Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: Scaffold533
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 1000
Length: 31892
ACGTcount: A:0.32, C:0.17, G:0.20, T:0.32
Found at i:2798 original size:47 final size:47
Alignment explanation
Indices: 2744--3270 Score: 891
Period size: 47 Copynumber: 11.4 Consensus size: 47
2734 TATTTGAATA
2744 AATGTGAAAGTGTATATATGTGATAAGGCCTAATGGCCGATGTGATG
1 AATGTGAAAGTGTATATATGTGATAAGGCCTAATGGCCGATGTGATG
* *
2791 AATGTGAAAGTGTATATATGTGATAAGGCCGAATGGCCAATGTGATG
1 AATGTGAAAGTGTATATATGTGATAAGGCCTAATGGCCGATGTGATG
2838 AATGTGAAAGTGTATATATATGTGATAAGGCCTAATGGCCGATGTGATG
1 AATGTGAAAGTG--TATATATGTGATAAGGCCTAATGGCCGATGTGATG
2887 AATGTGAAAGTGTATATATGTGATAAGGCCTAAT-G--GATGTGATG
1 AATGTGAAAGTGTATATATGTGATAAGGCCTAATGGCCGATGTGATG
2931 AATGTGAAAGTGTATATATGTGATAAGGCCTAATGGCCGATGTGATG
1 AATGTGAAAGTGTATATATGTGATAAGGCCTAATGGCCGATGTGATG
2978 AATGTGAAAGTGTATATATGTGATAAGGCCTAAT-GCCGATGTGATG
1 AATGTGAAAGTGTATATATGTGATAAGGCCTAATGGCCGATGTGATG
3024 AATGTGAAAGTGTATATATGTGATAAGGCCTAATGGCCGATGTGATG
1 AATGTGAAAGTGTATATATGTGATAAGGCCTAATGGCCGATGTGATG
3071 AATGTGAAAGTGTATATATGTGATAAGG-CTAATGGCCGATGTGATG
1 AATGTGAAAGTGTATATATGTGATAAGGCCTAATGGCCGATGTGATG
3117 AATGTGAAAGTGTATATATGTGAT-A-GCCTAATGGCCGATGTGATG
1 AATGTGAAAGTGTATATATGTGATAAGGCCTAATGGCCGATGTGATG
3162 -ATGTGAAAGTGTATATATGTGATAAGGCCTAATGGCCGATGTGATG
1 AATGTGAAAGTGTATATATGTGATAAGGCCTAATGGCCGATGTGATG
* * *
3208 AATGTGAAAGTGTATATATGTGAT-A-GCC-GATGG-CAACGTGATG
1 AATGTGAAAGTGTATATATGTGATAAGGCCTAATGGCCGATGTGATG
3251 -ATGTGAAAGTGTGATATATG
1 AATGTGAAAGTGT-ATATATG
3271 ATTCCCGAAG
Statistics
Matches: 462, Mismatches: 7, Indels: 26
0.93 0.01 0.05
Matches are distributed among these distances:
42 12 0.03
43 15 0.03
44 71 0.15
45 24 0.05
46 110 0.24
47 185 0.40
49 45 0.10
ACGTcount: A:0.32, C:0.08, G:0.30, T:0.30
Consensus pattern (47 bp):
AATGTGAAAGTGTATATATGTGATAAGGCCTAATGGCCGATGTGATG
Found at i:3019 original size:93 final size:94
Alignment explanation
Indices: 2744--3270 Score: 891
Period size: 93 Copynumber: 5.7 Consensus size: 94
2734 TATTTGAATA
2744 AATGTGAAAGTGTATATATGTGATAAGGCCTAATGGCCGATGTGATGAATGTGAAAGTGTATATA
1 AATGTGAAAGTGTATATATGTGATAAGGCCTAATGGCCGATGTGATGAATGTGAAAGTGTATATA
* *
2809 TGTGATAAGGCCGAATGGCCAATGTGATG
66 TGTGATAAGGCCTAATGGCCGATGTGATG
2838 AATGTGAAAGTGTATATATATGTGATAAGGCCTAATGGCCGATGTGATGAATGTGAAAGTGTATA
1 AATGTGAAAGTG--TATATATGTGATAAGGCCTAATGGCCGATGTGATGAATGTGAAAGTGTATA
2903 TATGTGATAAGGCCTAAT-G--GATGTGATG
64 TATGTGATAAGGCCTAATGGCCGATGTGATG
2931 AATGTGAAAGTGTATATATGTGATAAGGCCTAATGGCCGATGTGATGAATGTGAAAGTGTATATA
1 AATGTGAAAGTGTATATATGTGATAAGGCCTAATGGCCGATGTGATGAATGTGAAAGTGTATATA
2996 TGTGATAAGGCCTAAT-GCCGATGTGATG
66 TGTGATAAGGCCTAATGGCCGATGTGATG
3024 AATGTGAAAGTGTATATATGTGATAAGGCCTAATGGCCGATGTGATGAATGTGAAAGTGTATATA
1 AATGTGAAAGTGTATATATGTGATAAGGCCTAATGGCCGATGTGATGAATGTGAAAGTGTATATA
3089 TGTGATAAGG-CTAATGGCCGATGTGATG
66 TGTGATAAGGCCTAATGGCCGATGTGATG
3117 AATGTGAAAGTGTATATATGTGAT-A-GCCTAATGGCCGATGTGATG-ATGTGAAAGTGTATATA
1 AATGTGAAAGTGTATATATGTGATAAGGCCTAATGGCCGATGTGATGAATGTGAAAGTGTATATA
3179 TGTGATAAGGCCTAATGGCCGATGTGATG
66 TGTGATAAGGCCTAATGGCCGATGTGATG
* * *
3208 AATGTGAAAGTGTATATATGTGAT-A-GCC-GATGG-CAACGTGATG-ATGTGAAAGTGTGATAT
1 AATGTGAAAGTGTATATATGTGATAAGGCCTAATGGCCGATGTGATGAATGTGAAAGTGT-ATAT
3268 ATG
65 ATG
3271 ATTCCCGAAG
Statistics
Matches: 421, Mismatches: 5, Indels: 18
0.95 0.01 0.04
Matches are distributed among these distances:
89 20 0.05
90 38 0.09
91 136 0.32
92 6 0.01
93 140 0.33
94 12 0.03
95 1 0.00
96 68 0.16
ACGTcount: A:0.32, C:0.08, G:0.30, T:0.30
Consensus pattern (94 bp):
AATGTGAAAGTGTATATATGTGATAAGGCCTAATGGCCGATGTGATGAATGTGAAAGTGTATATA
TGTGATAAGGCCTAATGGCCGATGTGATG
Found at i:4808 original size:79 final size:79
Alignment explanation
Indices: 4677--5023 Score: 572
Period size: 79 Copynumber: 4.4 Consensus size: 79
4667 GAGAATTGAG
4677 AGTGATGTATCCGGGCTAAGTCCCGAAGAGCATTCGTGCTAGTGATGTATCCGGGCTAAGTCCGA
1 AGTGATGTATCCGGGCTAAGTCCCGAAGAGCATTCGTGCTAGTGATGTATCCGGGCTAAGTCCGA
4742 AGAGCATTCGTGCT
66 AGAGCATTCGTGCT
4756 AGTGATGTATCCGGGCTAAGTCCCGAAGAGCATTCGTGCTAGTGATGTATCCGGGCTAAGT-CGA
1 AGTGATGTATCCGGGCTAAGTCCCGAAGAGCATTCGTGCTAGTGATGTATCCGGGCTAAGTCCGA
4820 AGAGCATTCGTGCT
66 AGAGCATTCGTGCT
*
4834 AGTGATGTAT-CGGGCTAAGTCTCGAAGAGCATTCGTGCTAGTGATGTATCCGGGCTAAGTCTCG
1 AGTGATGTATCCGGGCTAAGTCCCGAAGAGCATTCGTGCTAGTGATGTATCCGGGCTAAGTC-CG
4898 AAGAGCATTCGTGCT
65 AAGAGCATTCGTGCT
* * * * **
4913 AGTGATGTATCCGGACTAAGTTCCGAAGAGCATTCGTGCTAGTGATATATCCGTGCTAAACCCGA
1 AGTGATGTATCCGGGCTAAGTCCCGAAGAGCATTCGTGCTAGTGATGTATCCGGGCTAAGTCCGA
4978 AGAGCATTCGTGCT
66 AGAGCATTCGTGCT
* * * *
4992 GGTGTTATATCCGGGCTAGGTCCCGAAGAGCA
1 AGTGATGTATCCGGGCTAAGTCCCGAAGAGCA
5024 ATCATGCTGG
Statistics
Matches: 251, Mismatches: 14, Indels: 6
0.93 0.05 0.02
Matches are distributed among these distances:
77 49 0.20
78 27 0.11
79 131 0.52
80 44 0.18
ACGTcount: A:0.24, C:0.21, G:0.30, T:0.26
Consensus pattern (79 bp):
AGTGATGTATCCGGGCTAAGTCCCGAAGAGCATTCGTGCTAGTGATGTATCCGGGCTAAGTCCGA
AGAGCATTCGTGCT
Found at i:4885 original size:117 final size:118
Alignment explanation
Indices: 4677--5023 Score: 563
Period size: 117 Copynumber: 2.9 Consensus size: 118
4667 GAGAATTGAG
4677 AGTGATGTATCCGGGCTAAGTCCCGAAGAGCATTCGTGCTAGTGATGTATCCGGGCTAAGTCCGA
1 AGTGATGTATCCGGGCTAAGT-CCGAAGAGCATTCGTGCTAGTGATGTATCCGGGCTAAGTCCGA
4742 AGAGCATTCGTGCTAGTGATGTATCCGGGCTAAGTCCCGAAGAGCATTCGTGCT
65 AGAGCATTCGTGCTAGTGATGTATCCGGGCTAAGTCCCGAAGAGCATTCGTGCT
4796 AGTGATGTATCCGGGCTAAGT-CGAAGAGCATTCGTGCTAGTGATGTAT-CGGGCTAAGTCTCGA
1 AGTGATGTATCCGGGCTAAGTCCGAAGAGCATTCGTGCTAGTGATGTATCCGGGCTAAGTC-CGA
*
4859 AGAGCATTCGTGCTAGTGATGTATCCGGGCTAAGTCTCGAAGAGCATTCGTGCT
65 AGAGCATTCGTGCTAGTGATGTATCCGGGCTAAGTCCCGAAGAGCATTCGTGCT
* * * **
4913 AGTGATGTATCCGGACTAAGTTCCGAAGAGCATTCGTGCTAGTGATATATCCGTGCTAAACCCGA
1 AGTGATGTATCCGGGCTAAG-TCCGAAGAGCATTCGTGCTAGTGATGTATCCGGGCTAAGTCCGA
* * * *
4978 AGAGCATTCGTGCTGGTGTTATATCCGGGCTAGGTCCCGAAGAGCA
65 AGAGCATTCGTGCTAGTGATGTATCCGGGCTAAGTCCCGAAGAGCA
5024 ATCATGCTGG
Statistics
Matches: 213, Mismatches: 11, Indels: 8
0.92 0.05 0.03
Matches are distributed among these distances:
116 11 0.05
117 102 0.48
118 1 0.00
119 91 0.43
120 8 0.04
ACGTcount: A:0.24, C:0.21, G:0.30, T:0.26
Consensus pattern (118 bp):
AGTGATGTATCCGGGCTAAGTCCGAAGAGCATTCGTGCTAGTGATGTATCCGGGCTAAGTCCGAA
GAGCATTCGTGCTAGTGATGTATCCGGGCTAAGTCCCGAAGAGCATTCGTGCT
Found at i:5035 original size:40 final size:40
Alignment explanation
Indices: 4677--5023 Score: 560
Period size: 40 Copynumber: 8.8 Consensus size: 40
4667 GAGAATTGAG
4677 AGTGATGTATCCGGGCTAAGTCCCGAAGAGCATTCGTGCT
1 AGTGATGTATCCGGGCTAAGTCCCGAAGAGCATTCGTGCT
4717 AGTGATGTATCCGGGCTAAGT-CCGAAGAGCATTCGTGCT
1 AGTGATGTATCCGGGCTAAGTCCCGAAGAGCATTCGTGCT
4756 AGTGATGTATCCGGGCTAAGTCCCGAAGAGCATTCGTGCT
1 AGTGATGTATCCGGGCTAAGTCCCGAAGAGCATTCGTGCT
4796 AGTGATGTATCCGGGCTAAGT--CGAAGAGCATTCGTGCT
1 AGTGATGTATCCGGGCTAAGTCCCGAAGAGCATTCGTGCT
*
4834 AGTGATGTAT-CGGGCTAAGTCTCGAAGAGCATTCGTGCT
1 AGTGATGTATCCGGGCTAAGTCCCGAAGAGCATTCGTGCT
*
4873 AGTGATGTATCCGGGCTAAGTCTCGAAGAGCATTCGTGCT
1 AGTGATGTATCCGGGCTAAGTCCCGAAGAGCATTCGTGCT
* *
4913 AGTGATGTATCCGGACTAAGTTCCGAAGAGCATTCGTGCT
1 AGTGATGTATCCGGGCTAAGTCCCGAAGAGCATTCGTGCT
* * *
4953 AGTGATATATCCGTGCTAA-ACCCGAAGAGCATTCGTGCT
1 AGTGATGTATCCGGGCTAAGTCCCGAAGAGCATTCGTGCT
* * * *
4992 GGTGTTATATCCGGGCTAGGTCCCGAAGAGCA
1 AGTGATGTATCCGGGCTAAGTCCCGAAGAGCA
5024 ATCATGCTGG
Statistics
Matches: 289, Mismatches: 13, Indels: 10
0.93 0.04 0.03
Matches are distributed among these distances:
37 10 0.03
38 27 0.09
39 99 0.34
40 153 0.53
ACGTcount: A:0.24, C:0.21, G:0.30, T:0.26
Consensus pattern (40 bp):
AGTGATGTATCCGGGCTAAGTCCCGAAGAGCATTCGTGCT
Found at i:9091 original size:47 final size:47
Alignment explanation
Indices: 9037--9584 Score: 871
Period size: 47 Copynumber: 11.6 Consensus size: 47
9027 TATTTGAATA
9037 AATGTGAAAGTGTATATATGTGATAAGGCCTAATGGCCGATGTGATG
1 AATGTGAAAGTGTATATATGTGATAAGGCCTAATGGCCGATGTGATG
* *
9084 AATGTGAAAGTGTATATATGTGATAAGGCCGAATGGCCAATGTGATG
1 AATGTGAAAGTGTATATATGTGATAAGGCCTAATGGCCGATGTGATG
*
9131 AATGTGAAAGTGTATATATATGTGATAAGGCCTAATGACCGATGTGATG
1 AATGTGAAAGTG--TATATATGTGATAAGGCCTAATGGCCGATGTGATG
* *
9180 AATGTGAAAGTGTATATATGTGATAAGGCCGAATGGCCAATGTGATG
1 AATGTGAAAGTGTATATATGTGATAAGGCCTAATGGCCGATGTGATG
* *
9227 AATGTGAAAGTGTATATATATGTGATAAGGCCTAATGACCAATGTGATG
1 AATGTGAAAGTG--TATATATGTGATAAGGCCTAATGGCCGATGTGATG
*
9276 AATGTGAAAGTGTATATATGTGATAAGGCCTAATAGCCGATGTGATG
1 AATGTGAAAGTGTATATATGTGATAAGGCCTAATGGCCGATGTGATG
*
9323 AATGTGAAAGTATATATATGTGATAAGGCCTAATGGCCGATGTGATG
1 AATGTGAAAGTGTATATATGTGATAAGGCCTAATGGCCGATGTGATG
9370 AATGTGAAAGTGTATATATGTGATAAGGCCTAATGGCCGATGTGATG
1 AATGTGAAAGTGTATATATGTGATAAGGCCTAATGGCCGATGTGATG
9417 AATGTGAAAGTGTATATATGTGATAAGGCCTAATGGCCGATGTGATG
1 AATGTGAAAGTGTATATATGTGATAAGGCCTAATGGCCGATGTGATG
* *
9464 AATGTGAAAGTGTATATATGTGATAAGGCCGAATGGCCAATGTGATG
1 AATGTGAAAGTGTATATATGTGATAAGGCCTAATGGCCGATGTGATG
* * * * * * *
9511 AATGTGAAAGTGTATATGTGGGATAGGGCCGAGTGGCCAACGTGATG
1 AATGTGAAAGTGTATATATGTGATAAGGCCTAATGGCCGATGTGATG
* * *
9558 GATGGGAAAGTGTATAAATGTGATAAG
1 AATGTGAAAGTGTATATATGTGATAAG
9585 TCCCGAAGGG
Statistics
Matches: 468, Mismatches: 29, Indels: 8
0.93 0.06 0.02
Matches are distributed among these distances:
47 379 0.81
49 89 0.19
ACGTcount: A:0.34, C:0.08, G:0.30, T:0.29
Consensus pattern (47 bp):
AATGTGAAAGTGTATATATGTGATAAGGCCTAATGGCCGATGTGATG
Found at i:11671 original size:30 final size:29
Alignment explanation
Indices: 11632--11691 Score: 102
Period size: 30 Copynumber: 2.0 Consensus size: 29
11622 GTAGCCGAAG
*
11632 CTAGTTAAATCGCACACTTAGTGCCAAAA
1 CTAGTTAAATCGCACAATTAGTGCCAAAA
11661 CTAGTTTAAATCGCACAATTAGTGCCAAAA
1 CTAG-TTAAATCGCACAATTAGTGCCAAAA
11691 C
1 C
11692 ATCCTTTTCA
Statistics
Matches: 29, Mismatches: 1, Indels: 1
0.94 0.03 0.03
Matches are distributed among these distances:
29 4 0.14
30 25 0.86
ACGTcount: A:0.38, C:0.23, G:0.13, T:0.25
Consensus pattern (29 bp):
CTAGTTAAATCGCACAATTAGTGCCAAAA
Found at i:20119 original size:40 final size:40
Alignment explanation
Indices: 20075--20258 Score: 228
Period size: 40 Copynumber: 4.6 Consensus size: 40
20065 TATTCGAATG
*
20075 ATATCCGGGCTAAGTCCCGAAGGCTTTTATGCTAGTGACT
1 ATATCCGGGCTAAGTCCCGAAGGCATTTATGCTAGTGACT
* * * *
20115 ATATCTGGACTAAGAT-CCGAAGGCATTTGTGCGAGTTG-CT
1 ATATCCGGGCTAAG-TCCCGAAGGCATTTATGCTAG-TGACT
* * * *
20155 ATATCCGGGCTAAGACCCGAAGGCATTTGTGCTAGCGATT
1 ATATCCGGGCTAAGTCCCGAAGGCATTTATGCTAGTGACT
*
20195 ATATCCGGGCTAAGTCCCGAAGGCATTTATGCTAGTGACC
1 ATATCCGGGCTAAGTCCCGAAGGCATTTATGCTAGTGACT
* *
20235 ATATCCGGACTAAGACCCGAAGGC
1 ATATCCGGGCTAAGTCCCGAAGGC
20259 CTTGTGTGAG
Statistics
Matches: 122, Mismatches: 18, Indels: 8
0.82 0.12 0.05
Matches are distributed among these distances:
39 1 0.01
40 118 0.97
41 3 0.02
ACGTcount: A:0.26, C:0.23, G:0.26, T:0.26
Consensus pattern (40 bp):
ATATCCGGGCTAAGTCCCGAAGGCATTTATGCTAGTGACT
Found at i:28221 original size:38 final size:40
Alignment explanation
Indices: 28051--28224 Score: 195
Period size: 40 Copynumber: 4.5 Consensus size: 40
28041 TTATTCGATG
* *
28051 ATCCGGGCTAAG-TCCGAAGGCTTTTATGCTAGTGACTAT
1 ATCCGGGCTAAGACCCGAAGGCATTTATGCTAGTGACTAT
* * *
28090 AT-CGGGCT-AGA-TC-AAGGCATTTGTGCGAGTTG-CTAT
1 ATCCGGGCTAAGACCCGAAGGCATTTATGCTAG-TGACTAT
* * *
28126 ATCCGGGCTAAGACCCGAAGGCATTTGTGCTAGCGATTAT
1 ATCCGGGCTAAGACCCGAAGGCATTTATGCTAGTGACTAT
*
28166 ATCCGGGCTAAG-TCCGAAGGCATTTATGCTAGTGAC-AT
1 ATCCGGGCTAAGACCCGAAGGCATTTATGCTAGTGACTAT
28204 ATCC-GGCTAAGACCCGAAGGC
1 ATCCGGGCTAAGACCCGAAGGC
28225 CTTGTGCGAG
Statistics
Matches: 114, Mismatches: 13, Indels: 17
0.79 0.09 0.12
Matches are distributed among these distances:
36 19 0.17
37 18 0.16
38 23 0.20
39 24 0.21
40 30 0.26
ACGTcount: A:0.25, C:0.22, G:0.28, T:0.26
Consensus pattern (40 bp):
ATCCGGGCTAAGACCCGAAGGCATTTATGCTAGTGACTAT
Found at i:28244 original size:37 final size:39
Alignment explanation
Indices: 28051--28259 Score: 177
Period size: 37 Copynumber: 5.5 Consensus size: 39
28041 TTATTCGATG
* * * *
28051 ATCCGGGCTAAG-TCCGAAGGCTTTTATGCTAGTGACTAT
1 ATCCGGGCTAAGACCCGAAGGCATTTGTGCGAGTGA-TAT
* *
28090 AT-CGGGCT-AGA-TC-AAGGCATTTGTGCGAGTTGCTAT
1 ATCCGGGCTAAGACCCGAAGGCATTTGTGCGAG-TGATAT
* *
28126 ATCCGGGCTAAGACCCGAAGGCATTTGTGCTAGCGATTAT
1 ATCCGGGCTAAGACCCGAAGGCATTTGTGCGAGTGA-TAT
* * * *
28166 ATCCGGGCTAAG-TCCGAAGGCATTTATGCTAGTGACAT
1 ATCCGGGCTAAGACCCGAAGGCATTTGTGCGAGTGATAT
* * *
28204 ATCC-GGCTAAGACCCGAAGGC-CTTGTGCGAGTGGTTT
1 ATCCGGGCTAAGACCCGAAGGCATTTGTGCGAGTGATAT
28241 ATCC-GGCTAA-ATCCCGAAG
1 ATCCGGGCTAAGA-CCCGAAG
28260 ATACTTGGGT
Statistics
Matches: 141, Mismatches: 20, Indels: 20
0.78 0.11 0.11
Matches are distributed among these distances:
36 19 0.13
37 45 0.32
38 23 0.16
39 24 0.17
40 30 0.21
ACGTcount: A:0.24, C:0.22, G:0.28, T:0.26
Consensus pattern (39 bp):
ATCCGGGCTAAGACCCGAAGGCATTTGTGCGAGTGATAT
Done.