genome.fa.s660.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold260
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  200848

Tables:   1   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1371--1541	58	3.1	55	82	12	233	21	24	11	42	1.85
2661--2695	17	2.1	17	88	0	52	42	2	2	51	1.31
12178--12242	27	2.4	27	89	0	94	27	15	16	40	1.89
12221--12667	134	3.3	132	79	6	436	32	7	19	40	1.80
12193--12668	161	3.0	160	81	6	577	31	8	19	40	1.81
12194--12667	27	17.7	27	80	5	397	31	8	19	40	1.81
21215--21248	17	1.9	18	94	5	61	32	11	17	38	1.86
25622--25737	43	2.6	45	76	14	132	25	22	18	34	1.96
25670--25796	68	1.9	68	83	6	168	26	25	16	30	1.97
33828--33894	34	2.0	33	88	5	100	41	10	1	46	1.47
34841--34904	29	2.2	29	97	0	119	20	35	28	15	1.93
35123--35682	292	1.9	289	95	1	1003	38	23	6	30	1.81
36200--36409	48	4.7	44	72	16	144	29	25	18	26	1.98
36277--36409	48	2.8	48	87	0	185	30	25	18	25	1.98
44816--44846	15	2.1	15	93	0	53	19	0	25	54	1.44
47212--47317	46	2.2	50	85	6	139	38	13	23	24	1.90
57062--57113	27	2.0	27	85	11	72	19	25	21	34	1.96
65846--66016	93	1.8	93	88	0	261	29	30	20	19	1.97
66436--66495	30	2.0	30	86	0	84	30	25	6	38	1.81
71466--71601	40	3.4	39	86	7	175	25	27	21	26	1.99
79358--79493	38	3.5	40	90	7	208	23	29	22	24	1.99
83948--84125	40	4.5	39	86	6	227	27	29	19	23	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
83920--84125	78	2.6	79	84	5	260	26	28	19	24	1.99
90139--90401	40	6.6	40	87	3	316	26	28	20	24	1.99
92115--92310	63	3.1	63	83	2	234	21	23	25	29	1.99
92967--93020	23	2.3	23	81	6	65	74	0	18	7	1.05
92977--93019	22	1.9	23	90	4	70	72	0	20	6	1.08
93012--93091	40	2.0	40	95	0	142	55	3	15	26	1.57
96337--96435	28	3.5	28	87	4	119	27	15	27	30	1.96
102764--102842	20	4.0	20	77	0	77	13	24	26	35	1.93
102851--102899	26	1.9	26	91	4	82	14	20	26	38	1.91
107920--108143	122	1.9	120	85	3	315	39	10	20	29	1.86
114903--114934	15	2.1	16	88	11	50	78	6	3	12	1.06
117881--117962	6	13.3	6	73	19	71	47	15	18	18	1.83
117890--117962	31	2.4	31	92	0	119	47	15	19	17	1.82
122799--122953	43	3.6	41	73	9	125	26	16	25	31	1.97
123671--123713	11	4.1	10	85	11	59	18	2	27	51	1.59
124127--124265	42	3.3	42	87	0	179	22	24	28	25	2.00
131700--131730	16	1.9	16	93	0	53	35	22	0	41	1.54
131697--131736	20	2.0	20	85	0	53	37	22	0	40	1.54
131968--132165	108	1.8	110	86	4	294	23	25	16	33	1.96
131921--132175	55	4.8	54	78	10	235	21	26	17	34	1.95
139287--139317	16	1.9	16	93	0	53	35	22	0	41	1.54
139284--139323	20	2.0	20	85	0	53	37	22	0	40	1.54
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
139555--139761	55	3.8	54	77	6	206	22	26	17	33	1.96
139553--139751	108	1.8	109	85	7	280	23	26	17	33	1.96
143252--143489	47	5.1	47	90	1	334	33	10	28	27	1.90
142935--144052	563	2.0	562	97	0	2121	35	8	23	33	1.84
143815--144093	47	5.9	47	91	0	416	33	10	29	26	1.90
143887--144009	22	5.3	22	65	21	72	32	11	29	26	1.91
143935--144056	22	5.3	22	65	24	63	33	11	28	26	1.91
144073--144209	46	3.0	46	89	0	202	35	8	31	24	1.86
145693--145986	40	7.4	40	96	0	527	24	20	27	26	1.99
146014--146202	57	3.3	57	85	2	238	22	18	29	29	1.97
146046--146147	29	3.6	29	78	7	109	23	16	30	29	1.96
146075--146174	28	3.5	28	81	8	130	21	17	30	32	1.95
149984--150127	47	3.1	46	88	2	198	33	10	29	26	1.90
150013--150084	22	3.1	22	64	24	58	33	13	29	23	1.93
150454--150738	47	6.1	47	87	4	387	33	11	28	27	1.91
149666--150557	470	1.9	469	99	0	1775	35	6	22	35	1.81
150483--150554	22	3.1	22	64	24	58	33	13	29	23	1.93
150595--150673	25	3.3	25	67	16	76	34	8	26	30	1.87
150620--150695	22	3.3	22	66	28	59	34	11	28	25	1.91
150712--150894	46	4.0	46	90	0	267	34	8	31	25	1.86
152642--152808	46	3.6	44	80	8	183	23	28	17	29	1.97
154928--155086	43	3.7	44	79	12	168	25	18	24	31	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
155808--155850	11	4.1	10	85	11	59	18	2	27	51	1.59
158309--158703	196	2.0	196	90	1	612	25	23	15	35	1.94
162591--162708	52	2.4	51	80	11	129	42	5	1	50	1.37
162669--162737	35	2.0	35	91	5	113	44	7	0	47	1.30
162703--162874	94	1.8	94	96	0	317	36	12	4	46	1.62
179582--179631	25	2.0	25	100	0	100	44	4	16	36	1.66
179653--179692	17	2.4	17	86	0	53	37	5	2	55	1.35
180044--180139	34	2.8	34	88	0	129	23	22	23	29	1.99
180545--180644	27	3.7	26	81	7	94	20	18	23	39	1.93
180638--180899	27	9.7	27	91	0	391	35	14	16	33	1.89
183315--183371	30	1.9	30	85	0	78	35	10	22	31	1.88
183711--183965	47	5.7	47	71	17	138	29	20	27	22	1.99
183852--183918	35	1.9	35	87	6	100	28	20	26	23	1.99
183806--183962	81	1.9	82	85	6	221	29	21	26	22	1.99
185705--185932	63	3.6	63	81	2	226	21	26	25	27	1.99
186590--186643	23	2.3	23	81	6	65	74	0	18	7	1.05
186600--186642	22	1.9	23	90	4	70	72	0	20	6	1.08
186635--186714	40	2.0	40	95	0	142	55	3	15	26	1.57
189960--190058	28	3.5	28	87	4	119	27	15	27	30	1.96
196387--196465	20	4.0	20	77	0	77	13	24	26	35	1.93
196474--196522	26	1.9	26	91	4	82	14	20	26	38	1.91

Tables:   1

The End!