genome.fa.s359.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold2975
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  121409

Tables:   1   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1877--1982	29	3.7	29	79	10	119	28	30	13	28	1.94
5016--5107	39	2.3	40	87	5	125	25	21	28	25	1.99
7357--7571	40	5.5	40	91	5	341	24	21	28	26	1.99
7357--7571	79	2.7	78	93	3	353	24	21	28	26	1.99
11591--11695	39	2.6	39	85	5	113	24	21	27	25	2.00
11554--11695	40	3.6	40	78	12	141	24	21	28	25	1.99
11554--11701	79	1.9	80	80	7	176	25	21	28	24	1.99
11920--12130	47	4.5	47	95	0	368	32	7	29	30	1.85
12109--12151	16	2.7	16	88	0	50	34	4	32	27	1.78
12061--12193	63	2.1	63	81	0	158	33	8	30	27	1.86
16641--16675	18	2.0	18	88	5	54	65	5	0	28	1.15
17660--17771	29	3.9	29	80	3	120	27	32	14	25	1.95
19157--19330	40	4.4	40	79	7	185	25	26	21	26	2.00
19177--19280	39	2.6	40	92	1	165	25	26	21	25	1.99
19160--19330	79	2.2	80	81	8	197	25	26	22	25	2.00
19668--19931	47	5.6	47	92	1	420	29	29	8	32	1.86
19668--19931	96	2.8	94	91	2	420	29	29	8	32	1.86
20156--20337	40	4.6	40	82	8	212	25	27	21	25	1.99
20156--20337	79	2.3	81	82	9	214	25	27	21	25	1.99
24721--24775	22	2.5	22	80	11	76	32	21	25	20	1.97
24920--24998	41	1.9	41	92	0	131	27	29	20	22	1.98
25258--25397	27	5.1	27	74	14	101	32	9	17	41	1.81
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25319--25422	27	3.8	27	78	12	97	30	4	18	46	1.70
25994--26110	29	4.1	29	82	5	139	29	33	12	24	1.93
25994--26110	57	2.0	57	85	8	157	29	33	12	24	1.93
26329--26371	16	2.7	16	89	7	61	6	16	20	55	1.64
29097--29214	38	3.1	38	87	1	166	18	21	24	35	1.95
29110--29245	38	3.5	38	83	6	157	17	22	26	33	1.96
33074--33159	42	2.0	42	97	0	163	31	13	26	27	1.94
34155--34272	38	3.1	38	86	1	157	17	19	23	38	1.93
34168--34304	38	3.6	38	82	2	112	18	21	24	35	1.95
35253--35405	6	24.8	6	72	15	116	47	14	17	20	1.83
35255--35405	19	7.8	18	68	22	67	47	14	17	21	1.83
35253--35370	31	3.8	31	75	10	125	46	15	17	20	1.84
35255--35334	37	2.2	37	90	0	124	47	15	17	20	1.83
35295--35405	25	4.7	25	73	17	94	45	14	17	22	1.84
35321--35404	43	2.0	43	92	0	141	47	14	17	20	1.82
35525--35576	27	2.0	26	84	3	68	34	23	25	17	1.96
35823--36069	27	9.1	27	87	0	305	25	22	17	34	1.96
36108--36286	27	6.6	27	83	3	182	31	7	20	39	1.81
36080--36236	81	1.9	81	79	5	174	34	8	19	36	1.83
36101--36286	81	2.3	81	84	5	225	32	8	19	39	1.81
38234--38364	19	7.1	18	72	16	72	50	14	16	19	1.78
38243--38364	6	19.8	6	76	14	106	50	13	17	18	1.79
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
38255--38364	19	5.9	18	72	17	84	49	14	17	19	1.80
38255--38364	31	3.5	31	76	14	127	49	14	17	19	1.80
38300--38364	25	2.6	25	90	0	103	47	13	16	21	1.82
38255--38355	37	2.7	37	81	4	123	48	14	17	18	1.81
38584--38634	27	1.9	26	84	4	66	35	19	25	19	1.95
38881--39127	27	9.2	27	82	3	212	25	20	17	36	1.94
38880--39127	54	4.6	54	78	2	239	25	20	18	36	1.95
38879--39129	81	3.1	81	85	0	315	24	20	18	36	1.94
39111--39345	27	8.7	27	80	4	129	31	8	21	39	1.82
39219--39416	54	3.8	54	75	11	171	30	7	19	42	1.78
39303--39390	46	1.9	46	93	2	151	29	3	18	48	1.64
39349--39416	26	2.6	27	88	2	102	27	7	20	44	1.78
39276--39416	72	1.9	73	86	1	203	30	5	19	44	1.73
43452--43542	46	2.0	46	95	0	164	32	8	24	34	1.86
44548--44698	38	3.9	37	80	6	149	17	21	24	36	1.95
46401--46469	33	2.1	34	83	8	88	26	21	23	28	1.99
52590--52723	40	3.3	40	90	0	205	23	18	26	32	1.97
56220--56323	46	2.3	46	94	0	181	25	31	7	35	1.84
56297--57098	47	17.1	47	93	0	1289	27	28	11	33	1.91
56783--57097	24	13.3	24	61	25	84	27	28	10	32	1.90
58526--58707	40	4.6	40	82	6	210	25	27	21	25	1.99
58526--58707	79	2.3	80	82	7	201	25	27	21	25	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
62477--62706	40	5.8	40	92	1	336	25	21	28	24	1.99
70487--70690	27	7.6	27	85	4	232	27	13	27	30	1.94
76255--76319	22	3.0	22	82	8	87	32	23	24	20	1.98
76464--76542	41	1.9	41	89	0	122	29	27	18	24	1.98
76802--76965	27	6.0	27	75	13	104	31	8	17	42	1.80
77548--77645	29	3.4	29	83	4	119	29	33	12	24	1.92
77864--77906	16	2.7	16	89	7	61	6	16	20	55	1.64
80632--80749	38	3.1	38	87	1	166	18	21	24	35	1.95
80645--80780	38	3.5	38	83	6	157	17	22	26	33	1.96
84609--84694	42	2.0	42	95	0	154	31	13	25	29	1.94
85691--85808	38	3.1	38	90	1	175	16	18	25	38	1.92
85704--85841	38	3.6	38	86	2	123	17	20	26	36	1.94
86789--86947	6	25.8	6	71	12	108	47	15	16	20	1.83
86789--86876	37	2.4	37	88	0	131	47	14	18	19	1.82
86837--86903	25	2.7	25	81	4	82	46	14	16	22	1.84
86865--86946	43	1.9	43	94	0	146	48	15	14	20	1.80
87066--87117	27	2.0	26	84	3	68	34	23	25	17	1.96
87363--87611	27	9.2	27	86	0	300	25	20	18	35	1.95
87650--87991	27	12.7	26	81	6	324	30	8	20	41	1.81
87622--87778	81	1.9	81	79	5	174	32	9	20	37	1.85
87704--87991	27	10.6	27	84	1	362	30	7	20	42	1.80
92358--92448	46	2.0	46	95	0	164	32	8	24	34	1.86
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
93454--93604	38	3.9	37	84	4	167	17	21	25	35	1.95
95307--95375	34	2.1	33	83	2	84	27	23	21	27	1.99
95393--95437	22	2.0	21	83	8	54	22	48	4	24	1.68
98665--99913	417	3.0	417	99	0	2453	29	16	18	35	1.93
102338--102471	40	3.3	40	90	0	205	23	18	26	32	1.97
106394--106497	46	2.3	46	94	0	181	25	31	7	35	1.84
106471--107272	47	17.1	47	96	0	1379	26	28	11	32	1.92
111023--111458	40	10.9	40	92	0	710	26	27	21	24	1.99
112869--112972	46	2.3	46	94	0	181	25	31	7	35	1.84
112986--113788	47	17.2	47	94	1	1366	25	28	11	33	1.91
113001--113775	25	33.2	24	59	20	126	25	28	12	33	1.92
113203--113277	23	3.2	23	63	29	59	28	29	10	32	1.90
119082--119224	40	3.6	41	83	9	179	24	21	27	25	1.99
119447--119852	47	8.6	47	93	2	670	33	8	29	28	1.86
119447--119852	189	2.1	190	94	0	715	33	8	29	28	1.86
120771--120805	18	2.1	16	89	10	52	57	0	14	28	1.38

Tables:   1

The End!