Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: Scaffold2215
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 1000
Length: 35294
ACGTcount: A:0.33, C:0.11, G:0.22, T:0.34
Found at i:70 original size:47 final size:47
Alignment explanation
Indices: 1--404 Score: 657
Period size: 47 Copynumber: 8.5 Consensus size: 47
*
1 TGTGATGAATGTGAGAGTGTATGTATGTGATAAGGCCGAATGGCCAA
1 TGTGATGAATGTGAAAGTGTATGTATGTGATAAGGCCGAATGGCCAA
48 TGTGATGAATGTGAAAGTGTATGTATGTGATAAGGCCGAATGGCCAA
1 TGTGATGAATGTGAAAGTGTATGTATGTGATAAGGCCGAATGGCCAA
**
95 TGCAATGAATGTGAAAGTGTATGTATATGTGATAAGGCCGAATGGCCAA
1 TGTGATGAATGTGAAAGTGTATG--TATGTGATAAGGCCGAATGGCCAA
144 TGTGATGAATGTGAAAGTGTATGTATGTGATAAGGCCGAATGGCCAA
1 TGTGATGAATGTGAAAGTGTATGTATGTGATAAGGCCGAATGGCCAA
191 TGTGATGAATGTGAAAGTGTATGTATGTGATAAGGCCGAATGGCCAA
1 TGTGATGAATGTGAAAGTGTATGTATGTGATAAGGCCGAATGGCCAA
*
238 TGTGATGAATGTGAAAGTGTATGTATATGTGATAAGACCGAATGGCCAA
1 TGTGATGAATGTGAAAGTGTATG--TATGTGATAAGGCCGAATGGCCAA
*
287 TGTGATGAATGTGAAAGTGTATGTATATGTGACAAGGCCGAATGGCCAA
1 TGTGATGAATGTGAAAGTGTATG--TATGTGATAAGGCCGAATGGCCAA
* * *
336 TGTGATGAATGTGAAAGTATATATATATGATAAGGCCGAATGGCCAA
1 TGTGATGAATGTGAAAGTGTATGTATGTGATAAGGCCGAATGGCCAA
*
383 TGTGATGGAA-GTGGAAGTGTAT
1 TGTGAT-GAATGTGAAAGTGTAT
405 AACTGTGATA
Statistics
Matches: 338, Mismatches: 14, Indels: 10
0.93 0.04 0.03
Matches are distributed among these distances:
47 199 0.59
48 3 0.01
49 136 0.40
ACGTcount: A:0.33, C:0.08, G:0.31, T:0.28
Consensus pattern (47 bp):
TGTGATGAATGTGAAAGTGTATGTATGTGATAAGGCCGAATGGCCAA
Found at i:167 original size:96 final size:94
Alignment explanation
Indices: 1--404 Score: 657
Period size: 96 Copynumber: 4.2 Consensus size: 94
*
1 TGTGATGAATGTGAGAGTGTATGTATGTGATAAGGCCGAATGGCCAATGTGATGAATGTGAAAGT
1 TGTGATGAATGTGAAAGTGTATGTATGTGATAAGGCCGAATGGCCAATGTGATGAATGTGAAAGT
66 GTATGTATGTGATAAGGCCGAATGGCCAA
66 GTATGTATGTGATAAGGCCGAATGGCCAA
**
95 TGCAATGAATGTGAAAGTGTATGTATATGTGATAAGGCCGAATGGCCAATGTGATGAATGTGAAA
1 TGTGATGAATGTGAAAGTGTATG--TATGTGATAAGGCCGAATGGCCAATGTGATGAATGTGAAA
160 GTGTATGTATGTGATAAGGCCGAATGGCCAA
64 GTGTATGTATGTGATAAGGCCGAATGGCCAA
191 TGTGATGAATGTGAAAGTGTATGTATGTGATAAGGCCGAATGGCCAATGTGATGAATGTGAAAGT
1 TGTGATGAATGTGAAAGTGTATGTATGTGATAAGGCCGAATGGCCAATGTGATGAATGTGAAAGT
*
256 GTATGTATATGTGATAAGACCGAATGGCCAA
66 GTATG--TATGTGATAAGGCCGAATGGCCAA
*
287 TGTGATGAATGTGAAAGTGTATGTATATGTGACAAGGCCGAATGGCCAATGTGATGAATGTGAAA
1 TGTGATGAATGTGAAAGTGTATG--TATGTGATAAGGCCGAATGGCCAATGTGATGAATGTGAAA
* * *
352 GTATATATATATGATAAGGCCGAATGGCCAA
64 GTGTATGTATGTGATAAGGCCGAATGGCCAA
*
383 TGTGATGGAA-GTGGAAGTGTAT
1 TGTGAT-GAATGTGAAAGTGTAT
405 AACTGTGATA
Statistics
Matches: 291, Mismatches: 12, Indels: 12
0.92 0.04 0.04
Matches are distributed among these distances:
94 67 0.23
96 177 0.61
97 3 0.01
98 44 0.15
ACGTcount: A:0.33, C:0.08, G:0.31, T:0.28
Consensus pattern (94 bp):
TGTGATGAATGTGAAAGTGTATGTATGTGATAAGGCCGAATGGCCAATGTGATGAATGTGAAAGT
GTATGTATGTGATAAGGCCGAATGGCCAA
Found at i:171 original size:25 final size:25
Alignment explanation
Indices: 143--221 Score: 69
Period size: 25 Copynumber: 3.3 Consensus size: 25
133 CGAATGGCCA
143 ATGTGATGAATGTGAAAGTGTATGT
1 ATGTGATGAATGTGAAAGTGTATGT
* * * *
168 ATGTGAT-AAGGCCGAATG-GCCA---
1 ATGTGATGAATG-TGAAAGTG-TATGT
190 ATGTGATGAATGTGAAAGTGTATGT
1 ATGTGATGAATGTGAAAGTGTATGT
215 ATGTGAT
1 ATGTGAT
222 AAGGCCGAAT
Statistics
Matches: 39, Mismatches: 8, Indels: 14
0.64 0.13 0.23
Matches are distributed among these distances:
22 12 0.31
23 4 0.10
24 4 0.10
25 19 0.49
ACGTcount: A:0.32, C:0.05, G:0.32, T:0.32
Consensus pattern (25 bp):
ATGTGATGAATGTGAAAGTGTATGT
Found at i:259 original size:143 final size:143
Alignment explanation
Indices: 1--404 Score: 693
Period size: 143 Copynumber: 2.8 Consensus size: 143
*
1 TGTGATGAATGTGAGAGTGTATGTATGTGATAAGGCCGAATGGCCAATGTGATGAATGTGAAAGT
1 TGTGATGAATGTGAAAGTGTATGTATGTGATAAGGCCGAATGGCCAATGTGATGAATGTGAAAGT
**
66 GTATGTATGTGATAAGGCCGAATGGCCAATGCAATGAATGTGAAAGTGTATGTATATGTGATAAG
66 GTATGTATGTGATAAGGCCGAATGGCCAATGTGATGAATGTGAAAGTGTATGTATATGTGATAAG
*
131 GCCGAATGGCCAA
131 ACCGAATGGCCAA
144 TGTGATGAATGTGAAAGTGTATGTATGTGATAAGGCCGAATGGCCAATGTGATGAATGTGAAAGT
1 TGTGATGAATGTGAAAGTGTATGTATGTGATAAGGCCGAATGGCCAATGTGATGAATGTGAAAGT
209 GTATGTATGTGATAAGGCCGAATGGCCAATGTGATGAATGTGAAAGTGTATGTATATGTGATAAG
66 GTATGTATGTGATAAGGCCGAATGGCCAATGTGATGAATGTGAAAGTGTATGTATATGTGATAAG
274 ACCGAATGGCCAA
131 ACCGAATGGCCAA
*
287 TGTGATGAATGTGAAAGTGTATGTATATGTGACAAGGCCGAATGGCCAATGTGATGAATGTGAAA
1 TGTGATGAATGTGAAAGTGTATG--TATGTGATAAGGCCGAATGGCCAATGTGATGAATGTGAAA
* * * *
352 GTATATATATATGATAAGGCCGAATGGCCAATGTGATGGAA-GTGGAAGTGTAT
64 GTGTATGTATGTGATAAGGCCGAATGGCCAATGTGAT-GAATGTGAAAGTGTAT
405 AACTGTGATA
Statistics
Matches: 249, Mismatches: 9, Indels: 4
0.95 0.03 0.02
Matches are distributed among these distances:
143 162 0.65
145 84 0.34
146 3 0.01
ACGTcount: A:0.33, C:0.08, G:0.31, T:0.28
Consensus pattern (143 bp):
TGTGATGAATGTGAAAGTGTATGTATGTGATAAGGCCGAATGGCCAATGTGATGAATGTGAAAGT
GTATGTATGTGATAAGGCCGAATGGCCAATGTGATGAATGTGAAAGTGTATGTATATGTGATAAG
ACCGAATGGCCAA
Found at i:1532 original size:40 final size:40
Alignment explanation
Indices: 1477--1766 Score: 458
Period size: 40 Copynumber: 7.3 Consensus size: 40
1467 GTAGAATGAT
*
1477 ATTCGTGCTGGTGTTATATTCGGGCTAAGTCCCGAAGAGC
1 ATTCGTGCTGGTGTTATATCCGGGCTAAGTCCCGAAGAGC
*
1517 ATTCGTGCTGGTGTTATATCCGGGCTAAGACCCGAAGAGC
1 ATTCGTGCTGGTGTTATATCCGGGCTAAGTCCCGAAGAGC
* *
1557 ATTCGTGCTGGTGTTATCTCCAGGCTAAGTCCCGAAGAGC
1 ATTCGTGCTGGTGTTATATCCGGGCTAAGTCCCGAAGAGC
* *
1597 ATTCGTGCTGGTGTTATGTCCGGGCTAAGTCTCGAAGAGC
1 ATTCGTGCTGGTGTTATATCCGGGCTAAGTCCCGAAGAGC
*
1637 ATTCGTGCTGGTGTTATGTCCGGGCTAAGTCCCGAAGAGC
1 ATTCGTGCTGGTGTTATATCCGGGCTAAGTCCCGAAGAGC
*
1677 ATTCGTGCTGGTGTTATGTCCGGGCTAAGTCCCGAAGAGC
1 ATTCGTGCTGGTGTTATATCCGGGCTAAGTCCCGAAGAGC
** *
1717 ATTCGTGCTGGTAATATATCCGGGCTAA-ACCTCGAAG-GC
1 ATTCGTGCTGGTGTTATATCCGGGCTAAGTCC-CGAAGAGC
1756 ATTCGTGCTGG
1 ATTCGTGCTGG
1767 AATTATAAGG
Statistics
Matches: 236, Mismatches: 13, Indels: 3
0.94 0.05 0.01
Matches are distributed among these distances:
39 15 0.06
40 221 0.94
ACGTcount: A:0.20, C:0.22, G:0.30, T:0.28
Consensus pattern (40 bp):
ATTCGTGCTGGTGTTATATCCGGGCTAAGTCCCGAAGAGC
Found at i:1873 original size:28 final size:28
Alignment explanation
Indices: 1776--1879 Score: 102
Period size: 28 Copynumber: 3.7 Consensus size: 28
1766 GAATTATAAG
* * *
1776 GCACTGTGTGTGCAAGCTCTTCAACCGA
1 GCACTATGTGTGCGAGATCTTCAACCGA
* * ***
1804 GCACTATGTGTGCCAGATCAGT-AGTTGA
1 GCACTATGTGTGCGAGATC-TTCAACCGA
*
1832 GGCACTATGTGTGCGAGTTCTTCAACCGA
1 -GCACTATGTGTGCGAGATCTTCAACCGA
1861 GCACTATGTGTGCGAGATC
1 GCACTATGTGTGCGAGATC
1880 GGTCAGTAGA
Statistics
Matches: 59, Mismatches: 14, Indels: 6
0.75 0.18 0.08
Matches are distributed among these distances:
28 38 0.64
29 21 0.36
ACGTcount: A:0.22, C:0.23, G:0.28, T:0.27
Consensus pattern (28 bp):
GCACTATGTGTGCGAGATCTTCAACCGA
Found at i:4940 original size:47 final size:47
Alignment explanation
Indices: 4887--5291 Score: 659
Period size: 47 Copynumber: 8.5 Consensus size: 47
4877 TTAGGATTTT
*
4887 ATGTGATGAATGTGAGAGTGTATGTATGTGATAAGGCCGAATGGCCA
1 ATGTGATGAATGTGAAAGTGTATGTATGTGATAAGGCCGAATGGCCA
4934 ATGTGATGAATGTGAAAGTGTATGTATGTGATAAGGCCGAATGGCCA
1 ATGTGATGAATGTGAAAGTGTATGTATGTGATAAGGCCGAATGGCCA
**
4981 ATGCAATGAATGTGAAAGTGTATGTATATGTGATAAGGCCGAATGGCCA
1 ATGTGATGAATGTGAAAGTGTATG--TATGTGATAAGGCCGAATGGCCA
5030 ATGTGATGAATGTGAAAGTGTATGTATGTGATAAGGCCGAATGGCCA
1 ATGTGATGAATGTGAAAGTGTATGTATGTGATAAGGCCGAATGGCCA
5077 ATGTGATGAATGTGAAAGTGTATGTATGTGATAAGGCCGAATGGCCA
1 ATGTGATGAATGTGAAAGTGTATGTATGTGATAAGGCCGAATGGCCA
*
5124 ATGTGATGAATGTGAAAGTGTATGTATATGTGATAAGACCGAATGGCCA
1 ATGTGATGAATGTGAAAGTGTATG--TATGTGATAAGGCCGAATGGCCA
*
5173 ATGTGATGAATGTGAAAGTGTATGTATATGTGACAAGGCCGAATGGCCA
1 ATGTGATGAATGTGAAAGTGTATG--TATGTGATAAGGCCGAATGGCCA
* * *
5222 ATGTGATGAATGTGAAAGTATATATATATGATAAGGCCGAATGGCCA
1 ATGTGATGAATGTGAAAGTGTATGTATGTGATAAGGCCGAATGGCCA
*
5269 ATGTGATGGAA-GTGGAAGTGTAT
1 ATGTGAT-GAATGTGAAAGTGTAT
5292 AACTGTGATA
Statistics
Matches: 339, Mismatches: 14, Indels: 10
0.93 0.04 0.03
Matches are distributed among these distances:
47 200 0.59
48 3 0.01
49 136 0.40
ACGTcount: A:0.33, C:0.08, G:0.31, T:0.28
Consensus pattern (47 bp):
ATGTGATGAATGTGAAAGTGTATGTATGTGATAAGGCCGAATGGCCA
Found at i:5020 original size:96 final size:94
Alignment explanation
Indices: 4887--5291 Score: 659
Period size: 96 Copynumber: 4.2 Consensus size: 94
4877 TTAGGATTTT
*
4887 ATGTGATGAATGTGAGAGTGTATGTATGTGATAAGGCCGAATGGCCAATGTGATGAATGTGAAAG
1 ATGTGATGAATGTGAAAGTGTATGTATGTGATAAGGCCGAATGGCCAATGTGATGAATGTGAAAG
4952 TGTATGTATGTGATAAGGCCGAATGGCCA
66 TGTATGTATGTGATAAGGCCGAATGGCCA
**
4981 ATGCAATGAATGTGAAAGTGTATGTATATGTGATAAGGCCGAATGGCCAATGTGATGAATGTGAA
1 ATGTGATGAATGTGAAAGTGTATG--TATGTGATAAGGCCGAATGGCCAATGTGATGAATGTGAA
5046 AGTGTATGTATGTGATAAGGCCGAATGGCCA
64 AGTGTATGTATGTGATAAGGCCGAATGGCCA
5077 ATGTGATGAATGTGAAAGTGTATGTATGTGATAAGGCCGAATGGCCAATGTGATGAATGTGAAAG
1 ATGTGATGAATGTGAAAGTGTATGTATGTGATAAGGCCGAATGGCCAATGTGATGAATGTGAAAG
*
5142 TGTATGTATATGTGATAAGACCGAATGGCCA
66 TGTATG--TATGTGATAAGGCCGAATGGCCA
*
5173 ATGTGATGAATGTGAAAGTGTATGTATATGTGACAAGGCCGAATGGCCAATGTGATGAATGTGAA
1 ATGTGATGAATGTGAAAGTGTATG--TATGTGATAAGGCCGAATGGCCAATGTGATGAATGTGAA
* * *
5238 AGTATATATATATGATAAGGCCGAATGGCCA
64 AGTGTATGTATGTGATAAGGCCGAATGGCCA
*
5269 ATGTGATGGAA-GTGGAAGTGTAT
1 ATGTGAT-GAATGTGAAAGTGTAT
5292 AACTGTGATA
Statistics
Matches: 292, Mismatches: 12, Indels: 12
0.92 0.04 0.04
Matches are distributed among these distances:
94 68 0.23
96 177 0.61
97 3 0.01
98 44 0.15
ACGTcount: A:0.33, C:0.08, G:0.31, T:0.28
Consensus pattern (94 bp):
ATGTGATGAATGTGAAAGTGTATGTATGTGATAAGGCCGAATGGCCAATGTGATGAATGTGAAAG
TGTATGTATGTGATAAGGCCGAATGGCCA
Found at i:5058 original size:25 final size:25
Alignment explanation
Indices: 5030--5108 Score: 69
Period size: 25 Copynumber: 3.3 Consensus size: 25
5020 CGAATGGCCA
5030 ATGTGATGAATGTGAAAGTGTATGT
1 ATGTGATGAATGTGAAAGTGTATGT
* * * *
5055 ATGTGAT-AAGGCCGAATG-GCCA---
1 ATGTGATGAATG-TGAAAGTG-TATGT
5077 ATGTGATGAATGTGAAAGTGTATGT
1 ATGTGATGAATGTGAAAGTGTATGT
5102 ATGTGAT
1 ATGTGAT
5109 AAGGCCGAAT
Statistics
Matches: 39, Mismatches: 8, Indels: 14
0.64 0.13 0.23
Matches are distributed among these distances:
22 12 0.31
23 4 0.10
24 4 0.10
25 19 0.49
ACGTcount: A:0.32, C:0.05, G:0.32, T:0.32
Consensus pattern (25 bp):
ATGTGATGAATGTGAAAGTGTATGT
Found at i:5059 original size:143 final size:143
Alignment explanation
Indices: 4887--5271 Score: 680
Period size: 143 Copynumber: 2.7 Consensus size: 143
4877 TTAGGATTTT
*
4887 ATGTGATGAATGTGAGAGTGTATGTATGTGATAAGGCCGAATGGCCAATGTGATGAATGTGAAAG
1 ATGTGATGAATGTGAAAGTGTATGTATGTGATAAGGCCGAATGGCCAATGTGATGAATGTGAAAG
4952 TGTATGTATGTGATAAGGCCGAATGGCCAATGCAATGAATGTGAAAGTGTATGTATATGTGATAA
66 TGTATGTATGTGATAAGGCCGAATGGCCAATGCAATGAATGTGAAAGTGTATGTATATGTGATAA
*
5017 GGCCGAATGGCCA
131 GACCGAATGGCCA
5030 ATGTGATGAATGTGAAAGTGTATGTATGTGATAAGGCCGAATGGCCAATGTGATGAATGTGAAAG
1 ATGTGATGAATGTGAAAGTGTATGTATGTGATAAGGCCGAATGGCCAATGTGATGAATGTGAAAG
**
5095 TGTATGTATGTGATAAGGCCGAATGGCCAATGTGATGAATGTGAAAGTGTATGTATATGTGATAA
66 TGTATGTATGTGATAAGGCCGAATGGCCAATGCAATGAATGTGAAAGTGTATGTATATGTGATAA
5160 GACCGAATGGCCA
131 GACCGAATGGCCA
*
5173 ATGTGATGAATGTGAAAGTGTATGTATATGTGACAAGGCCGAATGGCCAATGTGATGAATGTGAA
1 ATGTGATGAATGTGAAAGTGTATG--TATGTGATAAGGCCGAATGGCCAATGTGATGAATGTGAA
* * *
5238 AGTATATATATATGATAAGGCCGAATGGCCAATG
64 AGTGTATGTATGTGATAAGGCCGAATGGCCAATG
5272 TGATGGAAGT
Statistics
Matches: 232, Mismatches: 8, Indels: 2
0.96 0.03 0.01
Matches are distributed among these distances:
143 163 0.70
145 69 0.30
ACGTcount: A:0.33, C:0.09, G:0.30, T:0.28
Consensus pattern (143 bp):
ATGTGATGAATGTGAAAGTGTATGTATGTGATAAGGCCGAATGGCCAATGTGATGAATGTGAAAG
TGTATGTATGTGATAAGGCCGAATGGCCAATGCAATGAATGTGAAAGTGTATGTATATGTGATAA
GACCGAATGGCCA
Found at i:6425 original size:40 final size:40
Alignment explanation
Indices: 6370--6659 Score: 458
Period size: 40 Copynumber: 7.3 Consensus size: 40
6360 GTAGAATGAT
*
6370 ATTCGTGCTGGTGTTATATTCGGGCTAAGTCCCGAAGAGC
1 ATTCGTGCTGGTGTTATATCCGGGCTAAGTCCCGAAGAGC
*
6410 ATTCGTGCTGGTGTTATATCCGGGCTAAGACCCGAAGAGC
1 ATTCGTGCTGGTGTTATATCCGGGCTAAGTCCCGAAGAGC
* *
6450 ATTCGTGCTGGTGTTATCTCCAGGCTAAGTCCCGAAGAGC
1 ATTCGTGCTGGTGTTATATCCGGGCTAAGTCCCGAAGAGC
* *
6490 ATTCGTGCTGGTGTTATGTCCGGGCTAAGTCTCGAAGAGC
1 ATTCGTGCTGGTGTTATATCCGGGCTAAGTCCCGAAGAGC
*
6530 ATTCGTGCTGGTGTTATGTCCGGGCTAAGTCCCGAAGAGC
1 ATTCGTGCTGGTGTTATATCCGGGCTAAGTCCCGAAGAGC
*
6570 ATTCGTGCTGGTGTTATGTCCGGGCTAAGTCCCGAAGAGC
1 ATTCGTGCTGGTGTTATATCCGGGCTAAGTCCCGAAGAGC
** *
6610 ATTCGTGCTGGTAATATATCCGGGCTAA-ACCTCGAAG-GC
1 ATTCGTGCTGGTGTTATATCCGGGCTAAGTCC-CGAAGAGC
6649 ATTCGTGCTGG
1 ATTCGTGCTGG
6660 AATTATAAGG
Statistics
Matches: 236, Mismatches: 13, Indels: 3
0.94 0.05 0.01
Matches are distributed among these distances:
39 15 0.06
40 221 0.94
ACGTcount: A:0.20, C:0.22, G:0.30, T:0.28
Consensus pattern (40 bp):
ATTCGTGCTGGTGTTATATCCGGGCTAAGTCCCGAAGAGC
Found at i:6766 original size:28 final size:28
Alignment explanation
Indices: 6669--6772 Score: 102
Period size: 28 Copynumber: 3.7 Consensus size: 28
6659 GAATTATAAG
* * *
6669 GCACTGTGTGTGCAAGCTCTTCAACCGA
1 GCACTATGTGTGCGAGATCTTCAACCGA
* * ***
6697 GCACTATGTGTGCCAGATCAGT-AGTTGA
1 GCACTATGTGTGCGAGATC-TTCAACCGA
*
6725 GGCACTATGTGTGCGAGTTCTTCAACCGA
1 -GCACTATGTGTGCGAGATCTTCAACCGA
6754 GCACTATGTGTGCGAGATC
1 GCACTATGTGTGCGAGATC
6773 GGTCAGTAGA
Statistics
Matches: 59, Mismatches: 14, Indels: 6
0.75 0.18 0.08
Matches are distributed among these distances:
28 38 0.64
29 21 0.36
ACGTcount: A:0.22, C:0.23, G:0.28, T:0.27
Consensus pattern (28 bp):
GCACTATGTGTGCGAGATCTTCAACCGA
Found at i:9934 original size:49 final size:49
Alignment explanation
Indices: 9782--10189 Score: 640
Period size: 47 Copynumber: 8.5 Consensus size: 49
9772 TTAGGATTTT
*
9782 ATGTGATGAATGTGAGAGTGTATG--TATGTGATAAGGCCGAATGGCCA
1 ATGTGATGAATGTGAAAGTGTATGTATATGTGATAAGGCCGAATGGCCA
9829 ATGTGATGAATGTGAAAGTGTATG--TATGTGATAAGGCCGAATGGCCA
1 ATGTGATGAATGTGAAAGTGTATGTATATGTGATAAGGCCGAATGGCCA
9876 A--TGATGAATGTGAAAGTGTATGTATATGTGATAAGGCCGAATGGCCA
1 ATGTGATGAATGTGAAAGTGTATGTATATGTGATAAGGCCGAATGGCCA
9923 ATGTGATGAATGTGAAAGTGTATGTATGTGATGTGATAAGGCCGAATGGCCA
1 ATGTGATGAATGTGAAAGTGTATGTA--T-ATGTGATAAGGCCGAATGGCCA
*
9975 ATGTGATGAATGTGAAAGTGTATGTA-A-GTGATAAGGCCGAATGACCA
1 ATGTGATGAATGTGAAAGTGTATGTATATGTGATAAGGCCGAATGGCCA
10022 ATGTGATGAATGTGAAAGTGTATGTATATGTGATAAGGCCGAATGGCCA
1 ATGTGATGAATGTGAAAGTGTATGTATATGTGATAAGGCCGAATGGCCA
**
10071 ATGTGATGAATGTGAAAGTGTATGTATATGTGACGAGGCCGAATGGCCA
1 ATGTGATGAATGTGAAAGTGTATGTATATGTGATAAGGCCGAATGGCCA
* *
10120 ATGTGATGAATGTGAAA--GTATATATATATGATAAGGCCGAATGGCCA
1 ATGTGATGAATGTGAAAGTGTATGTATATGTGATAAGGCCGAATGGCCA
*
10167 ATGTGATGGAA-GTGGAAGTGTAT
1 ATGTGAT-GAATGTGAAAGTGTAT
10190 AACTGTGATA
Statistics
Matches: 339, Mismatches: 10, Indels: 22
0.91 0.03 0.06
Matches are distributed among these distances:
45 21 0.06
47 154 0.45
48 5 0.01
49 110 0.32
51 1 0.00
52 48 0.14
ACGTcount: A:0.33, C:0.08, G:0.31, T:0.28
Consensus pattern (49 bp):
ATGTGATGAATGTGAAAGTGTATGTATATGTGATAAGGCCGAATGGCCA
Found at i:10094 original size:96 final size:98
Alignment explanation
Indices: 9782--10189 Score: 640
Period size: 96 Copynumber: 4.2 Consensus size: 98
9772 TTAGGATTTT
*
9782 ATGTGATGAATGTGAGAGTGTATG--TATGTGATAAGGCCGAATGGCCAATGTGATGAATGTGAA
1 ATGTGATGAATGTGAAAGTGTATGTATATGTGATAAGGCCGAATGGCCAATGTGATGAATGTGAA
9845 AGTGTATG--TATGTGATAAGGCCGAATGGCCA
66 AGTGTATGTATATGTGATAAGGCCGAATGGCCA
9876 A--TGATGAATGTGAAAGTGTATGTATATGTGATAAGGCCGAATGGCCAATGTGATGAATGTGAA
1 ATGTGATGAATGTGAAAGTGTATGTATATGTGATAAGGCCGAATGGCCAATGTGATGAATGTGAA
9939 AGTGTATGTATGTGATGTGATAAGGCCGAATGGCCA
66 AGTGTATGTA--T-ATGTGATAAGGCCGAATGGCCA
*
9975 ATGTGATGAATGTGAAAGTGTATGTA-A-GTGATAAGGCCGAATGACCAATGTGATGAATGTGAA
1 ATGTGATGAATGTGAAAGTGTATGTATATGTGATAAGGCCGAATGGCCAATGTGATGAATGTGAA
10038 AGTGTATGTATATGTGATAAGGCCGAATGGCCA
66 AGTGTATGTATATGTGATAAGGCCGAATGGCCA
**
10071 ATGTGATGAATGTGAAAGTGTATGTATATGTGACGAGGCCGAATGGCCAATGTGATGAATGTGAA
1 ATGTGATGAATGTGAAAGTGTATGTATATGTGATAAGGCCGAATGGCCAATGTGATGAATGTGAA
* *
10136 A--GTATATATATATGATAAGGCCGAATGGCCA
66 AGTGTATGTATATGTGATAAGGCCGAATGGCCA
*
10167 ATGTGATGGAA-GTGGAAGTGTAT
1 ATGTGAT-GAATGTGAAAGTGTAT
10190 AACTGTGATA
Statistics
Matches: 294, Mismatches: 8, Indels: 22
0.91 0.02 0.07
Matches are distributed among these distances:
92 20 0.07
94 48 0.16
96 94 0.32
97 5 0.02
98 35 0.12
99 68 0.23
100 1 0.00
101 23 0.08
ACGTcount: A:0.33, C:0.08, G:0.31, T:0.28
Consensus pattern (98 bp):
ATGTGATGAATGTGAAAGTGTATGTATATGTGATAAGGCCGAATGGCCAATGTGATGAATGTGAA
AGTGTATGTATATGTGATAAGGCCGAATGGCCA
Found at i:14359 original size:25 final size:25
Alignment explanation
Indices: 14331--14409 Score: 69
Period size: 25 Copynumber: 3.3 Consensus size: 25
14321 CGAATGGCCA
14331 ATGTGATGAATGTGAAAGTGTATGT
1 ATGTGATGAATGTGAAAGTGTATGT
* * * *
14356 ATGTGAT-AAGGCCGAATG-GCCA---
1 ATGTGATGAATG-TGAAAGTG-TATGT
14378 ATGTGATGAATGTGAAAGTGTATGT
1 ATGTGATGAATGTGAAAGTGTATGT
14403 ATGTGAT
1 ATGTGAT
14410 AAGGCCGAAT
Statistics
Matches: 39, Mismatches: 8, Indels: 14
0.64 0.13 0.23
Matches are distributed among these distances:
22 12 0.31
23 4 0.10
24 4 0.10
25 19 0.49
ACGTcount: A:0.32, C:0.05, G:0.32, T:0.32
Consensus pattern (25 bp):
ATGTGATGAATGTGAAAGTGTATGT
Found at i:14474 original size:49 final size:47
Alignment explanation
Indices: 14144--14594 Score: 676
Period size: 47 Copynumber: 9.5 Consensus size: 47
14134 TTAGGATTTT
*
14144 ATGTGATGAATGTGAGAGTGTATGTATGTGATAAGGCCGAATGGCCA
1 ATGTGATGAATGTGAAAGTGTATGTATGTGATAAGGCCGAATGGCCA
14191 ATGTGATGAATGTGAAAGTGTATGTATGTGATAAGGCCGAATGGCCA
1 ATGTGATGAATGTGAAAGTGTATGTATGTGATAAGGCCGAATGGCCA
*
14238 ATGCGATGAATGTGAAAGTGTATGTATGTGATAAGG-CGAATGGCCA
1 ATGTGATGAATGTGAAAGTGTATGTATGTGATAAGGCCGAATGGCCA
* *
14284 ATG-GATGAATGTGAAA-TGTATGTATATATGATAAGGTCGAATGGCCA
1 ATGTGATGAATGTGAAAGTGTATG--TATGTGATAAGGCCGAATGGCCA
14331 ATGTGATGAATGTGAAAGTGTATGTATGTGATAAGGCCGAATGGCCA
1 ATGTGATGAATGTGAAAGTGTATGTATGTGATAAGGCCGAATGGCCA
14378 ATGTGATGAATGTGAAAGTGTATGTATGTGATAAGGCCGAATGGCCA
1 ATGTGATGAATGTGAAAGTGTATGTATGTGATAAGGCCGAATGGCCA
* * * *
14425 ATGTGATGAATTTGAAAGTGTATCTATATGTGATAAGACCGAACGGCCA
1 ATGTGATGAATGTGAAAGTGTA--TGTATGTGATAAGGCCGAATGGCCA
*
14474 ATGTGATGAATGTGAAAGTGTATGTATATGTGACAAGGCCGAATGGCCA
1 ATGTGATGAATGTGAAAGTGTATG--TATGTGATAAGGCCGAATGGCCA
* * *
14523 ATGTGATGAATGTGAAAGTATATATATATATGATAAGGCCGAATGGCCA
1 ATGTGATGAATGTGAAAG--TGTATGTATGTGATAAGGCCGAATGGCCA
*
14572 ATGTGATGGAA-GTGGAAGTGTAT
1 ATGTGAT-GAATGTGAAAGTGTAT
14595 AACTGTGATA
Statistics
Matches: 372, Mismatches: 20, Indels: 24
0.89 0.05 0.06
Matches are distributed among these distances:
44 6 0.02
45 13 0.03
46 24 0.06
47 188 0.51
48 13 0.03
49 121 0.33
50 3 0.01
51 4 0.01
ACGTcount: A:0.33, C:0.08, G:0.30, T:0.28
Consensus pattern (47 bp):
ATGTGATGAATGTGAAAGTGTATGTATGTGATAAGGCCGAATGGCCA
Found at i:16294 original size:40 final size:40
Alignment explanation
Indices: 16165--16517 Score: 545
Period size: 40 Copynumber: 8.9 Consensus size: 40
16155 TTGAGAGTTA
*
16165 TATATCCGGGCTAAGTCCCGAAGAGTATTCGTGTGCTGGTGT
1 TATATCCGGGCTAAGTCCCGAAGAGCATTC--GTGCTGGTGT
16207 TATATCCGGGCTAAGTCCCGAAGAGCA-TCGTGCTGGTGT
1 TATATCCGGGCTAAGTCCCGAAGAGCATTCGTGCTGGTGT
16246 TATATCCGGGCTAAGTCCCGAAGAGCATTCGTGCTGGTGT
1 TATATCCGGGCTAAGTCCCGAAGAGCATTCGTGCTGGTGT
* *
16286 TATCTCCGGGCTAAGTCCTGAAGAGCATTCGTGCTGGTG-
1 TATATCCGGGCTAAGTCCCGAAGAGCATTCGTGCTGGTGT
*
16325 TATATCCAGGCTAAGTCCCGAAGAGCATTCGTGCTGGTGT
1 TATATCCGGGCTAAGTCCCGAAGAGCATTCGTGCTGGTGT
* *
16365 TATGTCCGGGCTAAGTCTCGAAGAGCATTCGTGCTGGTGT
1 TATATCCGGGCTAAGTCCCGAAGAGCATTCGTGCTGGTGT
*
16405 TATGTCCGGGCTAAGTCCCGAAGAGCATTCGTGCTGGTGT
1 TATATCCGGGCTAAGTCCCGAAGAGCATTCGTGCTGGTGT
* **
16445 TATGTCCGGGCTAAGT-CCGAAGAGCATTCGTGCTGGTAA
1 TATATCCGGGCTAAGTCCCGAAGAGCATTCGTGCTGGTGT
*
16484 TATATCCGGGCTAA-ACCTCGAAG-GCATTCGTGCT
1 TATATCCGGGCTAAGTCC-CGAAGAGCATTCGTGCT
16518 AGAATTATAA
Statistics
Matches: 293, Mismatches: 14, Indels: 11
0.92 0.04 0.03
Matches are distributed among these distances:
39 119 0.41
40 146 0.50
41 2 0.01
42 26 0.09
ACGTcount: A:0.20, C:0.22, G:0.30, T:0.28
Consensus pattern (40 bp):
TATATCCGGGCTAAGTCCCGAAGAGCATTCGTGCTGGTGT
Found at i:16309 original size:79 final size:80
Alignment explanation
Indices: 16165--16517 Score: 547
Period size: 79 Copynumber: 4.4 Consensus size: 80
16155 TTGAGAGTTA
* * *
16165 TATATCCGGGCTAAGTCCCGAAGAGTATTCGTGTGCTGGTGTTATATCCGGGCTAAGTCCCGAAG
1 TATATCCGGGCTAAGTCCCGAAGAGCATTC--GTGCTGGTGTTATGTCCGGGCTAAGTCCTGAAG
16230 AGCA-TCGTGCTGGTGT
64 AGCATTCGTGCTGGTGT
*
16246 TATATCCGGGCTAAGTCCCGAAGAGCATTCGTGCTGGTGTTATCTCCGGGCTAAGTCCTGAAGAG
1 TATATCCGGGCTAAGTCCCGAAGAGCATTCGTGCTGGTGTTATGTCCGGGCTAAGTCCTGAAGAG
16311 CATTCGTGCTGGTG-
66 CATTCGTGCTGGTGT
*
16325 TATATCCAGGCTAAGTCCCGAAGAGCATTCGTGCTGGTGTTATGTCCGGGCTAAGT-CTCGAAGA
1 TATATCCGGGCTAAGTCCCGAAGAGCATTCGTGCTGGTGTTATGTCCGGGCTAAGTCCT-GAAGA
16389 GCATTCGTGCTGGTGT
65 GCATTCGTGCTGGTGT
*
16405 TATGTCCGGGCTAAGTCCCGAAGAGCATTCGTGCTGGTGTTATGTCCGGGCTAAGTCC-GAAGAG
1 TATATCCGGGCTAAGTCCCGAAGAGCATTCGTGCTGGTGTTATGTCCGGGCTAAGTCCTGAAGAG
**
16469 CATTCGTGCTGGTAA
66 CATTCGTGCTGGTGT
*
16484 TATATCCGGGCTAA-ACCTCGAAG-GCATTCGTGCT
1 TATATCCGGGCTAAGTCC-CGAAGAGCATTCGTGCT
16518 AGAATTATAA
Statistics
Matches: 256, Mismatches: 11, Indels: 13
0.91 0.04 0.05
Matches are distributed among these distances:
78 15 0.06
79 146 0.57
80 65 0.25
81 30 0.12
ACGTcount: A:0.20, C:0.22, G:0.30, T:0.28
Consensus pattern (80 bp):
TATATCCGGGCTAAGTCCCGAAGAGCATTCGTGCTGGTGTTATGTCCGGGCTAAGTCCTGAAGAG
CATTCGTGCTGGTGT
Found at i:16387 original size:119 final size:120
Alignment explanation
Indices: 16169--16517 Score: 553
Period size: 119 Copynumber: 2.9 Consensus size: 120
16159 GAGTTATATA
*
16169 TCCGGGCTAAGTCCCGAAGAGTATTCGTGTGCTGGTGTTATATCCGGGCTAAGTCCCGAAGAGCA
1 TCCGGGCTAAGTCCCGAAGAGCATTC--GTGCTGGTGTTATATCCGGGCTAAGTCCCGAAGAGCA
*
16234 -TCGTGCTGGTGTTATATCCGGGCTAAGTCCCGAAGAGCATTCGTGCTGGTGTTATC
64 TTCGTGCTGGTGTTATATCCGGGCTAAGTCTCGAAGAGCATTCGTGCTGGTGTTATC
* *
16290 TCCGGGCTAAGTCCTGAAGAGCATTCGTGCTGGTG-TATATCCAGGCTAAGTCCCGAAGAGCATT
1 TCCGGGCTAAGTCCCGAAGAGCATTCGTGCTGGTGTTATATCCGGGCTAAGTCCCGAAGAGCATT
* *
16354 CGTGCTGGTGTTATGTCCGGGCTAAGTCTCGAAGAGCATTCGTGCTGGTGTTATG
66 CGTGCTGGTGTTATATCCGGGCTAAGTCTCGAAGAGCATTCGTGCTGGTGTTATC
*
16409 TCCGGGCTAAGTCCCGAAGAGCATTCGTGCTGGTGTTATGTCCGGGCTAAGT-CCGAAGAGCATT
1 TCCGGGCTAAGTCCCGAAGAGCATTCGTGCTGGTGTTATATCCGGGCTAAGTCCCGAAGAGCATT
** **
16473 CGTGCTGGTAATATATCCGGGCTAAACCTCGAAG-GCATTCGTGCT
66 CGTGCTGGTGTTATATCCGGGCTAAGTCTCGAAGAGCATTCGTGCT
16518 AGAATTATAA
Statistics
Matches: 212, Mismatches: 14, Indels: 7
0.91 0.06 0.03
Matches are distributed among these distances:
118 37 0.17
119 137 0.65
120 14 0.07
121 24 0.11
ACGTcount: A:0.20, C:0.22, G:0.30, T:0.28
Consensus pattern (120 bp):
TCCGGGCTAAGTCCCGAAGAGCATTCGTGCTGGTGTTATATCCGGGCTAAGTCCCGAAGAGCATT
CGTGCTGGTGTTATATCCGGGCTAAGTCTCGAAGAGCATTCGTGCTGGTGTTATC
Found at i:19696 original size:47 final size:47
Alignment explanation
Indices: 19643--20047 Score: 659
Period size: 47 Copynumber: 8.5 Consensus size: 47
19633 TTAGGATTTT
*
19643 ATGTGATGAATGTGAGAGTGTATGTATGTGATAAGGCCGAATGGCCA
1 ATGTGATGAATGTGAAAGTGTATGTATGTGATAAGGCCGAATGGCCA
19690 ATGTGATGAATGTGAAAGTGTATGTATGTGATAAGGCCGAATGGCCA
1 ATGTGATGAATGTGAAAGTGTATGTATGTGATAAGGCCGAATGGCCA
**
19737 ATGCAATGAATGTGAAAGTGTATGTATATGTGATAAGGCCGAATGGCCA
1 ATGTGATGAATGTGAAAGTGTATG--TATGTGATAAGGCCGAATGGCCA
19786 ATGTGATGAATGTGAAAGTGTATGTATGTGATAAGGCCGAATGGCCA
1 ATGTGATGAATGTGAAAGTGTATGTATGTGATAAGGCCGAATGGCCA
19833 ATGTGATGAATGTGAAAGTGTATGTATGTGATAAGGCCGAATGGCCA
1 ATGTGATGAATGTGAAAGTGTATGTATGTGATAAGGCCGAATGGCCA
*
19880 ATGTGATGAATGTGAAAGTGTATGTATATGTGATAAGACCGAATGGCCA
1 ATGTGATGAATGTGAAAGTGTATG--TATGTGATAAGGCCGAATGGCCA
*
19929 ATGTGATGAATGTGAAAGTGTATGTATATGTGACAAGGCCGAATGGCCA
1 ATGTGATGAATGTGAAAGTGTATG--TATGTGATAAGGCCGAATGGCCA
* * *
19978 ATGTGATGAATGTGAAAGTATATATATATGATAAGGCCGAATGGCCA
1 ATGTGATGAATGTGAAAGTGTATGTATGTGATAAGGCCGAATGGCCA
*
20025 ATGTGATGGAA-GTGGAAGTGTAT
1 ATGTGAT-GAATGTGAAAGTGTAT
20048 AACTGTGATA
Statistics
Matches: 339, Mismatches: 14, Indels: 10
0.93 0.04 0.03
Matches are distributed among these distances:
47 200 0.59
48 3 0.01
49 136 0.40
ACGTcount: A:0.33, C:0.08, G:0.31, T:0.28
Consensus pattern (47 bp):
ATGTGATGAATGTGAAAGTGTATGTATGTGATAAGGCCGAATGGCCA
Found at i:19776 original size:96 final size:94
Alignment explanation
Indices: 19643--20047 Score: 659
Period size: 96 Copynumber: 4.2 Consensus size: 94
19633 TTAGGATTTT
*
19643 ATGTGATGAATGTGAGAGTGTATGTATGTGATAAGGCCGAATGGCCAATGTGATGAATGTGAAAG
1 ATGTGATGAATGTGAAAGTGTATGTATGTGATAAGGCCGAATGGCCAATGTGATGAATGTGAAAG
19708 TGTATGTATGTGATAAGGCCGAATGGCCA
66 TGTATGTATGTGATAAGGCCGAATGGCCA
**
19737 ATGCAATGAATGTGAAAGTGTATGTATATGTGATAAGGCCGAATGGCCAATGTGATGAATGTGAA
1 ATGTGATGAATGTGAAAGTGTATG--TATGTGATAAGGCCGAATGGCCAATGTGATGAATGTGAA
19802 AGTGTATGTATGTGATAAGGCCGAATGGCCA
64 AGTGTATGTATGTGATAAGGCCGAATGGCCA
19833 ATGTGATGAATGTGAAAGTGTATGTATGTGATAAGGCCGAATGGCCAATGTGATGAATGTGAAAG
1 ATGTGATGAATGTGAAAGTGTATGTATGTGATAAGGCCGAATGGCCAATGTGATGAATGTGAAAG
*
19898 TGTATGTATATGTGATAAGACCGAATGGCCA
66 TGTATG--TATGTGATAAGGCCGAATGGCCA
*
19929 ATGTGATGAATGTGAAAGTGTATGTATATGTGACAAGGCCGAATGGCCAATGTGATGAATGTGAA
1 ATGTGATGAATGTGAAAGTGTATG--TATGTGATAAGGCCGAATGGCCAATGTGATGAATGTGAA
* * *
19994 AGTATATATATATGATAAGGCCGAATGGCCA
64 AGTGTATGTATGTGATAAGGCCGAATGGCCA
*
20025 ATGTGATGGAA-GTGGAAGTGTAT
1 ATGTGAT-GAATGTGAAAGTGTAT
20048 AACTGTGATA
Statistics
Matches: 292, Mismatches: 12, Indels: 12
0.92 0.04 0.04
Matches are distributed among these distances:
94 68 0.23
96 177 0.61
97 3 0.01
98 44 0.15
ACGTcount: A:0.33, C:0.08, G:0.31, T:0.28
Consensus pattern (94 bp):
ATGTGATGAATGTGAAAGTGTATGTATGTGATAAGGCCGAATGGCCAATGTGATGAATGTGAAAG
TGTATGTATGTGATAAGGCCGAATGGCCA
Found at i:19814 original size:25 final size:25
Alignment explanation
Indices: 19786--19864 Score: 69
Period size: 25 Copynumber: 3.3 Consensus size: 25
19776 CGAATGGCCA
19786 ATGTGATGAATGTGAAAGTGTATGT
1 ATGTGATGAATGTGAAAGTGTATGT
* * * *
19811 ATGTGAT-AAGGCCGAATG-GCCA---
1 ATGTGATGAATG-TGAAAGTG-TATGT
19833 ATGTGATGAATGTGAAAGTGTATGT
1 ATGTGATGAATGTGAAAGTGTATGT
19858 ATGTGAT
1 ATGTGAT
19865 AAGGCCGAAT
Statistics
Matches: 39, Mismatches: 8, Indels: 14
0.64 0.13 0.23
Matches are distributed among these distances:
22 12 0.31
23 4 0.10
24 4 0.10
25 19 0.49
ACGTcount: A:0.32, C:0.05, G:0.32, T:0.32
Consensus pattern (25 bp):
ATGTGATGAATGTGAAAGTGTATGT
Found at i:19815 original size:143 final size:143
Alignment explanation
Indices: 19643--20027 Score: 680
Period size: 143 Copynumber: 2.7 Consensus size: 143
19633 TTAGGATTTT
*
19643 ATGTGATGAATGTGAGAGTGTATGTATGTGATAAGGCCGAATGGCCAATGTGATGAATGTGAAAG
1 ATGTGATGAATGTGAAAGTGTATGTATGTGATAAGGCCGAATGGCCAATGTGATGAATGTGAAAG
19708 TGTATGTATGTGATAAGGCCGAATGGCCAATGCAATGAATGTGAAAGTGTATGTATATGTGATAA
66 TGTATGTATGTGATAAGGCCGAATGGCCAATGCAATGAATGTGAAAGTGTATGTATATGTGATAA
*
19773 GGCCGAATGGCCA
131 GACCGAATGGCCA
19786 ATGTGATGAATGTGAAAGTGTATGTATGTGATAAGGCCGAATGGCCAATGTGATGAATGTGAAAG
1 ATGTGATGAATGTGAAAGTGTATGTATGTGATAAGGCCGAATGGCCAATGTGATGAATGTGAAAG
**
19851 TGTATGTATGTGATAAGGCCGAATGGCCAATGTGATGAATGTGAAAGTGTATGTATATGTGATAA
66 TGTATGTATGTGATAAGGCCGAATGGCCAATGCAATGAATGTGAAAGTGTATGTATATGTGATAA
19916 GACCGAATGGCCA
131 GACCGAATGGCCA
*
19929 ATGTGATGAATGTGAAAGTGTATGTATATGTGACAAGGCCGAATGGCCAATGTGATGAATGTGAA
1 ATGTGATGAATGTGAAAGTGTATG--TATGTGATAAGGCCGAATGGCCAATGTGATGAATGTGAA
* * *
19994 AGTATATATATATGATAAGGCCGAATGGCCAATG
64 AGTGTATGTATGTGATAAGGCCGAATGGCCAATG
20028 TGATGGAAGT
Statistics
Matches: 232, Mismatches: 8, Indels: 2
0.96 0.03 0.01
Matches are distributed among these distances:
143 163 0.70
145 69 0.30
ACGTcount: A:0.33, C:0.09, G:0.30, T:0.28
Consensus pattern (143 bp):
ATGTGATGAATGTGAAAGTGTATGTATGTGATAAGGCCGAATGGCCAATGTGATGAATGTGAAAG
TGTATGTATGTGATAAGGCCGAATGGCCAATGCAATGAATGTGAAAGTGTATGTATATGTGATAA
GACCGAATGGCCA
Found at i:21181 original size:40 final size:40
Alignment explanation
Indices: 21126--21415 Score: 458
Period size: 40 Copynumber: 7.3 Consensus size: 40
21116 GTAGAATGAT
*
21126 ATTCGTGCTGGTGTTATATTCGGGCTAAGTCCCGAAGAGC
1 ATTCGTGCTGGTGTTATATCCGGGCTAAGTCCCGAAGAGC
*
21166 ATTCGTGCTGGTGTTATATCCGGGCTAAGACCCGAAGAGC
1 ATTCGTGCTGGTGTTATATCCGGGCTAAGTCCCGAAGAGC
* *
21206 ATTCGTGCTGGTGTTATCTCCAGGCTAAGTCCCGAAGAGC
1 ATTCGTGCTGGTGTTATATCCGGGCTAAGTCCCGAAGAGC
* *
21246 ATTCGTGCTGGTGTTATGTCCGGGCTAAGTCTCGAAGAGC
1 ATTCGTGCTGGTGTTATATCCGGGCTAAGTCCCGAAGAGC
*
21286 ATTCGTGCTGGTGTTATGTCCGGGCTAAGTCCCGAAGAGC
1 ATTCGTGCTGGTGTTATATCCGGGCTAAGTCCCGAAGAGC
*
21326 ATTCGTGCTGGTGTTATGTCCGGGCTAAGTCCCGAAGAGC
1 ATTCGTGCTGGTGTTATATCCGGGCTAAGTCCCGAAGAGC
** *
21366 ATTCGTGCTGGTAATATATCCGGGCTAA-ACCTCGAAG-GC
1 ATTCGTGCTGGTGTTATATCCGGGCTAAGTCC-CGAAGAGC
21405 ATTCGTGCTGG
1 ATTCGTGCTGG
21416 AATTATAAGG
Statistics
Matches: 236, Mismatches: 13, Indels: 3
0.94 0.05 0.01
Matches are distributed among these distances:
39 15 0.06
40 221 0.94
ACGTcount: A:0.20, C:0.22, G:0.30, T:0.28
Consensus pattern (40 bp):
ATTCGTGCTGGTGTTATATCCGGGCTAAGTCCCGAAGAGC
Found at i:21522 original size:28 final size:28
Alignment explanation
Indices: 21425--21528 Score: 102
Period size: 28 Copynumber: 3.7 Consensus size: 28
21415 GAATTATAAG
* * *
21425 GCACTGTGTGTGCAAGCTCTTCAACCGA
1 GCACTATGTGTGCGAGATCTTCAACCGA
* * ***
21453 GCACTATGTGTGCCAGATCAGT-AGTTGA
1 GCACTATGTGTGCGAGATC-TTCAACCGA
*
21481 GGCACTATGTGTGCGAGTTCTTCAACCGA
1 -GCACTATGTGTGCGAGATCTTCAACCGA
21510 GCACTATGTGTGCGAGATC
1 GCACTATGTGTGCGAGATC
21529 GGTCAGTAGA
Statistics
Matches: 59, Mismatches: 14, Indels: 6
0.75 0.18 0.08
Matches are distributed among these distances:
28 38 0.64
29 21 0.36
ACGTcount: A:0.22, C:0.23, G:0.28, T:0.27
Consensus pattern (28 bp):
GCACTATGTGTGCGAGATCTTCAACCGA
Found at i:24592 original size:47 final size:47
Alignment explanation
Indices: 24539--24943 Score: 659
Period size: 47 Copynumber: 8.5 Consensus size: 47
24529 TTAGGATTTT
*
24539 ATGTGATGAATGTGAGAGTGTATGTATGTGATAAGGCCGAATGGCCA
1 ATGTGATGAATGTGAAAGTGTATGTATGTGATAAGGCCGAATGGCCA
24586 ATGTGATGAATGTGAAAGTGTATGTATGTGATAAGGCCGAATGGCCA
1 ATGTGATGAATGTGAAAGTGTATGTATGTGATAAGGCCGAATGGCCA
**
24633 ATGCAATGAATGTGAAAGTGTATGTATATGTGATAAGGCCGAATGGCCA
1 ATGTGATGAATGTGAAAGTGTATG--TATGTGATAAGGCCGAATGGCCA
24682 ATGTGATGAATGTGAAAGTGTATGTATGTGATAAGGCCGAATGGCCA
1 ATGTGATGAATGTGAAAGTGTATGTATGTGATAAGGCCGAATGGCCA
24729 ATGTGATGAATGTGAAAGTGTATGTATGTGATAAGGCCGAATGGCCA
1 ATGTGATGAATGTGAAAGTGTATGTATGTGATAAGGCCGAATGGCCA
*
24776 ATGTGATGAATGTGAAAGTGTATGTATATGTGATAAGACCGAATGGCCA
1 ATGTGATGAATGTGAAAGTGTATG--TATGTGATAAGGCCGAATGGCCA
*
24825 ATGTGATGAATGTGAAAGTGTATGTATATGTGACAAGGCCGAATGGCCA
1 ATGTGATGAATGTGAAAGTGTATG--TATGTGATAAGGCCGAATGGCCA
* * *
24874 ATGTGATGAATGTGAAAGTATATATATATGATAAGGCCGAATGGCCA
1 ATGTGATGAATGTGAAAGTGTATGTATGTGATAAGGCCGAATGGCCA
*
24921 ATGTGATGGAA-GTGGAAGTGTAT
1 ATGTGAT-GAATGTGAAAGTGTAT
24944 AACTGTGATA
Statistics
Matches: 339, Mismatches: 14, Indels: 10
0.93 0.04 0.03
Matches are distributed among these distances:
47 200 0.59
48 3 0.01
49 136 0.40
ACGTcount: A:0.33, C:0.08, G:0.31, T:0.28
Consensus pattern (47 bp):
ATGTGATGAATGTGAAAGTGTATGTATGTGATAAGGCCGAATGGCCA
Found at i:24672 original size:96 final size:94
Alignment explanation
Indices: 24539--24943 Score: 659
Period size: 96 Copynumber: 4.2 Consensus size: 94
24529 TTAGGATTTT
*
24539 ATGTGATGAATGTGAGAGTGTATGTATGTGATAAGGCCGAATGGCCAATGTGATGAATGTGAAAG
1 ATGTGATGAATGTGAAAGTGTATGTATGTGATAAGGCCGAATGGCCAATGTGATGAATGTGAAAG
24604 TGTATGTATGTGATAAGGCCGAATGGCCA
66 TGTATGTATGTGATAAGGCCGAATGGCCA
**
24633 ATGCAATGAATGTGAAAGTGTATGTATATGTGATAAGGCCGAATGGCCAATGTGATGAATGTGAA
1 ATGTGATGAATGTGAAAGTGTATG--TATGTGATAAGGCCGAATGGCCAATGTGATGAATGTGAA
24698 AGTGTATGTATGTGATAAGGCCGAATGGCCA
64 AGTGTATGTATGTGATAAGGCCGAATGGCCA
24729 ATGTGATGAATGTGAAAGTGTATGTATGTGATAAGGCCGAATGGCCAATGTGATGAATGTGAAAG
1 ATGTGATGAATGTGAAAGTGTATGTATGTGATAAGGCCGAATGGCCAATGTGATGAATGTGAAAG
*
24794 TGTATGTATATGTGATAAGACCGAATGGCCA
66 TGTATG--TATGTGATAAGGCCGAATGGCCA
*
24825 ATGTGATGAATGTGAAAGTGTATGTATATGTGACAAGGCCGAATGGCCAATGTGATGAATGTGAA
1 ATGTGATGAATGTGAAAGTGTATG--TATGTGATAAGGCCGAATGGCCAATGTGATGAATGTGAA
* * *
24890 AGTATATATATATGATAAGGCCGAATGGCCA
64 AGTGTATGTATGTGATAAGGCCGAATGGCCA
*
24921 ATGTGATGGAA-GTGGAAGTGTAT
1 ATGTGAT-GAATGTGAAAGTGTAT
24944 AACTGTGATA
Statistics
Matches: 292, Mismatches: 12, Indels: 12
0.92 0.04 0.04
Matches are distributed among these distances:
94 68 0.23
96 177 0.61
97 3 0.01
98 44 0.15
ACGTcount: A:0.33, C:0.08, G:0.31, T:0.28
Consensus pattern (94 bp):
ATGTGATGAATGTGAAAGTGTATGTATGTGATAAGGCCGAATGGCCAATGTGATGAATGTGAAAG
TGTATGTATGTGATAAGGCCGAATGGCCA
Found at i:24710 original size:25 final size:25
Alignment explanation
Indices: 24682--24760 Score: 69
Period size: 25 Copynumber: 3.3 Consensus size: 25
24672 CGAATGGCCA
24682 ATGTGATGAATGTGAAAGTGTATGT
1 ATGTGATGAATGTGAAAGTGTATGT
* * * *
24707 ATGTGAT-AAGGCCGAATG-GCCA---
1 ATGTGATGAATG-TGAAAGTG-TATGT
24729 ATGTGATGAATGTGAAAGTGTATGT
1 ATGTGATGAATGTGAAAGTGTATGT
24754 ATGTGAT
1 ATGTGAT
24761 AAGGCCGAAT
Statistics
Matches: 39, Mismatches: 8, Indels: 14
0.64 0.13 0.23
Matches are distributed among these distances:
22 12 0.31
23 4 0.10
24 4 0.10
25 19 0.49
ACGTcount: A:0.32, C:0.05, G:0.32, T:0.32
Consensus pattern (25 bp):
ATGTGATGAATGTGAAAGTGTATGT
Found at i:24711 original size:143 final size:143
Alignment explanation
Indices: 24539--24923 Score: 680
Period size: 143 Copynumber: 2.7 Consensus size: 143
24529 TTAGGATTTT
*
24539 ATGTGATGAATGTGAGAGTGTATGTATGTGATAAGGCCGAATGGCCAATGTGATGAATGTGAAAG
1 ATGTGATGAATGTGAAAGTGTATGTATGTGATAAGGCCGAATGGCCAATGTGATGAATGTGAAAG
24604 TGTATGTATGTGATAAGGCCGAATGGCCAATGCAATGAATGTGAAAGTGTATGTATATGTGATAA
66 TGTATGTATGTGATAAGGCCGAATGGCCAATGCAATGAATGTGAAAGTGTATGTATATGTGATAA
*
24669 GGCCGAATGGCCA
131 GACCGAATGGCCA
24682 ATGTGATGAATGTGAAAGTGTATGTATGTGATAAGGCCGAATGGCCAATGTGATGAATGTGAAAG
1 ATGTGATGAATGTGAAAGTGTATGTATGTGATAAGGCCGAATGGCCAATGTGATGAATGTGAAAG
**
24747 TGTATGTATGTGATAAGGCCGAATGGCCAATGTGATGAATGTGAAAGTGTATGTATATGTGATAA
66 TGTATGTATGTGATAAGGCCGAATGGCCAATGCAATGAATGTGAAAGTGTATGTATATGTGATAA
24812 GACCGAATGGCCA
131 GACCGAATGGCCA
*
24825 ATGTGATGAATGTGAAAGTGTATGTATATGTGACAAGGCCGAATGGCCAATGTGATGAATGTGAA
1 ATGTGATGAATGTGAAAGTGTATG--TATGTGATAAGGCCGAATGGCCAATGTGATGAATGTGAA
* * *
24890 AGTATATATATATGATAAGGCCGAATGGCCAATG
64 AGTGTATGTATGTGATAAGGCCGAATGGCCAATG
24924 TGATGGAAGT
Statistics
Matches: 232, Mismatches: 8, Indels: 2
0.96 0.03 0.01
Matches are distributed among these distances:
143 163 0.70
145 69 0.30
ACGTcount: A:0.33, C:0.09, G:0.30, T:0.28
Consensus pattern (143 bp):
ATGTGATGAATGTGAAAGTGTATGTATGTGATAAGGCCGAATGGCCAATGTGATGAATGTGAAAG
TGTATGTATGTGATAAGGCCGAATGGCCAATGCAATGAATGTGAAAGTGTATGTATATGTGATAA
GACCGAATGGCCA
Found at i:26077 original size:40 final size:40
Alignment explanation
Indices: 26022--26311 Score: 458
Period size: 40 Copynumber: 7.3 Consensus size: 40
26012 GTAGAATGAT
*
26022 ATTCGTGCTGGTGTTATATTCGGGCTAAGTCCCGAAGAGC
1 ATTCGTGCTGGTGTTATATCCGGGCTAAGTCCCGAAGAGC
*
26062 ATTCGTGCTGGTGTTATATCCGGGCTAAGACCCGAAGAGC
1 ATTCGTGCTGGTGTTATATCCGGGCTAAGTCCCGAAGAGC
* *
26102 ATTCGTGCTGGTGTTATCTCCAGGCTAAGTCCCGAAGAGC
1 ATTCGTGCTGGTGTTATATCCGGGCTAAGTCCCGAAGAGC
* *
26142 ATTCGTGCTGGTGTTATGTCCGGGCTAAGTCTCGAAGAGC
1 ATTCGTGCTGGTGTTATATCCGGGCTAAGTCCCGAAGAGC
*
26182 ATTCGTGCTGGTGTTATGTCCGGGCTAAGTCCCGAAGAGC
1 ATTCGTGCTGGTGTTATATCCGGGCTAAGTCCCGAAGAGC
*
26222 ATTCGTGCTGGTGTTATGTCCGGGCTAAGTCCCGAAGAGC
1 ATTCGTGCTGGTGTTATATCCGGGCTAAGTCCCGAAGAGC
** *
26262 ATTCGTGCTGGTAATATATCCGGGCTAA-ACCTCGAAG-GC
1 ATTCGTGCTGGTGTTATATCCGGGCTAAGTCC-CGAAGAGC
26301 ATTCGTGCTGG
1 ATTCGTGCTGG
26312 AATTATAAGG
Statistics
Matches: 236, Mismatches: 13, Indels: 3
0.94 0.05 0.01
Matches are distributed among these distances:
39 15 0.06
40 221 0.94
ACGTcount: A:0.20, C:0.22, G:0.30, T:0.28
Consensus pattern (40 bp):
ATTCGTGCTGGTGTTATATCCGGGCTAAGTCCCGAAGAGC
Found at i:26418 original size:28 final size:28
Alignment explanation
Indices: 26321--26424 Score: 102
Period size: 28 Copynumber: 3.7 Consensus size: 28
26311 GAATTATAAG
* * *
26321 GCACTGTGTGTGCAAGCTCTTCAACCGA
1 GCACTATGTGTGCGAGATCTTCAACCGA
* * ***
26349 GCACTATGTGTGCCAGATCAGT-AGTTGA
1 GCACTATGTGTGCGAGATC-TTCAACCGA
*
26377 GGCACTATGTGTGCGAGTTCTTCAACCGA
1 -GCACTATGTGTGCGAGATCTTCAACCGA
26406 GCACTATGTGTGCGAGATC
1 GCACTATGTGTGCGAGATC
26425 GGTCAGTAGA
Statistics
Matches: 59, Mismatches: 14, Indels: 6
0.75 0.18 0.08
Matches are distributed among these distances:
28 38 0.64
29 21 0.36
ACGTcount: A:0.22, C:0.23, G:0.28, T:0.27
Consensus pattern (28 bp):
GCACTATGTGTGCGAGATCTTCAACCGA
Found at i:29584 original size:49 final size:47
Alignment explanation
Indices: 29432--29834 Score: 659
Period size: 47 Copynumber: 8.5 Consensus size: 47
29422 TTAGGATTTT
*
29432 ATGTGATGAATGTGAGAGTGTATGTATGTGATAAGGCCGAATGGCCA
1 ATGTGATGAATGTGAAAGTGTATGTATGTGATAAGGCCGAATGGCCA
29479 ATGTGATGAATGTGAAAGTGTATGTATGTGATAAGGCCGAATGGCCA
1 ATGTGATGAATGTGAAAGTGTATGTATGTGATAAGGCCGAATGGCCA
29526 A--TGATGAATGTGAAAGTGTATGTATATGTGATAAGGCCGAATGGCCA
1 ATGTGATGAATGTGAAAGTGTATG--TATGTGATAAGGCCGAATGGCCA
29573 ATGTGATGAATGTGAAAGTGTATGTATGTGATAAGGCCGAATGGCCA
1 ATGTGATGAATGTGAAAGTGTATGTATGTGATAAGGCCGAATGGCCA
29620 ATGTGATGAATGTGAAAGTGTATGTATGTGATAAGGCCGAATGGCCA
1 ATGTGATGAATGTGAAAGTGTATGTATGTGATAAGGCCGAATGGCCA
*
29667 ATGTGATGAATGTGAAAGTGTATGTATATGTGATAAGACCGAATGGCCA
1 ATGTGATGAATGTGAAAGTGTATG--TATGTGATAAGGCCGAATGGCCA
*
29716 ATGTGATGAATGTGAAAGTGTATGTATATGTGACAAGGCCGAATGGCCA
1 ATGTGATGAATGTGAAAGTGTATG--TATGTGATAAGGCCGAATGGCCA
* * *
29765 ATGTGATGAATGTGAAAGTATATATATATGATAAGGCCGAATGGCCA
1 ATGTGATGAATGTGAAAGTGTATGTATGTGATAAGGCCGAATGGCCA
*
29812 ATGTGATGGAA-GTGGAAGTGTAT
1 ATGTGAT-GAATGTGAAAGTGTAT
29835 AACTGTGATA
Statistics
Matches: 339, Mismatches: 10, Indels: 14
0.93 0.03 0.04
Matches are distributed among these distances:
45 21 0.06
47 203 0.60
48 3 0.01
49 112 0.33
ACGTcount: A:0.33, C:0.08, G:0.31, T:0.28
Consensus pattern (47 bp):
ATGTGATGAATGTGAAAGTGTATGTATGTGATAAGGCCGAATGGCCA
Found at i:29601 original size:25 final size:25
Alignment explanation
Indices: 29573--29651 Score: 69
Period size: 25 Copynumber: 3.3 Consensus size: 25
29563 CGAATGGCCA
29573 ATGTGATGAATGTGAAAGTGTATGT
1 ATGTGATGAATGTGAAAGTGTATGT
* * * *
29598 ATGTGAT-AAGGCCGAATG-GCCA---
1 ATGTGATGAATG-TGAAAGTG-TATGT
29620 ATGTGATGAATGTGAAAGTGTATGT
1 ATGTGATGAATGTGAAAGTGTATGT
29645 ATGTGAT
1 ATGTGAT
29652 AAGGCCGAAT
Statistics
Matches: 39, Mismatches: 8, Indels: 14
0.64 0.13 0.23
Matches are distributed among these distances:
22 12 0.31
23 4 0.10
24 4 0.10
25 19 0.49
ACGTcount: A:0.32, C:0.05, G:0.32, T:0.32
Consensus pattern (25 bp):
ATGTGATGAATGTGAAAGTGTATGT
Found at i:30967 original size:40 final size:40
Alignment explanation
Indices: 30912--31201 Score: 458
Period size: 40 Copynumber: 7.3 Consensus size: 40
30902 GTAGAATGAT
*
30912 ATTCGTGCTGGTGTTATATTCGGGCTAAGTCCCGAAGAGC
1 ATTCGTGCTGGTGTTATATCCGGGCTAAGTCCCGAAGAGC
*
30952 ATTCGTGCTGGTGTTATATCCGGGCTAAGACCCGAAGAGC
1 ATTCGTGCTGGTGTTATATCCGGGCTAAGTCCCGAAGAGC
* *
30992 ATTCGTGCTGGTGTTATCTCCAGGCTAAGTCCCGAAGAGC
1 ATTCGTGCTGGTGTTATATCCGGGCTAAGTCCCGAAGAGC
* *
31032 ATTCGTGCTGGTGTTATGTCCGGGCTAAGTCTCGAAGAGC
1 ATTCGTGCTGGTGTTATATCCGGGCTAAGTCCCGAAGAGC
*
31072 ATTCGTGCTGGTGTTATGTCCGGGCTAAGTCCCGAAGAGC
1 ATTCGTGCTGGTGTTATATCCGGGCTAAGTCCCGAAGAGC
*
31112 ATTCGTGCTGGTGTTATGTCCGGGCTAAGTCCCGAAGAGC
1 ATTCGTGCTGGTGTTATATCCGGGCTAAGTCCCGAAGAGC
** *
31152 ATTCGTGCTGGTAATATATCCGGGCTAA-ACCTCGAAG-GC
1 ATTCGTGCTGGTGTTATATCCGGGCTAAGTCC-CGAAGAGC
31191 ATTCGTGCTGG
1 ATTCGTGCTGG
31202 AATTATAAGG
Statistics
Matches: 236, Mismatches: 13, Indels: 3
0.94 0.05 0.01
Matches are distributed among these distances:
39 15 0.06
40 221 0.94
ACGTcount: A:0.20, C:0.22, G:0.30, T:0.28
Consensus pattern (40 bp):
ATTCGTGCTGGTGTTATATCCGGGCTAAGTCCCGAAGAGC
Found at i:31308 original size:28 final size:28
Alignment explanation
Indices: 31211--31314 Score: 102
Period size: 28 Copynumber: 3.7 Consensus size: 28
31201 GAATTATAAG
* * *
31211 GCACTGTGTGTGCAAGCTCTTCAACCGA
1 GCACTATGTGTGCGAGATCTTCAACCGA
* * ***
31239 GCACTATGTGTGCCAGATCAGT-AGTTGA
1 GCACTATGTGTGCGAGATC-TTCAACCGA
*
31267 GGCACTATGTGTGCGAGTTCTTCAACCGA
1 -GCACTATGTGTGCGAGATCTTCAACCGA
31296 GCACTATGTGTGCGAGATC
1 GCACTATGTGTGCGAGATC
31315 GGTCAGTAGA
Statistics
Matches: 59, Mismatches: 14, Indels: 6
0.75 0.18 0.08
Matches are distributed among these distances:
28 38 0.64
29 21 0.36
ACGTcount: A:0.22, C:0.23, G:0.28, T:0.27
Consensus pattern (28 bp):
GCACTATGTGTGCGAGATCTTCAACCGA
Found at i:34261 original size:43 final size:45
Alignment explanation
Indices: 34179--34578 Score: 320
Period size: 46 Copynumber: 8.5 Consensus size: 45
34169 TTTGGATTTT
*
34179 ATGTGATGAATGTGAGAGTG-ATGTA-GTGATAAGGCCGAATGGCA
1 ATGTGATGAATGTGAAAGTGTATGTATGTGATAAGG-CGAATGGCA
34223 ATGTGATG-ATGTGAAAGTGTATGTATGT-ATAAGGCGAATGGCCA
1 ATGTGATGAATGTGAAAGTGTATGTATGTGATAAGGCGAATGG-CA
*
34267 ATG-CATG-ATGTGAAAGTGTATGTATATGTGATAAGGCGAATGGCA
1 ATGTGATGAATGTGAAAGTGTATG--TATGTGATAAGGCGAATGGCA
* * *
34312 ATGTGATGAATGTGAAAGTGTATGTATGAATGTTGAAGTGTGTTATGTAAGGCGA
1 ATGTGATGAATGTGAAAGTGTATGTATG--TGAT-AAG-GCG--A---ATGGC-A
** *
34367 ATGCCAATGTGATGAATGTGAAAGTGTATGTATAGTGATAAGGCCGAATGACCA
1 ATG-TGAT-----GAATGTGAAAGTGTATGTAT-GTGATAAGG-CGAATG-GCA
* *
34421 ATGTGATGAATGTGAAAGTGTAT-TATTTGATAAGCCGAATGGCA
1 ATGTGATGAATGTGAAAGTGTATGTATGTGATAAGGCGAATGGCA
*
34465 ATGTGATGAATGTG-AAGTGTATGTATATGTGA-CAGGCGAATGGCCA
1 ATGTGATGAATGTGAAAGTGTATG--TATGTGATAAGGCGAATGG-CA
* * *
34511 ATGTGATGAATGTG-AAGTAT-TATATATGATAAGGCCGAATGGCGA
1 ATGTGATGAATGTGAAAGTGTATGTATGTGATAAGG-CGAATGGC-A
*
34556 ATGTGATGGAA-GTGGAAGTGTAT
1 ATGTGAT-GAATGTGAAAGTGTAT
34579 AACTGTGATA
Statistics
Matches: 294, Mismatches: 25, Indels: 71
0.75 0.06 0.18
Matches are distributed among these distances:
43 49 0.17
44 44 0.15
45 50 0.17
46 58 0.20
47 22 0.07
48 19 0.06
49 2 0.01
51 1 0.00
53 2 0.01
54 10 0.03
55 5 0.02
56 2 0.01
57 1 0.00
58 1 0.00
59 4 0.01
60 3 0.01
61 20 0.07
62 1 0.00
ACGTcount: A:0.33, C:0.07, G:0.32, T:0.29
Consensus pattern (45 bp):
ATGTGATGAATGTGAAAGTGTATGTATGTGATAAGGCGAATGGCA
Found at i:34460 original size:153 final size:152
Alignment explanation
Indices: 34178--34490 Score: 444
Period size: 153 Copynumber: 2.0 Consensus size: 152
34168 ATTTGGATTT
*
34178 TATGTGATGAATGTGAGAGTGATGTAGTGATAAGGCCGAATGGCAATGTGATGATGTGAAAGTGT
1 TATGT-ATGAATGTGAGAGTGATGTAGTGATAAGGCCGAATGCCAATGTGATGATGTGAAAGTGT
* *
34243 ATGTATGTATAAGGCGAATGGCCAATGCATGATGTGAAAGTGTATGTATATGTGATAAGGCGAAT
65 ATGTATGTATAAGGCGAATGACCAATGCATGATGTGAAAGTGTATGTATATGTGATAAGCCGAAT
34308 GGCAATGTGATGAATGTGAAAGTG
130 GGCAATGTGATGAATGTG-AAGTG
34332 TATGTATGAATGTTGA-AGTG-TGTTA-TG-TAAGG-CGAATGCCAATGTGATGAATGTGAAAGT
1 TATGTATGAATG-TGAGAGTGATG-TAGTGATAAGGCCGAATGCCAATGTGATG-ATGTGAAAGT
*
34392 GTATGTATAGTGATAAGGCCGAATGACCAATGTGATGAATGTGAAAGTGTAT-TAT-T-TGATAA
63 GTATGTAT-GT-ATAAGG-CGAATGACCAATG-CATG-ATGTGAAAGTGTATGTATATGTGATAA
34454 GCCGAATGGCAATGTGATGAATGTGAAGTG
123 GCCGAATGGCAATGTGATGAATGTGAAGTG
34484 TATGTAT
1 TATGTAT
34491 ATGTGACAGG
Statistics
Matches: 147, Mismatches: 4, Indels: 18
0.87 0.02 0.11
Matches are distributed among these distances:
150 16 0.11
151 23 0.16
152 18 0.12
153 49 0.33
154 21 0.14
155 6 0.04
156 14 0.10
ACGTcount: A:0.33, C:0.06, G:0.31, T:0.30
Consensus pattern (152 bp):
TATGTATGAATGTGAGAGTGATGTAGTGATAAGGCCGAATGCCAATGTGATGATGTGAAAGTGTA
TGTATGTATAAGGCGAATGACCAATGCATGATGTGAAAGTGTATGTATATGTGATAAGCCGAATG
GCAATGTGATGAATGTGAAGTG
Found at i:34575 original size:135 final size:132
Alignment explanation
Indices: 34333--34578 Score: 340
Period size: 135 Copynumber: 1.8 Consensus size: 132
34323 GTGAAAGTGT
* *
34333 ATGTATGAATGTTGAAGTGTGTTATGTAAGGCGAATGCCAATGTGATGAATGTGAAAGTGTATGT
1 ATGTATGAATGTTGAAGTGTGTTATGTAAGGCGAATGCCAATGTGATGAATGTGAAAGTATATAT
34398 ATAGTGATAAGGCCGAATGACCAATGTGATGAATGTGAAAGTGTATTATTTGATAAGCCGAATGG
66 ATAGTGATAAGGCCGAATGACCAATGTGATGAATGTGAAAGTGTATTATTTGATAAGCCGAATGG
34463 CA
131 CA
34465 ATGTGATGAATG-TGAAGTGTATGTATATGTGACAGGCGAATGGCCAATGTGATGAATGTG-AAG
1 ATGT-ATGAATGTTGAAGTG--TGT-TATGT-A-AGGCGAAT-GCCAATGTGATGAATGTGAAAG
* * *
34528 TAT-TATATA-TGATAAGGCCGAATGGCGAATGTGATGGAA-GTGGAAGTGTAT
59 TATATATATAGTGATAAGGCCGAATGACCAATGTGAT-GAATGTGAAAGTGTAT
34579 AACTGTGATA
Statistics
Matches: 101, Mismatches: 5, Indels: 13
0.85 0.04 0.11
Matches are distributed among these distances:
132 11 0.11
133 7 0.07
134 3 0.03
135 40 0.40
136 9 0.09
137 13 0.13
138 18 0.18
ACGTcount: A:0.33, C:0.07, G:0.30, T:0.30
Consensus pattern (132 bp):
ATGTATGAATGTTGAAGTGTGTTATGTAAGGCGAATGCCAATGTGATGAATGTGAAAGTATATAT
ATAGTGATAAGGCCGAATGACCAATGTGATGAATGTGAAAGTGTATTATTTGATAAGCCGAATGG
CA
Done.