genome.fa.s6.2.7.7.80.10.50.1000.69.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A06
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  115140250

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21901695--21901883	80	2.3	84	89	7	289	29	23	16	30	1.96
21901812--21901941	48	2.7	47	83	4	172	30	23	16	30	1.96
21903618--21903678	27	2.3	27	80	5	70	40	18	14	26	1.89
21911455--21911505	25	2.0	25	100	0	102	27	19	3	49	1.66
21916060--21916108	25	2.0	25	91	0	80	63	14	4	18	1.46
21917440--21917536	26	3.8	26	75	11	83	34	19	9	37	1.84
21919425--21919465	20	2.0	20	95	0	73	29	26	4	39	1.77
21921079--21921129	26	1.9	27	84	4	68	25	3	0	70	1.04
21921145--21921209	18	3.5	19	79	8	71	43	1	3	52	1.26
21921148--21921207	20	3.2	19	83	6	68	38	1	3	56	1.26
21922834--21922892	21	2.8	21	67	23	52	59	0	3	37	1.14
21923006--21923043	8	4.4	9	83	9	53	26	0	2	71	1.00
21923600--21923629	14	2.1	14	93	0	51	30	0	3	66	1.07
21924967--21925056	44	2.0	44	85	4	119	50	4	8	36	1.54
21925024--21925057	18	1.9	18	88	5	52	55	5	2	35	1.39
21926123--21926160	11	3.7	10	83	16	51	28	28	10	31	1.90
21929757--21929978	40	5.6	40	88	3	306	27	27	21	23	1.99
21929757--21929978	81	2.8	80	88	4	315	27	27	21	23	1.99
21931368--21931410	14	3.1	14	80	6	52	58	9	2	30	1.42
21931368--21931406	13	2.9	13	84	3	51	58	10	2	28	1.44
21934688--21934766	37	2.1	37	90	0	122	25	31	18	24	1.98
21934885--21935360	47	10.1	47	92	0	682	27	30	9	31	1.89
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21941809--21942051	41	6.0	41	85	3	278	18	21	23	37	1.95
21943487--21943664	52	3.5	51	87	6	247	27	16	29	26	1.97
21967805--21967961	73	2.1	73	79	3	170	21	26	24	26	1.99
21980911--21981185	48	5.8	48	75	11	210	26	14	23	34	1.94
21980949--21981151	102	2.0	101	83	3	259	27	14	22	36	1.92
21981058--21981185	44	2.9	44	79	4	141	25	16	25	32	1.96
21982642--21982907	46	5.7	46	74	15	242	24	20	25	28	1.99
21982688--21982856	47	3.6	47	79	10	211	25	20	25	28	1.99
21982639--21982902	93	2.8	93	93	0	456	24	20	26	28	1.99
21988249--21988467	46	4.7	46	84	9	302	21	21	27	29	1.99
21990583--21990623	20	2.0	20	100	0	82	24	0	24	51	1.49
21992616--21992870	39	6.5	39	91	1	395	29	29	22	19	1.98
22005647--22005695	21	2.4	20	75	3	53	73	6	2	18	1.14
22008427--22008467	17	2.4	17	95	0	73	26	17	24	31	1.97
22015228--22015311	41	2.0	42	95	2	152	32	17	1	48	1.55
22023432--22023495	31	2.1	31	96	0	119	25	15	23	35	1.94
22026818--22026902	43	2.0	43	95	0	152	49	2	22	25	1.62
22028248--22028285	20	2.0	20	89	5	60	28	10	5	55	1.56
22030780--22030807	12	2.3	12	100	0	56	64	0	0	35	0.94
22031217--22031264	21	2.3	21	81	0	60	37	4	6	52	1.46
22037577--22037703	49	2.6	49	79	3	148	21	29	21	28	1.98
22037721--22037867	46	3.1	47	76	13	151	21	26	19	32	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22039120--22039170	27	2.0	26	85	14	70	66	0	17	15	1.25
22042452--22042562	47	2.4	47	78	6	127	36	22	14	27	1.93
22043325--22043353	4	7.2	4	100	0	58	0	24	0	75	0.80
22045121--22045150	11	2.6	11	94	5	51	10	6	3	80	1.01
22045542--22045574	17	1.9	17	93	0	57	57	0	12	30	1.35
22048932--22049085	28	5.5	28	95	0	229	32	28	12	26	1.92
22054184--22054456	47	5.8	46	82	5	275	29	19	28	22	1.98
22054193--22054447	140	1.8	141	82	5	329	29	19	28	23	1.98
22064993--22065259	94	2.8	94	78	8	233	28	17	28	25	1.97
22065047--22065255	46	4.4	45	75	13	154	28	17	27	26	1.97
22068479--22069702	293	4.2	292	89	0	1766	41	14	18	26	1.88
22068479--22069708	586	2.1	585	90	0	1951	41	13	18	26	1.88
22071001--22071061	24	2.7	22	78	9	77	27	19	11	40	1.86
22071018--22071065	24	2.0	25	91	4	80	31	18	12	37	1.88
22076791--22077014	47	4.8	46	75	10	177	23	28	18	29	1.98
22076791--22077015	94	2.4	93	82	5	256	24	28	18	29	1.98
22081818--22082035	47	4.6	46	74	10	165	24	27	17	29	1.98
22081819--22082042	94	2.4	93	84	3	270	24	28	17	29	1.97
22086438--22086564	23	5.4	23	77	13	116	28	23	17	30	1.97
22086430--22086584	46	3.3	45	79	15	145	28	24	18	28	1.98
22091396--22091440	23	2.0	23	86	8	65	17	0	33	48	1.48
22097459--22097528	31	2.4	30	83	9	83	37	10	11	41	1.75
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22098618--22098652	2	17.5	2	100	0	70	51	0	0	48	1.00
22098664--22098771	51	2.1	52	96	1	200	38	7	12	40	1.72
22098826--22098877	20	2.5	20	84	12	61	38	11	0	50	1.39
22099029--22099062	18	1.9	18	88	5	52	23	0	0	76	0.79
22101384--22101411	14	2.0	14	100	0	56	42	14	21	21	1.88
22121399--22121511	36	3.1	36	79	15	126	39	0	5	54	1.23
22121399--22121471	11	6.6	11	72	20	55	39	0	2	57	1.13
22135511--22135537	14	1.9	14	100	0	54	59	3	14	22	1.51
22135759--22135800	20	2.1	20	86	8	59	69	4	0	26	1.08
22135756--22135816	23	2.7	23	79	5	70	72	3	0	24	1.00
22144294--22144335	17	2.5	17	88	3	59	30	2	4	61	1.29
22145564--22145605	20	2.1	20	95	0	75	47	19	4	28	1.69
22152222--22152302	37	2.2	37	88	0	117	25	30	20	22	1.98
22152432--22152575	48	3.0	46	85	6	171	29	26	9	35	1.87
22152531--22152555	11	2.3	11	100	0	50	32	24	8	36	1.84
22152459--22152577	48	2.5	48	91	0	193	28	26	9	36	1.87
22154299--22154323	11	2.3	11	100	0	50	0	12	0	88	0.53
22156798--22156895	31	3.4	29	73	16	96	52	5	2	40	1.35
22156883--22156919	17	2.2	17	85	4	58	51	0	0	48	1.00
22157275--22157308	17	2.0	17	100	0	68	41	11	23	23	1.87
22158266--22158317	19	2.7	19	84	0	59	57	3	3	34	1.35
22160995--22161041	26	2.0	25	84	16	64	36	14	6	42	1.72
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22161183--22161212	12	2.4	13	94	5	53	40	3	0	56	1.16
22161151--22161281	60	2.2	58	80	9	142	49	3	3	42	1.39
22162977--22163098	46	2.6	48	84	3	158	22	29	18	28	1.98
22165714--22165768	24	2.3	24	96	0	101	27	12	30	29	1.93
22182018--22182053	9	3.9	9	96	3	63	22	0	22	55	1.44
22182169--22182242	24	3.2	24	67	23	68	40	12	17	29	1.86
22182159--22182250	45	2.0	45	89	4	141	38	13	19	29	1.89
22184639--22184679	22	1.9	22	85	5	57	48	0	0	51	1.00
22184904--22184994	27	3.4	27	90	0	137	25	29	25	19	1.99
22185042--22185098	30	1.9	30	89	7	89	68	1	0	29	1.00
22191092--22191136	21	2.2	20	84	8	54	17	24	37	20	1.93
22192028--22192085	20	2.9	20	81	0	71	20	8	3	67	1.33
22192028--22192085	10	5.8	10	79	0	62	20	8	3	67	1.33
22193539--22193638	51	2.0	51	97	0	191	35	16	22	27	1.94
22198141--22198373	43	5.5	43	67	11	167	25	27	18	27	1.98
22198200--22198330	41	3.1	41	67	12	122	25	26	20	26	1.99
22198152--22198386	84	2.8	84	92	0	398	25	28	18	27	1.98
22198173--22198377	42	4.9	41	66	13	121	24	28	19	28	1.98
22200269--22200298	15	2.1	15	93	6	53	36	26	6	30	1.82
22205324--22205352	8	3.8	8	95	4	51	82	0	17	0	0.66
22205947--22205988	12	3.2	13	86	10	50	23	4	7	64	1.38
22205979--22206027	10	4.9	10	89	0	71	22	10	2	65	1.34
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22206743--22206777	18	1.9	18	94	0	61	28	11	2	57	1.48
22207652--22207726	25	3.0	25	84	7	98	32	16	21	30	1.95
22207867--22207957	45	2.0	45	97	0	173	43	15	9	30	1.79
22211759--22211794	17	2.1	17	100	0	72	30	5	25	38	1.78
22218393--22218600	102	2.0	104	95	3	375	45	13	12	28	1.80
22220770--22220795	13	2.0	13	100	0	52	30	0	0	69	0.89
22224811--22224884	38	1.9	38	97	0	139	37	22	1	37	1.63
22225171--22225227	27	2.1	27	81	12	64	42	21	0	36	1.53
22228801--22228979	46	3.8	46	89	7	231	21	30	20	27	1.98
22231568--22231823	41	6.3	41	78	7	211	16	18	27	37	1.93

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
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