Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: Scaffold3611
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 1000
Length: 121245
ACGTcount: A:0.32, C:0.19, G:0.17, T:0.31
Found at i:2305 original size:40 final size:40
Alignment explanation
Indices: 2245--2467 Score: 374
Period size: 40 Copynumber: 5.6 Consensus size: 40
2235 CAAGCTCAAT
* * * * *
2245 TGCCTTCGGGTCTTAACCCGGGTATAGCAACTCGCACGAA
1 TGCCTTCGGGTCTTAGCCCGGATATATCAACTTGCACAAA
*
2285 TGCCTTCGGGTCTTAGCCCGGATATATCAACTTGCACAAT
1 TGCCTTCGGGTCTTAGCCCGGATATATCAACTTGCACAAA
2325 TGCCTTCGGGTCTTAGCCCGGATATATCAACTTGCACAAA
1 TGCCTTCGGGTCTTAGCCCGGATATATCAACTTGCACAAA
* *
2365 TGCCTTCGGGTCTTAGCCCGTATATATCAACTCGCACAAA
1 TGCCTTCGGGTCTTAGCCCGGATATATCAACTTGCACAAA
2405 TGCCTTCGGGTCTTAGCCCGGATATATCAACTTGCACAAA
1 TGCCTTCGGGTCTTAGCCCGGATATATCAACTTGCACAAA
2445 TGCCTTCGGGTCTTAGCCCGGAT
1 TGCCTTCGGGTCTTAGCCCGGAT
2468 GTATTCAAAT
Statistics
Matches: 172, Mismatches: 11, Indels: 0
0.94 0.06 0.00
Matches are distributed among these distances:
40 172 1.00
ACGTcount: A:0.22, C:0.29, G:0.22, T:0.27
Consensus pattern (40 bp):
TGCCTTCGGGTCTTAGCCCGGATATATCAACTTGCACAAA
Found at i:9307 original size:24 final size:26
Alignment explanation
Indices: 9257--9312 Score: 71
Period size: 28 Copynumber: 2.2 Consensus size: 26
9247 ACCCCGTACC
*
9257 CGAGACCGTTGCCGTAAGACGTCGAACG
1 CGAGACCGTTGCCG--AGACGTAGAACG
9285 CGAGACCGTTGCCG-GA-GTAGAACG
1 CGAGACCGTTGCCGAGACGTAGAACG
9309 CGAG
1 CGAG
9313 GTGCTAACAG
Statistics
Matches: 27, Mismatches: 1, Indels: 4
0.84 0.03 0.12
Matches are distributed among these distances:
24 11 0.41
25 2 0.07
28 14 0.52
ACGTcount: A:0.25, C:0.27, G:0.36, T:0.12
Consensus pattern (26 bp):
CGAGACCGTTGCCGAGACGTAGAACG
Found at i:10733 original size:40 final size:40
Alignment explanation
Indices: 10673--10895 Score: 374
Period size: 40 Copynumber: 5.6 Consensus size: 40
10663 CAAGCTCAAT
* * * * *
10673 TGCCTTCGGGTCTTAACCCGGGTATAGCAACTCGCACGAA
1 TGCCTTCGGGTCTTAGCCCGGATATATCAACTTGCACAAA
*
10713 TGCCTTCGGGTCTTAGCCCGGATATATCAACTTGCACAAT
1 TGCCTTCGGGTCTTAGCCCGGATATATCAACTTGCACAAA
10753 TGCCTTCGGGTCTTAGCCCGGATATATCAACTTGCACAAA
1 TGCCTTCGGGTCTTAGCCCGGATATATCAACTTGCACAAA
* *
10793 TGCCTTCGGGTCTTAGCCCGTATATATCAACTCGCACAAA
1 TGCCTTCGGGTCTTAGCCCGGATATATCAACTTGCACAAA
10833 TGCCTTCGGGTCTTAGCCCGGATATATCAACTTGCACAAA
1 TGCCTTCGGGTCTTAGCCCGGATATATCAACTTGCACAAA
10873 TGCCTTCGGGTCTTAGCCCGGAT
1 TGCCTTCGGGTCTTAGCCCGGAT
10896 GTATTCAAAT
Statistics
Matches: 172, Mismatches: 11, Indels: 0
0.94 0.06 0.00
Matches are distributed among these distances:
40 172 1.00
ACGTcount: A:0.22, C:0.29, G:0.22, T:0.27
Consensus pattern (40 bp):
TGCCTTCGGGTCTTAGCCCGGATATATCAACTTGCACAAA
Found at i:19138 original size:40 final size:40
Alignment explanation
Indices: 19078--19260 Score: 303
Period size: 40 Copynumber: 4.6 Consensus size: 40
19068 CAAGCTCAAT
* * * *
19078 TGCCTTCGGGTCTTAACCCGGGTATAGCAACTCGCACGAA
1 TGCCTTCGGGTCTTAGCCCGGATATATCAACTCGCACAAA
* *
19118 TGCCTTCGGGTCTTAGCCCGGATATATCAACTTGCACAAT
1 TGCCTTCGGGTCTTAGCCCGGATATATCAACTCGCACAAA
19158 TGCCTTCGGGTCTTAGCCCGGATATATCAACTCGCACAAA
1 TGCCTTCGGGTCTTAGCCCGGATATATCAACTCGCACAAA
*
19198 TGCCTTCGGGTCTTAGCCCGGATATATCAACTTGCACAAA
1 TGCCTTCGGGTCTTAGCCCGGATATATCAACTCGCACAAA
19238 TGCCTTCGGGTCTTAGCCCGGAT
1 TGCCTTCGGGTCTTAGCCCGGAT
19261 GTATTCAAAT
Statistics
Matches: 134, Mismatches: 9, Indels: 0
0.94 0.06 0.00
Matches are distributed among these distances:
40 134 1.00
ACGTcount: A:0.22, C:0.29, G:0.22, T:0.27
Consensus pattern (40 bp):
TGCCTTCGGGTCTTAGCCCGGATATATCAACTCGCACAAA
Found at i:37569 original size:18 final size:18
Alignment explanation
Indices: 37546--37586 Score: 73
Period size: 18 Copynumber: 2.3 Consensus size: 18
37536 ATGATCTTAT
*
37546 ATCTATATTTTTCAGTAA
1 ATCTATATTTTTCAATAA
37564 ATCTATATTTTTCAATAA
1 ATCTATATTTTTCAATAA
37582 ATCTA
1 ATCTA
37587 ACTTTGTACA
Statistics
Matches: 22, Mismatches: 1, Indels: 0
0.96 0.04 0.00
Matches are distributed among these distances:
18 22 1.00
ACGTcount: A:0.37, C:0.12, G:0.02, T:0.49
Consensus pattern (18 bp):
ATCTATATTTTTCAATAA
Found at i:41481 original size:20 final size:21
Alignment explanation
Indices: 41456--41494 Score: 62
Period size: 20 Copynumber: 1.9 Consensus size: 21
41446 AGTGACCCTA
*
41456 TATTATAATGGTT-TATATTT
1 TATTATAAAGGTTATATATTT
41476 TATTATAAAGGTTATATAT
1 TATTATAAAGGTTATATAT
41495 GTAAATTAAT
Statistics
Matches: 17, Mismatches: 1, Indels: 1
0.89 0.05 0.05
Matches are distributed among these distances:
20 12 0.71
21 5 0.29
ACGTcount: A:0.36, C:0.00, G:0.10, T:0.54
Consensus pattern (21 bp):
TATTATAAAGGTTATATATTT
Found at i:47683 original size:11 final size:11
Alignment explanation
Indices: 47667--47692 Score: 52
Period size: 11 Copynumber: 2.4 Consensus size: 11
47657 AAAAAAATCT
47667 TTTATTTAATA
1 TTTATTTAATA
47678 TTTATTTAATA
1 TTTATTTAATA
47689 TTTA
1 TTTA
47693 AATTTATATT
Statistics
Matches: 15, Mismatches: 0, Indels: 0
1.00 0.00 0.00
Matches are distributed among these distances:
11 15 1.00
ACGTcount: A:0.35, C:0.00, G:0.00, T:0.65
Consensus pattern (11 bp):
TTTATTTAATA
Found at i:52371 original size:6 final size:6
Alignment explanation
Indices: 52362--52396 Score: 52
Period size: 6 Copynumber: 5.8 Consensus size: 6
52352 TGATGATGAT
* *
52362 GAGGAG GAGGAG GAGGAC GAGGAC GAGGAC GAGGA
1 GAGGAC GAGGAC GAGGAC GAGGAC GAGGAC GAGGA
52397 GAGATGGATA
Statistics
Matches: 28, Mismatches: 1, Indels: 0
0.97 0.03 0.00
Matches are distributed among these distances:
6 28 1.00
ACGTcount: A:0.34, C:0.09, G:0.57, T:0.00
Consensus pattern (6 bp):
GAGGAC
Found at i:54601 original size:143 final size:141
Alignment explanation
Indices: 54415--56114 Score: 1401
Period size: 143 Copynumber: 12.0 Consensus size: 141
54405 AAAAGAAAAA
* * * * * *
54415 AGAACTTCACTATACATCACATGAT-AATTTACATTTCAACCTCTTAAAAATTTATACTTTATTT
1 AGAACTTCGCTATGCATCACATGGTAAATTTCCATTTTAACCTCTTAAAAATTTATACTTTATCT
* *
54479 TTGATTCCGTAATAGACTTTACCTCAAAATTCAAGTTTCAATATTTAAAAATGAAATTAAAAAGA
66 TTGATTCTGTAACAGACTTTACCTCAAAATTCAA-TTTCAATATTTAAAAATGAAATTAAAAA-A
* *
54544 ATCATAAGACACA
129 ATCATAAAACACG
**
54557 AGAACTTCGCTATGCATCACATTTTAAATTTCCATTTTAACCTCTTAAAAATTTATACTTTATCT
1 AGAACTTCGCTATGCATCACATGGTAAATTTCCATTTTAACCTCTTAAAAATTTATACTTTATCT
* * * * * *
54622 TTAATTATGTAATC-GA-TTTCTCCT-AGAAATTCGTATTTTAATATTTAAAATTGAAATTAAAA
66 TTGATTCTGTAA-CAGACTTT-ACCTCA-AAATTC-AATTTCAATATTTAAAAATGAAATTAAAA
*
54684 AAATCTTAAAACACG
127 AAATCATAAAACACG
* * * * * * *
54699 AGAAGTTTGCTATGCATCACATGATAAATTTCCATTTTAACCTCTTAAAAATTCAAACTATATAT
1 AGAACTTCGCTATGCATCACATGGTAAATTTCCATTTTAACCTCTTAAAAATTTATACTTTATCT
* *
54764 TTGATTCTGTAACAGACTTCGA-CTCAAAATTCAAGTTTCAACATTTAAAAATGAAATTAAAAAA
66 TTGATTCTGTAACAGACTT-TACCTCAAAATTCAA-TTTCAATATTTAAAAATGAAATTAAAAAA
* *
54828 ATTCATAAGACATG
129 A-TCATAAAACACG
* * * *
54842 AGAACTTTGCTATGCA-CTACATTGTAAATTACTA-TTTAACCTCTTAAAAATTTATACTTTATC
1 AGAACTTCGCTATGCATC-ACATGGTAAATTTCCATTTTAACCTCTTAAAAATTTATACTTTATC
* * * * * * * * * *
54905 TTTTATTTTGTACCCGA-GTTGCCTTGAAACTTGAATTTTAATATTTAAAAAT-AAATTTAAAAA
65 TTTGATTCTGTAACAGACTTTACC-TCAAAATTCAATTTCAATATTTAAAAATGAAA-TTAAAAA
* ** *
54968 AAGCGCAAAACACA
128 AATCATAAAACACG
** * ** * *
54982 ATTATTTTTCTATGCATCACATGGTAAATTT-CTTTATTAACCTCTTAAAAGTTTATACTTTATC
1 AGAACTTCGCTATGCATCACATGGTAAATTTCCATT-TTAACCTCTTAAAAATTTATACTTTATC
* * * * * *
55046 TATAATT-TCGTAACGGACTTCGA-CTCAAGATTCGAGTTTCAATATTTAAAAATGAAATTCAAA
65 TTTGATTCT-GTAACAGACTT-TACCTCAAAATTC-AATTTCAATATTTAAAAATGAAATT-AAA
* * * *
55109 AGAATCTTAAGACATG
126 AAAATCATAAAACACG
* * * *
55125 AGAATTTCGCTATGCATTACATGGTAAATTTCCATTTTAACCTCTTAAAAATTCAAACTTTATCT
1 AGAACTTCGCTATGCATCACATGGTAAATTTCCATTTTAACCTCTTAAAAATTTATACTTTATCT
** * * * * * *
55190 TTGATTCTGTAATGGACTTCATCTCAAAATTCGAGTTTTAACATTTAAAAATGAAATTAAAAAGA
66 TTGATTCTGTAACAGACTTTACCTCAAAATTC-AATTTCAATATTTAAAAATGAAATTAAAAAAA
*
55255 TACATAAGACACG
130 T-CATAAAACACG
* * * * *
55268 AGAACTTCGCTATGCATCACATTGTAAAATTCTACTTTAACCTTTTAAAAATTTATACTTTATCT
1 AGAACTTCGCTATGCATCACATGGTAAATTTCCATTTTAACCTCTTAAAAATTTATACTTTATCT
* * * ** * * *
55333 GTT-ATTCTGTAACCGA-GTTGCCTTGAAACTCGAATTTTAATATTTAAAAAT-AAAGTTTAAAA
66 -TTGATTCTGTAACAGACTTTACCTCAAAATTC-AATTTCAATATTTAAAAATGAAA-TTAAAAA
* ** *
55395 AAGCGCAAAACACA
128 AATCATAAAACACG
** * ** * *
55409 ATTAGTTTTCTATACATCACATGGTAAATTTCCTTTTTAACCTCTTAAAAATTTATACTTTATCT
1 AGAACTTCGCTATGCATCACATGGTAAATTTCCATTTTAACCTCTTAAAAATTTATACTTTATCT
* * * * * * *
55474 AT-AGTTCCGAAACAAACTTCGA-CTCAAAATTCGAGTTTCAATATTTAAAACTGAAATTCAAAA
66 TTGA-TTCTGTAACAGACTT-TACCTCAAAATTC-AATTTCAATATTTAAAAATGAAATT-AAAA
* **
55537 GAATCATAGGACACG
127 AAATCATAAAACACG
* * * * *
55552 AGAACTTCACCATGCATCACATGATAAATTTTCATTTTAACCTCTTAAAAATTTATACTTTACCT
1 AGAACTTCGCTATGCATCACATGGTAAATTTCCATTTTAACCTCTTAAAAATTTATACTTTATCT
* * ** **
55617 TTAATTCTGTAACCGACTTGGCCTCGGAATTCGAATTAT-AATATTTAAAAATGAAATTAAAAAA
66 TTGATTCTGTAACAGACTTTACCTCAAAATTC-AATT-TCAATATTTAAAAATGAAATT--AAAA
*
55681 AAATCATAAAAGACG
127 AAATCATAAAACACG
* ** * * * *
55696 AGAAGTTTTCTATGCATCACATGATAAATTTCCTTTTTAACCTTTTAAAAGTTTATACTTTATCT
1 AGAACTTCGCTATGCATCACATGGTAAATTTCCATTTTAACCTCTTAAAAATTTATACTTTATCT
* * * * *
55761 TTGATTCCGAAACCA-ACGTTGCCT-AGAAATTCAAATTTTAATATTTAAAAATGAAATTATAAA
66 TTGATTCTGTAA-CAGACTTTACCTCA-AAATTC-AATTTCAATATTTAAAAATGAAATTA-AAA
55824 AAATCATAAAACACG
127 AAATCATAAAACACG
* * ** * * * *
55839 ATAAGTTTTCTATGCATTACATGGTAAATTTCAATTTTAACCACTTCAAAATTTATACTTTATCT
1 AGAACTTCGCTATGCATCACATGGTAAATTTCCATTTTAACCTCTTAAAAATTTATACTTTATCT
* * * * * * *
55904 TTAATTGTGTAACGGAGTTT---GC------CAATTTCAGTATTTAAAAAT-ATATTAAAAACAA
66 TTGATTCTGTAACAGACTTTACCTCAAAATTCAATTTCAATATTTAAAAATGAAATTAAAAA-AA
*
55959 TCATAAGACACG
130 TCATAAAACACG
* * *
55971 AGAACTTCGCTATGCATCACATTGTAAATTTCTATTTTAATCTCTTAAAAATTTATACTTTATCT
1 AGAACTTCGCTATGCATCACATGGTAAATTTCCATTTTAACCTCTTAAAAATTTATACTTTATCT
* * * * *
56036 TTGATTCTGTAACTGACTTTGCCTCGACATTCGAA-TTCAAATATCTAAAAATGAAATTAAAAGA
66 TTGATTCTGTAACAGACTTTACCTCAAAATTC-AATTTC-AATATTTAAAAATGAAATTAAAA-A
56100 AATCATAAAACACG
128 AATCATAAAACACG
56114 A
1 A
56115 CATGTGACAG
Statistics
Matches: 1240, Mismatches: 259, Indels: 117
0.77 0.16 0.07
Matches are distributed among these distances:
131 4 0.00
132 89 0.07
133 17 0.01
134 1 0.00
135 1 0.00
140 36 0.03
141 147 0.12
142 291 0.23
143 528 0.43
144 125 0.10
145 1 0.00
ACGTcount: A:0.39, C:0.16, G:0.09, T:0.37
Consensus pattern (141 bp):
AGAACTTCGCTATGCATCACATGGTAAATTTCCATTTTAACCTCTTAAAAATTTATACTTTATCT
TTGATTCTGTAACAGACTTTACCTCAAAATTCAATTTCAATATTTAAAAATGAAATTAAAAAAAT
CATAAAACACG
Found at i:55433 original size:284 final size:285
Alignment explanation
Indices: 54066--56042 Score: 1125
Period size: 284 Copynumber: 6.9 Consensus size: 285
54056 TTTTACCTCG
* * * * * * ** * *
54066 AAATTCGAGTTTTCATATTTAAAGATAAAATTGAAAAAAAAAATCATAAGATAAAAGAATTTTAC
1 AAATTCGAGTTTTAATATTTAAAAATGAAATT--AAAAAGATA-CATAAGACACGAGAACTTCAC
* * * * * *
54131 TATGCATCA-AATGATAAATTTCTATTTTAACATCTTACAAATTTATACTTTAT-TTCTGATTTT
63 TATGCATCACATTG-TAAAATTCTATTTTAACCTCTTAAAAATTTATACTTTATCTT-TAATTCT
** * * * * *
54194 GTAA-C-AGTTTCACCTC-AATACTGGAATT-TAATATTTAAAAATGAATTTAAAAAGAATCATA
126 GTAACCGAG-TTGGCCTCGAA-ACTCGAATTATAATATTTAAAAATGAAATTAAAAAAAAGCACA
* * * ** ** *
54255 AGATA-AGAGAA--TTTCATTATGCATCAAATGGCCAATTTCCACTTTAACCTCTTAAAAGTTTA
189 AAACACA-AGAAGTTTTC--TATGCATCACATGGTAAATTTCCTTTTTAACCTCTTAAAAATTTA
* ** * * *
54317 TATTTTATCTTTGATTTTGTAACAAACTGCACCTTA
251 TACTTTATCTTTGATTCCGAAACAAACTTCA-CTCA
* * * * * * **
54353 AAATTCAAGTTTCAATATTTAAAAATAAAATTGAAAAGAAAATCATAAAAAAAAAAGAAAAAAGA
1 AAATTCGAGTTTTAATATTTAAAAATGAAATTAAAAAG-ATA-CAT--------AAGACACGAGA
* * * *
54418 ACTTCACTATACATCACA-TG-ATAATT-TACATTTCAACCTCTTAAAAATTTATACTTTATTTT
56 ACTTCACTATGCATCACATTGTAAAATTCT--ATTTTAACCTCTTAAAAATTTATACTTTATCTT
* * ** * ** * * *
54480 TGATTCCGTAATAGACTTTACCTCAAAATTC-AAGTT-TCAATATTTAAAAATGAAATTAAAAAG
119 TAATTCTGTAACCGAGTTGGCCTCGAAACTCGAA-TTAT-AATATTTAAAAATGAAATTAAAAAA
* * * * ** ** *
54543 AATCATAAGACACAAGAACTTCGCTATGCATCACATTTTAAATTTCCATTTTAACCTCTTAAAAA
182 AAGCACAAAACACAAGAAGTTTTCTATGCATCACATGGTAAATTTCCTTTTTAACCTCTTAAAAA
* ** * * * *
54608 TTTATACTTTATCTTTAATTATGTAATC-GATTTCTC-CTA
247 TTTATACTTTATCTTTGATTCCG-AAACAAACTTCACTC-A
* * * * * **
54647 GAAATTCGTA-TTTTAATATTTAAAATTGAAATTAAAAAAAT-CTTAAAACACGAGAAGTTTGCT
1 -AAATTCG-AGTTTTAATATTTAAAAATGAAATTAAAAAGATACATAAGACACGAGAACTTCACT
* * * * * * *
54710 ATGCATCACA-TGATAAATTTCCATTTTAACCTCTTAAAAATTCAAACTATATATTTGATTCTGT
64 ATGCATCACATTG-TAAAATTCTATTTTAACCTCTTAAAAATTTATACTTTATCTTTAATTCTGT
* * * * * * * ** * *
54774 AACAGACTTCGACTCAAAATTC-AAGTT-TCAACATTTAAAAATGAAATTAAAAAAATTCATAAG
128 AACCGAGTTGGCCTCGAAACTCGAA-TTAT-AATATTTAAAAATGAAATTAAAAAAAAGCACAAA
** * * * * *
54837 ACATGAGAACTTTGCTATGCA-CTACATTGTAAA-TTACTATTTAACCTCTTAAAAATTTATACT
191 ACACAAGAAGTTTTCTATGCATC-ACATGGTAAATTTCCTTTTTAACCTCTTAAAAATTTATACT
* ** * * ** * *
54900 TTATCTTTTATTTTGTACCCGAGTTGC-CTTGA
255 TTATCTTTGATTCCGAAACAAACTT-CAC-TCA
* * ** * * ** * **
54932 AACTT-GAATTTTAATATTTAAAAAT-AAATTTAAAAA-A-AGCGCAAAACACAATTATTTTTCT
1 AAATTCGAGTTTTAATATTTAAAAATGAAA-TTAAAAAGATA-CATAAGACACGAGAACTTCACT
* * * *
54993 ATGCATCACATGGTAAATTTCT-TTATTAACCTCTTAAAAGTTTATACTTTATCTATAATT-TCG
64 ATGCATCACATTGTAAAATTCTATT-TTAACCTCTTAAAAATTTATACTTTATCTTTAATTCT-G
* * * * * * * * * **
55056 TAACGGACTTCGACTC-AAGATTCGAGTT-TCAATATTTAAAAATGAAATTCAAAAGAATCTTAA
127 TAACCGAGTTGGCCTCGAA-ACTCGAATTAT-AATATTTAAAAATGAAATTAAAAAAAAGCACAA
* ** * * * * *
55119 GACATGAGAA-TTTCGCTATGCATTACATGGTAAATTTCCATTTTAACCTCTTAAAAATTCAAAC
190 AACACAAGAAGTTT-TCTATGCATCACATGGTAAATTTCCTTTTTAACCTCTTAAAAATTTATAC
* * ***
55183 TTTATCTTTGATTCTGTAATGGACTTCATCTCA
254 TTTATCTTTGATTCCGAAACAAACTTCA-CTCA
* *
55216 AAATTCGAGTTTTAACATTTAAAAATGAAATTAAAAAGATACATAAGACACGAGAACTTCGCTAT
1 AAATTCGAGTTTTAATATTTAAAAATGAAATTAAAAAGATACATAAGACACGAGAACTTCACTAT
* *
55281 GCATCACATTGTAAAATTCTACTTTAACCTTTTAAAAATTTATACTTTATCTGTT-ATTCTGTAA
66 GCATCACATTGTAAAATTCTATTTTAACCTCTTAAAAATTTATACTTTATCT-TTAATTCTGTAA
* * * *
55345 CCGAGTT-GCCTTGAAACTCGAATTTTAATATTTAAAAAT-AAAGTT-TAAAAAAGCGCAAAACA
130 CCGAGTTGGCCTCGAAACTCGAATTATAATATTTAAAAATGAAA-TTAAAAAAAAGCACAAAACA
** *
55407 CAATTAGTTTTCTATACATCACATGGTAAATTTCCTTTTTAACCTCTTAAAAATTTATACTTTAT
194 CAAGAAGTTTTCTATGCATCACATGGTAAATTTCCTTTTTAACCTCTTAAAAATTTATACTTTAT
*
55472 CTAT-AGTTCCGAAACAAACTTCGACTCA
259 CTTTGA-TTCCGAAACAAACTTC-ACTCA
* * * * *
55500 AAATTCGAGTTTCAATATTTAAAACTGAAATTCAAAAGA-ATCATAGGACACGAGAACTTCACCA
1 AAATTCGAGTTTTAATATTTAAAAATGAAATTAAAAAGATA-CATAAGACACGAGAACTTCACTA
* *
55564 TGCATCACA-TG-ATAAATTTTCATTTTAACCTCTTAAAAATTTATACTTTACCTTTAATTCTGT
65 TGCATCACATTGTA-AAATTCT-ATTTTAACCTCTTAAAAATTTATACTTTATCTTTAATTCTGT
* * * * *
55627 AACCGACTTGGCCTCGGAATTCGAATTATAATATTTAAAAATGAAATTAAAAAAAAATCATAAAA
128 AACCGAGTTGGCCTCGAAACTCGAATTATAATATTTAAAAATGAAATT-AAAAAAAAGCACAAAA
* * * * *
55692 GACGAGAAGTTTTCTATGCATCACATGATAAATTTCCTTTTTAACCTTTTAAAAGTTTATACTTT
192 CACAAGAAGTTTTCTATGCATCACATGGTAAATTTCCTTTTTAACCTCTTAAAAATTTATACTTT
*
55757 ATCTTTGATTCCGAAACCAACGTTGC-CT-A
257 ATCTTTGATTCCGAAACAAAC-TT-CACTCA
* * * * * * **
55786 GAAATTCAAATTTTAATATTTAAAAATGAAATTATAAAAAAT-CATAAAACACGATAAGTTTTCT
1 -AAATTCGAGTTTTAATATTTAAAAATGAAATTA-AAAAGATACATAAGACACGAGAACTTCACT
* * * * * * *
55850 ATGCATTACATGGTAAATTTCAATTTTAACCACTTCAAAATTTATACTTTATCTTTAATTGTGTA
64 ATGCATCACATTGTAAAATTCTATTTTAACCTCTTAAAAATTTATACTTTATCTTTAATTCTGTA
* * * * * * *
55915 ACGGAGTT----T-G---C-C-AATT-TCAGTATTTAAAAAT-ATATTAAAAACAATCATAAGAC
129 ACCGAGTTGGCCTCGAAACTCGAATTAT-AATATTTAAAAATGAAATTAAAAAAAAGCACAAAAC
* * ** * *
55968 ACGAGAACTTCGCTATGCATCACATTGTAAATTT-CTATTTTAATCTCTTAAAAATTTATACTTT
193 ACAAGAAGTTTTCTATGCATCACATGGTAAATTTCCT-TTTTAACCTCTTAAAAATTTATACTTT
56032 ATCTTTGATTC
257 ATCTTTGATTC
56043 TGTAACTGAC
Statistics
Matches: 1371, Mismatches: 241, Indels: 168
0.77 0.14 0.09
Matches are distributed among these distances:
274 2 0.00
275 78 0.06
276 5 0.00
277 16 0.01
278 1 0.00
282 15 0.01
283 180 0.13
284 316 0.23
285 210 0.15
286 94 0.07
287 216 0.16
288 13 0.01
289 2 0.00
291 1 0.00
292 6 0.00
293 38 0.03
294 42 0.03
295 130 0.09
296 4 0.00
297 2 0.00
ACGTcount: A:0.40, C:0.15, G:0.09, T:0.37
Consensus pattern (285 bp):
AAATTCGAGTTTTAATATTTAAAAATGAAATTAAAAAGATACATAAGACACGAGAACTTCACTAT
GCATCACATTGTAAAATTCTATTTTAACCTCTTAAAAATTTATACTTTATCTTTAATTCTGTAAC
CGAGTTGGCCTCGAAACTCGAATTATAATATTTAAAAATGAAATTAAAAAAAAGCACAAAACACA
AGAAGTTTTCTATGCATCACATGGTAAATTTCCTTTTTAACCTCTTAAAAATTTATACTTTATCT
TTGATTCCGAAACAAACTTCACTCA
Found at i:55495 original size:427 final size:423
Alignment explanation
Indices: 54125--56114 Score: 1754
Period size: 427 Copynumber: 4.7 Consensus size: 423
54115 GATAAAAGAA
* * * * * * * *
54125 TTTTACTATGCATCAAATGATAAATTTCTATTTTAACATCTTACAAATTTATACTTTATTTCTGA
1 TTTT-CTATGCATCACATGGTAAATTTCCATTTTAACCTCTTAAAAATTTATACTTTATCTATAA
** * * * * * * * *
54190 TTTTGTAACAG-TTTC-ACCTCAATACTGGAATTT-AATATTTAAAAATGAATTTAAAAAGAATC
65 TTACGAAACGGACTTCGA-CTCAAAATTCG-ATTTCAATATTTAAAAATGAAATTCAAAAGAATC
* * * ** * *** * * *
54252 ATAAGATAAGAGAATTTCATTATGCATCAAATGGCCAATTTCCACTTTAACCTCTTAAAAGTTTA
128 ATAAGACACGAGAACTTCGCTATGCATCACATGATAAATTTCCATTTTAACCTCTTAAAAATTCA
* * * * * * * * * *
54317 TATTTTATCTTTGATTTTGTAACAAACTGCACCTTAAAATTCAAGTTTCAATATTTAAAAATAAA
193 AACTTTATCTTTGATTCTGTAACAGACTTCA-CTCAAAATTCGAGTTTTAACATTTAAAAATGAA
* ** ** * *
54382 ATTGAAAAGAAA-ATCATAAAAAAAAAAGAAAAAAGAACTTCACTATACATCACA-TG-ATAATT
257 ATT-AAAA-AAATA-CAT--------AAGACACGAGAACTTTGCTATGCATCACATTGTA-AAAT
* * * ** * * **
54444 TAC-ATTTCAACCTCTTAAAAATTTATACTTTATTTTTGATTCCGTAATAGACTTTACCTCAAAA
310 TACTATTT-AACCTTTTAAAAATTTATACTTTATCTTT-ATTCTGTAACCGA-GTTGCCTTGAAA
* * * * ** * ** *
54508 TTC-AAGTTTCAATATTTAAAAATGAAATTAAAAAGAATCATAAGACACAAGAAC
372 CTCGAA-TTTTAATATTTAAAAAT-AAATTTAAAA-AAGCGCAAAACACAATTAG
** ** *
54562 TTCGCTATGCATCACATTTTAAATTTCCATTTTAACCTCTTAAAAATTTATACTTTATCTTTAAT
1 TTTTCTATGCATCACATGGTAAATTTCCATTTTAACCTCTTAAAAATTTATACTTTATCTATAAT
* * * ** * * *
54627 TATGTAATC-GATTTCTCCT-AGAAATTCGTATTTTAATATTTAAAATTGAAATT-AAAAAAATC
66 TACG-AAACGGACTTCGACTCA-AAATTCG-ATTTCAATATTTAAAAATGAAATTCAAAAGAATC
* * * *
54689 TTAAAACACGAGAAGTTTGCTATGCATCACATGATAAATTTCCATTTTAACCTCTTAAAAATTCA
128 ATAAGACACGAGAACTTCGCTATGCATCACATGATAAATTTCCATTTTAACCTCTTAAAAATTCA
* * * *
54754 AACTATATATTTGATTCTGTAACAGACTTCGACTCAAAATTCAAGTTTCAACATTTAAAAATGAA
193 AACTTTATCTTTGATTCTGTAACAGACTTC-ACTCAAAATTCGAGTTTTAACATTTAAAAATGAA
* *
54819 ATTAAAAAAATTCATAAGACATGAGAACTTTGCTATGCA-CTACATTGT-AAATTACTATTTAAC
257 ATTAAAAAAATACATAAGACACGAGAACTTTGCTATGCATC-ACATTGTAAAATTACTATTTAAC
* * * *
54882 CTCTTAAAAATTTATACTTTATCTTTTATTTTGTACCCGAGTTGCCTTGAAACTTGAATTTTAAT
321 CTTTTAAAAATTTATACTTTATC-TTTATTCTGTAACCGAGTTGCCTTGAAACTCGAATTTTAAT
*
54947 ATTTAAAAATAAATTTAAAAAAAGCGCAAAACACAATTAT
385 ATTTAAAAATAAATTT-AAAAAAGCGCAAAACACAATTAG
* *
54987 TTTTCTATGCATCACATGGTAAATTT-CTTTATTAACCTCTTAAAAGTTTATACTTTATCTATAA
1 TTTTCTATGCATCACATGGTAAATTTCCATT-TTAACCTCTTAAAAATTTATACTTTATCTATAA
* * * *
55051 TTTCGTAACGGACTTCGACTCAAGATTCGAGTTTCAATATTTAAAAATGAAATTCAAAAGAATCT
65 TTACGAAACGGACTTCGACTCAAAATTCGA-TTTCAATATTTAAAAATGAAATTCAAAAGAATCA
* * * *
55116 TAAGACATGAGAATTTCGCTATGCATTACATGGTAAATTTCCATTTTAACCTCTTAAAAATTCAA
129 TAAGACACGAGAACTTCGCTATGCATCACATGATAAATTTCCATTTTAACCTCTTAAAAATTCAA
**
55181 ACTTTATCTTTGATTCTGTAATGGACTTCATCTCAAAATTCGAGTTTTAACATTTAAAAATGAAA
194 ACTTTATCTTTGATTCTGTAACAGACTTCA-CTCAAAATTCGAGTTTTAACATTTAAAAATGAAA
* *
55246 TTAAAAAGATACATAAGACACGAGAACTTCGCTATGCATCACATTGTAAAATT-CTACTTTAACC
258 TTAAAAAAATACATAAGACACGAGAACTTTGCTATGCATCACATTGTAAAATTACTA-TTTAACC
55310 TTTTAAAAATTTATACTTTATCTGTTATTCTGTAACCGAGTTGCCTTGAAACTCGAATTTTAATA
322 TTTTAAAAATTTATACTTTATCT-TTATTCTGTAACCGAGTTGCCTTGAAACTCGAATTTTAATA
55375 TTTAAAAATAAAGTTTAAAAAAGCGCAAAACACAATTAG
386 TTTAAAAATAAA-TTTAAAAAAGCGCAAAACACAATTAG
* * *
55414 TTTTCTATACATCACATGGTAAATTTCCTTTTTAACCTCTTAAAAATTTATACTTTATCTATAGT
1 TTTTCTATGCATCACATGGTAAATTTCCATTTTAACCTCTTAAAAATTTATACTTTATCTATAAT
* ** *
55479 TCCGAAACAAACTTCGACTCAAAATTCGAGTTTCAATATTTAAAACTGAAATTCAAAAGAATCAT
66 TACGAAACGGACTTCGACTCAAAATTCGA-TTTCAATATTTAAAAATGAAATTCAAAAGAATCAT
* * * * * *
55544 AGGACACGAGAACTTCACCATGCATCACATGATAAATTTTCATTTTAACCTCTTAAAAATTTATA
130 AAGACACGAGAACTTCGCTATGCATCACATGATAAATTTCCATTTTAACCTCTTAAAAATTCAAA
* * * ** * * *
55609 CTTTACCTTTAATTCTGTAACCGACTTGGC-CTCGGAATTCGAATTATAATATTTAAAAATGAAA
195 CTTTATCTTTGATTCTGTAACAGACTT--CACTCAAAATTCGAGTTTTAACATTTAAAAATGAAA
* * * * * * * *
55673 TTAAAAAAAAATCATAAAAGACGAGAAGTTTTCTATGCATCACA-TGATAAATTTCCTTTTTAAC
258 TTAAAAAAATA-CATAAGACACGAGAACTTTGCTATGCATCACATTG-TAAAATTACTATTTAAC
* * * * * * *
55737 CTTTTAAAAGTTTATACTTTATCTTTGATTCCGAAACCAACGTTGCCTAGAAATTCAAATTTTAA
321 CTTTTAAAAATTTATACTTTATCTTT-ATTCTGTAACCGA-GTTGCCTTGAAACTCGAATTTTAA
* ** * *
55802 TATTTAAAAATGAAATTATAAAAAATCATAAAACACGATAAG
384 TATTTAAAAAT-AAATT-TAAAAAAGCGCAAAACACAATTAG
* * * * *
55844 TTTTCTATGCATTACATGGTAAATTTCAATTTTAACCACTTCAAAATTTATACTTTATCTTTAAT
1 TTTTCTATGCATCACATGGTAAATTTCCATTTTAACCTCTTAAAAATTTATACTTTATCTATAAT
** * * * * * * *
55909 TGTGTAACGGAGTTTG-C-C---A----ATTTCAGTATTTAAAAAT-ATATTAAAAACAATCATA
66 TACGAAACGGACTTCGACTCAAAATTCGATTTCAATATTTAAAAATGAAATTCAAAAGAATCATA
* * * *
55964 AGACACGAGAACTTCGCTATGCATCACATTG-TAAATTTCTATTTTAATCTCTTAAAAATTTATA
131 AGACACGAGAACTTCGCTATGCATCACA-TGATAAATTTCCATTTTAACCTCTTAAAAATTCAAA
* * * * ** * *
56028 CTTTATCTTTGATTCTGTAACTGACTTTGC-CTCGACATTCGAATTCAAATATCTAAAAATGAAA
195 CTTTATCTTTGATTCTGTAACAGAC-TT-CACTCAAAATTCGAGTTTTAACATTTAAAAATGAAA
*
56092 TTAAAAGAAAT-CATAAAACACGA
258 TTAAAA-AAATACATAAGACACGA
56115 CATGTGACAG
Statistics
Matches: 1314, Mismatches: 201, Indels: 95
0.82 0.12 0.06
Matches are distributed among these distances:
418 11 0.01
419 129 0.10
420 22 0.02
421 1 0.00
424 6 0.00
425 109 0.08
426 201 0.15
427 403 0.31
428 89 0.07
429 38 0.03
430 88 0.07
435 6 0.00
436 61 0.05
437 132 0.10
438 18 0.01
ACGTcount: A:0.40, C:0.15, G:0.09, T:0.37
Consensus pattern (423 bp):
TTTTCTATGCATCACATGGTAAATTTCCATTTTAACCTCTTAAAAATTTATACTTTATCTATAAT
TACGAAACGGACTTCGACTCAAAATTCGATTTCAATATTTAAAAATGAAATTCAAAAGAATCATA
AGACACGAGAACTTCGCTATGCATCACATGATAAATTTCCATTTTAACCTCTTAAAAATTCAAAC
TTTATCTTTGATTCTGTAACAGACTTCACTCAAAATTCGAGTTTTAACATTTAAAAATGAAATTA
AAAAAATACATAAGACACGAGAACTTTGCTATGCATCACATTGTAAAATTACTATTTAACCTTTT
AAAAATTTATACTTTATCTTTATTCTGTAACCGAGTTGCCTTGAAACTCGAATTTTAATATTTAA
AAATAAATTTAAAAAAGCGCAAAACACAATTAG
Found at i:55984 original size:132 final size:133
Alignment explanation
Indices: 55802--56058 Score: 347
Period size: 132 Copynumber: 1.9 Consensus size: 133
55792 CAAATTTTAA
* * ** *
55802 TATTTAAAAATGAAATTATAAAAAATCATAAAACACGATAAGTTTTCTATGCATTACATGGTAAA
1 TATTTAAAAATGAAATTATAAAAAATCATAAAACACGAGAACTTCGCTATGCATCACATGGTAAA
* * *
55867 TTTCAATTTTAACCACTTCAAAATTTATACTTTATCTTTAATTGTGTAACGGAGTTTGCCAATTT
66 TTTCAATTTTAACCACTTAAAAATTTATACTTTATCTTTAATTCTGTAACGGACTTTGCCAATTT
55932 CAG
131 CAG
* * *
55935 TATTTAAAAAT-ATATTA-AAAACAATCATAAGACACGAGAACTTCGCTATGCATCACATTGTAA
1 TATTTAAAAATGAAATTATAAAA-AATCATAAAACACGAGAACTTCGCTATGCATCACATGGTAA
* * * * *
55998 ATTTCTATTTTAATCTCTTAAAAATTTATACTTTATCTTTGATTCTGTAACTGACTTTGCC
65 ATTTCAATTTTAACCACTTAAAAATTTATACTTTATCTTTAATTCTGTAACGGACTTTGCC
56059 TCGACATTCG
Statistics
Matches: 107, Mismatches: 16, Indels: 3
0.85 0.13 0.02
Matches are distributed among these distances:
131 4 0.04
132 92 0.86
133 11 0.10
ACGTcount: A:0.38, C:0.14, G:0.09, T:0.39
Consensus pattern (133 bp):
TATTTAAAAATGAAATTATAAAAAATCATAAAACACGAGAACTTCGCTATGCATCACATGGTAAA
TTTCAATTTTAACCACTTAAAAATTTATACTTTATCTTTAATTCTGTAACGGACTTTGCCAATTT
CAG
Found at i:58218 original size:47 final size:47
Alignment explanation
Indices: 58044--58344 Score: 431
Period size: 47 Copynumber: 6.3 Consensus size: 47
58034 TATACGAGTC
*
58044 TATATGTGATAAGGCTTAATGGCCGATGTGATGAATGTGAAAGTGTATATA
1 TATATGTGATAAGGCCTAATGGCCGATGTGATGAATGTGAAAGTG----TA
58095 TATATGTGATAAGGCCTAATGGCCGATGTGATGAATGTGAAAGTGTATA
1 TATATGTGATAAGGCCTAATGGCCGATGTGATGAATGTGAAAGTG--TA
* *
58144 TATATGTGATAAGGCCTAATGGCCGATGTAATGAATGTGAAAGTGTG
1 TATATGTGATAAGGCCTAATGGCCGATGTGATGAATGTGAAAGTGTA
* *
58191 TATACGTGATAGGGCCTAATGGCCGATGTGATGAATGTGAAAGTGTA
1 TATATGTGATAAGGCCTAATGGCCGATGTGATGAATGTGAAAGTGTA
58238 TATATGTGATAAGGCCTAATGGCCGATGTGATGAATGTGAAAGTGTA
1 TATATGTGATAAGGCCTAATGGCCGATGTGATGAATGTGAAAGTGTA
* * * * * * *
58285 TATATGTGACAGGGCCGAGTGGCCAACGTGATGGATGTGAAAGTGTA
1 TATATGTGATAAGGCCTAATGGCCGATGTGATGAATGTGAAAGTGTA
*
58332 TAAATGTGATAAG
1 TATATGTGATAAG
58345 TCCCGAAGGG
Statistics
Matches: 231, Mismatches: 19, Indels: 4
0.91 0.07 0.02
Matches are distributed among these distances:
47 139 0.60
49 48 0.21
51 44 0.19
ACGTcount: A:0.32, C:0.09, G:0.30, T:0.29
Consensus pattern (47 bp):
TATATGTGATAAGGCCTAATGGCCGATGTGATGAATGTGAAAGTGTA
Found at i:58506 original size:37 final size:37
Alignment explanation
Indices: 58463--58541 Score: 104
Period size: 37 Copynumber: 2.1 Consensus size: 37
58453 CCGAGCTCTA
* * *
58463 AAGACCCGATGACTACGTGTGGGGATTTTGTCCGAGT
1 AAGACCCGATAACTACGTGTGGAGATTATGTCCGAGT
* * *
58500 AAGACCCGATAACTTCGTGTGGAGATTATGTCTGGGT
1 AAGACCCGATAACTACGTGTGGAGATTATGTCCGAGT
58537 AAGAC
1 AAGAC
58542 TTCGTAATAA
Statistics
Matches: 36, Mismatches: 6, Indels: 0
0.86 0.14 0.00
Matches are distributed among these distances:
37 36 1.00
ACGTcount: A:0.25, C:0.18, G:0.30, T:0.27
Consensus pattern (37 bp):
AAGACCCGATAACTACGTGTGGAGATTATGTCCGAGT
Found at i:62852 original size:285 final size:283
Alignment explanation
Indices: 62029--63810 Score: 1667
Period size: 285 Copynumber: 6.3 Consensus size: 283
62019 GGGTGTTACA
* * *
62029 CATCACATTGTAAATTTCCATTTTAACCCCTTAAAAATTTATACTTTTATCTTTGATTCTGTAA-
1 CATCACATGGTAAATTT-CTTTTTAACCTCTTAAAAATTTATAC-TTTATCTTTGATTCTGTAAC
** * * * * *
62093 TCAAC-TTGGCCTCGAAATTTGAATTTTAATATTTAAAAATGAAGTTAAAAAAATCATAAAATAC
64 T-AACGTT-GCCTTAAAATTCGAATTTTAATATTTAAAAATGAAATTAAAAAAAACACAAAACAC
* * * * *
62157 AAGAACTTTGCTATGCATCACATGATAAATTTCCATTTTAATCACTTAAAAATTTATACTTTATC
127 AAGAAGTTTTCTATGCATCACATGGTAAATTTCCATTTTAAACTCTTAAAAATTTATACTTTATC
* * * * *
62222 TTTGATTCTGTAAAC--AATGTTGCCTCGAAATTAGATTTTTTACTATTTAAAAATGAAATTATA
192 TTTGATTCTGT-AACGGACT-TTGCCTCGAAATTCGA-GTTTCAATATTTAAAAATGAAATTA-A
* *** *
62285 AAAAATCATAAAACAC-AAGAAGTTTTATATA
253 AAAAATCATAAAACACGAA-AACTTCGCTATG
* * * *
62316 CATCCCATGGTAAATTTCTATTTTAACCACTTAAAAATTTATACTTTATATTTGATTCTGTAACC
1 CATCACATGGTAAATTTCT-TTTTAACCTCTTAAAAATTTATACTTTATCTTTGATTCTGTAACT
* * * *
62381 GACGTTGCCTTAAAATTAGAATTTTAATACTTAAAAATGAAATTAAAAAAAA-ATAAAACACAAG
65 AACGTTGCCTTAAAATTCGAATTTTAATATTTAAAAATGAAATTAAAAAAAACACAAAACACAAG
* * *
62445 AAGTTTTCTATGCATCAAATGGTAAATTTCCATTTTAAACTCTTAAAAATATATACTTTATCTAT
130 AAGTTTTCTATGCATCACATGGTAAATTTCCATTTTAAACTCTTAAAAATTTATACTTTATCTTT
* * * * * *
62510 AATTCCGTAACGAACTTTGCCTCAAAATTCGAGTTTCAATATCTAAAAATGAAATTAAAAAGACT
195 GATTCTGTAACGGACTTTGCCTCGAAATTCGAGTTTCAATATTTAAAAATGAAATTAAAAA-AAT
* *
62575 CATAAGACACGAAAACATCGCTATG
259 CATAAAACACGAAAACTTCGCTATG
* *
62600 CATCACATGGTAAACTTTCTTTCTAACCTCTTAAAAATTTATACTTTATCTTTGACTCTGTAACT
1 CATCACATGGTAAA-TTTCTTTTTAACCTCTTAAAAATTTATACTTTATCTTTGATTCTGTAACT
* * * * * * * *
62665 AACGTTGCCTTAAAACTCGAATTTTAATATTTAAAAATAAAATTACAAAAAGCGCAACATACAAT
65 AACGTTGCCTTAAAATTCGAATTTTAATATTTAAAAATGAAATTAAAAAAAACACAAAACACAAG
* ** * *
62730 TAGTTTTCTACACGTCACATGGTAAATTTCCAATTTAAACTCTTAAAAATTTATACTTTATCTTT
130 AAGTTTTCTATGCATCACATGGTAAATTTCCATTTTAAACTCTTAAAAATTTATACTTTATCTTT
** * * * *
62795 GATTCTGTAACGGACTTCACCTTGAAATTCGAGTATCAATATTTAAAAATAAAATTAAAAATATT
195 GATTCTGTAACGGACTTTGCCTCGAAATTCGAGTTTCAATATTTAAAAATGAAATTAAAAA-AAT
* * ** *
62860 AATAAGACACGTTAACTTCACTATG
259 CATAAAACACGAAAACTTCGCTATG
* * * * * * *
62885 CATCACATTGCAAATTTCTATCTTAATCTCTTAAAAATTTGTACTGTATCTTTGATTCTGTAACC
1 CATCACATGGTAAATTTCT-TTTTAACCTCTTAAAAATTTATACTTTATCTTTGATTCTGTAACT
* * * ** * *
62950 AGC-TT-CACCTAGAAAATCGAATTTTGTTATTTAAAAATGAAATTAAAAAAAATCATAAATCAC
65 AACGTTGC-CTTA-AAATTCGAATTTTAATATTTAAAAATGAAATTAAAAAAAA-CACAAAACAC
* * * *
63013 GAGAAGTTTTTTATGCATCACATGGTAAATTTTCA-TTTAAACCACTTAAAAATTTATACTTTAT
127 AAGAAGTTTTCTATGCATCACATGGTAAATTTCCATTTTAAA-CTCTTAAAAATTTATACTTTAT
* * * *
63077 ATTTGATTCTCTAATC-GA-TGTTGCCTCGAAATTCGAAGTTT-AAAATTTAAAAATGATATTAT
191 CTTTGATTCTGTAA-CGGACT-TTGCCTCGAAATTCG-AGTTTCAATATTTAAAAATGAAATTA-
* * * **
63139 AAAAAATCATAAAACATGAGAAGTTTTCTATG
252 AAAAAATCATAAAACACGAAAACTTCGCTATG
* * * * * ** *
63171 CATCACATGGTAAATTTCAATTTTAACCACTTAAAAATTTCTACATTATCTTTAATTCCATAGC-
1 CATCACATGGTAAATTTC-TTTTTAACCTCTTAAAAATTTATACTTTATCTTTGATTCTGTAACT
*** * * * * * * *
63235 GGGGTTTGCCTCAAAATTAGAGTTTCAAAATCTT-AAAAT-AAATTAAAAACAATC-CTAAGACA
65 AACG-TTGCCTTAAAATTCGAATTTTAATAT-TTAAAAATGAAATTAAAAA-AAACAC-AAAACA
* * ** * * * *
63297 CGAGAACTTCACTATGCATCACATTGTAAATTTCCATTTTAACCTCCTAAAAATTTGTACTTTAT
126 CAAGAAGTTTTCTATGCATCACATGGTAAATTTCCATTTTAAACTCTTAAAAATTTATACTTTAT
* * * * * *
63362 CTTTGATTCTGTAACCGACGTTGCCTCGAATTTCGAATTTTAATATTT-AAAATCAAATT-AAAA
191 CTTTGATTCTGTAACGGACTTTGCCTCGAAATTCGAGTTTCAATATTTAAAAATGAAATTAAAAA
63425 AATCATAAAACACGAAAAGCTT-GCTATG
256 AATCATAAAACACGAAAA-CTTCGCTATG
* * * *
63453 CATCATATGGTAAATTTCTATTTTATCCTCTTTAAAATTTATACTTTCTCTTTGATTCTG----T
1 CATCACATGGTAAATTTCT-TTTTAACCTCTTAAAAATTTATACTTTATCTTTGATTCTGTAACT
* * * *
63514 AA----GCCTTGAAATTCGAATTTTAATATTTAAAAAT-AAAATAAAATAAAAGCATAGAACACA
65 AACGTTGCCTTAAAATTCGAATTTTAATATTTAAAAATGAAATTAAAA-AAAA-CACAAAACACA
* * * *
63574 AGGAGTTTTTTATGCATCACATGGTAAATTTCCATTTTAACCTCTTAAAAATATATACTTTATCT
128 AGAAGTTTTCTATGCATCACATGGTAAATTTCCATTTTAAACTCTTAAAAATTTATACTTTATCT
* * * * * **
63639 ATAATTTTGTAACGAACTTTGCCTCAAAATTATAGTTTCAATATTTAAAAATGAAATTAAAAAGA
193 TTGATTCTGTAACGGACTTTGCCTCGAAATTCGAGTTTCAATATTTAAAAATGAAATTAAAAA-A
* * * *
63704 CTCATAAGACACGAGAACATCGCTATG
257 ATCATAAAACACGAAAACTTCGCTATG
* * *
63731 CATCACATGGTAAATTTCCTTTTTAACCTCTTAAAAATTTAAACTTTATCTTTAATTTTGTAACT
1 CATCACATGGTAAATTT-CTTTTTAACCTCTTAAAAATTTATACTTTATCTTTGATTCTGTAACT
*
63796 GACGTTGCCTTAAAA
65 AACGTTGCCTTAAAA
63811 CTCGGAAGTC
Statistics
Matches: 1205, Mismatches: 241, Indels: 99
0.78 0.16 0.06
Matches are distributed among these distances:
273 2 0.00
274 33 0.03
275 97 0.08
276 10 0.01
277 6 0.00
278 71 0.06
279 2 0.00
282 75 0.06
283 7 0.01
284 163 0.14
285 424 0.35
286 259 0.21
287 55 0.05
288 1 0.00
ACGTcount: A:0.39, C:0.15, G:0.09, T:0.37
Consensus pattern (283 bp):
CATCACATGGTAAATTTCTTTTTAACCTCTTAAAAATTTATACTTTATCTTTGATTCTGTAACTA
ACGTTGCCTTAAAATTCGAATTTTAATATTTAAAAATGAAATTAAAAAAAACACAAAACACAAGA
AGTTTTCTATGCATCACATGGTAAATTTCCATTTTAAACTCTTAAAAATTTATACTTTATCTTTG
ATTCTGTAACGGACTTTGCCTCGAAATTCGAGTTTCAATATTTAAAAATGAAATTAAAAAAATCA
TAAAACACGAAAACTTCGCTATG
Found at i:62886 original size:428 final size:424
Alignment explanation
Indices: 62029--63794 Score: 1819
Period size: 428 Copynumber: 4.2 Consensus size: 424
62019 GGGTGTTACA
* *
62029 CATCACATTGTAAATTTCCATTTTAACCCCTTAAAAATTTATACTTTTATCTTTGATTCTGTAAT
1 CATCACATTGTAAATTTCCATTTTAACCTCTTAAAAATTTATAC-TTTATCTTTGATTCTGTAAC
* * * * *
62094 C-AACTTGGCCTCGAAATTTGAATTTTAATATTTAAAAATGAAGTTAAAAAAATCATAAAATAC-
65 CGAACTTTGCCTCAAAATTCGAATTTTAATATTTAAAAATGAAATTAAAAAAATCATAAAACACG
* *
62157 AAGAACTTTGCTATGCATCACATGATAAATTTCCATTTTAATCACTTAAAAATTTATACTTTATC
130 AA-AACTTTGCTATGCATCACATGGTAAATTT-CATTTTAACCACTTAAAAATTTATACTTTATC
* * * * *
62222 TTTGATTCTGTAAACAATGTTGCCTCGAAATTAGATTTTTTACTATTTAAAAATGAAATTATAAA
193 TTTGATTCTGT-AATAATGTTGCCTCGAAATTCGA-ATTTTAATATTTAAAAATAAAATTA-AAA
* * * * * * *
62287 AAATCATAAAACACAAGAAGTTTTATATACATCCCATGGTAAATTTCTATTTTAACCACTTAAAA
255 AAAGCACAGAACACAAGAAGTTTTCTATACATCACATGGTAAATTTCCAATTTAACCACTTAAAA
* * * * * * * *
62352 ATTTATACTTTATATTTGATTCTGTAACCGACGTTGCCTTAAAATTAGAATTTTAATACTTAAAA
320 ATTTATACTTTATCTTTAATTCTGTAACGGACTTTGCCTCAAAATTAGAGTTTCAATATTTAAAA
* * * * **
62417 ATGAAATTAAAAAAAAATAAAACACAAGAAGTTTTCTATG
385 ATGAAATTAAAAAATAATAAGACACGAGAACTTCACTATG
* * * * * * *
62457 CATCAAATGGTAAATTTCCATTTTAAACTCTTAAAAATATATACTTTATCTATAATTCCGTAA-C
1 CATCACATTGTAAATTTCCATTTTAACCTCTTAAAAATTTATACTTTATCTTTGATTCTGTAACC
* * * * *
62521 GAACTTTGCCTCAAAATTCGAGTTTCAATATCTAAAAATGAAATTAAAAAGACTCATAAGACACG
66 GAACTTTGCCTCAAAATTCGAATTTTAATATTTAAAAATGAAATTAAAAA-AATCATAAAACACG
* * *
62586 AAAACATCGCTATGCATCACATGGTAAACTTTC-TTTCTAACCTCTTAAAAATTTATACTTTATC
130 AAAACTTTGCTATGCATCACATGGTAAA-TTTCATTT-TAACCACTTAAAAATTTATACTTTATC
* * ** * *
62650 TTTGACTCTGTAACTAACGTTGCCTTAAAACTCGAATTTTAATATTTAAAAATAAAATTACAAAA
193 TTTGATTCTGTAA-TAATGTTGCCTCGAAATTCGAATTTTAATATTTAAAAATAAAATTAAAAAA
* * ** * * * *
62715 AGCGCA-ACATACAATTAGTTTTCTACACGTCACATGGTAAATTTCCAATTTAAACTCTTAAAAA
257 AGCACAGA-ACACAAGAAGTTTTCTATACATCACATGGTAAATTTCCAATTTAACCACTTAAAAA
* ** ** * *
62779 TTTATACTTTATCTTTGATTCTGTAACGGACTTCACCTTGAAATTCGAGTATCAATATTTAAAAA
321 TTTATACTTTATCTTTAATTCTGTAACGGACTTTGCCTCAAAATTAGAGTTTCAATATTTAAAAA
* **
62844 TAAAATTAAAAATATTAATAAGACACGTTAACTTCACTATG
386 TGAAATTAAAAA-A-TAATAAGACACGAGAACTTCACTATG
* * * * * *
62885 CATCACATTGCAAATTTCTATCTTAATCTCTTAAAAATTTGTACTGTATCTTTGATTCTGTAACC
1 CATCACATTGTAAATTTCCATTTTAACCTCTTAAAAATTTATACTTTATCTTTGATTCTGTAACC
* ** * ** *
62950 -AGCTTCACCT-AGAAAATCGAATTTTGTTATTTAAAAATGAAATTAAAAAAAATCATAAATCAC
66 GAACTTTGCCTCA-AAATTCGAATTTTAATATTTAAAAATGAAATT-AAAAAAATCATAAAACAC
* * ** * *
63013 GAGAAGTTTTTTATGCATCACATGGTAAATTTTCATTTAAACCACTTAAAAATTTATACTTTATA
129 GAAAACTTTGCTATGCATCACATGGTAAA-TTTCATTTTAACCACTTAAAAATTTATACTTTATC
* * * * * *
63078 TTTGATTCTCTAATCGATGTTGCCTCGAAATTCGAAGTTTAAAATTTAAAAATGATATTATAAAA
193 TTTGATTCTGTAAT-AATGTTGCCTCGAAATTCGAATTTTAATATTTAAAAATAAAATTA-AAAA
* * * ** *
63143 AATCATAAAACATGAGAAGTTTTCTATGCATCACATGGTAAATTT-CAATTTTAACCACTTAAAA
256 AAGCACAGAACACAAGAAGTTTTCTATACATCACATGGTAAATTTCCAA-TTTAACCACTTAAAA
* * ** * ** *
63207 ATTTCTACATTATCTTTAATTCCATAGCGGGGTTTGCCTCAAAATTAGAGTTTCAAAATCTT-AA
320 ATTTATACTTTATCTTTAATTCTGTAACGGACTTTGCCTCAAAATTAGAGTTTCAATAT-TTAAA
**
63271 AAT-AAATTAAAAACAATCCTAAGACACGAGAACTTCACTATG
384 AATGAAATT-AAAA-AATAATAAGACACGAGAACTTCACTATG
* *
63313 CATCACATTGTAAATTTCCATTTTAACCTCCTAAAAATTTGTACTTTATCTTTGATTCTGTAACC
1 CATCACATTGTAAATTTCCATTTTAACCTCTTAAAAATTTATACTTTATCTTTGATTCTGTAACC
* * * *
63378 G-ACGTTGCCTCGAATTTCGAATTTTAATATTT-AAAATCAAATT-AAAAAATCATAAAACACGA
66 GAACTTTGCCTCAAAATTCGAATTTTAATATTTAAAAATGAAATTAAAAAAATCATAAAACACGA
* * * * *
63440 AAAGC-TTGCTATGCATCATATGGTAAATTTCTATTTTATCCTCTTTAAAATTTATACTTTCTCT
131 AAA-CTTTGCTATGCATCACATGGTAAATTTC-ATTTTAACCACTTAAAAATTTATACTTTATCT
* *
63504 TTGATTCTG---TAA----GCCTTGAAATTCGAATTTTAATATTTAAAAATAAAATAAAATAAAA
194 TTGATTCTGTAATAATGTTGCCTCGAAATTCGAATTTTAATATTTAAAAATAAAATTAAA-AAAA
* * * * * * *
63562 GCATAGAACACAAGGAGTTTTTTATGCATCACATGGTAAATTTCCATTTTAACCTCTTAAAAATA
258 GCACAGAACACAAGAAGTTTTCTATACATCACATGGTAAATTTCCAATTTAACCACTTAAAAATT
* * * *
63627 TATACTTTATCTATAATTTTGTAACGAACTTTGCCTCAAAATTATAGTTTCAATATTTAAAAATG
323 TATACTTTATCTTTAATTCTGTAACGGACTTTGCCTCAAAATTAGAGTTTCAATATTTAAAAATG
* * *
63692 AAATTAAAAAGACTCATAAGACACGAGAACATCGCTATG
388 AAATTAAAAA-A-TAATAAGACACGAGAACTTCACTATG
* * * * *
63731 CATCACATGGTAAATTTCCTTTTTAACCTCTTAAAAATTTAAACTTTATCTTTAATTTTGTAAC
1 CATCACATTGTAAATTTCCATTTTAACCTCTTAAAAATTTATACTTTATCTTTGATTCTGTAAC
63795 TGACGTTGCC
Statistics
Matches: 1095, Mismatches: 213, Indels: 70
0.79 0.15 0.05
Matches are distributed among these distances:
416 5 0.00
417 144 0.13
418 87 0.08
421 1 0.00
422 1 0.00
424 4 0.00
425 74 0.07
426 118 0.11
427 98 0.09
428 443 0.40
429 116 0.11
430 4 0.00
ACGTcount: A:0.39, C:0.15, G:0.09, T:0.37
Consensus pattern (424 bp):
CATCACATTGTAAATTTCCATTTTAACCTCTTAAAAATTTATACTTTATCTTTGATTCTGTAACC
GAACTTTGCCTCAAAATTCGAATTTTAATATTTAAAAATGAAATTAAAAAAATCATAAAACACGA
AAACTTTGCTATGCATCACATGGTAAATTTCATTTTAACCACTTAAAAATTTATACTTTATCTTT
GATTCTGTAATAATGTTGCCTCGAAATTCGAATTTTAATATTTAAAAATAAAATTAAAAAAAGCA
CAGAACACAAGAAGTTTTCTATACATCACATGGTAAATTTCCAATTTAACCACTTAAAAATTTAT
ACTTTATCTTTAATTCTGTAACGGACTTTGCCTCAAAATTAGAGTTTCAATATTTAAAAATGAAA
TTAAAAAATAATAAGACACGAGAACTTCACTATG
Found at i:63804 original size:143 final size:141
Alignment explanation
Indices: 62029--63810 Score: 1622
Period size: 143 Copynumber: 12.6 Consensus size: 141
62019 GGGTGTTACA
* *
62029 CATCACATTGTAAATTTCCATTTTAACCCCTTAAAAATTTATACTTTTATCTTTGATTCTGTAAT
1 CATCACATGGTAAATTTCCATTTTAACCTCTTAAAAATTTATAC-TTTATCTTTGATTCTGTAA-
* * * * * *
62094 CAAC-TTGGCCTCGAAATTTGAATTTTAATATTTAAAAATGAAGTTAAAAAAATCATAAAATACA
64 CGACGTT-GCCTCAAAATTAGAATTTTAATATTTAAAAATGAAATTAAAAAAATCATAAAACACG
*
62158 AGAACTTTGCTATG
128 AGAACTTTTCTATG
* * *
62172 CATCACATGATAAATTTCCATTTTAATCACTTAAAAATTTATACTTTATCTTTGATTCTGTAAAC
1 CATCACATGGTAAATTTCCATTTTAACCTCTTAAAAATTTATACTTTATCTTTGATTCTGT-AAC
* * * * * *
62237 AATGTTGCCTCGAAATTAGATTTTTTACTATTTAAAAATGAAATTATAAAAAATCATAAAACACA
65 GACGTTGCCTCAAAATTAGA-ATTTTAATATTTAAAAATGAAATTA-AAAAAATCATAAAACACG
* * *
62302 AGAAGTTTTATATA
128 AGAACTTTTCTATG
* * * *
62316 CATCCCATGGTAAATTTCTATTTTAACCACTTAAAAATTTATACTTTATATTTGATTCTGTAACC
1 CATCACATGGTAAATTTCCATTTTAACCTCTTAAAAATTTATACTTTATCTTTGATTCTGTAA-C
* * * *
62381 GACGTTGCCTTAAAATTAGAATTTTAATACTTAAAAATGAAATTAAAAAAA-AATAAAACACAAG
65 GACGTTGCCTCAAAATTAGAATTTTAATATTTAAAAATGAAATTAAAAAAATCATAAAACACGAG
*
62445 AAGTTTTCTATG
130 AACTTTTCTATG
* * * * * *
62457 CATCAAATGGTAAATTTCCATTTTAAACTCTTAAAAATATATACTTTATCTATAATTCCGTAACG
1 CATCACATGGTAAATTTCCATTTTAACCTCTTAAAAATTTATACTTTATCTTTGATTCTGTAACG
* * * * * * *
62522 AACTTTGCCTCAAAATTCGAGTTTCAATATCTAAAAATGAAATTAAAAAGACTCATAAGACACGA
66 -ACGTTGCCTCAAAATTAGAATTTTAATATTTAAAAATGAAATTAAAAA-AATCATAAAACACGA
* * **
62587 AAACATCGCTATG
129 GAACTTTTCTATG
*
62600 CATCACATGGTAAACTTT-C-TTTCTAACCTCTTAAAAATTTATACTTTATCTTTGACTCTGTAA
1 CATCACATGGTAAA-TTTCCATTT-TAACCTCTTAAAAATTTATACTTTATCTTTGATTCTGTAA
* * * * * * * ** * * *
62663 CTAACGTTGCCTTAAAACTCGAATTTTAATATTTAAAAATAAAATTACAAAAAGCGCAACATACA
64 C-GACGTTGCCTCAAAATTAGAATTTTAATATTTAAAAATGAAATTAAAAAAATCATAAAACACG
** * **
62728 ATTAGTTTTCTACA
128 AGAACTTTTCTATG
* * *
62742 CGTCACATGGTAAATTTCCAATTTAAACTCTTAAAAATTTATACTTTATCTTTGATTCTGTAACG
1 CATCACATGGTAAATTTCCATTTTAACCTCTTAAAAATTTATACTTTATCTTTGATTCTGTAAC-
* ** * * * * * * * *
62807 GAC-TTCACCTTGAAATTCGAGTATCAATATTTAAAAATAAAATTAAAAATATTAATAAGACACG
65 GACGTT-GCCTCAAAATTAGAATTTTAATATTTAAAAATGAAATTAAAAA-AATCATAAAACACG
** **
62871 TTAACTTCACTATG
128 AGAACTTTTCTATG
* * * * * * * *
62885 CATCACATTGCAAATTTCTATCTTAATCTCTTAAAAATTTGTACTGTATCTTTGATTCTGTAACC
1 CATCACATGGTAAATTTCCATTTTAACCTCTTAAAAATTTATACTTTATCTTTGATTCTGTAACG
* * * ** *
62950 A-GCTTCACCT-AGAAAATCGAATTTTGTTATTTAAAAATGAAATTAAAAAAAATCATAAATCAC
66 ACG-TT-GCCTCA-AAATTAGAATTTTAATATTTAAAAATGAAATT-AAAAAAATCATAAAACAC
* *
63013 GAGAAGTTTTTTATG
127 GAGAACTTTTCTATG
* * * * *
63028 CATCACATGGTAAATTTTCATTTAAACCACTTAAAAATTTATACTTTATATTTGATTCTCTAATC
1 CATCACATGGTAAATTTCCATTTTAACCTCTTAAAAATTTATACTTTATCTTTGATTCTGTAA-C
* * * * * * *
63093 GATGTTGCCTCGAAATTCGAAGTTTAAAATTTAAAAATGATATTATAAAAAATCATAAAACATGA
65 GACGTTGCCTCAAAATTAGAATTTTAATATTTAAAAATGAAATTA-AAAAAATCATAAAACACGA
*
63158 GAAGTTTTCTATG
129 GAACTTTTCTATG
* * * * * ** *
63171 CATCACATGGTAAATTTCAATTTTAACCACTTAAAAATTTCTACATTATCTTTAATTCCATAGCG
1 CATCACATGGTAAATTTCCATTTTAACCTCTTAAAAATTTATACTTTATCTTTGATTCTGTAACG
** * * * * *
63236 GGGTTTGCCTCAAAATTAGAGTTTCAAAATCTT-AAAAT-AAATTAAAAACAATCCTAAGACACG
66 ACG-TTGCCTCAAAATTAGAATTTTAATAT-TTAAAAATGAAATTAAAAA-AATCATAAAACACG
**
63299 AGAACTTCACTATG
128 AGAACTTTTCTATG
* * *
63313 CATCACATTGTAAATTTCCATTTTAACCTCCTAAAAATTTGTACTTTATCTTTGATTCTGTAACC
1 CATCACATGGTAAATTTCCATTTTAACCTCTTAAAAATTTATACTTTATCTTTGATTCTGTAA-C
* * * * *
63378 GACGTTGCCTCGAATTTCGAATTTTAATATTT-AAAATCAAATT-AAAAAATCATAAAACACGAA
65 GACGTTGCCTCAAAATTAGAATTTTAATATTTAAAAATGAAATTAAAAAAATCATAAAACACGAG
*
63441 AAGC-TTGCTATG
130 AA-CTTTTCTATG
* * * * *
63453 CATCATATGGTAAATTTCTATTTTATCCTCTTTAAAATTTATACTTTCTCTTTGATTCTGTAA-G
1 CATCACATGGTAAATTTCCATTTTAACCTCTTAAAAATTTATACTTTATCTTTGATTCTGTAACG
* * * * * * *
63517 -CCTTG-----AAATTCGAATTTTAATATTTAAAAATAAAATAAAATAAAAGCATAGAACACAAG
66 ACGTTGCCTCAAAATTAGAATTTTAATATTTAAAAATGAAATTAAA-AAAATCATAAAACACGAG
* * *
63576 GAGTTTTTTATG
130 AACTTTTCTATG
* * * *
63588 CATCACATGGTAAATTTCCATTTTAACCTCTTAAAAATATATACTTTATCTATAATTTTGTAACG
1 CATCACATGGTAAATTTCCATTTTAACCTCTTAAAAATTTATACTTTATCTTTGATTCTGTAACG
* * * * * *
63653 AACTTTGCCTCAAAATTATAGTTTCAATATTTAAAAATGAAATTAAAAAGACTCATAAGACACGA
66 -ACGTTGCCTCAAAATTAGAATTTTAATATTTAAAAATGAAATTAAAAA-AATCATAAAACACGA
* **
63718 GAACATCGCTATG
129 GAACTTTTCTATG
* * * *
63731 CATCACATGGTAAATTTCCTTTTTAACCTCTTAAAAATTTAAACTTTATCTTTAATTTTGTAACT
1 CATCACATGGTAAATTTCCATTTTAACCTCTTAAAAATTTATACTTTATCTTTGATTCTGTAAC-
*
63796 GACGTTGCCTTAAAA
65 GACGTTGCCTCAAAA
63811 CTCGGAAGTC
Statistics
Matches: 1330, Mismatches: 266, Indels: 86
0.79 0.16 0.05
Matches are distributed among these distances:
132 19 0.01
133 9 0.01
134 2 0.00
135 75 0.06
136 1 0.00
137 4 0.00
138 5 0.00
140 78 0.06
141 137 0.10
142 259 0.19
143 625 0.47
144 115 0.09
145 1 0.00
ACGTcount: A:0.39, C:0.15, G:0.09, T:0.37
Consensus pattern (141 bp):
CATCACATGGTAAATTTCCATTTTAACCTCTTAAAAATTTATACTTTATCTTTGATTCTGTAACG
ACGTTGCCTCAAAATTAGAATTTTAATATTTAAAAATGAAATTAAAAAAATCATAAAACACGAGA
ACTTTTCTATG
Found at i:65886 original size:18 final size:19
Alignment explanation
Indices: 65849--65889 Score: 57
Period size: 19 Copynumber: 2.2 Consensus size: 19
65839 ATTTAGAATC
65849 AAAACTAAAATAAATAATA
1 AAAACTAAAATAAATAATA
* *
65868 AAAACTAGATTAAAT-ATA
1 AAAACTAAAATAAATAATA
65886 AAAA
1 AAAA
65890 TATCAATAAA
Statistics
Matches: 20, Mismatches: 2, Indels: 1
0.87 0.09 0.04
Matches are distributed among these distances:
18 7 0.35
19 13 0.65
ACGTcount: A:0.71, C:0.05, G:0.02, T:0.22
Consensus pattern (19 bp):
AAAACTAAAATAAATAATA
Found at i:72678 original size:14 final size:14
Alignment explanation
Indices: 72661--72739 Score: 50
Period size: 14 Copynumber: 5.4 Consensus size: 14
72651 CCTTAAACCC
72661 TAAACCATATATCT
1 TAAACCATATATCT
*
72675 TAAACCATAGTTAACTCG
1 TAAACCATA--T-A-TCT
* * * *
72693 TAAACCTTAAACCC
1 TAAACCATATATCT
*
72707 TAAATCATATATCT
1 TAAACCATATATCT
* *
72721 TAAACCATAAACCT
1 TAAACCATATATCT
72735 TAAAC
1 TAAAC
72740 TATAATGATA
Statistics
Matches: 48, Mismatches: 13, Indels: 8
0.70 0.19 0.12
Matches are distributed among these distances:
14 35 0.73
15 1 0.02
16 1 0.02
17 1 0.02
18 10 0.21
ACGTcount: A:0.44, C:0.24, G:0.03, T:0.29
Consensus pattern (14 bp):
TAAACCATATATCT
Found at i:72678 original size:21 final size:21
Alignment explanation
Indices: 72652--72733 Score: 74
Period size: 21 Copynumber: 3.7 Consensus size: 21
72642 ACTCTTAAAC
*
72652 CTTAAACCCTAAACCATATAT
1 CTTAAACCATAAACCATATAT
* * *
72673 CTTAAACCATAGTTAACTCGTAAAC
1 CTTAAACCATA---AAC-CATATAT
* *
72698 CTTAAACCCTAAATCATATAT
1 CTTAAACCATAAACCATATAT
72719 CTTAAACCATAAACC
1 CTTAAACCATAAACC
72734 TTAAACTATA
Statistics
Matches: 46, Mismatches: 11, Indels: 8
0.71 0.17 0.12
Matches are distributed among these distances:
21 27 0.59
22 2 0.04
24 3 0.07
25 14 0.30
ACGTcount: A:0.43, C:0.27, G:0.02, T:0.28
Consensus pattern (21 bp):
CTTAAACCATAAACCATATAT
Found at i:72688 original size:46 final size:46
Alignment explanation
Indices: 72636--72729 Score: 170
Period size: 46 Copynumber: 2.0 Consensus size: 46
72626 CTTCAAATAC
*
72636 TAGTTAACTCTTAAACCTTAAACCCTAAACCATATATCTTAAACCA
1 TAGTTAACTCGTAAACCTTAAACCCTAAACCATATATCTTAAACCA
*
72682 TAGTTAACTCGTAAACCTTAAACCCTAAATCATATATCTTAAACCA
1 TAGTTAACTCGTAAACCTTAAACCCTAAACCATATATCTTAAACCA
72728 TA
1 TA
72730 AACCTTAAAC
Statistics
Matches: 46, Mismatches: 2, Indels: 0
0.96 0.04 0.00
Matches are distributed among these distances:
46 46 1.00
ACGTcount: A:0.41, C:0.24, G:0.03, T:0.31
Consensus pattern (46 bp):
TAGTTAACTCGTAAACCTTAAACCCTAAACCATATATCTTAAACCA
Found at i:72959 original size:41 final size:41
Alignment explanation
Indices: 72902--73063 Score: 227
Period size: 41 Copynumber: 3.9 Consensus size: 41
72892 TTATATGACT
* * * *
72902 TTTAGTGGCGATTTACCAAAAGCGCCACTAATGCTATGGTC
1 TTTAGCGGCGTTTTACCAAAAGCGCCGCTAATGCTCTGGTC
*
72943 TTTAGCGGCGTTTTACCAAAAGCGCCGCTAATGCTCTTGTC
1 TTTAGCGGCGTTTTACCAAAAGCGCCGCTAATGCTCTGGTC
*
72984 TTTAGCGGCGTTTTACCAAAAGTGCCGCTAATGCTCTGGTC
1 TTTAGCGGCGTTTTACCAAAAGCGCCGCTAATGCTCTGGTC
* *
73025 TTTAGCGGCGTTTTTTACTAAAA-CGCCGCTATTGCTCTG
1 TTTAGCGGCG--TTTTACCAAAAGCGCCGCTAATGCTCTG
73064 CGTTTTACAA
Statistics
Matches: 109, Mismatches: 10, Indels: 3
0.89 0.08 0.02
Matches are distributed among these distances:
41 85 0.78
42 14 0.13
43 10 0.09
ACGTcount: A:0.21, C:0.24, G:0.22, T:0.33
Consensus pattern (41 bp):
TTTAGCGGCGTTTTACCAAAAGCGCCGCTAATGCTCTGGTC
Found at i:74144 original size:142 final size:141
Alignment explanation
Indices: 73715--80779 Score: 6277
Period size: 143 Copynumber: 49.8 Consensus size: 141
73705 GGGCTTTACA
* * * * *
73715 CATCACATGGTAAATTTCCATTTTAACCTCTTAAAAGTTTATACTTTATCTATAATTCCGTAACG
1 CATCACATGGTAAATTTCCATTTTAACCTCTTAAAAATTTATACTTTATCTTTGATTCTGTAACA
* * * * *
73780 GACTT-CAACTCAAAATTTGAGTTTCAGTATTTAAAAATGAAATTAAAAAGAATCA-AAAGACAC
66 GACTTGC--CTCGAAATTCGAATTTTAATATTTAAAAATGAAATTAAAAA-AATCATAAA-ACAC
* * *
73843 TAGAACTTCGCTATG
127 GAGAAGTTTGCTATG
* * * * * * * *
73858 CAACACATTGTAAATTTTCATCTTAATCTCTTAAAAGA-TTATACTGTATCTTTGATTCCGCAA-
1 CATCACATGGTAAATTTCCATTTTAACCTCTTAAAA-ATTTATACTTTATCTTTGATTCTGTAAC
* * * * *
73921 ACGACTTTGCCTAGAAAATCAAATTTTAATATTTAAAAATGAAACTAAAAACAATCATAAATCAC
65 A-GAC-TTGCCTCGAAATTCGAATTTTAATATTTAAAAATGAAATTAAAAA-AATCATAAAACAC
*
73986 GAGAAGTATGCTATG
127 GAGAAGTTTGCTATG
* ** *
74001 CATCATATGGTAAATTTCCATTTTCTCCTCTTAAAAATTTATACTTTATATTTGATT-TGTAACA
1 CATCACATGGTAAATTTCCATTTTAACCTCTTAAAAATTTATACTTTATCTTTGATTCTGTAACA
* * * * *
74065 GACATTACCTCGAAATTCAAATTTTAATATTTTAAAATGAAATTATAAAAATTCATAAAACAAGA
66 GAC-TTGCCTCGAAATTCGAATTTTAATATTTAAAAATGAAATTA-AAAAAATCATAAAACACGA
*
74130 GAAGTTTTCTATG
129 GAAGTTTGCTATG
* * * * * * * **
74143 CATTAGAAGGTAAATTTCCAATTTAACCACTTAAAAATTTGTA--TTATCTTTGATTCCGTAATG
1 CATCACATGGTAAATTTCCATTTTAACCTCTTAAAAATTTATACTTTATCTTTGATTCTGTAACA
* * *
74206 GAGTTTGCCTCAAAATTC-AAGTTTCAA-ATTTTAAAAAT-AAATTAAAAAAATCATAAAACACG
66 GA-CTTGCCTCGAAATTCGAA-TTTTAATA-TTTAAAAATGAAATTAAAAAAATCATAAAACACG
74268 AGAA-TTTCGCTATG
128 AGAAGTTT-GCTATG
* * * * * *
74282 AATCACATTGTAAATTTACATTTTAGCCTCTTAAAAATTTATACTTTATCTTTGATTCTATAACC
1 CATCACATGGTAAATTTCCATTTTAACCTCTTAAAAATTTATACTTTATCTTTGATTCTGTAACA
* * *
74347 GACTTAGCCTCGAAATTCAAATTTTAATATTTAAAAATGAAATTTAAAAAAAATCATACAACAGG
66 GACTT-GCCTCGAAATTCGAATTTTAATATTTAAAAATGAAA-TT-AAAAAAATCATAAAACACG
*
74412 AGAAGTTTGTTATG
128 AGAAGTTTGCTATG
* * * **
74426 CATCACATGATAAATTTCCATTTTAACCTCTTAAAAATTTATACTTTATCTTTTATTATGTAATT
1 CATCACATGGTAAATTTCCATTTTAACCTCTTAAAAATTTATACTTTATCTTTGATTCTGTAACA
* * * *
74491 GAAGTTGCCTCGAAATTTGAATTTTAATATTTAAAAAT-AAAATAAAAAAGTGC--AAAACACGA
66 G-ACTTGCCTCGAAATTCGAATTTTAATATTTAAAAATGAAATTAAAAAAAT-CATAAAACACGA
* *
74553 -ATAGTTTTCTGTG
129 GA-AGTTTGCTATG
* * * * * * *
74566 CATCACATGGTAAATTTCCATTTTAATCTCTTAAAAGTTGATACTTTTTTTTATAATTTTGTAAC
1 CATCACATGGTAAATTTCCATTTTAACCTCTTAAAAATTTATACTTTATCTT-TGATTCTGTAAC
* * * * * * * *
74631 GGACTTCGACTCAAAATTTGAGTTTCAATATTTAAAAATAAAATTAAAAAGAATCATAAGACACG
65 AGACTT-GCCTCGAAATTCGAATTTTAATATTTAAAAATGAAATTAAAAA-AATCATAAAACACG
* *
74696 AGAACTTCGCTATG
128 AGAAGTTTGCTATG
* * *
74710 CATCACATTGTAAATTTTCATTTTAACCTCTTAAAAATTTTATACTTTATATTTGATTCTGTAAC
1 CATCACATGGTAAATTTCCATTTTAACCTCTTAAAAA-TTTATACTTTATCTTTGATTCTGTAA-
74775 CA-ACGTTGCCTCGAAATTCGAATTTTAATATTTAAAAATGAAATTATAAAAAATCATAAAAAAT
64 CAGAC-TTGCCTCGAAATTCGAATTTTAATATTTAAAAATGAAATTA-AAAAAATCAT--AAAA-
* *
74839 CATAAAATAGGAGAAGTTTTCTATG
124 C-------ACGAGAAGTTTGCTATG
* * * * * * *
74864 CATCACAAGGTAAATTTCTATTTTAACCACTTAAAAATGTATACTTTATCTTTAATTCCGTAACG
1 CATCACATGGTAAATTTCCATTTTAACCTCTTAAAAATTTATACTTTATCTTTGATTCTGTAACA
* * * * * *
74929 GAGTTTGCCTCAAAATTCGAGTTTCAAAATCTT-AAAAT-AAATTAAAAATAATCATAAGACACG
66 GA-CTTGCCTCGAAATTCGAATTTTAATAT-TTAAAAATGAAATTAAAAA-AATCATAAAACACG
* * ** *
74992 AAAACTTCACCATG
128 AGAAGTTTGCTATG
* * * * *
75006 CATCACATTGTAAATTTCTATTTTAACCTATTAAAAATTTATACTTTATCTTTGATTCTCTAACT
1 CATCACATGGTAAATTTCCATTTTAACCTCTTAAAAATTTATACTTTATCTTTGATTCTGTAACA
* * * * *
75071 GATTTGGCCTCGAAATTCGAATTATAATATTTAAAAATCAAATTAAAAAAATCATAAAATATGAG
66 GACTT-GCCTCGAAATTCGAATTTTAATATTTAAAAATGAAATTAAAAAAATCATAAAACACGAG
* *
75136 AAGCTTGCTATA
130 AAGTTTGCTATG
* * * * * * *
75148 CATCACATGATAAGTTTCCATTTTAGCCTCTTCAAAATTTATACTCTATCTTTGATTTTGTAACC
1 CATCACATGGTAAATTTCCATTTTAACCTCTTAAAAATTTATACTTTATCTTTGATTCTGTAACA
* * * * * *
75213 GACGTTACTTTGAAATTCAAATTTTAATATTTAAAAATGAAATTAAAGAAAAGCATAAAACACAA
66 GAC-TTGCCTCGAAATTCGAATTTTAATATTTAAAAATGAAATTAAA-AAAATCATAAAACACGA
*
75278 GAAGTTTTCTATG
129 GAAGTTTGCTATG
* * * *
75291 CATCACATGGTAAATTTCCGTTTTAACCTCTTAAAAATTTATACTTTATATTTGATTCTGTAGCT
1 CATCACATGGTAAATTTCCATTTTAACCTCTTAAAAATTTATACTTTATCTTTGATTCTGTAACA
** * * * * *
75356 GACTTGACCTTAAAATTCAAATTTTAATATTTAAAAGTCAAGTT-AAAAAATCATAAAACATGAG
66 GACTTG-CCTCGAAATTCGAATTTTAATATTTAAAAATGAAATTAAAAAAATCATAAAACACGAG
**
75420 AAGTTCACTATG
130 AAGTTTGCTATG
** * * * * * *
75432 CATTGCATTGTAAATTTTCATTTTAACCACTTAAAAAATTATACTTTATCTTTAATTCTGTAACG
1 CATCACATGGTAAATTTCCATTTTAACCTCTTAAAAATTTATACTTTATCTTTGATTCTGTAACA
* * * * * * *
75497 GAGTTCACCTCAAAATTCGAGTTTTAATAGTTAAAAAT-AAATTAAAAAAATTATAAGACACGAG
66 GACTT-GCCTCGAAATTCGAATTTTAATATTTAAAAATGAAATTAAAAAAATCATAAAACACGAG
*
75561 AATTTTGCTATG
130 AAGTTTGCTATG
* *
75573 CATCACATTGTAAATTTCCATTTTAACCTCTTAAAAATTTATACTTTATCTTTGATTTTGTAATC
1 CATCACATGGTAAATTTCCATTTTAACCTCTTAAAAATTTATACTTTATCTTTGATTCTGTAA-C
* * *
75638 -GACTTGGCCTCGAAATTCAAATTTTAATATTTAAAAATGAAATTAAAAAAATTATACAACACGA
65 AGACTT-GCCTCGAAATTCGAATTTTAATATTTAAAAATGAAATTAAAAAAATCATAAAACACGA
75702 GAAGTTTGCTATG
129 GAAGTTTGCTATG
* * * * *
75715 CATCACATGATAAATTTCCATTTTAAACTCTTAAAAATTTATACTTTATCTTTTATTTTGTAACC
1 CATCACATGGTAAATTTCCATTTTAACCTCTTAAAAATTTATACTTTATCTTTGATTCTGTAACA
** * * **
75780 GACGTTGCCTCGAAATTTAAATTTTAATATTTAAAAAT-AAAATAAAATAAAGCGCAAAACA-GA
66 GAC-TTGCCTCGAAATTCGAATTTTAATATTTAAAAATGAAATTAAAA-AAATCATAAAACACGA
* *
75843 -ATTACTTTTCTATG
129 GA--AGTTTGCTATG
* * * ** * * *
75857 CATCACATGGTAAATTTTCATTTTAACCTCTTAAAAGTTTATACTCTATCCATAATTGC-GAAAT
1 CATCACATGGTAAATTTCCATTTTAACCTCTTAAAAATTTATACTTTATCTTTGATT-CTGTAAC
* * * * * * *
75921 GGACTTCGACTC-AAATTTCGAGTTTCAATATTTAAAAATGAAATCCAAAAGAATCATAAGACAC
65 AGACTT-GCCTCGAAA-TTCGAATTTTAATATTTAAAAATGAAAT-TAAAAAAATCATAAAACAC
* * * * *
75985 AAGAACTTCGGTATC
127 GAGAAGTTTGCTATG
* *
76000 CATCATATGGTAAA-TTCCATTTTAACCTAC-TAAAAATCTATACTTTATCTTTGATTCTGTAAC
1 CATCACATGGTAAATTTCCATTTTAACCT-CTTAAAAATTTATACTTTATCTTTGATTCTGTAAC
** * * *
76063 CCACATTGCCTCAAAATTCGAATTTTAATATTTAAAAATAAAATTAAAAAATATCATAAAACATG
65 AGAC-TTGCCTCGAAATTCGAATTTTAATATTTAAAAATGAAATTAAAAAA-ATCATAAAACACG
*
76128 AGAACTTTGCTATG
128 AGAAGTTTGCTATG
** *
76142 CATCACATGGTAAATTTCTTTTTTAACCTCTTAAAAATTTATATTTTATCTTTGATTCTGTAATC
1 CATCACATGGTAAATTTCCATTTTAACCTCTTAAAAATTTATACTTTATCTTTGATTCTGTAA-C
* * * * * *
76207 -GATCTTGCCTCGAAAATCGAATTTTAATATTTAGAATTAAAATTTAAAAAAA-CACAAAACACT
65 AGA-CTTGCCTCGAAATTCGAATTTTAATATTTAAAAATGAAA-TTAAAAAAATCATAAAACACG
*
76270 A-ATAGTTTTCTATG
128 AGA-AGTTTGCTATG
* * *
76284 CATCAC-------A---CTATTTTAACCTCTTAAAAGTTTATACTTTA--TTT-A-----TAACG
1 CATCACATGGTAAATTTCCATTTTAACCTCTTAAAAATTTATACTTTATCTTTGATTCTGTAACA
* * ** * * * *
76331 GACTTCGACTC-AAATTGGAGCTTCAATACTTAAAAATGAAATTAAAAAGAATCATAAGACACAA
66 GACTT-GCCTCGAAATTCGAATTTTAATATTTAAAAATGAAATTAAAAA-AATCATAAAACACGA
* ** *
76395 GAACTTCACCATG
129 GAAGTTTGCTATG
* * *
76408 CATCACATGGTAAATTTTCATTTTAACCTCTTAAAAATTTATATTTTATCTTTGATTCTATAATC
1 CATCACATGGTAAATTTCCATTTTAACCTCTTAAAAATTTATACTTTATCTTTGATTCTGTAA-C
* * *
76473 -GACTTTGCCTCGAATTTCGTAA-TTTAATATTTAAAAATGAAATTAAAAAGAATCATAAGACAT
65 AGAC-TTGCCTCGAAATTCG-AATTTTAATATTTAAAAATGAAATTAAAAA-AATCATAAAACAC
**
76536 GAGAACATTGC-A--
127 GAGAAGTTTGCTATG
* * * * *
76548 CATCGCATCGTAAATATCCATTTTAACCTCTTTACAAATTTATACTTTATCTTTGATTCTATAAT
1 CATCACATGGTAAATTTCCATTTTAACCTC-TTAAAAATTTATACTTTATCTTTGATTCTGTAA-
* * *
76613 C-GACTTGGCCTCGAAATTCAAATTTTAATATTTAAAAATAAAATTAAAAAACTCATAAAACAC-
64 CAGACTT-GCCTCGAAATTCGAATTTTAATATTTAAAAATGAAATTAAAAAAATCATAAAACACG
* *
76676 AAAACTTTGCTATG
128 AGAAGTTTGCTATG
* * * * *
76690 CATCATATGGTAAATTTCTATTTTAACCACTTAAAAATTTATACTTTATCTTTAATTCTGTAATA
1 CATCACATGGTAAATTTCCATTTTAACCTCTTAAAAATTTATACTTTATCTTTGATTCTGTAACA
* * * * * *
76755 GAGTTTGCCTCAAAATTC-AAGTTTCAAAATCTT-AAAAT-AAATTAAAAACAATCATAAGATAC
66 GA-CTTGCCTCGAAATTCGAA-TTTTAATAT-TTAAAAATGAAATTAAAAA-AATCATAAAACAC
* *
76817 GAGAACTTCGCTATG
127 GAGAAGTTTGCTATG
* ** * * * * **
76832 AATCACATTATAAATTTTCATTTTAGCCTCTTAAAAGTTTATACTTTATCTTTGATTCTCTAATT
1 CATCACATGGTAAATTTCCATTTTAACCTCTTAAAAATTTATACTTTATCTTTGATTCTGTAACA
* * *
76897 GACTTTGCCTTGAAATTCAAATTTTAATATTTAAAAATAAAATT-AAAAAATCATAAAACACGAG
66 GAC-TTGCCTCGAAATTCGAATTTTAATATTTAAAAATGAAATTAAAAAAATCATAAAACACGAG
*
76961 AACTTTGCTATG
130 AAGTTTGCTATG
* * * * * *
76973 TATCACATGATAAATTTCCATTTTAACCTCTTAAAAATTCAAACTTTATCTCTT-ATTCTTTAAT
1 CATCACATGGTAAATTTCCATTTTAACCTCTTAAAAATTTATACTTTATCT-TTGATTCTGTAAC
* **
77037 TGACGTTGCCTCGAAATTAAAATTTTAATATTTAAAAATGAAATTACAAAAAAATCATAAAACAC
65 AGAC-TTGCCTCGAAATTCGAATTTTAATATTTAAAAATGAAATT--AAAAAAATCATAAAACAC
* **
77102 AAGAAGTTTTATATG
127 GAGAAGTTTGCTATG
* * *
77117 CATCACATGGTAAATTTCCATTTTAACCAACTAAAAACCAACTAAAAATTTATACTTTAACTTTA
1 CATCACATGGTAAATTTCCATTTTAA-C--CT------C--TTAAAAATTTATACTTTATCTTTG
* ** * * * *
77182 ATTTTGTAA-AG--TTCGCCTAAAAATTCGAGTTTCAAAATCTT-AAAAT-AAATTTAAAACAAT
55 ATTCTGTAACAGACTT-GCCTCGAAATTCGAATTTTAATAT-TTAAAAATGAAA-TTAAAAAAAT
*
77242 CATAAGACACGAGAA-----C-A--
117 CATAAAACACGAGAAGTTTGCTATG
* ** * * *
77259 CAT----T-GTAAGTTTCCATTTTAACCTCTTAAAAATTTATACACTAACTTTGATTCTTTAAGA
1 CATCACATGGTAAATTTCCATTTTAACCTCTTAAAAATTTATACTTTATCTTTGATTCTGTAACA
** * * * * *
77319 GACTTGGTGTCGAAATTCGAATTTCAATATTTAAAAATCAAATT-AGAAAATCATATAACACAAG
66 GACTT-GCCTCGAAATTCGAATTTTAATATTTAAAAATGAAATTAAAAAAATCATAAAACACGAG
*
77383 AAGCTTGCTATG
130 AAGTTTGCTATG
* * * **
77395 CATCACATGATAAATTTCCATTTTACCCTCTTTAAAATTTATACTTTATCTTTGATTCTGTAATT
1 CATCACATGGTAAATTTCCATTTTAACCTCTTAAAAATTTATACTTTATCTTTGATTCTGTAACA
* * ** * * *
77460 GATGTTGACTTAAAATTCAAATTTTAATATTGAAAAATGAAATTAAAAAAAGAGAGCATAAAACA
66 GA-CTTGCCTCGAAATTCGAATTTTAATATTTAAAAATGAAATT--AAAAA-A-ATCATAAAACA
* *
77525 CAAGAAGTTTTCTATG
126 CGAGAAGTTTGCTATG
* * * **
77541 CATCACATGGTAAATTTCCATTTTAACCTCTTAAAAATATATACTTTATCTATAATTCCATAAC-
1 CATCACATGGTAAATTTCCATTTTAACCTCTTAAAAATTTATACTTTATCTTTGATTCTGTAACA
* * * * * * **
77605 GAACGTTGCCTCAAAATTCGAGTTTCAATATTTAAAAATGTAATTAAAAAGATTCATAAGACATA
66 G-AC-TTGCCTCGAAATTCGAATTTTAATATTTAAAAATGAAATTAAAAA-AATCATAAAACACG
* *
77670 AGAACTTCGCTATG
128 AGAAGTTTGCTATG
* * * * *
77684 CATCACATTGTAAATTTCCATCTTAATCTCTGAAAAATTTATACTGTATCTTTGATTCTGTAACC
1 CATCACATGGTAAATTTCCATTTTAACCTCTTAAAAATTTATACTTTATCTTTGATTCTGTAA-C
* * * * * **
77749 A-ACTTTGCCTAGAAAATCGAATTTTAACATTTTAAAATGAAATTTAAAAAAATCATAAATCATA
65 AGAC-TTGCCTCGAAATTCGAATTTTAATATTTAAAAATGAAA-TTAAAAAAATCATAAAACACG
77813 AGAAGTTTGCTATG
128 AGAAGTTTGCTATG
* ** *
77827 CATCACATGGTAAATTTCCATTTTAACCTCTTAAAAATTTATACATTATAATTGATTCTGTAACC
1 CATCACATGGTAAATTTCCATTTTAACCTCTTAAAAATTTATACTTTATCTTTGATTCTGTAACA
* ** * *
77892 GACGTTGCCTTGAAATTTTAATTTTAATATTTAAAAATGAAATTATAAAAATTCATAAAACAAGA
66 GAC-TTGCCTCGAAATTCGAATTTTAATATTTAAAAATGAAATTA-AAAAAATCATAAAACACGA
77957 GAAGTTCT-CTATG
129 GAAGTT-TGCTATG
* * * * *
77970 CAAT-ACAAGGTAAATTTCTATTTTAA-CTACTTAAAAAATTATACTTTATCTTTAATTCCGTAA
1 C-ATCACATGGTAAATTTCCATTTTAACCT-CTTAAAAATTTATACTTTATCTTTGATTCTGTAA
* * * * * * *
78033 CGGAGTTCGCCTCAAAATTCGAGTTTTAATATTTAAAAAT-AAATTTAAAAAATCATAAGACACA
64 CAGACTT-GCCTCGAAATTCGAATTTTAATATTTAAAAATGAAATTAAAAAAATCATAAAACACG
*
78097 AGAATTTTGCTATG
128 AGAAGTTTGCTATG
* * * * * *
78111 AATCACATTGTAAATTTCTATTTTAACCACTTAAAAATTTATACTTTATCTTTGATTTTGTAACC
1 CATCACATGGTAAATTTCCATTTTAACCTCTTAAAAATTTATACTTTATCTTTGATTCTGTAACA
* * * *
78176 GACTTGGCCTCGAAATTCAAATTTTAATATTTAAAAATGGAATTAAAAAAAATCATACAACACTA
66 GACTT-GCCTCGAAATTCGAATTTTAATATTTAAAAATGAAATT-AAAAAAATCATAAAACACGA
78241 GAAGTTTGCTATG
129 GAAGTTTGCTATG
* * * *
78254 CATCACATGATAAATTTCCATTTTAACCTCTTAAAAATTTATACTTTATATTTTATTCTGTAACC
1 CATCACATGGTAAATTTCCATTTTAACCTCTTAAAAATTTATACTTTATCTTTGATTCTGTAACA
* * * ** * *
78319 GACGTTGCCTCGAAATTTGAATTTTAATATTTAAAAAT-AAAATAAAAAAAGCGCAAAACACAAT
66 GAC-TTGCCTCGAAATTCGAATTTTAATATTTAAAAATGAAATTAAAAAAATCATAAAACACGAG
* * *
78383 TAGTTTTCTGTG
130 AAGTTTGCTATG
* * * * *
78395 CATCA-ATGGTAAATTTCCATTTTAGCCTCTTAAAAGTTTGTACTTTAT-TTATAATTCCGTAAC
1 CATCACATGGTAAATTTCCATTTTAACCTCTTAAAAATTTATACTTTATCTT-TGATTCTGTAAC
* ** * * * * *
78458 GGACTTCGATTCAAAATTCGAGTTTCAATATTTAAAAATGAAATTAAAAAGAATCATAAGATACG
65 AGACTT-GCCTCGAAATTCGAATTTTAATATTTAAAAATGAAATTAAAAA-AATCATAAAACACG
* * *
78523 AGAACTTCGCTATA
128 AGAAGTTTGCTATG
* * * *
78537 CATCACATGGTAAATTTTCATTTTAACCTCTTAAAAATTTATACTTTATCTTTGATTTTATAACT
1 CATCACATGGTAAATTTCCATTTTAACCTCTTAAAAATTTATACTTTATCTTTGATTCTGTAACA
* * * * * *
78602 GACCTCGCCTCGAAATTCAAATTTTAATATTTAAAAATGAAGTTTTAAAAAATCATAAAATATGA
66 GA-CTTGCCTCGAAATTCGAATTTTAATATTTAAAAATGAA-ATTAAAAAAATCATAAAACACGA
*
78667 GAATTTTGCTATG
129 GAAGTTTGCTATG
* * ** * *
78680 CATCACATGGTAAATTTCCATTTTAACCTATCAAAAAAGTATACTTTTTCTTTGATTCTGTAACG
1 CATCACATGGTAAATTTCCATTTTAACCTCTTAAAAATTTATACTTTATCTTTGATTCTGTAACA
* * * * *
78745 GACTTACCTCAAAATTCGAGTTTCAATATTTAAAAATGAAATTAAAAAGAATCATAAGACACGAG
66 GACTTGCCTCGAAATTCGAATTTTAATATTTAAAAATGAAATTAAAAA-AATCATAAAACACGAG
* * *
78810 AACTTCGCTACG
130 AAGTTTGCTATG
* * * * * *
78822 CATCGCATTGTAAATTTCTATTTTAGCCT-TTCACAAATTTATACTTTATCTTTGATTCTATAAT
1 CATCACATGGTAAATTTCCATTTTAACCTCTT-AAAAATTTATACTTTATCTTTGATTCTGTAA-
* * * *
78886 CA-ACTTGGTCTCGAAATTCAAAATTTAATATTTAAAAATGAAATTAAAAAACTCATAAAACACG
64 CAGACTT-GCCTCGAAATTCGAATTTTAATATTTAAAAATGAAATTAAAAAAATCATAAAACACG
*
78950 AGAACTTTGCTATG
128 AGAAGTTTGCTATG
* * *
78964 CATCATATGGTAAATTTCCAATTTTAACCTCTTAAAAATTTATACTTTATCTTTAATTCTGTAGC
1 CATCACATGGTAAATTTCC-ATTTTAACCTCTTAAAAATTTATACTTTATCTTTGATTCTGTAAC
* * * * * * *
79029 TGACTTCGCCTTGAAATTTGAGTTTTAATATTTAAAAATGAAATTAAAGAGAATCATAAGACACA
65 AGACTT-GCCTCGAAATTCGAATTTTAATATTTAAAAATGAAATTAAA-AAAATCATAAAACACG
79094 AGAA-TTTCGCTATG
128 AGAAGTTT-GCTATG
* * * * * * *** *
79108 CATCACATTGAAAATTTCCATTTTAACCAT-TTAGAAATTTACACTATATCTTTAATTCCACAAT
1 CATCACATGGTAAATTTCCATTTTAACC-TCTTAAAAATTTATACTTTATCTTTGATTCTGTAAC
* * * * * * *
79172 AGACTTCACCTCAAAATTTGAGTTTCAATATTTAAAAAT-AAATTAAAAACAATCATAAGACATG
65 AGACTT-GCCTCGAAATTCGAATTTTAATATTTAAAAATGAAATTAAAAA-AATCATAAAACACG
79236 AGAA-TTTCGCTATG
128 AGAAGTTT-GCTATG
* * * * * *
79250 CATCATATTGTAAATTTCCATTTTAACCTCTTAAAAATGTATACTTTATCTTTGATTCAGTATCC
1 CATCACATGGTAAATTTCCATTTTAACCTCTTAAAAATTTATACTTTATCTTTGATTCTGTAACA
* * * * *
79315 GACTTTGCCTTGAAATTCAAATTTTAATATTTAAAAATAAAATTTAAAAAATCATAAAACACGAA
66 GAC-TTGCCTCGAAATTCGAATTTTAATATTTAAAAATGAAATTAAAAAAATCATAAAACACGAG
79380 AAGTTTGCTATG
130 AAGTTTGCTATG
** ** * * *
79392 CATCACATAATAAATTTCCATCATAACCTCTTAAAAATTTATACTTTAACTTTTATTCTGTAACT
1 CATCACATGGTAAATTTCCATTTTAACCTCTTAAAAATTTATACTTTATCTTTGATTCTGTAACA
* * * * *
79457 GATGTTGCCTCGAAACTCAAATTTTAATATTTAAAAGTAAAATTAAAAAAA--ATGCAAAACACG
66 GA-CTTGCCTCGAAATTCGAATTTTAATATTTAAAAATGAAATTAAAAAAATCAT--AAAACACG
** *
79520 ATTAGTTTTCTATG
128 AGAAGTTTGCTATG
* * * * * * *
79534 CATCACCTGGT-ACTTTCCATTTT-A--TCTTAAAATTTTATATTCTTATCTATAATTCCGTAA-
1 CATCACATGGTAAATTTCCATTTTAACCTCTTAAAAATTTATACT-TTATCTTTGATTCTGTAAC
* * * * * *
79594 TGAACTTCGACTC-AATATTCGAGTTTCAATATTTAAAAATGAAATTCAAAAGAATCATAAGACA
65 AG-ACTT-GCCTCGAA-ATTCGAATTTTAATATTTAAAAATGAAATT-AAAAAAATCATAAAACA
* *
79658 CGAGAACTTTGCTAAG
126 CGAGAAGTTTGCTATG
* * * *
79674 CATCACATGGTAAATATCCATTTTAATCTATTAAAAATTTATACTTTATCTTTGATTCTGTAACG
1 CATCACATGGTAAATTTCCATTTTAACCTCTTAAAAATTTATACTTTATCTTTGATTCTGTAACA
* * *
79739 GACTTGGCCTCAAAATTCAAATTTTAATATTTAAAAATGAAATTAAAAAAATCATAAAATACGAG
66 GACTT-GCCTCGAAATTCGAATTTTAATATTTAAAAATGAAATTAAAAAAATCATAAAACACGAG
*
79804 AAGTTTTCTATG
130 AAGTTTGCTATG
** * * * *
79816 CATCACATTATAAATTTCCTTTTTAACCTCTT-AAAATTTATACTTTATCTTTAATTTTGAAACC
1 CATCACATGGTAAATTTCCATTTTAACCTCTTAAAAATTTATACTTTATCTTTGATTCTGTAA-C
* * * *
79880 A-ATGTTACCTTGGAAGTT-GAATTTTAATATTTAAAAATGAAATTATAAAAAATCATAAAACAC
65 AGA-CTTGCC-TCGAAATTCGAATTTTAATATTTAAAAATGAAATTA-AAAAAATCATAAAACAC
79943 GAGAAG-TT--TATG
127 GAGAAGTTTGCTATG
* * * * * *
79955 CATCACAAGGTGAATTTCTATTTTAACCACTTAAAAATTTATATTTTATCTTTAATTGC-GTAAC
1 CATCACATGGTAAATTTCCATTTTAACCTCTTAAAAATTTATACTTTATCTTTGATT-CTGTAAC
* * * * * * *
80019 -GAAATTCACCTCAAAATTC--ATGTTTCAGTATTTAAAAAT-ATACTAAAAACAATCATAAGAC
65 AG-ACTT-GCCTCGAAATTCGAAT-TTT-AATATTTAAAAATGAAATTAAAAA-AATCATAAAAC
* *
80080 ACGAGAACTTCGCTATG
125 ACGAGAAGTTTGCTATG
* * * * *
80097 TATCACATTGTAAATTTCCATTTTAATCTCTTAAAAATTTATACTTTATCTTTGATTATGTAACT
1 CATCACATGGTAAATTTCCATTTTAACCTCTTAAAAATTTATACTTTATCTTTGATTCTGTAACA
* * ** *
80162 GACTTTGCCTCTACATTCGAATTTTAATATCAAAAAATGAAATTAAAAAAAATCATAAAACACCA
66 GAC-TTGCCTCGAAATTCGAATTTTAATATTTAAAAATGAAATT-AAAAAAATCATAAAACACGA
* *
80227 CAAGTTTTCTATG
129 GAAGTTTGCTATG
* * * * * *
80240 CATCACATGATAAATCTCCATCTTAACCTCTTAAAAATTTATACTCTATCTTTGATTTTGTAACC
1 CATCACATGGTAAATTTCCATTTTAACCTCTTAAAAATTTATACTTTATCTTTGATTCTGTAACA
* * * * * *
80305 GACGTTGCCTCGAATTTC-ATATTTTAATATTTAAAAATAAAATTTAAAAAAGC-TGAACACACA
66 GAC-TTGCCTCGAAATTCGA-ATTTTAATATTTAAAAATGAAATTAAAAAAATCAT-AAAACACG
** *
80368 ATTAGTTTTCTATG
128 AGAAGTTTGCTATG
* * * * * *
80382 CATCACATTGTATATTTCCATATTAACCTCTTAAAAAAATTATATTTTATCTTTAATTCTGTAAC
1 CATCACATGGTAAATTTCCATTTTAACCTCTT-AAAAATTTATACTTTATCTTTGATTCTGTAAC
* * * * * * * * *
80447 GGGCTTCGCCTCAAAATTCGAGTTTCAATATTTAAAAATGAAATTGAAAACAATCATAACAGATG
65 AGACTT-GCCTCGAAATTCGAATTTTAATATTTAAAAATGAAATT-AAAAAAATCATAAAACACG
* * *
80512 GGAACTTTGCCATG
128 AGAAGTTTGCTATG
* * * * *
80526 CATCACATTGTAAATTTCCATTTTAACCTCTTAAAAATTTATACTTTATCTCTAACTCTATAACT
1 CATCACATGGTAAATTTCCATTTTAACCTCTTAAAAATTTATACTTTATCTTTGATTCTGTAAC-
* *
80591 A-ACTTGGCCTCAAAATTTGAATTTTAATATTTAAAAATGAAATTATAAAAAATCATAAAACACG
65 AGACTT-GCCTCGAAATTCGAATTTTAATATTTAAAAATGAAATTA-AAAAAATCATAAAACACG
*
80655 AGAACTTTGCTATG
128 AGAAGTTTGCTATG
* * *
80669 CATCACATGATAAATTTTCATTTTAACCTCTTAAAAATTTATACTTTATCTTTGATTCTATAATC
1 CATCACATGGTAAATTTCCATTTTAACCTCTTAAAAATTTATACTTTATCTTTGATTCTGTAA-C
*
80734 A-ACGTTGCCTCGAAATTTGAATTTTAATATTTAAAAAATGAAATTA
65 AGAC-TTGCCTCGAAATTCGAATTTTAATATTT-AAAAATGAAATTA
80780 TAGAAAATGG
Statistics
Matches: 5633, Mismatches: 1029, Indels: 519
0.78 0.14 0.07
Matches are distributed among these distances:
122 7 0.00
123 27 0.00
124 31 0.01
125 1 0.00
126 27 0.00
127 2 0.00
128 20 0.00
129 28 0.00
130 6 0.00
131 1 0.00
132 28 0.00
133 1 0.00
134 30 0.01
135 1 0.00
136 7 0.00
137 17 0.00
138 31 0.01
139 175 0.03
140 304 0.05
141 940 0.17
142 1484 0.26
143 1670 0.30
144 448 0.08
145 32 0.01
146 115 0.02
147 3 0.00
149 1 0.00
150 23 0.00
151 9 0.00
152 37 0.01
153 53 0.01
154 50 0.01
155 24 0.00
ACGTcount: A:0.39, C:0.15, G:0.09, T:0.37
Consensus pattern (141 bp):
CATCACATGGTAAATTTCCATTTTAACCTCTTAAAAATTTATACTTTATCTTTGATTCTGTAACA
GACTTGCCTCGAAATTCGAATTTTAATATTTAAAAATGAAATTAAAAAAATCATAAAACACGAGA
AGTTTGCTATG
Found at i:74612 original size:284 final size:282
Alignment explanation
Indices: 73715--80779 Score: 6149
Period size: 284 Copynumber: 24.9 Consensus size: 282
73705 GGGCTTTACA
* * * * *
73715 CATCACATGGTAAATTTCCATTTTAACCTCTTAAAAGTTTATACTTTATCTATAATTCCGTAACG
1 CATCACATGGTAAATTTCCATTTTAACCTCTTAAAAATTTATACTTTATCTTTGATTCTGTAACC
* ** * * * *
73780 GACTTCA-ACTCAAAATTTGAGTTTCAGTATTTAAAAATGAAATTAAAAAGAATCA-AAAGACAC
66 GACTT-AGCCTCAAAATTCAAATTTTAATATTTAAAAAT-AAATTAAAAAAAATCATAAA-ACAC
* * * * * * * *
73843 TAGAACTTCGCTATGCAACACATTGTAAATTTTCATCTTAATCTCTTAAAAGA-TTATACTGTAT
128 GAGAACTTTGCTATGCATCACATGGTAAATTTCCATTTTAACCTCTTAAAA-ATTTATACTTTAT
* * * * * *
73907 CTTTGATTCCGCAAACG-ACTTTGCCTAGAAAATCAAATTTTAATATTTAAAAATGAAACTAAAA
192 CTTTGATTCTG-TAACGAAC-TTGCCTCGAAATTCGAATTTTAATATTTAAAAATGAAATTAAAA
*
73971 ACAATCATAAATCACGAGAAGTATGCTATG
255 A-AATCATAAA-CACGAGAAGTTTGCTATG
* ** * *
74001 CATCATATGGTAAATTTCCATTTTCTCCTCTTAAAAATTTATACTTTATATTTGATT-TGTAACA
1 CATCACATGGTAAATTTCCATTTTAACCTCTTAAAAATTTATACTTTATCTTTGATTCTGTAACC
* * * * *
74065 GACATTA-CCTCGAAATTCAAATTTTAATATTTTAAAATGAAATTATAAAAATTCATAAAACAAG
66 GAC-TTAGCCTCAAAATTCAAATTTTAATATTTAAAAAT-AAATTAAAAAAAATCATAAAACACG
* * * * * * * *
74129 AGAAGTTTTCTATGCATTAGAAGGTAAATTTCCAATTTAACCACTTAAAAATTTGTA--TTATCT
129 AGAACTTTGCTATGCATCACATGGTAAATTTCCATTTTAACCTCTTAAAAATTTATACTTTATCT
* * ** * *
74192 TTGATTCCGTAATGGAGTTTGCCTCAAAATTC-AAGTTTCAA-ATTTTAAAAAT-AAATTAAAAA
194 TTGATTCTGTAA-CGAACTTGCCTCGAAATTCGAA-TTTTAATA-TTTAAAAATGAAATTAAAAA
74254 AATCATAAAACACGAGAA-TTTCGCTATG
256 AATCAT-AAACACGAGAAGTTT-GCTATG
* * * * *
74282 AATCACATTGTAAATTTACATTTTAGCCTCTTAAAAATTTATACTTTATCTTTGATTCTATAACC
1 CATCACATGGTAAATTTCCATTTTAACCTCTTAAAAATTTATACTTTATCTTTGATTCTGTAACC
* * *
74347 GACTTAGCCTCGAAATTCAAATTTTAATATTTAAAAATGAAATTTAAAAAAAATCATACAACAGG
66 GACTTAGCCTCAAAATTCAAATTTTAATATTTAAAAAT-AAA-TTAAAAAAAATCATAAAACACG
* * *
74412 AGAAGTTTGTTATGCATCACATGATAAATTTCCATTTTAACCTCTTAAAAATTTATACTTTATCT
129 AGAACTTTGCTATGCATCACATGGTAAATTTCCATTTTAACCTCTTAAAAATTTATACTTTATCT
* * * * * * *
74477 TTTATTATGTAATTGAAGTTGCCTCGAAATTTGAATTTTAATATTTAAAAAT-AAAATAAAAAAG
194 TTGATTCTGTAA-CGAACTTGCCTCGAAATTCGAATTTTAATATTTAAAAATGAAATTAAAAAAA
* *
74541 TGCA-AAACACGA-ATAGTTTTCTGTG
258 T-CATAAACACGAGA-AGTTTGCTATG
* * * * * * *
74566 CATCACATGGTAAATTTCCATTTTAATCTCTTAAAAGTTGATACTTTTTTTTATAATTTTGTAAC
1 CATCACATGGTAAATTTCCATTTTAACCTCTTAAAAATTTATACTTTATCTT-TGATTCTGTAAC
* * * ** * * * *
74631 GGACTTCGACTCAAAATTTGAGTTTCAATATTTAAAAATAAAATTAAAAAGAATCATAAGACACG
65 CGACTTAGCCTCAAAATTCAAATTTTAATATTTAAAAAT-AAATTAAAAAAAATCATAAAACACG
* * * *
74696 AGAACTTCGCTATGCATCACATTGTAAATTTTCATTTTAACCTCTTAAAAATTTTATACTTTATA
129 AGAACTTTGCTATGCATCACATGGTAAATTTCCATTTTAACCTCTTAAAAA-TTTATACTTTATC
*
74761 TTTGATTCTGTAACCAACGTTGCCTCGAAATTCGAATTTTAATATTTAAAAATGAAATTATAAAA
193 TTTGATTCTGTAACGAAC-TTGCCTCGAAATTCGAATTTTAATATTTAAAAATGAAATTA-AAAA
* *
74826 AATCATAAAAAATCATAAAATAGGAGAAGTTTTCTATG
256 AATCAT---AAA-C-------ACGAGAAGTTTGCTATG
* * * * * * *
74864 CATCACAAGGTAAATTTCTATTTTAACCACTTAAAAATGTATACTTTATCTTTAATTCCGTAACG
1 CATCACATGGTAAATTTCCATTTTAACCTCTTAAAAATTTATACTTTATCTTTGATTCTGTAACC
* * * * * * * *
74929 GAGTTTGCCTCAAAATTCGAGTTTCAAAATCTT-AAAATAAATTAAAAATAATCATAAGACACGA
66 GACTTAGCCTCAAAATTCAAATTTTAATAT-TTAAAAATAAATTAAAAAAAATCATAAAACACGA
* ** * * * *
74993 AAACTTCACCATGCATCACATTGTAAATTTCTATTTTAACCTATTAAAAATTTATACTTTATCTT
130 GAACTTTGCTATGCATCACATGGTAAATTTCCATTTTAACCTCTTAAAAATTTATACTTTATCTT
* * * *
75058 TGATTCTCTAACTG-ATTTGGCCTCGAAATTCGAATTATAATATTTAAAAATCAAATTAAAAAAA
195 TGATTCTGTAAC-GAACTT-GCCTCGAAATTCGAATTTTAATATTTAAAAATGAAATTAAAAAAA
* * * *
75122 TCATAAAATATGAGAAGCTTGCTATA
258 TCAT-AAACACGAGAAGTTTGCTATG
* * * * * *
75148 CATCACATGATAAGTTTCCATTTTAGCCTCTTCAAAATTTATACTCTATCTTTGATTTTGTAACC
1 CATCACATGGTAAATTTCCATTTTAACCTCTTAAAAATTTATACTTTATCTTTGATTCTGTAACC
* ** * * *
75213 GACGTTA-CTTTGAAATTCAAATTTTAATATTTAAAAATGAAATTAAAGAAAAGCATAAAACACA
66 GAC-TTAGCCTCAAAATTCAAATTTTAATATTTAAAAAT-AAATTAAAAAAAATCATAAAACACG
* * * *
75277 AGAAGTTTTCTATGCATCACATGGTAAATTTCCGTTTTAACCTCTTAAAAATTTATACTTTATAT
129 AGAACTTTGCTATGCATCACATGGTAAATTTCCATTTTAACCTCTTAAAAATTTATACTTTATCT
* ** * * * *
75342 TTGATTCTGTAGCTG-ACTTGACCTTAAAATTCAAATTTTAATATTTAAAAGTCAAGTT-AAAAA
194 TTGATTCTGTAAC-GAACTTG-CCTCGAAATTCGAATTTTAATATTTAAAAATGAAATTAAAAAA
* **
75405 ATCATAAAACATGAGAAGTTCACTATG
257 ATCAT-AAACACGAGAAGTTTGCTATG
** * * * * * *
75432 CATTGCATTGTAAATTTTCATTTTAACCACTTAAAAAATTATACTTTATCTTTAATTCTGTAACG
1 CATCACATGGTAAATTTCCATTTTAACCTCTTAAAAATTTATACTTTATCTTTGATTCTGTAACC
* * * * * *
75497 GAGTTCA-CCTCAAAATTCGAGTTTTAATAGTTAAAAATAAATT-AAAAAAATTATAAGACACGA
66 GACTT-AGCCTCAAAATTCAAATTTTAATATTTAAAAATAAATTAAAAAAAATCATAAAACACGA
* *
75560 GAATTTTGCTATGCATCACATTGTAAATTTCCATTTTAACCTCTTAAAAATTTATACTTTATCTT
130 GAACTTTGCTATGCATCACATGGTAAATTTCCATTTTAACCTCTTAAAAATTTATACTTTATCTT
* *
75625 TGATTTTGTAATCG-ACTTGGCCTCGAAATTCAAATTTTAATATTTAAAAATGAAATTAAAAAAA
195 TGATTCTGTAA-CGAACTT-GCCTCGAAATTCGAATTTTAATATTTAAAAATGAAATTAAAAAAA
*
75689 TTATACAACACGAGAAGTTTGCTATG
258 TCATA-AACACGAGAAGTTTGCTATG
* * * *
75715 CATCACATGATAAATTTCCATTTTAAACTCTTAAAAATTTATACTTTATCTTTTATTTTGTAACC
1 CATCACATGGTAAATTTCCATTTTAACCTCTTAAAAATTTATACTTTATCTTTGATTCTGTAACC
* * * * * **
75780 GACGTT-GCCTCGAAATTTAAATTTTAATATTTAAAAATAAAATAAAATAAAGCGCAAAACA-GA
66 GAC-TTAGCCTCAAAATTCAAATTTTAATATTTAAAAATAAATTAAAAAAAATCATAAAACACGA
* * * *
75843 -ATTACTTTTCTATGCATCACATGGTAAATTTTCATTTTAACCTCTTAAAAGTTTATACTCTATC
130 GA--ACTTTGCTATGCATCACATGGTAAATTTCCATTTTAACCTCTTAAAAATTTATACTTTATC
** * * * * * * * *
75907 CATAATTGC-GAAATGGACTTCGACTC-AAATTTCGAGTTTCAATATTTAAAAATGAAATCCAAA
193 TTTGATT-CTGTAACGAACTT-GCCTCGAAA-TTCGAATTTTAATATTTAAAAATGAAAT-TAAA
* * * * * *
75970 AGAATCATAAGACACAAGAACTTCGGTATC
254 AAAATCATAA-ACACGAGAAGTTTGCTATG
* *
76000 CATCATATGGTAAA-TTCCATTTTAACCTAC-TAAAAATCTATACTTTATCTTTGATTCTGTAAC
1 CATCACATGGTAAATTTCCATTTTAACCT-CTTAAAAATTTATACTTTATCTTTGATTCTGTAAC
* * * *
76063 CCACATT-GCCTCAAAATTCGAATTTTAATATTTAAAAATAAAATTAAAAAATATCATAAAACAT
65 CGAC-TTAGCCTCAAAATTCAAATTTTAATATTTAAAAAT-AAATTAAAAAAAATCATAAAACAC
** *
76127 GAGAACTTTGCTATGCATCACATGGTAAATTTCTTTTTTAACCTCTTAAAAATTTATATTTTATC
128 GAGAACTTTGCTATGCATCACATGGTAAATTTCCATTTTAACCTCTTAAAAATTTATACTTTATC
* * * * *
76192 TTTGATTCTGTAATCGATCTTGCCTCGAAAATCGAATTTTAATATTTAGAATTAAAATTTAAAAA
193 TTTGATTCTGTAA-CGAACTTGCCTCGAAATTCGAATTTTAATATTTAAAAATGAAA-TTAAAAA
* * *
76257 AA-CACAAAACACTA-ATAGTTTTCTATG
256 AATCA-TAAACACGAGA-AGTTTGCTATG
* * *
76284 CATCAC-------A---CTATTTTAACCTCTTAAAAGTTTATACTTTA--TTT-A-----TAACG
1 CATCACATGGTAAATTTCCATTTTAACCTCTTAAAAATTTATACTTTATCTTTGATTCTGTAACC
* * ** ** * * * * *
76331 GACTTCGACTC-AAATTGGAGCTTCAATACTTAAAAATGAAATTAAAAAGAATCATAAGACACAA
66 GACTTAGCCTCAAAATTCAAATTTTAATATTTAAAAAT-AAATTAAAAAAAATCATAAAACACGA
** * * *
76395 GAACTTCACCATGCATCACATGGTAAATTTTCATTTTAACCTCTTAAAAATTTATATTTTATCTT
130 GAACTTTGCTATGCATCACATGGTAAATTTCCATTTTAACCTCTTAAAAATTTATACTTTATCTT
* *
76460 TGATTCTATAATCG-ACTTTGCCTCGAATTTCGTAA-TTTAATATTTAAAAATGAAATTAAAAAG
195 TGATTCTGTAA-CGAAC-TTGCCTCGAAATTCG-AATTTTAATATTTAAAAATGAAATTAAAAA-
* **
76523 AATCATAAGACATGAGAACATTGC-A--
256 AATCATAA-ACACGAGAAGTTTGCTATG
* * * * * *
76548 CATCGCATCGTAAATATCCATTTTAACCTCTTTACAAATTTATACTTTATCTTTGATTCTATAAT
1 CATCACATGGTAAATTTCCATTTTAACCTC-TTAAAAATTTATACTTTATCTTTGATTCTGTAAC
* * *
76613 CGACTTGGCCTCGAAATTCAAATTTTAATATTTAAAAATAAAATT-AAAAAACTCATAAAACAC-
65 CGACTTAGCCTCAAAATTCAAATTTTAATATTTAAAAAT-AAATTAAAAAAAATCATAAAACACG
* * * *
76676 AAAACTTTGCTATGCATCATATGGTAAATTTCTATTTTAACCACTTAAAAATTTATACTTTATCT
129 AGAACTTTGCTATGCATCACATGGTAAATTTCCATTTTAACCTCTTAAAAATTTATACTTTATCT
* * ** * * *
76741 TTAATTCTGTAATAGAGTTTGCCTCAAAATTC-AAGTTTCAAAATCTT-AAAAT-AAATTAAAAA
194 TTGATTCTGTAA-CGAACTTGCCTCGAAATTCGAA-TTTTAATAT-TTAAAAATGAAATTAAAAA
* * *
76803 CAATCATAAGATACGAGAACTTCGCTATG
256 -AATCATAA-ACACGAGAAGTTTGCTATG
* ** * * * * **
76832 AATCACATTATAAATTTTCATTTTAGCCTCTTAAAAGTTTATACTTTATCTTTGATTCTCTAATT
1 CATCACATGGTAAATTTCCATTTTAACCTCTTAAAAATTTATACTTTATCTTTGATTCTGTAACC
* **
76897 GACTTTGCCTTGAAATTCAAATTTTAATATTTAAAAATAAAATT--AAAAAATCATAAAACACGA
66 GACTTAGCCTCAAAATTCAAATTTTAATATTTAAAAAT-AAATTAAAAAAAATCATAAAACACGA
* * * *
76960 GAACTTTGCTATGTATCACATGATAAATTTCCATTTTAACCTCTTAAAAATTCAAACTTTATCTC
130 GAACTTTGCTATGCATCACATGGTAAATTTCCATTTTAACCTCTTAAAAATTTATACTTTATCT-
* * **
77025 TT-ATTCTTTAATTG-ACGTTGCCTCGAAATTAAAATTTTAATATTTAAAAATGAAATTACAAAA
194 TTGATTCTGTAA-CGAAC-TTGCCTCGAAATTCGAATTTTAATATTTAAAAATGAAATT--AAAA
* **
77088 AAATCATAAAACACAAGAAGTTTTATATG
255 AAATCAT-AAACACGAGAAGTTTGCTATG
* * *
77117 CATCACATGGTAAATTTCCATTTTAACCAACTAAAAACCAACTAAAAATTTATACTTTAACTTTA
1 CATCACATGGTAAATTTCCATTTTAA-C--CT------C--TTAAAAATTTATACTTTATCTTTG
* * * * * * * * * *
77182 ATTTTGTAA---AGTTCGCCTAAAAATTCGAGTTTCAAAATCTT-AAAATAAATTTAAAACAATC
55 ATTCTGTAACCGACTTAGCCTCAAAATTCAAATTTTAATAT-TTAAAAATAAATTAAAAAAAATC
* *
77243 ATAAGACACGAGAA-----C-A--CAT----T-GTAAGTTTCCATTTTAACCTCTTAAAAATTTA
119 ATAAAACACGAGAACTTTGCTATGCATCACATGGTAAATTTCCATTTTAACCTCTTAAAAATTTA
** * * ** * *
77295 TACACTAACTTTGATTCTTTAA-GAGACTTGGTGTCGAAATTCGAATTTCAATATTTAAAAATCA
184 TACTTTATCTTTGATTCTGTAACGA-ACTT-GCCTCGAAATTCGAATTTTAATATTTAAAAATGA
* * *
77359 AATT-AGAAAATCATATAACACAAGAAGCTTGCTATG
247 AATTAAAAAAATCATA-AACACGAGAAGTTTGCTATG
* * * **
77395 CATCACATGATAAATTTCCATTTTACCCTCTTTAAAATTTATACTTTATCTTTGATTCTGTAATT
1 CATCACATGGTAAATTTCCATTTTAACCTCTTAAAAATTTATACTTTATCTTTGATTCTGTAACC
* * * * *
77460 GA-TGTTGACTTAAAATTCAAATTTTAATATTGAAAAATGAAATTAAAAAAAGAGAGCATAAAAC
66 GACT-TAGCCTCAAAATTCAAATTTTAATATTTAAAAAT-AAATT-AAAAAA-A-ATCATAAAAC
* * * *
77524 ACAAGAAGTTTTCTATGCATCACATGGTAAATTTCCATTTTAACCTCTTAAAAATATATACTTTA
126 ACGAGAACTTTGCTATGCATCACATGGTAAATTTCCATTTTAACCTCTTAAAAATTTATACTTTA
* * ** * * * *
77589 TCTATAATTCCATAACGAACGTTGCCTCAAAATTCGAGTTTCAATATTTAAAAATGTAATTAAAA
191 TCTTTGATTCTGTAACGAAC-TTGCCTCGAAATTCGAATTTTAATATTTAAAAATGAAATTAAAA
* ** * *
77654 AGATTCATAAGACATAAGAACTTCGCTATG
255 A-AATCATAA-ACACGAGAAGTTTGCTATG
* * * * *
77684 CATCACATTGTAAATTTCCATCTTAATCTCTGAAAAATTTATACTGTATCTTTGATTCTGTAACC
1 CATCACATGGTAAATTTCCATTTTAACCTCTTAAAAATTTATACTTTATCTTTGATTCTGTAACC
* * * * * * * * **
77749 AACTTTGCCT-AGAAAATCGAATTTTAACATTTTAAAATGAAATTTAAAAAAATCATAAATCATA
66 GACTTAGCCTCA-AAATTCAAATTTTAATATTTAAAAAT-AAATTAAAAAAAATCATAAAACACG
* * **
77813 AGAAGTTTGCTATGCATCACATGGTAAATTTCCATTTTAACCTCTTAAAAATTTATACATTATAA
129 AGAACTTTGCTATGCATCACATGGTAAATTTCCATTTTAACCTCTTAAAAATTTATACTTTATCT
* **
77878 TTGATTCTGTAACCG-ACGTTGCCTTGAAATTTTAATTTTAATATTTAAAAATGAAATTATAAAA
194 TTGATTCTGTAA-CGAAC-TTGCCTCGAAATTCGAATTTTAATATTTAAAAATGAAATTA-AAAA
* *
77942 ATTCATAAAACAAGAGAAGTTCT-CTATG
256 AATCAT-AAACACGAGAAGTT-TGCTATG
* * * * *
77970 CAAT-ACAAGGTAAATTTCTATTTTAA-CTACTTAAAAAATTATACTTTATCTTTAATTCCGTAA
1 C-ATCACATGGTAAATTTCCATTTTAACCT-CTTAAAAATTTATACTTTATCTTTGATTCTGTAA
* * * * * * * *
78033 CGGAGTTCGCCTCAAAATTCGAGTTTTAATATTTAAAAATAAATT-TAAAAAATCATAAGACACA
64 CCGACTTAGCCTCAAAATTCAAATTTTAATATTTAAAAATAAATTAAAAAAAATCATAAAACACG
* * * * *
78097 AGAATTTTGCTATGAATCACATTGTAAATTTCTATTTTAACCACTTAAAAATTTATACTTTATCT
129 AGAACTTTGCTATGCATCACATGGTAAATTTCCATTTTAACCTCTTAAAAATTTATACTTTATCT
* * *
78162 TTGATTTTGTAACCG-ACTTGGCCTCGAAATTCAAATTTTAATATTTAAAAATGGAATTAAAAAA
194 TTGATTCTGTAA-CGAACTT-GCCTCGAAATTCGAATTTTAATATTTAAAAATGAAATT-AAAAA
*
78226 AATCATACAACACTAGAAGTTTGCTATG
256 AATCATA-AACACGAGAAGTTTGCTATG
* * *
78254 CATCACATGATAAATTTCCATTTTAACCTCTTAAAAATTTATACTTTATATTTTATTCTGTAACC
1 CATCACATGGTAAATTTCCATTTTAACCTCTTAAAAATTTATACTTTATCTTTGATTCTGTAACC
* ** * * ** *
78319 GACGTT-GCCTCGAAATTTGAATTTTAATATTTAAAAATAAAAT-AAAAAAAGCGCAAAACACAA
66 GAC-TTAGCCTCAAAATTCAAATTTTAATATTTAAAAATAAATTAAAAAAAATCATAAAACACGA
** * * * * * *
78382 TTAGTTTTCTGTGCATCA-ATGGTAAATTTCCATTTTAGCCTCTTAAAAGTTTGTACTTTAT-TT
130 GAACTTTGCTATGCATCACATGGTAAATTTCCATTTTAACCTCTTAAAAATTTATACTTTATCTT
* * * ** * * *
78445 ATAATTCCGTAACGGACTTCGATTCAAAATTCGAGTTTCAATATTTAAAAATGAAATTAAAAAGA
195 -TGATTCTGTAACGAACTT-GCCTCGAAATTCGAATTTTAATATTTAAAAATGAAATTAAAAA-A
* * * *
78510 ATCATAAGATACGAGAACTTCGCTATA
257 ATCATAA-ACACGAGAAGTTTGCTATG
* * * *
78537 CATCACATGGTAAATTTTCATTTTAACCTCTTAAAAATTTATACTTTATCTTTGATTTTATAACT
1 CATCACATGGTAAATTTCCATTTTAACCTCTTAAAAATTTATACTTTATCTTTGATTCTGTAACC
* * * * ** * *
78602 GACCTCGCCTCGAAATTCAAATTTTAATATTTAAAAATGAAGTTTTAAAAAATCATAAAATATGA
66 GACTTAGCCTCAAAATTCAAATTTTAATATTTAAAAAT-AAATTAAAAAAAATCATAAAACACGA
* * * ** *
78667 GAATTTTGCTATGCATCACATGGTAAATTTCCATTTTAACCTATCAAAAAAGTATACTTTTTCTT
130 GAACTTTGCTATGCATCACATGGTAAATTTCCATTTTAACCTCTTAAAAATTTATACTTTATCTT
* * * * *
78732 TGATTCTGTAACGGACTTACCTCAAAATTCGAGTTTCAATATTTAAAAATGAAATTAAAAAGAAT
195 TGATTCTGTAACGAACTTGCCTCGAAATTCGAATTTTAATATTTAAAAATGAAATTAAAAA-AAT
* * *
78797 CATAAGACACGAGAACTTCGCTACG
259 CATAA-ACACGAGAAGTTTGCTATG
* * * * * * *
78822 CATCGCATTGTAAATTTCTATTTTAGCCT-TTCACAAATTTATACTTTATCTTTGATTCTATAAT
1 CATCACATGGTAAATTTCCATTTTAACCTCTT-AAAAATTTATACTTTATCTTTGATTCTGTAAC
* * * * * *
78886 CAACTTGGTCTCGAAATTCAAAATTTAATATTTAAAAATGAAATT-AAAAAACTCATAAAACACG
65 CGACTTAGCCTCAAAATTCAAATTTTAATATTTAAAAAT-AAATTAAAAAAAATCATAAAACACG
*
78950 AGAACTTTGCTATGCATCATATGGTAAATTTCCAATTTTAACCTCTTAAAAATTTATACTTTATC
129 AGAACTTTGCTATGCATCACATGGTAAATTTCC-ATTTTAACCTCTTAAAAATTTATACTTTATC
* * * * *
79015 TTTAATTCTGTAGCTG-ACTTCGCCTTGAAATTTGAGTTTTAATATTTAAAAATGAAATTAAAGA
193 TTTGATTCTGTAAC-GAACTT-GCCTCGAAATTCGAATTTTAATATTTAAAAATGAAATTAAA-A
* *
79079 GAATCATAAGACACAAGAA-TTTCGCTATG
255 AAATCATAA-ACACGAGAAGTTT-GCTATG
* * * * * * *** *
79108 CATCACATTGAAAATTTCCATTTTAACCAT-TTAGAAATTTACACTATATCTTTAATTCCACAAT
1 CATCACATGGTAAATTTCCATTTTAACC-TCTTAAAAATTTATACTTTATCTTTGATTCTGTAAC
* ** * * * * *
79172 AGACTTCA-CCTCAAAATTTGAGTTTCAATATTTAAAAATAAATTAAAAACAATCATAAGACATG
65 CGACTT-AGCCTCAAAATTCAAATTTTAATATTTAAAAATAAATTAAAAAAAATCATAAAACACG
* * *
79236 AGAA-TTTCGCTATGCATCATATTGTAAATTTCCATTTTAACCTCTTAAAAATGTATACTTTATC
129 AGAACTTT-GCTATGCATCACATGGTAAATTTCCATTTTAACCTCTTAAAAATTTATACTTTATC
* * * * * *
79300 TTTGATTCAGTATCCG-ACTTTGCCTTGAAATTCAAATTTTAATATTTAAAAATAAAATTTAAAA
193 TTTGATTCTGTA-ACGAAC-TTGCCTCGAAATTCGAATTTTAATATTTAAAAATGAAATTAAAAA
*
79364 AATCATAAAACACGAAAAGTTTGCTATG
256 AATCAT-AAACACGAGAAGTTTGCTATG
** ** * * *
79392 CATCACATAATAAATTTCCATCATAACCTCTTAAAAATTTATACTTTAACTTTTATTCTGTAACT
1 CATCACATGGTAAATTTCCATTTTAACCTCTTAAAAATTTATACTTTATCTTTGATTCTGTAACC
* * * *
79457 GA-TGTTGCCTCGAAACTCAAATTTTAATATTTAAAAGTAAAATTAAAAAAAATGC--AAAACAC
66 GACT-TAGCCTCAAAATTCAAATTTTAATATTTAAAAAT-AAATTAAAAAAAAT-CATAAAACAC
** * * * * * *
79519 GATTAGTTTTCTATGCATCACCTGGT-ACTTTCCATTTT-A--TCTTAAAATTTTATATTCTTAT
128 GAGAACTTTGCTATGCATCACATGGTAAATTTCCATTTTAACCTCTTAAAAATTTATACT-TTAT
* * * * * * *
79580 CTATAATTCCGTAATGAACTTCGACTC-AATATTCGAGTTTCAATATTTAAAAATGAAATTCAAA
192 CTTTGATTCTGTAACGAACTT-GCCTCGAA-ATTCGAATTTTAATATTTAAAAATGAAATT-AAA
* * *
79644 AGAATCATAAGACACGAGAACTTTGCTAAG
254 AAAATCATAA-ACACGAGAAGTTTGCTATG
* * * *
79674 CATCACATGGTAAATATCCATTTTAATCTATTAAAAATTTATACTTTATCTTTGATTCTGTAACG
1 CATCACATGGTAAATTTCCATTTTAACCTCTTAAAAATTTATACTTTATCTTTGATTCTGTAACC
* *
79739 GACTTGGCCTCAAAATTCAAATTTTAATATTTAAAAATGAAATT-AAAAAAATCATAAAATACGA
66 GACTTAGCCTCAAAATTCAAATTTTAATATTTAAAAAT-AAATTAAAAAAAATCATAAAACACGA
* * ** *
79803 GAAGTTTTCTATGCATCACATTATAAATTTCCTTTTTAACCTCTT-AAAATTTATACTTTATCTT
130 GAACTTTGCTATGCATCACATGGTAAATTTCCATTTTAACCTCTTAAAAATTTATACTTTATCTT
* * * * * * * *
79867 TAATTTTGAAACCAATGTTACCTTGGAAGTT-GAATTTTAATATTTAAAAATGAAATTATAAAAA
195 TGATTCTGTAACGAA-CTTGCC-TCGAAATTCGAATTTTAATATTTAAAAATGAAATTA-AAAAA
79931 ATCATAAAACACGAGAAG-TT--TATG
257 ATCAT-AAACACGAGAAGTTTGCTATG
* * * * * *
79955 CATCACAAGGTGAATTTCTATTTTAACCACTTAAAAATTTATATTTTATCTTTAATTGC-GTAA-
1 CATCACATGGTAAATTTCCATTTTAACCTCTTAAAAATTTATACTTTATCTTTGATT-CTGTAAC
* ** * * * * * *
80018 CGAAATTCA-CCTCAAAATTCATGTTTCAGTATTTAAAAATATACTAAAAACAATCATAAGACAC
65 CG-ACTT-AGCCTCAAAATTCAAATTTTAATATTTAAAAATAAATTAAAAAAAATCATAAAACAC
* * * *
80082 GAGAACTTCGCTATGTATCACATTGTAAATTTCCATTTTAATCTCTTAAAAATTTATACTTTATC
128 GAGAACTTTGCTATGCATCACATGGTAAATTTCCATTTTAACCTCTTAAAAATTTATACTTTATC
* * * **
80147 TTTGATTATGTAACTG-ACTTTGCCTCTACATTCGAATTTTAATATCAAAAAATGAAATTAAAAA
193 TTTGATTCTGTAAC-GAAC-TTGCCTCGAAATTCGAATTTTAATATTTAAAAATGAAATT-AAAA
* * *
80211 AAATCATAAAACACCACAAGTTTTCTATG
255 AAATCAT-AAACACGAGAAGTTTGCTATG
* * * * *
80240 CATCACATGATAAATCTCCATCTTAACCTCTTAAAAATTTATACTCTATCTTTGATTTTGTAACC
1 CATCACATGGTAAATTTCCATTTTAACCTCTTAAAAATTTATACTTTATCTTTGATTCTGTAACC
* * * * * *
80305 GACGTT-GCCTCGAATTTCATATTTTAATATTTAAAAATAAAATT-TAAAAAAGC-TGAACACAC
66 GAC-TTAGCCTCAAAATTCAAATTTTAATATTTAAAAAT-AAATTAAAAAAAATCAT-AAAACAC
* ** * * * * * * *
80367 AATTAGTTTTCTATGCATCACATTGTATATTTCCATATTAACCTCTTAAAAAAATTATATTTTAT
128 GAGAACTTTGCTATGCATCACATGGTAAATTTCCATTTTAACCTCTT-AAAAATTTATACTTTAT
* ** * * *
80432 CTTTAATTCTGTAACGGGCTTCGCCTCAAAATTCGAGTTTCAATATTTAAAAATGAAATTGAAAA
192 CTTTGATTCTGTAACGAACTT-GCCTCGAAATTCGAATTTTAATATTTAAAAATGAAATT-AAAA
* * * * * *
80497 CAATCATAACAGATGGGAACTTTGCCATG
255 AAATCATAA-ACACGAGAAGTTTGCTATG
* * * * * *
80526 CATCACATTGTAAATTTCCATTTTAACCTCTTAAAAATTTATACTTTATCTCTAACTCTATAACT
1 CATCACATGGTAAATTTCCATTTTAACCTCTTAAAAATTTATACTTTATCTTTGATTCTGTAACC
* * ** *
80591 AACTTGGCCTCAAAATTTGAATTTTAATATTTAAAAATGAAATTATAAAAAATCATAAAACACGA
66 GACTTAGCCTCAAAATTCAAATTTTAATATTTAAAAAT-AAATTAAAAAAAATCATAAAACACGA
* *
80656 GAACTTTGCTATGCATCACATGATAAATTTTCATTTTAACCTCTTAAAAATTTATACTTTATCTT
130 GAACTTTGCTATGCATCACATGGTAAATTTCCATTTTAACCTCTTAAAAATTTATACTTTATCTT
* *
80721 TGATTCTATAATC-AACGTTGCCTCGAAATTTGAATTTTAATATTTAAAAAATGAAATTA
195 TGATTCTGTAA-CGAAC-TTGCCTCGAAATTCGAATTTTAATATTT-AAAAATGAAATTA
80780 TAGAAAATGG
Statistics
Matches: 5520, Mismatches: 1009, Indels: 500
0.79 0.14 0.07
Matches are distributed among these distances:
264 5 0.00
265 8 0.00
266 151 0.03
267 50 0.01
268 1 0.00
269 3 0.00
270 25 0.00
271 6 0.00
272 5 0.00
273 4 0.00
274 27 0.00
275 44 0.01
277 6 0.00
278 51 0.01
279 2 0.00
280 33 0.01
281 380 0.07
282 531 0.10
283 658 0.12
284 1067 0.19
285 1061 0.19
286 770 0.14
287 170 0.03
288 18 0.00
289 110 0.02
290 4 0.00
291 1 0.00
292 9 0.00
293 26 0.00
294 35 0.01
295 63 0.01
296 96 0.02
297 41 0.01
298 58 0.01
299 1 0.00
ACGTcount: A:0.39, C:0.15, G:0.09, T:0.37
Consensus pattern (282 bp):
CATCACATGGTAAATTTCCATTTTAACCTCTTAAAAATTTATACTTTATCTTTGATTCTGTAACC
GACTTAGCCTCAAAATTCAAATTTTAATATTTAAAAATAAATTAAAAAAAATCATAAAACACGAG
AACTTTGCTATGCATCACATGGTAAATTTCCATTTTAACCTCTTAAAAATTTATACTTTATCTTT
GATTCTGTAACGAACTTGCCTCGAAATTCGAATTTTAATATTTAAAAATGAAATTAAAAAAATCA
TAAACACGAGAAGTTTGCTATG
Found at i:74845 original size:9 final size:10
Alignment explanation
Indices: 74815--74845 Score: 53
Period size: 10 Copynumber: 3.1 Consensus size: 10
74805 TTTAAAAATG
*
74815 AAATTATAAA
1 AAATCATAAA
74825 AAATCATAAA
1 AAATCATAAA
74835 AAATCATAAA
1 AAATCATAAA
74845 A
1 A
74846 TAGGAGAAGT
Statistics
Matches: 20, Mismatches: 1, Indels: 0
0.95 0.05 0.00
Matches are distributed among these distances:
10 20 1.00
ACGTcount: A:0.71, C:0.06, G:0.00, T:0.23
Consensus pattern (10 bp):
AAATCATAAA
Found at i:85250 original size:38 final size:39
Alignment explanation
Indices: 85200--85291 Score: 114
Period size: 40 Copynumber: 2.4 Consensus size: 39
85190 CCATCTCCGT
* * *
85200 CCAACCCAACACACC-ATGTGGGGATAGAATCGACCCAC
1 CCAACCCTACACACCAATATGGGGATAGAATCAACCCAC
* * *
85238 CCAGCCCTACACACCAGATATGGGGATATAATCAACCCAT
1 CCAACCCTACACACCA-ATATGGGGATAGAATCAACCCAC
85278 CCAACCCTACACAC
1 CCAACCCTACACAC
85292 TAAATGGTAC
Statistics
Matches: 45, Mismatches: 7, Indels: 2
0.83 0.13 0.04
Matches are distributed among these distances:
38 13 0.29
40 32 0.71
ACGTcount: A:0.35, C:0.38, G:0.14, T:0.13
Consensus pattern (39 bp):
CCAACCCTACACACCAATATGGGGATAGAATCAACCCAC
Found at i:87712 original size:6 final size:6
Alignment explanation
Indices: 87703--87785 Score: 57
Period size: 6 Copynumber: 14.5 Consensus size: 6
87693 GAAGTTTAGT
* * * * * * *
87703 AAAATA AAAATA AACATA AACAGA AAGATA GAAATG AAACTA AAAAT-
1 AAAATA AAAATA AAAATA AAAATA AAAATA AAAATA AAAATA AAAATA
* *
87750 AAAATA AAAA-A GAAA-A AGAA-A AAAATA AAAATA AAA
1 AAAATA AAAATA AAAATA AAAATA AAAATA AAAATA AAA
87786 GCAAATAAAT
Statistics
Matches: 60, Mismatches: 15, Indels: 4
0.76 0.19 0.05
Matches are distributed among these distances:
5 16 0.27
6 44 0.73
ACGTcount: A:0.77, C:0.04, G:0.07, T:0.12
Consensus pattern (6 bp):
AAAATA
Found at i:93072 original size:50 final size:49
Alignment explanation
Indices: 92956--93176 Score: 190
Period size: 49 Copynumber: 4.6 Consensus size: 49
92946 ATAAGATGCT
92956 GATGCCATGTCCCAGACATGGTCTTACACTAGCTATCTTCATTGAGGCC
1 GATGCCATGTCCCAGACATGGTCTTACACTAGCTATCTTCATTGAGGCC
* * * * *
93005 GATGCCATGTCCCAGACATAGTCTTATACTAGCTCTCGCTT-ATCTG-TGTC
1 GATGCCATGTCCCAGACATGGTCTTACACTAGCTAT--CTTCAT-TGAGGCC
* * ** * *
93055 GATGCCATGTCCCAGACATGGTCTTACACAAAC-A-CAACATTTA-GTC
1 GATGCCATGTCCCAGACATGGTCTTACACTAGCTATCTTCATTGAGGCC
* * * ** *
93101 GATG-CATGTCCCAAACA-CGTCTTACACTAGC-ACTCGTC-TCAATGCC
1 GATGCCATGTCCCAGACATGGTCTTACACTAGCTA-TCTTCATTGAGGCC
93147 GATGCCATGTCCCAGACATGGTCTTACACT
1 GATGCCATGTCCCAGACATGGTCTTACACT
93177 GGCTCTCATA
Statistics
Matches: 138, Mismatches: 24, Indels: 21
0.75 0.13 0.11
Matches are distributed among these distances:
44 12 0.09
45 14 0.10
46 17 0.12
47 14 0.10
48 10 0.07
49 33 0.24
50 33 0.24
51 5 0.04
ACGTcount: A:0.25, C:0.30, G:0.18, T:0.28
Consensus pattern (49 bp):
GATGCCATGTCCCAGACATGGTCTTACACTAGCTATCTTCATTGAGGCC
Found at i:93170 original size:92 final size:98
Alignment explanation
Indices: 92951--93175 Score: 264
Period size: 92 Copynumber: 2.3 Consensus size: 98
92941 ATGGGATAAG
* * * **
92951 ATGCTGATGCCATGTCCCAGACATGGTCTTACACTAGCTATCTTCATTGAGGCCGATGCCATGTC
1 ATGCCGATGCCATGTCCCAGACATGGTCTTACACAAACTATCAACATTGAGGCCGATGCCATGTC
* * * *
93016 CCAGACATAGTCTTATACTAGCTCTCGCTTATCT
66 CCAAACATAGTCTTACACTAGCACTCGC-TATCA
* * * *
93050 GTGTCGATGCCATGTCCCAGACATGGTCTTACACAAAC-A-CAACATTTA-GTCGATG-CATGTC
1 ATGCCGATGCCATGTCCCAGACATGGTCTTACACAAACTATCAACATTGAGGCCGATGCCATGTC
* *
93111 CCAAACA-CGTCTTACACTAGCACTCG-TCTCA
66 CCAAACATAGTCTTACACTAGCACTCGCTATCA
93142 ATGCCGATGCCATGTCCCAGACATGGTCTTACAC
1 ATGCCGATGCCATGTCCCAGACATGGTCTTACAC
93176 TGGCTCTCAT
Statistics
Matches: 109, Mismatches: 17, Indels: 7
0.82 0.13 0.05
Matches are distributed among these distances:
92 35 0.32
94 16 0.15
95 12 0.11
96 6 0.06
97 6 0.06
98 1 0.01
99 33 0.30
ACGTcount: A:0.25, C:0.30, G:0.18, T:0.28
Consensus pattern (98 bp):
ATGCCGATGCCATGTCCCAGACATGGTCTTACACAAACTATCAACATTGAGGCCGATGCCATGTC
CCAAACATAGTCTTACACTAGCACTCGCTATCA
Found at i:93217 original size:94 final size:94
Alignment explanation
Indices: 92951--93224 Score: 254
Period size: 94 Copynumber: 2.9 Consensus size: 94
92941 ATGGGATAAG
* * *
92951 ATGCTGATGCCATGTCCCAGACATGGTCTTACACTAGCTATCTTCAT-TGAGGCCGATGCCATGT
1 ATGCCGATGCCATGTCCCAGACATGGTCTTACACTAGC--TC-TCATAAGTGGCCGATG-CATGT
* * *
93015 CCC-AGACATAGTCTTATACTAGCTCTCGCTTATCT
62 CCCAAG-CAT-GTCTTACACTAGCACTCGC-TATCA
* * * * * * *
93050 GTGTCGATGCCATGTCCCAGACATGGTCTTACACAAACACAACATTTAGT---CGATGCATGTCC
1 ATGCCGATGCCATGTCCCAGACATGGTCTTACACTAGCTC-TCA-TAAGTGGCCGATGCATGTCC
* * *
93112 CAAACACGTCTTACACTAGCACTCG-TCTCA
64 CAAGCATGTCTTACACTAGCACTCGCTATCA
*
93142 ATGCCGATGCCATGTCCCAGACATGGTCTTACACTGGCTCTCATAACGTGGCCGATGCATGTCCC
1 ATGCCGATGCCATGTCCCAGACATGGTCTTACACTAGCTCTCATAA-GTGGCCGATGCATGTCCC
*
93207 AAGTATGTCTTACACTAG
65 AAGCATGTCTTACACTAG
93225 TTCACACAAG
Statistics
Matches: 141, Mismatches: 27, Indels: 19
0.75 0.14 0.10
Matches are distributed among these distances:
90 2 0.01
91 4 0.03
92 37 0.26
94 44 0.31
95 10 0.07
96 6 0.04
97 3 0.02
98 1 0.01
99 34 0.24
ACGTcount: A:0.24, C:0.29, G:0.19, T:0.28
Consensus pattern (94 bp):
ATGCCGATGCCATGTCCCAGACATGGTCTTACACTAGCTCTCATAAGTGGCCGATGCATGTCCCA
AGCATGTCTTACACTAGCACTCGCTATCA
Found at i:93594 original size:30 final size:30
Alignment explanation
Indices: 93549--93605 Score: 87
Period size: 30 Copynumber: 1.9 Consensus size: 30
93539 AAATTTACAT
* *
93549 CTTTGGTAAAATGACCATTTTGCCCTTTGA
1 CTTTGGCAAAATGACCATTTTACCCTTTGA
*
93579 CTTTGGCAAACTGACCATTTTACCCTT
1 CTTTGGCAAAATGACCATTTTACCCTT
93606 ATGATCGAAA
Statistics
Matches: 24, Mismatches: 3, Indels: 0
0.89 0.11 0.00
Matches are distributed among these distances:
30 24 1.00
ACGTcount: A:0.23, C:0.25, G:0.14, T:0.39
Consensus pattern (30 bp):
CTTTGGCAAAATGACCATTTTACCCTTTGA
Found at i:93944 original size:12 final size:12
Alignment explanation
Indices: 93927--93951 Score: 50
Period size: 12 Copynumber: 2.1 Consensus size: 12
93917 CAAAAATGTA
93927 AAAATCATCAAG
1 AAAATCATCAAG
93939 AAAATCATCAAG
1 AAAATCATCAAG
93951 A
1 A
93952 TCACTTACAT
Statistics
Matches: 13, Mismatches: 0, Indels: 0
1.00 0.00 0.00
Matches are distributed among these distances:
12 13 1.00
ACGTcount: A:0.60, C:0.16, G:0.08, T:0.16
Consensus pattern (12 bp):
AAAATCATCAAG
Found at i:100614 original size:48 final size:50
Alignment explanation
Indices: 100543--100670 Score: 147
Period size: 50 Copynumber: 2.6 Consensus size: 50
100533 GATAAAAAGC
*
100543 CGATGCCATGTCGCAGACATGGTCTTACA-T-G-GCTACCATCATC-GAGGT
1 CGATGCCATGTCCCAGACATGGTCTTACACTAGAGCTACCA-CATCTG-GGT
* * * * *
100591 CGATGCTATGTCCCAGACATGGTCTTATACTAGATCTATCACATCTGTGT
1 CGATGCCATGTCCCAGACATGGTCTTACACTAGAGCTACCACATCTGGGT
*
100641 TGATGCCATGTCCCAGACATGGTCTTACAC
1 CGATGCCATGTCCCAGACATGGTCTTACAC
100671 AAACACAACG
Statistics
Matches: 67, Mismatches: 9, Indels: 6
0.82 0.11 0.07
Matches are distributed among these distances:
48 26 0.39
49 1 0.01
50 34 0.51
51 6 0.09
ACGTcount: A:0.23, C:0.27, G:0.21, T:0.29
Consensus pattern (50 bp):
CGATGCCATGTCCCAGACATGGTCTTACACTAGAGCTACCACATCTGGGT
Found at i:100747 original size:47 final size:46
Alignment explanation
Indices: 100641--100766 Score: 150
Period size: 44 Copynumber: 2.7 Consensus size: 46
100631 ACATCTGTGT
* * * *
100641 TGATGCCATGTCCCAGACATGGTCTTACACAAACACAACGTTTAGC
1 TGATGCCATGTCCTAGACATGGTCTTACACTAGCACAACGTTAAGC
* *
100687 CGATG-CATGTCCTAGACAT-GTCTTACACTAGCAC-TCGTCTCAATGC
1 TGATGCCATGTCCTAGACATGGTCTTACACTAGCACAACGT-T-AA-GC
100733 TGATGCCATGTCCTAGACATGGTCTTACACTAGC
1 TGATGCCATGTCCTAGACATGGTCTTACACTAGC
100767 TCTCATAATG
Statistics
Matches: 68, Mismatches: 7, Indels: 8
0.82 0.08 0.10
Matches are distributed among these distances:
43 3 0.04
44 14 0.21
45 14 0.21
46 10 0.15
47 14 0.21
48 13 0.19
ACGTcount: A:0.26, C:0.29, G:0.18, T:0.27
Consensus pattern (46 bp):
TGATGCCATGTCCTAGACATGGTCTTACACTAGCACAACGTTAAGC
Found at i:100786 original size:48 final size:48
Alignment explanation
Indices: 100541--100814 Score: 171
Period size: 48 Copynumber: 5.8 Consensus size: 48
100531 GGGATAAAAA
* * * *
100541 GCCGATGCCATGTCGCAGACATGGTCTTACA-TGGCTAC-CATCATCGAG
1 GCCGATGCCATGTCCCAGACATGGTCTTACACTAGCT-CTCATAAT-GTG
* * * * *
100589 GTCGATGCTATGTCCCAGACATGGTCTTATACTAGATCT-ATCACATCTG
1 GCCGATGCCATGTCCCAGACATGGTCTTACACTAGCTCTCAT-A-ATGTG
** ** * * * *
100638 TGTTGATGCCATGTCCCAGACATGGTCTTACAC-A-AACACA-ACGTTTA
1 -GCCGATGCCATGTCCCAGACATGGTCTTACACTAGCTCTCATA-ATGTG
*
100685 GCCGATG-CATGTCCTAGACAT-GTCTTACACTAGCACTCGTC-TCAA--T-
1 GCCGATGCCATGTCCCAGACATGGTCTTACACTAG--CTC-TCAT-AATGTG
* *
100731 GCTGATGCCATGTCCTAGACATGGTCTTACACTAGCTCTCATAATGTG
1 GCCGATGCCATGTCCCAGACATGGTCTTACACTAGCTCTCATAATGTG
*
100779 GCCGATG-CATGTCCCAGACAT-GTCTGACACTAGCTC
1 GCCGATGCCATGTCCCAGACATGGTCTTACACTAGCTC
100815 ACACAAGTGA
Statistics
Matches: 179, Mismatches: 28, Indels: 40
0.72 0.11 0.16
Matches are distributed among these distances:
44 9 0.05
45 18 0.10
46 29 0.16
47 33 0.18
48 51 0.28
49 7 0.04
50 32 0.18
ACGTcount: A:0.24, C:0.28, G:0.20, T:0.28
Consensus pattern (48 bp):
GCCGATGCCATGTCCCAGACATGGTCTTACACTAGCTCTCATAATGTG
Found at i:100790 original size:47 final size:44
Alignment explanation
Indices: 100685--100814 Score: 147
Period size: 47 Copynumber: 2.8 Consensus size: 44
100675 ACAACGTTTA
100685 GCCGATGCATGTCCTAGACATGTCTTACACTAGCACTCGTCTCAAT
1 GCCGATGCATGTCCTAGACATGTCTTACACTAG--CTCGTCTCAAT
*
100731 GCTGATGCCATGTCCTAGACATGGTCTTACACTAGCTC-TCAT-AATGT
1 GCCGATG-CATGTCCTAGACAT-GTCTTACACTAGCTCGTC-TCAA--T
* *
100778 GGCCGATGCATGTCCCAGACATGTCTGACACTAGCTC
1 -GCCGATGCATGTCCTAGACATGTCTTACACTAGCTC
100815 ACACAAGTGA
Statistics
Matches: 74, Mismatches: 4, Indels: 12
0.82 0.04 0.13
Matches are distributed among these distances:
45 4 0.05
46 24 0.32
47 28 0.38
48 18 0.24
ACGTcount: A:0.23, C:0.29, G:0.20, T:0.28
Consensus pattern (44 bp):
GCCGATGCATGTCCTAGACATGTCTTACACTAGCTCGTCTCAAT
Found at i:101525 original size:12 final size:12
Alignment explanation
Indices: 101508--101532 Score: 50
Period size: 12 Copynumber: 2.1 Consensus size: 12
101498 CAAAAATGTA
101508 AAAATCATCAAG
1 AAAATCATCAAG
101520 AAAATCATCAAG
1 AAAATCATCAAG
101532 A
1 A
101533 TCACTTACAT
Statistics
Matches: 13, Mismatches: 0, Indels: 0
1.00 0.00 0.00
Matches are distributed among these distances:
12 13 1.00
ACGTcount: A:0.60, C:0.16, G:0.08, T:0.16
Consensus pattern (12 bp):
AAAATCATCAAG
Found at i:107042 original size:52 final size:52
Alignment explanation
Indices: 106964--107065 Score: 170
Period size: 52 Copynumber: 2.0 Consensus size: 52
106954 TACTGTAAAG
*
106964 ATTATTTTGAGGTCTCAGATTATTACCCATATAATTTATTTTCTCATTCTTC
1 ATTATTTTGAGGTCTCAGATTATTACCCATATAATTTATTTGCTCATTCTTC
*
107016 ATTATTTTGAGGT-TTAGGATTATTACCCATATAATTTATTTGCTCATTCT
1 ATTATTTTGAGGTCTCA-GATTATTACCCATATAATTTATTTGCTCATTCT
107066 CCATGCTAGG
Statistics
Matches: 47, Mismatches: 2, Indels: 2
0.92 0.04 0.04
Matches are distributed among these distances:
51 2 0.04
52 45 0.96
ACGTcount: A:0.25, C:0.15, G:0.10, T:0.50
Consensus pattern (52 bp):
ATTATTTTGAGGTCTCAGATTATTACCCATATAATTTATTTGCTCATTCTTC
Found at i:115556 original size:40 final size:40
Alignment explanation
Indices: 115367--115592 Score: 253
Period size: 40 Copynumber: 5.7 Consensus size: 40
115357 TTGAATGATG
* * ***
115367 TCCGGGCTAAGTCCCGAAGGC-TTTGTGCTAAGTGACCCTA
1 TCCGGGCTAAGTCCCGAAGGCATTTGTGC-GAGTTACTAAA
* *
115407 TCCGGACTAAGAT-CCGAAGGCATTTGTGCGAGATACTAAA
1 TCCGGGCTAAG-TCCCGAAGGCATTTGTGCGAGTTACTAAA
* * *
115447 TCCGGACTAAGAT-CCGAAGGCATTTGTGCGAGATACTAAT
1 TCCGGGCTAAG-TCCCGAAGGCATTTGTGCGAGTTACTAAA
115487 TCCGGGCTAAGTCCCGAAGGCATTTGTGCGAGTTACTAAA
1 TCCGGGCTAAGTCCCGAAGGCATTTGTGCGAGTTACTAAA
* *
115527 TCCGGGTTAAGTCCCGAAGGCATTTGTGCGAATTACTATAA
1 TCCGGGCTAAGTCCCGAAGGCATTTGTGCGAGTTACTA-AA
* **
115568 -CCGGGCTATGTATCGAAGGCATTTG
1 TCCGGGCTAAGTCCCGAAGGCATTTG
115593 AACGAGGAGC
Statistics
Matches: 165, Mismatches: 17, Indels: 8
0.87 0.09 0.04
Matches are distributed among these distances:
39 1 0.01
40 154 0.93
41 10 0.06
ACGTcount: A:0.26, C:0.22, G:0.27, T:0.26
Consensus pattern (40 bp):
TCCGGGCTAAGTCCCGAAGGCATTTGTGCGAGTTACTAAA
Found at i:115585 original size:120 final size:120
Alignment explanation
Indices: 115367--115592 Score: 291
Period size: 120 Copynumber: 1.9 Consensus size: 120
115357 TTGAATGATG
**
115367 TCCGGGCTAAGTCCCGAAGGCTTTGTGCTAAGTGACCCTATCCGGACTAAGATCCGAAGGCATTT
1 TCCGGGCTAAGTCCCGAAGGCTTTGTGCTAAGTGACCAAATCCGGACTAAGATCCGAAGGCATTT
115432 GTGCGAGATACTAAATCCGGACTAAGATCCGAAGGCATTTGTGCGAGATACTAAT
66 GTGCGAGATACTAAATCCGGACTAAGATCCGAAGGCATTTGTGCGAGATACTAAT
* * * **
115487 TCCGGGCTAAGTCCCGAAGGCATTTGTGC-GAGTTACTAAATCCGGGTTAAG-TCCCGAAGGCAT
1 TCCGGGCTAAGTCCCGAAGGC-TTTGTGCTAAGTGACCAAATCCGGACTAAGAT-CCGAAGGCAT
* *
115550 TTGTGCGA-ATTACTATAA-CCGGGCTATGTAT-CGAAGGCATTTG
64 TTGTGCGAGA-TACTA-AATCCGGACTAAG-ATCCGAAGGCATTTG
115593 AACGAGGAGC
Statistics
Matches: 92, Mismatches: 9, Indels: 10
0.83 0.08 0.09
Matches are distributed among these distances:
119 2 0.02
120 79 0.86
121 11 0.12
ACGTcount: A:0.26, C:0.22, G:0.27, T:0.26
Consensus pattern (120 bp):
TCCGGGCTAAGTCCCGAAGGCTTTGTGCTAAGTGACCAAATCCGGACTAAGATCCGAAGGCATTT
GTGCGAGATACTAAATCCGGACTAAGATCCGAAGGCATTTGTGCGAGATACTAAT
Found at i:115610 original size:80 final size:79
Alignment explanation
Indices: 115420--115615 Score: 195
Period size: 80 Copynumber: 2.5 Consensus size: 79
115410 GGACTAAGAT
** *
115420 CCGAAGGCATTTGTGCGAGAT-ACTAAATCCGGACTAAGAT-CCGAAGGCATTTGTGCGAGATAC
1 CCGAAGGCATTTGAACGAG-TGACTAAATCCGG-TTAAG-TCCCGAAGGCATTTGTGCGAGATAC
* *
115483 TAATTCCGGGCTAAGTC
63 TAATACCGGGCTAAGTA
** *
115500 CCGAAGGCATTTGTGCGAGTTACTAAATCCGGGTTAAGTCCCGAAGGCATTTGTGCGA-ATTACT
1 CCGAAGGCATTTGAACGAGTGACTAAATCC-GGTTAAGTCCCGAAGGCATTTGTGCGAGA-TACT
*
115564 -ATAACCGGGCTATGTA
64 AAT-ACCGGGCTAAGTA
* *
115580 TCGAAGGCATTTGAACGAG-GAGCTATATCCGGTTAA
1 CCGAAGGCATTTGAACGAGTGA-CTAAATCCGGTTAA
115616 ATTCTGAAGG
Statistics
Matches: 101, Mismatches: 9, Indels: 13
0.82 0.07 0.11
Matches are distributed among these distances:
79 12 0.12
80 87 0.86
81 2 0.02
ACGTcount: A:0.28, C:0.20, G:0.27, T:0.26
Consensus pattern (79 bp):
CCGAAGGCATTTGAACGAGTGACTAAATCCGGTTAAGTCCCGAAGGCATTTGTGCGAGATACTAA
TACCGGGCTAAGTA
Found at i:119266 original size:22 final size:22
Alignment explanation
Indices: 119238--119283 Score: 92
Period size: 22 Copynumber: 2.1 Consensus size: 22
119228 TAGATCTGAG
119238 ATCGGGCTATTATCAGTTGCGA
1 ATCGGGCTATTATCAGTTGCGA
119260 ATCGGGCTATTATCAGTTGCGA
1 ATCGGGCTATTATCAGTTGCGA
119282 AT
1 AT
119284 TCGAGATTCG
Statistics
Matches: 24, Mismatches: 0, Indels: 0
1.00 0.00 0.00
Matches are distributed among these distances:
22 24 1.00
ACGTcount: A:0.24, C:0.17, G:0.26, T:0.33
Consensus pattern (22 bp):
ATCGGGCTATTATCAGTTGCGA
Done.