genome.fa.s6.2.7.7.80.10.50.1000.305.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A06
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  115140250

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
103290090--103290240	57	2.6	58	84	4	200	21	17	11	49	1.77
103290679--103290938	135	1.9	135	85	1	360	22	20	19	37	1.94
103291334--103291419	37	2.3	37	79	0	100	31	5	20	41	1.76
103304082--103304111	15	2.0	15	100	0	60	60	13	0	26	1.34
103309810--103309903	19	5.2	19	80	15	110	38	6	17	38	1.75
103309860--103309885	5	5.2	5	100	0	52	38	0	23	38	1.55
103309810--103309903	36	2.6	37	82	16	117	38	6	17	38	1.75
103313978--103314084	26	4.1	26	92	0	178	35	23	8	32	1.85
103314748--103314782	4	8.8	4	87	12	54	0	22	0	77	0.78
103314748--103314789	12	3.3	13	90	9	61	2	21	0	76	0.90
103318897--103318954	25	2.4	25	88	2	91	36	13	25	24	1.92
103319948--103320002	16	3.4	16	92	0	92	29	29	7	34	1.84
103321387--103321730	172	2.0	172	99	0	679	29	12	18	39	1.87
103322631--103322665	18	1.9	18	88	0	52	28	2	11	57	1.48
103323499--103323527	14	2.0	15	93	6	51	20	6	6	65	1.40
103325491--103325587	27	3.5	28	88	2	124	27	13	26	31	1.94
103325519--103325602	27	3.0	27	87	5	96	30	11	23	33	1.91
103355757--103355804	25	1.9	25	95	0	87	39	27	4	29	1.75
103361874--103361926	20	2.6	21	76	8	56	11	35	22	30	1.89
103367518--103367561	22	1.9	24	90	9	74	22	20	0	56	1.42
103370019--103370067	13	3.7	13	78	5	53	71	0	6	22	1.08
103374484--103374517	11	3.2	11	95	4	61	61	17	0	20	1.34
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
103374815--103374855	19	2.2	19	86	8	57	12	2	2	82	0.86
103376618--103376690	14	5.2	14	77	0	74	24	15	8	52	1.70
103378584--103378624	20	2.0	20	100	0	82	19	24	9	46	1.80
103379134--103379158	13	1.9	13	100	0	50	0	28	0	72	0.86
103385543--103385575	13	2.6	13	90	4	50	39	0	12	48	1.40
103386168--103386224	30	1.9	30	89	7	89	24	29	24	21	1.99
103393943--103393979	17	2.2	17	90	0	56	21	18	16	43	1.88
103397405--103397450	17	2.7	18	73	13	51	39	17	0	43	1.49
103397752--103397776	13	1.9	13	100	0	50	0	28	0	72	0.86
103405315--103405352	19	2.0	20	85	10	53	34	18	13	34	1.89
103405369--103405402	17	2.0	17	94	0	59	50	2	0	47	1.16
103406207--103406280	29	2.5	29	86	4	94	51	14	12	21	1.75
103407942--103407981	21	2.0	21	85	5	55	42	2	2	52	1.28
103409971--103410013	23	1.9	23	90	4	70	62	6	6	23	1.45
103410308--103410403	27	3.5	28	73	13	83	59	2	10	28	1.42
103410405--103410496	22	4.3	22	78	14	79	61	2	6	29	1.32
103410432--103410496	22	2.8	23	86	11	80	60	1	9	29	1.37
103410398--103410543	45	3.2	44	72	14	107	60	4	6	28	1.41
103410405--103410543	23	6.2	22	73	15	97	60	3	7	28	1.40
103412128--103412373	45	5.5	45	75	8	171	26	19	18	34	1.95
103417737--103417779	21	2.0	22	82	13	54	37	30	11	20	1.89
103420064--103420114	5	9.8	5	76	16	50	13	0	3	82	0.81
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
103420057--103420109	10	4.6	12	76	23	51	13	0	3	83	0.79
103420057--103420115	23	2.6	23	83	5	75	13	0	3	83	0.78
103420063--103420109	11	4.3	11	84	10	60	12	0	4	82	0.80
103420063--103420115	27	2.0	27	88	7	81	13	0	3	83	0.79
103424032--103424096	33	2.0	33	93	0	112	36	12	33	16	1.87
103429456--103429607	43	3.7	40	82	11	180	32	29	15	21	1.95
103433829--103433876	7	6.7	7	97	2	87	27	0	0	72	0.84
103434817--103434868	14	3.7	14	78	0	59	50	30	0	19	1.48
103435122--103435239	40	3.0	40	84	2	157	26	22	20	31	1.98
103435932--103436098	83	2.0	84	86	5	232	22	16	32	29	1.95
103439795--103439837	23	1.9	23	90	4	70	62	6	6	23	1.45
103440228--103440395	22	7.2	22	73	16	117	61	4	5	28	1.38
103440283--103440395	26	4.6	26	78	14	98	61	5	5	27	1.39
103443908--103444081	46	3.8	46	76	12	194	31	27	18	22	1.97
103443915--103444085	93	1.8	93	92	2	290	30	28	19	22	1.98
103450492--103450612	42	2.9	42	76	4	120	26	22	25	25	2.00
103451809--103451882	37	2.0	37	89	0	112	36	21	18	22	1.95
103452109--103452138	13	2.4	13	94	5	53	76	3	6	13	1.11
103452688--103452749	21	3.0	20	77	11	61	16	4	3	75	1.10
103452739--103452784	22	2.1	21	84	4	56	2	8	8	80	0.99
103454725--103454983	41	6.4	41	88	1	369	35	23	22	18	1.96
103454725--103454983	81	3.2	82	86	1	378	35	23	22	18	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
103454725--103454983	122	2.1	122	89	1	394	35	23	22	18	1.96
103455141--103455180	14	2.9	14	88	0	53	30	0	22	47	1.52
103456017--103456048	15	2.1	15	94	0	55	59	0	9	31	1.29
103456020--103456087	24	2.8	24	76	10	75	57	0	4	38	1.19
103457636--103457678	18	2.4	17	84	7	59	23	6	27	41	1.80
103459466--103459717	133	1.9	133	98	0	486	19	10	18	51	1.74
103467502--103467545	21	2.1	21	95	0	79	22	20	54	2	1.56
103467847--103468243	85	4.7	85	81	3	368	26	19	23	30	1.98
103467846--103468244	43	9.4	42	83	3	352	26	19	23	30	1.98
103468022--103468245	42	5.3	41	78	5	180	21	20	25	33	1.97
103472687--103472723	6	6.2	6	100	0	74	67	0	16	16	1.23
103481969--103482033	32	2.0	32	100	0	130	40	9	18	32	1.82
103491927--103491958	14	2.3	14	100	0	64	6	56	0	37	1.25
103492024--103492050	6	4.5	6	100	0	54	0	14	0	85	0.61
103494734--103494781	11	4.2	11	76	10	51	54	2	4	39	1.32
103499399--103499811	46	9.0	46	93	1	621	39	14	23	22	1.91
103500097--103500129	17	2.0	17	94	5	59	48	0	15	36	1.45
103501093--103501150	26	2.2	26	93	0	98	44	13	3	37	1.61
103508201--103508225	13	1.9	13	100	0	50	28	48	16	8	1.74
103514325--103514385	19	3.3	19	93	6	108	37	16	8	37	1.78
103514505--103514547	23	1.9	22	85	4	59	13	2	13	69	1.28
103514746--103514902	43	3.6	42	75	12	149	24	16	26	31	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
103517598--103517628	14	2.2	14	94	0	53	9	25	32	32	1.88
103517669--103517713	22	2.0	22	83	8	56	57	0	4	37	1.19
103523330--103523386	27	2.1	27	80	6	62	70	1	8	19	1.23
103527219--103527267	18	2.8	18	81	3	55	51	2	20	26	1.59
103528357--103528420	30	2.1	30	82	5	76	20	20	29	29	1.97
103529437--103529461	13	1.9	13	100	0	50	40	8	12	40	1.72
103533323--103533368	21	2.2	21	88	0	65	41	4	2	52	1.33
103536976--103537006	15	2.1	15	93	0	53	51	0	6	41	1.27
103537907--103537933	4	6.8	4	100	0	54	25	22	0	51	1.48
103538272--103538344	19	3.8	19	80	8	69	49	0	26	24	1.51
103552158--103552222	19	3.2	21	68	12	64	15	24	18	41	1.89
103552140--103552223	39	2.2	39	93	0	141	15	25	20	39	1.91
103552147--103552210	19	3.3	19	68	12	58	15	25	21	37	1.93
103552691--103552716	12	2.2	12	100	0	52	46	15	7	30	1.74
103557145--103557408	46	5.8	45	78	7	246	26	20	29	23	1.99
103557145--103557409	94	2.9	92	83	3	293	26	20	29	23	1.99
103557145--103557405	140	1.9	138	83	9	345	26	20	29	23	1.99
103558979--103559018	20	2.0	20	100	0	80	35	5	30	30	1.79
103566656--103566685	10	3.0	10	100	0	60	20	10	30	40	1.85
103570652--103570774	43	2.9	43	83	6	144	17	21	31	29	1.96
103574168--103574222	5	10.8	5	78	18	60	76	5	16	1	1.06
103574206--103574244	20	1.9	20	89	5	60	71	2	25	0	0.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
103574269--103574293	8	3.1	8	100	0	50	36	12	12	40	1.79
103575116--103575226	37	2.8	39	76	14	111	25	18	19	36	1.94
103575132--103575255	40	3.2	40	77	8	146	25	18	20	35	1.95
103578437--103578480	18	2.4	19	85	11	56	34	4	2	59	1.30
103578438--103578506	27	2.5	28	86	9	90	34	5	1	57	1.31
103578464--103578513	18	2.8	18	77	19	59	36	4	0	60	1.16
103578464--103578522	9	6.6	9	79	16	52	35	3	1	59	1.24
103578565--103578607	15	2.8	16	82	7	61	20	0	9	69	1.15
103578596--103578647	21	2.5	20	78	3	59	26	1	3	67	1.18
103579755--103579795	19	2.1	19	86	4	55	21	19	2	56	1.54

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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