genome.fa.s6.2.7.7.80.10.50.1000.153.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A06
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  115140250

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   326   327   328   329   330   331   332   333   334   335   336   
          337   338   339   340   341   342   343   344   345   

This is table  153  of  345  ( 41358 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
51819607--51819824	40	5.5	40	87	4	284	23	23	27	25	2.00
51821724--51821861	40	3.5	40	82	0	159	31	13	20	35	1.90
51824729--51824777	24	2.0	25	96	4	91	38	20	12	28	1.89
51824916--51824981	33	2.0	33	93	0	114	40	10	18	30	1.84
51825189--51825227	17	2.3	17	86	0	51	17	35	2	43	1.63
51827601--51827724	63	2.0	64	96	1	232	35	12	6	45	1.67
51829596--51829719	59	2.1	59	98	0	239	40	9	13	36	1.78
51841537--51841576	19	2.0	20	85	4	55	32	25	5	37	1.77
51841614--51841792	51	3.5	51	84	3	182	28	27	17	26	1.98
51846898--51846929	3	10.7	3	100	0	64	31	0	0	68	0.90
51848567--51848627	6	10.3	6	78	3	70	14	3	4	77	1.07
51852942--51852976	18	1.9	18	88	11	54	8	8	14	68	1.38
51865976--51866077	52	2.0	52	90	3	161	42	20	29	7	1.80
51866843--51867453	133	4.6	133	91	0	947	27	19	24	28	1.99
51867385--51867503	45	2.7	44	82	12	136	29	16	28	25	1.97
51868245--51868280	19	1.9	18	88	5	54	8	8	13	69	1.36
51869442--51869501	30	2.0	31	83	3	77	40	3	1	55	1.27
51876157--51876210	4	14.2	4	80	18	62	50	0	0	50	1.00
51883848--51883872	13	1.9	13	100	0	50	64	0	0	36	0.94
51884560--51884602	23	1.9	23	85	4	61	60	9	11	18	1.57
51889388--51889450	31	2.0	31	100	0	126	42	25	15	15	1.87
51891012--51891159	42	3.5	42	78	10	140	25	18	25	31	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
51891012--51891168	43	3.7	42	77	7	147	24	18	25	31	1.97
51902351--51902519	83	2.0	83	94	0	293	40	23	20	15	1.90
51903814--51903865	25	2.1	25	96	0	95	26	13	11	48	1.77
51909966--51910023	28	2.1	28	100	0	116	27	18	6	46	1.75
51910753--51910936	40	4.6	40	82	5	212	24	26	23	25	2.00
51919963--51920492	284	1.9	284	93	0	925	36	17	13	32	1.89
51928749--51928793	23	2.0	23	91	8	74	15	4	53	26	1.61
51934286--51934331	20	2.3	20	100	0	92	21	13	50	15	1.78
51942286--51942330	23	1.9	24	86	13	67	55	0	20	24	1.43
51942766--51942813	25	1.9	25	82	0	60	39	0	27	33	1.57
51947136--51947181	22	2.1	22	88	8	67	39	6	0	54	1.26
51951515--51951552	18	2.1	18	90	0	58	39	47	2	10	1.52
51951570--51951612	20	2.1	21	86	4	61	69	2	2	25	1.12
51951638--51951741	9	11.6	9	79	4	111	25	8	22	44	1.81
51953950--51954123	46	3.8	45	81	12	219	28	29	21	20	1.98
51953958--51954127	92	1.8	93	94	1	306	27	29	22	20	1.98
51956500--51956588	30	3.0	30	80	8	101	57	15	16	10	1.65
51956500--51956579	15	5.4	15	80	7	92	58	13	17	10	1.62
51956511--51956588	15	5.2	15	78	9	79	56	15	16	11	1.67
51959503--51959674	93	1.8	93	92	0	290	28	30	21	19	1.98
51959496--51959676	46	3.9	46	78	9	197	28	30	20	19	1.98
51964504--51964546	5	8.6	5	85	14	54	83	2	13	0	0.74
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
51970646--51970686	21	1.9	22	85	5	57	31	24	4	39	1.76
51974723--51974808	27	3.1	27	83	11	104	38	6	24	30	1.82
51974723--51974824	28	3.7	27	85	3	116	37	9	24	28	1.87
51983586--51983615	15	1.9	16	93	6	53	60	0	10	30	1.30
51995156--51995191	18	2.0	18	88	0	54	27	0	19	52	1.46
51995320--51995490	84	2.0	84	91	0	279	23	16	28	31	1.96
52001027--52001058	12	2.7	12	90	0	55	6	31	37	25	1.81
52007558--52007804	27	9.2	27	81	6	286	27	21	10	40	1.85
52007558--52007813	107	2.4	108	84	4	322	28	20	10	40	1.85
52007618--52007839	107	2.1	107	78	6	236	30	19	11	39	1.86
52007816--52008004	27	7.0	27	86	0	216	36	20	19	24	1.95
52008203--52008285	27	3.1	26	87	5	112	19	21	21	37	1.94
52008373--52008431	22	2.7	22	81	0	64	20	25	22	32	1.98
52008597--52008669	27	2.7	27	83	6	78	19	24	21	34	1.96
52008787--52008931	6	23.8	6	76	15	138	20	17	13	48	1.81
52008787--52008866	31	2.6	31	97	0	151	18	20	15	46	1.84
52014623--52014799	48	3.8	48	75	10	136	24	20	28	26	1.99
52014705--52014871	90	1.9	90	82	2	210	25	20	26	26	1.99
52018975--52019192	40	5.5	40	88	2	289	23	23	28	24	2.00
52026197--52026221	13	1.9	13	100	0	50	20	40	24	16	1.91
52032006--52032066	19	3.2	19	88	4	88	19	31	27	21	1.97
52032485--52032510	13	2.0	13	100	0	52	15	7	30	46	1.74
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
52039995--52040047	16	3.3	16	78	7	63	56	0	0	43	0.99
52054680--52054736	26	2.3	23	78	21	71	26	12	21	40	1.88
52054690--52054748	26	2.3	26	96	0	109	20	10	22	47	1.79
52063588--52063628	16	2.6	16	88	0	64	46	0	0	53	1.00
52064795--52064826	16	2.0	16	100	0	64	56	0	18	25	1.42
52064797--52064832	16	2.2	16	90	0	54	63	0	11	25	1.27
52065704--52065733	8	3.8	8	90	0	51	36	20	3	40	1.69
52077114--52077151	18	2.1	18	95	0	67	31	15	18	34	1.92
52085598--52085666	34	2.0	34	97	0	129	37	2	5	53	1.40
52087098--52087191	35	2.6	36	80	6	111	30	10	17	41	1.83
52092773--52092821	17	2.8	17	84	12	55	65	0	30	4	1.11
52092788--52092833	19	2.5	20	86	10	62	58	0	32	8	1.28
52092789--52092833	9	4.9	9	82	12	56	57	0	33	8	1.30
52099528--52099738	40	5.3	40	89	4	239	23	20	27	28	1.99
52101625--52101655	14	2.2	14	100	0	62	32	0	12	54	1.38
52101896--52101947	18	2.9	17	77	5	59	9	5	3	80	0.99
52103723--52103770	10	5.3	9	85	14	64	31	0	0	68	0.90
52103723--52103761	10	4.0	10	96	3	71	30	0	0	69	0.89
52117007--52117046	21	2.0	21	95	5	73	20	30	40	10	1.85
52117196--52117260	28	2.3	28	94	0	112	16	41	21	20	1.90
52119706--52119910	27	7.6	27	86	3	259	30	27	15	26	1.96
52127920--52128124	27	7.6	27	85	4	252	29	28	15	26	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
52138326--52138382	27	2.2	26	84	9	71	54	1	3	40	1.28
52143312--52143372	27	2.3	27	85	0	77	45	18	4	31	1.70
52166457--52166509	26	2.0	27	85	7	74	24	15	22	37	1.92
52168321--52168523	40	5.1	40	85	5	252	22	23	29	25	1.99
52176445--52176661	40	5.5	40	84	6	255	23	23	28	24	1.99
52176445--52176661	79	2.7	80	80	10	250	23	23	28	24	1.99
52176445--52176661	119	1.8	119	83	7	289	23	23	28	24	1.99
52179416--52179499	26	3.2	26	96	0	150	36	25	4	33	1.77
52187707--52187879	46	3.7	46	75	11	174	23	20	26	30	1.98
52187704--52187874	93	1.8	93	89	2	272	22	20	26	29	1.98
52188104--52188141	19	2.0	20	85	15	53	36	0	23	39	1.55
52191399--52191482	43	2.0	42	83	2	105	22	16	26	34	1.95
52206254--52206337	43	2.0	43	88	4	125	26	15	26	32	1.96
52216811--52216937	42	3.0	43	80	5	132	23	18	25	32	1.97
52216786--52216945	43	3.7	43	76	7	137	24	19	24	31	1.98
52223510--52223640	49	2.6	51	81	4	160	26	16	29	28	1.97
52226128--52226209	43	1.9	43	92	0	137	29	12	24	34	1.91
52226128--52226235	43	2.5	43	83	5	121	29	12	22	36	1.90
52233113--52233170	23	2.6	23	77	2	64	48	0	0	51	1.00
52233125--52233173	21	2.3	20	76	13	53	46	0	0	53	1.00
52233128--52233175	23	2.1	23	88	3	71	41	0	0	58	0.98
52233718--52233783	29	2.2	30	82	10	82	59	4	4	31	1.38
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
52244377--52244437	30	2.1	29	96	3	113	24	16	22	36	1.94
52257043--52257085	19	2.3	18	81	14	52	60	16	6	16	1.56
52257414--52257474	30	2.0	30	83	0	77	32	22	6	37	1.80
52266804--52266919	59	2.0	59	96	0	214	39	18	14	26	1.90
52269090--52269258	47	3.6	47	77	13	213	27	28	20	23	1.98
52269044--52269308	93	2.8	93	94	1	469	28	29	20	22	1.98
52269036--52269303	46	5.8	45	76	13	267	28	28	19	22	1.98
52270194--52270233	19	2.1	19	100	0	80	25	12	42	20	1.86
52272860--52272916	26	2.2	26	80	3	60	26	19	21	33	1.97
52279917--52280033	19	6.1	19	78	11	132	38	8	17	35	1.80

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   326   327   328   329   330   331   332   333   334   335   336   
          337   338   339   340   341   342   343   344   345