Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: Scaffold2610
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 1000
Length: 37606
ACGTcount: A:0.32, C:0.19, G:0.18, T:0.32
Found at i:1833 original size:40 final size:37
Alignment explanation
Indices: 1789--1911 Score: 147
Period size: 37 Copynumber: 3.2 Consensus size: 37
1779 CTCTCGGGGT
* * *
1789 TTAGCACGGATATATCACTTGCACGAGATGCTCTTCGAAC
1 TTAGC-CGGATACATCACTAGCATGA-ATGCTCTTCG-AC
1829 TTAGCCCGGATACATCACTAGCATGAATGCTCTTCGAC
1 TTAG-CCGGATACATCACTAGCATGAATGCTCTTCGAC
* *
1867 TTAGCCGAATACATCGCTAGCATGAATGCTCTTCGGGAC
1 TTAGCCGGATACATCACTAGCATGAATGCTCTTC--GAC
1906 TTAGCC
1 TTAGCC
1912 CGAATTTTAT
Statistics
Matches: 75, Mismatches: 5, Indels: 7
0.86 0.06 0.08
Matches are distributed among these distances:
37 28 0.37
38 6 0.08
39 19 0.25
40 21 0.28
41 1 0.01
ACGTcount: A:0.26, C:0.27, G:0.20, T:0.27
Consensus pattern (37 bp):
TTAGCCGGATACATCACTAGCATGAATGCTCTTCGAC
Found at i:1887 original size:37 final size:38
Alignment explanation
Indices: 1802--1916 Score: 151
Period size: 37 Copynumber: 2.9 Consensus size: 38
1792 GCACGGATAT
* * *
1802 ATCACTTGCACGAGATGCTCTTCGAACTTAGCCCGGATAC
1 ATCACTAGCATGA-ATGCTCTTCG-ACTTAGCCCGAATAC
1842 ATCACTAGCATGAATGCTCTTCGACTTAG-CCGAATAC
1 ATCACTAGCATGAATGCTCTTCGACTTAGCCCGAATAC
*
1879 ATCGCTAGCATGAATGCTCTTCGGGACTTAGCCCGAAT
1 ATCACTAGCATGAATGCTCTTC--GACTTAGCCCGAAT
1917 TTTATAACAT
Statistics
Matches: 68, Mismatches: 4, Indels: 6
0.87 0.05 0.08
Matches are distributed among these distances:
37 28 0.41
38 6 0.09
39 17 0.25
40 17 0.25
ACGTcount: A:0.26, C:0.28, G:0.20, T:0.26
Consensus pattern (38 bp):
ATCACTAGCATGAATGCTCTTCGACTTAGCCCGAATAC
Found at i:6432 original size:47 final size:47
Alignment explanation
Indices: 6355--6667 Score: 526
Period size: 47 Copynumber: 6.7 Consensus size: 47
6345 ATAGGATTCT
6355 ATGTGATG-ATGTGAAA-TG-ATATATGTGATAAGGCCTAATGGCCG
1 ATGTGATGAATGTGAAAGTGTATATATGTGATAAGGCCTAATGGCCG
6399 ATGTGATGAATGTGAAAGTGTATATATGTGATAAGGCCTAATGGCCG
1 ATGTGATGAATGTGAAAGTGTATATATGTGATAAGGCCTAATGGCCG
6446 ATGTGATGAATGTGAAAGTGTATATATGTGATAAGGCCTAAT-GCCG
1 ATGTGATGAATGTGAAAGTGTATATATGTGATAAGGCCTAATGGCCG
6492 ATGTGATGAATGTGAAAGTGTATATATGTGATAAGGCCTAATGGCCG
1 ATGTGATGAATGTGAAAGTGTATATATGTGATAAGGCCTAATGGCCG
6539 ATGTGATGAATGTGAAAGTGTATATATGTGATAAGGCCTAATGGCCG
1 ATGTGATGAATGTGAAAGTGTATATATGTGATAAGGCCTAATGGCCG
* * * * *
6586 ATGTGATGAATGTGAAAGTGTATATATGTGACAGGGCCGAGTGGCCA
1 ATGTGATGAATGTGAAAGTGTATATATGTGATAAGGCCTAATGGCCG
* * *
6633 ACGTGATGGATGTGAAAGTGTATAAATGTGATAAG
1 ATGTGATGAATGTGAAAGTGTATATATGTGATAAG
6668 TCCCGAAGGG
Statistics
Matches: 255, Mismatches: 10, Indels: 5
0.94 0.04 0.02
Matches are distributed among these distances:
44 8 0.03
45 8 0.03
46 48 0.19
47 191 0.75
ACGTcount: A:0.32, C:0.08, G:0.30, T:0.29
Consensus pattern (47 bp):
ATGTGATGAATGTGAAAGTGTATATATGTGATAAGGCCTAATGGCCG
Found at i:6533 original size:140 final size:140
Alignment explanation
Indices: 6355--6667 Score: 524
Period size: 140 Copynumber: 2.2 Consensus size: 140
6345 ATAGGATTCT
6355 ATGTGATGATGTGAAA-TG-ATATATGTGATAAGGCCTAATGGCCGATGTGATGAATGTGAAAGT
1 ATGTGATGATGTGAAAGTGTATATATGTGATAAGGCCTAATGGCCGATGTGATGAATGTGAAAGT
*
6418 GTATATATGTGATAAGGCCTAATGGCCGATGTGATGAATGTGAAAGTGTATATATGTGATAAGGC
66 GTATATATGTGATAAGGCCTAATGGCCGATGTGATGAATGTGAAAGTGTATATATGTGACAAGGC
* *
6483 CTAAT-GCCG
131 CGAATGGCCA
6492 ATGTGATGAATGTGAAAGTGTATATATGTGATAAGGCCTAATGGCCGATGTGATGAATGTGAAAG
1 ATGTGATG-ATGTGAAAGTGTATATATGTGATAAGGCCTAATGGCCGATGTGATGAATGTGAAAG
*
6557 TGTATATATGTGATAAGGCCTAATGGCCGATGTGATGAATGTGAAAGTGTATATATGTGACAGGG
65 TGTATATATGTGATAAGGCCTAATGGCCGATGTGATGAATGTGAAAGTGTATATATGTGACAAGG
*
6622 CCGAGTGGCCA
130 CCGAATGGCCA
* *
6633 ACGTGATGGATGTGAAAGTGTATAAATGTGATAAG
1 ATGTGAT-GATGTGAAAGTGTATATATGTGATAAG
6668 TCCCGAAGGG
Statistics
Matches: 164, Mismatches: 7, Indels: 6
0.93 0.04 0.03
Matches are distributed among these distances:
137 8 0.05
138 8 0.05
139 2 0.01
140 111 0.68
141 34 0.21
142 1 0.01
ACGTcount: A:0.32, C:0.08, G:0.30, T:0.29
Consensus pattern (140 bp):
ATGTGATGATGTGAAAGTGTATATATGTGATAAGGCCTAATGGCCGATGTGATGAATGTGAAAGT
GTATATATGTGATAAGGCCTAATGGCCGATGTGATGAATGTGAAAGTGTATATATGTGACAAGGC
CGAATGGCCA
Found at i:6842 original size:37 final size:37
Alignment explanation
Indices: 6786--6864 Score: 122
Period size: 37 Copynumber: 2.1 Consensus size: 37
6776 CCGAGCTCTA
* * *
6786 AAGACCCGATGACTACGTGTGGGGATTTTGTCCGGGT
1 AAGACCCGATAACTACGTGTGGAGATTATGTCCGGGT
*
6823 AAGACCCGATAACTTCGTGTGGAGATTATGTCCGGGT
1 AAGACCCGATAACTACGTGTGGAGATTATGTCCGGGT
6860 AAGAC
1 AAGAC
6865 TTCGTAATAA
Statistics
Matches: 38, Mismatches: 4, Indels: 0
0.90 0.10 0.00
Matches are distributed among these distances:
37 38 1.00
ACGTcount: A:0.24, C:0.19, G:0.32, T:0.25
Consensus pattern (37 bp):
AAGACCCGATAACTACGTGTGGAGATTATGTCCGGGT
Found at i:10853 original size:47 final size:47
Alignment explanation
Indices: 10774--12512 Score: 3118
Period size: 47 Copynumber: 36.6 Consensus size: 47
10764 TATTTGAATA
10774 AATGTGAAAGTGTATATATATGTGATAAGGCCTAATGGCCGATGTGATG
1 AATGTGAAAGTG--TATATATGTGATAAGGCCTAATGGCCGATGTGATG
10823 AATGTGAAAGTGTATATATGTGATAAGGCCTAATGGCCGATGTGATG
1 AATGTGAAAGTGTATATATGTGATAAGGCCTAATGGCCGATGTGATG
10870 AATGTGAAAGTGTATATATGTGATAAGGCCTAATGGCCGATGTGATG
1 AATGTGAAAGTGTATATATGTGATAAGGCCTAATGGCCGATGTGATG
10917 AATGTGAAAGTGTATATATGTGATAAGGCCTAATGGCCGATGTGATG
1 AATGTGAAAGTGTATATATGTGATAAGGCCTAATGGCCGATGTGATG
10964 AATGTGAAAGTGTATATATGTGATAAGGCCTAATGGCCGATGTGATG
1 AATGTGAAAGTGTATATATGTGATAAGGCCTAATGGCCGATGTGATG
*
11011 AATGTGAAAGTGTATATATATTTGATAAGGCCTAATGGCCGATGTGATG
1 AATGTGAAAGTG--TATATATGTGATAAGGCCTAATGGCCGATGTGATG
11060 AATGTGAAAGTGTATATATGTGATAAGGCCTAATGGCCGATGTGATG
1 AATGTGAAAGTGTATATATGTGATAAGGCCTAATGGCCGATGTGATG
* *
11107 AATGTGAAAGTGTATATATATGTGATAAGGCCTAATTGCCGGTGTGATG
1 AATGTGAAAGTG--TATATATGTGATAAGGCCTAATGGCCGATGTGATG
11156 AATGTGAAAGTGTATATATGTGATAAGGCCTAATGGCCGATGTGATG
1 AATGTGAAAGTGTATATATGTGATAAGGCCTAATGGCCGATGTGATG
* *
11203 AATGTGAAAGTGTATATATATGTGATAAGGCCTAATTGCCGGTGTGATG
1 AATGTGAAAGTG--TATATATGTGATAAGGCCTAATGGCCGATGTGATG
11252 AATGTGAAAGTGTATATATGTGATAAGGCCTAATGGCCGATGTGATG
1 AATGTGAAAGTGTATATATGTGATAAGGCCTAATGGCCGATGTGATG
*
11299 AATGTGAAAGTGTATATATGTGATAAGGCCTACTGGCCGATGTGATG
1 AATGTGAAAGTGTATATATGTGATAAGGCCTAATGGCCGATGTGATG
11346 AATGTGAAAGTGTATATATGTGATAAGGCCTAATGGCCGATGTGATG
1 AATGTGAAAGTGTATATATGTGATAAGGCCTAATGGCCGATGTGATG
11393 AATGTGAAAGTGTATATATGTGATAAGGCCTAATGGCCGATGTGATG
1 AATGTGAAAGTGTATATATGTGATAAGGCCTAATGGCCGATGTGATG
*
11440 AATGTGAAAGTGTATATATATGTGATAAGGCCTAATGGCCAATGTGATG
1 AATGTGAAAGTG--TATATATGTGATAAGGCCTAATGGCCGATGTGATG
11489 AATGTGAAAGTGTATATATGTGATAAGGCCTAATGGCCGATGTGATG
1 AATGTGAAAGTGTATATATGTGATAAGGCCTAATGGCCGATGTGATG
11536 AATGTGAAAGTGTATATATGTGATAAGGCCTAATGGCCGATGTGATG
1 AATGTGAAAGTGTATATATGTGATAAGGCCTAATGGCCGATGTGATG
11583 AATGTGAAAGTGTATATATGTGATAAGGCCTAATGGCCGATGTGATG
1 AATGTGAAAGTGTATATATGTGATAAGGCCTAATGGCCGATGTGATG
11630 AATGTGAAAGTGTATATATATGTGATAAGGCCTAATGGCCGATGTGATG
1 AATGTGAAAGTG--TATATATGTGATAAGGCCTAATGGCCGATGTGATG
11679 AATGTGAAAGTGTATATATATGTGATAAGGCCTAATGGCCGATGTGATG
1 AATGTGAAAGTG--TATATATGTGATAAGGCCTAATGGCCGATGTGATG
11728 AATGTGAAAGTGTATATATGTGATAAGGCCTAATGGCCGATGTGATG
1 AATGTGAAAGTGTATATATGTGATAAGGCCTAATGGCCGATGTGATG
*
11775 AATGTGAAAGTGTATATATGTGATAACGCCTAATGGCCGATGTGATG
1 AATGTGAAAGTGTATATATGTGATAAGGCCTAATGGCCGATGTGATG
11822 AATGTGAAAGTGTATATATATGTGATAAGGCCTAATGGCCGATGTGATG
1 AATGTGAAAGTG--TATATATGTGATAAGGCCTAATGGCCGATGTGATG
*
11871 AATGTGACAGTGTATATATGTGATAAGGCCTAATGGCCGATGTGATG
1 AATGTGAAAGTGTATATATGTGATAAGGCCTAATGGCCGATGTGATG
11918 AATGTGAAAGTGTATATATGTGATAAGGCCTAATGGCCGATGTGATG
1 AATGTGAAAGTGTATATATGTGATAAGGCCTAATGGCCGATGTGATG
*
11965 AATGTGACAGTGTATATATGTGATAAGGCCTAATGGCCGATGTGATG
1 AATGTGAAAGTGTATATATGTGATAAGGCCTAATGGCCGATGTGATG
12012 AATGTGAAAGTGTATATATGTGATAAGGCCTAATGGCCGATGTGATG
1 AATGTGAAAGTGTATATATGTGATAAGGCCTAATGGCCGATGTGATG
12059 AATGTGAAAGTGTATATATATGTGATAAGGCCTAATGGCCGATGTGATG
1 AATGTGAAAGTG--TATATATGTGATAAGGCCTAATGGCCGATGTGATG
12108 AATGTGAAAGTGTATATATGTGATAAGGCCTAATGGCCGATGTGATG
1 AATGTGAAAGTGTATATATGTGATAAGGCCTAATGGCCGATGTGATG
12155 AATGTGAAAGTGTATATATATGTGATAAGGCCTAATGGCCGATGTGATG
1 AATGTGAAAGTG--TATATATGTGATAAGGCCTAATGGCCGATGTGATG
12204 AATGTGAAAGTGTATATATGTGATAAGGCCTAATGGCCGATGTGATG
1 AATGTGAAAGTGTATATATGTGATAAGGCCTAATGGCCGATGTGATG
12251 AATGTGAAAGTGTATATATGTGATAAGGCCTAATGGCCGATGTGATG
1 AATGTGAAAGTGTATATATGTGATAAGGCCTAATGGCCGATGTGATG
* *
12298 AATGTGAAAGTGTATATGTGTGATAAGGCCTAATGGCTGATGTGATG
1 AATGTGAAAGTGTATATATGTGATAAGGCCTAATGGCCGATGTGATG
12345 AATGTGAAAGTGTATATATGTGATAAGGCCTAATGGCCGATGTGATG
1 AATGTGAAAGTGTATATATGTGATAAGGCCTAATGGCCGATGTGATG
12392 AATGTGAAAGTGTATATATGTGATAAGGCCTAATGGCCGATGTGATG
1 AATGTGAAAGTGTATATATGTGATAAGGCCTAATGGCCGATGTGATG
* * * * * *
12439 AATGTGAAAGTGTATATATGTGACAGGGCCGAGTGGCCAACGTGATG
1 AATGTGAAAGTGTATATATGTGATAAGGCCTAATGGCCGATGTGATG
* *
12486 GATGTGAAAGTGTATAAATGTGATAAG
1 AATGTGAAAGTGTATATATGTGATAAG
12513 TCCCGAAGGG
Statistics
Matches: 1640, Mismatches: 34, Indels: 34
0.96 0.02 0.02
Matches are distributed among these distances:
47 1211 0.74
49 429 0.26
ACGTcount: A:0.32, C:0.09, G:0.29, T:0.30
Consensus pattern (47 bp):
AATGTGAAAGTGTATATATGTGATAAGGCCTAATGGCCGATGTGATG
Found at i:11061 original size:143 final size:141
Alignment explanation
Indices: 10774--12512 Score: 3118
Period size: 143 Copynumber: 12.2 Consensus size: 141
10764 TATTTGAATA
10774 AATGTGAAAGTGTATATATATGTGATAAGGCCTAATGGCCGATGTGATGAATGTGAAAGTGTATA
1 AATGTGAAAGTG--TATATATGTGATAAGGCCTAATGGCCGATGTGATGAATGTGAAAGTGTATA
10839 TATGTGATAAGGCCTAATGGCCGATGTGATGAATGTGAAAGTGTATATATGTGATAAGGCCTAAT
64 TATGTGATAAGGCCTAATGGCCGATGTGATGAATGTGAAAGTGTATATATGTGATAAGGCCTAAT
10904 GGCCGATGTGATG
129 GGCCGATGTGATG
10917 AATGTGAAAGTGTATATATGTGATAAGGCCTAATGGCCGATGTGATGAATGTGAAAGTGTATATA
1 AATGTGAAAGTGTATATATGTGATAAGGCCTAATGGCCGATGTGATGAATGTGAAAGTGTATATA
*
10982 TGTGATAAGGCCTAATGGCCGATGTGATGAATGTGAAAGTGTATATATATTTGATAAGGCCTAAT
66 TGTGATAAGGCCTAATGGCCGATGTGATGAATGTGAAAGTG--TATATATGTGATAAGGCCTAAT
11047 GGCCGATGTGATG
129 GGCCGATGTGATG
11060 AATGTGAAAGTGTATATATGTGATAAGGCCTAATGGCCGATGTGATGAATGTGAAAGTGTATATA
1 AATGTGAAAGTGTATATATGTGATAAGGCCTAATGGCCGATGTGATGAATGTGAAAGTG--TATA
* *
11125 TATGTGATAAGGCCTAATTGCCGGTGTGATGAATGTGAAAGTGTATATATGTGATAAGGCCTAAT
64 TATGTGATAAGGCCTAATGGCCGATGTGATGAATGTGAAAGTGTATATATGTGATAAGGCCTAAT
11190 GGCCGATGTGATG
129 GGCCGATGTGATG
* *
11203 AATGTGAAAGTGTATATATATGTGATAAGGCCTAATTGCCGGTGTGATGAATGTGAAAGTGTATA
1 AATGTGAAAGTG--TATATATGTGATAAGGCCTAATGGCCGATGTGATGAATGTGAAAGTGTATA
*
11268 TATGTGATAAGGCCTAATGGCCGATGTGATGAATGTGAAAGTGTATATATGTGATAAGGCCTACT
64 TATGTGATAAGGCCTAATGGCCGATGTGATGAATGTGAAAGTGTATATATGTGATAAGGCCTAAT
11333 GGCCGATGTGATG
129 GGCCGATGTGATG
11346 AATGTGAAAGTGTATATATGTGATAAGGCCTAATGGCCGATGTGATGAATGTGAAAGTGTATATA
1 AATGTGAAAGTGTATATATGTGATAAGGCCTAATGGCCGATGTGATGAATGTGAAAGTGTATATA
11411 TGTGATAAGGCCTAATGGCCGATGTGATGAATGTGAAAGTGTATATATATGTGATAAGGCCTAAT
66 TGTGATAAGGCCTAATGGCCGATGTGATGAATGTGAAAGTG--TATATATGTGATAAGGCCTAAT
*
11476 GGCCAATGTGATG
129 GGCCGATGTGATG
11489 AATGTGAAAGTGTATATATGTGATAAGGCCTAATGGCCGATGTGATGAATGTGAAAGTGTATATA
1 AATGTGAAAGTGTATATATGTGATAAGGCCTAATGGCCGATGTGATGAATGTGAAAGTGTATATA
11554 TGTGATAAGGCCTAATGGCCGATGTGATGAATGTGAAAGTGTATATATGTGATAAGGCCTAATGG
66 TGTGATAAGGCCTAATGGCCGATGTGATGAATGTGAAAGTGTATATATGTGATAAGGCCTAATGG
11619 CCGATGTGATG
131 CCGATGTGATG
11630 AATGTGAAAGTGTATATATATGTGATAAGGCCTAATGGCCGATGTGATGAATGTGAAAGTGTATA
1 AATGTGAAAGTG--TATATATGTGATAAGGCCTAATGGCCGATGTGATGAATGTGAAAGTG--TA
11695 TATATGTGATAAGGCCTAATGGCCGATGTGATGAATGTGAAAGTGTATATATGTGATAAGGCCTA
62 TATATGTGATAAGGCCTAATGGCCGATGTGATGAATGTGAAAGTGTATATATGTGATAAGGCCTA
11760 ATGGCCGATGTGATG
127 ATGGCCGATGTGATG
*
11775 AATGTGAAAGTGTATATATGTGATAACGCCTAATGGCCGATGTGATGAATGTGAAAGTGTATATA
1 AATGTGAAAGTGTATATATGTGATAAGGCCTAATGGCCGATGTGATGAATGTGAAAGTG--TATA
*
11840 TATGTGATAAGGCCTAATGGCCGATGTGATGAATGTGACAGTGTATATATGTGATAAGGCCTAAT
64 TATGTGATAAGGCCTAATGGCCGATGTGATGAATGTGAAAGTGTATATATGTGATAAGGCCTAAT
11905 GGCCGATGTGATG
129 GGCCGATGTGATG
*
11918 AATGTGAAAGTGTATATATGTGATAAGGCCTAATGGCCGATGTGATGAATGTGACAGTGTATATA
1 AATGTGAAAGTGTATATATGTGATAAGGCCTAATGGCCGATGTGATGAATGTGAAAGTGTATATA
11983 TGTGATAAGGCCTAATGGCCGATGTGATGAATGTGAAAGTGTATATATGTGATAAGGCCTAATGG
66 TGTGATAAGGCCTAATGGCCGATGTGATGAATGTGAAAGTGTATATATGTGATAAGGCCTAATGG
12048 CCGATGTGATG
131 CCGATGTGATG
12059 AATGTGAAAGTGTATATATATGTGATAAGGCCTAATGGCCGATGTGATGAATGTGAAAGTGTATA
1 AATGTGAAAGTG--TATATATGTGATAAGGCCTAATGGCCGATGTGATGAATGTGAAAGTGTATA
12124 TATGTGATAAGGCCTAATGGCCGATGTGATGAATGTGAAAGTGTATATATATGTGATAAGGCCTA
64 TATGTGATAAGGCCTAATGGCCGATGTGATGAATGTGAAAGTG--TATATATGTGATAAGGCCTA
12189 ATGGCCGATGTGATG
127 ATGGCCGATGTGATG
12204 AATGTGAAAGTGTATATATGTGATAAGGCCTAATGGCCGATGTGATGAATGTGAAAGTGTATATA
1 AATGTGAAAGTGTATATATGTGATAAGGCCTAATGGCCGATGTGATGAATGTGAAAGTGTATATA
*
12269 TGTGATAAGGCCTAATGGCCGATGTGATGAATGTGAAAGTGTATATGTGTGATAAGGCCTAATGG
66 TGTGATAAGGCCTAATGGCCGATGTGATGAATGTGAAAGTGTATATATGTGATAAGGCCTAATGG
*
12334 CTGATGTGATG
131 CCGATGTGATG
12345 AATGTGAAAGTGTATATATGTGATAAGGCCTAATGGCCGATGTGATGAATGTGAAAGTGTATATA
1 AATGTGAAAGTGTATATATGTGATAAGGCCTAATGGCCGATGTGATGAATGTGAAAGTGTATATA
* * * *
12410 TGTGATAAGGCCTAATGGCCGATGTGATGAATGTGAAAGTGTATATATGTGACAGGGCCGAGTGG
66 TGTGATAAGGCCTAATGGCCGATGTGATGAATGTGAAAGTGTATATATGTGATAAGGCCTAATGG
* *
12475 CCAACGTGATG
131 CCGATGTGATG
* *
12486 GATGTGAAAGTGTATAAATGTGATAAG
1 AATGTGAAAGTGTATATATGTGATAAG
12513 TCCCGAAGGG
Statistics
Matches: 1548, Mismatches: 32, Indels: 34
0.96 0.02 0.02
Matches are distributed among these distances:
141 516 0.33
143 801 0.52
145 231 0.15
ACGTcount: A:0.32, C:0.09, G:0.29, T:0.30
Consensus pattern (141 bp):
AATGTGAAAGTGTATATATGTGATAAGGCCTAATGGCCGATGTGATGAATGTGAAAGTGTATATA
TGTGATAAGGCCTAATGGCCGATGTGATGAATGTGAAAGTGTATATATGTGATAAGGCCTAATGG
CCGATGTGATG
Found at i:16634 original size:31 final size:31
Alignment explanation
Indices: 16590--16706 Score: 191
Period size: 31 Copynumber: 3.8 Consensus size: 31
16580 TCAATCTCAG
16590 CATAT-ACTGGGCCGAAGCCTTTACATTATT
1 CATATCACTGGGCCGAAGCCTTTACATTATT
* *
16620 CATATCACTAGGCCGAAGCCTTTTCATTATT
1 CATATCACTGGGCCGAAGCCTTTACATTATT
*
16651 CATATCACTGGGCCGAAGCCTTTTCATTATT
1 CATATCACTGGGCCGAAGCCTTTACATTATT
*
16682 CATATCATTGGGCCGAAGCCTTTAC
1 CATATCACTGGGCCGAAGCCTTTAC
16707 TGTAACAATA
Statistics
Matches: 81, Mismatches: 5, Indels: 1
0.93 0.06 0.01
Matches are distributed among these distances:
30 5 0.06
31 76 0.94
ACGTcount: A:0.25, C:0.26, G:0.16, T:0.33
Consensus pattern (31 bp):
CATATCACTGGGCCGAAGCCTTTACATTATT
Found at i:17036 original size:20 final size:20
Alignment explanation
Indices: 16989--17037 Score: 80
Period size: 20 Copynumber: 2.5 Consensus size: 20
16979 CATTATGAAT
*
16989 ATATCATATGCATATCATAC
1 ATATCATGTGCATATCATAC
*
17009 ATATCATGTGCATGTCATAC
1 ATATCATGTGCATATCATAC
17029 ATATCATGT
1 ATATCATGT
17038 ATATCAGAAT
Statistics
Matches: 27, Mismatches: 2, Indels: 0
0.93 0.07 0.00
Matches are distributed among these distances:
20 27 1.00
ACGTcount: A:0.35, C:0.18, G:0.10, T:0.37
Consensus pattern (20 bp):
ATATCATGTGCATATCATAC
Found at i:23343 original size:55 final size:53
Alignment explanation
Indices: 23235--23489 Score: 245
Period size: 55 Copynumber: 4.8 Consensus size: 53
23225 ATTAGGGTTT
* * *
23235 AAGGATACCATGTAAGACCATGCCAAGGCATGGAAGTTGGTAAGGTTTC-TAAGGA
1 AAGGATACCATGTAAGACCATGTCAAGACATGGCA-TTGGTAA-G-TTCATAAGGA
* * * *
23290 AAGGAAATCATGTAAGACCATGTCCAGACATGGCATTGATAAGTTACTATAAGGCA
1 AAGGATACCATGTAAGACCATGTCAAGACATGGCATTGGTAAGTT-C-ATAAGG-A
* * * *
23346 AAGG-TCCCATGTAAGACCATG-CTAAGGCATGGCATTGGTGAGTTCATAAGGC
1 AAGGATACCATGTAAGACCATGTC-AAGACATGGCATTGGTAAGTTCATAAGGA
* *
23398 AAGGATACCATGTAAGACCATGTCAAGACATGGCAATGGTAAGTT--TTA--A
1 AAGGATACCATGTAAGACCATGTCAAGACATGGCATTGGTAAGTTCATAAGGA
** * *
23447 AAGGATACCATGTAAGACCATGAAAAGTCATGGCAATGGTAAG
1 AAGGATACCATGTAAGACCATGTCAAGACATGGCATTGGTAAG
23490 GTACCCGCGT
Statistics
Matches: 169, Mismatches: 24, Indels: 20
0.79 0.11 0.09
Matches are distributed among these distances:
49 40 0.24
51 2 0.01
52 6 0.04
53 42 0.25
54 9 0.05
55 65 0.38
56 5 0.03
ACGTcount: A:0.36, C:0.16, G:0.25, T:0.22
Consensus pattern (53 bp):
AAGGATACCATGTAAGACCATGTCAAGACATGGCATTGGTAAGTTCATAAGGA
Found at i:23441 original size:108 final size:110
Alignment explanation
Indices: 23242--23442 Score: 291
Period size: 108 Copynumber: 1.8 Consensus size: 110
23232 TTTAAGGATA
*
23242 CCATGTAAGACCATGCCAAGGCATGGAAGTTGGTAAGGTTTCTAAGGAAAGGAAATCATGTAAGA
1 CCATGTAAGACCATGCCAAGGCATGGAAGTTGGTAAGGTTTCTAAGGAAAGGAAACCATGTAAGA
* *
23307 CCATGTCCAGACATGGCATTGATAAGTTACTATAAGGCAAAGGTC
66 CCATGTCAAGACATGGCAATGATAAGTTACTATAAGGCAAAGGTC
* * * * *
23352 CCATGTAAGACCATGCTAAGGCATGGCA-TTGGTGA-G-TTCATAAGGCAAGGATACCATGTAAG
1 CCATGTAAGACCATGCCAAGGCATGGAAGTTGGTAAGGTTTC-TAAGGAAAGGAAACCATGTAAG
*
23414 ACCATGTCAAGACATGGCAATGGTAAGTT
65 ACCATGTCAAGACATGGCAATGATAAGTT
23443 TTAAAAGGAT
Statistics
Matches: 81, Mismatches: 9, Indels: 4
0.86 0.10 0.04
Matches are distributed among these distances:
107 3 0.04
108 46 0.57
109 6 0.07
110 26 0.32
ACGTcount: A:0.34, C:0.17, G:0.26, T:0.23
Consensus pattern (110 bp):
CCATGTAAGACCATGCCAAGGCATGGAAGTTGGTAAGGTTTCTAAGGAAAGGAAACCATGTAAGA
CCATGTCAAGACATGGCAATGATAAGTTACTATAAGGCAAAGGTC
Found at i:27277 original size:12 final size:12
Alignment explanation
Indices: 27260--27285 Score: 52
Period size: 12 Copynumber: 2.2 Consensus size: 12
27250 CACACGCCCA
27260 TGTGCTAGGCTG
1 TGTGCTAGGCTG
27272 TGTGCTAGGCTG
1 TGTGCTAGGCTG
27284 TG
1 TG
27286 CCAAAACTGT
Statistics
Matches: 14, Mismatches: 0, Indels: 0
1.00 0.00 0.00
Matches are distributed among these distances:
12 14 1.00
ACGTcount: A:0.08, C:0.15, G:0.42, T:0.35
Consensus pattern (12 bp):
TGTGCTAGGCTG
Found at i:30348 original size:29 final size:29
Alignment explanation
Indices: 30246--30349 Score: 106
Period size: 29 Copynumber: 3.6 Consensus size: 29
30236 ACGACGTAAC
* *
30246 GACGATCATCAACTATGAAAAGGGATAGCT
1 GACGACCATCAACTATGAAAAGGGAT-GGT
* * *
30276 -TCGACTATCAATTATGAAAAGGGAT-GT
1 GACGACCATCAACTATGAAAAGGGATGGT
* *
30303 GACGGCAATCAACTATGAAAAGGGATGGT
1 GACGACCATCAACTATGAAAAGGGATGGT
30332 GACGACCATCGAA-TATGA
1 GACGACCATC-AACTATGA
30350 GATAGCTTCG
Statistics
Matches: 60, Mismatches: 11, Indels: 7
0.77 0.14 0.09
Matches are distributed among these distances:
27 1 0.02
28 21 0.35
29 36 0.60
30 2 0.03
ACGTcount: A:0.38, C:0.15, G:0.25, T:0.21
Consensus pattern (29 bp):
GACGACCATCAACTATGAAAAGGGATGGT
Found at i:33068 original size:48 final size:47
Alignment explanation
Indices: 32982--33077 Score: 167
Period size: 48 Copynumber: 2.0 Consensus size: 47
32972 TCATTACATG
32982 TAAACCTCATCTCATCAATTTATACATGCTAGATTAT-CCCTTTATA
1 TAAACCTCATCTCATCAATTTATACATGCTAGATTATCCCCTTTATA
33028 TAAACCTCATCTCATCAATTTTTATACATGCTAGATTATCCCCTTTATA
1 TAAACCTCATCTCATCAA--TTTATACATGCTAGATTATCCCCTTTATA
33077 T
1 T
33078 TAAGGACTTC
Statistics
Matches: 47, Mismatches: 0, Indels: 3
0.94 0.00 0.06
Matches are distributed among these distances:
46 18 0.38
48 19 0.40
49 10 0.21
ACGTcount: A:0.31, C:0.24, G:0.04, T:0.41
Consensus pattern (47 bp):
TAAACCTCATCTCATCAATTTATACATGCTAGATTATCCCCTTTATA
Found at i:34939 original size:49 final size:50
Alignment explanation
Indices: 34715--34957 Score: 264
Period size: 49 Copynumber: 4.9 Consensus size: 50
34705 TAGCCGAAGC
* *
34715 TATCTGGTACGA-ATAGTAGCCTACACTTAGTACTACACATGTGACC-AAT
1 TATCTGGTAC-ACATAGTAGCCTGCACTTAGTACTACACACGTGACCGAAT
* * * *
34764 TATCCGGTACAC--GGTAGCCTGCACTTAGTACTACACACGTGACCTAAC
1 TATCTGGTACACATAGTAGCCTGCACTTAGTACTACACACGTGACCGAAT
* * * *
34812 CATCTGATACA-AGTAGTAGCCTGCACCTAGTAATACACACGTGACCGAAGT
1 TATCTGGTACACA-TAGTAGCCTGCACTTAGTACTACACACGTGACCGAA-T
* * * * *
34863 TATCGGGTACGCATAGTAGCCTACACTTAGTACTACACATGCGACC-AAT
1 TATCTGGTACACATAGTAGCCTGCACTTAGTACTACACACGTGACCGAAT
* *
34912 TATTTGGTACACATAGTAGCTTGCACTTAGTACTACACACGTGACC
1 TATCTGGTACACATAGTAGCCTGCACTTAGTACTACACACGTGACC
34958 TCACAATAGA
Statistics
Matches: 158, Mismatches: 29, Indels: 14
0.79 0.14 0.07
Matches are distributed among these distances:
47 29 0.18
48 11 0.07
49 49 0.31
50 33 0.21
51 35 0.22
52 1 0.01
ACGTcount: A:0.30, C:0.26, G:0.18, T:0.26
Consensus pattern (50 bp):
TATCTGGTACACATAGTAGCCTGCACTTAGTACTACACACGTGACCGAAT
Done.