Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: Scaffold2288
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 1000
Length: 50624
ACGTcount: A:0.31, C:0.19, G:0.18, T:0.32
Found at i:249 original size:38 final size:39
Alignment explanation
Indices: 156--332 Score: 181
Period size: 37 Copynumber: 4.6 Consensus size: 39
146 TCGAATGATG
* * *
156 TCCGGGCTAAGTCCCGAAGGCTTTGTGCTAAGTGACTATA
1 TCCGGGCTAAGTCCCGAAGGCATTGTGC-GAGTTACTATA
*
196 T-CGGACT-AGAT-CCGAAGGCATTGTGCGAGTTACTA-A
1 TCCGGGCTAAG-TCCCGAAGGCATTGTGCGAGTTACTATA
*
232 TTCCGGGCTAAG-CCCGAAGGCATTGGTGCGAGTCACTA-A
1 -TCCGGGCTAAGTCCCGAAGGCATT-GTGCGAGTTACTATA
*
271 -CCGGGTTAAGT-CCGAAGGCATTTGTGCGAGTTACTATA
1 TCCGGGCTAAGTCCCGAAGGCA-TTGTGCGAGTTACTATA
* *
309 ACCGGGCTATGTCCCGAAGGCATT
1 TCCGGGCTAAGTCCCGAAGGCATT
333 TGAACGATAG
Statistics
Matches: 116, Mismatches: 10, Indels: 23
0.78 0.07 0.15
Matches are distributed among these distances:
36 1 0.01
37 38 0.33
38 35 0.30
39 32 0.28
40 10 0.09
ACGTcount: A:0.24, C:0.23, G:0.29, T:0.25
Consensus pattern (39 bp):
TCCGGGCTAAGTCCCGAAGGCATTGTGCGAGTTACTATA
Found at i:347 original size:39 final size:38
Alignment explanation
Indices: 234--347 Score: 99
Period size: 37 Copynumber: 3.0 Consensus size: 38
224 GTTACTAATT
* * **
234 CCGGGCTAAGCCCGAAGGCATTGGTGCGAGT-C-ACTAA
1 CCGGGCTAAGTCCGAAGGCATTTGAACGAGTACTA-TAA
* **
271 CCGGGTTAAGTCCGAAGGCATTTGTGCGAGTTACTATAA
1 CCGGGCTAAGTCCGAAGGCATTTGAACGAG-TACTATAA
*
310 CCGGGCTATGTCCCGAAGGCATTTGAACGA-TAGCTATA
1 CCGGGCTAAGT-CCGAAGGCATTTGAACGAGTA-CTATA
348 TTCCGGTTAA
Statistics
Matches: 65, Mismatches: 7, Indels: 8
0.81 0.09 0.10
Matches are distributed among these distances:
37 27 0.42
38 3 0.05
39 18 0.28
40 17 0.26
ACGTcount: A:0.25, C:0.23, G:0.29, T:0.23
Consensus pattern (38 bp):
CCGGGCTAAGTCCGAAGGCATTTGAACGAGTACTATAA
Found at i:9293 original size:79 final size:80
Alignment explanation
Indices: 9195--9377 Score: 239
Period size: 79 Copynumber: 2.3 Consensus size: 80
9185 TAGTCGTTCA
* *
9195 AATGCCTTCGGGACATAGCCCGG-TTATAGTAACTCGCACAAATGCCTTCGGGA-CTTAACCCGG
1 AATGCCTTCGGGACTTAGCCCGGAAT-TAGTAACTCGCACAAATGCCTTC-GGATCTTAACCCGG
* * *
9258 ATTTAGTGAC-TCGCACC
64 ATATAGTCACTTAGCA-C
**
9275 AATGCCTTCGGG-CTTAGCCCGGAATTAGTAACTCGCACAAATGCCTTCGGATCTTAGTCCGGAT
1 AATGCCTTCGGGACTTAGCCCGGAATTAGTAACTCGCACAAATGCCTTCGGATCTTAACCCGGAT
9339 ATAGTCACTTAGCAC
66 ATAGTCACTTAGCAC
*
9354 AAAGCCTTCGGGACTTAGCCCGGA
1 AATGCCTTCGGGACTTAGCCCGGA
9378 CATCATTCGA
Statistics
Matches: 91, Mismatches: 8, Indels: 8
0.85 0.07 0.07
Matches are distributed among these distances:
78 3 0.03
79 60 0.66
80 28 0.31
ACGTcount: A:0.25, C:0.28, G:0.23, T:0.24
Consensus pattern (80 bp):
AATGCCTTCGGGACTTAGCCCGGAATTAGTAACTCGCACAAATGCCTTCGGATCTTAACCCGGAT
ATAGTCACTTAGCAC
Found at i:9377 original size:40 final size:40
Alignment explanation
Indices: 9193--9377 Score: 234
Period size: 40 Copynumber: 4.7 Consensus size: 40
9183 GCTAGTCGTT
* *
9193 CAAATGCCTTCGGGACATAGCCCGGTTATAGTAACTCGCA
1 CAAATGCCTTCGGGACTTAGCCCGGATATAGTAACTCGCA
* * *
9233 CAAATGCCTTCGGGACTTAACCCGGATTTAGTGACTCGCA
1 CAAATGCCTTCGGGACTTAGCCCGGATATAGTAACTCGCA
*
9273 CCAATGCCTTCGGG-CTTAGCCCGGA-ATTAGTAACTCGCA
1 CAAATGCCTTCGGGACTTAGCCCGGATA-TAGTAACTCGCA
* * *
9312 CAAATGCCTTC-GGATCTTAGTCCGGATATAGTCACTTAGCA
1 CAAATGCCTTCGGGA-CTTAGCCCGGATATAGTAAC-TCGCA
9353 CAAA-GCCTTCGGGACTTAGCCCGGA
1 CAAATGCCTTCGGGACTTAGCCCGGA
9378 CATCATTCGA
Statistics
Matches: 125, Mismatches: 14, Indels: 12
0.83 0.09 0.08
Matches are distributed among these distances:
38 2 0.02
39 31 0.25
40 80 0.64
41 12 0.10
ACGTcount: A:0.25, C:0.28, G:0.23, T:0.24
Consensus pattern (40 bp):
CAAATGCCTTCGGGACTTAGCCCGGATATAGTAACTCGCA
Found at i:13384 original size:48 final size:48
Alignment explanation
Indices: 13313--14145 Score: 1141
Period size: 48 Copynumber: 17.0 Consensus size: 48
13303 ATAAATATAT
*
13313 ATATATGTGTGATATGTATATGTGGTAAAGCCGAATGGCTAATGTGAA
1 ATATATGTGAGATATGTATATGTGGTAAAGCCGAATGGCTAATGTGAA
* *
13361 ATATATGTGTGATATGTATATGTGGTAAAGCCGAATGGCAAATGTG-A
1 ATATATGTGAGATATGTATATGTGGTAAAGCCGAATGGCTAATGTGAA
* *
13408 A-ATATGTGTGATATGTATATATGGTAAAGCCGAATGGCTAATGTGAA
1 ATATATGTGAGATATGTATATGTGGTAAAGCCGAATGGCTAATGTGAA
* *
13455 ATATATATGAGATATGTATATGTGGTAAAGCCGAATGGCTAATATGAA
1 ATATATGTGAGATATGTATATGTGGTAAAGCCGAATGGCTAATGTGAA
* * *
13503 ATATATGTGTGATATGTATACGTGGTAAAGCCGAATGGCGAATGTGAA
1 ATATATGTGAGATATGTATATGTGGTAAAGCCGAATGGCTAATGTGAA
* * * *
13551 ATATGTATGAGATATGTATATGTGGTAAAATCCAAATGGCTAATGTGAA
1 ATATATGTGAGATATGTATATGTGGT-AAAGCCGAATGGCTAATGTGAA
* *
13600 ATATATGTGTGATATGTATATGTGGTAAAGCCGAATGGCGAATGTGAA
1 ATATATGTGAGATATGTATATGTGGTAAAGCCGAATGGCTAATGTGAA
* * * *
13648 ATATGTATGAGATATGTATATGTGGTAAAGCCGAATGGCTAATAAATGCCGA
1 ATATATGTGAGATATGTATATGTGGTAAAGCCGAATGGCTAAT--GTG--AA
*
13700 ATGGCGA-ATGTGAAATATGTATGAGATATGTATATGTGGTAAAGCCGAATGGCTAATGTGAA
1 AT----ATATGTGAGATA-----------TGTATATGTGGTAAAGCCGAATGGCTAATGTGAA
*
13762 ATATATATGAGATATGTATATGTGGTAAAGCCGAATGGCTAATGTGAA
1 ATATATGTGAGATATGTATATGTGGTAAAGCCGAATGGCTAATGTGAA
*
13810 ATATATGTGTGATATGTATATGTGGTAAAGCCGAATGGCTAATGTGAA
1 ATATATGTGAGATATGTATATGTGGTAAAGCCGAATGGCTAATGTGAA
*
13858 ATATATATGAGATATGTATATGTGGTAAAGCCGAATGGCTAATGTGAA
1 ATATATGTGAGATATGTATATGTGGTAAAGCCGAATGGCTAATGTGAA
* *
13906 ATATATGTGTGATATGTATATGTGGTAAAGCCGAATGGCGAATGTGAA
1 ATATATGTGAGATATGTATATGTGGTAAAGCCGAATGGCTAATGTGAA
* *
13954 ATATGTATGAGATATGTATATGTGGTAAAGCCGAATGGCTAATGTGAA
1 ATATATGTGAGATATGTATATGTGGTAAAGCCGAATGGCTAATGTGAA
* *
14002 ATATATGTGTGATATGTATATGTGGTAAAACCGAATGGCTAATGTGAA
1 ATATATGTGAGATATGTATATGTGGTAAAGCCGAATGGCTAATGTGAA
* * *
14050 ATATATATGAGATATGTATATGTCGTAAAGCCGAATGGCGAATGTGAA
1 ATATATGTGAGATATGTATATGTGGTAAAGCCGAATGGCTAATGTGAA
* * *
14098 ATATGTATGAGATATGAATATGTGGTAAAGCCGAATGGCTAATGTGAA
1 ATATATGTGAGATATGTATATGTGGTAAAGCCGAATGGCTAATGTGAA
14146 TGTTGTAACA
Statistics
Matches: 700, Mismatches: 62, Indels: 46
0.87 0.08 0.06
Matches are distributed among these distances:
46 42 0.06
47 4 0.01
48 556 0.79
49 42 0.06
50 2 0.00
52 3 0.00
55 7 0.01
56 1 0.00
58 1 0.00
59 8 0.01
62 3 0.00
64 2 0.00
66 29 0.04
ACGTcount: A:0.36, C:0.07, G:0.26, T:0.31
Consensus pattern (48 bp):
ATATATGTGAGATATGTATATGTGGTAAAGCCGAATGGCTAATGTGAA
Found at i:13708 original size:66 final size:65
Alignment explanation
Indices: 13625--13756 Score: 255
Period size: 66 Copynumber: 2.0 Consensus size: 65
13615 GTATATGTGG
13625 TAAAGCCGAATGGCGAATGTGAAATATGTATGAGATATGTATATGTGGTAAAGCCGAATGGCTAA
1 TAAAGCCGAATGGCGAATGTGAAATATGTATGAGATATGTATATGTGGTAAAGCCGAATGGCTAA
13690 TAAATGCCGAATGGCGAATGTGAAATATGTATGAGATATGTATATGTGGTAAAGCCGAATGGCTA
1 TAAA-GCCGAATGGCGAATGTGAAATATGTATGAGATATGTATATGTGGTAAAGCCGAATGGCTA
13755 A
65 A
13756 T
1 T
13757 GTGAAATATA
Statistics
Matches: 66, Mismatches: 0, Indels: 1
0.99 0.00 0.01
Matches are distributed among these distances:
65 4 0.06
66 62 0.94
ACGTcount: A:0.36, C:0.09, G:0.27, T:0.27
Consensus pattern (65 bp):
TAAAGCCGAATGGCGAATGTGAAATATGTATGAGATATGTATATGTGGTAAAGCCGAATGGCTAA
Found at i:13728 original size:114 final size:114
Alignment explanation
Indices: 13585--13804 Score: 386
Period size: 114 Copynumber: 1.9 Consensus size: 114
13575 GTAAAATCCA
* * *
13585 AATGGCTAATGTGAAATATATGTGTGATATGTATATGTGGTAAAGCCGAATGGCGAATGTGAAAT
1 AATGGCGAATGTGAAATATATATGAGATATGTATATGTGGTAAAGCCGAATGGCGAATGTGAAAT
*
13650 ATGTATGAGATATGTATATGTGGTAAAGCCGAATGGCTAATAAATGCCG
66 ATATATGAGATATGTATATGTGGTAAAGCCGAATGGCTAATAAATGCCG
* *
13699 AATGGCGAATGTGAAATATGTATGAGATATGTATATGTGGTAAAGCCGAATGGCTAATGTGAAAT
1 AATGGCGAATGTGAAATATATATGAGATATGTATATGTGGTAAAGCCGAATGGCGAATGTGAAAT
13764 ATATATGAGATATGTATATGTGGTAAAGCCGAATGGCTAAT
66 ATATATGAGATATGTATATGTGGTAAAGCCGAATGGCTAAT
13805 GTGAAATATA
Statistics
Matches: 100, Mismatches: 6, Indels: 0
0.94 0.06 0.00
Matches are distributed among these distances:
114 100 1.00
ACGTcount: A:0.36, C:0.07, G:0.27, T:0.30
Consensus pattern (114 bp):
AATGGCGAATGTGAAATATATATGAGATATGTATATGTGGTAAAGCCGAATGGCGAATGTGAAAT
ATATATGAGATATGTATATGTGGTAAAGCCGAATGGCTAATAAATGCCG
Found at i:14240 original size:37 final size:37
Alignment explanation
Indices: 14190--14334 Score: 245
Period size: 37 Copynumber: 3.9 Consensus size: 37
14180 GGAAATGTAT
*
14190 TCCGGGTGAGACCCGATGACTACGTGTGGAGATTATG
1 TCCGGGTAAGACCCGATGACTACGTGTGGAGATTATG
14227 TCCGGGTAAGACCCGATGACTACGTGTGGAGATTATG
1 TCCGGGTAAGACCCGATGACTACGTGTGGAGATTATG
*
14264 TCCGGGTAAGACCCGATGACTACGTGTGGAGAGTATG
1 TCCGGGTAAGACCCGATGACTACGTGTGGAGATTATG
* * *
14301 TCCGGGTAAGACCCGATAACTTCGTGTAGAGATT
1 TCCGGGTAAGACCCGATGACTACGTGTGGAGATT
14335 TCGTCTGAGC
Statistics
Matches: 102, Mismatches: 6, Indels: 0
0.94 0.06 0.00
Matches are distributed among these distances:
37 102 1.00
ACGTcount: A:0.24, C:0.19, G:0.32, T:0.24
Consensus pattern (37 bp):
TCCGGGTAAGACCCGATGACTACGTGTGGAGATTATG
Found at i:15671 original size:40 final size:40
Alignment explanation
Indices: 15603--15955 Score: 580
Period size: 40 Copynumber: 8.8 Consensus size: 40
15593 TGAGAATTGA
* * *
15603 TAGTGATATATCCGGGCTAAATCCCGAAGAGCATTCGTGC
1 TAGTGATGTATCCGGACTAAGTCCCGAAGAGCATTCGTGC
**
15643 TAGTGATGTATCCGGACTAAGTTTCGAAGAGCATTCGTGC
1 TAGTGATGTATCCGGACTAAGTCCCGAAGAGCATTCGTGC
15683 TAGTGATGTATCCGGACTAAGTCCCGAAGAGCATTCGTGC
1 TAGTGATGTATCCGGACTAAGTCCCGAAGAGCATTCGTGC
* *
15723 TAGTGATGTATCCGGACTAAGTTCCGAAGAGCATTCATGC
1 TAGTGATGTATCCGGACTAAGTCCCGAAGAGCATTCGTGC
*
15763 TAGTGATGTATCCAGACTAAGTCCCGAAGAGCATTCGTGC
1 TAGTGATGTATCCGGACTAAGTCCCGAAGAGCATTCGTGC
* *
15803 TAGTGATGTATCCGGACTAAGTTCCGAAGAGCATTCATGC
1 TAGTGATGTATCCGGACTAAGTCCCGAAGAGCATTCGTGC
15843 TAGTGATGTATCCGGACTAAGTCCCGAAGAGCATTCGTGC
1 TAGTGATGTATCCGGACTAAGTCCCGAAGAGCATTCGTGC
*
15883 TAGTGATGTATCCGGACTAAGTCCCGTAGAGCATTCGTGC
1 TAGTGATGTATCCGGACTAAGTCCCGAAGAGCATTCGTGC
* * *
15923 TAGTGATGTATCTGGGCTAGGTCCCGAAGAGCA
1 TAGTGATGTATCCGGACTAAGTCCCGAAGAGCA
15956 ATCATGCTGG
Statistics
Matches: 291, Mismatches: 22, Indels: 0
0.93 0.07 0.00
Matches are distributed among these distances:
40 291 1.00
ACGTcount: A:0.26, C:0.21, G:0.27, T:0.26
Consensus pattern (40 bp):
TAGTGATGTATCCGGACTAAGTCCCGAAGAGCATTCGTGC
Found at i:19985 original size:40 final size:41
Alignment explanation
Indices: 19850--20035 Score: 252
Period size: 41 Copynumber: 4.6 Consensus size: 41
19840 TACTAGAATG
*
19850 ATATCCGGGCTAAGTCCCGAAGGCTTTTGTGCTAAGCGACT
1 ATATCCGGGCTAAGTCCCGAAGGCATTTGTGCTAAGCGACT
*
19891 ATATCCGGGCTAAGTCCCGAAGGCTTTTGTGCTAAGCGACT
1 ATATCCGGGCTAAGTCCCGAAGGCATTTGTGCTAAGCGACT
* *
19932 ACATCCGGACTAAGAT-CCGAAGGCATTTGTGCT-AGCGACT
1 ATATCCGGGCTAAG-TCCCGAAGGCATTTGTGCTAAGCGACT
* * *
19972 ATATCCGGGCTAAGTCCCGAAGGCATTTATGCT-AGTGACC
1 ATATCCGGGCTAAGTCCCGAAGGCATTTGTGCTAAGCGACT
* * *
20012 ATATCCAGGTTAAGACCCGAAGGC
1 ATATCCGGGCTAAGTCCCGAAGGC
20036 CTTGTGCGAG
Statistics
Matches: 132, Mismatches: 11, Indels: 5
0.89 0.07 0.03
Matches are distributed among these distances:
39 1 0.01
40 61 0.46
41 69 0.52
42 1 0.01
ACGTcount: A:0.25, C:0.25, G:0.26, T:0.24
Consensus pattern (41 bp):
ATATCCGGGCTAAGTCCCGAAGGCATTTGTGCTAAGCGACT
Found at i:19992 original size:81 final size:82
Alignment explanation
Indices: 19852--20005 Score: 249
Period size: 81 Copynumber: 1.9 Consensus size: 82
19842 CTAGAATGAT
* * *
19852 ATCCGGGCTAAGTCCCGAAGGCTTTTGTGCTAAGCGACTATATCCGGGCTAAGTCCCGAAGGCTT
1 ATCCGGACTAAGTCCCGAAGGCATTTGTGCTAAGCGACTATATCCGGGCTAAGTCCCGAAGGCAT
*
19917 TTGTGCTAAGCGACTAC
66 TTATGCTAAGCGACTAC
19934 ATCCGGACTAAGAT-CCGAAGGCATTTGTGCT-AGCGACTATATCCGGGCTAAGTCCCGAAGGCA
1 ATCCGGACTAAG-TCCCGAAGGCATTTGTGCTAAGCGACTATATCCGGGCTAAGTCCCGAAGGCA
19997 TTTATGCTA
65 TTTATGCTA
20006 GTGACCATAT
Statistics
Matches: 67, Mismatches: 4, Indels: 3
0.91 0.05 0.04
Matches are distributed among these distances:
81 39 0.58
82 27 0.40
83 1 0.01
ACGTcount: A:0.24, C:0.25, G:0.26, T:0.25
Consensus pattern (82 bp):
ATCCGGACTAAGTCCCGAAGGCATTTGTGCTAAGCGACTATATCCGGGCTAAGTCCCGAAGGCAT
TTATGCTAAGCGACTAC
Found at i:22964 original size:48 final size:48
Alignment explanation
Indices: 22895--23708 Score: 1283
Period size: 48 Copynumber: 17.0 Consensus size: 48
22885 AGATAAATAT
22895 ATATATGTGTGATATGTATATGTGGTAAAGCCGAATGGCTAATGTGAA
1 ATATATGTGTGATATGTATATGTGGTAAAGCCGAATGGCTAATGTGAA
*
22943 ATATATGTGTGATATGTATATGTGGTAAAGCCGAATGGCGAATGTG-A
1 ATATATGTGTGATATGTATATGTGGTAAAGCCGAATGGCTAATGTGAA
22990 A-ATATGTGTGATATGTATATGTGGTAAAGCCGAATGGCTAATGTGAA
1 ATATATGTGTGATATGTATATGTGGTAAAGCCGAATGGCTAATGTGAA
* *
23037 ATATATATGAGATATGTATATGTGGTAAAGCCGAATGGCTAATGTGAA
1 ATATATGTGTGATATGTATATGTGGTAAAGCCGAATGGCTAATGTGAA
*
23085 ATATATGTGTGATATGTATATGTGGTAAAGCCGAATGGCGAATGTGAA
1 ATATATGTGTGATATGTATATGTGGTAAAGCCGAATGGCTAATGTGAA
* * *
23133 ATATGTATGAGATATGTATATGTGGTAAAGCCGAATGGCTAATGTGAA
1 ATATATGTGTGATATGTATATGTGGTAAAGCCGAATGGCTAATGTGAA
* *
23181 ATATATGTGTGATATGTATAAGTGGTAAAGCCGAATGGCGAATGTGAA
1 ATATATGTGTGATATGTATATGTGGTAAAGCCGAATGGCTAATGTGAA
* * *
23229 ATATGTATGAGATATGTATATGTGGTAAAGCCGAATGGCTAATGTGAA
1 ATATATGTGTGATATGTATATGTGGTAAAGCCGAATGGCTAATGTGAA
* *
23277 ATATATGTGTGATATGTATATATGGTAAAGCCAAATGG-TGAATGTGAA
1 ATATATGTGTGATATGTATATGTGGTAAAGCCGAATGGCT-AATGTGAA
* * *
23325 ATATGTATGAGATATGTATATGTGGTAAAGCCGAATGGCTAATGTGAA
1 ATATATGTGTGATATGTATATGTGGTAAAGCCGAATGGCTAATGTGAA
*
23373 ATATATGTGTGATATGCATATGTGGTAAAGCCGAATGGCTAATGTGAA
1 ATATATGTGTGATATGTATATGTGGTAAAGCCGAATGGCTAATGTGAA
** * *
23421 ATATATACGAGATATGTATATGTGGTAAAGCGGAATGGCTAATGTGAA
1 ATATATGTGTGATATGTATATGTGGTAAAGCCGAATGGCTAATGTGAA
*
23469 ATATATGTGTGATATGTATATGTGGTAAAGCCGAATGGCGAATGTGAA
1 ATATATGTGTGATATGTATATGTGGTAAAGCCGAATGGCTAATGTGAA
* * *
23517 ATATGTATGAGATATGTATATGTGGTAAAGCCGAATGGCTAATGTGAA
1 ATATATGTGTGATATGTATATGTGGTAAAGCCGAATGGCTAATGTGAA
*
23565 ATATATGTGTGATATGTATATGTGGTAAAACCGAATGGCTAATGTGAA
1 ATATATGTGTGATATGTATATGTGGTAAAGCCGAATGGCTAATGTGAA
* * * *
23613 ATATATATGAGATATGTATATGTCGTAAAGCCGAATGGCGAATGTGAA
1 ATATATGTGTGATATGTATATGTGGTAAAGCCGAATGGCTAATGTGAA
* * * *
23661 ATATGTATGAGATATGAATATGTGGTAAAGCCGAATGGCTAATGTGAA
1 ATATATGTGTGATATGTATATGTGGTAAAGCCGAATGGCTAATGTGAA
23709 TGTTGTAACA
Statistics
Matches: 700, Mismatches: 62, Indels: 8
0.91 0.08 0.01
Matches are distributed among these distances:
46 43 0.06
47 5 0.01
48 651 0.93
49 1 0.00
ACGTcount: A:0.35, C:0.06, G:0.27, T:0.31
Consensus pattern (48 bp):
ATATATGTGTGATATGTATATGTGGTAAAGCCGAATGGCTAATGTGAA
Found at i:23277 original size:192 final size:192
Alignment explanation
Indices: 22895--23708 Score: 1416
Period size: 192 Copynumber: 4.2 Consensus size: 192
22885 AGATAAATAT
* * * *
22895 ATATATGTGTGATATGTATATGTGGTAAAGCCGAATGGCTAATGTGAAATATATGTGTGATATGT
1 ATATATGTGTGATATGTATATGTGGTAAAGCCGAATGGCGAATGTGAAATATGTATGAGATATGT
*
22960 ATATGTGGTAAAGCCGAATGGCGAATGTG-AA-ATATGTGTGATATGTATATGTGGTAAAGCCGA
66 ATATGTGGTAAAGCCGAATGGCTAATGTGAAATATATGTGTGATATGTATATGTGGTAAAGCCGA
23023 ATGGCTAATGTGAAATATATATGAGATATGTATATGTGGTAAAGCCGAATGGCTAATGTGAA
131 ATGGCTAATGTGAAATATATATGAGATATGTATATGTGGTAAAGCCGAATGGCTAATGTGAA
23085 ATATATGTGTGATATGTATATGTGGTAAAGCCGAATGGCGAATGTGAAATATGTATGAGATATGT
1 ATATATGTGTGATATGTATATGTGGTAAAGCCGAATGGCGAATGTGAAATATGTATGAGATATGT
*
23150 ATATGTGGTAAAGCCGAATGGCTAATGTGAAATATATGTGTGATATGTATAAGTGGTAAAGCCGA
66 ATATGTGGTAAAGCCGAATGGCTAATGTGAAATATATGTGTGATATGTATATGTGGTAAAGCCGA
* *
23215 ATGGCGAATGTGAAATATGTATGAGATATGTATATGTGGTAAAGCCGAATGGCTAATGTGAA
131 ATGGCTAATGTGAAATATATATGAGATATGTATATGTGGTAAAGCCGAATGGCTAATGTGAA
* * *
23277 ATATATGTGTGATATGTATATATGGTAAAGCCAAATGGTGAATGTGAAATATGTATGAGATATGT
1 ATATATGTGTGATATGTATATGTGGTAAAGCCGAATGGCGAATGTGAAATATGTATGAGATATGT
*
23342 ATATGTGGTAAAGCCGAATGGCTAATGTGAAATATATGTGTGATATGCATATGTGGTAAAGCCGA
66 ATATGTGGTAAAGCCGAATGGCTAATGTGAAATATATGTGTGATATGTATATGTGGTAAAGCCGA
* *
23407 ATGGCTAATGTGAAATATATACGAGATATGTATATGTGGTAAAGCGGAATGGCTAATGTGAA
131 ATGGCTAATGTGAAATATATATGAGATATGTATATGTGGTAAAGCCGAATGGCTAATGTGAA
23469 ATATATGTGTGATATGTATATGTGGTAAAGCCGAATGGCGAATGTGAAATATGTATGAGATATGT
1 ATATATGTGTGATATGTATATGTGGTAAAGCCGAATGGCGAATGTGAAATATGTATGAGATATGT
*
23534 ATATGTGGTAAAGCCGAATGGCTAATGTGAAATATATGTGTGATATGTATATGTGGTAAAACCGA
66 ATATGTGGTAAAGCCGAATGGCTAATGTGAAATATATGTGTGATATGTATATGTGGTAAAGCCGA
* *
23599 ATGGCTAATGTGAAATATATATGAGATATGTATATGTCGTAAAGCCGAATGGCGAATGTGAA
131 ATGGCTAATGTGAAATATATATGAGATATGTATATGTGGTAAAGCCGAATGGCTAATGTGAA
* * * * *
23661 ATATGTATGAGATATGAATATGTGGTAAAGCCGAATGGCTAATGTGAA
1 ATATATGTGTGATATGTATATGTGGTAAAGCCGAATGGCGAATGTGAA
23709 TGTTGTAACA
Statistics
Matches: 591, Mismatches: 31, Indels: 2
0.95 0.05 0.00
Matches are distributed among these distances:
190 89 0.15
191 2 0.00
192 500 0.85
ACGTcount: A:0.35, C:0.06, G:0.27, T:0.31
Consensus pattern (192 bp):
ATATATGTGTGATATGTATATGTGGTAAAGCCGAATGGCGAATGTGAAATATGTATGAGATATGT
ATATGTGGTAAAGCCGAATGGCTAATGTGAAATATATGTGTGATATGTATATGTGGTAAAGCCGA
ATGGCTAATGTGAAATATATATGAGATATGTATATGTGGTAAAGCCGAATGGCTAATGTGAA
Found at i:23803 original size:37 final size:37
Alignment explanation
Indices: 23753--23897 Score: 245
Period size: 37 Copynumber: 3.9 Consensus size: 37
23743 GGAAATGTAT
*
23753 TCCGGGTGAGACCCGATGACTACGTGTGGAGATTATG
1 TCCGGGTAAGACCCGATGACTACGTGTGGAGATTATG
23790 TCCGGGTAAGACCCGATGACTACGTGTGGAGATTATG
1 TCCGGGTAAGACCCGATGACTACGTGTGGAGATTATG
* *
23827 TCCGGGTAAGACCTGATGACTACGTGTGGAGAGTATG
1 TCCGGGTAAGACCCGATGACTACGTGTGGAGATTATG
* *
23864 TCCGGGTAAGACCCGATAACTTCGTGTGGAGATT
1 TCCGGGTAAGACCCGATGACTACGTGTGGAGATT
23898 TCGTCTGAGC
Statistics
Matches: 101, Mismatches: 7, Indels: 0
0.94 0.06 0.00
Matches are distributed among these distances:
37 101 1.00
ACGTcount: A:0.23, C:0.19, G:0.33, T:0.25
Consensus pattern (37 bp):
TCCGGGTAAGACCCGATGACTACGTGTGGAGATTATG
Found at i:33351 original size:55 final size:53
Alignment explanation
Indices: 33226--33414 Score: 179
Period size: 55 Copynumber: 3.5 Consensus size: 53
33216 AACTTACCAT
* * * * *
33226 TGCCATGTCTTGACATTGTTTTACGTGGTATCCTTGCCTTAT-GAACTTA-CTAA
1 TGCCATGCCTTGACATGGTCTTACATGG-ATCCTTGCCTTATAGAACTCATC-AA
* **
33279 TGCCATGCCTTGGCATGGTCTTACATGGGGCCTTTGCCTTATAGTAACTCATCAA
1 TGCCATGCCTTGACATGGTCTTACATGGATCC-TTGCCTTATAG-AACTCATCAA
* * *
33334 TGCCATGTCTTGACATGGTCTTACAT-GATTTCCTTACCTTATAAAAC-CTATCAA
1 TGCCATGCCTTGACATGGTCTTACATGGA--TCCTTGCCTTATAGAACTC-ATCAA
*
33388 TGCCATGCCTTGGCATGGTCTTACATG
1 TGCCATGCCTTGACATGGTCTTACATG
33415 ATATCCTTAT
Statistics
Matches: 112, Mismatches: 16, Indels: 14
0.79 0.11 0.10
Matches are distributed among these distances:
52 2 0.02
53 33 0.29
54 34 0.30
55 40 0.36
56 3 0.03
ACGTcount: A:0.22, C:0.24, G:0.18, T:0.37
Consensus pattern (53 bp):
TGCCATGCCTTGACATGGTCTTACATGGATCCTTGCCTTATAGAACTCATCAA
Found at i:33409 original size:54 final size:55
Alignment explanation
Indices: 33226--33428 Score: 184
Period size: 54 Copynumber: 3.7 Consensus size: 55
33216 AACTTACCAT
* * * * * * * *
33226 TGCCATGTCTTGACATTGTTTTACGTGGTATCCTTGCCTTAT-G-AACTTA-CTAA
1 TGCCATGCCTTGGCATGGTCTTACATGATATCCTTACCTTATAGAAACTCATC-AA
*** * *
33279 TGCCATGCCTTGGCATGGTCTTACATG-GGGCCTTTGCCTTATAGTAACTCATCAA
1 TGCCATGCCTTGGCATGGTCTTACATGATATCC-TTACCTTATAGAAACTCATCAA
* * *
33334 TGCCATGTCTTGACATGGTCTTACATGATTTCCTTACCTTATA-AAAC-CTATCAA
1 TGCCATGCCTTGGCATGGTCTTACATGATATCCTTACCTTATAGAAACTC-ATCAA
*
33388 TGCCATGCCTTGGCATGGTCTTACATGATATCCTTATCTTA
1 TGCCATGCCTTGGCATGGTCTTACATGATATCCTTACCTTA
33429 CCAAATGCCA
Statistics
Matches: 124, Mismatches: 20, Indels: 11
0.80 0.13 0.07
Matches are distributed among these distances:
52 2 0.02
53 32 0.26
54 46 0.37
55 41 0.33
56 3 0.02
ACGTcount: A:0.22, C:0.24, G:0.17, T:0.37
Consensus pattern (55 bp):
TGCCATGCCTTGGCATGGTCTTACATGATATCCTTACCTTATAGAAACTCATCAA
Found at i:33467 original size:47 final size:47
Alignment explanation
Indices: 33407--33522 Score: 196
Period size: 47 Copynumber: 2.5 Consensus size: 47
33397 TTGGCATGGT
* *
33407 CTTACATGATATCCTTATCTTACCAAATGCCATGTTCCAAACATAGC
1 CTTACATGGTATCCTTGTCTTACCAAATGCCATGTTCCAAACATAGC
* *
33454 CTTACATGGTATCCTTGTCTTACCAAATGCCATGTTCCAAACATGGT
1 CTTACATGGTATCCTTGTCTTACCAAATGCCATGTTCCAAACATAGC
33501 CTTACATGGTATCCTTGTCTTA
1 CTTACATGGTATCCTTGTCTTA
33523 GTGCTAATGC
Statistics
Matches: 65, Mismatches: 4, Indels: 0
0.94 0.06 0.00
Matches are distributed among these distances:
47 65 1.00
ACGTcount: A:0.27, C:0.26, G:0.12, T:0.35
Consensus pattern (47 bp):
CTTACATGGTATCCTTGTCTTACCAAATGCCATGTTCCAAACATAGC
Found at i:34682 original size:9 final size:9
Alignment explanation
Indices: 34668--34704 Score: 74
Period size: 9 Copynumber: 4.1 Consensus size: 9
34658 CTTACTATTG
34668 AGCTTGGAA
1 AGCTTGGAA
34677 AGCTTGGAA
1 AGCTTGGAA
34686 AGCTTGGAA
1 AGCTTGGAA
34695 AGCTTGGAA
1 AGCTTGGAA
34704 A
1 A
34705 CGCTAACCAT
Statistics
Matches: 28, Mismatches: 0, Indels: 0
1.00 0.00 0.00
Matches are distributed among these distances:
9 28 1.00
ACGTcount: A:0.35, C:0.11, G:0.32, T:0.22
Consensus pattern (9 bp):
AGCTTGGAA
Found at i:35024 original size:76 final size:76
Alignment explanation
Indices: 34898--35050 Score: 306
Period size: 76 Copynumber: 2.0 Consensus size: 76
34888 ATAAATAAGG
34898 ACCTTCACTTTAAAAACCCATTTCAATTAAATCCCCTTTATTATCTAGAACACACATTTTGCTAA
1 ACCTTCACTTTAAAAACCCATTTCAATTAAATCCCCTTTATTATCTAGAACACACATTTTGCTAA
34963 TTTTACAATTT
66 TTTTACAATTT
34974 ACCTTCACTTTAAAAACCCATTTCAATTAAATCCCCTTTATTATCTAGAACACACATTTTGCTAA
1 ACCTTCACTTTAAAAACCCATTTCAATTAAATCCCCTTTATTATCTAGAACACACATTTTGCTAA
35039 TTTTACAATTT
66 TTTTACAATTT
35050 A
1 A
35051 GTCCTAATTA
Statistics
Matches: 77, Mismatches: 0, Indels: 0
1.00 0.00 0.00
Matches are distributed among these distances:
76 77 1.00
ACGTcount: A:0.35, C:0.24, G:0.03, T:0.39
Consensus pattern (76 bp):
ACCTTCACTTTAAAAACCCATTTCAATTAAATCCCCTTTATTATCTAGAACACACATTTTGCTAA
TTTTACAATTT
Found at i:37439 original size:16 final size:16
Alignment explanation
Indices: 37413--37456 Score: 52
Period size: 16 Copynumber: 2.7 Consensus size: 16
37403 TGGAAAAGCC
**
37413 AAAATGCCGAAATGTCG
1 AAAA-GCCGAAATACCG
*
37430 AAAAGTCGAAATACCG
1 AAAAGCCGAAATACCG
37446 AAAAGCCGAAA
1 AAAAGCCGAAA
37457 GTTTGGCTAC
Statistics
Matches: 23, Mismatches: 4, Indels: 1
0.82 0.14 0.04
Matches are distributed among these distances:
16 19 0.83
17 4 0.17
ACGTcount: A:0.50, C:0.18, G:0.20, T:0.11
Consensus pattern (16 bp):
AAAAGCCGAAATACCG
Found at i:37704 original size:29 final size:29
Alignment explanation
Indices: 37671--37751 Score: 117
Period size: 29 Copynumber: 2.8 Consensus size: 29
37661 ATATGATTTA
* *
37671 GGCCTAATGGGCCATATGAATGTGAATTG
1 GGCCTAGTGGGCCATATGAATGTGAACTG
* *
37700 GGCCTAGTGGGCCATAAGAATATGAACTG
1 GGCCTAGTGGGCCATATGAATGTGAACTG
*
37729 GGCCTAGTGGGCCATATGCATGT
1 GGCCTAGTGGGCCATATGAATGT
37752 ATGTAAGGGT
Statistics
Matches: 45, Mismatches: 7, Indels: 0
0.87 0.13 0.00
Matches are distributed among these distances:
29 45 1.00
ACGTcount: A:0.26, C:0.17, G:0.32, T:0.25
Consensus pattern (29 bp):
GGCCTAGTGGGCCATATGAATGTGAACTG
Found at i:43263 original size:28 final size:28
Alignment explanation
Indices: 43200--43350 Score: 205
Period size: 28 Copynumber: 5.4 Consensus size: 28
43190 ATATTAAGTC
*
43200 CGCACACTCAGTGCTATATAATC-AACT
1 CGCACACTTAGTGCTATATAATCAAACT
*
43227 TGCACACTTAGTGCTATATAATCAAACT
1 CGCACACTTAGTGCTATATAATCAAACT
* *
43255 CGCACACTTAGTGCTACATAATCGAACT
1 CGCACACTTAGTGCTATATAATCAAACT
*
43283 CGCACACTTAGTGCTACATAATCAAACT
1 CGCACACTTAGTGCTATATAATCAAACT
* * * *
43311 CGCACACTTAGTGCTGTACAATTTAAACC
1 CGCACACTTAGTGCTATATAA-TCAAACT
43340 CGCACACTTAG
1 CGCACACTTAG
43351 CGCCAATCTC
Statistics
Matches: 111, Mismatches: 11, Indels: 2
0.90 0.09 0.02
Matches are distributed among these distances:
27 21 0.19
28 74 0.67
29 16 0.14
ACGTcount: A:0.33, C:0.28, G:0.13, T:0.26
Consensus pattern (28 bp):
CGCACACTTAGTGCTATATAATCAAACT
Done.