genome.fa.s403.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold3
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  254902

Tables:   1   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
4615--4680	23	2.8	23	81	9	62	22	27	1	48	1.59
6808--6832	8	3.1	8	100	0	50	76	0	0	24	0.80
6806--6887	41	2.0	41	81	13	98	62	2	0	35	1.09
7084--7152	30	2.3	30	82	5	86	30	18	2	47	1.63
7864--7892	14	2.0	15	93	6	51	44	0	0	55	0.99
9904--9946	7	6.1	7	94	0	77	44	0	11	44	1.40
10892--11016	40	3.2	40	74	12	141	29	17	20	32	1.96
11361--11395	17	2.0	18	88	5	54	28	8	11	51	1.67
24026--24081	23	2.5	22	81	16	62	39	7	14	39	1.73
31438--31485	25	2.0	24	84	8	62	39	22	31	6	1.79
32097--32154	25	2.3	25	79	5	64	20	22	24	32	1.98
32096--32165	25	2.8	24	72	20	63	22	21	22	32	1.98
34821--34849	12	2.5	12	94	5	51	86	0	13	0	0.58
34819--34852	15	2.3	15	94	0	59	82	0	17	0	0.67
37377--37441	32	2.0	32	100	0	130	30	6	24	38	1.80
38920--38972	26	2.0	26	85	7	72	37	22	15	24	1.92
45394--45458	32	2.0	32	100	0	130	30	6	24	38	1.80
46936--46988	26	2.0	26	85	7	72	37	22	15	24	1.92
48227--48556	48	6.9	47	72	6	209	26	19	30	23	1.98
54809--54981	47	3.7	45	78	14	156	27	19	30	22	1.98
54806--55070	94	2.9	91	82	10	258	27	19	29	23	1.98
54953--55070	46	2.6	46	90	0	191	27	19	27	24	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
54810--55070	140	1.9	139	81	10	318	27	19	29	23	1.98
54809--55172	46	7.7	47	71	14	182	27	19	29	23	1.98
57993--58044	26	2.0	26	96	0	95	13	23	34	28	1.92
57914--58148	104	2.2	105	97	0	445	17	20	30	31	1.96
58096--58179	29	3.0	29	89	8	129	10	23	36	28	1.89
57993--58284	134	2.2	133	96	1	534	16	20	31	30	1.95
58124--58418	105	2.8	104	91	5	470	17	21	31	29	1.96
57915--58385	238	2.0	237	95	2	856	17	20	30	31	1.96
58335--58386	26	2.0	26	96	0	95	13	23	34	28	1.92
65241--65292	26	2.0	26	96	0	95	13	23	34	28	1.92
65345--65395	26	2.0	26	96	0	93	11	23	35	29	1.90
65162--65635	104	4.6	104	95	2	828	18	20	30	30	1.96
65551--65603	26	2.0	26	96	0	97	15	22	33	28	1.94
66823--66864	21	2.0	21	100	0	84	28	14	38	19	1.90
69382--69949	41	13.9	41	88	0	744	30	22	25	22	1.99
69978--70057	41	2.0	41	85	5	108	23	3	23	48	1.67
70102--70127	7	3.7	7	100	0	52	15	0	26	57	1.38
70153--70228	8	10.1	8	72	16	56	13	2	36	47	1.56
70149--70212	22	3.0	22	77	9	69	15	1	34	48	1.55
70162--70233	37	1.9	37	91	5	119	12	2	33	51	1.54
71390--71464	14	5.2	15	73	19	61	26	0	29	44	1.55
71418--71467	7	7.0	7	79	2	55	22	0	34	44	1.53
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
71390--71467	21	3.6	21	76	10	68	25	0	30	43	1.55
74818--74954	9	14.6	9	73	8	112	45	21	2	31	1.64
74818--74952	57	2.4	57	83	0	162	45	21	2	31	1.64
74823--74952	48	2.7	48	79	3	145	45	21	2	30	1.64
80525--80583	21	2.8	21	92	0	91	27	20	50	1	1.57
80915--81086	44	4.0	43	81	2	182	20	19	29	30	1.97
80903--81082	43	4.1	43	80	3	173	22	18	28	30	1.97
80915--81086	87	2.0	87	82	2	211	20	19	29	30	1.97
83932--84016	34	2.5	33	79	7	82	29	14	16	40	1.88
91164--91230	33	2.0	33	94	0	116	23	20	8	46	1.79
93091--93157	20	3.1	22	81	14	77	28	5	8	56	1.53
93345--93381	10	3.8	10	96	3	67	32	0	0	67	0.91
94607--94656	21	2.3	22	79	3	57	20	8	18	54	1.68
94614--94679	22	3.1	21	78	6	71	19	10	16	53	1.72
97180--97220	16	2.4	18	80	15	52	78	2	0	19	0.87
97982--98024	19	2.3	19	96	4	79	39	9	9	41	1.69
102576--102618	20	2.2	19	87	8	59	74	0	23	2	0.93
103176--103206	12	2.6	12	94	0	53	19	22	16	41	1.89
103251--103353	53	1.9	53	86	0	143	18	16	20	44	1.87
103565--103628	18	3.6	18	78	0	74	40	9	9	40	1.70
103555--103641	36	2.4	36	84	1	104	39	8	11	41	1.71
106569--106808	122	2.0	122	98	0	462	19	17	13	50	1.78
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
107037--107092	27	2.2	26	87	6	78	23	25	17	33	1.96
113540--113604	35	1.9	33	81	12	78	58	1	4	35	1.28
113921--113950	16	1.9	16	93	6	53	36	6	0	56	1.26
116163--116355	50	3.8	51	71	8	153	30	11	19	38	1.87
118188--118263	28	2.7	29	73	17	86	46	0	3	50	1.20
118326--118359	14	2.5	13	90	9	50	61	2	2	32	1.26
123974--124006	5	6.8	5	96	3	59	0	0	15	84	0.61
127862--127979	19	6.3	18	70	15	78	57	1	2	38	1.22
128749--128774	4	6.5	4	100	0	52	76	0	0	23	0.78
129006--129080	27	2.7	28	84	10	100	54	2	1	41	1.23
129931--129978	20	2.5	19	86	10	62	56	2	0	41	1.11
133148--133197	14	3.4	15	83	10	59	0	16	12	72	1.13
135186--135481	147	2.0	147	98	0	574	36	9	11	42	1.74
139789--139827	11	3.5	11	78	0	51	56	15	5	23	1.59
139785--139836	22	2.4	22	96	0	95	53	13	11	21	1.70
139918--139965	19	2.5	20	86	6	64	22	8	2	66	1.29
139918--139967	20	2.5	19	84	9	64	24	8	2	66	1.29
152312--152387	22	3.3	22	66	16	64	32	10	30	26	1.90
152334--152412	25	3.3	25	66	16	76	34	5	29	31	1.79
152309--152603	47	6.3	47	91	1	466	33	8	29	29	1.86
156251--156309	21	2.9	20	85	9	84	13	22	18	45	1.84
164601--164700	31	3.3	29	75	10	87	50	4	1	45	1.27
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
171877--171920	17	2.6	17	82	7	54	36	2	2	59	1.23
172455--172536	22	3.6	22	77	11	94	50	1	1	47	1.16
172455--172541	23	3.8	23	74	18	83	51	1	1	45	1.16
174579--174615	2	18.5	2	94	0	65	54	0	45	0	1.00
175644--175685	21	2.0	21	85	0	57	61	4	0	33	1.17
184980--185162	53	3.6	47	79	12	109	29	28	16	25	1.97
185028--185178	53	2.8	53	88	4	196	30	27	16	25	1.97
192310--192402	46	2.0	47	80	4	107	29	27	17	25	1.97
192369--192503	53	2.5	53	86	2	182	29	25	17	27	1.97
194653--194758	21	4.9	23	79	10	91	36	22	22	17	1.95
194859--195071	103	2.1	103	94	0	381	37	17	2	42	1.62
205757--205810	18	2.9	19	78	10	67	44	7	0	48	1.31
205983--206019	19	1.9	20	88	5	58	35	8	5	51	1.55
206268--206323	28	2.0	28	100	0	112	39	21	0	39	1.54
207398--207436	20	2.0	20	85	10	53	25	17	15	41	1.89
210703--210750	21	2.3	21	88	0	69	35	22	25	16	1.95
210959--211004	17	2.8	17	80	9	51	34	19	0	45	1.51
210864--211076	103	2.1	103	99	0	417	38	18	1	41	1.62
210909--211065	49	3.1	49	61	24	108	37	19	2	40	1.65
211974--212029	19	3.0	18	77	17	53	50	5	0	44	1.25
216787--216817	13	2.4	13	94	0	53	32	3	0	64	1.09
218947--218985	19	2.2	19	86	9	55	41	0	12	46	1.42
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
220994--221169	46	3.8	46	79	12	207	20	20	29	29	1.98
220991--221161	93	1.8	93	93	0	297	20	21	29	28	1.98
222792--222841	19	2.6	19	100	0	100	16	34	34	16	1.90
225654--225750	35	2.8	34	84	3	122	32	24	13	28	1.93
234557--234588	10	3.3	10	95	4	57	62	0	6	31	1.20
234584--234645	27	2.3	26	78	8	70	51	11	0	37	1.38
236209--236263	8	6.9	8	78	12	51	76	0	1	21	0.88
236209--236265	13	4.3	14	80	14	68	77	0	1	21	0.86
239940--239987	20	2.5	20	86	10	64	66	2	6	25	1.26
248338--248389	27	1.9	27	92	0	86	25	23	34	17	1.96

Tables:   1

The End!