genome.fa.s6.2.7.7.80.10.50.1000.184.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A06
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  115140250

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
62068301--62068398	23	4.3	23	90	2	162	20	21	26	31	1.98
62068303--62068391	45	2.0	45	95	0	160	19	22	26	31	1.97
62069757--62069795	17	2.3	17	95	0	69	23	38	20	17	1.93
62073057--62073127	27	2.7	27	78	4	74	23	19	19	36	1.95
62088559--62088664	48	2.2	48	86	0	140	31	21	15	32	1.94
62095723--62095931	79	2.6	79	87	2	303	26	28	20	24	1.99
62095723--62095984	40	6.6	40	86	3	307	26	28	20	24	1.99
62106681--62106858	27	6.6	27	85	3	205	29	29	14	26	1.95
62106681--62106858	54	3.3	54	85	3	232	29	29	14	26	1.95
62106702--62106857	81	1.9	82	88	3	235	29	29	14	26	1.95
62113544--62113579	17	2.1	17	100	0	72	22	11	0	66	1.22
62117127--62117185	27	2.1	30	87	9	88	25	5	6	62	1.41
62137879--62137930	19	2.7	20	78	6	70	67	0	5	26	1.13
62138122--62138193	19	3.8	19	75	3	56	36	4	1	58	1.26
62138176--62138242	10	6.9	10	68	13	50	44	1	0	53	1.09
62138105--62138243	9	14.8	9	70	11	55	36	2	0	59	1.17
62138160--62138244	29	2.9	29	79	8	91	41	2	0	56	1.12
62144470--62145162	49	14.4	49	93	2	1126	32	8	29	29	1.87
62144470--62145162	192	3.6	192	94	1	1187	32	8	29	29	1.87
62151116--62151194	25	3.3	25	64	10	74	34	5	27	32	1.79
62151069--62151436	47	7.7	47	93	3	578	33	8	28	29	1.87
62151090--62151436	192	1.8	190	93	2	597	33	8	28	29	1.86
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
62151555--62151633	37	2.1	37	85	0	113	24	17	31	26	1.97
62153353--62153418	24	2.8	24	90	0	96	40	24	13	21	1.89
62154228--62154316	29	3.0	29	85	1	106	35	13	26	23	1.92
62157533--62157587	24	2.3	24	87	0	83	50	21	1	25	1.58
62167972--62168078	27	3.9	27	84	9	137	37	22	23	16	1.94
62167971--62168078	54	2.0	54	87	3	155	37	22	23	16	1.93
62169300--62169749	47	9.4	47	86	4	648	26	30	13	29	1.94
62169221--62169749	98	5.4	97	87	4	705	26	29	13	30	1.94
62169245--62169748	145	3.4	145	94	2	841	26	30	13	29	1.94
62173384--62173461	29	2.7	28	84	11	104	25	15	30	28	1.96
62173414--62173740	173	1.9	174	96	0	611	29	14	24	30	1.95
62176834--62176966	57	2.4	56	80	11	157	30	27	17	24	1.97
62176954--62176987	11	3.1	11	86	0	50	38	29	14	17	1.90
62177146--62177377	40	5.8	40	90	2	358	24	28	23	23	1.99
62178925--62179509	47	12.1	47	85	6	729	26	29	12	30	1.93
62178925--62179509	98	6.0	96	88	4	797	26	29	12	30	1.93
62178930--62179508	145	4.0	145	91	2	896	26	29	13	30	1.94
62181697--62181875	85	2.1	85	97	0	340	25	27	8	37	1.85
62186083--62186191	45	2.4	47	80	11	111	29	4	1	64	1.24
62186171--62186217	22	2.0	24	84	8	62	31	0	4	63	1.13
62186091--62186192	3	31.3	3	71	24	59	29	3	1	64	1.22
62187602--62187675	37	2.0	37	91	0	121	9	31	13	45	1.75
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
62188602--62188644	18	2.4	18	92	0	68	11	13	4	69	1.33
62189132--62189193	27	2.2	29	77	14	74	40	6	6	46	1.55
62189140--62189196	27	2.1	28	90	3	89	42	7	7	43	1.58
62197441--62197543	28	3.7	28	86	0	134	27	15	31	26	1.96
62198797--62198830	18	1.9	18	88	5	52	41	11	17	29	1.85
62200505--62200599	29	3.3	29	83	1	120	27	13	28	30	1.94
62204834--62205006	46	3.8	46	77	14	196	28	29	21	20	1.98
62204841--62205009	90	1.9	90	93	2	293	27	29	21	20	1.98
62204842--62205025	46	4.0	46	74	17	159	28	29	21	21	1.98
62207377--62207465	30	3.0	30	80	8	101	57	15	16	10	1.65
62207377--62207456	15	5.4	15	80	7	92	58	13	17	10	1.62
62207388--62207465	15	5.2	15	78	9	79	56	15	16	11	1.67
62210381--62210550	92	1.8	92	96	0	313	28	28	21	21	1.99
62210373--62210547	46	3.8	46	81	11	223	29	28	21	21	1.98
62210378--62210566	46	4.1	46	73	17	151	28	28	21	21	1.99
62212998--62213132	48	2.8	48	78	8	157	34	28	17	20	1.95
62214532--62214702	84	2.0	84	95	0	306	32	9	16	42	1.80
62215181--62215207	12	2.2	12	100	0	54	44	0	0	55	0.99
62220502--62220541	20	2.0	20	100	0	80	50	5	10	35	1.58
62233434--62233690	40	6.4	40	85	4	281	24	22	26	26	2.00
62233434--62233656	120	1.9	120	87	4	333	23	23	26	27	2.00
62237932--62238031	50	2.0	50	92	0	164	36	6	14	44	1.69
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
62251506--62251533	13	2.2	13	100	0	56	14	17	28	39	1.89
62255606--62255703	43	2.3	43	89	3	144	27	17	22	32	1.96
62259609--62261049	49	29.7	49	94	3	2481	32	8	29	29	1.87
62259609--62261049	145	9.9	146	94	3	2455	32	8	29	29	1.87
62259609--62261049	194	7.4	194	94	2	2531	32	8	29	29	1.87
62262454--62262836	40	9.6	40	92	0	550	24	20	27	26	1.99
62266510--62267084	49	11.9	49	94	2	974	33	8	29	29	1.86
62266510--62267084	96	6.0	97	94	2	959	33	8	29	29	1.86
62266510--62267084	145	4.0	145	95	1	989	33	8	29	29	1.86
62275122--62275154	17	1.9	17	100	0	66	24	9	12	54	1.66
62287703--62287844	40	3.6	40	89	2	216	23	22	26	26	2.00
62288048--62288132	41	2.1	41	97	0	161	27	10	21	41	1.85
62294899--62294933	11	3.3	11	84	8	54	17	0	2	80	0.84
62294899--62294940	21	2.0	21	90	0	66	19	0	4	76	0.96
62294936--62294968	17	1.9	17	100	0	66	24	9	12	54	1.66
62296974--62297251	50	5.5	50	79	5	283	30	27	16	24	1.97
62301342--62301482	40	3.5	40	80	3	158	31	19	29	19	1.96
62305382--62305424	22	2.0	22	86	4	61	41	16	11	30	1.83
62310015--62310070	17	3.0	18	72	15	51	19	1	1	76	0.96
62310107--62310154	23	2.1	23	96	0	87	33	25	8	33	1.86
62310612--62310735	66	1.9	65	91	1	203	46	8	15	29	1.74
62313986--62314024	21	1.9	21	89	5	62	53	28	7	10	1.62
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
62319385--62319732	24	14.6	23	70	13	179	36	26	11	25	1.90
62319385--62319733	48	7.3	48	81	7	327	36	26	11	25	1.90
62319385--62319733	96	3.6	96	90	3	508	36	26	11	25	1.90
62320160--62320191	16	2.0	16	93	0	55	56	15	0	28	1.40
62322287--62322346	23	2.6	23	83	0	75	18	31	26	23	1.97
62324883--62325041	27	5.9	27	71	12	112	37	19	12	30	1.89
62324883--62325040	54	2.9	53	78	5	156	37	19	12	30	1.89
62324875--62325040	81	2.0	81	84	2	217	36	21	12	29	1.90
62324896--62325066	81	2.1	81	78	7	186	36	19	14	28	1.92
62325064--62325134	26	2.7	26	75	12	74	32	16	18	32	1.94
62325862--62325926	32	2.0	33	88	5	98	12	16	29	41	1.85
62326494--62326526	18	1.9	17	88	11	50	42	12	15	30	1.83
62329093--62329251	27	6.0	26	75	6	115	37	17	10	33	1.85
62329098--62329250	54	2.9	54	80	3	150	38	17	10	33	1.84
62329088--62329243	80	1.9	80	83	6	199	37	18	10	33	1.85
62333342--62333505	27	6.1	27	82	4	188	40	22	9	27	1.84
62333342--62333505	80	2.0	81	82	3	197	40	22	9	27	1.84
62333351--62333488	53	2.6	54	84	4	172	40	21	9	28	1.84
62333877--62333941	22	3.0	22	79	0	67	23	24	20	32	1.98
62346793--62346951	27	5.9	27	80	11	166	33	21	24	20	1.97
62346811--62346954	54	2.7	54	92	2	227	33	22	24	19	1.97
62354322--62354354	17	1.9	17	100	0	66	18	12	12	57	1.64
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
62358922--62358981	30	2.0	30	90	0	93	28	25	8	38	1.84
62363420--62363468	24	2.0	24	100	0	98	40	22	8	28	1.82
62363730--62364105	47	8.1	47	93	2	580	33	10	28	26	1.90
62363944--62364063	22	5.3	22	64	28	54	33	11	28	26	1.91
62364080--62364261	46	4.0	46	93	0	285	34	9	31	24	1.87
62363753--62364151	94	4.3	90	85	8	385	34	11	29	25	1.91
62369911--62369970	30	2.0	30	90	0	93	28	25	8	38	1.84
62376933--62377056	52	2.5	51	87	7	173	41	7	0	50	1.36
62377018--62377091	38	1.9	38	91	0	121	43	8	1	47	1.41
62377062--62377252	94	2.1	93	87	6	273	36	11	3	48	1.57

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
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