Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: Scaffold3552
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 1000
Length: 25600
ACGTcount: A:0.31, C:0.21, G:0.16, T:0.32
Found at i:12974 original size:48 final size:48
Alignment explanation
Indices: 12910--13234 Score: 514
Period size: 48 Copynumber: 7.0 Consensus size: 48
12900 AATATATATG
12910 TATGTGGTAAAGCCGAATGGCTAGTGTGAAATATGTATGAGATATGTA
1 TATGTGGTAAAGCCGAATGGCTAGTGTGAAATATGTATGAGATATGTA
*
12958 TATGTGGTAAAGCCGAATGGCTAATGTGAAATATGTATGAGATATGTA
1 TATGTGGTAAAGCCGAATGGCTAGTGTGAAATATGTATGAGATATGTA
* *
13006 TATGTGGTAAAGCCGAATGGCTAATGCGAAATATGTATGAGATATGTA
1 TATGTGGTAAAGCCGAATGGCTAGTGTGAAATATGTATGAGATATGTA
13054 TATGTGGTAAAGCCGAATGGCTAGTGTG----A--TAT--G-TA--TA
1 TATGTGGTAAAGCCGAATGGCTAGTGTGAAATATGTATGAGATATGTA
*
13091 --TGTGGTAAAGCTGAATGGCTAGTGTGAAATATGTATGAGATATGTA
1 TATGTGGTAAAGCCGAATGGCTAGTGTGAAATATGTATGAGATATGTA
13137 TATGTGGTAAAGCCGAATGGCTAGTGTGAAATATGTATGAGATATGTA
1 TATGTGGTAAAGCCGAATGGCTAGTGTGAAATATGTATGAGATATGTA
*
13185 TATGTGGTAAAGCCGAATGGCTAATGTGAAATATGTATGAGATATGTA
1 TATGTGGTAAAGCCGAATGGCTAGTGTGAAATATGTATGAGATATGTA
13233 TA
1 TA
13235 GAATAGACCA
Statistics
Matches: 257, Mismatches: 7, Indels: 26
0.89 0.02 0.09
Matches are distributed among these distances:
35 25 0.10
37 2 0.01
39 3 0.01
40 1 0.00
41 3 0.01
42 3 0.01
43 1 0.00
44 3 0.01
46 2 0.01
48 214 0.83
ACGTcount: A:0.34, C:0.06, G:0.28, T:0.31
Consensus pattern (48 bp):
TATGTGGTAAAGCCGAATGGCTAGTGTGAAATATGTATGAGATATGTA
Found at i:13092 original size:35 final size:35
Alignment explanation
Indices: 13046--13126 Score: 135
Period size: 35 Copynumber: 2.3 Consensus size: 35
13036 ATATGTATGA
13046 GATATGTATATGTGGTAAAGCCGAATGGCTAGTGT
1 GATATGTATATGTGGTAAAGCCGAATGGCTAGTGT
*
13081 GATATGTATATGTGGTAAAGCTGAATGGCTAGTGT
1 GATATGTATATGTGGTAAAGCCGAATGGCTAGTGT
13116 GAAATATGTAT
1 G--ATATGTAT
13127 GAGATATGTA
Statistics
Matches: 43, Mismatches: 1, Indels: 2
0.93 0.02 0.04
Matches are distributed among these distances:
35 35 0.81
37 8 0.19
ACGTcount: A:0.31, C:0.06, G:0.30, T:0.33
Consensus pattern (35 bp):
GATATGTATATGTGGTAAAGCCGAATGGCTAGTGT
Found at i:13096 original size:83 final size:87
Alignment explanation
Indices: 12997--13234 Score: 340
Period size: 83 Copynumber: 2.7 Consensus size: 87
12987 AATATGTATG
*
12997 AGATATGTATATGTGGTAAAGCCGAATGGCTAATGCGAAATATGTATGAGATATGTATATGTGGT
1 AGATATGTATATGTGGTAAAGCCGAATGGCTAATGTGAAATATGTATGAGATATGTATATGTGGT
13062 AAAGCCGAATGGCTA-G-TG-T
66 AAAGCCGAATGGCTAGGATGAT
* *
13081 -GATATGTATATGTGGTAAAGCTGAATGGCTAGTGTGAAATATGTATGAGATATGTATATGTGGT
1 AGATATGTATATGTGGTAAAGCCGAATGGCTAATGTGAAATATGTATGAGATATGTATATGTGGT
13145 AAAGCCGAATGGCTAGTGTGAAATATGTAT
66 AAAGCCGAATGGCTA--G-G----ATG-AT
13175 GAGATATGTATATGTGGTAAAGCCGAATGGCTAATGTGAAATATGTATGAGATATGTATA
1 -AGATATGTATATGTGGTAAAGCCGAATGGCTAATGTGAAATATGTATGAGATATGTATA
13235 GAATAGACCA
Statistics
Matches: 136, Mismatches: 5, Indels: 14
0.88 0.03 0.09
Matches are distributed among these distances:
83 76 0.56
87 1 0.01
92 2 0.01
94 1 0.01
96 56 0.41
ACGTcount: A:0.34, C:0.06, G:0.28, T:0.32
Consensus pattern (87 bp):
AGATATGTATATGTGGTAAAGCCGAATGGCTAATGTGAAATATGTATGAGATATGTATATGTGGT
AAAGCCGAATGGCTAGGATGAT
Found at i:13096 original size:131 final size:131
Alignment explanation
Indices: 12950--13222 Score: 483
Period size: 131 Copynumber: 2.1 Consensus size: 131
12940 ATATGTATGA
12950 GATATGTATATGTGGTAAAGCCGAATGGCTAATGTGAAATATGTATGAGATATGTATATGTGGTA
1 GATATGTATATGTGGTAAAGCCGAATGGCTAATGTGAAATATGTATGAGATATGTATATGTGGTA
*
13015 AAGCCGAATGGCTAATGCGAAATATGTATGAGATATGTATATGTGGTAAAGCCGAATGGCTAGTG
66 AAGCCGAATGGCTAATGCGAAATATGTATGAGATATGTATATGTGGTAAAGCCGAATGGCTAATG
13080 T
131 T
* *
13081 GATATGTATATGTGGTAAAGCTGAATGGCTAGTGTGAAATATGTATGAGATATGTATATGTGGTA
1 GATATGTATATGTGGTAAAGCCGAATGGCTAATGTGAAATATGTATGAGATATGTATATGTGGTA
* *
13146 AAGCCGAATGGCTAGTGTGAAATATGTATGAGATATGTATATGTGGTAAAGCCGAATGGCTAATG
66 AAGCCGAATGGCTAATGCGAAATATGTATGAGATATGTATATGTGGTAAAGCCGAATGGCTAATG
13211 T
131 T
13212 GAAATATGTAT
1 G--ATATGTAT
13223 GAGATATGTA
Statistics
Matches: 135, Mismatches: 5, Indels: 2
0.95 0.04 0.01
Matches are distributed among these distances:
131 127 0.94
133 8 0.06
ACGTcount: A:0.34, C:0.07, G:0.28, T:0.32
Consensus pattern (131 bp):
GATATGTATATGTGGTAAAGCCGAATGGCTAATGTGAAATATGTATGAGATATGTATATGTGGTA
AAGCCGAATGGCTAATGCGAAATATGTATGAGATATGTATATGTGGTAAAGCCGAATGGCTAATG
T
Found at i:13126 original size:179 final size:179
Alignment explanation
Indices: 12910--13234 Score: 623
Period size: 179 Copynumber: 1.8 Consensus size: 179
12900 AATATATATG
12910 TATGTGGTAAAGCCGAATGGCTAGTGTGAAATATGTATGAGATATGTATATGTGGTAAAGCCGAA
1 TATGTGGTAAAGCCGAATGGCTAGTGTGAAATATGTATGAGATATGTATATGTGGTAAAGCCGAA
12975 TGGCTAATGTGAAATATGTATGAGATATGTATATGTGGTAAAGCCGAATGGCTAATGCGAAATAT
66 TGGCTAATGTGAAATATGTATGAGATATGTATATGTGGTAAAGCCGAATGGCTAATGCGAAATAT
13040 GTATGAGATATGTATATGTGGTAAAGCCGAATGGCTAGTGTGATATGTA
131 GTATGAGATATGTATATGTGGTAAAGCCGAATGGCTAGTGTGATATGTA
*
13089 TATGTGGTAAAGCTGAATGGCTAGTGTGAAATATGTATGAGATATGTATATGTGGTAAAGCCGAA
1 TATGTGGTAAAGCCGAATGGCTAGTGTGAAATATGTATGAGATATGTATATGTGGTAAAGCCGAA
* *
13154 TGGCTAGTGTGAAATATGTATGAGATATGTATATGTGGTAAAGCCGAATGGCTAATGTGAAATAT
66 TGGCTAATGTGAAATATGTATGAGATATGTATATGTGGTAAAGCCGAATGGCTAATGCGAAATAT
13219 GTATGAGATATGTATA
131 GTATGAGATATGTATA
13235 GAATAGACCA
Statistics
Matches: 143, Mismatches: 3, Indels: 0
0.98 0.02 0.00
Matches are distributed among these distances:
179 143 1.00
ACGTcount: A:0.34, C:0.06, G:0.28, T:0.31
Consensus pattern (179 bp):
TATGTGGTAAAGCCGAATGGCTAGTGTGAAATATGTATGAGATATGTATATGTGGTAAAGCCGAA
TGGCTAATGTGAAATATGTATGAGATATGTATATGTGGTAAAGCCGAATGGCTAATGCGAAATAT
GTATGAGATATGTATATGTGGTAAAGCCGAATGGCTAGTGTGATATGTA
Found at i:16793 original size:55 final size:53
Alignment explanation
Indices: 16656--16863 Score: 222
Period size: 55 Copynumber: 3.8 Consensus size: 53
16646 ATCCTTTTGA
* * *
16656 AACTTACCACTGTCATGTCTTGACATGGTCTTACATGGTATCCTTGCCTTATG
1 AACTTACCAATGCCATGTCTTGACATGGTCTTACATGGGATCCTTGCCTTATG
* *
16709 AACTTACCAATGCCATGCCTTGGCATGGTCTTACATGGGA-CCTTTGCCTTATAG
1 AACTTACCAATGCCATGTCTTGACATGGTCTTACATGGGATCC-TTGCCTTAT-G
* *** **
16763 TAACTTATCAATGCCATGTCTTGACATGGTCTTACATGATTTCCTCACCTTA-G
1 -AACTTACCAATGCCATGTCTTGACATGGTCTTACATGGGATCCTTGCCTTATG
* * *
16816 AAACCTTACCAATTGCCATGCCTTGGCATGGTCTTACATGGTATCCTT
1 -AA-CTTACCAA-TGCCATGTCTTGACATGGTCTTACATGGGATCCTT
16864 AAACCCTAAT
Statistics
Matches: 129, Mismatches: 20, Indels: 10
0.81 0.13 0.06
Matches are distributed among these distances:
52 2 0.02
53 47 0.36
54 8 0.06
55 70 0.54
56 2 0.02
ACGTcount: A:0.23, C:0.25, G:0.17, T:0.35
Consensus pattern (53 bp):
AACTTACCAATGCCATGTCTTGACATGGTCTTACATGGGATCCTTGCCTTATG
Found at i:20433 original size:40 final size:40
Alignment explanation
Indices: 20378--20458 Score: 162
Period size: 40 Copynumber: 2.0 Consensus size: 40
20368 TCATCATGAG
20378 AATAAATCAAGATATCATCAATGAACACAACTACAAGTTT
1 AATAAATCAAGATATCATCAATGAACACAACTACAAGTTT
20418 AATAAATCAAGATATCATCAATGAACACAACTACAAGTTT
1 AATAAATCAAGATATCATCAATGAACACAACTACAAGTTT
20458 A
1 A
20459 TCCAAGTACG
Statistics
Matches: 41, Mismatches: 0, Indels: 0
1.00 0.00 0.00
Matches are distributed among these distances:
40 41 1.00
ACGTcount: A:0.51, C:0.17, G:0.07, T:0.25
Consensus pattern (40 bp):
AATAAATCAAGATATCATCAATGAACACAACTACAAGTTT
Found at i:24004 original size:16 final size:16
Alignment explanation
Indices: 23979--24010 Score: 55
Period size: 16 Copynumber: 2.0 Consensus size: 16
23969 AAACTTCTTC
23979 ATACTCACTTACTTAA
1 ATACTCACTTACTTAA
*
23995 ATACTTACTTACTTAA
1 ATACTCACTTACTTAA
24011 TCAAATTTAT
Statistics
Matches: 15, Mismatches: 1, Indels: 0
0.94 0.06 0.00
Matches are distributed among these distances:
16 15 1.00
ACGTcount: A:0.38, C:0.22, G:0.00, T:0.41
Consensus pattern (16 bp):
ATACTCACTTACTTAA
Done.