Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: Scaffold444
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 1000
Length: 51047
ACGTcount: A:0.30, C:0.18, G:0.19, T:0.33
Found at i:260 original size:19 final size:19
Alignment explanation
Indices: 229--282 Score: 51
Period size: 20 Copynumber: 2.8 Consensus size: 19
219 TTCATTGAGC
*
229 TTTTT-TTTAGTTTTT-CAT
1 TTTTTATTTTGTTTTTGC-T
247 TTTTTATTTTGTTTCTTGCT
1 TTTTTATTTTGTTT-TTGCT
267 TTTTATATTTT-TTTTT
1 TTTT-TATTTTGTTTTT
283 TTTTTTTTTC
Statistics
Matches: 31, Mismatches: 1, Indels: 7
0.79 0.03 0.18
Matches are distributed among these distances:
18 5 0.16
19 9 0.29
20 10 0.32
21 7 0.23
ACGTcount: A:0.09, C:0.06, G:0.06, T:0.80
Consensus pattern (19 bp):
TTTTTATTTTGTTTTTGCT
Found at i:418 original size:11 final size:11
Alignment explanation
Indices: 402--525 Score: 85
Period size: 11 Copynumber: 10.8 Consensus size: 11
392 TCTCATCCAA
402 TTTTTTTTTTC
1 TTTTTTTTTTC
413 TTTTTTGTTTT-
1 TTTTTT-TTTTC
424 TGTTTTGTATGGTTT-
1 T-TTTT-T-T--TTTC
*
439 TTTTTGTTTTC
1 TTTTTTTTTTC
*
450 TTTTTTATTT-
1 TTTTTTTTTTC
* **
460 ATTTTTTTCCC
1 TTTTTTTTTTC
471 TTTTTTTTTTC
1 TTTTTTTTTTC
482 TTTTTTTTTT-
1 TTTTTTTTTTC
*
492 TTTTTATTGTTTT
1 TTTTT-TT-TTTC
505 TTTTTTTTTTC
1 TTTTTTTTTTC
516 TTTTCTTTTT
1 TTTT-TTTTT
526 AAATGTATTT
Statistics
Matches: 90, Mismatches: 12, Indels: 21
0.73 0.10 0.17
Matches are distributed among these distances:
10 14 0.16
11 42 0.47
12 19 0.21
13 7 0.08
14 4 0.04
15 4 0.04
ACGTcount: A:0.03, C:0.06, G:0.06, T:0.85
Consensus pattern (11 bp):
TTTTTTTTTTC
Found at i:443 original size:37 final size:32
Alignment explanation
Indices: 402--525 Score: 115
Period size: 34 Copynumber: 3.7 Consensus size: 32
392 TCTCATCCAA
402 TTTTTTTTTTCTTTTTTGTTTTTGTTTTGTATGGTTT
1 TTTTTTTTTTCTTTTTT-TTTTT-TTTT-T-T-GTTT
* * ***
439 TTTTTGTTTTCTTTTTTATTTATTTTTTT-CCC
1 TTTTTTTTTTCTTTTTT-TTTTTTTTTTTGTTT
471 TTTTTTTTTTCTTTTTTTTTTTTTTTATTGTTTT
1 TTTTTTTTTTCTTTTTTTTTTTTTTT-TTG-TTT
*
505 TTTTTTTTTTCTTTTCTTTTT
1 TTTTTTTTTTCTTTTTTTTTT
526 AAATGTATTT
Statistics
Matches: 72, Mismatches: 12, Indels: 9
0.77 0.13 0.10
Matches are distributed among these distances:
31 8 0.11
32 18 0.25
34 21 0.29
35 1 0.01
36 4 0.06
37 20 0.28
ACGTcount: A:0.03, C:0.06, G:0.06, T:0.85
Consensus pattern (32 bp):
TTTTTTTTTTCTTTTTTTTTTTTTTTTTGTTT
Found at i:537 original size:1 final size:1
Alignment explanation
Indices: 402--525 Score: 77
Period size: 1 Copynumber: 124.0 Consensus size: 1
392 TCTCATCCAA
* * * * * ** * * * *
402 TTTTTTTTTTCTTTTTTGTTTTTGTTTTGTATGGTTTTTTTTGTTTTCTTTTTTATTTATTTTTT
1 TTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTT
*** * * * * *
467 TCCCTTTTTTTTTTCTTTTTTTTTTTTTTTATTGTTTTTTTTTTTTTTCTTTTCTTTTT
1 TTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTT
526 AAATGTATTT
Statistics
Matches: 91, Mismatches: 32, Indels: 0
0.74 0.26 0.00
Matches are distributed among these distances:
1 91 1.00
ACGTcount: A:0.03, C:0.06, G:0.06, T:0.85
Consensus pattern (1 bp):
T
Found at i:537 original size:31 final size:31
Alignment explanation
Indices: 471--537 Score: 82
Period size: 30 Copynumber: 2.2 Consensus size: 31
461 TTTTTTTCCC
* * * *
471 TTTTTTTTTTCTTTTTTTTTTTTTTTATTGT
1 TTTTTTTTTTCTTTCTTTTCTTTTTAAATGT
502 TTTTTTTTTT-TTTCTTTTCTTTTTAAATGT
1 TTTTTTTTTTCTTTCTTTTCTTTTTAAATGT
*
532 ATTTTT
1 TTTTTT
538 AAGTATTTCG
Statistics
Matches: 31, Mismatches: 5, Indels: 1
0.84 0.14 0.03
Matches are distributed among these distances:
30 21 0.68
31 10 0.32
ACGTcount: A:0.07, C:0.04, G:0.03, T:0.85
Consensus pattern (31 bp):
TTTTTTTTTTCTTTCTTTTCTTTTTAAATGT
Found at i:4525 original size:40 final size:40
Alignment explanation
Indices: 4452--4634 Score: 198
Period size: 40 Copynumber: 4.7 Consensus size: 40
4442 GCTCCTCGTT
4452 CAAATGCCTTCGGGA--TAGCCCGG-TTATAGTAACTCGCA
1 CAAATGCCTTCGGGACTTAGCCCGGATT-TAGTAACTCGCA
*
4490 CAAATGCCTTCGGGACTTAACCCGGATTTAGTAACTCGCA
1 CAAATGCCTTCGGGACTTAGCCCGGATTTAGTAACTCGCA
* * * *
4530 CAAATGGCTTCGAG-CTTAGCCCGGAATTAGTATCTCGCA
1 CAAATGCCTTCGGGACTTAGCCCGGATTTAGTAACTCGCA
* * * * *
4569 CAAATGCCTTC-GGATCTTAGTCCGGATATGGTCACTTAGCA
1 CAAATGCCTTCGGGA-CTTAGCCCGGATTTAGTAAC-TCGCA
*
4610 CAAA-GCCTTCGGGATTTAGCCCGGA
1 CAAATGCCTTCGGGACTTAGCCCGGA
4635 CATCATTCAA
Statistics
Matches: 121, Mismatches: 17, Indels: 12
0.81 0.11 0.08
Matches are distributed among these distances:
38 16 0.13
39 32 0.26
40 60 0.50
41 13 0.11
ACGTcount: A:0.26, C:0.26, G:0.23, T:0.25
Consensus pattern (40 bp):
CAAATGCCTTCGGGACTTAGCCCGGATTTAGTAACTCGCA
Found at i:4620 original size:79 final size:80
Alignment explanation
Indices: 4452--4634 Score: 189
Period size: 79 Copynumber: 2.3 Consensus size: 80
4442 GCTCCTCGTT
* *
4452 CAAATGCCTTCGGGA--TAGCCCGG-TTATAGTAACTCGCACAAATGCCTTCGGGACTTAACCCG
1 CAAATGCCTTCGAGACTTAGCCCGGAAT-TAGTAACTCGCACAAATGCCTTCGGGACTTAACCCG
* *
4514 GATTTAGTAACTCGCA
65 GATATAGTAACTAGCA
* * **
4530 CAAATGGCTTCGAG-CTTAGCCCGGAATTAGTATCTCGCACAAATGCCTTC-GGATCTTAGTCCG
1 CAAATGCCTTCGAGACTTAGCCCGGAATTAGTAACTCGCACAAATGCCTTCGGGA-CTTAACCCG
* *
4593 GATATGGTCACTTAGCA
65 GATATAGTAAC-TAGCA
* *
4610 CAAA-GCCTTCGGGATTTAGCCCGGA
1 CAAATGCCTTCGAGACTTAGCCCGGA
4635 CATCATTCAA
Statistics
Matches: 86, Mismatches: 13, Indels: 10
0.79 0.12 0.09
Matches are distributed among these distances:
78 15 0.17
79 52 0.60
80 19 0.22
ACGTcount: A:0.26, C:0.26, G:0.23, T:0.25
Consensus pattern (80 bp):
CAAATGCCTTCGAGACTTAGCCCGGAATTAGTAACTCGCACAAATGCCTTCGGGACTTAACCCGG
ATATAGTAACTAGCA
Found at i:6824 original size:61 final size:61
Alignment explanation
Indices: 6729--6853 Score: 241
Period size: 61 Copynumber: 2.0 Consensus size: 61
6719 GCCGAATCGA
6729 GACTGTTCGAAAATATATGAGGTAAGTTTTAAGAAGTTAAATATAAATAATATTCGATAAT
1 GACTGTTCGAAAATATATGAGGTAAGTTTTAAGAAGTTAAATATAAATAATATTCGATAAT
*
6790 GACTGTTCGAAAATATTTGAGGTAAGTTTTAAGAAGTTAAATATAAATAATATTCGATAAT
1 GACTGTTCGAAAATATATGAGGTAAGTTTTAAGAAGTTAAATATAAATAATATTCGATAAT
6851 GAC
1 GAC
6854 ATGACAGATT
Statistics
Matches: 63, Mismatches: 1, Indels: 0
0.98 0.02 0.00
Matches are distributed among these distances:
61 63 1.00
ACGTcount: A:0.43, C:0.06, G:0.17, T:0.34
Consensus pattern (61 bp):
GACTGTTCGAAAATATATGAGGTAAGTTTTAAGAAGTTAAATATAAATAATATTCGATAAT
Found at i:7191 original size:45 final size:45
Alignment explanation
Indices: 7127--7260 Score: 232
Period size: 45 Copynumber: 3.0 Consensus size: 45
7117 ATATCGTACA
7127 ATACTATTCGGGCCTTTGAGCCTAGCAGGCTATAATGCCGGTGAG
1 ATACTATTCGGGCCTTTGAGCCTAGCAGGCTATAATGCCGGTGAG
7172 ATACTATTCGGGCCTTTGAGCCTAGCAGGCTATAATGCCGGTGAG
1 ATACTATTCGGGCCTTTGAGCCTAGCAGGCTATAATGCCGGTGAG
* * * *
7217 ATACTATTTGGGCCTTCGAGCCTAGCAAGCTATAATGTCGGTGA
1 ATACTATTCGGGCCTTTGAGCCTAGCAGGCTATAATGCCGGTGA
7261 AATGATATCG
Statistics
Matches: 85, Mismatches: 4, Indels: 0
0.96 0.04 0.00
Matches are distributed among these distances:
45 85 1.00
ACGTcount: A:0.23, C:0.22, G:0.28, T:0.28
Consensus pattern (45 bp):
ATACTATTCGGGCCTTTGAGCCTAGCAGGCTATAATGCCGGTGAG
Found at i:16262 original size:56 final size:56
Alignment explanation
Indices: 16171--16293 Score: 176
Period size: 55 Copynumber: 2.2 Consensus size: 56
16161 GAGATTGGCG
* * *
16171 CTAAGTGTGCGGGTTTAAATTGTACAGCACTAAGTGTGCGAGTTTGATTATGTAGCA
1 CTAAGTGTGCGAGTTTAAATTATACAGCACTAAGTGTGCGAG-TTGATTATATAGCA
* *
16228 CTAAGTGTGCGAGTTT-GATTATATAGCACTAAGTGTGCGAGTTGATTATATAGCA
1 CTAAGTGTGCGAGTTTAAATTATACAGCACTAAGTGTGCGAGTTGATTATATAGCA
*
16283 CTGAGTGTGCG
1 CTAAGTGTGCG
16294 GACTTAATAT
Statistics
Matches: 60, Mismatches: 6, Indels: 2
0.88 0.09 0.03
Matches are distributed among these distances:
55 23 0.38
56 22 0.37
57 15 0.25
ACGTcount: A:0.26, C:0.12, G:0.28, T:0.33
Consensus pattern (56 bp):
CTAAGTGTGCGAGTTTAAATTATACAGCACTAAGTGTGCGAGTTGATTATATAGCA
Found at i:16280 original size:27 final size:28
Alignment explanation
Indices: 16171--16293 Score: 176
Period size: 28 Copynumber: 4.4 Consensus size: 28
16161 GAGATTGGCG
* * * *
16171 CTAAGTGTGCGGGTTTAAATTGTACAGCA
1 CTAAGTGTGCGAGTTT-GATTATATAGCA
*
16200 CTAAGTGTGCGAGTTTGATTATGTAGCA
1 CTAAGTGTGCGAGTTTGATTATATAGCA
16228 CTAAGTGTGCGAGTTTGATTATATAGCA
1 CTAAGTGTGCGAGTTTGATTATATAGCA
16256 CTAAGTGTGCGAG-TTGATTATATAGCA
1 CTAAGTGTGCGAGTTTGATTATATAGCA
*
16283 CTGAGTGTGCG
1 CTAAGTGTGCG
16294 GACTTAATAT
Statistics
Matches: 87, Mismatches: 7, Indels: 2
0.91 0.07 0.02
Matches are distributed among these distances:
27 24 0.28
28 48 0.55
29 15 0.17
ACGTcount: A:0.26, C:0.12, G:0.28, T:0.33
Consensus pattern (28 bp):
CTAAGTGTGCGAGTTTGATTATATAGCA
Found at i:16304 original size:27 final size:27
Alignment explanation
Indices: 16196--16306 Score: 116
Period size: 28 Copynumber: 4.0 Consensus size: 27
16186 TAAATTGTAC
* * *
16196 AGCACTAAGTGTGCGAGTTTGATTATGT
1 AGCACTAAGTGTGCGA-CTTGAATATAT
* *
16224 AGCACTAAGTGTGCGAGTTTGATTATAT
1 AGCACTAAGTGTGCGA-CTTGAATATAT
* *
16252 AGCACTAAGTGTGCGAGTTGATTATAT
1 AGCACTAAGTGTGCGACTTGAATATAT
*
16279 AGCACTGAGTGTGCGGACTT-AATATAT
1 AGCACTAAGTGTGC-GACTTGAATATAT
16306 A
1 A
16307 CTTTTGAATC
Statistics
Matches: 77, Mismatches: 5, Indels: 3
0.91 0.06 0.04
Matches are distributed among these distances:
27 30 0.39
28 47 0.61
ACGTcount: A:0.29, C:0.12, G:0.26, T:0.33
Consensus pattern (27 bp):
AGCACTAAGTGTGCGACTTGAATATAT
Found at i:18798 original size:27 final size:27
Alignment explanation
Indices: 18759--18850 Score: 105
Period size: 27 Copynumber: 3.4 Consensus size: 27
18749 GGAAGCGTCT
*
18759 TGGTGGCTATGCCACAATTATCTGATC
1 TGGTGGCTCTGCCACAATTATCTGATC
*
18786 TGGTGGCTCTGCCACATATT-TCTGTTC
1 TGGTGGCTCTGCCACA-ATTATCTGATC
* * *
18813 TGGTGGTTCTACCACGATTATCTGTATC
1 TGGTGGCTCTGCCACAATTATCTG-ATC
*
18841 TGGTGACTCT
1 TGGTGGCTCT
18851 TTTACATTAT
Statistics
Matches: 54, Mismatches: 8, Indels: 5
0.81 0.12 0.07
Matches are distributed among these distances:
26 3 0.06
27 38 0.70
28 13 0.24
ACGTcount: A:0.16, C:0.23, G:0.23, T:0.38
Consensus pattern (27 bp):
TGGTGGCTCTGCCACAATTATCTGATC
Found at i:26642 original size:27 final size:26
Alignment explanation
Indices: 26583--26692 Score: 123
Period size: 27 Copynumber: 4.1 Consensus size: 26
26573 GGAAGCGTCT
* *
26583 TGGTGGCTATGCCACAATTA-CTGATC
1 TGGTGGCTCTGCCAC-ATTATCTGTTC
*
26609 TGGTGGCTCTGCCACATATTTCTGTTC
1 TGGTGGCTCTGCCACAT-TATCTGTTC
26636 TGGTGGCTCTGCCACGATTATCTGTATC
1 TGGTGGCTCTGCCAC-ATTATCTGT-TC
* * *
26664 TAGTGACTCTGTCACATTATCTGTTC
1 TGGTGGCTCTGCCACATTATCTGTTC
26690 TGG
1 TGG
26693 CAGCCATGCT
Statistics
Matches: 72, Mismatches: 8, Indels: 8
0.82 0.09 0.09
Matches are distributed among these distances:
25 2 0.03
26 19 0.26
27 35 0.49
28 16 0.22
ACGTcount: A:0.16, C:0.24, G:0.23, T:0.37
Consensus pattern (26 bp):
TGGTGGCTCTGCCACATTATCTGTTC
Found at i:36545 original size:24 final size:24
Alignment explanation
Indices: 36518--36570 Score: 88
Period size: 24 Copynumber: 2.2 Consensus size: 24
36508 AAGGCTGTCA
36518 GGAGAGGATGTAGGAGCTGATAAG
1 GGAGAGGATGTAGGAGCTGATAAG
* *
36542 GGAGAGGATTTAGGAGCTGATTAG
1 GGAGAGGATGTAGGAGCTGATAAG
36566 GGAGA
1 GGAGA
36571 ATGGTGTTGG
Statistics
Matches: 27, Mismatches: 2, Indels: 0
0.93 0.07 0.00
Matches are distributed among these distances:
24 27 1.00
ACGTcount: A:0.32, C:0.04, G:0.45, T:0.19
Consensus pattern (24 bp):
GGAGAGGATGTAGGAGCTGATAAG
Found at i:36680 original size:23 final size:23
Alignment explanation
Indices: 36640--40066 Score: 2051
Period size: 23 Copynumber: 149.8 Consensus size: 23
36630 TTAATTACAT
*
36640 CATTTAAACACTTTAATTTGCAG
1 CATTTAAACACTTCAATTTGCAG
* * * *
36663 CATTTAAGCATTTCAATTTACAT
1 CATTTAAACACTTCAATTTGCAG
*
36686 CATTTAAACACTTTAATTTGCAG
1 CATTTAAACACTTCAATTTGCAG
*
36709 CATTCAAACACTTCAATTTGCAG
1 CATTTAAACACTTCAATTTGCAG
*
36732 CACTTT-AACACTTCAATTTACAG
1 CA-TTTAAACACTTCAATTTGCAG
* * *
36755 TATTTAAGCACTTCAATTTTCAG
1 CATTTAAACACTTCAATTTGCAG
* ** *
36778 CACTTT-TACA-TCTCAATTAACAA
1 CA-TTTAAACACT-TCAATTTGCAG
* * *
36801 CATTTATACACCTCAA-TTACAG
1 CATTTAAACACTTCAATTTGCAG
* * *
36823 CGA-TAAAACA-TCTCAATGTCCAG
1 C-ATTTAAACACT-TCAATTTGCAG
**
36846 CAACTAAACACTTCAATTTGCAG
1 CATTTAAACACTTCAATTTGCAG
* * *
36869 TACTTAAACACTTCAATTTGCAA
1 CATTTAAACACTTCAATTTGCAG
* * *
36892 CATTTAAGCACATCAATTTACAG
1 CATTTAAACACTTCAATTTGCAG
**
36915 CATTTAAACACTTCAATTTATAG
1 CATTTAAACACTTCAATTTGCAG
* *
36938 CATTCAAACACTTCAATTTGCAA
1 CATTTAAACACTTCAATTTGCAG
* *
36961 CACTTT-CACACTTCAATTTACAG
1 CA-TTTAAACACTTCAATTTGCAG
*
36984 CATTTAAGCACTTCAATTTGCAG
1 CATTTAAACACTTCAATTTGCAG
* ** *
37007 CACTTT-TACA-TCTCAATTAACAA
1 CA-TTTAAACACT-TCAATTTGCAG
* * *
37030 CATTTATACACCTCAA-TTACAG
1 CATTTAAACACTTCAATTTGCAG
* * * *
37052 CGA-TAAAACA-TCTCCATGTCCAG
1 C-ATTTAAACACT-TCAATTTGCAG
** * *
37075 CAACTAAACACTACAATTTTCAG
1 CATTTAAACACTTCAATTTGCAG
* *
37098 TC-CTTAAACACTTCAATTTGCAA
1 -CATTTAAACACTTCAATTTGCAG
* *
37121 CATTTAAGCACTTCAATTTACAG
1 CATTTAAACACTTCAATTTGCAG
* *
37144 CATTTAAAAACTTCAATTTGTAG
1 CATTTAAACACTTCAATTTGCAG
* *
37167 CATTCAAACACTTCAATTTCCAG
1 CATTTAAACACTTCAATTTGCAG
*
37190 CACTTT-AACACTTCAATTTACAG
1 CA-TTTAAACACTTCAATTTGCAG
*
37213 CATTTAAGA-ACTTCAATTTGTAG
1 CATTTAA-ACACTTCAATTTGCAG
** *
37236 CACTCTT--ACA-TCTCAATTAACAA
1 CA-T-TTAAACACT-TCAATTTGCAG
* * *
37259 CATTTATACACCTCAA-TTACAG
1 CATTTAAACACTTCAATTTGCAG
* * *
37281 CGA-TAAAACA-TCTCAATGTCCAG
1 C-ATTTAAACACT-TCAATTTGCAG
** *
37304 CAACTAAACACTTTAATTTAG-AG
1 CATTTAAACACTTCAATTT-GCAG
* * * *
37327 TAGTTAAACACTTTAATTTGCAA
1 CATTTAAACACTTCAATTTGCAG
* * *
37350 CATTTTAGCACTTCAATTTACAG
1 CATTTAAACACTTCAATTTGCAG
37373 CATTTAAACACTTCAATTTGCAG
1 CATTTAAACACTTCAATTTGCAG
*
37396 CATTCAAACACTTCAATTTGCAG
1 CATTTAAACACTTCAATTTGCAG
*
37419 CACTTT-AACACTTCAATTTACAG
1 CA-TTTAAACACTTCAATTTGCAG
* *
37442 CATTTAAGCACTTCAATTTGTAG
1 CATTTAAACACTTCAATTTGCAG
** *
37465 CACTTT-AACA-TCTCAATTAACAA
1 CA-TTTAAACACT-TCAATTTGCAG
* * *
37488 CATTTATACACCTCAA-TTACAG
1 CATTTAAACACTTCAATTTGCAG
* * * *
37510 TGA-TAAAACA-TCTCAATGTCCAG
1 -CATTTAAACACT-TCAATTTGCAG
* **
37533 AAAATAAACACTTCAATTTGCAG
1 CATTTAAACACTTCAATTTGCAG
* * * * * *
37556 TACTTAAACATTTTAATTTACAA
1 CATTTAAACACTTCAATTTGCAG
* *
37579 CATTTAAGCACTTCAATTTACAG
1 CATTTAAACACTTCAATTTGCAG
*
37602 CATTTAAACACTTCAATTTGTAG
1 CATTTAAACACTTCAATTTGCAG
* *
37625 CATTCAAACACTTCAATCTGCAG
1 CATTTAAACACTTCAATTTGCAG
*
37648 CACTTT-AACACTTCAATTTACAG
1 CA-TTTAAACACTTCAATTTGCAG
*
37671 CATTTAAGCACTTCAATTTGCAG
1 CATTTAAACACTTCAATTTGCAG
* ** *
37694 CACTTT-TACA-TCTCAATTAACAA
1 CA-TTTAAACACT-TCAATTTGCAG
* * * *
37717 CACTTATACACCTCAA-TTACAG
1 CATTTAAACACTTCAATTTGCAG
* * *
37739 CGA-TAAAACA-TCTCAATGTCCAG
1 C-ATTTAAACACT-TCAATTTGCAG
** * *
37762 CAACTAAACAATTCAATTTACAG
1 CATTTAAACACTTCAATTTGCAG
* * *
37785 TACTTAAACACTTCAATTTGCAA
1 CATTTAAACACTTCAATTTGCAG
* **
37808 CATTTAAGCACTTCAATTCACAG
1 CATTTAAACACTTCAATTTGCAG
* *
37831 CATTTAAACACTTTAATTGGCAG
1 CATTTAAACACTTCAATTTGCAG
*
37854 CATTCAAACACTTCAATTTGCAG
1 CATTTAAACACTTCAATTTGCAG
*
37877 CACTTT-AACACTTCAATTTACAG
1 CA-TTTAAACACTTCAATTTGCAG
*
37900 CATTTAAGCACTTCAATTTGCAG
1 CATTTAAACACTTCAATTTGCAG
** *
37923 CACTTT-AACA-TCTCAATTAACAA
1 CA-TTTAAACACT-TCAATTTGCAG
* * *
37946 CATTTATACACCTCAA-TTACAG
1 CATTTAAACACTTCAATTTGCAG
* * * *
37968 CGA-TAAAACA-TCTCCATGTCCAG
1 C-ATTTAAACACT-TCAATTTGCAG
*
37991 C-----AACTATTTCAATTTGCAG
1 CATTTAAAC-ACTTCAATTTGCAG
* *
38010 -TTCTTAAACACTTCAATTTGCAA
1 CAT-TTAAACACTTCAATTTGCAG
** *
38033 CATTTAAGGACTTCAATTTACAG
1 CATTTAAACACTTCAATTTGCAG
* *
38056 CATTTAAACACTTGAATTCGCAG
1 CATTTAAACACTTCAATTTGCAG
* *
38079 CATTCAAACACTTGAATTTGCAG
1 CATTTAAACACTTCAATTTGCAG
*
38102 CACTTT-AACACTTCAATTT-AACG
1 CA-TTTAAACACTTCAATTTGCA-G
*
38125 CATTTAAGCACTTCAATTTGCAG
1 CATTTAAACACTTCAATTTGCAG
* *** *
38148 CACTTT-TACA-TCTCAATTAAAAA
1 CA-TTTAAACACT-TCAATTTGCAG
* * * *
38171 AATTTATACACCTCAA-TTACAG
1 CATTTAAACACTTCAATTTGCAG
* * *
38193 CGA-TAAAACA-TCTCAATGTCCAG
1 C-ATTTAAACACT-TCAATTTGCAG
**
38216 CAACTAAACACTTCAATTTGCAG
1 CATTTAAACACTTCAATTTGCAG
* * *
38239 TACTTAAACACTTCAATTTGCAA
1 CATTTAAACACTTCAATTTGCAG
* * **
38262 CATTTAAGCACATCAATTTATAG
1 CATTTAAACACTTCAATTTGCAG
* **
38285 CATTTAAACACTTAAATTTATAG
1 CATTTAAACACTTCAATTTGCAG
*
38308 CATTCAAACACTTCAATTTGCAG
1 CATTTAAACACTTCAATTTGCAG
*
38331 CACTTT-AACACTTCAATTTACAG
1 CA-TTTAAACACTTCAATTTGCAG
*
38354 CATTTAAGCACTTCAATTTGCAG
1 CATTTAAACACTTCAATTTGCAG
* ** *
38377 CACTTT-TACA-TCTCAATTAACAA
1 CA-TTTAAACACT-TCAATTTGCAG
* * *
38400 CATTTATACACCTCAA-TTACAG
1 CATTTAAACACTTCAATTTGCAG
* * *
38422 CGA-TAAAACA-TCTCAATGTCCAG
1 C-ATTTAAACACT-TCAATTTGCAG
**
38445 CAACTAAACACTTCAATTTGCAG
1 CATTTAAACACTTCAATTTGCAG
* * *
38468 TACTTAAACACTTCAATTTGCAA
1 CATTTAAACACTTCAATTTGCAG
* * **
38491 CATTTAAGCACATCAATTTATAG
1 CATTTAAACACTTCAATTTGCAG
**
38514 CATTTAAACACTTCAATTTATAG
1 CATTTAAACACTTCAATTTGCAG
*
38537 CATTCAAACACTTCAATTTGCAG
1 CATTTAAACACTTCAATTTGCAG
*
38560 CACTTT-AACACTTCAATTTACAG
1 CA-TTTAAACACTTCAATTTGCAG
*
38583 CATTTAAGCACTTCAATTTGCAG
1 CATTTAAACACTTCAATTTGCAG
* ** *
38606 CACTTT-TACA-TCTCAATTAACAA
1 CA-TTTAAACACT-TCAATTTGCAG
* * *
38629 CATTTATACACCTCAA-TTACAG
1 CATTTAAACACTTCAATTTGCAG
* * * *
38651 CGA-TAAAACA-TCTCCATGTCCAG
1 C-ATTTAAACACT-TCAATTTGCAG
** *
38674 CAACTAAACACTTCAATTTTCAGG
1 CATTTAAACACTTCAATTTGCA-G
* *
38698 C-CTTAAACACTTCAATTTGCAA
1 CATTTAAACACTTCAATTTGCAG
* *
38720 CATTTAAGCACTTCAATTTACAG
1 CATTTAAACACTTCAATTTGCAG
* *
38743 CATTTAAACACATGAATTTGCAG
1 CATTTAAACACTTCAATTTGCAG
*
38766 CATTCAAACACTTCAATTTGCAG
1 CATTTAAACACTTCAATTTGCAG
*
38789 CACTTT-AACACTTCAATTTACAG
1 CA-TTTAAACACTTCAATTTGCAG
*
38812 CATTTAAGCACTTCAATTTGCAG
1 CATTTAAACACTTCAATTTGCAG
* ** *
38835 CACTTT-TACA-TCTCAATTAACAA
1 CA-TTTAAACACT-TCAATTTGCAG
* * *
38858 CATTTATACACCTCAA-TTACAG
1 CATTTAAACACTTCAATTTGCAG
* * *
38880 CGA-TAAAACA-TCTCAATGTCCAG
1 C-ATTTAAACACT-TCAATTTGCAG
* ***
38903 TAACGAAACACTTCAATTTGCAG
1 CATTTAAACACTTCAATTTGCAG
* * *
38926 TACTTAAACACTTCAATTTGCAA
1 CATTTAAACACTTCAATTTGCAG
* * **
38949 CATTTAAGCACATCAATTTATAG
1 CATTTAAACACTTCAATTTGCAG
**
38972 CATTTAAACACTTCAATTTATAG
1 CATTTAAACACTTCAATTTGCAG
*
38995 CATTCAAACACTTCAATTTGCAG
1 CATTTAAACACTTCAATTTGCAG
* *
39018 CACTTT-AACACTTCAATTTACAA
1 CA-TTTAAACACTTCAATTTGCAG
*
39041 CATTTAAGCACTTCAATTTGCAG
1 CATTTAAACACTTCAATTTGCAG
* ** *
39064 CACTTT-TACA-TCTCAATTAACAA
1 CA-TTTAAACACT-TCAATTTGCAG
* * *
39087 CATTTATACACCTCAA-TTACAG
1 CATTTAAACACTTCAATTTGCAG
* * * *
39109 CGA-TAAAACA-TCTCCATGTCCAG
1 C-ATTTAAACACT-TCAATTTGCAG
** *
39132 CAACTAAACACTTCAATTTTCAG
1 CATTTAAACACTTCAATTTGCAG
* *
39155 -TTCTTAAACACTTCAATTTGCAA
1 CAT-TTAAACACTTCAATTTGCAG
* *
39178 CATTTAAGCACTTCAATTTACAG
1 CATTTAAACACTTCAATTTGCAG
*
39201 CATTTAAACACTTCAATTTGTAG
1 CATTTAAACACTTCAATTTGCAG
** *
39224 CATACAAACACTTCAATCTGCAG
1 CATTTAAACACTTCAATTTGCAG
*
39247 CACTTT-AACACTTCAATTTACAG
1 CA-TTTAAACACTTCAATTTGCAG
*
39270 CATTTAAGCACTTCAATTTGCAG
1 CATTTAAACACTTCAATTTGCAG
* ** *
39293 CACTTT-TACA-TCTCAATTAACAA
1 CA-TTTAAACACT-TCAATTTGCAG
* * *
39316 CATTTATACACCTCAA-TTACAG
1 CATTTAAACACTTCAATTTGCAG
* * *
39338 CGA-TAAAACA-TCTCAATGTCCAG
1 C-ATTTAAACACT-TCAATTTGCAG
** *
39361 CAACTAAACACTTCAATTTGCAA
1 CATTTAAACACTTCAATTTGCAG
* * *
39384 TACTTAAACACTTCAATTTGCAA
1 CATTTAAACACTTCAATTTGCAG
* *
39407 CATTTAAGCACTTCAATTTACAG
1 CATTTAAACACTTCAATTTGCAG
39430 CATTTAAACACTTCAATTTGCAG
1 CATTTAAACACTTCAATTTGCAG
*
39453 CATTCAAACACTTCAATTTGCAG
1 CATTTAAACACTTCAATTTGCAG
*
39476 CACTTT-AACACTTCAATTTGTAG
1 CA-TTTAAACACTTCAATTTGCAG
* * ** *
39499 CACTTT-AAC-TTCTCAACTAACAA
1 CA-TTTAAACACT-TCAATTTGCAG
*
39522 CATTTAAACACCTCAATTAT--AG
1 CATTTAAACACTTCAATT-TGCAG
* * *
39544 CGA-TAAAACA-TCTCAATGTCCAG
1 C-ATTTAAACACT-TCAATTTGCAG
**
39567 CAACTAAACACTTCAATTTGCAG
1 CATTTAAACACTTCAATTTGCAG
* * * *
39590 TACTTAAATACTTCAATTTGCAA
1 CATTTAAACACTTCAATTTGCAG
* * *
39613 CATTTAAGCACATCAATTTACAG
1 CATTTAAACACTTCAATTTGCAG
*
39636 CATTTAAACACTTCAATTTGTAG
1 CATTTAAACACTTCAATTTGCAG
** *
39659 CATACAAACACTTCAATCTGCAG
1 CATTTAAACACTTCAATTTGCAG
*
39682 CACTTT-AACACTTCAATTTACAG
1 CA-TTTAAACACTTCAATTTGCAG
*
39705 CATTTAAGCACTTCAATTTGCAG
1 CATTTAAACACTTCAATTTGCAG
* ** *
39728 CACTTT-TACA-TCTCAATTAACAA
1 CA-TTTAAACACT-TCAATTTGCAG
* * *
39751 CATTTATACACCTCAA-TTACAG
1 CATTTAAACACTTCAATTTGCAG
* * *
39773 CGA-TAAAACA-TCTCAATGTCCAG
1 C-ATTTAAACACT-TCAATTTGCAG
** *
39796 CAACTAAACACTTCAATTTGCAA
1 CATTTAAACACTTCAATTTGCAG
* * *
39819 TACTTAAACACTTCAATTTGCAA
1 CATTTAAACACTTCAATTTGCAG
* *
39842 CATTTAAGCACTTCAATTTACAG
1 CATTTAAACACTTCAATTTGCAG
39865 CATTTAAACACTTCAATTTGCAG
1 CATTTAAACACTTCAATTTGCAG
*
39888 CATTCAAACACTTCAATTTGCAG
1 CATTTAAACACTTCAATTTGCAG
* *
39911 CACATT-AACACTTCAATTTGTAG
1 CA-TTTAAACACTTCAATTTGCAG
* * ** *
39934 CACTTT-AAC-TTCTCAACTAACAA
1 CA-TTTAAACACT-TCAATTTGCAG
*
39957 CATTTAAACACCTCAATTAT--AG
1 CATTTAAACACTTCAATT-TGCAG
* * *
39979 CGA-TAAAACA-TCTCAATGTCCAG
1 C-ATTTAAACACT-TCAATTTGCAG
** *
40002 CAACTAAACACTTCAAATTGCAG
1 CATTTAAACACTTCAATTTGCAG
* * * *
40025 TACTTAAATACTTCAATTTGCAA
1 CATTTAAACACTTCAATTTGCAG
* *
40048 CATTTAAGCACATCAATTT
1 CATTTAAACACTTCAATTT
40067 TGTTGGTGCA
Statistics
Matches: 2623, Mismatches: 595, Indels: 372
0.73 0.17 0.10
Matches are distributed among these distances:
18 3 0.00
19 9 0.00
20 1 0.00
21 4 0.00
22 316 0.12
23 2200 0.84
24 88 0.03
25 2 0.00
ACGTcount: A:0.37, C:0.24, G:0.07, T:0.32
Consensus pattern (23 bp):
CATTTAAACACTTCAATTTGCAG
Found at i:37044 original size:229 final size:229
Alignment explanation
Indices: 36643--39942 Score: 4935
Period size: 229 Copynumber: 14.4 Consensus size: 229
36633 ATTACATCAT
* * * * * *
36643 TTAAACACTTTAATTTGCAGCATTTAAGCATTTCAATTTACATCATTTAAACACTTTAATTTGCA
1 TTAAACACTTCAATTTGCAACATTTAAGCACTTCAATTTACAGCATTTAAACACTTCAATTTGTA
*
36708 GCATTCAAACACTTCAATTTGCAGCACTTTAACACTTCAATTTACAGTATTTAAGCACTTCAATT
66 GCATTCAAACACTTCAATTTGCAGCACTTTAACACTTCAATTTACAGCATTTAAGCACTTCAATT
*
36773 TTCAGCACTTTTACATCTCAATTAACAACATTTATACACCTCAATTACAGCGATAAAACATCTCA
131 TGCAGCACTTTTACATCTCAATTAACAACATTTATACACCTCAATTACAGCGATAAAACATCTCA
36838 ATGTCCAGCAACTAAACACTTCAATTTGCAGTAC
196 ATGTCCAGCAACTAAACACTTCAATTTGCAGTAC
* *
36872 TTAAACACTTCAATTTGCAACATTTAAGCACATCAATTTACAGCATTTAAACACTTCAATTTATA
1 TTAAACACTTCAATTTGCAACATTTAAGCACTTCAATTTACAGCATTTAAACACTTCAATTTGTA
* *
36937 GCATTCAAACACTTCAATTTGCAACACTTTCACACTTCAATTTACAGCATTTAAGCACTTCAATT
66 GCATTCAAACACTTCAATTTGCAGCACTTTAACACTTCAATTTACAGCATTTAAGCACTTCAATT
*
37002 TGCAGCACTTTTACATCTCAATTAACAACATTTATACACCTCAATTACAGCGATAAAACATCTCC
131 TGCAGCACTTTTACATCTCAATTAACAACATTTATACACCTCAATTACAGCGATAAAACATCTCA
* * *
37067 ATGTCCAGCAACTAAACACTACAATTTTCAGTCC
196 ATGTCCAGCAACTAAACACTTCAATTTGCAGTAC
*
37101 TTAAACACTTCAATTTGCAACATTTAAGCACTTCAATTTACAGCATTTAAAAACTTCAATTTGTA
1 TTAAACACTTCAATTTGCAACATTTAAGCACTTCAATTTACAGCATTTAAACACTTCAATTTGTA
* *
37166 GCATTCAAACACTTCAATTTCCAGCACTTTAACACTTCAATTTACAGCATTTAAGAACTTCAATT
66 GCATTCAAACACTTCAATTTGCAGCACTTTAACACTTCAATTTACAGCATTTAAGCACTTCAATT
* *
37231 TGTAGCACTCTTACATCTCAATTAACAACATTTATACACCTCAATTACAGCGATAAAACATCTCA
131 TGCAGCACTTTTACATCTCAATTAACAACATTTATACACCTCAATTACAGCGATAAAACATCTCA
* *
37296 ATGTCCAGCAACTAAACACTTTAATTTAG-AGTAG
196 ATGTCCAGCAACTAAACACTTCAATTT-GCAGTAC
* * *
37330 TTAAACACTTTAATTTGCAACATTTTAGCACTTCAATTTACAGCATTTAAACACTTCAATTTGCA
1 TTAAACACTTCAATTTGCAACATTTAAGCACTTCAATTTACAGCATTTAAACACTTCAATTTGTA
37395 GCATTCAAACACTTCAATTTGCAGCACTTTAACACTTCAATTTACAGCATTTAAGCACTTCAATT
66 GCATTCAAACACTTCAATTTGCAGCACTTTAACACTTCAATTTACAGCATTTAAGCACTTCAATT
* * *
37460 TGTAGCACTTTAACATCTCAATTAACAACATTTATACACCTCAATTACAGTGATAAAACATCTCA
131 TGCAGCACTTTTACATCTCAATTAACAACATTTATACACCTCAATTACAGCGATAAAACATCTCA
* *
37525 ATGTCCAGAAAATAAACACTTCAATTTGCAGTAC
196 ATGTCCAGCAACTAAACACTTCAATTTGCAGTAC
* * *
37559 TTAAACATTTTAATTTACAACATTTAAGCACTTCAATTTACAGCATTTAAACACTTCAATTTGTA
1 TTAAACACTTCAATTTGCAACATTTAAGCACTTCAATTTACAGCATTTAAACACTTCAATTTGTA
*
37624 GCATTCAAACACTTCAATCTGCAGCACTTTAACACTTCAATTTACAGCATTTAAGCACTTCAATT
66 GCATTCAAACACTTCAATTTGCAGCACTTTAACACTTCAATTTACAGCATTTAAGCACTTCAATT
*
37689 TGCAGCACTTTTACATCTCAATTAACAACACTTATACACCTCAATTACAGCGATAAAACATCTCA
131 TGCAGCACTTTTACATCTCAATTAACAACATTTATACACCTCAATTACAGCGATAAAACATCTCA
* *
37754 ATGTCCAGCAACTAAACAATTCAATTTACAGTAC
196 ATGTCCAGCAACTAAACACTTCAATTTGCAGTAC
* * * *
37788 TTAAACACTTCAATTTGCAACATTTAAGCACTTCAATTCACAGCATTTAAACACTTTAATTGGCA
1 TTAAACACTTCAATTTGCAACATTTAAGCACTTCAATTTACAGCATTTAAACACTTCAATTTGTA
37853 GCATTCAAACACTTCAATTTGCAGCACTTTAACACTTCAATTTACAGCATTTAAGCACTTCAATT
66 GCATTCAAACACTTCAATTTGCAGCACTTTAACACTTCAATTTACAGCATTTAAGCACTTCAATT
* *
37918 TGCAGCACTTTAACATCTCAATTAACAACATTTATACACCTCAATTACAGCGATAAAACATCTCC
131 TGCAGCACTTTTACATCTCAATTAACAACATTTATACACCTCAATTACAGCGATAAAACATCTCA
* *
37983 ATGTCCAGCAACT----ATTTCAATTTGCAGTTC
196 ATGTCCAGCAACTAAACACTTCAATTTGCAGTAC
* * * *
38013 TTAAACACTTCAATTTGCAACATTTAAGGACTTCAATTTACAGCATTTAAACACTTGAATTCGCA
1 TTAAACACTTCAATTTGCAACATTTAAGCACTTCAATTTACAGCATTTAAACACTTCAATTTGTA
*
38078 GCATTCAAACACTTGAATTTGCAGCACTTTAACACTTCAATTTA-ACGCATTTAAGCACTTCAAT
66 GCATTCAAACACTTCAATTTGCAGCACTTTAACACTTCAATTTACA-GCATTTAAGCACTTCAAT
* *
38142 TTGCAGCACTTTTACATCTCAATTAAAAAAATTTATACACCTCAATTACAGCGATAAAACATCTC
130 TTGCAGCACTTTTACATCTCAATTAACAACATTTATACACCTCAATTACAGCGATAAAACATCTC
38207 AATGTCCAGCAACTAAACACTTCAATTTGCAGTAC
195 AATGTCCAGCAACTAAACACTTCAATTTGCAGTAC
* * * *
38242 TTAAACACTTCAATTTGCAACATTTAAGCACATCAATTTATAGCATTTAAACACTTAAATTTATA
1 TTAAACACTTCAATTTGCAACATTTAAGCACTTCAATTTACAGCATTTAAACACTTCAATTTGTA
38307 GCATTCAAACACTTCAATTTGCAGCACTTTAACACTTCAATTTACAGCATTTAAGCACTTCAATT
66 GCATTCAAACACTTCAATTTGCAGCACTTTAACACTTCAATTTACAGCATTTAAGCACTTCAATT
38372 TGCAGCACTTTTACATCTCAATTAACAACATTTATACACCTCAATTACAGCGATAAAACATCTCA
131 TGCAGCACTTTTACATCTCAATTAACAACATTTATACACCTCAATTACAGCGATAAAACATCTCA
38437 ATGTCCAGCAACTAAACACTTCAATTTGCAGTAC
196 ATGTCCAGCAACTAAACACTTCAATTTGCAGTAC
* * *
38471 TTAAACACTTCAATTTGCAACATTTAAGCACATCAATTTATAGCATTTAAACACTTCAATTTATA
1 TTAAACACTTCAATTTGCAACATTTAAGCACTTCAATTTACAGCATTTAAACACTTCAATTTGTA
38536 GCATTCAAACACTTCAATTTGCAGCACTTTAACACTTCAATTTACAGCATTTAAGCACTTCAATT
66 GCATTCAAACACTTCAATTTGCAGCACTTTAACACTTCAATTTACAGCATTTAAGCACTTCAATT
*
38601 TGCAGCACTTTTACATCTCAATTAACAACATTTATACACCTCAATTACAGCGATAAAACATCTCC
131 TGCAGCACTTTTACATCTCAATTAACAACATTTATACACCTCAATTACAGCGATAAAACATCTCA
* **
38666 ATGTCCAGCAACTAAACACTTCAATTTTCAGGCC
196 ATGTCCAGCAACTAAACACTTCAATTTGCAGTAC
* * *
38700 TTAAACACTTCAATTTGCAACATTTAAGCACTTCAATTTACAGCATTTAAACACATGAATTTGCA
1 TTAAACACTTCAATTTGCAACATTTAAGCACTTCAATTTACAGCATTTAAACACTTCAATTTGTA
38765 GCATTCAAACACTTCAATTTGCAGCACTTTAACACTTCAATTTACAGCATTTAAGCACTTCAATT
66 GCATTCAAACACTTCAATTTGCAGCACTTTAACACTTCAATTTACAGCATTTAAGCACTTCAATT
38830 TGCAGCACTTTTACATCTCAATTAACAACATTTATACACCTCAATTACAGCGATAAAACATCTCA
131 TGCAGCACTTTTACATCTCAATTAACAACATTTATACACCTCAATTACAGCGATAAAACATCTCA
* *
38895 ATGTCCAGTAACGAAACACTTCAATTTGCAGTAC
196 ATGTCCAGCAACTAAACACTTCAATTTGCAGTAC
* * *
38929 TTAAACACTTCAATTTGCAACATTTAAGCACATCAATTTATAGCATTTAAACACTTCAATTTATA
1 TTAAACACTTCAATTTGCAACATTTAAGCACTTCAATTTACAGCATTTAAACACTTCAATTTGTA
*
38994 GCATTCAAACACTTCAATTTGCAGCACTTTAACACTTCAATTTACAACATTTAAGCACTTCAATT
66 GCATTCAAACACTTCAATTTGCAGCACTTTAACACTTCAATTTACAGCATTTAAGCACTTCAATT
*
39059 TGCAGCACTTTTACATCTCAATTAACAACATTTATACACCTCAATTACAGCGATAAAACATCTCC
131 TGCAGCACTTTTACATCTCAATTAACAACATTTATACACCTCAATTACAGCGATAAAACATCTCA
* *
39124 ATGTCCAGCAACTAAACACTTCAATTTTCAGTTC
196 ATGTCCAGCAACTAAACACTTCAATTTGCAGTAC
39158 TTAAACACTTCAATTTGCAACATTTAAGCACTTCAATTTACAGCATTTAAACACTTCAATTTGTA
1 TTAAACACTTCAATTTGCAACATTTAAGCACTTCAATTTACAGCATTTAAACACTTCAATTTGTA
* *
39223 GCATACAAACACTTCAATCTGCAGCACTTTAACACTTCAATTTACAGCATTTAAGCACTTCAATT
66 GCATTCAAACACTTCAATTTGCAGCACTTTAACACTTCAATTTACAGCATTTAAGCACTTCAATT
39288 TGCAGCACTTTTACATCTCAATTAACAACATTTATACACCTCAATTACAGCGATAAAACATCTCA
131 TGCAGCACTTTTACATCTCAATTAACAACATTTATACACCTCAATTACAGCGATAAAACATCTCA
*
39353 ATGTCCAGCAACTAAACACTTCAATTTGCAATAC
196 ATGTCCAGCAACTAAACACTTCAATTTGCAGTAC
*
39387 TTAAACACTTCAATTTGCAACATTTAAGCACTTCAATTTACAGCATTTAAACACTTCAATTTGCA
1 TTAAACACTTCAATTTGCAACATTTAAGCACTTCAATTTACAGCATTTAAACACTTCAATTTGTA
** *
39452 GCATTCAAACACTTCAATTTGCAGCACTTTAACACTTCAATTTGTAGCACTTTAA-C-TTCTCAA
66 GCATTCAAACACTTCAATTTGCAGCACTTTAACACTTCAATTTACAGCA-TTTAAGCACT-TCAA
* ** * * * * * * * * * *
39515 CTAACAACA-TTTAAACACCTCAATT-ATAGCGA-TAAAACATCTCAATGTCCAGCAACT-AAAC
129 TTTGCAGCACTTT-TACATCTCAATTAACAAC-ATTTATACACCTCAAT-TACAGCGA-TAAAAC
* * * * ** *
39576 A-CTTCAATTTGCAG-TACTTAAATACTTCAATTTGCAACAT
190 ATC-TCAATGTCCAGCAAC-TAAACACTTCAATTTGCAGTAC
* * * * * ** ** * *
39616 TTAAGCACATCAATTTACAGCATTTAAACACTTCAATTTGTAGCATACAAACACTTCAATCTGCA
1 TTAAACACTTCAATTTGCAACATTTAAGCACTTCAATTTACAGCATTTAAACACTTCAATTTGTA
* * * *
39681 GCACTT-TAACACTTCAATTTACAGCA-TTTAAGCACTTCAATTTGCAGCACTTTTA-CA-TCTC
66 GCA-TTCAAACACTTCAATTTGCAGCACTTTAA-CACTTCAATTTACAGCA-TTTAAGCACT-TC
** * * * * * * * *
39742 AATTAACAACA-TTTATACACCTCAATT-ACAGCGA-TAAAACATCTCAATGTCCAGCAACT-AA
127 AATTTGCAGCACTTT-TACATCTCAATTAACAAC-ATTTATACACCTCAAT-TACAGCGA-TAAA
* * ** *
39803 ACA-CTTCAATTTGCA--ATACTTAAACACTTCAATTTGCAACAT
188 ACATC-TCAATGTCCAGCA-AC-TAAACACTTCAATTTGCAGTAC
* * * * * * *
39845 TTAAGCACTTCAATTTACAGCATTTAAACACTTCAATTTGCAGCATTCAAACACTTCAATTTGCA
1 TTAAACACTTCAATTTGCAACATTTAAGCACTTCAATTTACAGCATTTAAACACTTCAATTTGTA
*
39910 GCA--CATTAACACTTCAATTTGTAGCACTTTAAC
66 GCATTCA--AACACTTCAATTTGCAGCACTTTAAC
39943 TTCTCAACTA
Statistics
Matches: 2865, Mismatches: 182, Indels: 48
0.93 0.06 0.02
Matches are distributed among these distances:
224 1 0.00
225 211 0.07
228 27 0.01
229 2612 0.91
230 14 0.00
ACGTcount: A:0.37, C:0.24, G:0.07, T:0.32
Consensus pattern (229 bp):
TTAAACACTTCAATTTGCAACATTTAAGCACTTCAATTTACAGCATTTAAACACTTCAATTTGTA
GCATTCAAACACTTCAATTTGCAGCACTTTAACACTTCAATTTACAGCATTTAAGCACTTCAATT
TGCAGCACTTTTACATCTCAATTAACAACATTTATACACCTCAATTACAGCGATAAAACATCTCA
ATGTCCAGCAACTAAACACTTCAATTTGCAGTAC
Found at i:37500 original size:458 final size:457
Alignment explanation
Indices: 36643--40066 Score: 5546
Period size: 458 Copynumber: 7.6 Consensus size: 457
36633 ATTACATCAT
* * * * *
36643 TTAAACACTTTAATTTGCAGCATTTAAGCATTTCAATTTACATCATTTAAACACTTTAATTTGCA
1 TTAAACACTTCAATTTGCAACATTTAAGCACTTCAATTTACAGCATTTAAACACTTCAATTTGCA
*
36708 GCATTCAAACACTTCAATTTGCAGCACTTTAACACTTCAATTTACAGTATTTAAGCACTTCAATT
66 GCATTCAAACACTTCAATTTGCAGCACTTTAACACTTCAATTTACAGCATTTAAGCACTTCAATT
*
36773 TTCAGCACTTTTACATCTCAATTAACAACATTTATACACCTCAATTACAGCGATAAAACATCTCA
131 TGCAGCACTTTTACATCTCAATTAACAACATTTATACACCTCAATTACAGCGATAAAACATCTCA
36838 ATGTCCAGCAACTAAACACTTCAATTTGCAGTACTTAAACACTTCAATTTGCAACATTTAAGCAC
196 ATGTCCAGCAACTAAACACTTCAATTTG-AGTACTTAAACACTTCAATTTGCAACATTTAAGCAC
* * * *
36903 ATCAATTTACAGCATTTAAACACTTCAATTTATAGCATTCAAACACTTCAATTTGCAACACTTTC
260 TTCAATTTACAGCATTTAAACACTTCAATTTGTAGCATTCAAACACTTCAATTTGCAGCACTTTA
36968 ACACTTCAATTTACAGCATTTAAGCACTTCAATTTGCAGCACTTTTACATCTCAATTAACAACAT
325 ACACTTCAATTTACAGCATTTAAGCACTTCAATTTGCAGCACTTTTACATCTCAATTAACAACAT
* * *
37033 TTATACACCTCAATTACAGCGATAAAACATCTCCATGTCCAGCAACTAAACACTACAATTTTCAG
390 TTATACACCTCAATTACAGCGATAAAACATCTCAATGTCCAGCAACTAAACACTTCAATTTGCAG
*
37098 TCC
455 TAC
* *
37101 TTAAACACTTCAATTTGCAACATTTAAGCACTTCAATTTACAGCATTTAAAAACTTCAATTTGTA
1 TTAAACACTTCAATTTGCAACATTTAAGCACTTCAATTTACAGCATTTAAACACTTCAATTTGCA
* *
37166 GCATTCAAACACTTCAATTTCCAGCACTTTAACACTTCAATTTACAGCATTTAAGAACTTCAATT
66 GCATTCAAACACTTCAATTTGCAGCACTTTAACACTTCAATTTACAGCATTTAAGCACTTCAATT
* *
37231 TGTAGCACTCTTACATCTCAATTAACAACATTTATACACCTCAATTACAGCGATAAAACATCTCA
131 TGCAGCACTTTTACATCTCAATTAACAACATTTATACACCTCAATTACAGCGATAAAACATCTCA
* * * *
37296 ATGTCCAGCAACTAAACACTTTAATTTAGAGTAGTTAAACACTTTAATTTGCAACATTTTAGCAC
196 ATGTCCAGCAACTAAACACTTCAATTT-GAGTACTTAAACACTTCAATTTGCAACATTTAAGCAC
*
37361 TTCAATTTACAGCATTTAAACACTTCAATTTGCAGCATTCAAACACTTCAATTTGCAGCACTTTA
260 TTCAATTTACAGCATTTAAACACTTCAATTTGTAGCATTCAAACACTTCAATTTGCAGCACTTTA
* *
37426 ACACTTCAATTTACAGCATTTAAGCACTTCAATTTGTAGCACTTTAACATCTCAATTAACAACAT
325 ACACTTCAATTTACAGCATTTAAGCACTTCAATTTGCAGCACTTTTACATCTCAATTAACAACAT
* * *
37491 TTATACACCTCAATTACAGTGATAAAACATCTCAATGTCCAGAAAATAAACACTTCAATTTGCAG
390 TTATACACCTCAATTACAGCGATAAAACATCTCAATGTCCAGCAACTAAACACTTCAATTTGCAG
37556 TAC
455 TAC
* * * *
37559 TTAAACATTTTAATTTACAACATTTAAGCACTTCAATTTACAGCATTTAAACACTTCAATTTGTA
1 TTAAACACTTCAATTTGCAACATTTAAGCACTTCAATTTACAGCATTTAAACACTTCAATTTGCA
*
37624 GCATTCAAACACTTCAATCTGCAGCACTTTAACACTTCAATTTACAGCATTTAAGCACTTCAATT
66 GCATTCAAACACTTCAATTTGCAGCACTTTAACACTTCAATTTACAGCATTTAAGCACTTCAATT
*
37689 TGCAGCACTTTTACATCTCAATTAACAACACTTATACACCTCAATTACAGCGATAAAACATCTCA
131 TGCAGCACTTTTACATCTCAATTAACAACATTTATACACCTCAATTACAGCGATAAAACATCTCA
* *
37754 ATGTCCAGCAACTAAACAATTCAATTTACAGTACTTAAACACTTCAATTTGCAACATTTAAGCAC
196 ATGTCCAGCAACTAAACACTTCAATTT-GAGTACTTAAACACTTCAATTTGCAACATTTAAGCAC
* * * *
37819 TTCAATTCACAGCATTTAAACACTTTAATTGGCAGCATTCAAACACTTCAATTTGCAGCACTTTA
260 TTCAATTTACAGCATTTAAACACTTCAATTTGTAGCATTCAAACACTTCAATTTGCAGCACTTTA
*
37884 ACACTTCAATTTACAGCATTTAAGCACTTCAATTTGCAGCACTTTAACATCTCAATTAACAACAT
325 ACACTTCAATTTACAGCATTTAAGCACTTCAATTTGCAGCACTTTTACATCTCAATTAACAACAT
* *
37949 TTATACACCTCAATTACAGCGATAAAACATCTCCATGTCCAGCAACT----ATTTCAATTTGCAG
390 TTATACACCTCAATTACAGCGATAAAACATCTCAATGTCCAGCAACTAAACACTTCAATTTGCAG
*
38010 TTC
455 TAC
* * *
38013 TTAAACACTTCAATTTGCAACATTTAAGGACTTCAATTTACAGCATTTAAACACTTGAATTCGCA
1 TTAAACACTTCAATTTGCAACATTTAAGCACTTCAATTTACAGCATTTAAACACTTCAATTTGCA
*
38078 GCATTCAAACACTTGAATTTGCAGCACTTTAACACTTCAATTTA-ACGCATTTAAGCACTTCAAT
66 GCATTCAAACACTTCAATTTGCAGCACTTTAACACTTCAATTTACA-GCATTTAAGCACTTCAAT
* *
38142 TTGCAGCACTTTTACATCTCAATTAAAAAAATTTATACACCTCAATTACAGCGATAAAACATCTC
130 TTGCAGCACTTTTACATCTCAATTAACAACATTTATACACCTCAATTACAGCGATAAAACATCTC
38207 AATGTCCAGCAACTAAACACTTCAATTTGCAGTACTTAAACACTTCAATTTGCAACATTTAAGCA
195 AATGTCCAGCAACTAAACACTTCAATTTG-AGTACTTAAACACTTCAATTTGCAACATTTAAGCA
* * * *
38272 CATCAATTTATAGCATTTAAACACTTAAATTTATAGCATTCAAACACTTCAATTTGCAGCACTTT
259 CTTCAATTTACAGCATTTAAACACTTCAATTTGTAGCATTCAAACACTTCAATTTGCAGCACTTT
38337 AACACTTCAATTTACAGCATTTAAGCACTTCAATTTGCAGCACTTTTACATCTCAATTAACAACA
324 AACACTTCAATTTACAGCATTTAAGCACTTCAATTTGCAGCACTTTTACATCTCAATTAACAACA
38402 TTTATACACCTCAATTACAGCGATAAAACATCTCAATGTCCAGCAACTAAACACTTCAATTTGCA
389 TTTATACACCTCAATTACAGCGATAAAACATCTCAATGTCCAGCAACTAAACACTTCAATTTGCA
38467 GTAC
454 GTAC
* * **
38471 TTAAACACTTCAATTTGCAACATTTAAGCACATCAATTTATAGCATTTAAACACTTCAATTTATA
1 TTAAACACTTCAATTTGCAACATTTAAGCACTTCAATTTACAGCATTTAAACACTTCAATTTGCA
38536 GCATTCAAACACTTCAATTTGCAGCACTTTAACACTTCAATTTACAGCATTTAAGCACTTCAATT
66 GCATTCAAACACTTCAATTTGCAGCACTTTAACACTTCAATTTACAGCATTTAAGCACTTCAATT
*
38601 TGCAGCACTTTTACATCTCAATTAACAACATTTATACACCTCAATTACAGCGATAAAACATCTCC
131 TGCAGCACTTTTACATCTCAATTAACAACATTTATACACCTCAATTACAGCGATAAAACATCTCA
* **
38666 ATGTCCAGCAACTAAACACTTCAATTTTCAGGCCTTAAACACTTCAATTTGCAACATTTAAGCAC
196 ATGTCCAGCAACTAAACACTTCAA-TTTGAGTACTTAAACACTTCAATTTGCAACATTTAAGCAC
* * *
38731 TTCAATTTACAGCATTTAAACACATGAATTTGCAGCATTCAAACACTTCAATTTGCAGCACTTTA
260 TTCAATTTACAGCATTTAAACACTTCAATTTGTAGCATTCAAACACTTCAATTTGCAGCACTTTA
38796 ACACTTCAATTTACAGCATTTAAGCACTTCAATTTGCAGCACTTTTACATCTCAATTAACAACAT
325 ACACTTCAATTTACAGCATTTAAGCACTTCAATTTGCAGCACTTTTACATCTCAATTAACAACAT
* *
38861 TTATACACCTCAATTACAGCGATAAAACATCTCAATGTCCAGTAACGAAACACTTCAATTTGCAG
390 TTATACACCTCAATTACAGCGATAAAACATCTCAATGTCCAGCAACTAAACACTTCAATTTGCAG
38926 TAC
455 TAC
* * **
38929 TTAAACACTTCAATTTGCAACATTTAAGCACATCAATTTATAGCATTTAAACACTTCAATTTATA
1 TTAAACACTTCAATTTGCAACATTTAAGCACTTCAATTTACAGCATTTAAACACTTCAATTTGCA
*
38994 GCATTCAAACACTTCAATTTGCAGCACTTTAACACTTCAATTTACAACATTTAAGCACTTCAATT
66 GCATTCAAACACTTCAATTTGCAGCACTTTAACACTTCAATTTACAGCATTTAAGCACTTCAATT
*
39059 TGCAGCACTTTTACATCTCAATTAACAACATTTATACACCTCAATTACAGCGATAAAACATCTCC
131 TGCAGCACTTTTACATCTCAATTAACAACATTTATACACCTCAATTACAGCGATAAAACATCTCA
* *
39124 ATGTCCAGCAACTAAACACTTCAATTTTCAGTTCTTAAACACTTCAATTTGCAACATTTAAGCAC
196 ATGTCCAGCAACTAAACACTTCAA-TTTGAGTACTTAAACACTTCAATTTGCAACATTTAAGCAC
* *
39189 TTCAATTTACAGCATTTAAACACTTCAATTTGTAGCATACAAACACTTCAATCTGCAGCACTTTA
260 TTCAATTTACAGCATTTAAACACTTCAATTTGTAGCATTCAAACACTTCAATTTGCAGCACTTTA
39254 ACACTTCAATTTACAGCATTTAAGCACTTCAATTTGCAGCACTTTTACATCTCAATTAACAACAT
325 ACACTTCAATTTACAGCATTTAAGCACTTCAATTTGCAGCACTTTTACATCTCAATTAACAACAT
*
39319 TTATACACCTCAATTACAGCGATAAAACATCTCAATGTCCAGCAACTAAACACTTCAATTTGCAA
390 TTATACACCTCAATTACAGCGATAAAACATCTCAATGTCCAGCAACTAAACACTTCAATTTGCAG
39384 TAC
455 TAC
39387 TTAAACACTTCAATTTGCAACATTTAAGCACTTCAATTTACAGCATTTAAACACTTCAATTTGCA
1 TTAAACACTTCAATTTGCAACATTTAAGCACTTCAATTTACAGCATTTAAACACTTCAATTTGCA
39452 GCATTCAAACACTTCAATTTGCAGCACTTTAACACTTCAATTT---G----T-AGCA---C--TT
66 GCATTCAAACACTTCAATTTGCAGCACTTTAACACTTCAATTTACAGCATTTAAGCACTTCAATT
* * *
39504 T--A--AC---T---TCTCAACTAACAACATTTAAACACCTCAATTATAGCGATAAAACATCTCA
131 TGCAGCACTTTTACATCTCAATTAACAACATTTATACACCTCAATTACAGCGATAAAACATCTCA
*
39559 ATGTCCAGCAACTAAACACTTCAATTTGCAGTACTTAAATACTTCAATTTGCAACATTTAAGCAC
196 ATGTCCAGCAACTAAACACTTCAATTTG-AGTACTTAAACACTTCAATTTGCAACATTTAAGCAC
* * *
39624 ATCAATTTACAGCATTTAAACACTTCAATTTGTAGCATACAAACACTTCAATCTGCAGCACTTTA
260 TTCAATTTACAGCATTTAAACACTTCAATTTGTAGCATTCAAACACTTCAATTTGCAGCACTTTA
39689 ACACTTCAATTTACAGCATTTAAGCACTTCAATTTGCAGCACTTTTACATCTCAATTAACAACAT
325 ACACTTCAATTTACAGCATTTAAGCACTTCAATTTGCAGCACTTTTACATCTCAATTAACAACAT
*
39754 TTATACACCTCAATTACAGCGATAAAACATCTCAATGTCCAGCAACTAAACACTTCAATTTGCAA
390 TTATACACCTCAATTACAGCGATAAAACATCTCAATGTCCAGCAACTAAACACTTCAATTTGCAG
39819 TAC
455 TAC
39822 TTAAACACTTCAATTTGCAACATTTAAGCACTTCAATTTACAGCATTTAAACACTTCAATTTGCA
1 TTAAACACTTCAATTTGCAACATTTAAGCACTTCAATTTACAGCATTTAAACACTTCAATTTGCA
*
39887 GCATTCAAACACTTCAATTTGCAGCACATTAACACTTCAATTT---G----T-AGCA---C--TT
66 GCATTCAAACACTTCAATTTGCAGCACTTTAACACTTCAATTTACAGCATTTAAGCACTTCAATT
* * *
39939 T--A--AC---T---TCTCAACTAACAACATTTAAACACCTCAATTATAGCGATAAAACATCTCA
131 TGCAGCACTTTTACATCTCAATTAACAACATTTATACACCTCAATTACAGCGATAAAACATCTCA
* *
39994 ATGTCCAGCAACTAAACACTTCAAATTGCAGTACTTAAATACTTCAATTTGCAACATTTAAGCAC
196 ATGTCCAGCAACTAAACACTTCAATTTG-AGTACTTAAACACTTCAATTTGCAACATTTAAGCAC
*
40059 ATCAATTT
260 TTCAATTT
40067 TGTTGGTGCA
Statistics
Matches: 2826, Mismatches: 130, Indels: 43
0.94 0.04 0.01
Matches are distributed among these distances:
434 3 0.00
435 544 0.19
438 1 0.00
441 2 0.00
443 1 0.00
445 3 0.00
447 1 0.00
450 4 0.00
451 1 0.00
453 1 0.00
454 426 0.15
458 1834 0.65
459 5 0.00
ACGTcount: A:0.37, C:0.24, G:0.07, T:0.32
Consensus pattern (457 bp):
TTAAACACTTCAATTTGCAACATTTAAGCACTTCAATTTACAGCATTTAAACACTTCAATTTGCA
GCATTCAAACACTTCAATTTGCAGCACTTTAACACTTCAATTTACAGCATTTAAGCACTTCAATT
TGCAGCACTTTTACATCTCAATTAACAACATTTATACACCTCAATTACAGCGATAAAACATCTCA
ATGTCCAGCAACTAAACACTTCAATTTGAGTACTTAAACACTTCAATTTGCAACATTTAAGCACT
TCAATTTACAGCATTTAAACACTTCAATTTGTAGCATTCAAACACTTCAATTTGCAGCACTTTAA
CACTTCAATTTACAGCATTTAAGCACTTCAATTTGCAGCACTTTTACATCTCAATTAACAACATT
TATACACCTCAATTACAGCGATAAAACATCTCAATGTCCAGCAACTAAACACTTCAATTTGCAGT
AC
Found at i:39522 original size:206 final size:204
Alignment explanation
Indices: 37102--39928 Score: 1028
Period size: 206 Copynumber: 13.7 Consensus size: 204
37092 TTTCAGTCCT
* * * * * * **
37102 TAAACACTTCAATTTGCAACATTTAAGCACTTCAATTTACAGCATTTAAAAACTTCAATTTGTAG
1 TAAACACTTCAATTTGCAATACTTAAACACTTCAATTTGCAACATTTAAACACTTCAATTTACAG
* * * * *
37167 CATTCAAACACTTCAATTTCCAGCACTT-TAACACTTCAATTTACAGCATTTAAGAACTTCAATT
66 CATTTAAACACTTCAATTTGCAGCA-TTCAAACACTTCAATTTGCAGCATTTAA-CACTTCAATT
*
37231 TGTAGCACTCTT-ACATCTCAATTAACAACATTTATACACCTCAATTACAGCGATAAAACATCTC
129 TGCAGCACT-TTAAC-TCTCAATTAACAACATTTATACACCTCAATTACAGCGATAAAACATCTC
37295 AATGTCCAGCAAC
192 AATGTCCAGCAAC
* * * * * *
37308 TAAACACTTTAATTTAG-AGTAGTTAAACACTTTAATTTGCAACATTTTAGCACTTCAATTTACA
1 TAAACACTTCAATTT-GCAATACTTAAACACTTCAATTTGCAACATTTAAACACTTCAATTTACA
37372 GCATTTAAACACTTCAATTTGCAGCATTCAAACACTTCAATTTGCAGCACTTTAACACTTCAATT
65 GCATTTAAACACTTCAATTTGCAGCATTCAAACACTTCAATTTGCAGCA-TTTAACACTTCAATT
* * *** * * * * * *
37437 TACAGCA-TTTAAGCACTTCAATTTGTAGCACTTTA-ACATCTCAATTAACAAC-ATTTATACAC
129 TGCAGCACTTTAA-CTC-TCAATTAACAACA-TTTATACACCTCAATT-ACAGCGA-TAAAACAT
* **
37499 CTCAAT-TACAGTGA-
189 CTCAATGTCCAGCAAC
* * ** ** * * *
37513 TAAA-ACATCTCAATGTCCAGA-AAATAAACACTTCAATTTGCAGTACTTAAACATTTTAATTTA
1 TAAACAC-T-TCAATTTGCA-ATACTTAAACACTTCAATTTGCAACATTTAAACACTTCAATTTA
* * * * * *
37576 CAACATTTAAGCACTTCAATTTACAGCATTTAAACACTTCAATTTGTAGCATTCAAACACTTCAA
63 CAGCATTTAAACACTTCAATTTGCAGCATTCAAACACTTCAATTTGCAGCATT-TAACACTTCAA
* * * * * * ***
37641 TCTGCAGCACTTTAACACTTCAATTTACAGCATTTA-AGCACTTCAATTTGCAGC-ACTTTTACA
127 TTTGCAGCACTTTAACTC-TCAATTAACAACATTTATA-CACCTCAA-TTACAGCGA-TAAAACA
* *
37704 TCTCAAT-TAACAAC-AC
188 TCTCAATGT-CCAGCAAC
* * * * * * * ** *
37720 TTATACACCTCAATTACAGCGATA---AAACA-TCTCAATGTCCAGCAACTAAACAATTCAATTT
1 -TAAACACTTCAATT--TGCAATACTTAAACACT-TCAATTTGCAACATTTAAACACTTCAATTT
* * * * * ** *
37781 ACAGTACTTAAACACTTCAATTTGCAACATTTAAGCACTTCAATTCACAGCATTTAAACACTTTA
62 ACAGCATTTAAACACTTCAATTTGCAGCATTCAAACACTTCAATTTGCAGCATTT-AACACTTCA
* * * ** * * * *
37846 ATTGGCAGCA-TTCAAACACTTCAATTTGCAGCACTTTA-ACACTTCAATTTACAGC-ATTTAAG
126 ATTTGCAGCACTT-TAACTC-TCAATTAACAACA-TTTATACACCTCAA-TTACAGCGA-TAAAA
* *
37908 CA-CTTCAATTTGCAGC-AC
186 CATC-TCAATGTCCAGCAAC
* ** * * * * * * * * *
37926 TTTAACA-TCTCAATTAACAACATTTATACACCTCAA-TTACAGCGA-TAAAACA-TCTCCATGT
1 -TAAACACT-TCAATTTGCAATACTTAAACACTTCAATTTGCAAC-ATTTAAACACT-TCAATTT
* * * *
37987 CCAGC-----AACTATTTCAATTTGCAG--TTCTTAAACACTTCAATTTGCAACATTTAAGGACT
62 ACAGCATTTAAAC-ACTTCAATTTGCAGCATTC--AAACACTTCAATTTGCAGCATTTAA-CACT
* * * ** * * * * * * **
38045 TCAATTTACAGCA-TTTAAACACTTGAATTCGCAGCATTCAAACACTTGAATTTGCAGC-ACTTT
123 TCAATTTGCAGCACTTT-AACTC-TCAATTAACAACATTTATACACCTCAA-TTACAGCGA-TAA
** **
38108 AACA-CTTCAAT-TTAACGCATT
184 AACATC-TCAATGTCCA-GCAAC
* ** ** *** * * *
38129 TAAGCACTTCAATTTGCAGCACTTTTACA-TCTCAATTAAAAAAATTTATACACCTCAA-TTACA
1 TAAACACTTCAATTTGCAATACTTAAACACT-TCAATTTGCAACATTTAAACACTTCAATTTACA
* * * * * *
38192 GCGA-TAAAACA-TCTCAATGTCCAGCA-ACTAAACACTTCAATTTGCAGTACTTAAACACTTCA
65 GC-ATTTAAACACT-TCAATTTGCAGCATTC-AAACACTTCAATTTGCAGCA-TTTAACACTTCA
* * * * * * * * * *
38254 ATTTGCAACA-TTTAAGCACATCAATTTATAGCATTTAAACACTTAAATTTATAGC-ATTCAAAC
126 ATTTGCAGCACTTTAA-CTC-TCAATTAACAACATTTATACACCTCAA-TTACAGCGA-TAAAAC
* *
38317 A-CTTCAATTTGCAGC-AC
187 ATC-TCAATGTCCAGCAAC
* * ** * * * * *
38334 TTTAACACTTCAATTTACAGCATTTAAGCACTTCAATTTGCAGCACTTT-TACA-TCTCAATTAA
1 -TAAACACTTCAATTTGCAATACTTAAACACTTCAATTTGCAACA-TTTAAACACT-TCAATTTA
* * * * * * * * *
38397 CAACATTTATACACCTCAA-TTACAGCGA-TAAAACA-TCTCAATGTCCAGCAACTAAACACTTC
63 CAGCATTTAAACACTTCAATTTGCAGC-ATTCAAACACT-TCAATTTGCAGC-ATTTAACACTTC
* * * ** * * *
38459 AATTTGCAGTACTTAAACACTTCAATTTGCAACATTTA-AGCACATCAATTTATAGC-ATTTAAA
125 AATTTGCAGCACTTTAACTC-TCAATTAACAACATTTATA-CACCTCAA-TTACAGCGA-TAAAA
* ** *
38522 CA-CTTCAATTTATAGC-AT
186 CATC-TCAATGTCCAGCAAC
** * * * * *
38540 TCAAACACTTCAATTTGCAGCACTTTAACACTTCAATTTACAGCATTTAAGCACTTCAATTTGCA
1 T-AAACACTTCAATTTGCAATACTTAAACACTTCAATTTGCAACATTTAAACACTTCAATTTACA
* ** * * * * * ** *
38605 GCACTTT-TACA-TCTCAATTAACAACATTTATACACCTCAA-TTACAGCGATAAAACA-TCTCC
65 GCA-TTTAAACACT-TCAATTTGCAGCATTCAAACACTTCAATTTGCAGC-ATTTAACACT-TCA
* * * * ** * * * * * * * *
38666 ATGTCCAGCAAC-TAAACACTTCAATTTTCAGGC-CTTAAACACTTCAATTTGCAAC-ATTTAAG
126 ATTTGCAGC-ACTTTAACTC-TCAATTAACA-ACATTTATACACCTCAA-TTACAGCGA-TAAAA
* * **
38728 CA-CTTCAATTTACAGCATT
186 CATC-TCAATGTCCAGCAAC
* * ** *
38747 TAAACACATGAATTTGCAGCA-TTCAAACACTTCAATTTGCAGCACTTT-AACACTTCAATTTAC
1 TAAACACTTCAATTTGCAATACTT-AAACACTTCAATTTGCAACA-TTTAAACACTTCAATTTAC
* ** ** * *
38810 AGCATTTAAGCACTTCAATTTGCAGCACTT-TTACA-TCTCAATTAACAACATTTATACACCTCA
64 AGCATTTAAACACTTCAATTTGCAGCA-TTCAAACACT-TCAATTTGCAGCATTTA-ACACTTCA
* ** * ** *** * * * * *
38873 A-TTACAGCGA-TAAAACATCTCAATGT-CCAGTAACGAAACACTTCAATTTGCAG-TACTTAAA
126 ATTTGCAGC-ACTTTAAC-TCTCAAT-TAACAACATTTATACACCTCAA-TTACAGCGA-TAAAA
* * * **
38934 CA-CTTCAATTTGCAACATT
186 CATC-TCAATGTCCAGCAAC
* * ** ** * ** * * *
38953 TAAGCACATCAATTTATAGCATTTAAACACTTCAATTTATAGCATTCAAACACTTCAATTTGCAG
1 TAAACACTTCAATTTGCAATACTTAAACACTTCAATTTGCAACATTTAAACACTTCAATTTACAG
* * * * *
39018 CACTTT-AACACTTCAATTTACAACATTTAAGCACTTCAATTTGCAGCACTTTTACA-TCTCAAT
66 CA-TTTAAACACTTCAATTTGCAGCATTCAAACACTTCAATTTGCAGCA-TTTAACACT-TCAAT
** * * * * * * * * *
39081 TAACAACA-TTTATACACCTCAATT-ACAGCGA-TAAAACATCTCCATGTCCAGCAACT-AAACA
128 TTGCAGCACTTTA-AC-TCTCAATTAACAAC-ATTTATACACCTCAAT-TACAGCGA-TAAAACA
* * **
39142 -CTTCAATTTTCAG-TTC
188 TC-TCAATGTCCAGCAAC
* * * * * **
39158 TTAAACACTTCAATTTGCAACATTTAAGCACTTCAATTTACAGCATTTAAACACTTCAATTTGTA
1 -TAAACACTTCAATTTGCAATACTTAAACACTTCAATTTGCAACATTTAAACACTTCAATTTACA
** * * *
39223 GCATACAAACACTTCAATCTGCAGCACTT-TAACACTTCAATTTACAGCATTTAAGCACTTCAAT
65 GCATTTAAACACTTCAATTTGCAGCA-TTCAAACACTTCAATTTGCAGCATTTAA-CACTTCAAT
*
39287 TTGCAGCACTTTTACATCTCAATTAACAACATTTATACACCTCAATTACAGCGATAAAACATCTC
128 TTGCAGCACTTTAAC-TCTCAATTAACAACATTTATACACCTCAATTACAGCGATAAAACATCTC
39352 AATGTCCAGCAAC
192 AATGTCCAGCAAC
*
39365 TAAACACTTCAATTTGCAATACTTAAACACTTCAATTTGCAACATTTAAGCACTTCAATTTACAG
1 TAAACACTTCAATTTGCAATACTTAAACACTTCAATTTGCAACATTTAAACACTTCAATTTACAG
39430 CATTTAAACACTTCAATTTGCAGCATTCAAACACTTCAATTTGCAGCACTTTAACACTTCAATTT
66 CATTTAAACACTTCAATTTGCAGCATTCAAACACTTCAATTTGCAGCA-TTTAACACTTCAATTT
* * * *
39495 GTAGCACTTTAACTTCTCAACTAACAACATTTAAACACCTCAATTATAGCGATAAAACATCTCAA
130 GCAGCACTTTAAC-TCTCAATTAACAACATTTATACACCTCAATTACAGCGATAAAACATCTCAA
39560 TGTCCAGCAAC
194 TGTCCAGCAAC
* * * *
39571 TAAACACTTCAATTTGCAGTACTTAAATACTTCAATTTGCAACATTTAAGCACATCAATTTACAG
1 TAAACACTTCAATTTGCAATACTTAAACACTTCAATTTGCAACATTTAAACACTTCAATTTACAG
* * *
39636 CATTTAAACACTTCAATTTGTAGCATACAAACACTTCAATCTGCAGCACTTTAACACTTCAATTT
66 CATTTAAACACTTCAATTTGCAGCATTCAAACACTTCAATTTGCAGCA-TTTAACACTTCAATTT
* * ** * * * * * *
39701 ACAGCA-TTTAAGCACTTCAATTTGCAGCACTTT-TACATCTCAATTAACAAC-ATTTATACACC
130 GCAGCACTTTAA-CTC-TCAATTAACAACA-TTTATACACCTCAATT-ACAGCGA-TAAAACATC
* *
39763 TCAAT-TACAGCGA-
190 TCAATGTCCAGCAAC
* * * *
39776 TAAA-ACATCTCAATGTCCAGCA-AC-TAAACACTTCAATTTGCAATACTTAAACACTTCAATTT
1 TAAACAC-T-TCAATTTGCA--ATACTTAAACACTTCAATTTGCAACATTTAAACACTTCAATTT
* * * * * *
39838 GCAACATTTAAGCACTTCAATTTACAGCATTTAAACACTTCAATTTGCAGCATTCAAACACTTCA
62 ACAGCATTTAAACACTTCAATTTGCAGCATTCAAACACTTCAATTTGCAGCATT-TAACACTTCA
* *
39903 ATTTGCAGCACATTAACACTTCAATT
126 ATTTGCAGCACTTTAACTC-TCAATT
39929 TGTAGCACTT
Statistics
Matches: 2060, Mismatches: 425, Indels: 272
0.75 0.15 0.10
Matches are distributed among these distances:
200 2 0.00
201 10 0.00
202 123 0.06
203 12 0.01
204 10 0.00
205 65 0.03
206 1621 0.79
207 209 0.10
208 4 0.00
209 4 0.00
ACGTcount: A:0.37, C:0.24, G:0.07, T:0.32
Consensus pattern (204 bp):
TAAACACTTCAATTTGCAATACTTAAACACTTCAATTTGCAACATTTAAACACTTCAATTTACAG
CATTTAAACACTTCAATTTGCAGCATTCAAACACTTCAATTTGCAGCATTTAACACTTCAATTTG
CAGCACTTTAACTCTCAATTAACAACATTTATACACCTCAATTACAGCGATAAAACATCTCAATG
TCCAGCAAC
Found at i:39858 original size:435 final size:435
Alignment explanation
Indices: 38706--40066 Score: 2299
Period size: 435 Copynumber: 3.1 Consensus size: 435
38696 GGCCTTAAAC
* * * * *
38706 ACTTCAATTTGCAACATTTAAGCACTTCAATTTACAGCATTTAAACACATGAATTTGCAGCATTC
1 ACTTCAATTTGCAACATTTAAGCACATCAATTTACAGCATTTAAACACTTCAATTTGTAGCATAC
*
38771 AAACACTTCAATTTGCAGCACTTTAACACTTCAATTTACAGCATTTAAGCACTTCAATTTGCAGC
66 AAACACTTCAATCTGCAGCACTTTAACACTTCAATTTACAGCATTTAAGCACTTCAATTTGCAGC
38836 ACTTTTACATCTCAATTAACAACATTTATACACCTCAATTACAGCGATAAAACATCTCAATGTCC
131 ACTTTTACATCTCAATTAACAACATTTATACACCTCAATTACAGCGATAAAACATCTCAATGTCC
* * * *
38901 AGTAACGAAACACTTCAATTTGCAGTACTTAAACACTTCAATTTGCAACATTTAAGCACATCAAT
196 AGCAACTAAACACTTCAATTTGCAATACTTAAACACTTCAATTTGCAACATTTAAGCACTTCAAT
* **
38966 TTATAGCATTTAAACACTTCAATTTATAGCATTCAAACACTTCAATTTGCAGCACTTTAACACTT
261 TTACAGCATTTAAACACTTCAATTTGCAGCATTCAAACACTTCAATTTGCAGCACTTTAACACTT
* * *
39031 CAATTTACAACATTTAAGCACTTCAATTTGCAGCACTTTTACATCTCAATTAACAACATTTATAC
326 CAA-TT------TGT-AGCA---C--TTT--A--AC---T---TCTCAACTAACAACATTTAAAC
* * * *
39096 ACCTCAATTACAGCGATAAAACATCTCCATGTCCAGCAACTAAACACTTCAATTTTCAGTTCTTA
368 ACCTCAATTATAGCGATAAAACATCTCAATGTCCAGCAACTAAACACTTCAATTTGCAGTACTTA
*
39161 AAC
433 AAT
*
39164 ACTTCAATTTGCAACATTTAAGCACTTCAATTTACAGCATTTAAACACTTCAATTTGTAGCATAC
1 ACTTCAATTTGCAACATTTAAGCACATCAATTTACAGCATTTAAACACTTCAATTTGTAGCATAC
39229 AAACACTTCAATCTGCAGCACTTTAACACTTCAATTTACAGCATTTAAGCACTTCAATTTGCAGC
66 AAACACTTCAATCTGCAGCACTTTAACACTTCAATTTACAGCATTTAAGCACTTCAATTTGCAGC
39294 ACTTTTACATCTCAATTAACAACATTTATACACCTCAATTACAGCGATAAAACATCTCAATGTCC
131 ACTTTTACATCTCAATTAACAACATTTATACACCTCAATTACAGCGATAAAACATCTCAATGTCC
39359 AGCAACTAAACACTTCAATTTGCAATACTTAAACACTTCAATTTGCAACATTTAAGCACTTCAAT
196 AGCAACTAAACACTTCAATTTGCAATACTTAAACACTTCAATTTGCAACATTTAAGCACTTCAAT
39424 TTACAGCATTTAAACACTTCAATTTGCAGCATTCAAACACTTCAATTTGCAGCACTTTAACACTT
261 TTACAGCATTTAAACACTTCAATTTGCAGCATTCAAACACTTCAATTTGCAGCACTTTAACACTT
39489 CAATTTGTAGCACTTTAACTTCTCAACTAACAACATTTAAACACCTCAATTATAGCGATAAAACA
326 CAATTTGTAGCACTTTAACTTCTCAACTAACAACATTTAAACACCTCAATTATAGCGATAAAACA
39554 TCTCAATGTCCAGCAACTAAACACTTCAATTTGCAGTACTTAAAT
391 TCTCAATGTCCAGCAACTAAACACTTCAATTTGCAGTACTTAAAT
39599 ACTTCAATTTGCAACATTTAAGCACATCAATTTACAGCATTTAAACACTTCAATTTGTAGCATAC
1 ACTTCAATTTGCAACATTTAAGCACATCAATTTACAGCATTTAAACACTTCAATTTGTAGCATAC
39664 AAACACTTCAATCTGCAGCACTTTAACACTTCAATTTACAGCATTTAAGCACTTCAATTTGCAGC
66 AAACACTTCAATCTGCAGCACTTTAACACTTCAATTTACAGCATTTAAGCACTTCAATTTGCAGC
39729 ACTTTTACATCTCAATTAACAACATTTATACACCTCAATTACAGCGATAAAACATCTCAATGTCC
131 ACTTTTACATCTCAATTAACAACATTTATACACCTCAATTACAGCGATAAAACATCTCAATGTCC
39794 AGCAACTAAACACTTCAATTTGCAATACTTAAACACTTCAATTTGCAACATTTAAGCACTTCAAT
196 AGCAACTAAACACTTCAATTTGCAATACTTAAACACTTCAATTTGCAACATTTAAGCACTTCAAT
*
39859 TTACAGCATTTAAACACTTCAATTTGCAGCATTCAAACACTTCAATTTGCAGCACATTAACACTT
261 TTACAGCATTTAAACACTTCAATTTGCAGCATTCAAACACTTCAATTTGCAGCACTTTAACACTT
39924 CAATTTGTAGCACTTTAACTTCTCAACTAACAACATTTAAACACCTCAATTATAGCGATAAAACA
326 CAATTTGTAGCACTTTAACTTCTCAACTAACAACATTTAAACACCTCAATTATAGCGATAAAACA
*
39989 TCTCAATGTCCAGCAACTAAACACTTCAAATTGCAGTACTTAAAT
391 TCTCAATGTCCAGCAACTAAACACTTCAATTTGCAGTACTTAAAT
40034 ACTTCAATTTGCAACATTTAAGCACATCAATTT
1 ACTTCAATTTGCAACATTTAAGCACATCAATTT
40067 TGTTGGTGCA
Statistics
Matches: 880, Mismatches: 23, Indels: 23
0.95 0.02 0.02
Matches are distributed among these distances:
435 548 0.62
438 1 0.00
441 2 0.00
443 1 0.00
445 3 0.00
447 1 0.00
450 4 0.00
451 2 0.00
457 2 0.00
458 316 0.36
ACGTcount: A:0.37, C:0.24, G:0.07, T:0.32
Consensus pattern (435 bp):
ACTTCAATTTGCAACATTTAAGCACATCAATTTACAGCATTTAAACACTTCAATTTGTAGCATAC
AAACACTTCAATCTGCAGCACTTTAACACTTCAATTTACAGCATTTAAGCACTTCAATTTGCAGC
ACTTTTACATCTCAATTAACAACATTTATACACCTCAATTACAGCGATAAAACATCTCAATGTCC
AGCAACTAAACACTTCAATTTGCAATACTTAAACACTTCAATTTGCAACATTTAAGCACTTCAAT
TTACAGCATTTAAACACTTCAATTTGCAGCATTCAAACACTTCAATTTGCAGCACTTTAACACTT
CAATTTGTAGCACTTTAACTTCTCAACTAACAACATTTAAACACCTCAATTATAGCGATAAAACA
TCTCAATGTCCAGCAACTAAACACTTCAATTTGCAGTACTTAAAT
Found at i:45072 original size:26 final size:24
Alignment explanation
Indices: 45033--45144 Score: 88
Period size: 24 Copynumber: 4.6 Consensus size: 24
45023 ATCAACTTCA
* *
45033 TCAAATTTACAGCATTTAAAACACTT
1 TCAATTTTGCAGCATTT-AAACAC-T
* *
45059 TCAATTTTGTAGCAATTCAAACACT
1 TCAATTTTGCAGC-ATTTAAACACT
45084 TCAA-TTTGCAGCACTTT-AACACCT
1 TCAATTTTGCAGCA-TTTAAACA-CT
* *
45108 TCAA-TTTACAGGCATTTAAGCACT
1 TCAATTTTGCA-GCATTTAAACACT
45132 TCAA-TTTGCAGCA
1 TCAATTTTGCAGCA
45145 CTTTTACATC
Statistics
Matches: 72, Mismatches: 9, Indels: 13
0.77 0.10 0.14
Matches are distributed among these distances:
23 8 0.11
24 34 0.47
25 11 0.15
26 16 0.22
27 3 0.04
ACGTcount: A:0.35, C:0.22, G:0.09, T:0.34
Consensus pattern (24 bp):
TCAATTTTGCAGCATTTAAACACT
Found at i:45583 original size:22 final size:23
Alignment explanation
Indices: 45036--50980 Score: 2080
Period size: 23 Copynumber: 263.7 Consensus size: 23
45026 AACTTCATCA
45036 AATTTACAGCATTTAAAACACTTTC
1 AATTTACAGCATTT-AAACAC-TTC
** *
45061 AATTTTGTAGCAATTCAAACACTTC
1 AA-TTTACAGC-ATTTAAACACTTC
*
45086 AATTTGCAGCACTTT-AACACCTTC
1 AATTTACAGCA-TTTAAACA-CTTC
*
45110 AATTTACAGGCATTTAAGCACTTC
1 AATTTACA-GCATTTAAACACTTC
* *
45134 AATTTGCAGCACTTT-TACA-TCTC
1 AATTTACAGCA-TTTAAACACT-TC
* * * * *
45157 -ATTAACAACATTTATACCCCTC
1 AATTTACAGCATTTAAACACTTC
* *
45179 CA-TTACAGCGA--TAAACATCTCC
1 AATTTACAGC-ATTTAAACA-CTTC
* * ** *
45201 AATGTCCAGCAACTAAACACTTT
1 AATTTACAGCATTTAAACACTTC
* *
45224 AA-TTACAGTAGTTAAACACTTC
1 AATTTACAGCATTTAAACACTTC
* * *
45246 AATTTGCAACATTTAAGCACTTC
1 AATTTACAGCATTTAAACACTTC
* *
45269 AATTTACAGCAATTTAAACACATG
1 AATTTACAGC-ATTTAAACACTTC
* *
45293 AATTTGCAGCATTCAAACACTTC
1 AATTTACAGCATTTAAACACTTC
*
45316 AATTTGCAGCACTTT-AACACTTC
1 AATTTACAGCA-TTTAAACACTTC
*
45339 AATTTAC-GCATTTTAAGCACTTC
1 AATTTACAGCA-TTTAAACACTTC
* * *
45362 AATTTGCAGCACTTT-TACA-TCTA
1 AATTTACAGCA-TTTAAACACT-TC
* * * *
45385 AATTAACAACATTTATACACCTC
1 AATTTACAGCATTTAAACACTTC
*
45408 AA-TTACAGCGA-TAAAACA-TCTC
1 AATTTACAGC-ATTTAAACACT-TC
** * ** *
45430 AATATCCCAGTA-ACAAACAATTC
1 AAT-TTACAGCATTTAAACACTTC
* * *
45453 AATTTGCAGTACTTAAACACTTC
1 AATTTACAGCATTTAAACACTTC
* * * *
45476 AATTTGGCAACATTTAAGCACATC
1 AATTT-ACAGCATTTAAACACTTC
*
45500 AATTTATAGCATTTAAACACTTC
1 AATTTACAGCATTTAAACACTTC
* * *
45523 AA-TTA-AACATTCAATC-CTT-
1 AATTTACAGCATTTAAACACTTC
*
45542 AA-TTGCAGCACTTT-AACACTTC
1 AATTTACAGCA-TTTAAACACTTC
*
45564 -ATTTACAGCATTTAAGCACTTC
1 AATTTACAGCATTTAAACACTTC
* *
45586 AATTTGCAGCACTTT-TACA-TTC
1 AATTTACAGCA-TTTAAACACTTC
* *
45608 AATTAACAACATTTATAACAC-TC
1 AATTTACAGCATTTA-AACACTTC
*
45631 AA-TTACAGCGA-TAAAACA-TCTC
1 AATTTACAGC-ATTTAAACACT-TC
* * * **
45653 CATGTCCAGCAACTAAACACTTC
1 AATTTACAGCATTTAAACACTTC
* *
45676 AATTTTCAG--TTCTTAACACTTC
1 AATTTACAGCATT-TAAACACTTC
* * *
45698 AATTTGCAACATTTAAGCACTTC
1 AATTTACAGCATTTAAACACTTC
*
45721 AA-TTACAGCATTTAAACACTTT
1 AATTTACAGCATTTAAACACTTC
* * *
45743 AATTGTGCAGCATTCAAACACCTC
1 AATT-TACAGCATTTAAACACTTC
*
45767 AATTTGCAGCACTTTAAACA-TTC
1 AATTTACAGCA-TTTAAACACTTC
* *
45790 AATTTAAAGCATTTAAGCACTTC
1 AATTTACAGCATTTAAACACTTC
* *
45813 AATTTGCAGCACTTT-TACA-TCTC
1 AATTTACAGCA-TTTAAACACT-TC
* * ** * *
45836 AATTAAAAAAATTTATACACCTC
1 AATTTACAGCATTTAAACACTTC
*
45859 AA-TTACAGCGA-TAAAACA-TCTC
1 AATTTACAGC-ATTTAAACACT-TC
* * * *
45881 AATGTCCAGCA-CTAAACACTAC
1 AATTTACAGCATTTAAACACTTC
*
45903 AATTTGCAG--TCTTAAACACTTC
1 AATTTACAGCAT-TTAAACACTTC
* * *
45925 AATTTGCAACATTTAAGCAC-TC
1 AATTTACAGCATTTAAACACTTC
*
45947 AA-TTATAGCATTTAAACA-TTC
1 AATTTACAGCATTTAAACACTTC
* *
45968 AATTTTA-TGCATTCAAACACTTC
1 AA-TTTACAGCATTTAAACACTTC
*
45991 AATTTGCAGCACTTT-AACACTTC
1 AATTTACAGCA-TTTAAACACTTC
*
46014 AATTTA-AGCATTTAAGCACTTC
1 AATTTACAGCATTTAAACACTTC
* *
46036 AATTTGCAGCACTTT-AA-TC-TC
1 AATTTACAGCA-TTTAAACACTTC
* *
46057 AA-TTACAACATTTAATACACCTC
1 AATTTACAGCATTTAA-ACACTTC
*
46080 AA-TTACAGCA-ATAAACA-TCTC
1 AATTTACAGCATTTAAACACT-TC
* * **
46101 AATGTCCAGCAACTAAACACTTTTC
1 AATTTACAGCATTTAAACAC--TTC
* ** * *
46126 AGTCTTAACTTCAATTTGCAACA-TTT
1 AAT-TT-ACAGC-ATTT-AAACACTTC
** * * *
46152 AA-GCA-ATTCATTTATAGCA-TTT
1 AATTTACA-GCATTTA-AACACTTC
** *
46174 AA-ACACTTA-CATTTATAGCA-TTC
1 AATTTAC--AGCATTTA-AACACTTC
** ** * *
46197 AA-ACACTTCAATTTGCAGCACTT-
1 AATTTACAGC-ATTT-AAACACTTC
* * * *
46220 --TTAACA-CTTTAATTTAAGCATTTA
1 AATTTACAGC----ATTTAAACACTTC
* * *
46244 AGCACTT-CA--ATTTGCAGCACTTTACATCTC
1 A--ATTTACAGCATTT-AAACAC------T-TC
* * * *
46274 AATTAACAACA-TTATACACCTC
1 AATTTACAGCATTTAAACACTTC
46296 AA-TTACAGCGA--T-AACA-TCTC
1 AATTTACAGC-ATTTAAACACT-TC
* * ** *
46316 AATGTCCAGCAAACT-AACACTTT
1 AATTTACAGC-ATTTAAACACTTC
*
46339 AATTT-CAGC-CTTAAACACTTC
1 AATTTACAGCATTTAAACACTTC
* * *
46360 AATTTTGCAACATTTAAGCACTTC
1 AA-TTTACAGCATTTAAACACTTC
46384 AATTTACAGCATTTAAACACTT-
1 AATTTACAGCATTTAAACACTTC
* *
46406 AATTTGCAGCA-TTCAACACTTC
1 AATTTACAGCATTTAAACACTTC
*
46428 AATTTGCAGCACTTTAAACACTTC
1 AATTTACAGCA-TTTAAACACTTC
*
46452 ---TTAC-GCATTTAAGCACTTC
1 AATTTACAGCATTTAAACACTTC
* *
46471 AATTTGCAGCACTTT-TACA-TCTC
1 AATTTACAGCA-TTTAAACACT-TC
* * * *
46494 AATTAACAACATTTATACACCTC
1 AATTTACAGCATTTAAACACTTC
* *
46517 AA-TTACAGCGA-TAAAACA-TCTA
1 AATTTACAGC-ATTTAAACACT-TC
* * *
46539 AATGT-CAGTACGA-TT-CA-ATTTGC
1 AATTTACAG--C-ATTTAAACACTT-C
* * *
46562 -AGTTACATCATTAATTACAGCACTTC
1 AATTTACAGCA-T--TTA-AACACTTC
46588 AATTTACAGCATTTAAA-ACTTC
1 AATTTACAGCATTTAAACACTTC
* *
46610 AATTTGCAGCATTCAAACACTTC
1 AATTTACAGCATTTAAACACTTC
* *
46633 AATCTGCAGCACTTT-AACACTTC
1 AATTTACAGCA-TTTAAACACTTC
*
46656 AATTTACAGCATTTAAGCACTTC
1 AATTTACAGCATTTAAACACTTC
*
46679 AATTTGCAGCACTTT-AACA--TC
1 AATTTACAGCA-TTTAAACACTTC
* * * *
46700 TAATTAACAACATTTATACACCTC
1 -AATTTACAGCATTTAAACACTTC
*
46724 AA-TTACA-CGA--T-AACA-TCCC
1 AATTTACAGC-ATTTAAACACT-TC
* * *
46743 AATGTCCAGC---C-AACTACTTC
1 AATTTACAGCATTTAAAC-ACTTC
*
46763 AATTTTCAG--TCTTAAACACTTC
1 AATTTACAGCAT-TTAAACACTTC
* * *
46785 AATTTGCAACATTTAAGCACTT-
1 AATTTACAGCATTTAAACACTTC
*
46807 AATTTACAGCA-TTAAACACTTG
1 AATTTACAGCATTTAAACACTTC
* *
46829 AATTTGACAGCATTCAAAC-TTTC
1 AATTT-ACAGCATTTAAACACTTC
*
46852 AATTTGCA-CACTTTAAACACTTTC
1 AATTTACAGCA-TTTAAACAC-TTC
*
46876 AATTTACAGCATTTAAGCACTTC
1 AATTTACAGCATTTAAACACTTC
* *
46899 -ATTT-GAGCACTTT-TACA-TCTC
1 AATTTACAGCA-TTTAAACACT-TC
* ** * *
46920 AA--TAAAAAATTTATACACCTC
1 AATTTACAGCATTTAAACACTTC
*
46941 AA-TTACAGCGA-TAAAACA-TCTC
1 AATTTACAGC-ATTTAAACACT-TC
* * **
46963 AATGTCCAGCAACTAAACACTTC
1 AATTTACAGCATTTAAACACTTC
* * *
46986 AATTTGCAGTACTTAAACACTTC
1 AATTTACAGCATTTAAACACTTC
* * * *
47009 AATTTGCAACATTTAAGCACATC
1 AATTTACAGCATTTAAACACTTC
*
47032 AATTTATAGCATTTAAACACTTC
1 AATTTACAGCATTTAAACACTTC
* *
47055 AATTTATTAGCA-TTCAACACTTC
1 AATTTA-CAGCATTTAAACACTTC
* *
47078 AATTTGCAGCACTT-AACACTTC
1 AATTTACAGCATTTAAACACTTC
* *
47100 -ATTTATAGCATTTAAGCACTTC
1 AATTTACAGCATTTAAACACTTC
* * *
47122 AATTTGCAGCACTTTTAA-TC-TC
1 AATTTACAGCA-TTTAAACACTTC
* * * *
47144 AATTAACAACATTTATACACCTC
1 AATTTACAGCATTTAAACACTTC
* *
47167 AA-TTACAGCAATAAAACA-TCTC
1 AATTTACAGCATTTAAACACT-TC
* * * **
47189 CATGTCCAGCAACTAAACAC-TC
1 AATTTACAGCATTTAAACACTTC
47211 AATTT-CAGC-TCCTTAAACACTTC
1 AATTTACAGCAT--TTAAACACTTC
* * * *
47234 AATTTGCAACATTTAAGCCAATTC
1 AATTTACAGCATTTAA-ACACTTC
*
47258 AATTTATAGCAATTTAAACACTTC
1 AATTTACAGC-ATTTAAACACTTC
* *
47282 AATTTATAGCATTCAAAACACTTC
1 AATTTACAGCATT-TAAACACTTC
*
47306 AATTTGCAGCACTTT-AACACTTC
1 AATTTACAGCA-TTTAAACACTTC
*
47329 AATTTA-AGCATTTAAGCACTTC
1 AATTTACAGCATTTAAACACTTC
* *
47351 AATTTGCAGCACATTT-TACA-TCTC
1 AATTTACAG--CATTTAAACACT-TC
* * * *
47375 AATTAACAACATTTATACACCTC
1 AATTTACAGCATTTAAACACTTC
*
47398 AA-TTACAGCGA-TAAAACA-TCTC
1 AATTTACAGC-ATTTAAACACT-TC
* * **
47420 -ATGTCCAGCAACTAAACACTT-
1 AATTTACAGCATTTAAACACTTC
*
47441 AATTTTCAGGC--TTAAACACTTC
1 AATTTACA-GCATTTAAACACTTC
* * *
47463 AATTTGCAACATTTAAGCACTTC
1 AATTTACAGCATTTAAACACTTC
47486 AATTTACAGCATTTAAACACTT-
1 AATTTACAGCATTTAAACACTTC
* *
47508 AATTTGCAGCATTCAAACACTTC
1 AATTTACAGCATTTAAACACTTC
*
47531 AATTTTGCAGCACTTT-AACACTTC
1 AA-TTTACAGCA-TTTAAACACTTC
*
47555 AATTTACAGCATTTAAGCA-TTC
1 AATTTACAGCATTTAAACACTTC
* *
47577 AATTTGCAGCACTTT-TACA-TCTC
1 AATTTACAGCA-TTTAAACACT-TC
* * * *
47600 AATTAACAACA-TTATACACCTC
1 AATTTACAGCATTTAAACACTTC
* *
47622 AA-TTACAGCGA-TAAAACA-TCTA
1 AATTTACAGC-ATTTAAACACT-TC
* * **
47644 AATGTCCAG-A-ACAAACACTTC
1 AATTTACAGCATTTAAACACTTC
* * *
47665 AATTTGCAGTACTTAAACACTTC
1 AATTTACAGCATTTAAACACTTC
* *
47688 AATTT-CAACATTTAAGCACTTC
1 AATTTACAGCATTTAAACACTTC
47710 AATTTACAGCATTTAAACACTTC
1 AATTTACAGCATTTAAACACTTC
** *
47733 AATTTGTAGCATTCAAACACTTC
1 AATTTACAGCATTTAAACACTTC
* *
47756 AATCTGCAGCACTTT-AACACTTC
1 AATTTACAGCA-TTTAAACACTTC
*
47779 AATTTACAGCA-TTAAGCACTTC
1 AATTTACAGCATTTAAACACTTC
*
47801 AATTTGCAGCACTTT--ACA-TCTC
1 AATTTACAGCA-TTTAAACACT-TC
* * * *
47823 AATTAACAACATTTATACACCTC
1 AATTTACAGCATTTAAACACTTC
*
47846 AA-TT-CAGACGA--TAAA-ACATC
1 AATTTACAG-C-ATTTAAACACTTC
* * **
47866 ACCATGTCCAGCAACTAAACACTTC
1 A--ATTTACAGCATTTAAACACTTC
*
47891 AATTTTCAGTTCA-TTAAACACTTC
1 AATTTACAG--CATTTAAACACTTC
* * *
47915 AATTTGCAACATTT-AGCACTTC
1 AATTTACAGCATTTAAACACTTC
47937 AA-TTACAGCATTTAAACACTT-
1 AATTTACAGCATTTAAACACTTC
* *
47958 AA--TGCAG--TTCAAACA-TTC
1 AATTTACAGCATTTAAACACTTC
*
47976 AATTTGCAGCACTTT----ACTTC
1 AATTTACAGCA-TTTAAACACTTC
*
47996 AATTTA-AGCATTTAAGCACTTC
1 AATTTACAGCATTTAAACACTTC
* * *
48018 AA-TTGCAGCCTTT-TACA-TCTC
1 AATTTACAGCATTTAAACACT-TC
* ** * *
48039 AA-TTAAAATATTTATACACCTC
1 AATTTACAGCATTTAAACACTTC
*
48061 AA-TTACAGCGA-TAAAACA-TCTC
1 AATTTACAGC-ATTTAAACACT-TC
* * **
48083 AATGTCCAGCAACTAAACACTTC
1 AATTTACAGCATTTAAACACTTC
* * *
48106 AATTTGCAGTACTTAAACACTTC
1 AATTTACAGCATTTAAACACTTC
* * *
48129 AATTTGCAACATTT-AGCA--TC
1 AATTTACAGCATTTAAACACTTC
*
48149 AATTTCTATAGCATTTAAACA-TTC
1 AA-TT-TACAGCATTTAAACACTTC
* **
48173 AATTTATAGCATTCCAACACCTTC
1 AATTTACAGCATTTAAACA-CTTC
*
48197 -ATTTGCAGCACTTT-AACACTTC
1 AATTTACAGCA-TTTAAACACTTC
* *
48219 AATTTATAGCATTTAAGCACTTC
1 AATTTACAGCATTTAAACACTTC
**
48242 AATTTGTAGCACTTT--ACA-TCTC
1 AATTTACAGCA-TTTAAACACT-TC
* * * *
48264 AATTAACAAC-TTTATACACCCTC
1 AATTTACAGCATTTAAACA-CTTC
*
48287 AA-TTACAGCGA-TAAAACA-TCTC
1 AATTTACAGC-ATTTAAACACT-TC
** ** *
48309 AATGTCCCAGCAACTAAGCACTTC
1 AAT-TTACAGCATTTAAACACTTC
*
48333 AATTT---GCA--TACTACA-TATC
1 AATTTACAGCATTTA-AACACT-TC
* * * *
48352 AATTTGCAACATTTAAGCACATC
1 AATTTACAGCATTTAAACACTTC
48375 AA-TTACAGCATTTAAACACTTC
1 AATTTACAGCATTTAAACACTTC
* * *
48397 AATTTA-TGCATTCAACCACTTC
1 AATTTACAGCATTTAAACACTTC
*
48419 AATTTGCAGCATTT--ACACTTC
1 AATTTACAGCATTTAAACACTTC
*
48440 AATTTACAGCATTTAAGCACTTC
1 AATTTACAGCATTTAAACACTTC
* *
48463 AATTTGCAGCACTTT-TACA-TCTC
1 AATTTACAGCA-TTTAAACACT-TC
* * *
48486 AA-TAACAACATTTATACAC-TC
1 AATTTACAGCATTTAAACACTTC
*
48507 AA-TTACAG--TCTAAATTC-CATGTAAC
1 AATTTACAGCATTTAAA--CAC-T-T--C
* *
48532 GAACCTT-CA--ATTTGCCAACTACTTAAAC
1 -AA-TTTACAGCATTT--AAAC-ACTT---C
* * *
48560 ACTTCATTACAACATTTAAGCACTTC
1 A-AT--TTACAGCATTTAAACACTTC
48586 AATTTACAGCATTTAAACACTTC
1 AATTTACAGCATTTAAACACTTC
** * * *
48609 AATTTGTAGTACTTAAACATTTC
1 AATTTACAGCATTTAAACACTTC
* *
48632 AATTTACAACATTTAAGCACTTC
1 AATTTACAGCATTTAAACACTTC
*
48655 AATTTACAGCATTTAAAACTCTTC
1 AATTTACAGCATTT-AAACACTTC
** *
48679 AATTTGTAGCATTCAAACACTTC
1 AATTTACAGCATTTAAACACTTC
*
48702 AA-TTGCAGCACTTT-AACACTTC
1 AATTTACAGCA-TTTAAACACTTC
*
48724 AATTTACAGCATTTAAGCACTTC
1 AATTTACAGCATTTAAACACTTC
*
48747 AATTTGCACAGCACTTT-TACA-TCTC
1 AATTT--ACAGCA-TTTAAACACT-TC
* * * * *
48772 AATTAACAACACTTATACACCTC
1 AATTTACAGCATTTAAACACTTC
*
48795 AA-TTACAGCGA-TAAAACA-TCTC
1 AATTTACAGC-ATTTAAACACT-TC
* * **
48817 AATGT-CCGCAACTAAACACTT-
1 AATTTACAGCATTTAAACACTTC
* * *
48838 TATTTACAGTACTTAAACACTTC
1 AATTTACAGCATTTAAACACTTC
* * *
48861 AATTTGCAACATTTAAGCACTTC
1 AATTTACAGCATTTAAACACTTC
*
48884 AATTTACAGCATTTAAACACTTTG
1 AATTTACAGCATTTAAACAC-TTC
** *
48908 AATTCGCAGCATTCAAACACTTC
1 AATTTACAGCATTTAAACACTTC
*
48931 AATTTGCAGCACTTT--ACACTTC
1 AATTTACAGCA-TTTAAACACTTC
*
48953 AATTTAACAGCATTTAAGCACTTC
1 AATTT-ACAGCATTTAAACACTTC
* *
48977 AATTTGCAGCACTT-AACA-TCTC
1 AATTTACAGCATTTAAACACT-TC
* * * *
48999 AATTAACAAC-TTTATACACCTC
1 AATTTACAGCATTTAAACACTTC
*
49021 AA-TTACAGCGA-TAAAACA-TCTC
1 AATTTACAGC-ATTTAAACACT-TC
* * **
49043 AATGTCCAGCAACTAAACACTT-
1 AATTTACAGCATTTAAACACTTC
*
49065 AATTTTCAGC--TTAAACACTTC
1 AATTTACAGCATTTAAACACTTC
* *
49086 AATTT-CAACATTTAAGCACTTC
1 AATTTACAGCATTTAAACACTTC
*
49108 AA-TTACAGCATTTAACCACTTC
1 AATTTACAGCATTTAAACACTTC
** *
49130 AATTTGTAGCATTCAAACACTTC
1 AATTTACAGCATTTAAACACTTC
49153 AA-TT-CAGCACTTT-AACACTTC
1 AATTTACAGCA-TTTAAACACTTC
*
49174 AATTTACAGCATTTTAAGCA-TTC
1 AATTTACAGCA-TTTAAACACTTC
** *
49197 AATTTGTAGCACTTT-TACA--TC
1 AATTTACAGCA-TTTAAACACTTC
* * * * *
49218 TAATTAAAAACATTT-ATCACCTC
1 -AATTTACAGCATTTAAACACTTC
*
49241 AA-TTACAGCGA-TAAAACA-TCTC
1 AATTTACAGC-ATTTAAACACT-TC
* * * ** *
49263 CATGTCCAGCAACTATACACTTC
1 AATTTACAGCATTTAAACACTTC
* *
49286 AATTT-CAGTACTTAAA-ACATTC
1 AATTTACAGCATTTAAACAC-TTC
* * *
49308 AATTTGCAACATTTAAGCACTTC
1 AATTTACAGCATTTAAACACTTC
49331 AAATTTACA-CATTTAAACACTT-
1 -AATTTACAGCATTTAAACACTTC
* *
49353 AATTTGCAGCATTCAAACACTTC
1 AATTTACAGCATTTAAACACTTC
* *
49376 AATTTGCAGCACTTTACA-ACTTC
1 AATTTACAGCA-TTTAAACACTTC
*
49399 AATTTACAGCATTTAAGCACTTC
1 AATTTACAGCATTTAAACACTTC
* * *
49422 AATTTGC-GCCACTTTTAA-TC-TC
1 AATTTACAG-CA-TTTAAACACTTC
* * * *
49444 AATTAACAACATTTATACACCTC
1 AATTTACAGCATTTAAACACTTC
*
49467 AA-TTACAGCGA-TAAAACA-TCTC
1 AATTTACAGC-ATTTAAACACT-TC
* * * ** *
49489 CATGTCCAGCAACTAAACACTAC
1 AATTTACAGCATTTAAACACTTC
* *
49512 AATTTTCAGTC-CTTAAACACTTC
1 AATTTACAG-CATTTAAACACTTC
*
49535 AATTTTAC--CATTTAAGCACTTC
1 AA-TTTACAGCATTTAAACACTTC
*
49557 AATTTATAGCATTTAAACACTTC
1 AATTTACAGCATTTAAACACTTC
* *
49580 -ATTTATAGCATTCAAACACTTC
1 AATTTACAGCATTTAAACACTTC
*
49602 AATTTGCAGCACTTT-AACACTTC
1 AATTTACAGCA-TTTAAACACTTC
* *
49625 AATTTATAGCATTTAAGCACTTC
1 AATTTACAGCATTTAAACACTTC
* *
49648 AATTT-GAGCACTTT-TACA-TCTC
1 AATTTACAGCA-TTTAAACACT-TC
* * * *
49670 AATTAACAACATTTATACACCTC
1 AATTTACAGCATTTAAACACTTC
*
49693 AA-TTACAGCGA-TAAAACA-TTC
1 AATTTACAGC-ATTTAAACACTTC
* * **
49714 AATGT-CCGACAACTAAACACTTC
1 AATTTACAG-CATTTAAACACTTC
* * *
49737 AATTTGCAGTACTTAAACACTTC
1 AATTTACAGCATTTAAACACTTC
* * *
49760 AATTTGCAACATTTAAGCACTTC
1 AATTTACAGCATTTAAACACTTC
* *
49783 AA-TAACA-CATTTAAACAATT-
1 AATTTACAGCATTTAAACACTTC
* * *
49803 TA-TT-GAGCATTCAAACACTTC
1 AATTTACAGCATTTAAACACTTC
* *
49824 AATTTGCAGCACTT-AACACTTC
1 AATTTACAGCATTTAAACACTTC
*
49846 AATTTACAGCATTTAAGCACTTC
1 AATTTACAGCATTTAAACACTTC
*
49869 AATTTGCAGCACTTT-AACA-TCTC
1 AATTTACAGCA-TTTAAACACT-TC
* * * *
49892 AATTAACAACATTTATACACCTC
1 AATTTACAGCATTTAAACACTTC
* * *
49915 AATTAACAG--TGATAAACAATCTC
1 AATTTACAGCAT-TTAAACACT-TC
* *
49938 AATGTCCAGCA---AATACACTTTC
1 AATTTACAGCATTTAA-ACAC-TTC
*
49960 AATTT-CAG--TCTTAAACATTTC
1 AATTTACAGCAT-TTAAACACTTC
* * *
49981 AATTTGCAACATTTAAGCACTTC
1 AATTTACAGCATTTAAACACTTC
50004 AATTTACAGCATTTAAACAC-TC
1 AATTTACAGCATTTAAACACTTC
* *
50026 AATTT-GAGCATTCAAACACTTC
1 AATTTACAGCATTTAAACACTTC
* *
50048 AA-TTGCTGCACTTT-AACACTTC
1 AATTTACAGCA-TTTAAACACTTC
* *
50070 AATTTACAACATTTAAGCACTTC
1 AATTTACAGCATTTAAACACTTC
* *
50093 AATTTGCAGCACTTT-TACA-TCTC
1 AATTTACAGCA-TTTAAACACT-TC
* *
50116 AA-TTACAACA-TTAATACACCTC
1 AATTTACAGCATTTAA-ACACTTC
*
50138 AA-TTACAGCGA-TAAAACA-TCTC
1 AATTTACAGC-ATTTAAACACT-TC
* * **
50160 AATGTCCAGCAACT-AACAC-TC
1 AATTTACAGCATTTAAACACTTC
* *
50181 AATTT-CAGTACTT-AACACTTC
1 AATTTACAGCATTTAAACACTTC
* *
50202 AATTT-CAACATTTAAGCACTTC
1 AATTTACAGCATTTAAACACTTC
*
50224 AATTTATAGCATTTAAACACTTC
1 AATTTACAGCATTTAAACACTTC
* *
50247 AATTTATAGCA-TTCAACACTTC
1 AATTTACAGCATTTAAACACTTC
*
50269 AATTTGCAGCACTTT-AACACTTC
1 AATTTACAGCA-TTTAAACACTTC
*
50292 AATTTACAGCA-TTAAGCACTTC
1 AATTTACAGCATTTAAACACTTC
*
50314 AATTTGCAGCACTTT-AACA-TCTC
1 AATTTACAGCA-TTTAAACACT-TC
* * * * *
50337 -ATTAACAACAATTATACACCTC
1 AATTTACAGCATTTAAACACTTC
*
50359 AA-TTA-ATG-A-TAAAACA-TCTC
1 AATTTACA-GCATTTAAACACT-TC
* * **
50379 -ATGTCCAGCAACTAAACACTTC
1 AATTTACAGCATTTAAACACTTC
*
50401 AATTTGCAG--TCTTAAACA-TTC
1 AATTTACAGCAT-TTAAACACTTC
* *
50422 AA-TTACAACATTTAAGCACTTC
1 AATTTACAGCATTTAAACACTTC
50444 AATTTACAGCATTTAAACACTTC
1 AATTTACAGCATTTAAACACTTC
** *
50467 AATTTGTAGCA-TT-CACACTTC
1 AATTTACAGCATTTAAACACTTC
*
50488 AA-TTGCAGCACTTT-AACACTTC
1 AATTTACAGCA-TTTAAACACTTC
*
50510 AATTTACAGCATTTAAGCACTTC
1 AATTTACAGCATTTAAACACTTC
* *
50533 AATTTGCAGCACTTT-TACA-TCTC
1 AATTTACAGCA-TTTAAACACT-TC
* * * * *
50556 CATTAACAACA-TTATACACCTC
1 AATTTACAGCATTTAAACACTTC
*
50578 AA-TTACAGCGA-TAAAACA-TCTC
1 AATTTACAGC-ATTTAAACACT-TC
* * **
50600 AATGTCCAGCAACTAAACACTTC
1 AATTTACAGCATTTAAACACTTC
* *
50623 AA-TT-CAGTACTTAAACACTTC
1 AATTTACAGCATTTAAACACTTC
* * *
50644 AATTTGCAACATTTTAAGCACTTC
1 AATTTACAGCA-TTTAAACACTTC
*
50668 AATTTACAGCATTTAAACACTTT
1 AATTTACAGCATTTAAACACTTC
** *
50691 AATTCGCAGCATTCAAACACTTC
1 AATTTACAGCATTTAAACACTTC
* *
50714 AATTTGCAGGCACTTTTAACACTTC
1 AATTTACA-GCA-TTTAAACACTTC
*
50739 AATTTACAGCATTTAAGCACTTC
1 AATTTACAGCATTTAAACACTTC
*
50762 AATTTGCAGCACTTT-AACA-TCTC
1 AATTTACAGCA-TTTAAACACT-TC
* * * *
50785 AATTAACAACA-TTATACACCTC
1 AATTTACAGCATTTAAACACTTC
*
50807 AA-TTACAGCGA-TAAAACA-TCTC
1 AATTTACAGC-ATTTAAACACT-TC
* * * ** *
50829 CATGTCCAGCAACTAAACACTTT
1 AATTTACAGCATTTAAACACTTC
* *
50852 AATTT-CAGGCCTTAAAAC-CTTC
1 AATTTACA-GCATTTAAACACTTC
* *
50874 AATTTACAACATTTAAGCACTTC
1 AATTTACAGCATTTAAACACTTC
50897 -ATTTACAGC-TTTAAACACTTC
1 AATTTACAGCATTTAAACACTTC
*
50918 AATTGT--AGCATTCAAACACTTC
1 AATT-TACAGCATTTAAACACTTC
**
50940 AATCTGGCAGCACTTT-AACACTTC
1 AAT-TTACAGCA-TTTAAACACTTC
50964 AATTTTACAGCATTTAA
1 AA-TTTACAGCATTTAA
50981 GCCAGTTCAT
Statistics
Matches: 4423, Mismatches: 963, Indels: 1069
0.69 0.15 0.17
Matches are distributed among these distances:
17 2 0.00
18 15 0.00
19 47 0.01
20 136 0.03
21 459 0.10
22 1360 0.31
23 1728 0.39
24 502 0.11
25 80 0.02
26 26 0.01
27 25 0.01
28 11 0.00
29 19 0.00
30 8 0.00
31 1 0.00
32 4 0.00
ACGTcount: A:0.37, C:0.24, G:0.07, T:0.33
Consensus pattern (23 bp):
AATTTACAGCATTTAAACACTTC
Found at i:45597 original size:45 final size:46
Alignment explanation
Indices: 45080--51002 Score: 2541
Period size: 45 Copynumber: 132.5 Consensus size: 46
45070 GCAATTCAAA
45080 CACTTCAATTTGCAGCACTTTAACACCTTCAATTTACAGGCATTTAAG
1 CACTTCAATTTGCAGCACTTTAACA-CTTCAATTTACA-GCATTTAAG
* * *
45128 CACTTCAATTTGCAGCACTTTTACA-TCTC-ATTAACAACATTTATA-
1 CACTTCAATTTGCAGCACTTTAACACT-TCAATTTACAGCATTTA-AG
* * * * * * * * ** *
45173 CCCCTCCA-TTACAGCGA--TAAACATCTCCAATGTCCAGCAACTAAA
1 CACTTCAATTTGCAGC-ACTTTAACA-CTTCAATTTACAGCATTTAAG
* * * * * * *
45218 CACTTTAA-TTACAGTAGTTAAACACTTCAATTTGCAACATTTAAG
1 CACTTCAATTTGCAGCACTTTAACACTTCAATTTACAGCATTTAAG
* * * * * * *
45263 CACTTCAATTTACAGCAATTTAAACACATGAATTTGCAGCATTCAAA
1 CACTTCAATTTGCAGCACTTT-AACACTTCAATTTACAGCATTTAAG
45310 CACTTCAATTTGCAGCACTTTAACACTTCAATTTAC-GCATTTTAAG
1 CACTTCAATTTGCAGCACTTTAACACTTCAATTTACAGCA-TTTAAG
* * * *
45356 CACTTCAATTTGCAGCACTTTTACA-TCTAAATTAACAACATTTATA-
1 CACTTCAATTTGCAGCACTTTAACACT-TCAATTTACAGCATTTA-AG
* * ** ** * ** *
45402 CACCTCAA-TTACAGCGA-TAAAACA-TCTCAATATCCCAGTA-ACAAA
1 CACTTCAATTTGCAGC-ACTTTAACACT-TCAAT-TTACAGCATTTAAG
* * * * *
45447 CAATTCAATTTGCAGTACTTAAACACTTCAATTTGGCAACATTTAAG
1 CACTTCAATTTGCAGCACTTTAACACTTCAATTT-ACAGCATTTAAG
* ** * * *
45494 CACATCAATTTATAGCA-TTTAAACACTTCAA-TTA-AACATTCAAT
1 CACTTCAATTTGCAGCACTTT-AACACTTCAATTTACAGCATTTAAG
45538 C-CTT-AA-TTGCAGCACTTTAACACTTC-ATTTACAGCATTTAAG
1 CACTTCAATTTGCAGCACTTTAACACTTCAATTTACAGCATTTAAG
* * * *
45580 CACTTCAATTTGCAGCACTTTTACA-TTCAATTAACAACATTTATAA
1 CACTTCAATTTGCAGCACTTTAACACTTCAATTTACAGCATTTA-AG
* ** * * * ** *
45626 CAC-TCAA-TTACAGCGA-TAAAACA-TCTCCATGTCCAGCAACTAAA
1 CACTTCAATTTGCAGC-ACTTTAACACT-TCAATTTACAGCATTTAAG
* ** * *
45670 CACTTCAATTTTCAGTTC-TTAACACTTCAATTTGCAACATTTAAG
1 CACTTCAATTTGCAGCACTTTAACACTTCAATTTACAGCATTTAAG
* * * * *
45715 CACTTCAA-TTACAGCA-TTTAAACACTTTAATTGTGCAGCATTCAAA
1 CACTTCAATTTGCAGCACTTT-AACACTTCAATT-TACAGCATTTAAG
* *
45761 CACCTCAATTTGCAGCACTTTAA-ACATTCAATTTAAAGCATTTAAG
1 CACTTCAATTTGCAGCACTTTAACAC-TTCAATTTACAGCATTTAAG
* * * **
45807 CACTTCAATTTGCAGCACTTTTACA-TCTCAATTAAAAAAATTTATA-
1 CACTTCAATTTGCAGCACTTTAACACT-TCAATTTACAGCATTTA-AG
* * ** * * * *
45853 CACCTCAA-TTACAGCGA-TAAAACA-TCTCAATGTCCAGCA-CTAAA
1 CACTTCAATTTGCAGC-ACTTTAACACT-TCAATTTACAGCATTTAAG
* * * * *
45897 CACTACAATTTGCAG-TCTTAAACACTTCAATTTGCAACATTTAAG
1 CACTTCAATTTGCAGCACTTTAACACTTCAATTTACAGCATTTAAG
* * *
45942 CAC-TCAATTAT--AGCA-TTTAA-ACATTCAATTTTA-TGCATTCAAA
1 CACTTCAATT-TGCAGCACTTTAACAC-TTCAA-TTTACAGCATTTAAG
45985 CACTTCAATTTGCAGCACTTTAACACTTCAATTTA-AGCATTTAAG
1 CACTTCAATTTGCAGCACTTTAACACTTCAATTTACAGCATTTAAG
* * *
46030 CACTTCAATTTGCAGCACTTTAA-TC-TCAA-TTACAACATTTAATA
1 CACTTCAATTTGCAGCACTTTAACACTTCAATTTACAGCATTTAA-G
* * * * * * ** *
46074 CACCTCAA-TTACAGCA-ATAAACA-TCTCAATGTCCAGCAACTAAA
1 CACTTCAATTTGCAGCACTTTAACACT-TCAATTTACAGCATTTAAG
* * *
46118 CAC-T---TTT-CAG-TC-TT-A-ACTTCAATTTGCAACATTTAAG
1 CACTTCAATTTGCAGCACTTTAACACTTCAATTTACAGCATTTAAG
* ** * * *
46155 CAATTC-ATTTATAGCA-TTTAAACACTT-ACATTTATAGCATTCAAA
1 CACTTCAATTTGCAGCACTTT-AACACTTCA-ATTTACAGCATTTAAG
*
46200 CACTTCAATTTGCAGCACTTTTAACACTTTAATTTA-AGCATTTAAG
1 CACTTCAATTTGCAGCAC-TTTAACACTTCAATTTACAGCATTTAAG
* *
46246 CACTTCAATTTGCAGCACTTT-ACA-TCTCAATTAACAACA-TTATA-
1 CACTTCAATTTGCAGCACTTTAACACT-TCAATTTACAGCATTTA-AG
* * * * **
46290 CACCTCAA-TTACAGCGA---TAACA-TCTCAATGTCCAGCAAACTAA-
1 CACTTCAATTTGCAGC-ACTTTAACACT-TCAATTTACAGC-ATTTAAG
* * * *
46333 CACTTTAATTT-CAGC-CTTAAACACTTCAATTTTGCAACATTTAAG
1 CACTTCAATTTGCAGCACTTTAACACTTCAA-TTTACAGCATTTAAG
* * *
46378 CACTTCAATTTACAGCA-TTTAAACACTT-AATTTGCAGCATTCAA-
1 CACTTCAATTTGCAGCACTTT-AACACTTCAATTTACAGCATTTAAG
46422 CACTTCAATTTGCAGCACTTTAAACACTTC---TTAC-GCATTTAAG
1 CACTTCAATTTGCAGCACTTT-AACACTTCAATTTACAGCATTTAAG
* * *
46465 CACTTCAATTTGCAGCACTTTTACA-TCTCAATTAACAACATTTATA-
1 CACTTCAATTTGCAGCACTTTAACACT-TCAATTTACAGCATTTA-AG
* * ** * * *
46511 CACCTCAA-TTACAGCGA-TAAAACA-TCTAAATGT-CAG----TACG
1 CACTTCAATTTGCAGC-ACTTTAACACT-TCAATTTACAGCATTTAAG
46551 -A-TTCAATTTGCAG----TT-ACATCATT-AA-TTACAGC-----A-
1 CACTTCAATTTGCAGCACTTTAACA-C-TTCAATTTACAGCATTTAAG
* * * * *
46584 C--TTCAATTTACAGCA-TTTAAAACTTCAATTTGCAGCATTCAAA
1 CACTTCAATTTGCAGCACTTTAACACTTCAATTTACAGCATTTAAG
*
46627 CACTTCAATCTGCAGCACTTTAACACTTCAATTTACAGCATTTAAG
1 CACTTCAATTTGCAGCACTTTAACACTTCAATTTACAGCATTTAAG
* *
46673 CACTTCAATTTGCAGCACTTTAACA--TCTAATTAACAACATTTATA-
1 CACTTCAATTTGCAGCACTTTAACACTTC-AATTTACAGCATTTA-AG
* ** * * * *
46718 CACCTCAA-TT--A-CACGATAACA-TCCCAATGTCCAGC---CAA-
1 CACTTCAATTTGCAGCACTTTAACACT-TCAATTTACAGCATTTAAG
* * * * *
46756 CTACTTCAATTTTCAG-TCTTAAACACTTCAATTTGCAACATTTAAG
1 C-ACTTCAATTTGCAGCACTTTAACACTTCAATTTACAGCATTTAAG
* * * *
46802 CACTT-AATTTACAGCA-TTAAACACTTGAATTTGACAGCATTCAA-
1 CACTTCAATTTGCAGCACTTTAACACTTCAATTT-ACAGCATTTAAG
46846 -ACTTTCAATTTGCA-CACTTTAAACACTTTCAATTTACAGCATTTAAG
1 CAC-TTCAATTTGCAGCACTTT-AACAC-TTCAATTTACAGCATTTAAG
* * **
46893 CACTTC-ATTTG-AGCACTTTTACA-TCTCAA--TAAAAAATTTATA-
1 CACTTCAATTTGCAGCACTTTAACACT-TCAATTTACAGCATTTA-AG
* * ** * * ** *
46935 CACCTCAA-TTACAGCGA-TAAAACA-TCTCAATGTCCAGCAACTAAA
1 CACTTCAATTTGCAGC-ACTTTAACACT-TCAATTTACAGCATTTAAG
* * * *
46980 CACTTCAATTTGCAGTACTTAAACACTTCAATTTGCAACATTTAAG
1 CACTTCAATTTGCAGCACTTTAACACTTCAATTTACAGCATTTAAG
* ** * *
47026 CACATCAATTTATAGCA-TTTAAACACTTCAATTTATTAGCATTCAA-
1 CACTTCAATTTGCAGCACTTT-AACACTTCAATTTA-CAGCATTTAAG
*
47072 CACTTCAATTTGCAGCAC-TTAACACTTC-ATTTATAGCATTTAAG
1 CACTTCAATTTGCAGCACTTTAACACTTCAATTTACAGCATTTAAG
* * *
47116 CACTTCAATTTGCAGCACTTTTA-A-TCTCAATTAACAACATTTATA-
1 CACTTCAATTTGCAGCACTTTAACACT-TCAATTTACAGCATTTA-AG
* * * ** * * * ** *
47161 CACCTCAA-TTACAGCAATAAAACA-TCTCCATGTCCAGCAACTAAA
1 CACTTCAATTTGCAGCACTTTAACACT-TCAATTTACAGCATTTAAG
* * * *
47206 CAC-TCAATTT-CAGCTCCTTAAACACTTCAATTTGCAACATTTAAG
1 CACTTCAATTTGCAGC-ACTTTAACACTTCAATTTACAGCATTTAAG
* ** * * * *
47251 CCAATTCAATTTATAGCAATTTAAACACTTCAATTTATAGCATTCAAAA
1 -CACTTCAATTTGCAGCACTTT-AACACTTCAATTTACAGCATT-TAAG
47300 CACTTCAATTTGCAGCACTTTAACACTTCAATTTA-AGCATTTAAG
1 CACTTCAATTTGCAGCACTTTAACACTTCAATTTACAGCATTTAAG
* * *
47345 CACTTCAATTTGCAGCACATTTTACA-TCTCAATTAACAACATTTATA-
1 CACTTCAATTTGCAGCAC-TTTAACACT-TCAATTTACAGCATTTA-AG
* * ** * * ** *
47392 CACCTCAA-TTACAGCGA-TAAAACA-TCTC-ATGTCCAGCAACTAAA
1 CACTTCAATTTGCAGC-ACTTTAACACT-TCAATTTACAGCATTTAAG
* * * * *
47436 CACTT-AATTTTCAG-GCTTAAACACTTCAATTTGCAACATTTAAG
1 CACTTCAATTTGCAGCACTTTAACACTTCAATTTACAGCATTTAAG
* * * *
47480 CACTTCAATTTACAGCA-TTTAAACACTT-AATTTGCAGCATTCAAA
1 CACTTCAATTTGCAGCACTTT-AACACTTCAATTTACAGCATTTAAG
47525 CACTTCAATTTTGCAGCACTTTAACACTTCAATTTACAGCATTTAAG
1 CACTTCAA-TTTGCAGCACTTTAACACTTCAATTTACAGCATTTAAG
* * *
47572 CA-TTCAATTTGCAGCACTTTTACA-TCTCAATTAACAACA-TTATA-
1 CACTTCAATTTGCAGCACTTTAACACT-TCAATTTACAGCATTTA-AG
* * ** * * * ** *
47616 CACCTCAA-TTACAGCGA-TAAAACA-TCTAAATGTCCAG-A-ACAAA
1 CACTTCAATTTGCAGC-ACTTTAACACT-TCAATTTACAGCATTTAAG
* * *
47659 CACTTCAATTTGCAGTACTTAAACACTTCAATTT-CAACATTTAAG
1 CACTTCAATTTGCAGCACTTTAACACTTCAATTTACAGCATTTAAG
* ** * *
47704 CACTTCAATTTACAGCA-TTTAAACACTTCAATTTGTAGCATTCAAA
1 CACTTCAATTTGCAGCACTTT-AACACTTCAATTTACAGCATTTAAG
*
47750 CACTTCAATCTGCAGCACTTTAACACTTCAATTTACAGCA-TTAAG
1 CACTTCAATTTGCAGCACTTTAACACTTCAATTTACAGCATTTAAG
* *
47795 CACTTCAATTTGCAGCACTTT-ACA-TCTCAATTAACAACATTTATA-
1 CACTTCAATTTGCAGCACTTTAACACT-TCAATTTACAGCATTTA-AG
* ** * * * * ** *
47840 CACCTCAA-TT-CAG-ACGATAAAACATCACCATGTCCAGCAACTAAA
1 CACTTCAATTTGCAGCACTTTAACACTTCA--ATTTACAGCATTTAAG
* * * *
47885 CACTTCAATTTTCAGTTCA-TTAAACACTTCAATTTGCAACATTT-AG
1 CACTTCAATTTGCAG--CACTTTAACACTTCAATTTACAGCATTTAAG
* * * *
47931 CACTTCAA-TTACAGCA-TTTAAACACTT-AA--TGCAG--TTCAAA
1 CACTTCAATTTGCAGCACTTT-AACACTTCAATTTACAGCATTTAAG
47971 CA-TTCAATTTGCAGCACTTT---ACTTCAATTTA-AGCATTTAAG
1 CACTTCAATTTGCAGCACTTTAACACTTCAATTTACAGCATTTAAG
* * **
48012 CACTTCAA-TTGCAGC-CTTTTACA-TCTCAA-TTAAAATATTTATA-
1 CACTTCAATTTGCAGCACTTTAACACT-TCAATTTACAGCATTTA-AG
* * ** * * ** *
48055 CACCTCAA-TTACAGCGA-TAAAACA-TCTCAATGTCCAGCAACTAAA
1 CACTTCAATTTGCAGC-ACTTTAACACT-TCAATTTACAGCATTTAAG
* * * *
48100 CACTTCAATTTGCAGTACTTAAACACTTCAATTTGCAACATTT-AG
1 CACTTCAATTTGCAGCACTTTAACACTTCAATTTACAGCATTTAAG
* *
48145 CA--TCAATTT-CTATAGCA-TTTAA-ACATTCAATTTATAGCATTCCAA-
1 CACTTCAATTTGC---AGCACTTTAACAC-TTCAATTTACAGCATT-TAAG
*
48190 CACCTTC-ATTTGCAGCACTTTAACACTTCAATTTATAGCATTTAAG
1 CA-CTTCAATTTGCAGCACTTTAACACTTCAATTTACAGCATTTAAG
* * *
48236 CACTTCAATTTGTAGCACTTT-ACA-TCTCAATTAACAAC-TTTATA-
1 CACTTCAATTTGCAGCACTTTAACACT-TCAATTTACAGCATTTA-AG
* * ** ** **
48280 CACCCTCAA-TTACAGCGA-TAAAACA-TCTCAATGTCCCAGCAACTAAG
1 CA-CTTCAATTTGCAGC-ACTTTAACACT-TCAAT-TTACAGCATTTAAG
* * *
48327 CACTTCAATTTGCA-TAC--T-ACA-TATCAATTTGCAACATTTAAG
1 CACTTCAATTTGCAGCACTTTAACACT-TCAATTTACAGCATTTAAG
* * * * *
48369 CACATCAA-TTACAGCA-TTTAAACACTTCAATTTA-TGCATTCAAC
1 CACTTCAATTTGCAGCACTTT-AACACTTCAATTTACAGCATTTAAG
48413 CACTTCAATTTGCAGCA-TTT-ACACTTCAATTTACAGCATTTAAG
1 CACTTCAATTTGCAGCACTTTAACACTTCAATTTACAGCATTTAAG
* * *
48457 CACTTCAATTTGCAGCACTTTTACA-TCTCAA-TAACAACATTTATA-
1 CACTTCAATTTGCAGCACTTTAACACT-TCAATTTACAGCATTTA-AG
* * * * * *
48502 CAC-TCAA-TTACAGTCTAAATTCCATGTAACGAACCTTCAATTTGCCAACTACTTAAA
1 CACTTCAATTTGCAG-C---A---C-TTTAAC--A-CTTCAATTT-ACAGC-ATTTAAG
* * *
48559 CACTTC-A-TTACAACA-TTTAAGCACTTCAATTTACAGCATTTAAA
1 CACTTCAATTTGCAGCACTTTAA-CACTTCAATTTACAGCATTTAAG
* * * * *
48603 CACTTCAATTTGTAGTACTTAAACATTTCAATTTACAACATTTAAG
1 CACTTCAATTTGCAGCACTTTAACACTTCAATTTACAGCATTTAAG
* * ** * *
48649 CACTTCAATTTACAGCA-TTTAAAACTCTTCAATTTGTAGCATTCAAA
1 CACTTCAATTTGCAGCACTTT--AACACTTCAATTTACAGCATTTAAG
48696 CACTTCAA-TTGCAGCACTTTAACACTTCAATTTACAGCATTTAAG
1 CACTTCAATTTGCAGCACTTTAACACTTCAATTTACAGCATTTAAG
* * * *
48741 CACTTCAATTTGCACAGCACTTTTACA-TCTCAATTAACAACACTTATA-
1 CACTTCAATTTG--CAGCACTTTAACACT-TCAATTTACAGCATTTA-AG
* * ** * * ** *
48789 CACCTCAA-TTACAGCGA-TAAAACA-TCTCAATGT-CCGCAACTAAA
1 CACTTCAATTTGCAGC-ACTTTAACACT-TCAATTTACAGCATTTAAG
* * * * * *
48833 CACTT-TATTTACAGTACTTAAACACTTCAATTTGCAACATTTAAG
1 CACTTCAATTTGCAGCACTTTAACACTTCAATTTACAGCATTTAAG
* * ** * *
48878 CACTTCAATTTACAGCA-TTTAAACACTTTGAATTCGCAGCATTCAAA
1 CACTTCAATTTGCAGCACTTT-AACAC-TTCAATTTACAGCATTTAAG
48925 CACTTCAATTTGCAGCACTTT-ACACTTCAATTTAACAGCATTTAAG
1 CACTTCAATTTGCAGCACTTTAACACTTCAATTT-ACAGCATTTAAG
* *
48971 CACTTCAATTTGCAGCAC-TTAACA-TCTCAATTAACAAC-TTTATA-
1 CACTTCAATTTGCAGCACTTTAACACT-TCAATTTACAGCATTTA-AG
* * ** * * ** *
49015 CACCTCAA-TTACAGCGA-TAAAACA-TCTCAATGTCCAGCAACTAAA
1 CACTTCAATTTGCAGC-ACTTTAACACT-TCAATTTACAGCATTTAAG
* * *
49060 CACTT-AATTTTCAG--CTTAAACACTTCAATTT-CAACATTTAAG
1 CACTTCAATTTGCAGCACTTTAACACTTCAATTTACAGCATTTAAG
* ** * *
49102 CACTTCAA-TTACAGCA-TTTAACCACTTCAATTTGTAGCATTCAAA
1 CACTTCAATTTGCAGCACTTTAA-CACTTCAATTTACAGCATTTAAG
49147 CACTTCAA-TT-CAGCACTTTAACACTTCAATTTACAGCATTTTAAG
1 CACTTCAATTTGCAGCACTTTAACACTTCAATTTACAGCA-TTTAAG
* * * * * *
49192 CA-TTCAATTTGTAGCACTTTTACA--TCTAATTAAAAACATTT-AT
1 CACTTCAATTTGCAGCACTTTAACACTTC-AATTTACAGCATTTAAG
* * ** * * * **
49235 CACCTCAA-TTACAGCGA-TAAAACA-TCTCCATGTCCAGCAACTATA-
1 CACTTCAATTTGCAGC-ACTTTAACACT-TCAATTTACAGCATTTA-AG
* * * *
49280 CACTTCAATTT-CAGTAC-TTAAAACATTCAATTTGCAACATTTAAG
1 CACTTCAATTTGCAGCACTTTAACAC-TTCAATTTACAGCATTTAAG
* * * *
49325 CACTTCAAATTTACA-CA-TTTAAACACTT-AATTTGCAGCATTCAAA
1 CACTTC-AATTTGCAGCACTTT-AACACTTCAATTTACAGCATTTAAG
49370 CACTTCAATTTGCAGCACTTT-ACAACTTCAATTTACAGCATTTAAG
1 CACTTCAATTTGCAGCACTTTAAC-ACTTCAATTTACAGCATTTAAG
* * *
49416 CACTTCAATTTGC-GCCACTTTTA-A-TCTCAATTAACAACATTTATA-
1 CACTTCAATTTGCAG-CACTTTAACACT-TCAATTTACAGCATTTA-AG
* * ** * * * ** *
49461 CACCTCAA-TTACAGCGA-TAAAACA-TCTCCATGTCCAGCAACTAAA
1 CACTTCAATTTGCAGC-ACTTTAACACT-TCAATTTACAGCATTTAAG
* * *
49506 CACTACAATTTTCAGTC-CTTAAACACTTCAATTTTAC--CATTTAAG
1 CACTTCAATTTGCAG-CACTTTAACACTTCAA-TTTACAGCATTTAAG
** * * *
49551 CACTTCAATTTATAGCA-TTTAAACACTTC-ATTTATAGCATTCAAA
1 CACTTCAATTTGCAGCACTTT-AACACTTCAATTTACAGCATTTAAG
*
49596 CACTTCAATTTGCAGCACTTTAACACTTCAATTTATAGCATTTAAG
1 CACTTCAATTTGCAGCACTTTAACACTTCAATTTACAGCATTTAAG
* * *
49642 CACTTCAATTTG-AGCACTTTTACA-TCTCAATTAACAACATTTATA-
1 CACTTCAATTTGCAGCACTTTAACACT-TCAATTTACAGCATTTA-AG
* * ** * * ** *
49687 CACCTCAA-TTACAGCGA-TAAAACA-TTCAATGT-CCGACAACTAAA
1 CACTTCAATTTGCAGC-ACTTTAACACTTCAATTTACAG-CATTTAAG
* * * *
49731 CACTTCAATTTGCAGTACTTAAACACTTCAATTTGCAACATTTAAG
1 CACTTCAATTTGCAGCACTTTAACACTTCAATTTACAGCATTTAAG
** * * *
49777 CACTTCAA-TAACA-CA-TTTAA-A---CAATTTATTGAGCATTCAAA
1 CACTTCAATTTGCAGCACTTTAACACTTCAATTTA--CAGCATTTAAG
49818 CACTTCAATTTGCAGCAC-TTAACACTTCAATTTACAGCATTTAAG
1 CACTTCAATTTGCAGCACTTTAACACTTCAATTTACAGCATTTAAG
* *
49863 CACTTCAATTTGCAGCACTTTAACA-TCTCAATTAACAACATTTATA-
1 CACTTCAATTTGCAGCACTTTAACACT-TCAATTTACAGCATTTA-AG
* ** * * * * * **
49909 CACCTCAATTAACAGTGA--TAAACAATCTCAATGTCCAGCAAAT-A-
1 CACTTCAATTTGCAG-CACTTTAACACT-TCAATTTACAGCATTTAAG
* * * * *
49953 CACTTTCAATTT-CAG-TCTTAAACATTTCAATTTGCAACATTTAAG
1 CAC-TTCAATTTGCAGCACTTTAACACTTCAATTTACAGCATTTAAG
* * * *
49998 CACTTCAATTTACAGCA-TTTAAACAC-TCAATTT-GAGCATTCAAA
1 CACTTCAATTTGCAGCACTTT-AACACTTCAATTTACAGCATTTAAG
* *
50042 CACTTCAA-TTGCTGCACTTTAACACTTCAATTTACAACATTTAAG
1 CACTTCAATTTGCAGCACTTTAACACTTCAATTTACAGCATTTAAG
* * *
50087 CACTTCAATTTGCAGCACTTTTACA-TCTCAA-TTACAACA-TTAATA
1 CACTTCAATTTGCAGCACTTTAACACT-TCAATTTACAGCATTTAA-G
* * ** * * **
50132 CACCTCAA-TTACAGCGA-TAAAACA-TCTCAATGTCCAGCAACTAA-
1 CACTTCAATTTGCAGC-ACTTTAACACT-TCAATTTACAGCATTTAAG
* *
50176 CAC-TCAATTT-CAGTAC-TTAACACTTCAATTT-CAACATTTAAG
1 CACTTCAATTTGCAGCACTTTAACACTTCAATTTACAGCATTTAAG
** * *
50218 CACTTCAATTTATAGCA-TTTAAACACTTCAATTTATAGCATTCAA-
1 CACTTCAATTTGCAGCACTTT-AACACTTCAATTTACAGCATTTAAG
50263 CACTTCAATTTGCAGCACTTTAACACTTCAATTTACAGCA-TTAAG
1 CACTTCAATTTGCAGCACTTTAACACTTCAATTTACAGCATTTAAG
* * *
50308 CACTTCAATTTGCAGCACTTTAACA-TCTC-ATTAACAACAATTATA-
1 CACTTCAATTTGCAGCACTTTAACACT-TCAATTTACAGCATTTA-AG
* * ** * * ** *
50353 CACCTCAA-TT-AATG-A-TAAAACA-TCTC-ATGTCCAGCAACTAAA
1 CACTTCAATTTGCA-GCACTTTAACACT-TCAATTTACAGCATTTAAG
* * *
50395 CACTTCAATTTGCAG-TCTTAAACA-TTCAA-TTACAACATTTAAG
1 CACTTCAATTTGCAGCACTTTAACACTTCAATTTACAGCATTTAAG
* ** *
50438 CACTTCAATTTACAGCA-TTTAAACACTTCAATTTGTAGCA-TTCA-
1 CACTTCAATTTGCAGCACTTT-AACACTTCAATTTACAGCATTTAAG
50482 CACTTCAA-TTGCAGCACTTTAACACTTCAATTTACAGCATTTAAG
1 CACTTCAATTTGCAGCACTTTAACACTTCAATTTACAGCATTTAAG
* * * *
50527 CACTTCAATTTGCAGCACTTTTACA-TCTCCATTAACAACA-TTATA-
1 CACTTCAATTTGCAGCACTTTAACACT-TCAATTTACAGCATTTA-AG
* * ** * * ** *
50572 CACCTCAA-TTACAGCGA-TAAAACA-TCTCAATGTCCAGCAACTAAA
1 CACTTCAATTTGCAGC-ACTTTAACACT-TCAATTTACAGCATTTAAG
* * * *
50617 CACTTCAA-TT-CAGTACTTAAACACTTCAATTTGCAACATTTTAAG
1 CACTTCAATTTGCAGCACTTTAACACTTCAATTTACAGCA-TTTAAG
* * ** * *
50662 CACTTCAATTTACAGCA-TTTAAACACTTTAATTCGCAGCATTCAAA
1 CACTTCAATTTGCAGCACTTT-AACACTTCAATTTACAGCATTTAAG
50708 CACTTCAATTTGCAGGCACTTTTAACACTTCAATTTACAGCATTTAAG
1 CACTTCAATTTGCA-GCAC-TTTAACACTTCAATTTACAGCATTTAAG
* *
50756 CACTTCAATTTGCAGCACTTTAACA-TCTCAATTAACAACA-TTATA-
1 CACTTCAATTTGCAGCACTTTAACACT-TCAATTTACAGCATTTA-AG
* * ** * * * ** *
50801 CACCTCAA-TTACAGCGA-TAAAACA-TCTCCATGTCCAGCAACTAAA
1 CACTTCAATTTGCAGC-ACTTTAACACT-TCAATTTACAGCATTTAAG
* * *
50846 CACTTTAATTT-CAGGC-C-TTAAAACCTTCAATTTACAACATTTAAG
1 CACTTCAATTTGCA-GCACTTTAACA-CTTCAATTTACAGCATTTAAG
* * *
50891 CACTTC-ATTTACAG--CTTTAAACACTTCAATTGT--AGCATTCAAA
1 CACTTCAATTTGCAGCACTTT-AACACTTCAATT-TACAGCATTTAAG
*
50934 CACTTCAATCTGGCAGCACTTTAACACTTCAATTTTACAGCATTTAAG
1 CACTTCAAT-TTGCAGCACTTTAACACTTCAA-TTTACAGCATTTAAG
*
50982 CCAGTTC-ATTTGCAGCACTTT
1 -CACTTCAATTTGCAGCACTTT
51003 TACATCTCAA
Statistics
Matches: 4454, Mismatches: 929, Indels: 985
0.70 0.15 0.15
Matches are distributed among these distances:
33 11 0.00
34 4 0.00
35 7 0.00
36 6 0.00
37 29 0.01
38 11 0.00
39 29 0.01
40 26 0.01
41 78 0.02
42 176 0.04
43 386 0.09
44 793 0.18
45 1348 0.30
46 990 0.22
47 347 0.08
48 159 0.04
49 19 0.00
50 2 0.00
51 4 0.00
53 2 0.00
54 4 0.00
55 2 0.00
56 6 0.00
57 13 0.00
58 2 0.00
ACGTcount: A:0.36, C:0.24, G:0.07, T:0.33
Consensus pattern (46 bp):
CACTTCAATTTGCAGCACTTTAACACTTCAATTTACAGCATTTAAG
Found at i:45773 original size:69 final size:69
Alignment explanation
Indices: 45666--45823 Score: 189
Period size: 70 Copynumber: 2.3 Consensus size: 69
45656 GTCCAGCAAC
* * * * *
45666 TAAACACTTCAATTTTCAG--TTCTTAACACTTCAATTTGCAACA-TTTAAGCACTTCAA-TTAC
1 TAAACACTTCAATTTGCAGCATTC-AAACACCTCAATTTGCAACACTTTAAACA-TTCAATTTAA
45727 AGCATT
64 AGCATT
* *
45733 TAAACACTTTAATTGTGCAGCATTCAAACACCTCAATTTGCAGCACTTTAAACATTCAATTTAAA
1 TAAACACTTCAATT-TGCAGCATTCAAACACCTCAATTTGCAACACTTTAAACATTCAATTTAAA
45798 GCATT
65 GCATT
*
45803 TAAGCACTTCAATTTGCAGCA
1 TAAACACTTCAATTTGCAGCA
45824 CTTTTACATC
Statistics
Matches: 77, Mismatches: 9, Indels: 8
0.82 0.10 0.09
Matches are distributed among these distances:
67 13 0.17
68 4 0.05
69 29 0.38
70 31 0.40
ACGTcount: A:0.35, C:0.22, G:0.08, T:0.34
Consensus pattern (69 bp):
TAAACACTTCAATTTGCAGCATTCAAACACCTCAATTTGCAACACTTTAAACATTCAATTTAAAG
CATT
Found at i:45963 original size:66 final size:66
Alignment explanation
Indices: 45893--46044 Score: 179
Period size: 66 Copynumber: 2.3 Consensus size: 66
45883 TGTCCAGCAC
* *
45893 TAAACACTACAATTTGCAGTCTTAAACACTTCAATTTGCAACA-TTTAAGCAC-TCAA-TTATAG
1 TAAACACTTCAATTTGCAGT-TCAAACACTTCAATTTGCAACACTTTAA-CACTTCAATTTA-AG
45955 CATT
63 CATT
*
45959 TAAACA-TTCAATTTTATGCA-TTCAAACACTTCAATTTGCAGCACTTTAACACTTCAATTTAAG
1 TAAACACTTCAA--TT-TGCAGTTCAAACACTTCAATTTGCAACACTTTAACACTTCAATTTAAG
46022 CATT
63 CATT
*
46026 TAAGCACTTCAATTTGCAG
1 TAAACACTTCAATTTGCAG
46045 CACTTTAATC
Statistics
Matches: 74, Mismatches: 4, Indels: 16
0.79 0.04 0.17
Matches are distributed among these distances:
65 8 0.11
66 31 0.42
67 23 0.31
68 12 0.16
ACGTcount: A:0.36, C:0.21, G:0.08, T:0.35
Consensus pattern (66 bp):
TAAACACTTCAATTTGCAGTTCAAACACTTCAATTTGCAACACTTTAACACTTCAATTTAAGCAT
T
Found at i:46404 original size:68 final size:65
Alignment explanation
Indices: 46331--46481 Score: 182
Period size: 68 Copynumber: 2.3 Consensus size: 65
46321 CCAGCAAACT
* *
46331 AACACTTTAATTT-CAGCCTTAAACACTTCAATTTTGCAACA-TTTAAGCACTTCAATTTACAGC
1 AACACTTTAATTTGCAGCATTAAACACTTCAA-TTTGCAACACTTTAAACACTTC---TTAC-GC
46394 ATTTA
61 ATTTA
* *
46399 AACAC-TTAATTTGCAGCATTCAACACTTCAATTTGCAGCACTTTAAACACTTCTTACGCATTTA
1 AACACTTTAATTTGCAGCATTAAACACTTCAATTTGCAACACTTTAAACACTTCTTACGCATTTA
* *
46463 AGCACTTCAATTTGCAGCA
1 AACACTTTAATTTGCAGCA
46482 CTTTTACATC
Statistics
Matches: 74, Mismatches: 6, Indels: 9
0.83 0.07 0.10
Matches are distributed among these distances:
64 11 0.15
65 16 0.22
67 15 0.20
68 32 0.43
ACGTcount: A:0.34, C:0.24, G:0.08, T:0.34
Consensus pattern (65 bp):
AACACTTTAATTTGCAGCATTAAACACTTCAATTTGCAACACTTTAAACACTTCTTACGCATTTA
Found at i:47529 original size:202 final size:202
Alignment explanation
Indices: 47269--47782 Score: 516
Period size: 202 Copynumber: 2.5 Consensus size: 202
47259 ATTTATAGCA
* * *
47269 ATTTAAACACTTCAATTTATAGCATTCAAAACACTTCAATTTGCAGCACTTTAACACTTCAATTT
1 ATTTAAACACTTCAATTTACAGCATT-TAAACACTTCAATTTGCAGCA-TTAAACACTTCAATTT
*
47334 -AAGCATTTAAGCACTTCAATTTGCAGCACATTTTA-CATCTCAATTAACAACA-TTTATACACC
64 GAAGCATTTAA-CACTTCAATTTGCAGCACATTTAAGCAT-TCAATTAACAACACTTT-TACACC
* * * * * * *
47396 TCAATT-ACAGCGATAAAACATCTC-ATGTCCAGCAACT-AAACA-CTTAATTTTCAG-GCTTAA
126 TCAATTAACAAC-ATAAAACACCTCAAT-TACAGCAA-TAAAACATCTAAATGTCCAGAAC--AA
47456 ACACTTCAATTTGCAAC
186 ACACTTCAATTTGCAAC
*
47473 ATTTAAGCACTTCAATTTACAGCATTTAAACACTT-AATTTGCAGCATTCAAACACTTCAATTTT
1 ATTTAAACACTTCAATTTACAGCATTTAAACACTTCAATTTGCAGCATT-AAACACTTCAA-TTT
* * ** * *
47537 GCAGCACTTTAACACTTCAATTTACAG--CATTTAAGCATTCAATTTGCAGCACTTTTACATCTC
64 GAAGCA-TTTAACACTTCAATTTGCAGCACATTTAAGCATTCAATTAACAACACTTTTACACCTC
* * *
47600 AATTAACAACATTATACACCTCAATTACAGCGATAAAACATCTAAATGTCCAGAACAAACACTTC
128 AATTAACAACATAAAACACCTCAATTACAGCAATAAAACATCTAAATGTCCAGAACAAACACTTC
**
47665 AATTTGCAGT
193 AATTTGCAAC
* * * *
47675 ACTTAAACACTTCAATTT-CAACATTTAAGCACTTCAATTTACAGCATTTAAACACTTCAATTTG
1 ATTTAAACACTTCAATTTACAGCATTTAAACACTTCAATTTGCAGCA-TTAAACACTTCAATTTG
* * *
47739 TAGCATTCAAACACTTCAATCTGCAGCAC-TTTAA-CACTTCAATT
65 AAGCATT-TAACACTTCAATTTGCAGCACATTTAAGCA-TTCAATT
47783 TACAGCATTA
Statistics
Matches: 261, Mismatches: 32, Indels: 36
0.79 0.10 0.11
Matches are distributed among these distances:
200 2 0.01
201 42 0.16
202 134 0.51
203 35 0.13
204 43 0.16
205 5 0.02
ACGTcount: A:0.37, C:0.23, G:0.07, T:0.33
Consensus pattern (202 bp):
ATTTAAACACTTCAATTTACAGCATTTAAACACTTCAATTTGCAGCATTAAACACTTCAATTTGA
AGCATTTAACACTTCAATTTGCAGCACATTTAAGCATTCAATTAACAACACTTTTACACCTCAAT
TAACAACATAAAACACCTCAATTACAGCAATAAAACATCTAAATGTCCAGAACAAACACTTCAAT
TTGCAAC
Found at i:47950 original size:21 final size:22
Alignment explanation
Indices: 47909--47950 Score: 59
Period size: 21 Copynumber: 2.0 Consensus size: 22
47899 GTTCATTAAA
*
47909 CACTTCAATTTGCAACATTTAG
1 CACTTCAATTTACAACATTTAG
*
47931 CACTTCAA-TTACAGCATTTA
1 CACTTCAATTTACAACATTTA
47951 AACACTTAAT
Statistics
Matches: 18, Mismatches: 2, Indels: 1
0.86 0.10 0.05
Matches are distributed among these distances:
21 10 0.56
22 8 0.44
ACGTcount: A:0.33, C:0.24, G:0.07, T:0.36
Consensus pattern (22 bp):
CACTTCAATTTACAACATTTAG
Found at i:48006 original size:59 final size:62
Alignment explanation
Indices: 47881--48025 Score: 156
Period size: 59 Copynumber: 2.3 Consensus size: 62
47871 GTCCAGCAAC
*
47881 TAAACACTTCAATTTTCAGTTCATTAAACACTTCAATTTGCAACATTTAGCACTTCAATTACAGC
1 TAAACACTTCAA-TTGCAGTTC---AAACACTTCAATTTGCAACATTTA--ACTTCAATTACAGC
47946 ATT
60 ATT
*
47949 TAAACACTT-AA-TGCAGTTCAAACA-TTCAATTTGCAGCACTTT-ACTTCAATTTA-AGCATT
1 TAAACACTTCAATTGCAGTTCAAACACTTCAATTTGCAACA-TTTAACTTCAA-TTACAGCATT
*
48008 TAAGCACTTCAATTGCAG
1 TAAACACTTCAATTGCAG
48026 CCTTTTACAT
Statistics
Matches: 70, Mismatches: 3, Indels: 15
0.80 0.03 0.17
Matches are distributed among these distances:
59 21 0.30
60 5 0.07
61 18 0.26
62 8 0.11
65 7 0.10
67 2 0.03
68 9 0.13
ACGTcount: A:0.35, C:0.21, G:0.08, T:0.35
Consensus pattern (62 bp):
TAAACACTTCAATTGCAGTTCAAACACTTCAATTTGCAACATTTAACTTCAATTACAGCATT
Found at i:48958 original size:734 final size:725
Alignment explanation
Indices: 47881--49428 Score: 2097
Period size: 734 Copynumber: 2.1 Consensus size: 725
47871 GTCCAGCAAC
*
47881 TAAACACTTCAATTT-TCAGTTCATTAAACACTTCAATTTGCAACATTTAGCACTTCAA-TTACA
1 TAAACACTTCAATTTGT-AGTAC-TTAAACACTTCAATTTGCAACATTTAGCACTTCAATTTACA
47944 GCATTTAAACACTT-AA--TGCAGTTCAAACATTCAATTTGCAGCACTTTACTTCAATTTAAGCA
64 GCATTTAAACACTTCAATTTGCAGTTCAAACATTCAATTTGCAGCACTTTACTTCAATTTAAGCA
* *
48006 TTTAAGCACTTCAATTGCAGCCTTTTACATCTCAATTAAAATATTTATACACCTCAATTACAGCG
129 TTTAAGCACTTCAATTGCAGCCTTTTACATCTCAATTAAAACACTTATACACCTCAATTACAGCG
*
48071 ATAAAACATCTCAATGTCCAGCAACTAAACACTTCAATTTGCAGTACTTAAACACTTCAATTTGC
194 ATAAAACATCTCAATGTCCAGCAACTAAACACTTCAATTTACAGTACTTAAACACTTCAATTTGC
* * * *
48136 AACATTTAGCATCAATTTCTATAGCATTTAAACATTCAATTTATAGCATTCCAACACCTTCATTT
259 AACATTTAGCATCAATTTCTACAGCATTTAAACATTCAATTCACAGCATTCAAACACCTTCATTT
* * *
48201 GCAGCACTTTAACACTTCAATTT-ATAGCATTTAAGCACTTCAATTTGTAGCACTTTACATCTCA
324 GCAGCACTTTAACACTTCAATTTAACAGCATTTAAGCACTTCAATTTGCAGCACTTAACATCTCA
*
48265 ATTAACAACTTTATACACCCTCAATTACAGCGATAAAACATCTCAATGTCCCAGCAACTAAGCAC
389 ATTAACAACTTTATACA-CCTCAATTACAGCGATAAAACATCTCAATGT-CCAGCAACTAAACAC
*
48330 TTCAA-TTT-GCATACTACA-TATCAATTTGCAACATTTAAGCACATCAATTACAGCATTTAAAC
452 TT-AATTTTAGCATA-AACACT-TCAATTT-CAACATTTAAGCACATCAATTACAGCATTTAAAC
*
48392 ACTTCAATTTAT-GCATTCAACCACTTCAATTTGCAGCA-TTT-ACACTTCAATTTACAGCA-TT
513 ACTTCAATTTATAGCATTCAAACACTTCAA-TT-CAGCACTTTAACACTTCAATTTACAGCATTT
*
48453 TAAGCACTTCAATTTGCAGCACTTTTACATCTCAA-TAACAACATTTAT-ACACTCAATTACAGT
576 TAAGCA-TTCAATTTGCAGCACTTTTACATCT-AATTAAAAACATTTATCAC-CTCAATTACAG-
48516 C-T-AA-AT-TCCATGT-AACGA-AC-CTTCAATTTGCCAACTACTT-AAACACTTC-A-TTACA
637 CATAAACATCTCCATGTCAACGATACACTTCAATTT--C-ACTACTTAAAACA-TTCAATTTACA
48571 ACATTTAAGCACTTC-AATTTACAGCATT
698 ACATTTAAGCACTTCAAATTTACA-CATT
* *
48599 TAAACACTTCAATTTGTAGTACTTAAACATTTCAATTTACAACATTTAAGCACTTCAATTTACAG
1 TAAACACTTCAATTTGTAGTACTTAAACACTTCAATTTGCAACATTT-AGCACTTCAATTTACAG
* *
48664 CATTTAAAACTCTTCAATTTGTAGCATTCAAACACTTCAA-TTGCAGCACTTTAACACTTCAATT
65 CATTT-AAACACTTCAATTTGCAG--TTCAAACA-TTCAATTTGCAGCACTTT---ACTTCAATT
48728 TACAGCATTTAAGCACTTCAATTTGCACAGCACTTTTACATCTCAATTAACAACACTTATACACC
123 TA-AGCATTTAAGCACTTCAA-TTG--CAGC-CTTTTACATCTCAATTAA-AACACTTATACACC
*
48793 TCAATTACAGCGATAAAACATCTCAATGTCC-GCAACTAAACACTT-TATTTACAGTACTTAAAC
182 TCAATTACAGCGATAAAACATCTCAATGTCCAGCAACTAAACACTTCAATTTACAGTACTTAAAC
* *
48856 ACTTCAATTTGCAACATTTAAGCACTTCAA-TT-TACAGCATTTAAACACTTTGAATTCGCAGCA
247 ACTTCAATTTGCAACATTT-AGCA--TCAATTTCTACAGCATTTAAACA--TTCAATTCACAGCA
48919 TTCAAACA-CTTCAATTTGCAGCACTTT-ACACTTCAATTTAACAGCATTTAAGCACTTCAATTT
307 TTCAAACACCTTC-ATTTGCAGCACTTTAACACTTCAATTTAACAGCATTTAAGCACTTCAATTT
48982 GCAGCACTTAACATCTCAATTAACAACTTTATACACCTCAATTACAGCGATAAAACATCTCAATG
371 GCAGCACTTAACATCTCAATTAACAACTTTATACACCTCAATTACAGCGATAAAACATCTCAATG
* *
49047 TCCAGCAACTAAACACTTAATTTTCAGCTTAAACACTTCAATTTCAACATTTAAGCACTTCAATT
436 TCCAGCAACTAAACACTTAATTTT-AGCATAAACACTTCAATTTCAACATTTAAGCACATCAATT
* *
49112 ACAGCATTTAACCACTTCAATTTGTAGCATTCAAACACTTCAATTCAGCACTTTAACACTTCAAT
500 ACAGCATTTAAACACTTCAATTTATAGCATTCAAACACTTCAATTCAGCACTTTAACACTTCAAT
*
49177 TTACAGCATTTTAAGCATTCAATTTGTAGCACTTTTACATCTAATTAAAAACATTTATCACCTCA
565 TTACAGCATTTTAAGCATTCAATTTGCAGCACTTTTACATCTAATTAAAAACATTTATCACCTCA
* *
49242 ATTACAGCGATAAAACATCTCCATGTCCAGCAACTATACACTTCAATTTCAGTACTTAAAACATT
630 ATTACAGC-AT-AAACATCTCCATGT----CAACGATACACTTCAATTTCACTACTTAAAACATT
*
49307 CAATTTGCAACATTTAAGCACTTCAAATTTACACATT
689 CAATTTACAACATTTAAGCACTTCAAATTTACACATT
* * *
49344 TAAACACTT-AATTTGCAGCA-TTCAAACACTTCAATTTGCAGCACTTTA-CAACTTCAATTTAC
1 TAAACACTTCAATTTGTAGTACTT-AAACACTTCAATTTGCAACA-TTTAGC-ACTTCAATTTAC
*
49406 AGCATTTAAGCACTTCAATTTGC
63 AGCATTTAAACACTTCAATTTGC
49429 GCCACTTTTA
Statistics
Matches: 736, Mismatches: 38, Indels: 87
0.85 0.04 0.10
Matches are distributed among these distances:
717 23 0.03
718 29 0.04
719 12 0.02
720 7 0.01
721 2 0.00
723 4 0.01
725 20 0.03
726 5 0.01
728 11 0.01
729 18 0.02
730 3 0.00
732 46 0.06
733 120 0.16
734 183 0.25
735 106 0.14
737 2 0.00
738 2 0.00
739 7 0.01
743 25 0.03
744 57 0.08
745 37 0.05
746 17 0.02
ACGTcount: A:0.36, C:0.24, G:0.07, T:0.33
Consensus pattern (725 bp):
TAAACACTTCAATTTGTAGTACTTAAACACTTCAATTTGCAACATTTAGCACTTCAATTTACAGC
ATTTAAACACTTCAATTTGCAGTTCAAACATTCAATTTGCAGCACTTTACTTCAATTTAAGCATT
TAAGCACTTCAATTGCAGCCTTTTACATCTCAATTAAAACACTTATACACCTCAATTACAGCGAT
AAAACATCTCAATGTCCAGCAACTAAACACTTCAATTTACAGTACTTAAACACTTCAATTTGCAA
CATTTAGCATCAATTTCTACAGCATTTAAACATTCAATTCACAGCATTCAAACACCTTCATTTGC
AGCACTTTAACACTTCAATTTAACAGCATTTAAGCACTTCAATTTGCAGCACTTAACATCTCAAT
TAACAACTTTATACACCTCAATTACAGCGATAAAACATCTCAATGTCCAGCAACTAAACACTTAA
TTTTAGCATAAACACTTCAATTTCAACATTTAAGCACATCAATTACAGCATTTAAACACTTCAAT
TTATAGCATTCAAACACTTCAATTCAGCACTTTAACACTTCAATTTACAGCATTTTAAGCATTCA
ATTTGCAGCACTTTTACATCTAATTAAAAACATTTATCACCTCAATTACAGCATAAACATCTCCA
TGTCAACGATACACTTCAATTTCACTACTTAAAACATTCAATTTACAACATTTAAGCACTTCAAA
TTTACACATT
Found at i:50749 original size:71 final size:70
Alignment explanation
Indices: 49972--50772 Score: 299
Period size: 66 Copynumber: 12.0 Consensus size: 70
49962 TTTCAGTCTT
* *
49972 AAACATTTCAATTTGCAACA-TTTAAGCACTTCAATTTACAGCATTTAAACAC-TCAATTTG-AG
1 AAACACTTCAATTTGCAACATTTTAAGCACTTCAATTTACAGCATTTAAACACTTCAATTCGCAG
50034 CATTC
66 CATTC
** * * * *
50039 AAACACTTCAA-TTGCTGCACTTTAA-CACTTCAATTTACAACATTTAAGCACTTCAATTTGCAG
1 AAACACTTCAATTTGCAACATTTTAAGCACTTCAATTTACAGCATTTAAACACTTCAATTCGCAG
50102 CACTT-
66 CA-TTC
** * * * *
50107 TTACA-TCTCAA-TTACAACA--TTAATACACCTCAA-TTACAGCGA-TAAAACA-TCTCAATGT
1 AAACACT-TCAATTTGCAACATTTTAA-GCACTTCAATTTACAGC-ATTTAAACACT-TCAAT-T
*
50165 C-CAGCA-AC
61 CGCAGCATTC
* ** * * * ***
50173 TAACAC-TCAATTT-CAGTA-CTTAA-CACTTCAATTT-CAACATTTAAGCACTTCAATTTATAG
1 AAACACTTCAATTTGCAACATTTTAAGCACTTCAATTTACAGCATTTAAACACTTCAATTCGCAG
*
50233 CATTT
66 CATTC
** * * * **
50238 AAACACTTCAATTTATAGCA-TTCAA-CACTTCAATTTGCAGCACTTT-AACACTTCAATTTACA
1 AAACACTTCAATTTGCAACATTTTAAGCACTTCAATTTACAGCA-TTTAAACACTTCAATTCGCA
50300 GCATT-
65 GCATTC
* * * * * * * * *
50305 AAGCACTTCAATTTGCAGCACTTTAA-CA-TCTC-ATTAACAACAATTATACACCTCAATT--AA
1 AAACACTTCAATTTGCAACATTTTAAGCACT-TCAATTTACAGCATTTAAACACTTCAATTCGCA
*
50365 TG-A-TA
65 -GCATTC
* * * ** * * *
50370 AAACA-TCTC-ATGTCCAGCA-ACTAAACACTTCAATTTGCAG--TCTTAAACA-TTCAATT-AC
1 AAACACT-TCAATTTGCAACATTTTAAGCACTTCAATTTACAGCAT-TTAAACACTTCAATTCGC
* *
50428 AACATTT
64 AGCATTC
* * * * ** *
50435 AAGCACTTCAATTTACAGCA-TTTAAACACTTCAATTTGTAGCA-TT-CACACTTCAATT-GCAG
1 AAACACTTCAATTTGCAACATTTTAAGCACTTCAATTTACAGCATTTAAACACTTCAATTCGCAG
50496 CACTT-
66 CA-TTC
* * * * * * **
50501 TAACACTTCAATTTACAGCA-TTTAAGCACTTCAATTTGCAGCACTTT-TACA-TCTCCATTAAC
1 AAACACTTCAATTTGCAACATTTTAAGCACTTCAATTTACAGCA-TTTAAACACT-TCAATTCGC
*
50563 AACATT-
64 AGCATTC
* * * * * * * * **
50569 ATACACCTCAA-TTACAGCGA--TAAAACA-TCTCAATGTCCAGCAACTAAACACTTCAATT--C
1 AAACACTTCAATTTGCAAC-ATTTTAAGCACT-TCAATTTACAGCATTTAAACACTTCAATTCGC
*
50628 AGTACTT-
64 AGCA-TTC
*
50635 AAACACTTCAATTTGCAACATTTTAAGCACTTCAATTTACAGCATTTAAACACTTTAATTCGCAG
1 AAACACTTCAATTTGCAACATTTTAAGCACTTCAATTTACAGCATTTAAACACTTCAATTCGCAG
50700 CATTC
66 CATTC
* * *
50705 AAACACTTCAATTTGCAGGCACTTTTAA-CACTTCAATTTACAGCATTTAAGCACTTCAATTTGC
1 AAACACTTCAATTTGCA-ACA-TTTTAAGCACTTCAATTTACAGCATTTAAACACTTCAATTCGC
50769 AGCA
64 AGCA
50773 CTTTAACATC
Statistics
Matches: 568, Mismatches: 106, Indels: 116
0.72 0.13 0.15
Matches are distributed among these distances:
63 11 0.02
64 46 0.08
65 42 0.07
66 148 0.26
67 136 0.24
68 107 0.19
69 12 0.02
70 21 0.04
71 39 0.07
72 6 0.01
ACGTcount: A:0.36, C:0.24, G:0.07, T:0.32
Consensus pattern (70 bp):
AAACACTTCAATTTGCAACATTTTAAGCACTTCAATTTACAGCATTTAAACACTTCAATTCGCAG
CATTC
Found at i:50915 original size:21 final size:22
Alignment explanation
Indices: 50866--50918 Score: 65
Period size: 21 Copynumber: 2.5 Consensus size: 22
50856 TCAGGCCTTA
50866 AAAC-CTTCAATTTACAACATTT
1 AAACACTTC-ATTTACAACATTT
* *
50888 AAGCACTTCATTTACAGC-TTT
1 AAACACTTCATTTACAACATTT
50909 AAACACTTCA
1 AAACACTTCA
50919 ATTGTAGCAT
Statistics
Matches: 27, Mismatches: 3, Indels: 3
0.82 0.09 0.09
Matches are distributed among these distances:
21 12 0.44
22 11 0.41
23 4 0.15
ACGTcount: A:0.38, C:0.25, G:0.04, T:0.34
Consensus pattern (22 bp):
AAACACTTCATTTACAACATTT
Done.