Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: Scaffold275
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 1000
Length: 37784
ACGTcount: A:0.33, C:0.16, G:0.18, T:0.33
Found at i:11443 original size:62 final size:64
Alignment explanation
Indices: 11368--11510 Score: 231
Period size: 62 Copynumber: 2.2 Consensus size: 64
11358 GAATCATCAG
11368 CATGT-ACCTAGCTACATTTATCTCTCACGTAGCTCTCTTGTCTACTGGGATACAT-CGT-T-CA
1 CATGTGACCTAGCTACATTTATCTCTCACGTAGCTCTCTTGTCTA-TGGGATACATCCGTATACA
11429 CATGTGACCTAGCTACATTTATCTCTCACGTAGCTCTCTTGTCTATGGGATACATCCCGTATCAC
1 CATGTGACCTAGCTACATTTATCTCTCACGTAGCTCTCTTGTCTATGGGATACAT-CCGTAT-AC
11494 A
64 A
11495 CATGTGACCTAGCTAC
1 CATGTGACCTAGCTAC
11511 TATAGTATCT
Statistics
Matches: 76, Mismatches: 0, Indels: 7
0.92 0.00 0.08
Matches are distributed among these distances:
61 15 0.20
62 39 0.51
63 3 0.04
64 1 0.01
66 18 0.24
ACGTcount: A:0.22, C:0.29, G:0.15, T:0.34
Consensus pattern (64 bp):
CATGTGACCTAGCTACATTTATCTCTCACGTAGCTCTCTTGTCTATGGGATACATCCGTATACA
Found at i:22479 original size:9 final size:9
Alignment explanation
Indices: 22430--22555 Score: 84
Period size: 9 Copynumber: 14.7 Consensus size: 9
22420 TATTACTCAC
*
22430 ATAATTTAT
1 ATAATTCAT
*
22439 GTAATTCAT
1 ATAATTCAT
22448 AT-A-TCAT
1 ATAATTCAT
* *
22455 AAAATCCAT
1 ATAATTCAT
*
22464 GTAATTCAT
1 ATAATTCAT
22473 ATAATTCAT
1 ATAATTCAT
*
22482 GTAATTCAT
1 ATAATTCAT
*
22491 GTAATTCAT
1 ATAATTCAT
*
22500 GTAATTCAT
1 ATAATTCAT
* *
22509 GTAA--CTT
1 ATAATTCAT
22516 ATAATTCAT
1 ATAATTCAT
* *
22525 GTAAATCAT
1 ATAATTCAT
* *
22534 ATAACTCTT
1 ATAATTCAT
22543 AT-A-TCAT
1 ATAATTCAT
22550 ATAATT
1 ATAATT
22556 TTCATAAATC
Statistics
Matches: 92, Mismatches: 19, Indels: 12
0.75 0.15 0.10
Matches are distributed among these distances:
7 15 0.16
8 4 0.04
9 73 0.79
ACGTcount: A:0.40, C:0.12, G:0.06, T:0.43
Consensus pattern (9 bp):
ATAATTCAT
Found at i:22482 original size:18 final size:18
Alignment explanation
Indices: 22437--22537 Score: 93
Period size: 18 Copynumber: 5.8 Consensus size: 18
22427 CACATAATTT
22437 ATGTAATTCATAT-A-TC
1 ATGTAATTCATATAATTC
** * *
22453 ATAAAATCCATGTAATTC
1 ATGTAATTCATATAATTC
* *
22471 ATATAATTCATGTAATTC
1 ATGTAATTCATATAATTC
*
22489 ATGTAATTCATGTAATTC
1 ATGTAATTCATATAATTC
*
22507 ATGTAA--CTTATAATTC
1 ATGTAATTCATATAATTC
*
22523 ATGTAAATCATATAA
1 ATGTAATTCATATAA
22538 CTCTTATATC
Statistics
Matches: 71, Mismatches: 10, Indels: 6
0.82 0.11 0.07
Matches are distributed among these distances:
16 23 0.32
17 1 0.01
18 47 0.66
ACGTcount: A:0.41, C:0.12, G:0.07, T:0.41
Consensus pattern (18 bp):
ATGTAATTCATATAATTC
Found at i:22549 original size:25 final size:25
Alignment explanation
Indices: 22492--22539 Score: 78
Period size: 25 Copynumber: 1.9 Consensus size: 25
22482 GTAATTCATG
* *
22492 TAATTCATGTAATTCATGTAACTTA
1 TAATTCATGTAAATCATATAACTTA
22517 TAATTCATGTAAATCATATAACT
1 TAATTCATGTAAATCATATAACT
22540 CTTATATCAT
Statistics
Matches: 21, Mismatches: 2, Indels: 0
0.91 0.09 0.00
Matches are distributed among these distances:
25 21 1.00
ACGTcount: A:0.40, C:0.12, G:0.06, T:0.42
Consensus pattern (25 bp):
TAATTCATGTAAATCATATAACTTA
Found at i:22553 original size:34 final size:34
Alignment explanation
Indices: 22469--22555 Score: 84
Period size: 34 Copynumber: 2.5 Consensus size: 34
22459 TCCATGTAAT
* * * *
22469 TCATATAATTCATGTAATTCATGTAATTCATGTAAT
1 TCATAT-A-TCATATAATTCATGTAAATCATATAAC
* * *
22505 TCATGTAACTTATAATTCATGTAAATCATATAAC
1 TCATATATCATATAATTCATGTAAATCATATAAC
*
22539 TCTTATATCATATAATT
1 TCATATATCATATAATT
22556 TTCATAAATC
Statistics
Matches: 40, Mismatches: 11, Indels: 2
0.75 0.21 0.04
Matches are distributed among these distances:
34 34 0.85
35 1 0.03
36 5 0.12
ACGTcount: A:0.38, C:0.13, G:0.06, T:0.44
Consensus pattern (34 bp):
TCATATATCATATAATTCATGTAAATCATATAAC
Found at i:22736 original size:23 final size:24
Alignment explanation
Indices: 22710--22768 Score: 79
Period size: 23 Copynumber: 2.5 Consensus size: 24
22700 CTGAGTTGAT
22710 AAACGGTAAGCTCC-GTAA-AGCTG
1 AAACGGTAAGCTCCTG-AAGAGCTG
22733 AAACGGTAAGC-CCTGAAGAGCTG
1 AAACGGTAAGCTCCTGAAGAGCTG
*
22756 AAATGGTAAGCTC
1 AAACGGTAAGCTC
22769 ATACGAGCTA
Statistics
Matches: 32, Mismatches: 1, Indels: 5
0.84 0.03 0.13
Matches are distributed among these distances:
22 4 0.12
23 27 0.84
24 1 0.03
ACGTcount: A:0.36, C:0.20, G:0.27, T:0.17
Consensus pattern (24 bp):
AAACGGTAAGCTCCTGAAGAGCTG
Found at i:30151 original size:92 final size:92
Alignment explanation
Indices: 30045--30292 Score: 408
Period size: 96 Copynumber: 2.7 Consensus size: 92
30035 GTATATTTGA
30045 ATGAATGTGAAAGTGTATATATGTGATAAGGCCTAATGGCCGATATGATGAATGTGAAAGTATAT
1 ATGAATGTGAAAGTGTATATATGTGATAAGGCCTAATGGCCGATATGATGAATGTGAAAGTATAT
30110 ATGTGATAAGGCCGAATGGCCGATGTG
66 ATGTGATAAGGCCGAATGGCCGATGTG
* * *
30137 ATGAATGTGAAAGTGTATATATGTGATAAGGCCGAATGGCCAATGTGATGAATGTGAAAGTGTAT
1 ATGAATGTGAAAGTGTATATATGTGATAAGGCCTAATGGCCGATATGATGAATGTGAAA--G--T
*
30202 ATATATGTGATAAGGCCTAATGGCCGATGTG
62 ATATATGTGATAAGGCCGAATGGCCGATGTG
*
30233 ATGAATGTGAAAGTGTATATATGTGATAAGGCCTAATAGCCGATATGATG-ATGTGAAAGT
1 ATGAATGTGAAAGTGTATATATGTGATAAGGCCTAATGGCCGATATGATGAATGTGAAAGT
30293 GGCCGATATG
Statistics
Matches: 144, Mismatches: 8, Indels: 9
0.89 0.05 0.06
Matches are distributed among these distances:
91 1 0.01
92 56 0.39
93 1 0.01
94 1 0.01
95 8 0.06
96 77 0.53
ACGTcount: A:0.34, C:0.08, G:0.29, T:0.29
Consensus pattern (92 bp):
ATGAATGTGAAAGTGTATATATGTGATAAGGCCTAATGGCCGATATGATGAATGTGAAAGTATAT
ATGTGATAAGGCCGAATGGCCGATGTG
Found at i:30222 original size:141 final size:140
Alignment explanation
Indices: 30045--30619 Score: 636
Period size: 141 Copynumber: 3.9 Consensus size: 140
30035 GTATATTTGA
*
30045 ATGAATGTGAAAGTGTATATATGTGATAAGGCCTAATGGCCGATATGATGAATGTGAAA-GTATA
1 ATGAATGTGAAAGTGTATATATGTGATAAGGCCTAATGGCCGATGTGATGAATGTGAAAGGTATA
*
30109 TATGTGATAAGGCCGAATGGCCGATGTGATGAATGTGAAAGTGTATATATGTGATAAGGCCGAAT
66 TATGTGATAAGGCCGAATAGCCGATGTGATGAATGTGAAAGTGTATATATGTGATAAGGCCGAAT
30174 GGCCAATGTG
131 GGCCAATGTG
30184 ATGAATGTGAAAGTGTATATATATGTGATAAGGCCTAATGGCCGATGTGATGAATGTGAAAGTGT
1 ATGAATGTGAAAGTG--TATATATGTGATAAGGCCTAATGGCCGATGTGATGAATGTGAAAG-GT
* *
30249 ATATATGTGATAAGGCCTAATAGCCGATATGATG-ATGTGAAAGTGGCCGATATGATGAATGTGA
63 ATATATGTGATAAGGCCGAATAGCCGATGTGATGAATGTGAAAGT----G-TAT-AT--ATGTGA
*** ** * *
30313 -AAGTGTATATATGTGATAAGGCCG
120 TAAG-GCCGA-ATG-GCCAATG-TG
*
30337 AATGGCCAATGTTATGAATGTGAAAGTGTATATATGTGATAAGGCCTAATGGCCGATGTGATGAA
1 -AT-G--AATG---TGAAAGT------GTATATATGTGATAAGGCCTAATGGCCGATGTGATGAA
*
30402 TGTGAAAGTGTATATATGTGATAAGGCCTAATAGCCGATGTGATGAATGTGAAAGTGTATATATG
53 TGTGAAAG-GTATATATGTGATAAGGCCGAATAGCCGATGTGATGAATGTGAAAGTGTATATATG
* *
30467 TGATAAGGCCTAATGGCCGATGTG
117 TGATAAGGCCGAATGGCCAATGTG
30491 ATGAATGTGAAAGTGTATATATGTGATAAGGCCTAATGGCCGATGTGATGAATGTGAAAGTGT-T
1 ATGAATGTGAAAGTGTATATATGTGATAAGGCCTAATGGCCGATGTGATGAATGTGAAAG-GTAT
* * * * * * * * *
30555 ATATGTGACAGGGCCGAGTGGCCAACGTGATGGATGTGAAAGTGTATAAATGTGATAAGTCCGAA
65 ATATGTGATAAGGCCGAATAGCCGATGTGATGAATGTGAAAGTGTATATATGTGATAAGGCCGAA
30620 GGGCATTTGT
Statistics
Matches: 373, Mismatches: 32, Indels: 61
0.80 0.07 0.13
Matches are distributed among these distances:
139 15 0.04
140 55 0.15
141 92 0.25
142 10 0.03
143 33 0.09
146 1 0.00
147 9 0.02
148 2 0.01
149 3 0.01
150 12 0.03
151 3 0.01
152 5 0.01
153 3 0.01
154 3 0.01
155 4 0.01
156 3 0.01
157 13 0.03
158 3 0.01
159 2 0.01
160 9 0.02
161 1 0.00
164 81 0.22
165 10 0.03
166 1 0.00
ACGTcount: A:0.33, C:0.09, G:0.29, T:0.29
Consensus pattern (140 bp):
ATGAATGTGAAAGTGTATATATGTGATAAGGCCTAATGGCCGATGTGATGAATGTGAAAGGTATA
TATGTGATAAGGCCGAATAGCCGATGTGATGAATGTGAAAGTGTATATATGTGATAAGGCCGAAT
GGCCAATGTG
Found at i:30298 original size:23 final size:24
Alignment explanation
Indices: 30271--30317 Score: 87
Period size: 23 Copynumber: 2.0 Consensus size: 24
30261 AGGCCTAATA
30271 GCCGATATGATG-ATGTGAAAGTG
1 GCCGATATGATGAATGTGAAAGTG
30294 GCCGATATGATGAATGTGAAAGTG
1 GCCGATATGATGAATGTGAAAGTG
30318 TATATATGTG
Statistics
Matches: 23, Mismatches: 0, Indels: 1
0.96 0.00 0.04
Matches are distributed among these distances:
23 12 0.52
24 11 0.48
ACGTcount: A:0.32, C:0.09, G:0.34, T:0.26
Consensus pattern (24 bp):
GCCGATATGATGAATGTGAAAGTG
Found at i:30302 original size:47 final size:47
Alignment explanation
Indices: 30045--30293 Score: 405
Period size: 47 Copynumber: 5.3 Consensus size: 47
30035 GTATATTTGA
*
30045 ATGAATGTGAAAGTGTATATATGTGATAAGGCCTAATGGCCGATATG
1 ATGAATGTGAAAGTGTATATATGTGATAAGGCCTAATGGCCGATGTG
*
30092 ATGAATGTGAAA--GTATATATGTGATAAGGCCGAATGGCCGATGTG
1 ATGAATGTGAAAGTGTATATATGTGATAAGGCCTAATGGCCGATGTG
* *
30137 ATGAATGTGAAAGTGTATATATGTGATAAGGCCGAATGGCCAATGTG
1 ATGAATGTGAAAGTGTATATATGTGATAAGGCCTAATGGCCGATGTG
30184 ATGAATGTGAAAGTGTATATATATGTGATAAGGCCTAATGGCCGATGTG
1 ATGAATGTGAAAGTG--TATATATGTGATAAGGCCTAATGGCCGATGTG
* *
30233 ATGAATGTGAAAGTGTATATATGTGATAAGGCCTAATAGCCGATATG
1 ATGAATGTGAAAGTGTATATATGTGATAAGGCCTAATGGCCGATGTG
30280 ATG-ATGTGAAAGTG
1 ATGAATGTGAAAGTG
30294 GCCGATATGA
Statistics
Matches: 191, Mismatches: 7, Indels: 9
0.92 0.03 0.04
Matches are distributed among these distances:
45 43 0.23
46 11 0.06
47 92 0.48
49 45 0.24
ACGTcount: A:0.34, C:0.08, G:0.29, T:0.29
Consensus pattern (47 bp):
ATGAATGTGAAAGTGTATATATGTGATAAGGCCTAATGGCCGATGTG
Found at i:30305 original size:70 final size:71
Alignment explanation
Indices: 30222--30364 Score: 225
Period size: 70 Copynumber: 2.0 Consensus size: 71
30212 TAAGGCCTAA
* * *
30222 TGGCCGATGTGATGAATGTGAAAGTGTATATATGTGATAAGGCCTAATAGCCGATATGATG-ATG
1 TGGCCGATATGATGAATGTGAAAGTGTATATATGTGATAAGGCCGAATAGCCAATATGATGAATG
30286 TGAAAG
66 TGAAAG
* * *
30292 TGGCCGATATGATGAATGTGAAAGTGTATATATGTGATAAGGCCGAATGGCCAATGTTATGAATG
1 TGGCCGATATGATGAATGTGAAAGTGTATATATGTGATAAGGCCGAATAGCCAATATGATGAATG
30357 TGAAAG
66 TGAAAG
30363 TG
1 TG
30365 TATATATGTG
Statistics
Matches: 66, Mismatches: 6, Indels: 1
0.90 0.08 0.01
Matches are distributed among these distances:
70 55 0.83
71 11 0.17
ACGTcount: A:0.33, C:0.08, G:0.30, T:0.29
Consensus pattern (71 bp):
TGGCCGATATGATGAATGTGAAAGTGTATATATGTGATAAGGCCGAATAGCCAATATGATGAATG
TGAAAG
Found at i:30307 original size:166 final size:165
Alignment explanation
Indices: 30126--30458 Score: 614
Period size: 164 Copynumber: 2.0 Consensus size: 165
30116 TAAGGCCGAA
*
30126 TGGCCGATGTGATGAATGTGAAAGTGTATATATGTGATAAGGCCGAATGGCCAATGTGATGAATG
1 TGGCCGATATGATGAATGTGAAAGTGTATATATGTGATAAGGCCGAATGGCCAATGTGATGAATG
30191 TGAAAGTGTATATATATGTGATAAGGCCTAATGGCCGATGTGATGAATGTGAAAGTGTATATATG
66 TGAAAGTG--TATATATGTGATAAGGCCTAATGGCCGATGTGATGAATGTGAAAGTGTATATATG
30256 TGATAAGGCCTAATAGCCGATATGATG-ATGTGAAAG
129 TGATAAGGCCTAATAGCCGATATGATGAATGTGAAAG
*
30292 TGGCCGATATGATGAATGTGAAAGTGTATATATGTGATAAGGCCGAATGGCCAATGTTATGAATG
1 TGGCCGATATGATGAATGTGAAAGTGTATATATGTGATAAGGCCGAATGGCCAATGTGATGAATG
30357 TGAAAGTGTATATATGTGATAAGGCCTAATGGCCGATGTGATGAATGTGAAAGTGTATATATGTG
66 TGAAAGTGTATATATGTGATAAGGCCTAATGGCCGATGTGATGAATGTGAAAGTGTATATATGTG
*
30422 ATAAGGCCTAATAGCCGATGTGATGAATGTGAAAG
131 ATAAGGCCTAATAGCCGATATGATGAATGTGAAAG
30457 TG
1 TG
30459 TATATATGTG
Statistics
Matches: 163, Mismatches: 3, Indels: 3
0.96 0.02 0.02
Matches are distributed among these distances:
164 81 0.50
165 11 0.07
166 71 0.44
ACGTcount: A:0.33, C:0.08, G:0.29, T:0.29
Consensus pattern (165 bp):
TGGCCGATATGATGAATGTGAAAGTGTATATATGTGATAAGGCCGAATGGCCAATGTGATGAATG
TGAAAGTGTATATATGTGATAAGGCCTAATGGCCGATGTGATGAATGTGAAAGTGTATATATGTG
ATAAGGCCTAATAGCCGATATGATGAATGTGAAAG
Found at i:30343 original size:47 final size:47
Alignment explanation
Indices: 30292--30613 Score: 520
Period size: 47 Copynumber: 6.9 Consensus size: 47
30282 GATGTGAAAG
* *
30292 TGGCCGATATGATGAATGTGAAAGTGTATATATGTGATAAGGCCGAA
1 TGGCCGATGTGATGAATGTGAAAGTGTATATATGTGATAAGGCCTAA
* *
30339 TGGCCAATGTTATGAATGTGAAAGTGTATATATGTGATAAGGCCTAA
1 TGGCCGATGTGATGAATGTGAAAGTGTATATATGTGATAAGGCCTAA
30386 TGGCCGATGTGATGAATGTGAAAGTGTATATATGTGATAAGGCCTAA
1 TGGCCGATGTGATGAATGTGAAAGTGTATATATGTGATAAGGCCTAA
*
30433 TAGCCGATGTGATGAATGTGAAAGTGTATATATGTGATAAGGCCTAA
1 TGGCCGATGTGATGAATGTGAAAGTGTATATATGTGATAAGGCCTAA
30480 TGGCCGATGTGATGAATGTGAAAGTGTATATATGTGATAAGGCCTAA
1 TGGCCGATGTGATGAATGTGAAAGTGTATATATGTGATAAGGCCTAA
* * * *
30527 TGGCCGATGTGATGAATGTGAAAGTGT-TATATGTGACAGGGCCGAG
1 TGGCCGATGTGATGAATGTGAAAGTGTATATATGTGATAAGGCCTAA
* * * *
30573 TGGCCAACGTGATGGATGTGAAAGTGTATAAATGTGATAAG
1 TGGCCGATGTGATGAATGTGAAAGTGTATATATGTGATAAG
30614 TCCGAAGGGC
Statistics
Matches: 256, Mismatches: 18, Indels: 2
0.93 0.07 0.01
Matches are distributed among these distances:
46 39 0.15
47 217 0.85
ACGTcount: A:0.32, C:0.09, G:0.30, T:0.29
Consensus pattern (47 bp):
TGGCCGATGTGATGAATGTGAAAGTGTATATATGTGATAAGGCCTAA
Found at i:30354 original size:117 final size:119
Alignment explanation
Indices: 30173--30411 Score: 392
Period size: 117 Copynumber: 2.0 Consensus size: 119
30163 TAAGGCCGAA
* * *
30173 TGGCCAATGTGATGAATGTGAAAGTGTATATATATGTGATAAGGCCTAATGGCCGATGTGATGAA
1 TGGCCAATATGATGAATGTGAAAGTG-ATATATATGTGATAAGGCCGAATGGCCAATGTGATGAA
30238 TGTGAAAGTGTATATATGTGATAAGGCCTAATAGCCGATATGATG-ATGTGAAAG
65 TGTGAAAGTGTATATATGTGATAAGGCCTAATAGCCGATATGATGAATGTGAAAG
* *
30292 TGGCCGATATGATGAATGTGAAAGTG-TATATATGTGATAAGGCCGAATGGCCAATGTTATGAAT
1 TGGCCAATATGATGAATGTGAAAGTGATATATATGTGATAAGGCCGAATGGCCAATGTGATGAAT
* *
30356 GTGAAAGTGTATATATGTGATAAGGCCTAATGGCCGATGTGATGAATGTGAAAG
66 GTGAAAGTGTATATATGTGATAAGGCCTAATAGCCGATATGATGAATGTGAAAG
30410 TG
1 TG
30412 TATATATGTG
Statistics
Matches: 112, Mismatches: 7, Indels: 3
0.92 0.06 0.02
Matches are distributed among these distances:
117 77 0.69
118 11 0.10
119 24 0.21
ACGTcount: A:0.33, C:0.08, G:0.29, T:0.29
Consensus pattern (119 bp):
TGGCCAATATGATGAATGTGAAAGTGATATATATGTGATAAGGCCGAATGGCCAATGTGATGAAT
GTGAAAGTGTATATATGTGATAAGGCCTAATAGCCGATATGATGAATGTGAAAG
Found at i:30449 original size:211 final size:211
Alignment explanation
Indices: 30081--30505 Score: 746
Period size: 211 Copynumber: 2.0 Consensus size: 211
30071 TAAGGCCTAA
*
30081 TGGCCGATATGATGAATGTGAAAGTATATATGTGATAAGGCCGAATGGCCGATGTGATGAATGTG
1 TGGCCGATATGATGAATGTGAAAGTATATATGTGATAAGGCCGAATGGCCAATGTGATGAATGTG
30146 AAAGTGTATATATGTGATAAGGCCGAATGGCCAATGTGATGAATGTGAAAGTGTATATATATGTG
66 AAAGTGTATATATGTGATAAGGCCGAATGGCCAATGTGATGAATGTGAAAGTG-ATATATATGTG
*
30211 ATAAGGCCTAATGGCCGATGTGATGAATGTGAAAGTGTATATATGTGATAAGGCCTAATAGCCGA
130 ATAAGGCCTAATAGCCGATGTGATGAATGTGAAAGTGTATATATGTGATAAGGCCTAATAGCCGA
30276 TATGATG-ATGTGAAAG
195 TATGATGAATGTGAAAG
*
30292 TGGCCGATATGATGAATGTGAAAGTGTATATATGTGATAAGGCCGAATGGCCAATGTTATGAATG
1 TGGCCGATATGATGAATGTGAAA--GTATATATGTGATAAGGCCGAATGGCCAATGTGATGAATG
* *
30357 TGAAAGTGTATATATGTGATAAGGCCTAATGGCCGATGTGATGAATGTGAAAGTG-TATATATGT
64 TGAAAGTGTATATATGTGATAAGGCCGAATGGCCAATGTGATGAATGTGAAAGTGATATATATGT
*
30421 GATAAGGCCTAATAGCCGATGTGATGAATGTGAAAGTGTATATATGTGATAAGGCCTAATGGCCG
129 GATAAGGCCTAATAGCCGATGTGATGAATGTGAAAGTGTATATATGTGATAAGGCCTAATAGCCG
*
30486 ATGTGATGAATGTGAAAG
194 ATATGATGAATGTGAAAG
30504 TG
1 TG
30506 TATATATGTG
Statistics
Matches: 204, Mismatches: 7, Indels: 5
0.94 0.03 0.02
Matches are distributed among these distances:
211 102 0.50
212 11 0.05
213 91 0.45
ACGTcount: A:0.33, C:0.08, G:0.29, T:0.29
Consensus pattern (211 bp):
TGGCCGATATGATGAATGTGAAAGTATATATGTGATAAGGCCGAATGGCCAATGTGATGAATGTG
AAAGTGTATATATGTGATAAGGCCGAATGGCCAATGTGATGAATGTGAAAGTGATATATATGTGA
TAAGGCCTAATAGCCGATGTGATGAATGTGAAAGTGTATATATGTGATAAGGCCTAATAGCCGAT
ATGATGAATGTGAAAG
Found at i:32079 original size:39 final size:39
Alignment explanation
Indices: 32020--32355 Score: 532
Period size: 39 Copynumber: 8.6 Consensus size: 39
32010 GAGAATTGAG
32020 AGTGATATAT-CGGGCTAAGTCCGAGGAGCATTCGTGCT
1 AGTGATATATCCGGGCTAAGTCCGAGGAGCATTCGTGCT
32058 AGTGATATATCCGGGCTAAGTCCGAGGAGCATTCGTGCT
1 AGTGATATATCCGGGCTAAGTCCGAGGAGCATTCGTGCT
*
32097 AGTGATATATCCGGGCTAAGTCCCAAGGAGCATTCGTGCT
1 AGTGATATATCCGGGCTAAGT-CCGAGGAGCATTCGTGCT
32137 AGTGATATATCCGGGCTAAGTCCGAGGAGCATTCGTGCT
1 AGTGATATATCCGGGCTAAGTCCGAGGAGCATTCGTGCT
32176 AGTG-TATATCCGGGCTAAGTCCGAGGAGCATTCGTGCT
1 AGTGATATATCCGGGCTAAGTCCGAGGAGCATTCGTGCT
32214 AGTGATATATCCGGGCTAAGTCCCGAGGAGCATTCGTGCT
1 AGTGATATATCCGGGCTAAGT-CCGAGGAGCATTCGTGCT
* *
32254 AGTGATGTATCCGGGCTAAGTTCCGAAGAGCATTCGTGCT
1 AGTGATATATCCGGGCTAAG-TCCGAGGAGCATTCGTGCT
* ** * *
32294 AGTGATATATCCGTGCTAAACCCAAAGAGCATTCGTGCT
1 AGTGATATATCCGGGCTAAGTCCGAGGAGCATTCGTGCT
* * *
32333 GGTGTTATATCCGGGCTAGGTCC
1 AGTGATATATCCGGGCTAAGTCC
32356 CAAAGAGTAA
Statistics
Matches: 278, Mismatches: 15, Indels: 9
0.92 0.05 0.03
Matches are distributed among these distances:
38 48 0.17
39 120 0.43
40 109 0.39
41 1 0.00
ACGTcount: A:0.23, C:0.21, G:0.29, T:0.26
Consensus pattern (39 bp):
AGTGATATATCCGGGCTAAGTCCGAGGAGCATTCGTGCT
Found at i:36266 original size:49 final size:47
Alignment explanation
Indices: 36202--36375 Score: 167
Period size: 49 Copynumber: 3.6 Consensus size: 47
36192 AGTTATTTGA
*
36202 ATGAATGTGAAAGTGTAATATATGCGATAAGGCCTAAATGGCTGATAG
1 ATGAATGTGAAAGTGTAATATATGTGATAAGGCCT-AATGGCTGATAG
* * * *
36250 ATGAAATTTGAAAGTGTAATATTTGTGATAAGGCCGAATGGCCAATGCT-G
1 ATG-AATGTGAAAGTGTAATATATGTGATAAGGCCTAATGG-C--TGATAG
* *
36300 ATGAATGTGAAAGTGT-ATATATGTGATAAGTCCTAATGGCCGATATG
1 ATGAATGTGAAAGTGTAATATATGTGATAAGGCCTAATGGCTGATA-G
36347 -TGAATAGTGTGAAAGTGGT-ATATATGTGA
1 ATG-A-A-TGTGAAAGT-GTAATATATGTGA
36376 CCTAATGCCG
Statistics
Matches: 105, Mismatches: 11, Indels: 18
0.78 0.08 0.13
Matches are distributed among these distances:
45 2 0.02
46 2 0.02
47 3 0.03
48 29 0.28
49 50 0.48
50 16 0.15
51 3 0.03
ACGTcount: A:0.35, C:0.07, G:0.27, T:0.30
Consensus pattern (47 bp):
ATGAATGTGAAAGTGTAATATATGTGATAAGGCCTAATGGCTGATAG
Found at i:36328 original size:48 final size:47
Alignment explanation
Indices: 36202--36868 Score: 383
Period size: 48 Copynumber: 13.6 Consensus size: 47
36192 AGTTATTTGA
* ** *
36202 ATGAATGTGAAAGTGTAATATATGCGATAAGGCCTAAATGGCTGAT-AG
1 ATGAATGTGAAAGTGT-ATATATGTGATAAGGCCT-AATGGCCAATGTG
* * *
36250 ATGAAATTTGAAAGTGTAATATTTGTGATAAGGCCGAATGGCCAATGCTG
1 ATG-AATGTGAAAGTGT-ATATATGTGATAAGGCCTAATGGCCAATG-TG
*
36300 ATGAATGTGAAAGTGTATATATGTGATAAGTCCTAATGGCCGATATGTG
1 ATGAATGTGAAAGTGTATATATGTGATAAGGCCTAATGGCC-A-ATGTG
* * * *
36349 AAT-AGTGTGAAAGTGGTATATATGTGACCTAATGCC-GATTG-C-ATGTGG
1 -ATGAATGTGAAAGT-GTATATATGTGA--TAAGGCCTAATGGCCAATGT-G
* * * * * * *
36397 CAGTGGCATATGATTA-TGTGA-ATA-GTTATATATG--TGATCAGGCGAATGCGCTAATGTG
1 -A-T-GAATGTGA-AAGTGT-ATATATGTGATA-AGGCCTAAT--GGC----C----AATGTG
* *
36455 ATGAATGTGAAAG-GTATATTATGTTATAAGGCCTTAATGGCCGAT-TG
1 ATGAATGTGAAAGTGTATA-TATGTGATAAGGCC-TAATGGCCAATGTG
*
36502 ATGAA-GTGGAAAGTGTATATATGTGATAA-GCCTAATAGCCGATAGTGTG
1 ATGAATGT-GAAAGTGTATATATGTGATAAGGCCTAATGGCC-A-A-TGTG
* *
36551 AAATCGAATGATGAAGAGTGT-TATAT-TGATAA-GCCGAATGGCTAATGT-
1 --AT-GAATG-TGAA-AGTGTATATATGTGATAAGGCCTAATGGCCAATGTG
*
36599 ATGAAAATGTGAAAGTGTATATATATGTGATAAGGCCTAATGG-CGATGTG
1 ATG--AATGTGAAAGTG--TATATATGTGATAAGGCCTAATGGCCAATGTG
* * **
36649 ATGAATTGTGAAAAGTGAATAAATGTGATAAGG-CTAATAGGCC-GCGTGG
1 ATGAA-TGTG-AAAGTGTATATATGTGATAAGGCCTAAT-GGCCAATGT-G
*
36698 ATGAATGTGAAAGTGTATATATTGTGATAAGGCCTAATGGCCGATGTG
1 ATGAATGTGAAAGTGTATATA-TGTGATAAGGCCTAATGGCCAATGTG
*
36746 ATGAATGTGAAAGTGTAATATATGTGATAAGGCCTAATGGCCGATGTG
1 ATGAATGTGAAAGTGT-ATATATGTGATAAGGCCTAATGGCCAATGTG
* * * *
36794 ATG-ATGTGAAAGTGT-TATATGTGA-CAGGCCGAGTGGCCAACGTG
1 ATGAATGTGAAAGTGTATATATGTGATAAGGCCTAATGGCCAATGTG
* *
36838 ATGGATGTGAAAGTGTAATAAATGTGATAAG
1 ATGAATGTGAAAGTGT-ATATATGTGATAAG
36869 TCCCGAAGGC
Statistics
Matches: 495, Mismatches: 55, Indels: 138
0.72 0.08 0.20
Matches are distributed among these distances:
44 18 0.04
45 33 0.07
46 11 0.02
47 71 0.14
48 137 0.28
49 96 0.19
50 45 0.09
51 12 0.02
52 23 0.05
53 10 0.02
54 10 0.02
55 10 0.02
56 10 0.02
57 1 0.00
58 4 0.01
59 4 0.01
ACGTcount: A:0.34, C:0.09, G:0.28, T:0.30
Consensus pattern (47 bp):
ATGAATGTGAAAGTGTATATATGTGATAAGGCCTAATGGCCAATGTG
Found at i:36678 original size:97 final size:95
Alignment explanation
Indices: 36423--36868 Score: 354
Period size: 97 Copynumber: 4.7 Consensus size: 95
36413 TGTGAATAGT
* * ** * *
36423 TATATATGTGATCAGG-CGAATGCGCTAATGTGATGAATGTGAAAG-GT-ATATTATGTTATAAG
1 TATATATGTGATAAGGCCTAATG-GCCGATGTGATGAATGTGAAAGTGTAATA-AATGTGATAA-
*
36485 GCCTTAATGGCCGAT-TGATGAA-GTGGAAAGTG--
63 GCC-TAATGGCCAATGT-ATGAATGT-GAAAGTGTA
* *
36517 TATATATGTGATAA-GCCTAATAGCCGATAGTGTGAAATCGAATGATGAAGAGTGT--TATAT-T
1 TATATATGTGATAAGGCCTAATGGCCG--A-TGTG--AT-GAATG-TGAA-AGTGTAATAAATGT
* *
36578 GATAAGCCGAATGGCTAATGTATGAAAATGTGAAAGTGTA
58 GATAAGCCTAATGGCCAATGTATG--AATGTGAAAGTGTA
36618 TATATATGTGATAAGGCCTAATGG-CGATGTGATGAATTGTGAAAAGTG-AATAAATGTGATAAG
1 TATATATGTGATAAGGCCTAATGGCCGATGTGATGAA-TGTG-AAAGTGTAATAAATGTGATAAG
* ** *
36681 GCTAATAGGCCGCGTGGATGAATGTGAAAGTGTA
64 CCTAAT-GGCC-AATGTATGAATGTGAAAGTGTA
*
36715 TATAT-TGTGATAAGGCCTAATGGCCGATGTGATGAATGTGAAAGTGTAATATATGTGATAAGGC
1 TATATATGTGATAAGGCCTAATGGCCGATGTGATGAATGTGAAAGTGTAATAAATGTGATAA-GC
*
36779 CTAATGGCCGATGTGATG-ATGTGAAAGTG--
65 CTAATGGCCAATGT-ATGAATGTGAAAGTGTA
* * * * * *
36808 T-TATATGTGA-CAGGCCGAGTGGCCAACGTGATGGATGTGAAAGTGTAATAAATGTGATAAG
1 TATATATGTGATAAGGCCTAATGGCCGATGTGATGAATGTGAAAGTGTAATAAATGTGATAAG
36869 TCCCGAAGGC
Statistics
Matches: 294, Mismatches: 29, Indels: 61
0.77 0.08 0.16
Matches are distributed among these distances:
91 1 0.00
92 46 0.16
93 9 0.03
94 17 0.06
95 29 0.10
96 56 0.19
97 59 0.20
98 13 0.04
99 25 0.09
100 9 0.03
101 20 0.07
102 10 0.03
ACGTcount: A:0.34, C:0.08, G:0.29, T:0.29
Consensus pattern (95 bp):
TATATATGTGATAAGGCCTAATGGCCGATGTGATGAATGTGAAAGTGTAATAAATGTGATAAGCC
TAATGGCCAATGTATGAATGTGAAAGTGTA
Found at i:36845 original size:45 final size:47
Alignment explanation
Indices: 36412--36868 Score: 415
Period size: 48 Copynumber: 9.6 Consensus size: 47
36402 GCATATGATT
* * **
36412 ATGTGAATAGT-TATATATGTGATCAGG-CGAATGCGCTAATGTGATGA
1 ATGTGAA-AGTGTATATATGTGATAAGGCCTAATG-GCCGATGTGATGA
*
36459 ATGTGAAAG-GTATATTATGTTATAAGGCCTTAATGGCCGAT-TGATGA
1 ATGTGAAAGTGTATA-TATGTGATAAGGCC-TAATGGCCGATGTGATGA
*
36506 A-GTGGAAAGTGTATATATGTGATAA-GCCTAATAGCCGATAGTGTGAAATCGA
1 ATGT-GAAAGTGTATATATGTGATAAGGCCTAATGGCCG--A-TGTG--AT-GA
* **
36558 ATGATGAAGAGTGT-TATAT-TGATAA-GCCGAATGGCTAATGT-ATGAAA
1 ATG-TGAA-AGTGTATATATGTGATAAGGCCTAATGGCCGATGTGATG--A
36605 ATGTGAAAGTGTATATATATGTGATAAGGCCTAATGG-CGATGTGATGA
1 ATGTGAAAGTG--TATATATGTGATAAGGCCTAATGGCCGATGTGATGA
* * *
36653 ATTGTGAAAAGTGAATAAATGTGATAAGG-CTAATAGGCCG-CGTGGATGA
1 A-TGTG-AAAGTGTATATATGTGATAAGGCCTAAT-GGCCGATGT-GATGA
36702 ATGTGAAAGTGTATATATTGTGATAAGGCCTAATGGCCGATGTGATGA
1 ATGTGAAAGTGTATATA-TGTGATAAGGCCTAATGGCCGATGTGATGA
36750 ATGTGAAAGTGTAATATATGTGATAAGGCCTAATGGCCGATGTGATG-
1 ATGTGAAAGTGT-ATATATGTGATAAGGCCTAATGGCCGATGTGATGA
* * * * * *
36797 ATGTGAAAGTGT-TATATGTGA-CAGGCCGAGTGGCCAACGTGATGG
1 ATGTGAAAGTGTATATATGTGATAAGGCCTAATGGCCGATGTGATGA
*
36842 ATGTGAAAGTGTAATAAATGTGATAAG
1 ATGTGAAAGTGT-ATATATGTGATAAG
36869 TCCCGAAGGC
Statistics
Matches: 346, Mismatches: 27, Indels: 73
0.78 0.06 0.16
Matches are distributed among these distances:
44 18 0.05
45 34 0.10
46 17 0.05
47 79 0.23
48 103 0.30
49 43 0.12
50 18 0.05
51 2 0.01
52 17 0.05
53 9 0.03
54 6 0.02
ACGTcount: A:0.34, C:0.08, G:0.29, T:0.29
Consensus pattern (47 bp):
ATGTGAAAGTGTATATATGTGATAAGGCCTAATGGCCGATGTGATGA
Done.