Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: Gbar_A05
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 1000
Length: 102776486
ACGTcount: A:0.32, C:0.17, G:0.17, T:0.32
Warning! 2328156 characters in sequence are not A, C, G, or T
File 199 of 325
Found at i:62352091 original size:22 final size:22
Alignment explanation
Indices: 62352062--62352206 Score: 118
Period size: 22 Copynumber: 6.6 Consensus size: 22
62352052 ATGTTTTATC
*
62352062 GCTG-TAATTGAGGTGTTAAAT
1 GCTGTTAATTGAAGTGTTAAAT
* *
62352083 GTTGTTAATTG-AGATGTAAAAGT
1 GCTGTTAATTGAAG-TGTTAAA-T
**
62352106 GCTGCAAATTGAAGTGCTTAAAT
1 GCTGTTAATTGAAGTG-TTAAAT
* *
62352129 GCTGTAAATTGAAGTGTTAAGT
1 GCTGTTAATTGAAGTGTTAAAT
*** *
62352151 G-TACAAATTGAAGTGTTTGAAT
1 GCTGTTAATTGAAGTG-TTAAAT
*
62352173 GCT-ATAATTGAAGTGTTAAAT
1 GCTGTTAATTGAAGTGTTAAAT
62352194 GCTGTTAATTGAA
1 GCTGTTAATTGAA
62352207 TTTGCTTAAA
Statistics
Matches: 99, Mismatches: 17, Indels: 15
0.76 0.13 0.11
Matches are distributed among these distances:
21 24 0.24
22 41 0.41
23 28 0.28
24 6 0.06
ACGTcount: A:0.34, C:0.06, G:0.24, T:0.37
Consensus pattern (22 bp):
GCTGTTAATTGAAGTGTTAAAT
Found at i:62352115 original size:111 final size:111
Alignment explanation
Indices: 62351777--62353207 Score: 505
Period size: 111 Copynumber: 13.1 Consensus size: 111
62351767 ATGCTAATGT
** * *
62351777 TGCAAATTGAAG-TGTTTAACTACTGTAAATTAAAGTGTT-TTGCTGGACATTGAGATG--TTAT
1 TGCAAATTGAAGCTGTTTAAGGACTGTAAATTGAAGTGTTAGTG-TGGACATTGAGATGTTTTAT
*
62351838 CGCTGTAATTGAGGTG-TAAATTTTGTTAATTGAGATGTTAAAGTGC
65 CGCTGTAATTGAGGTGTTAAATGTTGTTAATTGAGATGTTAAAGTGC
* * * * * * *
62351884 TGCAAATTGAAGCTCTTAAATGCCTGTAAATAGAAGT-TTAAAGTGCTGCAAATTGA-AGTGTCT
1 TGCAAATTGAAGCTGTTTAAGGACTGTAAATTGAAGTGTT--AGTG-TGGACATTGAGA-TGT-T
* * * * * * * * *
62351947 TGAAT-TCTGAAATTGAAGTGGTTTAAATGCTATAAATT--GATCTTAAA-TGT
61 T-TATCGCTGTAATTGAGGT-G-TTAAATGTTGTTAATTGAGATGTTAAAGTGC
* *
62351997 TGCAAATTGATG-TGTTTAAGGACT-TAAATTGTAG-GTTAGTTGCTGGACATGTGAGATGTTTT
1 TGCAAATTGAAGCTGTTTAAGGACTGTAAATTGAAGTGTTAG-TG-TGGACAT-TGAGATGTTTT
*
62352059 ATCGCTGTAATTGAGGTGTTAAATGTTGTTAATTGAGATGTAAAAGTGC
63 ATCGCTGTAATTGAGGTGTTAAATGTTGTTAATTGAGATGTTAAAGTGC
* * ** *
62352108 TGCAAATTGAAG-TGCTTAAATG-CTGTAAATTGAAGTGTTAAGTGTACAAATTGA-AGTGTTTG
1 TGCAAATTGAAGCTG-TTTAAGGACTGTAAATTGAAGTGTT-AGTGTGGACATTGAGA-TGTTT-
* * * * *
62352170 AAT-GCTATAATTGAAGTGTTAAATGCTGTTAATTGA-ATTTGCTTAAA-TGT
62 TATCGCTGTAATTGAGGTGTTAAATGTTGTTAATTGAGA--TG-TTAAAGTGC
* * *
62352220 TGC-AATTGGAA---GTTTAAGTACTGCAAATTGAAGTGTTTAGTTGTGGACATTGAGA--TTTG
1 TGCAAATT-GAAGCTGTTTAAGGACTGTAAATTGAAGTG-TTAG-TGTGGACATTGAGATGTTTT
*
62352279 ATCGCTGT-ATTGA-GTGTATAAATGTTGTTAATTGAAGATGTAAAAGTGC
63 ATCGCTGTAATTGAGGTGT-TAAATGTTGTTAATTG-AGATGTTAAAGTGC
* * * * * *
62352328 TGCAAATTGAAGCTGTTTAATG-C--TAAAATG--GTTTTAAGTGTGCA-ATTGA-AGGTTTGA-
1 TGCAAATTGAAGCTGTTTAAGGACTGTAAATTGAAGTGTT-AGTGTGGACATTGAGATGTTTTAT
* * * * * * * *
62352385 -AC--TAA--AAGGTGTTTAAATGCTATAAATTGAAGTTCTTAAA-TGT
65 CGCTGTAATTGAGGTG-TTAAATGTTGTTAATTG-AGATGTTAAAGTGC
* *
62352428 TGCAAATTGAAGTTGTTTAAGGA-TG-AAATTGTAGTGTTAGTGT-GACA-TGAGATGTTTTATC
1 TGCAAATTGAAGCTGTTTAAGGACTGTAAATTGAAGTGTTAGTGTGGACATTGAGATGTTTTATC
62352489 GCTGTAATTGAGGTGGTATAAATGTTGTTAATTGAGATGTATAAAGTGC
66 GCTGTAATTGAGGT-GT-TAAATGTTGTTAATTGAGATGT-TAAAGTGC
* * * *
62352538 TGCAAAATTGAAG-TGCTTAA--A-TGCTGAATTGAAGTGTTAAAGTGTATG-CAAATGA-AGTG
1 TGC-AAATTGAAGCTGTTTAAGGACTG-TAAATTGAAGTGTT--AGTGT-GGAC-ATTGAGA-TG
* * * * * *
62352597 TTTGAAT-GCTGCAAATTGAAGTGTTTAAATGCTGTAAATTGA-ATGTGCTAAA-TGT
59 TTT-TATCGCTG-TAATTGAGGTG-TTAAATGTTGTTAATTGAGATGT--TAAAGTGC
* * *
62352652 TGCAAATTG-AG-TGTTTAAGGTCTGAAAATTAGTTATGTGTTAGTTGCTGGACA-TGAGA-G-T
1 TGCAAATTGAAGCTGTTTAAGGACTGTAAATT-G--AAGTGTTAG-TG-TGGACATTGAGATGTT
*
62352712 TTATCGC-G----T-A-----TAAATGTTGTTAATTGAGATG-AAAAGTGC
61 TTATCGCTGTAATTGAGGTGTTAAATGTTGTTAATTGAGATGTTAAAGTGC
** ** *
62352751 ACCAAATTGAAG-TGCCTAAGTTG-CTGT-AATTGAAGTGTTAAAGTGTGTGCAAATTGA-AGTG
1 TGCAAATTGAAGCTGTTTAAG--GACTGTAAATTGAAGTGTT--AGTGTG-G-ACATTGAGA-TG
** * * * * *
62352812 TTTTGAAT-GCTAAAATTGAAGTGTTTAATGCTGTGAATTGATG-TGCTTAAA-TGT
59 TTTT--ATCGCTGTAATTGAGGTGTTAAATGTTGTTAATTGA-GATG-TTAAAGTGC
* * *
62352866 TGCAAAATTGAAG-TG-TTAAGTACTG-CAATTGAGGTGTTTAGTTGCTGGACATTGAGATG-TT
1 TGC-AAATTGAAGCTGTTTAAGGACTGTAAATTGAAGTG-TTAG-TG-TGGACATTGAGATGTTT
* *
62352927 TATCGCT-TAATT-AGTGTGTATAAATGTTGTTATTTGAGATGTAAAAAGTGC
62 TATCGCTGTAATTGAG-GTGT-TAAATGTTGTTAATTGAGATGT-TAAAGTGC
* * * *
62352978 TACAAATTGAA--TGTTTAAATGCCTGTTAAA-TGAAGTGTTAAAGTGCTGGCAAAATTGA-ATG
1 TGCAAATTGAAGCTGTTT-AAGGACTG-TAAATTGAAGTGTT--AGTG-TGG--ACATTGAGATG
* * * * *
62353039 TTTGAAT-GC-GCAAATTGAAGTATTTAAATGCTAG-TAATTGA-AGTGCTTAAA-TG-
59 TTT-TATCGCTG-TAATTGAGGT-GTTAAATG-TTGTTAATTGAGA-TG-TTAAAGTGC
* * **
62353092 TGCAAATTGAAGC---TTAA-CACTGTAAATGTAAAGT-TTTTTGCTGGACATTGA-ATGTTTTA
1 TGCAAATTGAAGCTGTTTAAGGACTGTAAAT-TGAAGTGTTAGTG-TGGACATTGAGATGTTTTA
*
62353151 TCGCTGTAA-TGAGGTG-TATAATGTT-TTAATTGAAATGTTTAAAGTGC
64 TCGCTGTAATTGAGGTGTTA-AATGTTGTTAATTGAGATG-TTAAAGTGC
62353198 TGCAAATTGA
1 TGCAAATTGA
62353208 TAGTTTGATG
Statistics
Matches: 994, Mismatches: 169, Indels: 323
0.67 0.11 0.22
Matches are distributed among these distances:
97 8 0.01
98 6 0.01
99 15 0.02
100 53 0.05
101 41 0.04
102 18 0.02
103 8 0.01
104 25 0.03
105 19 0.02
106 25 0.03
107 39 0.04
108 81 0.08
109 48 0.05
110 102 0.10
111 137 0.14
112 77 0.08
113 69 0.07
114 79 0.08
115 65 0.07
116 66 0.07
117 13 0.01
ACGTcount: A:0.32, C:0.07, G:0.24, T:0.37
Consensus pattern (111 bp):
TGCAAATTGAAGCTGTTTAAGGACTGTAAATTGAAGTGTTAGTGTGGACATTGAGATGTTTTATC
GCTGTAATTGAGGTGTTAAATGTTGTTAATTGAGATGTTAAAGTGC
Found at i:62352181 original size:89 final size:89
Alignment explanation
Indices: 62352088--62352257 Score: 204
Period size: 89 Copynumber: 1.9 Consensus size: 89
62352078 TAAATGTTGT
62352088 TAATTG-AGATGTAAAAGTGCTGCAAATTGAA-GTGCTTAAATGCTGTAAATT-GAAGTGTTAAG
1 TAATTGAAG-TGTAAAA-TGCTGCAAATTGAATGTGCTTAAATGCTG-AAATTGGAAGT-TTAAG
*
62352150 T-GTACAAATTGAAGTGTTTGAATGCTA
62 TACTACAAATTGAAGTGTTTGAATGCTA
* ** * * *
62352177 TAATTGAAGTGTTAAATGCTGTTAATTGAATTTGCTTAAATGTTGCAATTGGAAGTTTAAGTACT
1 TAATTGAAGTGTAAAATGCTGCAAATTGAATGTGCTTAAATGCTGAAATTGGAAGTTTAAGTACT
*
62352242 GCAAATTGAAGTGTTT
66 ACAAATTGAAGTGTTT
62352258 AGTTGTGGAC
Statistics
Matches: 69, Mismatches: 8, Indels: 8
0.81 0.09 0.09
Matches are distributed among these distances:
88 22 0.32
89 45 0.65
90 2 0.03
ACGTcount: A:0.34, C:0.06, G:0.22, T:0.37
Consensus pattern (89 bp):
TAATTGAAGTGTAAAATGCTGCAAATTGAATGTGCTTAAATGCTGAAATTGGAAGTTTAAGTACT
ACAAATTGAAGTGTTTGAATGCTA
Found at i:62352423 original size:23 final size:23
Alignment explanation
Indices: 62352397--62352441 Score: 63
Period size: 23 Copynumber: 2.0 Consensus size: 23
62352387 TAAAAGGTGT
*
62352397 TTAAATGCTATAAATTGAAGTTC
1 TTAAATGCTACAAATTGAAGTTC
* *
62352420 TTAAATGTTGCAAATTGAAGTT
1 TTAAATGCTACAAATTGAAGTT
62352442 GTTTAAGGAT
Statistics
Matches: 19, Mismatches: 3, Indels: 0
0.86 0.14 0.00
Matches are distributed among these distances:
23 19 1.00
ACGTcount: A:0.38, C:0.07, G:0.16, T:0.40
Consensus pattern (23 bp):
TTAAATGCTACAAATTGAAGTTC
Found at i:62352616 original size:23 final size:23
Alignment explanation
Indices: 62352530--62352669 Score: 139
Period size: 23 Copynumber: 6.1 Consensus size: 23
62352520 TTGAGATGTA
*
62352530 TAAAGTGCTGCAAAATTGAAGTGCT
1 TAAA-TGCTGC-AAATTGAAGTGTT
62352555 TAAATGCTG--AATTGAAGTG-T
1 TAAATGCTGCAAATTGAAGTGTT
*
62352575 TAAAGTGTATGCAAA-TGAAGTGTT
1 TAAA-TG-CTGCAAATTGAAGTGTT
*
62352599 TGAATGCTGCAAATTGAAGTGTT
1 TAAATGCTGCAAATTGAAGTGTT
* *
62352622 TAAATGCTGTAAATTGAA-TGTGC
1 TAAATGCTGCAAATTGAAGTGT-T
*
62352645 TAAATGTTGCAAATTG-AGTGTT
1 TAAATGCTGCAAATTGAAGTGTT
62352667 TAA
1 TAA
62352670 GGTCTGAAAA
Statistics
Matches: 98, Mismatches: 9, Indels: 19
0.78 0.07 0.15
Matches are distributed among these distances:
20 5 0.05
21 12 0.12
22 15 0.15
23 51 0.52
24 11 0.11
25 4 0.04
ACGTcount: A:0.35, C:0.07, G:0.24, T:0.34
Consensus pattern (23 bp):
TAAATGCTGCAAATTGAAGTGTT
Found at i:62352665 original size:68 final size:67
Alignment explanation
Indices: 62352507--62352681 Score: 189
Period size: 68 Copynumber: 2.6 Consensus size: 67
62352497 TGAGGTGGTA
** *
62352507 TAAATGTTGTTAATTGAGATGTATAAAGTGCTGCAAAATTGAAGTGCTTAAATGCTGAATTGAAG
1 TAAATGTTGCAAATTGAG-TGTTTAAAGTGCTGCAAAATTGAAGTGCTTAAATGCTGAATTGAAG
*
62352572 TGT
65 TGC
* *
62352575 TAAAGTGTATGCAAA-TGAAGTGTTTGAA-TGCTGC-AAATTGAAGTGTTTAAATGCTGTAAATT
1 TAAA-TGT-TGCAAATTG-AGTGTTTAAAGTGCTGCAAAATTGAAGTGCTTAAATGCTG--AATT
62352637 GAATGTGC
61 GAA-GTGC
*
62352645 TAAATGTTGCAAATTGAGTGTTTAAGGT-CTG-AAAATT
1 TAAATGTTGCAAATTGAGTGTTTAAAGTGCTGCAAAATT
62352682 AGTTATGTGT
Statistics
Matches: 90, Mismatches: 8, Indels: 18
0.78 0.07 0.16
Matches are distributed among these distances:
67 21 0.23
68 32 0.36
69 24 0.27
70 13 0.14
ACGTcount: A:0.35, C:0.06, G:0.23, T:0.35
Consensus pattern (67 bp):
TAAATGTTGCAAATTGAGTGTTTAAAGTGCTGCAAAATTGAAGTGCTTAAATGCTGAATTGAAGT
GC
Found at i:62352794 original size:23 final size:23
Alignment explanation
Indices: 62352753--62352886 Score: 68
Period size: 23 Copynumber: 5.8 Consensus size: 23
62352743 AAAAGTGCAC
*
62352753 CAAATTGAAGTGCCTAAGT-TGCTG
1 CAAATTGAAGTG-TTAAGTGTG-TG
*
62352777 -TAATTGAAGTGTTAAAGTGTGTG
1 CAAATTGAAGTGTT-AAGTGTGTG
* **
62352800 CAAATTGAAGTGTT--TTGAATG
1 CAAATTGAAGTGTTAAGTGTGTG
62352821 CTAAAATTGAAGTGTTTAA-TGCTGTG
1 C--AAATTGAAGTG-TTAAGTG-TGTG
* *
62352847 --AATTGATGTGCTTAAATGT-TG
1 CAAATTGAAGTG-TTAAGTGTGTG
62352868 CAAAATTGAAGTGTTAAGT
1 C-AAATTGAAGTGTTAAGT
62352887 ACTGCAATTG
Statistics
Matches: 85, Mismatches: 12, Indels: 27
0.69 0.10 0.22
Matches are distributed among these distances:
21 7 0.08
22 15 0.18
23 34 0.40
24 25 0.29
25 2 0.02
26 2 0.02
ACGTcount: A:0.32, C:0.07, G:0.25, T:0.37
Consensus pattern (23 bp):
CAAATTGAAGTGTTAAGTGTGTG
Found at i:62353068 original size:22 final size:22
Alignment explanation
Indices: 62352980--62353103 Score: 78
Period size: 23 Copynumber: 5.5 Consensus size: 22
62352970 AAAAGTGCTA
62352980 CAAATTGAA-TGTTTAAATGCCTG
1 CAAATTGAAGTGTTTAAATG-C-G
*
62353003 TTAAA-TGAAGTG-TTAAAGTGCTGG
1 -CAAATTGAAGTGTTTAAA-TGC--G
*
62353027 CAAAATTGAA-TGTTTGAATGCG
1 C-AAATTGAAGTGTTTAAATGCG
*
62353049 CAAATTGAAGTATTTAAATGCTAG
1 CAAATTGAAGTGTTTAAATGC--G
* * *
62353073 -TAATTGAAGTGCTTAAATGTG
1 CAAATTGAAGTGTTTAAATGCG
62353094 CAAATTGAAG
1 CAAATTGAAG
62353104 CTTAACACTG
Statistics
Matches: 79, Mismatches: 11, Indels: 22
0.71 0.10 0.20
Matches are distributed among these distances:
21 9 0.11
22 19 0.24
23 26 0.33
24 17 0.22
25 8 0.10
ACGTcount: A:0.37, C:0.08, G:0.22, T:0.33
Consensus pattern (22 bp):
CAAATTGAAGTGTTTAAATGCG
Found at i:62353374 original size:21 final size:20
Alignment explanation
Indices: 62353326--62353374 Score: 55
Period size: 21 Copynumber: 2.4 Consensus size: 20
62353316 ATGTTTATCA
62353326 CTGTAATTGAGGTATAAATG
1 CTGTAATTGAGGTATAAATG
*
62353346 TTGTTAATTGAGATGTA-AAATG
1 CTG-TAATTGAG--GTATAAATG
62353368 CTGTAAT
1 CTGTAAT
62353375 GAAGTGTTAA
Statistics
Matches: 24, Mismatches: 2, Indels: 5
0.77 0.06 0.16
Matches are distributed among these distances:
20 2 0.08
21 12 0.50
22 7 0.29
23 3 0.12
ACGTcount: A:0.35, C:0.04, G:0.22, T:0.39
Consensus pattern (20 bp):
CTGTAATTGAGGTATAAATG
Found at i:62353404 original size:23 final size:22
Alignment explanation
Indices: 62353374--62353622 Score: 115
Period size: 23 Copynumber: 11.2 Consensus size: 22
62353364 AATGCTGTAA
62353374 TGAAGTGTTAAAGTGCTGCAAAT
1 TGAAGTGTTAAA-TGCTGCAAAT
*
62353397 TGAAGTGTTGAA-GCTGGC-AAT
1 TGAAGTGTTAAATGCT-GCAAAT
*
62353418 TGAAGTGTTTTAATGCT--ATAAT
1 TGAAGTG-TTAAATGCTGCA-AAT
* *
62353440 TGAAATGCTTAAATGTTGCAAAT
1 TGAAGTG-TTAAATGCTGCAAAT
* *
62353463 TGGAAGTGTTTAACT-TTGCAAAT
1 T-GAAGTG-TTAAATGCTGCAAAT
* *** * *
62353486 TAAAGTGTTTGTTGCTGGACAT
1 TGAAGTGTTAAATGCTGCAAAT
**
62353508 TG-AGATGTTTTATCGCTG-AAA-
1 TGAAG-TGTTAAAT-GCTGCAAAT
**
62353529 TG-AGTGTATAAATG-TGTTAAT
1 TGAAGTGT-TAAATGCTGCAAAT
* *
62353550 TG-AGATGTAAAAGTTCTGCAAAT
1 TGAAG-TGTTAAA-TGCTGCAAAT
*
62353573 TGAAGTGCTTAAATGCTGTAAAT
1 TGAAGTG-TTAAATGCTGCAAAT
*
62353596 TGAAGTGTTTAAGTGCTGCAAAT
1 TGAAGTG-TTAAATGCTGCAAAT
62353619 TGAA
1 TGAA
62353623 TGGTGGTTTG
Statistics
Matches: 174, Mismatches: 33, Indels: 38
0.71 0.13 0.16
Matches are distributed among these distances:
19 2 0.01
20 6 0.03
21 32 0.18
22 45 0.26
23 72 0.41
24 17 0.10
ACGTcount: A:0.33, C:0.08, G:0.24, T:0.36
Consensus pattern (22 bp):
TGAAGTGTTAAATGCTGCAAAT
Found at i:62353711 original size:19 final size:22
Alignment explanation
Indices: 62353667--62353716 Score: 63
Period size: 19 Copynumber: 2.5 Consensus size: 22
62353657 ATTTTCCTGG
62353667 CAAATTGAAGTGTTAAATGCGT
1 CAAATTGAAGTGTTAAATGCGT
*
62353689 -AAATTGAA-TGTT-AATG-TT
1 CAAATTGAAGTGTTAAATGCGT
62353707 CAAATTGAAG
1 CAAATTGAAG
62353717 GTTTAAGACT
Statistics
Matches: 25, Mismatches: 1, Indels: 6
0.78 0.03 0.19
Matches are distributed among these distances:
18 1 0.04
19 12 0.48
20 4 0.16
21 8 0.32
ACGTcount: A:0.40, C:0.06, G:0.20, T:0.34
Consensus pattern (22 bp):
CAAATTGAAGTGTTAAATGCGT
Found at i:62353859 original size:22 final size:23
Alignment explanation
Indices: 62353797--62353861 Score: 80
Period size: 23 Copynumber: 2.9 Consensus size: 23
62353787 TTGAGATGTA
62353797 AAAGTGCTGCAAATTGAAAGTGCT
1 AAAGTGCTGCAAATTG-AAGTGCT
* *
62353821 -AAGTGCTGTAAATTGAAGTGTT
1 AAAGTGCTGCAAATTGAAGTGCT
*
62353843 AAAGTGTTGCAAA-TGAAGT
1 AAAGTGCTGCAAATTGAAGT
62353862 TGAAGTTTTA
Statistics
Matches: 36, Mismatches: 4, Indels: 4
0.82 0.09 0.09
Matches are distributed among these distances:
22 12 0.33
23 24 0.67
ACGTcount: A:0.37, C:0.08, G:0.26, T:0.29
Consensus pattern (23 bp):
AAAGTGCTGCAAATTGAAGTGCT
Found at i:62354084 original size:23 final size:23
Alignment explanation
Indices: 62354019--62354386 Score: 123
Period size: 23 Copynumber: 16.8 Consensus size: 23
62354009 ATGAGATGTA
*
62354019 AAAGTCCTGCAAA-TGAAGTGCTT
1 AAAGTGCTGCAAATTGAAGTG-TT
* *
62354042 AAA-TGCT-TAAAATGAAGTGTT
1 AAAGTGCTGCAAATTGAAGTGTT
62354063 AAAGTGCTGCAAATTGAAGTGTTT
1 AAAGTGCTGCAAATTGAAGTG-TT
*
62354087 GAA-TGCTGCAAATTGAAGT-TGT
1 AAAGTGCTGCAAATTGAAGTGT-T
* *
62354109 AAA-TGC-GTAAATTGAAGTGCTC
1 AAAGTGCTGCAAATTGAAGTG-TT
*
62354131 AAA-TGTTGCAAA-TGAAGTGTT
1 AAAGTGCTGCAAATTGAAGTGTT
* * * * *
62354152 TAACTAC-G-TAATTAAAGTGTT
1 AAAGTGCTGCAAATTGAAGTGTT
** * *
62354173 -TTGTGCTGGACA-TG-AGATGTT
1 AAAGTGCTGCAAATTGAAG-TGTT
*
62354194 --A-TCGCTG-TAATTCG-AGTGTAT
1 AAAGT-GCTGCAAATT-GAAGTGT-T
**
62354215 AAAGT--TGTTAATTG-AGATG-T
1 AAAGTGCTGCAAATTGAAG-TGTT
**
62354235 AAAGTGCTGCAAATTGAAGCCTT
1 AAAGTGCTGCAAATTGAAGTGTT
* *
62354258 AAATTGCTGTAAATTGAAGTG-T
1 AAAGTGCTGCAAATTGAAGTGTT
62354280 AAAGTGCTGCAAATTGAAGTGTTT
1 AAAGTGCTGCAAATTGAAGTG-TT
* ** *
62354304 GAA-TGCTATAAATTGAGGTGTTT
1 AAAGTGCTGCAAATTGAAGTG-TT
* *
62354327 AAA-TGCTGTAAA-TG-ATTGCTT
1 AAAGTGCTGCAAATTGAAGTG-TT
62354348 AAACGT--TGCAAA-TGAAGTGTT
1 AAA-GTGCTGCAAATTGAAGTGTT
* *
62354369 TAAGTACTGCAAATTGAA
1 AAAGTGCTGCAAATTGAA
62354387 TTTTAGTTGC
Statistics
Matches: 263, Mismatches: 48, Indels: 68
0.69 0.13 0.18
Matches are distributed among these distances:
19 2 0.01
20 22 0.08
21 65 0.25
22 79 0.30
23 87 0.33
24 8 0.03
ACGTcount: A:0.34, C:0.09, G:0.23, T:0.33
Consensus pattern (23 bp):
AAAGTGCTGCAAATTGAAGTGTT
Found at i:62354112 original size:67 final size:65
Alignment explanation
Indices: 62354025--62354152 Score: 161
Period size: 67 Copynumber: 1.9 Consensus size: 65
62354015 TGTAAAAGTC
* *
62354025 CTGCAAATGAAGTGCTTAAATGCTTAAAATGAAGTG-TTAAAGTGCTGCAAATTGAAGTGTTTGA
1 CTGCAAATGAAGTGC-TAAATGCGTAAAATGAAGTGCTCAAA-TGCTGCAAA-TGAAGTGTTTGA
62354089 ATG
63 ATG
* *
62354092 CTGCAAATTGAAGTTG-TAAATGCGTAAATTGAAGTGCTCAAATGTTGCAAATGAAGTGTTT
1 CTGCAAA-TGAAG-TGCTAAATGCGTAAAATGAAGTGCTCAAATGCTGCAAATGAAGTGTTT
62354153 AACTACGTAA
Statistics
Matches: 54, Mismatches: 4, Indels: 7
0.83 0.06 0.11
Matches are distributed among these distances:
66 10 0.19
67 33 0.61
68 9 0.17
69 2 0.04
ACGTcount: A:0.35, C:0.09, G:0.23, T:0.32
Consensus pattern (65 bp):
CTGCAAATGAAGTGCTAAATGCGTAAAATGAAGTGCTCAAATGCTGCAAATGAAGTGTTTGAATG
Found at i:62354122 original size:21 final size:22
Alignment explanation
Indices: 62354025--62354148 Score: 82
Period size: 22 Copynumber: 5.6 Consensus size: 22
62354015 TGTAAAAGTC
62354025 CTGCAAA-TGAAG-TGCTTAAATG
1 CTGCAAATTGAAGTTG--TAAATG
* *
62354047 CT-TAAAATGAAG-TGTTAAAGTG
1 CTGCAAATTGAAGTTG-TAAA-TG
* *
62354069 CTGCAAATTGAAGTGTTTGAATG
1 CTGCAAATTGAAGT-TGTAAATG
62354092 CTGCAAATTGAAGTTGTAAATG
1 CTGCAAATTGAAGTTGTAAATG
*
62354114 C-GTAAATTGAAG-TGCTCAAATG
1 CTGCAAATTGAAGTTG-T-AAATG
*
62354136 TTGCAAA-TGAAGT
1 CTGCAAATTGAAGT
62354149 GTTTAACTAC
Statistics
Matches: 83, Mismatches: 10, Indels: 17
0.75 0.09 0.15
Matches are distributed among these distances:
20 2 0.02
21 19 0.23
22 30 0.36
23 28 0.34
24 3 0.04
25 1 0.01
ACGTcount: A:0.36, C:0.10, G:0.23, T:0.31
Consensus pattern (22 bp):
CTGCAAATTGAAGTTGTAAATG
Found at i:62354162 original size:44 final size:44
Alignment explanation
Indices: 62354032--62354154 Score: 126
Period size: 44 Copynumber: 2.8 Consensus size: 44
62354022 GTCCTGCAAA
* *
62354032 TGAAGTGCTTAAATGCTT-AAAATGAAGTG-TTAAAGTGCTGCAAAT
1 TGAAGTGCTTAAATG-TTGCAAATGAAGTGTTTAAA-TGC-GTAAAT
* * * *
62354077 TGAAGTGTTTGAATGCTGCAAATTGAAGT-TGTAAATGCGTAAAT
1 TGAAGTGCTTAAATGTTGCAAA-TGAAGTGTTTAAATGCGTAAAT
*
62354121 TGAAGTGCTCAAATGTTGCAAATGAAGTGTTTAA
1 TGAAGTGCTTAAATGTTGCAAATGAAGTGTTTAA
62354155 CTACGTAATT
Statistics
Matches: 63, Mismatches: 11, Indels: 9
0.76 0.13 0.11
Matches are distributed among these distances:
43 6 0.10
44 28 0.44
45 19 0.30
46 10 0.16
ACGTcount: A:0.36, C:0.08, G:0.24, T:0.33
Consensus pattern (44 bp):
TGAAGTGCTTAAATGTTGCAAATGAAGTGTTTAAATGCGTAAAT
Found at i:62354293 original size:217 final size:224
Alignment explanation
Indices: 62353769--62354539 Score: 852
Period size: 217 Copynumber: 3.5 Consensus size: 224
62353759 GTTTTATCGC
*
62353769 TGTATAAATGTTGTTAATTTGAGATGTAAAAGTGCTGCAAATTGAAAGTGC-TAAGTGCTGTAAA
1 TGTATAAATGTTGTTAA-TTGAGATGTAAAAGTGCTGCAAATTG-AAGTGCTTAAATGCTGTAAA
* * *
62353833 TTGAAGTGTTAAAGTGTTGCAAA-TGAA--G-TTGAA-G-TTTTAATTGAAG-TGCTAAATGCTG
64 TTGAAGTGTTAAAGTGCTGCAAATTGAAGTGTTTGAATGCTATAAATTGAAGTTG-TAAATGCTG
* *
62353891 T-AATTGATG-GCTTAAATGTTTGTAAACATTGAAGTTGTTTAAGTACTGCAAAATTGAAGTG-T
128 TAAATTGAAGTGCTTAAATG-TTG-CAA-A-TGAAG-TGTTTAAGTACTGC-AAATTGAAGTGTT
62353953 TAGTTGCTGGACATTGAGATGTTTTTATCGCTGTAATTGAG
187 TAGTTGCTGGACA-TGAGATG--TTTATCGCTGTAATTGAG
* *
62353994 TGTATAAATGTTG-TAA-TGAGATGTAAAAGTCCTGCAAA-TGAAGTGCTTAAATGCT-TAAAAT
1 TGTATAAATGTTGTTAATTGAGATGTAAAAGTGCTGCAAATTGAAGTGCTTAAATGCTGTAAATT
**
62354055 GAAGTGTTAAAGTGCTGCAAATTGAAGTGTTTGAATGCTGCAAATTGAAGTTGTAAATGC-GTAA
66 GAAGTGTTAAAGTGCTGCAAATTGAAGTGTTTGAATGCTATAAATTGAAGTTGTAAATGCTGTAA
* * * * *
62354119 ATTGAAGTGCTCAAATGTTGCAAATGAAGTGTTTAACTAC-G-TAATTAAAGTGTTTTG-TGCTG
131 ATTGAAGTGCTTAAATGTTGCAAATGAAGTGTTTAAGTACTGCAAATTGAAGTGTTTAGTTGCTG
62354181 GACATGAGATG-TTATCGCTGTAATTCGAG
196 GACATGAGATGTTTATCGCTGTAATT-GAG
*
62354210 TGTATAAA-GTTGTTAATTGAGATGT-AAAGTGCTGCAAATTGAAG-CCTTAAATTGCTGTAAAT
1 TGTATAAATGTTGTTAATTGAGATGTAAAAGTGCTGCAAATTGAAGTGCTTAAA-TGCTGTAAAT
* *
62354272 TGAAGTG-TAAAGTGCTGCAAATTGAAGTGTTTGAATGCTATAAATTGAGGTGTTTAAATGCTGT
65 TGAAGTGTTAAAGTGCTGCAAATTGAAGTGTTTGAATGCTATAAATTGAAGT-TGTAAATGCTGT
* *
62354336 AAA-TG-ATTGCTTAAACGTTGCAAATGAAGTGTTTAAGTACTGCAAATTGAA-T-TTTAGTTGC
129 AAATTGAAGTGCTTAAATGTTGCAAATGAAGTGTTTAAGTACTGCAAATTGAAGTGTTTAGTTGC
*
62354397 TGGACATGAGATGTTTTAT-ACTGTAATTGAGG
194 TGGACATGAGATG-TTTATCGCTGTAATTGA-G
* **
62354429 TTGTAT-AATGTTGTTAATTGAGATGTAAACAGTGCT-TAAATTGAAGTG-TTAAATGCTACAAA
1 -TGTATAAATGTTGTTAATTGAGATGTAAA-AGTGCTGCAAATTGAAGTGCTTAAATGCTGTAAA
* * * * * *
62354491 -TGAAGTGTTTGAAGATGCTGCCAATTGAGGTTTTTAAATGCTGTAAATT
64 TTGAAGTG-TTAAAG-TGCTGCAAATTGAAGTGTTTGAATGCTATAAATT
62354540 TAATTAGCTA
Statistics
Matches: 474, Mismatches: 39, Indels: 69
0.81 0.07 0.12
Matches are distributed among these distances:
215 18 0.04
216 32 0.07
217 93 0.20
218 48 0.10
219 47 0.10
220 67 0.14
221 34 0.07
222 66 0.14
223 6 0.01
224 9 0.02
225 18 0.04
226 26 0.05
227 10 0.02
ACGTcount: A:0.33, C:0.08, G:0.23, T:0.36
Consensus pattern (224 bp):
TGTATAAATGTTGTTAATTGAGATGTAAAAGTGCTGCAAATTGAAGTGCTTAAATGCTGTAAATT
GAAGTGTTAAAGTGCTGCAAATTGAAGTGTTTGAATGCTATAAATTGAAGTTGTAAATGCTGTAA
ATTGAAGTGCTTAAATGTTGCAAATGAAGTGTTTAAGTACTGCAAATTGAAGTGTTTAGTTGCTG
GACATGAGATGTTTATCGCTGTAATTGAG
Found at i:62354301 original size:22 final size:23
Alignment explanation
Indices: 62354224--62354298 Score: 93
Period size: 22 Copynumber: 3.3 Consensus size: 23
62354214 TAAAGTTGTT
*
62354224 AATTG-AGATGTAAAGTGCTGCA
1 AATTGAAGCTGTAAAGTGCTGCA
* *
62354246 AATTGAAGCCT-TAAATTGCTGTA
1 AATTGAAG-CTGTAAAGTGCTGCA
62354269 AATTGAAG-TGTAAAGTGCTGCA
1 AATTGAAGCTGTAAAGTGCTGCA
62354291 AATTGAAG
1 AATTGAAG
62354299 TGTTTGAATG
Statistics
Matches: 45, Mismatches: 5, Indels: 6
0.80 0.09 0.11
Matches are distributed among these distances:
21 1 0.02
22 23 0.51
23 20 0.44
24 1 0.02
ACGTcount: A:0.37, C:0.09, G:0.24, T:0.29
Consensus pattern (23 bp):
AATTGAAGCTGTAAAGTGCTGCA
Found at i:62354316 original size:45 final size:45
Alignment explanation
Indices: 62354224--62354324 Score: 125
Period size: 45 Copynumber: 2.2 Consensus size: 45
62354214 TAAAGTTGTT
*
62354224 AATTG-AGATGTAAAGTGCTGCAAATTGAAGCCTTAAATTGCTGTA
1 AATTGAAG-TGTAAAGTGCTGCAAATTGAAGCCTTAAATTGCTATA
** *
62354269 AATTGAAGTGTAAAGTGCTGCAAATTGAAGTGTTTGAA-TGCTATA
1 AATTGAAGTGTAAAGTGCTGCAAATTGAAG-CCTTAAATTGCTATA
*
62354314 AATTGAGGTGT
1 AATTGAAGTGT
62354325 TTAAATGCTG
Statistics
Matches: 49, Mismatches: 5, Indels: 4
0.84 0.09 0.07
Matches are distributed among these distances:
45 43 0.88
46 6 0.12
ACGTcount: A:0.35, C:0.08, G:0.25, T:0.33
Consensus pattern (45 bp):
AATTGAAGTGTAAAGTGCTGCAAATTGAAGCCTTAAATTGCTATA
Found at i:62354772 original size:21 final size:20
Alignment explanation
Indices: 62354719--62354774 Score: 67
Period size: 22 Copynumber: 2.6 Consensus size: 20
62354709 TTTTAAGTGC
*
62354719 TGCAAATTGAAGTGTTTGAAT
1 TGCAAATTGAAGTGTTT-AAA
62354740 TCGCAAATTGAAGTGTTTAAA
1 T-GCAAATTGAAGTGTTTAAA
*
62354761 TGCTATATTGAAGT
1 TGC-AAATTGAAGT
62354775 ACTTAAATGT
Statistics
Matches: 31, Mismatches: 2, Indels: 4
0.84 0.05 0.11
Matches are distributed among these distances:
20 2 0.06
21 13 0.42
22 16 0.52
ACGTcount: A:0.34, C:0.07, G:0.21, T:0.38
Consensus pattern (20 bp):
TGCAAATTGAAGTGTTTAAA
Found at i:62356543 original size:39 final size:39
Alignment explanation
Indices: 62356488--62356692 Score: 206
Period size: 41 Copynumber: 5.3 Consensus size: 39
62356478 CCGGTAAGAT
* *
62356488 CCGAAGC-TTTGTGCGAGATACTAAATCCGGGTTAAGTC
1 CCGAAGCATTCGTGCGAGTTACTAAATCCGGGTTAAGTC
*
62356526 CCGAAGCATTCGTGCGAGTTTA-TTAATCCGGGTTAAGTC
1 CCGAAGCATTCGTGCGAG-TTACTAAATCCGGGTTAAGTC
*
62356565 CCGAAGGCATTCGTGGCGAGTTATTAAATCCGGGTTAAGTC
1 CCGAA-GCATTCGT-GCGAGTTACTAAATCCGGGTTAAGTC
* ** *
62356606 CCGGAAGCAGTCTGTGCGAGTTGTTAAAT-CGGGTTATGTC
1 CC-GAAGCATTC-GTGCGAGTTACTAAATCCGGGTTAAGTC
* * * *
62356646 CCGAGGCATT-GTGTGAGTTACTAAA-CCGGGCTATGT-
1 CCGAAGCATTCGTGCGAGTTACTAAATCCGGGTTAAGTC
62356682 CCGAAGGCATT
1 CCGAA-GCATT
62356693 TGAACGAGAG
Statistics
Matches: 144, Mismatches: 14, Indels: 19
0.81 0.08 0.11
Matches are distributed among these distances:
36 4 0.03
37 26 0.18
38 7 0.05
39 36 0.25
40 25 0.17
41 41 0.28
42 5 0.03
ACGTcount: A:0.23, C:0.20, G:0.29, T:0.28
Consensus pattern (39 bp):
CCGAAGCATTCGTGCGAGTTACTAAATCCGGGTTAAGTC
Found at i:62356596 original size:41 final size:40
Alignment explanation
Indices: 62356437--62356692 Score: 218
Period size: 37 Copynumber: 6.6 Consensus size: 40
62356427 TAATGAATGC
* * * * *
62356437 ATCCGGGCTAAGTCCCGAAGGC-TTTGTGCTAAGTGA-TAT
1 ATCCGGGTTAAGTCCCGAAGGCATTCGTGC-GAGTTATTAA
* * *
62356476 ATCC-GG-TAAGAT-CCGAA-GC-TTTGTGCGAGATACTAA
1 ATCCGGGTTAAG-TCCCGAAGGCATTCGTGCGAGTTATTAA
62356512 ATCCGGGTTAAGTCCCGAA-GCATTCGTGCGAGTTTATT-A
1 ATCCGGGTTAAGTCCCGAAGGCATTCGTGCGAG-TTATTAA
62356551 ATCCGGGTTAAGTCCCGAAGGCATTCGTGGCGAGTTATTAA
1 ATCCGGGTTAAGTCCCGAAGGCATTCGT-GCGAGTTATTAA
* *
62356592 ATCCGGGTTAAGTCCCGGAA-GCAGTCTGTGCGAGTTGTTAA
1 ATCCGGGTTAAGTCCC-GAAGGCATTC-GTGCGAGTTATTAA
* * *
62356633 AT-CGGGTTATGTCCCG-AGGCATT-GTGTGAGTTACTAA
1 ATCCGGGTTAAGTCCCGAAGGCATTCGTGCGAGTTATTAA
* *
62356670 A-CCGGGCTATGT-CCGAAGGCATT
1 ATCCGGGTTAAGTCCCGAAGGCATT
62356693 TGAACGAGAG
Statistics
Matches: 187, Mismatches: 15, Indels: 32
0.80 0.06 0.14
Matches are distributed among these distances:
35 3 0.02
36 18 0.10
37 40 0.21
38 15 0.08
39 38 0.20
40 28 0.15
41 40 0.21
42 5 0.03
ACGTcount: A:0.24, C:0.20, G:0.29, T:0.28
Consensus pattern (40 bp):
ATCCGGGTTAAGTCCCGAAGGCATTCGTGCGAGTTATTAA
Found at i:62356601 original size:80 final size:77
Alignment explanation
Indices: 62356496--62356692 Score: 231
Period size: 80 Copynumber: 2.5 Consensus size: 77
62356486 ATCCGAAGCT
* *
62356496 TTGTGCGAGATACTAAATCCGGGTTAAGTCCCGAAGCATTC-GTGCGAGTT-TATTAATCCGGGT
1 TTGTGCGAGTTACTAAATCCGGGTTAAGTCCCGAAGCATTCTGTGCGAGTTGT-TAAAT-CGGGT
62356559 TAAGTCCCGAAGGCA
64 TAAGTCCCG-AGGCA
* *
62356574 TTCGTGGCGAGTTATTAAATCCGGGTTAAGTCCCGGAAGCAGTCTGTGCGAGTTGTTAAATCGGG
1 TT-GT-GCGAGTTACTAAATCCGGGTTAAGTCCC-GAAGCATTCTGTGCGAGTTGTTAAATCGGG
*
62356639 TTATGTCCCGAGGCA
63 TTAAGTCCCGAGGCA
* * *
62356654 TTGTGTGAGTTACTAAA-CCGGGCTATGT-CCGAAGGCATT
1 TTGTGCGAGTTACTAAATCCGGGTTAAGTCCCGAA-GCATT
62356693 TGAACGAGAG
Statistics
Matches: 103, Mismatches: 10, Indels: 14
0.81 0.08 0.11
Matches are distributed among these distances:
75 3 0.03
76 6 0.06
77 9 0.09
78 13 0.13
79 4 0.04
80 33 0.32
81 21 0.20
82 13 0.13
83 1 0.01
ACGTcount: A:0.23, C:0.19, G:0.29, T:0.28
Consensus pattern (77 bp):
TTGTGCGAGTTACTAAATCCGGGTTAAGTCCCGAAGCATTCTGTGCGAGTTGTTAAATCGGGTTA
AGTCCCGAGGCA
Found at i:62358182 original size:23 final size:23
Alignment explanation
Indices: 62358168--62358969 Score: 455
Period size: 23 Copynumber: 35.0 Consensus size: 23
62358158 TTGAGATGTA
62358168 AAAGTGCTGCAAATTGAAGTGCTT
1 AAAGTGCTGCAAATTGAAGTG-TT
*
62358192 AAA-TGCTGTAAATTGAAGTGTT
1 AAAGTGCTGCAAATTGAAGTGTT
62358214 AAAGTGCTGCAAATTGAAGTGTTT
1 AAAGTGCTGCAAATTGAAGTG-TT
* * *
62358238 GAA-TGCTGCAAATTTAATTGTTT
1 AAAGTGCTGCAAATTGAAGTG-TT
**
62358261 AAA-TGCTATAAATTGAAGTGCTT
1 AAAGTGCTGCAAATTGAAGTG-TT
*
62358284 AAA-TGTTGCAAATTGAAGTGTT
1 AAAGTGCTGCAAATTGAAGTGTT
* ** *
62358306 TAAG-GACTTAAAATTGTAGTGTT
1 AAAGTG-CTGCAAATTGAAGTGTT
* * * *
62358329 -TAGTTGCTGGACA-TGGAGATGTT
1 AAAG-TGCTGCAAATTGAAG-TGTT
** * * *
62358352 TTATTGCTG-TAATTGAGGTGTAT
1 AAAGTGCTGCAAATTGAAGTGT-T
* ** *
62358375 AAA-TGTTGTTAATTG-AGATGTA
1 AAAGTGCTGCAAATTGAAG-TGTT
62358397 AAAGTGCTGCAAATTGAAGTGCTT
1 AAAGTGCTGCAAATTGAAGTG-TT
*
62358421 AAA-TGCTGTAAATTGAAGTGTT
1 AAAGTGCTGCAAATTGAAGTGTT
*
62358443 AAAGTGTTGCAAATTGAAGTGTTT
1 AAAGTGCTGCAAATTGAAGTG-TT
* **
62358467 GAA-TGCTATAAATTGAAGTGTTT
1 AAAGTGCTGCAAATTGAAGTG-TT
** *
62358490 AAA-TGCTGTTAATTGATGTGCTT
1 AAAGTGCTGCAAATTGAAGTG-TT
*
62358513 AAA-TGTTGCAAATTGAAGTGTT
1 AAAGTGCTGCAAATTGAAGTGTT
* *
62358535 TAAGTACTGCAAATTGAAGTGTT
1 AAAGTGCTGCAAATTGAAGTGTT
* * *
62358558 -TAGTTGCTGGACATTG-AGATGTT
1 AAAG-TGCTGCAAATTGAAG-TGTT
** * * *
62358581 TTATTGCTG-TAATTGAGGTGTAT
1 AAAGTGCTGCAAATTGAAGTGT-T
* **
62358604 AAA-TGTTGTTAATTG-AGATGTT
1 AAAGTGCTGCAAATTGAAG-TGTT
* *
62358626 AAAGTGCTACAAATTGAAGTGTC
1 AAAGTGCTGCAAATTGAAGTGTT
62358649 AAAGTGCTGCAAATTGAAGTGTTT
1 AAAGTGCTGCAAATTGAAGTG-TT
* *
62358673 GAA-TGCTACAAATTGAAGTGTTT
1 AAAGTGCTGCAAATTGAAGTG-TT
* *
62358696 AAA-TGCTGTAAATTGATGTGCTT
1 AAAGTGCTGCAAATTGAAGTG-TT
* *
62358719 AAA-TGTTGCAAATTGAAGTATT
1 AAAGTGCTGCAAATTGAAGTGTT
* *
62358741 TAAGTACTGCAAATTGAAGTGTT
1 AAAGTGCTGCAAATTGAAGTGTT
* * *
62358764 -TAGTTGCTGGACATTG-AGATGTT
1 AAAG-TGCTGCAAATTGAAG-TGTT
** *
62358787 TTA-T-C-GCTATAATTGAGGTGTTT
1 AAAGTGCTGC-A-AATTGAAGTG-TT
* ** *
62358810 AAA-TGTTGTTAGTTG-AGATGTT
1 AAAGTGCTGCAAATTGAAG-TGTT
62358832 AAAGTGCTGCAAATTGAAGTGTT
1 AAAGTGCTGCAAATTGAAGTGTT
62358855 AAAGTGCTGCAAATTGAAGTGTTT
1 AAAGTGCTGCAAATTGAAGTG-TT
*
62358879 GAA-TGCTGCAAATTGAAGTGTTT
1 AAAGTGCTGCAAATTGAAGTG-TT
*
62358902 AAA-TGCTGTAAATTGAAGTGCTT
1 AAAGTGCTGCAAATTGAAGTG-TT
*
62358925 AAA-TGTTGCAAATTGAAGTGTT
1 AAAGTGCTGCAAATTGAAGTGTT
* * *
62358947 TAAG-GACTGAAAATTGTAGTGTT
1 AAAGTG-CTGCAAATTGAAGTGTT
62358970 TAGTTGCTGG
Statistics
Matches: 615, Mismatches: 119, Indels: 89
0.75 0.14 0.11
Matches are distributed among these distances:
20 1 0.00
21 2 0.00
22 83 0.13
23 493 0.80
24 35 0.06
25 1 0.00
ACGTcount: A:0.32, C:0.07, G:0.24, T:0.37
Consensus pattern (23 bp):
AAAGTGCTGCAAATTGAAGTGTT
Found at i:62358456 original size:206 final size:206
Alignment explanation
Indices: 62358157--62365854 Score: 2268
Period size: 206 Copynumber: 37.3 Consensus size: 206
62358147 AATGTTGTTA
** *
62358157 ATTGAGATGTA-AAAGTGCTGCAAATTGA-AGTGCTTAAATGCTGTAAATTGAAGTGTTAAAGTG
1 ATTGAGATGTATAAA-TGCTGTTAATTGAGA-TG-TAAAATGCTGTAAATTGAAGTGTTAAAGTG
* * * * *
62358220 CTGCAAATTGAAGTGTTTGAA-TGCTGCAAATTTAATTGTTTAAATGCTATAAATTGAAGTGCTT
63 CTGCAAATTGAAGTG-TTAAAGTGCTGCAAATTGAAGTGTTTGAATGCTATAAATTGAAGTGTTT
* * * * * * * * * *
62358284 AAATGTTGCAAATTGAAGTGTTTAAGGA-CTT-AAAATTGTAGTGTTT-AGTTGCTGGACATGG-
127 AAATGCTGTAAATTGATGTGCTTAA--ATGTTGCAAATTGAAGTGTTTAAG-TACTGCAAATGGA
*
62358345 AGATGTTTTA-TTGCTGTA-
189 AG-TG-TTTAGTTGCTGGAC
* * *
62358363 ATTGAGGTGTATAAATGTTGTTAATTGAGATGTAAAAGTGCTGCAAATTGAAGTGCTTAAA-TGC
1 ATTGAGATGTATAAATGCTGTTAATTGAGATGTAAAA-TGCTGTAAATTGAAGTG-TTAAAGTGC
* *
62358427 TGTAAATTGAAGTGTTAAAGTGTTGCAAATTGAAGTGTTTGAATGCTATAAATTGAAGTGTTTAA
64 TGCAAATTGAAGTGTTAAAGTGCTGCAAATTGAAGTGTTTGAATGCTATAAATTGAAGTGTTTAA
* *
62358492 ATGCTGTTAATTGATGTGCTTAAATGTTGCAAATTGAAGTGTTTAAGTACTGCAAATTGAAGTGT
129 ATGCTGTAAATTGATGTGCTTAAATGTTGCAAATTGAAGTGTTTAAGTACTGCAAATGGAAGTGT
62358557 TTAGTTGCTGGAC
194 TTAGTTGCTGGAC
* * * * * *
62358570 ATTGAGATGTTTTATTGCTG-TAATTGAGGTGTATAAATGTTGTTAATTG-AGATGTTAAAGTGC
1 ATTGAGATGTATAAATGCTGTTAATTGAGATGTA-AAATGCTGTAAATTGAAG-TGTTAAAGTGC
* * *
62358633 TACAAATTGAAGTGTCAAAGTGCTGCAAATTGAAGTGTTTGAATGCTACAAATTGAAGTGTTTAA
64 TGCAAATTGAAGTGTTAAAGTGCTGCAAATTGAAGTGTTTGAATGCTATAAATTGAAGTGTTTAA
* *
62358698 ATGCTGTAAATTGATGTGCTTAAATGTTGCAAATTGAAGTATTTAAGTACTGCAAATTGAAGTGT
129 ATGCTGTAAATTGATGTGCTTAAATGTTGCAAATTGAAGTGTTTAAGTACTGCAAATGGAAGTGT
62358763 TTAGTTGCTGGAC
194 TTAGTTGCTGGAC
** * * * * * *
62358776 ATTGAGATGT-TTTATCGCT-ATAATTGAGGTGTTTAAATGTTGTTAGTTG-AGATGTTAAAGTG
1 ATTGAGATGTATAAAT-GCTGTTAATTGAGATG-TAAAATGCTGTAAATTGAAG-TGTTAAAGTG
**
62358838 CTGCAAATTGAAGTGTTAAAGTGCTGCAAATTGAAGTGTTTGAATGCTGCAAATTGAAGTGTTTA
63 CTGCAAATTGAAGTGTTAAAGTGCTGCAAATTGAAGTGTTTGAATGCTATAAATTGAAGTGTTTA
* * * * *
62358903 AATGCTGTAAATTGAAGTGCTTAAATGTTGCAAATTGAAGTGTTTAAGGACTGAAAATTGTAGTG
128 AATGCTGTAAATTGATGTGCTTAAATGTTGCAAATTGAAGTGTTTAAGTACTGCAAATGGAAGTG
62358968 TTTAGTTGCTGGAC
193 TTTAGTTGCTGGAC
* * *
62358982 ATGGAGATGTTTTATCGCTGTATAAATGTTGTTAATTGAGATGTAAAAGTGCTGCAAATTGAAGT
1 AT-----TG----A--GATGTATAAATGCTGTTAATTGAGATGTAAAA-TGCTGTAAATTGAAGT
* * *
62359047 GCCTAAA-TGCTGTAAATTGAAGTGTTAAAGTGTTGCAAATTGAAGTGTTTGAATGCTATAAATT
54 G-TTAAAGTGCTGCAAATTGAAGTGTTAAAGTGCTGCAAATTGAAGTGTTTGAATGCTATAAATT
*
62359111 GAAATGTTTAAATGCTGTAAATTGATGTGCTTAAATGTTGCAAATTGAAGTGTTTAAGTACTGCA
118 GAAGTGTTTAAATGCTGTAAATTGATGTGCTTAAATGTTGCAAATTGAAGTGTTTAAGTACTGCA
*
62359176 AATTGAAGTGTTTAGTTGCTGGAC
183 AATGGAAGTGTTTAGTTGCTGGAC
** * * * *
62359200 ATTGAGATGT-TTTATCGCTG-TAATTGAGGTGTATAAATGTTGTTAATTG-AGATGTAAAAGTG
1 ATTGAGATGTATAAAT-GCTGTTAATTGAGATGTA-AAATGCTGTAAATTGAAG-TGTTAAAGTG
* * **
62359262 CTGCAAATTGAAGTGCTTAAA-TGCTGTAAATTGAAGTG-TTAAAGTGCTGCAAATTGAAGTGTT
63 CTGCAAATTGAAGTG-TTAAAGTGCTGCAAATTGAAGTGTTTGAA-TGCTATAAATTGAAGTGTT
* * * * ** * * ** *
62359325 TGAATGCTGCAAATTGAAT-TGTTTAAATGCTATAAATTGAAGTGCTTAAATGTTGCAAATTGAA
126 TAAATGCTGTAAATTG-ATGTGCTTAAATGTTGCAAATTGAAGTGTTTAAGTACTGCAAATGGAA
* *
62359389 GTGTTTAAG--GACTGAAA
190 GTGTTT-AGTTG-CTGGAC
* * ** * *** *
62359406 ATTGTAG-TCTTTAGTTGCTG-GACATTGAGATGTTTTATCGCTGT-AATTGAGGTGTATAAA-T
1 ATTG-AGATGTATAAATGCTGTTA-ATTGAGATGTAAAAT-GCTGTAAATTGAAGTGT-TAAAGT
* ** * *
62359467 GTTGTTAATTG-AGATG-TAAAGTGCTGCAAATTGAAGT-TCTTAAATGCTGTAAATTGAAGTG-
62 GCTGCAAATTGAAG-TGTTAAAGTGCTGCAAATTGAAGTGT-TTGAATGCTATAAATTGAAGTGT
* * * * * ** * * * * *
62359528 TTAAAGTGCTGCAAATTGAAGTGTTTGAATGCTATAAATTGAGGTGTTTAAATGCTGTAAATTGA
125 TTAAA-TGCTGTAAATTGATGTGCTTAAATGTTGCAAATTGAAGTGTTTAAGTACTGCAAATGGA
* * *** * * *
62359593 TGTGCTTAAACGTTGCAA
189 AGTGTTTAGTTGCTGGAC
* * * ** * * ** * * **
62359611 ATTGA-AGTGTTTAAGTACTGCAAATTCA-AGTGTTTAGTTGCTGGACATTG-AGATGTTTTA-T
1 ATTGAGA-TGTATAAATGCTGTTAATTGAGA-TG-TAAAATGCTGTAAATTGAAG-TGTTAAAGT
* * * * ** ** *
62359672 CACTG-TAATTGAGGTGTATAAA-TGTTGTTAATTG-AGATG-TAAAAGTGCTTTAAATTGAAGT
62 -GCTGCAAATTGAAGTGT-TAAAGTGCTGCAAATTGAAG-TGTTTGAA-TGCTATAAATTGAAGT
* * * * * * * * * *
62359733 G-TTAAAGTGCTGCAAATTGAAGTGTTTGAATGCTGCCAATTGAAGTGTTTAAATGCTGTAAATT
123 GTTTAAA-TGCTGTAAATTGATGTGCTTAAATGTTGCAAATTGAAGTGTTTAAGTACTGCAAATG
* ** * * *
62359797 GAA-TGCTTAAATGTTGCAA
187 GAAGTGTTTAGTTGCTGGAC
* * * * * **** * * **
62359816 ATTGA-AGTGTTTAAGTACTG-AAATT-AAAGTGTTTGTTGCTGGACATTG-AGATGTTTTA-TC
1 ATTGAGA-TGTATAAATGCTGTTAATTGAGA-TGTAAAATGCTGTAAATTGAAG-TGTTAAAGT-
* * * * ** **
62359876 GCTG-TAATTGAGGTGTATAAA-TGTTTG-TAATTG-AGATG-TAAAAGTGCTGCAAATTGAAGC
62 GCTGCAAATTGAAGTGT-TAAAGTG-CTGCAAATTGAAG-TGTTTGAA-TGCTATAAATTGAAG-
* * * * *
62359936 T-CTTAAATGCTGTAAATTGAAGT-TTTAAAGTGCTGCAAATTGAAGTGTTTGAA-TTCTGCAAA
122 TGTTTAAATGCTGTAAATTGATGTGCTTAAA-TGTTGCAAATTGAAGTGTTT-AAGTACTGCAAA
* ** ** *
62359998 TTGAAGTGTTTAAATGCTATAA
185 TGGAAGTGTTTAGTTGCTGGAC
* ** ** * ** * *
62360020 ATTGA-A-GTACTTAAATGTTGCAAATTGA-AGTGTTTAAGGACTAAAAATTGTAGTGTT-TAGT
1 ATTGAGATGTA--TAAATGCTGTTAATTGAGA-TGTAAAATG-CTGTAAATTGAAGTGTTAAAG-
* * * ** * * * * * * *
62360081 TGCTGGACA-TGGAGATGTTTTA-TCGCTG-TAATTGAGGTGTATAAATGTTGTTAATTG-AGAT
61 TGCTGCAAATTGAAG-TGTTAAAGT-GCTGCAAATTGAAGTGTTTGAATGCTATAAATTGAAG-T
* * * * * * ** *
62360142 G-TAAAAGTGCTGCAAATTGAAGTGCTTAAATGCTGTAAATTGAAGTGTTAAAGTGTTGCAAATT
123 GTTTAAA-TGCTGTAAATTGATGTGCTTAAATGTTGCAAATTGAAGTGTTTAAGTACTGCAAATG
* ** *
62360206 GAAGTGTTT-GAATGCTATAA
187 GAAGTGTTTAG-TTGCTGGAC
* * * * * * * *
62360226 ATTGAAATGTTTAAATGCTGTAAATTGATG-TGCTTAAATGTTGCAAATTGAAGTGTTTAAGTAC
1 ATTGAGATGTATAAATGCTGTTAATTGA-GATG-TAAAATGCTGTAAATTGAAGTGTTAAAGTGC
* * * * * * * *
62360290 TACAAATTGAAGTGTT-TAGTTGCTGGACATTG-AGATGTTT-TATCGCTGT-AATTGATGTGTA
64 TGCAAATTGAAGTGTTAAAG-TGCTGCAAATTGAAG-TGTTTGAAT-GCTATAAATTGAAGTGTT
* * * * * * * * *
62360351 TAAATGTTGTTAATTGA-GATG-TAAAAGTGCTGCAAATTGAAGTGCTTAAATGCTGTAAATTGA
126 TAAATGCTGTAAATTGATG-TGCTTAAA-TGTTGCAAATTGAAGTGTTTAAGTACTGCAAATGGA
* * *
62360414 AGTGTTAAAG-TGCTGCAA
189 AGTGTT-TAGTTGCTGGAC
* * ** * *
62360432 ATTGA-AGTGTTTGAATGCTGCAAATTGA-ATTGTTTAAATGCTATAAATTGAAGTGCTTAAA-T
1 ATTGAGA-TGTATAAATGCTGTTAATTGAGA-TG-TAAAATGCTGTAAATTGAAGTG-TTAAAGT
* * * * * ** *
62360494 GTTGCAAATTGAAGTGTTTAAGTACTGAAAATTGAAGTGTTT-AGTTGCTGGACA-TG-AGATGT
62 GCTGCAAATTGAAGTGTTAAAGTGCTGCAAATTGAAGTGTTTGA-ATGCTATAAATTGAAG-TGT
* * ** ** * *
62360556 TT-TATCGCTGT-AATTGAGGTG-TATAAATGTTGTTAATTG-AGATGTAAAAGTGCTGCAAATT
125 TTAAAT-GCTGTAAATTGATGTGCT-TAAATGTTGCAAATTGAAG-TGTTTAAGTACTGCAAATG
* ** *
62360617 GAAGTGCTTAAATGCT-GAA
187 GAAGTGTTTAGTTGCTGGAC
** **
62360636 ATTGA-AGTGT-TAAAGTG-TGCAAATTGA-AGTGTTTGAATGC--TAAATTGAAGTGTTTAAA-
1 ATTGAGA-TGTATAAA-TGCTGTTAATTGAGA-TG-TAAAATGCTGTAAATTGAAGTG-TTAAAG
* * * * **
62360694 TGCTGTAAATTGATGTGCTTAAA-TGTTGCAAATTGAAGTGTTT-AAGTACTGCAAATTGAAGTG
61 TGCTGCAAATTGAAGTG-TTAAAGTGCTGCAAATTGAAGTGTTTGAA-TGCTATAAATTGAAGTG
** * * ** * * * * * ** ** *
62360757 TTTAGTTGCTGGACATTGA-GATG-TTTTATCGCTG-TAATTGAGGTGTATAAATGTTGTTAATT
124 TTTAAATGCTGTAAATTGATG-TGCTTAAAT-GTTGCAAATTGAAGTGTTTAAGTACTGCAAATG
* * *
62360819 G-AGATGTTAAAG-TGCTGCAA
187 GAAG-TGTT-TAGTTGCTGGAC
* ** ** **
62360839 AATGA-AGTGT-TAAAGTGCTGCAAATTGA-AGTGTTTGAATGCTACAAATTGAAGTGTTTAAA-
1 ATTGAGA-TGTATAAA-TGCTGTTAATTGAGA-TG-TAAAATGCTGTAAATTGAAGTG-TTAAAG
* * * * * **
62360900 TGCTGTAAATTGATGTGCTTAAA-TGTTGCAAATTGAAGTATTT-AAGTACTGCAAATTGAAGTG
61 TGCTGCAAATTGAAGTG-TTAAAGTGCTGCAAATTGAAGTGTTTGAA-TGCTATAAATTGAAGTG
** * * * * * * * * ** **
62360963 TTTAGTTGCTGGACATTGA-GATG-TT--TTATCGCTATAATTG-AGGGTATAAATGTTGTTAAT
124 TTTAAATGCTGTAAATTGATG-TGCTTAAATGTTGC-A-AATTGAAGTGTTTAAGTACTGCAAAT
* * * *
62361023 TG-AGATGTTAAAG-TGCTGCAA
186 GGAAG-TGTT-TAGTTGCTGGAC
** ** *
62361044 ATTGA-AGTGT-TAAAGTGCTGCAAATTGA-AGTGTTTGAATGCTGCAAATTGAAGTGTTTAAA-
1 ATTGAGA-TGTATAAA-TGCTGTTAATTGAGA-TG-TAAAATGCTGTAAATTGAAGTG-TTAAAG
* * * *
62361105 TGCTGTAAATTGAAGTGCTTAAA-TGTTGCAAATTGAAGTGTTT-AAGGAT-TGCAAATTGAAGT
61 TGCTGCAAATTGAAGTG-TTAAAGTGCTGCAAATTGAAGTGTTTGAATGCTAT--AAATTGAAGT
* * * ** * * * * * ** **
62361167 GTTT-AGTGGCTGGACATTGA-GATG-TTTTATCGCTG-TAATTGAGGTGTATAAATGTTGTTAA
123 GTTTAAAT-GCTGTAAATTGATG-TGCTTAAAT-GTTGCAAATTGAAGTGTTTAAGTACTGCAAA
* ** * *
62361228 TTG-AGATGTAAAAG-TGCTGCAA
185 TGGAAG-TGT-TTAGTTGCTGGAC
* * * *
62361250 ATTGA-AGTGCT-TAAATGCTGTAAATTGA-AGTGTTAAAGTGCTGCAAATTGAAGTGTTTGAA-
1 ATTGAGA-TG-TATAAATGCTGTTAATTGAGA-TG-TAAAATGCTGTAAATTGAAGTG-TTAAAG
* * * * **
62361311 TGCTGCAAATTGAAGTGTTTAAA-TGCTGTAAATTGAAGTGCTTAAATGTTGCAAATTGAAGTGT
61 TGCTGCAAATTGAAGTG-TTAAAGTGCTGCAAATTGAAGTGTTTGAATGCTATAAATTGAAGTGT
* * * * * ** * * * * **
62361375 TTAAGTAC--CAAATTGAAGTGTTTAGTTGCTGGACATTG-AGATGTTTTA-T-C-GCTGTAT--
125 TTAAATGCTGTAAATTGATGTGCTTAAATGTTGCAAATTGAAG-TGTTTAAGTACTGC-AAATGG
*
62361432 AAATG-TT-G-T--T--A-
188 AAGTGTTTAGTTGCTGGAC
** *
62361443 ATTGAGATGTA-AAAGTGCTGCAAATTGA-AGTGCTTAAATGCTGTAAATTGAAGTGTTAAAGTG
1 ATTGAGATGTATAAA-TGCTGTTAATTGAGA-TG-TAAAATGCTGTAAATTGAAGTGTTAAAGTG
* * * * *
62361506 CTGCAAATTGAAGTGTTTGAA-TGCT--ATAATTGAAGTGTTTAAATGCTGTAAATTGATGTGCT
63 CTGCAAATTGAAGTG-TTAAAGTGCTGCA-AATTGAAGTGTTTGAATGCTATAAATTGAAGTGTT
* * * * * ** * * * *
62361568 TAAATGTTGCAAATTGAAGTGTTTAAGTACTGCAAATTGAAGTGTTT-AGTTGCTGGACATTG-A
126 TAAATGCTGTAAATTGATGTGCTTAAATGTTGCAAATTGAAGTGTTTAAG-TACTGCAAATGGAA
* *
62361631 GATGTTTTA-TCGCTGTA-
190 G-TG-TTTAGTTGCTGGAC
* * *
62361648 ATTGAGGTGTATAAATGTTGTTAATTGAGATGTAAAAGTGCTGCAAATTGAAGTGCTTAAA-TGC
1 ATTGAGATGTATAAATGCTGTTAATTGAGATGTAAAA-TGCTGTAAATTGAAGTG-TTAAAGTGC
* **
62361712 TGTAAATTGAAGTGTTAAAGTGCTGCAAATTGAAGTGTTTGAATGCTGCAAATTGAAGTGTTTAA
64 TGCAAATTGAAGTGTTAAAGTGCTGCAAATTGAAGTGTTTGAATGCTATAAATTGAAGTGTTTAA
* * *
62361777 ATGCTGTAAATTGAAGTGCTTAAATGTTGCAAATTGAAGTGTTTAAGTACTGTAAATTGAAGTGT
129 ATGCTGTAAATTGATGTGCTTAAATGTTGCAAATTGAAGTGTTTAAGTACTGCAAATGGAAGTGT
62361842 TTAGTTGCTGGAC
194 TTAGTTGCTGGAC
** * * *
62361855 ATTGAGATGT-TTTATCGCTG-TAATTGAGGTGTATAAATGTTGTTAATTG-AGATG-TAAAGTG
1 ATTGAGATGTATAAAT-GCTGTTAATTGAGATGTA-AAATGCTGTAAATTGAAG-TGTTAAAGTG
* *
62361916 CTGCAAATTGAAGTCTTAAA-TGCTGTAAATTGAAGTGTTTGAATGCTATAAATTGAAGTGTTTA
63 CTGCAAATTGAAGTGTTAAAGTGCTGCAAATTGAAGTGTTTGAATGCTATAAATTGAAGTGTTTA
*
62361980 AATGCTGTAAATTGATGTG-TTAAATGTTGCAAATT-AAGT-TTTAAGTACTGCAAATTGAAGTG
128 AATGCTGTAAATTGATGTGCTTAAATGTTGCAAATTGAAGTGTTTAAGTACTGCAAATGGAAGTG
62362042 TTTAGTTGCTGGAC
193 TTTAGTTGCTGGAC
** * * * *
62362056 ATTGAGATGT-TTTATCGCTG-TAATTGAGGTGTATAAATGTTGTTAATTG-AGATGTAAAAGTG
1 ATTGAGATGTATAAAT-GCTGTTAATTGAGATGTA-AAATGCTGTAAATTGAAG-TGTTAAAGTG
* **
62362118 CTGCAAATTGAAGTGCTTAAA-TGCTG-AAATTGAAGTG-TTAAAGTGCTGCAAATTGAAGTGTT
63 CTGCAAATTGAAGTG-TTAAAGTGCTGCAAATTGAAGTGTTTGAA-TGCTATAAATTGAAGTGTT
* * * * * * * * * ** *
62362180 TGAATGCTATAAATTGAAGTGTTTAAATGCTG-TAATTGATGTGCTTAAATGTTGCAAATTGAAG
126 TAAATGCTGTAAATTGATGTGCTTAAATGTTGCAAATTGAAGTGTTTAAGTACTGCAAATGGAAG
* * *
62362244 TGTTTAAG-TACTGCAA
191 TGTTT-AGTTGCTGGAC
* ** * *** *
62362260 ATTGA-AGTGTTTAGTTGCTG-GACATTGAGATGTTTTATGCTGT-AATTGAGGTGTATAAA-TG
1 ATTGAGA-TGTATAAATGCTGTTA-ATTGAGATGTAAAATGCTGTAAATTGAAGTGT-TAAAGTG
* ** * * **
62362321 TTGTTAATTG-AGATGTTAAAGTGCTGCAAAATGAAGTG-TTAAAGTGCTGCAAATTGAAGTGTT
63 CTGCAAATTGAAG-TGTTAAAGTGCTGCAAATTGAAGTGTTTGAA-TGCTATAAATTGAAGTGTT
* ** * * * * * * * ** *
62362384 TGAATGCTACAAATTGAAGTGTTTAAATGCTGTAAATTGATGTGCTTAAATGTTGCAAATTGAAG
126 TAAATGCTGTAAATTGATGTGCTTAAATGTTGCAAATTGAAGTGTTTAAGTACTGCAAATGGAAG
* * *
62362449 TGTTTAAG-TACTGCAA
191 TGTTT-AGTTGCTGGAC
* ** * *** *
62362465 ATTGA-AGTGTTTAGTTGCTG-GACATTGAGATGTTTTATCGCTGT-AATTGAGGTGTTAAA-TG
1 ATTGAGA-TGTATAAATGCTGTTA-ATTGAGATGTAAAAT-GCTGTAAATTGAAGTGTTAAAGTG
* ** * **
62362526 TTGTTAATTG-AGATG-TAAAGTGCTGCAAATTGAAGTG-TTAAAGTGCTGCAAATTGAAGTGTT
63 CTGCAAATTGAAG-TGTTAAAGTGCTGCAAATTGAAGTGTTTGAA-TGCTATAAATTGAAGTGTT
* * * * * * * * ** *
62362588 TGAATGCTGCAAATTGAAGTGTTTAAATGCTGTAAATTGAAGTGCTTAAATGTTGCAAATTGAAG
126 TAAATGCTGTAAATTGATGTGCTTAAATGTTGCAAATTGAAGTGTTTAAGTACTGCAAATGGAAG
* *
62362653 TGTTTAG--GACTGCAA
191 TGTTTAGTTG-CTGGAC
* ** * *** *
62362668 ATTGA-AGTGTTTAGTTGCTG-GACA-TGAGATGTTTTATCGCTGT-AATTGAGGTGTATAAA-T
1 ATTGAGA-TGTATAAATGCTGTTA-ATTGAGATGTAAAAT-GCTGTAAATTGAAGTGT-TAAAGT
* ** * * *
62362728 GTTGTTAATTG-AGATG-TAAAGTGCTGCAAATTGAAGTGCTTAAATGCTGTAAATTGAAGTG-T
62 GCTGCAAATTGAAG-TGTTAAAGTGCTGCAAATTGAAGTGTTTGAATGCTATAAATTGAAGTGTT
* * * * * * * * *
62362790 TAAAGTGCTGCAAATTGAAGTGTTTGAATGCTGCAAATTGAAGTGTTTAAATGCTGTAAATTGAA
126 TAAA-TGCTGTAAATTGATGTGCTTAAATGTTGCAAATTGAAGTGTTTAAGTACTGCAAATGGAA
* ** * * *
62362855 GTGCTTAAATGTTGCAA
190 GTGTTTAGTTGCTGGAC
* * * ** * ** * * *
62362872 ATTGA-AGTGTTTAAGTACCTGAAAATTGA-AGTGTTTAGTTGCTGGACATGGAGATGTTTTATC
1 ATTGAGA-TGTATAAAT-GCTGTTAATTGAGA-TG-TAAAATGCTGTAAATTGA-A-G-----T-
* * ** * * * *
62362935 GCTGTATAAATGTTGTTAATTG-AGATGTAAAAGTGCTGCAAATTGAAGTGCTTAAATGCTGTAA
54 G-T-TA-AAGTGCTGCAAATTGAAG-TGTTAAAGTGCTGCAAATTGAAGTGTTTGAATGCTATAA
* * * * * ** * *
62362999 ATTGAAGTG-TTAAAGTGCTGCAAATTGAAGTGTTTGAATGCTATAAATTGAAGTGTTTAAATGC
115 ATTGAAGTGTTTAAA-TGCTGTAAATTGATGTGCTTAAATGTTGCAAATTGAAGTGTTTAAGTAC
* * * * ** * * *
62363063 TGTAAATTGATGTGCTTAAATGTTGCAA
179 TGCAAATGGAAGTGTTTAGTTGCTGGAC
* * * ** * ** * * **
62363091 ATTGA-AGTGTTTAAGTACTGCAAATTGA-AGTGTTTAGTTGCTGGACATTG-AGATGTTTTA-T
1 ATTGAGA-TGTATAAATGCTGTTAATTGAGA-TG-TAAAATGCTGTAAATTGAAG-TGTTAAAGT
* * * ** ** **
62363152 CGCTG-TAATTGAGGTGTATAAA-TGTTGTTAATTG-AGATG-TAAAAGTGCTGCAAATTGAA-T
62 -GCTGCAAATTGAAGTGT-TAAAGTGCTGCAAATTGAAG-TGTTTGAA-TGCTATAAATTGAAGT
* * * *
62363212 GCTTAAATGCTGTAAATTGAAGTG-TTAAAGTGCTGCAAATT-AAGTGTTTGAA-TGCTGCAAAT
123 GTTTAAATGCTGTAAATTGATGTGCTTAAA-TGTTGCAAATTGAAGTGTTT-AAGTACTGCAAAT
* ** * *
62363274 TGAAGTGTTTAAATGCTGTAA
186 GGAAGTGTTTAGTTGCTGGAC
* ** * * * * *
62363295 ATTGA-AGTGCT-TAAATGTTGCAAATTGA-AGTGTTTAACTACTGTAAATTAAAGTGTT-TAGT
1 ATTGAGA-TG-TATAAATGCTGTTAATTGAGA-TG-TAAAATGCTGTAAATTGAAGTGTTAAAG-
* * ** * * * * * * *
62363356 TGCTGGACATTG-AGATGTTTTA-TCGCTG-TAATTGAGGTGTATAAATGTTGTTAATTG-AGAT
61 TGCTGCAAATTGAAG-TGTTAAAGT-GCTGCAAATTGAAGTGTTTGAATGCTATAAATTGAAG-T
* * * * * **
62363417 G-TTAAAGTGCTGCAAATTGAAGTGCTTAAATGCTGTAAATTGAAGTGTTTGAA-TGCTATAAAT
123 GTTTAAA-TGCTGTAAATTGATGTGCTTAAATGTTGCAAATTGAAGTGTTT-AAGTACTGCAAAT
* ** * *
62363480 TGAAGTGTTTAAATGCTGTAA
186 GGAAGTGTTTAGTTGCTGGAC
* ** * * * * *
62363501 ATTGATG-TGGT-TAAATGTTGCAAATTGA-AGTGTTTAAGTACTGCAAATTGAAGTGTT-TAGT
1 ATTGA-GAT-GTATAAATGCTGTTAATTGAGA-TG-TAAAATGCTGTAAATTGAAGTGTTAAAG-
* * ** * * * * * * *
62363562 TGCTGGACATTG-AGATGTTTTA-TCGCTG-TAATTGAGGTGTATAAATGTTGTTAATTG-AGAT
61 TGCTGCAAATTGAAG-TGTTAAAGT-GCTGCAAATTGAAGTGTTTGAATGCTATAAATTGAAG-T
* * * * * * * *
62363623 G-TAAAAGTGCTGCAAATTGAAGTGCTTAAATGCTGTAAATTGAAGTGTTAAAGTGCTGCAAATT
123 GTTTAAA-TGCTGTAAATTGATGTGCTTAAATGTTGCAAATTGAAGTGTTTAAGTACTGCAAATG
* * *
62363687 GAAGTGTTT-GAATGCTGCAA
187 GAAGTGTTTAG-TTGCTGGAC
* * * * * * *
62363707 ATTGA-AGTGTTTAAATGCTATAAATTGA-AGTGCTTAAATGTTGCAAATTGAAGTGTTTAAG-G
1 ATTGAGA-TGTATAAATGCTGTTAATTGAGA-TG-TAAAATGCTGTAAATTGAAGTGTTAAAGTG
* * * * * * * * *
62363769 ACTGAAAATTGTAGTGTT-TAGTTGCTGGACA-TGGAGATGTTT-TATCGCTGT-AATTGAGGTG
63 -CTGCAAATTGAAGTGTTAAAG-TGCTGCAAATTGAAG-TGTTTGAAT-GCTATAAATTGAAGTG
* * * * * * * * * *
62363830 TATAAATGTTGTTAATTGA-GATG-TAAAAGTGCTGCAAATTGAAGTGCTTAAATGCTGTAAATT
124 TTTAAATGCTGTAAATTGATG-TGCTTAAA-TGTTGCAAATTGAAGTGTTTAAGTACTGCAAATG
* * *
62363893 GAAGTGTTAAAG-TGCTGCAA
187 GAAGTGTT-TAGTTGCTGGAC
* * ** *
62363913 ATTGA-AGTGTTTGAATGCTGCAAATTGA-AGTGTTTAAATGCTGTAAATTGAAGTGCTTAAA-T
1 ATTGAGA-TGTATAAATGCTGTTAATTGAGA-TG-TAAAATGCTGTAAATTGAAGTG-TTAAAGT
* * * * * ** *
62363975 GTTGCAAATTGAAGTGTTTAAGTACTGTAAATTGAAGTGTTT-AGTTGCTGGACATTG-AGATGT
62 GCTGCAAATTGAAGTGTTAAAGTGCTGCAAATTGAAGTGTTTGA-ATGCTATAAATTGAAG-TGT
* * * ** *
62364038 TT-TATCGCTGT-AATTGTTAAT-TGAGTGTAAAAG-TGTTAATTG-AGATG--TAAGTGCTGCA
125 TTAAAT-GCTGTAAATTG---ATGTG-CT-TAAATGTTGCAAATTGAAG-TGTTTAAGTACTGCA
* * ** * *
62364096 AATTGAAGTGCTTAAATGCTGTAA
183 AATGGAAGTGTTTAGTTGCTGGAC
** ** *
62364120 ATTGA-AGTGT-TAAAGTGCTGCAAATTGA-AGTGTTTGAATGCTGCAAATTGAAGTGTTTAAA-
1 ATTGAGA-TGTATAAA-TGCTGTTAATTGAGA-TG-TAAAATGCTGTAAATTGAAGTG-TTAAAG
* *
62364181 TGCTGTAAATTGAAGTGCTTAAA-TGTTGCAAATTGAAGTGTTT-AA-G--A-AAATT--AGTGT
61 TGCTGCAAATTGAAGTG-TTAAAGTGCTGCAAATTGAAGTGTTTGAATGCTATAAATTGAAGTGT
** * * * ** **
62364238 TTAGTTGCTGGACATGGAGATGTTTTATCGCTGTATAAATGTTGTTAATTG-AGATGTAAAAGT-
125 TTAAATGCTGTAAAT--TGATG-----T-GC--T-TAAATGTTGCAAATTGAAG-TGTTTAAGTA
* * ** * *
62364301 CTGCAAATTGAAGTGCTTAAATGCTGAAA
178 CTGCAAATGGAAGTGTTTAGTTGCTGGAC
* ** ** *
62364330 ATTGA-AGTGT-TAAAGTGTTGCAAATTGA-AGTGTTTGAATGCTATAAATTGAAGTGTTTAAA-
1 ATTGAGA-TGTATAAA-TGCTGTTAATTGAGA-TG-TAAAATGCTGTAAATTGAAGTG-TTAAAG
* * * * **
62364391 TGCTGTAAATTGATGTGCTTAAA-TGTTGCAAATTGAAGTGTTT-AAGTACTGCAAATTGAAGTG
61 TGCTGCAAATTGAAGTG-TTAAAGTGCTGCAAATTGAAGTGTTTGAA-TGCTATAAATTGAAGTG
** * * ** * * * * * ** ** *
62364454 TTTAGTTGCTGGACATTGA-GATG-TTTTATCGCTG-TAATTGAGGTGTATAAATGTTGTTAATT
124 TTTAAATGCTGTAAATTGATG-TGCTTAAAT-GTTGCAAATTGAAGTGTTTAAGTACTGCAAATG
** * *
62364516 G-AGATGTAAAAG-TGCTGCAA
187 GAAG-TGT-TTAGTTGCTGGAC
* * * *
62364536 ATTGA-AGTGCT-TAAATGCTGTAAATTGA-AGTGTTAAAGTGCTGCAAATTGAAGTGTTTGAA-
1 ATTGAGA-TG-TATAAATGCTGTTAATTGAGA-TG-TAAAATGCTGTAAATTGAAGTG-TTAAAG
* * * * **
62364597 TGCTGCAAATTGAAGTGTTTAAA-TGCTGTAAATTGAAGTGCTTAAATGTTGCAAATTGAAGTGT
61 TGCTGCAAATTGAAGTG-TTAAAGTGCTGCAAATTGAAGTGTTTGAATGCTATAAATTGAAGTGT
* * * * *** * * * * * * *
62364661 TTAACTACTGTAAATTAAAGTG-TTTGTTGCTGGACATTG-AGATGTTTTA-TCGCTG-TAATTG
125 TTAAATGCTGTAAATTGATGTGCTTAAATGTTGCAAATTGAAG-TGTTTAAGT-ACTGCAAATGG
* * ** * *
62364722 AGGTGTATAAATGTTGTTA-
188 AAGTGTTTAGTTGCTG-GAC
* ** * *
62364741 ATTGAGATGTA-AAGTGCTGCAAATTGA-AGTGCTTAAATGCTGTAAATTGAAGTGTTTGAA-TG
1 ATTGAGATGTATAAATGCTGTTAATTGAGA-TG-TAAAATGCTGTAAATTGAAGTG-TTAAAGTG
** * * * * * ** * *
62364803 CTATAAAATTGAAGTGTTTAAA-TGCTGTAAATTGATGTGGTTAAATGTTGCAAATTAAAGTTTT
63 CT-GCAAATTGAAGTG-TTAAAGTGCTGCAAATTGAAGTGTTTGAATGCTATAAATTGAAGTGTT
* * * * * * ** * * * * * * *
62364867 TAAGTACAGCAAATTGAAGTGTTTAGTTGCTGGACATTG-AGATGTTTTA-TCGCTG-TAATTGA
126 TAAATGCTGTAAATTGATGTGCTTAAATGTTGCAAATTGAAG-TGTTTAAGT-ACTGCAAATGGA
* * ** * *
62364929 GGTGTATAAATGTTGTTA-
189 AGTGTTTAGTTGCTG-GAC
** *
62364947 ATTGAGATGTA-AAAGTGCTGCAAATTGA-AGTGCTTAAATGCTGTAAATTGAAGTGTTAAAGTG
1 ATTGAGATGTATAAA-TGCTGTTAATTGAGA-TG-TAAAATGCTGTAAATTGAAGTGTTAAAGTG
* * * *
62365010 CTGCAAATTGAAGTGTTTGAA-TGCTGCAAATTGAAGTGTTTAAATGCTGTAAATTGAAGTGCTT
63 CTGCAAATTGAAGTG-TTAAAGTGCTGCAAATTGAAGTGTTTGAATGCTATAAATTGAAGTGTTT
* * * * * * * * * * *
62365074 AAATGTTGCAAATTGAAGTG-TTTAAGGACTGAAAATTGTAGTGTTT-AGTTGCTGGACATGG-A
127 AAATGCTGTAAATTGATGTGCTTAAATG-TTGCAAATTGAAGTGTTTAAG-TACTGCAAATGGAA
* *
62365136 GATGTTTTA-TCGCTGTA-
190 G-TG-TTTAGTTGCTGGAC
* * * *
62365153 ATTGAGGTGTATAAATGTTGTTAATTGAGATGTAAAAGTTCTGCAAATTGAAGTGCTTAAA-TGC
1 ATTGAGATGTATAAATGCTGTTAATTGAGATGTAAAA-TGCTGTAAATTGAAGTG-TTAAAGTGC
* **
62365217 TGTAAATTGAAGTGTTAAAGTGCTGCAAATTGAAGTGTTTGAATGCTGCAAATTGAAGTGTTTAA
64 TGCAAATTGAAGTGTTAAAGTGCTGCAAATTGAAGTGTTTGAATGCTATAAATTGAAGTGTTTAA
* * * *
62365282 ATGCTGTAAATTGAAGTGCTTAAATGTTGCAAATTGAAGTGTTTAAGGT-CTGAAAATTGTAGTG
129 ATGCTGTAAATTGATGTGCTTAAATGTTGCAAATTGAAGTGTTTAA-GTACTGCAAATGGAAGTG
62365346 TTTAGTTGCTGGAC
193 TTTAGTTGCTGGAC
* * **
62365360 ATGGAGATGTTTTATCGCTGTATAAATGTTGTTAATTGAGATGTAAAAGTGCTACAAATTGAAGT
1 AT-----TG----A--GATGTATAAATGCTGTTAATTGAGATGTAAAA-TGCTGTAAATTGAAGT
* * *
62365425 GCTT-AAGTGTTGTAAATTGAAGTGTTAAAGTGTTGCAAATTGAAGTGTTTGAATGCTATAAATT
54 G-TTAAAGTGCTGCAAATTGAAGTGTTAAAGTGCTGCAAATTGAAGTGTTTGAATGCTATAAATT
62365489 GAAGTGTTTAAATGCTGTAAATTGATGTGCTTAAATGTTGCAAATTGAAGTGTTTAAGTACTGCA
118 GAAGTGTTTAAATGCTGTAAATTGATGTGCTTAAATGTTGCAAATTGAAGTGTTTAAGTACTGCA
*
62365554 AATTGAAGTGTTTAGTTGCTGGAC
183 AATGGAAGTGTTTAGTTGCTGGAC
* * * * * *
62365578 ATTGAGATGTTTTATTGCTG-TAATTGAGGTGTATAAATGTTGTTAATTG-AGATGTTAAAGTGC
1 ATTGAGATGTATAAATGCTGTTAATTGAGATGTA-AAATGCTGTAAATTGAAG-TGTTAAAGTGC
* *
62365641 TGCAAAATGAAGTGTTAAAGTGCTGCAAATTGAAGTGTTTGAATGCTACAAATTGAAGTGTTTAA
64 TGCAAATTGAAGTGTTAAAGTGCTGCAAATTGAAGTGTTTGAATGCTATAAATTGAAGTGTTTAA
* * *
62365706 ATGCTGTAAATTGATGTGCTTAAATGTTGCAAATTGAAGTATTTAAGTACTGCAAATTGAAGCGT
129 ATGCTGTAAATTGATGTGCTTAAATGTTGCAAATTGAAGTGTTTAAGTACTGCAAATGGAAGTGT
62365771 TTAGTTGCTGGAC
194 TTAGTTGCTGGAC
** * * * * * *
62365784 ATTGAGATGT-TTTATCGCT-ATAATTGAGGTGTTTAAATGTTGTTAGTTG-AGATGTTAAAGTG
1 ATTGAGATGTATAAAT-GCTGTTAATTGAGATG-TAAAATGCTGTAAATTGAAG-TGTTAAAGTG
62365846 CTGCAAATT
63 CTGCAAATT
62365855 TGTTGGAGCT
Statistics
Matches: 6307, Mismatches: 799, Indels: 772
0.80 0.10 0.10
Matches are distributed among these distances:
191 1 0.00
192 42 0.01
193 69 0.01
194 32 0.01
195 3 0.00
196 4 0.00
197 2 0.00
198 4 0.00
200 13 0.00
201 158 0.03
202 175 0.03
203 408 0.06
204 600 0.10
205 915 0.15
206 2644 0.42
207 435 0.07
208 24 0.00
209 29 0.00
210 135 0.02
211 11 0.00
212 2 0.00
213 4 0.00
214 2 0.00
215 10 0.00
216 5 0.00
217 36 0.01
218 398 0.06
219 146 0.02
ACGTcount: A:0.32, C:0.07, G:0.24, T:0.37
Consensus pattern (206 bp):
ATTGAGATGTATAAATGCTGTTAATTGAGATGTAAAATGCTGTAAATTGAAGTGTTAAAGTGCTG
CAAATTGAAGTGTTAAAGTGCTGCAAATTGAAGTGTTTGAATGCTATAAATTGAAGTGTTTAAAT
GCTGTAAATTGATGTGCTTAAATGTTGCAAATTGAAGTGTTTAAGTACTGCAAATGGAAGTGTTT
AGTTGCTGGAC
Found at i:62359943 original size:46 final size:46
Alignment explanation
Indices: 62359904--62365744 Score: 850
Period size: 46 Copynumber: 127.7 Consensus size: 46
62359894 AAATGTTTGT
62359904 AATTG-AGATGTAAAAGTGCTGCAAATTGAAGCTCTTAAATGCTGTA
1 AATTGAAG-TGTAAAAGTGCTGCAAATTGAAGCTCTTAAATGCTGTA
* * * * * *
62359950 AATTGAAGTTTTAAAGTGCTGCAAATTGAAG-TGTTTGAATTCTGCA
1 AATTGAAGTGTAAAAGTGCTGCAAATTGAAGCT-CTTAAATGCTGTA
* ** * *
62359996 AATTGAAGTGTTTAAA-TGCTATAAATTGAAG-TACTTAAATGTTGCA
1 AATTGAAGTG-TAAAAGTGCTGCAAATTGAAGCT-CTTAAATGCTGTA
** ** * * ** *
62360042 AATTGAAGTGTTTAAG-GACTAAAAATTGTAG-TGTTTAGTTGCTGGA
1 AATTGAAGTGTAAAAGTG-CTGCAAATTGAAGCT-CTTAAATGCTGTA
* * *** * * * * *
62360088 CA-TGGAGATGTTTTA-TCGCTG-TAATTG-AGGTGTATAAATGTTGTT
1 AATTGAAG-TGTAAAAGT-GCTGCAAATTGAAGCTCT-TAAATGCTGTA
62360133 AATTG-AGATGTAAAAGTGCTGCAAATTGAAG-TGCTTAAATGCTGTA
1 AATTGAAG-TGTAAAAGTGCTGCAAATTGAAGCT-CTTAAATGCTGTA
* * * * *
62360179 AATTGAAGTGTTAAAGTGTTGCAAATTGAAG-TGTTTGAATGCTATA
1 AATTGAAGTGTAAAAGTGCTGCAAATTGAAGCT-CTTAAATGCTGTA
* * * * * *
62360225 AATTGAAATGTTTAAA-TGCTGTAAATTGATG-TGCTTAAATGTTGCA
1 AATTGAAGTG-TAAAAGTGCTGCAAATTGAAGCT-CTTAAATGCTGTA
** * * * ** *
62360271 AATTGAAGTGTTTAAGTACTACAAATTGAAG-TGTTTAGTTGCTGGA
1 AATTGAAGTGTAAAAGTGCTGCAAATTGAAGCT-CTTAAATGCTGTA
* *** * * * * *
62360317 CATTG-AGATGTTTTA-TCGCTG-TAATTGATG-TGTATAAATGTTGTT
1 AATTGAAG-TGTAAAAGT-GCTGCAAATTGAAGCTCT-TAAATGCTGTA
62360362 AATTG-AGATGTAAAAGTGCTGCAAATTGAAG-TGCTTAAATGCTGTA
1 AATTGAAG-TGTAAAAGTGCTGCAAATTGAAGCT-CTTAAATGCTGTA
* * * *
62360408 AATTGAAGTGTTAAAGTGCTGCAAATTGAAG-TGTTTGAATGCTGCA
1 AATTGAAGTGTAAAAGTGCTGCAAATTGAAGCT-CTTAAATGCTGTA
* * ** * *
62360454 AATTGAATTGTTTAAA-TGCTATAAATTGAAG-TGCTTAAATGTTGCA
1 AATTGAAGTG-TAAAAGTGCTGCAAATTGAAGCT-CTTAAATGCTGTA
** * * * ** *
62360500 AATTGAAGTGTTTAAGTACTGAAAATTGAAG-TGTTTAGTTGCTGGA
1 AATTGAAGTGTAAAAGTGCTGCAAATTGAAGCT-CTTAAATGCTGTA
* *** * * * * *
62360546 CA-TG-AGATGTTTTA-TCGCTG-TAATTG-AGGTGTATAAATGTTGTT
1 AATTGAAG-TGTAAAAGT-GCTGCAAATTGAAGCTCT-TAAATGCTGTA
62360590 AATTG-AGATGTAAAAGTGCTGCAAATTGAAG-TGCTTAAATGCTG-A
1 AATTGAAG-TGTAAAAGTGCTGCAAATTGAAGCT-CTTAAATGCTGTA
* * *
62360635 AATTGAAGTGTTAAAGTG-TGCAAATTGAAG-TGTTTGAATGC--TA
1 AATTGAAGTGTAAAAGTGCTGCAAATTGAAGCT-CTTAAATGCTGTA
* * * * *
62360678 AATTGAAGTGTTTAAA-TGCTGTAAATTGATG-TGCTTAAATGTTGCA
1 AATTGAAGTG-TAAAAGTGCTGCAAATTGAAGCT-CTTAAATGCTGTA
** * * ** *
62360724 AATTGAAGTGTTTAAGTACTGCAAATTGAAG-TGTTTAGTTGCTGGA
1 AATTGAAGTGTAAAAGTGCTGCAAATTGAAGCT-CTTAAATGCTGTA
* *** * * * * *
62360770 CATTG-AGATGTTTTA-TCGCTG-TAATTG-AGGTGTATAAATGTTGTT
1 AATTGAAG-TGTAAAAGT-GCTGCAAATTGAAGCTCT-TAAATGCTGTA
* * * *
62360815 AATTG-AGATGTTAAAGTGCTGCAAAATGAAG-TGTTAAAGTGCTGCA
1 AATTGAAG-TGTAAAAGTGCTGCAAATTGAAGCTCTTAAA-TGCTGTA
** * *
62360861 AATTGAAGTGTTTGAA-TGCTACAAATTGAAG-TGTTTAAATGCTGTA
1 AATTGAAGTG-TAAAAGTGCTGCAAATTGAAGCT-CTTAAATGCTGTA
* * * * * * *
62360907 AATTGATGTGCTTAAA-TGTTGCAAATTGAAG-TATTTAAGTACTGCA
1 AATTGAAGTG-TAAAAGTGCTGCAAATTGAAGCT-CTTAAATGCTGTA
** * * * * ** *
62360953 AATTGAAGTGT-TTAGTTGCTGGACATTG-AGATGTTTTATCGCTAT-
1 AATTGAAGTGTAAAAG-TGCTGCAAATTGAAGCTCTTAAAT-GCTGTA
* * ** * * *
62360998 AATTG-AGGGTATAAA-TGTTGTTAATTG-AGATGTTAAAGTGCTGCA
1 AATTGAAGTGTA-AAAGTGCTGCAAATTGAAGCTCTTAAA-TGCTGTA
* * * *
62361043 AATTGAAGTGTTAAAGTGCTGCAAATTGAAG-TGTTTGAATGCTGCA
1 AATTGAAGTGTAAAAGTGCTGCAAATTGAAGCT-CTTAAATGCTGTA
* * * *
62361089 AATTGAAGTGTTTAAA-TGCTGTAAATTGAAG-TGCTTAAATGTTGCA
1 AATTGAAGTG-TAAAAGTGCTGCAAATTGAAGCT-CTTAAATGCTGTA
** * * * * *
62361135 AATTGAAGTGTTTAAG-GATTGCAAATTGAAG-TGTTTAGTGGCTGGA
1 AATTGAAGTGTAAAAGTG-CTGCAAATTGAAGCTCTTAAAT-GCTGTA
* *** * * * * *
62361181 CATTG-AGATGTTTTA-TCGCTG-TAATTG-AGGTGTATAAATGTTGTT
1 AATTGAAG-TGTAAAAGT-GCTGCAAATTGAAGCTCT-TAAATGCTGTA
62361226 AATTG-AGATGTAAAAGTGCTGCAAATTGAAG-TGCTTAAATGCTGTA
1 AATTGAAG-TGTAAAAGTGCTGCAAATTGAAGCT-CTTAAATGCTGTA
* * * *
62361272 AATTGAAGTGTTAAAGTGCTGCAAATTGAAG-TGTTTGAATGCTGCA
1 AATTGAAGTGTAAAAGTGCTGCAAATTGAAGCT-CTTAAATGCTGTA
* * * *
62361318 AATTGAAGTGTTTAAA-TGCTGTAAATTGAAG-TGCTTAAATGTTGCA
1 AATTGAAGTG-TAAAAGTGCTGCAAATTGAAGCT-CTTAAATGCTGTA
** * * ** *
62361364 AATTGAAGTGTTTAAGTAC--CAAATTGAAG-TGTTTAGTTGCTGGA
1 AATTGAAGTGTAAAAGTGCTGCAAATTGAAGCT-CTTAAATGCTGTA
* *** * * *
62361408 CATTG-AGATGTTTTA-T-C-GC----T---G-T-ATAAATGTTGTT
1 AATTGAAG-TGTAAAAGTGCTGCAAATTGAAGCTCTTAAATGCTGTA
62361442 AATTGAGA-TGTAAAAGTGCTGCAAATTGAAG-TGCTTAAATGCTGTA
1 AATTGA-AGTGTAAAAGTGCTGCAAATTGAAGCT-CTTAAATGCTGTA
* * * *
62361488 AATTGAAGTGTTAAAGTGCTGCAAATTGAAG-TGTTTGAATGCTAT-
1 AATTGAAGTGTAAAAGTGCTGCAAATTGAAGCT-CTTAAATGCTGTA
* * * * *
62361533 AATTGAAGTGTTTAAA-TGCTGTAAATTGATG-TGCTTAAATGTTGCA
1 AATTGAAGTG-TAAAAGTGCTGCAAATTGAAGCT-CTTAAATGCTGTA
** * * ** *
62361579 AATTGAAGTGTTTAAGTACTGCAAATTGAAG-TGTTTAGTTGCTGGA
1 AATTGAAGTGTAAAAGTGCTGCAAATTGAAGCT-CTTAAATGCTGTA
* *** * * * * *
62361625 CATTG-AGATGTTTTA-TCGCTG-TAATTG-AGGTGTATAAATGTTGTT
1 AATTGAAG-TGTAAAAGT-GCTGCAAATTGAAGCTCT-TAAATGCTGTA
62361670 AATTG-AGATGTAAAAGTGCTGCAAATTGAAG-TGCTTAAATGCTGTA
1 AATTGAAG-TGTAAAAGTGCTGCAAATTGAAGCT-CTTAAATGCTGTA
* * * *
62361716 AATTGAAGTGTTAAAGTGCTGCAAATTGAAG-TGTTTGAATGCTGCA
1 AATTGAAGTGTAAAAGTGCTGCAAATTGAAGCT-CTTAAATGCTGTA
* * * *
62361762 AATTGAAGTGTTTAAA-TGCTGTAAATTGAAG-TGCTTAAATGTTGCA
1 AATTGAAGTG-TAAAAGTGCTGCAAATTGAAGCT-CTTAAATGCTGTA
** * * * ** *
62361808 AATTGAAGTGTTTAAGTACTGTAAATTGAAG-TGTTTAGTTGCTGGA
1 AATTGAAGTGTAAAAGTGCTGCAAATTGAAGCT-CTTAAATGCTGTA
* *** * * * * *
62361854 CATTG-AGATGTTTTA-TCGCTG-TAATTG-AGGTGTATAAATGTTGTT
1 AATTGAAG-TGTAAAAGT-GCTGCAAATTGAAGCTCT-TAAATGCTGTA
62361899 AATTG-AGATGT-AAAGTGCTGCAAATTGAAG-TCTTAAATGCTGTA
1 AATTGAAG-TGTAAAAGTGCTGCAAATTGAAGCTCTTAAATGCTGTA
** ** *
62361943 AATTGAAGTGTTTGAA-TGCTATAAATTGAAG-TGTTTAAATGCTGTA
1 AATTGAAGTG-TAAAAGTGCTGCAAATTGAAGCT-CTTAAATGCTGTA
* * * * * * *
62361989 AATTGATGTGTTAAA-TGTTGCAAATT-AAG-TTTTAAGTACTGCA
1 AATTGAAGTGTAAAAGTGCTGCAAATTGAAGCTCTTAAATGCTGTA
** * * * * **
62362032 AATTGAAGTGT-TTAGTTGCTGGACATTG-AGATGTTTTATCGCTGT-
1 AATTGAAGTGTAAAAG-TGCTGCAAATTGAAGCTCTTAAAT-GCTGTA
* * ** * * * *
62362077 AATTGAGGTGTATAAA-TGTTGTTAATTG-AGATGTAAAAGTGCTGCA
1 AATTGAAGTGTA-AAAGTGCTGCAAATTGAAGCTCTTAAA-TGCTGTA
* * *
62362123 AATTGAAGTGCTTAAA-TGCTG-AAATTGAAG-TGTTAAAGTGCTGCA
1 AATTGAAGTG-TAAAAGTGCTGCAAATTGAAGCTCTTAAA-TGCTGTA
** ** *
62362168 AATTGAAGTGTTTGAA-TGCTATAAATTGAAG-TGTTTAAATGCTGT-
1 AATTGAAGTG-TAAAAGTGCTGCAAATTGAAGCT-CTTAAATGCTGTA
* * * * * * *
62362213 AATTGATGTGCTTAAA-TGTTGCAAATTGAAG-TGTTTAAGTACTGCA
1 AATTGAAGTG-TAAAAGTGCTGCAAATTGAAGCT-CTTAAATGCTGTA
** * * * * **
62362259 AATTGAAGTGT-TTAGTTGCTGGACATTG-AGATGTTTTATGCTGT-
1 AATTGAAGTGTAAAAG-TGCTGCAAATTGAAGCTCTTAAATGCTGTA
* * ** * * *
62362303 AATTGAGGTGTATAAA-TGTTGTTAATTG-AGATGTTAAAGTGCTGCA
1 AATTGAAGTGTA-AAAGTGCTGCAAATTGAAGCTCTTAAA-TGCTGTA
* * * * **
62362349 AAATGAAGTGTTAAAGTGCTGCAAATTGAAG-TGTTTGAATGCTACA
1 AATTGAAGTGTAAAAGTGCTGCAAATTGAAGCT-CTTAAATGCTGTA
* * * * *
62362395 AATTGAAGTGTTTAAA-TGCTGTAAATTGATG-TGCTTAAATGTTGCA
1 AATTGAAGTG-TAAAAGTGCTGCAAATTGAAGCT-CTTAAATGCTGTA
** * * ** *
62362441 AATTGAAGTGTTTAAGTACTGCAAATTGAAG-TGTTTAGTTGCTGGA
1 AATTGAAGTGTAAAAGTGCTGCAAATTGAAGCT-CTTAAATGCTGTA
* *** * * * * *
62362487 CATTG-AGATGTTTTA-TCGCTG-TAATTG-AGGTGTTAAATGTTGTT
1 AATTGAAG-TGTAAAAGT-GCTGCAAATTGAAGCTCTTAAATGCTGTA
* *
62362531 AATTG-AGATGT-AAAGTGCTGCAAATTGAAG-TGTTAAAGTGCTGCA
1 AATTGAAG-TGTAAAAGTGCTGCAAATTGAAGCTCTTAAA-TGCTGTA
** *
62362576 AATTGAAGTGTTTGAA-TGCTGCAAATTGAAG-TGTTTAAATGCTGTA
1 AATTGAAGTG-TAAAAGTGCTGCAAATTGAAGCT-CTTAAATGCTGTA
* * * * * *
62362622 AATTGAAGTGCTTAAA-TGTTGCAAATTGAAG-TGTT-TAGGACTGCA
1 AATTGAAGTG-TAAAAGTGCTGCAAATTGAAGCTCTTAAATG-CTGTA
** * * * * **
62362667 AATTGAAGTGT-TTAGTTGCTGGACA-TG-AGATGTTTTATCGCTGT-
1 AATTGAAGTGTAAAAG-TGCTGCAAATTGAAGCTCTTAAAT-GCTGTA
* * ** * * *
62362711 AATTGAGGTGTATAAA-TGTTGTTAATTG-AGAT-GTAAAGTGCTGCA
1 AATTGAAGTGTA-AAAGTGCTGCAAATTGAAGCTCTTAAA-TGCTGTA
* * * *
62362756 AATTGAAGTGCTTAAA-TGCTGTAAATTGAAG-TGTTAAAGTGCTGCA
1 AATTGAAGTG-TAAAAGTGCTGCAAATTGAAGCTCTTAAA-TGCTGTA
** *
62362802 AATTGAAGTGTTTGAA-TGCTGCAAATTGAAG-TGTTTAAATGCTGTA
1 AATTGAAGTG-TAAAAGTGCTGCAAATTGAAGCT-CTTAAATGCTGTA
* * * * * *
62362848 AATTGAAGTGCTTAAA-TGTTGCAAATTGAAG-TGTTTAAGTACCTGAA
1 AATTGAAGTG-TAAAAGTGCTGCAAATTGAAGCT-CTTAAAT-GCTGTA
** * * * * *
62362895 AATTGAAGTGT-TTAGTTGCTGGACATGGAGATGTTTTATCGCTGTATAAATGTTGTT
1 AATTGAAGTGTAAAAG-TGCT-G-CA---A-A---TTGA-AGCTCT-TAAATGCTGTA
62362952 AATTG-AGATGTAAAAGTGCTGCAAATTGAAG-TGCTTAAATGCTGTA
1 AATTGAAG-TGTAAAAGTGCTGCAAATTGAAGCT-CTTAAATGCTGTA
* * * *
62362998 AATTGAAGTGTTAAAGTGCTGCAAATTGAAG-TGTTTGAATGCTATA
1 AATTGAAGTGTAAAAGTGCTGCAAATTGAAGCT-CTTAAATGCTGTA
* * * * *
62363044 AATTGAAGTGTTTAAA-TGCTGTAAATTGATG-TGCTTAAATGTTGCA
1 AATTGAAGTG-TAAAAGTGCTGCAAATTGAAGCT-CTTAAATGCTGTA
** * * ** *
62363090 AATTGAAGTGTTTAAGTACTGCAAATTGAAG-TGTTTAGTTGCTGGA
1 AATTGAAGTGTAAAAGTGCTGCAAATTGAAGCT-CTTAAATGCTGTA
* *** * * * * *
62363136 CATTG-AGATGTTTTA-TCGCTG-TAATTG-AGGTGTATAAATGTTGTT
1 AATTGAAG-TGTAAAAGT-GCTGCAAATTGAAGCTCT-TAAATGCTGTA
62363181 AATTG-AGATGTAAAAGTGCTGCAAATTGAA--TGCTTAAATGCTGTA
1 AATTGAAG-TGTAAAAGTGCTGCAAATTGAAGCT-CTTAAATGCTGTA
* * * *
62363226 AATTGAAGTGTTAAAGTGCTGCAAATT-AAG-TGTTTGAATGCTGCA
1 AATTGAAGTGTAAAAGTGCTGCAAATTGAAGCT-CTTAAATGCTGTA
* * * *
62363271 AATTGAAGTGTTTAAA-TGCTGTAAATTGAAG-TGCTTAAATGTTGCA
1 AATTGAAGTG-TAAAAGTGCTGCAAATTGAAGCT-CTTAAATGCTGTA
** * * * * * ** *
62363317 AATTGAAGTGTTTAACTACTGTAAATTAAAG-TGTTTAGTTGCTGGA
1 AATTGAAGTGTAAAAGTGCTGCAAATTGAAGCT-CTTAAATGCTGTA
* *** * * * * *
62363363 CATTG-AGATGTTTTA-TCGCTG-TAATTG-AGGTGTATAAATGTTGTT
1 AATTGAAG-TGTAAAAGT-GCTGCAAATTGAAGCTCT-TAAATGCTGTA
*
62363408 AATTG-AGATGTTAAAGTGCTGCAAATTGAAG-TGCTTAAATGCTGTA
1 AATTGAAG-TGTAAAAGTGCTGCAAATTGAAGCT-CTTAAATGCTGTA
** ** *
62363454 AATTGAAGTGTTTGAA-TGCTATAAATTGAAG-TGTTTAAATGCTGTA
1 AATTGAAGTG-TAAAAGTGCTGCAAATTGAAGCT-CTTAAATGCTGTA
* * * * * * *
62363500 AATTGATGTGGTTAAA-TGTTGCAAATTGAAG-TGTTTAAGTACTGCA
1 AATTGAAGT-GTAAAAGTGCTGCAAATTGAAGCT-CTTAAATGCTGTA
** * * * * **
62363546 AATTGAAGTGT-TTAGTTGCTGGACATTG-AGATGTTTTATCGCTGT-
1 AATTGAAGTGTAAAAG-TGCTGCAAATTGAAGCTCTTAAAT-GCTGTA
* * ** * * * *
62363591 AATTGAGGTGTATAAA-TGTTGTTAATTG-AGATGTAAAAGTGCTGCA
1 AATTGAAGTGTA-AAAGTGCTGCAAATTGAAGCTCTTAAA-TGCTGTA
* * * *
62363637 AATTGAAGTGCTTAAA-TGCTGTAAATTGAAG-TGTTAAAGTGCTGCA
1 AATTGAAGTG-TAAAAGTGCTGCAAATTGAAGCTCTTAAA-TGCTGTA
** * *
62363683 AATTGAAGTGTTTGAA-TGCTGCAAATTGAAG-TGTTTAAATGCTATA
1 AATTGAAGTG-TAAAAGTGCTGCAAATTGAAGCT-CTTAAATGCTGTA
* * * * * *
62363729 AATTGAAGTGCTTAAA-TGTTGCAAATTGAAG-TGTTTAAGGACTGAA
1 AATTGAAGTG-TAAAAGTGCTGCAAATTGAAGCTCTTAAATG-CTGTA
* ** * * * * * **
62363775 AATTGTAGTGT-TTAGTTGCTGGACA-TGGAGATGTTTTATCGCTGT-
1 AATTGAAGTGTAAAAG-TGCTGCAAATTGAAGCTCTTAAAT-GCTGTA
* * ** * * * *
62363820 AATTGAGGTGTATAAA-TGTTGTTAATTG-AGATGTAAAAGTGCTGCA
1 AATTGAAGTGTA-AAAGTGCTGCAAATTGAAGCTCTTAAA-TGCTGTA
* * * *
62363866 AATTGAAGTGCTTAAA-TGCTGTAAATTGAAG-TGTTAAAGTGCTGCA
1 AATTGAAGTG-TAAAAGTGCTGCAAATTGAAGCTCTTAAA-TGCTGTA
** *
62363912 AATTGAAGTGTTTGAA-TGCTGCAAATTGAAG-TGTTTAAATGCTGTA
1 AATTGAAGTG-TAAAAGTGCTGCAAATTGAAGCT-CTTAAATGCTGTA
* * * * *
62363958 AATTGAAGTGCTTAAA-TGTTGCAAATTGAAG-TGTTTAAGTACTGTA
1 AATTGAAGTG-TAAAAGTGCTGCAAATTGAAGCT-CTTAAATGCTGTA
** * * * * **
62364004 AATTGAAGTGT-TTAGTTGCTGGACATTG-AGATGTTTTATCGCTGT-
1 AATTGAAGTGTAAAAG-TGCTGCAAATTGAAGCTCTTAAAT-GCTGTA
* * * * *
62364049 AATTGTTAATTGAGTGTAAAAGTG-T--TAATTG-AGAT-GTAAGTGCTGCA
1 AATTG---A---AGTGTAAAAGTGCTGCAAATTGAAGCTCTTAAATGCTGTA
* * * *
62364096 AATTGAAGTGCTTAAA-TGCTGTAAATTGAAG-TGTTAAAGTGCTGCA
1 AATTGAAGTG-TAAAAGTGCTGCAAATTGAAGCTCTTAAA-TGCTGTA
** *
62364142 AATTGAAGTGTTTGAA-TGCTGCAAATTGAAG-TGTTTAAATGCTGTA
1 AATTGAAGTG-TAAAAGTGCTGCAAATTGAAGCT-CTTAAATGCTGTA
* * * * *
62364188 AATTGAAGTGCTTAAA-TGTTGCAAATTGAAG-TGTTTAA----GAA
1 AATTGAAGTG-TAAAAGTGCTGCAAATTGAAGCTCTTAAATGCTGTA
** * * * * *
62364229 AATT--AGTGT-TTAGTTGCTGGACATGGAGATGTTTTATCGCTGTATAAATGTTGTT
1 AATTGAAGTGTAAAAG-TGCT-G-CA---A-A---TTGA-AGCTCT-TAAATGCTGTA
*
62364284 AATTG-AGATGTAAAAGT-CTGCAAATTGAAG-TGCTTAAATGCTGAA
1 AATTGAAG-TGTAAAAGTGCTGCAAATTGAAGCT-CTTAAATGCTGTA
* * * * *
62364329 AATTGAAGTGTTAAAGTGTTGCAAATTGAAG-TGTTTGAATGCTATA
1 AATTGAAGTGTAAAAGTGCTGCAAATTGAAGCT-CTTAAATGCTGTA
* * * * *
62364375 AATTGAAGTGTTTAAA-TGCTGTAAATTGATG-TGCTTAAATGTTGCA
1 AATTGAAGTG-TAAAAGTGCTGCAAATTGAAGCT-CTTAAATGCTGTA
** * * ** *
62364421 AATTGAAGTGTTTAAGTACTGCAAATTGAAG-TGTTTAGTTGCTGGA
1 AATTGAAGTGTAAAAGTGCTGCAAATTGAAGCT-CTTAAATGCTGTA
* *** * * * * *
62364467 CATTG-AGATGTTTTA-TCGCTG-TAATTG-AGGTGTATAAATGTTGTT
1 AATTGAAG-TGTAAAAGT-GCTGCAAATTGAAGCTCT-TAAATGCTGTA
62364512 AATTG-AGATGTAAAAGTGCTGCAAATTGAAG-TGCTTAAATGCTGTA
1 AATTGAAG-TGTAAAAGTGCTGCAAATTGAAGCT-CTTAAATGCTGTA
* * * *
62364558 AATTGAAGTGTTAAAGTGCTGCAAATTGAAG-TGTTTGAATGCTGCA
1 AATTGAAGTGTAAAAGTGCTGCAAATTGAAGCT-CTTAAATGCTGTA
* * * *
62364604 AATTGAAGTGTTTAAA-TGCTGTAAATTGAAG-TGCTTAAATGTTGCA
1 AATTGAAGTG-TAAAAGTGCTGCAAATTGAAGCT-CTTAAATGCTGTA
** * * * * * *** *
62364650 AATTGAAGTGTTTAACTACTGTAAATTAAAG-TGTTTGTTGCTGGA
1 AATTGAAGTGTAAAAGTGCTGCAAATTGAAGCTCTTAAATGCTGTA
* *** * * * * *
62364695 CATTG-AGATGTTTTA-TCGCTG-TAATTG-AGGTGTATAAATGTTGTT
1 AATTGAAG-TGTAAAAGT-GCTGCAAATTGAAGCTCT-TAAATGCTGTA
62364740 AATTG-AGATGT-AAAGTGCTGCAAATTGAAG-TGCTTAAATGCTGTA
1 AATTGAAG-TGTAAAAGTGCTGCAAATTGAAGCT-CTTAAATGCTGTA
** ** *
62364785 AATTGAAGTGTTTGAA-TGCTATAAAATTGAAG-TGTTTAAATGCTGTA
1 AATTGAAGTG-TAAAAGTGCT-GCAAATTGAAGCT-CTTAAATGCTGTA
* * * * * * * * * *
62364832 AATTGATGTGGTTAAA-TGTTGCAAATTAAAGTTTTTAAGTACAGCA
1 AATTGAAGT-GTAAAAGTGCTGCAAATTGAAGCTCTTAAATGCTGTA
** * * * * **
62364878 AATTGAAGTGT-TTAGTTGCTGGACATTG-AGATGTTTTATCGCTGT-
1 AATTGAAGTGTAAAAG-TGCTGCAAATTGAAGCTCTTAAAT-GCTGTA
* * ** * * * *
62364923 AATTGAGGTGTATAAA-TGTTGTTAATTG-AGATGTAAAAGTGCTGCA
1 AATTGAAGTGTA-AAAGTGCTGCAAATTGAAGCTCTTAAA-TGCTGTA
* * * *
62364969 AATTGAAGTGCTTAAA-TGCTGTAAATTGAAG-TGTTAAAGTGCTGCA
1 AATTGAAGTG-TAAAAGTGCTGCAAATTGAAGCTCTTAAA-TGCTGTA
** *
62365015 AATTGAAGTGTTTGAA-TGCTGCAAATTGAAG-TGTTTAAATGCTGTA
1 AATTGAAGTG-TAAAAGTGCTGCAAATTGAAGCT-CTTAAATGCTGTA
* * * * * *
62365061 AATTGAAGTGCTTAAA-TGTTGCAAATTGAAG-TGTTTAAGGACTGAA
1 AATTGAAGTG-TAAAAGTGCTGCAAATTGAAGCTCTTAAATG-CTGTA
* ** * * * * * **
62365107 AATTGTAGTGT-TTAGTTGCTGGACA-TGGAGATGTTTTATCGCTGT-
1 AATTGAAGTGTAAAAG-TGCTGCAAATTGAAGCTCTTAAAT-GCTGTA
* * ** * * * * *
62365152 AATTGAGGTGTATAAA-TGTTGTTAATTG-AGATGTAAAAGTTCTGCA
1 AATTGAAGTGTA-AAAGTGCTGCAAATTGAAGCTCTTAAA-TGCTGTA
* * * *
62365198 AATTGAAGTGCTTAAA-TGCTGTAAATTGAAG-TGTTAAAGTGCTGCA
1 AATTGAAGTG-TAAAAGTGCTGCAAATTGAAGCTCTTAAA-TGCTGTA
** *
62365244 AATTGAAGTGTTTGAA-TGCTGCAAATTGAAG-TGTTTAAATGCTGTA
1 AATTGAAGTG-TAAAAGTGCTGCAAATTGAAGCT-CTTAAATGCTGTA
* * * * * *
62365290 AATTGAAGTGCTTAAA-TGTTGCAAATTGAAG-TGTTTAAGGTCTGAA
1 AATTGAAGTG-TAAAAGTGCTGCAAATTGAAGCTCTTAAATG-CTGTA
* ** * * * * *
62365336 AATTGTAGTGT-TTAGTTGCTGGACATGGAGATGTTTTATCGCTGTATAAATGTTGTT
1 AATTGAAGTGTAAAAG-TGCT-G-CA---A-A---TTGA-AGCTCT-TAAATGCTGTA
* * *
62365393 AATTG-AGATGTAAAAGTGCTACAAATTGAAG-TGCTTAAGTGTTGTA
1 AATTGAAG-TGTAAAAGTGCTGCAAATTGAAGCT-CTTAAATGCTGTA
* * * * *
62365439 AATTGAAGTGTTAAAGTGTTGCAAATTGAAG-TGTTTGAATGCTATA
1 AATTGAAGTGTAAAAGTGCTGCAAATTGAAGCT-CTTAAATGCTGTA
* * * * *
62365485 AATTGAAGTGTTTAAA-TGCTGTAAATTGATG-TGCTTAAATGTTGCA
1 AATTGAAGTG-TAAAAGTGCTGCAAATTGAAGCT-CTTAAATGCTGTA
** * * ** *
62365531 AATTGAAGTGTTTAAGTACTGCAAATTGAAG-TGTTTAGTTGCTGGA
1 AATTGAAGTGTAAAAGTGCTGCAAATTGAAGCT-CTTAAATGCTGTA
* *** * * * * * *
62365577 CATTG-AGATGTTTTATTGCTG-TAATTG-AGGTGTATAAATGTTGTT
1 AATTGAAG-TGTAAAAGTGCTGCAAATTGAAGCTCT-TAAATGCTGTA
* * * *
62365622 AATTG-AGATGTTAAAGTGCTGCAAAATGAAG-TGTTAAAGTGCTGCA
1 AATTGAAG-TGTAAAAGTGCTGCAAATTGAAGCTCTTAAA-TGCTGTA
** * *
62365668 AATTGAAGTGTTTGAA-TGCTACAAATTGAAG-TGTTTAAATGCTGTA
1 AATTGAAGTG-TAAAAGTGCTGCAAATTGAAGCT-CTTAAATGCTGTA
* * *
62365714 AATTGATGTGCTTAAA-TGTTGCAAATTGAAG
1 AATTGAAGTG-TAAAAGTGCTGCAAATTGAAG
62365745 TATTTAAGTA
Statistics
Matches: 4448, Mismatches: 978, Indels: 738
0.72 0.16 0.12
Matches are distributed among these distances:
34 14 0.00
35 1 0.00
36 4 0.00
37 3 0.00
38 1 0.00
39 8 0.00
40 1 0.00
41 15 0.00
42 7 0.00
43 50 0.01
44 297 0.07
45 1011 0.23
46 2632 0.59
47 273 0.06
48 22 0.00
49 3 0.00
50 5 0.00
51 14 0.00
52 6 0.00
53 1 0.00
54 2 0.00
55 13 0.00
56 13 0.00
57 37 0.01
58 15 0.00
ACGTcount: A:0.32, C:0.07, G:0.24, T:0.37
Consensus pattern (46 bp):
AATTGAAGTGTAAAAGTGCTGCAAATTGAAGCTCTTAAATGCTGTA
Found at i:62361468 original size:23 final size:23
Alignment explanation
Indices: 62361454--62362906 Score: 876
Period size: 23 Copynumber: 64.0 Consensus size: 23
62361444 TTGAGATGTA
62361454 AAAGTGCTGCAAATTGAAGTGCTT
1 AAAGTGCTGCAAATTGAAGTG-TT
*
62361478 AAA-TGCTGTAAATTGAAGTGTT
1 AAAGTGCTGCAAATTGAAGTGTT
62361500 AAAGTGCTGCAAATTGAAGTGTTT
1 AAAGTGCTGCAAATTGAAGTG-TT
*
62361524 GAA-TGCT--ATAATTGAAGTGTTT
1 AAAGTGCTGCA-AATTGAAGTG-TT
* *
62361546 AAA-TGCTGTAAATTGATGTGCTT
1 AAAGTGCTGCAAATTGAAGTG-TT
*
62361569 AAA-TGTTGCAAATTGAAGTGTT
1 AAAGTGCTGCAAATTGAAGTGTT
* *
62361591 TAAGTACTGCAAATTGAAGTGTT
1 AAAGTGCTGCAAATTGAAGTGTT
* * *
62361614 -TAGTTGCTGGACATTG-AGATGTT
1 AAAG-TGCTGCAAATTGAAG-TGTT
** * *
62361637 TTA-TCGCTG-TAATTGAGGTGTAT
1 AAAGT-GCTGCAAATTGAAGTGT-T
* ** *
62361660 AAA-TGTTGTTAATTG-AGATGTA
1 AAAGTGCTGCAAATTGAAG-TGTT
62361682 AAAGTGCTGCAAATTGAAGTGCTT
1 AAAGTGCTGCAAATTGAAGTG-TT
*
62361706 AAA-TGCTGTAAATTGAAGTGTT
1 AAAGTGCTGCAAATTGAAGTGTT
62361728 AAAGTGCTGCAAATTGAAGTGTTT
1 AAAGTGCTGCAAATTGAAGTG-TT
*
62361752 GAA-TGCTGCAAATTGAAGTGTTT
1 AAAGTGCTGCAAATTGAAGTG-TT
*
62361775 AAA-TGCTGTAAATTGAAGTGCTT
1 AAAGTGCTGCAAATTGAAGTG-TT
*
62361798 AAA-TGTTGCAAATTGAAGTGTT
1 AAAGTGCTGCAAATTGAAGTGTT
* * *
62361820 TAAGTACTGTAAATTGAAGTGTT
1 AAAGTGCTGCAAATTGAAGTGTT
* * *
62361843 -TAGTTGCTGGACATTG-AGATGTT
1 AAAG-TGCTGCAAATTGAAG-TGTT
** * *
62361866 TTA-TCGCTG-TAATTGAGGTGTAT
1 AAAGT-GCTGCAAATTGAAGTGT-T
* **
62361889 AAA-TGTTGTTAATTG-AGATG-T
1 AAAGTGCTGCAAATTGAAG-TGTT
*
62361910 AAAGTGCTGCAAATTGAAGTCTT
1 AAAGTGCTGCAAATTGAAGTGTT
*
62361933 AAA-TGCTGTAAATTGAAGTGTTT
1 AAAGTGCTGCAAATTGAAGTG-TT
* **
62361956 GAA-TGCTATAAATTGAAGTGTTT
1 AAAGTGCTGCAAATTGAAGTG-TT
* *
62361979 AAA-TGCTGTAAATTGATGTGTT
1 AAAGTGCTGCAAATTGAAGTGTT
*
62362001 AAA-TGTTGCAAATT-AAGT-TT
1 AAAGTGCTGCAAATTGAAGTGTT
* *
62362021 TAAGTACTGCAAATTGAAGTGTT
1 AAAGTGCTGCAAATTGAAGTGTT
* * *
62362044 -TAGTTGCTGGACATTG-AGATGTT
1 AAAG-TGCTGCAAATTGAAG-TGTT
** * *
62362067 TTA-TCGCTG-TAATTGAGGTGTAT
1 AAAGT-GCTGCAAATTGAAGTGT-T
* ** *
62362090 AAA-TGTTGTTAATTG-AGATGTA
1 AAAGTGCTGCAAATTGAAG-TGTT
62362112 AAAGTGCTGCAAATTGAAGTGCTT
1 AAAGTGCTGCAAATTGAAGTG-TT
62362136 AAA-TGCTG-AAATTGAAGTGTT
1 AAAGTGCTGCAAATTGAAGTGTT
62362157 AAAGTGCTGCAAATTGAAGTGTTT
1 AAAGTGCTGCAAATTGAAGTG-TT
* **
62362181 GAA-TGCTATAAATTGAAGTGTTT
1 AAAGTGCTGCAAATTGAAGTG-TT
* *
62362204 AAA-TGCTG-TAATTGATGTGCTT
1 AAAGTGCTGCAAATTGAAGTG-TT
*
62362226 AAA-TGTTGCAAATTGAAGTGTT
1 AAAGTGCTGCAAATTGAAGTGTT
* *
62362248 TAAGTACTGCAAATTGAAGTGTT
1 AAAGTGCTGCAAATTGAAGTGTT
* * *
62362271 -TAGTTGCTGGACATTG-AGATGTT
1 AAAG-TGCTGCAAATTGAAG-TGTT
** * *
62362294 TTA-TGCTG-TAATTGAGGTGTAT
1 AAAGTGCTGCAAATTGAAGTGT-T
* **
62362316 AAA-TGTTGTTAATTG-AGATGTT
1 AAAGTGCTGCAAATTGAAG-TGTT
*
62362338 AAAGTGCTGCAAAATGAAGTGTT
1 AAAGTGCTGCAAATTGAAGTGTT
62362361 AAAGTGCTGCAAATTGAAGTGTTT
1 AAAGTGCTGCAAATTGAAGTG-TT
* *
62362385 GAA-TGCTACAAATTGAAGTGTTT
1 AAAGTGCTGCAAATTGAAGTG-TT
* *
62362408 AAA-TGCTGTAAATTGATGTGCTT
1 AAAGTGCTGCAAATTGAAGTG-TT
*
62362431 AAA-TGTTGCAAATTGAAGTGTT
1 AAAGTGCTGCAAATTGAAGTGTT
* *
62362453 TAAGTACTGCAAATTGAAGTGTT
1 AAAGTGCTGCAAATTGAAGTGTT
* * *
62362476 -TAGTTGCTGGACATTG-AGATGTT
1 AAAG-TGCTGCAAATTGAAG-TGTT
** * *
62362499 TTA-TCGCTG-TAATTGAGGTGTT
1 AAAGT-GCTGCAAATTGAAGTGTT
* **
62362521 AAA-TGTTGTTAATTG-AGATG-T
1 AAAGTGCTGCAAATTGAAG-TGTT
62362542 AAAGTGCTGCAAATTGAAGTGTT
1 AAAGTGCTGCAAATTGAAGTGTT
62362565 AAAGTGCTGCAAATTGAAGTGTTT
1 AAAGTGCTGCAAATTGAAGTG-TT
*
62362589 GAA-TGCTGCAAATTGAAGTGTTT
1 AAAGTGCTGCAAATTGAAGTG-TT
*
62362612 AAA-TGCTGTAAATTGAAGTGCTT
1 AAAGTGCTGCAAATTGAAGTG-TT
*
62362635 AAA-TGTTGCAAATTGAAGTGTT
1 AAAGTGCTGCAAATTGAAGTGTT
*
62362657 -TAG-GACTGCAAATTGAAGTGTT
1 AAAGTG-CTGCAAATTGAAGTGTT
* * *
62362679 -TAGTTGCTGGACA-TG-AGATGTT
1 AAAG-TGCTGCAAATTGAAG-TGTT
** * *
62362701 TTA-TCGCTG-TAATTGAGGTGTAT
1 AAAGT-GCTGCAAATTGAAGTGT-T
* **
62362724 AAA-TGTTGTTAATTG-AGATG-T
1 AAAGTGCTGCAAATTGAAG-TGTT
62362745 AAAGTGCTGCAAATTGAAGTGCTT
1 AAAGTGCTGCAAATTGAAGTG-TT
*
62362769 AAA-TGCTGTAAATTGAAGTGTT
1 AAAGTGCTGCAAATTGAAGTGTT
62362791 AAAGTGCTGCAAATTGAAGTGTTT
1 AAAGTGCTGCAAATTGAAGTG-TT
*
62362815 GAA-TGCTGCAAATTGAAGTGTTT
1 AAAGTGCTGCAAATTGAAGTG-TT
*
62362838 AAA-TGCTGTAAATTGAAGTGCTT
1 AAAGTGCTGCAAATTGAAGTG-TT
*
62362861 AAA-TGTTGCAAATTGAAGTGTT
1 AAAGTGCTGCAAATTGAAGTGTT
* * *
62362883 TAAGTACCTGAAAATTGAAGTGTT
1 AAAGT-GCTGCAAATTGAAGTGTT
62362907 TAGTTGCTGG
Statistics
Matches: 1163, Mismatches: 173, Indels: 186
0.76 0.11 0.12
Matches are distributed among these distances:
20 4 0.00
21 47 0.04
22 291 0.25
23 749 0.64
24 72 0.06
ACGTcount: A:0.32, C:0.07, G:0.24, T:0.37
Consensus pattern (23 bp):
AAAGTGCTGCAAATTGAAGTGTT
Found at i:62362755 original size:89 final size:91
Alignment explanation
Indices: 62361461--62365745 Score: 1684
Period size: 92 Copynumber: 46.9 Consensus size: 91
62361451 GTAAAAGTGC
* *
62361461 TGCAAATTGAAGTGCTTAAA-TGCTGTAAATTGAAGTG-TTAAAGTGCTGCAAATTGAAGTGTTT
1 TGCAAATTGAAGTG--TAAAGTGCTGCAAATTGAAGTGTTTGAA-TGCTGCAAATTGAAGTGTTT
* * * *
62361524 GAATGCTAT-AATTGAAGTGTTTAAATGC
63 AAATGCTGTAAATTGAAGTGCTTAAATGT
* * * *
62361552 TGTAAATTGATGTGCTTAAA-TGTTGCAAATTGAAGTGTTT-AAGTACTGCAAATTGAAGTGTTT
1 TGCAAATTGAAGTG--TAAAGTGCTGCAAATTGAAGTGTTTGAA-TGCTGCAAATTGAAGTGTTT
** * * ** *
62361615 AGTTGCTGGACATTG-AGATG-TTTTATCGC
63 AAATGCTGTAAATTGAAG-TGCTTAAAT-GT
* * * * ** ** *
62361644 TG-TAATTGAGGTGTATAAATGTTGTTAATTG-AGATG-TAAAAGTGCTGCAAATTGAAGTGCTT
1 TGCAAATTGAAGTGTA-AAGTGCTGCAAATTGAAG-TGTTTGAA-TGCTGCAAATTGAAGTGTTT
*
62361706 AAATGCTGTAAATTGAAGTG-TTAAAGTGC
63 AAATGCTGTAAATTGAAGTGCTTAAA-TGT
* * * *
62361735 TGCAAATTGAAGTGTTTGAA-TGCTGCAAATTGAAGTGTTTAAATGCTGTAAATTGAAGTGCTTA
1 TGCAAATTGAAGTG--TAAAGTGCTGCAAATTGAAGTGTTTGAATGCTGCAAATTGAAGTGTTTA
* * * * **
62361799 AATGTTGCAAATTGAAGTGTTTAAGTAC
64 AATGCTGTAAATTGAAGTGCTTAAATGT
* ** * * * * * *
62361827 TGTAAATTGAAGTGTTTAGTTGCTGGACATTG-AGATGTTT-TATCGCTG-TAATTGAGGTGTAT
1 TGCAAATTGAAGTGTAAAG-TGCTGCAAATTGAAG-TGTTTGAAT-GCTGCAAATTGAAGTGTTT
* * *
62361889 AAATGTTGTTAATTG-AGATG--TAAAGTGC
63 AAATGCTGTAAATTGAAG-TGCTTAAA-TGT
* * **
62361917 TGCAAATTGAAGTCTTAAA-TGCTGTAAATTGAAGTGTTTGAATGCTATAAATTGAAGTGTTTAA
1 TGCAAATTGAAGT-GTAAAGTGCTGCAAATTGAAGTGTTTGAATGCTGCAAATTGAAGTGTTTAA
*
62361981 ATGCTGTAAATTGATGTG-TTAAATGT
65 ATGCTGTAAATTGAAGTGCTTAAATGT
* * * * * *
62362007 TGCAAATT-AAGTTTTAAGTACTGCAAATTGAAGTGTTT-AGTTGCTGGACATTG-AGATGTTT-
1 TGCAAATTGAAGTGTAAAGTGCTGCAAATTGAAGTGTTTGA-ATGCTGCAAATTGAAG-TGTTTA
* *
62362068 TATCGCTGT-AATTGAGGTG-TATAAATGT
64 AAT-GCTGTAAATTGAAGTGCT-TAAATGT
** * *
62362096 TGTTAATTG-AGATGTAAAAGTGCTGCAAATTGAAGTGCTTAAATGCTG-AAATTGAAGTG-TTA
1 TGCAAATTGAAG-TGT-AAAGTGCTGCAAATTGAAGTGTTTGAATGCTGCAAATTGAAGTGTTTA
* * * *
62362158 AAGTGCTGCAAATTGAAGTGTTTGAATGC
64 AA-TGCTGTAAATTGAAGTGCTTAAATGT
** * * * * *
62362187 TATAAATTGAAGTGTTTAAA-TGCTG-TAATTGATGTGCTTAAATGTTGCAAATTGAAGTGTTTA
1 TGCAAATTGAAGTG--TAAAGTGCTGCAAATTGAAGTGTTTGAATGCTGCAAATTGAAGTGTTTA
* * * * ** *
62362250 AGTACTGCAAATTGAAGTGTTTAGTTGC
64 AATGCTGTAAATTGAAGTGCTTAAATGT
* * ** * * * * * **
62362278 TGGACATTG-AGATGTTTTA-TGCTG-TAATTGAGGTGTATAAATGTTGTTAATTG-AGATG-TT
1 TGCAAATTGAAG-TG-TAAAGTGCTGCAAATTGAAGTGTTTGAATGCTGCAAATTGAAG-TGTTT
* * *
62362338 AAAGTGCTGCAAAATGAAGTG-TTAAAGTGC
63 AAA-TGCTGTAAATTGAAGTGCTTAAA-TGT
* * * * * *
62362368 TGCAAATTGAAGTGTTTGAA-TGCTACAAATTGAAGTGTTTAAATGCTGTAAATTGATGTGCTTA
1 TGCAAATTGAAGTG--TAAAGTGCTGCAAATTGAAGTGTTTGAATGCTGCAAATTGAAGTGTTTA
* * * * **
62362432 AATGTTGCAAATTGAAGTGTTTAAGTAC
64 AATGCTGTAAATTGAAGTGCTTAAATGT
** * * * * *
62362460 TGCAAATTGAAGTGTTTAGTTGCTGGACATTG-AGATGTTT-TATCGCTG-TAATTGAGGTG-TT
1 TGCAAATTGAAGTGTAAAG-TGCTGCAAATTGAAG-TGTTTGAAT-GCTGCAAATTGAAGTGTTT
* * *
62362521 AAATGTTGTTAATTG-AGATG--TAAAGTGC
63 AAATGCTGTAAATTGAAG-TGCTTAAA-TGT
62362549 TGCAAATTGAAGTGTTAAAGTGCTGCAAATTGAAGTGTTTGAATGCTGCAAATTGAAGTGTTTAA
1 TGCAAATTGAAGTG-TAAAGTGCTGCAAATTGAAGTGTTTGAATGCTGCAAATTGAAGTGTTTAA
62362614 ATGCTGTAAATTGAAGTGCTTAAATGT
65 ATGCTGTAAATTGAAGTGCTTAAATGT
** * * *
62362641 TGCAAATTGAAGTGTTTAG-GACTGCAAATTGAAGTGTTT-AGTTGCTGGACA-TG-AGATGTTT
1 TGCAAATTGAAGTGTAAAGTG-CTGCAAATTGAAGTGTTTGA-ATGCTGCAAATTGAAG-TGTTT
* *
62362702 -TATCGCTGT-AATTGAGGTG-TATAAATGT
63 AAAT-GCTGTAAATTGAAGTGCT-TAAATGT
** * * *
62362730 TGTTAATTG-AGATGTAAAGTGCTGCAAATTGAAGTGCTTAAATGCTGTAAATTGAAGTG-TTAA
1 TGCAAATTGAAG-TGTAAAGTGCTGCAAATTGAAGTGTTTGAATGCTGCAAATTGAAGTGTTTAA
* * * *
62362793 AGTGCTGCAAATTGAAGTGTTTGAATGC
65 A-TGCTGTAAATTGAAGTGCTTAAATGT
* * * *
62362821 TGCAAATTGAAGTGTTTAAA-TGCTGTAAATTGAAGTGCTTAAATGTTGCAAATTGAAGTGTTTA
1 TGCAAATTGAAGTG--TAAAGTGCTGCAAATTGAAGTGTTTGAATGCTGCAAATTGAAGTGTTTA
* * * * **
62362885 AGTACCTGAAAATTGAAGTGTTTAGTTGCT
64 AAT-GCTGTAAATTGAAGTGCTTAAATG-T
* * * * * ** **
62362915 GGACATGGAGATGTTTTATCGCTGTATAAATGTTGTTAATTG-AGATG-TAAAAGTGCTGCAAAT
1 TG-CA---A-A---TTGA-AG-TGTA-AAGTGCTGCAAATTGAAG-TGTTTGAA-TGCTGCAAAT
* *
62362978 TGAAGTGCTTAAATGCTGTAAATTGAAGTG-TTAAAGTGC
53 TGAAGTGTTTAAATGCTGTAAATTGAAGTGCTTAAA-TGT
* ** * * * *
62363017 TGCAAATTGAAGTGTTTGAA-TGCTATAAATTGAAGTGTTTAAATGCTGTAAATTGATGTGCTTA
1 TGCAAATTGAAGTG--TAAAGTGCTGCAAATTGAAGTGTTTGAATGCTGCAAATTGAAGTGTTTA
* * * * **
62363081 AATGTTGCAAATTGAAGTGTTTAAGTAC
64 AATGCTGTAAATTGAAGTGCTTAAATGT
** * * * * * *
62363109 TGCAAATTGAAGTGTTTAGTTGCTGGACATTG-AGATGTTT-TATCGCTG-TAATTGAGGTGTAT
1 TGCAAATTGAAGTGTAAAG-TGCTGCAAATTGAAG-TGTTTGAAT-GCTGCAAATTGAAGTGTTT
* * * *
62363171 AAATGTTGTTAATTG-AGATG-TAAAAGTGC
63 AAATGCTGTAAATTGAAG-TGCTTAAA-TGT
* *
62363200 TGCAAATTGAA-TGCTTAAA-TGCTGTAAATTGAAGTG-TTAAAGTGCTGCAAATT-AAGTGTTT
1 TGCAAATTGAAGTG--TAAAGTGCTGCAAATTGAAGTGTTTGAA-TGCTGCAAATTGAAGTGTTT
* * * *
62363261 GAATGCTGCAAATTGAAGTGTTTAAATGC
63 AAATGCTGTAAATTGAAGTGCTTAAATGT
* * * * *
62363290 TGTAAATTGAAGTGCTTAAA-TGTTGCAAATTGAAGTGTTT-AACTACTGTAAATTAAAGTGTTT
1 TGCAAATTGAAGTG--TAAAGTGCTGCAAATTGAAGTGTTTGAA-TGCTGCAAATTGAAGTGTTT
** * * ** *
62363353 AGTTGCTGGACATTG-AGATG-TTTTATCGC
63 AAATGCTGTAAATTGAAG-TGCTTAAAT-GT
* * * * ** * *
62363382 TG-TAATTGAGGTGTATAAATGTTGTTAATTG-AGATG-TTAAAGTGCTGCAAATTGAAGTGCTT
1 TGCAAATTGAAGTGTA-AAGTGCTGCAAATTGAAG-TGTTTGAA-TGCTGCAAATTGAAGTGTTT
* * *
62363444 AAATGCTGTAAATTGAAGTGTTTGAATGC
63 AAATGCTGTAAATTGAAGTGCTTAAATGT
** * * * * *
62363473 TATAAATTGAAGTGTTTAAA-TGCTGTAAATTGATGTGGTTAAATGTTGCAAATTGAAGTGTTTA
1 TGCAAATTGAAGTG--TAAAGTGCTGCAAATTGAAGTGTTTGAATGCTGCAAATTGAAGTGTTTA
* * * * ** *
62363537 AGTACTGCAAATTGAAGTGTTTAGTTGC
64 AATGCTGTAAATTGAAGTGCTTAAATGT
* * ** * * * * * **
62363565 TGGACATTG-AGATGTTTTA-TCGCTG-TAATTGAGGTGTATAAATGTTGTTAATTG-AGATG-T
1 TGCAAATTGAAG-TG-TAAAGT-GCTGCAAATTGAAGTGTTTGAATGCTGCAAATTGAAG-TGTT
* * *
62363625 AAAAGTGCTGCAAATTGAAGTGCTTAAATGC
62 TAAA-TGCTGTAAATTGAAGTGCTTAAATGT
*
62363656 TGTAAATTGAAGTGTTAAAGTGCTGCAAATTGAAGTGTTTGAATGCTGCAAATTGAAGTGTTTAA
1 TGCAAATTGAAGTG-TAAAGTGCTGCAAATTGAAGTGTTTGAATGCTGCAAATTGAAGTGTTTAA
*
62363721 ATGCTATAAATTGAAGTGCTTAAATGT
65 ATGCTGTAAATTGAAGTGCTTAAATGT
* * * * * * *
62363748 TGCAAATTGAAGTGTTTAAG-GACTGAAAATTGTAGTGTTT-AGTTGCTGGACA-TGGAGATGTT
1 TGCAAATTGAAGTG-TAAAGTG-CTGCAAATTGAAGTGTTTGA-ATGCTGCAAATTGAAG-TGTT
* *
62363810 T-TATCGCTGT-AATTGAGGTG-TATAAATGT
62 TAAAT-GCTGTAAATTGAAGTGCT-TAAATGT
** * * *
62363839 TGTTAATTG-AGATGTAAAAGTGCTGCAAATTGAAGTGCTTAAATGCTGTAAATTGAAGTG-TTA
1 TGCAAATTGAAG-TGT-AAAGTGCTGCAAATTGAAGTGTTTGAATGCTGCAAATTGAAGTGTTTA
* * * *
62363902 AAGTGCTGCAAATTGAAGTGTTTGAATGC
64 AA-TGCTGTAAATTGAAGTGCTTAAATGT
* * * *
62363931 TGCAAATTGAAGTGTTTAAA-TGCTGTAAATTGAAGTGCTTAAATGTTGCAAATTGAAGTGTTTA
1 TGCAAATTGAAGTG--TAAAGTGCTGCAAATTGAAGTGTTTGAATGCTGCAAATTGAAGTGTTTA
* * * ** *
62363995 AGTACTGTAAATTGAAGTGTTTAGTTGC
64 AATGCTGTAAATTGAAGTGCTTAAATGT
* * ** * * * * * **
62364023 TGGACATTG-AGATGTTTTA-TCGCTG-TAATTGTTAATTGAGTGTAAAAG-TGTTAATTG-AGA
1 TGCAAATTGAAG-TG-TAAAGT-GCTGCAAATTG--AA--GTGTTTGAATGCTGCAAATTGAAG-
* * *
62364083 TG--TAAGTGCTGCAAATTGAAGTGCTTAAATGC
58 TGTTTAAATGCTGTAAATTGAAGTGCTTAAATGT
*
62364115 TGTAAATTGAAGTGTTAAAGTGCTGCAAATTGAAGTGTTTGAATGCTGCAAATTGAAGTGTTTAA
1 TGCAAATTGAAGTG-TAAAGTGCTGCAAATTGAAGTGTTTGAATGCTGCAAATTGAAGTGTTTAA
62364180 ATGCTGTAAATTGAAGTGCTTAAATGT
65 ATGCTGTAAATTGAAGTGCTTAAATGT
* * * * * *
62364207 TGCAAATTGAAGTGTTTAA-----GAAAATT--AGTGTTT-AGTTGCTGGACA-TGGAGATGTTT
1 TGCAAATTGAAGTG-TAAAGTGCTGCAAATTGAAGTGTTTGA-ATGCTGCAAATTGAAG-TGTTT
* * * *
62364263 -TATCGCTGTATAAATGTTGTTAATTGAGATGTAAAAGT
63 AAAT-GCTG--TAAA--TTG--AA--GTGCT-TAAATGT
* * *
62364301 CTGCAAATTGAAGTGCTTAAA-TGCTGAAAATTGAAGTG-TTAAAGTGTTGCAAATTGAAGTGTT
1 -TGCAAATTGAAGTG--TAAAGTGCTGCAAATTGAAGTGTTTGAA-TGCTGCAAATTGAAGTGTT
* * * *
62364364 TGAATGCTATAAATTGAAGTGTTTAAATGC
62 TAAATGCTGTAAATTGAAGTGCTTAAATGT
* * * *
62364394 TGTAAATTGATGTGCTTAAA-TGTTGCAAATTGAAGTGTTT-AAGTACTGCAAATTGAAGTGTTT
1 TGCAAATTGAAGTG--TAAAGTGCTGCAAATTGAAGTGTTTGAA-TGCTGCAAATTGAAGTGTTT
** * * ** *
62364457 AGTTGCTGGACATTG-AGATG-TTTTATCGC
63 AAATGCTGTAAATTGAAG-TGCTTAAAT-GT
* * * * ** ** *
62364486 TG-TAATTGAGGTGTATAAATGTTGTTAATTG-AGATG-TAAAAGTGCTGCAAATTGAAGTGCTT
1 TGCAAATTGAAGTGTA-AAGTGCTGCAAATTGAAG-TGTTTGAA-TGCTGCAAATTGAAGTGTTT
*
62364548 AAATGCTGTAAATTGAAGTG-TTAAAGTGC
63 AAATGCTGTAAATTGAAGTGCTTAAA-TGT
* * * *
62364577 TGCAAATTGAAGTGTTTGAA-TGCTGCAAATTGAAGTGTTTAAATGCTGTAAATTGAAGTGCTTA
1 TGCAAATTGAAGTG--TAAAGTGCTGCAAATTGAAGTGTTTGAATGCTGCAAATTGAAGTGTTTA
* * * * **
62364641 AATGTTGCAAATTGAAGTGTTTAACTAC
64 AATGCTGTAAATTGAAGTGCTTAAATGT
* * ** * * * * * *
62364669 TGTAAATTAAAGTGT-TTGTTGCTGGACATTG-AGATGTTT-TATCGCTG-TAATTGAGGTGTAT
1 TGCAAATTGAAGTGTAAAG-TGCTGCAAATTGAAG-TGTTTGAAT-GCTGCAAATTGAAGTGTTT
* * *
62364730 AAATGTTGTTAATTG-AGATG--TAAAGTGC
63 AAATGCTGTAAATTGAAG-TGCTTAAA-TGT
* **
62364758 TGCAAATTGAAGTGCTTAAA-TGCTGTAAATTGAAGTGTTTGAATGCTATAAAATTGAAGTGTTT
1 TGCAAATTGAAGTG--TAAAGTGCTGCAAATTGAAGTGTTTGAATGCT-GCAAATTGAAGTGTTT
* *
62364822 AAATGCTGTAAATTGATGTGGTTAAATGT
63 AAATGCTGTAAATTGAAGTGCTTAAATGT
* * * * * * * *
62364851 TGCAAATTAAAGTTTTTAAGTACAGCAAATTGAAGTGTTT-AGTTGCTGGACATTG-AGATGTTT
1 TGCAAATTGAAG-TGTAAAGTGCTGCAAATTGAAGTGTTTGA-ATGCTGCAAATTGAAG-TGTTT
* *
62364914 -TATCGCTGT-AATTGAGGTG-TATAAATGT
63 AAAT-GCTGTAAATTGAAGTGCT-TAAATGT
** * * *
62364942 TGTTAATTG-AGATGTAAAAGTGCTGCAAATTGAAGTGCTTAAATGCTGTAAATTGAAGTG-TTA
1 TGCAAATTGAAG-TGT-AAAGTGCTGCAAATTGAAGTGTTTGAATGCTGCAAATTGAAGTGTTTA
* * * *
62365005 AAGTGCTGCAAATTGAAGTGTTTGAATGC
64 AA-TGCTGTAAATTGAAGTGCTTAAATGT
* * * *
62365034 TGCAAATTGAAGTGTTTAAA-TGCTGTAAATTGAAGTGCTTAAATGTTGCAAATTGAAGTGTTT-
1 TGCAAATTGAAGTG--TAAAGTGCTGCAAATTGAAGTGTTTGAATGCTGCAAATTGAAGTGTTTA
* * * * ** *
62365097 AAGGACTGAAAATTGTAGTGTTTAGTTGC
64 AATG-CTGTAAATTGAAGTGCTTAAATGT
* * * ** * * * * * **
62365126 TGGACA-TGGAGATGTTTTA-TCGCTG-TAATTGAGGTGTATAAATGTTGTTAATTG-AGATG-T
1 TGCAAATTGAAG-TG-TAAAGT-GCTGCAAATTGAAGTGTTTGAATGCTGCAAATTGAAG-TGTT
* * * *
62365186 AAAAGTTCTGCAAATTGAAGTGCTTAAATGC
62 TAAA-TGCTGTAAATTGAAGTGCTTAAATGT
*
62365217 TGTAAATTGAAGTGTTAAAGTGCTGCAAATTGAAGTGTTTGAATGCTGCAAATTGAAGTGTTTAA
1 TGCAAATTGAAGTG-TAAAGTGCTGCAAATTGAAGTGTTTGAATGCTGCAAATTGAAGTGTTTAA
62365282 ATGCTGTAAATTGAAGTGCTTAAATGT
65 ATGCTGTAAATTGAAGTGCTTAAATGT
* * * * * * *
62365309 TGCAAATTGAAGTGTTTAAG-GTCTGAAAATTGTAGTGTTT-AGTTGCTGGACA-TGGAGATGTT
1 TGCAAATTGAAGTG-TAAAGTG-CTGCAAATTGAAGTGTTTGA-ATGCTGCAAATTGAAG-TGTT
* *
62365371 T-TATCGCTGT--A-T-AAATG--T---TGT
62 TAAAT-GCTGTAAATTGAAGTGCTTAAATGT
* * * *
62365392 T---AATTGAGA-TGTAAAAGTGCTACAAATTGAAGTGCTT-AAGTGTTGTAAATTGAAGTG-TT
1 TGCAAATTGA-AGTGT-AAAGTGCTGCAAATTGAAGTGTTTGAA-TGCTGCAAATTGAAGTGTTT
* * * * *
62365451 AAAGTGTTGCAAATTGAAGTGTTTGAATGC
63 AAA-TGCTGTAAATTGAAGTGCTTAAATGT
** * * * * *
62365481 TATAAATTGAAGTGTTTAAA-TGCTGTAAATTGATGTGCTTAAATGTTGCAAATTGAAGTGTTTA
1 TGCAAATTGAAGTG--TAAAGTGCTGCAAATTGAAGTGTTTGAATGCTGCAAATTGAAGTGTTTA
* * * * ** *
62365545 AGTACTGCAAATTGAAGTGTTTAGTTGC
64 AATGCTGTAAATTGAAGTGCTTAAATGT
* * ** * * * * * * **
62365573 TGGACATTG-AGATGTTTTATTGCTG-TAATTGAGGTGTATAAATGTTGTTAATTG-AGATG-TT
1 TGCAAATTGAAG-TG-TAAAGTGCTGCAAATTGAAGTGTTTGAATGCTGCAAATTGAAG-TGTTT
* * *
62365634 AAAGTGCTGCAAAATGAAGTG-TTAAAGTGC
63 AAA-TGCTGTAAATTGAAGTGCTTAAA-TGT
* * * * * *
62365664 TGCAAATTGAAGTGTTTGAA-TGCTACAAATTGAAGTGTTTAAATGCTGTAAATTGATGTGCTTA
1 TGCAAATTGAAGTG--TAAAGTGCTGCAAATTGAAGTGTTTGAATGCTGCAAATTGAAGTGTTTA
* *
62365728 AATGTTGCAAATTGAAGT
64 AATGCTGTAAATTGAAGT
62365746 ATTTAAGTAC
Statistics
Matches: 3280, Mismatches: 611, Indels: 605
0.73 0.14 0.13
Matches are distributed among these distances:
79 3 0.00
80 38 0.01
81 7 0.00
82 1 0.00
83 5 0.00
84 11 0.00
85 23 0.01
86 2 0.00
87 10 0.00
88 32 0.01
89 221 0.07
90 376 0.11
91 948 0.29
92 1234 0.38
93 189 0.06
94 35 0.01
95 23 0.01
96 6 0.00
97 1 0.00
98 5 0.00
99 1 0.00
100 11 0.00
101 4 0.00
102 28 0.01
103 31 0.01
104 35 0.01
ACGTcount: A:0.32, C:0.07, G:0.24, T:0.37
Consensus pattern (91 bp):
TGCAAATTGAAGTGTAAAGTGCTGCAAATTGAAGTGTTTGAATGCTGCAAATTGAAGTGTTTAAA
TGCTGTAAATTGAAGTGCTTAAATGT
Found at i:62362978 original size:23 final size:23
Alignment explanation
Indices: 62362964--62365347 Score: 1048
Period size: 23 Copynumber: 104.0 Consensus size: 23
62362954 TTGAGATGTA
62362964 AAAGTGCTGCAAATTGAAGTGCTT
1 AAAGTGCTGCAAATTGAAGTG-TT
*
62362988 AAA-TGCTGTAAATTGAAGTGTT
1 AAAGTGCTGCAAATTGAAGTGTT
62363010 AAAGTGCTGCAAATTGAAGTGTTT
1 AAAGTGCTGCAAATTGAAGTG-TT
* **
62363034 GAA-TGCTATAAATTGAAGTGTTT
1 AAAGTGCTGCAAATTGAAGTG-TT
* *
62363057 AAA-TGCTGTAAATTGATGTGCTT
1 AAAGTGCTGCAAATTGAAGTG-TT
*
62363080 AAA-TGTTGCAAATTGAAGTGTT
1 AAAGTGCTGCAAATTGAAGTGTT
* *
62363102 TAAGTACTGCAAATTGAAGTGTT
1 AAAGTGCTGCAAATTGAAGTGTT
* * *
62363125 -TAGTTGCTGGACATTG-AGATGTT
1 AAAG-TGCTGCAAATTGAAG-TGTT
** * *
62363148 TTA-TCGCTG-TAATTGAGGTGTAT
1 AAAGT-GCTGCAAATTGAAGTGT-T
* ** *
62363171 AAA-TGTTGTTAATTG-AGATGTA
1 AAAGTGCTGCAAATTGAAG-TGTT
62363193 AAAGTGCTGCAAATTGAA-TGCTT
1 AAAGTGCTGCAAATTGAAGTG-TT
*
62363216 AAA-TGCTGTAAATTGAAGTGTT
1 AAAGTGCTGCAAATTGAAGTGTT
62363238 AAAGTGCTGCAAATT-AAGTGTTT
1 AAAGTGCTGCAAATTGAAGTG-TT
*
62363261 GAA-TGCTGCAAATTGAAGTGTTT
1 AAAGTGCTGCAAATTGAAGTG-TT
*
62363284 AAA-TGCTGTAAATTGAAGTGCTT
1 AAAGTGCTGCAAATTGAAGTG-TT
*
62363307 AAA-TGTTGCAAATTGAAGTGTT
1 AAAGTGCTGCAAATTGAAGTGTT
* * * * *
62363329 TAACTACTGTAAATTAAAGTGTT
1 AAAGTGCTGCAAATTGAAGTGTT
* * *
62363352 -TAGTTGCTGGACATTG-AGATGTT
1 AAAG-TGCTGCAAATTGAAG-TGTT
** * *
62363375 TTA-TCGCTG-TAATTGAGGTGTAT
1 AAAGT-GCTGCAAATTGAAGTGT-T
* **
62363398 AAA-TGTTGTTAATTG-AGATGTT
1 AAAGTGCTGCAAATTGAAG-TGTT
62363420 AAAGTGCTGCAAATTGAAGTGCTT
1 AAAGTGCTGCAAATTGAAGTG-TT
*
62363444 AAA-TGCTGTAAATTGAAGTGTTT
1 AAAGTGCTGCAAATTGAAGTG-TT
* **
62363467 GAA-TGCTATAAATTGAAGTGTTT
1 AAAGTGCTGCAAATTGAAGTG-TT
* *
62363490 AAA-TGCTGTAAATTGATGTGGTT
1 AAAGTGCTGCAAATTGAAGT-GTT
*
62363513 AAA-TGTTGCAAATTGAAGTGTT
1 AAAGTGCTGCAAATTGAAGTGTT
* *
62363535 TAAGTACTGCAAATTGAAGTGTT
1 AAAGTGCTGCAAATTGAAGTGTT
* * *
62363558 -TAGTTGCTGGACATTG-AGATGTT
1 AAAG-TGCTGCAAATTGAAG-TGTT
** * *
62363581 TTA-TCGCTG-TAATTGAGGTGTAT
1 AAAGT-GCTGCAAATTGAAGTGT-T
* ** *
62363604 AAA-TGTTGTTAATTG-AGATGTA
1 AAAGTGCTGCAAATTGAAG-TGTT
62363626 AAAGTGCTGCAAATTGAAGTGCTT
1 AAAGTGCTGCAAATTGAAGTG-TT
*
62363650 AAA-TGCTGTAAATTGAAGTGTT
1 AAAGTGCTGCAAATTGAAGTGTT
62363672 AAAGTGCTGCAAATTGAAGTGTTT
1 AAAGTGCTGCAAATTGAAGTG-TT
*
62363696 GAA-TGCTGCAAATTGAAGTGTTT
1 AAAGTGCTGCAAATTGAAGTG-TT
**
62363719 AAA-TGCTATAAATTGAAGTGCTT
1 AAAGTGCTGCAAATTGAAGTG-TT
*
62363742 AAA-TGTTGCAAATTGAAGTGTT
1 AAAGTGCTGCAAATTGAAGTGTT
* * *
62363764 TAAG-GACTGAAAATTGTAGTGTT
1 AAAGTG-CTGCAAATTGAAGTGTT
* * * *
62363787 -TAGTTGCTGGACA-TGGAGATGTT
1 AAAG-TGCTGCAAATTGAAG-TGTT
** * *
62363810 TTA-TCGCTG-TAATTGAGGTGTAT
1 AAAGT-GCTGCAAATTGAAGTGT-T
* ** *
62363833 AAA-TGTTGTTAATTG-AGATGTA
1 AAAGTGCTGCAAATTGAAG-TGTT
62363855 AAAGTGCTGCAAATTGAAGTGCTT
1 AAAGTGCTGCAAATTGAAGTG-TT
*
62363879 AAA-TGCTGTAAATTGAAGTGTT
1 AAAGTGCTGCAAATTGAAGTGTT
62363901 AAAGTGCTGCAAATTGAAGTGTTT
1 AAAGTGCTGCAAATTGAAGTG-TT
*
62363925 GAA-TGCTGCAAATTGAAGTGTTT
1 AAAGTGCTGCAAATTGAAGTG-TT
*
62363948 AAA-TGCTGTAAATTGAAGTGCTT
1 AAAGTGCTGCAAATTGAAGTG-TT
*
62363971 AAA-TGTTGCAAATTGAAGTGTT
1 AAAGTGCTGCAAATTGAAGTGTT
* * *
62363993 TAAGTACTGTAAATTGAAGTGTT
1 AAAGTGCTGCAAATTGAAGTGTT
* * * *
62364016 -TAGTTGCTGGACATTGAGATGTTTT
1 AAAG-TGCTGCAAATTGA-A-GTGTT
** * ** *
62364041 ATCGCTGTAATTGTTAATTG-AGTGTA
1 AAAG-TG---CTGCAAATTGAAGTGTT
*
62364067 AAAGTG-T--TAATTG-AGATG-T
1 AAAGTGCTGCAAATTGAAG-TGTT
62364086 -AAGTGCTGCAAATTGAAGTGCTT
1 AAAGTGCTGCAAATTGAAGTG-TT
*
62364109 AAA-TGCTGTAAATTGAAGTGTT
1 AAAGTGCTGCAAATTGAAGTGTT
62364131 AAAGTGCTGCAAATTGAAGTGTTT
1 AAAGTGCTGCAAATTGAAGTG-TT
*
62364155 GAA-TGCTGCAAATTGAAGTGTTT
1 AAAGTGCTGCAAATTGAAGTG-TT
*
62364178 AAA-TGCTGTAAATTGAAGTGCTT
1 AAAGTGCTGCAAATTGAAGTG-TT
*
62364201 AAA-TGTTGCAAATTGAAGTGTT
1 AAAGTGCTGCAAATTGAAGTGTT
* *
62364223 TAA-----GAAAATT--AGTGTT
1 AAAGTGCTGCAAATTGAAGTGTT
* * * *
62364239 T-AGTTGCTGGACA-TGGAGATGTT
1 AAAG-TGCTGCAAATTGAAG-TGTT
** * * *
62364262 TTA-TCGCTGTATAAATG--TTGTT
1 AAAGT-GCTGCA-AATTGAAGTGTT
* * * * *
62364284 AATTGAGATGTAAAAGTCTGCAA--ATT
1 AA-AGTGCTG-CAAA-T-TG-AAGTGTT
* *
62364310 GAAGTGCTTAAATGCTGAAAATTGAAGTGTT
1 AAAGTGC-----TGC-AA--ATTGAAGTGTT
*
62364341 AAAGTGTTGCAAATTGAAGTGTTT
1 AAAGTGCTGCAAATTGAAGTG-TT
* **
62364365 GAA-TGCTATAAATTGAAGTGTTT
1 AAAGTGCTGCAAATTGAAGTG-TT
* *
62364388 AAA-TGCTGTAAATTGATGTGCTT
1 AAAGTGCTGCAAATTGAAGTG-TT
*
62364411 AAA-TGTTGCAAATTGAAGTGTT
1 AAAGTGCTGCAAATTGAAGTGTT
* *
62364433 TAAGTACTGCAAATTGAAGTGTT
1 AAAGTGCTGCAAATTGAAGTGTT
* * *
62364456 -TAGTTGCTGGACATTG-AGATGTT
1 AAAG-TGCTGCAAATTGAAG-TGTT
** * *
62364479 TTA-TCGCTG-TAATTGAGGTGTAT
1 AAAGT-GCTGCAAATTGAAGTGT-T
* ** *
62364502 AAA-TGTTGTTAATTG-AGATGTA
1 AAAGTGCTGCAAATTGAAG-TGTT
62364524 AAAGTGCTGCAAATTGAAGTGCTT
1 AAAGTGCTGCAAATTGAAGTG-TT
*
62364548 AAA-TGCTGTAAATTGAAGTGTT
1 AAAGTGCTGCAAATTGAAGTGTT
62364570 AAAGTGCTGCAAATTGAAGTGTTT
1 AAAGTGCTGCAAATTGAAGTG-TT
*
62364594 GAA-TGCTGCAAATTGAAGTGTTT
1 AAAGTGCTGCAAATTGAAGTG-TT
*
62364617 AAA-TGCTGTAAATTGAAGTGCTT
1 AAAGTGCTGCAAATTGAAGTG-TT
*
62364640 AAA-TGTTGCAAATTGAAGTGTT
1 AAAGTGCTGCAAATTGAAGTGTT
* * * * *
62364662 TAACTACTGTAAATTAAAGTGTT
1 AAAGTGCTGCAAATTGAAGTGTT
* * *
62364685 --TGTTGCTGGACATTG-AGATGTT
1 AAAG-TGCTGCAAATTGAAG-TGTT
** * *
62364707 TTA-TCGCTG-TAATTGAGGTGTAT
1 AAAGT-GCTGCAAATTGAAGTGT-T
* **
62364730 AAA-TGTTGTTAATTG-AGATG-T
1 AAAGTGCTGCAAATTGAAG-TGTT
62364751 AAAGTGCTGCAAATTGAAGTGCTT
1 AAAGTGCTGCAAATTGAAGTG-TT
*
62364775 AAA-TGCTGTAAATTGAAGTGTTT
1 AAAGTGCTGCAAATTGAAGTG-TT
* **
62364798 GAA-TGCTATAAAATTGAAGTGTTT
1 AAAGTGCT-GCAAATTGAAGTG-TT
* *
62364822 AAA-TGCTGTAAATTGATGTGGTT
1 AAAGTGCTGCAAATTGAAGT-GTT
* * *
62364845 AAA-TGTTGCAAATTAAAGTTTT
1 AAAGTGCTGCAAATTGAAGTGTT
* * *
62364867 TAAGTACAGCAAATTGAAGTGTT
1 AAAGTGCTGCAAATTGAAGTGTT
* * *
62364890 -TAGTTGCTGGACATTG-AGATGTT
1 AAAG-TGCTGCAAATTGAAG-TGTT
** * *
62364913 TTA-TCGCTG-TAATTGAGGTGTAT
1 AAAGT-GCTGCAAATTGAAGTGT-T
* ** *
62364936 AAA-TGTTGTTAATTG-AGATGTA
1 AAAGTGCTGCAAATTGAAG-TGTT
62364958 AAAGTGCTGCAAATTGAAGTGCTT
1 AAAGTGCTGCAAATTGAAGTG-TT
*
62364982 AAA-TGCTGTAAATTGAAGTGTT
1 AAAGTGCTGCAAATTGAAGTGTT
62365004 AAAGTGCTGCAAATTGAAGTGTTT
1 AAAGTGCTGCAAATTGAAGTG-TT
*
62365028 GAA-TGCTGCAAATTGAAGTGTTT
1 AAAGTGCTGCAAATTGAAGTG-TT
*
62365051 AAA-TGCTGTAAATTGAAGTGCTT
1 AAAGTGCTGCAAATTGAAGTG-TT
*
62365074 AAA-TGTTGCAAATTGAAGTGTT
1 AAAGTGCTGCAAATTGAAGTGTT
* * *
62365096 TAAG-GACTGAAAATTGTAGTGTT
1 AAAGTG-CTGCAAATTGAAGTGTT
* * * *
62365119 -TAGTTGCTGGACA-TGGAGATGTT
1 AAAG-TGCTGCAAATTGAAG-TGTT
** * *
62365142 TTA-TCGCTG-TAATTGAGGTGTAT
1 AAAGT-GCTGCAAATTGAAGTGT-T
* ** *
62365165 AAA-TGTTGTTAATTG-AGATGTA
1 AAAGTGCTGCAAATTGAAG-TGTT
*
62365187 AAAGTTCTGCAAATTGAAGTGCTT
1 AAAGTGCTGCAAATTGAAGTG-TT
*
62365211 AAA-TGCTGTAAATTGAAGTGTT
1 AAAGTGCTGCAAATTGAAGTGTT
62365233 AAAGTGCTGCAAATTGAAGTGTTT
1 AAAGTGCTGCAAATTGAAGTG-TT
*
62365257 GAA-TGCTGCAAATTGAAGTGTTT
1 AAAGTGCTGCAAATTGAAGTG-TT
*
62365280 AAA-TGCTGTAAATTGAAGTGCTT
1 AAAGTGCTGCAAATTGAAGTG-TT
*
62365303 AAA-TGTTGCAAATTGAAGTGTT
1 AAAGTGCTGCAAATTGAAGTGTT
* * *
62365325 TAAG-GTCTGAAAATTGTAGTGTT
1 AAAGTG-CTGCAAATTGAAGTGTT
62365348 TAGTTGCTGG
Statistics
Matches: 1865, Mismatches: 322, Indels: 347
0.74 0.13 0.14
Matches are distributed among these distances:
15 1 0.00
16 7 0.00
18 11 0.01
19 9 0.00
20 3 0.00
21 17 0.01
22 296 0.16
23 1349 0.72
24 121 0.06
25 13 0.01
26 15 0.01
27 1 0.00
29 8 0.00
30 5 0.00
31 8 0.00
32 1 0.00
ACGTcount: A:0.32, C:0.07, G:0.24, T:0.37
Consensus pattern (23 bp):
AAAGTGCTGCAAATTGAAGTGTT
Found at i:62364821 original size:24 final size:23
Alignment explanation
Indices: 62359031--62361378 Score: 1488
Period size: 23 Copynumber: 103.0 Consensus size: 23
62359021 GATGTAAAAG
* **
62359031 TGCTGCAAATTGAAGTGCCTAAA
1 TGCTGTAAATTGAAGTGTTTAAA
62359054 TGCTGTAAATTGAAGTG-TTAAA
1 TGCTGTAAATTGAAGTGTTTAAA
* * *
62359076 GTGTTGCAAATTGAAGTGTTTGAA
1 -TGCTGTAAATTGAAGTGTTTAAA
* *
62359100 TGCTATAAATTGAAATGTTTAAA
1 TGCTGTAAATTGAAGTGTTTAAA
* *
62359123 TGCTGTAAATTGATGTGCTTAAA
1 TGCTGTAAATTGAAGTGTTTAAA
* * *
62359146 TGTTGCAAATTGAAGTGTTTAAG
1 TGCTGTAAATTGAAGTGTTTAAA
* * **
62359169 TACTGCAAATTGAAGTGTTTAGT
1 TGCTGTAAATTGAAGTGTTTAAA
* * *
62359192 TGCTGGACATTG-AGATGTTT-TA
1 TGCTGTAAATTGAAG-TGTTTAAA
* *
62359214 TCGCTGT-AATTGAGGTGTATAAA
1 T-GCTGTAAATTGAAGTGTTTAAA
* * *
62359237 TGTTGTTAATTG-AGATG-TAAAA
1 TGCTGTAAATTGAAG-TGTTTAAA
* *
62359259 GTGCTGCAAATTGAAGTGCTTAAA
1 -TGCTGTAAATTGAAGTGTTTAAA
62359283 TGCTGTAAATTGAAGTG-TTAAA
1 TGCTGTAAATTGAAGTGTTTAAA
* *
62359305 GTGCTGCAAATTGAAGTGTTTGAA
1 -TGCTGTAAATTGAAGTGTTTAAA
* *
62359329 TGCTGCAAATTGAATTGTTTAAA
1 TGCTGTAAATTGAAGTGTTTAAA
* *
62359352 TGCTATAAATTGAAGTGCTTAAA
1 TGCTGTAAATTGAAGTGTTTAAA
* *
62359375 TGTTGCAAATTGAAGTGTTT-AA
1 TGCTGTAAATTGAAGTGTTTAAA
* * * * **
62359397 GGACTGAAAATTGTAGTCTTTAGT
1 TG-CTGTAAATTGAAGTGTTTAAA
* * *
62359421 TGCTGGACATTG-AGATGTTT-TA
1 TGCTGTAAATTGAAG-TGTTTAAA
* *
62359443 TCGCTGT-AATTGAGGTGTATAAA
1 T-GCTGTAAATTGAAGTGTTTAAA
* *
62359466 TGTTGTTAATTG-AGATG--TAAA
1 TGCTGTAAATTGAAG-TGTTTAAA
*
62359487 GTGCTGCAAATTGAAGT-TCTTAAA
1 -TGCTGTAAATTGAAGTGT-TTAAA
62359511 TGCTGTAAATTGAAGTG-TTAAA
1 TGCTGTAAATTGAAGTGTTTAAA
* *
62359533 GTGCTGCAAATTGAAGTGTTTGAA
1 -TGCTGTAAATTGAAGTGTTTAAA
* *
62359557 TGCTATAAATTGAGGTGTTTAAA
1 TGCTGTAAATTGAAGTGTTTAAA
* *
62359580 TGCTGTAAATTGATGTGCTTAAA
1 TGCTGTAAATTGAAGTGTTTAAA
* * * *
62359603 CGTTGCAAATTGAAGTGTTTAAG
1 TGCTGTAAATTGAAGTGTTTAAA
* * * **
62359626 TACTGCAAATTCAAGTGTTTAGT
1 TGCTGTAAATTGAAGTGTTTAAA
* * *
62359649 TGCTGGACATTG-AGATGTTT-TA
1 TGCTGTAAATTGAAG-TGTTTAAA
* * *
62359671 TCACTGT-AATTGAGGTGTATAAA
1 T-GCTGTAAATTGAAGTGTTTAAA
* * *
62359694 TGTTGTTAATTG-AGATG-TAAAA
1 TGCTGTAAATTGAAG-TGTTTAAA
*
62359716 GTGCTTTAAATTGAAGTG-TTAAA
1 -TGCTGTAAATTGAAGTGTTTAAA
* *
62359739 GTGCTGCAAATTGAAGTGTTTGAA
1 -TGCTGTAAATTGAAGTGTTTAAA
**
62359763 TGCTGCCAATTGAAGTGTTTAAA
1 TGCTGTAAATTGAAGTGTTTAAA
*
62359786 TGCTGTAAATTGAA-TGCTTAAA
1 TGCTGTAAATTGAAGTGTTTAAA
* * *
62359808 TGTTGCAAATTGAAGTGTTTAAG
1 TGCTGTAAATTGAAGTGTTTAAA
* * **
62359831 TACTG-AAATTAAAGTGTTT-GT
1 TGCTGTAAATTGAAGTGTTTAAA
* * *
62359852 TGCTGGACATTG-AGATGTTT-TA
1 TGCTGTAAATTGAAG-TGTTTAAA
* *
62359874 TCGCTGT-AATTGAGGTGTATAAA
1 T-GCTGTAAATTGAAGTGTTTAAA
* *
62359897 TGTTTGT-AATTG-AGATG-TAAAA
1 TG-CTGTAAATTGAAG-TGTTTAAA
* *
62359919 GTGCTGCAAATTGAAGCT-CTTAAA
1 -TGCTGTAAATTGAAG-TGTTTAAA
62359943 TGCTGTAAATTGAAGT-TTTAAA
1 TGCTGTAAATTGAAGTGTTTAAA
* *
62359965 GTGCTGCAAATTGAAGTGTTTGAA
1 -TGCTGTAAATTGAAGTGTTTAAA
* *
62359989 TTCTGCAAATTGAAGTGTTTAAA
1 TGCTGTAAATTGAAGTGTTTAAA
* **
62360012 TGCTATAAATTGAAGTACTTAAA
1 TGCTGTAAATTGAAGTGTTTAAA
* *
62360035 TGTTGCAAATTGAAGTGTTT-AA
1 TGCTGTAAATTGAAGTGTTTAAA
* ** * **
62360057 GGACTAAAAATTGTAGTGTTTAGT
1 TG-CTGTAAATTGAAGTGTTTAAA
* * * *
62360081 TGCTGGACA-TGGAGATGTTT-TA
1 TGCTGTAAATTGAAG-TGTTTAAA
* *
62360103 TCGCTGT-AATTGAGGTGTATAAA
1 T-GCTGTAAATTGAAGTGTTTAAA
* * *
62360126 TGTTGTTAATTG-AGATG-TAAAA
1 TGCTGTAAATTGAAG-TGTTTAAA
* *
62360148 GTGCTGCAAATTGAAGTGCTTAAA
1 -TGCTGTAAATTGAAGTGTTTAAA
62360172 TGCTGTAAATTGAAGTG-TTAAA
1 TGCTGTAAATTGAAGTGTTTAAA
* * *
62360194 GTGTTGCAAATTGAAGTGTTTGAA
1 -TGCTGTAAATTGAAGTGTTTAAA
* *
62360218 TGCTATAAATTGAAATGTTTAAA
1 TGCTGTAAATTGAAGTGTTTAAA
* *
62360241 TGCTGTAAATTGATGTGCTTAAA
1 TGCTGTAAATTGAAGTGTTTAAA
* * *
62360264 TGTTGCAAATTGAAGTGTTTAAG
1 TGCTGTAAATTGAAGTGTTTAAA
* ** **
62360287 TACTACAAATTGAAGTGTTTAGT
1 TGCTGTAAATTGAAGTGTTTAAA
* * *
62360310 TGCTGGACATTG-AGATGTTT-TA
1 TGCTGTAAATTGAAG-TGTTTAAA
* *
62360332 TCGCTGT-AATTGATGTGTATAAA
1 T-GCTGTAAATTGAAGTGTTTAAA
* * *
62360355 TGTTGTTAATTG-AGATG-TAAAA
1 TGCTGTAAATTGAAG-TGTTTAAA
* *
62360377 GTGCTGCAAATTGAAGTGCTTAAA
1 -TGCTGTAAATTGAAGTGTTTAAA
62360401 TGCTGTAAATTGAAGTG-TTAAA
1 TGCTGTAAATTGAAGTGTTTAAA
* *
62360423 GTGCTGCAAATTGAAGTGTTTGAA
1 -TGCTGTAAATTGAAGTGTTTAAA
* *
62360447 TGCTGCAAATTGAATTGTTTAAA
1 TGCTGTAAATTGAAGTGTTTAAA
* *
62360470 TGCTATAAATTGAAGTGCTTAAA
1 TGCTGTAAATTGAAGTGTTTAAA
* * *
62360493 TGTTGCAAATTGAAGTGTTTAAG
1 TGCTGTAAATTGAAGTGTTTAAA
* * **
62360516 TACTGAAAATTGAAGTGTTTAGT
1 TGCTGTAAATTGAAGTGTTTAAA
* * *
62360539 TGCTGGACA-TG-AGATGTTT-TA
1 TGCTGTAAATTGAAG-TGTTTAAA
* *
62360560 TCGCTGT-AATTGAGGTGTATAAA
1 T-GCTGTAAATTGAAGTGTTTAAA
* * *
62360583 TGTTGTTAATTG-AGATG-TAAAA
1 TGCTGTAAATTGAAG-TGTTTAAA
* *
62360605 GTGCTGCAAATTGAAGTGCTTAAA
1 -TGCTGTAAATTGAAGTGTTTAAA
62360629 TGCTG-AAATTGAAGTG-TTAAA
1 TGCTGTAAATTGAAGTGTTTAAA
* *
62360650 GTG-TGCAAATTGAAGTGTTTGAA
1 -TGCTGTAAATTGAAGTGTTTAAA
62360673 TGC--TAAATTGAAGTGTTTAAA
1 TGCTGTAAATTGAAGTGTTTAAA
* *
62360694 TGCTGTAAATTGATGTGCTTAAA
1 TGCTGTAAATTGAAGTGTTTAAA
* * *
62360717 TGTTGCAAATTGAAGTGTTTAAG
1 TGCTGTAAATTGAAGTGTTTAAA
* * **
62360740 TACTGCAAATTGAAGTGTTTAGT
1 TGCTGTAAATTGAAGTGTTTAAA
* * *
62360763 TGCTGGACATTG-AGATGTTT-TA
1 TGCTGTAAATTGAAG-TGTTTAAA
* *
62360785 TCGCTGT-AATTGAGGTGTATAAA
1 T-GCTGTAAATTGAAGTGTTTAAA
* *
62360808 TGTTGTTAATTG-AGATG-TTAAA
1 TGCTGTAAATTGAAG-TGTTTAAA
* *
62360830 GTGCTGCAAAATGAAGTG-TTAAA
1 -TGCTGTAAATTGAAGTGTTTAAA
* *
62360853 GTGCTGCAAATTGAAGTGTTTGAA
1 -TGCTGTAAATTGAAGTGTTTAAA
**
62360877 TGCTACAAATTGAAGTGTTTAAA
1 TGCTGTAAATTGAAGTGTTTAAA
* *
62360900 TGCTGTAAATTGATGTGCTTAAA
1 TGCTGTAAATTGAAGTGTTTAAA
* * * *
62360923 TGTTGCAAATTGAAGTATTTAAG
1 TGCTGTAAATTGAAGTGTTTAAA
* * **
62360946 TACTGCAAATTGAAGTGTTTAGT
1 TGCTGTAAATTGAAGTGTTTAAA
* * *
62360969 TGCTGGACATTG-AGATGTTT-TA
1 TGCTGTAAATTGAAG-TGTTTAAA
* * *
62360991 TCGCTAT-AATTG-AGGGTATAAA
1 T-GCTGTAAATTGAAGTGTTTAAA
* *
62361013 TGTTGTTAATTG-AGATG-TTAAA
1 TGCTGTAAATTGAAG-TGTTTAAA
*
62361035 GTGCTGCAAATTGAAGTG-TTAAA
1 -TGCTGTAAATTGAAGTGTTTAAA
* *
62361058 GTGCTGCAAATTGAAGTGTTTGAA
1 -TGCTGTAAATTGAAGTGTTTAAA
*
62361082 TGCTGCAAATTGAAGTGTTTAAA
1 TGCTGTAAATTGAAGTGTTTAAA
*
62361105 TGCTGTAAATTGAAGTGCTTAAA
1 TGCTGTAAATTGAAGTGTTTAAA
* *
62361128 TGTTGCAAATTGAAGTGTTTAAGGA
1 TGCTGTAAATTGAAGTGTTTAA--A
* *
62361153 T--TGCAAATTGAAGTGTTT-AG
1 TGCTGTAAATTGAAGTGTTTAAA
* * *
62361173 TGGCTGGACATTG-AGATGTTT-TA
1 T-GCTGTAAATTGAAG-TGTTTAAA
* *
62361196 TCGCTGT-AATTGAGGTGTATAAA
1 T-GCTGTAAATTGAAGTGTTTAAA
* * *
62361219 TGTTGTTAATTG-AGATG-TAAAA
1 TGCTGTAAATTGAAG-TGTTTAAA
* *
62361241 GTGCTGCAAATTGAAGTGCTTAAA
1 -TGCTGTAAATTGAAGTGTTTAAA
62361265 TGCTGTAAATTGAAGTG-TTAAA
1 TGCTGTAAATTGAAGTGTTTAAA
* *
62361287 GTGCTGCAAATTGAAGTGTTTGAA
1 -TGCTGTAAATTGAAGTGTTTAAA
*
62361311 TGCTGCAAATTGAAGTGTTTAAA
1 TGCTGTAAATTGAAGTGTTTAAA
*
62361334 TGCTGTAAATTGAAGTGCTTAAA
1 TGCTGTAAATTGAAGTGTTTAAA
* *
62361357 TGTTGCAAATTGAAGTGTTTAA
1 TGCTGTAAATTGAAGTGTTTAA
62361379 GTACCAAATT
Statistics
Matches: 1820, Mismatches: 381, Indels: 248
0.74 0.16 0.10
Matches are distributed among these distances:
20 1 0.00
21 46 0.03
22 310 0.17
23 1371 0.75
24 90 0.05
25 2 0.00
ACGTcount: A:0.32, C:0.07, G:0.24, T:0.37
Consensus pattern (23 bp):
TGCTGTAAATTGAAGTGTTTAAA
Found at i:62365119 original size:229 final size:225
Alignment explanation
Indices: 62358172--62365773 Score: 4195
Period size: 229 Copynumber: 33.3 Consensus size: 225
62358162 GATGTAAAAG
*
62358172 TGCTGCAAATTGAAGTGCTTAAATGCTGTAAATTGAAGTG-TTAAAGTGCTGCAAATTGAAGTGT
1 TGCTGCAAATTGAAGTGTTTAAATGCTGTAAATTGAAGTGTTTAAA-TGCTGCAAATTGAAGTGT
* * * * ** * ** * *
62358236 TTGAATGCTGCAAATTTAATTGTTTAAATGCTATAAATTGAAGTGCTTAAATGTTGCAAATTGA-
65 TTAAATGCTGCAAATTGAAGTGTTT-AAGGCTGCAAATTGAAGTGTTTAGTTGCTGTAAATTGAG
* * ** * * * * * *
62358300 AGTGTTTAAGGACT-TAAAATTGTA-GTGTTTAGTTGCTGGACATGGAGATGTTTTATTGCTG-T
129 A-TGTTTAATG-CTGT--AATTG-AGGTGTATAAATGCTGCAAATTGAGATG-TTAAATGCTGCA
* * ** *
62358362 AATTGAGGTGTATAAATGTTGTTAATTG-AGATG-TAAAA
188 AATTGAAGTGT-TAAATGCTGCAAATTGAAG-TGTTTAAA
* *
62358400 GTGCTGCAAATTGAAGTGCTTAAATGCTGTAAATTGAAGTG-TTAAAGTGTTGCAAATTGAAGTG
1 -TGCTGCAAATTGAAGTGTTTAAATGCTGTAAATTGAAGTGTTTAAA-TGCTGCAAATTGAAGTG
* ** * ** * * ** * *
62358464 TTTGAATGCTATAAATTGAAGTGTTTAAATGCTGTTAATTGATGTGCTTAAATGTTGCAAATTGA
64 TTTAAATGCTGCAAATTGAAGTGTTT-AAGGCTGCAAATTGAAGTGTTTAGTTGCTGTAAATTGA
* * * * ** * * * * *
62358529 -AGTGTTTAAGTACTGCAAATTGAAGTGTTTAGTTGCTGGACATTGAGATGTTTTATTGCTG-TA
128 GA-TGTTTAA-TGCTG-TAATTGAGGTGTATAAATGCTGCAAATTGAGATG-TTAAATGCTGCAA
* * **
62358592 ATTGAGGTGTATAAATGTTGTTAATTG-AGATG-TTAAA
189 ATTGAAGTGT-TAAATGCTGCAAATTGAAG-TGTTTAAA
* * * * *
62358629 GTGCTACAAATTGAAGTG-TCAAAGTGCTGCAAATTGAAGTGTTTGAATGCTACAAATTGAAGTG
1 -TGCTGCAAATTGAAGTGTTTAAA-TGCTGTAAATTGAAGTGTTTAAATGCTGCAAATTGAAGTG
* * * * * * * *
62358693 TTTAAATGCTGTAAATTGATGTGCTTAAATGTTGCAAATTGAAGTATTTAAG-TACTGCAAATTG
64 TTTAAATGCTGCAAATTGAAGTG-TTTAAGGCTGCAAATTGAAGTGTTT-AGTTGCTGTAAATTG
* * * ** * *
62358757 A-AGTGTTTAGTTGCTGGACATTGAGATGT-TTTAT-C-GCTATAATTGAGGTGTTTAAATGTTG
127 AGA-TGTTTA-ATGCTGTA-ATTGAGGTGTATAAATGCTGC-A-AATTGAGATG-TTAAATGCTG
** *
62358818 TTAGTTG-AGATGTTAAAGTGCTGCAAATTGAAGTG-TTAAA
186 CAAATTGAAG-TGTTAAA-TGCTGCAAATTGAAGTGTTTAAA
* * * *
62358858 GTGCTGCAAATTGAAGTGTTTGAATGCTGCAAATTGAAGTGTTTAAATGCTGTAAATTGAAGTGC
1 -TGCTGCAAATTGAAGTGTTTAAATGCTGTAAATTGAAGTGTTTAAATGCTGCAAATTGAAGTGT
* * * * * *
62358923 TTAAATGTTGCAAATTGAAGTGTTTAAGGACTGAAAATTGTAGTGTTTAGTTGCTGGACATGGAG
65 TTAAATGCTGCAAATTGAAGTGTTTAAGG-CTGCAAATTGAAGTGTTTAGTTGCTGTAAATTGAG
* * * ** *
62358988 ATG--T--T--T-T-A-T-CGCTGTATAAATGTTGTTAATTGAGATGTAAAAGTGCTGCAAATTG
129 ATGTTTAATGCTGTAATTGAGGTGTATAAATGCTGCAAATTGAGATGTTAAA-TGCTGCAAATTG
* *
62359043 AAGTGCCTAAATGCTGTAAATTGAAGTG-TTAAA
193 AAGTG-TTAAATGCTGCAAATTGAAGTGTTTAAA
* * * * * * *
62359076 GTGTTGCAAATTGAAGTGTTTGAATGCTATAAATTGAAATGTTTAAATGCTGTAAATTGATGTGC
1 -TGCTGCAAATTGAAGTGTTTAAATGCTGTAAATTGAAGTGTTTAAATGCTGCAAATTGAAGTGT
* * * *
62359141 TTAAATGTTGCAAATTGAAGTGTTTAAGTACTGCAAATTGAAGTGTTTAGTTGCTGGACATTGAG
65 TTAAATGCTGCAAATTGAAGTGTTTAAG-GCTGCAAATTGAAGTGTTTAGTTGCTGTAAATTGAG
* * ** *
62359206 ATGTTTTATCGCTGTAATTGAGGTGTATAAATGTTGTTAATTGAGATGTAAAAGTGCTGCAAATT
129 ATGTTTAAT-GCTGTAATTGAGGTGTATAAATGCTGCAAATTGAGATGTTAAA-TGCTGCAAATT
*
62359271 GAAGTGCTTAAATGCTGTAAATTGAAGTG-TTAAA
192 GAAGTG-TTAAATGCTGCAAATTGAAGTGTTTAAA
* * * ** *
62359305 GTGCTGCAAATTGAAGTGTTTGAATGCTGCAAATTGAATTGTTTAAATGCTATAAATTGAAGTGC
1 -TGCTGCAAATTGAAGTGTTTAAATGCTGTAAATTGAAGTGTTTAAATGCTGCAAATTGAAGTGT
* * * * * *
62359370 TTAAATGTTGCAAATTGAAGTGTTTAAGGACTGAAAATTGTAGTCTTTAGTTGCTGGACATTGAG
65 TTAAATGCTGCAAATTGAAGTGTTTAAGG-CTGCAAATTGAAGTGTTTAGTTGCTGTAAATTGAG
* * **
62359435 ATGTTTTATCGCTGTAATTGAGGTGTATAAATGTTGTTAATTGAGATG-TAAAGTGCTGCAAATT
129 ATGTTTAAT-GCTGTAATTGAGGTGTATAAATGCTGCAAATTGAGATGTTAAA-TGCTGCAAATT
* *
62359499 GAAGTTCTTAAATGCTGTAAATTGAAGTG-TTAAA
192 GAAG-TGTTAAATGCTGCAAATTGAAGTGTTTAAA
* * * * * *
62359533 GTGCTGCAAATTGAAGTGTTTGAATGCTATAAATTGAGGTGTTTAAATGCTGTAAATTGATGTGC
1 -TGCTGCAAATTGAAGTGTTTAAATGCTGTAAATTGAAGTGTTTAAATGCTGCAAATTGAAGTGT
* * * * * *
62359598 TTAAACGTTGCAAATTGAAGTGTTTAAGTACTGCAAATTCAAGTGTTTAGTTGCTGGACATTGAG
65 TTAAATGCTGCAAATTGAAGTGTTTAAG-GCTGCAAATTGAAGTGTTTAGTTGCTGTAAATTGAG
* * * ** * **
62359663 ATGTTTTATCACTGTAATTGAGGTGTATAAATGTTGTTAATTGAGATGTAAAAGTGCTTTAAATT
129 ATGTTTAAT-GCTGTAATTGAGGTGTATAAATGCTGCAAATTGAGATGTTAAA-TGCTGCAAATT
*
62359728 GAAGTGTTAAAGTGCTGCAAATTGAAGTGTTTGAA
192 GAAGTGTTAAA-TGCTGCAAATTGAAGTGTTTAAA
* * *
62359763 TGCTGCCAATTGAAGTGTTTAAATGCTGTAAATTGAA-TGCTTAAATGTTGCAAATTGAAGTGTT
1 TGCTGCAAATTGAAGTGTTTAAATGCTGTAAATTGAAGTGTTTAAATGCTGCAAATTGAAGTGTT
* * * *** * * *
62359827 TAAGTACTG-AAATTAAAGTGTTTGTTGCTGGACATTG-AGATGTTTTA-TCGCTGT-AATTGAG
66 TAAATGCTGCAAATTGAAGTGTTTAAGGCTGCAAATTGAAG-TG-TTTAGTTGCTGTAAATTGAG
* * * * * * *
62359888 GTGTATAAATGTTTGTAATTGAGATGTA-AAAGTGCTGCAAATTGAAGCTCTTAAATGCTGTAAA
129 ATGT-TTAATG-CTGTAATTGAGGTGTATAAA-TGCTGCAAATTG-AGATGTTAAATGCTGCAAA
* *
62359952 TTGAAGTTTTAAAGTGCTGCAAATTGAAGTGTTTGAA
190 TTGAAGTGTTAAA-TGCTGCAAATTGAAGTGTTTAAA
* * ** *
62359989 TTCTGCAAATTGAAGTGTTTAAATGCTATAAATTGAAGTACTTAAATGTTGCAAATTGAAGTGTT
1 TGCTGCAAATTGAAGTGTTTAAATGCTGTAAATTGAAGTGTTTAAATGCTGCAAATTGAAGTGTT
* ** * * * * *
62360054 T-AAGGACTAAAAATTGTAGTGTTT-AGTTGCTGGACA-TGGAGATGTTTTA-TCGCTGT-AATT
66 TAAATG-CTGCAAATTGAAGTGTTTAAG--GCTGCAAATTGAAG-TG-TTTAGTTGCTGTAAATT
* * * *
62360114 GAGGTGTATAAATGTTGTTAATTGAGATGTA-AAAGTGCTGCAAATTGA-AGTGCTTAAATGCTG
126 GAGATGT-TTAATGCTG-TAATTGAGGTGTATAAA-TGCTGCAAATTGAGA-TG-TTAAATGCTG
* * *
62360177 TAAATTGAAGTGTTAAAGTGTTGCAAATTGAAGTGTTTGAA
186 CAAATTGAAGTGTTAAA-TGCTGCAAATTGAAGTGTTTAAA
** * * * *
62360218 TGCTATAAATTGAAATGTTTAAATGCTGTAAATTGATGTGCTTAAATGTTGCAAATTGAAGTGTT
1 TGCTGCAAATTGAAGTGTTTAAATGCTGTAAATTGAAGTGTTTAAATGCTGCAAATTGAAGTGTT
* * * * * *
62360283 TAAGTACTACAAATTGAAGTGTTT-AGTTGCTGGACATTG-AGATGTTTTA-TCGCTGT-AATTG
66 TAAATGCTGCAAATTGAAGTGTTTAAG--GCTGCAAATTGAAG-TG-TTTAGTTGCTGTAAATTG
* * *
62360344 ATG-TGTATAAATGTTGTTAATTGAGATGTA-AAAGTGCTGCAAATTGA-AGTGCTTAAATGCTG
127 A-GATGT-TTAATGCTG-TAATTGAGGTGTATAAA-TGCTGCAAATTGAGA-TG-TTAAATGCTG
* *
62360406 TAAATTGAAGTGTTAAAGTGCTGCAAATTGAAGTGTTTGAA
186 CAAATTGAAGTGTTAAA-TGCTGCAAATTGAAGTGTTTAAA
* * * *
62360447 TGCTGCAAATTGAATTGTTTAAATGCTATAAATTGAAGTGCTTAAATGTTGCAAATTGAAGTGTT
1 TGCTGCAAATTGAAGTGTTTAAATGCTGTAAATTGAAGTGTTTAAATGCTGCAAATTGAAGTGTT
* * * * * *
62360512 TAAGTACTGAAAATTGAAGTGTTT-AGTTGCTGGACA-TG-AGATGTTTTA-TCGCTGT-AATTG
66 TAAATGCTGCAAATTGAAGTGTTTAAG--GCTGCAAATTGAAG-TG-TTTAGTTGCTGTAAATTG
* * * *
62360572 AGGTGTATAAATGTTGTTAATTGAGATGTA-AAAGTGCTGCAAATTGA-AGTGCTTAAATGCTG-
127 AGATGT-TTAATGCTG-TAATTGAGGTGTATAAA-TGCTGCAAATTGAGA-TG-TTAAATGCTGC
*
62360634 AAATTGAAGTGTTAAAGTG-TGCAAATTGAAGTGTTTGAA
187 AAATTGAAGTGTTAAA-TGCTGCAAATTGAAGTGTTTAAA
* * *
62360673 TGCT--AAATTGAAGTGTTTAAATGCTGTAAATTGATGTGCTTAAATGTTGCAAATTGAAGTGTT
1 TGCTGCAAATTGAAGTGTTTAAATGCTGTAAATTGAAGTGTTTAAATGCTGCAAATTGAAGTGTT
* * * * *
62360736 TAAGTACTGCAAATTGAAGTGTTT-AGTTGCTGGACATTG-AGATGTTTTA-TCGCTGT-AATTG
66 TAAATGCTGCAAATTGAAGTGTTTAAG--GCTGCAAATTGAAG-TG-TTTAGTTGCTGTAAATTG
* * * * *
62360797 AGGTGTATAAATGTTGTTAATTGAGATGT-TAAAGTGCTGCAAAATGA-AGTGTTAAAGTGCTGC
127 AGATGT-TTAATGCTG-TAATTGAGGTGTATAAA-TGCTGCAAATTGAGA-TGTTAAA-TGCTGC
* *
62360860 AAATTGAAGTGTTTGAATGCTACAAATTGAAGTGTTTAAA
187 AAATTGAAGTG-TTAAATGCTGCAAATTGAAGTGTTTAAA
* * * * * * * *
62360900 TGCTGTAAATTGATGTGCTTAAATGTTGCAAATTGAAGTATTTAAGTACTGCAAATTGAAGTGTT
1 TGCTGCAAATTGAAGTGTTTAAATGCTGTAAATTGAAGTGTTTAAATGCTGCAAATTGAAGTGTT
** * * * * * * ** * *
62360965 TAGTTGCTGGACATTG-AGATGTTTTA-TC-GCTATAATTG-AGGGTATAAATGTTGTTAATTGA
66 TAAATGCTGCAAATTGAAG-TGTTTAAGGCTGC-A-AATTGAAGTGTTTAGTTGCTGTAAATTGA
* * * *
62361026 GATGTTAAAGTGCTGCAAATTGAAGTGT-TAAAGTGCTGCAAATTGA-AGTGTTTGAATGCTGCA
128 GATGTTTAA-TGCTG-TAATTGAGGTGTATAAA-TGCTGCAAATTGAGA-TG-TTAAATGCTGCA
* *
62361089 AATTGAAGTGTTTAAATGCTGTAAATTGAAGTGCTTAAA
188 AATTGAAGTG-TTAAATGCTGCAAATTGAAGTGTTTAAA
* * * * *
62361128 TGTTGCAAATTGAAGTGTTTAAGGAT--TGCAAATTGAAGTGTTT-AGTGGCTGGACATTG-AGA
1 TGCTGCAAATTGAAGTGTTTAA--ATGCTGTAAATTGAAGTGTTTAAAT-GCTGCAAATTGAAG-
* * * * * * ** ** *
62361189 TGTTT-TATCGCTG-TAATTGAGGTGTATAAATGTTGTTAATTG-AGATGTAAAAG-TGCTGCAA
62 TGTTTAAAT-GCTGCAAATTGAAGTGT-TTAAGGCTGCAAATTGAAG-TGT-TTAGTTGCTGTAA
* * *
62361250 ATTGA-AGTGCTTAAATGCTGTAAATTGAAGTGT-TAAAGTGCTGCAAATTGA-AGTGTTTGAAT
123 ATTGAGA-TG-TTTAATGCTGT-AATTGAGGTGTATAAA-TGCTGCAAATTGAGA-TG-TTAAAT
* *
62361312 GCTGCAAATTGAAGTGTTTAAATGCTGTAAATTGAAGTGCTTAAA
182 GCTGCAAATTGAAGTG-TTAAATGCTGCAAATTGAAGTGTTTAAA
* * * * ** * *
62361357 TGTTGCAAATTGAAGTGTTTAAGTAC--CAAATTGAAGTGTTTAGTTGCTGGACATTGAGATGTT
1 TGCTGCAAATTGAAGTGTTTAAATGCTGTAAATTGAAGTGTTTAAATGCTGCAAATTGA-A-G--
* ** ** * **
62361420 TTATCGCTGTATAAATGTTGTTAATTG-AGATGTAAAAGTGCTGCAAATTGAAGTGCTTAAATGC
62 ---T-G-T-T-TAAATGCTGCAAATTGAAG-TGTTTAAG-GCTGCAAATTGAAGTGTTTAGTTGC
* * * * *
62361484 TGTAAATTGA-AGTGTTAAAGTGCTGCAAATTGAAGTGTTTGAATGCT--ATAATTGA-AGTGTT
118 TGTAAATTGAGA-TGTTTAA-TGCTG-TAATTGAGGTGTATAAATGCTGCA-AATTGAGA-TG-T
* * * *
62361545 TAAATGCTGTAAATTGATGTGCTTAAATGTTGCAAATTGAAGTGTTTAAG
177 TAAATGCTGCAAATTGAAGTG-TTAAATGCTGCAAATTGAAGTGTTTAAA
* ** * * * * *
62361595 TACTGCAAATTGAAGTGTTTAGTTGCTGGACATTG-AGATGTTT-TATCGCTG-TAATTGAGGTG
1 TGCTGCAAATTGAAGTGTTTAAATGCTGTAAATTGAAG-TGTTTAAAT-GCTGCAAATTGAAGTG
* * ** ** * **
62361657 TATAAATGTTGTTAATTG-AGATGTAAAAGTGCTGCAAATTGAAGTGCTTAAATGCTGTAAATTG
64 TTTAAATGCTGCAAATTGAAG-TGTTTAAG-GCTGCAAATTGAAGTGTTTAGTTGCTGTAAATTG
* * * * * *
62361721 A-AGTGTTAAAGTGCTGCAAATTGAAGTGTTTGAATGCTGCAAATTGA-AGTGTTTAAATGCTGT
127 AGA-TGTTTAA-TGCTG-TAATTGAGGTGTATAAATGCTGCAAATTGAGA-TG-TTAAATGCTGC
* *
62361784 AAATTGAAGTGCTTAAATGTTGCAAATTGAAGTGTTTAAG
187 AAATTGAAGTG-TTAAATGCTGCAAATTGAAGTGTTTAAA
* * ** * * * * *
62361824 TACTGTAAATTGAAGTGTTTAGTTGCTGGACATTG-AGATGTTT-TATCGCTG-TAATTGAGGTG
1 TGCTGCAAATTGAAGTGTTTAAATGCTGTAAATTGAAG-TGTTTAAAT-GCTGCAAATTGAAGTG
* * ** * * **
62361886 TATAAATGTTGTTAATTG-AGATG-TAAAGTGCTGCAAATTGAAGT-CTTAAATGCTGTAAATTG
64 TTTAAATGCTGCAAATTGAAG-TGTTTAAG-GCTGCAAATTGAAGTGTTTAGTTGCTGTAAATTG
* * * * *
62361948 A-AGTGTTTGAATGCTATAAATTGAAGTGTTTAAATGCTGTAAATTGATG-TGTTAAATGTTGCA
127 AGA-TGTTT-AATGCTGT-AATTGAGGTGTATAAATGCTGCAAATTGA-GATGTTAAATGCTGCA
* * * **
62362011 AATT-AAGTTTTAAGTACTGCAAATTGAAGTGTTTAGT
188 AATTGAAGTGTTAAATGCTGCAAATTGAAGTGTTTAAA
* * * * * * **
62362048 TGCTGGACATTG-AGATGTTT-TATCGCTGT-AATTGAGGTGTATAAATGTTGTTAATTG-AGAT
1 TGCTGCAAATTGAAG-TGTTTAAAT-GCTGTAAATTGAAGTGTTTAAATGCTGCAAATTGAAG-T
* * * * *
62362109 G-TAAAAGTGCTGCAAATTGAAGTGCTTAAATGCTG-AAATTGAAGTGTTAAAG-TGCTGCAAAT
63 GTTTAAA-TGCTGCAAATTGAAGTG-TTTAAGGCTGCAAATTGAAGTGTT-TAGTTGCTGTAAAT
* * * * *
62362171 TGA-AGTGTTTGAATGCTATAAATTGAAGTGTTTAAATGCTG-TAATTGATG-TGCTTAAATGTT
125 TGAGA-TGTTT-AATGCTGT-AATTGAGGTGTATAAATGCTGCAAATTGA-GATG-TTAAATGCT
* * **
62362233 GCAAATTGAAGTGTTTAAGTACTGCAAATTGAAGTGTTTAGT
185 GCAAATTGAAGTG-TTAAATGCTGCAAATTGAAGTGTTTAAA
* * * * * * **
62362275 TGCTGGACATTG-AGATGTTT-TATGCTGT-AATTGAGGTGTATAAATGTTGTTAATTG-AGATG
1 TGCTGCAAATTGAAG-TGTTTAAATGCTGTAAATTGAAGTGTTTAAATGCTGCAAATTGAAG-TG
* * * **
62362336 -TTAAAGTGCTGCAAAATGAAGTGTTAAAGTGCTGCAAATTGAAGTGTTT-GAATGCTACAAATT
64 TTTAAA-TGCTGCAAATTGAAGTGTTTAAG-GCTGCAAATTGAAGTGTTTAG-TTGCTGTAAATT
* * * *
62362399 GA-AGTGTTTAAATGCTGTAAATTGATGTGCT-TAAATGTTGCAAATTGA-AGTGTTTAAGTACT
126 GAGA-TGTTT-AATGCTGT-AATTGAGGTG-TATAAATGCTGCAAATTGAGA-TG-TTAAATGCT
** * * *
62362461 GCAAATTGAAGTGTTTAGTTGCTGGACATTG-AGATGTTT-TA
185 GCAAATTGAAGTG-TTAAATGCTGCAAATTGAAG-TGTTTAAA
* * * *
62362502 TCGCTG-TAATTGAGGTG-TTAAATGTTGTTAATTG-AGATG--TAAAGTGCTGCAAATTGAAGT
1 T-GCTGCAAATTGAAGTGTTTAAATGCTGTAAATTGAAG-TGTTTAAA-TGCTGCAAATTGAAGT
* **
62362562 G-TTAAAGTGCTGCAAATTGAAGTGTTTGAATGCTGCAAATTGAAGTGTTTAAATGCTGTAAATT
63 GTTTAAA-TGCTGCAAATTGAAGTGTTT-AAGGCTGCAAATTGAAGTGTTTAGTTGCTGTAAATT
* * * * * * **
62362626 GA-AGTGCTTAAATGTTGCAAATTGAAGTGT-T-TAGGACTGCAAATTGA-AGTGTTTAGTTGCT
126 GAGA-TG-TTTAATGCTG-TAATTGAGGTGTATAAATG-CTGCAAATTGAGA-TG-TTAAATGCT
* * ** * * *
62362687 GGACA-TG-AGATGTTTTATCGCTG-TAATTGAGGTGTATAAA
185 GCAAATTGAAG-TGTTAAAT-GCTGCAAATTGAAGTGTTTAAA
* ** * * *
62362727 TGTTGTTAATTG-AGATG--TAAAGTGCTGCAAATTGAAGTGCTTAAATGCTGTAAATTGAAGTG
1 TGCTGCAAATTGAAG-TGTTTAAA-TGCTGTAAATTGAAGTGTTTAAATGCTGCAAATTGAAGTG
* **
62362789 -TTAAAGTGCTGCAAATTGAAGTGTTTGAATGCTGCAAATTGAAGTGTTTAAATGCTGTAAATTG
64 TTTAAA-TGCTGCAAATTGAAGTGTTT-AAGGCTGCAAATTGAAGTGTTTAGTTGCTGTAAATTG
* * * * * * * * **
62362853 A-AGTGCTTAAATGTTGCAAATTGAAGTGTTTAAGTACCTGAAAATTGA-AGTGTTTAGTTGCTG
127 AGA-TG-TTTAATGCTG-TAATTGAGGTGTATAAAT-GCTGCAAATTGAGA-TG-TTAAATGCT-
* * * ** *
62362916 GACATGGAGATGTTTTATCGCTGTATAAATGTTGTTAATTG-AGATG-TAAAA
185 G-CA---A-A---TTGA-AG-TGT-TAAATGCTGCAAATTGAAG-TGTTTAAA
*
62362967 GTGCTGCAAATTGAAGTGCTTAAATGCTGTAAATTGAAGTG-TTAAAGTGCTGCAAATTGAAGTG
1 -TGCTGCAAATTGAAGTGTTTAAATGCTGTAAATTGAAGTGTTTAAA-TGCTGCAAATTGAAGTG
* ** * * * * ** * *
62363031 TTTGAATGCTATAAATTGAAGTGTTTAAATGCTGTAAATTGATGTGCTTAAATGTTGCAAATTGA
64 TTTAAATGCTGCAAATTGAAGTGTTT-AAGGCTGCAAATTGAAGTGTTTAGTTGCTGTAAATTGA
* * * * ** * * ** *
62363096 -AGTGTTTAAGTACTGCAAATTGAAGTGTTTAGTTGCTGGACATTGAGATGTTTTATCGCTG-TA
128 GA-TGTTTAA-TGCTG-TAATTGAGGTGTATAAATGCTGCAAATTGAGATGTTAAAT-GCTGCAA
* * ** *
62363159 ATTGAGGTGTATAAATGTTGTTAATTG-AGATG-TAAAA
189 ATTGAAGTGT-TAAATGCTGCAAATTGAAG-TGTTTAAA
*
62363196 GTGCTGCAAATTGAA-TGCTTAAATGCTGTAAATTGAAGTG-TTAAAGTGCTGCAAATT-AAGTG
1 -TGCTGCAAATTGAAGTGTTTAAATGCTGTAAATTGAAGTGTTTAAA-TGCTGCAAATTGAAGTG
* * * * ** * *
62363258 TTTGAATGCTGCAAATTGAAGTGTTTAAATGCTGTAAATTGAAGTGCTTAAATGTTGCAAATTGA
64 TTTAAATGCTGCAAATTGAAGTGTTT-AAGGCTGCAAATTGAAGTGTTTAGTTGCTGTAAATTGA
* * * * ** * * ** *
62363323 -AGTGTTTAACTACTGTAAATTAAAGTGTTTAGTTGCTGGACATTGAGATGTTTTATCGCTG-TA
128 GA-TGTTTAA-TGCTGT-AATTGAGGTGTATAAATGCTGCAAATTGAGATGTTAAAT-GCTGCAA
* * **
62363386 ATTGAGGTGTATAAATGTTGTTAATTG-AGATG-TTAAA
189 ATTGAAGTGT-TAAATGCTGCAAATTGAAG-TGTTTAAA
* * **
62363423 GTGCTGCAAATTGAAGTGCTTAAATGCTGTAAATTGAAGTGTTTGAATGCTATAAATTGAAGTGT
1 -TGCTGCAAATTGAAGTGTTTAAATGCTGTAAATTGAAGTGTTTAAATGCTGCAAATTGAAGTGT
* * * * * * *
62363488 TTAAATGCTGTAAATTGATGTGGTTAAATGTTGCAAATTGAAGTGTTTAAG-TACTGCAAATTGA
65 TTAAATGCTGCAAATTGAAGT-GTTTAAGGCTGCAAATTGAAGTGTTT-AGTTGCTGTAAATTGA
* * * ** * * * **
62363552 -AGTGTTTAGTTGCTGGACATTGAGATGT-TTTATCGCTG-TAATTGAGGTGTATAAATGTTGTT
128 GA-TGTTTA-ATGCTGTA-ATTGAGGTGTATAAAT-GCTGCAAATTGAGATGT-TAAATGCTGCA
* *
62363614 AATTG-AGATGTAAAAGTGCTGCAAATTGAAGTGCTTAAA
188 AATTGAAG-TGTTAAA-TGCTGCAAATTGAAGTGTTTAAA
* * *
62363653 TGCTGTAAATTGAAGTG-TTAAAGTGCTGCAAATTGAAGTGTTTGAATGCTGCAAATTGAAGTGT
1 TGCTGCAAATTGAAGTGTTTAAA-TGCTGTAAATTGAAGTGTTTAAATGCTGCAAATTGAAGTGT
** * * * *
62363717 TTAAATGCTATAAATTGAAGTGCTTAAATGTTGCAAATTGAAGTGTTTAAG--GACTGAAAATTG
65 TTAAATGCTGCAAATTGAAGTG-TTTAAGGCTGCAAATTGAAGTGTTT-AGTTG-CTGTAAATTG
* * * * ** * * * *
62363780 TAG-TGTTTAGTTGCTGGACATGGAGATGT-TTTATCGCTG-TAATTGAGGTGTATAAATGTTGT
127 -AGATGTTTA-ATGCTGTA-ATTGAGGTGTATAAAT-GCTGCAAATTGAGATGT-TAAATGCTGC
* * *
62363842 TAATTG-AGATGTAAAAGTGCTGCAAATTGAAGTGCTTAAA
187 AAATTGAAG-TGTTAAA-TGCTGCAAATTGAAGTGTTTAAA
* * *
62363882 TGCTGTAAATTGAAGTG-TTAAAGTGCTGCAAATTGAAGTGTTTGAATGCTGCAAATTGAAGTGT
1 TGCTGCAAATTGAAGTGTTTAAA-TGCTGTAAATTGAAGTGTTTAAATGCTGCAAATTGAAGTGT
* * * * *
62363946 TTAAATGCTGTAAATTGAAGTGCTTAAATGTTGCAAATTGAAGTGTTTAAG-TACTGTAAATTGA
65 TTAAATGCTGCAAATTGAAGTG-TTTAAGGCTGCAAATTGAAGTGTTT-AGTTGCTGTAAATTGA
* * * ** * *
62364010 -AGTGTTTAGTTGCTGGACATTGAGATGT-TTTATCGCTG-TAATTGTTA-ATTGAGTGTAAAAG
128 GA-TGTTTA-ATGCTGTA-ATTGAGGTGTATAAAT-GCTGCAAATTG--AGA-T--GT-TAAATG
** * *
62364071 -TGTTAATTG-AGATG-TAAGTGCTGCAAATTGAAGTGCTTAAA
183 CTGCAAATTGAAG-TGTTAAATGCTGCAAATTGAAGTGTTTAAA
* * *
62364112 TGCTGTAAATTGAAGTG-TTAAAGTGCTGCAAATTGAAGTGTTTGAATGCTGCAAATTGAAGTGT
1 TGCTGCAAATTGAAGTGTTTAAA-TGCTGTAAATTGAAGTGTTTAAATGCTGCAAATTGAAGTGT
* * * * * *
62364176 TTAAATGCTGTAAATTGAAGTGCTTAAATGTTGCAAATTGAAGTGTTTA-----AGAAAATT-AG
65 TTAAATGCTGCAAATTGAAGTG-TTTAAGGCTGCAAATTGAAGTGTTTAGTTGCTGTAAATTGAG
* * * * **
62364235 -TGTTTAGTTGCTGGACATGGAGATGTTTTATCGCTGTATAAATGTTGTTAATTGAGATG-TAAA
129 ATGTTTA-ATGCT-G---T--A-A---TTGA--GGTGTATAAATGCTGCAAATTGAGATGTTAAA
* *
62364298 AGTCTGCAAATTGAAGTGCTTAAATGCTGAAAATTGAAGTG-TTAAA
181 TG-CTGCAAATTGAAGTG-TTAAATGCTGCAAATTGAAGTGTTTAAA
* * * * * *
62364344 GTGTTGCAAATTGAAGTGTTTGAATGCTATAAATTGAAGTGTTTAAATGCTGTAAATTGATGTGC
1 -TGCTGCAAATTGAAGTGTTTAAATGCTGTAAATTGAAGTGTTTAAATGCTGCAAATTGAAGTGT
* * * *
62364409 TTAAATGTTGCAAATTGAAGTGTTTAAGTACTGCAAATTGAAGTGTTTAGTTGCTGGACATTGAG
65 TTAAATGCTGCAAATTGAAGTGTTTAAG-GCTGCAAATTGAAGTGTTTAGTTGCTGTAAATTGAG
* * ** *
62364474 ATGTTTTATCGCTGTAATTGAGGTGTATAAATGTTGTTAATTGAGATGTAAAAGTGCTGCAAATT
129 ATGTTTAAT-GCTGTAATTGAGGTGTATAAATGCTGCAAATTGAGATGTTAAA-TGCTGCAAATT
*
62364539 GAAGTGCTTAAATGCTGTAAATTGAAGTG-TTAAA
192 GAAGTG-TTAAATGCTGCAAATTGAAGTGTTTAAA
* * * *
62364573 GTGCTGCAAATTGAAGTGTTTGAATGCTGCAAATTGAAGTGTTTAAATGCTGTAAATTGAAGTGC
1 -TGCTGCAAATTGAAGTGTTTAAATGCTGTAAATTGAAGTGTTTAAATGCTGCAAATTGAAGTGT
* ** * * * *
62364638 TTAAATGTTGCAAATTGAAGTGTTTAACTACTGTAAATTAAAGTGTTT-GTTGCTGGACATTGAG
65 TTAAATGCTGCAAATTGAAGTGTTTAA-GGCTGCAAATTGAAGTGTTTAGTTGCTGTAAATTGAG
* * **
62364702 ATGTTTTATCGCTGTAATTGAGGTGTATAAATGTTGTTAATTGAGATG-TAAAGTGCTGCAAATT
129 ATGTTTAAT-GCTGTAATTGAGGTGTATAAATGCTGCAAATTGAGATGTTAAA-TGCTGCAAATT
* *
62364766 GAAGTGCTTAAATGCTGTAAATTGAAGTGTTTGAA
192 GAAGTG-TTAAATGCTGCAAATTGAAGTGTTTAAA
** * * * * *
62364801 TGCTATAAAATTGAAGTGTTTAAATGCTGTAAATTGATGTGGTTAAATGTTGCAAATTAAAGTTT
1 TGCT-GCAAATTGAAGTGTTTAAATGCTGTAAATTGAAGTGTTTAAATGCTGCAAATTGAAGTGT
* * * * * *
62364866 TTAAGTACAGCAAATTGAAGTGTTT-AGTTGCTGGACATTG-AGATGTTTTA-TCGCTGT-AATT
65 TTAAATGCTGCAAATTGAAGTGTTTAAG--GCTGCAAATTGAAG-TG-TTTAGTTGCTGTAAATT
* * * *
62364927 GAGGTGTATAAATGTTGTTAATTGAGATGTA-AAAGTGCTGCAAATTGA-AGTGCTTAAATGCTG
126 GAGATGT-TTAATGCTG-TAATTGAGGTGTATAAA-TGCTGCAAATTGAGA-TG-TTAAATGCTG
* *
62364990 TAAATTGAAGTGTTAAAGTGCTGCAAATTGAAGTGTTTGAA
186 CAAATTGAAGTGTTAAA-TGCTGCAAATTGAAGTGTTTAAA
* *
62365031 TGCTGCAAATTGAAGTGTTTAAATGCTGTAAATTGAAGTGCTTAAATGTTGCAAATTGAAGTGTT
1 TGCTGCAAATTGAAGTGTTTAAATGCTGTAAATTGAAGTGTTTAAATGCTGCAAATTGAAGTGTT
* * * * * * *
62365096 T-AAGGACTGAAAATTGTAGTGTTT-AGTTGCTGGACA-TGGAGATGTTTTA-TCGCTGT-AATT
66 TAAATG-CTGCAAATTGAAGTGTTTAAG--GCTGCAAATTGAAG-TG-TTTAGTTGCTGTAAATT
* * * * *
62365156 GAGGTGTATAAATGTTGTTAATTGAGATGTA-AAAGTTCTGCAAATTGA-AGTGCTTAAATGCTG
126 GAGATGT-TTAATGCTG-TAATTGAGGTGTATAAA-TGCTGCAAATTGAGA-TG-TTAAATGCTG
* *
62365219 TAAATTGAAGTGTTAAAGTGCTGCAAATTGAAGTGTTTGAA
186 CAAATTGAAGTGTTAAA-TGCTGCAAATTGAAGTGTTTAAA
* *
62365260 TGCTGCAAATTGAAGTGTTTAAATGCTGTAAATTGAAGTGCTTAAATGTTGCAAATTGAAGTGTT
1 TGCTGCAAATTGAAGTGTTTAAATGCTGTAAATTGAAGTGTTTAAATGCTGCAAATTGAAGTGTT
* * * * * * *
62365325 T-AAGGTCTGAAAATTGTAGTGTTT-AGTTGCTGGACA-TGGAGATGTTTTA-TCGCTGT--A-T
66 TAAATG-CTGCAAATTGAAGTGTTTAAG--GCTGCAAATTGAAG-TG-TTTAGTTGCTGTAAATT
* * * * * *
62365383 -AAATG--T--TG-T-TAATTGAGATGTA-AAAGTGCTACAAATTGA-AGTGCTTAAGTGTTGTA
126 GAGATGTTTAATGCTGTAATTGAGGTGTATAAA-TGCTGCAAATTGAGA-TG-TTAAATGCTGCA
* *
62365439 AATTGAAGTGTTAAAGTGTTGCAAATTGAAGTGTTTGAA
188 AATTGAAGTGTTAAA-TGCTGCAAATTGAAGTGTTTAAA
** * * *
62365478 TGCTATAAATTGAAGTGTTTAAATGCTGTAAATTGATGTGCTTAAATGTTGCAAATTGAAGTGTT
1 TGCTGCAAATTGAAGTGTTTAAATGCTGTAAATTGAAGTGTTTAAATGCTGCAAATTGAAGTGTT
* * * *
62365543 TAAGTACTGCAAATTGAAGTGTTT-AGTTGCTGGACATTG-AGATGTTTTA-TTGCTGT-AATTG
66 TAAATGCTGCAAATTGAAGTGTTTAAG--GCTGCAAATTGAAG-TG-TTTAGTTGCTGTAAATTG
* * * * *
62365604 AGGTGTATAAATGTTGTTAATTGAGATGT-TAAAGTGCTGCAAAATGA-AGTGTTAAAGTGCTGC
127 AGATGT-TTAATGCTG-TAATTGAGGTGTATAAA-TGCTGCAAATTGAGA-TGTTAAA-TGCTGC
* *
62365667 AAATTGAAGTGTTTGAATGCTACAAATTGAAGTGTTTAAA
187 AAATTGAAGTG-TTAAATGCTGCAAATTGAAGTGTTTAAA
* * * * * * * * *
62365707 TGCTGTAAATTGATGTGCTTAAATGTTGCAAATTGAAGTATTTAAGTACTGCAAATTGAAGCGTT
1 TGCTGCAAATTGAAGTGTTTAAATGCTGTAAATTGAAGTGTTTAAATGCTGCAAATTGAAGTGTT
62365772 TA
66 TA
62365774 GTTGCTGGAC
Statistics
Matches: 6428, Mismatches: 651, Indels: 588
0.84 0.08 0.08
Matches are distributed among these distances:
217 8 0.00
218 355 0.06
219 11 0.00
220 4 0.00
221 5 0.00
222 2 0.00
223 30 0.00
224 203 0.03
225 214 0.03
226 396 0.06
227 656 0.10
228 1049 0.16
229 2691 0.42
230 234 0.04
231 22 0.00
232 29 0.00
233 117 0.02
234 17 0.00
235 11 0.00
236 2 0.00
237 3 0.00
238 95 0.01
239 69 0.01
240 42 0.01
241 45 0.01
242 110 0.02
243 8 0.00
ACGTcount: A:0.32, C:0.07, G:0.24, T:0.37
Consensus pattern (225 bp):
TGCTGCAAATTGAAGTGTTTAAATGCTGTAAATTGAAGTGTTTAAATGCTGCAAATTGAAGTGTT
TAAATGCTGCAAATTGAAGTGTTTAAGGCTGCAAATTGAAGTGTTTAGTTGCTGTAAATTGAGAT
GTTTAATGCTGTAATTGAGGTGTATAAATGCTGCAAATTGAGATGTTAAATGCTGCAAATTGAAG
TGTTAAATGCTGCAAATTGAAGTGTTTAAA
Found at i:62365348 original size:23 final size:23
Alignment explanation
Indices: 62362970--62365773 Score: 910
Period size: 23 Copynumber: 121.8 Consensus size: 23
62362960 TGTAAAAGTG
*
62362970 CTGCAAATTGAAGTGCTTAAATG-
1 CTGCAAATTGAAGTG-TTTAATGT
* *
62362993 CTGTAAATTGAAGTG-TTAAAGT
1 CTGCAAATTGAAGTGTTTAATGT
62363015 GCTGCAAATTGAAGTGTTTGAATG-
1 -CTGCAAATTGAAGTGTTT-AATGT
**
62363039 CTATAAATTGAAGTGTTTAAATG-
1 CTGCAAATTGAAGTGTTT-AATGT
* * *
62363062 CTGTAAATTGATGTGCTTAAATGT
1 CTGCAAATTGAAGTG-TTTAATGT
62363086 -TGCAAATTGAAGTGTTTAA-GT
1 CTGCAAATTGAAGTGTTTAATGT
*
62363107 ACTGCAAATTGAAGTGTTTAGT-T
1 -CTGCAAATTGAAGTGTTTAATGT
* * *
62363130 GCTGGACATTG-AGATGTTTTATCG-
1 -CTGCAAATTGAAG-TGTTTAAT-GT
* * *
62363154 CTG-TAATTGAGGTGTATAAATGT
1 CTGCAAATTGAAGTGT-TTAATGT
** * *
62363177 -TGTTAATTG-AGATG-TAAAAGT
1 CTGCAAATTGAAG-TGTTTAATGT
*
62363198 GCTGCAAATTGAA-TGCTTAAATG-
1 -CTGCAAATTGAAGTG-TTTAATGT
* *
62363221 CTGTAAATTGAAGTG-TTAAAGT
1 CTGCAAATTGAAGTGTTTAATGT
62363243 GCTGCAAATT-AAGTGTTTGAATG-
1 -CTGCAAATTGAAGTGTTT-AATGT
62363266 CTGCAAATTGAAGTGTTTAAATG-
1 CTGCAAATTGAAGTGTTT-AATGT
* *
62363289 CTGTAAATTGAAGTGCTTAAATGT
1 CTGCAAATTGAAGTG-TTTAATGT
*
62363313 -TGCAAATTGAAGTGTTTAACT-A
1 CTGCAAATTGAAGTGTTTAA-TGT
* * *
62363335 CTGTAAATTAAAGTGTTTAGT-T
1 CTGCAAATTGAAGTGTTTAATGT
* * *
62363357 GCTGGACATTG-AGATGTTTTATCG-
1 -CTGCAAATTGAAG-TGTTTAAT-GT
* * *
62363381 CTG-TAATTGAGGTGTATAAATGT
1 CTGCAAATTGAAGTGT-TTAATGT
** *
62363404 -TGTTAATTG-AGATG-TTAAAGT
1 CTGCAAATTGAAG-TGTTTAATGT
*
62363425 GCTGCAAATTGAAGTGCTTAAATG-
1 -CTGCAAATTGAAGTG-TTTAATGT
*
62363449 CTGTAAATTGAAGTGTTTGAATG-
1 CTGCAAATTGAAGTGTTT-AATGT
**
62363472 CTATAAATTGAAGTGTTTAAATG-
1 CTGCAAATTGAAGTGTTT-AATGT
* * *
62363495 CTGTAAATTGATGTGGTTAAATGT
1 CTGCAAATTGAAGT-GTTTAATGT
62363519 -TGCAAATTGAAGTGTTTAA-GT
1 CTGCAAATTGAAGTGTTTAATGT
*
62363540 ACTGCAAATTGAAGTGTTTAGT-T
1 -CTGCAAATTGAAGTGTTTAATGT
* * *
62363563 GCTGGACATTG-AGATGTTTTATCG-
1 -CTGCAAATTGAAG-TGTTTAAT-GT
* * *
62363587 CTG-TAATTGAGGTGTATAAATGT
1 CTGCAAATTGAAGTGT-TTAATGT
** * *
62363610 -TGTTAATTG-AGATG-TAAAAGT
1 CTGCAAATTGAAG-TGTTTAATGT
*
62363631 GCTGCAAATTGAAGTGCTTAAATG-
1 -CTGCAAATTGAAGTG-TTTAATGT
* *
62363655 CTGTAAATTGAAGTG-TTAAAGT
1 CTGCAAATTGAAGTGTTTAATGT
62363677 GCTGCAAATTGAAGTGTTTGAATG-
1 -CTGCAAATTGAAGTGTTT-AATGT
62363701 CTGCAAATTGAAGTGTTTAAATG-
1 CTGCAAATTGAAGTGTTT-AATGT
** *
62363724 CTATAAATTGAAGTGCTTAAATGT
1 CTGCAAATTGAAGTG-TTTAATGT
* *
62363748 -TGCAAATTGAAGTGTTTAAGGA
1 CTGCAAATTGAAGTGTTTAATGT
* * *
62363770 CTGAAAATTGTAGTGTTTAGT-T
1 CTGCAAATTGAAGTGTTTAATGT
* * * *
62363792 GCTGGACA-TGGAGATGTTTTATCG-
1 -CTGCAAATTGAAG-TGTTTAAT-GT
* * *
62363816 CTG-TAATTGAGGTGTATAAATGT
1 CTGCAAATTGAAGTGT-TTAATGT
** * *
62363839 -TGTTAATTG-AGATG-TAAAAGT
1 CTGCAAATTGAAG-TGTTTAATGT
*
62363860 GCTGCAAATTGAAGTGCTTAAATG-
1 -CTGCAAATTGAAGTG-TTTAATGT
* *
62363884 CTGTAAATTGAAGTG-TTAAAGT
1 CTGCAAATTGAAGTGTTTAATGT
62363906 GCTGCAAATTGAAGTGTTTGAATG-
1 -CTGCAAATTGAAGTGTTT-AATGT
62363930 CTGCAAATTGAAGTGTTTAAATG-
1 CTGCAAATTGAAGTGTTT-AATGT
* *
62363953 CTGTAAATTGAAGTGCTTAAATGT
1 CTGCAAATTGAAGTG-TTTAATGT
62363977 -TGCAAATTGAAGTGTTTAA-GT
1 CTGCAAATTGAAGTGTTTAATGT
* *
62363998 ACTGTAAATTGAAGTGTTTAGT-T
1 -CTGCAAATTGAAGTGTTTAATGT
* * *
62364021 GCTGGACATTG-AGATGTTTTATCG-
1 -CTGCAAATTGAAG-TGTTTAAT-GT
* * * *
62364045 CTG-TAATTGTTAATTGAGTGTAAAAG-
1 CTGCAAATTG--AA--GTGT-TTAATGT
**
62364071 -TGTTAATTG-AGATG--TAA-GT
1 CTGCAAATTGAAG-TGTTTAATGT
*
62364090 GCTGCAAATTGAAGTGCTTAAATG-
1 -CTGCAAATTGAAGTG-TTTAATGT
* *
62364114 CTGTAAATTGAAGTG-TTAAAGT
1 CTGCAAATTGAAGTGTTTAATGT
62364136 GCTGCAAATTGAAGTGTTTGAATG-
1 -CTGCAAATTGAAGTGTTT-AATGT
62364160 CTGCAAATTGAAGTGTTTAAATG-
1 CTGCAAATTGAAGTGTTT-AATGT
* *
62364183 CTGTAAATTGAAGTGCTTAAATGT
1 CTGCAAATTGAAGTG-TTTAATGT
62364207 -TGCAAATTGAAGTGTTTAA---
1 CTGCAAATTGAAGTGTTTAATGT
* *
62364226 --GAAAATT--AGTGTTTAGT-T
1 CTGCAAATTGAAGTGTTTAATGT
* * * *
62364244 GCTGGACA-TGGAGATGTTTTATCG-
1 -CTGCAAATTGAAG-TGTTTAAT-GT
* * **
62364268 CTGTATAAATGTTGT-TAATTGAGATGTAAAAGT
1 CTGCA-AATTGAAGTGT--TT-A-A--T----GT
*
62364301 CTGCAAATTGAAGTGCTTAAATG-
1 CTGCAAATTGAAGTG-TTTAATGT
* *
62364324 CTGAAAATTGAAGTGTTAAAGTGT
1 CTGCAAATTGAAGTGTTTAA-TGT
62364348 -TGCAAATTGAAGTGTTTGAATG-
1 CTGCAAATTGAAGTGTTT-AATGT
**
62364370 CTATAAATTGAAGTGTTTAAATG-
1 CTGCAAATTGAAGTGTTT-AATGT
* * *
62364393 CTGTAAATTGATGTGCTTAAATGT
1 CTGCAAATTGAAGTG-TTTAATGT
62364417 -TGCAAATTGAAGTGTTTAA-GT
1 CTGCAAATTGAAGTGTTTAATGT
*
62364438 ACTGCAAATTGAAGTGTTTAGT-T
1 -CTGCAAATTGAAGTGTTTAATGT
* * *
62364461 GCTGGACATTG-AGATGTTTTATCG-
1 -CTGCAAATTGAAG-TGTTTAAT-GT
* * *
62364485 CTG-TAATTGAGGTGTATAAATGT
1 CTGCAAATTGAAGTGT-TTAATGT
** * *
62364508 -TGTTAATTG-AGATG-TAAAAGT
1 CTGCAAATTGAAG-TGTTTAATGT
*
62364529 GCTGCAAATTGAAGTGCTTAAATG-
1 -CTGCAAATTGAAGTG-TTTAATGT
* *
62364553 CTGTAAATTGAAGTG-TTAAAGT
1 CTGCAAATTGAAGTGTTTAATGT
62364575 GCTGCAAATTGAAGTGTTTGAATG-
1 -CTGCAAATTGAAGTGTTT-AATGT
62364599 CTGCAAATTGAAGTGTTTAAATG-
1 CTGCAAATTGAAGTGTTT-AATGT
* *
62364622 CTGTAAATTGAAGTGCTTAAATGT
1 CTGCAAATTGAAGTG-TTTAATGT
*
62364646 -TGCAAATTGAAGTGTTTAACT-A
1 CTGCAAATTGAAGTGTTTAA-TGT
* * **
62364668 CTGTAAATTAAAGTGTTTGTTG-
1 CTGCAAATTGAAGTGTTTAATGT
* * *
62364690 CTGGACATTG-AGATGTTTTATCG-
1 CTGCAAATTGAAG-TGTTTAAT-GT
* * *
62364713 CTG-TAATTGAGGTGTATAAATGT
1 CTGCAAATTGAAGTGT-TTAATGT
** *
62364736 -TGTTAATTG-AGATG--TAAAGT
1 CTGCAAATTGAAG-TGTTTAATGT
*
62364756 GCTGCAAATTGAAGTGCTTAAATG-
1 -CTGCAAATTGAAGTG-TTTAATGT
*
62364780 CTGTAAATTGAAGTGTTTGAATG-
1 CTGCAAATTGAAGTGTTT-AATGT
**
62364803 CTATAAAATTGAAGTGTTTAAATG-
1 CT-GCAAATTGAAGTGTTT-AATGT
* * *
62364827 CTGTAAATTGATGTGGTTAAATGT
1 CTGCAAATTGAAGT-GTTTAATGT
* *
62364851 -TGCAAATTAAAGTTTTTAA-GT
1 CTGCAAATTGAAGTGTTTAATGT
* *
62364872 ACAGCAAATTGAAGTGTTTAGT-T
1 -CTGCAAATTGAAGTGTTTAATGT
* * *
62364895 GCTGGACATTG-AGATGTTTTATCG-
1 -CTGCAAATTGAAG-TGTTTAAT-GT
* * *
62364919 CTG-TAATTGAGGTGTATAAATGT
1 CTGCAAATTGAAGTGT-TTAATGT
** * *
62364942 -TGTTAATTG-AGATG-TAAAAGT
1 CTGCAAATTGAAG-TGTTTAATGT
*
62364963 GCTGCAAATTGAAGTGCTTAAATG-
1 -CTGCAAATTGAAGTG-TTTAATGT
* *
62364987 CTGTAAATTGAAGTG-TTAAAGT
1 CTGCAAATTGAAGTGTTTAATGT
62365009 GCTGCAAATTGAAGTGTTTGAATG-
1 -CTGCAAATTGAAGTGTTT-AATGT
62365033 CTGCAAATTGAAGTGTTTAAATG-
1 CTGCAAATTGAAGTGTTT-AATGT
* *
62365056 CTGTAAATTGAAGTGCTTAAATGT
1 CTGCAAATTGAAGTG-TTTAATGT
* *
62365080 -TGCAAATTGAAGTGTTTAAGGA
1 CTGCAAATTGAAGTGTTTAATGT
* * *
62365102 CTGAAAATTGTAGTGTTTAGT-T
1 CTGCAAATTGAAGTGTTTAATGT
* * * *
62365124 GCTGGACA-TGGAGATGTTTTATCG-
1 -CTGCAAATTGAAG-TGTTTAAT-GT
* * *
62365148 CTG-TAATTGAGGTGTATAAATGT
1 CTGCAAATTGAAGTGT-TTAATGT
** * *
62365171 -TGTTAATTG-AGATG-TAAAAGTT
1 CTGCAAATTGAAG-TGTTTAATG-T
*
62365193 CTGCAAATTGAAGTGCTTAAATG-
1 CTGCAAATTGAAGTG-TTTAATGT
* *
62365216 CTGTAAATTGAAGTG-TTAAAGT
1 CTGCAAATTGAAGTGTTTAATGT
62365238 GCTGCAAATTGAAGTGTTTGAATG-
1 -CTGCAAATTGAAGTGTTT-AATGT
62365262 CTGCAAATTGAAGTGTTTAAATG-
1 CTGCAAATTGAAGTGTTT-AATGT
* *
62365285 CTGTAAATTGAAGTGCTTAAATGT
1 CTGCAAATTGAAGTG-TTTAATGT
*
62365309 -TGCAAATTGAAGTGTTTAAGGT
1 CTGCAAATTGAAGTGTTTAATGT
* * *
62365331 CTGAAAATTGTAGTGTTTAGT-T
1 CTGCAAATTGAAGTGTTTAATGT
* * * *
62365353 GCTGGACA-TGGAGATGTTTTATCG-
1 -CTGCAAATTGAAG-TGTTTAAT-GT
* * **
62365377 CTGTATAAATGTTGT-TAATTGAGATGTAAAAGT
1 CTGCA-AATTGAAGTGT--TT-A-A--T----GT
* *
62365410 GCTACAAATTGAAGTGCTTAAGTGT
1 -CTGCAAATTGAAGTGTTTAA-TGT
* *
62365435 -TGTAAATTGAAGTGTTAAAGTGT
1 CTGCAAATTGAAGTGTTTAA-TGT
62365458 -TGCAAATTGAAGTGTTTGAATG-
1 CTGCAAATTGAAGTGTTT-AATGT
**
62365480 CTATAAATTGAAGTGTTTAAATG-
1 CTGCAAATTGAAGTGTTT-AATGT
* * *
62365503 CTGTAAATTGATGTGCTTAAATGT
1 CTGCAAATTGAAGTG-TTTAATGT
62365527 -TGCAAATTGAAGTGTTTAA-GT
1 CTGCAAATTGAAGTGTTTAATGT
*
62365548 ACTGCAAATTGAAGTGTTTAGT-T
1 -CTGCAAATTGAAGTGTTTAATGT
* * *
62365571 GCTGGACATTG-AGATGTTTTAT-T
1 -CTGCAAATTGAAG-TGTTTAATGT
* * *
62365594 GCTG-TAATTGAGGTGTATAAATGT
1 -CTGCAAATTGAAGTGT-TTAATGT
** *
62365618 -TGTTAATTG-AGATG-TTAAAGT
1 CTGCAAATTGAAG-TGTTTAATGT
* *
62365639 GCTGCAAAATGAAGTG-TTAAAGT
1 -CTGCAAATTGAAGTGTTTAATGT
62365662 GCTGCAAATTGAAGTGTTTGAATG-
1 -CTGCAAATTGAAGTGTTT-AATGT
*
62365686 CTACAAATTGAAGTGTTTAAATG-
1 CTGCAAATTGAAGTGTTT-AATGT
* * *
62365709 CTGTAAATTGATGTGCTTAAATGT
1 CTGCAAATTGAAGTG-TTTAATGT
*
62365733 -TGCAAATTGAAGTATTTAA-GT
1 CTGCAAATTGAAGTGTTTAATGT
*
62365754 ACTGCAAATTGAAGCGTTTA
1 -CTGCAAATTGAAGTGTTTA
62365774 GTTGCTGGAC
Statistics
Matches: 2122, Mismatches: 383, Indels: 552
0.69 0.13 0.18
Matches are distributed among these distances:
16 8 0.00
18 7 0.00
19 2 0.00
20 5 0.00
21 106 0.05
22 246 0.12
23 1529 0.72
24 99 0.05
25 72 0.03
26 9 0.00
27 5 0.00
28 1 0.00
29 4 0.00
30 2 0.00
31 2 0.00
32 11 0.01
33 10 0.00
34 4 0.00
ACGTcount: A:0.32, C:0.07, G:0.24, T:0.37
Consensus pattern (23 bp):
CTGCAAATTGAAGTGTTTAATGT
Found at i:62369314 original size:46 final size:45
Alignment explanation
Indices: 62369262--62379625 Score: 5971
Period size: 46 Copynumber: 228.8 Consensus size: 45
62369252 CCTTTCAACA
* *
62369262 AAATTGAAGTGTTAAAGTGCTGCAAATTGAAGTGTTTGAATGCTGC
1 AAATTGAAGTGTTAAA-TGCTGCAAATTGAAGTGTTTAAATGCTGT
* * * * *
62369308 AAATTGAAGTGTTTAAATGCTGTAAATTGAAGTGCTTAAAAGTTGC
1 AAATTGAAGTG-TTAAATGCTGCAAATTGAAGTGTTTAAATGCTGT
* * * ** *
62369354 AAATTGAAGTGTTTAAGGATTGCAAATTGAAGTGTTTAGTTGCTGG
1 AAATTGAAGTGTTAAATG-CTGCAAATTGAAGTGTTTAAATGCTGT
* ** * * * *
62369400 ACATTG-AGATGTTTTATCGCTG-TAATTGAGGTGTATAAATGTTGT
1 AAATTGAAG-TGTTAAAT-GCTGCAAATTGAAGTGTTTAAATGCTGT
* * * * *
62369445 TAATTG-AGATGTAAAAGTTCTGCAAATTGAAGTGCTTAAATGCGGT
1 AAATTGAAG-TGTTAAA-TGCTGCAAATTGAAGTGTTTAAATGCTGT
* *
62369491 AAATTGAAGTGTTAAAGTGCTGCAAATTGAAGTGTTTGAATGCTGC
1 AAATTGAAGTGTTAAA-TGCTGCAAATTGAAGTGTTTAAATGCTGT
* * * *
62369537 AAATTGAAGTGTTTAAATGCTGTAAATTGAAGTGCTTAAATGTTGC
1 AAATTGAAGTG-TTAAATGCTGCAAATTGAAGTGTTTAAATGCTGT
* * * * * ** *
62369583 AAATTGAAGTGTTTAAGGACCGAAAATTGTAGTGTTTAGTTGCTGG
1 AAATTGAAGTGTTAAATG-CTGCAAATTGAAGTGTTTAAATGCTGT
* * * * * *
62369629 ACA-TGGAGATGTT---T--T----ATCG--CTGTATAAATGTTGT
1 AAATTGAAG-TGTTAAATGCTGCAAATTGAAGTGTTTAAATGCTGT
* * * ** *
62369663 TAATTGAGA-TGTAAAAGTACTGCAAATTGAAGTGCCTAAGTGCTGT
1 AAATTGA-AGTGTTAAA-TGCTGCAAATTGAAGTGTTTAAATGCTGT
* * *
62369709 AAATTGAAGTGTTAAAGTGTTGCAAATTGAAGTGTTTGAATGCTAT
1 AAATTGAAGTGTTAAA-TGCTGCAAATTGAAGTGTTTAAATGCTGT
* * * * *
62369755 AAATTGAAGTGTTTAAATGCTGTAAATTGATGTGCTTAAATGTTGC
1 AAATTGAAGTG-TTAAATGCTGCAAATTGAAGTGTTTAAATGCTGT
* * ** *
62369801 AAATTGAAGTGTTTAAGTACTGCAAATTGAAGTGTTTAGTTGCTGG
1 AAATTGAAGTG-TTAAATGCTGCAAATTGAAGTGTTTAAATGCTGT
* ** * * * *
62369847 ACATTG-AGATGTTTTATCGCTG-TAATTGAGGTGTATAAATGTTGT
1 AAATTGAAG-TGTTAAAT-GCTGCAAATTGAAGTGTTTAAATGCTGT
* * * *
62369892 TAATTG-AGATGTAAAAGTGCTGCAAATTGAAATGCTTAAATGCTGT
1 AAATTGAAG-TGTTAAA-TGCTGCAAATTGAAGTGTTTAAATGCTGT
* * *
62369938 AAATTGAAGTGTTAAAGTGCTGCAAATTAAAGTGTTTGAATGCTGC
1 AAATTGAAGTGTTAAA-TGCTGCAAATTGAAGTGTTTAAATGCTGT
* * * *
62369984 AAATTGAAGTGTTTAAATGCTGTAAATTGAAGTGCTTAAATGTTGC
1 AAATTGAAGTG-TTAAATGCTGCAAATTGAAGTGTTTAAATGCTGT
* * * * *** *
62370030 AAATTGAAGTGTTTAACTACTGTAAATTAAAGTGTTTTGTTGCTGG
1 AAATTGAAGTG-TTAAATGCTGCAAATTGAAGTGTTTAAATGCTGT
* ** * * * *
62370076 ACATTG-AGATGTTTTATCGCTG-TAATTGAGGTGTATAAATGTTGT
1 AAATTGAAG-TGTTAAAT-GCTGCAAATTGAAGTGTTTAAATGCTGT
* *
62370121 TAATTG-AGATGTTAAAGTGCTGCAAATTGAAGCT-CTTAAATGCTGT
1 AAATTGAAG-TGTTAAA-TGCTGCAAATTGAAG-TGTTTAAATGCTGT
* **
62370167 AAATTGAAGTGTTTGAATGCTATAAATTGAAGTGTTTAAATGCTGT
1 AAATTGAAGTG-TTAAATGCTGCAAATTGAAGTGTTTAAATGCTGT
* * * * * * * *
62370213 AAATTGATGTGGTTAAATGTTGCAAATTAAAGTTTTTAAGTACAGC
1 AAATTGAAGT-GTTAAATGCTGCAAATTGAAGTGTTTAAATGCTGT
** * * *
62370259 AAATTGAAGTGTTTAGTTGCTGGACATTG-AGATGTTT-TATCGCTGT
1 AAATTGAAGTG-TTAAATGCTGCAAATTGAAG-TGTTTAAAT-GCTGT
* * ** * *
62370305 -AATTGAGGTGTATAAATGTTGTTAATTG-AGATG-TAAAAGTGCTGC
1 AAATTGAAGTGT-TAAATGCTGCAAATTGAAG-TGTTTAAA-TGCTGT
* *
62370350 AAATTGAAGTGCTTAAATGCTGTAAATTGAAGTG-TTAAAGTGCTGC
1 AAATTGAAGTG-TTAAATGCTGCAAATTGAAGTGTTTAAA-TGCTGT
* *
62370396 AAATTGAAGTGTTTGAATGCTGCAAATTGAAGTGTTTAAATGCTAT
1 AAATTGAAGTG-TTAAATGCTGCAAATTGAAGTGTTTAAATGCTGT
* * * *
62370442 AAATTGAAGTACTTAAATGTTGCAAATTGAAGTGTTT-AAGGACTGA
1 AAATTGAAGT-GTTAAATGCTGCAAATTGAAGTGTTTAAATG-CTGT
* ** * * * * *
62370488 AAATTGTAGTGTTTAGTTGCTGGACATAG-AGATGTTT-TATCGCTAT
1 AAATTGAAGTG-TTAAATGCTGCAAATTGAAG-TGTTTAAAT-GCTGT
* * ** * * *
62370534 -AATTGAGGTGTATAAATGTTGTTAATTG-AGATG-TAAAAGTTCTGC
1 AAATTGAAGTGT-TAAATGCTGCAAATTGAAG-TGTTTAAA-TGCTGT
* * *
62370579 AAATTGAAGTGCTTAAATGCTGTAAATTGAAGTG-TGAAAGTGCTGC
1 AAATTGAAGTG-TTAAATGCTGCAAATTGAAGTGTTTAAA-TGCTGT
* * *
62370625 AAATTGAAGTGTTTGAATGCTGCAAATTGAAGTGTTTGAATGCTGC
1 AAATTGAAGTG-TTAAATGCTGCAAATTGAAGTGTTTAAATGCTGT
* *
62370671 AAATTGAAGTGTTAAAGTGCTGCAAATTGAAGTGTTTGAATGCTGC
1 AAATTGAAGTGTTAAA-TGCTGCAAATTGAAGTGTTTAAATGCTGT
* * * * * * *
62370717 AAATTCAAGTGTTTAAATGCTGTAAATTGAATTGCTTAAAAGTTGC
1 AAATTGAAGTG-TTAAATGCTGCAAATTGAAGTGTTTAAATGCTGT
* * * * ** *
62370763 AAATTGAAGTGTTTAAGGACTGAAAATTGTAGTGTTTAGTTGCTGG
1 AAATTGAAGTGTTAAATG-CTGCAAATTGAAGTGTTTAAATGCTGT
* * ** * * * * *
62370809 ACA-TGGAGATGTTTTATCGCTG-TAATTGAGGTGTATAAATGTTTT
1 AAATTGAAG-TGTTAAAT-GCTGCAAATTGAAGTGTTTAAATGCTGT
* * * *
62370854 TAATTG-AGACGTAAAAGTGCTGCAAATTGAAGTGCTTAAATGCTGT
1 AAATTGAAG-TGTTAAA-TGCTGCAAATTGAAGTGTTTAAATGCTGT
* *
62370900 AAATTGAAGTGTTAAAGTGCTGCAAATTGAAGTGTTTGAATGCTGC
1 AAATTGAAGTGTTAAA-TGCTGCAAATTGAAGTGTTTAAATGCTGT
* * * *
62370946 AAATTGAAGTGTTTAAATGCTGTAAATTGAAGTGCTTAAATGTTGC
1 AAATTGAAGTG-TTAAATGCTGCAAATTGAAGTGTTTAAATGCTGT
* * * * * ** *
62370992 AAATTGAAGTGTTTAAGGACCGAAAATTGTAGTGTTTAGTTGCTGG
1 AAATTGAAGTGTTAAATG-CTGCAAATTGAAGTGTTTAAATGCTGT
* * * * * *
62371038 ACA-TGGAGATGTT---T--T----ATCG--CTGTATAAATGTTGT
1 AAATTGAAG-TGTTAAATGCTGCAAATTGAAGTGTTTAAATGCTGT
* * * ** *
62371072 TAATTGAGA-TGTAAAAGTACTGCAAATTGAAGTGCCTAAGTGCTGT
1 AAATTGA-AGTGTTAAA-TGCTGCAAATTGAAGTGTTTAAATGCTGT
* * *
62371118 AAATTGAAGTGTTAAAGTGTTGCAAATTGAAGTGTTTGAATGCTAT
1 AAATTGAAGTGTTAAA-TGCTGCAAATTGAAGTGTTTAAATGCTGT
* * * * *
62371164 AAATTGAAGTGTTTAAATGCTGTAAATTGATGTGCTTAAATGTTGC
1 AAATTGAAGTG-TTAAATGCTGCAAATTGAAGTGTTTAAATGCTGT
* * ** *
62371210 AAATTGAAGTGTTTAAGTACTGCAAATTG-AGTGTTTAGTTGCTGG
1 AAATTGAAGTG-TTAAATGCTGCAAATTGAAGTGTTTAAATGCTGT
* ** * * * *
62371255 ACATTG-AGATGTTTTAT-C-GCTTAATTGAGGTGTATAAATGTTGT
1 AAATTGAAG-TGTTAAATGCTGC-AAATTGAAGTGTTTAAATGCTGT
* * * *
62371299 TAATTG-AGATGTAAAAGTGCTGCAAATTGAAATGCTTAAATGCTGT
1 AAATTGAAG-TGTTAAA-TGCTGCAAATTGAAGTGTTTAAATGCTGT
*
62371345 AAATTGAAGTGTTAAAGTGCTGCAAATTAAAGT-TCTTAAATGCTGT
1 AAATTGAAGTGTTAAA-TGCTGCAAATTGAAGTGT-TTAAATGCTGT
* *
62371391 AAATTGAAGTGTTAAAGTGCTGCAAATTGAAGTGTTTGAATGCTAT
1 AAATTGAAGTGTTAAA-TGCTGCAAATTGAAGTGTTTAAATGCTGT
* * * *
62371437 AAATTGAAGTTTTTAAATGCTGTAAATTGAAGTGCTTAAATG-TTT
1 AAATTGAAG-TGTTAAATGCTGCAAATTGAAGTGTTTAAATGCTGT
* * * * ** *
62371482 CAAATTGAAGTGTTTAAGGACTGAAAATTGTAGTGTTTAGTTGCTGG
1 -AAATTGAAGTGTTAAATG-CTGCAAATTGAAGTGTTTAAATGCTGT
* * ** * * * * *
62371529 ACA-TGGAGATGTTTTATCGTTG-TAATTGAGGTGTATAAATGTTGT
1 AAATTGAAG-TGTTAAAT-GCTGCAAATTGAAGTGTTTAAATGCTGT
* * *
62371574 TAATTG-AGATGTAAAAGTGCTGCAAATTGAAGTGCTTAAATGCTGT
1 AAATTGAAG-TGTTAAA-TGCTGCAAATTGAAGTGTTTAAATGCTGT
* * *
62371620 AAATTGAAGTGTTAAAGTGCTGCAAATTTAAGTGTTTGAATGCTAT
1 AAATTGAAGTGTTAAA-TGCTGCAAATTGAAGTGTTTAAATGCTGT
* * * *
62371666 AAATTGAAGTGTTTAAATGCTGTAAATTGATGTGCTTAAATG-TTT
1 AAATTGAAGTG-TTAAATGCTGCAAATTGAAGTGTTTAAATGCTGT
* * ** *
62371711 CAAATTGAAGTGTTTAAGTACTGCAAATTGAAGTGTTTAGTTGCTGG
1 -AAATTGAAGTG-TTAAATGCTGCAAATTGAAGTGTTTAAATGCTGT
* ** * * * *
62371758 ACATTG-AGATGTTTTATCGCTG-TAATTGAGGTGTATAAATGTTGT
1 AAATTGAAG-TGTTAAAT-GCTGCAAATTGAAGTGTTTAAATGCTGT
* * * *
62371803 TAATTG-AGAT-TTAAAAGTGCTCCAAATTGAAGTGCTTAAATGCTTT
1 AAATTGAAG-TGTT-AAA-TGCTGCAAATTGAAGTGTTTAAATGCTGT
* *
62371849 AAATTGAAGTGTTAAAGTGCTGCAAATTGAAGTGTTTGAATGCTGC
1 AAATTGAAGTGTTAAA-TGCTGCAAATTGAAGTGTTTAAATGCTGT
* * * * * *
62371895 AAATTCAAGTGTTTAAATGCTGTAAATTGAATTGCTTAAATGTTGC
1 AAATTGAAGTG-TTAAATGCTGCAAATTGAAGTGTTTAAATGCTGT
* * * * ** *
62371941 AAATTGAAGTGTTTAAGGACTGAAAATTGTAGTGTTTAGTTGCTGG
1 AAATTGAAGTGTTAAATG-CTGCAAATTGAAGTGTTTAAATGCTGT
* * ** * * * * *
62371987 ACA-TGGAGATGTTTTATCGCTG-TAATTGAGGTGTATAAATGTTTT
1 AAATTGAAG-TGTTAAAT-GCTGCAAATTGAAGTGTTTAAATGCTGT
** * * *
62372032 TTATTG-AGACGTAAAAGTGCTGCAAATTGAAGTGCTTAAATGCTGT
1 AAATTGAAG-TGTTAAA-TGCTGCAAATTGAAGTGTTTAAATGCTGT
* * * *
62372078 AAATTGAAGTGTTAAAGTGCTGCAAATTGAAGTATTTGAATGATAT
1 AAATTGAAGTGTTAAA-TGCTGCAAATTGAAGTGTTTAAATGCTGT
** * * * *
62372124 AAATTGAAGTGTTTAAATGCTATAAATTGATGTGCTTAAATGTTGC
1 AAATTGAAGTG-TTAAATGCTGCAAATTGAAGTGTTTAAATGCTGT
*** * * * *
62372170 AAATTGAAGTGTTTCGTTACTGGATATTG-AGATGTTT-TATCGCTGT
1 AAATTGAAGTG-TTAAATGCTGCAAATTGAAG-TGTTTAAAT-GCTGT
* * * * * *
62372216 -AATTGAGGTGTTAAAATGTTGTTATTGAGATGTAAAAGTGTTGCAAAAT--TGC
1 AAATTGAAGTGTT-AAATGCTG-CA---A-AT-T-GAAGTGTT--TAAATGCTGT
* * * * *
62372268 AAATTAAAGTGTTTAAATGCTGTAAATTGAAGTGCTTAAATGTTGC
1 AAATTGAAGTG-TTAAATGCTGCAAATTGAAGTGTTTAAATGCTGT
* * * ** *
62372314 AAATTGAAGTGTTTAAGTACTGTAAATTGAAGTGTTTAGTTGCTGG
1 AAATTGAAGTG-TTAAATGCTGCAAATTGAAGTGTTTAAATGCTGT
* * * * * * * *
62372360 ACATTG-AGATGTT--TTACCGCAGTAATTTAGGTGTATAAATGTTGT
1 AAATTGAAG-TGTTAAATGCTGCA--AATTGAAGTGTTTAAATGCTGT
* * *
62372405 TAATTG-AGATGTAAAAGTGCTGCAAATTGAAGTGCTTAAATGCTGT
1 AAATTGAAG-TGTTAAA-TGCTGCAAATTGAAGTGTTTAAATGCTGT
* * **
62372451 AAATTGAAGTGTTAAAGTGCTGCAGATTGAAGTGTTTGAATGCTAC
1 AAATTGAAGTGTTAAA-TGCTGCAAATTGAAGTGTTTAAATGCTGT
** * * * *
62372497 AAATTGAAGTGTTTAAATGCTATAAATTGATGTGCTTAAATGTTGC
1 AAATTGAAGTG-TTAAATGCTGCAAATTGAAGTGTTTAAATGCTGT
* * ** *
62372543 AAATTGAAGTGTTTAAGTACTGCAAATTGAAGTGTTTAGTTGCTGG
1 AAATTGAAGTG-TTAAATGCTGCAAATTGAAGTGTTTAAATGCTGT
* ** * * * *
62372589 ACATTG-AGATGTTTTATCGCTG-TAATTGAGGTGTATAAATGTTGT
1 AAATTGAAG-TGTTAAAT-GCTGCAAATTGAAGTGTTTAAATGCTGT
* * *
62372634 TAATTG-AGATGTAAAAGTGCTGCAAATTGAAGTGCTTAAATGCTGT
1 AAATTGAAG-TGTTAAA-TGCTGCAAATTGAAGTGTTTAAATGCTGT
* * *
62372680 AAATTGAAGTGTTAAAGTGTTGCAAATTGAAGTGTTTGAATGCTGC
1 AAATTGAAGTGTTAAA-TGCTGCAAATTGAAGTGTTTAAATGCTGT
* * * * * *
62372726 AAATTAAAGTGTCTAAATGATGTAAATTGAAGTGCTTAAATGTTGC
1 AAATTGAAGTGT-TAAATGCTGCAAATTGAAGTGTTTAAATGCTGT
* * ** *
62372772 AAATTGAAGTGTTTAAGTACTGCAAATTGAAGTGTTTAGTTGCTGG
1 AAATTGAAGTG-TTAAATGCTGCAAATTGAAGTGTTTAAATGCTGT
* ** * * ** *
62372818 ACATTG-AGATGTTTTATCGCTG-TAATTGAGGTGTGCAAATGTTGT
1 AAATTGAAG-TGTTAAAT-GCTGCAAATTGAAGTGTTTAAATGCTGT
* * *
62372863 TAATTG-AGATGTAAAAGTGCTGCAAATTGAAGTGCTTAAATGCTGT
1 AAATTGAAG-TGTTAAA-TGCTGCAAATTGAAGTGTTTAAATGCTGT
* * *
62372909 AAATTGAAGTGTTAAAGTGCTGCAAATTGAAGTGTTTGAATGGTGC
1 AAATTGAAGTGTTAAA-TGCTGCAAATTGAAGTGTTTAAATGCTGT
** * * *
62372955 AAATTGAAGTGTTTAAATGCTATAAATTGAAGTGCTTAAATGTTGC
1 AAATTGAAGTG-TTAAATGCTGCAAATTGAAGTGTTTAAATGCTGT
* * * ** *
62373001 AAATTGAAGTGTTTAACTACT-CTAAATTAAAGTGTTTAGTTGCTGG
1 AAATTGAAGTG-TTAAATGCTGC-AAATTGAAGTGTTTAAATGCTGT
* * ** * * *
62373047 ACA-TGGAGATGTTTTATCGCTG-TAATTGAGGTGTATAAATG-T-T
1 AAATTGAAG-TGTTAAAT-GCTGCAAATTGAAGTGTTTAAATGCTGT
* *
62373090 --GTT-AA----TAAAGTGCTGCAAATTGAA--GCTTAAATGCTGT
1 AAATTGAAGTGTTAAA-TGCTGCAAATTGAAGTGTTTAAATGCTGT
* *
62373127 AAATTGAAGTGTTAAAGTGCTGCAAATTGAAGTGTTTGAATGCTGC
1 AAATTGAAGTGTTAAA-TGCTGCAAATTGAAGTGTTTAAATGCTGT
* ** * * *
62373173 AAATTGAAGTTTTAAATGCTATAAATTGAAGTGCTTAAATGTTGC
1 AAATTGAAGTGTTAAATGCTGCAAATTGAAGTGTTTAAATGCTGT
* ** *
62373218 AAATTGAAGTGTTTAA-G--GACAAATT-AAGTGTTTAGTTGCTGG
1 AAATTGAAGTGTTAAATGCTG-CAAATTGAAGTGTTTAAATGCTGT
* ** * * * *
62373260 ACATTG-AGATGTTTTATCGCTG-TAATTGAGGTGTATAAATGTTGT
1 AAATTGAAG-TGTTAAAT-GCTGCAAATTGAAGTGTTTAAATGCTGT
* * *
62373305 TAATTG-AGATGTAAAAGTGCTGCAAATTGAAGTGCTTAAATGCTGT
1 AAATTGAAG-TGTTAAA-TGCTGCAAATTGAAGTGTTTAAATGCTGT
* *
62373351 AAATTGAAGTGTTAAAGTGCTGCAAATTGAAGTGTTTGAATGCTAT
1 AAATTGAAGTGTTAAA-TGCTGCAAATTGAAGTGTTTAAATGCTGT
* * * * *
62373397 AAATTGAAGTGTTTAAATGCTGTAAATTGATGTGCTTAAATGTTGC
1 AAATTGAAGTG-TTAAATGCTGCAAATTGAAGTGTTTAAATGCTGT
* * ** *
62373443 AAATTGAAGTGTTTAAGTACTGCAAATTGAAGTGTTTAGTTGCTGG
1 AAATTGAAGTG-TTAAATGCTGCAAATTGAAGTGTTTAAATGCTGT
* ** * * * *
62373489 ACATTG-AGATGTTTTATCGCTG-TAATTGAGGTGTATAAATGTTGT
1 AAATTGAAG-TGTTAAAT-GCTGCAAATTGAAGTGTTTAAATGCTGT
* * *
62373534 TAATTG-AGATGTAAAAGTGCTGCAAATTGAAGTGCTTAAATGCTGT
1 AAATTGAAG-TGTTAAA-TGCTGCAAATTGAAGTGTTTAAATGCTGT
* *
62373580 AAATTGAAGTGTTAAAGTGCTGCAAATTGAAGTGTTTGAATGCTGC
1 AAATTGAAGTGTTAAA-TGCTGCAAATTGAAGTGTTTAAATGCTGT
* * * * * *
62373626 AAATTAAAGTGTTTAAATGTTGTAAATTGAAGTGCTTAAATGTTGC
1 AAATTGAAGTG-TTAAATGCTGCAAATTGAAGTGTTTAAATGCTGT
* * ** *
62373672 AAATTGAAGTGTTTAAGTACTGCAAATTGAAGTGTTTAGTTGCTGG
1 AAATTGAAGTG-TTAAATGCTGCAAATTGAAGTGTTTAAATGCTGT
* ** * * * ** *
62373718 ACATTG-AGATGTTTTATCGCTG-TAATTGAGGTGTATAAATTTTTT
1 AAATTGAAG-TGTTAAAT-GCTGCAAATTGAAGTGTTTAAATGCTGT
* * *
62373763 TAATTG-AGATGTAAAAGTGCTGCAAATTGAAGTGCTTAAATGCTGT
1 AAATTGAAG-TGTTAAA-TGCTGCAAATTGAAGTGTTTAAATGCTGT
*
62373809 AAATTGAAGTGTTAAAGTGCTGCAAATTGAAGTGTTTGAATGC---
1 AAATTGAAGTGTTAAA-TGCTGCAAATTGAAGTGTTTAAATGCTGT
* * * *
62373852 AAATTGAAGTGTTTAAATGCTGTAAATTGAAGTGCTTAAATGTTGC
1 AAATTGAAGTG-TTAAATGCTGCAAATTGAAGTGTTTAAATGCTGT
* * ** *
62373898 AAATTGAAGTGTTTAACTACT-CAAATT-AAGTGTTTAGTTGCTGG
1 AAATTGAAGTG-TTAAATGCTGCAAATTGAAGTGTTTAAATGCTGT
* ** * * * *
62373942 ACATTG-AGATGTTTTATCGCTG-TAATTGAGGTGTATAAATGTTGT
1 AAATTGAAG-TGTTAAAT-GCTGCAAATTGAAGTGTTTAAATGCTGT
* * *
62373987 TAATTG-AGATG-TAAAAGTCTGCAAATTGAAGTGCTTAAATGCTGT
1 AAATTGAAG-TGTTAAATG-CTGCAAATTGAAGTGTTTAAATGCTGT
* *
62374032 AAATTGAAGTGTTAAAGTGCTGCAAATTGAAGTGTTTGAATGCTGC
1 AAATTGAAGTGTTAAA-TGCTGCAAATTGAAGTGTTTAAATGCTGT
* * * *
62374078 AAATTGAAGTGTTTAAATGCTGTAAATTGAAGTGCTTAAATGTTGC
1 AAATTGAAGTG-TTAAATGCTGCAAATTGAAGTGTTTAAATGCTGT
* * ** *
62374124 AAATTGAAGTGTTTAA-GACTGAAAATTGAAGTGTTTAGTTGCTGG
1 AAATTGAAGTGTTAAATG-CTGCAAATTGAAGTGTTTAAATGCTGT
* * ** * * *
62374169 ACA-TGGAGATGTTTTAT-C-GC----T---GTATATAAATGTTGT
1 AAATTGAAG-TGTTAAATGCTGCAAATTGAAGTGTTTAAATGCTGT
* * *
62374205 TAATTG-AGATGTAAAAGTGCTGCAAATTGAAGTGCTTAAATGCTGT
1 AAATTGAAG-TGTTAAA-TGCTGCAAATTGAAGTGTTTAAATGCTGT
* *
62374251 AAATTGAAGTGTTAAAGTGTTGCAAATTGAAGTGTTTGAATGC--T
1 AAATTGAAGTGTTAAA-TGCTGCAAATTGAAGTGTTTAAATGCTGT
* * * * *
62374295 AAATTGAAGTGTTTAAATGCTGTAAATTGATGTGCTTAAATGTTGC
1 AAATTGAAGTG-TTAAATGCTGCAAATTGAAGTGTTTAAATGCTGT
* * ** *
62374341 AAATTGAAGTGTTTAAGTACTGCAAATTGAAGTGTTTAGTTGCTGG
1 AAATTGAAGTG-TTAAATGCTGCAAATTGAAGTGTTTAAATGCTGT
* ** * * * **
62374387 ACATTG-AGATGTTTTATCGCTG-TAATTGAGGTGTATAAATAATTGT
1 AAATTGAAG-TGTTAAAT-GCTGCAAATTGAAGTGTTTAAAT-GCTGT
* *
62374433 TAATGTGAATTAGTTAAATGCTG-AAATTGAAGTGCTGCTTAAATGCTGT
1 AAAT-TGAAGT-GTTAAATGCTGCAAATTGAAGTG-T--TTAAATGCTGT
* *
62374482 AAATTGAAGTGTTAAAGTGCTGCAAATTGAAGTGTTTGAATGCTAT
1 AAATTGAAGTGTTAAA-TGCTGCAAATTGAAGTGTTTAAATGCTGT
* * * *
62374528 AAATTGAAGTGTTTAAATGCTGTAAATTGAAGTGCTTAAATGTTGC
1 AAATTGAAGTG-TTAAATGCTGCAAATTGAAGTGTTTAAATGCTGT
* * * ** *
62374574 AAATTGAAGTGTTTAAGTACTGAAAATTGAAGTGTTTAGTTGCTGG
1 AAATTGAAGTG-TTAAATGCTGCAAATTGAAGTGTTTAAATGCTGT
* ** * * * *
62374620 ACATTG-AGATGTTTTATCGCTG-TAATTGAGGTGTATAAATGTTGT
1 AAATTGAAG-TGTTAAAT-GCTGCAAATTGAAGTGTTTAAATGCTGT
* * *
62374665 TAATTG-AG-ATTAAAGTGCTGCAAATTGAAGTGCTTAAATGCTGT
1 AAATTGAAGTGTTAAA-TGCTGCAAATTGAAGTGTTTAAATGCTGT
* *
62374709 AAATTGAAGTGTTAAAGTGCTGCAAATTGAAGTGTTTGAATGCTAT
1 AAATTGAAGTGTTAAA-TGCTGCAAATTGAAGTGTTTAAATGCTGT
* * * * *
62374755 AAATTGAAGTGTTTAAATGCTGTAAATTGATGTGCTTAAATGTTGC
1 AAATTGAAGTG-TTAAATGCTGCAAATTGAAGTGTTTAAATGCTGT
* * ** *
62374801 AAATTGAAGTGTTTAAGTACTGCAAATTGAAGTGTTTAGTTGCTGG
1 AAATTGAAGTG-TTAAATGCTGCAAATTGAAGTGTTTAAATGCTGT
* ** * * * *
62374847 ACATTG-AGAT-TTTTATCGCTG-TAATTGAGGTGTATAAATGTTGT
1 AAATTGAAG-TGTTAAAT-GCTGCAAATTGAAGTGTTTAAATGCTGT
* * *
62374891 TAATTG-AGATGTAAAAGTGCTGCAAATTGAAGTGCTTAAATGCTGT
1 AAATTGAAG-TGTTAAA-TGCTGCAAATTGAAGTGTTTAAATGCTGT
* *
62374937 AAATTGAAGTGTTAAAGTGCTGCAAATTGAAGTGTTTGAATGCTGC
1 AAATTGAAGTGTTAAA-TGCTGCAAATTGAAGTGTTTAAATGCTGT
* * * *
62374983 AAATT-AAGTGTTTAAATGCTGTAAATTG-AGTGCTTAAATGTTGC
1 AAATTGAAGTG-TTAAATGCTGCAAATTGAAGTGTTTAAATGCTGT
* * * * ** *
62375027 AAATTGAAGTGTTTAAGTACTGAAAATTGTAGTGTTTAGTTGCTGG
1 AAATTGAAGTG-TTAAATGCTGCAAATTGAAGTGTTTAAATGCTGT
* ** * * * *
62375073 ACA-TG-AGATGTTTTATCGCTG-TAATTGAGGTGTATAAATGTTTGT
1 AAATTGAAG-TGTTAAAT-GCTGCAAATTGAAGTGTTTAAATG-CTGT
* * *
62375118 TAATTG-AGATGTAAAAGTGCTGCAAATTGAAGTGCTTAAATGCTGT
1 AAATTGAAG-TGTTAAA-TGCTGCAAATTGAAGTGTTTAAATGCTGT
* *
62375164 AAATTGAAGTGTTAAAGTGCTGCAAATTGAAGTGTTTGAATGCTGC
1 AAATTGAAGTGTTAAA-TGCTGCAAATTGAAGTGTTTAAATGCTGT
* * * *
62375210 AAATTGAAGTGTTTAAATGCTGTAAATTGAAGTGCTTAAATGTTGC
1 AAATTGAAGTG-TTAAATGCTGCAAATTGAAGTGTTTAAATGCTGT
* * * ** *
62375256 AAATTGAAGTGTTTAA-GAC-GAAAATT-TAGTGTTTAGTTGCTGG
1 AAATTGAAGTGTTAAATG-CTGCAAATTGAAGTGTTTAAATGCTGT
* * ** * * * * * *
62375299 ACATTGGAGATGTTTTATCGCTGTATATAATGTTGTTAATTGAGATGTAAAAGTTGC
1 AAATTGAAG-TGTTAAAT-GCTG--CA-AA--TTG--AA--GTG-TTTAAATGCTGT
* * * *
62375356 AAATTGAAGTGCTAAATGCTGTAAATTGAAGTG-TTAAA-GTTTGC
1 AAATTGAAGTGTTAAATGCTGCAAATTGAAGTGTTTAAATG-CTGT
* **
62375400 AAATTGAAGTGTTTGAATGCTATAAATTGAAGTGTTTAAATGCTGT
1 AAATTGAAGTG-TTAAATGCTGCAAATTGAAGTGTTTAAATGCTGT
* * * * *
62375446 AAATTGATGTGCTTAAATGTTGCAAATTGAAGTGTTTAAGTACTGC
1 AAATTGAAGTG-TTAAATGCTGCAAATTGAAGTGTTTAAATGCTGT
** * * * *
62375492 AAATTGAAAGTGTTTAGTTGTTGGACATTG-AGATGTTT-TATCGCTGT
1 AAATTG-AAGTG-TTAAATGCTGCAAATTGAAG-TGTTTAAAT-GCTGT
* * ** * *
62375539 -AATTGAGGTGTATAAATGTTGTTAATTG-AGATG-TAAAAGTGCTGC
1 AAATTGAAGTGT-TAAATGCTGCAAATTGAAG-TGTTTAAA-TGCTGT
* * *
62375584 AAATTGAAATGCTTAAATGCTGTAAATTGAAGTG-TTAAAGTGCTGC
1 AAATTGAAGTG-TTAAATGCTGCAAATTGAAGTGTTTAAA-TGCTGT
* * * *
62375630 AAATTAAAGTTCTTAAATGCTGTAAATTGAAGTG-TTAAAGTGCTGC
1 AAATTGAAG-TGTTAAATGCTGCAAATTGAAGTGTTTAAA-TGCTGT
* *
62375676 AAATTGAAGTGTTTGAATGCT--AAATTGAAGTTTTTAAATGCTGT
1 AAATTGAAGTG-TTAAATGCTGCAAATTGAAGTGTTTAAATGCTGT
* *
62375720 AAATTGAAGTGCTTAAATGTTTGCAAATTGAAGTGTTT-AA-GACT-A
1 AAATTGAAGTG-TTAAATG-CTGCAAATTGAAGTGTTTAAATG-CTGT
* ** * * * *
62375765 AAATTGTAGTGTTTAGTTGCTGGACA-TGGAGATGTTT-TAT-CTGT
1 AAATTGAAGTG-TTAAATGCTGCAAATTGAAG-TGTTTAAATGCTGT
* * ** * *
62375809 -AATTGAGGTGTATAAATGTTGTTAATTG-AGATG-TAAAAGTGCTGC
1 AAATTGAAGTGT-TAAATGCTGCAAATTGAAG-TGTTTAAA-TGCTGT
* *
62375854 AAATTGAAGTGCTTAAATGCTGTAAATTGAAGTG-TTAAAGTGCTGC
1 AAATTGAAGTG-TTAAATGCTGCAAATTGAAGTGTTTAAA-TGCTGT
* * **
62375900 AAATTTAAGTGTTTGAATGCTATAAATTGAAGTGTTTAAATGCTGT
1 AAATTGAAGTG-TTAAATGCTGCAAATTGAAGTGTTTAAATGCTGT
* * * * * *
62375946 AAATTGATGTGCTTAAATGTTTCAAATTGAAGTGTTTAAGTACTGC
1 AAATTGAAGTG-TTAAATGCTGCAAATTGAAGTGTTTAAATGCTGT
** * * *
62375992 AAATTGAAGTGTTTAGTTGCTGGACATTG-AGATGTTT-TATCGCTGT
1 AAATTGAAGTG-TTAAATGCTGCAAATTGAAG-TGTTTAAAT-GCTGT
* * ** * *
62376038 -AATTGAGGTGTATAAATGTTGTTAATTG-AGATG-TAAAAGTGCTGC
1 AAATTGAAGTGT-TAAATGCTGCAAATTGAAG-TGTTTAAA-TGCTGT
* *
62376083 AAATTGAAGTGCTTAAATGCTGTAAATTGAAGTG-TTAAAGTGCTGC
1 AAATTGAAGTG-TTAAATGCTGCAAATTGAAGTGTTTAAA-TGCTGT
* *
62376129 AAATTGAAGTGTTTGAATGCTGCAAATTCAAGTGTTTAAATGCTGT
1 AAATTGAAGTG-TTAAATGCTGCAAATTGAAGTGTTTAAATGCTGT
* * * * *
62376175 AAATTGAATTGCTTAAATGTTGCAAATTGAAGTGTTTAAGGTACTGA
1 AAATTGAAGTG-TTAAATGCTGCAAATTGAAGTGTTTAA-ATGCTGT
** * * *
62376222 AAATTGAAGTGTTTAGTTGCTGGACA-TG-AGATGTTT-TATCGCTGT
1 AAATTGAAGTG-TTAAATGCTGCAAATTGAAG-TGTTTAAAT-GCTGT
* * ** * * *
62376267 -AATTGAGGTGTATAAATGTTGTTAATTG-A--GATAAAAGTGCTGC
1 AAATTGAAGTGT-TAAATGCTGCAAATTGAAGTGTTTAAA-TGCTGT
* *
62376310 AAATTGAAGTGCTTAAATGCTGTAAATTGAAGTG-TTAAAGTGCTGC
1 AAATTGAAGTG-TTAAATGCTGCAAATTGAAGTGTTTAAA-TGCTGT
* ** *
62376356 AAATTGAAGTGTTTGAATGCTATAAATTGAAGTGTTTAAATGCTAT
1 AAATTGAAGTG-TTAAATGCTGCAAATTGAAGTGTTTAAATGCTGT
* * *** * *
62376402 AAATTGATGTGCTTAAATGTTGCAAATTGAAGTGTTTCGTTACTGG
1 AAATTGAAGTG-TTAAATGCTGCAAATTGAAGTGTTTAAATGCTGT
* ** * * * *
62376448 ATATTG-AGATGTTTTATCGCTG-TAATTGAGGTGTATAAATGTTGT
1 AAATTGAAG-TGTTAAAT-GCTGCAAATTGAAGTGTTTAAATGCTGT
* * *
62376493 TAATTG-AGATGTAAAAGTGCTGCAAATTGAAGTGCTTAAATGCTGT
1 AAATTGAAG-TGTTAAA-TGCTGCAAATTGAAGTGTTTAAATGCTGT
* *
62376539 AAATTGAAGTGTTAAAGTGCTGCAAATTGAAGTGTTTGAATGCTGC
1 AAATTGAAGTGTTAAA-TGCTGCAAATTGAAGTGTTTAAATGCTGT
* * * *
62376585 AAATTGAAGTGTTTAAATGCTGTAAATTGAAGTGCTTAAATGTTGC
1 AAATTGAAGTG-TTAAATGCTGCAAATTGAAGTGTTTAAATGCTGT
* * ** *
62376631 AAATTGAAGTGTTTAAGTACTG-AAATTGAAGTGTTTAGTTGCTGG
1 AAATTGAAGTG-TTAAATGCTGCAAATTGAAGTGTTTAAATGCTGT
* * * * * * *
62376676 ACATTG-AGAT-TT-TACGCTG-TAATTGAGGTGTATAAATGTTGT
1 AAATTGAAG-TGTTAAATGCTGCAAATTGAAGTGTTTAAATGCTGT
* * *
62376718 TAATTG-AGATGTAAAAGTGCTGCAAATTGAAGTGCTTAAATGCTGT
1 AAATTGAAG-TGTTAAA-TGCTGCAAATTGAAGTGTTTAAATGCTGT
* **
62376764 AAATTGAAGTGTTAAA-G-TGCAAATTGAAGTGTTTGAATGCTAC
1 AAATTGAAGTGTTAAATGCTGCAAATTGAAGTGTTTAAATGCTGT
* * * *
62376807 AAATTGAAGTGTTTAAATGCTGTAAATTG-AGTGCTTAAATGTTGC
1 AAATTGAAGTG-TTAAATGCTGCAAATTGAAGTGTTTAAATGCTGT
* * ** *
62376852 AAATTGAAGTGTTTAAGTACTGCAAATTGAAGTGTTTAGTTGCTGG
1 AAATTGAAGTG-TTAAATGCTGCAAATTGAAGTGTTTAAATGCTGT
* * ** * * *
62376898 ACATTGGAGATGTTTTAT-CTG-TAATTG-AGTTGTATAAATGTTGT
1 AAATTGAAG-TGTTAAATGCTGCAAATTGAAG-TGTTTAAATGCTGT
* * *
62376942 TAATTG-AGATGTAAAAGTGCTGCAAATTGAAGTGCTTAAATGCTGT
1 AAATTGAAG-TGTTAAA-TGCTGCAAATTGAAGTGTTTAAATGCTGT
* * *
62376988 AAATTGAAGTGTTAAAGTGTTGCAAATTGAAGTGTTTGAATGCTGC
1 AAATTGAAGTGTTAAA-TGCTGCAAATTGAAGTGTTTAAATGCTGT
* * * *
62377034 AAATTGAAGTGTTTAAATGCTGTAAATTGAAGTGCTTAAATGTTGC
1 AAATTGAAGTG-TTAAATGCTGCAAATTGAAGTGTTTAAATGCTGT
* * ** *
62377080 AAATTGAAGTGTTTAAGTACTGCAAATTGAAGTGTTTAGTTGCTGG
1 AAATTGAAGTG-TTAAATGCTGCAAATTGAAGTGTTTAAATGCTGT
* ** * * *
62377126 ACATTG-AGATGTTTTATCGCTG-TAATTG-AGTGTATAAATGTTGT
1 AAATTGAAG-TGTTAAAT-GCTGCAAATTGAAGTGTTTAAATGCTGT
* * *
62377170 TAATTG-AGATGTAAAAGTGCTGCAAATTGAAGTGCTTAAATGCTGT
1 AAATTGAAG-TGTTAAA-TGCTGCAAATTGAAGTGTTTAAATGCTGT
* *
62377216 AAATTGAAGTGTTAAAGTGCTGCAAATTGAAGTGTTTGAATGCTGC
1 AAATTGAAGTGTTAAA-TGCTGCAAATTGAAGTGTTTAAATGCTGT
* * * *
62377262 AAATTGAAGTGTTTAAATGCTGTAAATTGAAGTGCTTAAATGTTGC
1 AAATTGAAGTG-TTAAATGCTGCAAATTGAAGTGTTTAAATGCTGT
* * * ** *
62377308 AAATTGAAGTGTTTAA--CTACTAAATTAAAGTGTTTAGTTGCTGG
1 AAATTGAAGTGTTAAATGCTGC-AAATTGAAGTGTTTAAATGCTGT
* * ** * * * *
62377352 ACA-TGGAGATGTTTTATCGCTG-TAATTGAGGTGTATAAATGTTGT
1 AAATTGAAG-TGTTAAAT-GCTGCAAATTGAAGTGTTTAAATGCTGT
* * *
62377397 TAATTG-AGATGTAAAAGTGCTGCAAATTGAAGTGCTTAAATGCTGT
1 AAATTGAAG-TGTTAAA-TGCTGCAAATTGAAGTGTTTAAATGCTGT
* * *
62377443 AAATTGAAGTGTTAAAGTGCTGCAAATTGTA--GTTTGAATGCTAT
1 AAATTGAAGTGTTAAA-TGCTGCAAATTGAAGTGTTTAAATGCTGT
* * * *
62377487 AAATTGAAGTGTTTAAATGCTGTAAATT---GTGCTTAAATGTTGC
1 AAATTGAAGTG-TTAAATGCTGCAAATTGAAGTGTTTAAATGCTGT
* * ** *
62377530 AAATTGAAGTGTTTAAGTACTGCAAATTGAAGTGTTTAGTTGCTGG
1 AAATTGAAGTG-TTAAATGCTGCAAATTGAAGTGTTTAAATGCTGT
* ** * * * *
62377576 ACATTG-AGATGTTTTATCGCTG-TAATTGAGGTGTATAAATGTTGT
1 AAATTGAAG-TGTTAAAT-GCTGCAAATTGAAGTGTTTAAATGCTGT
* * *
62377621 TAATTG-AGATGTAAAAGTGCTGCAAATTGAAGTGCTTAAATGCTGT
1 AAATTGAAG-TGTTAAA-TGCTGCAAATTGAAGTGTTTAAATGCTGT
* *
62377667 AAATTGAAGTGTTAAAGTGCTGCAAATTGAAGTGTTTGAATGCTAT
1 AAATTGAAGTGTTAAA-TGCTGCAAATTGAAGTGTTTAAATGCTGT
** * * *
62377713 AAATTGAAGTGTTTAAATGCTATAAATTG-AGTGCTTAAATGTTGC
1 AAATTGAAGTG-TTAAATGCTGCAAATTGAAGTGTTTAAATGCTGT
* * ** *
62377758 AAATTGAAGTGTTTAAGTACTGCAAAATTGAAGTGTTTAGTTGCTGG
1 AAATTGAAGTG-TTAAATGCTGC-AAATTGAAGTGTTTAAATGCTGT
* * * * * * *
62377805 ACATTG-AGATGTT--TTACTG-TAATTGAGGTGTATAAATGTTGT
1 AAATTGAAG-TGTTAAATGCTGCAAATTGAAGTGTTTAAATGCTGT
* *
62377847 TAATTG-AGATG-TAAAGTGCTGCAAATTGAAGTGCTTAAATGCTGT
1 AAATTGAAG-TGTTAAA-TGCTGCAAATTGAAGTGTTTAAATGCTGT
*
62377892 AAATTGAAGTGTTAAAGTGCTGCAAATTGAAGTGTTTGAATGC--T
1 AAATTGAAGTGTTAAA-TGCTGCAAATTGAAGTGTTTAAATGCTGT
* * * *
62377936 -AATTGAAGTGTTTAAATGCTGTAAATTGAAGTGCTTAAATGTTGC
1 AAATTGAAGTG-TTAAATGCTGCAAATTGAAGTGTTTAAATGCTGT
* * * ** *
62377981 AAATTGAAGTGTTTAAGTACTGTAAATTGAAGTGTTTAGTTGCTGG
1 AAATTGAAGTG-TTAAATGCTGCAAATTGAAGTGTTTAAATGCTGT
* ** * * * *
62378027 ACATTG-AGATGTTTTATCGCTG-TAATTGAGGTGTATAAATGTTGT
1 AAATTGAAG-TGTTAAAT-GCTGCAAATTGAAGTGTTTAAATGCTGT
* * *
62378072 TAATTG-AGATGTAAAAGTGCTGCAAATTGAAGTGCTTAAATGCTGT
1 AAATTGAAG-TGTTAAA-TGCTGCAAATTGAAGTGTTTAAATGCTGT
* **
62378118 AAATTGAAGTGTTAAAGTGCTGCAAATTGAA--GTTTGAATGCTAC
1 AAATTGAAGTGTTAAA-TGCTGCAAATTGAAGTGTTTAAATGCTGT
* *
62378162 AAATTGAAGTGTTTAAATGCTGTAAATTGAAGTGCTTAAA---TGT
1 AAATTGAAGTG-TTAAATGCTGCAAATTGAAGTGTTTAAATGCTGT
* * ** *
62378205 AAATTGAAGTGTTTAAGTACTGCAAATTGAAGTGTTTAGTTGCTGG
1 AAATTGAAGTG-TTAAATGCTGCAAATTGAAGTGTTTAAATGCTGT
* * * * * * *
62378251 ACATTG-AGAT-TT-TATCACTG-TAATTGAGGTGTATAAATGTTGT
1 AAATTGAAG-TGTTAAAT-GCTGCAAATTGAAGTGTTTAAATGCTGT
* *
62378294 TAATTG-AGATGTTAAAGTGCTGCAAATTGAAGTGCTTAAATGCTGT
1 AAATTGAAG-TGTTAAA-TGCTGCAAATTGAAGTGTTTAAATGCTGT
* *
62378340 AAATTGAAGTGTTAAAGTGCTGCAAATTGAAGTGTTTGAATGCTGC
1 AAATTGAAGTGTTAAA-TGCTGCAAATTGAAGTGTTTAAATGCTGT
* * * * *
62378386 AAATTGAAGTGTTTAATGCTGTAAATTG-AGTGCTTAAATGTTGC
1 AAATTGAAGTGTTAAATGCTGCAAATTGAAGTGTTTAAATGCTGT
* * ** *
62378430 AAATTGAAGTGTTTAA--CTACTAAATTGAAGTGTTTAGTTGCTGG
1 AAATTGAAGTGTTAAATGCTGC-AAATTGAAGTGTTTAAATGCTGT
* ** * * * *
62378474 ACATTG-AGATGTTTTATCGCTG-TAATTGAGGTGTATAAATGTTGT
1 AAATTGAAG-TGTTAAAT-GCTGCAAATTGAAGTGTTTAAATGCTGT
* * *
62378519 TAATTG-AGATGTAAAAGTGCTGCAAATTGAAGTGCTTAAATGCTGT
1 AAATTGAAG-TGTTAAA-TGCTGCAAATTGAAGTGTTTAAATGCTGT
*
62378565 AAATTGAAGTGTTAAAGTGCTGCAAATTGAAGTGTTTGAATGC--T
1 AAATTGAAGTGTTAAA-TGCTGCAAATTGAAGTGTTTAAATGCTGT
* * * * *
62378609 AAATTGAAGTTTTAAATGCTGTAAATTGAAGTGCTTAAATGTTGC
1 AAATTGAAGTGTTAAATGCTGCAAATTGAAGTGTTTAAATGCTGT
* * * ** *
62378654 AAATTGAAGTGTTTAA-GACTGAAAATTGTAGTGTTTAGTTGCTGG
1 AAATTGAAGTGTTAAATG-CTGCAAATTGAAGTGTTTAAATGCTGT
* ** * * * *
62378699 ACA-TG-AGATGTTTTATCGCTG-TAATTGAGGTGTATAAATGTTGT
1 AAATTGAAG-TGTTAAAT-GCTGCAAATTGAAGTGTTTAAATGCTGT
* * *
62378743 TAATTG-AGATGTAAAAGTGCTGCAAATTGAAGTGCTTAAATGCTGT
1 AAATTGAAG-TGTTAAA-TGCTGCAAATTGAAGTGTTTAAATGCTGT
* * *
62378789 AAATTGAAGTG--AAA-GTTGCAAATTGAAGTGTTTGAATGCTAT
1 AAATTGAAGTGTTAAATGCTGCAAATTGAAGTGTTTAAATGCTGT
* * * * *
62378831 AAATTGAAGTGTTTAAATGCTGTAAATTGATGTGCTTAAATGTTGC
1 AAATTGAAGTG-TTAAATGCTGCAAATTGAAGTGTTTAAATGCTGT
* * ** *
62378877 AAATTGAAGTGTTTAAGTACTGCAAATTGAAGTGTTTAGTTGCTGG
1 AAATTGAAGTG-TTAAATGCTGCAAATTGAAGTGTTTAAATGCTGT
* ** * * * ** *
62378923 ACATTG-AGATGTTTTATCGCTG-TAATTGAGGTGTATAAATTTTTT
1 AAATTGAAG-TGTTAAAT-GCTGCAAATTGAAGTGTTTAAATGCTGT
* * *
62378968 TAATTG-AGATGTAAAAGTGCTGCAAATTGAAGTGCTTAAATGCTGT
1 AAATTGAAG-TGTTAAA-TGCTGCAAATTGAAGTGTTTAAATGCTGT
* * **
62379014 AAATTGAAGTGTTAAAGTGCTGCAGATTGAAGTGTTTGAATGCTAC
1 AAATTGAAGTGTTAAA-TGCTGCAAATTGAAGTGTTTAAATGCTGT
* * * *
62379060 AAATTGAAGTGTTTAAATGCTGTAAATTGAAGTGCTTAAATGTTGC
1 AAATTGAAGTG-TTAAATGCTGCAAATTGAAGTGTTTAAATGCTGT
* ** *
62379106 AAATTGAAGTGTTTAATTGCTGCAAATTGAAGTGTTTAGTTGCTGG
1 AAATTGAAGTG-TTAAATGCTGCAAATTGAAGTGTTTAAATGCTGT
* ** * * * *
62379152 ACATTG-AGATGTTTTAT-CTG-TAATTGAGGTGTATAAATGTTGT
1 AAATTGAAG-TGTTAAATGCTGCAAATTGAAGTGTTTAAATGCTGT
* *
62379195 TAATTG-AGATG-TAAAGTGCTGCAAATT-AAGTGCTTAAATGCTGT
1 AAATTGAAG-TGTTAAA-TGCTGCAAATTGAAGTGTTTAAATGCTGT
* *
62379239 AAATTGAAGTG-TAAAGTGCTGCAAATTGAAGTGTTTGAATGCTGC
1 AAATTGAAGTGTTAAA-TGCTGCAAATTGAAGTGTTTAAATGCTGT
* * * *
62379284 AAATTGAAGT-TTAAATGCTG--AATTGAA-TGCTAAAATGTTGC
1 AAATTGAAGTGTTAAATGCTGCAAATTGAAGTGTTTAAATGCTGT
* *
62379325 AAA-TGAAGTGTTGAA-G-TACAAA-TGAAGT-TTTAAATGCTGT
1 AAATTGAAGTGTTAAATGCTGCAAATTGAAGTGTTTAAATGCTGT
* * * *
62379365 AAATTGAAGTG-CAAATGTTGCAAATTGAAGTGTTT-AAGGACTGA
1 AAATTGAAGTGTTAAATGCTGCAAATTGAAGTGTTTAAATG-CTGT
** * * * *
62379409 AAATT-ATAGTGTTTAGTTGCTGGACA-TGGAGATGTTT-TATCGCTGT
1 AAATTGA-AGTG-TTAAATGCTGCAAATTGAAG-TGTTTAAAT-GCTGT
* * ** * *
62379455 -AATTGAGGTGTATAAATGTTGTTAATTG-AGATG-TAAAAGTGCTGC
1 AAATTGAAGTGT-TAAATGCTGCAAATTGAAG-TGTTTAAA-TGCTGT
* * *
62379500 AAATTGAAGTGCTTAAATGCTGTAAATTGAAGTG--TAAA-GTTGC
1 AAATTGAAGTG-TTAAATGCTGCAAATTGAAGTGTTTAAATGCTGT
*
62379543 AAATTGAAGTGTTTGAATGCT--AAATTGAAGTGTTTAAATGCTGT
1 AAATTGAAGTG-TTAAATGCTGCAAATTGAAGTGTTTAAATGCTGT
* *
62379587 AAATTGATGTGCTTAAATGTTGCAAATTGAAGTGTTTAA
1 AAATTGAAGTG-TTAAATGCTGCAAATTGAAGTGTTTAA
62379626 GTTGTGACAG
Statistics
Matches: 7950, Mismatches: 1875, Indels: 986
0.74 0.17 0.09
Matches are distributed among these distances:
34 26 0.00
35 11 0.00
36 32 0.00
37 11 0.00
38 3 0.00
39 6 0.00
40 28 0.00
41 43 0.01
42 133 0.02
43 387 0.05
44 697 0.09
45 1432 0.18
46 4650 0.58
47 372 0.05
48 28 0.00
49 20 0.00
50 10 0.00
51 3 0.00
52 10 0.00
53 19 0.00
54 3 0.00
55 6 0.00
56 7 0.00
57 13 0.00
ACGTcount: A:0.32, C:0.07, G:0.24, T:0.37
Consensus pattern (45 bp):
AAATTGAAGTGTTAAATGCTGCAAATTGAAGTGTTTAAATGCTGT
Found at i:62369543 original size:137 final size:138
Alignment explanation
Indices: 62369262--62376196 Score: 840
Period size: 137 Copynumber: 50.3 Consensus size: 138
62369252 CCTTTCAACA
* * * * ** *
62369262 AAATTGAAGTG-TTAAAGTGCTGCAAATTGAAGTGTTTGAATGCTGCAAATTGA-AGTGTTTAAA
1 AAATTGAAGTGTTTAAA-TGCTGTAAATTGAAGTGCTTAAATGTTGTTAATTGAGA-TG-TAAAA
* * ** * *
62369325 -TGCTGTAAATTGAAGTGCTTAAAAGTTGCAAATTGAAGTGTTTAAGGATTGCAAATTGAAGTGT
63 GTTCTGCAAATTGAAGTGCTTAAAAGCGGCAAATTGAAGTGTTAAAGGACTGCAAATTGAAGTGT
* *
62369389 TTAGTTGCTGG
128 TTAGATGCTGC
* * *
62369400 ACATTG-AGATGTTT-TATCGCTGT-AATTGAGGTG-TATAAATGTTGTTAATTGAGATGTAAAA
1 AAATTGAAG-TGTTTAAAT-GCTGTAAATTGAAGTGCT-TAAATGTTGTTAATTGAGATGTAAAA
* *
62369461 GTTCTGCAAATTGAAGTGCTTAAATGCGGTAAATTGAAGTGTTAAAGTG-CTGCAAATTGAAGTG
63 GTTCTGCAAATTGAAGTGCTTAAAAGCGGCAAATTGAAGTGTTAAAG-GACTGCAAATTGAAGTG
62369525 TTT-GAATGCTGC
127 TTTAG-ATGCTGC
** ** *
62369537 AAATTGAAGTGTTTAAATGCTGTAAATTGAAGTGCTTAAATGTTGCAAATTGA-AGTGTTTAAGG
1 AAATTGAAGTGTTTAAATGCTGTAAATTGAAGTGCTTAAATGTTGTTAATTGAGA-TGTAAAAGT
* * * * * *** * * * * **
62369601 ACCGAAAATTGTAGTGTTTAGTTGCTGGACATGGAGATGTTTTATCGCTGTATAAATG-TTGTTA
65 TCTGCAAATTGAAGTGCTTAAAAGC-GG-CA---A-A---TTGA-AG-TGT-TAAAGGACTGCAA
* * *
62369665 ATTG-AGATG-TAAAAGTACTGC
118 ATTGAAG-TGTTTAGA-TGCTGC
** * ** **
62369686 AAATTGAAGTGCCTAAGTGCTGTAAATTGAAGTG-TTAAAGTGTTGCAAATTGA-AGTGTTTGAA
1 AAATTGAAGTGTTTAAATGCTGTAAATTGAAGTGCTTAAA-TGTTGTTAATTGAGA-TG-TAAAA
* ** * * * * * * *
62369749 -TGCTATAAATTGAAGTGTTTAAATGCTGTAAATTGATGTGCTTAAATG-TTGCAAATTGAAGTG
63 GTTCTGCAAATTGAAGTGCTTAAAAGCGGCAAATTGAAGTG-TTAAAGGACTGCAAATTGAAGTG
*
62369812 TTTA-AGTACTGC
127 TTTAGA-TGCTGC
** * * ** * *
62369824 AAATTGAAGTGTTTAGTTGCTGGACATTG-AGATG-TTTTATCGCTG-TAATTGAGGTGTATAAA
1 AAATTGAAGTGTTTAAATGCTGTAAATTGAAG-TGCTTAAAT-GTTGTTAATTGAGATGTA-AAA
** * * * *
62369886 -TGT-TGTTAATTG-AGATG--TAAAAGTGCTGCAAATTGAAATGCTTAAATG-CTGTAAATTGA
63 GT-TCTGCAAATTGAAG-TGCTTAAAA--GCGGCAAATTGAAGTG-TTAAAGGACTGCAAATTGA
*
62369945 AGTG-TTAAAGTGCTGC
123 AGTGTTTAGA-TGCTGC
* * * * * * *
62369961 AAATTAAAGTGTTTGAATGCTGCAAATTGAAGTGTTTAAATGCTGTAAATTGA-AGTGCTTAAA-
1 AAATTGAAGTGTTTAAATGCTGTAAATTGAAGTGCTTAAATGTTGTTAATTGAGA-TG-TAAAAG
* * * * * ** * *
62370024 TGT-TGCAAATTGAAGTGTTTAACTA-CTGTAAATTAAAGTGTT-TTGTTG-CTGGACATTG-AG
64 T-TCTGCAAATTGAAGTGCTTAA-AAGCGGCAAATTGAAGTGTTAAAG--GACTGCAAATTGAAG
*
62370084 ATGTTT-TATCGCTG-
125 -TGTTTAGAT-GCTGC
* * * * * * ** * * *
62370098 TAATTGAGGTGTATAAATGTTGTTAATTG-AGATG-TTAAAGTGCTGCAAATTGAAGCTCTTAAA
1 AAATTGAAGTGTTTAAATGCTGTAAATTGAAG-TGCTTAAA-TGTTGTTAATTG-AGATGTAAAA
* * * * * *** * * *
62370161 -TGCTGTAAATTGAAGTGTTTGAATGCTATAAATTGAAGTGTTTAAATG-CTGTAAATTGATGTG
63 GTTCTGCAAATTGAAGTGCTTAAAAGCGGCAAATTGAAGTG-TTAAAGGACTGCAAATTGAAGTG
* * *
62370224 GTTAAATGTTGC
127 TTTAGATGCTGC
* * * * * * * ** * * ***
62370236 AAATTAAAGTTTTTAAGTACAGCAAATTGAAGTGTTTAGTTGCTG-GACATTGAGATGTTTTA-T
1 AAATTGAAGTGTTTAAATGCTGTAAATTGAAGTGCTTAAATGTTGTTA-ATTGAGATGTAAAAGT
* * * * ** ** *
62370299 CGCTG-TAATTGAGGTG-TATAAATGTTGTTAATTG-AGATGTAAAAGTG-CTGCAAATTGAAGT
65 -TCTGCAAATTGAAGTGCT-TAAAAGCGGCAAATTGAAG-TGTTAAAG-GACTGCAAATTGAAGT
* * *
62370360 GCTTAAATGCTGT
126 GTTTAGATGCTGC
* * * * ** *
62370373 AAATTGAAGTG-TTAAAGTGCTGCAAATTGAAGTGTTTGAATGCTGCAAATTGA-AGTGTTTAAA
1 AAATTGAAGTGTTTAAA-TGCTGTAAATTGAAGTGCTTAAATGTTGTTAATTGAGA-TG-TAAAA
* ** * * ** * * *
62370436 -TGCTATAAATTGAAGTACTTAAATGTTGCAAATTGAAGTGTTTAAGGACTGAAAATTGTAGTGT
63 GTTCTGCAAATTGAAGTGCTTAAAAGCGGCAAATTGAAGTGTTAAAGGACTGCAAATTGAAGTGT
* *
62370500 TTAGTTGCTGG
128 TTAGATGCTGC
* * * * *
62370511 ACATAG-AGATGTTT-TATCGCTAT-AATTGAGGTG-TATAAATGTTGTTAATTGAGATGTAAAA
1 AAATTGAAG-TGTTTAAAT-GCTGTAAATTGAAGTGCT-TAAATGTTGTTAATTGAGATGTAAAA
* * * *
62370572 GTTCTGCAAATTGAAGTGCTTAAATGCTGTAAATTGAAGTGTGAAAGTG-CTGCAAATTGAAGTG
63 GTTCTGCAAATTGAAGTGCTTAAAAGCGGCAAATTGAAGTGTTAAAG-GACTGCAAATTGAAGTG
62370636 TTT-GAATGCTGC
127 TTTAG-ATGCTGC
* * * ** **
62370648 AAATTGAAGTGTTTGAATGCTGCAAATTGAAGTG-TTAAAGTGCTGCAAATTGA-AGTGTTTGAA
1 AAATTGAAGTGTTTAAATGCTGTAAATTGAAGTGCTTAAA-TGTTGTTAATTGAGA-TG-TAAAA
* * * * * * * * *
62370711 -TGCTGCAAATTCAAGTGTTTAAATGCTGTAAATTGAATTGCTTAAAAG-TTGCAAATTGAAGTG
63 GTTCTGCAAATTGAAGTGCTTAAAAGCGGCAAATTGAAGTG-TTAAAGGACTGCAAATTGAAGTG
* *
62370774 TTTA-AGGACTGA
127 TTTAGATG-CTGC
* ** * * * ** * *
62370786 AAATTGTAGTGTTTAGTTGCTGGACA-TGGAGATG-TTTTATCGCTG-TAATTGAGGTGTATAAA
1 AAATTGAAGTGTTTAAATGCTGTAAATTGAAG-TGCTTAAAT-GTTGTTAATTGAGATGTA-AAA
** * * * * *
62370848 TGTT-T-TTAATTG-AG-ACGTAAAAGTGCTGCAAATTGAAGTGCTTAAATG-CTGTAAATTGAA
63 -GTTCTGCAAATTGAAGTGCTTAAAA--GCGGCAAATTGAAGTG-TTAAAGGACTGCAAATTGAA
*
62370908 GTG-TTAAAGTGCTGC
124 GTGTTTAGA-TGCTGC
* * * * * *
62370923 AAATTGAAGTGTTTGAATGCTGCAAATTGAAGTGTTTAAATGCTGTAAATTGA-AGTGCTTAAA-
1 AAATTGAAGTGTTTAAATGCTGTAAATTGAAGTGCTTAAATGTTGTTAATTGAGA-TG-TAAAAG
* * * * * * * * *
62370986 TGT-TGCAAATTGAAGTG-TTTAAGGACCGAAAATTGTAGTGTT-TAGTTG-CTGGACA-TGGAG
64 T-TCTGCAAATTGAAGTGCTTAAAAG-CGGCAAATTGAAGTGTTAAAG--GACTGCAAATTGAAG
* *
62371046 ATGTTT-TATCGCTGTAT
125 -TGTTTAGAT-GCTG--C
* * * * * * * *
62371063 AAATGTTGTTAATTGAGATGTAAAAGTACTGCAAATTGAAGTGCCTAAGTGCTGTAAATTGA-AG
1 AAA--TTG--AA--GTG-T-TTAAA-TGCTGTAAATTGAAGTGCTTAAATGTTGTTAATTGAGA-
* * * * *** * *
62371127 TGTTAAAGTGT-TGCAAATTGAAGTGTTTGAATGCTATAAATTGAAGTGTTTAAATG-CTGTAAA
56 TGTAAAAGT-TCTGCAAATTGAAGTGCTTAAAAGCGGCAAATTGAAGTG-TTAAAGGACTGCAAA
* * * *
62371190 TTGATGTGCTTAAATGTTGC
119 TTGAAGTGTTTAGATGCTGC
* * * * ** * * ***
62371210 AAATTGAAGTGTTTAAGTACTGCAAATTG-AGTGTTTAGTTGCTG-GACATTGAGATGTTTTA--
1 AAATTGAAGTGTTTAAATGCTGTAAATTGAAGTGCTTAAATGTTGTTA-ATTGAGATGTAAAAGT
* * * ** ** * *
62371271 TC-GCTTAATTGAGGTG-TATAAATGTTGTTAATTG-AGATGTAAAAGTG-CTGCAAATTGAAAT
65 TCTGC-AAATTGAAGTGCT-TAAAAGCGGCAAATTGAAG-TGTTAAAG-GACTGCAAATTGAAGT
* * *
62371332 GCTTAAATGCTGT
126 GTTTAGATGCTGC
* * * * * *
62371345 AAATTGAAGTG-TTAAAGTGCTGCAAATTAAAGTTCTTAAATGCTGTAAATTGA-AGTGTTAAAG
1 AAATTGAAGTGTTTAAA-TGCTGTAAATTGAAGTGCTTAAATGTTGTTAATTGAGA-TGTAAAAG
* * * * *** * * * *
62371408 TGCTGCAAATTGAAGTGTTTGAATGCTATAAATTGAAGTTTTTAAATG-CTGTAAATTGAAGTGC
64 TTCTGCAAATTGAAGTGCTTAAAAGCGGCAAATTGAAG-TGTTAAAGGACTGCAAATTGAAGTGT
* * *
62371472 TTAAATGTTTC
128 TTAGATGCTGC
* * * * ** * * * ***
62371483 AAATTGAAGTGTTT-AAGGACTGAAAATTGTAGTGTTTAGTTGCTG-GACATGGAGATGTTTTA-
1 AAATTGAAGTGTTTAAATG-CTGTAAATTGAAGTGCTTAAATGTTGTTA-ATTGAGATGTAAAAG
* * * ** ** *
62371545 -TCGTTG-TAATTGAGGTG-TATAAATGTTGTTAATTG-AGATGTAAAAGTG-CTGCAAATTGAA
64 TTC--TGCAAATTGAAGTGCT-TAAAAGCGGCAAATTGAAG-TGTTAAAG-GACTGCAAATTGAA
* * *
62371605 GTGCTTAAATGCTGT
124 GTGTTTAGATGCTGC
* * * * * * * *
62371620 AAATTGAAGTG-TTAAAGTGCTGCAAATTTAAGTGTTTGAATGCTATAAATTGA-AGTGTTTAAA
1 AAATTGAAGTGTTTAAA-TGCTGTAAATTGAAGTGCTTAAATGTTGTTAATTGAGA-TG-TAAAA
* * * * *** * *
62371683 -TGCTGTAAATTGATGTGCTTAAATGTTTCAAATTGAAGTGTTTAAGTACTGCAAATTGAAGTGT
63 GTTCTGCAAATTGAAGTGCTTAAAAGCGGCAAATTGAAGTGTTAAAGGACTGCAAATTGAAGTGT
* *
62371747 TTAGTTGCTGG
128 TTAGATGCTGC
* * * *
62371758 ACATTG-AGATGTTT-TATCGCTGT-AATTGAGGTG-TATAAATGTTGTTAATTGAGATTTAAAA
1 AAATTGAAG-TGTTTAAAT-GCTGTAAATTGAAGTGCT-TAAATGTTGTTAATTGAGATGTAAAA
* * * ***
62371819 GTGCTCCAAATTGAAGTGCTTAAATGCTTTAAATTGAAGTGTTAAAGTG-CTGCAAATTGAAGTG
63 GTTCTGCAAATTGAAGTGCTTAAAAGCGGCAAATTGAAGTGTTAAAG-GACTGCAAATTGAAGTG
62371883 TTT-GAATGCTGC
127 TTTAG-ATGCTGC
* * ** ** *
62371895 AAATTCAAGTGTTTAAATGCTGTAAATTGAATTGCTTAAATGTTGCAAATTGA-AGTGTTTAAGG
1 AAATTGAAGTGTTTAAATGCTGTAAATTGAAGTGCTTAAATGTTGTTAATTGAGA-TGTAAAAGT
* * * * *** * * * ** * *
62371959 ACTGAAAATTGTAGTGTTTAGTTGCTGG-ACA-TGGAGATGTTTTATCG-CTG-TAATTGAGGTG
65 TCTGCAAATTGAAGTGCTTAAAAGC-GGCAAATTGAAG-TG-TTAAAGGACTGCAAATTGAAGTG
* * * **
62372020 TATAAATGTTTT
127 TTTAGATGCTGC
** * * * * * *
62372032 TTATTG-AGACG-TAAAAGTGCTGCAAATTGAAGTGCTTAAATGCTGTAAATTGA-AGTGTTAAA
1 AAATTGAAG-TGTTTAAA-TGCTGTAAATTGAAGTGCTTAAATGTTGTTAATTGAGA-TGTAAAA
* ** * * **** * ** *
62372094 GTGCTGCAAATTGAAGTATTTGAATGATATAAATTGAAGTGTTTAAATG-CTATAAATTGATGTG
63 GTTCTGCAAATTGAAGTGCTTAAAAGCGGCAAATTGAAGTG-TTAAAGGACTGCAAATTGAAGTG
* * *
62372158 CTTAAATGTTGC
127 TTTAGATGCTGC
*** * * * ** * *
62372170 AAATTGAAGTGTTTCGTTACTGGATATTG-AGATG-TTTTATCGCTG-TAATTGAGGTGTTAAAA
1 AAATTGAAGTGTTTAAATGCTGTAAATTGAAG-TGCTTAAAT-GTTGTTAATTGAGATG-TAAAA
* * * ** * * *
62372232 TGTTGTTATTG-AGATGTAAAAGTG-TTGCAAAA-TTGCAAATTAAAGTGTTTAAATG-CTGTAA
63 ----GTT-CTGCAAAT-T-GAAGTGCTT--AAAAGCGGCAAATTGAAGTG-TTAAAGGACTGCAA
* * *
62372293 ATTGAAGTGCTTAAATGTTGC
118 ATTGAAGTGTTTAGATGCTGC
* * * ** * * *
62372314 AAATTGAAGTGTTTAAGTACTGTAAATTGAAGTGTTTAGTTGCTG-GACATTGAGATGT----TT
1 AAATTGAAGTGTTTAAATGCTGTAAATTGAAGTGCTTAAATGTTGTTA-ATTGAGATGTAAAAGT
* * * * ** ** *
62372374 TACCGCAGTAATTTAGGTG-TATAAATGTTGTTAATTG-AGATGTAAAAGTG-CTGCAAATTGAA
65 T-CTGCA--AATTGAAGTGCT-TAAAAGCGGCAAATTGAAG-TGTTAAAG-GACTGCAAATTGAA
* * *
62372436 GTGCTTAAATGCTGT
124 GTGTTTAGATGCTGC
* * * * * *** *
62372451 AAATTGAAGTG-TTAAAGTGCTGCAGATTGAAGTGTTTGAATGCTACAAATTGA-AGTGTTTAAA
1 AAATTGAAGTGTTTAAA-TGCTGTAAATTGAAGTGCTTAAATGTTGTTAATTGAGA-TG-TAAAA
* ** * * ** * *
62372514 -TGCTATAAATTGATGTGCTTAAATGTTGCAAATTGAAGTGTTTAAGTACTGCAAATTGAAGTGT
63 GTTCTGCAAATTGAAGTGCTTAAAAGCGGCAAATTGAAGTGTTAAAGGACTGCAAATTGAAGTGT
* *
62372578 TTAGTTGCTGG
128 TTAGATGCTGC
* * *
62372589 ACATTG-AGATGTTT-TATCGCTGT-AATTGAGGTG-TATAAATGTTGTTAATTGAGATGTAAAA
1 AAATTGAAG-TGTTTAAAT-GCTGTAAATTGAAGTGCT-TAAATGTTGTTAATTGAGATGTAAAA
* * * * *
62372650 GTGCTGCAAATTGAAGTGCTTAAATGCTGTAAATTGAAGTGTTAAAGTG-TTGCAAATTGAAGTG
63 GTTCTGCAAATTGAAGTGCTTAAAAGCGGCAAATTGAAGTGTTAAAG-GACTGCAAATTGAAGTG
62372714 TTT-GAATGCTGC
127 TTTAG-ATGCTGC
* * * ** **
62372726 AAATTAAAGTGTCTAAATGATGTAAATTGAAGTGCTTAAATGTTGCAAATTGA-AGTGTTTAAGT
1 AAATTGAAGTGTTTAAATGCTGTAAATTGAAGTGCTTAAATGTTGTTAATTGAGA-TGTAAAAGT
* * *** * * ** * *
62372790 ACTGCAAATTGAAGTGTTTAGTTGCTGG-ACATTG-AGATGTTTTATCG-CTG-TAATTGAGGTG
65 TCTGCAAATTGAAGTGCTTAAAAGC-GGCAAATTGAAG-TG-TTAAAGGACTGCAAATTGAAGTG
** * * *
62372851 TGCAAATGTTGT
127 TTTAGATGCTGC
* * * * * *
62372863 TAATTG-AGATG-TAAAAGTGCTGCAAATTGAAGTGCTTAAATGCTGTAAATTGA-AGTGTTAAA
1 AAATTGAAG-TGTTTAAA-TGCTGTAAATTGAAGTGCTTAAATGTTGTTAATTGAGA-TGTAAAA
* * * * * **
62372925 GTGCTGCAAATTGAAGTGTTTGAATG-GTGCAAATTGAAGTGTTTAAATG-CTATAAATTGAAGT
63 GTTCTGCAAATTGAAGTGCTTAAAAGCG-GCAAATTGAAGTG-TTAAAGGACTGCAAATTGAAGT
* * *
62372988 GCTTAAATGTTGC
126 GTTTAGATGCTGC
* * * * * ** * * * ***
62373001 AAATTGAAGTGTTTAACTACTCTAAATTAAAGTGTTTAGTTGCTG-GACATGGAGATGTTTTA-T
1 AAATTGAAGTGTTTAAATGCTGTAAATTGAAGTGCTTAAATGTTGTTA-ATTGAGATGTAAAAGT
* * * * **
62373064 CGCTG-TAATTGAGGTG-TATAAATGTTG----TT-AA----TAAAGTG-CTGCAAATTGAA--G
65 -TCTGCAAATTGAAGTGCT-TAAAAGCGGCAAATTGAAGTGTTAAAG-GACTGCAAATTGAAGTG
* * *
62373115 CTTAAATGCTGT
127 TTTAGATGCTGC
* * * * ** * *
62373127 AAATTGAAGTG-TTAAAGTGCTGCAAATTGAAGTGTTTGAATGCTGCAAATTGA-AGTTTTAAA-
1 AAATTGAAGTGTTTAAA-TGCTGTAAATTGAAGTGCTTAAATGTTGTTAATTGAGA-TGTAAAAG
* ** * ** *
62373189 TGCTATAAATTGAAGTGCTTAAATGTTGCAAATTGAAGTGTTTAAGGA---CAAATT-AAGTGTT
64 TTCTGCAAATTGAAGTGCTTAAAAGCGGCAAATTGAAGTGTTAAAGGACTGCAAATTGAAGTGTT
* *
62373250 TAGTTGCTGG
129 TAGATGCTGC
* * *
62373260 ACATTG-AGATGTTT-TATCGCTGT-AATTGAGGTG-TATAAATGTTGTTAATTGAGATGTAAAA
1 AAATTGAAG-TGTTTAAAT-GCTGTAAATTGAAGTGCT-TAAATGTTGTTAATTGAGATGTAAAA
* * * *
62373321 GTGCTGCAAATTGAAGTGCTTAAATGCTGTAAATTGAAGTGTTAAAGTG-CTGCAAATTGAAGTG
63 GTTCTGCAAATTGAAGTGCTTAAAAGCGGCAAATTGAAGTGTTAAAG-GACTGCAAATTGAAGTG
**
62373385 TTT-GAATGCTAT
127 TTTAG-ATGCTGC
* ** **
62373397 AAATTGAAGTGTTTAAATGCTGTAAATTGATGTGCTTAAATGTTGCAAATTGA-AGTGTTTAAGT
1 AAATTGAAGTGTTTAAATGCTGTAAATTGAAGTGCTTAAATGTTGTTAATTGAGA-TGTAAAAGT
* * *** * * ** * *
62373461 ACTGCAAATTGAAGTGTTTAGTTGCTGG-ACATTG-AGATGTTTTATCG-CTG-TAATTGAGGTG
65 TCTGCAAATTGAAGTGCTTAAAAGC-GGCAAATTGAAG-TG-TTAAAGGACTGCAAATTGAAGTG
* * * *
62373522 TATAAATGTTGT
127 TTTAGATGCTGC
* * * * * *
62373534 TAATTG-AGATG-TAAAAGTGCTGCAAATTGAAGTGCTTAAATGCTGTAAATTGA-AGTGTTAAA
1 AAATTGAAG-TGTTTAAA-TGCTGTAAATTGAAGTGCTTAAATGTTGTTAATTGAGA-TGTAAAA
* * * * * * * * *
62373596 GTGCTGCAAATTGAAGTGTTTGAATGCTGCAAATTAAAGTGTTTAAATG-TTGTAAATTGAAGTG
63 GTTCTGCAAATTGAAGTGCTTAAAAGCGGCAAATTGAAGTG-TTAAAGGACTGCAAATTGAAGTG
* * *
62373660 CTTAAATGTTGC
127 TTTAGATGCTGC
* * * * ** * * ***
62373672 AAATTGAAGTGTTTAAGTACTGCAAATTGAAGTGTTTAGTTGCTG-GACATTGAGATGTTTTA-T
1 AAATTGAAGTGTTTAAATGCTGTAAATTGAAGTGCTTAAATGTTGTTA-ATTGAGATGTAAAAGT
* * * ******* *
62373735 CGCTG-TAATTGAGGTG-TATAAATTTTTTTAATTG-AGATGTAAAAGTG-CTGCAAATTGAAGT
65 -TCTGCAAATTGAAGTGCT-TAAAAGCGGCAAATTGAAG-TGTTAAAG-GACTGCAAATTGAAGT
* * *
62373796 GCTTAAATGCTGT
126 GTTTAGATGCTGC
* * * ** *
62373809 AAATTGAAGTG-TTAAAGTGCTGCAAATTGAAGTGTTTGAA---TGCAAATTGA-AGTGTTTAAA
1 AAATTGAAGTGTTTAAA-TGCTGTAAATTGAAGTGCTTAAATGTTGTTAATTGAGA-TG-TAAAA
* * * ** * **
62373869 -TGCTGTAAATTGAAGTGCTTAAATGTTGCAAATTGAAGTGTTTAACTACT-CAAATT-AAGTGT
63 GTTCTGCAAATTGAAGTGCTTAAAAGCGGCAAATTGAAGTGTTAAAGGACTGCAAATTGAAGTGT
* *
62373931 TTAGTTGCTGG
128 TTAGATGCTGC
* * *
62373942 ACATTG-AGATGTTT-TATCGCTGT-AATTGAGGTG-TATAAATGTTGTTAATTGAGATGTAAAA
1 AAATTGAAG-TGTTTAAAT-GCTGTAAATTGAAGTGCT-TAAATGTTGTTAATTGAGATGTAAAA
* * *
62374003 G-TCTGCAAATTGAAGTGCTTAAATGCTGTAAATTGAAGTGTTAAAGTG-CTGCAAATTGAAGTG
63 GTTCTGCAAATTGAAGTGCTTAAAAGCGGCAAATTGAAGTGTTAAAG-GACTGCAAATTGAAGTG
62374066 TTT-GAATGCTGC
127 TTTAG-ATGCTGC
** **
62374078 AAATTGAAGTGTTTAAATGCTGTAAATTGAAGTGCTTAAATGTTGCAAATTGA-AGTGTTTAAG-
1 AAATTGAAGTGTTTAAATGCTGTAAATTGAAGTGCTTAAATGTTGTTAATTGAGA-TGTAAAAGT
* * * *** * * * * *
62374141 ACTGAAAATTGAAGTGTTTAGTTGCTGGACATGGAGATGTTTTATCGCTGTATATAAATG-TTGT
65 TCTGCAAATTGAAGTGCTTAAAAGC-GG-CA---A-A---TTGA-AG-TG--T-TAAAGGACTGC
* * *
62374205 TAATTG-AGATG-TAAAAGTGCTGC
116 AAATTGAAG-TGTTTAGA-TGCTGC
* ** **
62374228 AAATTGAAGTGCTTAAATGCTGTAAATTGAAGTG-TTAAAGTGTTGCAAATTGA-AGTGTTTGAA
1 AAATTGAAGTGTTTAAATGCTGTAAATTGAAGTGCTTAAA-TGTTGTTAATTGAGA-TG-TAAAA
* * * * * * * *
62374291 -TGCT--AAATTGAAGTGTTTAAATGCTGTAAATTGATGTGCTTAAATG-TTGCAAATTGAAGTG
63 GTTCTGCAAATTGAAGTGCTTAAAAGCGGCAAATTGAAGTG-TTAAAGGACTGCAAATTGAAGTG
*
62374352 TTTA-AGTACTGC
127 TTTAGA-TGCTGC
** * * ** * *
62374364 AAATTGAAGTGTTTAGTTGCTGGACATTG-AGATG-TTTTATCGCTG-TAATTGAGGTGTATAAA
1 AAATTGAAGTGTTTAAATGCTGTAAATTGAAG-TGCTTAAAT-GTTGTTAATTGAGATGTA-AAA
** * * * * *
62374426 -TAAT-TGTTAATGTGAATTAG-TTAAATGCTG-AAATTGAAGTGCTGCTTAAATG-CTGTAAAT
63 GT--TCTGCAAAT-TGAAGT-GCTTAAAAGCGGCAAATTGAA--G-TG-TTAAAGGACTGCAAAT
*
62374486 TGAAGTG-TTAAAGTGCTGC
120 TGAAGTGTTTAGA-TGCTGC
* * * * * *
62374505 AAATTGAAGTGTTTGAATGCTATAAATTGAAGTGTTTAAATGCTGTAAATTGA-AGTGCTTAAA-
1 AAATTGAAGTGTTTAAATGCTGTAAATTGAAGTGCTTAAATGTTGTTAATTGAGA-TG-TAAAAG
* * * * * * *
62374568 TGT-TGCAAATTGAAGTGTTTAAGTA-CTGAAAATTGAAGTGTT-TAGTTG-CTGGACATTG-AG
64 T-TCTGCAAATTGAAGTGCTTAA-AAGCGGCAAATTGAAGTGTTAAAG--GACTGCAAATTGAAG
*
62374628 ATGTTT-TATCGCTG-
125 -TGTTTAGAT-GCTGC
* * * * * * * ** *
62374642 TAATTGAGGTGTATAAATGTTGTTAATTG-A--GATTAAAGTGCTGCAAATTGA-AGTGCTTAAA
1 AAATTGAAGTGTTTAAATGCTGTAAATTGAAGTGCTTAAA-TGTTGTTAATTGAGA-TG-TAAAA
* * * * * * **
62374703 -TGCTGTAAATTGAAGTG-TTAAAGTGCTGCAAATTGAAGTGTTTGAATG-CTATAAATTGAAGT
63 GTTCTGCAAATTGAAGTGCTTAAA-AGCGGCAAATTGAAGTG-TTAAAGGACTGCAAATTGAAGT
* *
62374765 GTTTAAATGCTGT
126 GTTTAGATGCTGC
* * * * * * ** ** **
62374778 AAATTGATGTGCTTAAATGTTGCAAATTGAAGTGTTTAAGTACTGCAAATTGA-AGTGT-TTAGT
1 AAATTGAAGTGTTTAAATGCTGTAAATTGAAGTGCTTAAATGTTGTTAATTGAGA-TGTAAAAGT
* * * * ** * * * * * **
62374841 TGCTGGACATTG-AGAT-TTTTATCGCTG-TAATTGAGGTGTATAAATG-TTGTTAATTG-AGAT
65 T-CTGCAAATTGAAG-TGCTTAAAAGCGGCAAATTGAAGTGT-TAAAGGACTGCAAATTGAAG-T
* *
62374901 G-TAAAAGTGCTGC
126 GTTTAGA-TGCTGC
* * ** **
62374914 AAATTGAAGTGCTTAAATGCTGTAAATTGAAGTG-TTAAAGTGCTGCAAATTGA-AGTGTTTGAA
1 AAATTGAAGTGTTTAAATGCTGTAAATTGAAGTGCTTAAA-TGTTGTTAATTGAGA-TG-TAAAA
* * * * * * *
62374977 -TGCTGCAAATT-AAGTGTTTAAATGCTGTAAATTG-AGTGCTTAAATG-TTGCAAATTGAAGTG
63 GTTCTGCAAATTGAAGTGCTTAAAAGCGGCAAATTGAAGTG-TTAAAGGACTGCAAATTGAAGTG
* *
62375038 TTTA-AGTACTGA
127 TTTAGA-TGCTGC
* ** * * ** * *
62375050 AAATTGTAGTGTTTAGTTGCTGGACA-TG-AGATG-TTTTATCGCTG-TAATTGAGGTGTATAAA
1 AAATTGAAGTGTTTAAATGCTGTAAATTGAAG-TGCTTAAAT-GTTGTTAATTGAGATGTA-AAA
** * * *
62375111 TGTT-TGTTAATTG-AGATG--TAAAAGTGCTGCAAATTGAAGTGCTTAAATG-CTGTAAATTGA
63 -GTTCTGCAAATTGAAG-TGCTTAAAA--GCGGCAAATTGAAGTG-TTAAAGGACTGCAAATTGA
*
62375171 AGTG-TTAAAGTGCTGC
123 AGTGTTTAGA-TGCTGC
* * * * * *
62375187 AAATTGAAGTGTTTGAATGCTGCAAATTGAAGTGTTTAAATGCTGTAAATTGA-AGTGCTTAAA-
1 AAATTGAAGTGTTTAAATGCTGTAAATTGAAGTGCTTAAATGTTGTTAATTGAGA-TG-TAAAAG
* * * * * * * *
62375250 TGT-TGCAAATTGAAGTGTTTAAGA-C-GAAAATT-TAGTGTT-TAGTTG-CTGGACATTGGAGA
64 T-TCTGCAAATTGAAGTGCTTAAAAGCGGCAAATTGAAGTGTTAAAG--GACTGCAAATTGAAG-
* *
62375309 TGTTT-TATCGCTGTAT
125 TGTTTAGAT-GCTG--C
* * * * * * *
62375325 ATAATGTTGTTAATTGAGATGTAAAAGTTGCAAATTGAAGTGC-TAAATGCTGTAAATTGA-AGT
1 A-AA--TTG--AA--GTG-TTTAAATGCTGTAAATTGAAGTGCTTAAATGTTGTTAATTGAGA-T
* * * * *** * *
62375388 GTTAAAGTT-TGCAAATTGAAGTGTTTGAATGCTATAAATTGAAGTGTTTAAATG-CTGTAAATT
57 GTAAAAGTTCTGCAAATTGAAGTGCTTAAAAGCGGCAAATTGAAGTG-TTAAAGGACTGCAAATT
* * * *
62375451 GATGTGCTTAAATGTTGC
121 GAAGTGTTTAGATGCTGC
* * * * ** * ***
62375469 AAATTGAAGTGTTTAAGTACTGCAAATTGAAAGTGTTTAGTTGTTG-GACATTGAGATGTTTTA-
1 AAATTGAAGTGTTTAAATGCTGTAAATTG-AAGTGCTTAAATGTTGTTA-ATTGAGATGTAAAAG
* * * * ** ** * *
62375532 TCGCTG-TAATTGAGGTG-TATAAATGTTGTTAATTG-AGATGTAAAAGTG-CTGCAAATTGAAA
64 T-TCTGCAAATTGAAGTGCT-TAAAAGCGGCAAATTGAAG-TGTTAAAG-GACTGCAAATTGAAG
* * *
62375593 TGCTTAAATGCTGT
125 TGTTTAGATGCTGC
* * * * * *
62375607 AAATTGAAGTG-TTAAAGTGCTGCAAATTAAAGTTCTTAAATGCTGTAAATTGA-AGTGTTAAAG
1 AAATTGAAGTGTTTAAA-TGCTGTAAATTGAAGTGCTTAAATGTTGTTAATTGAGA-TGTAAAAG
* * * * * * * * *
62375670 TGCTGCAAATTGAAGTGTTTGAATGC--TAAATTGAAGTTTTTAAATG-CTGTAAATTGAAGTGC
64 TTCTGCAAATTGAAGTGCTTAAAAGCGGCAAATTGAAG-TGTTAAAGGACTGCAAATTGAAGTGT
* *
62375732 TTAAATGTTTGC
128 TTAGATG-CTGC
* * * ** * * * ***
62375744 AAATTGAAGTGTTT-AA-GACT-AAAATTGTAGTGTTTAGTTGCTG-GACATGGAGATGTTTTA-
1 AAATTGAAGTGTTTAAATG-CTGTAAATTGAAGTGCTTAAATGTTGTTA-ATTGAGATGTAAAAG
* * * ** ** *
62375804 -TCTG-TAATTGAGGTG-TATAAATGTTGTTAATTG-AGATGTAAAAGTG-CTGCAAATTGAAGT
64 TTCTGCAAATTGAAGTGCT-TAAAAGCGGCAAATTGAAG-TGTTAAAG-GACTGCAAATTGAAGT
* * *
62375864 GCTTAAATGCTGT
126 GTTTAGATGCTGC
* * * * * * * *
62375877 AAATTGAAGTG-TTAAAGTGCTGCAAATTTAAGTGTTTGAATGCTATAAATTGA-AGTGTTTAAA
1 AAATTGAAGTGTTTAAA-TGCTGTAAATTGAAGTGCTTAAATGTTGTTAATTGAGA-TG-TAAAA
* * * * *** * *
62375940 -TGCTGTAAATTGATGTGCTTAAATGTTTCAAATTGAAGTGTTTAAGTACTGCAAATTGAAGTGT
63 GTTCTGCAAATTGAAGTGCTTAAAAGCGGCAAATTGAAGTGTTAAAGGACTGCAAATTGAAGTGT
* *
62376004 TTAGTTGCTGG
128 TTAGATGCTGC
* * *
62376015 ACATTG-AGATGTTT-TATCGCTGT-AATTGAGGTG-TATAAATGTTGTTAATTGAGATGTAAAA
1 AAATTGAAG-TGTTTAAAT-GCTGTAAATTGAAGTGCT-TAAATGTTGTTAATTGAGATGTAAAA
* * * *
62376076 GTGCTGCAAATTGAAGTGCTTAAATGCTGTAAATTGAAGTGTTAAAGTG-CTGCAAATTGAAGTG
63 GTTCTGCAAATTGAAGTGCTTAAAAGCGGCAAATTGAAGTGTTAAAG-GACTGCAAATTGAAGTG
62376140 TTT-GAATGCTGC
127 TTTAG-ATGCTGC
* *
62376152 AAATTCAAGTGTTTAAATGCTGTAAATTGAATTGCTTAAATGTTG
1 AAATTGAAGTGTTTAAATGCTGTAAATTGAAGTGCTTAAATGTTG
62376197 CAAATTGAAG
Statistics
Matches: 5135, Mismatches: 1151, Indels: 1022
0.70 0.16 0.14
Matches are distributed among these distances:
125 8 0.00
126 70 0.01
127 6 0.00
128 11 0.00
130 2 0.00
131 7 0.00
132 69 0.01
133 118 0.02
134 147 0.03
135 308 0.06
136 489 0.10
137 1737 0.34
138 1314 0.26
139 159 0.03
140 38 0.01
141 83 0.02
142 27 0.01
143 16 0.00
144 110 0.02
145 43 0.01
146 36 0.01
147 26 0.01
148 24 0.00
149 189 0.04
150 87 0.02
151 11 0.00
ACGTcount: A:0.32, C:0.07, G:0.24, T:0.37
Consensus pattern (138 bp):
AAATTGAAGTGTTTAAATGCTGTAAATTGAAGTGCTTAAATGTTGTTAATTGAGATGTAAAAGTT
CTGCAAATTGAAGTGCTTAAAAGCGGCAAATTGAAGTGTTAAAGGACTGCAAATTGAAGTGTTTA
GATGCTGC
Found at i:62369598 original size:23 final size:23
Alignment explanation
Indices: 62369262--62369598 Score: 314
Period size: 23 Copynumber: 14.7 Consensus size: 23
62369252 CCTTTCAACA
62369262 AAATTGAAGTG-TTAAAGTGCTGC
1 AAATTGAAGTGTTTAAA-TGCTGC
*
62369285 AAATTGAAGTGTTTGAATGCTGC
1 AAATTGAAGTGTTTAAATGCTGC
*
62369308 AAATTGAAGTGTTTAAATGCTGT
1 AAATTGAAGTGTTTAAATGCTGC
* * *
62369331 AAATTGAAGTGCTTAAAAGTTGC
1 AAATTGAAGTGTTTAAATGCTGC
62369354 AAATTGAAGTGTTTAAGGAT--TGC
1 AAATTGAAGTGTTTAA--ATGCTGC
** *
62369377 AAATTGAAGTGTTTAGTTGCTGG
1 AAATTGAAGTGTTTAAATGCTGC
* *
62369400 ACATTG-AGATGTTT-TATCGCTG-
1 AAATTGAAG-TGTTTAAAT-GCTGC
* * * * *
62369422 TAATTGAGGTGTATAAATGTTGT
1 AAATTGAAGTGTTTAAATGCTGC
* * *
62369445 TAATTG-AGATG-TAAAAGTTCTGC
1 AAATTGAAG-TGTTTAAA-TGCTGC
* * *
62369468 AAATTGAAGTGCTTAAATGCGGT
1 AAATTGAAGTGTTTAAATGCTGC
62369491 AAATTGAAGTG-TTAAAGTGCTGC
1 AAATTGAAGTGTTTAAA-TGCTGC
*
62369514 AAATTGAAGTGTTTGAATGCTGC
1 AAATTGAAGTGTTTAAATGCTGC
*
62369537 AAATTGAAGTGTTTAAATGCTGT
1 AAATTGAAGTGTTTAAATGCTGC
* *
62369560 AAATTGAAGTGCTTAAATGTTGC
1 AAATTGAAGTGTTTAAATGCTGC
62369583 AAATTGAAGTGTTTAA
1 AAATTGAAGTGTTTAA
62369599 GGACCGAAAA
Statistics
Matches: 257, Mismatches: 41, Indels: 32
0.78 0.12 0.10
Matches are distributed among these distances:
21 1 0.00
22 23 0.09
23 218 0.85
24 14 0.05
25 1 0.00
ACGTcount: A:0.33, C:0.07, G:0.24, T:0.36
Consensus pattern (23 bp):
AAATTGAAGTGTTTAAATGCTGC
Found at i:62369703 original size:23 final size:23
Alignment explanation
Indices: 62369677--62379627 Score: 3800
Period size: 23 Copynumber: 436.2 Consensus size: 23
62369667 TGAGATGTAA
* **
62369677 AAGTACTGCAAATTGAAGTGCCT
1 AAGTGCTGCAAATTGAAGTGTTT
* *
62369700 AAGTGCTGTAAATTGAAGTGTTA
1 AAGTGCTGCAAATTGAAGTGTTT
*
62369723 AAGTGTTGCAAATTGAAGTGTTT
1 AAGTGCTGCAAATTGAAGTGTTT
**
62369746 GAA-TGCTATAAATTGAAGTGTTT
1 -AAGTGCTGCAAATTGAAGTGTTT
* * * *
62369769 AAATGCTGTAAATTGATGTGCTT
1 AAGTGCTGCAAATTGAAGTGTTT
* *
62369792 AAATGTTGCAAATTGAAGTGTTT
1 AAGTGCTGCAAATTGAAGTGTTT
*
62369815 AAGTACTGCAAATTGAAGTGTTT
1 AAGTGCTGCAAATTGAAGTGTTT
* *
62369838 -AGTTGCTGGACATTG-AGATGTTT
1 AAG-TGCTGCAAATTGAAG-TGTTT
* * * *
62369861 TA-TCGCTG-TAATTGAGGTGTAT
1 AAGT-GCTGCAAATTGAAGTGTTT
* * ** **
62369883 AAATGTTGTTAATTG-AGATGTAA
1 AAGTGCTGCAAATTGAAG-TGTTT
* *
62369906 AAGTGCTGCAAATTGAAATGCTT
1 AAGTGCTGCAAATTGAAGTGTTT
* * *
62369929 AAATGCTGTAAATTGAAGTGTTA
1 AAGTGCTGCAAATTGAAGTGTTT
*
62369952 AAGTGCTGCAAATTAAAGTGTTT
1 AAGTGCTGCAAATTGAAGTGTTT
62369975 GAA-TGCTGCAAATTGAAGTGTTT
1 -AAGTGCTGCAAATTGAAGTGTTT
* * *
62369998 AAATGCTGTAAATTGAAGTGCTT
1 AAGTGCTGCAAATTGAAGTGTTT
* *
62370021 AAATGTTGCAAATTGAAGTGTTT
1 AAGTGCTGCAAATTGAAGTGTTT
* * * *
62370044 AACTACTGTAAATTAAAGTGTTT
1 AAGTGCTGCAAATTGAAGTGTTT
* * *
62370067 -TGTTGCTGGACATTG-AGATGTTT
1 AAG-TGCTGCAAATTGAAG-TGTTT
* * * *
62370090 TA-TCGCTG-TAATTGAGGTGTAT
1 AAGT-GCTGCAAATTGAAGTGTTT
* * ** *
62370112 AAATGTTGTTAATTG-AGATGTTA
1 AAGTGCTGCAAATTGAAG-TGTTT
*
62370135 AAGTGCTGCAAATTGAAGCT-CTT
1 AAGTGCTGCAAATTGAAG-TGTTT
* *
62370158 AAATGCTGTAAATTGAAGTGTTT
1 AAGTGCTGCAAATTGAAGTGTTT
**
62370181 GAA-TGCTATAAATTGAAGTGTTT
1 -AAGTGCTGCAAATTGAAGTGTTT
* * * *
62370204 AAATGCTGTAAATTGATGTGGTT
1 AAGTGCTGCAAATTGAAGTGTTT
* * * *
62370227 AAATGTTGCAAATTAAAGTTTTT
1 AAGTGCTGCAAATTGAAGTGTTT
* *
62370250 AAGTACAGCAAATTGAAGTGTTT
1 AAGTGCTGCAAATTGAAGTGTTT
* *
62370273 -AGTTGCTGGACATTG-AGATGTTT
1 AAG-TGCTGCAAATTGAAG-TGTTT
* * * *
62370296 TA-TCGCTG-TAATTGAGGTGTAT
1 AAGT-GCTGCAAATTGAAGTGTTT
* * ** **
62370318 AAATGTTGTTAATTG-AGATGTAA
1 AAGTGCTGCAAATTGAAG-TGTTT
*
62370341 AAGTGCTGCAAATTGAAGTGCTT
1 AAGTGCTGCAAATTGAAGTGTTT
* * *
62370364 AAATGCTGTAAATTGAAGTGTTA
1 AAGTGCTGCAAATTGAAGTGTTT
62370387 AAGTGCTGCAAATTGAAGTGTTT
1 AAGTGCTGCAAATTGAAGTGTTT
62370410 GAA-TGCTGCAAATTGAAGTGTTT
1 -AAGTGCTGCAAATTGAAGTGTTT
* ** **
62370433 AAATGCTATAAATTGAAGTACTT
1 AAGTGCTGCAAATTGAAGTGTTT
* *
62370456 AAATGTTGCAAATTGAAGTGTTT
1 AAGTGCTGCAAATTGAAGTGTTT
* *
62370479 AAG-GACTGAAAATTGTAGTGTTT
1 AAGTG-CTGCAAATTGAAGTGTTT
* * *
62370502 -AGTTGCTGGACATAG-AGATGTTT
1 AAG-TGCTGCAAATTGAAG-TGTTT
* * *
62370525 TA-T-C-GCTATAATTGAGGTGTAT
1 AAGTGCTGC-A-AATTGAAGTGTTT
* * ** **
62370547 AAATGTTGTTAATTG-AGATGTAA
1 AAGTGCTGCAAATTGAAG-TGTTT
* *
62370570 AAGTTCTGCAAATTGAAGTGCTT
1 AAGTGCTGCAAATTGAAGTGTTT
* * **
62370593 AAATGCTGTAAATTGAAGTGTGA
1 AAGTGCTGCAAATTGAAGTGTTT
62370616 AAGTGCTGCAAATTGAAGTGTTT
1 AAGTGCTGCAAATTGAAGTGTTT
62370639 GAA-TGCTGCAAATTGAAGTGTTT
1 -AAGTGCTGCAAATTGAAGTGTTT
*
62370662 GAA-TGCTGCAAATTGAAGTGTTA
1 -AAGTGCTGCAAATTGAAGTGTTT
62370685 AAGTGCTGCAAATTGAAGTGTTT
1 AAGTGCTGCAAATTGAAGTGTTT
*
62370708 GAA-TGCTGCAAATTCAAGTGTTT
1 -AAGTGCTGCAAATTGAAGTGTTT
* * * *
62370731 AAATGCTGTAAATTGAATTGCTT
1 AAGTGCTGCAAATTGAAGTGTTT
** *
62370754 AAAAGTTGCAAATTGAAGTGTTT
1 AAGTGCTGCAAATTGAAGTGTTT
* *
62370777 AAG-GACTGAAAATTGTAGTGTTT
1 AAGTG-CTGCAAATTGAAGTGTTT
* * *
62370800 -AGTTGCTGGACA-TGGAGATGTTT
1 AAG-TGCTGCAAATTGAAG-TGTTT
* * * *
62370823 TA-TCGCTG-TAATTGAGGTGTAT
1 AAGT-GCTGCAAATTGAAGTGTTT
* * *** * **
62370845 AAATGTTTTTAATTG-AGACGTAA
1 AAGTGCTGCAAATTGAAG-TGTTT
*
62370868 AAGTGCTGCAAATTGAAGTGCTT
1 AAGTGCTGCAAATTGAAGTGTTT
* * *
62370891 AAATGCTGTAAATTGAAGTGTTA
1 AAGTGCTGCAAATTGAAGTGTTT
62370914 AAGTGCTGCAAATTGAAGTGTTT
1 AAGTGCTGCAAATTGAAGTGTTT
62370937 GAA-TGCTGCAAATTGAAGTGTTT
1 -AAGTGCTGCAAATTGAAGTGTTT
* * *
62370960 AAATGCTGTAAATTGAAGTGCTT
1 AAGTGCTGCAAATTGAAGTGTTT
* *
62370983 AAATGTTGCAAATTGAAGTGTTT
1 AAGTGCTGCAAATTGAAGTGTTT
* * *
62371006 AAG-GACCGAAAATTGTAGTGTTT
1 AAGTG-CTGCAAATTGAAGTGTTT
* * *
62371029 -AGTTGCTGGACA-TGGAGATGTTT
1 AAG-TGCTGCAAATTGAAG-TGTTT
* * * *
62371052 TA-TCGCTGTATAAATG--TTG-TT
1 AAGT-GCTGCA-AATTGAAGTGTTT
* * * * *
62371073 AATTGAGATGTAAAAGTACTGCAA--ATTG
1 AA--GTGCTG-CAAA-T--TG-AAGTGTTT
* * ** * *
62371101 AAGTGC--CTAAGTGCTGTAAATTG
1 AAGTGCTGCAAATTGAAGT--GTTT
* * *
62371124 AAGTG-T-TAAAGTGTTGCAA--ATTG
1 AAGTGCTGCAAA---TTG-AAGTGTTT
* ** *
62371147 AAGTGTTTG--AA-TGCTATA-AATTG
1 AAGTG-CTGCAAATTG--A-AGTGTTT
** * *
62371170 AAGTG-TTTAAATGCTGTAA--ATTG
1 AAGTGCTGCAAAT--TG-AAGTGTTT
* * * *
62371193 ATGTGCT-TAAATGTTGCAA--ATTG
1 AAGTGCTGCAAA--TTG-AAGTGTTT
** *
62371216 AAGTG-TTTAAGTACTGCAAATTGAGTGTTT
1 AAGTGCTGCAA--ATTG---A---AGTGTTT
* *
62371246 -AGTTGCTGGACATTG-AGATGTTT
1 AAG-TGCTGCAAATTGAAG-TGTTT
* * * *
62371269 TA-T-C-GCTTAATTGAGGTGTAT
1 AAGTGCTGC-AAATTGAAGTGTTT
* * ** **
62371290 AAATGTTGTTAATTG-AGATGTAA
1 AAGTGCTGCAAATTGAAG-TGTTT
* *
62371313 AAGTGCTGCAAATTGAAATGCTT
1 AAGTGCTGCAAATTGAAGTGTTT
* * *
62371336 AAATGCTGTAAATTGAAGTGTTA
1 AAGTGCTGCAAATTGAAGTGTTT
*
62371359 AAGTGCTGCAAATTAAAGT-TCTT
1 AAGTGCTGCAAATTGAAGTGT-TT
* * *
62371382 AAATGCTGTAAATTGAAGTGTTA
1 AAGTGCTGCAAATTGAAGTGTTT
62371405 AAGTGCTGCAAATTGAAGTGTTT
1 AAGTGCTGCAAATTGAAGTGTTT
** *
62371428 GAA-TGCTATAAATTGAAGTTTTT
1 -AAGTGCTGCAAATTGAAGTGTTT
* * *
62371451 AAATGCTGTAAATTGAAGTGCTT
1 AAGTGCTGCAAATTGAAGTGTTT
* * *
62371474 AAATGTTTCAAATTGAAGTGTTT
1 AAGTGCTGCAAATTGAAGTGTTT
* *
62371497 AAG-GACTGAAAATTGTAGTGTTT
1 AAGTG-CTGCAAATTGAAGTGTTT
* * *
62371520 -AGTTGCTGGACA-TGGAGATGTTT
1 AAG-TGCTGCAAATTGAAG-TGTTT
* * * * *
62371543 TA-TCGTTG-TAATTGAGGTGTAT
1 AAGT-GCTGCAAATTGAAGTGTTT
* * ** **
62371565 AAATGTTGTTAATTG-AGATGTAA
1 AAGTGCTGCAAATTGAAG-TGTTT
*
62371588 AAGTGCTGCAAATTGAAGTGCTT
1 AAGTGCTGCAAATTGAAGTGTTT
* * *
62371611 AAATGCTGTAAATTGAAGTGTTA
1 AAGTGCTGCAAATTGAAGTGTTT
*
62371634 AAGTGCTGCAAATTTAAGTGTTT
1 AAGTGCTGCAAATTGAAGTGTTT
**
62371657 GAA-TGCTATAAATTGAAGTGTTT
1 -AAGTGCTGCAAATTGAAGTGTTT
* * * *
62371680 AAATGCTGTAAATTGATGTGCTT
1 AAGTGCTGCAAATTGAAGTGTTT
* * *
62371703 AAATGTTTCAAATTGAAGTGTTT
1 AAGTGCTGCAAATTGAAGTGTTT
*
62371726 AAGTACTGCAAATTGAAGTGTTT
1 AAGTGCTGCAAATTGAAGTGTTT
* *
62371749 -AGTTGCTGGACATTG-AGATGTTT
1 AAG-TGCTGCAAATTGAAG-TGTTT
* * * *
62371772 TA-TCGCTG-TAATTGAGGTGTAT
1 AAGT-GCTGCAAATTGAAGTGTTT
* * ** *
62371794 AAATGTTGTTAATTG-AGAT-TTAA
1 AAGTGCTGCAAATTGAAG-TGTT-T
* *
62371817 AAGTGCTCCAAATTGAAGTGCTT
1 AAGTGCTGCAAATTGAAGTGTTT
* ** *
62371840 AAATGCTTTAAATTGAAGTGTTA
1 AAGTGCTGCAAATTGAAGTGTTT
62371863 AAGTGCTGCAAATTGAAGTGTTT
1 AAGTGCTGCAAATTGAAGTGTTT
*
62371886 GAA-TGCTGCAAATTCAAGTGTTT
1 -AAGTGCTGCAAATTGAAGTGTTT
* * * *
62371909 AAATGCTGTAAATTGAATTGCTT
1 AAGTGCTGCAAATTGAAGTGTTT
* *
62371932 AAATGTTGCAAATTGAAGTGTTT
1 AAGTGCTGCAAATTGAAGTGTTT
* *
62371955 AAG-GACTGAAAATTGTAGTGTTT
1 AAGTG-CTGCAAATTGAAGTGTTT
* * *
62371978 -AGTTGCTGGACA-TGGAGATGTTT
1 AAG-TGCTGCAAATTGAAG-TGTTT
* * * *
62372001 TA-TCGCTG-TAATTGAGGTGTAT
1 AAGT-GCTGCAAATTGAAGTGTTT
* * **** * **
62372023 AAATGTTTTTTATTG-AGACGTAA
1 AAGTGCTGCAAATTGAAG-TGTTT
*
62372046 AAGTGCTGCAAATTGAAGTGCTT
1 AAGTGCTGCAAATTGAAGTGTTT
* * *
62372069 AAATGCTGTAAATTGAAGTGTTA
1 AAGTGCTGCAAATTGAAGTGTTT
*
62372092 AAGTGCTGCAAATTGAAGTATTT
1 AAGTGCTGCAAATTGAAGTGTTT
* **
62372115 GAA-TGATATAAATTGAAGTGTTT
1 -AAGTGCTGCAAATTGAAGTGTTT
* ** * *
62372138 AAATGCTATAAATTGATGTGCTT
1 AAGTGCTGCAAATTGAAGTGTTT
* *
62372161 AAATGTTGCAAATTGAAGTGTTT
1 AAGTGCTGCAAATTGAAGTGTTT
* * * *
62372184 -CGTTACTGGATATTG-AGATGTTT
1 AAG-TGCTGCAAATTGAAG-TGTTT
* * * *
62372207 TA-TCGCTG-TAATTGAGGTGTTA
1 AAGT-GCTGCAAATTGAAGTGTTT
* * ** **
62372229 AAATGTTG-TTATTG-AGATGTAA
1 AAGTGCTGCAAATTGAAG-TGTTT
* * *
62372251 AAGTGTTGCAAAATTGCAA--ATTA
1 AAGTGCTGC-AAATTG-AAGTGTTT
** * *
62372274 AAGTG-TTTAAATGCTGTAA--ATTG
1 AAGTGCTGCAAAT--TG-AAGTGTTT
* * *
62372297 AAGTGCT-TAAATGTTGCAA--ATTG
1 AAGTGCTGCAAA--TTG-AAGTGTTT
** * * *
62372320 AAGTG-TTTAAGTACTGTAA--ATTG
1 AAGTGCTGCAA--ATTG-AAGTGTTT
** ** *
62372343 AAGTG-TTTAGTTGCTGGACATTGAGATGTT
1 AAGTGCTGCAAAT--T-GA-A--GTG-T-TT
* * * * * *
62372373 --TTACCGCAGTAATTTAGGTGTAT
1 AAGTGCTGCA--AATTGAAGTGTTT
* * ** **
62372396 AAATGTTGTTAATTG-AGATGTAA
1 AAGTGCTGCAAATTGAAG-TGTTT
*
62372419 AAGTGCTGCAAATTGAAGTGCTT
1 AAGTGCTGCAAATTGAAGTGTTT
* * *
62372442 AAATGCTGTAAATTGAAGTGTTA
1 AAGTGCTGCAAATTGAAGTGTTT
*
62372465 AAGTGCTGCAGATTGAAGTGTTT
1 AAGTGCTGCAAATTGAAGTGTTT
*
62372488 GAA-TGCTACAAATTGAAGTGTTT
1 -AAGTGCTGCAAATTGAAGTGTTT
* ** * *
62372511 AAATGCTATAAATTGATGTGCTT
1 AAGTGCTGCAAATTGAAGTGTTT
* *
62372534 AAATGTTGCAAATTGAAGTGTTT
1 AAGTGCTGCAAATTGAAGTGTTT
*
62372557 AAGTACTGCAAATTGAAGTGTTT
1 AAGTGCTGCAAATTGAAGTGTTT
* *
62372580 -AGTTGCTGGACATTG-AGATGTTT
1 AAG-TGCTGCAAATTGAAG-TGTTT
* * * *
62372603 TA-TCGCTG-TAATTGAGGTGTAT
1 AAGT-GCTGCAAATTGAAGTGTTT
* * ** **
62372625 AAATGTTGTTAATTG-AGATGTAA
1 AAGTGCTGCAAATTGAAG-TGTTT
*
62372648 AAGTGCTGCAAATTGAAGTGCTT
1 AAGTGCTGCAAATTGAAGTGTTT
* * *
62372671 AAATGCTGTAAATTGAAGTGTTA
1 AAGTGCTGCAAATTGAAGTGTTT
*
62372694 AAGTGTTGCAAATTGAAGTGTTT
1 AAGTGCTGCAAATTGAAGTGTTT
* *
62372717 GAA-TGCTGCAAATTAAAGTGTCT
1 -AAGTGCTGCAAATTGAAGTGTTT
* * * *
62372740 AAATGATGTAAATTGAAGTGCTT
1 AAGTGCTGCAAATTGAAGTGTTT
* *
62372763 AAATGTTGCAAATTGAAGTGTTT
1 AAGTGCTGCAAATTGAAGTGTTT
*
62372786 AAGTACTGCAAATTGAAGTGTTT
1 AAGTGCTGCAAATTGAAGTGTTT
* *
62372809 -AGTTGCTGGACATTG-AGATGTTT
1 AAG-TGCTGCAAATTGAAG-TGTTT
* * * **
62372832 TA-TCGCTG-TAATTGAGGTGTGC
1 AAGT-GCTGCAAATTGAAGTGTTT
* * ** **
62372854 AAATGTTGTTAATTG-AGATGTAA
1 AAGTGCTGCAAATTGAAG-TGTTT
*
62372877 AAGTGCTGCAAATTGAAGTGCTT
1 AAGTGCTGCAAATTGAAGTGTTT
* * *
62372900 AAATGCTGTAAATTGAAGTGTTA
1 AAGTGCTGCAAATTGAAGTGTTT
62372923 AAGTGCTGCAAATTGAAGTGTTT
1 AAGTGCTGCAAATTGAAGTGTTT
*
62372946 GAA-TGGTGCAAATTGAAGTGTTT
1 -AAGTGCTGCAAATTGAAGTGTTT
* ** *
62372969 AAATGCTATAAATTGAAGTGCTT
1 AAGTGCTGCAAATTGAAGTGTTT
* *
62372992 AAATGTTGCAAATTGAAGTGTTT
1 AAGTGCTGCAAATTGAAGTGTTT
* * *
62373015 AACTACT-CTAAATTAAAGTGTTT
1 AAGTGCTGC-AAATTGAAGTGTTT
* * *
62373038 -AGTTGCTGGACA-TGGAGATGTTT
1 AAG-TGCTGCAAATTGAAG-TGTTT
* * * *
62373061 TA-TCGCTG-TAATTGAGGTGTAT
1 AAGT-GCTGCAAATTGAAGTGTTT
* * ** * **
62373083 AAATGTTGTTAA-TAAAGTGCTGC
1 AAGTGCTGCAAATTGAAGTG-TTT
* * *
62373106 AAAT--TG-AAGCTTAAATGCTGTAAATT
1 AAGTGCTGCAA-ATTGAA-G-TGT---TT
* * *
62373132 GAAGTG-T-TAAAGTGCTGCAA--ATTG
1 -AAGTGCTGCAAA-T--TG-AAGTGTTT
* *
62373156 AAGTGTTTG--AATGCTGCAAATTGAAGTTTT
1 AAGTG-CTGCAAAT--TG--AA--G-TG-TTT
* ** *
62373186 AAATGCTATAAATTGAAGTGCTT
1 AAGTGCTGCAAATTGAAGTGTTT
* *
62373209 AAATGTTGCAAATTGAAGTGTTT
1 AAGTGCTGCAAATTGAAGTGTTT
*
62373232 AAG-G--ACAAATT-AAGTGTTT
1 AAGTGCTGCAAATTGAAGTGTTT
* *
62373251 -AGTTGCTGGACATTG-AGATGTTT
1 AAG-TGCTGCAAATTGAAG-TGTTT
* * * *
62373274 TA-TCGCTG-TAATTGAGGTGTAT
1 AAGT-GCTGCAAATTGAAGTGTTT
* * ** **
62373296 AAATGTTGTTAATTG-AGATGTAA
1 AAGTGCTGCAAATTGAAG-TGTTT
*
62373319 AAGTGCTGCAAATTGAAGTGCTT
1 AAGTGCTGCAAATTGAAGTGTTT
* * *
62373342 AAATGCTGTAAATTGAAGTGTTA
1 AAGTGCTGCAAATTGAAGTGTTT
62373365 AAGTGCTGCAAATTGAAGTGTTT
1 AAGTGCTGCAAATTGAAGTGTTT
**
62373388 GAA-TGCTATAAATTGAAGTGTTT
1 -AAGTGCTGCAAATTGAAGTGTTT
* * * *
62373411 AAATGCTGTAAATTGATGTGCTT
1 AAGTGCTGCAAATTGAAGTGTTT
* *
62373434 AAATGTTGCAAATTGAAGTGTTT
1 AAGTGCTGCAAATTGAAGTGTTT
*
62373457 AAGTACTGCAAATTGAAGTGTTT
1 AAGTGCTGCAAATTGAAGTGTTT
* *
62373480 -AGTTGCTGGACATTG-AGATGTTT
1 AAG-TGCTGCAAATTGAAG-TGTTT
* * * *
62373503 TA-TCGCTG-TAATTGAGGTGTAT
1 AAGT-GCTGCAAATTGAAGTGTTT
* * ** **
62373525 AAATGTTGTTAATTG-AGATGTAA
1 AAGTGCTGCAAATTGAAG-TGTTT
*
62373548 AAGTGCTGCAAATTGAAGTGCTT
1 AAGTGCTGCAAATTGAAGTGTTT
* * *
62373571 AAATGCTGTAAATTGAAGTGTTA
1 AAGTGCTGCAAATTGAAGTGTTT
62373594 AAGTGCTGCAAATTGAAGTGTTT
1 AAGTGCTGCAAATTGAAGTGTTT
*
62373617 GAA-TGCTGCAAATTAAAGTGTTT
1 -AAGTGCTGCAAATTGAAGTGTTT
* * * *
62373640 AAATGTTGTAAATTGAAGTGCTT
1 AAGTGCTGCAAATTGAAGTGTTT
* *
62373663 AAATGTTGCAAATTGAAGTGTTT
1 AAGTGCTGCAAATTGAAGTGTTT
*
62373686 AAGTACTGCAAATTGAAGTGTTT
1 AAGTGCTGCAAATTGAAGTGTTT
* *
62373709 -AGTTGCTGGACATTG-AGATGTTT
1 AAG-TGCTGCAAATTGAAG-TGTTT
* * * *
62373732 TA-TCGCTG-TAATTGAGGTGTAT
1 AAGT-GCTGCAAATTGAAGTGTTT
* ** *** **
62373754 AAATTTTTTTAATTG-AGATGTAA
1 AAGTGCTGCAAATTGAAG-TGTTT
*
62373777 AAGTGCTGCAAATTGAAGTGCTT
1 AAGTGCTGCAAATTGAAGTGTTT
* * *
62373800 AAATGCTGTAAATTGAAGTGTTA
1 AAGTGCTGCAAATTGAAGTGTTT
62373823 AAGTGCTGCAAATTGAAGTGTTT
1 AAGTGCTGCAAATTGAAGTGTTT
62373846 GAA----TGCAAATTGAAGTGTTT
1 -AAGTGCTGCAAATTGAAGTGTTT
* * *
62373866 AAATGCTGTAAATTGAAGTGCTT
1 AAGTGCTGCAAATTGAAGTGTTT
* *
62373889 AAATGTTGCAAATTGAAGTGTTT
1 AAGTGCTGCAAATTGAAGTGTTT
* *
62373912 AACTACT-CAAATT-AAGTGTTT
1 AAGTGCTGCAAATTGAAGTGTTT
* *
62373933 -AGTTGCTGGACATTG-AGATGTTT
1 AAG-TGCTGCAAATTGAAG-TGTTT
* * * *
62373956 TA-TCGCTG-TAATTGAGGTGTAT
1 AAGT-GCTGCAAATTGAAGTGTTT
* * ** **
62373978 AAATGTTGTTAATTG-AGATGTAA
1 AAGTGCTGCAAATTGAAG-TGTTT
*
62374001 AAGT-CTGCAAATTGAAGTGCTT
1 AAGTGCTGCAAATTGAAGTGTTT
* * *
62374023 AAATGCTGTAAATTGAAGTGTTA
1 AAGTGCTGCAAATTGAAGTGTTT
62374046 AAGTGCTGCAAATTGAAGTGTTT
1 AAGTGCTGCAAATTGAAGTGTTT
62374069 GAA-TGCTGCAAATTGAAGTGTTT
1 -AAGTGCTGCAAATTGAAGTGTTT
* * *
62374092 AAATGCTGTAAATTGAAGTGCTT
1 AAGTGCTGCAAATTGAAGTGTTT
* *
62374115 AAATGTTGCAAATTGAAGTGTTT
1 AAGTGCTGCAAATTGAAGTGTTT
* *
62374138 AAG-ACTGAAAATTGAAGTGTTT
1 AAGTGCTGCAAATTGAAGTGTTT
* * *
62374160 -AGTTGCTGGACA-TGGAGATGTTT
1 AAG-TGCTGCAAATTGAAG-TGTTT
* * * *
62374183 TA-TCGCTGTATA-T-AAATGTTGTT
1 AAGT-GCTGCAAATTGAAGTG-T-TT
* * * * ** ** *
62374206 AATTGAGATGTAAAAGTGCTGCAAATTG
1 AA--GTGCTG-CAAATTGAAG--TGTTT
* * *
62374234 AAGTGCT-TAAATGCTGTAA--ATTG
1 AAGTGCTGCAAAT--TG-AAGTGTTT
* * *
62374257 AAGTG-T-TAAAGTGTTGCAA--ATTG
1 AAGTGCTGCAAA---TTG-AAGTGTTT
*
62374280 AAGTGTTTGAATGCTAAATTGAAGTGTTT
1 AA--G--TG-CTGC-AAATTGAAGTGTTT
* * * *
62374309 AAATGCTGTAAATTGATGTGCTT
1 AAGTGCTGCAAATTGAAGTGTTT
* *
62374332 AAATGTTGCAAATTGAAGTGTTT
1 AAGTGCTGCAAATTGAAGTGTTT
*
62374355 AAGTACTGCAAATTGAAGTGTTT
1 AAGTGCTGCAAATTGAAGTGTTT
* *
62374378 -AGTTGCTGGACATTG-AGATGTTT
1 AAG-TGCTGCAAATTGAAG-TGTTT
* * * *
62374401 TA-TCGCTG-TAATTGAGGTGTAT
1 AAGT-GCTGCAAATTGAAGTGTTT
* ** ** *
62374423 AAATAATTGTTAATGTGAATTAG-TT
1 AAGT-GCTGCAAAT-TGAAGT-GTTT
*
62374448 AAATGCTG-AAATTGAAGTGCTGCTT
1 AAGTGCTGCAAATTGAAGTG-T--TT
* * *
62374473 AAATGCTGTAAATTGAAGTGTTA
1 AAGTGCTGCAAATTGAAGTGTTT
62374496 AAGTGCTGCAAATTGAAGTGTTT
1 AAGTGCTGCAAATTGAAGTGTTT
**
62374519 GAA-TGCTATAAATTGAAGTGTTT
1 -AAGTGCTGCAAATTGAAGTGTTT
* * *
62374542 AAATGCTGTAAATTGAAGTGCTT
1 AAGTGCTGCAAATTGAAGTGTTT
* *
62374565 AAATGTTGCAAATTGAAGTGTTT
1 AAGTGCTGCAAATTGAAGTGTTT
* *
62374588 AAGTACTGAAAATTGAAGTGTTT
1 AAGTGCTGCAAATTGAAGTGTTT
* *
62374611 -AGTTGCTGGACATTG-AGATGTTT
1 AAG-TGCTGCAAATTGAAG-TGTTT
* * * *
62374634 TA-TCGCTG-TAATTGAGGTGTAT
1 AAGT-GCTGCAAATTGAAGTGTTT
* * ** * *
62374656 AAATGTTGTTAATTG-AG-ATTA
1 AAGTGCTGCAAATTGAAGTGTTT
*
62374677 AAGTGCTGCAAATTGAAGTGCTT
1 AAGTGCTGCAAATTGAAGTGTTT
* * *
62374700 AAATGCTGTAAATTGAAGTGTTA
1 AAGTGCTGCAAATTGAAGTGTTT
62374723 AAGTGCTGCAAATTGAAGTGTTT
1 AAGTGCTGCAAATTGAAGTGTTT
**
62374746 GAA-TGCTATAAATTGAAGTGTTT
1 -AAGTGCTGCAAATTGAAGTGTTT
* * * *
62374769 AAATGCTGTAAATTGATGTGCTT
1 AAGTGCTGCAAATTGAAGTGTTT
* *
62374792 AAATGTTGCAAATTGAAGTGTTT
1 AAGTGCTGCAAATTGAAGTGTTT
*
62374815 AAGTACTGCAAATTGAAGTGTTT
1 AAGTGCTGCAAATTGAAGTGTTT
* *
62374838 -AGTTGCTGGACATTG-AGAT-TTT
1 AAG-TGCTGCAAATTGAAG-TGTTT
* * * *
62374860 TA-TCGCTG-TAATTGAGGTGTAT
1 AAGT-GCTGCAAATTGAAGTGTTT
* * ** **
62374882 AAATGTTGTTAATTG-AGATGTAA
1 AAGTGCTGCAAATTGAAG-TGTTT
*
62374905 AAGTGCTGCAAATTGAAGTGCTT
1 AAGTGCTGCAAATTGAAGTGTTT
* * *
62374928 AAATGCTGTAAATTGAAGTGTTA
1 AAGTGCTGCAAATTGAAGTGTTT
62374951 AAGTGCTGCAAATTGAAGTGTTT
1 AAGTGCTGCAAATTGAAGTGTTT
62374974 GAA-TGCTGCAAATT-AAGTGTTT
1 -AAGTGCTGCAAATTGAAGTGTTT
* * *
62374996 AAATGCTGTAAATTG-AGTGCTT
1 AAGTGCTGCAAATTGAAGTGTTT
* *
62375018 AAATGTTGCAAATTGAAGTGTTT
1 AAGTGCTGCAAATTGAAGTGTTT
* * *
62375041 AAGTACTGAAAATTGTAGTGTTT
1 AAGTGCTGCAAATTGAAGTGTTT
* *
62375064 -AGTTGCTGGACA-TG-AGATGTTT
1 AAG-TGCTGCAAATTGAAG-TGTTT
* * * *
62375086 TA-TCGCTG-TAATTGAGGTGTAT
1 AAGT-GCTGCAAATTGAAGTGTTT
* * ** **
62375108 AAATGTTTGTTAATTG-AGATGTAA
1 AAGTG-CTGCAAATTGAAG-TGTTT
*
62375132 AAGTGCTGCAAATTGAAGTGCTT
1 AAGTGCTGCAAATTGAAGTGTTT
* * *
62375155 AAATGCTGTAAATTGAAGTGTTA
1 AAGTGCTGCAAATTGAAGTGTTT
62375178 AAGTGCTGCAAATTGAAGTGTTT
1 AAGTGCTGCAAATTGAAGTGTTT
62375201 GAA-TGCTGCAAATTGAAGTGTTT
1 -AAGTGCTGCAAATTGAAGTGTTT
* * *
62375224 AAATGCTGTAAATTGAAGTGCTT
1 AAGTGCTGCAAATTGAAGTGTTT
* *
62375247 AAATGTTGCAAATTGAAGTGTTT
1 AAGTGCTGCAAATTGAAGTGTTT
* * *
62375270 AAG-AC-GAAAATT-TAGTGTTT
1 AAGTGCTGCAAATTGAAGTGTTT
* * *
62375290 -AGTTGCTGGACATTGGAGATGTTT
1 AAG-TGCTGCAAATTGAAG-TGTTT
* * *
62375314 TA-TCGCTGTATA-T-AA-TGTTGTT
1 AAGT-GCTGCAAATTGAAGTG-T-TT
* * * * * *
62375336 AATTGAGATGTAAAAGTTGCAAATTGAAGTG
1 AA--GTGCTG-CAAA-TTG--AAGTG--TTT
* * *
62375367 CTAAATGCTGTAAATTGAAGTGTTA
1 --AAGTGCTGCAAATTGAAGTGTTT
*
62375392 AAGT-TTGCAAATTGAAGTGTTT
1 AAGTGCTGCAAATTGAAGTGTTT
**
62375414 GAA-TGCTATAAATTGAAGTGTTT
1 -AAGTGCTGCAAATTGAAGTGTTT
* * * *
62375437 AAATGCTGTAAATTGATGTGCTT
1 AAGTGCTGCAAATTGAAGTGTTT
* *
62375460 AAATGTTGCAAATTGAAGTGTTT
1 AAGTGCTGCAAATTGAAGTGTTT
*
62375483 AAGTACTGCAAATTGAAAGTGTTT
1 AAGTGCTGCAAATTG-AAGTGTTT
* * *
62375507 -AGTTGTTGGACATTG-AGATGTTT
1 AAG-TGCTGCAAATTGAAG-TGTTT
* * * *
62375530 TA-TCGCTG-TAATTGAGGTGTAT
1 AAGT-GCTGCAAATTGAAGTGTTT
* * ** **
62375552 AAATGTTGTTAATTG-AGATGTAA
1 AAGTGCTGCAAATTGAAG-TGTTT
* *
62375575 AAGTGCTGCAAATTGAAATGCTT
1 AAGTGCTGCAAATTGAAGTGTTT
* * *
62375598 AAATGCTGTAAATTGAAGTGTTA
1 AAGTGCTGCAAATTGAAGTGTTT
*
62375621 AAGTGCTGCAAATTAAAGT-TCTT
1 AAGTGCTGCAAATTGAAGTGT-TT
* * *
62375644 AAATGCTGTAAATTGAAGTGTTA
1 AAGTGCTGCAAATTGAAGTGTTT
62375667 AAGTGCTGCAAATTGAAGTGTTT
1 AAGTGCTGCAAATTGAAGTGTTT
*
62375690 GAA-TGCT--AAATTGAAGTTTTT
1 -AAGTGCTGCAAATTGAAGTGTTT
* * *
62375711 AAATGCTGTAAATTGAAGTGCTT
1 AAGTGCTGCAAATTGAAGTGTTT
* *
62375734 AAATGTTTGCAAATTGAAGTGTTT
1 AAGTG-CTGCAAATTGAAGTGTTT
* * *
62375758 AAG-ACT-AAAATTGTAGTGTTT
1 AAGTGCTGCAAATTGAAGTGTTT
* * *
62375779 -AGTTGCTGGACA-TGGAGATGTTT
1 AAG-TGCTGCAAATTGAAG-TGTTT
* * * *
62375802 TA-T-CTG-TAATTGAGGTGTAT
1 AAGTGCTGCAAATTGAAGTGTTT
* * ** **
62375822 AAATGTTGTTAATTG-AGATGTAA
1 AAGTGCTGCAAATTGAAG-TGTTT
*
62375845 AAGTGCTGCAAATTGAAGTGCTT
1 AAGTGCTGCAAATTGAAGTGTTT
* * *
62375868 AAATGCTGTAAATTGAAGTGTTA
1 AAGTGCTGCAAATTGAAGTGTTT
*
62375891 AAGTGCTGCAAATTTAAGTGTTT
1 AAGTGCTGCAAATTGAAGTGTTT
**
62375914 GAA-TGCTATAAATTGAAGTGTTT
1 -AAGTGCTGCAAATTGAAGTGTTT
* * * *
62375937 AAATGCTGTAAATTGATGTGCTT
1 AAGTGCTGCAAATTGAAGTGTTT
* * *
62375960 AAATGTTTCAAATTGAAGTGTTT
1 AAGTGCTGCAAATTGAAGTGTTT
*
62375983 AAGTACTGCAAATTGAAGTGTTT
1 AAGTGCTGCAAATTGAAGTGTTT
* *
62376006 -AGTTGCTGGACATTG-AGATGTTT
1 AAG-TGCTGCAAATTGAAG-TGTTT
* * * *
62376029 TA-TCGCTG-TAATTGAGGTGTAT
1 AAGT-GCTGCAAATTGAAGTGTTT
* * ** **
62376051 AAATGTTGTTAATTG-AGATGTAA
1 AAGTGCTGCAAATTGAAG-TGTTT
*
62376074 AAGTGCTGCAAATTGAAGTGCTT
1 AAGTGCTGCAAATTGAAGTGTTT
* * *
62376097 AAATGCTGTAAATTGAAGTGTTA
1 AAGTGCTGCAAATTGAAGTGTTT
62376120 AAGTGCTGCAAATTGAAGTGTTT
1 AAGTGCTGCAAATTGAAGTGTTT
*
62376143 GAA-TGCTGCAAATTCAAGTGTTT
1 -AAGTGCTGCAAATTGAAGTGTTT
* * * *
62376166 AAATGCTGTAAATTGAATTGCTT
1 AAGTGCTGCAAATTGAAGTGTTT
* *
62376189 AAATGTTGCAAATTGAAGTGTTT
1 AAGTGCTGCAAATTGAAGTGTTT
* *
62376212 AAGGTACTGAAAATTGAAGTGTTT
1 AA-GTGCTGCAAATTGAAGTGTTT
* *
62376236 -AGTTGCTGGACA-TG-AGATGTTT
1 AAG-TGCTGCAAATTGAAG-TGTTT
* * * *
62376258 TA-TCGCTG-TAATTGAGGTGTAT
1 AAGT-GCTGCAAATTGAAGTGTTT
* * ** * **
62376280 AAATGTTGTTAATTG-AG-ATAA
1 AAGTGCTGCAAATTGAAGTGTTT
*
62376301 AAGTGCTGCAAATTGAAGTGCTT
1 AAGTGCTGCAAATTGAAGTGTTT
* * *
62376324 AAATGCTGTAAATTGAAGTGTTA
1 AAGTGCTGCAAATTGAAGTGTTT
62376347 AAGTGCTGCAAATTGAAGTGTTT
1 AAGTGCTGCAAATTGAAGTGTTT
**
62376370 GAA-TGCTATAAATTGAAGTGTTT
1 -AAGTGCTGCAAATTGAAGTGTTT
* ** * *
62376393 AAATGCTATAAATTGATGTGCTT
1 AAGTGCTGCAAATTGAAGTGTTT
* *
62376416 AAATGTTGCAAATTGAAGTGTTT
1 AAGTGCTGCAAATTGAAGTGTTT
* * * *
62376439 -CGTTACTGGATATTG-AGATGTTT
1 AAG-TGCTGCAAATTGAAG-TGTTT
* * * *
62376462 TA-TCGCTG-TAATTGAGGTGTAT
1 AAGT-GCTGCAAATTGAAGTGTTT
* * ** **
62376484 AAATGTTGTTAATTG-AGATGTAA
1 AAGTGCTGCAAATTGAAG-TGTTT
*
62376507 AAGTGCTGCAAATTGAAGTGCTT
1 AAGTGCTGCAAATTGAAGTGTTT
* * *
62376530 AAATGCTGTAAATTGAAGTGTTA
1 AAGTGCTGCAAATTGAAGTGTTT
62376553 AAGTGCTGCAAATTGAAGTGTTT
1 AAGTGCTGCAAATTGAAGTGTTT
62376576 GAA-TGCTGCAAATTGAAGTGTTT
1 -AAGTGCTGCAAATTGAAGTGTTT
* * *
62376599 AAATGCTGTAAATTGAAGTGCTT
1 AAGTGCTGCAAATTGAAGTGTTT
* *
62376622 AAATGTTGCAAATTGAAGTGTTT
1 AAGTGCTGCAAATTGAAGTGTTT
*
62376645 AAGTACTG-AAATTGAAGTGTTT
1 AAGTGCTGCAAATTGAAGTGTTT
* *
62376667 -AGTTGCTGGACATTG-AGAT-TTT
1 AAG-TGCTGCAAATTGAAG-TGTTT
* * * *
62376689 -A-CGCTG-TAATTGAGGTGTAT
1 AAGTGCTGCAAATTGAAGTGTTT
* * ** **
62376709 AAATGTTGTTAATTG-AGATGTAA
1 AAGTGCTGCAAATTGAAG-TGTTT
*
62376732 AAGTGCTGCAAATTGAAGTGCTT
1 AAGTGCTGCAAATTGAAGTGTTT
* *
62376755 AAATGCTGTAAATTGAAGTG-TT
1 AAGTGCTGCAAATTGAAGTGTTT
*
62376777 AA-AG-TGCAAATTGAAGTGTTT
1 AAGTGCTGCAAATTGAAGTGTTT
*
62376798 GAA-TGCTACAAATTGAAGTGTTT
1 -AAGTGCTGCAAATTGAAGTGTTT
* * *
62376821 AAATGCTGTAAATTG-AGTGCTT
1 AAGTGCTGCAAATTGAAGTGTTT
* *
62376843 AAATGTTGCAAATTGAAGTGTTT
1 AAGTGCTGCAAATTGAAGTGTTT
*
62376866 AAGTACTGCAAATTGAAGTGTTT
1 AAGTGCTGCAAATTGAAGTGTTT
* * *
62376889 -AGTTGCTGGACATTGGAGATGTTT
1 AAG-TGCTGCAAATTGAAG-TGTTT
* * *
62376913 TA-T-CTG-TAATTG-AGTTGTAT
1 AAGTGCTGCAAATTGAAG-TGTTT
* * ** **
62376933 AAATGTTGTTAATTG-AGATGTAA
1 AAGTGCTGCAAATTGAAG-TGTTT
*
62376956 AAGTGCTGCAAATTGAAGTGCTT
1 AAGTGCTGCAAATTGAAGTGTTT
* * *
62376979 AAATGCTGTAAATTGAAGTGTTA
1 AAGTGCTGCAAATTGAAGTGTTT
*
62377002 AAGTGTTGCAAATTGAAGTGTTT
1 AAGTGCTGCAAATTGAAGTGTTT
62377025 GAA-TGCTGCAAATTGAAGTGTTT
1 -AAGTGCTGCAAATTGAAGTGTTT
* * *
62377048 AAATGCTGTAAATTGAAGTGCTT
1 AAGTGCTGCAAATTGAAGTGTTT
* *
62377071 AAATGTTGCAAATTGAAGTGTTT
1 AAGTGCTGCAAATTGAAGTGTTT
*
62377094 AAGTACTGCAAATTGAAGTGTTT
1 AAGTGCTGCAAATTGAAGTGTTT
* *
62377117 -AGTTGCTGGACATTG-AGATGTTT
1 AAG-TGCTGCAAATTGAAG-TGTTT
* * *
62377140 TA-TCGCTG-TAATTG-AGTGTAT
1 AAGT-GCTGCAAATTGAAGTGTTT
* * ** **
62377161 AAATGTTGTTAATTG-AGATGTAA
1 AAGTGCTGCAAATTGAAG-TGTTT
*
62377184 AAGTGCTGCAAATTGAAGTGCTT
1 AAGTGCTGCAAATTGAAGTGTTT
* * *
62377207 AAATGCTGTAAATTGAAGTGTTA
1 AAGTGCTGCAAATTGAAGTGTTT
62377230 AAGTGCTGCAAATTGAAGTGTTT
1 AAGTGCTGCAAATTGAAGTGTTT
62377253 GAA-TGCTGCAAATTGAAGTGTTT
1 -AAGTGCTGCAAATTGAAGTGTTT
* * *
62377276 AAATGCTGTAAATTGAAGTGCTT
1 AAGTGCTGCAAATTGAAGTGTTT
* *
62377299 AAATGTTGCAAATTGAAGTGTTT
1 AAGTGCTGCAAATTGAAGTGTTT
* * *
62377322 AACTACT--AAATTAAAGTGTTT
1 AAGTGCTGCAAATTGAAGTGTTT
* * *
62377343 -AGTTGCTGGACA-TGGAGATGTTT
1 AAG-TGCTGCAAATTGAAG-TGTTT
* * * *
62377366 TA-TCGCTG-TAATTGAGGTGTAT
1 AAGT-GCTGCAAATTGAAGTGTTT
* * ** **
62377388 AAATGTTGTTAATTG-AGATGTAA
1 AAGTGCTGCAAATTGAAG-TGTTT
*
62377411 AAGTGCTGCAAATTGAAGTGCTT
1 AAGTGCTGCAAATTGAAGTGTTT
* * *
62377434 AAATGCTGTAAATTGAAGTGTTA
1 AAGTGCTGCAAATTGAAGTGTTT
* *
62377457 AAGTGCTGCAAATTGTAGT-TTG
1 AAGTGCTGCAAATTGAAGTGTTT
**
62377479 AA-TGCTATAAATTGAAGTGTTT
1 AAGTGCTGCAAATTGAAGTGTTT
* * *
62377501 AAATGCTGTAAATT---GTGCTT
1 AAGTGCTGCAAATTGAAGTGTTT
* *
62377521 AAATGTTGCAAATTGAAGTGTTT
1 AAGTGCTGCAAATTGAAGTGTTT
*
62377544 AAGTACTGCAAATTGAAGTGTTT
1 AAGTGCTGCAAATTGAAGTGTTT
* *
62377567 -AGTTGCTGGACATTG-AGATGTTT
1 AAG-TGCTGCAAATTGAAG-TGTTT
* * * *
62377590 TA-TCGCTG-TAATTGAGGTGTAT
1 AAGT-GCTGCAAATTGAAGTGTTT
* * ** **
62377612 AAATGTTGTTAATTG-AGATGTAA
1 AAGTGCTGCAAATTGAAG-TGTTT
*
62377635 AAGTGCTGCAAATTGAAGTGCTT
1 AAGTGCTGCAAATTGAAGTGTTT
* * *
62377658 AAATGCTGTAAATTGAAGTGTTA
1 AAGTGCTGCAAATTGAAGTGTTT
62377681 AAGTGCTGCAAATTGAAGTGTTT
1 AAGTGCTGCAAATTGAAGTGTTT
**
62377704 GAA-TGCTATAAATTGAAGTGTTT
1 -AAGTGCTGCAAATTGAAGTGTTT
* ** *
62377727 AAATGCTATAAATTG-AGTGCTT
1 AAGTGCTGCAAATTGAAGTGTTT
* *
62377749 AAATGTTGCAAATTGAAGTGTTT
1 AAGTGCTGCAAATTGAAGTGTTT
*
62377772 AAGTACTGCAAAATTGAAGTGTTT
1 AAGTGCTGC-AAATTGAAGTGTTT
* *
62377796 -AGTTGCTGGACATTG-AGATGTTT
1 AAG-TGCTGCAAATTGAAG-TGTTT
* * * *
62377819 ---TACTG-TAATTGAGGTGTAT
1 AAGTGCTGCAAATTGAAGTGTTT
* * ** *
62377838 AAATGTTGTTAATTG-AGATG-TA
1 AAGTGCTGCAAATTGAAG-TGTTT
*
62377860 AAGTGCTGCAAATTGAAGTGCTT
1 AAGTGCTGCAAATTGAAGTGTTT
* * *
62377883 AAATGCTGTAAATTGAAGTGTTA
1 AAGTGCTGCAAATTGAAGTGTTT
62377906 AAGTGCTGCAAATTGAAGTGTTT
1 AAGTGCTGCAAATTGAAGTGTTT
62377929 GAA-TGCT---AATTGAAGTGTTT
1 -AAGTGCTGCAAATTGAAGTGTTT
* * *
62377949 AAATGCTGTAAATTGAAGTGCTT
1 AAGTGCTGCAAATTGAAGTGTTT
* *
62377972 AAATGTTGCAAATTGAAGTGTTT
1 AAGTGCTGCAAATTGAAGTGTTT
* *
62377995 AAGTACTGTAAATTGAAGTGTTT
1 AAGTGCTGCAAATTGAAGTGTTT
* *
62378018 -AGTTGCTGGACATTG-AGATGTTT
1 AAG-TGCTGCAAATTGAAG-TGTTT
* * * *
62378041 TA-TCGCTG-TAATTGAGGTGTAT
1 AAGT-GCTGCAAATTGAAGTGTTT
* * ** **
62378063 AAATGTTGTTAATTG-AGATGTAA
1 AAGTGCTGCAAATTGAAG-TGTTT
*
62378086 AAGTGCTGCAAATTGAAGTGCTT
1 AAGTGCTGCAAATTGAAGTGTTT
* * *
62378109 AAATGCTGTAAATTGAAGTGTTA
1 AAGTGCTGCAAATTGAAGTGTTT
*
62378132 AAGTGCTGCAAATTGAAGT-TTG
1 AAGTGCTGCAAATTGAAGTGTTT
*
62378154 AA-TGCTACAAATTGAAGTGTTT
1 AAGTGCTGCAAATTGAAGTGTTT
* * *
62378176 AAATGCTGTAAATTGAAGTGCTT
1 AAGTGCTGCAAATTGAAGTGTTT
*
62378199 AAATG-T--AAATTGAAGTGTTT
1 AAGTGCTGCAAATTGAAGTGTTT
*
62378219 AAGTACTGCAAATTGAAGTGTTT
1 AAGTGCTGCAAATTGAAGTGTTT
* *
62378242 -AGTTGCTGGACATTG-AGAT-TTT
1 AAG-TGCTGCAAATTGAAG-TGTTT
* * * *
62378264 -A-TCACTG-TAATTGAGGTGTAT
1 AAGT-GCTGCAAATTGAAGTGTTT
* * ** *
62378285 AAATGTTGTTAATTG-AGATGTTA
1 AAGTGCTGCAAATTGAAG-TGTTT
*
62378308 AAGTGCTGCAAATTGAAGTGCTT
1 AAGTGCTGCAAATTGAAGTGTTT
* * *
62378331 AAATGCTGTAAATTGAAGTGTTA
1 AAGTGCTGCAAATTGAAGTGTTT
62378354 AAGTGCTGCAAATTGAAGTGTTT
1 AAGTGCTGCAAATTGAAGTGTTT
62378377 GAA-TGCTGCAAATTGAAGTGTTT
1 -AAGTGCTGCAAATTGAAGTGTTT
* *
62378400 AA-TGCTGTAAATTG-AGTGCTT
1 AAGTGCTGCAAATTGAAGTGTTT
* *
62378421 AAATGTTGCAAATTGAAGTGTTT
1 AAGTGCTGCAAATTGAAGTGTTT
* *
62378444 AACTACT--AAATTGAAGTGTTT
1 AAGTGCTGCAAATTGAAGTGTTT
* *
62378465 -AGTTGCTGGACATTG-AGATGTTT
1 AAG-TGCTGCAAATTGAAG-TGTTT
* * * *
62378488 TA-TCGCTG-TAATTGAGGTGTAT
1 AAGT-GCTGCAAATTGAAGTGTTT
* * ** **
62378510 AAATGTTGTTAATTG-AGATGTAA
1 AAGTGCTGCAAATTGAAG-TGTTT
*
62378533 AAGTGCTGCAAATTGAAGTGCTT
1 AAGTGCTGCAAATTGAAGTGTTT
* * *
62378556 AAATGCTGTAAATTGAAGTGTTA
1 AAGTGCTGCAAATTGAAGTGTTT
62378579 AAGTGCTGCAAATTGAAGTGTTT
1 AAGTGCTGCAAATTGAAGTGTTT
62378602 GAA-TGCT--AAATTGAAGT-TTT
1 -AAGTGCTGCAAATTGAAGTGTTT
* * *
62378622 AAATGCTGTAAATTGAAGTGCTT
1 AAGTGCTGCAAATTGAAGTGTTT
* *
62378645 AAATGTTGCAAATTGAAGTGTTT
1 AAGTGCTGCAAATTGAAGTGTTT
* * *
62378668 AAG-ACTGAAAATTGTAGTGTTT
1 AAGTGCTGCAAATTGAAGTGTTT
* *
62378690 -AGTTGCTGGACA-TG-AGATGTTT
1 AAG-TGCTGCAAATTGAAG-TGTTT
* * * *
62378712 TA-TCGCTG-TAATTGAGGTGTAT
1 AAGT-GCTGCAAATTGAAGTGTTT
* * ** **
62378734 AAATGTTGTTAATTG-AGATGTAA
1 AAGTGCTGCAAATTGAAG-TGTTT
*
62378757 AAGTGCTGCAAATTGAAGTGCTT
1 AAGTGCTGCAAATTGAAGTGTTT
* * *
62378780 AAATGCTGTAAATTGAAGTG--A
1 AAGTGCTGCAAATTGAAGTGTTT
62378801 AAGT--TGCAAATTGAAGTGTTT
1 AAGTGCTGCAAATTGAAGTGTTT
**
62378822 GAA-TGCTATAAATTGAAGTGTTT
1 -AAGTGCTGCAAATTGAAGTGTTT
* * * *
62378845 AAATGCTGTAAATTGATGTGCTT
1 AAGTGCTGCAAATTGAAGTGTTT
* *
62378868 AAATGTTGCAAATTGAAGTGTTT
1 AAGTGCTGCAAATTGAAGTGTTT
*
62378891 AAGTACTGCAAATTGAAGTGTTT
1 AAGTGCTGCAAATTGAAGTGTTT
* *
62378914 -AGTTGCTGGACATTG-AGATGTTT
1 AAG-TGCTGCAAATTGAAG-TGTTT
* * * *
62378937 TA-TCGCTG-TAATTGAGGTGTAT
1 AAGT-GCTGCAAATTGAAGTGTTT
* ** *** **
62378959 AAATTTTTTTAATTG-AGATGTAA
1 AAGTGCTGCAAATTGAAG-TGTTT
*
62378982 AAGTGCTGCAAATTGAAGTGCTT
1 AAGTGCTGCAAATTGAAGTGTTT
* * *
62379005 AAATGCTGTAAATTGAAGTGTTA
1 AAGTGCTGCAAATTGAAGTGTTT
*
62379028 AAGTGCTGCAGATTGAAGTGTTT
1 AAGTGCTGCAAATTGAAGTGTTT
*
62379051 GAA-TGCTACAAATTGAAGTGTTT
1 -AAGTGCTGCAAATTGAAGTGTTT
* * *
62379074 AAATGCTGTAAATTGAAGTGCTT
1 AAGTGCTGCAAATTGAAGTGTTT
* *
62379097 AAATGTTGCAAATTGAAGTGTTT
1 AAGTGCTGCAAATTGAAGTGTTT
*
62379120 AATTGCTGCAAATTGAAGTGTTT
1 AAGTGCTGCAAATTGAAGTGTTT
* *
62379143 -AGTTGCTGGACATTG-AGATGTTT
1 AAG-TGCTGCAAATTGAAG-TGTTT
* * * *
62379166 TA-T-CTG-TAATTGAGGTGTAT
1 AAGTGCTGCAAATTGAAGTGTTT
* * ** *
62379186 AAATGTTGTTAATTG-AGATG-TA
1 AAGTGCTGCAAATTGAAG-TGTTT
*
62379208 AAGTGCTGCAAATT-AAGTGCTT
1 AAGTGCTGCAAATTGAAGTGTTT
* * *
62379230 AAATGCTGTAAATTGAAGTG-TA
1 AAGTGCTGCAAATTGAAGTGTTT
62379252 AAGTGCTGCAAATTGAAGTGTTT
1 AAGTGCTGCAAATTGAAGTGTTT
62379275 GAA-TGCTGCAAATTGAA--GTTT
1 -AAGTGCTGCAAATTGAAGTGTTT
* * *
62379296 AAATGCTG--AATTGAA-TGCTA
1 AAGTGCTGCAAATTGAAGTGTTT
* * *
62379316 AAATGTTGCAAA-TGAAGTGTTG
1 AAGTGCTGCAAATTGAAGTGTTT
*
62379338 AA--G-TACAAA-TGAAGT-TTT
1 AAGTGCTGCAAATTGAAGTGTTT
* * *
62379356 AAATGCTGTAAATTGAAGTG--C
1 AAGTGCTGCAAATTGAAGTGTTT
* *
62379377 AAATGTTGCAAATTGAAGTGTTT
1 AAGTGCTGCAAATTGAAGTGTTT
*
62379400 AAG-GACTGAAAATT-ATAGTGTTT
1 AAGTG-CTGCAAATTGA-AGTGTTT
* * *
62379423 -AGTTGCTGGACA-TGGAGATGTTT
1 AAG-TGCTGCAAATTGAAG-TGTTT
* * * *
62379446 TA-TCGCTG-TAATTGAGGTGTAT
1 AAGT-GCTGCAAATTGAAGTGTTT
* * ** **
62379468 AAATGTTGTTAATTG-AGATGTAA
1 AAGTGCTGCAAATTGAAG-TGTTT
*
62379491 AAGTGCTGCAAATTGAAGTGCTT
1 AAGTGCTGCAAATTGAAGTGTTT
* * *
62379514 AAATGCTGTAAATTGAAGTG-TA
1 AAGTGCTGCAAATTGAAGTGTTT
62379536 AAGT--TGCAAATTGAAGTGTTT
1 AAGTGCTGCAAATTGAAGTGTTT
62379557 GAA-TGCT--AAATTGAAGTGTTT
1 -AAGTGCTGCAAATTGAAGTGTTT
* * * *
62379578 AAATGCTGTAAATTGATGTGCTT
1 AAGTGCTGCAAATTGAAGTGTTT
* *
62379601 AAATGTTGCAAATTGAAGTGTTT
1 AAGTGCTGCAAATTGAAGTGTTT
62379624 AAGT
1 AAGT
62379628 TGTGACAGCC
Statistics
Matches: 7563, Mismatches: 1674, Indels: 1382
0.71 0.16 0.13
Matches are distributed among these distances:
18 6 0.00
19 60 0.01
20 185 0.02
21 303 0.04
22 1052 0.14
23 5486 0.73
24 306 0.04
25 49 0.01
26 28 0.00
27 16 0.00
28 16 0.00
29 20 0.00
30 17 0.00
31 17 0.00
33 2 0.00
ACGTcount: A:0.32, C:0.07, G:0.24, T:0.37
Consensus pattern (23 bp):
AAGTGCTGCAAATTGAAGTGTTT
Found at i:62369992 original size:229 final size:225
Alignment explanation
Indices: 62369262--62379336 Score: 7548
Period size: 229 Copynumber: 44.6 Consensus size: 225
62369252 CCTTTCAACA
*
62369262 AAATTGAAGTGTTAAAGTGCTGCAAATTGAAGTGTTTGAATGCTGCAAATTGAAGTGTTTAAATG
1 AAATTGAAGTGTTAAAGTGCTGCAAATTGAAGTGTTTAAATGCTGCAAATTGAAGTGTTTAAATG
* * *
62369327 CTGTAAATTGAAGTGCTTAAAAGTTGCAAATTGAAGTGTTTAAG-GATTGCAAATTGAAGTGTTT
66 CTGTAAATTGAAGTGCTTAAATGCTGCAAATTGAAGTGTTTAAGTG-CTGCAAATTGAAGTGTTT
*
62369391 AGTTGCTGGACATTGAGATGTTTTATCGCTGTAATTGAGGTGTATAAATGTTGTTAATTGAGATG
130 AGTTGCTGGAAATTGA-ATGTTTTATCGCTGTAATTGAGGTGTATAAATGTTG-TAATTGAGATG
* *
62369456 TAAAAGTTCTGCAAATTGAAGTGCTTAAATGCGGT
193 TAAAA-TGCTGCAAATTGAAGTG-TTAAATGCTGT
*
62369491 AAATTGAAGTGTTAAAGTGCTGCAAATTGAAGTGTTTGAATGCTGCAAATTGAAGTGTTTAAATG
1 AAATTGAAGTGTTAAAGTGCTGCAAATTGAAGTGTTTAAATGCTGCAAATTGAAGTGTTTAAATG
* * * *
62369556 CTGTAAATTGAAGTGCTTAAATGTTGCAAATTGAAGTGTTTAAG-GACCGAAAATTGTAGTGTTT
66 CTGTAAATTGAAGTGCTTAAATGCTGCAAATTGAAGTGTTTAAGTG-CTGCAAATTGAAGTGTTT
* *
62369620 AGTTGCTGGACATGGAGATGTTTTATCGC-----------TGTATAAATGTTGTTAATTGAGATG
130 AGTTGCTGGAAATTGA-ATGTTTTATCGCTGTAATTGAGGTGTATAAATGTTG-TAATTGAGATG
* * *
62369674 TAAAAGTACTGCAAATTGAAGTGCCTAAGTGCTGT
193 TAAAA-TGCTGCAAATTGAAGTG-TTAAATGCTGT
* * **
62369709 AAATTGAAGTGTTAAAGTGTTGCAAATTGAAGTGTTTGAATGCTATAAATTGAAGTGTTTAAATG
1 AAATTGAAGTGTTAAAGTGCTGCAAATTGAAGTGTTTAAATGCTGCAAATTGAAGTGTTTAAATG
* * *
62369774 CTGTAAATTGATGTGCTTAAATGTTGCAAATTGAAGTGTTTAAGTACTGCAAATTGAAGTGTTTA
66 CTGTAAATTGAAGTGCTTAAATGCTGCAAATTGAAGTGTTTAAGTGCTGCAAATTGAAGTGTTTA
*
62369839 GTTGCTGGACATTGAGATGTTTTATCGCTGTAATTGAGGTGTATAAATGTTGTTAATTGAGATGT
131 GTTGCTGGAAATTGA-ATGTTTTATCGCTGTAATTGAGGTGTATAAATGTTG-TAATTGAGATGT
*
62369904 AAAAGTGCTGCAAATTGAAATGCTTAAATGCTGT
194 AAAA-TGCTGCAAATTGAAGTG-TTAAATGCTGT
* *
62369938 AAATTGAAGTGTTAAAGTGCTGCAAATTAAAGTGTTTGAATGCTGCAAATTGAAGTGTTTAAATG
1 AAATTGAAGTGTTAAAGTGCTGCAAATTGAAGTGTTTAAATGCTGCAAATTGAAGTGTTTAAATG
* * * * * *
62370003 CTGTAAATTGAAGTGCTTAAATGTTGCAAATTGAAGTGTTTAACTACTGTAAATTAAAGTGTTTT
66 CTGTAAATTGAAGTGCTTAAATGCTGCAAATTGAAGTGTTTAAGTGCTGCAAATTGAAGTGTTTA
*
62370068 GTTGCTGGACATTGAGATGTTTTATCGCTGTAATTGAGGTGTATAAATGTTGTTAATTGAGATGT
131 GTTGCTGGAAATTGA-ATGTTTTATCGCTGTAATTGAGGTGTATAAATGTTG-TAATTGAGATG-
* *
62370133 TAAAGTGCTGCAAATTGAAGCTCTTAAATGCTGT
193 TAAAATGCTGCAAATTGAAG-TGTTAAATGCTGT
* ** * * *
62370167 AAATTGAAGTGTTTGAA-TGCTATAAATTGAAGTGTTTAAATGCTGTAAATTGATGTGGTTAAAT
1 AAATTGAAGTG-TTAAAGTGCTGCAAATTGAAGTGTTTAAATGCTGCAAATTGAAGTGTTTAAAT
* * * ** * * * * *
62370231 GTTGCAAATTAAAGTTTTTAAGTACAGCAAATTGAAGTGTTT-AGTTGCTGGACATTG-AGATGT
65 GCTGTAAATTGAAGTGCTTAAATGCTGCAAATTGAAGTGTTTAAG-TGCTGCAAATTGAAG-TG-
* * * ** * * * *
62370294 TTTA-TCGCT-GTAATTGAGGTGTATAAAT-GTTGTTAATTGAGATGTA-AAAGTGCTGCAAATT
127 TTTAGTTGCTGGAAATTGA-ATGT-TTTATCGCTG-TAATTGAGGTGTATAAA-TGTTG-TAATT
* * *
62370355 GA-AGTGCTTAAATGCTGTAAATTGAAGTGTTAAAGTGCTGC
187 GAGA-TG-TAAAATGCTGCAAATTGAAGTGTTAAA-TGCTGT
* ** **
62370396 AAATTGAAGTGTTTGAA-TGCTGCAAATTGAAGTGTTTAAATGCTATAAATTGAAGTACTTAAAT
1 AAATTGAAGTG-TTAAAGTGCTGCAAATTGAAGTGTTTAAATGCTGCAAATTGAAGTGTTTAAAT
* * * * * * * * *
62370460 GTTGCAAATTGAAGTG-TTTAAGGACTGAAAATTGTAGTGTTT-AGTTGCTGGACATAG-AGATG
65 GCTGTAAATTGAAGTGCTTAAATG-CTGCAAATTGAAGTGTTTAAG-TGCTGCAAATTGAAG-TG
* * ** * * *
62370522 TTTTA-TCGCT--ATAATTGAGGTGTATAAAT-GTTGTTAATTGAGATGTA-AAA-GTTCTGCAA
127 -TTTAGTTGCTGGA-AATTGA-ATGT-TTTATCGCTG-TAATTGAGGTGTATAAATG-T-TG-TA
* * * *
62370581 ATTGA-AGTGCTTAAATGCTGTAAATTGAAGTGTGAAAGTGCTGC
184 ATTGAGA-TG-TAAAATGCTGCAAATTGAAGTGTTAAA-TGCTGT
* *
62370625 AAATTGAAGTGTTTGAA-TGCTGCAAATTGAAGTGTTTGAATGCTGCAAATTGAAGTG-TTAAAG
1 AAATTGAAGTG-TTAAAGTGCTGCAAATTGAAGTGTTTAAATGCTGCAAATTGAAGTGTTTAAA-
* * * * * * * *
62370688 TGCTGCAAATTGAAGTGTTTGAATGCTGCAAATTCAAGTGTTTAAATGCTGTAAATTGAATTGCT
64 TGCTGTAAATTGAAGTGCTTAAATGCTGCAAATTGAAGTGTTTAAGTGCTGCAAATTGAAGTGTT
*** * * ** * * ** * * *
62370753 TAAAAGTTGCAAATTGAA-GTGTTTAAGGACTGAAAATTGTA-GTGTTTAGTTGCTGGACATGGA
129 TAGTTGCTGGAAATTGAATGT-TTTATCG-CTG-TAATTG-AGGTGTATAAATGTTGTA-ATTGA
*** * * * *
62370816 GATGTTTTATCGCTG-TAATTGAGGTGTATAAATGTTTT
189 GATGTAAAAT-GCTGCAAATTGAAGTGT-TAAATGCTGT
* * * * *
62370854 TAATTG-AGACGTAAAAGTGCTGCAAATTGAAGTGCTTAAATGCTGTAAATTGAAGTG-TTAAAG
1 AAATTGAAG-TGTTAAAGTGCTGCAAATTGAAGTGTTTAAATGCTGCAAATTGAAGTGTTTAAA-
* * * * * *
62370917 TGCTGCAAATTGAAGTGTTTGAATGCTGCAAATTGAAGTGTTTAAATGCTGTAAATTGAAGTGCT
64 TGCTGTAAATTGAAGTGCTTAAATGCTGCAAATTGAAGTGTTTAAGTGCTGCAAATTGAAGTGTT
** * * ** * * * ** * * *
62370982 TAAATGTTGCAAATTGAA-GTGTTTAAGGACCGAAAATTGTA-GTGTTTAGTTGCTGGACATGGA
129 TAGTTGCTGGAAATTGAATGT-TTTATCG-CTG-TAATTG-AGGTGTATAAATGTTGTA-ATTGA
*** * *
62371045 GATGTTTTAT-C-GC----T---GT-ATAAATGTTGT
189 GATGTAAAATGCTGCAAATTGAAGTGTTAAATGCTGT
* * * ** * *
62371072 TAATTG-AGATGTAAAAGTACTGCAAATTGAAGTGCCTAAGTGCTGTAAATTGAAGTG-TTAAAG
1 AAATTGAAG-TGTTAAAGTGCTGCAAATTGAAGTGTTTAAATGCTGCAAATTGAAGTGTTTAAA-
* * * * ** * * * *
62371135 TGTTGCAAATTGAAGTGTTTGAATGCTATAAATTGAAGTGTTTAAATGCTGTAAATTGATGTGCT
64 TGCTGTAAATTGAAGTGCTTAAATGCTGCAAATTGAAGTGTTTAAGTGCTGCAAATTGAAGTGTT
** * * * * * * ** * *
62371200 TAAATGTTGCAAATTGAAGTGTTTAAGT-ACTGCAAATTGA-GTGTTTAGTTGCTGGACATTGAG
129 TAGTTGCTGGAAATTGAA-TGTTTTA-TCGCTG-TAATTGAGGTGTATAAATGTTGTA-ATTGAG
*** * * *
62371263 ATGTTTTAT-C-GCTTAATTGAGGTGTATAAATGTTGT
190 ATGTAAAATGCTGC-AAATTGAAGTGT-TAAATGCTGT
* * * * *
62371299 TAATTG-AGATGTAAAAGTGCTGCAAATTGAAATGCTTAAATGCTGTAAATTGAAGTG-TTAAAG
1 AAATTGAAG-TGTTAAAGTGCTGCAAATTGAAGTGTTTAAATGCTGCAAATTGAAGTGTTTAAA-
* * * * *
62371362 TGCTGCAAATTAAAGTTCTTAAATGCTGTAAATTGAAGTGTTAAAGTGCTGCAAATTGAAGTGTT
64 TGCTGTAAATTGAAGTGCTTAAATGCTGCAAATTGAAGTGTTTAAGTGCTGCAAATTGAAGTGTT
* ** *
62371427 T-GAATGCTATAAATTGAA-GTTTTTAAAT-GCTGTAAATTGAAGTGCT-TAAATGTT-TCAAAT
129 TAG-TTGCTGGAAATTGAATG-TTTT--ATCGCTGT-AATTGAGGTG-TATAAATGTTGT--AAT
** * * * ** *
62371487 TGA-AGTGTTTAAGGACTGAAAATTGTAGTGTTTAGTTGCTGG
186 TGAGA-TGTAAAATG-CTGCAAATTGAAGTG-TTAAATGCTGT
* * ** * * * * * ** *
62371529 ACA-TGGAGATGTTTTA-TCGTTG-TAATTGAGGTGTATAAATGTTGTTAATTG-AGATG-TAAA
1 AAATTGAAG-TGTTAAAGT-GCTGCAAATTGAAGTGTTTAAATGCTGCAAATTGAAG-TGTTTAA
* * * *
62371589 AGTGCTGCAAATTGAAGTGCTTAAATGCTGTAAATTGAAGTGTTAAAGTGCTGCAAATTTAAGTG
63 A-TGCTGTAAATTGAAGTGCTTAAATGCTGCAAATTGAAGTGTTTAAGTGCTGCAAATTGAAGTG
* ** * *
62371654 TTT-GAATGCTATAAATTGAAGTGTTTAAAT-GCTGTAAATTGATGTGCT-TAAATGTT-TCAAA
127 TTTAG-TTGCTGGAAATTGAA-TGTTT-TATCGCTGT-AATTGAGGTG-TATAAATGTTGT--AA
* * * ** *
62371715 TTGA-AGTGTTTAAGTACTGCAAATTGAAGTGTTTAGTTGCTGG
185 TTGAGA-TG-TAAAATGCTGCAAATTGAAGTG-TTAAATGCTGT
* ** * * * * ** *
62371758 ACATTG-AGATGTTTTA-TCGCTG-TAATTGAGGTGTATAAATGTTGTTAATTG-AGAT-TTAAA
1 AAATTGAAG-TGTTAAAGT-GCTGCAAATTGAAGTGTTTAAATGCTGCAAATTGAAG-TGTTTAA
** ** *
62371818 AGTGCTCCAAATTGAAGTGCTTAAATGCTTTAAATTGAAGTGTTAAAGTGCTGCAAATTGAAGTG
63 A-TGCTGTAAATTGAAGTGCTTAAATGCTGCAAATTGAAGTGTTTAAGTGCTGCAAATTGAAGTG
* * * * ** *
62371883 TTT-GAATGCTGCAAATTCAAGTGTTTAAAT-GCTGTAAATTGAATTGCT-TAAATGTTGCAAAT
127 TTTAG-TTGCTGGAAATTGAA-TGTTT-TATCGCTGT-AATTGAGGTG-TATAAATGTTG-TAAT
** * * * ** *
62371945 TGA-AGTGTTTAAGGACTGAAAATTGTAGTGTTTAGTTGCTGG
186 TGAGA-TGTAAAATG-CTGCAAATTGAAGTG-TTAAATGCTGT
* * ** * * * * **** * *
62371987 ACA-TGGAGATGTTTTA-TCGCTG-TAATTGAGGTGTATAAATGTTTTTTATTG-AGACG-TAAA
1 AAATTGAAG-TGTTAAAGT-GCTGCAAATTGAAGTGTTTAAATGCTGCAAATTGAAG-TGTTTAA
* * * *
62372047 AGTGCTGCAAATTGAAGTGCTTAAATGCTGTAAATTGAAGTGTTAAAGTGCTGCAAATTGAAGTA
63 A-TGCTGTAAATTGAAGTGCTTAAATGCTGCAAATTGAAGTGTTTAAGTGCTGCAAATTGAAGTG
* * ** * * * *
62372112 TTT-GAATGATATAAATTGAAGTGTTTAAAT-GCTATAAATTGATGTGCT-TAAATGTTGCAAAT
127 TTTAG-TTGCTGGAAATTGAA-TGTTT-TATCGCTGT-AATTGAGGTG-TATAAATGTTG-TAAT
**** * * * **
62372174 TGA-AGTGTTTCGTTACTGGATATTG-AGATGTTTTATCGCTGT
186 TGAGA-TG-TAAAATGCTGCAAATTGAAG-TGTTAAAT-GCTGT
* * * * * * *
62372216 -AATTGAGGTGTTAAAATGTTGTTATTGAGATGTAAAAGTGTTGCAAAAT--TGCAAATTAAAGT
1 AAATTGAAGTGTTAAAGTGCTG-CA---A-AT-T-GAAGTGTT--TAAATGCTGCAAATTGAAGT
* * *
62372278 GTTTAAATGCTGTAAATTGAAGTGCTTAAATGTTGCAAATTGAAGTGTTTAAGTACTGTAAATTG
57 GTTTAAATGCTGTAAATTGAAGTGCTTAAATGCTGCAAATTGAAGTGTTTAAGTGCTGCAAATTG
* * * *
62372343 AAGTGTTTAGTTGCTGGACATTGAGATGTTTTACCGCAGTAATTTAGGTGTATAAATGTTGTTAA
122 AAGTGTTTAGTTGCTGGAAATTGA-ATGTTTTATCGCTGTAATTGAGGTGTATAAATGTTG-TAA
62372408 TTGAGATGTAAAAGTGCTGCAAATTGAAGTGCTTAAATGCTGT
185 TTGAGATGTAAAA-TGCTGCAAATTGAAGTG-TTAAATGCTGT
* * *
62372451 AAATTGAAGTGTTAAAGTGCTGCAGATTGAAGTGTTTGAATGCTACAAATTGAAGTGTTTAAATG
1 AAATTGAAGTGTTAAAGTGCTGCAAATTGAAGTGTTTAAATGCTGCAAATTGAAGTGTTTAAATG
* * * *
62372516 CTATAAATTGATGTGCTTAAATGTTGCAAATTGAAGTGTTTAAGTACTGCAAATTGAAGTGTTTA
66 CTGTAAATTGAAGTGCTTAAATGCTGCAAATTGAAGTGTTTAAGTGCTGCAAATTGAAGTGTTTA
*
62372581 GTTGCTGGACATTGAGATGTTTTATCGCTGTAATTGAGGTGTATAAATGTTGTTAATTGAGATGT
131 GTTGCTGGAAATTGA-ATGTTTTATCGCTGTAATTGAGGTGTATAAATGTTG-TAATTGAGATGT
62372646 AAAAGTGCTGCAAATTGAAGTGCTTAAATGCTGT
194 AAAA-TGCTGCAAATTGAAGTG-TTAAATGCTGT
* * * *
62372680 AAATTGAAGTGTTAAAGTGTTGCAAATTGAAGTGTTTGAATGCTGCAAATTAAAGTGTCTAAATG
1 AAATTGAAGTGTTAAAGTGCTGCAAATTGAAGTGTTTAAATGCTGCAAATTGAAGTGTTTAAATG
* * *
62372745 ATGTAAATTGAAGTGCTTAAATGTTGCAAATTGAAGTGTTTAAGTACTGCAAATTGAAGTGTTTA
66 CTGTAAATTGAAGTGCTTAAATGCTGCAAATTGAAGTGTTTAAGTGCTGCAAATTGAAGTGTTTA
* **
62372810 GTTGCTGGACATTGAGATGTTTTATCGCTGTAATTGAGGTGTGCAAATGTTGTTAATTGAGATGT
131 GTTGCTGGAAATTGA-ATGTTTTATCGCTGTAATTGAGGTGTATAAATGTTG-TAATTGAGATGT
62372875 AAAAGTGCTGCAAATTGAAGTGCTTAAATGCTGT
194 AAAA-TGCTGCAAATTGAAGTG-TTAAATGCTGT
* *
62372909 AAATTGAAGTGTTAAAGTGCTGCAAATTGAAGTGTTTGAATGGTGCAAATTGAAGTGTTTAAATG
1 AAATTGAAGTGTTAAAGTGCTGCAAATTGAAGTGTTTAAATGCTGCAAATTGAAGTGTTTAAATG
* * * * *
62372974 CTATAAATTGAAGTGCTTAAATGTTGCAAATTGAAGTGTTTAACTACT-CTAAATTAAAGTGTTT
66 CTGTAAATTGAAGTGCTTAAATGCTGCAAATTGAAGTGTTTAAGTGCTGC-AAATTGAAGTGTTT
* *
62373038 AGTTGCTGGACATGGAGATGTTTTATCGCTGTAATTGAGGTGTATAAATGTTG---TT-A-A--T
130 AGTTGCTGGAAATTGA-ATGTTTTATCGCTGTAATTGAGGTGTATAAATGTTGTAATTGAGATGT
* *
62373096 AAAGTGCTGCAAATTGAAG-CTTAAATGCTGT
194 AAAATGCTGCAAATTGAAGTGTTAAATGCTGT
*
62373127 AAATTGAAGTGTTAAAGTGCTGCAAATTGAAGTGTTTGAATGCTGCAAATTGAAGT-TTTAAATG
1 AAATTGAAGTGTTAAAGTGCTGCAAATTGAAGTGTTTAAATGCTGCAAATTGAAGTGTTTAAATG
* * *
62373191 CTATAAATTGAAGTGCTTAAATGTTGCAAATTGAAGTGTTTAAG-G--ACAAATT-AAGTGTTTA
66 CTGTAAATTGAAGTGCTTAAATGCTGCAAATTGAAGTGTTTAAGTGCTGCAAATTGAAGTGTTTA
*
62373252 GTTGCTGGACATTGAGATGTTTTATCGCTGTAATTGAGGTGTATAAATGTTGTTAATTGAGATGT
131 GTTGCTGGAAATTGA-ATGTTTTATCGCTGTAATTGAGGTGTATAAATGTTG-TAATTGAGATGT
62373317 AAAAGTGCTGCAAATTGAAGTGCTTAAATGCTGT
194 AAAA-TGCTGCAAATTGAAGTG-TTAAATGCTGT
* **
62373351 AAATTGAAGTGTTAAAGTGCTGCAAATTGAAGTGTTTGAATGCTATAAATTGAAGTGTTTAAATG
1 AAATTGAAGTGTTAAAGTGCTGCAAATTGAAGTGTTTAAATGCTGCAAATTGAAGTGTTTAAATG
* * *
62373416 CTGTAAATTGATGTGCTTAAATGTTGCAAATTGAAGTGTTTAAGTACTGCAAATTGAAGTGTTTA
66 CTGTAAATTGAAGTGCTTAAATGCTGCAAATTGAAGTGTTTAAGTGCTGCAAATTGAAGTGTTTA
*
62373481 GTTGCTGGACATTGAGATGTTTTATCGCTGTAATTGAGGTGTATAAATGTTGTTAATTGAGATGT
131 GTTGCTGGAAATTGA-ATGTTTTATCGCTGTAATTGAGGTGTATAAATGTTG-TAATTGAGATGT
62373546 AAAAGTGCTGCAAATTGAAGTGCTTAAATGCTGT
194 AAAA-TGCTGCAAATTGAAGTG-TTAAATGCTGT
* *
62373580 AAATTGAAGTGTTAAAGTGCTGCAAATTGAAGTGTTTGAATGCTGCAAATTAAAGTGTTTAAATG
1 AAATTGAAGTGTTAAAGTGCTGCAAATTGAAGTGTTTAAATGCTGCAAATTGAAGTGTTTAAATG
* * *
62373645 TTGTAAATTGAAGTGCTTAAATGTTGCAAATTGAAGTGTTTAAGTACTGCAAATTGAAGTGTTTA
66 CTGTAAATTGAAGTGCTTAAATGCTGCAAATTGAAGTGTTTAAGTGCTGCAAATTGAAGTGTTTA
* * *
62373710 GTTGCTGGACATTGAGATGTTTTATCGCTGTAATTGAGGTGTATAAATTTTTTTAATTGAGATGT
131 GTTGCTGGAAATTGA-ATGTTTTATCGCTGTAATTGAGGTGTATAAA-TGTTGTAATTGAGATGT
62373775 AAAAGTGCTGCAAATTGAAGTGCTTAAATGCTGT
194 AAAA-TGCTGCAAATTGAAGTG-TTAAATGCTGT
*
62373809 AAATTGAAGTGTTAAAGTGCTGCAAATTGAAGTGTTTGAA---TGCAAATTGAAGTGTTTAAATG
1 AAATTGAAGTGTTAAAGTGCTGCAAATTGAAGTGTTTAAATGCTGCAAATTGAAGTGTTTAAATG
* * *
62373871 CTGTAAATTGAAGTGCTTAAATGTTGCAAATTGAAGTGTTTAACTACT-CAAATT-AAGTGTTTA
66 CTGTAAATTGAAGTGCTTAAATGCTGCAAATTGAAGTGTTTAAGTGCTGCAAATTGAAGTGTTTA
*
62373934 GTTGCTGGACATTGAGATGTTTTATCGCTGTAATTGAGGTGTATAAATGTTGTTAATTGAGATGT
131 GTTGCTGGAAATTGA-ATGTTTTATCGCTGTAATTGAGGTGTATAAATGTTG-TAATTGAGATGT
62373999 AAAA-GTCTGCAAATTGAAGTGCTTAAATGCTGT
194 AAAATG-CTGCAAATTGAAGTG-TTAAATGCTGT
*
62374032 AAATTGAAGTGTTAAAGTGCTGCAAATTGAAGTGTTTGAATGCTGCAAATTGAAGTGTTTAAATG
1 AAATTGAAGTGTTAAAGTGCTGCAAATTGAAGTGTTTAAATGCTGCAAATTGAAGTGTTTAAATG
* * *
62374097 CTGTAAATTGAAGTGCTTAAATGTTGCAAATTGAAGTGTTTAAG-ACTGAAAATTGAAGTGTTTA
66 CTGTAAATTGAAGTGCTTAAATGCTGCAAATTGAAGTGTTTAAGTGCTGCAAATTGAAGTGTTTA
* *
62374161 GTTGCTGGACATGGAGATGTTTTATCGCTG----T-A----TATAAATGTTGTTAATTGAGATGT
131 GTTGCTGGAAATTGA-ATGTTTTATCGCTGTAATTGAGGTGTATAAATGTTG-TAATTGAGATGT
62374217 AAAAGTGCTGCAAATTGAAGTGCTTAAATGCTGT
194 AAAA-TGCTGCAAATTGAAGTG-TTAAATGCTGT
* *
62374251 AAATTGAAGTGTTAAAGTGTTGCAAATTGAAGTGTTTGAATGCT--AAATTGAAGTGTTTAAATG
1 AAATTGAAGTGTTAAAGTGCTGCAAATTGAAGTGTTTAAATGCTGCAAATTGAAGTGTTTAAATG
* * *
62374314 CTGTAAATTGATGTGCTTAAATGTTGCAAATTGAAGTGTTTAAGTACTGCAAATTGAAGTGTTTA
66 CTGTAAATTGAAGTGCTTAAATGCTGCAAATTGAAGTGTTTAAGTGCTGCAAATTGAAGTGTTTA
* *
62374379 GTTGCTGGACATTGAGATGTTTTATCGCTGTAATTGAGGTGTATAAATAATTGTTAATGTGA-AT
131 GTTGCTGGAAATTGA-ATGTTTTATCGCTGTAATTGAGGTGTATAAAT-GTTG-TAAT-TGAGA-
*
62374443 TAGTTAAATGCTG-AAATTGAAGTGCTGCTTAAATGCTGT
191 T-GTAAAATGCTGCAAATTGAA--G-TG-TTAAATGCTGT
* **
62374482 AAATTGAAGTGTTAAAGTGCTGCAAATTGAAGTGTTTGAATGCTATAAATTGAAGTGTTTAAATG
1 AAATTGAAGTGTTAAAGTGCTGCAAATTGAAGTGTTTAAATGCTGCAAATTGAAGTGTTTAAATG
* * *
62374547 CTGTAAATTGAAGTGCTTAAATGTTGCAAATTGAAGTGTTTAAGTACTGAAAATTGAAGTGTTTA
66 CTGTAAATTGAAGTGCTTAAATGCTGCAAATTGAAGTGTTTAAGTGCTGCAAATTGAAGTGTTTA
*
62374612 GTTGCTGGACATTGAGATGTTTTATCGCTGTAATTGAGGTGTATAAATGTTGTTAATTGAGAT-T
131 GTTGCTGGAAATTGA-ATGTTTTATCGCTGTAATTGAGGTGTATAAATGTTG-TAATTGAGATGT
*
62374676 AAAGTGCTGCAAATTGAAGTGCTTAAATGCTGT
194 AAAATGCTGCAAATTGAAGTG-TTAAATGCTGT
* **
62374709 AAATTGAAGTGTTAAAGTGCTGCAAATTGAAGTGTTTGAATGCTATAAATTGAAGTGTTTAAATG
1 AAATTGAAGTGTTAAAGTGCTGCAAATTGAAGTGTTTAAATGCTGCAAATTGAAGTGTTTAAATG
* * *
62374774 CTGTAAATTGATGTGCTTAAATGTTGCAAATTGAAGTGTTTAAGTACTGCAAATTGAAGTGTTTA
66 CTGTAAATTGAAGTGCTTAAATGCTGCAAATTGAAGTGTTTAAGTGCTGCAAATTGAAGTGTTTA
*
62374839 GTTGCTGGACATTGAGAT-TTTTATCGCTGTAATTGAGGTGTATAAATGTTGTTAATTGAGATGT
131 GTTGCTGGAAATTGA-ATGTTTTATCGCTGTAATTGAGGTGTATAAATGTTG-TAATTGAGATGT
62374903 AAAAGTGCTGCAAATTGAAGTGCTTAAATGCTGT
194 AAAA-TGCTGCAAATTGAAGTG-TTAAATGCTGT
*
62374937 AAATTGAAGTGTTAAAGTGCTGCAAATTGAAGTGTTTGAATGCTGCAAATT-AAGTGTTTAAATG
1 AAATTGAAGTGTTAAAGTGCTGCAAATTGAAGTGTTTAAATGCTGCAAATTGAAGTGTTTAAATG
* * * *
62375001 CTGTAAATTG-AGTGCTTAAATGTTGCAAATTGAAGTGTTTAAGTACTGAAAATTGTAGTGTTTA
66 CTGTAAATTGAAGTGCTTAAATGCTGCAAATTGAAGTGTTTAAGTGCTGCAAATTGAAGTGTTTA
*
62375065 GTTGCTGGACA-TGAGATGTTTTATCGCTGTAATTGAGGTGTATAAATGTTTGTTAATTGAGATG
131 GTTGCTGGAAATTGA-ATGTTTTATCGCTGTAATTGAGGTGTATAAATG-TTG-TAATTGAGATG
62375129 TAAAAGTGCTGCAAATTGAAGTGCTTAAATGCTGT
193 TAAAA-TGCTGCAAATTGAAGTG-TTAAATGCTGT
*
62375164 AAATTGAAGTGTTAAAGTGCTGCAAATTGAAGTGTTTGAATGCTGCAAATTGAAGTGTTTAAATG
1 AAATTGAAGTGTTAAAGTGCTGCAAATTGAAGTGTTTAAATGCTGCAAATTGAAGTGTTTAAATG
* * * *
62375229 CTGTAAATTGAAGTGCTTAAATGTTGCAAATTGAAGTGTTTAAG-AC-GAAAATT-TAGTGTTTA
66 CTGTAAATTGAAGTGCTTAAATGCTGCAAATTGAAGTGTTTAAGTGCTGCAAATTGAAGTGTTTA
*
62375291 GTTGCTGGACATTGGAGATGTTTTATCGCTG----T-A----TAT-AATGTTGTTAATTGAGATG
131 GTTGCTGGAAATT-GA-ATGTTTTATCGCTGTAATTGAGGTGTATAAATGTTG-TAATTGAGATG
* *
62375346 TAAAA-GTTGCAAATTGAAGTGCTAAATGCTGT
193 TAAAATGCTGCAAATTGAAGTGTTAAATGCTGT
* * **
62375378 AAATTGAAGTGTTAAAGT-TTGCAAATTGAAGTGTTTGAATGCTATAAATTGAAGTGTTTAAATG
1 AAATTGAAGTGTTAAAGTGCTGCAAATTGAAGTGTTTAAATGCTGCAAATTGAAGTGTTTAAATG
* * *
62375442 CTGTAAATTGATGTGCTTAAATGTTGCAAATTGAAGTGTTTAAGTACTGCAAATTGAAAGTGTTT
66 CTGTAAATTGAAGTGCTTAAATGCTGCAAATTGAAGTGTTTAAGTGCTGCAAATTG-AAGTGTTT
* *
62375507 AGTTGTTGGACATTGAGATGTTTTATCGCTGTAATTGAGGTGTATAAATGTTGTTAATTGAGATG
130 AGTTGCTGGAAATTGA-ATGTTTTATCGCTGTAATTGAGGTGTATAAATGTTG-TAATTGAGATG
*
62375572 TAAAAGTGCTGCAAATTGAAATGCTTAAATGCTGT
193 TAAAA-TGCTGCAAATTGAAGTG-TTAAATGCTGT
* *
62375607 AAATTGAAGTGTTAAAGTGCTGCAAATTAAAGT-TCTTAAATGCTGTAAATTGAAGTG-TTAAAG
1 AAATTGAAGTGTTAAAGTGCTGCAAATTGAAGTGT-TTAAATGCTGCAAATTGAAGTGTTTAAA-
* * * * * * *
62375670 TGCTGCAAATTGAAGTGTTTGAATGCT--AAATTGAAGTTTTTAAATGCTGTAAATTGAAGTGCT
64 TGCTGTAAATTGAAGTGCTTAAATGCTGCAAATTGAAGTGTTTAAGTGCTGCAAATTGAAGTGTT
** * * * ** * ** * * *
62375733 TAAATGTTTGCAAATTGAA-GTGTTTA-AGACTAAAATTGTA-GTGTTTAGTTGCTGGACATGGA
129 TAGTTG-CTGGAAATTGAATGT-TTTATCG-CTGTAATTG-AGGTGTATAAATGTTGTA-ATTGA
*** * * *
62375795 GATGTTTTAT-CTG-TAATTGAGGTGTATAAATGTTGT
189 GATGTAAAATGCTGCAAATTGAAGTGT-TAAATGCTGT
* * * *
62375831 TAATTG-AGATGTAAAAGTGCTGCAAATTGAAGTGCTTAAATGCTGTAAATTGAAGTG-TTAAAG
1 AAATTGAAG-TGTTAAAGTGCTGCAAATTGAAGTGTTTAAATGCTGCAAATTGAAGTGTTTAAA-
* * * * ** * * * *
62375894 TGCTGCAAATTTAAGTGTTTGAATGCTATAAATTGAAGTGTTTAAATGCTGTAAATTGATGTGCT
64 TGCTGTAAATTGAAGTGCTTAAATGCTGCAAATTGAAGTGTTTAAGTGCTGCAAATTGAAGTGTT
** * ** * * * * * ** * *
62375959 TAAATGTTTCAAATTGAAGTGTTTAAGT-ACTGCAAATTGAAGTGTTTAGTTGCTGGACATTGAG
129 TAGTTGCTGGAAATTGAA-TGTTTTA-TCGCTG-TAATTGAGGTGTATAAATGTTGTA-ATTGAG
*** * * *
62376023 ATGTTTTATCGCTG-TAATTGAGGTGTATAAATGTTGT
190 ATGTAAAAT-GCTGCAAATTGAAGTGT-TAAATGCTGT
* * * *
62376060 TAATTG-AGATGTAAAAGTGCTGCAAATTGAAGTGCTTAAATGCTGTAAATTGAAGTG-TTAAAG
1 AAATTGAAG-TGTTAAAGTGCTGCAAATTGAAGTGTTTAAATGCTGCAAATTGAAGTGTTTAAA-
* * * * * * * *
62376123 TGCTGCAAATTGAAGTGTTTGAATGCTGCAAATTCAAGTGTTTAAATGCTGTAAATTGAATTGCT
64 TGCTGTAAATTGAAGTGCTTAAATGCTGCAAATTGAAGTGTTTAAGTGCTGCAAATTGAAGTGTT
** * * * * * * * ** * *
62376188 TAAATGTTGCAAATTGAAGTGTTTAAGGT-ACTGAAAATTGAAGTGTTTAGTTGCTGGACA-TGA
129 TAGTTGCTGGAAATTGAA-TGTTTTA--TCGCTG-TAATTGAGGTGTATAAATGTTGTA-ATTGA
*** * * *
62376251 GATGTTTTATCGCTG-TAATTGAGGTGTATAAATGTTGT
189 GATGTAAAAT-GCTGCAAATTGAAGTGT-TAAATGCTGT
* * * * *
62376289 TAATTG-AG-ATAAAAGTGCTGCAAATTGAAGTGCTTAAATGCTGTAAATTGAAGTG-TTAAAGT
1 AAATTGAAGTGTTAAAGTGCTGCAAATTGAAGTGTTTAAATGCTGCAAATTGAAGTGTTTAAA-T
* * * ** * ** * *
62376351 GCTGCAAATTGAAGTGTTTGAATGCTATAAATTGAAGTGTTTAAATGCTATAAATTGATGTGCTT
65 GCTGTAAATTGAAGTGCTTAAATGCTGCAAATTGAAGTGTTTAAGTGCTGCAAATTGAAGTGTTT
** * * ** ** * * ** * *
62376416 AAATGTTGCAAATTGAAGTGTTTCGTTACTGGATATTGAGATGT-TTTATCGCTGTAATTGAGGT
130 AGTTGCTGGAAATTGAA-TGTTTTATCGCTGTA-ATTGAGGTGTATAAAT-GTTGTAATTGAGAT
* ** * *
62376480 GTATAAATGTTGTTAATTG-AGATGTAAAAGTGCTGC
192 GTA-AAATGCTGCAAATTGAAG-TGTTAAA-TGCTGT
* *
62376516 AAATTGAAGTGCTTAAA-TGCTGTAAATTGAAGTG-TTAAAGTGCTGCAAATTGAAGTGTTTGAA
1 AAATTGAAGTG-TTAAAGTGCTGCAAATTGAAGTGTTTAAA-TGCTGCAAATTGAAGTGTTTAAA
* * * * * *
62376579 TGCTGCAAATTGAAGTGTTTAAATGCTGTAAATTGAAGTGCTTAAATGTTGCAAATTGAAGTGTT
64 TGCTGTAAATTGAAGTGCTTAAATGCTGCAAATTGAAGTGTTTAAGTGCTGCAAATTGAAGTGTT
* * * * * * *
62376644 TAAG-TACT-GAAATTGAA-GTGTTTAGTTGCTGGACATTGAGAT-T-T-TACGCTGTAATTGAG
129 T-AGTTGCTGGAAATTGAATGT-TTTA-TCGCTGTA-ATTGAGGTGTATAAATGTTGTAATTGAG
* * ** * *
62376703 GTGTATAAATGTTGTTAATTG-AGATGTAAAAGTGCTGC
190 ATGTA-AAATGCTGCAAATTGAAG-TGTTAAA-TGCTGT
* *
62376741 AAATTGAAGTGCTTAAA-TGCTGTAAATTGAAGTG-TTAAA-G-TGCAAATTGAAGTGTTTGAAT
1 AAATTGAAGTG-TTAAAGTGCTGCAAATTGAAGTGTTTAAATGCTGCAAATTGAAGTGTTTAAAT
** * * * * *
62376802 GCTACAAATTGAAGTGTTTAAATGCTGTAAATTG-AGTGCTTAAATGTTGCAAATTGAAGTGTTT
65 GCTGTAAATTGAAGTGCTTAAATGCTGCAAATTGAAGTGTTTAAGTGCTGCAAATTGAAGTGTTT
* * * * * ** *
62376866 AAG-TACTGCAAATTGAA-GTGTTTAGTTGCTGGACATTGGAGATGT-TTTAT-CTGTAATTGAG
130 -AGTTGCTGGAAATTGAATGT-TTTA-TCGCTGTA-ATT-GAGGTGTATAAATGTTGTAATTGAG
* * ** * *
62376927 TTGTATAAATGTTGTTAATTG-AGATGTAAAAGTGCTGC
190 ATGTA-AAATGCTGCAAATTGAAG-TGTTAAA-TGCTGT
* * *
62376965 AAATTGAAGTGCTTAAA-TGCTGTAAATTGAAGTG-TTAAAGTGTTGCAAATTGAAGTGTTTGAA
1 AAATTGAAGTG-TTAAAGTGCTGCAAATTGAAGTGTTTAAA-TGCTGCAAATTGAAGTGTTTAAA
* * * * * *
62377028 TGCTGCAAATTGAAGTGTTTAAATGCTGTAAATTGAAGTGCTTAAATGTTGCAAATTGAAGTGTT
64 TGCTGTAAATTGAAGTGCTTAAATGCTGCAAATTGAAGTGTTTAAGTGCTGCAAATTGAAGTGTT
* * * * * ** *
62377093 TAAG-TACTGCAAATTGAA-GTGTTTAGTTGCTGGACATTGAGATGT-TTTATCGCTGTAATTGA
129 T-AGTTGCTGGAAATTGAATGT-TTTA-TCGCTGTA-ATTGAGGTGTATAAAT-GTTGTAATTGA
* ** * *
62377155 G-TGTATAAATGTTGTTAATTG-AGATGTAAAAGTGCTGC
189 GATGTA-AAATGCTGCAAATTGAAG-TGTTAAA-TGCTGT
* *
62377193 AAATTGAAGTGCTTAAA-TGCTGTAAATTGAAGTG-TTAAAGTGCTGCAAATTGAAGTGTTTGAA
1 AAATTGAAGTG-TTAAAGTGCTGCAAATTGAAGTGTTTAAA-TGCTGCAAATTGAAGTGTTTAAA
* * * * * *
62377256 TGCTGCAAATTGAAGTGTTTAAATGCTGTAAATTGAAGTGCTTAAATGTTGCAAATTGAAGTGTT
64 TGCTGTAAATTGAAGTGCTTAAATGCTGCAAATTGAAGTGTTTAAGTGCTGCAAATTGAAGTGTT
** * * * * * * ** *
62377321 TAACTACT--AAATT-AAAGTGTTTAGTTGCTGGACATGGAGATGT-TTTATCGCTGTAATTGAG
129 TAGTTGCTGGAAATTGAATGT-TTTA-TCGCTGTA-ATTGAGGTGTATAAAT-GTTGTAATTGAG
* * ** * *
62377382 GTGTATAAATGTTGTTAATTG-AGATGTAAAAGTGCTGC
190 ATGTA-AAATGCTGCAAATTGAAG-TGTTAAA-TGCTGT
* * *
62377420 AAATTGAAGTGCTTAAA-TGCTGTAAATTGAAGTG-TTAAAGTGCTGCAAATTGTA--GTTTGAA
1 AAATTGAAGTG-TTAAAGTGCTGCAAATTGAAGTGTTTAAA-TGCTGCAAATTGAAGTGTTTAAA
* * * * * *
62377481 TGCTATAAATTGAAGTGTTTAAATGCTGTAAATT---GTGCTTAAATGTTGCAAATTGAAGTGTT
64 TGCTGTAAATTGAAGTGCTTAAATGCTGCAAATTGAAGTGTTTAAGTGCTGCAAATTGAAGTGTT
* * * * * ** *
62377543 TAAG-TACTGCAAATTGAA-GTGTTTAGTTGCTGGACATTGAGATGT-TTTATCGCTGTAATTGA
129 T-AGTTGCTGGAAATTGAATGT-TTTA-TCGCTGTA-ATTGAGGTGTATAAAT-GTTGTAATTGA
* * ** * *
62377605 GGTGTATAAATGTTGTTAATTG-AGATGTAAAAGTGCTGC
189 GATGTA-AAATGCTGCAAATTGAAG-TGTTAAA-TGCTGT
* *
62377644 AAATTGAAGTGCTTAAA-TGCTGTAAATTGAAGTG-TTAAAGTGCTGCAAATTGAAGTGTTTGAA
1 AAATTGAAGTG-TTAAAGTGCTGCAAATTGAAGTGTTTAAA-TGCTGCAAATTGAAGTGTTTAAA
* * ** * * *
62377707 TGCTATAAATTGAAGTGTTTAAATGCTATAAATTG-AGTGCTTAAATGTTGCAAATTGAAGTGTT
64 TGCTGTAAATTGAAGTGCTTAAATGCTGCAAATTGAAGTGTTTAAGTGCTGCAAATTGAAGTGTT
* * * * * * **
62377771 TAAG-TACTGCAAAATTGAA-GTGTTTAGTTGCTGGACATTGAGATGT-T--TTACTGTAATTGA
129 T-AGTTGCTG-GAAATTGAATGT-TTTA-TCGCTGTA-ATTGAGGTGTATAAATGTTGTAATTGA
* * ** *
62377831 GGTGTATAAATGTTGTTAATTG-AGATG-TAAAGTGCTGC
189 GATGTA-AAATGCTGCAAATTGAAG-TGTTAAA-TGCTGT
* *
62377869 AAATTGAAGTGCTTAAA-TGCTGTAAATTGAAGTG-TTAAAGTGCTGCAAATTGAAGTGTTTGAA
1 AAATTGAAGTG-TTAAAGTGCTGCAAATTGAAGTGTTTAAA-TGCTGCAAATTGAAGTGTTTAAA
* * * * *
62377932 TGC--T-AATTGAAGTGTTTAAATGCTGTAAATTGAAGTGCTTAAATGTTGCAAATTGAAGTGTT
64 TGCTGTAAATTGAAGTGCTTAAATGCTGCAAATTGAAGTGTTTAAGTGCTGCAAATTGAAGTGTT
* * * * * ** *
62377994 TAAG-TACTGTAAATTGAA-GTGTTTAGTTGCTGGACATTGAGATGT-TTTATCGCTGTAATTGA
129 T-AGTTGCTGGAAATTGAATGT-TTTA-TCGCTGTA-ATTGAGGTGTATAAAT-GTTGTAATTGA
* * ** * *
62378056 GGTGTATAAATGTTGTTAATTG-AGATGTAAAAGTGCTGC
189 GATGTA-AAATGCTGCAAATTGAAG-TGTTAAA-TGCTGT
* *
62378095 AAATTGAAGTGCTTAAA-TGCTGTAAATTGAAGTG-TTAAAGTGCTGCAAATTGAA--GTTTGAA
1 AAATTGAAGTG-TTAAAGTGCTGCAAATTGAAGTGTTTAAA-TGCTGCAAATTGAAGTGTTTAAA
** * * * *
62378156 TGCTACAAATTGAAGTGTTTAAATGCTGTAAATTGAAGTGCTTAAATG-T--AAATTGAAGTGTT
64 TGCTGTAAATTGAAGTGCTTAAATGCTGCAAATTGAAGTGTTTAAGTGCTGCAAATTGAAGTGTT
* * * * * * **
62378218 TAAG-TACTGCAAATTGAA-GTGTTTAGTTGCTGGACATTGAGAT-T-T-TATCACTGTAATTGA
129 T-AGTTGCTGGAAATTGAATGT-TTTA-TCGCTGTA-ATTGAGGTGTATAAAT-GTTGTAATTGA
* * ** *
62378278 GGTGTATAAATGTTGTTAATTG-AGATGTTAAAGTGCTGC
189 GATGTA-AAATGCTGCAAATTGAAG-TGTTAAA-TGCTGT
* *
62378317 AAATTGAAGTGCTTAAA-TGCTGTAAATTGAAGTG-TTAAAGTGCTGCAAATTGAAGTGTTTGAA
1 AAATTGAAGTG-TTAAAGTGCTGCAAATTGAAGTGTTTAAA-TGCTGCAAATTGAAGTGTTTAAA
* * * * * *
62378380 TGCTGCAAATTGAAGTG-TTTAATGCTGTAAATTG-AGTGCTTAAATGTTGCAAATTGAAGTGTT
64 TGCTGTAAATTGAAGTGCTTAAATGCTGCAAATTGAAGTGTTTAAGTGCTGCAAATTGAAGTGTT
** * * * * ** *
62378443 TAACTACT--AAATTGAA-GTGTTTAGTTGCTGGACATTGAGATGT-TTTATCGCTGTAATTGAG
129 TAGTTGCTGGAAATTGAATGT-TTTA-TCGCTGTA-ATTGAGGTGTATAAAT-GTTGTAATTGAG
* * ** * *
62378504 GTGTATAAATGTTGTTAATTG-AGATGTAAAAGTGCTGC
190 ATGTA-AAATGCTGCAAATTGAAG-TGTTAAA-TGCTGT
* *
62378542 AAATTGAAGTGCTTAAA-TGCTGTAAATTGAAGTG-TTAAAGTGCTGCAAATTGAAGTGTTTGAA
1 AAATTGAAGTG-TTAAAGTGCTGCAAATTGAAGTGTTTAAA-TGCTGCAAATTGAAGTGTTTAAA
* * * * *
62378605 TGC--TAAATTGAAGT-TTTAAATGCTGTAAATTGAAGTGCTTAAATGTTGCAAATTGAAGTGTT
64 TGCTGTAAATTGAAGTGCTTAAATGCTGCAAATTGAAGTGTTTAAGTGCTGCAAATTGAAGTGTT
* * * * * * ** *
62378667 TAAG--ACTGAAAATTGTA-GTGTTTAGTTGCTGGACA-TGAGATGT-TTTATCGCTGTAATTGA
129 T-AGTTGCTGGAAATTGAATGT-TTTA-TCGCTGTA-ATTGAGGTGTATAAAT-GTTGTAATTGA
* * ** * *
62378727 GGTGTATAAATGTTGTTAATTG-AGATGTAAAAGTGCTGC
189 GATGTA-AAATGCTGCAAATTGAAG-TGTTAAA-TGCTGT
* * *
62378766 AAATTGAAGTGCTTAAA-TGCTGTAAATTGAAGTG---AAA-GTTGCAAATTGAAGTGTTTGAAT
1 AAATTGAAGTG-TTAAAGTGCTGCAAATTGAAGTGTTTAAATGCTGCAAATTGAAGTGTTTAAAT
* * * * * * *
62378826 GCTATAAATTGAAGTGTTTAAATGCTGTAAATTGATGTGCTTAAATGTTGCAAATTGAAGTGTTT
65 GCTGTAAATTGAAGTGCTTAAATGCTGCAAATTGAAGTGTTTAAGTGCTGCAAATTGAAGTGTTT
* * * * * ** *
62378891 AAG-TACTGCAAATTGAA-GTGTTTAGTTGCTGGACATTGAGATGT-TTTATCGCTGTAATTGAG
130 -AGTTGCTGGAAATTGAATGT-TTTA-TCGCTGTA-ATTGAGGTGTATAAAT-GTTGTAATTGAG
* ** *** * *
62378953 GTGTATAAATTTTTTTAATTG-AGATGTAAAAGTGCTGC
190 ATGTA-AAATGCTGCAAATTGAAG-TGTTAAA-TGCTGT
* * *
62378991 AAATTGAAGTGCTTAAA-TGCTGTAAATTGAAGTG-TTAAAGTGCTGCAGATTGAAGTGTTTGAA
1 AAATTGAAGTG-TTAAAGTGCTGCAAATTGAAGTGTTTAAA-TGCTGCAAATTGAAGTGTTTAAA
** * * * * *
62379054 TGCTACAAATTGAAGTGTTTAAATGCTGTAAATTGAAGTGCTTAAATGTTGCAAATTGAAGTGTT
64 TGCTGTAAATTGAAGTGCTTAAATGCTGCAAATTGAAGTGTTTAAGTGCTGCAAATTGAAGTGTT
* * * * * ** * *
62379119 TAATTGCTGCAAATTGAA-GTGTTTAGTTGCTGGACATTGAGATGT-TTTAT-CTGTAATTGAGG
129 TAGTTGCTGGAAATTGAATGT-TTTA-TCGCTGTA-ATTGAGGTGTATAAATGTTGTAATTGAGA
* ** *
62379181 TGTATAAATGTTGTTAATTG-AGATG-TAAAGTGCTGC
191 TGTA-AAATGCTGCAAATTGAAG-TGTTAAA-TGCTGT
* *
62379217 AAATT-AAGTGCTTAAA-TGCTGTAAATTGAAGTG--TAAAGTGCTGCAAATTGAAGTGTTTGAA
1 AAATTGAAGTG-TTAAAGTGCTGCAAATTGAAGTGTTTAAA-TGCTGCAAATTGAAGTGTTTAAA
* * * * *
62379278 TGCTGCAAATTGAAGT--TTAAATGCTG--AATTGAA-TGCTAAAATGTTGCAAA-TGAAGTGTT
64 TGCTGTAAATTGAAGTGCTTAAATGCTGCAAATTGAAGTGTTTAAGTGCTGCAAATTGAAGTGTT
62379337 GAAGTACAAA
Statistics
Matches: 8999, Mismatches: 567, Indels: 571
0.89 0.06 0.06
Matches are distributed among these distances:
213 146 0.02
214 35 0.00
215 22 0.00
216 17 0.00
217 190 0.02
218 515 0.06
219 93 0.01
220 52 0.01
221 46 0.01
222 339 0.04
223 256 0.03
224 757 0.08
225 625 0.07
226 614 0.07
227 970 0.11
228 585 0.07
229 3156 0.35
230 199 0.02
231 70 0.01
232 10 0.00
233 131 0.01
234 4 0.00
235 44 0.00
236 111 0.01
237 8 0.00
238 4 0.00
ACGTcount: A:0.32, C:0.07, G:0.24, T:0.37
Consensus pattern (225 bp):
AAATTGAAGTGTTAAAGTGCTGCAAATTGAAGTGTTTAAATGCTGCAAATTGAAGTGTTTAAATG
CTGTAAATTGAAGTGCTTAAATGCTGCAAATTGAAGTGTTTAAGTGCTGCAAATTGAAGTGTTTA
GTTGCTGGAAATTGAATGTTTTATCGCTGTAATTGAGGTGTATAAATGTTGTAATTGAGATGTAA
AATGCTGCAAATTGAAGTGTTAAATGCTGT
Found at i:62370017 original size:206 final size:204
Alignment explanation
Indices: 62369703--62378641 Score: 2503
Period size: 206 Copynumber: 43.6 Consensus size: 204
62369693 AGTGCCTAAG
* * * * *
62369703 TGCTGTAAATTGAAGTGTTAAAGTGTTGCAAATTGAAGTGTTTGAATGCTATAAATTGAAGTGTT
1 TGCTGTAAATTGAAATGTTAAAGTGCTGCAAATTGAAGTGCTTAAATGCTGTAAATTGAAGTGTT
* * * * * **
62369768 TAAATGCTGTAAATTGATGTGCTTAAATGTTGCAAATTGAAGTGTTTAAGTACTGCAAATTGAAG
66 TAAATGCTGCAAATTGAAGTGTTTAAATGCTGCAAATTGAAGTGTTTAAATGTTGCAAATTGAAG
* * * * * * ** *
62369833 TGTTTAGTTGCTGGACATTGAGATGTTTTATCGCTGTA-ATTGAGGTGTATAAAT-GTTGTTAAT
131 TGTTTAG-TACTGCAAATTGA-ATGTTTTATTGCTGGACATTGAGATGT-TTTATCGCTG-TAAT
*
62369896 TGAGATGTA-AAA
192 TGAGGTGTATAAA
* * * *
62369908 GTGCTGCAAATTGAAATGCTTAAA-TGCTGTAAATTGAAGTG-TTAAAGTGCTGCAAATTAAAGT
1 -TGCTGTAAATTGAAATG-TTAAAGTGCTGCAAATTGAAGTGCTTAAA-TGCTGTAAATTGAAGT
* * *
62369971 GTTTGAATGCTGCAAATTGAAGTGTTTAAATGCTGTAAATTGAAGTGCTTAAATGTTGCAAATTG
63 GTTTAAATGCTGCAAATTGAAGTGTTTAAATGCTGCAAATTGAAGTGTTTAAATGTTGCAAATTG
* * * *
62370036 AAGTGTTTAACTACTGTAAATTAAAGTGTTTTGTTGCTGGACATTGAGATGTTTTATCGCTGTAA
128 AAGTGTTT-AGTACTGCAAATTGAA-TGTTTTATTGCTGGACATTGAGATGTTTTATCGCTGTAA
62370101 TTGAGGTGTATAAA
191 TTGAGGTGTATAAA
* * *
62370115 TGTTGTTAATTGAGATGTTAAAGTGCTGCAAATTGAAGCT-CTTAAATGCTGTAAATTGAAGTGT
1 TGCTGTAAATTGAAATGTTAAAGTGCTGCAAATTGAAG-TGCTTAAATGCTGTAAATTGAAGTGT
* ** * * * *
62370179 TTGAATGCTATAAATTGAAGTGTTTAAATGCTGTAAATTGATGTGGTTAAATGTTGCAAATTAAA
65 TTAAATGCTGCAAATTGAAGTGTTTAAATGCTGCAAATTGAAGTGTTTAAATGTTGCAAATTGAA
* *
62370244 GTTTTTAAGTACAGCAAATTGAA-GTGTTTAGTTGCTGGACATTGAGATGTTTTATCGCTGTAAT
130 GTGTTT-AGTACTGCAAATTGAATGT-TTTA-TTGCTGGACATTGAGATGTTTTATCGCTGTAAT
62370308 TGAGGTGTATAAA
192 TGAGGTGTATAAA
* * * *
62370321 TGTTGTTAATTGAGATGTAAAAGTGCTGCAAATTGAAGTGCTTAAATGCTGTAAATTGAAGTG-T
1 TGCTGTAAATTGAAATGTTAAAGTGCTGCAAATTGAAGTGCTTAAATGCTGTAAATTGAAGTGTT
* * **
62370385 TAAAGTGCTGCAAATTGAAGTGTTTGAATGCTGCAAATTGAAGTGTTTAAATGCTATAAATTGAA
66 TAAA-TGCTGCAAATTGAAGTGTTTAAATGCTGCAAATTGAAGTGTTTAAATGTTGCAAATTGAA
* * * ** ** * * * *
62370450 GTACTTAAATGTTGCAAATTGAA-GTGTTTAAGGACTGAAAATTGTAG-TG-TTTAGTTGCTGGA
130 GT-GTTTAGTACTGCAAATTGAATGT-TTTATTG-CTGGACATTG-AGATGTTTTA-TCGCTGTA
* * **
62370512 CATAGAGATGT-TTTA
190 -ATTGAGGTGTATAAA
* ** * ** * * *
62370527 TCGCTAT-AATTGAGGTGTATAAA-TGTTGTTAATTG-AGATG-TAAAAGTTCTGCAAATTGAAG
1 T-GCTGTAAATTGAAATGT-TAAAGTGCTGCAAATTGAAG-TGCTTAAA-TGCTGTAAATTGAAG
* * * * *
62370588 TGCTTAAATGCTGTAAATTGAAGTG-TGAAAGTGCTGCAAATTGAAGTGTTTGAATGCTGCAAAT
62 TGTTTAAATGCTGCAAATTGAAGTGTTTAAA-TGCTGCAAATTGAAGTGTTTAAATGTTGCAAAT
* * ** * * * *
62370652 TGAAGTGTTTGAATGCTGCAAATTGAAGTGTTAAAGTGCTGCAAATTGA-AGTGTTTGAAT-GCT
126 TGAAGTGTTT-AGTACTGCAAATTGAA-TGTTTTATTGCTGGACATTGAGA-TGTTT-TATCGCT
* * * *
62370715 GCAAATTCAAGTGTTTAAA
187 G-TAATTGAGGTGTATAAA
* * * * *
62370734 TGCTGTAAATTGAATTGCTTAAAAGT--TGCAAATTGAAGTG-TTTAAGGACTGAAAATTGTAGT
1 TGCTGTAAATTGAAATG-TT-AAAGTGCTGCAAATTGAAGTGCTTAAATG-CTGTAAATTGAAGT
** * * * * * * * ***
62370796 GTTTAGTTGCTGGACA-TGGAGATGTTT-TATCGCTG-TAATTGAGGTGTATAAATGTTTTTAAT
63 GTTTAAATGCTGCAAATTGAAG-TGTTTAAAT-GCTGCAAATTGAAGTGTTTAAATGTTGCAAAT
*** * * * * * * **
62370858 TGAGACGT-AAAAGTGCTGCAAATTGAAGTGCTTAAATGCTGTAAATTGA-AGTGTTAAAGT-GC
126 TGA-A-GTGTTTAGTACTGCAAATTGAA-TGTTTTATTGCTGGACATTGAGA-TGTTTTA-TCGC
* * * *
62370920 TGCAAATTGAAGTGTTTGAA
186 TG-TAATTGAGGTGTATAAA
* * * * *
62370940 TGCTGCAAATTGAAGTGTTTAAA-TGCTGTAAATTGAAGTGCTTAAATGTTGCAAATTGAAGTGT
1 TGCTGTAAATTGAAATG-TTAAAGTGCTGCAAATTGAAGTGCTTAAATGCTGTAAATTGAAGTGT
* * * * ** * * *
62371004 TT-AAGGACCGAAAATTGTAGTGTTTAGTTGCTGGACATGGAGATGTTTTATCGCTGTATAAATG
65 TTAAATG-CTGCAAATTGAAGTGTTTAAATGCT-G-CA---A-A---TTGA-AG-TGTTTAAATG
** ** ** * * * *
62371068 TTGTTAATTG-AGATGTAAAAGTACTGCAAATTGAAGTGCCTAAGTGCTGTAAATTGA-AGTGTT
118 TTGCAAATTGAAG-TGT-TTAGTACTGCAAATTGAA-TGTTTTATTGCTGGACATTGAGA-TGTT
** * * * * *
62371131 AAAGT-GTTGCAAATTGAAGTGTTTGAA
179 TTA-TCGCTG-TAATTGAGGTGTATAAA
* * * * * *
62371158 TGCTATAAATTGAAGTGTTTAAA-TGCTGTAAATTGATGTGCTTAAATGTTGCAAATTGAAGTGT
1 TGCTGTAAATTGAAATG-TTAAAGTGCTGCAAATTGAAGTGCTTAAATGCTGTAAATTGAAGTGT
* * ** * * *
62371222 TTAAGTACTGCAAATTG-AGTGTTTAGTTGCTGGACATTG-AGATGTTT-TATCGCTT---AATT
65 TTAAATGCTGCAAATTGAAGTGTTTAAATGCTGCAAATTGAAG-TGTTTAAAT-G-TTGCAAATT
* * * ** ** *** * * * * **
62371281 GAGGTGTATAAATGTTGTTAATTGAGATGTAAAAGTGCTGCAAATTGAAATGCTTAAAT-GCTGT
127 GAAGTGT-TTAGTACTGCAAATTGA-ATGTTTTATTGCTGGACATTGAGATG-TTTTATCGCTGT
*
62371345 AAATTGAAGTGT-TAAA
189 -AATTGAGGTGTATAAA
* * * *
62371361 GTGCTGCAAATT-AAAGTTCTTAAA-TGCTGTAAATTGAAGTG-TTAAAGTGCTGCAAATTGAAG
1 -TGCTGTAAATTGAAA--TGTTAAAGTGCTGCAAATTGAAGTGCTTAAA-TGCTGTAAATTGAAG
* ** * * * *
62371423 TGTTTGAATGCTATAAATTGAAGTTTTTAAATGCTGTAAATTGAAGTGCTTAAATGTTTCAAATT
62 TGTTTAAATGCTGCAAATTGAAGTGTTTAAATGCTGCAAATTGAAGTGTTTAAATGTTGCAAATT
* * * * *
62371488 GAAGTGTTTAAGGACTGAAAATTGTA-GTGTTTAGTTGCTGGACATGGAGATGTTTTATCGTTGT
127 GAAGTGTTT-AGTACTGCAAATTGAATGT-TTTA-TTGCTGGACATTGAGATGTTTTATCGCTGT
62371552 AATTGAGGTGTATAAA
189 AATTGAGGTGTATAAA
* * * *
62371568 TGTTGTTAATTGAGATGTAAAAGTGCTGCAAATTGAAGTGCTTAAATGCTGTAAATTGAAGTG-T
1 TGCTGTAAATTGAAATGTTAAAGTGCTGCAAATTGAAGTGCTTAAATGCTGTAAATTGAAGTGTT
* * ** * * *
62371632 TAAAGTGCTGCAAATTTAAGTGTTTGAATGCTATAAATTGAAGTGTTTAAATGCTGTAAATTGAT
66 TAAA-TGCTGCAAATTGAAGTGTTTAAATGCTGCAAATTGAAGTGTTTAAATGTTGCAAATTGAA
* * ** * * * * * * * *
62371697 GTGCTTAAATGTTTCAAATTGAAGTGTTTAAGTACTGCAAATTGA-A-GTGTTTAGTTGCTGGAC
130 GTG-TTTAGTACTGCAAATTGAA-TGTTTTATTGCTGGACATTGAGATGT-TTTA-TCGCTGTA-
* **
62371760 ATTGAGATGT-TTTA
190 ATTGAGGTGTATAAA
** * ** **
62371774 TCGCTGT-AATTGAGGTGTATAAA-TGTTGTTAATTG-AGAT--TTAAAAGTGCTCCAAATTGAA
1 T-GCTGTAAATTGAAATGT-TAAAGTGCTGCAAATTGAAG-TGCTT-AAA-TGCTGTAAATTGAA
* ** * *
62371834 GTGCTTAAATGCTTTAAATTGAAGTG-TTAAAGTGCTGCAAATTGAAGTGTTTGAATGCTGCAAA
61 GTGTTTAAATGCTGCAAATTGAAGTGTTTAAA-TGCTGCAAATTGAAGTGTTTAAATGTTGCAAA
* * * * * * * * * * **
62371898 TTCAAGTGTTTAAATGCTGTAAATTGAATTGCTTAAATGTTGCAAATTGA-A-GTGTTTAAGGAC
125 TTGAAGTGTTT-AGTACTGCAAATTGAA-TGTTTTATTGCTGGACATTGAGATGT-TTTATCG-C
* * **
62371961 TGAAAATTGTA-GTGTTTAGT
186 TG-TAATTG-AGGTGTATAAA
* * * * ** * * * * ** *
62371981 TGCTGGACATGGAGATGTTTTA-TCGCTG-TAATTGAGGTG-TATAAATGTTTTTTATTG-AGAC
1 TGCTGTAAATTGAAATGTTAAAGT-GCTGCAAATTGAAGTGCT-TAAATGCTGTAAATTGAAG-T
* * * *
62372042 G-TAAAAGTGCTGCAAATTGAAGTGCTTAAATGCTGTAAATTGAAGTG-TTAAAGTGCTGCAAAT
63 GTTTAAA-TGCTGCAAATTGAAGTGTTTAAATGCTGCAAATTGAAGTGTTTAAA-TGTTGCAAAT
* * ** * * ** * ** *
62372105 TGAAGTATTTGAATGA-TATAAATTGAAGTGTTTAAATGCTATAAATTGATG-TGCTTAAAT-GT
126 TGAAGTGTTT-AGT-ACTGCAAATTGAA-TGTTTTATTGCTGGACATTGA-GATG-TTTTATCGC
* * * ***
62372167 TGCAAATTGAAGTGTTTCGT
186 TG-TAATTGAGGTGTATAAA
* * * * ** * * *
62372187 TACTGGATATTGAGATGTTTTA-TCGCTG-TAATTGAGGTG-TTAAAATGTTGTTATTGAGATGT
1 TGCTGTAAATTGAAATGTTAAAGT-GCTGCAAATTGAAGTGCTT-AAATGCTG-TA---A-AT-T
* * * * *
62372249 AAAAGTGTTGCAAAAT--TGCAAATTAAAGTGTTTAAATGCTGTAAATTGAAGTGCTTAAATGTT
58 -GAAGTGTT--TAAATGCTGCAAATTGAAGTGTTTAAATGCTGCAAATTGAAGTGTTTAAATGTT
*
62372312 GCAAATTGAAGTGTTTAAGTACTGTAAATTGAA-GTGTTTAGTTGCTGGACATTGAGATGTTTTA
120 GCAAATTGAAGTGTTT-AGTACTGCAAATTGAATGT-TTTA-TTGCTGGACATTGAGATGTTTTA
* * *
62372376 CCGCAGTAATTTAGGTGTATAAA
182 TCGCTGTAATTGAGGTGTATAAA
* * * *
62372399 TGTTGTTAATTGAGATGTAAAAGTGCTGCAAATTGAAGTGCTTAAATGCTGTAAATTGAAGTG-T
1 TGCTGTAAATTGAAATGTTAAAGTGCTGCAAATTGAAGTGCTTAAATGCTGTAAATTGAAGTGTT
* * * * ** *
62372463 TAAAGTGCTGCAGATTGAAGTGTTTGAATGCTACAAATTGAAGTGTTTAAATGCTATAAATTGAT
66 TAAA-TGCTGCAAATTGAAGTGTTTAAATGCTGCAAATTGAAGTGTTTAAATGTTGCAAATTGAA
* * ** * * * * * * *
62372528 GTGCTTAAATGTTGCAAATTGAAGTGTTTAAGTACTGCAAATTGA-A-GTGTTTAGTTGCTGGAC
130 GTG-TTTAGTACTGCAAATTGAA-TGTTTTATTGCTGGACATTGAGATGT-TTTA-TCGCTGTA-
* **
62372591 ATTGAGATGT-TTTA
190 ATTGAGGTGTATAAA
** * ** * *
62372605 TCGCTGT-AATTGAGGTGTATAAA-TGTTGTTAATTG-AGATG-TAAAAGTGCTGCAAATTGAAG
1 T-GCTGTAAATTGAAATGT-TAAAGTGCTGCAAATTGAAG-TGCTTAAA-TGCTGTAAATTGAAG
* * * * *
62372666 TGCTTAAATGCTGTAAATTGAAGTG-TTAAAGTGTTGCAAATTGAAGTGTTTGAATGCTGCAAAT
62 TGTTTAAATGCTGCAAATTGAAGTGTTTAAA-TGCTGCAAATTGAAGTGTTTAAATGTTGCAAAT
* * * * * * * * * * * *
62372730 TAAAGTGTCTAAATGA-TGTAAATTGAAGTGCTTAAATGTTGCAAATTGA-AGTGTTTAAGT-AC
126 TGAAGTGT-TTAGT-ACTGCAAATTGAA-TGTTTTATTGCTGGACATTGAGA-TGTTTTA-TCGC
* * * **
62372792 TGCAAATTGAAGTGTTTAGT
186 TG-TAATTGAGGTGTATAAA
* * * ** * * * * *
62372812 TGCTGGACATTGAGATGTTTTA-TCGCTG-TAATTGAGGTG-TGCAAATGTTGTTAATTG-AGAT
1 TGCTGTAAATTGAAATGTTAAAGT-GCTGCAAATTGAAGTGCT-TAAATGCTGTAAATTGAAG-T
* * * *
62372873 G-TAAAAGTGCTGCAAATTGAAGTGCTTAAATGCTGTAAATTGAAGTG-TTAAAGTGCTGCAAAT
63 GTTTAAA-TGCTGCAAATTGAAGTGTTTAAATGCTGCAAATTGAAGTGTTTAAA-TGTTGCAAAT
* ** * * ** * ** *
62372936 TGAAGTGTTTGAATGGTGCAAATTGAAGTGTTTAAATGCTATAAATTGA-AGTGCTTAAAT-GTT
126 TGAAGTGTTT-AGTACTGCAAATTGAA-TGTTTTATTGCTGGACATTGAGA-TG-TTTTATCGCT
* * * *
62372999 GCAAATTGAAGTGTTTAAC
187 G-TAATTGAGGTGTATAAA
* * * * * * ** *
62373018 TACTCTAAATT-AAAGTGTT-TAGTTGCTGGACA-TGGAGATG-TTTTATCGCTGT-AATTGAGG
1 TGCTGTAAATTGAAA-TGTTAAAG-TGCTGCAAATTGAAG-TGCTTAAAT-GCTGTAAATTGAAG
* * * * *
62373078 TGTATAAATGTTG----TT-AA-----TAAAGTGCTGCAAATTGAA--GCTTAAATGCTGTAAAT
62 TGTTTAAATGCTGCAAATTGAAGTGTTTAAA-TGCTGCAAATTGAAGTGTTTAAATGTTGCAAAT
* * * * * *
62373131 TGAAGTGTTAAAGTGCTGCAAATTGAAGTGTTTGAATGCTGCAAATTGA-A-GTTTTAAAT-GCT
126 TGAAGTGTT-TAGTACTGCAAATTGAA-TGTTTTATTGCTGGACATTGAGATGTTTT--ATCGCT
* *
62373193 ATAAATTGAAGTGCT-TAAA
187 GT-AATTGAGGTG-TATAAA
* * * * * * ** * *
62373212 TGTTGCAAATTGAAGTGTTTAAG-G--ACAAATT-AAGTGTTTAGTTGCTGGACATTG-AGATGT
1 TGCTGTAAATTGAAATGTTAAAGTGCTGCAAATTGAAGTGCTTAAATGCTGTAAATTGAAG-TGT
* * * * * ** * *
62373272 TT-TATCGCTG-TAATTGAGGTGTATAAATGTTGTTAATTG-AGATG-TAAAAGTGCTGCAAATT
65 TTAAAT-GCTGCAAATTGAAGTGTTTAAATGCTGCAAATTGAAG-TGTTTAAA-TGTTGCAAATT
* * * * ** * * * * *
62373333 GAAGTGCTTAAATGCTGTAAATTGAAGTGTTAAAGTGCTGCAAATTGA-AGTGTTTGAAT-GCTA
127 GAAGTG-TTTAGTACTGCAAATTGAA-TGTTTTATTGCTGGACATTGAGA-TGTTT-TATCGCTG
* *
62373396 TAAATTGAAGTGTTTAAA
188 T-AATTGAGGTGTATAAA
** * * * * *
62373414 TGCTGTAAATTGATGTGCTTAAA-TGTTGCAAATTGAAGTGTTTAAGTACTGCAAATTGAAGTGT
1 TGCTGTAAATTGAAATG-TTAAAGTGCTGCAAATTGAAGTGCTTAAATGCTGTAAATTGAAGTGT
** * * * * * * **
62373478 TTAGTTGCTGGACATTG-AGATGTTT-TATCGCTG-TAATTGAGGTGTATAAATGTTGTTAATTG
65 TTAAATGCTGCAAATTGAAG-TGTTTAAAT-GCTGCAAATTGAAGTGTTTAAATGTTGCAAATTG
** * * * * * * **
62373540 -AGATGTAAAAGTGCTGCAAATTGAAGTGCTTAAATGCTGTAAATTGA-AGTGTTAAAGT-GCTG
128 AAG-TGT-TTAGTACTGCAAATTGAA-TGTTTTATTGCTGGACATTGAGA-TGTTTTA-TCGCTG
* * * *
62373602 CAAATTGAAGTGTTTGAA
188 -TAATTGAGGTGTATAAA
* * * * *
62373620 TGCTGCAAATT-AAAGTGTTTAAA-TGTTGTAAATTGAAGTGCTTAAATGTTGCAAATTGAAGTG
1 TGCTGTAAATTGAAA-TG-TTAAAGTGCTGCAAATTGAAGTGCTTAAATGCTGTAAATTGAAGTG
* * ** * * * * *
62373683 TTTAAGTACTGCAAATTGAAGTGTTTAGTTGCTGGACATTG-AGATGTTT-TATCGCTG-TAATT
64 TTTAAATGCTGCAAATTGAAGTGTTTAAATGCTGCAAATTGAAG-TGTTTAAAT-GTTGCAAATT
* * * ** *** *** * * * **
62373745 GAGGTGTATAAATTTTTTTAATTGAGATGTAAAAGTGCTGCAAATTGA-AGTGCTTAAAT-GCTG
127 GAAGTGT-TTAGTACTGCAAATTGA-ATGTTTTATTGCTGGACATTGAGA-TG-TTTTATCGCTG
*
62373808 TAAATTGAAGTGT-TAAA
188 T-AATTGAGGTGTATAAA
* * * *
62373825 GTGCTGCAAATTGAAGTGTT----TGAATGCAAATTGAAGTGTTTAAATGCTGTAAATTGAAGTG
1 -TGCTGTAAATTGAAATGTTAAAGTG-CTGCAAATTGAAGTGCTTAAATGCTGTAAATTGAAGTG
* * * * ** * * *
62373886 CTTAAATGTTGCAAATTGAAGTGTTTAACTACT-CAAATT-AAGTGTTTAGTTGCTGGACATTG-
64 TTTAAATGCTGCAAATTGAAGTGTTTAAATGCTGCAAATTGAAGTGTTTAAATGTTGCAAATTGA
* * * * * * * * * **
62373948 AGATGTTTTA-TCGCTG-TAATTGAGGTGTATAAATGTTGTTA-ATTGAGATG--TAAAAGTCTG
129 AG-TG-TTTAGT-ACTGCAAATTGA-ATGTTTTATTGCTG-GACATTGAGATGTTTTATCG-CTG
* *
62374008 CAAATTGAAGTGCT-TAAA
188 -TAATTGAGGTG-TATAAA
* * * *
62374026 TGCTGTAAATTGAAGTGTTAAAGTGCTGCAAATTGAAGTGTTTGAATGCTGCAAATTGAAGTGTT
1 TGCTGTAAATTGAAATGTTAAAGTGCTGCAAATTGAAGTGCTTAAATGCTGTAAATTGAAGTGTT
* * * * *
62374091 TAAATGCTGTAAATTGAAGTGCTTAAATGTTGCAAATTGAAGTGTTT-AA-GACTGAAAATTGAA
66 TAAATGCTGCAAATTGAAGTGTTTAAATGCTGCAAATTGAAGTGTTTAAATG-TTGCAAATTGAA
* * * * * * * *
62374154 GTGTTTAGTTGCTGGACATGGAGATGTTTTATCGCTGTATA-T-AAATG---T-T-G-T-TAATT
130 GTGTTTAG-TACTGCAAATTGA-ATGTTTTATTGCTGGACATTGAGATGTTTTATCGCTGTAATT
*
62374210 GAGATGTA-AAA
193 GAGGTGTATAAA
* * * * *
62374221 GTGCTGCAAATTGAAGTGCTTAAA-TGCTGTAAATTGAAGTG-TTAAAGTGTTGCAAATTGAAGT
1 -TGCTGTAAATTGAAATG-TTAAAGTGCTGCAAATTGAAGTGCTTAAA-TGCTGTAAATTGAAGT
* * * *
62374284 GTTTGAATGCT--AAATTGAAGTGTTTAAATGCTGTAAATTGATGTGCTTAAATGTTGCAAATTG
63 GTTTAAATGCTGCAAATTGAAGTGTTTAAATGCTGCAAATTGAAGTGTTTAAATGTTGCAAATTG
62374347 AAGTGTTTAAGTACTGCAAATTGAA-GTGTTTAGTTGCTGGACATTGAGATGTTTTATCGCTGTA
128 AAGTGTTT-AGTACTGCAAATTGAATGT-TTTA-TTGCTGGACATTGAGATGTTTTATCGCTGTA
62374411 ATTGAGGTGTATAAA
190 ATTGAGGTGTATAAA
** * *
62374426 TAATTGTTAATGTGAATTAGTTAAA-TGCTG-AAATTGAAGTGCTGCTTAAATGCTGTAAATTGA
1 T-GCTGTAAAT-TGAAAT-GTTAAAGTGCTGCAAATTGAA--G-TGCTTAAATGCTGTAAATTGA
* ** * *
62374489 AGTG-TTAAAGTGCTGCAAATTGAAGTGTTTGAATGCTATAAATTGAAGTGTTTAAATGCTGTAA
60 AGTGTTTAAA-TGCTGCAAATTGAAGTGTTTAAATGCTGCAAATTGAAGTGTTTAAATGTTGCAA
* * ** * * * * * *
62374553 ATTGAAGTGCTTAAATGTTGCAAATTGAAGTGTTTAAGTACTGAAAATTGA-A-GTGTTTAGTTG
124 ATTGAAGTG-TTTAGTACTGCAAATTGAA-TGTTTTATTGCTGGACATTGAGATGT-TTTA-TCG
* * **
62374616 CTGGACATTGAGATGT-TTTA
185 CTGTA-ATTGAGGTGTATAAA
** * ** * *
62374636 TCGCTGT-AATTGAGGTGTATAAA-TGTTGTTAATTG-A--GATTAAAGTGCTGCAAATTGAAGT
1 T-GCTGTAAATTGAAATGT-TAAAGTGCTGCAAATTGAAGTGCTTAAA-TGCTGTAAATTGAAGT
* * * * **
62374696 GCTTAAATGCTGTAAATTGAAGTG-TTAAAGTGCTGCAAATTGAAGTGTTTGAATGCTATAAATT
63 GTTTAAATGCTGCAAATTGAAGTGTTTAAA-TGCTGCAAATTGAAGTGTTTAAATGTTGCAAATT
* * * * * * * * * *
62374760 GAAGTGTTTAAATGCTGTAAATTG-ATGTGCTTAAATGTTGCAAATTGA-AGTGTTTAAGT-ACT
127 GAAGTGTTT-AGTACTGCAAATTGAATGT--TTTATTGCTGGACATTGAGA-TGTTTTA-TCGCT
* * * **
62374822 GCAAATTGAAGTGTTTAGT
187 G-TAATTGAGGTGTATAAA
* * * ** * * * *
62374841 TGCTGGACATTGAGAT-TTTTA-TCGCTG-TAATTGAGGTG-TATAAATGTTGTTAATTG-AGAT
1 TGCTGTAAATTGAAATGTTAAAGT-GCTGCAAATTGAAGTGCT-TAAATGCTGTAAATTGAAG-T
* * * *
62374901 G-TAAAAGTGCTGCAAATTGAAGTGCTTAAATGCTGTAAATTGAAGTG-TTAAAGTGCTGCAAAT
63 GTTTAAA-TGCTGCAAATTGAAGTGTTTAAATGCTGCAAATTGAAGTGTTTAAA-TGTTGCAAAT
* * * * * * ** *
62374964 TGAAGTGTTTGAATGCTGCAAATT-AAGTGTTTAAATGCTGTAAATTGAG-TGCTTAAAT-GTTG
126 TGAAGTGTTT-AGTACTGCAAATTGAA-TGTTTTATTGCTGGACATTGAGATG-TTTTATCGCTG
* * * *
62375026 CAAATTGAAGTGTTTAAG
188 -TAATTGAGGTGTATAAA
* * * * * * * ** *
62375044 TACTGAAAATTGTAGTGTT-TAGTTGCTGGACA-TG-AGATG-TTTTATCGCTGT-AATTGAGGT
1 TGCTGTAAATTGAAATGTTAAAG-TGCTGCAAATTGAAG-TGCTTAAAT-GCTGTAAATTGAAGT
* * ** * * * *
62375104 GTATAAATGTTTGTTAATTG-AGATG-TAAAAGTGCTGCAAATTGAAGTGCTTAAATGCTGTAAA
63 GTTTAAATG-CTGCAAATTGAAG-TGTTTAAA-TGCTGCAAATTGAAGTGTTTAAATGTTGCAAA
* * * * * * *
62375167 TTGAAGTGTTAAAGTGCTGCAAATTGAAGTGTTTGAATGCTGCAAATTGA-AGTGTTTAAAT-GC
125 TTGAAGTGTT-TAGTACTGCAAATTGAA-TGTTTTATTGCTGGACATTGAGA-TGTTT-TATCGC
*
62375230 TGTAAATTGAAGTGCT-TAAA
186 TGT-AATTGAGGTG-TATAAA
* * * * * * * * ** * * *
62375250 TGTTGCAAATTGAAGTGTTTAAG-AC-GAAAATT-TAGTGTTTAGTTGCTGGACATTGGAGATGT
1 TGCTGTAAATTGAAATGTTAAAGTGCTGCAAATTGAAGTGCTTAAATGCTGTAAATTGAAG-TGT
* * * * * * * *
62375312 TT-TATCGCTGTATATAATGTTGTTAATTGAGATGTAAAAGTTGCAAATTGAAGTG-CTAAATGC
65 TTAAAT-GCTG--CA-AA--TTG--AA--GTG-TTTAAATGCTGCAAATTGAAGTGTTTAAATGT
* * * * * ** *
62375375 TGTAAATTGAAGTGTTAAAGT-TTGCAAATTGAAGTGTTTGAATGCTATAAATTGA-AGTGTTTA
119 TGCAAATTGAAGTGTT-TAGTACTGCAAATTGAA-TGTTTTATTGCTGGACATTGAGA-TGTTT-
* *
62375438 AAT-GCTGTAAATTGATGTGCT-TAAA
180 TATCGCTGT-AATTGAGGTG-TATAAA
* * * * * * ** * * *
62375463 TGTTGCAAATTGAAGTGTTTAAGTACTGCAAATTGAAAGTGTTTAGTTGTTGGACATTG-AGATG
1 TGCTGTAAATTGAAATGTTAAAGTGCTGCAAATTG-AAGTGCTTAAATGCTGTAAATTGAAG-TG
* * * * * ** * *
62375527 TTT-TATCGCTG-TAATTGAGGTGTATAAATGTTGTTAATTG-AGATG-TAAAAGTGCTGCAAAT
64 TTTAAAT-GCTGCAAATTGAAGTGTTTAAATGCTGCAAATTGAAG-TGTTTAAA-TGTTGCAAAT
* * * * * ** * * * *
62375588 TGAAATGCTTAAATGCTGTAAATTGAAGTGTTAAAGTGCTGCAAATT-A-AAGTTCTTAAAT-GC
126 TGAAGTG-TTTAGTACTGCAAATTGAA-TGTTTTATTGCTGGACATTGAGATGTT-TT--ATCGC
*
62375650 TGTAAATTGAAGTGT-TAAA
186 TGT-AATTGAGGTGTATAAA
* * * **
62375669 GTGCTGCAAATTGAAGTGTTTGAA-TGCT--AAATTGAAGTTTTTAAATGCTGTAAATTGAAGTG
1 -TGCTGTAAATTGAAATG-TTAAAGTGCTGCAAATTGAAGTGCTTAAATGCTGTAAATTGAAGTG
* * * * ** * * *
62375731 CTTAAATGTTTGCAAATTGAAGTGTTT-AA-GACT-AAAATTGTAGTGTTTAGTTGCTGGACA-T
64 TTTAAATG-CTGCAAATTGAAGTGTTTAAATG-CTGCAAATTGAAGTGTTTAAATGTTGCAAATT
* * * * * * * * ***
62375792 GGAGATGTTT--TATCTG-TAATTGAGGTGTATAAATGTTGTTA-ATTGAGATGTAAAAGT-GCT
127 GAAG-TGTTTAGTA-CTGCAAATTGA-ATGTTTTATTGCTG-GACATTGAGATGTTTTA-TCGCT
* *
62375852 GCAAATTGAAGTGCT-TAAA
187 G-TAATTGAGGTG-TATAAA
* * * * *
62375871 TGCTGTAAATTGAAGTGTTAAAGTGCTGCAAATTTAAGTGTTTGAATGCTATAAATTGAAGTGTT
1 TGCTGTAAATTGAAATGTTAAAGTGCTGCAAATTGAAGTGCTTAAATGCTGTAAATTGAAGTGTT
* * * * * * **
62375936 TAAATGCTGTAAATTGATGTGCTTAAATGTTTCAAATTGAAGTGTTTAAGTACTGCAAATTGAAG
66 TAAATGCTGCAAATTGAAGTGTTTAAATGCTGCAAATTGAAGTGTTTAAATGTTGCAAATTGAAG
* * * * * * ** *
62376001 TGTTTAGTTGCTGGACATTGAGATGTTTTATCGCTGTA-ATTGAGGTGTATAAAT-GTTGTTAAT
131 TGTTTAG-TACTGCAAATTGA-ATGTTTTATTGCTGGACATTGAGATGT-TTTATCGCTG-TAAT
*
62376064 TGAGATGTA-AAA
192 TGAGGTGTATAAA
* * * *
62376076 GTGCTGCAAATTGAAGTGCTTAAA-TGCTGTAAATTGAAGTG-TTAAAGTGCTGCAAATTGAAGT
1 -TGCTGTAAATTGAAATG-TTAAAGTGCTGCAAATTGAAGTGCTTAAA-TGCTGTAAATTGAAGT
* * * * *
62376139 GTTTGAATGCTGCAAATTCAAGTGTTTAAATGCTGTAAATTGAATTGCTTAAATGTTGCAAATTG
63 GTTTAAATGCTGCAAATTGAAGTGTTTAAATGCTGCAAATTGAAGTGTTTAAATGTTGCAAATTG
*
62376204 AAGTGTTTAAGGTACTGAAAATTGAA-GTGTTTAGTTGCTGGACA-TGAGATGTTTTATCGCTGT
128 AAGTGTTT-A-GTACTGCAAATTGAATGT-TTTA-TTGCTGGACATTGAGATGTTTTATCGCTGT
62376267 AATTGAGGTGTATAAA
189 AATTGAGGTGTATAAA
* * * *
62376283 TGTTGTTAATTGAGA--TAAAAGTGCTGCAAATTGAAGTGCTTAAATGCTGTAAATTGAAGTG-T
1 TGCTGTAAATTGAAATGTTAAAGTGCTGCAAATTGAAGTGCTTAAATGCTGTAAATTGAAGTGTT
* ** * ** *
62376345 TAAAGTGCTGCAAATTGAAGTGTTTGAATGCTATAAATTGAAGTGTTTAAATGCTATAAATTGAT
66 TAAA-TGCTGCAAATTGAAGTGTTTAAATGCTGCAAATTGAAGTGTTTAAATGTTGCAAATTGAA
* * ** ** * *
62376410 GTGCTTAAATGTTGCAAATTGAAGTGTTTCGTTACTGGATATTGAGATGTTTTATCGCTGTAATT
130 GTG-TTTAGTACTGCAAATTGAA-TGTTTTATTGCTGGACATTGAGATGTTTTATCGCTGTAATT
62376475 GAGGTGTATAAA
193 GAGGTGTATAAA
* * * *
62376487 TGTTGTTAATTGAGATGTAAAAGTGCTGCAAATTGAAGTGCTTAAATGCTGTAAATTGAAGTG-T
1 TGCTGTAAATTGAAATGTTAAAGTGCTGCAAATTGAAGTGCTTAAATGCTGTAAATTGAAGTGTT
* * *
62376551 TAAAGTGCTGCAAATTGAAGTGTTTGAATGCTGCAAATTGAAGTGTTTAAATGCTGTAAATTGAA
66 TAAA-TGCTGCAAATTGAAGTGTTTAAATGCTGCAAATTGAAGTGTTTAAATGTTGCAAATTGAA
* * ** * * * * * *
62376616 GTGCTTAAATGTTGCAAATTGAAGTGTTTAAGTACT-GAAATTGA-A-GTGTTTAGTTGCTGGAC
130 GTG-TTTAGTACTGCAAATTGAA-TGTTTTATTGCTGGACATTGAGATGT-TTTA-TCGCTGTA-
* *
62376678 ATTGAGAT-T-T-TA
190 ATTGAGGTGTATAAA
* ** * ** * *
62376690 CGCTGT-AATTGAGGTGTATAAA-TGTTGTTAATTG-AGATG-TAAAAGTGCTGCAAATTGAAGT
1 TGCTGTAAATTGAAATGT-TAAAGTGCTGCAAATTGAAG-TGCTTAAA-TGCTGTAAATTGAAGT
* * * * *
62376751 GCTTAAATGCTGTAAATTGAAGTG-TTAAA-G-TGCAAATTGAAGTGTTTGAATGCTACAAATTG
63 GTTTAAATGCTGCAAATTGAAGTGTTTAAATGCTGCAAATTGAAGTGTTTAAATGTTGCAAATTG
* * * * * * * * * * * * *
62376813 AAGTGTTTAAATGCTGTAAATTGAGTGCTTAAATGTTGCAAATTGA-AGTGTTTAAGT-ACTGCA
128 AAGTGTTT-AGTACTGCAAATTGAATGTTTTATTGCTGGACATTGAGA-TGTTTTA-TCGCTG-T
* * **
62376876 AATTGAAGTGTTTAGT
189 AATTGAGGTGTATAAA
* * * ** * * *
62376892 TGCTGGACATTGGAGATGTTTTA-T-CTG-TAATTG-AGTTG-TATAAATGTTGTTAATTG-AGA
1 TGCTGTAAATT-GAAATGTTAAAGTGCTGCAAATTGAAG-TGCT-TAAATGCTGTAAATTGAAG-
* * *
62376951 TG-TAAAAGTGCTGCAAATTGAAGTGCTTAAATGCTGTAAATTGAAGTG-TTAAAGTGTTGCAAA
62 TGTTTAAA-TGCTGCAAATTGAAGTGTTTAAATGCTGCAAATTGAAGTGTTTAAA-TGTTGCAAA
* * * * * * ** *
62377014 TTGAAGTGTTTGAATGCTGCAAATTGAAGTGTTTAAATGCTGTAAATTGA-AGTGCTTAAAT-GT
125 TTGAAGTGTTT-AGTACTGCAAATTGAA-TGTTTTATTGCTGGACATTGAGA-TG-TTTTATCGC
* * * *
62377077 TGCAAATTGAAGTGTTTAAG
186 TG-TAATTGAGGTGTATAAA
* * * * * * **
62377097 TACTGCAAATTGAAGTGTT-TAGTTGCTGGACATTG-AGATG-TTTTATCGCTGT-AATTG-AGT
1 TGCTGTAAATTGAAATGTTAAAG-TGCTGCAAATTGAAG-TGCTTAAAT-GCTGTAAATTGAAGT
* * ** * * * *
62377157 GTATAAATGTTGTTAATTG-AGATG-TAAAAGTGCTGCAAATTGAAGTGCTTAAATGCTGTAAAT
63 GTTTAAATGCTGCAAATTGAAG-TGTTTAAA-TGCTGCAAATTGAAGTGTTTAAATGTTGCAAAT
* * * * * * *
62377220 TGAAGTGTTAAAGTGCTGCAAATTGAAGTGTTTGAATGCTGCAAATTGA-AGTGTTTAAAT-GCT
126 TGAAGTGTT-TAGTACTGCAAATTGAA-TGTTTTATTGCTGGACATTGAGA-TGTTT-TATCGCT
*
62377283 GTAAATTGAAGTGCT-TAAA
187 GT-AATTGAGGTG-TATAAA
* * * * * * * * ** * * *
62377302 TGTTGCAAATTGAAGTGTTTAACTACT--AAATTAAAGTGTTTAGTTGCTGGACA-TGGAGATGT
1 TGCTGTAAATTGAAATGTTAAAGTGCTGCAAATTGAAGTGCTTAAATGCTGTAAATTGAAG-TGT
* * * * * ** * *
62377364 TT-TATCGCTG-TAATTGAGGTGTATAAATGTTGTTAATTG-AGATG-TAAAAGTGCTGCAAATT
65 TTAAAT-GCTGCAAATTGAAGTGTTTAAATGCTGCAAATTGAAG-TGTTTAAA-TGTTGCAAATT
* * * * ** * * * ** *
62377425 GAAGTGCTTAAATGCTGTAAATTGAAGTGTTAAAGTGCTGCAAATTGTAG-T-TTGAAT-GCTAT
127 GAAGTG-TTTAGTACTGCAAATTGAA-TGTTTTATTGCTGGACATTG-AGATGTTTTATCGCTGT
* *
62377487 AAATTGAAGTGTTTAAA
189 -AATTGAGGTGTATAAA
* * * * *
62377504 TGCTGTAAATTG---TGCTTAAA-TGTTGCAAATTGAAGTGTTTAAGTACTGCAAATTGAAGTGT
1 TGCTGTAAATTGAAATG-TTAAAGTGCTGCAAATTGAAGTGCTTAAATGCTGTAAATTGAAGTGT
** * * * * * * **
62377565 TTAGTTGCTGGACATTG-AGATGTTT-TATCGCTG-TAATTGAGGTGTATAAATGTTGTTAATTG
65 TTAAATGCTGCAAATTGAAG-TGTTTAAAT-GCTGCAAATTGAAGTGTTTAAATGTTGCAAATTG
** * * * * * * **
62377627 -AGATGTAAAAGTGCTGCAAATTGAAGTGCTTAAATGCTGTAAATTGA-AGTGTTAAAGT-GCTG
128 AAG-TGT-TTAGTACTGCAAATTGAA-TGTTTTATTGCTGGACATTGAGA-TGTTTTA-TCGCTG
* * * *
62377689 CAAATTGAAGTGTTTGAA
188 -TAATTGAGGTGTATAAA
* * ** * *
62377707 TGCTATAAATTGAAGTGTTTAAA-TGCTATAAATTG-AGTGCTTAAATGTTGCAAATTGAAGTGT
1 TGCTGTAAATTGAAATG-TTAAAGTGCTGCAAATTGAAGTGCTTAAATGCTGTAAATTGAAGTGT
* * ** * * * *
62377770 TTAAGTACTGCAAAATTGAAGTGTTTAGTTGCTGGACATTG-AGATGTTTTACTG-T---AATTG
65 TTAAATGCTGC-AAATTGAAGTGTTTAAATGCTGCAAATTGAAG-TGTTTAAATGTTGCAAATTG
* * * ** ** ** * * * **
62377830 AGGTGTATAAATGTTGTTAATTGAGATG-TAAAGTGCTGCAAATTGA-AGTGCTTAAAT-GCTGT
128 AAGTGT-TTAGTACTGCAAATTGA-ATGTTTTATTGCTGGACATTGAGA-TG-TTTTATCGCTGT
*
62377892 AAATTGAAGTGT-TAAA
189 -AATTGAGGTGTATAAA
* * * *
62377908 GTGCTGCAAATTGAAGTGTTTGAA-TGCT---AATTGAAGTGTTTAAATGCTGTAAATTGAAGTG
1 -TGCTGTAAATTGAAATG-TTAAAGTGCTGCAAATTGAAGTGCTTAAATGCTGTAAATTGAAGTG
* * * * * ** * * *
62377969 CTTAAATGTTGCAAATTGAAGTGTTTAAGTACTGTAAATTGAAGTGTTTAGTTGCTGGACATTG-
64 TTTAAATGCTGCAAATTGAAGTGTTTAAATGCTGCAAATTGAAGTGTTTAAATGTTGCAAATTGA
* * * * * * * * ***
62378033 AGATGTTTTA-TCGCTG-TAATTGAGGTGTATAAATGTTGTTA-ATTGAGATGTAAAAGT-GCTG
129 AG-TG-TTTAGT-ACTGCAAATTGA-ATGTTTTATTGCTG-GACATTGAGATGTTTTA-TCGCTG
* *
62378094 CAAATTGAAGTGCT-TAAA
188 -TAATTGAGGTG-TATAAA
* * **
62378112 TGCTGTAAATTGAAGTGTTAAAGTGCTGCAAATTGAAGT--TTGAATGCTACAAATTGAAGTGTT
1 TGCTGTAAATTGAAATGTTAAAGTGCTGCAAATTGAAGTGCTTAAATGCTGTAAATTGAAGTGTT
* * * **
62378175 TAAATGCTGTAAATTGAAGTGCTTAAATG-T--AAATTGAAGTGTTTAAGTACTGCAAATTGAAG
66 TAAATGCTGCAAATTGAAGTGTTTAAATGCTGCAAATTGAAGTGTTTAAATGTTGCAAATTGAAG
* * * ** * * ** *
62378237 TGTTTAGTTGCTGGACATTG-A-GATTTTATCACTGTA-ATTGAGGTGTATAAAT-GTTGTTAAT
131 TGTTTAG-TACTGCAAATTGAATG-TTTTATTGCTGGACATTGAGATGT-TTTATCGCTG-TAAT
*
62378298 TGAGATGT-TAAA
192 TGAGGTGTATAAA
* * * *
62378310 GTGCTGCAAATTGAAGTGCTTAAA-TGCTGTAAATTGAAGTG-TTAAAGTGCTGCAAATTGAAGT
1 -TGCTGTAAATTGAAATG-TTAAAGTGCTGCAAATTGAAGTGCTTAAA-TGCTGTAAATTGAAGT
* * *
62378373 GTTTGAATGCTGCAAATTGAAGTGTTT-AATGCTGTAAATTG-AGTGCTTAAATGTTGCAAATTG
63 GTTTAAATGCTGCAAATTGAAGTGTTTAAATGCTGCAAATTGAAGTGTTTAAATGTTGCAAATTG
*
62378436 AAGTGTTTA--ACTACTAAATTGAA-GTGTTTAGTTGCTGGACATTGAGATGTTTTATCGCTGTA
128 AAGTGTTTAGTACTGC-AAATTGAATGT-TTTA-TTGCTGGACATTGAGATGTTTTATCGCTGTA
62378498 ATTGAGGTGTATAAA
190 ATTGAGGTGTATAAA
* * * *
62378513 TGTTGTTAATTGAGATGTAAAAGTGCTGCAAATTGAAGTGCTTAAATGCTGTAAATTGAAGTG-T
1 TGCTGTAAATTGAAATGTTAAAGTGCTGCAAATTGAAGTGCTTAAATGCTGTAAATTGAAGTGTT
* * *
62378577 TAAAGTGCTGCAAATTGAAGTGTTTGAATGCT--AAATTGAAGT-TTTAAATGCTGTAAATTGAA
66 TAAA-TGCTGCAAATTGAAGTGTTTAAATGCTGCAAATTGAAGTGTTTAAATGTTGCAAATTGAA
62378639 GTG
130 GTG
62378642 CTTAAATGTT
Statistics
Matches: 6877, Mismatches: 1295, Indels: 1127
0.74 0.14 0.12
Matches are distributed among these distances:
190 9 0.00
191 18 0.00
192 3 0.00
193 4 0.00
194 67 0.01
195 101 0.01
196 78 0.01
197 22 0.00
198 19 0.00
199 171 0.02
200 134 0.02
201 400 0.06
202 410 0.06
203 501 0.07
204 800 0.12
205 643 0.09
206 2282 0.33
207 492 0.07
208 71 0.01
209 21 0.00
210 92 0.01
211 19 0.00
212 44 0.01
213 185 0.03
214 41 0.01
215 25 0.00
216 29 0.00
217 36 0.01
218 159 0.02
219 1 0.00
ACGTcount: A:0.32, C:0.07, G:0.24, T:0.37
Consensus pattern (204 bp):
TGCTGTAAATTGAAATGTTAAAGTGCTGCAAATTGAAGTGCTTAAATGCTGTAAATTGAAGTGTT
TAAATGCTGCAAATTGAAGTGTTTAAATGCTGCAAATTGAAGTGTTTAAATGTTGCAAATTGAAG
TGTTTAGTACTGCAAATTGAATGTTTTATTGCTGGACATTGAGATGTTTTATCGCTGTAATTGAG
GTGTATAAA
Found at i:62372242 original size:22 final size:22
Alignment explanation
Indices: 62372217--62372258 Score: 59
Period size: 22 Copynumber: 1.9 Consensus size: 22
62372207 TATCGCTGTA
*
62372217 ATTGAGGTGTTAAAA-TGTTGTT
1 ATTGAGATG-TAAAAGTGTTGTT
62372239 ATTGAGATGTAAAAGTGTTG
1 ATTGAGATGTAAAAGTGTTG
62372259 CAAAATTGCA
Statistics
Matches: 18, Mismatches: 1, Indels: 2
0.86 0.05 0.10
Matches are distributed among these distances:
21 5 0.28
22 13 0.72
ACGTcount: A:0.31, C:0.00, G:0.29, T:0.40
Consensus pattern (22 bp):
ATTGAGATGTAAAAGTGTTGTT
Found at i:62372296 original size:167 final size:159
Alignment explanation
Indices: 62372068--62375224 Score: 572
Period size: 160 Copynumber: 19.7 Consensus size: 159
62372058 TTGAAGTGCT
* * * * * * *
62372068 TAAATGCTGTAAATTGA-AGTGTTAAAGTGCTGCAAATTGAAGTATTTGAATGATATAAATTGAA
1 TAAATGTTGTTAATTGAGA-TGTAAAAGTGCTGCAAATTGAAGTGTTTAAATGCTGTAAATTGAA
** * * * * *
62372132 GTGTTTAAATGCTATAAATTGATGTGCTTAAATGTTGCAAATTGAAGTGTTTCGTTACTGGATAT
65 GTG-TTAAATGCTGCAAATTGAAGTGTTTAAATGCTGCAAATTGAAGTGTTTAGTTACTGGACAT
* *
62372197 TGAGATGTTTTATCGCTGTAATTGAGGTGT-
129 TGAGATGTTTTACCGCAGTAATTGAGGTGTA
*
62372227 TAAAATGTTGTT-ATTGAGATGTAAAAGTGTTGCAAAATTGCAAATTAAAGTGTTTAAATGCTGT
1 T-AAATGTTGTTAATTGAGATGTAAAA--G-TGC-----TGCAAATTGAAGTGTTTAAATGCTGT
* * * * *
62372291 AAATTGAAGTGCTTAAATGTTGCAAATTGAAGTGTTTAAGTACTGTAAATTGAAGTGTTTAGTTG
57 AAATTGAAGTG-TTAAATGCTGCAAATTGAAGTGTTTAAATGCTGCAAATTGAAGTGTTTAGTTA
*
62372356 CTGGACATTGAGATGTTTTACCGCAGTAATTTAGGTGTA
121 CTGGACATTGAGATGTTTTACCGCAGTAATTGAGGTGTA
*
62372395 TAAATGTTGTTAATTGAGATGTAAAAGTGCTGCAAATTGAAGTGCTTAAATGCTGTAAATTGAAG
1 TAAATGTTGTTAATTGAGATGTAAAAGTGCTGCAAATTGAAGTGTTTAAATGCTGTAAATTGAAG
* * * ** * ** *
62372460 TGTTAAAGTGCTGCAGATTGAAGTGTTTGAATGCTACAAATTGAAGTGTTTAAATGCTATAAATT
66 TGTTAAA-TGCTGCAAATTGAAGTGTTTAAATGCTGCAAATTGAAGTGTTTAGTTACTGGACATT
* * ** ** * * *
62372525 GATG-TGCTTAAATGTTGCAAATTGAAGTGTT
130 GA-GATGTTTTACCGCAG-TAATTGAGGTGTA
* ** ** ** * * *
62372556 TAAGTACTGCAAATTGA-AGTGT-TTAGTTGCTGGACATTG-AGATGTTT-TATCGCTGT-AATT
1 TAAATGTTGTTAATTGAGA-TGTAAAAG-TGCTGCAAATTGAAG-TGTTTAAAT-GCTGTAAATT
* * ** * * ** *
62372616 GAGGTGTATAAATGTTGTTAATTG-AGATG-TAAAAGTGCTGCAAATTGAAGTGCTTAAATGCTG
62 GAAGTGT-TAAATGCTGCAAATTGAAG-TGTTTAAA-TGCTGCAAATTGAAGTGTTTAGTTACTG
* * ** ** ** * * *
62372679 TAAATTGA-AGTGTTAAAGTGTTGCAAATTGAAGTGTT
124 GACATTGAGA-TGTTTTACCGCAG-TAATTGAGGTGTA
* * ** * * * * * * *
62372716 TGAATGCTGCAAATT-AAAGTGTCTAAA-TGATGTAAATTGAAGTGCTTAAATGTTGCAAATTGA
1 TAAATGTTGTTAATTGAGA-TGT-AAAAGTGCTGCAAATTGAAGTGTTTAAATGCTGTAAATTGA
* * ** * * ** *
62372779 AGTGTTTAAGTACTGCAAATTGAAGTGTTTAGTTGCTGGACATTG-AGATGTTTTA-TCGCTGTA
64 AGTG-TTAAATGCTGCAAATTGAAGTGTTTAAATGCTGCAAATTGAAG-TG-TTTAGTTACTGGA
* *** ** ** *
62372842 -ATTGAGGTGTGCAAATGTTGTTAATTGAGATGTA
126 CATTGAGATGTTTTACCGCAG-TAATTGAGGTGTA
* ** * * *
62372876 -AAAGTGCTGCAAATTGA-AGTGCTTAAA-TGCTGTAAATTGAAGTG-TTAAAGTGCTGCAAATT
1 TAAA-TGTTGTTAATTGAGA-TG-TAAAAGTGCTGCAAATTGAAGTGTTTAAA-TGCTGTAAATT
* * ** * ** ** *
62372937 GAAGTGTTTGAATGGTGCAAATTGAAGTGTTTAAATGCTATAAATTGAAGTGCTTAAATGTTGCA
62 GAAGTG-TTAAATGCTGCAAATTGAAGTGTTTAAATGCTGCAAATTGAAGTGTTTAGTTACTGGA
* * ** ** * * *
62373002 AATTGA-AGTGTTTAACTACTCTAAATTAAAGTGTT
126 CATTGAGA-TGTTTTACCGCAGT-AATTGAGGTGTA
** * * * *** * * * *
62373037 TAGTTGCTG-GACATGGAGATGTTTTA-TCGCTG-TAATTGAGGTGTATAAATG-T-T--GTT-A
1 TAAATGTTGTTA-ATTGAGATGTAAAAGT-GCTGCAAATTGAAGTGTTTAAATGCTGTAAATTGA
* * * * * *
62373094 A----TAAAGTGCTGCAAATTGAA--GCTTAAATGCTGTAAATTGAAGTGTTAAAG-TGCTGCAA
64 AGTGTTAAA-TGCTGCAAATTGAAGTGTTTAAATGCTGCAAATTGAAGTGTT-TAGTTACTGGAC
* ** * * * *
62373152 ATTGA-AGTGTTTGAATGCTGCAAATTGAAGT-TT
127 ATTGAGA-TGTTTTACCGCAG-TAATTGAGGTGTA
* * * * * *
62373185 TAAATGCTATAAATTGA-AGTGCTTAAA-TGTTGCAAATTGAAGTGTTT-AA-G--GACAAATT-
1 TAAATGTTGTTAATTGAGA-TG-TAAAAGTGCTGCAAATTGAAGTGTTTAAATGCTG-TAAATTG
** * * * * * * ** **
62373243 AAGTGTTTAGTTGCTGGACATTG-AGATGTTT-TATCGCTG-TAATTGAGGTGTATAAATGTTGT
63 AAGTG-TTAAATGCTGCAAATTGAAG-TGTTTAAAT-GCTGCAAATTGAAGTGTTTAGTTACTG-
* *** ** * * *
62373305 TA-ATTGAGATGTAAAAGTGCTGCAAATTGAAGTGCT-
124 GACATTGAGATGTTTTACCGCAG-TAATTGAGGTG-TA
* * * * *
62373341 TAAATGCTGTAAATTGA-AGTGTTAAAGTGCTGCAAATTGAAGTGTTTGAATGCTATAAATTGAA
1 TAAATGTTGTTAATTGAGA-TGTAAAAGTGCTGCAAATTGAAGTGTTTAAATGCTGTAAATTGAA
* * * * * *
62373405 GTGTTTAAATGCTGTAAATTGATGTGCTTAAATGTTGCAAATTGAAGTGTTTAAG-TACTGCAAA
65 GTG-TTAAATGCTGCAAATTGAAGTGTTTAAATGCTGCAAATTGAAGTGTTT-AGTTACTGGACA
** * * *
62373469 TTGA-A-GTGTTTAGTTGCTGGACATTGAGATGT-
128 TTGAGATGT-TTTA-CCGCAGTA-ATTGAGGTGTA
** * * * ** * *
62373501 TTTATCGCTG-TAATTGAGGTGTATAAA-TGTTGTTAATTG-AGATG-TAAAAGTGCTGCAAATT
1 TAAAT-GTTGTTAATTGAGATGTA-AAAGTGCTGCAAATTGAAG-TGTTTAAA-TGCTGTAAATT
* * *
62373562 GAAGTGCTTAAATGCTGTAAATTGAAGTG-TTAAAGTGCTGCAAATTGAAGTGTTT-GAATGCTG
62 GAAGTG-TTAAATGCTGCAAATTGAAGTGTTTAAA-TGCTGCAAATTGAAGTGTTTAG-TTACTG
* * * * ** ** *
62373625 CAAATT-AAAGTGTTTAAATGTTGTAAATTGAAGTGCT-
124 GACATTGAGA-TGTTTTACCGCAGT-AATTGAGGTG-TA
** ** * ** * *
62373662 TAAATGTTGCAAATTGA-AGTGTTTAAGTACTGCAAATTGAAGTGTTTAGTTGCTGGACATTG-A
1 TAAATGTTGTTAATTGAGA-TGTAAAAGTGCTGCAAATTGAAGTGTTTAAATGCTGTAAATTGAA
** * * * ** *** ** * *
62373725 GATGTTTTATCGCTG-TAATTGAGGTGTATAAATTTTTTTAATTG-AGATGTAAAAG-TGCTGCA
65 G-TGTTAAAT-GCTGCAAATTGAAGTGTTTAAATGCTGCAAATTGAAG-TGT-TTAGTTACTGGA
* * * ** * *
62373787 AATTGA-AGTGCTTAAATGCTGTAAATTGAAGTGT-
126 CATTGAGA-TGTTTTACCGCAGT-AATTGAGGTGTA
* ** * *
62373821 TAAAGTGCTGCAAATTGA-AGTGT----TTGAATGCAAATTGAAGTGTTTAAATGCTGTAAATTG
1 TAAA-TGTTGTTAATTGAGA-TGTAAAAGTG-CTGCAAATTGAAGTGTTTAAATGCTGTAAATTG
* * * *
62373881 AAGTGCTTAAATGTTGCAAATTGAAGTGTTTAACTACT-CAAATT-AAGTGTTTAGTTGCTGGAC
63 AAGTG-TTAAATGCTGCAAATTGAAGTGTTTAAATGCTGCAAATTGAAGTGTTTAGTTACTGGAC
* *
62373944 ATTGAGATGTTTTATCGCTGTAATTGAGGTGTA
127 ATTGAGATGTTTTACCGCAGTAATTGAGGTGTA
*
62373977 TAAATGTTGTTAATTGAGATGTAAAAGT-CTGCAAATTGAAGTGCTTAAATGCTGTAAATTGAAG
1 TAAATGTTGTTAATTGAGATGTAAAAGTGCTGCAAATTGAAGTGTTTAAATGCTGTAAATTGAAG
* ** * * *
62374041 TGTTAAAGTGCTGCAAATTGAAGTGTTTGAATGCTGCAAATTGAAGTGTTTAAATGCTGTAAATT
66 TGTTAAA-TGCTGCAAATTGAAGTGTTTAAATGCTGCAAATTGAAGTGTTTAGTTACTGGACATT
* * ** ** * *
62374106 GA-AGTGCTTAAATGTTGCAAATTGAAGTGT-
130 GAGA-TGTTTTACCGCAG-TAATTGAGGTGTA
* * ** ** * *
62374136 TTAA-GACTGAAAATTGA-AGTGT-TTAGTTGCTGGACATGGAGATGTTTTATCGCTGTATATAA
1 TAAATG-TTGTTAATTGAGA-TGTAAAAG-TGCT-G-CA---A-A---TTGA-AG-TGT-T-TAA
* * * * *
62374198 ATGTTGTTAATTG-AGATGTAAAAGTGCTGCAAATTGAAGTGCTTAAATGCTGTAAATTGAAGTG
50 ATGCTGTAAATTGAAG-TGTTAAA-TGCTGCAAATTGAAGTGTTTAAATGCTGCAAATTGAAGTG
* * * * ** * *
62374262 TTAAAGTGT--TGCAAATTGA-AGTGTTTGAATGC--TAAATTGAAGTGTT
113 TT-TAGT-TACTGGACATTGAGA-TGTTTTACCGCAGT-AATTGAGGTGTA
* * * * * * *
62374308 TAAATGCTGTAAATTGATG-TGCTTAAA-TGTTGCAAATTGAAGTGTTTAAGTACTGCAAATTGA
1 TAAATGTTGTTAATTGA-GATG-TAAAAGTGCTGCAAATTGAAGTGTTTAAATGCTGTAAATTGA
** * * * * * * * * *
62374371 AGTGTTTAGTTGCTGGACATTG-AGATGTTT-TATCGCTG-TAATTGAGGTGTATAAATAATTGT
64 AGTG-TTAAATGCTGCAAATTGAAG-TGTTTAAAT-GCTGCAAATTGAAGTGT-TTAGTTACTG-
* * ** * *
62374433 TA-ATGTGA-AT-TAGTTAAATGCTGAAATTGAAGTGCTGCT-
124 GACAT-TGAGATGT--TTTACCGCAGTAATTG-AG-G-TG-TA
* * * * *
62374472 TAAATGCTGTAAATTGA-AGTGTTAAAGTGCTGCAAATTGAAGTGTTTGAATGCTATAAATTGAA
1 TAAATGTTGTTAATTGAGA-TGTAAAAGTGCTGCAAATTGAAGTGTTTAAATGCTGTAAATTGAA
* * * * *
62374536 GTGTTTAAATGCTGTAAATTGAAGTGCTTAAATGTTGCAAATTGAAGTGTTTAAG-TACTGAAAA
65 GTG-TTAAATGCTGCAAATTGAAGTGTTTAAATGCTGCAAATTGAAGTGTTT-AGTTACTGGACA
** * * *
62374600 TTGA-A-GTGTTTAGTTGCTGGACATTGAGATGT-
128 TTGAGATGT-TTTA-CCGCAGTA-ATTGAGGTGTA
** * * * ** * *
62374632 TTTATCGCTG-TAATTGAGGTGTATAAA-TGTTGTTAATTG-A--GATTAAAGTGCTGCAAATTG
1 TAAAT-GTTGTTAATTGAGATGTA-AAAGTGCTGCAAATTGAAGTGTTTAAA-TGCTGTAAATTG
* * * **
62374692 AAGTGCTTAAATGCTGTAAATTGAAGTG-TTAAAGTGCTGCAAATTGAAGTGTTT-GAATGCTAT
63 AAGTG-TTAAATGCTGCAAATTGAAGTGTTTAAA-TGCTGCAAATTGAAGTGTTTAG-TTACTGG
* * ** * *
62374755 AAATTGA-AGTGTTTAAATGCTGTAAATTGATGTGCT-
125 ACATTGAGA-TGTTTTACCGCAGT-AATTGAGGTG-TA
** ** * ** * *
62374791 TAAATGTTGCAAATTGA-AGTGTTTAAGTACTGCAAATTGAAGTGTTTAGTTGCTGGACATTG-A
1 TAAATGTTGTTAATTGAGA-TGTAAAAGTGCTGCAAATTGAAGTGTTTAAATGCTGTAAATTGAA
** * * * * ** ** * *
62374854 GAT-TTTTATCGCTG-TAATTGAGGTGTATAAATGTTGTTAATTG-AGATGTAAAAG-TGCTGCA
65 G-TGTTAAAT-GCTGCAAATTGAAGTGTTTAAATGCTGCAAATTGAAG-TGT-TTAGTTACTGGA
* * * ** * *
62374915 AATTGA-AGTGCTTAAATGCTGTAAATTGAAGTGT-
126 CATTGAGA-TGTTTTACCGCAGT-AATTGAGGTGTA
* ** **
62374949 TAAAGTGCTGCAAATTGA-AGTGTTTGAA-TGCTGCAAATT-AAGTGTTTAAATGCTGTAAATTG
1 TAAA-TGTTGTTAATTGAGA-TG-TAAAAGTGCTGCAAATTGAAGTGTTTAAATGCTGTAAATTG
* * * * * *
62375011 -AGTGCTTAAATGTTGCAAATTGAAGTGTTTAAGTACTGAAAATTGTAGTGTTTAGTTGCTGGAC
63 AAGTG-TTAAATGCTGCAAATTGAAGTGTTTAAATGCTGCAAATTGAAGTGTTTAGTTACTGGAC
* *
62375075 A-TGAGATGTTTTATCGCTGTAATTGAGGTGTA
127 ATTGAGATGTTTTACCGCAGTAATTGAGGTGTA
*
62375107 TAAATGTTTGTTAATTGAGATGTAAAAGTGCTGCAAATTGAAGTGCTTAAATGCTGTAAATTGAA
1 TAAATG-TTGTTAATTGAGATGTAAAAGTGCTGCAAATTGAAGTGTTTAAATGCTGTAAATTGAA
*
62375172 GTGTTAAAGTGCTGCAAATTGAAGTGTTTGAATGCTGCAAATTGAAGTGTTTA
65 GTGTTAAA-TGCTGCAAATTGAAGTGTTTAAATGCTGCAAATTGAAGTGTTTA
62375225 AATGCTGTAA
Statistics
Matches: 2290, Mismatches: 482, Indels: 451
0.71 0.15 0.14
Matches are distributed among these distances:
147 2 0.00
148 19 0.01
149 70 0.03
150 8 0.00
151 13 0.01
153 1 0.00
154 11 0.00
155 75 0.03
156 86 0.04
157 128 0.06
158 207 0.09
159 317 0.14
160 673 0.29
161 255 0.11
162 34 0.01
163 23 0.01
164 86 0.04
165 20 0.01
166 3 0.00
167 119 0.05
168 15 0.01
169 3 0.00
170 3 0.00
171 14 0.01
172 21 0.01
173 81 0.04
174 2 0.00
175 1 0.00
ACGTcount: A:0.32, C:0.07, G:0.24, T:0.37
Consensus pattern (159 bp):
TAAATGTTGTTAATTGAGATGTAAAAGTGCTGCAAATTGAAGTGTTTAAATGCTGTAAATTGAAG
TGTTAAATGCTGCAAATTGAAGTGTTTAAATGCTGCAAATTGAAGTGTTTAGTTACTGGACATTG
AGATGTTTTACCGCAGTAATTGAGGTGTA
Found at i:62378080 original size:225 final size:225
Alignment explanation
Indices: 62377527--62378130 Score: 106
Period size: 225 Copynumber: 2.7 Consensus size: 225
62377517 GCTTAAATGT
* * * * * * *
62377527 TGCAAATTGAAGTGTTTAAGTACTGCAAATTGAAGTGTT-TAGTTGCTGGACATTG-AGATGTTT
1 TGCAAATTGAAGTGCTTAAATGCTGTAAATTGAAGTGTTAAAG-TGCTGCAAATTGAAG-TGTTT
* * * * * * *
62377590 -TATCGCTGTAATTGAGGTGTATAAATGTTGTTAATTGAGATG-TAAAAGTGCTGCAAATTGAAG
64 GAAT-GCTATAATTGAAGTGTTTAAATGCTGTAAATTGAG-TGCT-AAA-TGTTGCAAATTGAAG
* * * * * * * * *
62377653 TGCTTAAATGCTGTAAATTGAAGTGTTAAAG-TGCTGCAAATTGA-AGTGTTTGAAT-GCTATAA
125 TGTTTAAGTACTGCAAATTGAAGTGTT-TAGTTGCTGGACATTGAGA-TGTTT-TATCGC-GT-A
* * * * * * *
62377715 ATTGAAGTGTTTAAATGCTATAAATTGAG-TGCTTAAA-TGT
185 ATTGAGGTGTATAAATGTTGTTAATTGAGATG-TAAAAGTGC
* * * * * * *
62377755 TGCAAATTGAAGTGTTTAAGTACTGCAAAATTGAAGTGTT-TAGTTGCTGGACATTG-AGATGTT
1 TGCAAATTGAAGTGCTTAAATGCTG-TAAATTGAAGTGTTAAAG-TGCTGCAAATTGAAG-TGTT
* * * * * * *
62377818 T---TACTGTAATTGAGGTGTATAAATGTTGTTAATTGAGATG-TAAAGTGCTGCAAATTGAAGT
63 TGAATGCTATAATTGAAGTGTTTAAATGCTGTAAATTGAG-TGCTAAA-TGTTGCAAATTGAAGT
* * * * * * * *
62377879 GCTTAAATGCTGTAAATTGAAGTGTTAAAG-TGCTGCAAATTGA-AGTGTTTGAAT-GC-TAATT
126 GTTTAAGTACTGCAAATTGAAGTGTT-TAGTTGCTGGACATTGAGA-TGTTT-TATCGCGTAATT
* * * * * *
62377940 GAAGTGTTTAAATGCTGTAAATTGA-AGTGCTTAAA-TGT
188 GAGGTGTATAAATGTTGTTAATTGAGA-TG-TAAAAGTGC
* * * * * *
62377978 TGCAAATTGAAGTGTTTAAGTACTGTAAATTGAAGTGTT-TAGTTGCTGGACATTG-AGATGTTT
1 TGCAAATTGAAGTGCTTAAATGCTGTAAATTGAAGTGTTAAAG-TGCTGCAAATTGAAG-TGTTT
* * * * * * *
62378041 -TATCGCTGTAATTGAGGTGTATAAATGTTGTTAATTGAGATG-TAAAAGTGCTGCAAATTGAAG
64 GAAT-GCTATAATTGAAGTGTTTAAATGCTGTAAATTGAG-TGCT-AAA-TGTTGCAAATTGAAG
* * * *
62378104 TGCTTAAATGCTGTAAATTGAAGTGTT
125 TGTTTAAGTACTGCAAATTGAAGTGTT
62378131 AAAGTGCTGC
Statistics
Matches: 364, Mismatches: 5, Indels: 16
0.95 0.01 0.04
Matches are distributed among these distances:
222 65 0.18
223 37 0.10
224 1 0.00
225 114 0.31
226 84 0.23
227 1 0.00
228 25 0.07
229 37 0.10
ACGTcount: A:0.32, C:0.07, G:0.24, T:0.37
Consensus pattern (225 bp):
TGCAAATTGAAGTGCTTAAATGCTGTAAATTGAAGTGTTAAAGTGCTGCAAATTGAAGTGTTTGA
ATGCTATAATTGAAGTGTTTAAATGCTGTAAATTGAGTGCTAAATGTTGCAAATTGAAGTGTTTA
AGTACTGCAAATTGAAGTGTTTAGTTGCTGGACATTGAGATGTTTTATCGCGTAATTGAGGTGTA
TAAATGTTGTTAATTGAGATGTAAAAGTGC
Found at i:62381234 original size:27 final size:27
Alignment explanation
Indices: 62381203--62381380 Score: 205
Period size: 27 Copynumber: 6.6 Consensus size: 27
62381193 TAAATTGTAC
62381203 AGCACTAAGTGTGCGATTTGACTATGT
1 AGCACTAAGTGTGCGATTTGACTATGT
* ** *
62381230 TGCACTAAGTGTGCGAAATGAATATG-
1 AGCACTAAGTGTGCGATTTGACTATGT
* * *
62381256 ATGCACTAAGTGTGCGAATTGACCATGC
1 A-GCACTAAGTGTGCGATTTGACTATGT
*
62381284 GGCACTAAGTGTGCGAGTTTGACTATGT
1 AGCACTAAGTGTGCGA-TTTGACTATGT
* *
62381312 AGCACTAAGTGTGCGATTTGATTACGT
1 AGCACTAAGTGTGCGATTTGACTATGT
* * *
62381339 AGCACTAAGTGTGCGAGTTGATTATAT
1 AGCACTAAGTGTGCGATTTGACTATGT
*
62381366 AGCACTGAGTGTGCG
1 AGCACTAAGTGTGCG
62381381 GACTCAATAT
Statistics
Matches: 129, Mismatches: 19, Indels: 6
0.84 0.12 0.04
Matches are distributed among these distances:
27 106 0.82
28 23 0.18
ACGTcount: A:0.27, C:0.15, G:0.28, T:0.30
Consensus pattern (27 bp):
AGCACTAAGTGTGCGATTTGACTATGT
Found at i:62381317 original size:82 final size:81
Alignment explanation
Indices: 62381204--62381359 Score: 233
Period size: 82 Copynumber: 1.9 Consensus size: 81
62381194 AAATTGTACA
* *
62381204 GCACTAAGTGTGCGATTTGACTATGTTGCACTAAGTGTGCGAAATGAATATG-ATGCACTAAGTG
1 GCACTAAGTGTGCGATTTGACTATGTAGCACTAAGTGTGCGAAATGAATACGTA-GCACTAAGTG
62381268 TGCGAATTGACCATGCG
65 TGCGAATTGACCATGCG
** *
62381285 GCACTAAGTGTGCGAGTTTGACTATGTAGCACTAAGTGTGCGATTTGATTACGTAGCACTAAGTG
1 GCACTAAGTGTGCGA-TTTGACTATGTAGCACTAAGTGTGCGAAATGAATACGTAGCACTAAGTG
*
62381350 TGCGAGTTGA
65 TGCGAATTGA
62381360 TTATATAGCA
Statistics
Matches: 67, Mismatches: 6, Indels: 3
0.88 0.08 0.04
Matches are distributed among these distances:
81 15 0.22
82 51 0.76
83 1 0.01
ACGTcount: A:0.27, C:0.15, G:0.28, T:0.29
Consensus pattern (81 bp):
GCACTAAGTGTGCGATTTGACTATGTAGCACTAAGTGTGCGAAATGAATACGTAGCACTAAGTGT
GCGAATTGACCATGCG
Found at i:62381371 original size:82 final size:81
Alignment explanation
Indices: 62381200--62381380 Score: 229
Period size: 82 Copynumber: 2.2 Consensus size: 81
62381190 GATTAAATTG
* *
62381200 TACAGCACTAAGTGTGCGATTTGACTATGTTGCACTAAGTGTGCGAAATGAATATGATGCACTAA
1 TACAGCACTAAGTGTGCGATTTGACTATGTAGCACTAAGTGTGCGAAATGAATACGATGCACTAA
62381265 GTGTGCGAATTGACCA
66 GTGTGCGAATTGACCA
* * ** *
62381281 TGCGGCACTAAGTGTGCGAGTTTGACTATGTAGCACTAAGTGTGCGATTTGATTACG-TAGCACT
1 TACAGCACTAAGTGTGCGA-TTTGACTATGTAGCACTAAGTGTGCGAAATGAATACGAT-GCACT
* **
62381345 AAGTGTGCGAGTTGATTA
64 AAGTGTGCGAATTGACCA
* *
62381363 TATAGCACTGAGTGTGCG
1 TACAGCACTAAGTGTGCG
62381381 GACTCAATAT
Statistics
Matches: 84, Mismatches: 14, Indels: 3
0.83 0.14 0.03
Matches are distributed among these distances:
81 18 0.21
82 66 0.79
ACGTcount: A:0.27, C:0.15, G:0.28, T:0.30
Consensus pattern (81 bp):
TACAGCACTAAGTGTGCGATTTGACTATGTAGCACTAAGTGTGCGAAATGAATACGATGCACTAA
GTGTGCGAATTGACCA
Found at i:62389407 original size:27 final size:27
Alignment explanation
Indices: 62389376--62389553 Score: 205
Period size: 27 Copynumber: 6.6 Consensus size: 27
62389366 TAAATTGTAC
62389376 AGCACTAAGTGTGCGATTTGACTATGT
1 AGCACTAAGTGTGCGATTTGACTATGT
* ** *
62389403 TGCACTAAGTGTGCGAAATGAATATG-
1 AGCACTAAGTGTGCGATTTGACTATGT
* * *
62389429 ATGCACTAAGTGTGCGAATTGACCATGC
1 A-GCACTAAGTGTGCGATTTGACTATGT
*
62389457 GGCACTAAGTGTGCGAGTTTGACTATGT
1 AGCACTAAGTGTGCGA-TTTGACTATGT
* *
62389485 AGCACTAAGTGTGCGATTTGATTACGT
1 AGCACTAAGTGTGCGATTTGACTATGT
* * *
62389512 AGCACTAAGTGTGCGAGTTGATTATAT
1 AGCACTAAGTGTGCGATTTGACTATGT
*
62389539 AGCACTGAGTGTGCG
1 AGCACTAAGTGTGCG
62389554 GACTCAATAT
Statistics
Matches: 129, Mismatches: 19, Indels: 6
0.84 0.12 0.04
Matches are distributed among these distances:
27 106 0.82
28 23 0.18
ACGTcount: A:0.27, C:0.15, G:0.28, T:0.30
Consensus pattern (27 bp):
AGCACTAAGTGTGCGATTTGACTATGT
Found at i:62389490 original size:82 final size:81
Alignment explanation
Indices: 62389377--62389532 Score: 233
Period size: 82 Copynumber: 1.9 Consensus size: 81
62389367 AAATTGTACA
* *
62389377 GCACTAAGTGTGCGATTTGACTATGTTGCACTAAGTGTGCGAAATGAATATG-ATGCACTAAGTG
1 GCACTAAGTGTGCGATTTGACTATGTAGCACTAAGTGTGCGAAATGAATACGTA-GCACTAAGTG
62389441 TGCGAATTGACCATGCG
65 TGCGAATTGACCATGCG
** *
62389458 GCACTAAGTGTGCGAGTTTGACTATGTAGCACTAAGTGTGCGATTTGATTACGTAGCACTAAGTG
1 GCACTAAGTGTGCGA-TTTGACTATGTAGCACTAAGTGTGCGAAATGAATACGTAGCACTAAGTG
*
62389523 TGCGAGTTGA
65 TGCGAATTGA
62389533 TTATATAGCA
Statistics
Matches: 67, Mismatches: 6, Indels: 3
0.88 0.08 0.04
Matches are distributed among these distances:
81 15 0.22
82 51 0.76
83 1 0.01
ACGTcount: A:0.27, C:0.15, G:0.28, T:0.29
Consensus pattern (81 bp):
GCACTAAGTGTGCGATTTGACTATGTAGCACTAAGTGTGCGAAATGAATACGTAGCACTAAGTGT
GCGAATTGACCATGCG
Found at i:62389544 original size:82 final size:81
Alignment explanation
Indices: 62389373--62389553 Score: 229
Period size: 82 Copynumber: 2.2 Consensus size: 81
62389363 GATTAAATTG
* *
62389373 TACAGCACTAAGTGTGCGATTTGACTATGTTGCACTAAGTGTGCGAAATGAATATGATGCACTAA
1 TACAGCACTAAGTGTGCGATTTGACTATGTAGCACTAAGTGTGCGAAATGAATACGATGCACTAA
62389438 GTGTGCGAATTGACCA
66 GTGTGCGAATTGACCA
* * ** *
62389454 TGCGGCACTAAGTGTGCGAGTTTGACTATGTAGCACTAAGTGTGCGATTTGATTACG-TAGCACT
1 TACAGCACTAAGTGTGCGA-TTTGACTATGTAGCACTAAGTGTGCGAAATGAATACGAT-GCACT
* **
62389518 AAGTGTGCGAGTTGATTA
64 AAGTGTGCGAATTGACCA
* *
62389536 TATAGCACTGAGTGTGCG
1 TACAGCACTAAGTGTGCG
62389554 GACTCAATAT
Statistics
Matches: 84, Mismatches: 14, Indels: 3
0.83 0.14 0.03
Matches are distributed among these distances:
81 18 0.21
82 66 0.79
ACGTcount: A:0.27, C:0.15, G:0.28, T:0.30
Consensus pattern (81 bp):
TACAGCACTAAGTGTGCGATTTGACTATGTAGCACTAAGTGTGCGAAATGAATACGATGCACTAA
GTGTGCGAATTGACCA
Found at i:62391285 original size:24 final size:24
Alignment explanation
Indices: 62391258--62391335 Score: 111
Period size: 24 Copynumber: 3.2 Consensus size: 24
62391248 AAAGCTATTT
*
62391258 GGAGAAGATTTGGGAGCTGATAAG
1 GGAGAAGATTTAGGAGCTGATAAG
*
62391282 GGAGAGGATTTAGGAGCTGATAAG
1 GGAGAAGATTTAGGAGCTGATAAG
* * *
62391306 GGAGAGGATTTAGGAGCTAATTAG
1 GGAGAAGATTTAGGAGCTGATAAG
62391330 GGAGAA
1 GGAGAA
62391336 TGGAGTTGGC
Statistics
Matches: 49, Mismatches: 5, Indels: 0
0.91 0.09 0.00
Matches are distributed among these distances:
24 49 1.00
ACGTcount: A:0.35, C:0.04, G:0.41, T:0.21
Consensus pattern (24 bp):
GGAGAAGATTTAGGAGCTGATAAG
Found at i:62392806 original size:27 final size:27
Alignment explanation
Indices: 62392764--62392874 Score: 143
Period size: 27 Copynumber: 4.1 Consensus size: 27
62392754 AGGAAGCGTC
* *
62392764 CTGGTGGCTATGCCACATTTATCTGAT
1 CTGGTGGCTCTGCCACATTTATCTGTT
* *
62392791 CTGCTGGCTCTGCCACATATATCTGTT
1 CTGGTGGCTCTGCCACATTTATCTGTT
* *
62392818 CTGGTGTCTCTGCCACAATTATCTGTT
1 CTGGTGGCTCTGCCACATTTATCTGTT
* *
62392845 CTGGTGACTCTGTCACA-TTATCTGTT
1 CTGGTGGCTCTGCCACATTTATCTGTT
62392871 CTGG
1 CTGG
62392875 CAGCCATGTT
Statistics
Matches: 74, Mismatches: 10, Indels: 1
0.87 0.12 0.01
Matches are distributed among these distances:
26 13 0.18
27 61 0.82
ACGTcount: A:0.15, C:0.25, G:0.21, T:0.39
Consensus pattern (27 bp):
CTGGTGGCTCTGCCACATTTATCTGTT
Found at i:62397114 original size:25 final size:25
Alignment explanation
Indices: 62397086--62397135 Score: 100
Period size: 25 Copynumber: 2.0 Consensus size: 25
62397076 ACCTTAGGCA
62397086 AAGGAGATGGATTGAGTTGCTTAAG
1 AAGGAGATGGATTGAGTTGCTTAAG
62397111 AAGGAGATGGATTGAGTTGCTTAAG
1 AAGGAGATGGATTGAGTTGCTTAAG
62397136 GATTATGACT
Statistics
Matches: 25, Mismatches: 0, Indels: 0
1.00 0.00 0.00
Matches are distributed among these distances:
25 25 1.00
ACGTcount: A:0.32, C:0.04, G:0.36, T:0.28
Consensus pattern (25 bp):
AAGGAGATGGATTGAGTTGCTTAAG
Found at i:62399099 original size:24 final size:24
Alignment explanation
Indices: 62399072--62399148 Score: 102
Period size: 24 Copynumber: 3.2 Consensus size: 24
62399062 AGGCTATCAT
62399072 GAGAAGATTT-GTGAGCTGATAAGG
1 GAGAAGATTTAG-GAGCTGATAAGG
*
62399096 GAGAGGATTTAGGAGCTGATAAGG
1 GAGAAGATTTAGGAGCTGATAAGG
* * *
62399120 GAGAGGATTTAGGAGCTAATTAGG
1 GAGAAGATTTAGGAGCTGATAAGG
62399144 GAGAA
1 GAGAA
62399149 CAGTGTTGGC
Statistics
Matches: 48, Mismatches: 4, Indels: 2
0.89 0.07 0.04
Matches are distributed among these distances:
24 47 0.98
25 1 0.02
ACGTcount: A:0.35, C:0.04, G:0.39, T:0.22
Consensus pattern (24 bp):
GAGAAGATTTAGGAGCTGATAAGG
Found at i:62400535 original size:27 final size:26
Alignment explanation
Indices: 62400490--62400568 Score: 77
Period size: 27 Copynumber: 3.0 Consensus size: 26
62400480 AGCGTCCTGG
* * *
62400490 TGGCTATGCCATATTTATCTGATCTGC
1 TGGCTCTGCCACA-TTATCTGTTCTGC
*
62400517 TGGCTCTGCCACATATATCTGTTCTGG
1 TGGCTCTGCCACAT-TATCTGTTCTGC
* **
62400544 TGACTCTATCACATTATCTGTTCTG
1 TGGCTCTGCCACATTATCTGTTCTG
62400569 GCATCTATGC
Statistics
Matches: 44, Mismatches: 7, Indels: 3
0.81 0.13 0.06
Matches are distributed among these distances:
26 12 0.27
27 32 0.73
ACGTcount: A:0.18, C:0.24, G:0.18, T:0.41
Consensus pattern (26 bp):
TGGCTCTGCCACATTATCTGTTCTGC
Found at i:62404261 original size:11 final size:11
Alignment explanation
Indices: 62404245--62404269 Score: 50
Period size: 11 Copynumber: 2.3 Consensus size: 11
62404235 ATATATATAC
62404245 TAATAAAATAA
1 TAATAAAATAA
62404256 TAATAAAATAA
1 TAATAAAATAA
62404267 TAA
1 TAA
62404270 AATATCATAT
Statistics
Matches: 14, Mismatches: 0, Indels: 0
1.00 0.00 0.00
Matches are distributed among these distances:
11 14 1.00
ACGTcount: A:0.72, C:0.00, G:0.00, T:0.28
Consensus pattern (11 bp):
TAATAAAATAA
Found at i:62406617 original size:22 final size:22
Alignment explanation
Indices: 62406586--62406631 Score: 74
Period size: 22 Copynumber: 2.1 Consensus size: 22
62406576 ATAAGTATCG
*
62406586 CAGAAAGGCTGAAAGCCTTGTA
1 CAGAAAGGCTAAAAGCCTTGTA
*
62406608 CAGAACGGCTAAAAGCCTTGTA
1 CAGAAAGGCTAAAAGCCTTGTA
62406630 CA
1 CA
62406632 AAATGACTAC
Statistics
Matches: 22, Mismatches: 2, Indels: 0
0.92 0.08 0.00
Matches are distributed among these distances:
22 22 1.00
ACGTcount: A:0.37, C:0.22, G:0.24, T:0.17
Consensus pattern (22 bp):
CAGAAAGGCTAAAAGCCTTGTA
Found at i:62406875 original size:27 final size:27
Alignment explanation
Indices: 62406818--62406878 Score: 70
Period size: 27 Copynumber: 2.3 Consensus size: 27
62406808 TATTATGGTC
* *
62406818 ATTTTACCCTACAAGGGCATTACGATC
1 ATTTTACACTACAAGGGCATTACGATA
* *
62406845 ATTTTACACTACAAGGGTATTTC-AGTA
1 ATTTTACACTACAAGGGCATTACGA-TA
62406872 ATTTTAC
1 ATTTTAC
62406879 CAATATTGGG
Statistics
Matches: 29, Mismatches: 4, Indels: 2
0.83 0.11 0.06
Matches are distributed among these distances:
26 1 0.03
27 28 0.97
ACGTcount: A:0.31, C:0.20, G:0.13, T:0.36
Consensus pattern (27 bp):
ATTTTACACTACAAGGGCATTACGATA
Found at i:62423265 original size:24 final size:24
Alignment explanation
Indices: 62423230--62423282 Score: 70
Period size: 24 Copynumber: 2.2 Consensus size: 24
62423220 CCAACACCGT
*
62423230 TCTCCCTAATCAACTCCTAAATCC
1 TCTCCCTAATCAACTCCCAAATCC
* * *
62423254 TCTCCCTTATCAGCTCCCAAATCT
1 TCTCCCTAATCAACTCCCAAATCC
62423278 TCTCC
1 TCTCC
62423283 TGACAGCCTT
Statistics
Matches: 25, Mismatches: 4, Indels: 0
0.86 0.14 0.00
Matches are distributed among these distances:
24 25 1.00
ACGTcount: A:0.23, C:0.43, G:0.02, T:0.32
Consensus pattern (24 bp):
TCTCCCTAATCAACTCCCAAATCC
Found at i:62429509 original size:27 final size:26
Alignment explanation
Indices: 62429455--62429538 Score: 107
Period size: 27 Copynumber: 3.2 Consensus size: 26
62429445 AGCATGGCTG
*
62429455 CCAGAACAAATAATGTGGCAGA-CTCA
1 CCAGAACAGATAATGTGGCAGAGC-CA
*
62429481 CCAGAACAGATAATTGTGGTAGAGCCA
1 CCAGAACAGATAA-TGTGGCAGAGCCA
*
62429508 CCAGAACAGATAAATGTGGCATAGCCA
1 CCAGAACAGAT-AATGTGGCAGAGCCA
62429535 CCAG
1 CCAG
62429539 GACGCTTCCT
Statistics
Matches: 51, Mismatches: 4, Indels: 5
0.85 0.07 0.08
Matches are distributed among these distances:
26 12 0.24
27 36 0.71
28 3 0.06
ACGTcount: A:0.39, C:0.23, G:0.23, T:0.15
Consensus pattern (26 bp):
CCAGAACAGATAATGTGGCAGAGCCA
Found at i:62431009 original size:24 final size:24
Alignment explanation
Indices: 62430970--62431046 Score: 118
Period size: 24 Copynumber: 3.2 Consensus size: 24
62430960 CCAACACCGT
*
62430970 TCTCCCTAATCAGCTCCTAAATCC
1 TCTCCCTTATCAGCTCCTAAATCC
*
62430994 TCTCCCTTATCCGCTCCTAAATCC
1 TCTCCCTTATCAGCTCCTAAATCC
* *
62431018 TCTCCCTTATCAGCTCCCAAATCT
1 TCTCCCTTATCAGCTCCTAAATCC
62431042 TCTCC
1 TCTCC
62431047 TGACAGCCTT
Statistics
Matches: 48, Mismatches: 5, Indels: 0
0.91 0.09 0.00
Matches are distributed among these distances:
24 48 1.00
ACGTcount: A:0.19, C:0.44, G:0.04, T:0.32
Consensus pattern (24 bp):
TCTCCCTTATCAGCTCCTAAATCC
Found at i:62434822 original size:30 final size:30
Alignment explanation
Indices: 62434761--62434863 Score: 138
Period size: 31 Copynumber: 3.4 Consensus size: 30
62434751 ACATATACTA
* * *
62434761 GGCCGAAGCCTTTCATTTAA-C-AGTTACTG
1 GGCCGAAGCCTTTCA-TAAATCAAATCACTG
62434790 GGCCGAAGCCTTTCATAAATCAAATCACTG
1 GGCCGAAGCCTTTCATAAATCAAATCACTG
*
62434820 GGCCGAAGCCTTTTCATAAATCATATCACTG
1 GGCCGAAGCC-TTTCATAAATCAAATCACTG
62434851 GGCCGAAGCCTTT
1 GGCCGAAGCCTTT
62434864 ATTGTAAACG
Statistics
Matches: 67, Mismatches: 4, Indels: 5
0.88 0.05 0.07
Matches are distributed among these distances:
28 3 0.04
29 16 0.24
30 19 0.28
31 29 0.43
ACGTcount: A:0.27, C:0.26, G:0.19, T:0.27
Consensus pattern (30 bp):
GGCCGAAGCCTTTCATAAATCAAATCACTG
Found at i:62434838 original size:31 final size:31
Alignment explanation
Indices: 62434786--62434863 Score: 140
Period size: 31 Copynumber: 2.5 Consensus size: 31
62434776 TTTAACAGTT
62434786 ACTGGGCCGAAGCC-TTTCATAAATCAAATC
1 ACTGGGCCGAAGCCTTTTCATAAATCAAATC
*
62434816 ACTGGGCCGAAGCCTTTTCATAAATCATATC
1 ACTGGGCCGAAGCCTTTTCATAAATCAAATC
62434847 ACTGGGCCGAAGCCTTT
1 ACTGGGCCGAAGCCTTT
62434864 ATTGTAAACG
Statistics
Matches: 46, Mismatches: 1, Indels: 1
0.96 0.02 0.02
Matches are distributed among these distances:
30 14 0.30
31 32 0.70
ACGTcount: A:0.28, C:0.27, G:0.19, T:0.26
Consensus pattern (31 bp):
ACTGGGCCGAAGCCTTTTCATAAATCAAATC
Found at i:62434947 original size:42 final size:42
Alignment explanation
Indices: 62434887--62434979 Score: 141
Period size: 42 Copynumber: 2.2 Consensus size: 42
62434877 TGGCCCATAG
** *
62434887 GCCCATTTCAATAACACATGAAATATTAATGAATGTATGCAA
1 GCCCATTTCAATAACACATGAAATACCAATGAATGTATGAAA
*
62434929 GCCCATTTCAATATCACATGAAATACCAATGAATGTATGAAA
1 GCCCATTTCAATAACACATGAAATACCAATGAATGTATGAAA
*
62434971 GCCTATTTC
1 GCCCATTTC
62434980 GGGAGACTAC
Statistics
Matches: 46, Mismatches: 5, Indels: 0
0.90 0.10 0.00
Matches are distributed among these distances:
42 46 1.00
ACGTcount: A:0.40, C:0.19, G:0.12, T:0.29
Consensus pattern (42 bp):
GCCCATTTCAATAACACATGAAATACCAATGAATGTATGAAA
Found at i:62435194 original size:26 final size:26
Alignment explanation
Indices: 62435123--62435245 Score: 178
Period size: 26 Copynumber: 4.8 Consensus size: 26
62435113 CCTCTTTAAT
**
62435123 AACTGGGGCA-AAGCCCTTTTCGGTA
1 AACTGGGGCATAAGCCCTTTTCAATA
62435148 AACTGGGGCA-AAGCCCTTTTCAATA
1 AACTGGGGCATAAGCCCTTTTCAATA
**
62435173 AACTGGGGCATAAGCCCTTTTCGGTA
1 AACTGGGGCATAAGCCCTTTTCAATA
*
62435199 AACTGGGGCATAAACCCTTTTCAATA
1 AACTGGGGCATAAGCCCTTTTCAATA
*
62435225 AACTAGGGCATAAGCCCTTTT
1 AACTGGGGCATAAGCCCTTTT
62435246 GCACTTCCTC
Statistics
Matches: 88, Mismatches: 9, Indels: 1
0.90 0.09 0.01
Matches are distributed among these distances:
25 33 0.38
26 55 0.62
ACGTcount: A:0.28, C:0.24, G:0.22, T:0.26
Consensus pattern (26 bp):
AACTGGGGCATAAGCCCTTTTCAATA
Found at i:62435238 original size:52 final size:51
Alignment explanation
Indices: 62435123--62435245 Score: 212
Period size: 52 Copynumber: 2.4 Consensus size: 51
62435113 CCTCTTTAAT
*
62435123 AACTGGGGCA-AAGCCCTTTTCGGTAAACTGGGGCAAAGCCCTTTTCAATA
1 AACTGGGGCATAAGCCCTTTTCGGTAAACTGGGGCAAAACCCTTTTCAATA
62435173 AACTGGGGCATAAGCCCTTTTCGGTAAACTGGGGCATAAACCCTTTTCAATA
1 AACTGGGGCATAAGCCCTTTTCGGTAAACTGGGGCA-AAACCCTTTTCAATA
*
62435225 AACTAGGGCATAAGCCCTTTT
1 AACTGGGGCATAAGCCCTTTT
62435246 GCACTTCCTC
Statistics
Matches: 69, Mismatches: 2, Indels: 2
0.95 0.03 0.03
Matches are distributed among these distances:
50 10 0.14
51 25 0.36
52 34 0.49
ACGTcount: A:0.28, C:0.24, G:0.22, T:0.26
Consensus pattern (51 bp):
AACTGGGGCATAAGCCCTTTTCGGTAAACTGGGGCAAAACCCTTTTCAATA
Found at i:62435320 original size:20 final size:20
Alignment explanation
Indices: 62435295--62435370 Score: 104
Period size: 20 Copynumber: 3.9 Consensus size: 20
62435285 TTATGAATTC
*
62435295 ATCATGTGCATTTCATACAT
1 ATCATGTGCATATCATACAT
*
62435315 ATCATGTGCATATCATGCAT
1 ATCATGTGCATATCATACAT
62435335 ATCATGTGCATATCATATCA-
1 ATCATGTGCATATCATA-CAT
62435355 ATCATGT--ATATCATAC
1 ATCATGTGCATATCATAC
62435371 CCCACGTATC
Statistics
Matches: 52, Mismatches: 3, Indels: 5
0.87 0.05 0.08
Matches are distributed among these distances:
17 1 0.02
18 8 0.15
20 41 0.79
21 2 0.04
ACGTcount: A:0.33, C:0.20, G:0.11, T:0.37
Consensus pattern (20 bp):
ATCATGTGCATATCATACAT
Found at i:62435326 original size:11 final size:11
Alignment explanation
Indices: 62435295--62435350 Score: 66
Period size: 11 Copynumber: 5.5 Consensus size: 11
62435285 TTATGAATTC
62435295 ATCATGTGCAT
1 ATCATGTGCAT
* *
62435306 TTCA--TACAT
1 ATCATGTGCAT
62435315 ATCATGTGCAT
1 ATCATGTGCAT
62435326 ATCA--TGCAT
1 ATCATGTGCAT
62435335 ATCATGTGCAT
1 ATCATGTGCAT
62435346 ATCAT
1 ATCAT
62435351 ATCAATCATG
Statistics
Matches: 37, Mismatches: 4, Indels: 8
0.76 0.08 0.16
Matches are distributed among these distances:
9 16 0.43
11 21 0.57
ACGTcount: A:0.30, C:0.20, G:0.12, T:0.38
Consensus pattern (11 bp):
ATCATGTGCAT
Found at i:62435425 original size:25 final size:25
Alignment explanation
Indices: 62435397--62435444 Score: 96
Period size: 25 Copynumber: 1.9 Consensus size: 25
62435387 ATAATTAAAC
62435397 CCTAGGGGCAAAACAGTCATTTTTA
1 CCTAGGGGCAAAACAGTCATTTTTA
62435422 CCTAGGGGCAAAACAGTCATTTT
1 CCTAGGGGCAAAACAGTCATTTT
62435445 CACATTATAA
Statistics
Matches: 23, Mismatches: 0, Indels: 0
1.00 0.00 0.00
Matches are distributed among these distances:
25 23 1.00
ACGTcount: A:0.31, C:0.21, G:0.21, T:0.27
Consensus pattern (25 bp):
CCTAGGGGCAAAACAGTCATTTTTA
Found at i:62436076 original size:27 final size:27
Alignment explanation
Indices: 62436046--62436110 Score: 78
Period size: 27 Copynumber: 2.4 Consensus size: 27
62436036 GGGCATATTC
62436046 GTCATTTTACCATACAAGGG-TATTACG
1 GTCATTTTACCATACAAGGGCT-TTACG
* * *
62436073 GTCACTTTACCCTACAGGGGCTTTACG
1 GTCATTTTACCATACAAGGGCTTTACG
*
62436100 GTCTTTTTACC
1 GTCATTTTACC
62436111 TATTAGGGGT
Statistics
Matches: 32, Mismatches: 5, Indels: 2
0.82 0.13 0.05
Matches are distributed among these distances:
27 31 0.97
28 1 0.03
ACGTcount: A:0.22, C:0.25, G:0.18, T:0.35
Consensus pattern (27 bp):
GTCATTTTACCATACAAGGGCTTTACG
Found at i:62436194 original size:27 final size:27
Alignment explanation
Indices: 62436141--62436437 Score: 163
Period size: 27 Copynumber: 11.0 Consensus size: 27
62436131 TTTCATCCTA
* * * *
62436141 CAAGGGTGTTTTGGTAAATCTACAAAC
1 CAAGGGTATTTTGGTAATTTTATAAAC
** *
62436168 CAAGGGTATTTCAGTAATTTTGTAAAC
1 CAAGGGTATTTTGGTAATTTTATAAAC
* * * * *
62436195 TAATGGTATTTCT-ATAATTTTTAGAAAGT
1 CAAGGGTATTT-TGGTAA-TTTTATAAA-C
* *
62436224 CAAGGGTATTTCT-GTAATTTTGTAAAT
1 CAAGGGTATTT-TGGTAATTTTATAAAC
* * *
62436251 TAAGGGTATTTTGGTAATTTTACAAAT
1 CAAGGGTATTTTGGTAATTTTATAAAC
** * * * *
62436278 TGAGGATATTTCGGTAATTTCACAAA-
1 CAAGGGTATTTTGGTAATTTTATAAAC
* *
62436304 CTAGTGGTATTTTGGTAATTTTACAAAC
1 CAAG-GGTATTTTGGTAATTTTATAAAC
* * * * *
62436332 CAGGGGTATTTTAGCAATTTTACAGAC
1 CAAGGGTATTTTGGTAATTTTATAAAC
* *
62436359 C-AGGGTATTTTGGTAATTTTACT-GAT
1 CAAGGGTATTTTGGTAATTTTA-TAAAC
** *
62436385 TGAGGGTATTTTGGTAATTTTGTAAAC
1 CAAGGGTATTTTGGTAATTTTATAAAC
* * *
62436412 CAAGAGTATTTTAGTAATTTTGTAAA
1 CAAGGGTATTTTGGTAATTTTATAAA
62436438 TTGAGGGTAA
Statistics
Matches: 212, Mismatches: 49, Indels: 18
0.76 0.18 0.06
Matches are distributed among these distances:
26 23 0.11
27 159 0.75
28 16 0.08
29 14 0.07
ACGTcount: A:0.31, C:0.08, G:0.20, T:0.41
Consensus pattern (27 bp):
CAAGGGTATTTTGGTAATTTTATAAAC
Found at i:62436313 original size:54 final size:53
Alignment explanation
Indices: 62436253--62436446 Score: 192
Period size: 54 Copynumber: 3.6 Consensus size: 53
62436243 TTGTAAATTA
* * *
62436253 AGGGTATTTTGGTAATTTTACAAATTGAGGATATTTCGGTAATTTCACAAACT
1 AGGGTATTTTGGTAATTTTACAAATTGAGGGTATTTTGGTAATTTCACAAACC
** * * * *
62436306 AGTGGTATTTTGGTAATTTTACAAA-CCAGGGGTATTTTAGCAATTTTACAGACC
1 AG-GGTATTTTGGTAATTTTACAAATTGA-GGGTATTTTGGTAATTTCACAAACC
** ***
62436360 AGGGTATTTTGGTAATTTTACTGATTGAGGGTATTTTGGTAATTTTGTAAACC
1 AGGGTATTTTGGTAATTTTACAAATTGAGGGTATTTTGGTAATTTCACAAACC
* * **
62436413 AAGAGTATTTTAGTAATTTTGTAAATTGAGGGTA
1 -AGGGTATTTTGGTAATTTTACAAATTGAGGGTA
62436447 AAACAGTAAT
Statistics
Matches: 113, Mismatches: 24, Indels: 7
0.78 0.17 0.05
Matches are distributed among these distances:
53 43 0.38
54 70 0.62
ACGTcount: A:0.30, C:0.08, G:0.22, T:0.41
Consensus pattern (53 bp):
AGGGTATTTTGGTAATTTTACAAATTGAGGGTATTTTGGTAATTTCACAAACC
Found at i:62436454 original size:27 final size:27
Alignment explanation
Indices: 62436425--62436741 Score: 391
Period size: 27 Copynumber: 11.7 Consensus size: 27
62436415 GAGTATTTTA
* * *
62436425 GTAATTTTGTAAATTGAGGGTAAAACA
1 GTAATTCTGTAAATCGAGGGTAAAACG
* * *
62436452 GTAATTCTGCAAATCAAGGGTAAAATG
1 GTAATTCTGTAAATCGAGGGTAAAACG
* *
62436479 GTAATTCTGTAAATTGAGGGTAAAATG
1 GTAATTCTGTAAATCGAGGGTAAAACG
*
62436506 GTAATTTTGTAAATCGAGGGTAAAACG
1 GTAATTCTGTAAATCGAGGGTAAAACG
* * *
62436533 ATAATTCTATAAATCGAGAGTAAAACG
1 GTAATTCTGTAAATCGAGGGTAAAACG
*
62436560 GTAATTCTATAAATCGAGGGTAAAACG
1 GTAATTCTGTAAATCGAGGGTAAAACG
* *
62436587 GTAATTTTATAAATCGAGGGTAAAACG
1 GTAATTCTGTAAATCGAGGGTAAAACG
* *
62436614 ATAATTCTGTAAATCGAGGATAAAACG
1 GTAATTCTGTAAATCGAGGGTAAAACG
*
62436641 GTAATTCTGTAAATCGAGGATAAAACG
1 GTAATTCTGTAAATCGAGGGTAAAACG
* *
62436668 GTAATGCTATAAATCGAGGGTAAAACG
1 GTAATTCTGTAAATCGAGGGTAAAACG
* * ** *
62436695 ATAATTCTATAAATCGAAAGTAAAATG
1 GTAATTCTGTAAATCGAGGGTAAAACG
**
62436722 GTAATTCTACAAATCGAGGG
1 GTAATTCTGTAAATCGAGGG
62436742 CATTTCAGTA
Statistics
Matches: 254, Mismatches: 36, Indels: 0
0.88 0.12 0.00
Matches are distributed among these distances:
27 254 1.00
ACGTcount: A:0.42, C:0.09, G:0.21, T:0.28
Consensus pattern (27 bp):
GTAATTCTGTAAATCGAGGGTAAAACG
Found at i:62448630 original size:43 final size:42
Alignment explanation
Indices: 62448555--62448666 Score: 152
Period size: 43 Copynumber: 2.6 Consensus size: 42
62448545 TTAGATTACG
* * **
62448555 TGTAAGACCATATCTAGGATATGGCATCGATATGAGATTTCA
1 TGTAAGACCATAGCTGGGATATGGCATCGATATGAGATCCCA
* *
62448597 TGTAAGATCATAGCTGGGCTATTGGCATCGATATGAGATCCCA
1 TGTAAGACCATAGCTGGGATA-TGGCATCGATATGAGATCCCA
*
62448640 TGTAAGACCATATCTGGGATATGGCAT
1 TGTAAGACCATAGCTGGGATATGGCAT
62448667 TGGTATGGTA
Statistics
Matches: 60, Mismatches: 9, Indels: 2
0.85 0.13 0.03
Matches are distributed among these distances:
42 23 0.38
43 37 0.62
ACGTcount: A:0.30, C:0.16, G:0.24, T:0.29
Consensus pattern (42 bp):
TGTAAGACCATAGCTGGGATATGGCATCGATATGAGATCCCA
Found at i:62455692 original size:29 final size:29
Alignment explanation
Indices: 62455650--62455739 Score: 162
Period size: 29 Copynumber: 3.1 Consensus size: 29
62455640 TGGCTTGAGT
*
62455650 TATTGAAAGATTATGATTTGGGTATTGAC
1 TATTGAAAGATTATGATTTGGTTATTGAC
62455679 TATTGAAAGATTATGATTTGGTTATTGAC
1 TATTGAAAGATTATGATTTGGTTATTGAC
*
62455708 TATTCAAAGATTATGATTTGGTTATTGAC
1 TATTGAAAGATTATGATTTGGTTATTGAC
62455737 TAT
1 TAT
62455740 CATCCAGGAA
Statistics
Matches: 59, Mismatches: 2, Indels: 0
0.97 0.03 0.00
Matches are distributed among these distances:
29 59 1.00
ACGTcount: A:0.31, C:0.04, G:0.20, T:0.44
Consensus pattern (29 bp):
TATTGAAAGATTATGATTTGGTTATTGAC
Found at i:62459187 original size:20 final size:20
Alignment explanation
Indices: 62459138--62459187 Score: 73
Period size: 20 Copynumber: 2.5 Consensus size: 20
62459128 TGCTAAGAAC
**
62459138 ATGGAATGAAAAGTAAGTAA
1 ATGGAATGGTAAGTAAGTAA
62459158 ATGGAATGGTAAGTAAGTAA
1 ATGGAATGGTAAGTAAGTAA
*
62459178 ATGGAGTGGT
1 ATGGAATGGT
62459188 TCATAGTCTT
Statistics
Matches: 27, Mismatches: 3, Indels: 0
0.90 0.10 0.00
Matches are distributed among these distances:
20 27 1.00
ACGTcount: A:0.44, C:0.00, G:0.32, T:0.24
Consensus pattern (20 bp):
ATGGAATGGTAAGTAAGTAA
Found at i:62466574 original size:42 final size:42
Alignment explanation
Indices: 62466515--62466598 Score: 168
Period size: 42 Copynumber: 2.0 Consensus size: 42
62466505 CGGGTGATAG
62466515 TCAATAATCAGATCATAATCCTTAATTAATTCTAACCATCTC
1 TCAATAATCAGATCATAATCCTTAATTAATTCTAACCATCTC
62466557 TCAATAATCAGATCATAATCCTTAATTAATTCTAACCATCTC
1 TCAATAATCAGATCATAATCCTTAATTAATTCTAACCATCTC
62466599 CGTTGTCTCA
Statistics
Matches: 42, Mismatches: 0, Indels: 0
1.00 0.00 0.00
Matches are distributed among these distances:
42 42 1.00
ACGTcount: A:0.38, C:0.24, G:0.02, T:0.36
Consensus pattern (42 bp):
TCAATAATCAGATCATAATCCTTAATTAATTCTAACCATCTC
Found at i:62472848 original size:31 final size:31
Alignment explanation
Indices: 62472810--62472871 Score: 124
Period size: 31 Copynumber: 2.0 Consensus size: 31
62472800 ATAATTTTAG
62472810 GTGTTTATGAGTATTGACCAGATTATTGACC
1 GTGTTTATGAGTATTGACCAGATTATTGACC
62472841 GTGTTTATGAGTATTGACCAGATTATTGACC
1 GTGTTTATGAGTATTGACCAGATTATTGACC
62472872 TACTCCCTGT
Statistics
Matches: 31, Mismatches: 0, Indels: 0
1.00 0.00 0.00
Matches are distributed among these distances:
31 31 1.00
ACGTcount: A:0.26, C:0.13, G:0.23, T:0.39
Consensus pattern (31 bp):
GTGTTTATGAGTATTGACCAGATTATTGACC
Found at i:62479504 original size:17 final size:18
Alignment explanation
Indices: 62479482--62479550 Score: 63
Period size: 17 Copynumber: 3.9 Consensus size: 18
62479472 GTGAGACCTC
62479482 TTAAATT-TTAAATTTTA
1 TTAAATTATTAAATTTTA
*
62479499 TTAAATTATTTAATTTT-
1 TTAAATTATTAAATTTTA
* *
62479516 TCAATTTATTAAATTATTA
1 TTAAATTATTAAATT-TTA
* *
62479535 GT-AATTTTTAAATTTT
1 TTAAATTATTAAATTTT
62479551 TGAGAAAATA
Statistics
Matches: 41, Mismatches: 8, Indels: 6
0.75 0.15 0.11
Matches are distributed among these distances:
17 21 0.51
18 20 0.49
ACGTcount: A:0.38, C:0.01, G:0.01, T:0.59
Consensus pattern (18 bp):
TTAAATTATTAAATTTTA
Found at i:62479513 original size:25 final size:27
Alignment explanation
Indices: 62479487--62479550 Score: 96
Period size: 25 Copynumber: 2.4 Consensus size: 27
62479477 ACCTCTTAAA
62479487 TTTTAAATTTTATTAAATTATT-TAAT
1 TTTTAAATTTTATTAAATTATTATAAT
*
62479513 TTTTCAA-TTTATTAAATTATTAGTAAT
1 TTTTAAATTTTATTAAATTATTA-TAAT
62479540 TTTTAAATTTT
1 TTTTAAATTTT
62479551 TGAGAAAATA
Statistics
Matches: 33, Mismatches: 2, Indels: 4
0.85 0.05 0.10
Matches are distributed among these distances:
25 14 0.42
26 6 0.18
27 10 0.30
28 3 0.09
ACGTcount: A:0.36, C:0.02, G:0.02, T:0.61
Consensus pattern (27 bp):
TTTTAAATTTTATTAAATTATTATAAT
Found at i:62479549 original size:8 final size:8
Alignment explanation
Indices: 62479482--62479551 Score: 54
Period size: 8 Copynumber: 8.2 Consensus size: 8
62479472 GTGAGACCTC
62479482 TTAAA-TT
1 TTAAATTT
62479489 TTAAATTTT
1 TTAAA-TTT
62479498 ATTAAATTAT
1 -TTAAATT-T
62479508 TT-AATTT
1 TTAAATTT
*
62479515 TTCAATTT
1 TTAAATTT
*
62479523 ATTAAATTA
1 -TTAAATTT
62479532 TTAGTAATTT
1 TTA--AATTT
62479542 TTAAATTT
1 TTAAATTT
62479550 TT
1 TT
62479552 GAGAAAATAA
Statistics
Matches: 52, Mismatches: 3, Indels: 15
0.74 0.04 0.21
Matches are distributed among these distances:
7 8 0.15
8 19 0.37
9 12 0.23
10 13 0.25
ACGTcount: A:0.37, C:0.01, G:0.01, T:0.60
Consensus pattern (8 bp):
TTAAATTT
Found at i:62486138 original size:6 final size:6
Alignment explanation
Indices: 62486107--62486215 Score: 64
Period size: 6 Copynumber: 17.8 Consensus size: 6
62486097 AAGAAACATT
* * *
62486107 ATCAGA A-CTAGA ATCAAA AT-ACGA ATCAGA ATCAAA ATCAG- GTGACAGA
1 ATCAGA ATC-AGA ATCAGA ATCA-GA ATCAGA ATCAGA ATCAGA AT--CAGA
* * * *
62486156 ATCAGA ATCAAA ATCAGA ATCAAA ATTAG- GTGACAGA ATCAGA ATCAGA
1 ATCAGA ATCAGA ATCAGA ATCAGA ATCAGA AT--CAGA ATCAGA ATCAGA
*
62486205 ATCAGT ATCAG
1 ATCAGA ATCAG
62486216 GTAAGAGAAT
Statistics
Matches: 78, Mismatches: 15, Indels: 20
0.69 0.13 0.18
Matches are distributed among these distances:
5 4 0.05
6 65 0.83
7 7 0.09
8 2 0.03
ACGTcount: A:0.50, C:0.16, G:0.17, T:0.18
Consensus pattern (6 bp):
ATCAGA
Found at i:62486157 original size:37 final size:37
Alignment explanation
Indices: 62486116--62486214 Score: 146
Period size: 37 Copynumber: 2.7 Consensus size: 37
62486106 TATCAGAACT
*
62486116 AGAATCAAAAT-ACGAATCAGAATCAAAATCAGGTGAC
1 AGAATCAGAATCA-GAATCAGAATCAAAATCAGGTGAC
* *
62486153 AGAATCAGAATCAAAATCAGAATCAAAATTAGGTGAC
1 AGAATCAGAATCAGAATCAGAATCAAAATCAGGTGAC
*
62486190 AGAATCAGAATCAGAATCAGTATCA
1 AGAATCAGAATCAGAATCAGAATCA
62486215 GGTAAGAGAA
Statistics
Matches: 56, Mismatches: 5, Indels: 2
0.89 0.08 0.03
Matches are distributed among these distances:
37 55 0.98
38 1 0.02
ACGTcount: A:0.51, C:0.15, G:0.16, T:0.18
Consensus pattern (37 bp):
AGAATCAGAATCAGAATCAGAATCAAAATCAGGTGAC
Found at i:62486171 original size:31 final size:31
Alignment explanation
Indices: 62486129--62486237 Score: 101
Period size: 31 Copynumber: 3.3 Consensus size: 31
62486119 ATCAAAATAC
62486129 GAATCAGAATCAAAATCAGGTGACAGAATCA
1 GAATCAGAATCAAAATCAGGTGACAGAATCA
*
62486160 GAATCAAAATCAGAATCAAAATTAGGTGACAGAATCA
1 G------AATCAGAATCAAAATCAGGTGACAGAATCA
** * *
62486197 GAATCAGAATCAGTATCAGGTAAGAGAATCA
1 GAATCAGAATCAAAATCAGGTGACAGAATCA
* *
62486228 AAATTAGAAT
1 GAATCAGAAT
62486238 GTGAATACAA
Statistics
Matches: 64, Mismatches: 8, Indels: 12
0.76 0.10 0.14
Matches are distributed among these distances:
31 34 0.53
37 30 0.47
ACGTcount: A:0.50, C:0.13, G:0.18, T:0.19
Consensus pattern (31 bp):
GAATCAGAATCAAAATCAGGTGACAGAATCA
Found at i:62486395 original size:27 final size:27
Alignment explanation
Indices: 62486355--62486462 Score: 112
Period size: 27 Copynumber: 4.0 Consensus size: 27
62486345 AGCATGGCTG
* * *
62486355 CCAGA-ACAGATATTGTGACAGAGTCA
1 CCAGATACATATATTGTGGCAGAGCCA
62486381 CCAGATACATATATTGTGGCAGAGCCA
1 CCAGATACATATATTGTGGCAGAGCCA
* *
62486408 CCAGAATAGATAT-TTGTGGCATAGCCA
1 CCAG-ATACATATATTGTGGCAGAGCCA
* * * *
62486435 CCAGAAACAGATAATGTGGCAAAGCCA
1 CCAGATACATATATTGTGGCAGAGCCA
62486462 C
1 C
62486463 TTAACAGAAT
Statistics
Matches: 69, Mismatches: 10, Indels: 5
0.82 0.12 0.06
Matches are distributed among these distances:
26 10 0.14
27 52 0.75
28 7 0.10
ACGTcount: A:0.37, C:0.21, G:0.22, T:0.19
Consensus pattern (27 bp):
CCAGATACATATATTGTGGCAGAGCCA
Found at i:62486453 original size:54 final size:53
Alignment explanation
Indices: 62486355--62486462 Score: 135
Period size: 54 Copynumber: 2.0 Consensus size: 53
62486345 AGCATGGCTG
* * * * *
62486355 CCAGAACAGATATTGTGACAGAGTCACCAGATACATATATTGTGGCAGAGCCA
1 CCAGAACAGATATTGTGACAGAGCCACCAGAAACAGATAATGTGGCAAAGCCA
* * *
62486408 CCAGAATAGATATTTGTGGCATAGCCACCAGAAACAGATAATGTGGCAAAGCCA
1 CCAGAACAGATA-TTGTGACAGAGCCACCAGAAACAGATAATGTGGCAAAGCCA
62486462 C
1 C
62486463 TTAACAGAAT
Statistics
Matches: 46, Mismatches: 8, Indels: 1
0.84 0.15 0.02
Matches are distributed among these distances:
53 11 0.24
54 35 0.76
ACGTcount: A:0.37, C:0.21, G:0.22, T:0.19
Consensus pattern (53 bp):
CCAGAACAGATATTGTGACAGAGCCACCAGAAACAGATAATGTGGCAAAGCCA
Found at i:62486505 original size:22 final size:22
Alignment explanation
Indices: 62486477--62486540 Score: 85
Period size: 22 Copynumber: 2.9 Consensus size: 22
62486467 CAGAATACGT
*
62486477 TTGGCACACAGCCATAATCAGG
1 TTGGCACAAAGCCATAATCAGG
*
62486499 TTGGCACAAAGCCAT-ATGTAGG
1 TTGGCACAAAGCCATAAT-CAGG
*
62486521 TTTGCACAAAGCCATAATCA
1 TTGGCACAAAGCCATAATCA
62486541 AAATAATTGG
Statistics
Matches: 36, Mismatches: 4, Indels: 4
0.82 0.09 0.09
Matches are distributed among these distances:
21 2 0.06
22 32 0.89
23 2 0.06
ACGTcount: A:0.34, C:0.23, G:0.20, T:0.22
Consensus pattern (22 bp):
TTGGCACAAAGCCATAATCAGG
Found at i:62487445 original size:27 final size:27
Alignment explanation
Indices: 62486930--62487426 Score: 639
Period size: 27 Copynumber: 18.5 Consensus size: 27
62486920 AGGAAAAATG
* * *
62486930 GTAATTTTACCCCACAAGGGTATCTC-
1 GTAATTCTACCCTACAAGGGTATTTCA
*
62486956 GCTAATTCTACCTTAC-AGGTGTATTTCA
1 G-TAATTCTACCCTACAAGG-GTATTTCA
*
62486984 GTAATTCTACCCTACAGGGGTATTTCA
1 GTAATTCTACCCTACAAGGGTATTTCA
* *
62487011 GTAATTCTACCTTACAGGGGTATTTCA
1 GTAATTCTACCCTACAAGGGTATTTCA
* *
62487038 GTATTTCTACCCTACAATGGTATTTCA
1 GTAATTCTACCCTACAAGGGTATTTCA
*
62487065 GTAATTCTACCCTAC-AGGGTATTTCG
1 GTAATTCTACCCTACAAGGGTATTTCA
* * *
62487091 GTATTTCTACCTTACAAGGGTATTTTA
1 GTAATTCTACCCTACAAGGGTATTTCA
62487118 GTAATTCTACCCTACAAGGGTATTTCA
1 GTAATTCTACCCTACAAGGGTATTTCA
* *
62487145 GTAATTCTACCCTACAGGGGTATTTCG
1 GTAATTCTACCCTACAAGGGTATTTCA
*
62487172 GTAATTCTACCCTACAAAGGTATTTCA
1 GTAATTCTACCCTACAAGGGTATTTCA
* * *
62487199 ATAATTCTACCCTATAGGGGTATTTCA
1 GTAATTCTACCCTACAAGGGTATTTCA
* * *
62487226 GTATTTCTACCCTACAATGGTATTTCG
1 GTAATTCTACCCTACAAGGGTATTTCA
62487253 GTAATTCTACCCTACAAGGGTATTTCA
1 GTAATTCTACCCTACAAGGGTATTTCA
*
62487280 GTAATTCTACCCTACAGGGGTATTTC-
1 GTAATTCTACCCTACAAGGGTATTTCA
* *
62487306 GATAATTCTACCCT-TAGGGGTATTTCA
1 G-TAATTCTACCCTACAAGGGTATTTCA
* *
62487333 GTAATTCTACCATAC-AGGGTATTTCG
1 GTAATTCTACCCTACAAGGGTATTTCA
*
62487359 GTAATTCTACCCTACAAGGGTATTTCG
1 GTAATTCTACCCTACAAGGGTATTTCA
* *
62487386 GTAGTTCTACCGTACAAGGGTATTTC-
1 GTAATTCTACCCTACAAGGGTATTTCA
62487412 GATAATTCTACCCTA
1 G-TAATTCTACCCTA
62487427 TAGGGGTGTT
Statistics
Matches: 411, Mismatches: 50, Indels: 19
0.86 0.10 0.04
Matches are distributed among these distances:
26 73 0.18
27 335 0.82
28 3 0.01
ACGTcount: A:0.26, C:0.21, G:0.16, T:0.36
Consensus pattern (27 bp):
GTAATTCTACCCTACAAGGGTATTTCA
Found at i:62487555 original size:27 final size:27
Alignment explanation
Indices: 62487477--62487769 Score: 297
Period size: 27 Copynumber: 10.9 Consensus size: 27
62487467 GTAATTCTGT
* *
62487477 AAATCGGGGGTACTTTGGTAATTTTAC
1 AAATCAGGGGTATTTTGGTAATTTTAC
* * * *
62487504 AAGT-TGAAGGTATTTTAGTAATTTTAC
1 AAATCAG-GGGTATTTTGGTAATTTTAC
** *
62487531 AAATC-GGGGTATTTCAGTAATTTTTC
1 AAATCAGGGGTATTTTGGTAATTTTAC
* * * *
62487557 AAATCAGAGATATTTCGGTAATTTTGC
1 AAATCAGGGGTATTTTGGTAATTTTAC
* * *
62487584 AAATCAGGCGTATTTCGATAATTTTAC
1 AAATCAGGGGTATTTTGGTAATTTTAC
*
62487611 AAATTAGGGGTATTTTGGTAATTTTAC
1 AAATCAGGGGTATTTTGGTAATTTTAC
* *
62487638 AAACCAGGGGTATTTTGGTAAGTTTAC
1 AAATCAGGGGTATTTTGGTAATTTTAC
*
62487665 AAACCAGGGGTATTTTGGTAATTTTAC
1 AAATCAGGGGTATTTTGGTAATTTTAC
* *
62487692 AAACCAGGGGTATTTTGGTAATTTTGC
1 AAATCAGGGGTATTTTGGTAATTTTAC
** *
62487719 TCATC-GAGGGTATTTTGGTAATTTTCC
1 AAATCAG-GGGTATTTTGGTAATTTTAC
*
62487746 TAATC-GAGGGTATTTTGGTAATTT
1 AAATCAG-GGGTATTTTGGTAATTT
62487770 GGTAAACTAA
Statistics
Matches: 230, Mismatches: 32, Indels: 8
0.85 0.12 0.03
Matches are distributed among these distances:
26 24 0.10
27 206 0.90
ACGTcount: A:0.28, C:0.10, G:0.22, T:0.40
Consensus pattern (27 bp):
AAATCAGGGGTATTTTGGTAATTTTAC
Found at i:62489251 original size:14 final size:16
Alignment explanation
Indices: 62489218--62489254 Score: 51
Period size: 16 Copynumber: 2.4 Consensus size: 16
62489208 TTTTAATTAG
*
62489218 TATTATGAGATAAAAT
1 TATTATTAGATAAAAT
62489234 TATTATTAGA-AAAA-
1 TATTATTAGATAAAAT
62489248 TATTATT
1 TATTATT
62489255 GTATGTATTT
Statistics
Matches: 20, Mismatches: 1, Indels: 2
0.87 0.04 0.09
Matches are distributed among these distances:
14 7 0.35
15 4 0.20
16 9 0.45
ACGTcount: A:0.49, C:0.00, G:0.08, T:0.43
Consensus pattern (16 bp):
TATTATTAGATAAAAT
Found at i:62489281 original size:12 final size:12
Alignment explanation
Indices: 62489262--62489290 Score: 51
Period size: 12 Copynumber: 2.5 Consensus size: 12
62489252 ATTGTATGTA
62489262 TTTT-TGAAAAT
1 TTTTATGAAAAT
62489273 TTTTATGAAAAT
1 TTTTATGAAAAT
62489285 TTTTAT
1 TTTTAT
62489291 TATATGTTGT
Statistics
Matches: 17, Mismatches: 0, Indels: 1
0.94 0.00 0.06
Matches are distributed among these distances:
11 4 0.24
12 13 0.76
ACGTcount: A:0.34, C:0.00, G:0.07, T:0.59
Consensus pattern (12 bp):
TTTTATGAAAAT
Found at i:62492413 original size:40 final size:40
Alignment explanation
Indices: 62492358--62492587 Score: 311
Period size: 40 Copynumber: 5.8 Consensus size: 40
62492348 GATGAAAACG
* **
62492358 GGGCTAAGTCCCGAAGGCATTTGTGCTAGCGACTAATTCC
1 GGGCTAAGTCCCGAAGGCATTTGTGCGAGTTACTAATTCC
* * * *
62492398 GGGCTAAGTCCCGAAGGCATTTGTGCTAATGACTAATTTC
1 GGGCTAAGTCCCGAAGGCATTTGTGCGAGTTACTAATTCC
**
62492438 GGGCTAAGTCAAGAAGGCATTTGTGCGAGTTACTAATTCC
1 GGGCTAAGTCCCGAAGGCATTTGTGCGAGTTACTAATTCC
*
62492478 AGGCTAAGTCCCGAAGGCATTTGTGCGAGTTACT-ATATCC
1 GGGCTAAGTCCCGAAGGCATTTGTGCGAGTTACTAAT-TCC
**
62492518 GGGCTAAGTCCCGAAGGCATTTGTGCGAACTACT-ATATCC
1 GGGCTAAGTCCCGAAGGCATTTGTGCGAGTTACTAAT-TCC
*
62492558 GGGCTAAGTCCCGAAGGCATTTGAGCGAGT
1 GGGCTAAGTCCCGAAGGCATTTGTGCGAGT
62492588 AGCTATATCC
Statistics
Matches: 171, Mismatches: 18, Indels: 2
0.90 0.09 0.01
Matches are distributed among these distances:
39 2 0.01
40 169 0.99
ACGTcount: A:0.25, C:0.22, G:0.27, T:0.26
Consensus pattern (40 bp):
GGGCTAAGTCCCGAAGGCATTTGTGCGAGTTACTAATTCC
Found at i:62492594 original size:40 final size:39
Alignment explanation
Indices: 62492358--62492613 Score: 295
Period size: 40 Copynumber: 6.4 Consensus size: 39
62492348 GATGAAAACG
* *
62492358 GGGCTAAGTCCCGAAGGCATTTGTGCTAGCGACTAATTCC
1 GGGCTAAGTCCCGAAGGCATTTGTGCGAG-TACTAATTCC
* * *
62492398 GGGCTAAGTCCCGAAGGCATTTGTGCTAATGACTAATTTC
1 GGGCTAAGTCCCGAAGGCATTTGTGCGAGT-ACTAATTCC
**
62492438 GGGCTAAGTCAAGAAGGCATTTGTGCGAGTTACTAATTCC
1 GGGCTAAGTCCCGAAGGCATTTGTGCGAG-TACTAATTCC
*
62492478 AGGCTAAGTCCCGAAGGCATTTGTGCGAGTTACT-ATATCC
1 GGGCTAAGTCCCGAAGGCATTTGTGCGAG-TACTAAT-TCC
*
62492518 GGGCTAAGTCCCGAAGGCATTTGTGCGAACTACT-ATATCC
1 GGGCTAAGTCCCGAAGGCATTTGTGCG-AGTACTAAT-TCC
*
62492558 GGGCTAAGTCCCGAAGGCATTTGAGCGAGTAGCT-ATATCC
1 GGGCTAAGTCCCGAAGGCATTTGTGCGAGTA-CTAAT-TCC
* *
62492598 -GGTTAAATCCCGAAGG
1 GGGCTAAGTCCCGAAGG
62492614 TACTTGGTTG
Statistics
Matches: 194, Mismatches: 17, Indels: 11
0.87 0.08 0.05
Matches are distributed among these distances:
39 19 0.10
40 173 0.89
41 2 0.01
ACGTcount: A:0.25, C:0.22, G:0.27, T:0.26
Consensus pattern (39 bp):
GGGCTAAGTCCCGAAGGCATTTGTGCGAGTACTAATTCC
Found at i:62494847 original size:25 final size:25
Alignment explanation
Indices: 62494818--62494865 Score: 69
Period size: 25 Copynumber: 1.9 Consensus size: 25
62494808 TTATAATATG
** *
62494818 AAAATGACTGTTTTGCCCCTAGGTA
1 AAAATGACCATTTTACCCCTAGGTA
62494843 AAAATGACCATTTTACCCCTAGG
1 AAAATGACCATTTTACCCCTAGG
62494866 GTTTAATTGT
Statistics
Matches: 20, Mismatches: 3, Indels: 0
0.87 0.13 0.00
Matches are distributed among these distances:
25 20 1.00
ACGTcount: A:0.31, C:0.23, G:0.17, T:0.29
Consensus pattern (25 bp):
AAAATGACCATTTTACCCCTAGGTA
Found at i:62495301 original size:31 final size:31
Alignment explanation
Indices: 62495263--62495346 Score: 134
Period size: 31 Copynumber: 2.7 Consensus size: 31
62495253 TTGTTACAGT
62495263 AAAGGCTTCGGCCCAGTGATATGAATAATGA
1 AAAGGCTTCGGCCCAGTGATATGAATAATGA
* * *
62495294 AAAGGCTTTGGCCTAGTGATATGAATAATGT
1 AAAGGCTTCGGCCCAGTGATATGAATAATGA
62495325 AAAGGCTTCGGCCCAGT-ATATG
1 AAAGGCTTCGGCCCAGTGATATG
62495347 CTAAGATTGA
Statistics
Matches: 48, Mismatches: 5, Indels: 1
0.89 0.09 0.02
Matches are distributed among these distances:
30 5 0.10
31 43 0.90
ACGTcount: A:0.32, C:0.15, G:0.26, T:0.26
Consensus pattern (31 bp):
AAAGGCTTCGGCCCAGTGATATGAATAATGA
Found at i:62501704 original size:24 final size:22
Alignment explanation
Indices: 62501661--62501708 Score: 53
Period size: 24 Copynumber: 2.1 Consensus size: 22
62501651 ATTGCATTTC
*
62501661 ATATATTTTCATACCATCATCAA
1 ATATATTATCATACCATCAT-AA
62501684 ATATCATTATCATA-CATTCATAA
1 ATAT-ATTATCATACCA-TCATAA
62501707 AT
1 AT
62501709 CATACGATTA
Statistics
Matches: 22, Mismatches: 1, Indels: 4
0.81 0.04 0.15
Matches are distributed among these distances:
23 10 0.45
24 12 0.55
ACGTcount: A:0.42, C:0.19, G:0.00, T:0.40
Consensus pattern (22 bp):
ATATATTATCATACCATCATAA
Found at i:62506233 original size:49 final size:47
Alignment explanation
Indices: 62506151--62506259 Score: 173
Period size: 49 Copynumber: 2.3 Consensus size: 47
62506141 CTTACTTTGA
62506151 GAATGTGAAAGTGTATATATGTGATAAGGCCTAATGGCAGATGTGAT
1 GAATGTGAAAGTGTATATATGTGATAAGGCCTAATGGCAGATGTGAT
* *
62506198 GAATGTGAAAGTGTATATATATGTGATAGGGCCTAATGGCCGATGTGAT
1 GAATGTGAAAGTG--TATATATGTGATAAGGCCTAATGGCAGATGTGAT
62506247 GAATGTGATAAGT
1 GAATGTGA-AAGT
62506260 CCCGAAGGGC
Statistics
Matches: 57, Mismatches: 2, Indels: 3
0.92 0.03 0.05
Matches are distributed among these distances:
47 13 0.23
49 40 0.70
50 4 0.07
ACGTcount: A:0.33, C:0.06, G:0.30, T:0.30
Consensus pattern (47 bp):
GAATGTGAAAGTGTATATATGTGATAAGGCCTAATGGCAGATGTGAT
Found at i:62506432 original size:37 final size:37
Alignment explanation
Indices: 62506376--62506454 Score: 122
Period size: 37 Copynumber: 2.1 Consensus size: 37
62506366 CCGAGCTCTA
* * *
62506376 AAGACCCGATGACTACGTGTGGGGATTTTGTCCGGGT
1 AAGACCCGATAACTACGTGTGGAGATTATGTCCGGGT
*
62506413 AAGACCCGATAACTTCGTGTGGAGATTATGTCCGGGT
1 AAGACCCGATAACTACGTGTGGAGATTATGTCCGGGT
62506450 AAGAC
1 AAGAC
62506455 TTCGTAATAA
Statistics
Matches: 38, Mismatches: 4, Indels: 0
0.90 0.10 0.00
Matches are distributed among these distances:
37 38 1.00
ACGTcount: A:0.24, C:0.19, G:0.32, T:0.25
Consensus pattern (37 bp):
AAGACCCGATAACTACGTGTGGAGATTATGTCCGGGT
Found at i:62509410 original size:119 final size:120
Alignment explanation
Indices: 62509234--62509456 Score: 301
Period size: 119 Copynumber: 1.9 Consensus size: 120
62509224 TACTCGTTCA
* * *
62509234 AATGCCTTCGGGACATAGCCCGGTTATAGTGACTCACACAAATGCCTTCGGGACTTAGCCCGGTT
1 AATGCCTTCGGGACATAGCCCGGATATAGTAACTCACACAAATGCCTTCGGGACTTAGCCCGGAT
*
62509299 ATAGTAAC-TCGCACAAATGCCTTCGGGACTTAACCCGGATTTAGTAACTCGCACC
66 ATAGTAACTTAGCACAAA-GCCTTCGGGACTTAACCCGGATTTAGTAACTCGCACC
* * *
62509354 AATGCCTTCGGG-CTTAGCCCGGA-ATTAGTAACTCGCACAAATGCCTTC-GGATCTTAGTCCGG
1 AATGCCTTCGGGACATAGCCCGGATA-TAGTAACTCACACAAATGCCTTCGGGA-CTTAGCCCGG
* * *
62509416 ATATGGTCACTTAGCACAAAGCCTTCGGGACTTAGCCCGGA
64 ATATAGTAACTTAGCACAAAGCCTTCGGGACTTAACCCGGA
62509457 CATCATTCAA
Statistics
Matches: 90, Mismatches: 10, Indels: 7
0.84 0.09 0.07
Matches are distributed among these distances:
118 4 0.04
119 66 0.73
120 20 0.22
ACGTcount: A:0.25, C:0.28, G:0.23, T:0.24
Consensus pattern (120 bp):
AATGCCTTCGGGACATAGCCCGGATATAGTAACTCACACAAATGCCTTCGGGACTTAGCCCGGAT
ATAGTAACTTAGCACAAAGCCTTCGGGACTTAACCCGGATTTAGTAACTCGCACC
Found at i:62509456 original size:40 final size:40
Alignment explanation
Indices: 62509213--62509456 Score: 291
Period size: 40 Copynumber: 6.1 Consensus size: 40
62509203 CGGAATTTAA
** *
62509213 CCGGATATAGCT-ACTCGTTCAAATGCCTTCGGGACATAGC
1 CCGGATATAG-TAACTCGCACAAATGCCTTCGGGACTTAGC
* * *
62509253 CCGGTTATAGTGACTCACACAAATGCCTTCGGGACTTAGC
1 CCGGATATAGTAACTCGCACAAATGCCTTCGGGACTTAGC
* *
62509293 CCGGTTATAGTAACTCGCACAAATGCCTTCGGGACTTAAC
1 CCGGATATAGTAACTCGCACAAATGCCTTCGGGACTTAGC
* *
62509333 CCGGATTTAGTAACTCGCACCAATGCCTTCGGG-CTTAGC
1 CCGGATATAGTAACTCGCACAAATGCCTTCGGGACTTAGC
*
62509372 CCGGA-ATTAGTAACTCGCACAAATGCCTTC-GGATCTTAGT
1 CCGGATA-TAGTAACTCGCACAAATGCCTTCGGGA-CTTAGC
* * *
62509412 CCGGATATGGTCACTTAGCACAAA-GCCTTCGGGACTTAGC
1 CCGGATATAGTAAC-TCGCACAAATGCCTTCGGGACTTAGC
62509452 CCGGA
1 CCGGA
62509457 CATCATTCAA
Statistics
Matches: 178, Mismatches: 19, Indels: 14
0.84 0.09 0.07
Matches are distributed among these distances:
38 2 0.01
39 33 0.19
40 131 0.74
41 12 0.07
ACGTcount: A:0.25, C:0.28, G:0.23, T:0.25
Consensus pattern (40 bp):
CCGGATATAGTAACTCGCACAAATGCCTTCGGGACTTAGC
Found at i:62511730 original size:29 final size:29
Alignment explanation
Indices: 62511695--62511768 Score: 114
Period size: 29 Copynumber: 2.6 Consensus size: 29
62511685 GTTGTGAGAT
*
62511695 TGGCACTAAGTGTGCGGGCTTGAAA-TACA
1 TGGCACTAAGTGTGCGAG-TTGAAAGTACA
*
62511724 TGGCACTAAGTGTGCGAGTTTAAAGTACA
1 TGGCACTAAGTGTGCGAGTTGAAAGTACA
62511753 TGGCACTAAGTGTGCG
1 TGGCACTAAGTGTGCG
62511769 TGGTTGATTA
Statistics
Matches: 42, Mismatches: 2, Indels: 2
0.91 0.04 0.04
Matches are distributed among these distances:
28 5 0.12
29 37 0.88
ACGTcount: A:0.27, C:0.16, G:0.31, T:0.26
Consensus pattern (29 bp):
TGGCACTAAGTGTGCGAGTTGAAAGTACA
Found at i:62512202 original size:40 final size:40
Alignment explanation
Indices: 62512158--62512434 Score: 340
Period size: 40 Copynumber: 6.9 Consensus size: 40
62512148 CAGTTACTAA
62512158 ATCCGGGCTAAGTCCCGAAGAGCATTCATGCTAGTGATGT
1 ATCCGGGCTAAGTCCCGAAGAGCATTCATGCTAGTGATGT
* **
62512198 ATCCGGGCTAAGTTCCGAAGAGCATTCATGCTAGCAATGT
1 ATCCGGGCTAAGTCCCGAAGAGCATTCATGCTAGTGATGT
* *
62512238 ATCCGGGCTAAGTCCTGAAGAGCATTCATGCTAGTAATGT
1 ATCCGGGCTAAGTCCCGAAGAGCATTCATGCTAGTGATGT
* *
62512278 ATCCGGGCTAAGTTCCGAAGAGCATTCGTGCTAGTGATGT
1 ATCCGGGCTAAGTCCCGAAGAGCATTCATGCTAGTGATGT
* * *
62512318 ATCCGGGCTAAGTTCCGAAGAGCATTCGTGCTAGTGATAT
1 ATCCGGGCTAAGTCCCGAAGAGCATTCATGCTAGTGATGT
* * * ** * * *
62512358 ATCCGTGCTAA-ACCTCAAAGAGCATTTGTGCTGGTGTTAT
1 ATCCGGGCTAAGTCC-CGAAGAGCATTCATGCTAGTGATGT
* * * *
62512398 ATCCGGGCTAGGTCCCGAAGAGTAATCATGCTGGTGA
1 ATCCGGGCTAAGTCCCGAAGAGCATTCATGCTAGTGA
62512435 CGTGTATTCG
Statistics
Matches: 208, Mismatches: 27, Indels: 4
0.87 0.11 0.02
Matches are distributed among these distances:
39 1 0.00
40 205 0.99
41 2 0.01
ACGTcount: A:0.25, C:0.21, G:0.27, T:0.27
Consensus pattern (40 bp):
ATCCGGGCTAAGTCCCGAAGAGCATTCATGCTAGTGATGT
Found at i:62512215 original size:80 final size:80
Alignment explanation
Indices: 62512117--62512434 Score: 345
Period size: 80 Copynumber: 4.0 Consensus size: 80
62512107 TAAGTGACCA
* * * * * **
62512117 TATCCGGACTAAGATCCGAAG-GCATTGGTGCCAGTTACTAAATCCGGGCTAAGTCCCGAAGAGC
1 TATCCGGGCTAAGTTCCGAAGAGCATTCGTGCTAGTCA-TGTATCCGGGCTAAGTCCCGAAGAGC
62512181 ATTCATGCTAGTGATG
65 ATTCATGCTAGTGATG
* *
62512197 TATCCGGGCTAAGTTCCGAAGAGCATTCATGCTAG-CAATGTATCCGGGCTAAGTCCTGAAGAGC
1 TATCCGGGCTAAGTTCCGAAGAGCATTCGTGCTAGTC-ATGTATCCGGGCTAAGTCCCGAAGAGC
*
62512261 ATTCATGCTAGTAATG
65 ATTCATGCTAGTGATG
* *
62512277 TATCCGGGCTAAGTTCCGAAGAGCATTCGTGCTAGTGATGTATCCGGGCTAAGTTCCGAAGAGCA
1 TATCCGGGCTAAGTTCCGAAGAGCATTCGTGCTAGTCATGTATCCGGGCTAAGTCCCGAAGAGCA
* *
62512342 TTCGTGCTAGTGATA
66 TTCATGCTAGTGATG
* ** * * * ** * * *
62512357 TATCCGTGCTAA-ACCTCAAAGAGCATTTGTGCTGGTGTTATATCCGGGCTAGGTCCCGAAGAGT
1 TATCCGGGCTAAGTTC-CGAAGAGCATTCGTGCTAGTCATGTATCCGGGCTAAGTCCCGAAGAGC
* *
62512421 AATCATGCTGGTGA
65 ATTCATGCTAGTGA
62512435 CGTGTATTCG
Statistics
Matches: 203, Mismatches: 31, Indels: 8
0.84 0.13 0.03
Matches are distributed among these distances:
79 1 0.00
80 191 0.94
81 11 0.05
ACGTcount: A:0.26, C:0.21, G:0.27, T:0.26
Consensus pattern (80 bp):
TATCCGGGCTAAGTTCCGAAGAGCATTCGTGCTAGTCATGTATCCGGGCTAAGTCCCGAAGAGCA
TTCATGCTAGTGATG
Found at i:62516166 original size:49 final size:48
Alignment explanation
Indices: 62516084--62516241 Score: 264
Period size: 49 Copynumber: 3.2 Consensus size: 48
62516074 CTTACTTTAA
* *
62516084 GAATGTGAAAGTG-TATATATGTGATAAGGCCTAATGGCCGCTGTGAT
1 GAATGTGAAAGTGTTATATATGTGATAGGGCCTAATGGCCGATGTGAT
62516131 GAATGTGAAAGTGTATATATATGTGATAGGGCCTAATGGCCGATGTGAT
1 GAATGTGAAAGTGT-TATATATGTGATAGGGCCTAATGGCCGATGTGAT
62516180 GAATGTGAAAGTGTGTATATATGTGATAGGGCCTAATGGCCGATGTGAT
1 GAATGTGAAAGTGT-TATATATGTGATAGGGCCTAATGGCCGATGTGAT
62516229 GAATGTGATAAGT
1 GAATGTGA-AAGT
62516242 CCCGAAGGGC
Statistics
Matches: 105, Mismatches: 3, Indels: 3
0.95 0.03 0.03
Matches are distributed among these distances:
47 13 0.12
49 88 0.84
50 4 0.04
ACGTcount: A:0.30, C:0.08, G:0.31, T:0.30
Consensus pattern (48 bp):
GAATGTGAAAGTGTTATATATGTGATAGGGCCTAATGGCCGATGTGAT
Found at i:62516414 original size:37 final size:37
Alignment explanation
Indices: 62516358--62516436 Score: 113
Period size: 37 Copynumber: 2.1 Consensus size: 37
62516348 CCGAGCTCTA
* * * *
62516358 AAGACCCGATGACTACGTGTGGGGATTTTGTCCGGGT
1 AAGACCCGATAACTACGTGTGGAGATTATGTCCGAGT
*
62516395 AAGACCCGATAACTTCGTGTGGAGATTATGTCCGAGT
1 AAGACCCGATAACTACGTGTGGAGATTATGTCCGAGT
62516432 AAGAC
1 AAGAC
62516437 TTCATAATTA
Statistics
Matches: 37, Mismatches: 5, Indels: 0
0.88 0.12 0.00
Matches are distributed among these distances:
37 37 1.00
ACGTcount: A:0.25, C:0.19, G:0.30, T:0.25
Consensus pattern (37 bp):
AAGACCCGATAACTACGTGTGGAGATTATGTCCGAGT
Found at i:62528165 original size:11 final size:11
Alignment explanation
Indices: 62528149--62528198 Score: 61
Period size: 11 Copynumber: 4.8 Consensus size: 11
62528139 ATATATGAAT
62528149 ATATCATGTGC
1 ATATCATGTGC
*
62528160 ATATCA--TAC
1 ATATCATGTGC
62528169 ATATCATGTGC
1 ATATCATGTGC
62528180 ATATCATGT-C
1 ATATCATGTGC
*
62528190 AAATCATGT
1 ATATCATGT
62528199 ATACCAAAAT
Statistics
Matches: 34, Mismatches: 3, Indels: 5
0.81 0.07 0.12
Matches are distributed among these distances:
9 8 0.24
10 9 0.26
11 17 0.50
ACGTcount: A:0.34, C:0.18, G:0.12, T:0.36
Consensus pattern (11 bp):
ATATCATGTGC
Found at i:62528174 original size:20 final size:20
Alignment explanation
Indices: 62528149--62528186 Score: 76
Period size: 20 Copynumber: 1.9 Consensus size: 20
62528139 ATATATGAAT
62528149 ATATCATGTGCATATCATAC
1 ATATCATGTGCATATCATAC
62528169 ATATCATGTGCATATCAT
1 ATATCATGTGCATATCAT
62528187 GTCAAATCAT
Statistics
Matches: 18, Mismatches: 0, Indels: 0
1.00 0.00 0.00
Matches are distributed among these distances:
20 18 1.00
ACGTcount: A:0.34, C:0.18, G:0.11, T:0.37
Consensus pattern (20 bp):
ATATCATGTGCATATCATAC
Found at i:62528284 original size:25 final size:25
Alignment explanation
Indices: 62528235--62528281 Score: 69
Period size: 24 Copynumber: 1.9 Consensus size: 25
62528225 ATAATTAAAC
* *
62528235 CCTAAGGGTATAATGGTCATTTTCA
1 CCTAAGGGTAAAATAGTCATTTTCA
62528260 CCTAAGGG-AAAATAGTCATTTT
1 CCTAAGGGTAAAATAGTCATTTT
62528282 TCATATTATC
Statistics
Matches: 20, Mismatches: 2, Indels: 1
0.87 0.09 0.04
Matches are distributed among these distances:
24 12 0.60
25 8 0.40
ACGTcount: A:0.32, C:0.15, G:0.19, T:0.34
Consensus pattern (25 bp):
CCTAAGGGTAAAATAGTCATTTTCA
Found at i:62537210 original size:41 final size:41
Alignment explanation
Indices: 62537153--62537237 Score: 143
Period size: 41 Copynumber: 2.1 Consensus size: 41
62537143 CATAAGAAAG
*
62537153 TAAAAAGAGCGAGAAACGGGCTGAAAATAGAGAAAATAGAC
1 TAAAAAGAACGAGAAACGGGCTGAAAATAGAGAAAATAGAC
* *
62537194 TAAAAAGAACGAGAAACGGGCTGCAAATGGAGAAAATAGAC
1 TAAAAAGAACGAGAAACGGGCTGAAAATAGAGAAAATAGAC
62537235 TAA
1 TAA
62537238 CATGGGAAAT
Statistics
Matches: 41, Mismatches: 3, Indels: 0
0.93 0.07 0.00
Matches are distributed among these distances:
41 41 1.00
ACGTcount: A:0.53, C:0.11, G:0.26, T:0.11
Consensus pattern (41 bp):
TAAAAAGAACGAGAAACGGGCTGAAAATAGAGAAAATAGAC
Found at i:62547893 original size:16 final size:17
Alignment explanation
Indices: 62547862--62547894 Score: 50
Period size: 16 Copynumber: 2.0 Consensus size: 17
62547852 GACTCATCAA
62547862 TATTCGATTATATAATT
1 TATTCGATTATATAATT
*
62547879 TATTC-ATTATTTAATT
1 TATTCGATTATATAATT
62547895 CCATTTCTAC
Statistics
Matches: 15, Mismatches: 1, Indels: 1
0.88 0.06 0.06
Matches are distributed among these distances:
16 10 0.67
17 5 0.33
ACGTcount: A:0.33, C:0.06, G:0.03, T:0.58
Consensus pattern (17 bp):
TATTCGATTATATAATT
Found at i:62548855 original size:40 final size:40
Alignment explanation
Indices: 62548801--62548878 Score: 129
Period size: 40 Copynumber: 1.9 Consensus size: 40
62548791 CGGATGTAAC
*
62548801 AACCAGCACAAATGCCTTCGGGACTTAACCCGGTTATAAT
1 AACCAGCACAAATGCCTTCGAGACTTAACCCGGTTATAAT
* *
62548841 AACCCGCACGAATGCCTTCGAGACTTAACCCGGTTATA
1 AACCAGCACAAATGCCTTCGAGACTTAACCCGGTTATA
62548879 TTTTTTTTCC
Statistics
Matches: 35, Mismatches: 3, Indels: 0
0.92 0.08 0.00
Matches are distributed among these distances:
40 35 1.00
ACGTcount: A:0.31, C:0.29, G:0.18, T:0.22
Consensus pattern (40 bp):
AACCAGCACAAATGCCTTCGAGACTTAACCCGGTTATAAT
Found at i:62555019 original size:12 final size:12
Alignment explanation
Indices: 62555000--62555029 Score: 53
Period size: 11 Copynumber: 2.6 Consensus size: 12
62554990 TTTTTATTTT
62555000 TTTATTTTTA-C
1 TTTATTTTTATC
62555011 TTTATTTTTATC
1 TTTATTTTTATC
62555023 TTTATTT
1 TTTATTT
62555030 ATATGTTGAA
Statistics
Matches: 18, Mismatches: 0, Indels: 1
0.95 0.00 0.05
Matches are distributed among these distances:
11 10 0.56
12 8 0.44
ACGTcount: A:0.17, C:0.07, G:0.00, T:0.77
Consensus pattern (12 bp):
TTTATTTTTATC
Found at i:62560082 original size:35 final size:35
Alignment explanation
Indices: 62560039--62560140 Score: 132
Period size: 35 Copynumber: 2.9 Consensus size: 35
62560029 CATAAGTATG
* * *
62560039 TACATGTGAGGTCATATTGAGTTTGTATATTCGGC
1 TACATGTGAGGTTATATTGAATTTGTATATTCGAC
* * * * *
62560074 TGCTTGTGAAGTTATATTGAACTTGTATATTCGAT
1 TACATGTGAGGTTATATTGAATTTGTATATTCGAC
62560109 TACATGTGAGGTTATATTGAATTTGTATATTC
1 TACATGTGAGGTTATATTGAATTTGTATATTC
62560141 AGCCATATCG
Statistics
Matches: 55, Mismatches: 12, Indels: 0
0.82 0.18 0.00
Matches are distributed among these distances:
35 55 1.00
ACGTcount: A:0.25, C:0.09, G:0.22, T:0.44
Consensus pattern (35 bp):
TACATGTGAGGTTATATTGAATTTGTATATTCGAC
Found at i:62563062 original size:21 final size:20
Alignment explanation
Indices: 62563033--62563071 Score: 51
Period size: 21 Copynumber: 1.9 Consensus size: 20
62563023 CATTCACGGT
*
62563033 AAGTTGGGCCTCAAGGGGCCG
1 AAGTAGGGCC-CAAGGGGCCG
*
62563054 AAGTAGGGCCCAATGGGC
1 AAGTAGGGCCCAAGGGGC
62563072 TTTCGGGCCC
Statistics
Matches: 16, Mismatches: 2, Indels: 1
0.84 0.11 0.05
Matches are distributed among these distances:
20 7 0.44
21 9 0.56
ACGTcount: A:0.23, C:0.23, G:0.41, T:0.13
Consensus pattern (20 bp):
AAGTAGGGCCCAAGGGGCCG
Found at i:62563491 original size:20 final size:20
Alignment explanation
Indices: 62563425--62563491 Score: 107
Period size: 20 Copynumber: 3.4 Consensus size: 20
62563415 ATTTTGATAA
* *
62563425 ACATGGTATGTATGATATAC
1 ACATGATATGTATGATATGC
*
62563445 ACATGACATGTATGATATGC
1 ACATGATATGTATGATATGC
62563465 ACATGATATGTATGATATGC
1 ACATGATATGTATGATATGC
62563485 ACATGAT
1 ACATGAT
62563492 GTATTCATAA
Statistics
Matches: 43, Mismatches: 4, Indels: 0
0.91 0.09 0.00
Matches are distributed among these distances:
20 43 1.00
ACGTcount: A:0.36, C:0.12, G:0.19, T:0.33
Consensus pattern (20 bp):
ACATGATATGTATGATATGC
Found at i:62563567 original size:24 final size:24
Alignment explanation
Indices: 62563540--62563625 Score: 163
Period size: 24 Copynumber: 3.6 Consensus size: 24
62563530 GGGGGAAGTG
62563540 CAAAAGGGCTTATGCCCCAGTTAT
1 CAAAAGGGCTTATGCCCCAGTTAT
62563564 CAAAAGGGCTTATGCCCCAGTTAT
1 CAAAAGGGCTTATGCCCCAGTTAT
62563588 CAAAAGGGCTTATGCCCCAGTTAT
1 CAAAAGGGCTTATGCCCCAGTTAT
*
62563612 AAAAAGGGCTTATG
1 CAAAAGGGCTTATG
62563626 TAAAAAGGGC
Statistics
Matches: 61, Mismatches: 1, Indels: 0
0.98 0.02 0.00
Matches are distributed among these distances:
24 61 1.00
ACGTcount: A:0.31, C:0.22, G:0.22, T:0.24
Consensus pattern (24 bp):
CAAAAGGGCTTATGCCCCAGTTAT
Found at i:62563611 original size:48 final size:48
Alignment explanation
Indices: 62563540--62563747 Score: 249
Period size: 48 Copynumber: 4.5 Consensus size: 48
62563530 GGGGGAAGTG
62563540 CAAAAGGGCTTATGCCCCAGTTATCAAAAGGGCTTATGCCCCAGTTAT
1 CAAAAGGGCTTATGCCCCAGTTATCAAAAGGGCTTATGCCCCAGTTAT
*
62563588 CAAAAGGGCTTATGCCCCAGTTATAAAAAGGGCTTAT------G-TA-
1 CAAAAGGGCTTATGCCCCAGTTATCAAAAGGGCTTATGCCCCAGTTAT
*
62563628 -AAAAGGGCTTATGCCCCAGTTA-CTAAAAGGGCTTATGCCCCATTTAT
1 CAAAAGGGCTTATGCCCCAGTTATC-AAAAGGGCTTATGCCCCAGTTAT
* * *
62563675 TAAAAGGGCTTATGCCCCAGTTATTAAAAGGGCTTTTGCCCCAGTTAT
1 CAAAAGGGCTTATGCCCCAGTTATCAAAAGGGCTTATGCCCCAGTTAT
* *
62563723 TAAAAGAGGC-TAGGCCTCCAGTTAT
1 CAAAAG-GGCTTATGCC-CCAGTTAT
62563748 ATGATAAAGC
Statistics
Matches: 140, Mismatches: 7, Indels: 25
0.81 0.04 0.15
Matches are distributed among these distances:
39 34 0.24
41 2 0.01
42 1 0.01
46 2 0.01
48 90 0.64
49 11 0.08
ACGTcount: A:0.30, C:0.22, G:0.21, T:0.27
Consensus pattern (48 bp):
CAAAAGGGCTTATGCCCCAGTTATCAAAAGGGCTTATGCCCCAGTTAT
Found at i:62563631 original size:15 final size:15
Alignment explanation
Indices: 62563611--62563640 Score: 60
Period size: 15 Copynumber: 2.0 Consensus size: 15
62563601 GCCCCAGTTA
62563611 TAAAAAGGGCTTATG
1 TAAAAAGGGCTTATG
62563626 TAAAAAGGGCTTATG
1 TAAAAAGGGCTTATG
62563641 CCCCAGTTAC
Statistics
Matches: 15, Mismatches: 0, Indels: 0
1.00 0.00 0.00
Matches are distributed among these distances:
15 15 1.00
ACGTcount: A:0.40, C:0.07, G:0.27, T:0.27
Consensus pattern (15 bp):
TAAAAAGGGCTTATG
Found at i:62563664 original size:63 final size:63
Alignment explanation
Indices: 62563565--62563688 Score: 214
Period size: 63 Copynumber: 2.0 Consensus size: 63
62563555 CCCAGTTATC
62563565 AAAAGGGCTTATGCCCCAGTTATCAAAAGGGCTTATGCCCCAGTTATAAAAAGGGCTTATGTA
1 AAAAGGGCTTATGCCCCAGTTATCAAAAGGGCTTATGCCCCAGTTATAAAAAGGGCTTATGTA
* *
62563628 AAAAGGGCTTATGCCCCAGTTA-CTAAAAGGGCTTATGCCCCATTTATTAAAAGGGCTTATG
1 AAAAGGGCTTATGCCCCAGTTATC-AAAAGGGCTTATGCCCCAGTTATAAAAAGGGCTTATG
62563689 CCCCAGTTAT
Statistics
Matches: 58, Mismatches: 2, Indels: 2
0.94 0.03 0.03
Matches are distributed among these distances:
62 1 0.02
63 57 0.98
ACGTcount: A:0.32, C:0.19, G:0.22, T:0.27
Consensus pattern (63 bp):
AAAAGGGCTTATGCCCCAGTTATCAAAAGGGCTTATGCCCCAGTTATAAAAAGGGCTTATGTA
Found at i:62563687 original size:87 final size:87
Alignment explanation
Indices: 62563541--62563709 Score: 295
Period size: 87 Copynumber: 1.9 Consensus size: 87
62563531 GGGGAAGTGC
62563541 AAAAGGGCTTATGCCCCAGTTATCAAAAGGGCTTATGCCCCAGTTATCAAAAGGGCTTATGCCCC
1 AAAAGGGCTTATGCCCCAGTTATCAAAAGGGCTTATGCCCCAGTTATCAAAAGGGCTTATGCCCC
62563606 AGTTATAAAAAGGGCTTATGTA
66 AGTTATAAAAAGGGCTTATGTA
* *
62563628 AAAAGGGCTTATGCCCCAGTTA-CTAAAAGGGCTTATGCCCCATTTATTAAAAGGGCTTATGCCC
1 AAAAGGGCTTATGCCCCAGTTATC-AAAAGGGCTTATGCCCCAGTTATCAAAAGGGCTTATGCCC
*
62563692 CAGTTATTAAAAGGGCTT
65 CAGTTATAAAAAGGGCTT
62563710 TTGCCCCAGT
Statistics
Matches: 78, Mismatches: 3, Indels: 2
0.94 0.04 0.02
Matches are distributed among these distances:
86 1 0.01
87 77 0.99
ACGTcount: A:0.31, C:0.21, G:0.21, T:0.27
Consensus pattern (87 bp):
AAAAGGGCTTATGCCCCAGTTATCAAAAGGGCTTATGCCCCAGTTATCAAAAGGGCTTATGCCCC
AGTTATAAAAAGGGCTTATGTA
Found at i:62563743 original size:25 final size:24
Alignment explanation
Indices: 62563628--62563747 Score: 179
Period size: 24 Copynumber: 5.0 Consensus size: 24
62563618 GGCTTATGTA
*
62563628 AAAAGGGCTTATGCCCCAGTTACT
1 AAAAGGGCTTATGCCCCAGTTATT
*
62563652 AAAAGGGCTTATGCCCCATTTATT
1 AAAAGGGCTTATGCCCCAGTTATT
62563676 AAAAGGGCTTATGCCCCAGTTATT
1 AAAAGGGCTTATGCCCCAGTTATT
*
62563700 AAAAGGGCTTTTGCCCCAGTTATT
1 AAAAGGGCTTATGCCCCAGTTATT
*
62563724 AAAAGAGGC-TAGGCCTCCAGTTAT
1 AAAAG-GGCTTATGCC-CCAGTTAT
62563748 ATGATAAAGC
Statistics
Matches: 88, Mismatches: 6, Indels: 3
0.91 0.06 0.03
Matches are distributed among these distances:
24 77 0.88
25 11 0.12
ACGTcount: A:0.29, C:0.22, G:0.21, T:0.28
Consensus pattern (24 bp):
AAAAGGGCTTATGCCCCAGTTATT
Found at i:62564244 original size:9 final size:9
Alignment explanation
Indices: 62564226--62564254 Score: 51
Period size: 9 Copynumber: 3.3 Consensus size: 9
62564216 TTAATTATTA
62564226 TTTA-TTCT
1 TTTACTTCT
62564234 TTTACTTCT
1 TTTACTTCT
62564243 TTTACTTCT
1 TTTACTTCT
62564252 TTT
1 TTT
62564255 CGGGATTATT
Statistics
Matches: 20, Mismatches: 0, Indels: 1
0.95 0.00 0.05
Matches are distributed among these distances:
8 4 0.20
9 16 0.80
ACGTcount: A:0.10, C:0.17, G:0.00, T:0.72
Consensus pattern (9 bp):
TTTACTTCT
Found at i:62571829 original size:11 final size:11
Alignment explanation
Indices: 62571793--62571848 Score: 57
Period size: 11 Copynumber: 5.5 Consensus size: 11
62571783 CATGGTATGT
62571793 ATGATATGCAC
1 ATGATATGCAC
* *
62571804 ATGACATG--T
1 ATGATATGCAC
62571813 ATGATATGCAC
1 ATGATATGCAC
*
62571824 ATGATATG--T
1 ATGATATGCAC
62571833 ATGATATGCAC
1 ATGATATGCAC
62571844 ATGAT
1 ATGAT
62571849 GTATTCATAA
Statistics
Matches: 35, Mismatches: 6, Indels: 8
0.71 0.12 0.16
Matches are distributed among these distances:
9 15 0.43
11 20 0.57
ACGTcount: A:0.36, C:0.12, G:0.20, T:0.32
Consensus pattern (11 bp):
ATGATATGCAC
Done.