACG
*
35118 ACCAAGGGCCGATGGTGGCCGAGGCCCCCGCACG
1 ACCAAGGGCCGATGGTGCCCGAGGCCCCCGCACG
35152 ACCAAGGGCC
1 ACCAAGGGCC
35162 TATTTTACCG
Statistics
Matches: 42, Mismatches: 2, Indels: 1
0.93 0.04 0.02
Matches are distributed among these distances:
34 35 0.83
35 7 0.17
ACGTcount: A:0.19, C:0.38, G:0.35, T:0.08
Consensus pattern (34 bp):
ACCAAGGGCCGATGGTGCCCGAGGCCCCCGCACG
Found at i:35688 original size:299 final size:297
Alignment explanation
Indices: 35295--36029 Score: 1174
Period size: 299 Copynumber: 2.5 Consensus size: 297
35285 GGGCCTAGTT
* * ** * *
35295 TGCCGATGGTGTCCGAGGCTCCCGCAC-ATCCCAGCACCTAG-GGGCGATGGTCGCCGAGGCTCC
1 TGCCGATGGTGCCCGAGGCTCCCGCACGA-CCAAGGGCCTAGTTGCCGATGGT-GCCGAGGCTCC
35358 CGCACGACCAAGGGCCTATTTTGCCGATGGTGCCCGAGGCTCCCGCACGACCAAGGGCTTAGTTT
64 CGCACGACCAAGGGCCTATTTTGCCGATGGTGCCCGAGGCTCCCGCACGACCAAGGGCTTAGTTT
* *
35423 GCCGATGGTGCCCGAGCCTCTCGCACGACCAAGGGCCTAGGTTGTCGATGGTGCGCGAGGTTCTC
129 GCCGATGGTGCCCGAGCCTCTCGCACGACCAAGGGCCTAGGTTGCCGATGGTACGCGAGGTTCTC
*
35488 GGACATCCAAGCACCAAGGTGCCGATGGTGCTCGAGGCTCCCGCACGACCAAGGGCCTAGGTTGC
194 GCACATCCAAGCACCAAGGTGCCGATGGTGCTCGAGGCTCCCGCACGACCAAGGGCCTAGGTTGC
*
35553 CGACAGTGTCCGAGGCTCCCGCCCATCATAGCACCGAGG
259 CGACAGTGTCCGAGGCTCCCGCACATCATAGCACCGAGG
*
35592 TGCCGATGGTGGCCGAGGCTCCCGCACGACCAAGGGCCTAGTTTGCCGATGGTGTCCGAGGCTCC
1 TGCCGATGGTGCCCGAGGCTCCCGCACGACCAAGGGCCTAG-TTGCCGATGGTG-CCGAGGCTCC
*
35657 CGCACGACCAAGGGCCTATTTTGCCGATGGTGGCCGAGGCTCCCGCACGACCAAGGGCTTAGTTT
64 CGCACGACCAAGGGCCTATTTTGCCGATGGTGCCCGAGGCTCCCGCACGACCAAGGGCTTAGTTT
35722 GCCGATGGTGCCCGAGCCTCTCGCACGACCAAGGGCCTAGGTTGCCGATGGTACGCGAGGTTCTC
129 GCCGATGGTGCCCGAGCCTCTCGCACGACCAAGGGCCTAGGTTGCCGATGGTACGCGAGGTTCTC
35787 GCACATCCAAGCACCAAGGTGCCGATGGTGCTCGAGGCTCCCGCACGACCAAGGGCCTAGGTTGC
194 GCACATCCAAGCACCAAGGTGCCGATGGTGCTCGAGGCTCCCGCACGACCAAGGGCCTAGGTTGC
35852 CGACAGTGTCCGAGGCTCCCGCACATCATAGCACCGAGG
259 CGACAGTGTCCGAGGCTCCCGCACATCATAGCACCGAGG
*
35891 TGCCGATGGTGCCCGAGGCTACCGCACGACCAAGGGCCTAGGTTGCCGATGGTGCCCGAGGCTCC
1 TGCCGATGGTGCCCGAGGCTCCCGCACGACCAAGGGCCTA-GTTGCCGATGGTG-CCGAGGCTCC
* ** * ** * *
35956 CGCAC-ATCGAAGCACCGA-GGTGCCGATGGCGCCCGAGGCTCCTGCA-GTACCAAGGGCTTAGT
64 CGCACGA-CCAAGGGCCTATTTTGCCGATGGTGCCCGAGGCTCCCGCACG-ACCAAGGGCTTAGT
36018 TTGCCGATGGTG
127 TTGCCGATGGTG
36030 TCCGGGGCTC
Statistics
Matches: 408, Mismatches: 23, Indels: 13
0.92 0.05 0.03
Matches are distributed among these distances:
297 36 0.09
298 52 0.13
299 319 0.78
300 1 0.00
ACGTcount: A:0.18, C:0.33, G:0.33, T:0.17
Consensus pattern (297 bp):
TGCCGATGGTGCCCGAGGCTCCCGCACGACCAAGGGCCTAGTTGCCGATGGTGCCGAGGCTCCCG
CACGACCAAGGGCCTATTTTGCCGATGGTGCCCGAGGCTCCCGCACGACCAAGGGCTTAGTTTGC
CGATGGTGCCCGAGCCTCTCGCACGACCAAGGGCCTAGGTTGCCGATGGTACGCGAGGTTCTCGC
ACATCCAAGCACCAAGGTGCCGATGGTGCTCGAGGCTCCCGCACGACCAAGGGCCTAGGTTGCCG
ACAGTGTCCGAGGCTCCCGCACATCATAGCACCGAGG
Found at i:36093 original size:85 final size:86
Alignment explanation
Indices: 35125--36100 Score: 910
Period size: 85 Copynumber: 11.5 Consensus size: 86
35115 ACGACCAAGG
* * ** * * *
35125 GCCGATGGTGGCCGAGGCCCCCGCACGACCAAGGGCCTATTTTACCGATGGTGCCCGAGCCTCTC
1 GCCGATGGTGCCCGAGGCTCCCGCACGACCAAGGGCCTAGGTTGCCGATGGTGCCCGAGGCTCCC
* ***
35190 GCATGACCAAGGGTCTAGGTT
66 GCACGACCAAGCACCTAGGTT
* * ** * * *
35211 GCCGATGGTGCCCGAGGTTCCGGCAC-ATCCAAGCACCAAGG-TGTCGATGGTGCTCGAGGCTCC
1 GCCGATGGTGCCCGAGGCTCCCGCACGA-CCAAGGGCCTAGGTTGCCGATGGTGCCCGAGGCTCC
** *
35274 CGCACGACCAAGGGCCTAGTTT
65 CGCACGACCAAGCACCTAGGTT
* * ** *
35296 GCCGATGGTGTCCGAGGCTCCCGCAC-ATCCCAGCACCTAGG--GGCGATGGT-CGCCGAGGCTC
1 GCCGATGGTGCCCGAGGCTCCCGCACGA-CCAAGGGCCTAGGTTGCCGATGGTGC-CCGAGGCTC
** **
35357 CCGCACGACCAAGGGCCTATTTT
64 CCGCACGACCAAGCACCTAGGTT
* * * *
35380 GCCGATGGTGCCCGAGGCTCCCGCACGACCAAGGGCTTAGTTTGCCGATGGTGCCCGAGCCTCTC
1 GCCGATGGTGCCCGAGGCTCCCGCACGACCAAGGGCCTAGGTTGCCGATGGTGCCCGAGGCTCCC
**
35445 GCACGACCAAGGGCCTAGGTT
66 GCACGACCAAGCACCTAGGTT
* * * * * ** * *
35466 GTCGATGGTGCGCGAGGTTCTCGGAC-ATCCAAGCACCAAGG-TGCCGATGGTGCTCGAGGCTCC
1 GCCGATGGTGCCCGAGGCTCCCGCACGA-CCAAGGGCCTAGGTTGCCGATGGTGCCCGAGGCTCC
**
35529 CGCACGACCAAGGGCCTAGGTT
65 CGCACGACCAAGCACCTAGGTT
** * * * ** * *
35551 GCCGACAGTGTCCGAGGCTCCCGC-CCATCATAGCACCGAGG-TGCCGATGGTGGCCGAGGCTCC
1 GCCGATGGTGCCCGAGGCTCCCGCACGACCA-AGGGCCTAGGTTGCCGATGGTGCCCGAGGCTCC
** *
35614 CGCACGACCAAGGGCCTAGTTT
65 CGCACGACCAAGCACCTAGGTT
* ** *
35636 GCCGATGGTGTCCGAGGCTCCCGCACGACCAAGGGCCTATTTTGCCGATGGTGGCCGAGGCTCCC
1 GCCGATGGTGCCCGAGGCTCCCGCACGACCAAGGGCCTAGGTTGCCGATGGTGCCCGAGGCTCCC
** * *
35701 GCACGACCAAGGGCTTAGTTT
66 GCACGACCAAGCACCTAGGTT
* * * * * *
35722 GCCGATGGTGCCCGAGCCTCTCGCACGACCAAGGGCCTAGGTTGCCGATGGTACGCGAGGTTCTC
1 GCCGATGGTGCCCGAGGCTCCCGCACGACCAAGGGCCTAGGTTGCCGATGGTGCCCGAGGCTCCC
*
35787 GCAC-ATCCAAGCACCAAGG-T
66 GCACGA-CCAAGCACCTAGGTT
* ** *
35807 GCCGATGGTGCTCGAGGCTCCCGCACGACCAAGGGCCTAGGTTGCCGACAGTGTCCGAGGCTCCC
1 GCCGATGGTGCCCGAGGCTCCCGCACGACCAAGGGCCTAGGTTGCCGATGGTGCCCGAGGCTCCC
* *
35872 GCAC-ATCATAGCACCGAGG-T
66 GCACGACCA-AGCACCTAGGTT
*
35892 GCCGATGGTGCCCGAGGCTACCGCACGACCAAGGGCCTAGGTTGCCGATGGTGCCCGAGGCTCCC
1 GCCGATGGTGCCCGAGGCTCCCGCACGACCAAGGGCCTAGGTTGCCGATGGTGCCCGAGGCTCCC
* *
35957 GCAC-ATCGAAGCACCGAGG-T
66 GCACGA-CCAAGCACCTAGGTT
* * * * * *
35977 GCCGATGGCGCCCGAGGCTCCTGCA-GTACCAAGGGCTTAGTTTGCCGATGGTGTCCGGGGCTCC
1 GCCGATGGTGCCCGAGGCTCCCGCACG-ACCAAGGGCCTAGGTTGCCGATGGTGCCCGAGGCTCC
* *
36041 TGCAC-ATCCTAGCACC-AGGTT
65 CGCACGA-CCAAGCACCTAGGTT
36062 GCCGATGGTGCCCGAGGCTCCCGCACGACCAAGGGCCTA
1 GCCGATGGTGCCCGAGGCTCCCGCACGACCAAGGGCCTA
36101 TGCTACCGGA
Statistics
Matches: 754, Mismatches: 119, Indels: 35
0.83 0.13 0.04
Matches are distributed among these distances:
83 1 0.00
84 80 0.11
85 461 0.61
86 211 0.28
87 1 0.00
ACGTcount: A:0.18, C:0.33, G:0.32, T:0.17
Consensus pattern (86 bp):
GCCGATGGTGCCCGAGGCTCCCGCACGACCAAGGGCCTAGGTTGCCGATGGTGCCCGAGGCTCCC
GCACGACCAAGCACCTAGGTT
Found at i:36181 original size:24 final size:24
Alignment explanation
Indices: 36105--36183 Score: 106
Period size: 24 Copynumber: 3.3 Consensus size: 24
36095 GGCCTATGCT
* *
36105 ACCGGAACGGTTCACCGGAGCACC
1 ACCGGGACGGTTCGCCGGAGCACC
36129 GA-CGGGACGGTTCGCCGGAGCACC
1 -ACCGGGACGGTTCGCCGGAGCACC
* *
36153 GCCGGGACGGATCGCCGGAGCACC
1 ACCGGGACGGTTCGCCGGAGCACC
36177 ACCGGGA
1 ACCGGGA
36184 ACCTAACCGG
Statistics
Matches: 48, Mismatches: 5, Indels: 3
0.86 0.09 0.05
Matches are distributed among these distances:
24 47 0.98
25 1 0.02
ACGTcount: A:0.20, C:0.35, G:0.38, T:0.06
Consensus pattern (24 bp):
ACCGGGACGGTTCGCCGGAGCACC
Found at i:36457 original size:29 final size:29
Alignment explanation
Indices: 36424--36480 Score: 114
Period size: 29 Copynumber: 2.0 Consensus size: 29
36414 CATGCACCAA
36424 GGTGCCGATGGTGCTCGAGGCTCCCGCAG
1 GGTGCCGATGGTGCTCGAGGCTCCCGCAG
36453 GGTGCCGATGGTGCTCGAGGCTCCCGCA
1 GGTGCCGATGGTGCTCGAGGCTCCCGCA
36481 CATCATAGCA
Statistics
Matches: 28, Mismatches: 0, Indels: 0
1.00 0.00 0.00
Matches are distributed among these distances:
29 28 1.00
ACGTcount: A:0.11, C:0.32, G:0.40, T:0.18
Consensus pattern (29 bp):
GGTGCCGATGGTGCTCGAGGCTCCCGCAG
Found at i:36598 original size:84 final size:85
Alignment explanation
Indices: 36455--36668 Score: 231
Period size: 84 Copynumber: 2.5 Consensus size: 85
36445 TCCCGCAGGG
*
36455 TGCCGATGGTGCTCGAGGCTCCCGCACATCATAGCACCGAGGTGCCGATGGTCTCCGAGGCTCCC
1 TGCCGATGGTGCTCGAGGCTCCCGCACATCATAGCACCAAGGTGCCGATGGTCTCCGAGGCTCCC
36520 -CACAACCAAGGGCCTAGTT
66 GCACAACCAAGGGCCTAGTT
* *
36539 TGCCGGTGGTG-TCCGATGCTCCCGCACATCCAT-GCACCAAGGTGCCGATGGTGCT-CGAGGCT
1 TGCCGATGGTGCT-CGAGGCTCCCGCACAT-CATAGCACCAAGGTGCCGATGGT-CTCCGAGGCT
* *** * *
36601 CCCGCACATCCAAGCATCAAGGT
63 CCCGCACAACCAAGGGCCTAGTT
* * **
36624 TACCGATGGTGGCT-GAGGCTCCCACACATCCGAGCCACCAAGGTG
1 TGCCGATGGT-GCTCGAGGCTCCCGCACATCATAG-CACCAAGGTG
36669 ATGGAGGCTC
Statistics
Matches: 107, Mismatches: 15, Indels: 14
0.79 0.11 0.10
Matches are distributed among these distances:
83 1 0.01
84 54 0.50
85 40 0.37
86 11 0.10
87 1 0.01
ACGTcount: A:0.20, C:0.34, G:0.29, T:0.18
Consensus pattern (85 bp):
TGCCGATGGTGCTCGAGGCTCCCGCACATCATAGCACCAAGGTGCCGATGGTCTCCGAGGCTCCC
GCACAACCAAGGGCCTAGTT
Found at i:36644 original size:43 final size:42
Alignment explanation
Indices: 36457--36667 Score: 189
Period size: 42 Copynumber: 5.0 Consensus size: 42
36447 CCGCAGGGTG
* *
36457 CCGATGGTGCTCGAGGCTCCCGCACAT-CATAGCACCGAGGTG
1 CCGATGGTGCTCGAGGCTCCCGCACATCCA-AGCACCAAGGTA
* ** * * *
36499 CCGATGGT-CTCCGAGGCTCCC-CACAACCAAGGGCCTAGTTTG
1 CCGATGGTGCT-CGAGGCTCCCGCACATCCAAGCACCAAG-GTA
* * * *
36541 CCGGTGGTG-TCCGATGCTCCCGCACATCCATGCACCAAGGTG
1 CCGATGGTGCT-CGAGGCTCCCGCACATCCAAGCACCAAGGTA
*
36583 CCGATGGTGCTCGAGGCTCCCGCACATCCAAGCATCAAGGTTA
1 CCGATGGTGCTCGAGGCTCCCGCACATCCAAGCACCAAGG-TA
* *
36626 CCGATGGTGGCT-GAGGCTCCCACACATCCGAGCCACCAAGGT
1 CCGATGGT-GCTCGAGGCTCCCGCACATCCAAG-CACCAAGGT
36668 GATGGAGGCT
Statistics
Matches: 139, Mismatches: 21, Indels: 17
0.79 0.12 0.10
Matches are distributed among these distances:
41 12 0.09
42 76 0.55
43 41 0.29
44 10 0.07
ACGTcount: A:0.20, C:0.35, G:0.28, T:0.18
Consensus pattern (42 bp):
CCGATGGTGCTCGAGGCTCCCGCACATCCAAGCACCAAGGTA
Found at i:44640 original size:43 final size:43
Alignment explanation
Indices: 44570--44662 Score: 143
Period size: 42 Copynumber: 2.2 Consensus size: 43
44560 TCTTCTTTAG
*
44570 CCCGCACATCCCAGGCACCAAGGTGCCGATGGGTGCCCGAGGCT
1 CCCGCACATCCCAAGCACCAAGGTGCCGAT-GGTGCCCGAGGCT
* *
44614 CCCGCACAT-CCAAGCACCAAGTTGCCGATGGTGTCCGAGGCT
1 CCCGCACATCCCAAGCACCAAGGTGCCGATGGTGCCCGAGGCT
44656 CCCGCAC
1 CCCGCAC
44663 CTCCTAGCCA
Statistics
Matches: 46, Mismatches: 3, Indels: 2
0.90 0.06 0.04
Matches are distributed among these distances:
42 19 0.41
43 18 0.39
44 9 0.20
ACGTcount: A:0.19, C:0.40, G:0.28, T:0.13
Consensus pattern (43 bp):
CCCGCACATCCCAAGCACCAAGGTGCCGATGGTGCCCGAGGCT
Found at i:44684 original size:25 final size:25
Alignment explanation
Indices: 44650--44698 Score: 80
Period size: 25 Copynumber: 2.0 Consensus size: 25
44640 GATGGTGTCC
* *
44650 GAGGCTCCCGCACCTCCTAGCCACT
1 GAGGCTCCCGCACATCCGAGCCACT
44675 GAGGCTCCCGCACATCCGAGCCAC
1 GAGGCTCCCGCACATCCGAGCCAC
44699 CAAGGTGCCG
Statistics
Matches: 22, Mismatches: 2, Indels: 0
0.92 0.08 0.00
Matches are distributed among these distances:
25 22 1.00
ACGTcount: A:0.18, C:0.47, G:0.22, T:0.12
Consensus pattern (25 bp):
GAGGCTCCCGCACATCCGAGCCACT
Found at i:44723 original size:43 final size:41
Alignment explanation
Indices: 44675--45712 Score: 750
Period size: 43 Copynumber: 24.6 Consensus size: 41
44665 CCTAGCCACT
* * *
44675 GAGGCTCCCGCACATCCGAGCCACCAAGGTGCCGATGGTGCCC
1 GAGGCTCCCGCACA-CCAAG-CGCCTAGGTGCCGATGGTGCCC
*
44718 GAGGCTCCCGCACGACC-A------AGG-GCCGATGGTGGCC
1 GAGGCTCCCGCAC-ACCAAGCGCCTAGGTGCCGATGGTGCCC
* * ** *
44752 GAGGCCCCCGCACGACCAAGGGCCTATTTTACCGATGGTGCCC
1 GAGGCTCCCGCAC-ACCAAGCGCCTA-GGTGCCGATGGTGCCC
* * * * *
44795 GAGCCTCTCGCATGACCAAGGGTCTAGGTTGCCGATGGTGCCC
1 GAGGCTCCCGCA-CACCAAGCGCCTAGG-TGCCGATGGTGCCC
* * * * * *
44838 GAGGTTCCGGCACATCCAAGCACCAAGGTGTCGATGGTGCTC
1 GAGGCTCCCGCACA-CCAAGCGCCTAGGTGCCGATGGTGCCC
* * *
44880 GAGGCTCCCGCACGACCAAGGGCCTAGTTTGCCGATGGTGTCC
1 GAGGCTCCCGCAC-ACCAAGCGCCTAG-GTGCCGATGGTGCCC
* * *
44923 GAGGCTCCCGCACATCCCAGCACCTAGG-GGCGATGGT-CGCC
1 GAGGCTCCCGCACA-CCAAGCGCCTAGGTGCCGATGGTGC-CC
* **
44964 GAGGCTCCCGCACGACCAAGGGCCTATTTTGCCGATGGTGCCC
1 GAGGCTCCCGCAC-ACCAAGCGCCTA-GGTGCCGATGGTGCCC
* * *
45007 GAGGCTCCCGCACGACCAAGGGCTTAGTTTGCCGATGGTGCCC
1 GAGGCTCCCGCAC-ACCAAGCGCCTAG-GTGCCGATGGTGCCC
* * * * *
45050 GAGCCTCTCGCACGACCAAGGGCCTAGGTTGTCGATGGTGCGC
1 GAGGCTCCCGCAC-ACCAAGCGCCTAGG-TGCCGATGGTGCCC
* * * * * *
45093 GAGGTTCTCGGACATCCAAGCACCAAGGTGCCGATGGTGCTC
1 GAGGCTCCCGCACA-CCAAGCGCCTAGGTGCCGATGGTGCCC
* * ** *
45135 GAGGCTCCCGCACGCCAAGGGCCTAGGTTGCCGACAGTGTCC
1 GAGGCTCCCGCACACCAAGCGCCTAGG-TGCCGATGGTGCCC
* * * * *
45177 GAGGCTCCCGCCCATCATAGCACCGAGGTGCCGATGGTGGCC
1 GAGGCTCCCGCACACCA-AGCGCCTAGGTGCCGATGGTGCCC
* * *
45219 GAGGCTCCCGCACGACCAAGGGCCTAGTTTGCCGATGGTGTCC
1 GAGGCTCCCGCAC-ACCAAGCGCCTAG-GTGCCGATGGTGCCC
* ** *
45262 GAGGCTCCCGCACGACCAAGGGCCTATTTTGCCGATGGTGGCC
1 GAGGCTCCCGCAC-ACCAAGCGCCTA-GGTGCCGATGGTGCCC
* * *
45305 GAGGCTCCCGCACGACCAAGGGCTTAGTTTGCCGATGGTGCCC
1 GAGGCTCCCGCAC-ACCAAGCGCCTAG-GTGCCGATGGTGCCC
* * * * *
45348 GAGCCTCTCGCACGACCAAGGGCCTAGGTTGCCGATGGTACGC
1 GAGGCTCCCGCAC-ACCAAGCGCCTAGG-TGCCGATGGTGCCC
* * * * *
45391 GAGGTTCTCGCACATCCAAGCACCAAGGTGCCGATGGTGCTC
1 GAGGCTCCCGCACA-CCAAGCGCCTAGGTGCCGATGGTGCCC
* ** *
45433 GAGGCTCCCGCACGACCAAGGGCCTAGGTTGCCGACAGTGTCC
1 GAGGCTCCCGCAC-ACCAAGCGCCTAGG-TGCCGATGGTGCCC
* * *
45476 GAGGCTCCCGCACATCATAGCACCGAGGTGCCGATGGTGCCC
1 GAGGCTCCCGCACACCA-AGCGCCTAGGTGCCGATGGTGCCC
* *
45518 GAGGCTACCGCACGACCAAGGGCCTAGGTTGCCGATGGTGCCC
1 GAGGCTCCCGCAC-ACCAAGCGCCTAGG-TGCCGATGGTGCCC
* * * *
45561 GAGGCTCCCGCACATCGAAGCACCGAGGTGCCGATGGCGCCC
1 GAGGCTCCCGCACA-CCAAGCGCCTAGGTGCCGATGGTGCCC
* * * * * *
45603 GAGGCTCCAG-AGTACCAAGGGCTTAGTTTGCCGATGGTGTCC
1 GAGGCTCCCGCA-CACCAAGCGCCTAG-GTGCCGATGGTGCCC
* * * *
45645 GGGGCTCCTGCACATCCTAGCACC-AGGTTGCCGATGGTGCCC
1 GAGGCTCCCGCACA-CCAAGCGCCTAGG-TGCCGATGGTGCCC
*
45687 GAGGCTCCCGCACGACCAAGGGCCTA
1 GAGGCTCCCGCAC-ACCAAGCGCCTA
45713 TGCTACCGGA
Statistics
Matches: 792, Mismatches: 158, Indels: 90
0.76 0.15 0.09
Matches are distributed among these distances:
34 28 0.04
35 4 0.01
41 50 0.06
42 256 0.32
43 452 0.57
44 2 0.00
ACGTcount: A:0.18, C:0.34, G:0.32, T:0.16
Consensus pattern (41 bp):
GAGGCTCCCGCACACCAAGCGCCTAGGTGCCGATGGTGCCC
Found at i:44745 original size:34 final size:34
Alignment explanation
Indices: 44697--44775 Score: 131
Period size: 34 Copynumber: 2.3 Consensus size: 34
44687 CATCCGAGCC
*
44697 ACCAAGGTGCCGATGGTGCCCGAGGCTCCCGCACG
1 ACCAAGG-GCCGATGGTGCCCGAGGCCCCCGCACG
*
44732 ACCAAGGGCCGATGGTGGCCGAGGCCCCCGCACG
1 ACCAAGGGCCGATGGTGCCCGAGGCCCCCGCACG
44766 ACCAAGGGCC
1 ACCAAGGGCC
44776 TATTTTACCG
Statistics
Matches: 42, Mismatches: 2, Indels: 1
0.93 0.04 0.02
Matches are distributed among these distances:
34 35 0.83
35 7 0.17
ACGTcount: A:0.19, C:0.38, G:0.35, T:0.08
Consensus pattern (34 bp):
ACCAAGGGCCGATGGTGCCCGAGGCCCCCGCACG
Found at i:45214 original size:255 final size:253
Alignment explanation
Indices: 44675--45573 Score: 1036
Period size: 255 Copynumber: 3.5 Consensus size: 253
44665 CCTAGCCACT
* *
44675 GAGGCTCCCGCACATCCGAGCCACCAAGGTGCCGATGGTGCCCGAGGCTCCCGCACGACCAA-GG
1 GAGGCTCCCGCACAT-CAAG-CACCTAGGTGCCGATGGTGCCCGAGGCTCCCGCACGACCAAGGG
* * * *
44739 -------GCCGATGGTGGCCGAGGCCCCCGCACGACCAAGGGCCTATTTTACCGATGGTGCCCGA
64 CCTATTTGCCGATGGTGCCCGAGGCTCCCGCACGACCAAGGGCCTAGTTTGCCGATGGTGCCCGA
* * *
44797 GCCTCTCGCATGACCAAGGGTCTAGGTTGCCGATGGTGCCCGAGGTTC-CGGCACATCCAAGCAC
129 GCCTCCCGCACGACCAAGGGCCTAGGTTGCCGATGGTGCCCGAGGTTCTCGG-ACATCCAAGCAC
* *
44861 CAAGGTGTCGATGGTGCTCGAGGCTCCCGCACGACCAAGGGCCTAGTTTGCCGATGGTGTCC
193 CAAGGTGCCGATGGTGCTCGAGGCTCCCGCACG-CCAAGGGCCTAGGTTGCCGATGGTGTCC
* *
44923 GAGGCTCCCGCACATCCCAGCACCTAGG-GGCGATGGT-CGCCGAGGCTCCCGCACGACCAAGGG
1 GAGGCTCCCGCACAT-CAAGCACCTAGGTGCCGATGGTGC-CCGAGGCTCCCGCACGACCAAGGG
*
44986 CCTATTTTGCCGATGGTGCCCGAGGCTCCCGCACGACCAAGGGCTTAGTTTGCCGATGGTGCCCG
64 CCTA-TTTGCCGATGGTGCCCGAGGCTCCCGCACGACCAAGGGCCTAGTTTGCCGATGGTGCCCG
* * *
45051 AGCCTCTCGCACGACCAAGGGCCTAGGTTGTCGATGGTGCGCGAGGTTCTCGGACATCCAAGCAC
128 AGCCTCCCGCACGACCAAGGGCCTAGGTTGCCGATGGTGCCCGAGGTTCTCGGACATCCAAGCAC
**
45116 CAAGGTGCCGATGGTGCTCGAGGCTCCCGCACGCCAAGGGCCTAGGTTGCCGACAGTGTCC
193 CAAGGTGCCGATGGTGCTCGAGGCTCCCGCACGCCAAGGGCCTAGGTTGCCGATGGTGTCC
* * *
45177 GAGGCTCCCGCCCATCATAGCACCGAGGTGCCGATGGTGGCCGAGGCTCCCGCACGACCAAGGGC
1 GAGGCTCCCGCACATCA-AGCACCTAGGTGCCGATGGTGCCCGAGGCTCCCGCACGACCAAGGGC
* * *
45242 CTAGTTTGCCGATGGTGTCCGAGGCTCCCGCACGACCAAGGGCCTATTTTGCCGATGGTGGCCGA
65 CTA-TTTGCCGATGGTGCCCGAGGCTCCCGCACGACCAAGGGCCTAGTTTGCCGATGGTGCCCGA
* * * ** * **
45307 GGCTCCCGCACGACCAAGGGCTTAGTTTGCCGATGGTGCCCGAGCCTCTCGCACGA-CCAAGGGC
129 GCCTCCCGCACGACCAAGGGCCTAGGTTGCCGATGGTGCCCGAGGTTCTCGGAC-ATCCAAGCAC
* * * * * * ** *
45371 CTAGGTTGCCGATGGTACGCGAGGTTCTCGCACATCCAAGCACCAAGG-TGCCGATGGTG-CTC
193 CAAGG-TGCCGATGGTGCTCGAGGCTCCCGCAC-GCCAAGGGCCTAGGTTGCCGATGGTGTC-C
* ** ** * * *
45433 GAGGCTCCCGCACGACCAAGGGCCTAGGTTGCCGACAGTGTCCGAGGCTCCCGCAC-ATCATAGC
1 GAGGCTCCCGCAC-ATCAAGCACCTAGG-TGCCGATGGTGCCCGAGGCTCCCGCACGACCA-AGG
* * ** * *
45497 ACCGAGGTGCCGATGGTGCCCGAGGCTACCGCACGACCAAGGGCCTAGGTTGCCGATGGTGCCCG
63 GCCTATTTGCCGATGGTGCCCGAGGCTCCCGCACGACCAAGGGCCTAGTTTGCCGATGGTGCCCG
*
45562 AGGCTCCCGCAC
128 AGCCTCCCGCAC
45574 ATCGAAGCAC
Statistics
Matches: 563, Mismatches: 67, Indels: 34
0.85 0.10 0.05
Matches are distributed among these distances:
245 1 0.00
246 29 0.05
247 9 0.02
248 19 0.03
253 1 0.00
254 48 0.09
255 290 0.52
256 124 0.22
257 42 0.07
ACGTcount: A:0.18, C:0.34, G:0.32, T:0.16
Consensus pattern (253 bp):
GAGGCTCCCGCACATCAAGCACCTAGGTGCCGATGGTGCCCGAGGCTCCCGCACGACCAAGGGCC
TATTTGCCGATGGTGCCCGAGGCTCCCGCACGACCAAGGGCCTAGTTTGCCGATGGTGCCCGAGC
CTCCCGCACGACCAAGGGCCTAGGTTGCCGATGGTGCCCGAGGTTCTCGGACATCCAAGCACCAA
GGTGCCGATGGTGCTCGAGGCTCCCGCACGCCAAGGGCCTAGGTTGCCGATGGTGTCC
Found at i:45266 original size:298 final size:297
Alignment explanation
Indices: 44909--45641 Score: 1156
Period size: 298 Copynumber: 2.5 Consensus size: 297
44899 GGGCCTAGTT
* * ** * *
44909 TGCCGATGGTGTCCGAGGCTCCCGCAC-ATCCCAGCACCTAG-GGGCGATGGTCGCCGAGGCTCC
1 TGCCGATGGTGCCCGAGGCTCCCGCACGA-CCAAGGGCCTAGTTGCCGATGGT-GCCGAGGCTCC
44972 CGCACGACCAAGGGCCTATTTTGCCGATGGTGCCCGAGGCTCCCGCACGACCAAGGGCTTAGTTT
64 CGCACGACCAAGGGCCTATTTTGCCGATGGTGCCCGAGGCTCCCGCACGACCAAGGGCTTAGTTT
* *
45037 GCCGATGGTGCCCGAGCCTCTCGCACGACCAAGGGCCTAGGTTGTCGATGGTGCGCGAGGTTCTC
129 GCCGATGGTGCCCGAGCCTCTCGCACGACCAAGGGCCTAGGTTGCCGATGGTACGCGAGGTTCTC
*
45102 GGACATCCAAGCACCAAGGTGCCGATGGTGCTCGAGGCTCCCGCACG-CCAAGGGCCTAGGTTGC
194 GCACATCCAAGCACCAAGGTGCCGATGGTGCTCGAGGCTCCCGCACGACCAAGGGCCTAGGTTGC
*
45166 CGACAGTGTCCGAGGCTCCCGCCCATCATAGCACCGAGG
259 CGACAGTGTCCGAGGCTCCCGCACATCATAGCACCGAGG
*
45205 TGCCGATGGTGGCCGAGGCTCCCGCACGACCAAGGGCCTAGTTTGCCGATGGTGTCCGAGGCTCC
1 TGCCGATGGTGCCCGAGGCTCCCGCACGACCAAGGGCCTAG-TTGCCGATGGTG-CCGAGGCTCC
*
45270 CGCACGACCAAGGGCCTATTTTGCCGATGGTGGCCGAGGCTCCCGCACGACCAAGGGCTTAGTTT
64 CGCACGACCAAGGGCCTATTTTGCCGATGGTGCCCGAGGCTCCCGCACGACCAAGGGCTTAGTTT
45335 GCCGATGGTGCCCGAGCCTCTCGCACGACCAAGGGCCTAGGTTGCCGATGGTACGCGAGGTTCTC
129 GCCGATGGTGCCCGAGCCTCTCGCACGACCAAGGGCCTAGGTTGCCGATGGTACGCGAGGTTCTC
45400 GCACATCCAAGCACCAAGGTGCCGATGGTGCTCGAGGCTCCCGCACGACCAAGGGCCTAGGTTGC
194 GCACATCCAAGCACCAAGGTGCCGATGGTGCTCGAGGCTCCCGCACGACCAAGGGCCTAGGTTGC
45465 CGACAGTGTCCGAGGCTCCCGCACATCATAGCACCGAGG
259 CGACAGTGTCCGAGGCTCCCGCACATCATAGCACCGAGG
*
45504 TGCCGATGGTGCCCGAGGCTACCGCACGACCAAGGGCCTAGGTTGCCGATGGTGCCCGAGGCTCC
1 TGCCGATGGTGCCCGAGGCTCCCGCACGACCAAGGGCCTA-GTTGCCGATGGTG-CCGAGGCTCC
* ** * ** * *
45569 CGCAC-ATCGAAGCACCGA-GGTGCCGATGGCGCCCGAGGCTCCAG-A-GTACCAAGGGCTTAGT
64 CGCACGA-CCAAGGGCCTATTTTGCCGATGGTGCCCGAGGCTCCCGCACG-ACCAAGGGCTTAGT
45630 TTGCCGATGGTG
127 TTGCCGATGGTG
45642 TCCGGGGCTC
Statistics
Matches: 406, Mismatches: 23, Indels: 15
0.91 0.05 0.03
Matches are distributed among these distances:
296 36 0.09
297 29 0.07
298 213 0.52
299 127 0.31
300 1 0.00
ACGTcount: A:0.18, C:0.33, G:0.33, T:0.17
Consensus pattern (297 bp):
TGCCGATGGTGCCCGAGGCTCCCGCACGACCAAGGGCCTAGTTGCCGATGGTGCCGAGGCTCCCG
CACGACCAAGGGCCTATTTTGCCGATGGTGCCCGAGGCTCCCGCACGACCAAGGGCTTAGTTTGC
CGATGGTGCCCGAGCCTCTCGCACGACCAAGGGCCTAGGTTGCCGATGGTACGCGAGGTTCTCGC
ACATCCAAGCACCAAGGTGCCGATGGTGCTCGAGGCTCCCGCACGACCAAGGGCCTAGGTTGCCG
ACAGTGTCCGAGGCTCCCGCACATCATAGCACCGAGG
Found at i:45459 original size:85 final size:84
Alignment explanation
Indices: 44739--45712 Score: 696
Period size: 85 Copynumber: 11.5 Consensus size: 84
44729 ACGACCAAGG
* * ** * * * *
44739 GCCGATGGTGGCCGAGGCCCCCGCACGACCAAGGGCCTATTTTACCGATGGTGCCCGAGCCTCTC
1 GCCGATGGTGCCCGAGGCTCCCGCACGACCAAGGGCCTAGGTTGCCGATGGT-CGCGAGGCTCCC
* ***
44804 GCATGA-CCAAGGGTCTAGGTT
65 GCA-CATCCAAGCACCTAGG-T
* * ** * * *
44825 GCCGATGGTGCCCGAGGTTCCGGCAC-ATCCAAGCACCAAGG-TGTCGATGGTGCTCGAGGCTCC
1 GCCGATGGTGCCCGAGGCTCCCGCACGA-CCAAGGGCCTAGGTTGCCGATGGT-CGCGAGGCTCC
** *
44888 CGCACGA-CCAAGGGCCTAGTTT
64 CGCAC-ATCCAAGCACCTAG-GT
* * ** *
44910 GCCGATGGTGTCCGAGGCTCCCGCAC-ATCCCAGCACCTAGG--GGCGATGGTCGCCGAGGCTCC
1 GCCGATGGTGCCCGAGGCTCCCGCACGA-CCAAGGGCCTAGGTTGCCGATGGTCG-CGAGGCTCC
** **
44972 CGCACGA-CCAAGGGCCTATTTT
64 CGCAC-ATCCAAGCACCTA-GGT
* * * * *
44994 GCCGATGGTGCCCGAGGCTCCCGCACGACCAAGGGCTTAGTTTGCCGATGGTGCCCGAGCCTCTC
1 GCCGATGGTGCCCGAGGCTCCCGCACGACCAAGGGCCTAGGTTGCCGATGGT-CGCGAGGCTCCC
**
45059 GCACGA-CCAAGGGCCTAGGTT
65 GCAC-ATCCAAGCACCTAGG-T
* * * * * ** * *
45080 GTCGATGGTGCGCGAGGTTCTCGGAC-ATCCAAGCACCAAGG-TGCCGATGGTGCTCGAGGCTCC
1 GCCGATGGTGCCCGAGGCTCCCGCACGA-CCAAGGGCCTAGGTTGCCGATGGT-CGCGAGGCTCC
* **
45143 CGCAC-GCCAAGGGCCTAGGTT
64 CGCACATCCAAGCACCTAGG-T
** * * * ** * *
45164 GCCGACAGTGTCCGAGGCTCCCGC-CCATCATAGCACCGAGG-TGCCGATGGTGGCCGAGGCTCC
1 GCCGATGGTGCCCGAGGCTCCCGCACGACCA-AGGGCCTAGGTTGCCGATGGTCG-CGAGGCTCC
** *
45227 CGCACGA-CCAAGGGCCTAGTTT
64 CGCAC-ATCCAAGCACCTAG-GT
* ** *
45249 GCCGATGGTGTCCGAGGCTCCCGCACGACCAAGGGCCTATTTTGCCGATGGTGGCCGAGGCTCCC
1 GCCGATGGTGCCCGAGGCTCCCGCACGACCAAGGGCCTAGGTTGCCGATGGTCG-CGAGGCTCCC
** * *
45314 GCACGA-CCAAGGGCTTAGTTT
65 GCAC-ATCCAAGCACCTAG-GT
* * * *
45335 GCCGATGGTGCCCGAGCCTCTCGCACGACCAAGGGCCTAGGTTGCCGATGGTACGCGAGGTTCTC
1 GCCGATGGTGCCCGAGGCTCCCGCACGACCAAGGGCCTAGGTTGCCGATGGT-CGCGAGGCTCCC
*
45400 GCACATCCAAGCACCAAGGT
65 GCACATCCAAGCACCTAGGT
* *
45420 GCCGATGGTGCTCGAGGCTCCCGCACGACCAAGGGCCTAGGTTGCCGACAGTGTC-CGAGGCTCC
1 GCCGATGGTGCCCGAGGCTCCCGCACGACCAAGGGCCTAGGTTGCCGA-TG-GTCGCGAGGCTCC
*
45484 CGCACAT-CATAGCACCGAGGT
64 CGCACATCCA-AGCACCTAGGT
* *
45505 GCCGATGGTGCCCGAGGCTACCGCACGACCAAGGGCCTAGGTTGCCGATGGTGCCCGAGGCTCCC
1 GCCGATGGTGCCCGAGGCTCCCGCACGACCAAGGGCCTAGGTTGCCGATGGT-CGCGAGGCTCCC
* *
45570 GCACATCGAAGCACCGAGGT
65 GCACATCCAAGCACCTAGGT
* * * * *
45590 GCCGATGGCGCCCGAGGCTCCAG-A-GTACCAAGGGCTTAGTTTGCCGATGGT-GTCCGGGGCTC
1 GCCGATGGTGCCCGAGGCTCCCGCACG-ACCAAGGGCCTAGGTTGCCGATGGTCG--CGAGGCTC
* *
45652 CTGCACATCCTAGCACC-AGGTT
63 CCGCACATCCAAGCACCTAGG-T
45674 GCCGATGGTGCCCGAGGCTCCCGCACGACCAAGGGCCTA
1 GCCGATGGTGCCCGAGGCTCCCGCACGACCAAGGGCCTA
45713 TGCTACCGGA
Statistics
Matches: 744, Mismatches: 110, Indels: 69
0.81 0.12 0.07
Matches are distributed among these distances:
83 10 0.01
84 206 0.28
85 313 0.42
86 211 0.28
87 4 0.01
ACGTcount: A:0.18, C:0.33, G:0.32, T:0.17
Consensus pattern (84 bp):
GCCGATGGTGCCCGAGGCTCCCGCACGACCAAGGGCCTAGGTTGCCGATGGTCGCGAGGCTCCCG
CACATCCAAGCACCTAGGT
Found at i:45793 original size:24 final size:24
Alignment explanation
Indices: 45717--45795 Score: 106
Period size: 24 Copynumber: 3.3 Consensus size: 24
45707 GGCCTATGCT
* *
45717 ACCGGAACGGTTCACCGGAGCACC
1 ACCGGGACGGTTCGCCGGAGCACC
45741 GA-CGGGACGGTTCGCCGGAGCACC
1 -ACCGGGACGGTTCGCCGGAGCACC
* *
45765 GCCGGGACGGATCGCCGGAGCACC
1 ACCGGGACGGTTCGCCGGAGCACC
45789 ACCGGGA
1 ACCGGGA
45796 ACCTAACCGG
Statistics
Matches: 48, Mismatches: 5, Indels: 3
0.86 0.09 0.05
Matches are distributed among these distances:
24 47 0.98
25 1 0.02
ACGTcount: A:0.20, C:0.35, G:0.38, T:0.06
Consensus pattern (24 bp):
ACCGGGACGGTTCGCCGGAGCACC
Found at i:46058 original size:42 final size:42
Alignment explanation
Indices: 46003--46252 Score: 269
Period size: 42 Copynumber: 5.9 Consensus size: 42
45993 ACTTTAGCTT
46003 TGGTGCT-GAAGGCTCCCGCACATCCAAGCACCAAGGTGCCGA
1 TGGTGCTCG-AGGCTCCCGCACATCCAAGCACCAAGGTGCCGA
*
46045 TGGTGCTCGAGGCTCCCGCACAT-CATAGCACCGAGGTGCCGA
1 TGGTGCTCGAGGCTCCCGCACATCCA-AGCACCAAGGTGCCGA
* ** * * *
46087 TGGT-CTCCGAGGCTCCC-CACAACCAAGGGCCTAGTTTGCCGG
1 TGGTGCT-CGAGGCTCCCGCACATCCAAGCACCAAG-GTGCCGA
* *
46129 TGGTG-TCCGATGCTCCCGCACATCCATGCACCAAGGTGCCGA
1 TGGTGCT-CGAGGCTCCCGCACATCCAAGCACCAAGGTGCCGA
* *
46171 TGGTGCTCGAGGCTCCCGCACATCCAAGCATCAAGGTTACCGA
1 TGGTGCTCGAGGCTCCCGCACATCCAAGCACCAAGG-TGCCGA
* *
46214 TGGTGGCT-GAGGCTCCCACACATCCGAGCCACCAAGGTG
1 TGGT-GCTCGAGGCTCCCGCACATCCAAG-CACCAAGGTG
46253 ATGGAGGCTC
Statistics
Matches: 174, Mismatches: 23, Indels: 21
0.80 0.11 0.10
Matches are distributed among these distances:
41 14 0.08
42 108 0.62
43 42 0.24
44 10 0.06
ACGTcount: A:0.20, C:0.34, G:0.28, T:0.17
Consensus pattern (42 bp):
TGGTGCTCGAGGCTCCCGCACATCCAAGCACCAAGGTGCCGA
Found at i:54313 original size:33 final size:35
Alignment explanation
Indices: 54249--54324 Score: 102
Period size: 34 Copynumber: 2.2 Consensus size: 35
54239 ACATCCGACC
* *
54249 ACCAAGGTGCCGATGGTGCCCGAGGCTCCCGC-CG
1 ACCAAGGGGCCGATGGTGCCCGAGGCCCCCGCACG
*
54283 ACCAAGGGGCCGATGG-GGCCGAGGCCCCCGCAGCG
1 ACCAAGGGGCCGATGGTGCCCGAGGCCCCCGCA-CG
54318 ACCAAGG
1 ACCAAGG
54325 CCTTTTTACG
Statistics
Matches: 37, Mismatches: 3, Indels: 3
0.86 0.07 0.07
Matches are distributed among these distances:
33 13 0.35
34 15 0.41
35 9 0.24
ACGTcount: A:0.18, C:0.37, G:0.38, T:0.07
Consensus pattern (35 bp):
ACCAAGGGGCCGATGGTGCCCGAGGCCCCCGCACG
Found at i:54450 original size:123 final size:123
Alignment explanation
Indices: 54283--54703 Score: 371
Period size: 123 Copynumber: 3.3 Consensus size: 123
54273 GCTCCCGCCG
* * * *
54283 ACCAAGGGGCCGATGGGGC-CGAGGCCCCCGCAGCGACCAAGGCCTTTTTACGATGGTGCCCGAG
1 ACCAAGGTGCCGATGGTGCTCGAGGCTCCCGCA-CGACCAAGGCCTTTTTCCGATGGTGCCCGAG
*
54347 CCCTCTCGCACGACCAAGGTCTAGGTTGCCGAT-GTGCCCGAGGTTCCGCACATCCAAGC
65 -CCTCTCGCACGACCAAGGCCTAGGTTGCCGATGGTGCCCGAGGTTCCGCACATCCAAGC
* *
54406 ACCAAGGTG-CGATGGTGCTCGAGGCTCCCGCACGACCAAGGGCCTAGTTTGCCGATGGTG-TCG
1 ACCAAGGTGCCGATGGTGCTCGAGGCTCCCGCACGACCAA-GGCCT--TTTTCCGATGGTGCCCG
* * * * * *
54469 AGGCTC-CAGCAC-ATCC-AGACCTAGG-AGCCGATGGTGGCCGAGGCTCCGCACGA-CCAGGGC
63 AGCCTCTC-GCACGA-CCAAGGCCTAGGTTGCCGATGGTGCCCGAGGTTCCGCAC-ATCCA-AGC
* ** *
54529 -CTAATTTTGCCGATGG-GCCCGAGGCTTCCCGCACGACCAAGG-CTTAGTTTGCCGATGGTAGC
1 ACCAA-GGTGCCGATGGTGCTCGAGGC-TCCCGCACGACCAAGGCCTT--TTT-CCGATGGT-GC
* * * *
54591 CCAGAGCCTCTCGCCACGACCAGGGCCTAGGTTGTCGATGGTGGCGTCGAGGTTCTCGGACATCC
60 CC-GAGCCTCTCG-CACGACCAAGGCCTAGGTTGCCGATGGT-GC-CCGAGGTTC-CGCACATCC
54656 AAGC
120 AAGC
54660 ACACAAGAGTGCCGATGGTGCTCGAGGCTCCCGCACGACCAAGG
1 AC-CAAG-GTGCCGATGGTGCTCGAGGCTCCCGCACGACCAAGG
54704 GCATAGGTTG
Statistics
Matches: 234, Mismatches: 33, Indels: 52
0.73 0.10 0.16
Matches are distributed among these distances:
120 1 0.00
121 6 0.03
122 50 0.21
123 57 0.24
124 25 0.11
125 12 0.05
126 7 0.03
127 6 0.03
128 8 0.03
129 8 0.03
130 1 0.00
131 10 0.04
132 8 0.03
133 27 0.12
134 8 0.03
ACGTcount: A:0.19, C:0.32, G:0.32, T:0.17
Consensus pattern (123 bp):
ACCAAGGTGCCGATGGTGCTCGAGGCTCCCGCACGACCAAGGCCTTTTTCCGATGGTGCCCGAGC
CTCTCGCACGACCAAGGCCTAGGTTGCCGATGGTGCCCGAGGTTCCGCACATCCAAGC
Found at i:54458 original size:82 final size:84
Alignment explanation
Indices: 54333--54889 Score: 426
Period size: 82 Copynumber: 6.7 Consensus size: 84
54323 GGCCTTTTTA
* * * * *
54333 CGATGGTGCCCGAGCCCTCTCGCACGACCAA-GGTCTAGGTTGCCGAT-GTGCCCGAGGTTCCGC
1 CGATGGTGGCCGAG-GCTCCCGCACGACCAAGGGCCTAGTTTGCCGATGGTGCCCGAGGTTCCGC
54396 ACATCCAAGCACCAAGGTG-
65 ACATCCAAGCACCAAGGTGC
* *
54415 CGATGGT-GCTCGAGGCTCCCGCACGACCAAGGGCCTAGTTTGCCGATGGTG-TCGAGGCTCCAG
1 CGATGGTGGC-CGAGGCTCCCGCACGACCAAGGGCCTAGTTTGCCGATGGTGCCCGAGGTTCC-G
* *
54478 CACATCC-AG-ACCTAGGAGC
64 CACATCCAAGCACCAAGGTGC
*
54497 CGATGGTGGCCGAGGCT-CCGCACGACC-AGGGCCTAATTTTGCCGATGG-GCCCGAGGCTTCCC
1 CGATGGTGGCCGAGGCTCCCGCACGACCAAGGGCCT-AGTTTGCCGATGGTGCCCGAGG-TT-CC
* ** *
54559 GCACGA-CCAAG-GCTTAGTTTGC
63 GCAC-ATCCAAGCACCAAG-GTGC
* * * * * *
54581 CGATGGTAGCCCAGAGCCTCTCGCCACGACC-AGGGCCTAGGTTGTCGATGGTGGCGTCGAGGTT
1 CGATGGT-GGCC-GAGGCTCCCG-CACGACCAAGGGCCTAGTTTGCCGATGGT-GC-CCGAGGTT
*
54645 CTCGGACATCCAAGCACACAAGAGTGC
61 C-CGCACATCCAAGCAC-CAAG-GTGC
* * ** * *
54672 CGATGGT-GCTCGAGGCTCCCGCACGACCAAGGGCATAGGTTGCCGACAGTG-TCGAGGCTCCCG
1 CGATGGTGGC-CGAGGCTCCCGCACGACCAAGGGCCTAGTTTGCCGATGGTGCCCGAGG-TTCCG
* *
54735 CCCAT-CATAGCACCGA-GTG-
64 CACATCCA-AGCACCAAGGTGC
* *
54754 CGATGGTGGCCGAGG---CCGCA-GACC-AGGGCCTAGTTTGCCGATGGTGTCCGAGGCTCCGCA
1 CGATGGTGGCCGAGGCTCCCGCACGACCAAGGGCCTAGTTTGCCGATGGTGCCCGAGGTTCCGCA
* ***
54814 CGA-CCAAGGC-CTATTTTGC
66 C-ATCCAA-GCACCAAGGTGC
*
54833 CGATGGTGGCCGAGGCTCCCGCACGACCAAGGGCTTAGTTTGCCGATGGTGCCCGAG
1 CGATGGTGGCCGAGGCTCCCGCACGACCAAGGGCCTAGTTTGCCGATGGTGCCCGAG
54890 CCTCTCGCAC
Statistics
Matches: 381, Mismatches: 54, Indels: 78
0.74 0.11 0.15
Matches are distributed among these distances:
77 25 0.07
78 16 0.04
79 20 0.05
80 8 0.02
81 49 0.13
82 73 0.19
83 31 0.08
84 35 0.09
85 7 0.02
86 21 0.06
87 14 0.04
88 24 0.06
89 39 0.10
90 7 0.02
91 12 0.03
ACGTcount: A:0.18, C:0.32, G:0.32, T:0.18
Consensus pattern (84 bp):
CGATGGTGGCCGAGGCTCCCGCACGACCAAGGGCCTAGTTTGCCGATGGTGCCCGAGGTTCCGCA
CATCCAAGCACCAAGGTGC
Found at i:54564 original size:43 final size:43
Alignment explanation
Indices: 54291--55243 Score: 346
Period size: 43 Copynumber: 22.7 Consensus size: 43
54281 CGACCAAGGG
* * *
54291 GCCGATGG-GGCCGAGGCCCCCGCAGCGACCAAGGCCT---TTT
1 GCCGATGGTGCCCGAGGCTCCCGCA-CGACCAGGGCCTAAGTTT
** * * * * *
54331 TACGATGGTGCCCGAGCCCTCTCGCACGACCAAGGTCT-AGGTT
1 GCCGATGGTGCCCGAG-GCTCCCGCACGACCAGGGCCTAAGTTT
* * * *
54374 GCCGAT-GTGCCCGAGG-TTCCGCAC-ATCCA-AGCACCAAG-GT
1 GCCGATGGTGCCCGAGGCTCCCGCACGA-CCAGGGC-CTAAGTTT
*
54414 G-CGATGGTGCTCGAGGCTCCCGCACGACCAAGGGCCT-AGTTT
1 GCCGATGGTGCCCGAGGCTCCCGCACGACC-AGGGCCTAAGTTT
* * * **
54456 GCCGATGGTG-TCGAGGCTCCAGCAC-ATCCA-GACCT-AG-GA
1 GCCGATGGTGCCCGAGGCTCCCGCACGA-CCAGGGCCTAAGTTT
* *
54495 GCCGATGGTGGCCGAGGCT-CCGCACGACCAGGGCCTAATTTT
1 GCCGATGGTGCCCGAGGCTCCCGCACGACCAGGGCCTAAGTTT
* *
54537 GCCGATGG-GCCCGAGGCTTCCCGCACGACCAAGG-CTTAGTTT
1 GCCGATGGTGCCCGAGGC-TCCCGCACGACCAGGGCCTAAGTTT
* * *
54579 GCCGATGGTAGCCCAGAGCCTCTCGCCACGACCAGGGCCT-AGGTT
1 GCCGATGGT-GCCC-GAGGCTCCCG-CACGACCAGGGCCTAAGTTT
* * * * * * * **
54624 GTCGATGGTGGCGTCGAGGTTCTCGGAC-ATCCA-AGCACACAAGAGT
1 GCCGATGGT-GC-CCGAGGCTCCCGCACGA-CCAGGGC-C-TAAGTTT
* * *
54670 GCCGATGGTGCTCGAGGCTCCCGCACGACCAAGGGCAT-AGGTT
1 GCCGATGGTGCCCGAGGCTCCCGCACGACC-AGGGCCTAAGTTT
** * * * ** **
54713 GCCGACAGTG-TCGAGGCTCCCGC-CCATCATAGCACCGAG--T
1 GCCGATGGTGCCCGAGGCTCCCGCACGACCAGGGC-CTAAGTTT
*
54753 G-CGATGGTGGCCGAGG---CCGCA-GACCAGGGCCT-AGTTT
1 GCCGATGGTGCCCGAGGCTCCCGCACGACCAGGGCCTAAGTTT
* * *
54790 GCCGATGGTGTCCGAGGCT-CCGCACGACCAAGGCCT-ATTTT
1 GCCGATGGTGCCCGAGGCTCCCGCACGACCAGGGCCTAAGTTT
* *
54831 GCCGATGGTGGCCGAGGCTCCCGCACGACCAAGGG-CTTAGTTT
1 GCCGATGGTGCCCGAGGCTCCCGCACGACC-AGGGCCTAAGTTT
* * * *
54874 GCCGATGGTGCCCGAGCCTCTCGCACGACCAAGGCCT-AGGTT
1 GCCGATGGTGCCCGAGGCTCCCGCACGACCAGGGCCTAAGTTT
* * * * ** * *
54916 GCCGATGGTACGCGAGGTTCTCGCAC-ATCCAAGCACCAAAG-GT
1 GCCGATGGTGCCCGAGGCTCCCGCACGA-CC-AGGGCCTAAGTTT
* *
54959 GCCGAT-GTGCTCGA-GCT-CCGCACGACCAAAGGGCCT-AGGTT
1 GCCGATGGTGCCCGAGGCTCCCGCACGACC--AGGGCCTAAGTTT
** * * ** *
55000 GCCGACAGTGTCGCGA-GCTCCCGCAC-ATCATAGCACCGTGAG--T
1 GCCGATGGTG-CCCGAGGCTCCCGCACGA-C-CAGGGCC-TAAGTTT
* * * *
55043 GCCGATGGTGCCGGCGGCTACCGCACGACCAAGGGCCT-AGGTT
1 GCCGATGGTGCCCGAGGCTCCCGCACGACC-AGGGCCTAAGTTT
* * ** *
55086 GCCGATGGTGCCCGAGGCTCCCGCAC-ATC-GAAGCACCGAG-GT
1 GCCGATGGTGCCCGAGGCTCCCGCACGACCAG-GGC-CTAAGTTT
* * ** * *
55128 G-CGAT-GCGCCCGAGGCTCCTGCAATACCAAGGGCTTTAGTTT
1 GCCGATGGTGCCCGAGGCTCCCGCACGACC-AGGGCCTAAGTTT
* * * ** *
55170 GCCGATGGTGTCCGGGGCTCCTGCAC-ATCCTAGCACC--AGGTT
1 GCCGATGGTGCCCGAGGCTCCCGCACGA-CC-AGGGCCTAAGTTT
55212 GCCGATGGTGCCCGAGGCTCGCCGCACGACCA
1 GCCGATGGTGCCCGAGGCTC-CCGCACGACCA
55244 AGGCTATCTA
Statistics
Matches: 689, Mismatches: 145, Indels: 156
0.70 0.15 0.16
Matches are distributed among these distances:
35 2 0.00
36 1 0.00
37 11 0.02
38 14 0.02
39 30 0.04
40 86 0.12
41 103 0.15
42 161 0.23
43 163 0.24
44 60 0.09
45 42 0.06
46 16 0.02
ACGTcount: A:0.19, C:0.33, G:0.32, T:0.17
Consensus pattern (43 bp):
GCCGATGGTGCCCGAGGCTCCCGCACGACCAGGGCCTAAGTTT
Found at i:54580 original size:42 final size:42
Alignment explanation
Indices: 54291--55247 Score: 509
Period size: 42 Copynumber: 22.8 Consensus size: 42
54281 CGACCAAGGG
* *
54291 GCCGATGG-GGCCGAGGCCCCCGCAGCGACCAAGGCCT--TTT
1 GCCGATGGTGCCCGAGGCTCCCGCA-CGACCAAGGCCTAGTTT
** * * * *
54331 TACGATGGTGCCCGAGCCCTCTCGCACGACCAAGGTCTAGGTT
1 GCCGATGGTGCCCGAG-GCTCCCGCACGACCAAGGCCTAGTTT
* * * *
54374 GCCGAT-GTGCCCGAGG-TTCCGCAC-ATCCAAGCACCAAG-GT
1 GCCGATGGTGCCCGAGGCTCCCGCACGA-CCAAG-GCCTAGTTT
*
54414 G-CGATGGTGCTCGAGGCTCCCGCACGACCAAGGGCCTAGTTT
1 GCCGATGGTGCCCGAGGCTCCCGCACGACCAA-GGCCTAGTTT
* * * **
54456 GCCGATGGTG-TCGAGGCTCCAGCAC-ATCC-AGACCTAG-GA
1 GCCGATGGTGCCCGAGGCTCCCGCACGA-CCAAGGCCTAGTTT
* * *
54495 GCCGATGGTGGCCGAGGCT-CCGCACGACCAGGGCCTAATTTT
1 GCCGATGGTGCCCGAGGCTCCCGCACGACCAAGGCCT-AGTTT
*
54537 GCCGATGG-GCCCGAGGCTTCCCGCACGACCAAGGCTTAGTTT
1 GCCGATGGTGCCCGAGGC-TCCCGCACGACCAAGGCCTAGTTT
* * * *
54579 GCCGATGGTAGCCCAGAGCCTCTCGCCACGACCAGGGCCTAGGTT
1 GCCGATGGT-GCCC-GAGGCTCCCG-CACGACCAAGGCCTAGTTT
* * * * * * * **
54624 GTCGATGGTGGCGTCGAGGTTCTCGGAC-ATCCAAGCACACAAGAGT
1 GCCGATGGT-GC-CCGAGGCTCCCGCACGA-CCAAG-GC-CTAGTTT
* * *
54670 GCCGATGGTGCTCGAGGCTCCCGCACGACCAAGGGCATAGGTT
1 GCCGATGGTGCCCGAGGCTCCCGCACGACCAA-GGCCTAGTTT
** * * * * *
54713 GCCGACAGTG-TCGAGGCTCCCGC-CCATCATAGCACCGAG--T
1 GCCGATGGTGCCCGAGGCTCCCGCACGACCA-AG-GCCTAGTTT
* *
54753 G-CGATGGTGGCCGAGG---CCGCA-GACCAGGGCCTAGTTT
1 GCCGATGGTGCCCGAGGCTCCCGCACGACCAAGGCCTAGTTT
* *
54790 GCCGATGGTGTCCGAGGCT-CCGCACGACCAAGGCCTATTTT
1 GCCGATGGTGCCCGAGGCTCCCGCACGACCAAGGCCTAGTTT
* *
54831 GCCGATGGTGGCCGAGGCTCCCGCACGACCAAGGGCTTAGTTT
1 GCCGATGGTGCCCGAGGCTCCCGCACGACCAA-GGCCTAGTTT
* * *
54874 GCCGATGGTGCCCGAGCCTCTCGCACGACCAAGGCCTAGGTT
1 GCCGATGGTGCCCGAGGCTCCCGCACGACCAAGGCCTAGTTT
* * * * * * *
54916 GCCGATGGTACGCGAGGTTCTCGCAC-ATCCAAGCACCAAAG-GT
1 GCCGATGGTGCCCGAGGCTCCCGCACGA-CCAAG-GCC-TAGTTT
* *
54959 GCCGAT-GTGCTCGA-GCT-CCGCACGACCAAAGGGCCTAGGTT
1 GCCGATGGTGCCCGAGGCTCCCGCACGACC-AA-GGCCTAGTTT
** * * *
55000 GCCGACAGTGTCGCGA-GCTCCCGCAC-ATCATAGCACCGTGAG--T
1 GCCGATGGTG-CCCGAGGCTCCCGCACGACCA-AG-GCC-T-AGTTT
* * * *
55043 GCCGATGGTGCCGGCGGCTACCGCACGACCAAGGGCCTAGGTT
1 GCCGATGGTGCCCGAGGCTCCCGCACGACCAA-GGCCTAGTTT
* * * *
55086 GCCGATGGTGCCCGAGGCTCCCGCAC-ATCGAAGCACCGAG-GT
1 GCCGATGGTGCCCGAGGCTCCCGCACGA-CCAAG-GCCTAGTTT
* * ** *
55128 G-CGAT-GCGCCCGAGGCTCCTGCAATACCAAGGGCTTTAGTTT
1 GCCGATGGTGCCCGAGGCTCCCGCACGACCAA-GGC-CTAGTTT
* * * * * *
55170 GCCGATGGTGTCCGGGGCTCCTGCAC-ATCCTA-GCACCAGGTT
1 GCCGATGGTGCCCGAGGCTCCCGCACGA-CCAAGGC-CTAGTTT
55212 GCCGATGGTGCCCGAGGCTCGCCGCACGACCAAGGC
1 GCCGATGGTGCCCGAGGCTC-CCGCACGACCAAGGC
55248 TATCTACCGA
Statistics
Matches: 702, Mismatches: 142, Indels: 142
0.71 0.14 0.14
Matches are distributed among these distances:
35 4 0.01
36 1 0.00
37 9 0.01
38 14 0.02
39 28 0.04
40 87 0.12
41 107 0.15
42 165 0.24
43 164 0.23
44 65 0.09
45 45 0.06
46 13 0.02
ACGTcount: A:0.19, C:0.32, G:0.32, T:0.17
Consensus pattern (42 bp):
GCCGATGGTGCCCGAGGCTCCCGCACGACCAAGGCCTAGTTT
Found at i:54760 original size:257 final size:243
Alignment explanation
Indices: 54291--54889 Score: 719
Period size: 257 Copynumber: 2.4 Consensus size: 243
54281 CGACCAAGGG
* * *
54291 GCCGATGGGGCCGAGGCCCCCGCAGCGACCAAGGCCTT-TTT-ACGATGGTGCCCGAGCCCTCTC
1 GCCGATGGGCCCGAGGCTCCCGCA-CGACCAAGG-CTTATTTGCCGATGGTGCCCGAG-CCTCTC
* *
54354 GCACGACCAAGGTCTAGGTTGCCGAT-GT-GCCCGAGGTTCCGCACATCCAAGCACCAAGGTGCG
63 GCACGACCAGGGCCTAGGTTGCCGATGGTGGCCCGAGGTTCCGCACATCCAAGCACCAAGGTGCG
* * **
54417 ATGGTGCTCGAGGCTCCCGCACGACCAAGGGCCTAGTTTGCCGATGGTGTCGAGGCTCCAGCACA
128 ATGGTGCTCGAGGCTCCCGCACGACCAAGGGCATAGGTTGCCGACAGTGTCGAGGCTCCAGCACA
* *
54482 TCCAGACCTAGGAGCCGATGGTGGCCGAGGCTCCGCACGACCAGGGCCTAATTTT
193 TCCAGACCGAGGAGCCGATGGTGGCCGAGG--CCGCA-GACCAGGGCCT-AGTTT
54537 GCCGATGGGCCCGAGGCTTCCCGCACGACCAAGGCTTAGTTTGCCGATGGTAGCCCAGAGCCTCT
1 GCCGATGGGCCCGAGGC-TCCCGCACGACCAAGGCTTA-TTTGCCGATGGT-GCCC-GAGCCTCT
* * *
54602 CGCCACGACCAGGGCCTAGGTTGTCGATGGTGGCGTCGAGGTTCTCGGACATCCAAGCACACAAG
62 CG-CACGACCAGGGCCTAGGTTGCCGATGGTGGC-CCGAGGTTC-CGCACATCCAAGCAC-CAAG
54667 AGTGCCGATGGTGCTCGAGGCTCCCGCACGACCAAGGGCATAGGTTGCCGACAGTGTCGAGGCTC
123 -GTG-CGATGGTGCTCGAGGCTCCCGCACGACCAAGGGCATAGGTTGCCGACAGTGTCGAGGCTC
* * * *
54732 CCGCCCATCATAGCACCGA-GTG-CGATGGTGGCCGAGGCCGCAGACCAGGGCCTAGTTT
186 CAGCACATC-CAG-ACCGAGGAGCCGATGGTGGCCGAGGCCGCAGACCAGGGCCTAGTTT
* * * * *
54790 GCCGATGGTGTCCGAGGCT-CCGCACGACCAAGGCCTATTTTGCCGATGGTGGCCGAGGCTCCCG
1 GCCGATGG-GCCCGAGGCTCCCGCACGACCAAGGCTTA-TTTGCCGATGGTGCCCGAGCCTCTCG
* *
54854 CACGACCAAGGGCTTAGTTTGCCGATGGT-GCCCGAG
64 CACGACC-AGGGCCTAGGTTGCCGATGGTGGCCCGAG
54890 CCTCTCGCAC
Statistics
Matches: 307, Mismatches: 28, Indels: 34
0.83 0.08 0.09
Matches are distributed among these distances:
245 3 0.01
246 25 0.08
247 9 0.03
248 11 0.04
249 20 0.07
250 51 0.17
251 5 0.02
252 31 0.10
253 21 0.07
254 33 0.11
255 9 0.03
256 3 0.01
257 78 0.25
258 4 0.01
259 4 0.01
ACGTcount: A:0.18, C:0.32, G:0.32, T:0.17
Consensus pattern (243 bp):
GCCGATGGGCCCGAGGCTCCCGCACGACCAAGGCTTATTTGCCGATGGTGCCCGAGCCTCTCGCA
CGACCAGGGCCTAGGTTGCCGATGGTGGCCCGAGGTTCCGCACATCCAAGCACCAAGGTGCGATG
GTGCTCGAGGCTCCCGCACGACCAAGGGCATAGGTTGCCGACAGTGTCGAGGCTCCAGCACATCC
AGACCGAGGAGCCGATGGTGGCCGAGGCCGCAGACCAGGGCCTAGTTT
Found at i:55174 original size:170 final size:168
Alignment explanation
Indices: 54873--55246 Score: 427
Period size: 170 Copynumber: 2.2 Consensus size: 168
54863 GGGCTTAGTT
* * * *
54873 TGCCGATGGTGCCCGAGCCTCTCGCACGACCAA-GGCCTAGGTTGCCGATGGTACGCGAGGTTCT
1 TGCCGATGGTGCCCGAGGCTC-CGCACGACCAAGGGCCTAGGTTGCCGATGGTACCCGAGGCTCC
* * *
54937 CGCACATCCAAGCACCAAAGGTGCCGATGTGCTCGAGCTCCGCACGACCAAAGGGCCTAGGTTGC
65 CGCACATCCAAGCACCAAAGGTGCCGATGCGCCCGAGCTCCGCAAGACCAAAGGGCCTAGGTTGC
55002 CGACAGTGT-CGCGAGCTCCCGCACATCATAGCACC-GTGAG
130 CGACAGTGTCCG-GAGCTCCCGCACATCATAGCACCAG-G-G
* * *
55042 TGCCGATGGTGCCGGCGGCTACCGCACGACCAAGGGCCTAGGTTGCCGATGGTGCCCGAGGCTCC
1 TGCCGATGGTGCCCGAGGCT-CCGCACGACCAAGGGCCTAGGTTGCCGATGGTACCCGAGGCTCC
* * * * *
55107 CGCACATCGAAGCACC-GAGGTG-CGATGCGCCCGAGGCTCCTGCAATACC-AAGGGCTTTAGTT
65 CGCACATCCAAGCACCAAAGGTGCCGATGCGCCCGA-GCTCC-GCAAGACCAAAGGGC-CTAGGT
** * * * *
55169 TGCCGATGGTGTCCGGGGCTCCTGCACATCCTAGCACCAGGT
127 TGCCGACAGTGTCCGGAGCTCCCGCACATCATAGCACCAGGG
55211 TGCCGATGGTGCCCGAGGCTCGCCGCACGACCAAGG
1 TGCCGATGGTGCCCGAGGCT--CCGCACGACCAAGG
55247 CTATCTACCG
Statistics
Matches: 173, Mismatches: 24, Indels: 15
0.82 0.11 0.07
Matches are distributed among these distances:
168 10 0.06
169 62 0.36
170 98 0.57
171 3 0.02
ACGTcount: A:0.19, C:0.33, G:0.32, T:0.17
Consensus pattern (168 bp):
TGCCGATGGTGCCCGAGGCTCCGCACGACCAAGGGCCTAGGTTGCCGATGGTACCCGAGGCTCCC
GCACATCCAAGCACCAAAGGTGCCGATGCGCCCGAGCTCCGCAAGACCAAAGGGCCTAGGTTGCC
GACAGTGTCCGGAGCTCCCGCACATCATAGCACCAGGG
Found at i:55285 original size:23 final size:23
Alignment explanation
Indices: 55258--55321 Score: 101
Period size: 23 Copynumber: 2.8 Consensus size: 23
55248 TATCTACCGA
*
55258 ACGGTTCACCGGAGCACCGACGG
1 ACGGTTCGCCGGAGCACCGACGG
*
55281 ACGGTTCGCCGGAGCACCGCCGG
1 ACGGTTCGCCGGAGCACCGACGG
*
55304 ACGGATCGCCGGAGCACC
1 ACGGTTCGCCGGAGCACC
55322 ACCGGGAACC
Statistics
Matches: 38, Mismatches: 3, Indels: 0
0.93 0.07 0.00
Matches are distributed among these distances:
23 38 1.00
ACGTcount: A:0.19, C:0.38, G:0.36, T:0.08
Consensus pattern (23 bp):
ACGGTTCGCCGGAGCACCGACGG
Found at i:55622 original size:42 final size:42
Alignment explanation
Indices: 55536--55787 Score: 239
Period size: 42 Copynumber: 5.9 Consensus size: 42
55526 ACTTTAGCTT
55536 TGGTGCT-GAAGGCTCCCAGCACAATCCAAAGCACCAAGGTGCCGA
1 TGGTGCTCG-AGGCTCCC-GCAC-ATCC-AAGCACCAAGGTGCCGA
*
55581 TGGTGCTCGAGGCTCCCGCACAT-CATAGCACCGAGGTGCCGA
1 TGGTGCTCGAGGCTCCCGCACATCCA-AGCACCAAGGTGCCGA
* ** * * *
55623 TGGT-CTCCGAGGCT-CC-CACAACCAAGGGCCTAGTTTGCCGG
1 TGGTGCT-CGAGGCTCCCGCACATCCAAGCACCAAG-GTGCCGA
* *
55664 TGGTG-TCCGATGCTCCCGCACATCCATGCACCAAGGTGCCGA
1 TGGTGCT-CGAGGCTCCCGCACATCCAAGCACCAAGGTGCCGA
* *
55706 TGGTGCTCGAGGCTCCCGCACATCCAAGCATCAAGGTTACCGA
1 TGGTGCTCGAGGCTCCCGCACATCCAAGCACCAAGG-TGCCGA
* *
55749 TGGTGGCT-GAGGCTCCCACACATCCGAGCCACCAAGGTG
1 TGGT-GCTCGAGGCTCCCGCACATCCAAG-CACCAAGGTG
55788 ATGGAGGCTC
Statistics
Matches: 172, Mismatches: 23, Indels: 26
0.78 0.10 0.12
Matches are distributed among these distances:
40 10 0.06
41 24 0.14
42 65 0.38
43 43 0.25
44 14 0.08
45 15 0.09
46 1 0.01
ACGTcount: A:0.21, C:0.33, G:0.28, T:0.17
Consensus pattern (42 bp):
TGGTGCTCGAGGCTCCCGCACATCCAAGCACCAAGGTGCCGA
Found at i:64742 original size:44 final size:40
Alignment explanation
Indices: 64693--64795 Score: 120
Period size: 39 Copynumber: 2.5 Consensus size: 40
64683 GAGGTGCCAG
64693 GATGGTGGCCCGAGGCTCCGCACGACCAAGGGCCTAGTTTTGCC
1 GATGGTGGCCCGAGGCTCCGCACG-CCAA-GGCCTA--TTTGCC
**
64737 GATGGTGTACCGAGGCT-CGCACGCCAAGGCCTATTTGCC
1 GATGGTGGCCCGAGGCTCCGCACGCCAAGGCCTATTTGCC
*
64776 GAT-GTAGGCCGGAGGCTCCG
1 GATGGT-GGCCCGAGGCTCCG
64796 GCACTGAACC
Statistics
Matches: 52, Mismatches: 5, Indels: 8
0.80 0.08 0.12
Matches are distributed among these distances:
38 2 0.04
39 17 0.33
40 2 0.04
41 6 0.12
42 4 0.08
43 6 0.12
44 15 0.29
ACGTcount: A:0.17, C:0.30, G:0.35, T:0.18
Consensus pattern (40 bp):
GATGGTGGCCCGAGGCTCCGCACGCCAAGGCCTATTTGCC
Found at i:65269 original size:24 final size:24
Alignment explanation
Indices: 65242--65318 Score: 72
Period size: 24 Copynumber: 3.2 Consensus size: 24
65232 GTGCCTATGC
65242 ACCGGAACTGGTTCA-CC-GAGCACG
1 ACCGG-AC-GGTTCAGCCGGAGCACG
65266 ACCGGACGGTTCAGCCGGAGCACCG
1 ACCGGACGGTTCAGCCGGAGCA-CG
* *
65291 -CCGGGACGGATC-GCCGGAGCACC
1 ACC-GGACGGTTCAGCCGGAGCACG
65314 ACCGG
1 ACCGG
65319 GAACCTAACC
Statistics
Matches: 46, Mismatches: 2, Indels: 11
0.78 0.03 0.19
Matches are distributed among these distances:
22 6 0.13
23 7 0.15
24 23 0.50
25 10 0.22
ACGTcount: A:0.21, C:0.36, G:0.35, T:0.08
Consensus pattern (24 bp):
ACCGGACGGTTCAGCCGGAGCACG
Found at i:65319 original size:24 final size:25
Alignment explanation
Indices: 65259--65320 Score: 83
Period size: 24 Copynumber: 2.6 Consensus size: 25
65249 CTGGTTCACC
* *
65259 GAGCACGACC-GGACGGTTCAGCCG
1 GAGCACCACCGGGACGGATCAGCCG
*
65283 GAGCACCGCCGGGACGGATC-GCCG
1 GAGCACCACCGGGACGGATCAGCCG
65307 GAGCACCACCGGGA
1 GAGCACCACCGGGA
65321 ACCTAACCGG
Statistics
Matches: 33, Mismatches: 4, Indels: 2
0.85 0.10 0.05
Matches are distributed among these distances:
24 25 0.76
25 8 0.24
ACGTcount: A:0.21, C:0.35, G:0.39, T:0.05
Consensus pattern (25 bp):
GAGCACCACCGGGACGGATCAGCCG
Done.