genome.fa.s533.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold1168
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  223387

Tables:   1   2   

This is table  1  of  2  ( 139 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1568--1614	13	3.9	12	89	10	78	17	8	0	74	1.05
1572--1614	11	3.7	11	93	6	68	13	6	0	79	0.93
4354--4450	30	3.2	30	72	8	90	28	15	27	27	1.96
15733--15783	20	2.5	20	84	6	68	45	21	19	13	1.85
19993--20089	30	3.2	30	77	2	106	28	15	26	28	1.96
22319--22391	30	2.4	30	80	13	87	16	23	0	60	1.36
22394--22424	12	2.6	12	100	0	62	25	16	12	45	1.83
22472--22528	5	11.0	5	75	20	55	1	17	1	78	0.91
22472--22535	16	4.2	14	77	16	65	1	17	3	78	0.96
22476--22524	26	1.9	25	84	12	64	2	16	2	79	0.92
22472--22539	21	3.2	21	78	15	70	1	17	2	77	0.96
23400--23440	11	3.6	11	90	3	55	14	4	7	73	1.22
23400--23441	12	3.6	11	87	9	57	14	4	7	73	1.21
25113--25209	30	3.2	30	77	2	106	28	15	26	28	1.96
31346--31385	19	2.1	19	90	0	62	27	35	15	22	1.94
32891--32950	29	2.1	29	93	0	102	41	30	0	28	1.56
32897--32944	15	3.3	15	73	5	53	43	27	0	29	1.55
34124--34156	12	2.8	12	95	0	57	51	6	18	24	1.68
34249--34294	18	2.5	19	79	6	51	65	2	26	6	1.28
38276--38372	30	3.2	30	72	8	99	28	16	26	27	1.97
39673--39710	20	1.9	20	94	0	67	34	18	26	21	1.96
39895--39939	14	3.3	14	78	6	56	35	0	15	48	1.45
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
40919--40978	29	2.1	29	93	0	102	41	30	0	28	1.56
40925--40972	15	3.3	15	73	5	53	43	27	0	29	1.55
42391--42466	27	2.9	27	84	9	111	34	17	22	26	1.96
42692--42753	28	2.2	28	91	0	106	24	19	20	35	1.96
42938--43012	6	12.3	6	75	13	73	20	17	13	49	1.79
46598--46643	20	2.3	20	84	0	56	23	19	17	39	1.92
46590--46663	30	2.5	30	84	8	80	22	20	18	37	1.94
52476--52528	23	2.4	22	76	20	56	9	18	1	69	1.25
52517--52566	18	2.8	18	78	0	55	12	24	2	62	1.40
54036--56019	991	2.0	991	99	0	3893	40	16	16	26	1.90
56179--56693	47	11.1	47	89	2	772	32	9	29	28	1.89
56179--56640	93	5.0	94	95	3	837	32	9	28	29	1.88
56179--56642	139	3.3	140	91	2	767	32	9	28	29	1.88
60831--60887	10	5.6	10	79	4	60	31	24	14	29	1.94
60831--60891	20	3.0	20	81	11	79	31	22	13	32	1.92
65281--65345	20	3.3	19	73	16	51	38	16	21	23	1.93
67117--67180	34	1.9	33	84	9	85	12	26	6	54	1.61
67178--67233	21	2.7	21	72	5	51	8	17	1	71	1.21
67197--67316	12	10.0	12	69	19	63	8	19	3	69	1.29
67177--67233	14	4.1	14	75	16	57	8	17	1	71	1.19
67240--67298	18	3.3	18	80	0	73	5	16	6	71	1.26
67195--67302	6	17.7	6	68	5	65	6	19	3	70	1.25
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
68367--68409	22	2.0	22	86	9	61	11	13	6	67	1.41
68398--68437	14	2.7	14	88	7	53	25	7	0	67	1.16
68411--68437	14	1.9	14	100	0	54	22	7	0	70	1.12
69115--69211	30	3.2	30	74	8	108	27	25	17	28	1.98
70110--70158	20	2.3	20	82	10	53	32	8	14	44	1.74
70919--70961	11	3.8	11	78	3	50	79	2	0	18	0.85
70917--70962	22	2.0	22	91	8	74	78	4	0	17	0.91
70917--70960	12	3.7	12	81	0	52	81	2	0	15	0.78
70976--71053	39	2.0	39	97	2	149	26	0	23	50	1.50
71863--71933	32	2.2	30	77	22	74	74	1	19	4	1.06
71979--72009	12	2.6	12	100	0	62	45	12	16	25	1.83
72012--72043	12	2.8	12	95	4	57	78	0	15	6	0.95
74166--74262	30	3.2	30	75	2	106	27	26	16	28	1.97
75160--75208	20	2.3	20	82	10	53	32	8	14	44	1.74
77106--77158	23	2.4	22	76	20	56	9	18	1	69	1.25
83076--83117	20	2.2	20	87	8	61	21	7	14	57	1.61
83734--83781	14	3.4	14	88	0	69	45	6	29	18	1.74
85175--85237	21	3.0	21	88	2	90	30	3	33	33	1.74
89743--89803	12	5.0	12	82	13	72	16	9	1	72	1.19
89744--89803	22	2.5	24	81	15	70	16	8	1	73	1.16
95904--95975	24	3.0	24	89	0	117	34	30	11	23	1.90
99503--99672	46	3.7	46	76	13	186	29	27	20	22	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
99508--99678	93	1.8	93	92	0	288	29	28	20	22	1.98
104748--104865	55	2.1	55	84	6	159	25	22	13	38	1.90
105487--105541	20	2.8	20	88	0	83	29	16	29	25	1.97
107024--107062	15	2.4	15	87	12	51	10	20	2	66	1.33
107957--107981	13	1.9	13	100	0	50	0	16	0	84	0.63
108850--108904	20	2.8	20	88	0	83	29	16	29	25	1.97
112806--112849	23	1.9	23	86	9	63	11	22	0	65	1.24
115673--115718	10	4.7	10	91	5	76	89	2	0	8	0.57
117712--117808	30	3.2	30	72	8	99	28	16	26	27	1.97
119985--120015	12	2.6	12	100	0	62	25	16	12	45	1.83
120076--120125	6	8.2	6	81	16	50	2	20	2	76	0.99
120065--120135	37	1.9	37	86	11	101	2	18	2	76	1.04
120061--120121	16	3.8	16	77	14	63	3	19	1	75	1.03
121043--121093	24	2.2	24	89	6	79	17	5	5	70	1.28
121043--121097	12	4.8	12	72	14	53	18	5	5	70	1.26
122775--122862	30	2.9	30	67	12	81	28	18	27	26	1.98
126750--126797	15	3.3	15	73	5	53	29	0	27	43	1.55
126744--126787	14	3.1	14	74	6	52	27	0	34	38	1.57
126744--126803	29	2.1	29	93	0	102	28	0	30	41	1.56
128652--128718	21	3.1	21	82	4	71	34	32	2	29	1.73
129519--129563	14	3.3	14	78	6	56	48	15	0	35	1.45
132021--132070	18	2.8	18	87	0	73	14	28	0	58	1.37
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
131996--132073	24	3.2	24	79	0	93	12	28	0	58	1.34
132181--132214	12	2.8	12	90	0	50	20	20	8	50	1.75
133374--133421	15	3.3	15	73	5	53	29	0	27	43	1.55
133368--133411	14	3.1	14	74	6	52	27	0	34	38	1.57
133368--133427	29	2.1	29	93	0	102	28	0	30	41	1.56
134392--134436	14	3.3	14	78	6	56	48	15	0	35	1.45
137270--137317	14	3.4	14	85	0	60	18	31	6	43	1.75
139132--139170	17	2.2	18	90	4	62	43	12	5	38	1.65
140327--140358	16	2.0	16	93	0	55	15	12	21	50	1.77
140545--140715	72	2.4	72	76	6	177	28	16	28	27	1.97
144302--144335	12	2.8	12	81	0	50	17	38	0	44	1.49
145269--145308	14	2.9	14	88	0	53	47	7	32	12	1.69
149668--149764	30	3.2	30	74	8	108	28	17	25	27	1.98
152018--152067	6	8.2	6	81	16	50	2	20	2	76	0.99
152007--152077	37	1.9	37	86	11	101	2	18	2	76	1.04
152003--152063	16	3.8	16	77	14	63	3	19	1	75	1.03
152977--153019	11	3.9	11	78	0	50	18	2	2	76	1.00
152973--153018	22	2.1	22	91	0	74	17	4	4	73	1.15
162357--162453	30	3.2	30	70	13	92	29	16	25	27	1.97
164130--164190	10	6.1	10	74	12	54	32	13	24	29	1.93
164131--164191	20	3.0	20	83	9	79	32	13	26	27	1.93
166261--166295	18	1.9	18	88	11	54	22	20	0	57	1.41
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
167189--167281	16	6.6	15	72	23	62	12	11	5	69	1.33
167205--167279	13	5.6	13	74	17	57	14	9	4	72	1.25
167205--167254	12	4.1	12	79	10	57	14	10	4	72	1.26
167219--167289	12	5.5	13	75	19	60	14	7	4	74	1.18
168083--168116	4	8.0	4	90	9	50	23	0	2	73	0.97
168066--168125	22	2.7	22	73	19	61	26	0	6	66	1.16
168669--168725	20	2.8	20	78	2	60	28	33	12	26	1.92
181491--181535	12	3.8	11	88	8	54	11	2	6	80	0.99
181491--181546	23	2.4	22	85	8	67	10	1	5	82	0.91
181491--181548	11	5.0	11	76	16	55	13	1	5	79	0.98

Tables:   1   2