Tandem Repeats Finder Program written by:

                 Gary Benson
      Program in Bioinformatics
          Boston University

Version 4.09

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AG-ACATGAAGTTGACATTAGTATTAAGCTCCATCATAGTATTGCACGGTGTGTATTGCGTCCTA 66 AGAACATGAAGTTGAGTTTAGTATTAAGCTCCATCATGGAATTGCACAGTGTGTATTGCGACCTA * * 26192 TAGAATGACACCAAAAGAGCTCAAGGAGTTAAAGATTTAGTTTAAAGAGTTCCTTAATAGAAGGT 131 TAGCATGACACCAAAAGAGCTCAAGGAGTTAAAGATTTAGTTTCAAGAGTTCCTTAATAGAAGGT * 26257 TCATTCGACCGAGTGTATCTCTGTAGGGTGCACTAGTTTTGTTTGTGAAGAAGAAGGATGGTACG 196 TCATTCGACCGAGTGTATCTCTGTAGGGTGCACCAGTTTTGTTTGTGAAGAAGAAGGATGGTACG * * * * * 26322 ATGCAGATATGTTATCAGTTCCTTTGGCGGTAGTGTGGAAGTGAATAAAATTTATTGTAGACGTC 261 ATGCAGATATGTTATTAGTTCCTTTGGTGATAGTGTGGAAGTGAATAAAATTTATTCTAGATGTC * * 26387 CCATTATGGTTCAAAGGCACATTTTCTCTATTGATCGTATGGAATTTTTGTTCTACGGTTTGATG 326 CCATTATGGTTCAAGGGCACATTTTCTCTATTGATCGTATGGAATTTTTGTTCTACGGTTTTATG * * * * * 26452 TGATTCTTGGTACGGACTGGTTGGGTGAGCATAAGGCTAAGGTA-AGTTTTGAAATAAAACGAAC 391 TGATTCTTGGTATGGACTGGTTGAGTGAGCATAAGGCTAAGGTAGA-TTTTGAGATGAAACGAAT * 26516 TACTTTGAGGAATAGTGATGGGTTGGAAATTTTTGTTGTTGGTGAAAGA-CCGTGATTAATGTCC 455 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ATCATAGTA--TTGCACA-GTGTGTATT-GCAACCTATAGCATGACACCAAAAGAGTTCAA-TGA 250 AGGATGGTACGATGCAGATATGT-TATTAG-TTCCT-TTG-GTG------ATAGTGTGGAAGTGA * * * * ** ** * * 26986 GTTAAAGATTTAGTTTCAAGA-GTTCC-TTAATAG---AA-GGTTCATTCGAC-CGAGTGTATC- 305 -ATAAA-ATTTA--TTCTAGATGTCCCATT-ATGGTTCAAGGGCACATT-TTCTCTATTG-ATCG * *** ** * * * **** * * 27043 TAT-GTA-GGGTGCACCA-GTTTTGTTTGTGA-AGAAGAAGGATGGTAC--GATGCAGAT-ATGT 363 TATGGAATTTTTGTTCTACGGTTT-TATGTGATTCTTG--GTATGG-ACTGGTTG-AG-TGA-G- * * * ** * * * 27101 TATTAGTTCCTTTGGT-GATATTGTG-GAAGTGAATA-AAATTTA-TTCT-A-GATCTCCCA-TT 420 CATAAG--GCTAAGGTAGAT-TT-TGAG-A-TGAA-ACGAA-TTACTT-TGAGGA-AT---AGTG * * * * * * * * * 27159 AT-GGTTCAAGGGCACATTTTCTCTATTGATCGTATGGAATTTTTGTTCTACGATTTTATGT-GA 472 ATGGGTT----GG-A-AATTT-T-TGTTG-TTG-GT-GAA----AGATC-AGGA-TTAATGTCCA * * * ** * * * * * ** * 27222 TTCTTGGTATGGACTGGTTG--AG-TGAGCATA-AGGCTAAGGTATATTTTGAGATGAAACGAAT 520 AT-GTGGTTTCAACT--ATGAAAGCTGAG-A-AGATGAT-AGGAAAAGGTT--G-TG-AAC--CT ** * ** * * * 27283 TACTTTGAGGAATAGTGATGGGTTGGAAATTTTGTT-GT-TGG--TGAA-AGAT 573 TAC-TT-A-GCTTA-T-AT--GAT--AAATTCAGTTAGTAAGGATTTAAGAGTT * * * * * **** * *** 27332 CTGGATTAATGTGCAATGG----GG-TT-T-C-AACTATGAAAGCTGAGAAGATGATAGGAGAAG 1 CAGGA-TATTCT-C-ACGGTTAAGGATTCTCCTAAC-GTGTTTCCTGA-AA-A-G-T-TG-TCTG * * * * * * * 27389 GTTGTGAACCTTACTTAGCTTATATGATTAATTCAGTTAGTAAGGATTTAAGAGT---TCA-GGA 56 GTT-T--ACC--AC-CAG--AACATGA--AGTTGAGTT--T-AGTA-TTAAG-CTCCATCATGGA * * * * * *** * 27450 GATT-CTCACG-GT-TA-AG-GATTCT-TAACGTGTTTCCTGAAAAGTTGTCTGGTTTAGCACCA 106 -ATTGCACA-GTGTGTATTGCGA-CCTATAGCATGACACC--AAAAG-AG-C-----T--CA--A * ** * * * * * 27509 GAACATGAAG-TTGAG-TTCAGTATTAAGCTCCATCATGGAATTGCACAGTGTGT-ATTGCGACC 155 GGAGTTAAAGATTTAGTTTCA--A--GAGTTCC-T--T--AATAG-A-AG-GT-TCATT-CGACC * * * *** * ** ** * * 27571 TA-TAGCATGACACCAAAAGAGCT-CAAGGAGTTAAAGATTTAGTTTCAAG-AGTTCCTTAATAG 206 GAGT-GTAT--C-TCTGTAG-GGTGC-ACCAGTT-TTG-TTT-G--TGAAGAAG------AA-GG * * * * * * * * * 27633 AAGGTTC-ATTCGACCGAGTGTATCTCTGTAGGGTGCACCAGTTTTGTTTGTGA-AGAAGAAGGA 253 ATGGTACGA-T-G-CAGA-TATGT-TAT-TA--GT--TCC---TTTG---GTGATAG-TG-TGGA * * ** ** * * * * 27696 TGTTACGATGCAAATATGTTA-T-TAG-T-TCCTTTGGTGATAGTGTGGAAGTGAGTAAAATTTA 300 AGTGA--AT--AAA-AT-TTATTCTAGATGTCCCAT--T-AT-G-GTTCAAG-G-GCACATTTTC * * *** * * * * * * ** * * 27757 T-TGTAGAT-G--TCCCATTATGGTTCAAGGGCACATTTTCTCT-ATTGATCGTATGGAAT--TT 352 TCTATTGATCGTATGGAATTTTTGTTCTACGG----TTTTATGTGATTCTTGGTATGGACTGGTT * ** * * * * * * * * * 27815 --TTGTTC-TACGGTTTTATGT-GATTCTTG-GTATG-GACTG-TTTAGTGAGCATAAGGCTAAG 413 GAGTGAGCATAAGG-CTAAGGTAGATT-TTGAG-ATGAAAC-GAATTACT----TTGAGG--AA- ** * * *** * * * * **** 27873 GTAGATTTTGAGAT-GAAACGAATTATT-TTGAG-GAATAG-TGATGGGTTGGAAATTTTTGTTG 467 -TAG-TGATGGGTTGGAAA-TTTTTGTTGTTG-GTGAA-AGATCA-GGATT---AATGTCCAATG *** * * * * * * 27934 TTGGTGAAAGACCAGGATTAATGTCCAATGTAGTTTCAACTATGAAAGCTGAGAA-GATGATAGG 523 -TGGTTTCA-ACTATGA--AA-G--C--TG-AG----AA-GATGATAG--GAAAAGGTTG-T--G ** 27998 AAAAGGTTGTGAACCTTACTTAGCTTATATGATAAATTCAGTTAGTAA-GATTTAAGAGTT 568 --AA-CCT-T--A-C----TTAGCTTATATGATAAATTCAGTTAGTAAGGATTTAAGAGTT * 28058 CAGGATATTCTCACGATTAAGGATTCTCCTAACGTGTTTCCTGAAAAGTTGTCTGGTTTACCACC 1 CAGGATATTCTCACGGTTAAGGATTCTCCTAACGTGTTTCCTGAAAAGTTGTCTGGTTTACCACC * 28123 AGAACATGAAGTTGAGTTCAGTATTAAGCTCCATCATGGAATTGCACAGTGTGTATTGCGACCTA 66 AGAACATGAAGTTGAGTTTAGTATTAAGCTCCATCATGGAATTGCACAGTGTGTATTGCGACCTA * * 28188 TAGCAGGACACCAAAAGTGCTCAAGGAGTTAAAGATTTAGTTTCAAGAGTTCCTTAATAGAAGGT 131 TAGCATGACACCAAAAGAGCTCAAGGAGTTAAAGATTTAGTTTCAAGAGTTCCTTAATAGAAGGT * * 28253 TCATTCGGCCGAGTGTATCTCTGTAAGGTGCACCAGTTTTGTTTGTGAAGAAGAAGGATGGTACG 196 TCATTCGACCGAGTGTATCTCTGTAGGGTGCACCAGTTTTGTTTGTGAAGAAGAAGGATGGTACG * 28318 ATGCTGA-ATGTTATTAGTTCCTTTGGTGATAGTGTGGAAGTGAATAAAATTTATTCTAGATGTC 261 ATGCAGATATGTTATTAGTTCCTTTGGTGATAGTGTGGAAGTGAATAAAATTTATTCTAGATGTC * * 28382 TCATTATGGTTCAAGGGCACATTTTCTCTATTGATCGTATGGAATTTTTGTTCTACGATTTTATG 326 CCATTATGGTTCAAGGGCACATTTTCTCTATTGATCGTATGGAATTTTTGTTCTACGGTTTTATG * 28447 TGATTCTTGGTATGGACTGGTTGAGTGAGCATAAGGCTAAGGTATATTTTGAGATGAAACGAATT 391 TGATTCTTGGTATGGACTGGTTGAGTGAGCATAAGGCTAAGGTAGATTTTGAGATGAAACGAATT * * 28512 ACTTTGAGGAATAGTGATGGGTTGGAAA-TTTTGTTGTTGGTGAAAGATCTGGATTAATGTGCAA 456 ACTTTGAGGAATAGTGATGGGTTGGAAATTTTTGTTGTTGGTGAAAGATCAGGATTAATGTCCAA 28576 TGTGGTTTCAACTATGAAAGCTGAGAAGATGATAGGAAAAGGTTGTGAACCTTACTTAGCTTATA 521 TGTGGTTTCAACTATGAAAGCTGAGAAGATGATAGGAAAAGGTTGTGAACCTTACTTAGCTTATA * 28641 TGATAAATTCAGTTAGTAAGGATTTGAGAGTT 586 TGATAAATTCAGTTAGTAAGGATTTAAGAGTT 28673 CAGGATATTCTCACGGTTAAGGATTCTCCTAACGTGTTTCCTGAAAAGTTGTCTGGTTTACCACC 1 CAGGATATTCTCACGGTTAAGGATTCTCCTAACGTGTTTCCTGAAAAGTTGTCTGGTTTACCACC * * 28738 AGAACATGAAGTTGAGTTTAGTATTAAGCTCCATCATGGTATTGCATAGTGTGTATTGCGACCTA 66 AGAACATGAAGTTGAGTTTAGTATTAAGCTCCATCATGGAATTGCACAGTGTGTATTGCGACCTA 28803 TAGCATGACACCAAAAGAGCTCAAGGAGTTAAAGATTTAGTTTCAAGAGTTCCTTAA-AGAAGGT 131 TAGCATGACACCAAAAGAGCTCAAGGAGTTAAAGATTTAGTTTCAAGAGTTCCTTAATAGAAGGT * 28867 TCATTCGACCGAGTGTATCTCTGTA-GGTGCACCAGTTTTGTTTGTGAAGAACAAGGATGGTACG 196 TCATTCGACCGAGTGTATCTCTGTAGGGTGCACCAGTTTTGTTTGTGAAGAAGAAGGATGGTACG * * 28931 ATGCAGATATGTTATTAGTTCTTTTGGTGATAGTGTGGAAGTGAATAAAATTTATGCTAGATGTC 261 ATGCAGATATGTTATTAGTTCCTTTGGTGATAGTGTGGAAGTGAATAAAATTTATTCTAGATGTC * * 28996 CCATTATGGTTCAAGGGCACATTTTCTCTATTGATAGTATGGAATTTTTGTTCTACGATTTTATG 326 CCATTATGGTTCAAGGGCACATTTTCTCTATTGATCGTATGGAATTTTTGTTCTACGGTTTTATG * 29061 TGATTCTTGGTATGGACTGGTTGAGTGAGCATAAGGCTAAGGTATATTTTGAGATGAAACGAATT 391 TGATTCTTGGTATGGACTGGTTGAGTGAGCATAAGGCTAAGGTAGATTTTGAGATGAAACGAATT * * 29126 ACTTTGAGGAATAGTGATGGGTTGGAAA-TTTTGTTGTTGGTGAAAGATCTGGATTAATGTGCAA 456 ACTTTGAGGAATAGTGATGGGTTGGAAATTTTTGTTGTTGGTGAAAGATCAGGATTAATGTCCAA 29190 TGTGGTTTCAACTATGAAAGCTGAGAAGATGATAGGAAAAGGTTGTGAACCTTACTTAGCTTATA 521 TGTGGTTTCAACTATGAAAGCTGAGAAGATGATAGGAAAAGGTTGTGAACCTTACTTAGCTTATA * 29255 TGATTAATTCAGTTAGTAAGGATTTAAGAGTT 586 TGATAAATTCAGTTAGTAAGGATTTAAGAGTT * * 29287 CAGGAGATTCTCACGGTTAAGGATTCTCCTAACGTGTTTCCTGAAAAGTTGTCTGGTTTAGCACC 1 CAGGATATTCTCACGGTTAAGGATTCTCCTAACGTGTTTCCTGAAAAGTTGTCTGGTTTACCACC * 29352 AGAAC-TGAAGTTGAGTTCAGTATTAAGCTCCATCATGGAATTGCACAGTGTGTATTGCGACCTA 66 AGAACATGAAGTTGAGTTTAGTATTAAGCTCCATCATGGAATTGCACAGTGTGTATTGCGACCTA 29416 TAGCATGACACCAAAAGAGCTCAAGGAGTTAAAGATTTAGTTTCAAGAGTTCCTTAATAGAAGGT 131 TAGCATGACACCAAAAGAGCTCAAGGAGTTAAAGATTTAGTTTCAAGAGTTCCTTAATAGAAGGT * 29481 TCATTCGACCGAGTGTATCTCTGTAGGGTGCACCAGTTTTGTTTGTGAAGAAGAAGGATGTTACG 196 TCATTCGACCGAGTGTATCTCTGTAGGGTGCACCAGTTTTGTTTGTGAAGAAGAAGGATGGTACG * * * 29546 ATGCAAATATGTTATTAGTTCCTTTGGTGATAGTGTGGAAGTGAGTAAAATTTATTGTAGATGTC 261 ATGCAGATATGTTATTAGTTCCTTTGGTGATAGTGTGGAAGTGAATAAAATTTATTCTAGATGTC 29611 CCATTATGGTTCAAGGGCACATTTTCTCTATTGATCGTATGGAATTTTTGTTCTACGGTTTTATG 326 CCATTATGGTTCAAGGGCACATTTTCTCTATTGATCGTATGGAATTTTTGTTCTACGGTTTTATG * * 29676 TGATTCTTGG--TGGACTTGTTTAGTGAGCATAAGGCTAAGGTAGATTTTGAGATGAAACGAATT 391 TGATTCTTGGTATGGACTGGTTGAGTGAGCATAAGGCTAAGGTAGATTTTGAGATGAAACGAATT * 29739 A-TTTGAGGAATAGTGATGGGTTGGAAATTTTTGTTGTTGGTGAAAGACCAGGATTAATGTCCAA 456 ACTTTGAGGAATAGTGATGGGTTGGAAATTTTTGTTGTTGGTGAAAGATCAGGATTAATGTCCAA 29803 TGT-GTTTCAACTATGAAAGCTGAGAAGATGATAGGAAAAGGTTGTGAACCTTACTTAGCTTATA 521 TGTGGTTTCAACTATGAAAGCTGAGAAGATGATAGGAAAAGGTTGTGAACCTTACTTAGCTTATA 29867 TGATAAATTCAGTTAGTAA-GATTTAAGAGTT 586 TGATAAATTCAGTTAGTAAGGATTTAAGAGTT * 29898 CAGGATATTCTCACGATTAAGGATTCTCCTAACGTGTTTCCTGAAAAGTTGTCTGGTTTACCACC 1 CAGGATATTCTCACGGTTAAGGATTCTCCTAACGTGTTTCCTGAAAAGTTGTCTGGTTTACCACC * 29963 AGAACATGAAGTTGAGTTCAGTATTAAGCTCCATCATGGAATTGCACAGTGTGTATTGCGACCTA 66 AGAACATGAAGTTGAGTTTAGTATTAAGCTCCATCATGGAATTGCACAGTGTGTATTGCGACCTA * * 30028 TAGCAGGACACCAAAAGTGCTCAAGGAGTTAAAGATTTAGTTTCAAGAGTTCCTTAATAGAAGGT 131 TAGCATGACACCAAAAGAGCTCAAGGAGTTAAAGATTTAGTTTCAAGAGTTCCTTAATAGAAGGT 30093 TCATTCGACCGAGTGTATCTCTGTA-GGTGCACCAGTTTTGTTTGTGAAGAAGAAGGATGGTACG 196 TCATTCGACCGAGTGTATCTCTGTAGGGTGCACCAGTTTTGTTTGTGAAGAAGAAGGATGGTACG * 30157 ATGCTGATATGTTATTAGTTCCTTTGGTGATAGTGTGGAAGTGAATAAAATTTATTCTAGATGTC 261 ATGCAGATATGTTATTAGTTCCTTTGGTGATAGTGTGGAAGTGAATAAAATTTATTCTAGATGTC * * 30222 TCATTATGGTTCAAGGGCACATTTTCTCTATTGATCGTATGGAATTTTTGTTCTACGATTTTATG 326 CCATTATGGTTCAAGGGCACATTTTCTCTATTGATCGTATGGAATTTTTGTTCTACGGTTTTATG * * 30287 TGATTCTTGGTATGGACTGGTTAAGTGAGCATAAGGCTAAGGTATATTTTGAGATGAAACGAATT 391 TGATTCTTGGTATGGACTGGTTGAGTGAGCATAAGGCTAAGGTAGATTTTGAGATGAAACGAATT * * * * * 30352 ACTTTGAGGAATAGTGATGGGATGGAAATTTTTTTTGTTGGTGAAAGATCTGAATTAATGTGCAA 456 ACTTTGAGGAATAGTGATGGGTTGGAAATTTTTGTTGTTGGTGAAAGATCAGGATTAATGTCCAA 30417 TGTGGTTTCAACTATGAAAGCTGAGAAGATGATAGGAAAAGGTTGTGAACCTTACTTAGCTTATA 521 TGTGGTTTCAACTATGAAAGCTGAGAAGATGATAGGAAAAGGTTGTGAACCTTACTTAGCTTATA 30482 TGATAAATTCAGTTAGT-AGGATTTAAGAGTT 586 TGATAAATTCAGTTAGTAAGGATTTAAGAGTT * * 30513 CAGGATATTCTCACGGTTAAGGATTCTCCTAACGTGTTTCCTAAAAAGTTGTCTTGTTTACCACC 1 CAGGATATTCTCACGGTTAAGGATTCTCCTAACGTGTTTCCTGAAAAGTTGTCTGGTTTACCACC * 30578 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AATGTGGTTTCAAATATGAAAGCTGAGAAGATGATAGGAAATGGTTGTGAATCTTACTTAGCTTA 519 AATGTGGTTTCAACTATGAAAGCTGAGAAGATGATAGGAAAAGGTTGTGAACCTTACTTAGCTTA * * 32328 TATTATAAATTCAGTTAGTAAGGATTTGAGAGTT 584 TATGATAAATTCAGTTAGTAAGGATTTAAGAGTT * 32362 CAGGATATTCTCGCGGTTAAGGATTCTCCTAACGTGTTTCCTGAAAAGTTGTCTGGTTTACCACC 1 CAGGATATTCTCACGGTTAAGGATTCTCCTAACGTGTTTCCTGAAAAGTTGTCTGGTTTACCACC ** * * * * * 32427 AG-ACATGAAGTTGACATTATTATTAAGCTCCATCATAGTATTGCACGGTGTGTATTGCGTCCTA 66 AGAACATGAAGTTGAGTTTAGTATTAAGCTCCATCATGGAATTGCACAGTGTGTATTGCGACCTA * * 32491 TAGAATGACACCAAAAGAGCTCAAGGAGTTAAAGATTTAGTTTAAAGAGTTCCTTAATAGAAGGT 131 TAGCATGACACCAAAAGAGCTCAAGGAGTTAAAGATTTAGTTTCAAGAGTTCCTTAATAGAAGGT * 32556 TCATTCGACCGAGTGTATCTCTGTAGGGTGCACTAGTTTTGTTTGTGAAGAAGAAGGATGGTACG 196 TCATTCGACCGAGTGTATCTCTGTAGGGTGCACCAGTTTTGTTTGTGAAGAAGAAGGATGGTACG * * * * * * 32621 ATGCAGATATGTTATCAGTTCCTTTGGCGGTAGTGTTGAAGTGAATAAAATTTATTGTAGACGTC 261 ATGCAGATATGTTATTAGTTCCTTTGGTGATAGTGTGGAAGTGAATAAAATTTATTCTAGATGTC * * 32686 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TAGCATGACACTAAAAGAGTTC-AGGATATTCTCACGGTTAAGGATTCTCCTAACGTGTTTCCTG 131 TAGCATGACACCAAAAGAGCTCAAGG--AGT-TAAAGATTTA-G-TT-T-C-AA-GAG-TTCCTT * ** ** * **** * * * * * * **** 33171 AAAAG-TTGTCTGGTT-TACC-ACCAAAAC-ATG-AAGTTG----AGTTTAGTAT-T-AAGCTCC 186 AATAGAAGGT-TCATTCGACCGAGTGTATCTCTGTAGGGTGCACCAGTTTTGTTTGTGAAGAAGA ** * * * * ** * * * * ** 33225 ATCATAGTA--TTGCACA-GTGTGTATT-GCGACCTATAGCATGACACCAAAAGAGTTCAA-TGA 250 AGGATGGTACGATGCAGATATGT-TATTAG-TTCCT-TTG-GTG------ATAGTGTGGAAGTGA * * * * ** ** * * 33285 GTTAAAGATTTAGTTTCAAGA-GTTCC-TTAATAG---AA-GGTTCATTCGAC-CGAGTGTATC- 305 -ATAAA-ATTTA--TTCTAGATGTCCCATT-ATGGTTCAAGGGCACATT-TTCTCTATTG-ATCG *** * * * **** * * 33342 TAT-G---TAGGGTGC-ACCAGTTTGTTTGTGA-AGAAGAAGGATGGTAC--GATGCAGAT-ATG 363 TATGGAATTTTTGTTCTA-CGGTTT-TATGTGATTCTTG--GTATGG-ACTGGTTG-AG-TGA-G * * * ** * * * 33398 TTATTAGTTCCTTTGGT-GATAGTGTG-GAAGTGAATA-AAATTTA-TTCT-A-GATCTCCCA-T 420 -CATAAG--GCTAAGGTAGAT--TTTGAG-A-TGAA-ACGAA-TTACTT-TGAGGA-AT---AGT * * * * * * * * * * 33456 TAT-GGTTCAAGGGCACATTTTCTCTATTGATCGTATGGAATTTTTGTTCTACGATTTTATGT-G 471 GATGGGTT----GG-A-AATTT-T-TGTTG-TTG-GT-GAA----AGATC-AGGA-TTAATGTCC * * * ** * * * * * ** * 33519 ATTCTTGGTATGGACTGGTTG--AG-TGAGCATA-AGGCTAAGGTATATTTTGAGATGAAACGAA 519 AAT-GTGGTTTCAACT--ATGAAAGCTGAG-A-AGATGAT-AGGAAAAGGTT--G-TG-AAC--C ** * ** * * * 33580 TTACTTTGAGGAATAGTGATGGGTTGGAAATTTTGTT-GT-TGG--TGAA-AGAT 572 TTAC-TT-A-GCTTA-T-AT--GAT--AAATTCAGTTAGTAAGGATTTAAGAGTT * * * * * **** * *** 33630 CTGGATTAATGTGCAATGG----GG-TT-T-C-AACTATGAAAGCTGAGAAGATGATAGGAGAAG 1 CAGGA-TATTCT-C-ACGGTTAAGGATTCTCCTAAC-GTGTTTCCTGA-AA-A-G-T-TG-TCTG * * * * * * * 33687 GTTGTGAACCTTACTTAGCTTATATGATTAATTCAGTTAGTAAGGATTTAAGAGT---TCA-GGA 56 GTT-T--ACC--AC-CAG--AACATGA--AGTTGAGTT--T-AGTA-TTAAG-CTCCATCATGGA * * * * * *** * 33748 GATTCTCACGGT-TAAGGATT-C-TCCTA-A-CGTGTTTCCTGAAAAGTTGTCTGGTTTAGCACC 106 -ATT-GCACAGTGT--GTATTGCGACCTATAGCATGACACC--AAAAG-AG-C-----T--CA-- * ** * * * * * 33808 AGAACATGAAG-TTGAG-TTCAGTATTAAGCTCCATCATGGAATTGCACAGTGTGT-ATTGCGAC 154 AGGAGTTAAAGATTTAGTTTCA--A--GAGTTCC-T--T--AATAG-A-AG-GT-TCATT-CGAC * * * *** * ** ** * * 33870 CTA-TAGCATGACACCAAAAGAGCT-CAAGGAGTTAAAGATTTAGTTTCAAG-AGTTCCTTAATA 205 CGAGT-GTAT--C-TCTGTAG-GGTGC-ACCAGTT-TTG-TTT-G--TGAAGAAG------AA-G * * * * * * * * * 33932 GAAGGTTC-ATTCGACCGAGTGTATCTCTGTAGGGTGCACCAGTTTTGTTTGTGA-AGAAGAAGG 252 GATGGTACGA-T-G-CAGA-TATGT-TAT-TA--GT--TCC---TTTG---GTGATAG-TG-TGG * * ** ** * * * 33995 ATGTTACGATGCAAATATGTTA-T-TAG-T-TCCTTTGGTGATAGTGTGGAAGTGAGTAAAATTT 299 AAGTGA--AT--AAA-AT-TTATTCTAGATGTCCCAT--T-AT-G-GTTCAAG-G-GCACATTTT * * * *** * * * * * * ** * * 34056 AT-TGTAGAT-G--TCCCATTATGGTTCAAGGGCACATTTTCTCT-ATTGATCGTATGGAAT--T 351 CTCTATTGATCGTATGGAATTTTTGTTCTACGG----TTTTATGTGATTCTTGGTATGGACTGGT * ** * * * * * * * * * 34114 T--TTGTTC-TACGGTTTTATGT-GATTCTTG-GTATG-GACTTG-TTTAGTGAGCATAAGGCTA 412 TGAGTGAGCATAAGG-CTAAGGTAGATT-TTGAG-ATGAAAC--GAATTACT----TTGAGG--A ** * * *** * * * * **** 34172 AGGTAGATTTTGAGAT-GAAACGAATTATT-TTGAG-GAATAG-TGATGGGTTGGAAATTTTTGT 466 A--TAG-TGATGGGTTGGAAA-TTTTTGTTGTTG-GTGAA-AGATCA-GGATT---AATGTCCAA *** * * * * * * 34233 TGTTGGTGAAAGACCAGGATTAATGTCCAATGTAGTTTCAACTATGAAAGCTGAGAA-GATGATA 521 TG-TGGTTTCA-ACTATGA--AA-G--C--TG-AG----AA-GATGATAG--GAAAAGGTTG-T- ** * 34297 GGAAAAGGTTGTGAACCTTACTTAGCTTATATGATAAATTCAGTTAGTAAAGATTTAAGAGTT 567 -G--AA-CCT-T--A-C-T---TAGCTTATATGATAAATTCAGTTAGTAAGGATTTAAGAGTT * 34360 CAGGATATTCTCACGATTAAGGATTCTCCTAACGTGTTTCCTGAAAAGTTGTCTGGTTTACCACC 1 CAGGATATTCTCACGGTTAAGGATTCTCCTAACGTGTTTCCTGAAAAGTTGTCTGGTTTACCACC * 34425 AGAACATGAAGTTGAGTTCAGTATTAAGCTCCATCATGGAATTGCACAGTGTGTATTGCGACCTA 66 AGAACATGAAGTTGAGTTTAGTATTAAGCTCCATCATGGAATTGCACAGTGTGTATTGCGACCTA * * 34490 TAGCAGGACACCAAAAGTGCTCAAGGAGTTAAAGATTTAGTTTCAAGAGTTCCTTAATAGAAGGT 131 TAGCATGACACCAAAAGAGCTCAAGGAGTTAAAGATTTAGTTTCAAGAGTTCCTTAATAGAAGGT * 34555 TCATTCGACCGAGTGTATCTCTGTAAGGTGCACCAGTTTTGTTTGTGAAGAAGAAGGATGGTACG 196 TCATTCGACCGAGTGTATCTCTGTAGGGTGCACCAGTTTTGTTTGTGAAGAAGAAGGATGGTACG * 34620 ATGCTGATATGTTATTAGTTCCTTTGGTGATAGTGTGGAAGTGAATAAAATTTATTCTAGATGTC 261 ATGCAGATATGTTATTAGTTCCTTTGGTGATAGTGTGGAAGTGAATAAAATTTATTCTAGATGTC * * 34685 TCATTATGGTTCAAGGGCACATTTTCTCTATTGATCGTATGGAATTTTTGTTCTACGATTTTATG 326 CCATTATGGTTCAAGGGCACATTTTCTCTATTGATCGTATGGAATTTTTGTTCTACGGTTTTATG * 34750 TGATTCTTGGTATGGACTGGTTGAGTGAGCATAAGGCTAAGGTA-TTTTTGAGATGAAACGAATT 391 TGATTCTTGGTATGGACTGGTTGAGTGAGCATAAGGCTAAGGTAGATTTTGAGATGAAACGAATT * * 34814 ACTTTGAGGAATAGTGATGGGTTGGAAATTTTTGTTGTTGGTGAAAGATC-TGATTAATGTGCAA 456 ACTTTGAGGAATAGTGATGGGTTGGAAATTTTTGTTGTTGGTGAAAGATCAGGATTAATGTCCAA 34878 TGTGGTTTCAACTATGAAAGCTGAGAAGATGATAGGAAAAGGTTGTGAACCTTACTTAGCTTATA 521 TGTGGTTTCAACTATGAAAGCTGAGAAGATGATAGGAAAAGGTTGTGAACCTTACTTAGCTTATA 34943 TGATAAATTCAGTTAGT-AGGATTTAAGAGTT 586 TGATAAATTCAGTTAGTAAGGATTTAAGAGTT 34974 CAGGATATTCTCACGGTTAAGGATTCTCCTAACGTGTTTCCTGAAAAGTTGTCTGGTTTACCACC 1 CAGGATATTCTCACGGTTAAGGATTCTCCTAACGTGTTTCCTGAAAAGTTGTCTGGTTTACCACC * 35039 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* 38914 ATGCA-ATATGTTATTAGTTCCTTTGGTGATAGTGTGGAAGTG-ATAAAATTTATTGTAGATGTC 261 ATGCAGATATGTTATTAGTTCCTTTGGTGATAGTGTGGAAGTGAATAAAATTTATTCTAGATGTC 38977 CCATTATGGTTCAAGGGCACATTTTCTCTATTGATCGTATGGAATTTTTGTTCTACGGTTTTATG 326 CCATTATGGTTCAAGGGCACATTTTCTCTATTGATCGTATGGAATTTTTGTTCTACGGTTTTATG * * 39042 TGATTCTTGGTATGGACTTGTTTAGTGAGCATAAGGCTAAGGTAGATTTTGAGATGAAACGAATT 391 TGATTCTTGGTATGGACTGGTTGAGTGAGCATAAGGCTAAGGTAGATTTTGAGATGAAACGAATT * 39107 A-TTTGAGGAATAGTGATGGGTTGGAAATTTTTGTTGTTGGTGAAAGACCAGGATTAATGTCCAA 456 ACTTTGAGGAATAGTGATGGGTTGGAAATTTTTGTTGTTGGTGAAAGATCAGGATTAATGTCCAA * 39171 TGTAGTTTCAACTATGAAAGCTGAGAAGATGATAGGAAAAGGTTGTGAACCTTACTTAGCTTATA 521 TGTGGTTTCAACTATGAAAGCTGAGAAGATGATAGGAAAAGGTTGTGAACCTTACTTAGCTTATA * 39236 TGATAAATTCAGTTAGTAAAGATTTAAGAGTT 586 TGATAAATTCAGTTAGTAAGGATTTAAGAGTT * 39268 CAGGATATTCTCACGATTAAGGATTCTCCTAACGTGTTTCCTGAAAAGTTGTCTGGTTTACCACC 1 CAGGATATTCTCACGGTTAAGGATTCTCCTAACGTGTTTCCTGAAAAGTTGTCTGGTTTACCACC * 39333 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CCATTATGGTTCAAGGGCACATTTTCTCTATTGATCGTATGGAATTTTTGTTCTACGGTTTTATG * * 41507 TGATTCTTGGTATGGACTTGTTTAGTGAGCATAAGGCTAAGGTAGATTTTGAGATGAAACGAATT 391 TGATTCTTGGTATGGACTGGTTGAGTGAGCATAAGGCTAAGGTAGATTTTGAGATGAAACGAATT * * 41572 ATTTTGAGGAATAGTGATGGGTTGGAAATTTTTGTTGTTGGTGAAAGACCAGGATTAATGTCCAA 456 ACTTTGAGGAATAGTGATGGGTTGGAAATTTTTGTTGTTGGTGAAAGATCAGGATTAATGTCCAA * 41637 TGTAGTTTCAACTATGAAAGCTGAGAAGATGATAGGAAAAGGTTGTGAACCTTACTTAGCTTATA 521 TGTGGTTTCAACTATGAAAGCTGAGAAGATGATAGGAAAAGGTTGTGAACCTTACTTAGCTTATA * 41702 TGATAAATTCAGTTAGTAAAGATTTAAGAGTT 586 TGATAAATTCAGTTAGTAAGGATTTAAGAGTT * 41734 CAGGATATTCTCACGATTAAGGATTCTCCTAACGTGTTTCCTGAAAAGTTGTCTGGTTTACCACC 1 CAGGATATTCTCACGGTTAAGGATTCTCCTAACGTGTTTCCTGAAAAGTTGTCTGGTTTACCACC * 41799 AGAACATGAAGTTGAGTTCAGTATTAAGCTCCATCATGGAATTGCACAGTGTGTATTGCGACCTA 66 AGAACATGAAGTTGAGTTTAGTATTAAGCTCCATCATGGAATTGCACAGTGTGTATTGCGACCTA * * 41864 TAGCAGGACACCAAAAGTGCTCAAGGAGTTAAAGATTTAGTTTCAAGAGTTCCTTAATAGAAGGT 131 TAGCATGACACCAAAAGAGCTCAAGGAGTTAAAGATTTAGTTTCAAGAGTTCCTTAATAGAAGGT * 41929 TCATTCGACCGAGTGTATCTCTGTAAGGTGCACCAGTTTTGTTTGTGAAGAAGAAGGATGGTACG 196 TCATTCGACCGAGTGTATCTCTGTAGGGTGCACCAGTTTTGTTTGTGAAGAAGAAGGATGGTACG * 41994 ATGCTGATATGTTATTAGTTCCTTTGGTGATAGTGTGGAAGTGAATAAAATTTATTCTAGATGTC 261 ATGCAGATATGTTATTAGTTCCTTTGGTGATAGTGTGGAAGTGAATAAAATTTATTCTAGATGTC * * 42059 TCATTATGGTTCAAGGGCACATTTTCTCTATTGATCGTATGGAATTTTTGTTCTACGATTTTATG 326 CCATTATGGTTCAAGGGCACATTTTCTCTATTGATCGTATGGAATTTTTGTTCTACGGTTTTATG * 42124 TGATTCTTGGTATGGACTGGTTGAGTGAGCATAAGGCTAAGGTATATTTTGAGATGAAACGAATT 391 TGATTCTTGGTATGGACTGGTTGAGTGAGCATAAGGCTAAGGTAGATTTTGAGATGAAACGAATT * * * * * 42189 ACTTTGGGGAATAGTGATGGGATGGAAATTTTTGTTGTTGGTGAAAGATCTGAATTAATGTGCAA 456 ACTTTGAGGAATAGTGATGGGTTGGAAATTTTTGTTGTTGGTGAAAGATCAGGATTAATGTCCAA * 42254 TGTGGTTTCAACTATGAAAGCTAAGAAGATGATAGGAAAAGGTTGTGAACCTTACTTAGCTTATA 521 TGTGGTTTCAACTATGAAAGCTGAGAAGATGATAGGAAAAGGTTGTGAACCTTACTTAGCTTATA * 42319 TGATAAATTCAGTTAGTAGGGATTTAAGAGTT 586 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Indices: 26675--26981 Score: 542 Period size: 151 Copynumber: 2.0 Consensus size: 150 26665 AGGATTTGAT * 26675 AGTTCAGGATATTTTCACGGTTAAGGATTCTCCTAACGTGTTTCCTGAAAAGTTGTCTGGTTTAC 1 AGTTCAGGATATTCTCACGGTTAAGGATTCTCCTAACGTGTTTCCTGAAAAGTTGTCTGGTTTAC * * * 26740 CACCAGACATGAAGTTGAGTTTAGTATTAAGCTCCATCATGGAATTGCACAGTGTGCATTGCGAC 66 CACCAAACATGAAGTTGAGTTTAGTATTAAGCTCCATCATAGAATTGCACAGTGTGCATTGCAAC * 26805 CTATAGCATGACACTAAAAG 131 CTATAGCATGACACCAAAAG 26825 AGTTCAGGATATTCTCACGGTTAAGGATTCTCCTAACGTGTTTCCTGAAAAGTTGTCTGGTTTAC 1 AGTTCAGGATATTCTCACGGTTAAGGATTCTCCTAACGTGTTTCCTGAAAAGTTGTCTGGTTTAC * * 26890 CACCAAAACATGAAGTTGAGTTTAGTATTAAGCTCCATCATAGTATTGCACAGTGTGTATTGCAA 66 CACC-AAACATGAAGTTGAGTTTAGTATTAAGCTCCATCATAGAATTGCACAGTGTGCATTGCAA 26955 CCTATAGCATGACACCAAAAG 130 CCTATAGCATGACACCAAAAG 26976 AGTTCA 1 AGTTCA 26982 ATGAGTTAAA Statistics Matches: 149, Mismatches: 7, Indels: 1 0.95 0.04 0.01 Matches are distributed among these distances: 150 68 0.46 151 81 0.54 ACGTcount: A:0.30, C:0.19, G:0.20, T:0.31 Consensus pattern (150 bp): AGTTCAGGATATTCTCACGGTTAAGGATTCTCCTAACGTGTTTCCTGAAAAGTTGTCTGGTTTAC CACCAAACATGAAGTTGAGTTTAGTATTAAGCTCCATCATAGAATTGCACAGTGTGCATTGCAAC CTATAGCATGACACCAAAAG Found at i:33268 original size:151 final size:150 Alignment explanation

Indices: 32974--33280 Score: 551 Period size: 151 Copynumber: 2.0 Consensus size: 150 32964 AGGATTTGAT * 32974 AGTTCAGGATATTTTCACGGTTAAGGATTCTCCTAACGTGTTTCCTGAAAAGTTGTCTGGTTTAC 1 AGTTCAGGATATTCTCACGGTTAAGGATTCTCCTAACGTGTTTCCTGAAAAGTTGTCTGGTTTAC * * 33039 CACCAGACATGAAGTTGAGTTTAGTATTAAGCTCCATCATGGAATTGCACAGTGTGCATTGCGAC 66 CACCAAACATGAAGTTGAGTTTAGTATTAAGCTCCATCATAGAATTGCACAGTGTGCATTGCGAC * 33104 CTATAGCATGACACTAAAAG 131 CTATAGCATGACACCAAAAG 33124 AGTTCAGGATATTCTCACGGTTAAGGATTCTCCTAACGTGTTTCCTGAAAAGTTGTCTGGTTTAC 1 AGTTCAGGATATTCTCACGGTTAAGGATTCTCCTAACGTGTTTCCTGAAAAGTTGTCTGGTTTAC * * 33189 CACCAAAACATGAAGTTGAGTTTAGTATTAAGCTCCATCATAGTATTGCACAGTGTGTATTGCGA 66 CACC-AAACATGAAGTTGAGTTTAGTATTAAGCTCCATCATAGAATTGCACAGTGTGCATTGCGA 33254 CCTATAGCATGACACCAAAAG 130 CCTATAGCATGACACCAAAAG 33275 AGTTCA 1 AGTTCA 33281 ATGAGTTAAA Statistics Matches: 150, Mismatches: 6, Indels: 1 0.96 0.04 0.01 Matches are distributed among these distances: 150 68 0.45 151 82 0.55 ACGTcount: A:0.29, C:0.19, G:0.21, T:0.31 Consensus pattern (150 bp): AGTTCAGGATATTCTCACGGTTAAGGATTCTCCTAACGTGTTTCCTGAAAAGTTGTCTGGTTTAC CACCAAACATGAAGTTGAGTTTAGTATTAAGCTCCATCATAGAATTGCACAGTGTGCATTGCGAC CTATAGCATGACACCAAAAG Found at i:43157 original size:617 final size:607 Alignment explanation

Indices: 33121--42994 Score: 15233 Period size: 617 Copynumber: 16.1 Consensus size: 607 33111 ATGACACTAA 33121 AAGAGTTCAGGATATTCTCACGGTTAAGGATTCTCCTAACGTGTTTCCTGAAAAGTTGTCTGGTT 1 AAGAGTTCAGGATATTCTCACGGTTAAGGATTCTCCTAACGTGTTTCCTGAAAAGTTGTCTGG-T * * * * * * 33186 TACCACCAAAACATGAAGTTGAGTTTAGTATTAAGCTCCATCATAGTATTGCACAGTGTGTATTG 65 TACCACCAGAACATGAAGTTGAATTCAGTATTAAGCTCCATCAT-GGA-TGAACAGTGAGTATTG * ** 33251 CGACCTATAGCA-TGACACCAAAAGAGTTCAATGAGTTAAAGATTTAGTTTCAAGAGTTCCTTAA 128 CGAACTATAGCAGT-ACACC-AAAGTTTTCAA-GAGTT--AGATTTAG--T-AAGAGTTCCTTAA * 33315 TAGAAGGTTCATTCGACCGAGTGTATCTATGTAGGGTGCACCAG-TTTGTTTGTGAAGAAGAAGG 185 TAGAAGGTTCATTCGACCGAGTGTATCTCTGTAGGGTGCACCAGTTTTGTTTGTGAAGAAGAAGG * 33379 ATGGTACGATGCAGATATGTTATTAGTTCCTTTGGTGATAGTGTGGAAGTGAATAAAATTTATTC 250 ATGGTACGATGCAAATATGTTATTAGTTCCTTTGGTGATAGTGTGGAAGTGAATAAAATTTATTC * 33444 TAGATCTCCCATTATGGTTCAAGGGCACATTTTCTCTATTGATCGTATGGAATTTTTGTTCTACG 315 TAGATGTCCCATTATGGTTCAAGGGCACATTTTCTCTATTGATCGTATGGAATTTTTGTTCTACG * 33509 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TAGAAGGTTCATTCGACCGAGTGTATCTCTGTAGGGTGCACCAGTTTTGTTTGTGAAGAAGAAGG 185 TAGAAGGTTCATTCGACCGAGTGTATCTCTGTAGGGTGCACCAGTTTTGTTTGTGAAGAAGAAGG * * * 33995 ATGTTACGATGCAAATATGTTATTAGTTCCTTTGGTGATAGTGTGGAAGTGAGTAAAATTTATTG 250 ATGGTACGATGCAAATATGTTATTAGTTCCTTTGGTGATAGTGTGGAAGTGAATAAAATTTATTC 34060 TAGATGTCCCATTATGGTTCAAGGGCACATTTTCTCTATTGATCGTATGGAATTTTTGTTCTACG 315 TAGATGTCCCATTATGGTTCAAGGGCACATTTTCTCTATTGATCGTATGGAATTTTTGTTCTACG * * * 34125 GTTTTATGTGATTCTTGGTATGGACTTGTTTAGTGAGCATAAGGCTAAGGTAGATTTTGAGATGA 380 ATTTTATGTGATTCTTGGTATGGACTGGTTGAGTGAGCATAAGGCTAAGGTAGATTTTGAGATGA * 34190 AACGAATTATTTTGAGGAATAGTGATGGGTTGGAAATTTTTGTTGTTGGTGAAAGACCAGGATTA 445 AACGAATTACTTTGAGGAATAGTGATGGGTTGGAAATTTTTGTTGTTGGTGAAAGACCAGGATTA * 34255 ATGTCCAATGTAGTTTCAACTATGAAAGCTGAGAAGATGATAGGAAAAGGTTGTGAACCTTACTT 510 ATGTCCAATGTGGTTTCAACTATGAAAGCTGAGAAGATGATAGGAAAAGGTTGTGAACCTTACTT * 34320 AGCTTATATGATAAATTCAGTTAGTAAAGATTT 575 AGCTTATATGATAAATTCAGTTAGTAAGGATTT * 34353 AAGAGTTCAGGATATTCTCACGATTAAGGATTCTCCTAACGTGTTTCCTGAAAAGTTGTCTGGTT 1 AAGAGTTCAGGATATTCTCACGGTTAAGGATTCTCCTAACGTGTTTCCTGAAAAGTTGTCTGG-T * * * 34418 TACCACCAGAACATGAAGTTGAGTTCAGTATTAAGCTCCATCATGGAATTGCACAGTGTGTATTG 65 TACCACCAGAACATGAAGTTGAATTCAGTATTAAGCTCCATCATGG-A-TGAACAGTGAGTATTG * * ** 34483 CGACCTATAGCAGGACACCAAAAGTGCTCAAGGAGTTAAAGATTTAGTTTCAAGAGTTCCTTAAT 128 CGAACTATAGCAGTACACC-AAAGTTTTCAA-GAGTT--AGATTTAG--T-AAGAGTTCCTTAAT * 34548 AGAAGGTTCATTCGACCGAGTGTATCTCTGTAAGGTGCACCAGTTTTGTTTGTGAAGAAGAAGGA 186 AGAAGGTTCATTCGACCGAGTGTATCTCTGTAGGGTGCACCAGTTTTGTTTGTGAAGAAGAAGGA ** 34613 TGGTACGATGCTGATATGTTATTAGTTCCTTTGGTGATAGTGTGGAAGTGAATAAAATTTATTCT 251 TGGTACGATGCAAATATGTTATTAGTTCCTTTGGTGATAGTGTGGAAGTGAATAAAATTTATTCT * 34678 AGATGTCTCATTATGGTTCAAGGGCACATTTTCTCTATTGATCGTATGGAATTTTTGTTCTACGA 316 AGATGTCCCATTATGGTTCAAGGGCACATTTTCTCTATTGATCGTATGGAATTTTTGTTCTACGA * 34743 TTTTATGTGATTCTTGGTATGGACTGGTTGAGTGAGCATAAGGCTAAGGTA-TTTTTGAGATGAA 381 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TAGAAGGTTCATTCGACCGAGTGTATCTCTGTAGGGTGCACCAGTTTTGTTTGTGAAGAAGAAGG * 35226 ATGGTACGATGC-AATATGTTATTAGTTCCTTTGGTGATAGTGTGGAAGTGAATAAAATTTATTG 250 ATGGTACGATGCAAATATGTTATTAGTTCCTTTGGTGATAGTGTGGAAGTGAATAAAATTTATTC * 35290 TAGATCTCCCATTATGGTTCAAGGGCACA-TTTCTCTATTGATCGTATGGAATTTTTGTTCTACG 315 TAGATGTCCCATTATGGTTCAAGGGCACATTTTCTCTATTGATCGTATGGAATTTTTGTTCTACG * * 35354 GTTTTATGTGATTCTTGGTATGGACTGGTTTAGTGAGCATAAGGCTAAGGTAGATTTTGAGATGA 380 ATTTTATGTGATTCTTGGTATGGACTGGTTGAGTGAGCATAAGGCTAAGGTAGATTTTGAGATGA 35419 AACGAATTACTTTGAGGAATAGTGATGGGTTGGAAATTTTTGTTGTTGGTGAAAGACC-GGATTA 445 AACGAATTACTTTGAGGAATAGTGATGGGTTGGAAATTTTTGTTGTTGGTGAAAGACCAGGATTA 35483 ATGTCCAATGTGGTTTCAACTATGAAAGCTGAGAAGATGATAGGAAAAGGTTGTGAACCTTACTT 510 ATGTCCAATGTGGTTTCAACTATGAAAGCTGAGAAGATGATAGGAAAAGGTTGTGAACCTTACTT * 35548 AGCTTATATGATAAATTCAGTTAGTAGGGATTT 575 AGCTTATATGATAAATTCAGTTAGTAAGGATTT * 35581 AAGAGTTCAGGATATTCTCACGGTTAAGGATTCTCCTAACGTGTTTCCTGAAAAGTTGTCTTGTT 1 AAGAGTTCAGGATATTCTCACGGTTAAGGATTCTCCTAACGTGTTTCCTGAAAAGTTGTC-TGGT * * * * 35646 TACCACCAGAACATGAAGTTGAGTTTAGTATTAAGCTCCATCATGGTATTGCACAGTGTGTATTG 65 TACCACCAGAACATGAAGTTGAATTCAGTATTAAGCTCCATCATGG-A-TGAACAGTGAGTATTG * *** 35711 CGACCTATAGCA-TGACACCAAAAGAGCTCAAGGAGTTAAAGATTTAGTTTCAAGAGTTCCTTAA 128 CGAACTATAGCAGT-ACACC-AAAGTTTTCAA-GAGTT--AGATTTAG--T-AAGAGTTCCTTAA * 35775 -AGAAGGTTCATTCGACCGAGTGTATCTCTGTA-GGTGCACCAGTTTTGTTTGTGAAGAACAAGG 185 TAGAAGGTTCATTCGACCGAGTGTATCTCTGTAGGGTGCACCAGTTTTGTTTGTGAAGAAGAAGG * * 35838 ATGGTACGATGCAGATATGTTATTAGTTCCTTTGGTGATAGTGAGGAAGTGAATAAAATTTATTC 250 ATGGTACGATGCAAATATGTTATTAGTTCCTTTGGTGATAGTGTGGAAGTGAATAAAATTTATTC * 35903 TAGATGTCCCATTATGGTTCAAGGGCACATTTTCTCTATTGATAGTATGGAATTTTTGTTCTA-G 315 TAGATGTCCCATTATGGTTCAAGGGCACATTTTCTCTATTGATCGTATGGAATTTTTGTTCTACG * 35967 ATTTTATGTGATTCTTGGTATGGACTGGTTGAGTGAGCATAAGGCTAAGGTATATTTTGAGATGA 380 ATTTTATGTGATTCTTGGTATGGACTGGTTGAGTGAGCATAAGGCTAAGGTAGATTTTGAGATGA * * 36032 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AT-GTACGATGC-AATATGTTATTAGTTCCTTTGGTGATAGTGTGGAAGTG-ATAAAATTTATTG 250 ATGGTACGATGCAAATATGTTATTAGTTCCTTTGGTGATAGTGTGGAAGTGAATAAAATTTATTC * * 36513 TAGATGTCCCATTATGGTTCAAGGGCACATTTTCTCTATTGATAGTATGGAATTTTTGTTCTATG 315 TAGATGTCCCATTATGGTTCAAGGGCACATTTTCTCTATTGATCGTATGGAATTTTTGTTCTACG * 36578 ATTTTATGTGATTCTTGGTATGGACTGGTTGAGTGAGCATAAGGCTAAGGTATATTTTGAGATGA 380 ATTTTATGTGATTCTTGGTATGGACTGGTTGAGTGAGCATAAGGCTAAGGTAGATTTTGAGATGA * * 36643 AACGAATTACTTTGAGGAATAGTGATGGGTTGGAAA-TTTTGTTGTTGGTGAAAGATCTGGATTA 445 AACGAATTACTTTGAGGAATAGTGATGGGTTGGAAATTTTTGTTGTTGGTGAAAGACCAGGATTA * * * 36707 ATGTGCAACGGGGTTTCAACTATGAAAGCTGAGAAGATGATAGG-AAAGGTTGTGAACCTTACTT 510 ATGTCCAATGTGGTTTCAACTATGAAAGCTGAGAAGATGATAGGAAAAGGTTGTGAACCTTACTT 36771 AGCTTATATGAT-AATTCAGTTAGTAAGGATTT 575 AGCTTATATGATAAATTCAGTTAGTAAGGATTT * 36803 AAGAGTTCAGGAGATTCTCACGGTTAAGGATTCTCCTAACGTGTTTCCTGAAAAGTTGTCTGGTT 1 AAGAGTTCAGGATATTCTCACGGTTAAGGATTCTCCTAACGTGTTTCCTGAAAAGTTGTCTGG-T * * * * 36868 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ATGTGCAACG-GGTTTCAACTATGAAAGCTGAGAAGATGATAGG-AAAGGTTGTGAACCTTACTT 510 ATGTCCAATGTGGTTTCAACTATGAAAGCTGAGAAGATGATAGGAAAAGGTTGTGAACCTTACTT 38616 AGCTTATATGAT-AATTCAGTTAGTAAGGATTT 575 AGCTTATATGATAAATTCAGTTAGTAAGGATTT * 38648 AAGAGTTCAGGAGATTCTCACGGTTAAGGATTCTCCTAACGTGTTTCCTGAAAAGTTGTCTGGTT 1 AAGAGTTCAGGATATTCTCACGGTTAAGGATTCTCCTAACGTGTTTCCTGAAAAGTTGTCTGG-T * * * * 38713 TAGCACCAGAACATGAAGTTGAGTT-AGTATTAAGCTCCATCATGGAATTGCACAGTGTGTATTG 65 TACCACCAGAACATGAAGTTGAATTCAGTATTAAGCTCCATCATGG-A-TGAACAGTGAGTATTG * *** 38777 CGACCTATAGCA-TGACACCAAAAGAGCTCAAGGAGTTAAAGATTTAGTTTCAAGAGTTCCTTAA 128 CGAACTATAGCAGT-ACACC-AAAGTTTTCAA-GAGTT--AGATTTAG--T-AAGAGTTCCTTAA 38841 TAGAAGGTTCATTCGACCGAGTGTATCTCTGTAGGGTGCACCAGTTTTGTTTGTGAAGAAGAAGG 185 TAGAAGGTTCATTCGACCGAGTGTATCTCTGTAGGGTGCACCAGTTTTGTTTGTGAAGAAGAAGG * 38906 ATGGTACGATGC-AATATGTTATTAGTTCCTTTGGTGATAGTGTGGAAGTG-ATAAAATTTATTG 250 ATGGTACGATGCAAATATGTTATTAGTTCCTTTGGTGATAGTGTGGAAGTGAATAAAATTTATTC 38969 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AAGAGTTCAGGATATTCTCACGGTTAAGGATTCTCCTAACGTGTTTCCTGAAAAGTTGTC-TGGT * * * * 42409 TACCACCAGAACATGAAGTTGAGTTTAGTATTAAGCTCCATCATGGTATTGCACAGTGTGTATTG 65 TACCACCAGAACATGAAGTTGAATTCAGTATTAAGCTCCATCATGG-A-TGAACAGTGAGTATTG * *** 42474 CGACCTATAGCA-TGACACCAAAAGAGCTCAAGGAGTTAAAGATTTAGTTTCAAGAGTTCCTTAA 128 CGAACTATAGCAGT-ACACC-AAAGTTTTCAA-GAGTT--AGATTTAG--T-AAGAGTTCCTTAA * * 42538 TAGAAGGTTCATTCGACCGAGTGTATCACTGTAGGGTGCACCAATTTTGTTTGTGAAGAAGAAGG 185 TAGAAGGTTCATTCGACCGAGTGTATCTCTGTAGGGTGCACCAGTTTTGTTTGTGAAGAAGAAGG * * * 42603 ATGGCACGATGCAAATATGTTATTAGTTCCTTTGGTGATAGTGTGGAAGTGAGTAAAATTTATTG 250 ATGGTACGATGCAAATATGTTATTAGTTCCTTTGGTGATAGTGTGGAAGTGAATAAAATTTATTC * * * * 42668 TAGATCTCCCATTATGGTTCAAGGGCACATATTCTCTATTAATCATATGGAATTTTTGTTCTACG 315 TAGATGTCCCATTATGGTTCAAGGGCACATTTTCTCTATTGATCGTATGGAATTTTTGTTCTACG * * * * 42733 GTTTTATGTGATTCTTGGTATGGACTTGTTTAGTGAGCGTAAGGCTAAGGTAGATTTTGAGATGA 380 ATTTTATGTGATTCTTGGTATGGACTGGTTGAGTGAGCATAAGGCTAAGGTAGATTTTGAGATGA * 42798 AACGAATTACTTTAAGGAATAGTGATGGGTTGGAAATTTTTGTTGTTGGTGAAAGACCAGGATTA 445 AACGAATTACTTTGAGGAATAGTGATGGGTTGGAAATTTTTGTTGTTGGTGAAAGACCAGGATTA * * 42863 ATGTCCAATGTAGTTTCAACTATGAAAGCTGAGAAGATGATAGGAAAAGGTTGAGAACCTTACTT 510 ATGTCCAATGTGGTTTCAACTATGAAAGCTGAGAAGATGATAGGAAAAGGTTGTGAACCTTACTT 42928 AGCTTATATGATAAATTCAGTTAGTAAGGATTT 575 AGCTTATATGATAAATTCAGTTAGTAAGGATTT * 42961 AAGAGTTCAGGATATTCTCACGATTAAGGATTCT 1 AAGAGTTCAGGATATTCTCACGGTTAAGGATTCT 42995 TGTGACAGCC Statistics Matches: 8917, Mismatches: 299, Indels: 84 0.96 0.03 0.01 Matches are distributed among these distances: 609 26 0.00 610 426 0.05 611 600 0.07 612 535 0.06 613 877 0.10 614 774 0.09 615 426 0.05 616 2373 0.27 617 2878 0.32 618 2 0.00 ACGTcount: A:0.29, C:0.12, G:0.24, T:0.34 Consensus pattern (607 bp): AAGAGTTCAGGATATTCTCACGGTTAAGGATTCTCCTAACGTGTTTCCTGAAAAGTTGTCTGGTT ACCACCAGAACATGAAGTTGAATTCAGTATTAAGCTCCATCATGGATGAACAGTGAGTATTGCGA ACTATAGCAGTACACCAAAGTTTTCAAGAGTTAGATTTAGTAAGAGTTCCTTAATAGAAGGTTCA 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Indices: 44715--44843 Score: 125 Period size: 27 Copynumber: 4.7 Consensus size: 27 44705 AAATTGTACA ** * 44715 GCACTAAGTGTGCGAAAAGAATATGAT- 1 GCACTAAGTGTGCGAATTGACTATG-TG * * 44742 GCACTAAGTGTGCGAATTGACCATGCG 1 GCACTAAGTGTGCGAATTGACTATGTG * * 44769 GCACTAAGTGTGCGAATCTAACTATGTA 1 GCACTAAGTGTGCGAAT-TGACTATGTG * * * * 44797 GCACTAAGGGTGCGATTTGATTACGTG 1 GCACTAAGTGTGCGAATTGACTATGTG * 44824 GCACTAAGTGTGCGAGTTGA 1 GCACTAAGTGTGCGAATTGA 44844 GTGAATAGCA Statistics Matches: 83, Mismatches: 17, Indels: 4 0.80 0.16 0.04 Matches are distributed among these distances: 27 62 0.75 28 21 0.25 ACGTcount: A:0.29, C:0.16, G:0.29, T:0.26 Consensus pattern (27 bp): GCACTAAGTGTGCGAATTGACTATGTG Found at i:44809 original size:28 final size:27 Alignment explanation

Indices: 44742--44811 Score: 86 Period size: 28 Copynumber: 2.6 Consensus size: 27 44732 AGAATATGAT * * 44742 GCACTAAGTGTGCGAATTGACCATGCG 1 GCACTAAGTGTGCGAATTAACCATGCA * * 44769 GCACTAAGTGTGCGAATCTAACTATGTA 1 GCACTAAGTGTGCGAAT-TAACCATGCA * 44797 GCACTAAGGGTGCGA 1 GCACTAAGTGTGCGA 44812 TTTGATTACG Statistics Matches: 37, Mismatches: 5, Indels: 1 0.86 0.12 0.02 Matches are distributed among these distances: 27 17 0.46 28 20 0.54 ACGTcount: A:0.29, C:0.20, G:0.29, T:0.23 Consensus pattern (27 bp): GCACTAAGTGTGCGAATTAACCATGCA Found at i:44827 original size:55 final size:54 Alignment explanation

Indices: 44715--44838 Score: 142 Period size: 55 Copynumber: 2.3 Consensus size: 54 44705 AAATTGTACA * * 44715 GCACTAAGTGTGCGAAAAGAATATGATGCACTAAGTGTGCGAATTGACCATGCG 1 GCACTAAGTGTGCGAAAAGAATATGATGCACTAAGGGTGCGAATTGACCACGCG *** * ** * 44769 GCACTAAGTGTGCGAATCTAACTATG-TAGCACTAAGGGTGCGATTTGATTACGTG 1 GCACTAAGTGTGCGAAAAGAA-TATGAT-GCACTAAGGGTGCGAATTGACCACGCG 44824 GCACTAAGTGTGCGA 1 GCACTAAGTGTGCGA 44839 GTTGAGTGAA Statistics Matches: 59, Mismatches: 9, Indels: 3 0.83 0.13 0.04 Matches are distributed among these distances: 54 19 0.32 55 40 0.68 ACGTcount: A:0.30, C:0.17, G:0.28, T:0.25 Consensus pattern (54 bp): GCACTAAGTGTGCGAAAAGAATATGATGCACTAAGGGTGCGAATTGACCACGCG Found at i:52800 original size:54 final size:54 Alignment explanation

Indices: 52739--52889 Score: 173 Period size: 54 Copynumber: 2.8 Consensus size: 54 52729 TAAATTGTAC * 52739 AGCACTAAGTGTGCGATTCGATTATGTTGCACTAAGTGTGCGAAAAGAA-TATG- 1 AGCACTAAGTGTGCGATT-GATTATGTGGCACTAAGTGTGCGAAAAGAACTATGT ** * *** 52792 ATGCACTAAGTGTGCGAATTGACCATGCGGCACTAAGTGTGCGAATCTAACTATGT 1 A-GCACTAAGTGTGCG-ATTGATTATGTGGCACTAAGTGTGCGAAAAGAACTATGT * 52848 AGCACTAAG-GTGCGATTTGATTACGTGGCACTAAGTGTGCGA 1 AGCACTAAGTGTGCGA-TTGATTATGTGGCACTAAGTGTGCGA 52890 GTTGAGTGAA Statistics Matches: 82, Mismatches: 11, Indels: 9 0.80 0.11 0.09 Matches are distributed among these distances: 53 2 0.02 54 64 0.78 55 15 0.18 56 1 0.01 ACGTcount: A:0.29, C:0.17, G:0.27, T:0.27 Consensus pattern (54 bp): AGCACTAAGTGTGCGATTGATTATGTGGCACTAAGTGTGCGAAAAGAACTATGT Found at i:52894 original size:27 final size:27 Alignment explanation

Indices: 52740--52894 Score: 145 Period size: 27 Copynumber: 5.7 Consensus size: 27 52730 AAATTGTACA * * 52740 GCACTAAGTGTGCG-ATTCGATTATGTT 1 GCACTAAGTGTGCGAATT-GACTATGTG ** * 52767 GCACTAAGTGTGCGAAAAGAATATGAT- 1 GCACTAAGTGTGCGAATTGACTATG-TG * * 52794 GCACTAAGTGTGCGAATTGACCATGCG 1 GCACTAAGTGTGCGAATTGACTATGTG * * 52821 GCACTAAGTGTGCGAATCTAACTATGTA 1 GCACTAAGTGTGCGAAT-TGACTATGTG * * * 52849 GCACTAAG-GTGCGATTTGATTACGTG 1 GCACTAAGTGTGCGAATTGACTATGTG * 52875 GCACTAAGTGTGCGAGTTGA 1 GCACTAAGTGTGCGAATTGA 52895 GTGAATAGCA Statistics Matches: 105, Mismatches: 18, Indels: 10 0.79 0.14 0.08 Matches are distributed among these distances: 26 14 0.13 27 75 0.71 28 16 0.15 ACGTcount: A:0.28, C:0.16, G:0.28, T:0.28 Consensus pattern (27 bp): GCACTAAGTGTGCGAATTGACTATGTG Done.