genome.fa.s532.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold1783
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  282363

Tables:   1   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2176--5993	19	201.9	19	68	20	1017	17	3	1	77	0.97
2175--3737	32	48.3	33	69	19	326	18	2	0	78	0.92
2173--5994	39	96.6	39	68	21	461	17	3	1	77	0.97
2146--5993	112	34.9	110	67	21	971	17	3	1	77	0.98
2643--3138	1	496.0	1	66	0	164	15	2	0	81	0.84
3277--3482	1	206.0	1	65	0	70	15	1	0	81	0.83
3602--3718	1	117.0	1	74	0	81	13	0	0	85	0.64
3607--3842	31	6.9	34	74	19	120	15	5	0	79	0.89
2214--5996	68	53.7	70	67	21	903	17	3	1	77	0.97
4395--4428	1	34.0	1	93	0	59	2	0	0	97	0.19
4779--5997	582	2.1	574	78	13	1259	15	3	1	79	0.94
7207--7234	13	2.2	13	100	0	56	35	14	14	35	1.86
13398--13450	24	2.1	24	83	13	63	66	13	13	7	1.45
14536--14623	45	2.0	43	91	4	140	43	1	1	54	1.15
23681--23798	58	2.0	58	88	0	173	32	24	16	27	1.96
24692--24716	4	6.2	4	100	0	50	0	24	0	76	0.80
24750--24830	8	9.9	8	75	16	69	54	1	1	43	1.16
26389--26434	23	2.0	23	84	12	60	45	10	6	36	1.65
26396--26440	23	2.0	23	82	8	56	40	13	8	37	1.76
30008--30073	33	2.0	33	100	0	132	39	15	24	21	1.91
34088--34133	23	2.0	23	88	12	69	47	10	4	36	1.58
38006--38109	41	2.7	38	74	7	93	30	25	20	23	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
39714--39789	3	25.7	3	70	12	50	56	5	0	38	1.22
41400--41648	50	4.8	50	85	4	284	20	29	24	26	1.99
41399--41648	100	2.4	104	88	6	357	20	29	24	26	1.99
41743--41774	13	2.5	13	94	0	55	56	12	0	31	1.37
41986--42043	30	1.9	30	89	0	89	31	24	3	41	1.71
48970--49218	50	4.8	50	85	4	284	20	29	24	26	1.99
48969--49218	100	2.4	104	88	6	357	20	29	24	26	1.99
51303--51479	27	6.6	27	83	4	196	29	28	15	27	1.96
51303--51479	55	3.3	54	82	4	205	29	28	15	27	1.96
51328--51478	82	1.9	81	88	4	232	29	27	15	27	1.96
59400--59577	27	6.6	27	84	3	205	29	28	15	26	1.96
59421--59576	82	1.9	81	88	3	233	29	28	15	26	1.96
68913--69079	52	3.3	50	80	13	141	29	27	17	25	1.98
68939--69092	52	3.0	51	82	7	184	28	29	17	24	1.97
69703--69749	22	2.1	23	84	4	60	44	21	4	29	1.71
69905--69947	12	3.6	12	100	0	86	76	0	16	6	0.99
71447--71473	6	4.5	6	100	0	54	29	0	70	0	0.88
76367--76418	22	2.4	22	96	0	95	23	7	1	67	1.27
79511--80010	27	18.4	27	87	2	651	31	16	15	37	1.89
79511--80010	82	6.1	81	85	3	655	31	16	15	37	1.89
79511--80010	109	4.6	108	86	2	669	31	16	15	37	1.89
80023--80087	27	2.4	27	89	5	96	32	15	13	38	1.87
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
80040--80102	27	2.3	26	81	10	74	31	20	12	34	1.90
80082--80169	27	3.3	27	74	6	72	43	17	17	22	1.88
80204--80259	23	2.4	22	82	14	60	25	16	19	39	1.91
80512--80568	18	3.2	18	80	9	71	21	21	19	38	1.93
87167--87218	27	1.9	27	100	0	104	25	3	36	34	1.74
88711--88830	3	38.3	3	67	22	52	31	4	2	61	1.28
88720--88766	22	2.1	23	85	14	64	36	0	0	63	0.94
88712--88778	19	3.8	17	79	16	66	32	1	1	64	1.12
89114--89185	21	3.4	22	80	12	62	34	5	0	59	1.21
101242--101825	206	2.8	205	90	2	884	31	19	21	28	1.97
103400--103461	7	8.9	7	79	13	65	35	1	1	61	1.16
103393--103461	20	3.6	19	80	18	72	33	1	1	63	1.12
103393--103513	3	38.3	3	67	21	52	33	4	1	61	1.25
103402--103461	29	2.0	30	87	3	86	35	1	1	61	1.16
103523--103564	17	2.4	18	80	15	52	33	0	4	61	1.17
113388--113466	38	2.1	38	97	0	149	30	27	17	24	1.97
113491--113683	56	3.4	56	89	2	307	33	23	14	27	1.94
117691--117724	17	2.0	17	94	0	59	29	14	17	38	1.90
120544--120735	56	3.4	56	87	1	278	35	23	12	28	1.91
123517--123573	26	2.1	27	80	3	62	43	42	3	10	1.56
128763--128803	2	20.5	2	100	0	82	0	48	0	51	1.00
132628--132657	14	2.1	14	93	0	51	63	10	6	20	1.47
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
144776--144816	6	7.0	6	83	10	50	2	19	0	78	0.87
146558--146587	14	2.2	14	94	5	53	20	6	3	70	1.25
149626--149728	52	2.0	52	92	3	172	25	19	13	41	1.88
160513--160542	16	1.9	16	93	6	53	73	0	0	26	0.84
161631--161680	21	2.4	21	83	6	66	18	32	26	24	1.97
161667--161760	22	4.3	22	88	0	125	11	32	23	31	1.91
161676--161771	44	2.2	44	82	0	120	12	31	23	32	1.92
169931--170048	39	2.8	42	74	18	111	34	2	4	58	1.31
175779--175808	15	2.0	15	93	0	51	73	0	3	23	0.98
182186--182244	25	2.5	24	76	13	68	33	3	1	61	1.23
182260--182293	15	2.3	15	89	0	50	29	0	2	67	1.05
193591--193697	53	2.0	53	100	0	214	35	13	25	26	1.92
193866--193894	5	5.8	5	100	0	58	82	0	0	17	0.66
194774--195354	44	13.2	44	83	3	659	28	14	28	28	1.95
195331--195444	45	2.5	45	84	0	165	33	15	23	27	1.95
196106--196164	25	2.4	25	100	0	118	57	18	23	0	1.40
197115--197173	25	2.5	24	76	13	68	33	3	1	61	1.23
197189--197222	15	2.3	15	89	0	50	29	0	2	67	1.05
203111--203151	14	2.9	14	88	0	64	24	7	29	39	1.82
207175--207315	40	3.5	40	91	1	212	27	29	21	21	1.99
208833--208860	13	2.2	13	100	0	56	57	14	0	28	1.38
215756--215894	62	2.3	57	82	7	161	44	0	5	50	1.24
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
216608--216654	24	2.0	24	87	8	69	36	6	10	46	1.64
218049--218156	51	2.1	51	92	0	180	41	13	19	25	1.88
218979--219206	46	5.0	46	90	1	323	41	13	23	21	1.88
223330--223362	11	2.8	12	86	4	50	51	12	3	33	1.54
226373--226414	3	14.3	3	80	14	52	69	2	0	28	1.01
227177--227314	69	2.0	69	97	0	258	37	13	17	31	1.88
227493--227563	14	5.1	14	70	13	58	43	1	12	42	1.51
227489--227571	41	2.0	41	97	0	157	44	2	12	40	1.54
227766--227830	6	10.8	6	71	12	53	18	3	3	75	1.07
227768--227805	17	2.2	17	86	9	51	21	0	2	76	0.91
233369--233410	6	6.8	6	97	2	75	16	0	2	80	0.81
238014--238068	17	3.5	17	68	27	57	20	41	29	9	1.82
238002--238089	30	2.9	30	93	0	149	18	39	30	11	1.86
238187--238237	23	2.2	23	79	6	59	47	9	29	13	1.75
241783--241857	31	2.4	30	91	6	123	36	6	9	48	1.62
241800--241864	31	2.2	31	88	5	98	36	7	10	44	1.68
250155--250431	87	3.2	87	96	0	500	27	10	42	19	1.84
250845--250869	13	1.9	13	100	0	50	56	0	24	20	1.43
251356--251391	18	2.1	17	89	5	54	41	0	0	58	0.98
251298--251385	28	3.1	28	67	12	72	46	1	2	50	1.21
254844--254909	34	1.9	34	90	0	105	19	9	7	63	1.47
265226--265269	18	2.4	18	96	0	79	25	6	56	11	1.58
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
267619--267686	33	2.1	33	100	0	136	30	8	27	32	1.87

Tables:   1

The End!