genome.fa.s404.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold1611
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  240859

Tables:   1   2   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
4860--4952	43	2.2	43	90	3	143	26	7	13	51	1.68
9581--9673	43	2.2	43	92	3	152	27	6	13	51	1.66
17488--17545	29	2.0	29	93	0	98	29	18	15	36	1.92
18165--18403	99	2.4	100	85	2	313	35	10	17	36	1.84
19767--19819	12	4.2	13	76	16	58	52	0	1	45	1.11
19758--19804	24	1.9	25	87	12	71	51	0	4	44	1.21
19911--19951	19	2.1	19	86	9	55	56	0	0	43	0.99
20144--20176	16	2.1	15	94	5	57	66	0	0	33	0.92
20109--20214	37	2.9	37	74	21	100	60	0	4	34	1.18
20109--20212	19	5.9	17	71	23	81	60	0	4	34	1.18
20110--20179	21	3.3	20	77	18	63	61	0	2	35	1.11
20147--20288	58	2.4	60	78	12	152	59	0	3	35	1.19
20198--20365	7	24.1	7	66	24	72	58	2	2	36	1.26
20107--20273	11	13.6	12	69	23	59	60	0	3	35	1.19
20296--20363	23	2.7	24	84	13	75	61	2	1	33	1.20
20109--20365	15	16.6	15	69	21	92	59	1	3	35	1.25
20109--20422	26	11.7	26	67	17	137	60	1	3	34	1.25
20107--20436	20	16.5	19	64	24	80	60	1	3	34	1.24
20307--20406	21	4.8	20	69	14	69	65	3	2	30	1.19
20390--20436	24	2.0	24	87	8	69	61	0	2	36	1.08
22127--22674	206	2.7	206	91	2	834	28	20	19	31	1.97
34482--34534	12	4.2	13	76	16	58	52	0	1	45	1.11
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
34473--34519	24	1.9	25	87	12	71	51	0	4	44	1.21
34635--34693	22	2.7	23	82	14	72	57	0	5	37	1.21
34848--35140	14	21.5	13	66	23	67	60	0	4	35	1.21
34823--34982	52	3.1	51	78	10	123	60	0	4	35	1.22
34862--35058	54	3.5	55	73	16	154	58	0	4	36	1.23
34902--35154	27	9.7	26	69	24	99	60	0	3	34	1.21
34840--35154	113	2.8	114	77	12	280	60	0	4	34	1.20
35018--35147	12	10.7	12	69	22	76	63	0	2	33	1.12
35009--35152	18	7.9	18	69	21	70	63	0	2	34	1.11
35009--35119	3	37.0	3	71	18	63	64	0	1	32	1.10
39434--39477	20	2.2	20	92	8	72	36	15	0	47	1.46
42358--42657	35	8.6	35	86	1	415	30	14	24	31	1.94
42358--42657	105	2.9	105	91	0	476	30	14	24	31	1.94
56031--56178	42	3.5	42	81	8	140	29	25	14	29	1.95
56082--56186	42	2.5	42	86	6	142	31	25	12	30	1.92
58094--58229	51	2.7	51	81	0	182	38	4	12	44	1.62
58145--58192	15	2.9	16	82	14	53	41	2	8	47	1.45
58165--58203	19	2.1	19	85	9	53	43	5	12	38	1.65
58126--58210	17	4.9	17	74	18	59	40	3	12	43	1.60
63296--63431	51	2.7	51	81	0	173	38	5	13	42	1.68
63394--63437	23	2.0	23	86	4	63	29	4	18	47	1.68
64275--64327	26	2.0	27	92	3	90	58	5	0	35	1.22
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
65554--65616	30	2.1	30	93	0	108	25	3	12	58	1.49
70797--71056	49	5.4	48	75	7	174	23	27	20	27	1.99
70834--71013	49	3.7	49	81	3	236	21	27	22	28	1.99
85504--85543	17	2.3	18	83	12	57	40	15	0	45	1.46
93121--93170	26	1.9	26	84	8	66	30	8	2	60	1.37
93121--93177	26	2.2	26	81	9	64	29	8	1	59	1.38
96221--96258	20	1.9	20	84	10	51	31	2	5	60	1.33
97965--98048	31	2.7	31	94	0	141	48	13	7	30	1.68
103850--104027	48	3.7	50	79	8	185	26	18	32	23	1.97
103850--104021	96	1.8	94	86	5	247	27	18	31	23	1.97
109824--109869	23	2.0	23	100	0	92	47	21	8	21	1.77
110795--111127	48	7.0	48	68	13	170	26	22	20	30	1.98
110857--110981	47	2.6	47	81	8	132	26	24	21	27	1.99
121365--121548	49	3.7	49	82	5	235	28	26	19	26	1.98
121366--121553	100	1.9	100	96	0	349	28	26	19	25	1.99
123106--123145	21	2.0	21	90	5	64	20	27	40	12	1.88
127598--127875	18	15.1	18	71	9	157	37	14	11	36	1.83
128027--128057	6	5.2	6	100	0	62	51	16	16	16	1.77
128038--128147	45	2.4	45	88	5	168	43	17	17	21	1.88
129890--129934	5	8.6	5	90	9	72	62	0	0	37	0.96
130027--130079	21	2.5	22	78	9	65	58	3	0	37	1.16
135892--135957	21	3.1	21	72	8	62	42	15	24	18	1.88
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
135877--135957	42	1.9	42	84	0	108	41	16	24	17	1.89
138495--138523	13	2.1	14	93	6	51	37	0	6	55	1.27
138721--138789	28	2.4	30	77	22	78	46	1	2	49	1.25
138912--138951	18	2.3	17	86	4	53	60	0	5	35	1.19
139047--139083	17	2.2	17	95	0	65	72	0	27	0	0.84
139058--139082	13	1.9	13	100	0	50	76	0	24	0	0.80
146906--146957	20	2.6	20	78	0	50	46	23	15	15	1.83
150357--150397	21	1.9	21	85	5	55	56	0	9	34	1.32
156438--156567	27	4.8	27	79	11	131	30	23	6	40	1.79
156438--156567	54	2.4	54	84	5	172	30	23	6	40	1.79
156599--156749	27	5.6	26	80	7	140	42	21	6	29	1.78
156624--156807	54	3.4	54	82	7	194	42	18	7	31	1.77
156651--156812	27	5.9	27	78	11	107	41	17	8	32	1.78
157736--157802	25	2.7	24	88	4	89	26	26	23	22	2.00
157736--157818	25	3.4	24	83	8	69	30	22	22	24	1.99
158025--158107	31	2.7	31	96	3	152	28	16	26	27	1.97
158943--159041	46	2.1	47	83	10	134	25	29	17	28	1.97
173187--173244	20	2.9	20	77	10	55	22	8	3	65	1.36
179062--179110	4	11.8	4	93	6	80	22	0	0	77	0.77
179047--179110	8	7.3	9	86	10	73	23	0	0	76	0.79
179373--179401	14	2.1	14	100	0	58	48	41	0	10	1.37
182563--182600	13	2.8	13	88	4	58	42	0	13	44	1.43
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
182626--182673	10	4.8	10	82	10	53	22	10	2	64	1.35
182616--182673	20	2.9	20	77	10	55	22	10	1	65	1.32
184890--185113	40	5.6	40	77	9	199	25	23	26	23	2.00
184890--185149	119	2.2	120	82	4	312	26	23	26	24	2.00
184890--185149	79	3.3	79	79	5	265	26	23	26	24	2.00
193051--193275	40	5.6	40	83	5	258	25	24	27	23	2.00
193051--193311	80	3.3	80	83	3	312	25	24	26	23	2.00
193051--193311	120	2.2	120	83	6	325	25	24	26	23	2.00
196254--196372	50	2.3	50	81	5	141	37	11	15	34	1.85
198132--198305	46	3.8	45	77	10	190	21	19	29	29	1.98
198127--198297	93	1.8	93	93	0	297	21	20	29	28	1.98
202179--202222	23	2.0	21	86	8	61	13	4	18	63	1.46
203097--203144	19	2.5	19	79	3	51	54	8	0	37	1.31
203146--203178	17	2.0	17	88	5	50	48	0	0	51	1.00
206596--206633	11	3.5	11	89	10	53	15	10	15	57	1.64
208126--208184	25	2.3	27	85	5	77	32	3	3	61	1.29
209757--209800	23	1.9	23	81	9	54	68	15	11	4	1.36
216770--216802	16	2.0	17	88	5	50	48	9	0	42	1.35
218331--218375	19	2.4	19	88	7	65	64	4	0	31	1.13
218385--218412	14	2.0	14	100	0	56	57	0	0	42	0.99
218320--218434	31	3.5	31	75	12	88	63	1	0	34	1.05
218299--218558	9	28.6	9	63	20	62	62	1	3	31	1.24
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
218776--218808	11	3.0	11	86	13	50	36	0	0	63	0.95
218862--218962	27	3.7	26	79	11	89	31	2	0	64	1.15
218888--218962	29	2.6	29	85	6	100	33	4	1	61	1.23
218895--218959	27	2.2	31	81	15	93	33	3	1	61	1.21
218862--218962	28	3.7	26	78	16	89	31	2	0	64	1.15
218888--219027	64	2.2	65	82	10	162	31	5	1	61	1.28
218873--219059	9	20.7	9	68	14	73	29	4	2	63	1.26
220123--220158	18	2.0	18	89	10	56	61	0	5	33	1.19
220685--220744	18	3.4	17	78	15	59	43	1	1	53	1.20
221358--221411	19	2.8	20	83	5	67	38	1	0	59	1.08

Tables:   1   2