genome.fa.s659.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold22
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  320205

Tables:   1   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
11306--11418	27	4.2	26	82	7	127	38	21	23	17	1.94
11306--11418	54	2.1	54	85	3	147	38	21	23	17	1.94
11519--11611	28	3.4	27	85	2	98	33	13	20	32	1.92
11550--11611	28	2.2	28	94	0	106	37	12	17	32	1.88
11547--11622	28	2.7	28	78	11	93	36	11	17	34	1.86
13259--13476	40	5.5	40	92	1	332	24	28	23	23	2.00
21297--21580	40	7.1	40	94	1	412	26	29	23	21	1.99
24608--24825	40	5.5	40	92	1	332	24	28	22	23	1.99
42004--42091	27	3.3	26	82	7	77	39	19	21	19	1.92
41997--42108	54	2.1	54	81	6	129	38	21	21	18	1.94
42016--42108	27	3.4	27	79	7	98	37	23	21	17	1.94
55554--55585	17	1.9	17	93	6	57	46	12	21	18	1.82
61061--61198	48	2.9	48	91	0	213	26	29	18	25	1.98
72459--72593	48	2.8	48	82	9	159	28	27	17	27	1.97
80031--80088	18	3.2	18	85	0	89	22	17	20	39	1.92
80023--80101	36	2.2	36	93	0	131	24	20	17	37	1.93
80039--80102	18	3.6	17	81	8	74	21	21	18	37	1.94
80032--80117	36	2.4	36	86	3	102	25	19	18	36	1.95
91441--91500	30	2.0	30	93	0	102	38	8	16	36	1.79
93539--93634	29	3.3	29	85	1	131	32	32	10	25	1.89
97074--97253	40	4.5	40	91	2	283	23	23	27	26	2.00
101864--101983	29	4.2	29	89	1	179	30	31	13	25	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
115121--115150	15	1.9	16	93	6	53	56	0	0	43	0.99
115335--115437	50	2.0	51	96	1	190	30	9	5	54	1.56
121039--121063	11	2.3	11	100	0	50	32	8	32	28	1.86
122388--122461	29	2.6	29	86	4	96	27	16	31	25	1.96
130431--130504	29	2.6	29	86	4	96	27	16	31	25	1.96
132424--132491	34	2.0	34	82	5	84	30	26	19	23	1.98
139557--139639	34	2.4	34	87	0	121	28	24	24	22	1.99
155214--155292	37	2.1	37	88	4	115	25	30	18	25	1.98
155411--155745	47	7.1	47	92	1	535	28	30	9	31	1.88
160092--160158	29	2.2	30	82	15	77	31	23	1	43	1.63
175170--175243	29	2.6	29	86	4	96	27	16	31	25	1.96
177636--177771	57	2.4	57	86	0	182	29	18	22	30	1.97
184490--184672	79	2.3	80	81	8	212	24	27	23	25	2.00
184488--184672	40	4.7	40	82	6	216	24	27	23	24	2.00
186774--186956	40	4.6	40	88	1	253	22	22	26	27	1.99
186774--186977	40	5.1	39	85	4	232	23	23	26	26	2.00
194965--195142	40	4.5	39	82	8	200	24	23	27	24	2.00
198324--198544	40	5.6	40	93	2	331	25	21	27	26	1.99
206389--206474	43	2.0	43	80	17	99	24	20	30	24	1.99
210339--210495	43	3.7	43	76	10	160	24	17	26	31	1.97
210336--210507	85	2.0	86	80	9	192	23	16	26	33	1.96
221736--221779	24	1.9	22	82	17	54	43	22	0	34	1.54
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
224299--224334	18	2.1	17	89	5	54	55	5	27	11	1.57
226927--226965	16	2.4	16	86	0	51	28	17	15	38	1.91
231170--231330	43	3.8	42	72	12	139	26	18	22	32	1.97
232451--232536	27	3.2	26	86	4	109	34	23	24	17	1.96
239998--240079	27	3.1	26	86	8	94	36	20	24	18	1.95
244191--244245	22	2.5	22	85	5	58	32	20	29	18	1.96
244212--244258	22	2.1	22	84	0	58	31	21	31	14	1.94
244498--244552	27	2.0	27	82	0	65	27	20	18	34	1.95
244879--244911	9	3.7	9	92	8	50	12	45	33	9	1.73
247781--247842	27	2.3	26	83	8	79	25	22	17	33	1.96
250210--250395	40	4.7	40	85	5	216	25	22	25	26	2.00
250210--250395	80	2.3	82	85	5	247	25	22	25	26	2.00
250263--250428	80	2.1	79	84	5	210	27	20	24	27	1.99
258155--258340	40	4.7	40	88	5	252	24	22	27	26	2.00
258208--258373	80	2.1	79	86	5	228	25	20	27	26	1.99
265842--265996	56	2.8	56	89	0	238	29	15	23	32	1.95
268779--268814	17	2.1	18	89	5	56	19	27	36	16	1.93
268989--269253	27	9.8	27	82	4	207	39	19	9	31	1.84
268989--269293	54	5.6	54	77	2	238	38	19	10	31	1.86
269504--269626	41	3.0	41	82	0	156	26	21	24	27	1.99
269764--269816	22	2.4	22	72	12	54	20	24	24	30	1.99
272416--272776	27	13.4	27	76	5	192	41	18	8	31	1.81
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
272629--272757	55	2.4	53	76	6	123	45	17	6	29	1.75
273024--273103	41	2.0	41	87	0	115	20	21	31	27	1.98
273247--273310	22	2.9	22	77	9	67	20	23	23	32	1.98
276600--276800	6	32.3	6	69	19	119	50	14	16	18	1.78
276600--276800	19	10.8	18	69	19	119	50	14	16	18	1.78
276620--276739	25	4.8	25	83	10	147	48	15	18	17	1.82
276670--276800	32	4.2	31	85	9	178	51	15	13	19	1.75
276937--277010	27	2.8	26	87	2	94	36	20	24	18	1.95
276950--277010	26	2.3	27	88	2	88	37	22	24	14	1.92
277682--278039	27	13.3	26	86	4	383	24	18	20	36	1.95
277655--278039	54	7.2	53	84	4	432	24	19	19	36	1.95
277681--278039	81	4.4	80	84	2	439	24	18	20	36	1.95
278021--278093	27	2.7	26	72	8	74	32	8	23	35	1.84
278075--278390	27	11.8	26	80	5	308	30	9	21	38	1.85
279245--279346	27	3.8	27	84	0	96	38	23	10	27	1.88
279225--279346	54	2.3	55	81	2	131	37	22	10	28	1.88
279356--279485	55	2.4	54	83	11	158	44	17	7	30	1.77
279279--279504	27	8.3	27	81	4	165	41	18	9	30	1.82
279746--279828	40	2.0	41	88	2	123	21	18	28	31	1.97
279968--280032	22	3.0	22	80	8	78	21	24	21	32	1.98
285129--285198	28	2.5	28	90	4	106	27	14	25	32	1.94
291099--291146	16	3.1	15	90	6	69	64	2	2	31	1.16
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
291095--291150	24	2.3	24	81	6	69	66	1	1	30	1.12
291095--291146	8	6.5	8	82	8	61	65	1	1	30	1.14
291303--291367	25	2.8	24	83	6	80	52	6	7	33	1.55
291381--291518	51	2.9	50	76	15	139	57	2	3	35	1.31
292056--292144	30	3.0	30	94	0	151	21	4	49	24	1.68
293005--293052	15	3.3	15	82	5	53	64	6	12	16	1.46
293043--293201	74	2.1	75	96	1	302	32	21	19	27	1.97
293189--293215	14	1.9	14	100	0	54	62	7	14	14	1.51
293115--293623	89	5.7	89	94	2	887	33	21	19	25	1.97
293107--293623	179	2.9	179	95	1	921	33	21	19	25	1.97
293458--293484	14	1.9	14	100	0	54	62	7	14	14	1.51
296061--296176	37	3.1	37	91	0	169	28	31	17	22	1.96
296295--296611	47	6.7	47	92	0	492	28	29	8	33	1.87
299956--300151	40	4.9	40	83	2	189	26	27	22	23	2.00
299970--300151	80	2.3	80	80	5	208	25	27	23	23	2.00
300457--300535	29	2.7	29	86	5	106	27	32	15	24	1.95
300517--300619	43	2.4	43	100	0	206	26	35	15	22	1.94
302430--302582	37	4.1	37	93	1	245	26	33	17	21	1.96
302701--303059	47	7.7	47	91	3	559	28	30	8	32	1.88
302701--303059	93	3.9	94	90	4	559	28	30	8	32	1.88
313771--313926	82	1.9	81	85	3	215	26	16	28	28	1.97
313770--313923	55	2.9	52	82	7	175	27	16	27	27	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
313771--313926	27	5.7	27	81	6	163	26	16	28	28	1.97
313763--313947	27	6.8	27	75	9	101	26	16	28	29	1.97
313763--313947	82	2.3	81	78	2	210	26	16	28	29	1.97

Tables:   1

The End!